2023
Journal articles
- titre
- Stability analysis of a bacterial growth model through computer algebra
- auteur
- Agustín Gabriel Yabo, Mohab Safey El Din, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
- article
- MathematicS In Action, 2023, 12 (1), pp.175-189. ⟨10.5802/msia.37⟩
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-
- titre
- Weak synchronization and convergence in coupled genetic regulatory networks: Applications to damped oscillators and multistable circuits
- auteur
- Nicolas Augier, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2023, 33 (9), pp.4867-4892. ⟨10.1002/rnc.6061⟩
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-
- titre
- Resource allocation accounts for the large variability of rate-yield phenotypes across bacterial strains
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
- article
- eLife, 2023, 12, pp.1-29. ⟨10.7554/eLife.79815⟩
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-
- titre
- Optimal protein production by a synthetic microbial consortium: Coexistence, distribution of labor, and syntrophy
- auteur
- Carlos Martinez, Eugenio Cinquemani, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2023, 87 (1), pp.1-37. ⟨10.1007/s00285-023-01935-3⟩
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-
Conference papers
- titre
- Observer Design via Non-Monotone Lyapunov Functions for Monitoring Heterotrophic Microalgae
- auteur
- Juan Carlos Arceo, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
- article
- 22nd IFAC World Congress, 2023, Yokohama, Japan
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-
2022
Journal articles
- titre
- Turnpike property in optimal microbial metabolite production
- auteur
- Jean-Baptiste Caillau, Walid Djema, Jean-Luc Gouzé, Sofya Maslovskaya, Jean-Baptiste Pomet
- article
- Journal of Optimization Theory and Applications, 2022, ⟨10.1007/s10957-022-02023-0⟩
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-
- titre
- Qualitative control strategies for synchronization of bistable gene regulatory networks
- auteur
- Nicolas Augier, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- IEEE Transactions on Automatic Control, 2022, ⟨10.1109/TAC.2022.3145653⟩
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-
- titre
- Dynamical analysis and optimization of a generalized resource allocation model of microbial growth
- auteur
- Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong, Francis Mairet
- article
- SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 2022, 21 (1), pp.137-165. ⟨10.1137/21M141097X⟩
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-
Conference papers
- titre
- Model of Bacteria Mutualism in a Chemostat: Analysis and Optimization with Interval Detector
- auteur
- Juan Carlos Arceo, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
- article
- CDC 2022 - Conference on Decision and Control, Dec 2022, Cancun, Mexico
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-
- titre
- Optimal allocation of bacterial resources in fed-batch reactors
- auteur
- Agustin Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
- article
- 2022 European Control Conference (ECC), Jul 2022, London, United Kingdom. pp.1466-1471, ⟨10.23919/ECC55457.2022.9838346⟩
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-
2021
Journal articles
- titre
- State observation in microbial consortia: A case study on a synthetic producer‐cleaner consortium
- auteur
- Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé, Eugenio Cinquemani
- article
- International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2021, pp.1-12. ⟨10.1002/rnc.5945⟩
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-
- titre
- Global dynamics of the chemostat with overflow metabolism
- auteur
- Carlos Martínez, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2021, 82 (3), ⟨10.1007/s00285-021-01566-6⟩
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-
- titre
- Optimal proteome allocation and the temperature dependence of microbial growth laws
- auteur
- Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong
- article
- npj Systems Biology and Applications, 2021, 7 (14), ⟨10.1038/s41540-021-00172-y⟩
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-
Conference papers
- titre
- Hierarchical MPC applied to bacterial resource allocation and metabolite synthesis
- auteur
- Agustin Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
- article
- CDC 2021 - 60th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2021, Austin, United States. pp.667-672, ⟨10.1109/CDC45484.2021.9683025⟩
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-
- titre
- Control for synchronization of bistable piecewise affine genetic regulatory networks
- auteur
- Nicolas Augier, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- CHAOS 2021 - 6th IFAC Hybrid Conference on Analysis and Control of Chaotic Systems, Sep 2021, Catania, Italy. ⟨10.1016/j.ifacol.2021.11.044⟩
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-
- titre
- Optimal bacterial resource allocation
- auteur
- Agustin Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
- article
- DCO 2021 - International Conference on Dynamic Control and Optimization, Feb 2021, Aveiro, Portugal
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-
2020
Journal articles
- titre
- Robust Adaptive Estimation in the Competitive Chemostat
- auteur
- Alex dos Reis de Souza, Jean-Luc Gouzé, Denis Efimov, Andrey Polyakov
- article
- Computers & Chemical Engineering, 2020, 142, pp.107030. ⟨10.1016/j.compchemeng.2020.107030⟩
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-
- titre
- Reducing a model of sugar metabolism in peach to catch different patterns among genotypes
- auteur
- Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
- article
- Mathematical Biosciences, 2020, 321, pp.108321. ⟨10.1016/j.mbs.2020.108321⟩
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-
- titre
- Qualitative control of undesired oscillations in a genetic negative feedback loop with uncertain measurements
- auteur
- Lucie Chambon, Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
- article
- Automatica, 2020, 112, pp.108642. ⟨10.1016/j.automatica.2019.108642⟩
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-
- titre
- Enhanced production of heterologous proteins by a synthetic microbial community: Conditions and trade-offs
- auteur
- Marco Mauri, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong, Eugenio Cinquemani
- article
- PLoS Computational Biology, 2020, 16 (4), pp.e1007795. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007795⟩
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-
- titre
- Robust Stabilization of Competing Species in the Chemostat
- auteur
- Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of Process Control, 2020, 87, pp.138-146. ⟨10.1016/j.jprocont.2020.01.010⟩
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-
- titre
- Optimal bacterial resource allocation: metabolite production in continuous bioreactors
- auteur
- Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
- article
- Mathematical Biosciences and Engineering, 2020, 17 (6), pp.7074-7100. ⟨10.3934/mbe.2020364⟩
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-
Conference papers
- titre
- Control of negative feedback loops in genetic networks
- auteur
- Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé, Roderick Edwards
- article
- CDC 2020 - 59th Conference on Decision and Control, Dec 2020, Jeju Island / Virtual, South Korea
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-
- titre
- Optimizing bacterial resource allocation: metabolite production in continuous bioreactors
- auteur
- Agustín Gabriel Yabo, Jean-Luc Gouzé
- article
- IFAC 2020 - 1st Virtual World Congress by the International Federation of Automatic Control, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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-
- titre
- Observer-Based Robust Control of a Continuous Bioreactor with Heterogeneous Community
- auteur
- Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
- article
- IFAC 2020 - 21rst IFAC World Congress, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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-
- titre
- Optimal control of a fed-batch reactor with overflow metabolism
- auteur
- Carlos Martínez, Jean-Luc Gouzé
- article
- IFAC 2020 - 1st Virtual World Congress by the International Federation of Automatic Control, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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-
- titre
- The turnpike property in maximization of microbial metabolite production
- auteur
- Jean-Baptiste Caillau, Walid Djema, Laetitia Giraldi, Jean-Luc Gouzé, Sofya Maslovskaya, Jean-Baptiste Pomet
- article
- IFAC 2020 - 21rst IFAC World Congress, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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-
- titre
- Reducing a model of sugar metabolism in peach fruit to explore genetic diversity
- auteur
- Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
- article
- iCROPM 2020 : Crop modelling for the Future, Feb 2020, Montpellier, France. pp.1-5
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-
2019
Journal articles
- titre
- Modeling the bioconversion of polysaccharides in a continuous reactor: A case study of the production of oligo-galacturonates by Dickeya dadantii
- auteur
- Jacques-Alexandre Sepulchre, Sylvie Reverchon, Jean-Luc Gouzé, William Nasser
- article
- Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (5), pp.1753-1762. ⟨10.1074/jbc.RA118.004615⟩
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-
- titre
- Modeling the bioconversion of polysaccharides in a continuous reactor: A case study of the production of oligogalacturonates by Dickeya dadantii
- auteur
- Jacques-Alexandre Sepulchre, Sylvie Reverchon, William Nasser, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (5), pp.1753-1762. ⟨10.1074/jbc.RA118.004615⟩
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-
- titre
- Analysis of a genetic-metabolic oscillator with piecewise linear models
- auteur
- Madalena Chaves, Diego A. Oyarzun, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2019, 462, pp.259 - 269. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.10.026⟩
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-
- titre
- Dynamical reduction of linearized metabolic networks through quasi steady state approximation
- auteur
- Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
- article
- AIChE Journal, 2019, 65 (1), pp.18-31. ⟨10.1002/aic.16406⟩
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-
- titre
- Optimal control of bacterial growth for the maximization of metabolite production
- auteur
- Ivan Yegorov, Francis Mairet, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (4), pp.985-1032. ⟨10.1007/s00285-018-1299-6⟩
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-
Conference papers
- titre
- Robust Control of a Competitive Environment in the Chemostat using Discontinuous Control Laws
- auteur
- Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
- article
- CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Global asymptotic stability of a genetic negative feedback loop with an affine control
- auteur
- Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
- article
- CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Singular regimes for the maximization of metabolite production
- auteur
- Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
- article
- CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France. pp.31-36
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Global stabilization of a genetic positive feedback loop via the design of a synthetic auto-repression
- auteur
- Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
- article
- IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering (FOSBE), Oct 2019, Valencia, Spain. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.12.249⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A reduction strategy to simplify a model of sugar metabolism for application to a large panel of genotypes
- auteur
- Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
- article
- FOSBE 2019 - 8th Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, IFAC, Oct 2019, Valencia, Spain
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Bacterial growth strategies as Optimal Control problems: maximizing metabolite production
- auteur
- Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
- article
- FGS'2019 - 19th French-German-Swiss conference on Optimization, Sep 2019, Nice, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- On Adaptive Estimation of Bacterial Growth in the Competitive Chemostat
- auteur
- Alex dos Reis de Souza, Jean-Luc Gouzé, Andrey Polyakov, Denis Efimov
- article
- MECHATRONICS 2019 - 8th International-Federation-of-Automatic-Control (IFAC) Symposium on Mechatronic Systems / 11th International-Federation-of-Automatic-Control (IFAC) Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS), Sep 2019, Vienne, Austria. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.11.789⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimal control of bacterial growth for metabolite production: The role of timing and costs of control
- auteur
- Eugenio Cinquemani, Francis Mairet, Ivan Yegorov, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
- article
- ECC 2019 - 18th European Control Conference, Jun 2019, Naples, Italy. pp.2657-2662, ⟨10.23919/ECC.2019.8796079⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A new qualitative control strategy for the genetic Toggle Switch
- auteur
- Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
- article
- DYCOPS 2019 - 12th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, Ifac, Apr 2019, Florianopolis, Brazil. pp.532-537, ⟨10.1016/j.ifacol.2019.06.117⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- Analytical Reduction of Nonlinear Metabolic Networks Accounting for Dynamics in Enzymatic Reactions
- auteur
- Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
- article
- Complexity, 2018, 2018, pp.1 - 22. ⟨10.1155/2018/2342650⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Stability Result for Periodic Solutions of Nonmonotonic Smooth Negative Feedback Systems
- auteur
- Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 2018, 17 (2), pp.1091 - 1116. ⟨10.1137/17M1141205⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimal feedback strategies for bacterial growth with degradation, recycling and effect of temperature
- auteur
- Ivan Yegorov, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
- article
- Optimal Control Applications and Methods, 2018, 39 (2), pp.1084-1109. ⟨10.1002/oca.2398⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Principal process analysis of biological models
- auteur
- Stefano Casagranda, Suzanne Touzeau, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- BMC Systems Biology, 2018, 12, pp.68. ⟨10.1186/s12918-018-0586-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reduction and stability analysis of a transcription-translation model of RNA polymerase
- auteur
- Ismail Belgacem, Stefano Casagranda, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2018, 80 (2), pp.294-318. ⟨10.1007/s11538-017-0372-4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Modelling cell-death drug response heterogeneity at the receptor layer
- auteur
- Luis Pereira, Paul Hofman, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves, Jérémie Roux
- article
- 11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Qualitative control for a genetic negative feedback loop
- auteur
- Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
- article
- 11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reduction of Metabolic Networks keeping Core Dynamics
- auteur
- Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
- article
- 11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reduction of Metabolic Networks keeping Dynamics
- auteur
- Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
- article
- MATHMOD 2018 - 9th Vienna International Conference on Mathematical Modelling, Feb 2018, Vienne, Austria
- Accès au bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Mathematical modelling of microbes: metabolism, gene expression and growth
- auteur
- Hidde de Jong, Stefano Casagranda, Nils Giordano, Eugenio Cinquemani, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of the Royal Society Interface, 2017, 14 (136), pp.1-14. ⟨10.1098/rsif.2017.0502⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimization and control of bio-conversion of polymeric substrate in the chemostat
- auteur
- Jacques-Alexandre Sepulchre, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
- article
- AIChE Journal, 2017, 63 (11), pp.4738-4747. ⟨10.1002/aic.15853⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Principal Process Analysis and reduction of biological models with order of magnitude
- auteur
- Stefano Casagranda, Jean-Luc Gouzé
- article
- IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. 15968 p., ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.2241⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimal resource allocation for bacterial growth with degradation
- auteur
- Ivan Yegorov, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
- article
- IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. 15968 p., ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.1593⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling cell death dynamics at the receptor level
- auteur
- Luis Pereira, Mickael Meyer, Paul Hofman, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves, Jérémie Roux
- article
- CompSysBio, Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Mar 2017, Aussois, France
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-
2016
Journal articles
- titre
- Dynamical allocation of cellular resources as an optimal control problem: Novel insights into microbial growth strategies
- auteur
- Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- PLoS Computational Biology, 2016, 12 (3), pp.e1004802. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004802⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Periodic Oscillations for Non Monotonic Smooth Negative Feedback Circuits
- auteur
- Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 2016, 15 (1), pp.257-286. ⟨10.1137/15M1033368⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hybrid Control of a Bioreactor with Quantized Measurements
- auteur
- Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
- article
- IEEE Transactions on Automatic Control, 2016, 61 (5), pp.1385 - 1390 ⟨10.1109/TAC.2015.2471735⟩
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-
Conference papers
- titre
- Model simplification and process analysis of biological models
- auteur
- Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- The 5th International Symposium on Positive Systems (POSTA), Sep 2016, Rome, Italy
- Accès au bibtex
-
- titre
- 2D piecewise affine models approximate real continuous dynamics up to invariant sets
- auteur
- Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- NOLCOS 2016 - 10th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems, Aug 2016, Monterey, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Oscillations for non monotonic negative feedback genes networks
- auteur
- Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2016, Nottingham, United Kingdom
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- L’hétérogénéité intraclonale des tumeurs et son impact sur la médecine de précision
- auteur
- Jérémie Roux, Jean-Luc Gouzé, Paul Hofman
- article
- Médecine/Sciences, 2015, 31 (1), pp.28-31. ⟨10.1051/medsci/20153101009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Continuous-switch piecewise quadratic models of biological networks: Application to bacterial growth
- auteur
- Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- Automatica, 2015, 61, pp.164-172. ⟨10.1016/j.automatica.2015.07.031⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Control of bio-conversion of polymeric substrate in the chemostat
- auteur
- Jean-Luc Gouzé, Francis Mairet, Jacques Alexandre Sepulchre
- article
- FOSBE, Aug 2015, Boston, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Contrôle hybride d'un bioréacteur avec des mesures discrètes
- auteur
- Jean-Luc Gouzé
- article
- 35ème Colloque de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2015, Poitiers, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Model reduction and process analysis of biological models
- auteur
- Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- 2015 23th Mediterranean Conference on Control and Automation (MED), Jun 2015, Torremolinos, Spain. ⟨10.1109/MED.2015.7158908⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Modeling and coupling biorhythms
- auteur
- Sofia Almeida, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Franck Delaunay
- article
- 2nd Labex SIGNALIFE Meeting, Nov 2015, Nice, France. , 2015
- Accès au bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- Links between topology of the transition graph and limit cycles in a two-dimensional piecewise affine biological model
- auteur
- Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2014, 69 (6-7), pp.1461-1495. ⟨10.1007/s00285-013-0735-x⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Stability analysis of a reduced transcription-translation model of RNA polymerase
- auteur
- Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- Proceedings of the 53rd IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2014, Los Angeles, CA, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dynamic optimisation of resource allocation in microorganisms
- auteur
- Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- 21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS 2014), University of Groningen. NLD., Jul 2014, Groningen, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A coupled transcription-translation mathematical model of RNA polymerase
- auteur
- Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- 21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mathematical study of the global dynamics of a concave gene expression model
- auteur
- Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
- article
- 22nd Mediterranean Conference of Control and Automation (MED), Jun 2014, Palermo, Italy. ⟨10.1109/MED.2014.6961562⟩
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Control of a Bioreactor with Quantized Measurements
- auteur
- Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
- article
- Fages, François and Piazza, Carla. Formal Methods in Macro-Biology, 8738, Springer International Publishing, pp.47-62, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-10398-3. ⟨10.1007/978-3-319-10398-3_5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- Probabilistic approach for predicting periodic orbits in piecewise affine differential models
- auteur
- Madalena Chaves, Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2013, 75 (6), pp.967-987. ⟨10.1007/s11538-012-9773-6⟩
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-
- titre
- Global stability of enzymatic chain of full reversible Michaelis-Menten reactions
- auteur
- Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
- article
- Acta Biotheoretica, 2013, 61 (3), pp.425-436. ⟨10.1007/s10441-013-9195-3⟩
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-
- titre
- Stabilizing effect of cannibalism in a two stages population model
- auteur
- Jonathan Rault, Eric Benoît, Jean-Luc Gouzé
- article
- Acta Biotheoretica, 2013, 61, pp.119-139. ⟨10.1007/s10441-013-9172-x⟩
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-
Conference papers
- titre
- Stability analysis and reduction of gene transcription models
- auteur
- Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
- article
- 52nd IEEE Conference on Decision and Control (CDC'13), Dec 2013, Florence, Italy
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-
- titre
- Analysis and reduction of transcription translation coupled models for gene expression
- auteur
- Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
- article
- CAB (Computer applied to Biotechnology), IFAC, Dec 2013, Mumbai, India
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-
- titre
- A class of Switched Piecewise Quadratic Systems for coupling gene expression with growth rate in bacteria
- auteur
- Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- 9th IFAC Symposium Nonlinear Control Systems (NOLCOS'13), Sep 2013, Toulouse, France. pp.271-276, ⟨10.3182/20130904-3-FR-2041.00140⟩
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-
- titre
- Positive control for global stabilization of predator-prey systems
- auteur
- Frédéric Grognard, Jonathan Rault, Jean-Luc Gouzé
- article
- 9th IFAC Symposium Nonlinear Control Systems (NOLCOS'13), 2013, Toulouse, France. pp.265-270, ⟨10.3182/20130904-3-FR-2041.00136⟩
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-
- titre
- Quantitative comparison of one-step and two-step models of gene expression
- auteur
- Valentin Zulkower, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong
- article
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'13), 2013, Toulouse, France
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-
Book sections
- titre
- Modeling and analysis of gene regulatory networks
- auteur
- Gilles Bernot, Jean-Paul Comet, Adrien Richard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Frédéric Dayan
- article
- Cazals, Frédéric and Kornprobst, Pierre. Modeling in Computational Biology and Biomedicine, Springer, pp.47-80, 2013, 9783642312083 364231208X. ⟨10.1007/978-3-642-31208-3_2⟩
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-
2012
Journal articles
- titre
- Global stability of reversible enzymatic metabolic chains
- auteur
- Ibrahima Ndiaye, Jean-Luc Gouzé
- article
- Acta Biotheoretica, 2012, 61 (1), pp.41-57. ⟨10.1007/s10441-013-9171-y⟩
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-
- titre
- Global stability for a model of competition in the chemostat with microbial inputs
- auteur
- Gonzalo Robledo, Frédéric Grognard, Jean-Luc Gouzé
- article
- Nonlinear Analysis: Real World Applications, 2012, 13 (2), pp.582-598. ⟨10.1016/j.nonrwa.2011.07.049⟩
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-
Conference papers
- titre
- Robust estimation for a hybrid model of genetic network
- auteur
- Xiao-Dong Li, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- 20th Mediterranean Conference on Control and Automation, Jul 2012, Barcelona, Spain. pp.145-150
- Accès au bibtex
-
- titre
- Stabilization of an oscillating n-dimensional structured population model
- auteur
- Jonathan Rault, Jean-Luc Gouzé
- article
- 20th Mediterranean Conference on Control & Automation (MED), 2012, Barcelona, Spain. pp.372-377, ⟨10.1109/MED.2012.6265666⟩
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-
- titre
- Structure estimation for unate Boolean models of gene regulation networks
- auteur
- Christian Breindl, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Frank Allgöwer
- article
- Proc. 16th IFAC Symposium on System Identification, 2012, Brussels, Belgium. pp.1725-1730, ⟨10.3182/20120711-3-BE-2027.00278⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Global Stability of Full Open Reversible Michaelis-Menten Reactions
- auteur
- Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
- article
- 8th IFAC Symposium Advanced Control of Chemical Processes (ADCHEM), 2012, Furama Riverfront, Singapore. pp.591--596, ⟨10.3182/20120710-4-SG-2026.00039⟩
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- A simple model to control growth rate of synthetic E. coli during the exponential phase: model analysis and parameter estimation
- auteur
- Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- David Gilbert and Monika Heiner. Computational Methods in Systems Biology, 7605, Springer, pp.107-126, 2012, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_8⟩
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-
Reports
- titre
- GEMCO Deliverable D2T1: Analysis and reduction of a model of the gene expression machinery in E.coli
- auteur
- Luis Casaccia, Wassim Abou-Jaoudé, Jean-Luc Gouzé
- article
- [Research Report] 2012
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-
2011
Journal articles
- titre
- Exact control of genetic networks in a qualitative framework: the bistable switch example
- auteur
- Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- Automatica, 2011, 47 (6), pp.1105-1112. ⟨10.1016/j.automatica.2011.01.071⟩
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-
- titre
- A theoretical exploration of birhythmicity in the p53-Mdm2 network
- auteur
- Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- PLoS ONE, 2011, 6 (2), pp.e17075. ⟨10.1371/journal.pone.0017075⟩
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-
Conference papers
- titre
- An observer for a piecewise affine genetic network model with Boolean observations
- auteur
- Xiao-Dong Li, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves
- article
- IEEE Conference of Decision and Control, Dec 2011, Orlando, United States. pp.4389 - 4394, ⟨10.1109/CDC.2011.6160629⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Qualitative Control of a Bistable Genetic Network
- auteur
- Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mechanisms for coexistence of two limit cycles in a biochemical model
- auteur
- Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- IFAC World Congress, 2011, Milan, Italy. ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.00749⟩
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- An observer for a genetic network model with Boolean observations
- auteur
- Xiao-Dong Li, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves
- article
- 2011, pp.4389 - 4394
- Accès au bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- Constrained Hybrid Neural Modelling of Biotechnological Processes
- auteur
- Asma Karama, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
- article
- International Journal of Chemical Reactor Engineering, 2010, 8, pp.A21. ⟨10.2202/1542-6580.2117⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Oscillations induced by different timescales in signal modules regulated by slowly evolving protein-protein interactions
- auteur
- Ibrahima Ndiaye, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- IET Systems Biology, 2010, 4(4), pp.263-276. ⟨10.1049/iet-syb.2009.0020⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamical study and robustness for a nonlinear wastewater treatment model
- auteur
- Mustapha Serhani, Jean-Luc Gouzé, Nadia Raissi
- article
- Nonlinear Analysis: Real World Applications, 2010, 12, pp.487-500. ⟨10.1016/j.nonrwa.2010.06.034⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Limit cycles in piecewise-affine gene network models with multiple interaction loops
- auteur
- Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
- article
- International Journal of Systems Science, 2010, 41 (1), pp.119-130. ⟨10.1080/00207720903144552⟩
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-
- titre
- Comparing Boolean and piecewise affine differential models for genetic networks
- auteur
- Madalena Chaves, Laurent Tournier, Jean-Luc Gouzé
- article
- Acta Biotheoretica, 2010, 58 (2-3), pp.217-232. ⟨10.1007/s10441-010-9097-6⟩
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Conference papers
- titre
- Qualitative control of periodic solutions in piecewise affine models of genetic networks
- auteur
- Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
- article
- Proc. IFAC Nonlinear Control Systems Symposium (NOLCOS 10), Bologna, Italy, Sep. 2010., Università di Bologna [Bologna] (UNIBO). Bologne, ITA., 2010, Bologna, Italy. 6 p., ⟨10.3182/20100901-3-IT-2016.00145⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Qualitative control of genetic networks: the bistable switch example
- auteur
- Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- 8th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS 2010), 2010, Bologna, Italy. pp.338-343, ⟨10.3182/20100901-3-IT-2016.00166⟩
- Accès au bibtex
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- titre
- Unicité et stabilité globale de l'équilibre de modèles métaboliques réversibles
- auteur
- Ibrahima Ndiaye, Jean-Luc Gouzé
- article
- Conférence Internationale Francophone d'Automatique CIFA 2010, 2010, Nancy, France
- Accès au bibtex
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- titre
- Transition probabilities for piecewise affine models of genetic networks
- auteur
- Madalena Chaves, Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
- article
- Proc. Int. Symp. Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS 10), Budapest, Hungary, Jul. 2010., 2010, Budapest, Hungary
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Piecewise affine models of regulatory genetic networks: review and probabilistic interpretation
- auteur
- Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- Lévine, Jean and Müllhaupt, Philippe. Advances in the Theory of Control, Signals and Systems, with Physical Modelling, 407, Springer, pp.241-253, 2010, Lecture Notes in Control and Information Sciences, ⟨10.1007/978-3-642-16135-3_20⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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Reports
- titre
- A theoretical exploration of birhythmicity in the p53-Mdm2 network
- auteur
- Wassim Abou-Jaoude, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- [Research Report] RR-7406, INRIA. 2010
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Exact control of genetic networks in a qualitative framework: the bistable switch example
- auteur
- Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
- article
- [Research Report] RR-7359, INRIA. 2010, pp.22
- Accès au texte intégral et bibtex
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