Publications HAL de Laurent,Noé

2017

Journal articles

titre
Best hits of 11110110111: model-free selection and parameter-free sensitivity calculation of spaced seeds
auteur
Laurent Noé
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2017, 12 (1), 〈10.1186/s13015-017-0092-1〉
identifiant
hal-01467970
DOI
DOI : 10.1186/s13015-017-0092-1
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titre
Faster exact distributions of pattern statistics through sequential elimination of states
auteur
Donald E. K. Martin, Laurent Noé
article
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2017, 69 (1), pp.231--248. 〈10.1007/s10463-015-0540-y〉
identifiant
hal-01237045
DOI
DOI : 10.1007/s10463-015-0540-y
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Poster communications

titre
DiNAMO: Exact method for degenerate IUPAC motifs discovery, characterization of sequence-specific errors
auteur
Chadi Saad, Laurent Noé, Hugues Richard, Julie Leclerc, Marie-Pierre Buisine, Helene Touzet, Martin Figeac
article
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. 2017
identifiant
hal-01574630
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2015

Journal articles

titre
Smiles2Monomers: a link between chemical and biological structures for polymers
auteur
Yoann Dufresne, Laurent Noé, Valérie Leclère, Maude Pupin
article
Journal of Cheminformatics, 2015, 〈10.1186/s13321-015-0111-5〉
identifiant
hal-01250619
DOI
DOI : 10.1186/s13321-015-0111-5
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https://hal.inria.fr/hal-01250619/file/s13321-015-0111-5.pdf BibTex
titre
Norine, the knowledgebase dedicated to non-ribosomal peptides, is now open to crowdsourcing
auteur
Areski Flissi, Yoann Dufresne, Juraj Michalik, Laurie Tonon, Stéphane Janot, Laurent Noé, Philippe Jacques, Valérie Leclère, Maude Pupin
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C - Option B, 2015, 〈10.1093/nar/gkv1143〉
identifiant
hal-01235996
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkv1143
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01235996/file/Nucl.%20Acids%20Res.-2015-Flissi-nar_gkv1143.pdf BibTex

Book sections

titre
Deciphering metatranscriptomic data
auteur
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Corinne Da Silva, Jean-Frédéric Berthelot, Adriana A. Alberti, Jean-Marc Aury, Helene Touzet
article
Methods in Molecular Biology, 1269, Springer, pp.279-291, 2015, RNA Bioinformatics, 978-1-4939-2290-1. 〈10.1007/978-1-4939-2291-8_17〉
identifiant
hal-01104015
DOI
DOI : 10.1007/978-1-4939-2291-8_17
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2014

Journal articles

titre
A Coverage Criterion for Spaced Seeds and Its Applications to Support Vector Machine String Kernels and k-Mer Distances
auteur
Laurent Noé, Donald E. K. Martin
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2014, 21 (12), pp.28. 〈http://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/cmb.2014.0173〉. 〈10.1089/cmb.2014.0173〉
identifiant
hal-01083204
DOI
DOI : 10.1089/cmb.2014.0173
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https://hal.inria.fr/hal-01083204/file/coverage-sensitivity.pdf BibTex
titre
Improved search heuristics find 20 000 new alignments between human and mouse genomes.
auteur
Martin Frith, Laurent Noé
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C - Option B, 2014, 42 (7), pp.e59. 〈http://nar.oxfordjournals.org/content/42/7/e59〉. 〈10.1093/nar/gku104〉
identifiant
hal-00958207
DOI
DOI : 10.1093/nar/gku104
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Conference papers

titre
SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation
auteur
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Pierre Pericard, Mikaël Salson, Hélène Touzet
article
Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
identifiant
hal-01094011
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titre
SortMeRNA 2: ribosomal RNA classification for taxonomic assignation
auteur
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Pierre Pericard, Hélène Touzet
article
Bioinformatics for Environmental Genomics, May 2014, Lyon, France. 2014
identifiant
hal-01094029
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2013

Conference papers

titre
Non Ribosomal Peptides : A monomeric puzzle
auteur
Yoann Dufresne, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Laurent Noé, Maude Pupin
article
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. pp.143-150, 2013
identifiant
hal-00843827
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2012

Journal articles

titre
SortMeRNA: Fast and accurate filtering of ribosomal RNAs in metatranscriptomic data.
auteur
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Héléne Touzet
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2012, 28 (24), pp.3211-3217. 〈http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/24/3211.full〉. 〈10.1093/bioinformatics/bts611〉
identifiant
hal-00748990
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/bts611
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titre
Efficient alternatives to PSI-BLAST
auteur
Michal Startek, Slawomir Lasota, Maciej Sykulski, Adam Bulak, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Anna Gambin
article
Bulletin of the Polish Academy of Sciences - Technical sciences, Polish Academy of Sciences, 2012, 60 (3), pp.495-505. 〈http://www.degruyter.com/view/j/bpasts.2012.60.issue-3/v10175-012-0063-0/v10175-012-0063-0.xml〉. 〈10.2478/v10175-012-0063-0〉
identifiant
hal-00749016
DOI
DOI : 10.2478/v10175-012-0063-0
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Conference papers

titre
SortMeRNA: a new software to filter total RNA for metatranscriptomic or RNA analysis
auteur
Evguenia Kopylova, Laurent Noé, Helene Touzet
article
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012
identifiant
hal-00763792
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2011

Conference papers

titre
Subset seed extension to Protein BLAST
auteur
Anna Gambin, Slawomir Lasota, Michal Startek, Maciej Sykulski, Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
Bioinformatics 2011 - International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Jan 2011, Rome, Italy. SciTePress, pp.149-158, 2011, 〈http://www.lifl.fr/~noe/files/pp_BIOSTEC11.pdf〉. 〈10.5220/0003147601490158〉
identifiant
inria-00609791
DOI
DOI : 10.5220/0003147601490158
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2010

Journal articles

titre
Designing Efficient Spaced Seeds for SOLiD Read Mapping.
auteur
Laurent Noé, Marta Gîrdea, Gregory Kucherov
article
Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2010, 〈http://www.hindawi.com/journals/abi/2010/708501.html〉. 〈10.1155/2010/708501〉
identifiant
inria-00527029
DOI
DOI : 10.1155/2010/708501
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BibTex
titre
Back-translation for discovering distant protein homologies in the presence of frameshift mutations
auteur
Marta Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2010, 5 (1), pp.6. 〈http://www.almob.org/content/5/1/6〉. 〈10.1186/1748-7188-5-6〉
identifiant
hal-00784444
DOI
DOI : 10.1186/1748-7188-5-6
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Conference papers

titre
Seed design framework for mapping SOLiD reads
auteur
Laurent Noé, Marta Gîrdea, Gregory Kucherov
article
RECOMB, Aug 2010, Lisbon, Portugal. Springer, 6044, pp.384-396, 2010, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-12683-3_25〉
identifiant
inria-00484642
DOI
DOI : 10.1007/978-3-642-12683-3_25
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2009

Journal articles

titre
On subset seeds for protein alignment
auteur
Mikhail Roytberg, Anna Gambin, Laurent Noé, Slawomir Lasota, Eugenia Furletova, Ewa Szczurek, Gregory Kucherov
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2009, 6 (3), pp.483-494. 〈10.1109/TCBB.2009.4〉
identifiant
inria-00354773
DOI
DOI : 10.1109/TCBB.2009.4
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Conference papers

titre
Back-translation for discovering distant protein homologies
auteur
Marta Gîrdea, Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
the 9th International Workshop in Algorithms in Bioinformatics (WABI), Sep 2009, Philadelphia, United States. 5724, pp.108-120, 2009, Lecture Notes in Computer Science. 〈http://www.springerlink.com/content/3236004m84465n7j/〉. 〈10.1007/978-3-642-04241-6_10〉
identifiant
inria-00448741
DOI
DOI : 10.1007/978-3-642-04241-6_10
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https://hal.inria.fr/inria-00448741/file/patharticle.pdf BibTex
titre
Improved Sensitivity And Reliability Of Anchor Based Genome Alignment
auteur
Raluca Uricaru, Célia Michotey, Laurent Noé, Hélène Chiapello, Eric Rivals
article
Eric Rivals; Irena Rusu. JOBIM'09 : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2009, Nantes, France. pp.31-36, 2009, 〈http://www.jobim2009.fr/〉
identifiant
lirmm-00407215
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00407215/file/jobim26.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2008, 9 (534), 〈10.1186/1471-2105-9-534〉
identifiant
inria-00340510
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-9-534
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https://hal.inria.fr/inria-00340510/file/journal2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Efficient seeding techniques for protein similarity search
auteur
Mihkail Roytberg, Anna Gambin, Laurent Noé, Slawomir Lasota, Eugenia Furletova, Ewa Szczurek, Gregory Kucherov
article
Elloumi, M and K\"ng, J. and Linial, M. and Murphy, R.F. and Schneider, K. and Toma, C. Proceedings of the 2nd International Conference BIRD, Jul 2008, Vienna, Austria. Springer Berlin Heidelberg, 13, pp.466-478, 2008, Communications in Computer and Information Science. 〈10.1007/978-3-540-70600-7〉
identifiant
inria-00335564
DOI
DOI : 10.1007/978-3-540-70600-7
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https://hal.inria.fr/inria-00335564/file/paper.pdf BibTex

2007

Journal articles

titre
Reconsidering the significance of genomic word frequencies.
auteur
Miklós Csűrös, Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
Trends in Genetics, Elsevier, 2007, 23 (11), pp.543-6. 〈http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0168952507002983〉. 〈10.1016/j.tig.2007.07.008〉
identifiant
inria-00448737
DOI
DOI : 10.1016/j.tig.2007.07.008
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https://arxiv.org/pdf/q-bio/0609022 BibTex

Conference papers

titre
Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
auteur
Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
article
Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland. 2007
identifiant
inria-00178325
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https://hal.inria.fr/inria-00178325/file/Lav07cb.pdf BibTex
titre
Subset seed automaton
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mihkail Roytberg
article
CIAA 2007, Jul 2007, Prague, Czech Republic. 4783, pp.180-191, 2007, Lecture Notes in Computer Science. 〈http://www.springerlink.com/content/y824l20554002756/〉. 〈10.1007/978-3-540-76336-9_18〉
identifiant
inria-00170414
DOI
DOI : 10.1007/978-3-540-76336-9_18
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https://hal.inria.fr/inria-00170414/file/main.pdf BibTex

2006

Journal articles

titre
A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds.
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mihkail Roytberg
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, 2006, 4 (2), pp.553-69. 〈10.1142/S0219720006001977〉
identifiant
hal-00018114
DOI
DOI : 10.1142/S0219720006001977
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00018114/file/paper.pdf BibTex

2005

Journal articles

titre
YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search.
auteur
Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C - Option B, 2005, 33 (Web Server issue), pp.W540-3. 〈http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/short/33/suppl_2/W540〉. 〈10.1093/nar/gki478〉
identifiant
inria-00448742
DOI
DOI : 10.1093/nar/gki478
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titre
Multiseed Lossless Filtration
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2005, 2 (1), pp.51-61. 〈10.1109/TCBB.2005.12〉
identifiant
inria-00354810
DOI
DOI : 10.1109/TCBB.2005.12
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https://hal.inria.fr/inria-00354810/file/KucherovNoeRoytberg.pdf BibTex
titre
Multi-seed lossless filtration
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2005, 2 (1), pp.51--61. 〈10.1109/TCBB.2005.12〉
identifiant
inria-00000718
DOI
DOI : 10.1109/TCBB.2005.12
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BibTex
titre
YASS: enhancing the sensitivity of DNA similarity search
auteur
Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press (OUP): Policy C - Option B, 2005, 33 (Web server issue), pp.W540--W543. 〈10.1093/nar/gki478〉
identifiant
inria-00000721
DOI
DOI : 10.1093/nar/gki478
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Conference papers

titre
Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles
auteur
Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier
article
Alexandre Vautier, Sylvie Saget. MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37, 2005
identifiant
inria-00001036
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https://hal.inria.fr/inria-00001036/file/120.pdf BibTex
titre
A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds (Extended abstract)
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
article
WABI, 2005, Majorca/Spain, Spain. 2005
identifiant
inria-00001164
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Theses

titre
Recherche de similarités dans les séquences d'ADN : modèles et algorithmes pour la conception de graines efficaces
auteur
Laurent Noé
article
Autre [cs.OH]. Université Henri Poincaré - Nancy I, 2005. Français
identifiant
tel-00011482
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011482/file/main.pdf BibTex

2004

Journal articles

titre
Improved hit criteria for DNA local alignment.
auteur
Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2004, 5 (149), pp.1-9. 〈http://www.biomedcentral.com/1471-2105/5/149〉. 〈10.1186/1471-2105-5-149〉
identifiant
inria-00448743
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-5-149
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Conference papers

titre
Multi-seed lossless filtration (Extended abstract)
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
article
Suleyman Cenk Sahinalp and S. Muthukrishnan and Ugur Dogrusoz. Proceedings of the 15th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching - CPM'2004, Jul 2004, Istambul, Turkey. Springer Berlin / Heidelberg, 3109, pp.297-310, 2004, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/11557067_21〉
identifiant
inria-00001162
DOI
DOI : 10.1007/11557067_21
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https://hal.inria.fr/inria-00001162/file/pp_CPM04.pdf BibTex
titre
Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Yann Ponty
article
4th Symposium on Bioinformatics and bioengineering - BIBE'2004, May 2004, Taichung, Taiwan. IEEE Computer Society, pp.387-394, 2004, Proceedings of the Fourth IEEE Symposium on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE'04). 〈http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=1317369〉. 〈10.1109/BIBE.2004.1317369〉
identifiant
inria-00001163
DOI
DOI : 10.1109/BIBE.2004.1317369
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https://hal.inria.fr/inria-00001163/file/paper.pdf BibTex
titre
Computer analysis of multiple repeats in bacteria
auteur
Alexey Vitreschak, Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
The fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure - BGRS'2004, 2004, Novosibirsk, Russia, 5 p, 2004
identifiant
inria-00100088
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BibTex
titre
YASS : Enhancing the sensitivity of DNA similarity search
auteur
Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
Proceedings of the 4th International conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure - BGRS'2004, 2004, Novosibirsk, Russia, 2, pp.289-292, 2004
identifiant
inria-00100004
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BibTex
titre
Improved hit criteria for DNA local alignment
auteur
Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
Proceedings of the 5th Open Days in Biology, Computer Science and Mathematics - JOBIM'2004, 2004, Montreal, Canada, 11 p, 2004
identifiant
inria-00099999
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Reports

titre
A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Mikhail Roytberg
article
[Research Report] RR-5374, INRIA. 2004, pp.21
identifiant
inria-00070629
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https://hal.inria.fr/inria-00070629/file/RR-5374.pdf BibTex

2003

Conference papers

titre
YASS : similarity search in DNA sequences
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé
article
The Seventh Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology - RECOMB'03, Apr 2003, Berlin, Germany, 1 p, 2003
identifiant
inria-00099599
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Reports

titre
Estimating seed sensitivity on homogeneous alignments
auteur
Gregory Kucherov, Laurent Noé, Yann Ponty
article
[Research Report] RR-5047, INRIA. 2003, pp.17
identifiant
inria-00071536
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https://hal.inria.fr/inria-00071536/file/RR-5047.pdf BibTex
titre
YASS: Similarity search in DNA sequences
auteur
Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
[Research Report] RR-4852, INRIA. 2003, pp.20
identifiant
inria-00071731
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https://hal.inria.fr/inria-00071731/file/RR-4852.pdf BibTex

2002

Conference papers

titre
A new method of finding similarity regions in DNA sequences
auteur
Laurent Noé, Gregory Kucherov
article
European Conference on Computational Biology - ECCB'2002, Oct 2002, Saarbrücken, Germany, pp.173-174, 2002, European Conference on Computational biology 2002 : Poster Abstract
identifiant
inria-00100859
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Reports

titre
Recherche de répétitions distantes dans les séquences
auteur
Laurent Noé
article
[Stage] A02-R-296 || noe02b, 2002, 30 p
identifiant
inria-00100902
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