Publications HAL de Guillaume, Fertin

2017

titre
Algorithmic Aspects of the Maximum Colorful Arborescence Problem
article
Theory and Applications of Models of Computation - 14th Annual Conference, Apr 2017, Berne, Switzerland. Springer, Proceedings of TAMC 2017 (Theory and Applications of Models of Computation - 14th Annual Conference), Lecture Notes in Computer Science (10185), pp.216-230, <10.1007/978-3-319-55911-7_16>
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titre
Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2017, 12, 16 (11 p.). <10.1186/s13015-017-0107-y>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01533200/file/Fertin_et_al_AMB2017.pdf BibTex
titre
Sorting permutations by prefix and suffix rearrangements
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2017, 15 (1), pp.1-46. <10.1142/S0219720017500020>
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titre
Odd Gossiping
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2017, 216, pp.550-561. <10.1016/j.dam.2016.01.034>
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2016

titre
SpecTrees: an efficient without a priori data structure for MS/MS spectra identification
article
Martin Frith and Christian N. S. Pedersen. 16th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2016), Aug 2016, Aarhus, Denmark. Springer-Verlag, Lecture Notes in Bioinformatics. <http://conferences.au.dk/algo16/wabi/>
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titre
Graph Motif Problems Parameterized by Dual
article
27th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2016, Tel-Aviv, France. 2016, LIPIcs – Leibniz International Proceedings in Informatics
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titre
(Prefix) reversal distance for (signed) strings with few blocks or small alphabets
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2016, 37, pp.44-55. <10.1016/j.jda.2016.05.002>
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titre
Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions
article
WABI 2016, 2016, Aarhus, Denmark. 9838, pp.162-173, Algorithms for Bioinformatics, Lecture Notes in Computer Science
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titre
Decomposing Cubic Graphs into Connected Subgraphs of Size Three
article
The 22nd International Computing and Combinatorics Conference (COCOON), Aug 2016, Ho Chi Minh City, Vietnam. Proceedings of the 22nd International Computing and Combinatorics Conference (COCOON), 2016, <http://optnetsci.cise.ufl.edu/cocoon16/>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01309152/file/partitioning-cubic-graphs-arxiv.pdf BibTex
titre
Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (Suppl 14), 426 (7 p.). <10.1186/s12859-016-1264-6>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01396842/file/bulteau.pdf BibTex

2015

titre
Algorithmic aspects of the S-Labeling problem
article
26th International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2015), Oct 2015, Verona, Italy. Springer-Verlag, pp.173-184, 2015, Lecture Notes in Computer Science
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titre
Pancake Flipping Is Hard
article
Journal of Computer and System Sciences, Elsevier, 2015, 81 (8), pp.1556-1574. <10.1016/j.jcss.2015.02.003>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01053461/file/Pancakes_JCSS.pdf BibTex
titre
Obtaining a Triangular Matrix by Independent Row-Column Permutations
article
26th International Symposium on Algorithms and Computation, Dec 2015, Nagoya, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01189621/file/article.pdf BibTex
titre
Prefix and Suffix Reversals on Strings
article
22nd International Symposiumon String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2015), Sep 2015, London, United Kingdom. Springer, 9309, pp.1-12, Lecture Notes in Computer Science. <http://www.springer.com/us/book/9783319238258>. <10.1007/978-3-319-23826-5_17>
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BibTex
titre
Hybrid de novo tandem repeat detection using short and long reads
article
BMC Medical Genomics, BioMed Central, 2015, 8 (Suppl 3), pp.S5. <10.1186/1755-8794-8-S3-S5>
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titre
Approximation algorithms for sorting by length-weighted prefix and suffix operations
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 593, pp.26-41. <10.1016/j.tcs.2015.05.039>
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BibTex
titre
Towards an Algorithmic Guide to Spiral Galaxies
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, pp.26-39. <10.1016/j.tcs.2015.01.051>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01159940/file/fun2014-journalversion.pdf BibTex
titre
Some algorithmic results for [2]-sumset covers
article
Information Processing Letters, Elsevier, 2015, 115 (1), pp.1-5
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01044891/file/IPL-Sumsets.pdf BibTex
titre
Finding Supported Paths in Heterogeneous Networks
article
Algorithms, MDPI AG, 2015, <10.3390/a8040810>
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BibTex
titre
Path-Driven Orientation of Mixed Graphs
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2015, 181, pp.98-108. <10.1016/j.dam.2014.10.016>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01044921/file/orientation.pdf BibTex

2014

titre
Towards an Algorithmic Guide to Spiral Galaxies
article
Springer-Verlag. Seventh International Conference on FUN WITH ALGORITHMS (FUN 2014), Jul 2014, Lipari, Italy. Springer-Verlag, 8496, pp.171-182, 2014, Lecture notes in computer science. <10.1007/978-3-319-07890-8_15>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01044934/file/galaxies.pdf BibTex
titre
Reversal Distances for Strings with Few Blocks or Small Alphabets
article
Springer-Verlag. 25th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2014), Jun 2014, Moscou, Russia. Springer-Verlag, 8486, pp.50-59, 2014, Lecture notes in computer science. <10.1007/978-3-319-07566-2_6>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01044938/file/string-reversal.pdf BibTex
titre
DExTaR: Detection of Exact Tandem Repeats based on the de Bruijn graph
article
IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2014), Nov 2014, Belfast, Ireland. IEEE, pp.90-93, 2014, Proc. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine. <http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=6999134>. <10.1109/BIBM.2014.6999134>
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2013

titre
A Fixed-Parameter Algorithm for Minimum Common String Partition with Few Duplications
article
Springer. 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013), Sep 2013, Nice, France. 8126, pp.244-258, 2013, Lecture Notes in Bioinformatics. <10.1007/978-3-642-40453-5_19>
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https://arxiv.org/pdf/1307.7842 BibTex
titre
Maximal Strip Recovery Problem with Gaps: Hardness and Approximation Algorithms
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2013, 19, pp.1-22
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00826876/file/JDA-ISAAC09.pdf BibTex
titre
Finding Approximate and Constrained Motifs in Graphs
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 483 (-), pp.10-21. <10.1016/j.tcs.2012.08.023>
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titre
Revisiting the Minimum Breakpoint Linearization Problem Theoretical Computer Science
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 494, pp.122-133
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00826880/file/TCS-TAMC09.pdf BibTex

2012

titre
Pancake Flipping is Hard
article
Springer Verlag. 37th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2012), Aug 2012, Bratislava, Slovakia. 7467, pp.247-258, 2012, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00717712/file/MFCS2012.pdf BibTex
titre
On the Complexity of two Problems on Orientations of Mixed Graphs
article
In Proc. 5èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2012), Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170, 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00826863/file/JOBIM2012.pdf BibTex
titre
Algorithms for subnetwork mining in heterogeneous networks
article
11th Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2012), Jun 2012, Bordeaux, France. Springer, 7228, pp.184-194, 2012, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00689889/file/paper_46.pdf BibTex
titre
Sorting by Transpositions is Difficult
article
Siam Journal on Discrete Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2012, 26 (3), pp.1148-1180. <10.1137/110851390>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00826867/file/TRANSPOSITIONS-SIDMA2012.pdf BibTex
titre
Tractability and approximability of maximal strip recovery
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2012, 440-441, pp.14-28. <10.1016/j.tcs.2012.04.034>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00700598/file/MSR-TCS2012.pdf BibTex

2011

titre
Sorting by Transpositions is Difficult
article
38th International Colloquium on Automata, Languages and Programming (ICALP 2011), 2011, Zürich, Switzerland. Springer, LNCS (6755), pp.654-665, 2011, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606223/file/Transpositions-ICALP11.pdf BibTex
titre
Algorithmic Aspects of Heterogeneous Biological Networks Comparison
article
COCOA 2011, 2011, Zhangjiajie, China. Springer, 6831, pp.272-286, 2011, Lecture Notes in Computer Science. <10.1007/978-3-642-22616-8_22>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606375/file/FamilialCOCOA2011.pdf BibTex
titre
Finding Approximate and Constrained Motifs in Graphs
article
CPM 2011, 2011, Palermo, Italy. Springer, 6661, pp.388-401, 2011, Lecture Notes in Computer Science. <10.1007/978-3-642-21458-5_33>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606173/file/Motifs-CPM11.pdf BibTex
titre
Computing Genomic Distances: An Algorihtmic Viewpoint
article
Wiley Science. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley Science, pp.773-798, 2011, <10.1002/9780470892107.ch34>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606146/file/Fertin-Rusu-Chapter.pdf BibTex
titre
Tractability and Approximability of Maximal Strip Recovery
article
22nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2011), 2011, Palermo, Italy. Springer, LNCS (6661), pp.336-349, 2011, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606167/file/MSR-CPM11.pdf BibTex
titre
Integration of omics data to investigate common intervals
article
IEEE. 1st International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2011), 2011, Singapore, Singapore. pp.101-105, 2011
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606226/file/omicsdata-ICBBB11.pdf BibTex
titre
Complexity issues in Vertex-Colored Graph Pattern Matching
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2011, 9 (1), pp.82-99. <10.1016/j.jda.2010.09.002>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606154/file/ICTCS07-CPM09-JOURNAL.pdf BibTex
titre
Upper and lower bounds for finding connected motifs in vertex-colored graphs
article
Journal of Computer and System Sciences, Elsevier, 2011, 77 (4), pp.799-811. <10.1016/j.jcss.2010.07.003>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606148/file/JCSS-Danny.pdf BibTex

2010

titre
Proper Alignment of MS/MS Spectra from Unsequenced Species
article
11th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP 2010), Sep 2010, Las Vegas, United States. pp.766-772, 2010, <10.1.1.228.5162>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01068873/file/MSMS-BIOCOMP10.pdf BibTex
titre
Revisiting the Minimum Breakpoint Linearization Problem
article
7th Annual Conference on Theory and Applications of Models of Computation (TAMC 2010), Jun 2010, Prague, France. Springer, 6108, pp.163-174, 2010, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00482856/file/TAMC2010.pdf BibTex
titre
Finding Common Structured Patterns in Linear Graphs
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411 (26-28), pp.2475-2486. <10.1016/j.tcs.2010.02.017>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00482850/file/LinearGraphs-TCS2010.pdf BibTex

2009

titre
Maximal Strip Recovery Problem with Gaps: Hardness and Approximation Algorithms
article
ISAAC 2009 (20th International Symposium on Algorithms and Computation), 2009, Hawaii, United States. Springer-Verlag, 5878, pp.710-719, 2009, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00425145/file/MSRFinal.pdf BibTex
titre
Comparing Bacterial Genomes by Searching Their Common Intervals
article
Bioinformatics and Computational Biology, Apr 2009, New Orleans, United States. Springer Verlag, 5462, pp.102--113, 2009, Lecture Note in Bio-Informatics (LNBI). <10.1007/978-3-642-00727-9_12>
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BibTex
titre
The Exemplar Breakpoint Distance for non-trivial genomes cannot be approximated
article
Das S. and Uehara R. WALCOM 2009, 2009, Kolkata, India. Springer-Verlag, 5431, pp.357-368, 2009, Lecture Notes in Computer Science
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416491/file/ZEBD.pdf BibTex
titre
Pseudo-Boolean Programming for Partially Ordered Genomes
article
RECOMB-CG 2009, Sep 2009, Budapest, Hungary. Springer-Verlag, 5817, pp.126-137, 2009, Lecture Notes in BioInformatics. <10.1007/978-3-642-04744-2_11>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416458/file/RECOMB-CG2009.pdf BibTex
titre
Combinatorics of Genome Rearrangements
article
MIT Press, pp.312, 2009, Computational Molecular Biology
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BibTex
titre
Comparison of Spectra in Unsequenced Species
article
Springer-Verlag. 4th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2009), 2009, Porto Alegre, Brazil. Springer-Verlag, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI) (5576), pp.24-35, 2009, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416462/file/BSB2009.pdf BibTex
titre
Maximum Motif Problem in Vertex-Colored Graphs
article
20th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2009), 2009, Lille, France. Springer-Verlag, 5577, pp.221-235, 2009, Lecture Notes in Computer Science. <10.1007/978-3-642-02441-2_20>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416463/file/CPM2009_Paper.pdf BibTex
titre
Comparing Bacterial Genomes by Searching their Common Intervals
article
Springer-Verlag. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB 2009), 2009, New Orleans, United States. Springer-Verlag, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI) (5462), pp.102-113, 2009, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416466/file/BICOB2009_Paper.pdf BibTex
titre
On the S-labeling Problem
article
Eslevier. Proc. 5th Euroconference on Combinatorics, Graph Theory and Applications (EUROCOMB 2009), 2009, Bordeaux, France. Eslevier, 34, pp.273-277, 2009, Electronic Notes on Discrete Mathematics
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416570/file/EUROCOMB09.pdf BibTex
titre
On Finding Small 2-Generating Sets
article
COCOON 2009, 2009, Niagara Falls, United States. Springer-Verlag, 5609, pp.378-387, 2009, Lecture Notes in Computer Science. <10.1007/978-3-642-02882-3_38>
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416577/file/COCOON09.pdf BibTex
titre
Finding Occurrences of Protein Complexes in Protein-Protein Interaction Graphs
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2009, 7 (1), pp.90-101
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416394/file/AlphaBetaJDA.pdf BibTex
titre
On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates
article
Journal of Graph Algorithms and Applications (JGAA), Brown University, 2009, 13 (1), pp.19-53
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416440/file/JGAA.pdf BibTex

2008

titre
On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates
article
Springer-Verlag. 2nd Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM 2008), 2008, Dhaka, Bangladesh. Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science (LNCS) (4921), pp.34-45, 2008, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416492/file/WALCOM08.pdf BibTex
titre
On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates
article
2008
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00285511/file/article.pdf BibTex
titre
Fixed-Parameter Algorithms For Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2008, 6 (4), pp.618-626
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416442/file/MRSO-JDA.pdf BibTex
titre
Vertex labeling and routing in expanded Apollonian networks
article
Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, IOP Publishing, 2008, 41 (3), pp.035004
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416574/file/LabelingApollonian.pdf BibTex
titre
Acyclic Coloring of Graphs of Maximum Degree Five: Nine Colors are Enough
article
Information Processing Letters, Elsevier, 2008, 105 (2), pp.65-72
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416567/file/Deltacyclique_IPL.pdf BibTex
titre
Acyclic coloring of graphs of maximum degree five: Nine colors are enough
article
Information Processing Letters, Elsevier, 2008, pp.65-72
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BibTex
titre
Efficient Tools for Computing the Number of Breakpoints and the Number of Adjacencies between two Genomes with Duplicate Genes
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (8), pp.1093-1115
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00416446/file/JCB-2008.pdf BibTex

2007

titre
Weak pattern matching in colored graphs: Minimizing the number of connected components
article
10th Italian Conference on Theoretical Computer Science (ICTCS 2007), 2007, Rome, Italy. World-Scientific Conference Proceedings, pp.27-38, 2007, World-Scientific Conference Proceedings
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417910/file/ICTCS07.pdf BibTex
titre
Comparing RNA Structures: Towards an Intermediate Model Between the EDIT and the LAPCS Problems
article
Sagot Marie-France and Telles Walter Maria Emilia. Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2007), Aug 2007, Angra dos Reis, Brazil. Springer-Verlag, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI) (4643), pp.101-112, 2007, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417918/file/BSBFinal.pdf BibTex
titre
A Pseudo-Boolean programming approach for computing the breakpoint distance between two genomes with duplicate genes
article
5th RECOMB Comparative Genomics Satellite Workshop (RECOMB-CG 2007), 2007, San Diego, United States. Springer-Verlag, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI) (4751), pp.16-29, 2007, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417902/file/RCG07.pdf BibTex
titre
Sharp Tractability Borderlines for Finding Connected Motifs in Vertex-Colored Graphs
article
34th International Colloquium on Automata, Languages and Programming (ICALP 2007), 2007, Wroclaw, Poland. Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science (LNCS) (4596), pp.340-351, 2007, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417928/file/ICALP07.pdf BibTex
titre
On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates
article
Rapport de recherche. 2007
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00159893/file/angibaudfertinrusu.pdf BibTex
titre
How Pseudo-Boolean Programming can help Genome Rearrangement Distance Computation
article
4th RECOMB Comparative Genomics Satellite Workshop (RECOMB-CG 2006), 2007, Montréal, Canada. Springer-Verlag, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI) (4205), pp.75-86, 2006, Lecture Notes in BioInformatics (LNBI)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00418258/file/RECOMB-CG06.pdf BibTex
titre
Common Structured Patterns in Linear Graphs: Approximations and Combinatorics
article
18th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2007), 2007, London, Canada. Springer-Verlag, Lecture Notes in Computer Science (LNCS) (4580), pp.214-252, 2007, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00418241/file/CPM07.pdf BibTex
titre
Extending the Hardness of RNA Secondary Structure Comparison
article
Chen Bo and Paterson Mike and Zhang Guochuan. 1st International Symposium on Combinatorics, Algorithms, Probabilistic and Experimental Methodologies (ESCAPE 2007), Apr 2007, Hangzhou, China. Springer-Verlag, 4614, pp.140-151, 2007, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00418248/file/ESCAPE07.pdf BibTex
titre
Exemplar Longest Common Subsequence
article
ACM Transactions on Computational Logic, Association for Computing Machinery, 2007, 4 (4), pp.535-543
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417728/file/ExemplarLCSTCBB.pdf BibTex
titre
Comparing Genomes with Duplications: a Computational Complexity Point of View
article
ACM Transactions on Computational Logic, Association for Computing Machinery, 2007, 4 (4), pp.523-534
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417720/file/DuplicatesTCBB.pdf BibTex
titre
Extracting Constrained 2-Interval Subsets in 2-Interval Sets
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2007, 385 (1-3), pp.241-263
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417717/file/2IntTCS.pdf BibTex
titre
A General Framework for Computing Rearrangement Distances between Genomes with Duplicates
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2007, 14 (4), pp.379-393
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417735/file/PSBJCB.pdf BibTex
titre
L(p,q) labeling of d-dimensional grids
article
Discrete Mathematics, Elsevier, 2007, 307 (16), pp.2132-2140
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titre
L(p,q) labeling of d-Dimensional Grids
article
Discrete Mathematics, Elsevier, 2007, 307 (16), pp.2132-2140
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307791/file/LpqGrids.pdf BibTex

2006

titre
New Bounds for the L(h, k) Number of Regular Grids
article
RR 05.04. 2006
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00023160/file/rr0405.pdf BibTex
titre
Exemplar Longest Common Subsequence (extended abstract)
article
International Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA 2006), May 2006, Reading, United Kingdom. Springer-Verlag, LNCS Vol. 3992, pp.622-629, 2006, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00461780/file/ExemplarIWBRA06.pdf BibTex
titre
Exemplar Longest Common Subsequences
article
Mandoiu Ion. Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA), 2006, United States. Springer, 3992, pp.622-629, 2006, LNCS
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titre
Genomes containing duplicates are hard to compare
article
Mandoiu Ion. Proc Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA), 2006, Reading, UK, United Kingdom. Springer, 3992, pp.783-790, 2006, LNCS
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titre
How Pseudo-boolean Programming Can Help Genome Rearrangement Distance Computation
article
4thAnnual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06), 2006, Montreal, Canada, Canada. Springer-Verlag, pp.75-86, 2006, LNBI
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titre
Genomes containing Duplicates are Hard to compare
article
International Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA 2006), 2006, Reading, United Kingdom. Springer-Verlag, LNCS Vol. 3992, pp.783-790, 2006, Lecture Notes in Computer Science (LNCS)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00418260/file/DuplicatesIWBRA06.pdf BibTex
titre
High dimensional Apollonian networks
article
Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, IOP Publishing, 2006, 39, pp.1811-1818
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00461776/file/Apollonian.pdf BibTex
titre
New Bounds for the L(h,k) Number of Regular Grids
article
International Journal of Mobile Network Design and Innovation, Inderscience, 2006, 1 (2), pp.92-101
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00461775/file/JournalLhkGrids.pdf BibTex

2005

titre
Fixed-Parameter Algorithms for Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints
article
Kratsch Dieter. 31st International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science (WG'05), Jun 2005, Metz, France, France. Springer-Verlag, 3787, pp.271-282, 2005, LNCS
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00620363/file/hal.pdf BibTex
titre
What Makes the Arc-Preserving Subsequence Problem Hard?
article
S. Sunderam Vaidy and van Albada G. Dick and M. A. Sloot Peter and Dongarra Jack. 5th Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA'05), May 2005, Atlanta, GA, USA, United States. Springer-Verlag, 3515, pp.860-868, 2005, LNCS
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00620359/file/hal.pdf BibTex
titre
Genes Order and Phylogenetic Reconstruction: Application to $\gamma$-Proteobacteria
article
McLysaght Aoife and H. Huson Daniel. 3rd Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'05), Sep 2005, Dublin, Ireland, Ireland. Springer-Verlag, 3678, pp.11-20, 2005, LNCS
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00620362/file/Hal.pdf BibTex
titre
Finding Exact and Maximum Occurrences of Protein Complexes in Protein-Protein Interaction Graphs
article
Jedrzejowicz Joanna and Szepietowski Andrzej. 30th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS'05), 2005, Gdansk, Poland, Poland. Springer-Verlag, 3618, pp.328-339, 2005, LNCS
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titre
What makes the Arc-Preserving Subsequence problem hard ?
article
LNCS Transactions on Computational Systems Biology, 2005, 2, pp.1-36
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417738/file/APSJournal.pdf BibTex
titre
Acyclic Coloring of Graphs of Maximum Degree $\Delta$
article
Stefan Felsner. 2005 European Conference on Combinatorics, Graph Theory and Applications (EuroComb '05), 2005, Berlin, Germany. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AE, European Conference on Combinatorics, Graph Theory and Applications (EuroComb '05), pp.389-396, 2005, DMTCS Proceedings
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https://hal.inria.fr/hal-01184439/file/dmAE0175.pdf BibTex

2004

titre
No-Hole L(p,0)-Labelling of Cycles, Grids and Hypercubes
article
Springer-Verlag. 11th International Colloquium on Structural Information & Communication Complexity (SIROCCO 2004), Jun 2004, Smolenice, Slovakia. Ratislav Kralovic and Ondrej Sykora, Lecture Notes in Computer Science (LNCS) (3104), pp.138-148, 2004, 3104 of Lecture Note
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307789/file/Lp0Sirocco04.pdf BibTex
titre
New Results for the 2-Interval Pattern Problem
article
Sahinalp Suleyman Cenk and Muthukrishnan S. and Dogrusoz Ugur. 15th Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'04), Jul 2004, Istanbul, Turkey, Turkey. Springer-Verlag, 3109, pp.311-322, 2004, LNCS
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00620366/file/hal.pdf BibTex
titre
Pattern Matching in Arc-Annotated Sequences: New Results for the APS Problem
article
5th Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'04), 2004, Montréal, Quebec, Canada. IEEE Computer Society, 12 pp., 2004
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titre
The breakpoint distance for signed sequences
article
1st Conference on Algorithms and Computational Methods for biochemical and Evolutionary Networks (CompBioNets'04), Dec 2004, Recife, Brazil, Brazil. King's College London publications, 3, pp.3-16, 2004, Texts in Algorithms
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https://hal-upec-upem.archives-ouvertes.fr/hal-00620356/file/Hal.pdf BibTex
titre
On Maximal Instances for the Original Syntenic Distance
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2004, 326, pp.29-43
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00417741/file/SyntenyTCS.pdf BibTex
titre
A Survey of Knödel Graphs
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2004, 137 (2), pp.173-195
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307786/file/SurveyKnodel.pdf BibTex
titre
Star Coloring of Graphs
article
Journal of Graph Theory, Wiley, 2004, 47 (3), pp.163-182
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307788/file/JGT5702.pdf BibTex

2003

titre
On the oriented chromatic number of grids
article
Information Processing Letters, Elsevier, 2003, 85 (5), pp.261-266
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307790/file/Oriented_IPL.pdf BibTex
titre
Factor d-Domatic Colorings of Graphs
article
Discrete Mathematics, Elsevier, 2003, 262 (1--3), pp.17--25
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BibTex
titre
A Survey on Knödel Graphs
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2003, 137 (2), pp.173--195
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2002

titre
Minimum feedback vertex set and acyclic coloring
article
Information Processing Letters, Elsevier, 2002, 84 (3), pp.131-139
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00307785/file/FVS_IPL.pdf BibTex

2001

titre
Routing permutations and 2-1 routing requests in the hypercube
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2001, 113, pp.43-58
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titre
Routing Permutations and 2-1 Routing Requests in the Hypercube
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2001, 113 (1), pp.43--58
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2000

titre
Compounding of Gossip Graphs
article
Networks, Wiley, 2000, 36 (2), pp.126--137
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titre
On the Structure of Minimum Broadcast Digraphs
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2000, 245 (2), pp.203--216
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titre
A Study of Minimum Gossip Graphs
article
Discrete Mathematics, Elsevier, 2000, 215 (1--3), pp.33--57
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1999

titre
Routing permutations in the hypercube
article
International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science WG'99, Jun 1999, Ascona, Switzerland. Springer-Verlag, 1665, pp.179-190, 1999, Lecture Notes in Computer Science
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