2022
Journal articles
- titre
- Porechop_ABI: discovering unknown adapters in Oxford Nanopore Technology sequencing reads for downstream trimming
- auteur
- Quentin Bonenfant, Laurent Noé, Hélène Touzet
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, 3 (1), pp.vbac085. ⟨10.1093/bioadv/vbac085⟩
- identifiant
- hal-03932719
- DOI
- DOI : 10.1093/bioadv/vbac085
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-
Book sections
- titre
- Sequence Alignment
- auteur
- Laurent Noé
- article
- From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, 3, Wiley, 2022, 9781789450668. ⟨10.1002/9781394169641.ch3⟩
- identifiant
- hal-04304829
- DOI
- DOI : 10.1002/9781394169641.ch3
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Porechop_ABI: discovering unknown adapters in ONT sequencing reads for downstream trimming
- auteur
- Quentin Bonenfant, Laurent Noé, Hélène Touzet
- article
- 2022
- identifiant
- hal-03865464
- DOI
- DOI : 10.1101/2022.07.07.499093
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-
2020
Journal articles
- titre
- Minimally-overlapping words for sequence similarity search
- auteur
- Martin Frith, Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- Bioinformatics, 2020, ⟨10.1093/bioinformatics/btaa1054⟩
- identifiant
- hal-03087470
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa1054
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-
- titre
- Iterative Spaced Seed Hashing: Closing the Gap Between Spaced Seed Hashing and k -mer Hashing
- auteur
- Enrico Petrucci, Laurent Noé, Cinzia Pizzi, Matteo Comin
- article
- Journal of Computational Biology, 2020, 27 (2), pp.223-233. ⟨10.1089/cmb.2019.0298⟩
- identifiant
- hal-02910076
- DOI
- DOI : 10.1089/cmb.2019.0298
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-
Software
- titre
- IEDERA
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov, Mikhail A. Roytberg
- article
- 2020, ⟨swh:1:dir:096848adb8eddbc81bca435021c048eccdae047f⟩
- identifiant
- hal-04441747
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-
- titre
- Porechop_ABI
- auteur
- Quentin Bonenfant, Laurent Noé, Hélène Touzet
- article
- 2020, ⟨swh:1:dir:0f3941e6a5eff88655189dc1879650a85ecb22c0;origin=https://github.com/bonsai-team/Porechop_ABI;visit=swh:1:snp:5b8452d627bc6b045f99ba265dc36877edb019ea;anchor=swh:1:rev:0bc9f17f31d4ec1dcbab4796871cc09324cc143b⟩
- identifiant
- hal-04490240
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-
- titre
- YASS
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov, Mikhail A. Roytberg
- article
- 2020, ⟨swh:1:dir:aeee896f28cf5f2e6c073a73149b6a96a0203bbf;origin=https://github.com/laurentnoe/yass;visit=swh:1:snp:9cc3111d8db5fae79cfc5be5fb2de79baba1d2a8;anchor=swh:1:rev:7d8633b8937407b91576ef8297ff6d3777b4aacb⟩
- identifiant
- hal-04441721
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Minimally-overlapping words for sequence similarity search
- auteur
- Martin Frith, Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- 2020
- identifiant
- hal-03049398
- DOI
- DOI : 10.1101/2020.07.24.220616
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-
2019
Conference papers
- titre
- Iterative Spaced Seed Hashing: Closing the Gap Between Spaced Seed Hashing and k-mer Hashing
- auteur
- Enrico Petrucci, Laurent Noé, Cinzia Pizzi, Matteo Comin
- article
- 15th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA), Jun 2019, Barcelona, Spain. pp.208-219, ⟨10.1007/978-3-030-20242-2_18⟩
- identifiant
- hal-02146404
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-030-20242-2_18
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-
2018
Journal articles
- titre
- DiNAMO: highly sensitive DNA motif discovery in high-throughput sequencing data
- auteur
- Chadi Saad, Laurent Noé, Hugues Richard, Julie Leclerc, Marie-Pierre Buisine, Hélène Touzet, Martin Figeac
- article
- BMC Bioinformatics, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s12859-018-2215-1⟩
- identifiant
- hal-01881466
- DOI
- DOI : 10.1186/s12859-018-2215-1
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-
2017
Journal articles
- titre
- Best hits of 11110110111: model-free selection and parameter-free sensitivity calculation of spaced seeds
- auteur
- Laurent Noé
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), ⟨10.1186/s13015-017-0092-1⟩
- identifiant
- hal-01467970
- DOI
- DOI : 10.1186/s13015-017-0092-1
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-
- titre
- Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
- auteur
- Donald E. K. Martin, Laurent Noé
- article
- Annals of the Institute of Statistical Mathematics, 2017, 69 (1), pp.231--248. ⟨10.1007/s10463-015-0540-y⟩
- identifiant
- hal-01237045
- DOI
- DOI : 10.1007/s10463-015-0540-y
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-
Conference papers
- titre
- DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors
- auteur
- Chadi Saad, Laurent Noé, Hugues Richard, Julie Leclerc, Marie-Pierre Buisine, Helene Touzet, Martin Figeac
- article
- JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
- identifiant
- hal-01574630
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-
2015
Journal articles
- titre
- Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers
- auteur
- Yoann Dufresne, Laurent Noé, Valérie Leclère, Maude Pupin
- article
- Journal of Cheminformatics, 2015, 7, ⟨10.1186/s13321-015-0111-5⟩
- identifiant
- hal-01250619
- DOI
- DOI : 10.1186/s13321-015-0111-5
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-
- titre
- Norine, the knowledgebase dedicated to non-ribosomal peptides, is now open to crowdsourcing
- auteur
- Areski Flissi, Yoann Dufresne, Juraj Michalik, Laurie Tonon, Stéphane Janot, Laurent Noé, Philippe Jacques, Valérie Leclère, Maude Pupin
- article
- Nucleic Acids Research, 2015, ⟨10.1093/nar/gkv1143⟩
- identifiant
- hal-01235996
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkv1143
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-
Book sections
- titre
- Deciphering metatranscriptomic data
- auteur
- Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Corinne da Silva, Jean-Frédéric Berthelot, Adriana A. Alberti, Jean-Marc Aury, Helene Touzet
- article
- Methods in Molecular Biology, 1269, Springer, pp.279-291, 2015, RNA Bioinformatics, 978-1-4939-2290-1. ⟨10.1007/978-1-4939-2291-8_17⟩
- identifiant
- hal-01104015
- DOI
- DOI : 10.1007/978-1-4939-2291-8_17
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-
2014
Journal articles
- titre
- A Coverage Criterion for Spaced Seeds and Its Applications to Support Vector Machine String Kernels and $k$-Mer Distances
- auteur
- Laurent Noé, Donald E. K. Martin
- article
- Journal of Computational Biology, 2014, 21 (12), pp.28. ⟨10.1089/cmb.2014.0173⟩
- identifiant
- hal-01083204
- DOI
- DOI : 10.1089/cmb.2014.0173
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-
- titre
- Improved search heuristics find 20 000 new alignments between human and mouse genomes.
- auteur
- Martin Frith, Laurent Noé
- article
- Nucleic Acids Research, 2014, 42 (7), pp.e59. ⟨10.1093/nar/gku104⟩
- identifiant
- hal-00958207
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gku104
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-
Conference papers
- titre
- SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation
- auteur
- Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Pierre Pericard, Mikaël Salson, Hélène Touzet
- article
- Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
- identifiant
- hal-01094011
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-
2013
Conference papers
- titre
- Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
- auteur
- Yoann Dufresne, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Laurent Noé, Maude Pupin
- article
- JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150
- identifiant
- hal-00843827
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-
2012
Journal articles
- titre
- SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.
- auteur
- Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Héléne Touzet
- article
- Bioinformatics, 2012, 28 (24), pp.3211-3217. ⟨10.1093/bioinformatics/bts611⟩
- identifiant
- hal-00748990
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/bts611
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-
- titre
- Efficient alternatives to PSI-BLAST
- auteur
- Michal Startek, Slawomir Lasota, Maciej Sykulski, Adam Bulak, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Anna Gambin
- article
- Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences, 2012, 60 (3), pp.495-505. ⟨10.2478/v10175-012-0063-0⟩
- identifiant
- hal-00749016
- DOI
- DOI : 10.2478/v10175-012-0063-0
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis
- auteur
- Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Helene Touzet
- article
- JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France
- identifiant
- hal-00763792
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-
2011
Conference papers
- titre
- Subset seed extension to Protein BLAST
- auteur
- Anna Gambin, Slawomir Lasota, Michal Startek, Maciej Sykulski, Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. pp.149-158, ⟨10.5220/0003147601490158⟩
- identifiant
- inria-00609791
- DOI
- DOI : 10.5220/0003147601490158
- Accès au bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations
- auteur
- Marta Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2010, 5 (1), pp.6. ⟨10.1186/1748-7188-5-6⟩
- identifiant
- hal-00784444
- DOI
- DOI : 10.1186/1748-7188-5-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Designing Efficient Spaced Seeds for SOLiD Read Mapping.
- auteur
- Laurent Noé, Marta Gîrdea, Gregory Kucherov
- article
- Advances in Bioinformatics, 2010, ⟨10.1155/2010/708501⟩
- identifiant
- inria-00527029
- DOI
- DOI : 10.1155/2010/708501
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Seed design framework for mapping SOLiD reads
- auteur
- Laurent Noé, Marta L. Gîrdea, Gregory Kucherov
- article
- RECOMB, Aug 2010, Lisbon, Portugal. pp.384-396, ⟨10.1007/978-3-642-12683-3_25⟩
- identifiant
- inria-00484642
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-642-12683-3_25
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2009
Journal articles
- titre
- On subset seeds for protein alignment
- auteur
- Mikhail A. Roytberg, Anna Gambin, Laurent Noé, Slawomir Lasota, Eugenia Furletova, Ewa Szczurek, Gregory Kucherov
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 6 (3), pp.483-494. ⟨10.1109/TCBB.2009.4⟩
- identifiant
- inria-00354773
- DOI
- DOI : 10.1109/TCBB.2009.4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Back-translation for discovering distant protein homologies
- auteur
- Marta L. Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. pp.108-120, ⟨10.1007/978-3-642-04241-6_10⟩
- identifiant
- inria-00448741
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-642-04241-6_10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improved sensitivity and reliability of anchor based genome alignment
- auteur
- Raluca Uricaru, Célia Michotey, Laurent Noé, Helene H. Chiapello, Eric Rivals
- article
- JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie Informatique Mathématiques2009 - Nantes :, Jun 2009, Nantes, France. 259 p
- identifiant
- hal-02751358
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome Alignment
- auteur
- Raluca Uricaru, Célia Michotey, Laurent Noé, Hélène Chiapello, Eric Rivals
- article
- JOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36
- identifiant
- lirmm-00407215
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2008
Journal articles
- titre
- Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
- auteur
- Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩
- identifiant
- inria-00340510
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2105-9-534
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Efficient seeding techniques for protein similarity search
- auteur
- Mihkail Roytberg, Anna Gambin, Laurent Noé, Slawomir Lasota, Eugenia Furletova, Ewa Szczurek, Gregory Kucherov
- article
- Proceedings of the 2nd International Conference BIRD, Jul 2008, Vienna, Austria. pp.466-478, ⟨10.1007/978-3-540-70600-7⟩
- identifiant
- inria-00335564
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-540-70600-7
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2007
Journal articles
- titre
- Reconsidering the significance of genomic word frequencies.
- auteur
- Miklós Csűrös, Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- Trends in Genetics, 2007, 23 (11), pp.543-6. ⟨10.1016/j.tig.2007.07.008⟩
- identifiant
- inria-00448737
- DOI
- DOI : 10.1016/j.tig.2007.07.008
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
- auteur
- Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
- article
- Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland
- identifiant
- inria-00178325
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Subset seed automaton
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mihkail Roytberg
- article
- CIAA 2007, Jul 2007, Prague, Czech Republic. pp.180-191, ⟨10.1007/978-3-540-76336-9_18⟩
- identifiant
- inria-00170414
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-540-76336-9_18
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2006
Journal articles
- titre
- A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds.
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mihkail Roytberg
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2006, 4 (2), pp.553-69. ⟨10.1142/S0219720006001977⟩
- identifiant
- hal-00018114
- DOI
- DOI : 10.1142/S0219720006001977
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2005
Journal articles
- titre
- YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search.
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- Nucleic Acids Research, 2005, 33 (Web Server issue), pp.W540-W543. ⟨10.1093/nar/gki478⟩
- identifiant
- inria-00448742
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gki478
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multiseed Lossless Filtration
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail A. Roytberg
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2005, 2 (1), pp.51-61. ⟨10.1109/TCBB.2005.12⟩
- identifiant
- inria-00354810
- DOI
- DOI : 10.1109/TCBB.2005.12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multi-seed lossless filtration
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2005, 2 (1), pp.51--61. ⟨10.1109/TCBB.2005.12⟩
- identifiant
- inria-00000718
- DOI
- DOI : 10.1109/TCBB.2005.12
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles
- auteur
- Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier
- article
- MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37
- identifiant
- inria-00001036
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds (Extended abstract)
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
- article
- WABI, 2005, Majorca/Spain, Spain
- identifiant
- inria-00001164
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Recherche de similarités dans les séquences d'ADN : modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces
- auteur
- Laurent Noé
- article
- Autre [cs.OH]. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2005. Français. ⟨NNT : 2005NAN10118⟩
- identifiant
- tel-01748141
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2004
Journal articles
- titre
- Improved hit criteria for DNA local alignment.
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- BMC Bioinformatics, 2004, 5 (149), pp.1-9. ⟨10.1186/1471-2105-5-149⟩
- identifiant
- inria-00448743
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2105-5-149
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Multi-seed lossless filtration (Extended abstract)
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail A. Roytberg
- article
- Proceedings of the 15th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching - CPM'2004, Jul 2004, Istambul, Turkey. pp.297-310, ⟨10.1007/11557067_21⟩
- identifiant
- inria-00001162
- DOI
- DOI : 10.1007/11557067_21
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Yann Ponty
- article
- 4th Symposium on Bioinformatics and bioengineering - BIBE'2004, May 2004, Taichung, Taiwan. pp.387-394, ⟨10.1109/BIBE.2004.1317369⟩
- identifiant
- inria-00001163
- DOI
- DOI : 10.1109/BIBE.2004.1317369
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Computer analysis of multiple repeats in bacteria
- auteur
- Alexey Vitreschak, Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- The fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure - BGRS'2004, 2004, Novosibirsk, Russia, 5 p
- identifiant
- inria-00100088
- Accès au bibtex
-
- titre
- Improved hit criteria for DNA local alignment
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- Proceedings of the 5th Open Days in Biology, Computer Science and Mathematics - JOBIM'2004, 2004, Montreal, Canada, 11 p
- identifiant
- inria-00099999
- Accès au bibtex
-
- titre
- YASS : Enhancing the sensitivity of DNA similarity search
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- Proceedings of the 4th International conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure - BGRS'2004, Institute of Cytology and Genetics, 2004, Novosibirsk, Russia, pp.289-292
- identifiant
- inria-00100004
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
- article
- [Research Report] RR-5374, INRIA. 2004, pp.21
- identifiant
- inria-00070629
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2003
Conference papers
- titre
- YASS : similarity search in DNA sequences
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé
- article
- The Seventh Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology - RECOMB'03, Apr 2003, Berlin, Germany, 1 p
- identifiant
- inria-00099599
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- YASS: Similarity search in DNA sequences
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- [Research Report] RR-4852, INRIA. 2003, pp.20
- identifiant
- inria-00071731
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments
- auteur
- Gregory Kucherov, Laurent Noé, Yann Ponty
- article
- [Research Report] RR-5047, INRIA. 2003, pp.17
- identifiant
- inria-00071536
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2002
Conference papers
- titre
- A new method of finding similarity regions in DNA sequences
- auteur
- Laurent Noé, Gregory Kucherov
- article
- European Conference on Computational Biology - ECCB'2002, Oct 2002, Saarbrücken, Germany, pp.173-174
- identifiant
- inria-00100859
- Accès au bibtex
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Reports
- titre
- Recherche de répétitions distantes dans les séquences
- auteur
- Laurent Noé
- article
- [Stage] A02-R-296 || noe02b, 2002, 30 p
- identifiant
- inria-00100902
- Accès au bibtex
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