2023

titre

Reversal and Transposition Distance on Unbalanced Genomes Using Intergenic Information

article

Journal of Computational Biology, 2023, 30 (8), pp.861-876. ⟨10.1089/cmb.2023.0087⟩

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titre

Fast alignment of mass spectra in large proteomics datasets, capturing dissimilarities arising from multiple complex modifications of peptides

article

BMC Bioinformatics, 2023, 24 (1), pp.421. ⟨10.1186/s12859-023-05555-y⟩

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titre

Approximating Rearrangement Distances with Replicas and Flexible Intergenic Regions

article

International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2023), Oct 2023, Wrocław, Poland. pp.241-254, ⟨10.1007/978-981-99-7074-2_19⟩

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2022

titre

The Maximum Zero-Sum Partition Problem

article

25th International Computer Symposium, ICS 2022, Dec 2022, Taoyuan, Taiwan. pp.73-85, ⟨10.1007/978-981-19-9582-8_7⟩

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titre

Transposition Distance Considering Intergenic Regions for Unbalanced Genomes

article

Bioinformatics Research and Applications 18th International Symposium, ISBRA 2022, Nov 2022, Haifa, Israel. pp.100-113, ⟨10.1007/978-3-031-23198-8_10⟩

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titre

Sorting Genomes by Prefix Double-Cut-and-Joins

article

2022

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titre

MAGNETO: An Automated Workflow for Genome-Resolved Metagenomics

article

mSystems, 2022, 7 (4), ⟨10.1128/msystems.00432-22⟩

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Permutation Pattern Matching for Doubly Partially Ordered Patterns

article

33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Hideo Bannai and Jan Holub, Jun 2022, Prague, Czech Republic

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Sorting Genomes by Prefix Double-Cut-and-Joins

article

String Processing and Information Retrieval, 29th International Symposium, SPIRE 2022, Nov 2022, Concepcion, Chile. pp.178-190, ⟨10.1007/978-3-031-20643-6_13⟩

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titre

Approximation algorithms for sorting by k-cuts on signed permutations

article

Journal of Combinatorial Optimization, 2022, 45 (6), ⟨10.1007/s10878-022-00937-z⟩

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titre

L'Inférence de Protéines à travers le Modèle Peptide Quantity Assignment

article

23ème congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, INSA Lyon, Feb 2022, Villeurbanne - Lyon, France

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titre

SpecGlob: rapid and accurate alignment of mass spectra differing from their peptide models by several unknown modifications

article

2022

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titre

Sorting by k-Cuts on Signed Permutations

article

Comparative Genomics 19th International Conference, RECOMB-CG 2022, May 2022, La Jolla, United States. pp.189-204, ⟨10.1007/978-3-031-06220-9_11⟩

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titre

The Exact Subset MultiCover Problem

article

Theory and Applications of Models of Computation. TAMC 2022, Sep 2022, Tianjin, China. pp.189-200, ⟨10.1007/978-3-031-20350-3_16⟩

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2021

titre

Evaluation of open search methods based on theoretical mass spectra comparison

article

BMC Bioinformatics, 2021, 22 (2 (Special Issue)), pp.65. ⟨10.1186/s12859-021-03963-6⟩

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titre

The Maximum Colorful Arborescence problem: How (computationally) hard can it be?

article

Theoretical Computer Science, 2021, 852, pp.104-120. ⟨10.1016/j.tcs.2020.11.021⟩

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titre

Sorting by Multi-Cut Rearrangements

article

Algorithms, 2021, 14 (6), pp.169. ⟨10.3390/a14060169⟩

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titre

Decomposing Subcubic Graphs into Claws, Paths or Triangles

article

Journal of Graph Theory, 2021, 98 (4), pp.557-588. ⟨10.1002/jgt.22713⟩

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titre

Sorting by Multi-cut Rearrangements

article

SOFSEM 2021, Jan 2021, Bolzano-Bozen, Italy. pp.593-607, ⟨10.1007/978-3-030-67731-2_43⟩

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titre

Improved Lower Bounds for the Cyclic Bandwidth Problem

article

International Conference on Computational Science (ICCS 2021), pp.555-569, 2021, ⟨10.1007/978-3-030-77961-0_45⟩

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titre

Detection of multiple modifications in mass spectra without any a priori

article

69th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Oct 2021, Philadelphia (PA), United States

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titre

Sorting Permutations by Intergenic Operations

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021, pp.1-1. ⟨10.1109/TCBB.2021.3077418⟩

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2020

titre

Sorting Signed Permutations by Intergenic Reversals

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, ⟨10.1109/TCBB.2020.2993002⟩

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titre

Graph Motif Problems Parameterized by Dual

article

Journal of Graph Algorithms and Applications, 2020, 24 (3), pp.371-396. ⟨10.7155/jgaa.00538⟩

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titre

Rapport de conjoncture 2019 : CID 51 Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant

article

Comité national de la recherche scientifique. 2020

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titre

A 3.5-Approximation Algorithm for Sorting by Intergenic Transpositions

article

7th International Conference, AlCoB 2020 (Algorithms for Computational Biology ), Apr 2020, Missoula, United States. pp.16-28, ⟨10.1007/978-3-030-42266-0_2⟩

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titre

Sorting by Genome Rearrangements on Both Gene Order and Intergenic Sizes

article

Journal of Computational Biology, 2020, 27 (2), pp.156-174. ⟨10.1089/cmb.2019.0293⟩

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2019

titre

Sorting by Reversals, Transpositions, and Indels on Both Gene Order and Intergenic Sizes

article

International Symposium on Bioinformatics Research and Applications ISBRA 2019, Jun 2019, Barcelona, Spain. pp.28-39, ⟨10.1007/978-3-030-20242-2_3⟩

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titre

Unshuffling Permutations

article

TAMC, Apr 2019, Kitakyushu, Japan. pp.242-261, ⟨10.1007/978-3-030-14812-6_15⟩

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titre

Finding a Small Number of Colourful Components

article

CPM 2019, Jul 2019, Pise, Italy. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2019.20⟩

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titre

Super short operations on both gene order and intergenic sizes

article

Algorithms for Molecular Biology, 2019, 14 (1), ⟨10.1186/s13015-019-0156-5⟩

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titre

Finding a Small Number of Colourful Components

article

2019

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2018

titre

Prefix and suffix reversals on strings

article

Discrete Applied Mathematics, 2018, 246, pp.140 - 153. ⟨10.1016/j.dam.2017.07.031⟩

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titre

Super Short Reversals on Both Gene Order and Intergenic Sizes

article

Advances in Bioinformatics and Computational Biology - 11th Brazilian Symposium on Bioinformatics -- BSB 2018, Oct 2018, Niteroi, Brazil. pp.14--25

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titre

Editorial

article

Theoretical Computer Science, 717, Elsevier, 2018, Theoretical Computer Science, ⟨10.1016/j.tcs.2018.02.016⟩

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titre

Optimal odd gossiping

article

Discrete Applied Mathematics, 2018, 247, pp.53 - 69. ⟨10.1016/j.dam.2018.03.033⟩

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titre

Sorting permutations and binary strings by length-weighted rearrangements

article

Theoretical Computer Science, 2018, 715, pp.35 - 59. ⟨10.1016/j.tcs.2018.01.012⟩

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titre

Matching algorithms for assigning orthologs after genome duplication events

article

Computational Biology and Chemistry, 2018, 74, pp.379 - 390. ⟨10.1016/j.compbiolchem.2018.03.015⟩

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titre

On the Maximum Colorful Arborescence Problem and Color Hierarchy Graph Structure

article

Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching -- CPM 2018, Jul 2018, Qingdao, China

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titre

The S-labeling problem: An algorithmic tour

article

Discrete Applied Mathematics, 2018, 246, pp.49-61. ⟨10.1016/j.dam.2017.07.036⟩

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titre

Sorting signed circular permutations by super short operations

article

Algorithms for Molecular Biology, 2018, 13 (1), ⟨10.1186/s13015-018-0131-6⟩

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2017

titre

Sorting permutations by prefix and suffix rearrangements

article

Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2017, 15 (1), pp.1-46. ⟨10.1142/S0219720017500020⟩

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titre

Odd Gossiping

article

Discrete Applied Mathematics, 2017, 216, pp.550-561. ⟨10.1016/j.dam.2016.01.034⟩

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titre

Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes

article

Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12, 16 (11 p.). ⟨10.1186/s13015-017-0107-y⟩

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titre

SpecOMS: A Full Open Modification Search Method Performing All-to-All Spectra Comparisons within Minutes

article

Journal of Proteome Research, 2017, 16 (8), pp.3030-3038. ⟨10.1021/acs.jproteome.7b00308⟩

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titre

Beyond Adjacency Maximization: Scaffold Filling for New String Distances

article

28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 2017, Warsaw, Poland. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2017.27⟩

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titre

Algorithmic Aspects of the Maximum Colorful Arborescence Problem

article

Theory and Applications of Models of Computation - 14th Annual Conference, Apr 2017, Berne, Switzerland. pp.216-230, ⟨10.1007/978-3-319-55911-7_16⟩

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2016

titre

Decomposing Cubic Graphs into Connected Subgraphs of Size Three

article

The 22nd International Computing and Combinatorics Conference (COCOON), Aug 2016, Ho Chi Minh City, Vietnam. ⟨10.1007/978-3-319-42634-1_32⟩

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titre

Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space

article

BMC Bioinformatics, 2016, 17 (Suppl 14), 426 (7 p.). ⟨10.1186/s12859-016-1264-6⟩

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titre

Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions

article

WABI 2016, 2016, Aarhus, Denmark. pp.162-173

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titre

Algorithmic Aspects in Information and Management 11th International Conference, AAIM 2016, Bergamo, Italy, July 18-20, 2016, Proceedings

article

2016

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titre

Graph Motif Problems Parameterized by Dual

article

27th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2016, Tel-Aviv, France

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titre

(Prefix) reversal distance for (signed) strings with few blocks or small alphabets

article

Journal of Discrete Algorithms, 2016, 37, pp.44-55. ⟨10.1016/j.jda.2016.05.002⟩

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titre

SpecTrees: An efficient without a priori data structure for MS/MS spectra identification

article

16th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), Aug 2016, Aarhus, Denmark. 12 p., ⟨10.1007/978-3-319-43681-4_6⟩

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2015

titre

Approximation algorithms for sorting by length-weighted prefix and suffix operations

article

Theoretical Computer Science, 2015, 593, pp.26-41. ⟨10.1016/j.tcs.2015.05.039⟩

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titre

Finding Supported Paths in Heterogeneous Networks

article

Algorithms, 2015, ⟨10.3390/a8040810⟩

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titre

Path-Driven Orientation of Mixed Graphs

article

Discrete Applied Mathematics, 2015, 181, pp.98-108. ⟨10.1016/j.dam.2014.10.016⟩

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titre

Hybrid de novo tandem repeat detection using short and long reads

article

BMC Medical Genomics, 2015, 8 (Suppl 3), pp.S5. ⟨10.1186/1755-8794-8-S3-S5⟩

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titre

Prefix and Suffix Reversals on Strings

article

22nd International Symposiumon String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2015), Sep 2015, London, United Kingdom. pp.1-12, ⟨10.1007/978-3-319-23826-5_17⟩

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titre

Pancake Flipping Is Hard

article

Journal of Computer and System Sciences, 2015, 81 (8), pp.1556-1574. ⟨10.1016/j.jcss.2015.02.003⟩

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titre

Algorithmic aspects of the S-Labeling problem

article

26th International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2015), Oct 2015, Verona, Italy. pp.173-184

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titre

Towards an Algorithmic Guide to Spiral Galaxies

article

Theoretical Computer Science, 2015, pp.26-39. ⟨10.1016/j.tcs.2015.01.051⟩

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titre

Some algorithmic results for [2]-sumset covers

article

Information Processing Letters, 2015, 115 (1), pp.1-5

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titre

Obtaining a Triangular Matrix by Independent Row-Column Permutations

article

26th International Symposium on Algorithms and Computation, Dec 2015, Nagoya, France. ⟨10.1007/978-3-662-48971-0_15⟩

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2014

titre

DExTaR: Detection of Exact Tandem Repeats based on the de Bruijn graph

article

IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM 2014), Nov 2014, Belfast, Ireland. pp.90-93, ⟨10.1109/BIBM.2014.6999134⟩

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titre

Towards an Algorithmic Guide to Spiral Galaxies

article

Seventh International Conference on FUN WITH ALGORITHMS (FUN 2014), Jul 2014, Lipari, Italy. pp.171-182, ⟨10.1007/978-3-319-07890-8_15⟩

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titre

Reversal Distances for Strings with Few Blocks or Small Alphabets

article

25th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2014), Jun 2014, Moscou, Russia. pp.50-59, ⟨10.1007/978-3-319-07566-2_6⟩

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2013

titre

Maximal Strip Recovery Problem with Gaps: Hardness and Approximation Algorithms

article

Journal of Discrete Algorithms, 2013, 19, pp.1-22

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titre

Revisiting the Minimum Breakpoint Linearization Problem Theoretical Computer Science

article

Theoretical Computer Science, 2013, 494, pp.122-133

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titre

A Fixed-Parameter Algorithm for Minimum Common String Partition with Few Duplications

article

13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013), Sep 2013, Nice, France. pp.244-258, ⟨10.1007/978-3-642-40453-5_19⟩

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titre

Finding Approximate and Constrained Motifs in Graphs

article

Theoretical Computer Science, 2013, 483 (-), pp.10-21. ⟨10.1016/j.tcs.2012.08.023⟩

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2012

titre

Tractability and approximability of maximal strip recovery

article

Theoretical Computer Science, 2012, 440-441, pp.14-28. ⟨10.1016/j.tcs.2012.04.034⟩

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titre

Algorithms for subnetwork mining in heterogeneous networks

article

11th Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2012), Jun 2012, Bordeaux, France. pp.184-194

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titre

On the Complexity of two Problems on Orientations of Mixed Graphs

article

In Proc. 5èmes Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2012), Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170

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titre

Pancake Flipping is Hard

article

37th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2012), Aug 2012, Bratislava, Slovakia. pp.247-258

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titre

Sorting by Transpositions is Difficult

article

SIAM Journal on Discrete Mathematics, 2012, 26 (3), pp.1148-1180. ⟨10.1137/110851390⟩

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2011

titre

Algorithmic Aspects of Heterogeneous Biological Networks Comparison

article

COCOA 2011, 2011, Zhangjiajie, China. pp.272-286, ⟨10.1007/978-3-642-22616-8_22⟩

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titre

Computing Genomic Distances: An Algorihtmic Viewpoint

article

Wiley Science. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley Science, pp.773-798, 2011, ⟨10.1002/9780470892107.ch34⟩

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titre

Finding Approximate and Constrained Motifs in Graphs

article

CPM 2011, 2011, Palermo, Italy. pp.388-401, ⟨10.1007/978-3-642-21458-5_33⟩

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titre

Integration of omics data to investigate common intervals

article

1st International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2011), 2011, Singapore, Singapore. pp.101-105

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titre

Sorting by Transpositions is Difficult

article

38th International Colloquium on Automata, Languages and Programming (ICALP 2011), 2011, Zürich, Switzerland. pp.654-665

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titre

Upper and lower bounds for finding connected motifs in vertex-colored graphs

article

Journal of Computer and System Sciences, 2011, 77 (4), pp.799-811. ⟨10.1016/j.jcss.2010.07.003⟩

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titre

Tractability and Approximability of Maximal Strip Recovery

article

22nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2011), 2011, Palermo, Italy. pp.336-349

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titre

Complexity issues in Vertex-Colored Graph Pattern Matching

article

Journal of Discrete Algorithms, 2011, 9 (1), pp.82-99. ⟨10.1016/j.jda.2010.09.002⟩

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2010

titre

Finding Common Structured Patterns in Linear Graphs

article

Theoretical Computer Science, 2010, 411 (26-28), pp.2475-2486. ⟨10.1016/j.tcs.2010.02.017⟩

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titre

Revisiting the Minimum Breakpoint Linearization Problem

article

7th Annual Conference on Theory and Applications of Models of Computation (TAMC 2010), Jun 2010, Prague, France. pp.163-174

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titre

Proper Alignment of MS/MS Spectra from Unsequenced Species

article

11th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BIOCOMP 2010), Sep 2010, Las Vegas, United States. pp.766-772, ⟨10.1007/978-3-642-03223-3_3⟩

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2009

titre

Finding Occurrences of Protein Complexes in Protein-Protein Interaction Graphs

article

Journal of Discrete Algorithms, 2009, 7 (1), pp.90-101

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titre

Comparison of Spectra in Unsequenced Species

article

4th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2009), 2009, Porto Alegre, Brazil. pp.24-35, ⟨10.1007/978-3-642-03223-3_3⟩

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titre

Comparing Bacterial Genomes by Searching their Common Intervals

article

1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB 2009), 2009, New Orleans, United States. pp.102-113, ⟨10.1007/978-3-642-00727-9_12⟩

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titre

Pseudo-Boolean Programming for Partially Ordered Genomes

article

RECOMB-CG 2009, Sep 2009, Budapest, Hungary. pp.126-137, ⟨10.1007/978-3-642-04744-2_11⟩

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titre

The Exemplar Breakpoint Distance for non-trivial genomes cannot be approximated

article

WALCOM 2009, 2009, Kolkata, India. pp.357-368

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titre

On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates

article

Journal of Graph Algorithms and Applications, 2009, 13 (1), pp.19-53

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titre

On the S-labeling Problem

article

Proc. 5th Euroconference on Combinatorics, Graph Theory and Applications (EUROCOMB 2009), 2009, Bordeaux, France. pp.273-277

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titre

On Finding Small 2-Generating Sets

article

COCOON 2009, 2009, Niagara Falls, United States. pp.378-387, ⟨10.1007/978-3-642-02882-3_38⟩

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titre

Maximal Strip Recovery Problem with Gaps: Hardness and Approximation Algorithms

article

ISAAC 2009 (20th International Symposium on Algorithms and Computation), 2009, Hawaii, United States. pp.710-719

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titre

Combinatorics of Genome Rearrangements

article

MIT Press, pp.312, 2009, Computational Molecular Biology, 978-0-262-06282-4

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titre

Maximum Motif Problem in Vertex-Colored Graphs

article

20th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2009), 2009, Lille, France. pp.221-235, ⟨10.1007/978-3-642-02441-2_20⟩

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2008

titre

On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates

article

2nd Workshop on Algorithms and Computation (WALCOM 2008), 2008, Dhaka, Bangladesh. pp.34-45

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titre

Efficient Tools for Computing the Number of Breakpoints and the Number of Adjacencies between two Genomes with Duplicate Genes

article

Journal of Computational Biology, 2008, 15 (8), pp.1093-1115. ⟨10.1089/cmb.2008.0061⟩

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titre

Fixed-Parameter Algorithms For Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints

article

Journal of Discrete Algorithms, 2008, 6 (4), pp.618-626

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titre

Vertex labeling and routing in expanded Apollonian networks

article

Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2008, 41 (3), pp.035004

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titre

Acyclic Coloring of Graphs of Maximum Degree Five: Nine Colors are Enough

article

Information Processing Letters, 2008, 105 (2), pp.65-72

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titre

On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates

article

2008

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2007

titre

Comparing RNA Structures: Towards an Intermediate Model Between the EDIT and the LAPCS Problems

article

Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2007), Aug 2007, Angra dos Reis, Brazil. pp.101-112

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Sharp Tractability Borderlines for Finding Connected Motifs in Vertex-Colored Graphs

article

34th International Colloquium on Automata, Languages and Programming (ICALP 2007), 2007, Wroclaw, Poland. pp.340-351

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Extending the Hardness of RNA Secondary Structure Comparison

article

1st International Symposium on Combinatorics, Algorithms, Probabilistic and Experimental Methodologies (ESCAPE 2007), Apr 2007, Hangzhou, China. pp.140-151

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A Pseudo-Boolean programming approach for computing the breakpoint distance between two genomes with duplicate genes

article

5th RECOMB Comparative Genomics Satellite Workshop (RECOMB-CG 2007), 2007, San Diego, United States. pp.16-29

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How Pseudo-Boolean Programming can help Genome Rearrangement Distance Computation

article

4th RECOMB Comparative Genomics Satellite Workshop (RECOMB-CG 2006), 2007, Montréal, Canada. pp.75-86

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L(p,q) labeling of d-Dimensional Grids

article

Discrete Mathematics, 2007, 307 (16), pp.2132-2140

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L(p,q) labeling of d-dimensional grids

article

Discrete Mathematics, 2007, 307 (16), pp.2132-2140

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Extracting Constrained 2-Interval Subsets in 2-Interval Sets

article

Theoretical Computer Science, 2007, 385 (1-3), pp.241-263

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Common Structured Patterns in Linear Graphs: Approximations and Combinatorics

article

18th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2007), 2007, London, Canada. pp.214-252

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A General Framework for Computing Rearrangement Distances between Genomes with Duplicates

article

Journal of Computational Biology, 2007, 14 (4), pp.379-393. ⟨10.1089/cmb.2007.A001⟩

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Weak pattern matching in colored graphs: Minimizing the number of connected components

article

10th Italian Conference on Theoretical Computer Science (ICTCS 2007), 2007, Rome, Italy. pp.27-38

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Exemplar Longest Common Subsequence

article

ACM Transactions on Computational Logic, 2007, 4 (4), pp.535-543

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Comparing Genomes with Duplications: a Computational Complexity Point of View

article

ACM Transactions on Computational Logic, 2007, 4 (4), pp.523-534. ⟨10.1109/TCBB.2007.1069⟩

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On the Approximability of Comparing Genomes with Duplicates

article

2007

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2006

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Exemplar Longest Common Subsequences

article

Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA), 2006, United States. pp.622-629

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High dimensional Apollonian networks

article

Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2006, 39, pp.1811-1818

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How Pseudo-boolean Programming Can Help Genome Rearrangement Distance Computation

article

4thAnnual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'06), 2006, Montreal, Canada, Canada. pp.75-86

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Genomes containing duplicates are hard to compare

article

Proc Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA), 2006, Reading, UK, United Kingdom. pp.783-790

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Exemplar Longest Common Subsequence (extended abstract)

article

International Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA 2006), May 2006, Reading, United Kingdom. pp.622-629

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New Bounds for the L(h,k) Number of Regular Grids

article

International Journal of Mobile Network Design and Innovation, 2006, 1 (2), pp.92-101

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New Bounds for the L(h, k) Number of Regular Grids

article

2006

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Genomes containing Duplicates are Hard to compare

article

International Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA 2006), 2006, Reading, United Kingdom. pp.783-790

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2005

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Genes Order and Phylogenetic Reconstruction: Application to $\gamma$-Proteobacteria

article

3rd Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics (RECOMB-CG'05), Sep 2005, Dublin, Ireland, Ireland. pp.11-20

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Fixed-Parameter Algorithms for Protein Similarity Search Under mRNA Structure Constraints

article

31st International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science (WG'05), Jun 2005, Metz, France, France. pp.271-282

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What Makes the Arc-Preserving Subsequence Problem Hard?

article

5th Int. Workshop on Bioinformatics Research and Applications (IWBRA'05), May 2005, Atlanta, GA, USA, United States. pp.860-868

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Acyclic Coloring of Graphs of Maximum Degree $\Delta$

article

2005 European Conference on Combinatorics, Graph Theory and Applications (EuroComb '05), 2005, Berlin, Germany. pp.389-396, ⟨10.46298/dmtcs.3450⟩

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What makes the Arc-Preserving Subsequence problem hard ?

article

LNCS Transactions on Computational Systems Biology, 2005, 2, pp.1-36

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Finding Exact and Maximum Occurrences of Protein Complexes in Protein-Protein Interaction Graphs

article

30th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS'05), 2005, Gdansk, Poland, Poland. pp.328-339

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2004

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The breakpoint distance for signed sequences

article

1st Conference on Algorithms and Computational Methods for biochemical and Evolutionary Networks (CompBioNets'04), Dec 2004, Recife, Brazil, Brazil. pp.3-16

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New Results for the 2-Interval Pattern Problem

article

15th Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM'04), Jul 2004, Istanbul, Turkey, Turkey. pp.311-322

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Star Coloring of Graphs

article

Journal of Graph Theory, 2004, 47 (3), pp.163-182

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On Maximal Instances for the Original Syntenic Distance

article

Theoretical Computer Science, 2004, 326, pp.29-43

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A Survey of Knödel Graphs

article

Discrete Applied Mathematics, 2004, 137 (2), pp.173-195

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titre

No-Hole L(p,0)-Labelling of Cycles, Grids and Hypercubes

article

11th International Colloquium on Structural Information & Communication Complexity (SIROCCO 2004), Jun 2004, Smolenice, Slovakia. pp.138-148

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titre

Pattern Matching in Arc-Annotated Sequences: New Results for the APS Problem

article

5th Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'04), 2004, Montréal, Quebec, Canada. 12 pp

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2003

titre

Factor d-Domatic Colorings of Graphs

article

Discrete Mathematics, 2003, 262 (1--3), pp.17--25

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titre

On the oriented chromatic number of grids

article

Information Processing Letters, 2003, 85 (5), pp.261-266

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A Survey on Knödel Graphs

article

Discrete Applied Mathematics, 2003, 137 (2), pp.173--195

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2002

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Minimum feedback vertex set and acyclic coloring

article

Information Processing Letters, 2002, 84 (3), pp.131-139

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2001

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Routing permutations and 2-1 routing requests in the hypercube

article

Discrete Applied Mathematics, 2001, 113, pp.43-58

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titre

Routing Permutations and 2-1 Routing Requests in the Hypercube

article

Discrete Applied Mathematics, 2001, 113 (1), pp.43--58

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2000

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A Study of Minimum Gossip Graphs

article

Discrete Mathematics, 2000, 215 (1--3), pp.33--57

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Compounding of Gossip Graphs

article

Networks, 2000, 36 (2), pp.126--137

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titre

On the Structure of Minimum Broadcast Digraphs

article

Theoretical Computer Science, 2000, 245 (2), pp.203--216

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1999

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Routing permutations in the hypercube

article

International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science WG'99, Jun 1999, Ascona, Switzerland. pp.179-190

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