Publications HAL de Simon,Labarthe

2024

Journal articles

titre
Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
auteur
Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
Metabolic Engineering, 2024, 83, pp.24 - 38. ⟨10.1016/j.ymben.2024.02.014⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04509395/file/1-s2.0-S1096717624000302-main.pdf BibTex
titre
Design of a proteolytic module for improved metabolic modeling of Bacteroides caccae
auteur
Amandine Paulay, Ghjuvan M Grimaud, Raphaël Caballero, Béatrice Laroche, Marion Leclerc, Simon Labarthe, Emmanuelle Maguin
article
mSystems, 2024, 9 (4), ⟨10.1128/msystems.00153-24⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04540116/file/2024-Paulay.pdf BibTex
titre
Community-scale models of microbiomes: articulating metabolic modelling and metagenome sequencing
auteur
Klara Cerk, Pablo Ugalde-Salas, Chabname Ghassemi Nedjad, Maxime Lecomte, Coralie Muller, David James Sherman, Falk Hildebrand, Simon Labarthe, Clémence Frioux
article
Microbial Biotechnology, 2024, ⟨10.1111/1751-7915.14396⟩
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https://inria.hal.science/hal-04409251/file/10.1111--1751-7915.14396.pdf BibTex

Conference papers

titre
Pest detection from a biology-informed inverse problem and pheromone sensors
auteur
Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Katarzyna Adamczyk, Nicolas Parisey
article
DSABNS 2024 - 15th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Lisbonne, Portugal
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2023

Journal articles

titre
Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome
auteur
Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, Marion Leclerc, Béatrice Laroche
article
Microbiome, 2023, 11 (1), pp.231. ⟨10.1186/s40168-023-01667-y⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03918193/file/s40168-023-01667-y.pdf BibTex
titre
Migration of surface-associated microbial communities in spaceflight habitats
auteur
Daniele Marra, Thodoris Karapantsios, Sergio Caserta, Eleonora Secchi, Malgorzata Holynska, Simon Labarthe, Bastien Polizzi, Sandra Ortega, Margaritis Kostoglou, Christophe Lasseur, Ioannis Karapanagiotis, Sigolene Lecuyer, Arnaud Bridier, Marie-Françoise Noirot-Gros, Romain Briandet
article
Biofilm, 2023, 5, pp.100109. ⟨10.1016/j.bioflm.2023.100109⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04004802/file/1-s2.0-S2590207523000060-main.pdf BibTex

Scientific blog post

titre
Modéliser les communautés bactériennes pour mieux comprendre leur fonctionnement.
auteur
Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
2023
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https://hal.inrae.fr/hal-04120888/file/modelisation_metabolisme_interstices_version_publiee.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
auteur
Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
article
SBMI 2023 - 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany
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Poster communications

titre
Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
auteur
Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
article
SBMI 2023 - 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany.
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https://inria.hal.science/hal-04229130/file/Jena_muller.pdf BibTex
titre
Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
auteur
Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
article
ISMB/ECCB 2023 - 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France.
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https://inria.hal.science/hal-04183811/file/ECCB_muller.pdf BibTex
titre
Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection
auteur
Paola Fournier, Aarti Jaswa, Lucile Pellan, Jessica Vallance, Emilie Chancerel, Olivier Bonnard, Isabelle Masneuf-Pomarede, Guilherme Martins, Marc Raynal, Christian Debord, Simon Labarthe, Laurent Deliere, François Delmotte, Patrice This, Corinne Vacher
article
22nd GiESCO (Group of international Experts for Cooperation on Vitivinicultural Systems) 2023, Jul 2023, Ithaca, United States
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https://hal.science/hal-04180613/file/postergiesco_v6.pdf BibTex

Proceedings

titre
Towards microbiota-based disease management: analysis of grapevine microbiota in plots with contrasted levels of downy mildew infection
auteur
Paola Fournier, Aarti Jaswa, Lucile Pellan, Jessica Vallance, Emilie Chancerel, Olivier Bonnard, Isabelle Masneuf-Pomarede, Guilherme Martins, Marc Raynal, Christian Debord, Simon Labarthe, Laurent Deliere, François Delmotte, Patrice This, Corinne Vacher
article
2023
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https://hal.science/hal-04180612/file/Fournier_Toward-the-developement%20%281%29.pdf BibTex
titre
Accelerating metabolic models evaluation with statistical metamodels: application to Salmonella infection models
auteur
Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde-Salas
article
ESAIM: Proceedings and Surveys, 73, pp.187-217, 2023, CEMRACS 2021 - Data Assimilation and Reduced Modeling for High Dimensional Problems, ⟨10.1051/proc/202373187⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03635862/file/main_final_version.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Deterministic limit of a PDMP model of epithelial tissue interacting with diffusing chemicals and application to the intestinal crypt
auteur
Léo Darrigade, Simon Labarthe, Béatrice Laroche
article
2023
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https://hal.science/hal-04336174/file/HAL2_A_PMDP_model_of_cells_interacting_with_diffusing_chemicals__Copy_-9.pdf BibTex
titre
Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
auteur
Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie J. Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
2023
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https://hal.inrae.fr/hal-04088301/file/main_revised.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy
auteur
Guillaume Ravel, Michel Bergmann, Alain Trubuil, Julien Deschamps, Romain Briandet, Simon Labarthe
article
eLife, 2022, 11, ⟨10.7554/eLife.76513⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03695580/file/elife-template-no-lines.pdf BibTex
titre
A PDMP model of the epithelial cell turn-over in the intestinal crypt including microbiota-derived regulations
auteur
Léo Darrigade, Marie Haghebaert, Claire Cherbuy, Simon Labarthe, Béatrice Laroche
article
Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (7), pp.1-67. ⟨10.1007/s00285-022-01766-8⟩
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https://hal.science/hal-03379023/file/jomb_draft_final.pdf BibTex
titre
The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime
auteur
Paola Fournier, Lucile Pellan, Didac Barroso-Bergadà, David Bohan, Thierry Candresse, François Delmotte, Marie-Cécile Dufour, Virginie Lauvergeat, Claire Le Marrec, Armelle Marais, Guilherme Martins, Isabelle Masneuf-Pomarède, Patrice Rey, David James Sherman, Patrice This, Clémence Frioux, Simon Labarthe, Corinne Vacher
article
Advances in Ecological Research, 2022, Advances in Ecological Research, 67, pp.27-99. ⟨10.1016/bs.aecr.2022.09.001⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03858395/file/Fournier_et_al_2022.pdf BibTex

Conference papers

titre
Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy
auteur
Guillaume Ravel, Michel Bergmann, Alain Trubuil, Julien Deschamps, Romain Briandet, Simon Labarthe
article
IbSB 2022 - 6th International Symposium "Image-based Systems Biology", Sep 2022, Jena, Germany. ⟨10.7554/eLife.76513⟩
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BibTex
titre
Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese.
auteur
Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Anne Thierry, Hélène Falentin
article
FOODMICRO 2022, Aug 2022, Athènes, Greece
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https://hal.inrae.fr/hal-03781287/file/Falentin-FoodMicro2022-Tango.pdf BibTex
titre
Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.
auteur
Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Anne Thierry, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Hélène Falentin
article
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, UMR INRAE - Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf), Jun 2022, Rennes, France
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https://hal.inrae.fr/hal-03694338/file/Falentin-CBL2022-conf-Tango.pdf BibTex
titre
Characterizing microbial interactions in controlled and natural microbial communities
auteur
Maxime Lecomte, Simon Labarthe, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux
article
Workshop SymBioDiversity, May 2022, Santiago, Chile
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https://hal.inrae.fr/hal-03857848/file/CMM_ML.pdf BibTex

Poster communications

titre
Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and the host level
auteur
Coralie Muller, Arie Wortsman, Pablo Ugalde-Salas, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
Microbial communities: current approaches and open challenges, Oct 2022, Cambridge, United Kingdom
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https://inria.hal.science/hal-03839405/file/Muller_Coralie_1.pdf BibTex
titre
Dynamic Flux Balance Analysis with Metamodels
auteur
Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David James Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde-Salas
article
Microbial communities: current approaches and open challenges, Oct 2022, Cambridge, United Kingdom.
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https://hal.science/hal-04252041/file/Poster_JOBIM.pdf BibTex
titre
Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model
auteur
Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu, François Deslandes
article
ECMTB 2022 - 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany
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https://hal.science/hal-03777604/file/poster_ECMTB_2022.pdf BibTex
titre
A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions
auteur
Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot
article
ECMTB 2022 - 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany.
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https://hal.science/hal-03834709/file/poster_ECMTB2022_salmonella.pdf BibTex
titre
Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
auteur
Coralie Muller, Arie Wortsman, Pablo Ugalde-Salas, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
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https://inria.hal.science/hal-03839374/file/Poster_Coralie_Arie-2.pdf BibTex
titre
Dynamic Flux Balance Analysis with Metamodels
auteur
Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David James Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde Salas
article
JOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France.
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https://hal.science/hal-04236775/file/Poster_JOBIM.pdf BibTex

2021

Conference papers

titre
Modeling and inference of bacterial swimmers in biofilms
auteur
Simon Labarthe
article
CEMRACS 2021, Jul 2021, Marseille, France
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https://hal.inrae.fr/hal-03352441/file/Presentation_CEMRACS2021_swimmers.pdf BibTex
titre
Metabolic modelling deciphers interactions in a cheese bacterial community
auteur
Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
Metaboday 2021, Mar 2021, Bordeaux, France
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BibTex

Poster communications

titre
Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
auteur
Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
CMSB, The 19th conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France
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BibTex
titre
Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
auteur
Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
MPA, Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, United States
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BibTex
titre
Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
auteur
Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
JOBIM,Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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Documents associated with scientific events

titre
Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
auteur
Maxime Lecomte, David Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
CMSB, 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Jul 2021, Bordeaux, France
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https://inria.hal.science/hal-03533804/file/FlashPresentation_CMSB.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Exploring the Bacterial Impact on Cholesterol Cycle: A Numerical Study
auteur
Mélanie Bourgin, Simon Labarthe, Aicha Kriaa, Marie Lhomme, Philippe Gérard, Philippe Lesnik, Béatrice Laroche, Emmanuelle Maguin, Moez Rhimi
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01121⟩
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BibTex
titre
Exploring the Bacterial Impact on Cholesterol Cycle: A Numerical Study
auteur
Mélanie Bourgin, Simon Labarthe, Aicha Kriaa, Marie Lhomme, Philippe Gérard, Philippe Lesnik, Béatrice Laroche, Emmanuelle Maguin, Moez M. Rhimi
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.1121. ⟨10.3389/fmicb.2020.01121⟩
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https://hal.science/hal-02863236/file/main_No_line_No_highlight.pdf BibTex
titre
A Multi-Scale Epidemic Model of Salmonella Infection With Heterogeneous Shedding
auteur
Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Thi Nhu Tao Nguyen, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot, Tabea Stegmaier
article
ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.261-284. ⟨10.1051/proc/202067015⟩
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https://hal.science/hal-02043742/file/ProceedingFinal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Omic-based model of the gut microbiota
auteur
Simon Labarthe
article
Workshop 'Transport in the digestive tract : experiments, modeling, applications to microbiology', Oct 2020, Paris, France
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https://hal.inrae.fr/hal-03352438/file/workshop_Sorbonne_SL.pdf BibTex
titre
Identification de la fraction active des bactéries du microbiote améliorant la résistance à la colonisation intestinale contre les entérocoques résistants à la vancomycine
auteur
Lionel Rigottier-Gois, Perrine Bayle, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Pascale Serror
article
Webinaire MICA-INRAE : Comprendre et valoriser les communautés microbiennes, Sep 2020, Distanciel, France
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BibTex

2019

Journal articles

titre
A mathematical model to investigate the key drivers of the biogeography of the colon microbiota.
auteur
Simon Labarthe, Bastien Polizzi, Thuy Phan, Thierry Goudon, Magali Ribot, Béatrice Laroche
article
Journal of Theoretical Biology, 2019, 462 (7), pp.552-581. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.12.009⟩
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https://hal.science/hal-01761191/file/hal_version.pdf BibTex

Conference papers

titre
MISTIFY PROJECT. ECOLOGY OF SALMONELLA TYPHIMURIUM INFECTION: A MATHEMATICAL MODELING INSIGHT
auteur
Simon Labarthe, Simon Labarthe Maiage
article
Annual meeting of Agreenskills program, Apr 2019, Bruxelles, Belgium
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https://hal.inrae.fr/hal-03352429/file/poster-Bruxelles.pdf BibTex

Other publications

titre
Mathematical models in microbial ecology
auteur
Simon Labarthe
article
2019
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https://hal.inrae.fr/hal-03352423/file/presentation_MATHSV.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
The contribution of intestinal gluconeogenesis to glucose homeostasis Is low in 2-day-old pigs1–3
auteur
Claire Cherbuy, Pierre Vaugelade, Simon Labarthe, Edith Honvo Houeto, Beatrice Darcy Vrillon, Malcom Watford, Pierre-Henri Duée
article
Journal of Nutrition, 2017, 147 (3), pp.361-366. ⟨10.3945/jn.116.242131⟩
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BibTex
titre
Spatial organization plasticity as an adaptive driver of surface microbial communities
auteur
Arnaud Bridier, Jean-Christophe Piard, Caroline Pandin, Simon Labarthe, Florence Dubois-Brissonnet, Romain Briandet
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.1364. ⟨10.3389/fmicb.2017.01364⟩
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https://hal.science/hal-01605872/file/2017_Bridier_FrontiersInMicrobiology_1.pdf BibTex
titre
An asymptotic two-layer monodomain model of cardiac electrophysiology in the atria: derivation and convergence *
auteur
Yves Coudière, Jacques Henry, Simon Labarthe
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2017, 77 (2), pp.409 - 429. ⟨10.1137/15M1016886⟩
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https://inria.hal.science/hal-00922717/file/M101688.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
A mixture model for the dynamic of the gut mucus layer
auteur
Tamara El Bouti, Thierry Goudon, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Amira Rachah, Magali Ribot, Rémi Tesson
article
ESAIM: Proceedings, 2016, 55 (décembre), pp.111-130. ⟨10.1051/proc/201655111⟩
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BibTex
titre
Challenges in microbial ecology: building predictive understanding of community function and dynamics.
auteur
Stefanie Widder, Rosalind J Allen, Thomas Pfeiffer, Thomas P Curtis, Carsten Wiuf, William T Sloan, Otto X Cordero, Sam P Brown, Babak Momeni, Wenying Shou, Helen Kettle, Harry J Flint, Andreas F Haas, Béatrice Laroche, Jan-Ulrich Kreft, Paul B Rainey, Shiri Freilich, Stefan Schuster, Kim Milferstedt, Jan R van Der Meer, Tobias Groszkopf, Jef Huisman, Andrew Free, Cristian Picioreanu, Christopher Quince, Isaac Klapper, Simon Labarthe, Barth F Smets, Harris Wang, Jérôme Hamelin, Jérôme Harmand, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably, Isaac Newton Institute Fellows, Orkun S Soyer
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2016, 10, pp.1-12. ⟨10.1038/ismej.2016.45⟩
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https://hal.science/hal-01512087/file/ismej201645a_%7B64F1EAC4-9A8A-4263-82F6-3E22E5A830FF%7D.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
A two layers monodomain model of cardiac electrophysiology of the atria
auteur
Yves Coudière, Jacques Henry, Simon Labarthe
article
Journal of Mathematical Biology, 2015, 71 (6-7), pp.35. ⟨10.1007/s00285-015-0861-8⟩
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https://inria.hal.science/hal-01132889/file/article_version_hal.pdf BibTex

Book sections

titre
Mathématiques et cardiologie : modéliser pour mieux comprendre les arythmies auriculaires
auteur
Simon Labarthe
article
5 jeunes chercheurs d'avenir 2015, 1, Editions le Pommier, pp.192, 2015, Promesses de la Science, 978-2-7465-0937-5
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A mixture model for the dynamic of the gut mucus layer
auteur
Thierry Goudon, Tamara El Bouti, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Tison Remi, Amira Rachah, Magali Ribot, Bastien Polizzi
article
2015
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BibTex

2014

Journal articles

titre
A bilayer model of human atria: mathematical background, construction, and assessment
auteur
Simon Labarthe, Jason Bayer, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jais, Edward Vigmond
article
EP-Europace, 2014, 16 (suppl 4), pp.29. ⟨10.1093/europace/euu256⟩
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https://inria.hal.science/hal-01132905/file/article.pdf BibTex

2013

Conference papers

titre
Influence of Transmural Slow-Conduction Zones on the Long- Time Behaviour Of Atrial Arrhythmia. A Numerical Study with a Human Bilayer Atrial Model
auteur
Simon Labarthe, Edward Vigmond, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jais
article
CINC - Computing in Cardiology 2013, Sep 2013, Zaragoza, Spain. pp.1187-1190
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https://inria.hal.science/hal-00921262/file/cinc2013.pdf BibTex
titre
A Bilayer Representation of the Human Atria
auteur
Edward Vigmond, Simon Labarthe, Hubert Cochet, Yves Coudière, Jacques Henry, Pierre Jais
article
EMBC - 35th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), 2013, EMBS, Jul 2013, Osaka, Japan. pp.1530-1533, ⟨10.1109/EMBC.2013.6609804⟩
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https://inria.hal.science/hal-00837671/file/atria.pdf BibTex
titre
A Computational Bilayer Surface Model of Human Atria
auteur
Simon Labarthe, Edward Vigmond, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jais
article
FIMH 2013 - 7th International Conference on Fonctional Imaging and Modeling of the Heart, S.Ourselin, D.Ruecker, N.Smith, Jun 2013, London, United Kingdom
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https://inria.hal.science/hal-00802104/file/article-2-HAL.pdf BibTex
titre
A computational bilayer surface model of human atria
auteur
Simon Labarthe, Edward Vigmond, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jaïs
article
FIMH 2013 - 7th International Conference on Functional Imaging and Modeling of the Heart, Jun 2013, London, United Kingdom. pp.27-34, ⟨10.1007/978-3-642-38899-6_4⟩
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https://hal.science/hal-01606999/file/a%20computational_1.pdf BibTex

Poster communications

titre
Numerical modeling of the electrical activity of the atria and the pulmonary veins
auteur
Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
article
Workshop IHU Liryc, Oct 2013, Pessac, France
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https://inria.hal.science/hal-00926441/file/poster-ihu.pdf BibTex
titre
Superposition de couches de fibres et propagations anormales : une étude numérique
auteur
Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
article
Printemps de la Cardiologie, Apr 2013, Marseille, France
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https://inria.hal.science/hal-00926480/file/poster_PC2013.pdf BibTex

Theses

titre
Modélisation de l'activité électrique des oreillettes et des veines pulmonaires
auteur
Simon Labarthe
article
Modélisation et simulation. Université Victor Segalen - Bordeaux II, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00925253/file/manuscrit_SL.pdf BibTex

2012

Conference papers

titre
A Semi-Automatic Method To Construct Atrial Fibre Structures : a Tool for Atrial Simulations
auteur
Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet
article
CinC 2012 - Computing in Cardiology, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.881-884
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00759191/file/article-CINC-v4.pdf BibTex
titre
Global and Directional Activation Maps for Cardiac Mapping in Electrophysiology
auteur
Rémi Dubois, Simon Labarthe, Yves Coudière, Mélèze Hocini, Michel Haïssaguerre
article
CINC 2012 - Computing In Cardiology - 2012, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.349-352
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00760451/file/Manuscript_CinC_2012_DAA.pdf BibTex
titre
From Body Surface Potential to Activation Maps on the Atria: a Machine Learning Technique
auteur
Nejib Zemzemi, Simon Labarthe, Rémi Dubois, Yves Coudière
article
CINC - Computing in Cardiology 2012, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.125-128
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https://inria.hal.science/hal-00759210/file/CinCInverseProblem.pdf BibTex

Poster communications

titre
Modélisation bidimensionnelle d'un problème de réaction-diffusion anisotrope hétérogène en couche mince appliquée à la cardiologie
auteur
Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
article
CANUM - 2012, May 2012, Super-Besse, France
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https://inria.hal.science/hal-00785621/file/communication-SLABARTHE.pdf BibTex
titre
Simulation numérique de l'activité électrique dans l'oreillette gauche et les veines pulmonaires
auteur
Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
article
Printemps de la Cardiologie, Apr 2012, Bordeaux, France
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https://inria.hal.science/hal-00785607/file/poster-3-pas-de-couleur.pdf BibTex