Publications HAL de la structure BIOCORE

2020

Journal articles

titre
How mechanistic modelling supports decision making for the control of enzootic infectious diseases
auteur
Pauline Ezanno, Mathieu Andraud, Gaël Beaunée, Thierry Hoch, S. Krebs, Arnaud Rault, Suzanne Touzeau, Elisabeta Vergu, Stefan Widgren
article
Epidemics, Elsevier, 2020, 32, pp.100398. ⟨10.1016/j.epidem.2020.100398⟩
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titre
Dynamics of the periodically forced light-limited Droop model
auteur
Carlos Martínez, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Journal of Differential Equations, Elsevier, 2020, ⟨10.1016/j.jde.2020.03.020⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02422838/file/manuscript.pdf BibTex
titre
Modelling and control of a banana soilborne pest in a multi-seasonal framework
auteur
Israël Tankam Chedjou, Suzanne Touzeau, Ludovic Mailleret, Jean Jules Tewa, Frédéric Grognard
article
Mathematical Biosciences, Elsevier, 2020, 322, pp.108324. ⟨10.1016/j.mbs.2020.108324⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02775460/file/Modelling_R_similis_tankam_et_al_2020.pdf BibTex
titre
Reducing a model of sugar metabolism in peach to catch different patterns among genotypes
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
Mathematical Biosciences, Elsevier, 2020, 321, pp.108321. ⟨10.1016/j.mbs.2020.108321⟩
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titre
Transcription-based circadian mechanism controls the duration of molecular clock states in response to signaling inputs
auteur
Sofia Almeida, Madalena Chaves, Franck Delaunay
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2020, 484, pp.110015. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.110015⟩
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BibTex
titre
Multi‐seasonal modelling of plant‐nematode interactions reveals efficient plant resistance deployment strategies
auteur
Samuel Nilusmas, Mathilde Mercat, Thomas Perrot, Caroline Djian‐caporalino, Philippe Castagnone‐sereno, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Ludovic Mailleret
article
Evolutionary Applications, Blackwell, In press, ⟨10.1111/eva.12989⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02775269/file/eva.12989.pdf BibTex
titre
Control of synchronization ratios in clock/cell cycle coupling by growth factors and glucocorticoids
auteur
S. Almeida, M. Chaves, F. Delaunay
article
Royal Society Open Science, The Royal Society, 2020, 7 (2), pp.192054. ⟨10.1098/rsos.192054⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02505080/file/rsos.192054.pdf BibTex
titre
Modeling and analysis of an Absorption Column Connected to a Microalgae Culture
auteur
Carlos Martinez, Francis Mairet, Leslie Meier, David Jeison, Andrés Avila
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, Society for Industrial and Applied Mathematics, In press
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02432325/file/manuscript.pdf BibTex
titre
Enhanced production of heterologous proteins by a synthetic microbial community: Conditions and trade-offs
auteur
Marco Mauri, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong, Eugenio Cinquemani
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2020, 16 (4), pp.e1007795. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007795⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02640446/file/journal.pcbi.1007795.pdf BibTex
titre
Robust Stabilization of Competing Species in the Chemostat
auteur
Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Process Control, Elsevier, 2020, 87, pp.138-146. ⟨10.1016/j.jprocont.2020.01.010⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02462162/file/_RobustStab.pdf BibTex
titre
Robust Adaptive Estimation in the Competitive Chemostat
auteur
Alex dos Reis de Souza, Jean-Luc Gouzé, Denis Efimov, Andrey Polyakov
article
Computers and Chemical Engineering, Elsevier, In press
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https://hal.inria.fr/hal-02909395/file/_Adaptive_CACE.pdf BibTex

Conference papers

titre
Optimal control separating two microalgae species competing in a chemostat
auteur
Walid Djema, Olivier Bernard, Térence Bayen
article
IEEE Conference on Decision and Control CDC2020, IEEE, Dec 2020, Jeju Island, Republic of Korea, Dec 2020, Jeju Island, South Korea
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https://hal-univ-avignon.archives-ouvertes.fr/hal-02939495/file/CDC2020_Final_Version_Walid_Olivier_Terence.pdf BibTex
titre
Observer-Based Robust Control of a Continuous Bioreactor with Heterogeneous Community
auteur
Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC 2020 - 21rst IFAC World Congress, Jul 2020, Berlin, Germany
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https://hal.inria.fr/hal-02634501/file/IFAC20_Alex.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Optimal and sustainable management of a soilborne banana pest
auteur
Israël Tankam Chedjou, Frédéric Grognard, Jean Jules Tewa, Suzanne Touzeau
article
2020
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https://arxiv.org/pdf/2007.12606 BibTex
titre
The hidden side of the Allee effect: correlated demographic traits and extinction risk in experimental populations
auteur
Elodie Vercken, Ludovic Mailleret
article
2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02570868/file/Allee_trichogramma.pdf BibTex
titre
Effective adiabatic control of a decoupled Hamiltonian obtained by rotating wave approximation
auteur
Nicolas Augier, Ugo Boscain, Mario Sigalotti
article
2020
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https://hal.inria.fr/hal-02562363/file/rwa_hal.pdf BibTex
titre
On the compatibility of the adiabatic and rotating wave approximations for robust population transfer in qubits
auteur
Rémi Robin, Nicolas Augier, Ugo Boscain, Mario Sigalotti
article
2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02504532/file/paper.pdf BibTex
titre
On Weyl's type theorems and genericity of projective rigidity in sub-Riemannian Geometry
auteur
Frédéric Jean, Sofya Maslovskaya, Igor Zelenko
article
2020
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https://arxiv.org/pdf/2001.08584 BibTex

2019

Journal articles

titre
The impact of light supply to photosynthetic moving biofilms
auteur
Jérôme Grenier, Hubert Bonnefond, Filipa Lopes, Olivier Bernard
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2019, 44 (101674), ⟨10.1016/j.algal.2019.101674⟩
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BibTex
titre
Optimal integration of microalgae production with photovoltaic panels: environmental impacts and energy balance
auteur
Marjorie Morales, Arnaud Hélias, Olivier Bernard
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2019, 12 (1), pp.239. ⟨10.1186/s13068-019-1579-4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02421845/file/1%20Manuscript%20LCA%20Biodiesel%20BfB%20REVIEWERS%20VERSION%202.pdf BibTex
titre
Perspectives of surface plasmon resonance sensors for optimized biogas methanation
auteur
Jacob Lamb, Olivier Bernard, Shiplu Sarker, Kristian Lien, Dag Roar Hjelme
article
Engineering in Life Sciences, Wiley-VCH Verlag, 2019, 19 (11), pp.759-769. ⟨10.1002/elsc.201900063⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02567012/file/2019_Lamb_Eng%20Life%20Sci.pdf BibTex
titre
Perspectives of surface plasmonic resonance optical fibre sensors for anaerobic digestion
auteur
Jacob Lamb, Olivier Bernard, Shiplu Sarker, Kristian Lien, Dag Roar Hjelme
article
Engineering in Life Sciences, Wiley-VCH Verlag, 2019, 19 (11), pp.759-769. ⟨10.1002/elsc.201900063⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02421874/file/Lamb_review_manuscript_Olivier.pdf BibTex
titre
Organ-wide and ploidy-dependent regulation both contribute to cell-size determination: evidence from a computational model of tomato fruit
auteur
Valentina Baldazzi, Pierre Valsesia, Michel Génard, Nadia Bertin
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2019, 70 (21), pp.6215-6228. ⟨10.1101/450916⟩
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BibTex
titre
Perspectives of optical colourimetric sensors for anaerobic digestion
auteur
Jacob Lamb, Olivier Bernard, Shiplu Sarker, Kristian Lien, Dag Roar Hjelme
article
Renewable and Sustainable Energy Reviews, Elsevier, 2019, 111, pp.87-96. ⟨10.1016/j.rser.2019.04.083⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02421946/file/Lamb_review_with-tracked-changes-1.pdf BibTex
titre
Twelve quick tips for designing sound dynamical models for bioprocesses
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2019, 15 (8), pp.e1007222. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007222⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02421763/file/TenTricksBioprocess_R1_v7.pdf BibTex
titre
How optimal foragers should respond to habitat changes: on the consequences of habitat conversion
auteur
Vincent Calcagno, Frédéric Hamelin, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard
article
Theoretical Ecology, Springer 2019, ⟨10.1007/s12080-019-00437-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02392973/file/273557.full.pdf BibTex
titre
Gradient-based optimization of a rotating algal biofilm process
auteur
Pierre-Olivier Lamare, Nina Aguillon, Jacques Sainte-Marie, Jérôme Grenier, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
Automatica, Elsevier, 2019, 105, pp.80-88. ⟨10.1016/j.automatica.2019.02.043⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02422853/file/RAB_Automatica_17-1082.pdf BibTex
titre
Virus epidemics, plant-controlled population bottlenecks and the durability of plant resistance
auteur
Elsa Rousseau, Mélanie Bonneault, Frédéric Fabre, Benoit Moury, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard
article
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Royal Society, The, 2019, 374 (1775), pp.20180263. ⟨10.1098/rstb.2018.0263⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02149025/file/main.pdf BibTex
titre
Influence of the components of propagule pressure, Allee effects, and stochasticity on the time to establish introduced populations
auteur
Nicolas Bajeux, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2019, 471, pp.91-107. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.03.012⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02139554/file/article_bajeux_grognard_mailleret2019_JTB.pdf BibTex
titre
Dynamics and control of a periodically forced microalgae culture
auteur
Carlos Martínez, Francis Mairet, Pierre Martinon, Olivier Bernard
article
IFAC-PapersOnLine, Elsevier, 2019, 52, pp.922-927. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.06.180⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01891648/file/dycops_final.pdf BibTex
titre
A dynamic game approach to uninvadable strategies for biotrophic pathogens
auteur
Ivan Yegorov, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Fabien Halkett, Pierre Bernhard
article
Dynamic Games and Applications, Springer Verlag, 2019, ⟨10.1007/s13235-019-00307-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02147836/file/Yegorov_et_al_2019.pdf BibTex
titre
Its all about connections: hubs and invasion in habitat networks
auteur
Thibaut Morel-Journel, Claire Rais Assa, Ludovic Mailleret, Elodie Vercken
article
Ecology Letters, Wiley, 2019, 22 (2), pp.313-321. ⟨10.1111/ele.13192⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01957100/file/preprint_EcolLetters.pdf BibTex
titre
In search of artificial domatia for predatory mites
auteur
Cecile Bresch, Lea Carlesso, Ricardo Suay, Louise van Oudenhove, Suzanne Touzeau, Hicham Fatnassi, Lydia Ottenwaelder, B. Paris, Christine Poncet, Ludovic Mailleret, Gerben Messelink, Pia Parolin
article
Biocontrol Science and Technology, Taylor & Francis, 2019, 29 (2), pp.1-18. ⟨10.1080/09583157.2018.1540030⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01947693/file/artificial-domatia-manuscript-3rd-revision-fixed.pdf BibTex
titre
Modeling the bioconversion of polysaccharides in a continuous reactor: A case study of the production of oligo-galacturonates by Dickeya dadantii
auteur
Jacques-Alexandre Sepulchre, Sylvie Reverchon, Jean-Luc Gouzé, William Nasser
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2019, 294 (5), pp.1753-1762. ⟨10.1074/jbc.RA118.004615⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01952846/file/Article_JBC20181105.pdf BibTex
titre
Analysis of a genetic-metabolic oscillator with piecewise linear models
auteur
Madalena Chaves, Diego Oyarzun, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2019, 462, pp.259 - 269. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.10.026⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01936225/file/met-circuit-resubmit-v3b-webversion.pdf BibTex
titre
Meteorological Data-Based Optimal Control Strategy for Microalgae Cultivation in Open Pond Systems
auteur
Riccardo De-Luca, Fabrizio Bezzo, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
Complexity, Wiley, 2019, 2019, pp.1-12. ⟨10.1155/2019/4363895⟩
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BibTex
titre
How to prevent viremia rebound? Evidence from a PRRSv data-supported model of immune response
auteur
Natacha Go, Suzanne Touzeau, Zeenath Islam, Catherine Belloc, Andrea Doeschl-Wilson
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2019, 13, pp.15. ⟨10.1186/s12918-018-0666-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01999499/file/2018_Go_BMC%20SystemsBiology_1.pdf BibTex
titre
Dynamics of complex feedback architectures in metabolic pathways
auteur
Madalena Chaves, Diego Oyarzun
article
Automatica, Elsevier, 2019, 99, pp.323 - 332. ⟨10.1016/j.automatica.2018.10.046⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01936242/file/k-reg-control-final-webversion%20%281%29.pdf BibTex
titre
Picoeukaryotes of the Micromonas genus: sentinels of a warming ocean
auteur
David Demory, Anne-Claire Baudoux, Adam Monier, Nathalie Simon, Christophe Six, Pei Ge, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2019, 13 (1), pp.132-146. ⟨10.1038/s41396-018-0248-0⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01973977/file/RABOUILLE_Sophie.pdf BibTex
titre
Why, when and how should exposure be considered at the within-host scale? A modelling contribution to PRRSv infection
auteur
Natacha Go, Catherine Belloc, Caroline Bidot, Suzanne Touzeau
article
Mathematical Medicine and Biology, Oxford University Press (OUP), 2019, 36 (2), pp.179-206. ⟨10.1093/imammb/dqy005⟩
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BibTex
titre
Qualitative control of undesired oscillations in a genetic negative feedback loop with uncertain measurements
auteur
Lucie Chambon, Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
Automatica, Elsevier, In press, 112, pp.108642. ⟨10.1016/j.automatica.2019.108642⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02418421/file/autosam.pdf BibTex
titre
The architecture of monospecific microalgae biofilms 2
auteur
Andrea Fanesi, Armelle Paule, Olivier Bernard, Romain Briandet, Filipa Lopes
article
Microorganisms, MDPI, 2019, 7 (9), pp.352. ⟨10.3390/microorganisms7090352⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02422042/file/microorganisms-570799.pdf BibTex
titre
Unusual Patterns of Mitochondrial Inheritance in the Brown Alga Ectocarpus
auteur
Laure Mignerot, Chikako Nagasato, Akira Peters, Marie-Mathilde Perrineau, Delphine Scornet, Florian Pontheaux, Walid Djema, Yacine Badis, Taizo Motomura, Coelho Susana M., J. Cock
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), In press, ⟨10.1093/molbev/msz186⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02269449/file/Mitochondria_inheritance_paper_MBE_15jul19.pdf BibTex
titre
Microalgae and cyanobacteria modeling in water resource recovery facilities: A critical review
auteur
Brian D. Shoener, Stephanie M. Schramm, Fabrice Béline, Olivier Bernard, Carlos Martínez, Benedek G. Plosz, Spencer Snowling, Jean-Philippe Steyer, Borja Valverde-Pérez, Dorottya Wagner, Jeremy S. Guest
article
Water Research X, Elsevier, 2019, 2, pp.18. ⟨10.1016/j.wroa.2018.100024⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02268495/file/re2019-pub00060751.pdf BibTex
titre
Leaf Production and Expansion: A Generalized Response to Drought Stresses from Cells to Whole Leaf Biomass—A Case Study in the Tomato Compound Leaf
auteur
Garance Koch, Gaëlle Rolland, Myriam Dauzat, Alexis Bediée, Valentina Baldazzi, Nadia Bertin, Yann Guédon, Christine Granier
article
Plants, MDPI, 2019, 8 (10), pp.409. ⟨10.3390/plants8100409⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02407529/file/Koch-Plants-2019-CC-BY_1.pdf BibTex
titre
Optimal control of bacterial growth for the maximization of metabolite production
auteur
Ivan Yegorov, Francis Mairet, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2019, 78 (4), pp.985-1032. ⟨10.1007/s00285-018-1299-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01929475/file/Yegorov_Gouze_Mairet_deJong.pdf BibTex

Conference papers

titre
Coupling and synchronization of piecewise linear genetic regulatory systems
auteur
Madalena Chaves, Luca Scardovi, Eleni Firippi
article
CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02386348/file/pwl-synch-v3-CDCwebversion.pdf BibTex
titre
Global asymptotic stability of a genetic negative feedback loop with an affine control
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
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https://hal.inria.fr/hal-02418431/file/CDC19_1007_FI.pdf BibTex
titre
Singular regimes for the maximization of metabolite production
auteur
Agustín Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02418444/file/CDCYabo.pdf BibTex
titre
Taking advantage of pathogen diversity and plant immunity to minimize disease prevalence
auteur
Pauline Clin, Florence Val, Frédéric Grognard, Frédéric Hamelin
article
Mathematical Biology Seminar, Dec 2019, Corvallis, United States
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BibTex
titre
Robust Control of a Competitive Environment in the Chemostat using Discontinuous Control Laws
auteur
Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02308076/file/_Robust_CDC2019.pdf BibTex
titre
Period Control of the Coupled Clock and Cell Cycle Systems
auteur
Sophia Almeida, Madalena Chaves, Franck Delaunay
article
CSBIO 2019 - 10th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics, Dec 2019, Nice, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02386398/file/CSBio2019-article_GF.pdf BibTex
titre
Pulsed perturbations in population dynamics
auteur
Ludovic Mailleret
article
Modelife days - Journées de Modélisation, physique et mathématique du vivant, Nov 2019, Mandelieu, France
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BibTex
titre
Period -control in a coupled system of two genetic oscillators for synthetic biology
auteur
Eleni Firippi, Madalena Chaves
article
FOSBE 2019 - 8th IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, Oct 2019, Valencia, Spain
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02386364/file/FOSBE-web-version.pdf BibTex
titre
Global stabilization of a genetic positive feedback loop via the design of a synthetic auto-repression
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
FOSBE2019 - 8th IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, Oct 2019, Valencia, Spain
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https://hal.inria.fr/hal-02418438/file/FOSBE19_0016_FI.pdf BibTex
titre
Turnpike Features in Optimal Selection of Microalgae
auteur
Walid Djema, Olivier Bernard, Laetitia Giraldi
article
FOSBE 2019 - 8th IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, Oct 2019, Valencia, Spain
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BibTex
titre
Quantifying the potential of microalgae culture systems to remove nutrients from wastewater
auteur
Carlos Martinez, Francis Mairet, Luis Plaza, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
FOSBE 2019 - 8th IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, Oct 2019, València, Spain
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BibTex
titre
A reduction strategy to simplify a model of sugar metabolism for application to a large panel of genotypes
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
FOSBE 2019 - 8th Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, IFAC, Oct 2019, Valencia, Spain
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02419377/file/husseinIFAC4.pdf BibTex
titre
Improvement of microalgae strains by dynamic darwinian selection pressure
auteur
Hubert Bonnefond, Yann Lie, Eric Pruvost, Amélie Talec, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Alg’in Provence - European Workshop, Oct 2019, Arles, France
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BibTex
titre
Bacterial growth strategies as Optimal Control problems: maximizing metabolite production
auteur
Agustín Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
FGS'2019 - 19th French-German-Swiss conference on Optimization, Sep 2019, Nice, France
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BibTex
titre
On Adaptive Estimation of Bacterial Growth in the Competitive Chemostat
auteur
Alex dos Reis de Souza, Jean-Luc Gouzé, Andrey Polyakov, Denis Efimov
article
NOLCOS 2019 - 11th IFAC Symposium Nonlinear Control Systems, Sep 2019, Vienne, Austria
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https://hal.inria.fr/hal-02416265/file/2FT_Observer%28IFAC%29_NoProofs.pdf BibTex
titre
Recent advances in microalgal biotechnology with an emphasis on biofilm cultivation
auteur
Freddy Guihéneuf, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Hubert Bonnefond
article
EPC7 - 7th European Phycological Congress, Aug 2019, Zagreb, Croatia
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BibTex
titre
A demo-genetic model of root-knot nematod dynamics with applications to the deployment of plant resistance
auteur
Ludovic Mailleret, Samuel Nilusmas, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Caroline Djian-Caporalino, Philippe Castagnone-Sereno
article
Journée MODECO - Modélisation des Dynamiques Ecologiques, Jul 2019, Nice, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02393318/file/topo_CMPD5.pdf BibTex
titre
Taking advantage of pathogen diversity and plant immunity to minimize disease prevalence
auteur
Pauline Clin, Florence Val, Frédéric Grognard, Frédéric Hamelin
article
. Journée MODECO (Modélisation des Dynamiques Écologiques), Jul 2019, Nice, France
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titre
Optimal control of bacterial growth for metabolite production: The role of timing and costs of control
auteur
Eugenio Cinquemani, F. Mairet, Ivan Yegorov, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
article
ECC 2019 - 18th European Control Conference, Jun 2019, Naples, Italy. pp.2657-2662, ⟨10.23919/ECC.2019.8796079⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02384034/file/ECC19.pdf BibTex
titre
Optimal control of bacterial growth for metabolite production: The role of timing and costs of control
auteur
Eugenio Cinquemani, Francis Mairet, Ivan Yegorova, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
article
18. European Control Conference (ECC), Jun 2019, Naples, Italy. pp.2657-2662, ⟨10.23919/ECC.2019.8796079⟩
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titre
Agricultural control of Radopholus similis in banana and plantain plantations
auteur
Israël Tankam Chedjou, Suzanne Touzeau, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard, Jean Tewa
article
BIOMATH 2019 - International Conference on Mathematical Methods and Models in Biosciences, Jun 2019, Bedlewo, Poland
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titre
Modelling and controlling fungus Hemileia vastatrix, a coffee pest
auteur
Clotilde Djuikem, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau, Samuel Bowong
article
BIOMATH 2019 - International Conference on Mathematical Methods and Models in Biosciences, Jun 2019, Bedlewo, Poland
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titre
Optimal control on a simple model of coffee berry borer infestation
auteur
Yves Fotso Fotso, Frédéric Grognard, Suzanne Touzeau, Berge Tsanou, Samuel Bowong
article
BIOMATH 2019 - International Conference on Mathematical Methods and Models in Biosciences, Jun 2019, Bedlewo, Poland
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titre
Taking advantage of pathogen diversity and plant immunity to minimize disease prevalence
auteur
Frédéric Grognard, Pauline Clin, Florence Val, Frédéric Hamelin
article
CMPD5 - Computational and Mathematical Population Dynamics, May 2019, Fort Lauderdale, United States
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titre
A demo-genetic model of root-knot nematod dynamics with applications to the deployment of plant resistance
auteur
Samuel Nilusmas, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Caroline Djian-Caporalino, Philippe Castagnone-Sereno, Ludovic Mailleret
article
CMPD5 - Computational and Mathematical Population Dynamics, May 2019, Fort Lauderdale, United States
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titre
Modelling, control, and optimization for tropical agriculture
auteur
Frédéric Grognard, Israël Tankam Chedjou, Yves Fotso Fotso, Suzanne Touzeau
article
CMPD5 - Computational and Mathematical Population Dynamics, May 2019, Fort Lauderdale, United States
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titre
Modélisation et contrôle en épidémiologie de cultures tropicales : application aux nématodes phytoparasites du bananier plantain et aux scolytes du caféier
auteur
Suzanne Touzeau
article
AgriNumA 2019 - Symposium Agriculture Numérique en Afrique, Apr 2019, Dakar, Sénégal
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titre
Model Development and Light Effect on a Rotating Algal Biofilm
auteur
Ouassim Bara, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
DYCOPS 2019 - 12th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, Apr 2019, Florianópolis - SC, Brazil
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https://hal.inria.fr/hal-01891661/file/dycops_last.pdf BibTex
titre
An Optimal Control Strategy Separating Two Species of Microalgae in Photobioreactors
auteur
Walid Djema, Laetitia Giraldi, Olivier Bernard
article
DYCOPS 2019 - 12th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, Apr 2019, Florianopolis, Brazil
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https://hal.inria.fr/hal-01891910/file/IFAC%20DYCOPS%202019%20FINAL%20VERSION%20%5BWalid_Laetitia_Olivier%5D.pdf BibTex
titre
A new qualitative control strategy for the genetic Toggle Switch
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
DYCOPS 2019 - 12th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, Ifac, Apr 2019, Florianopolis, Brazil. pp.532-537, ⟨10.1016/j.ifacol.2019.06.117⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02319873/file/DYCOPS19_0061_FI.pdf BibTex
titre
rPrism -A software for reactive weighted state transition models
auteur
Daniel Figueiredo, Eugénio Rocha, Manuel Martins, Madalena Chaves
article
HSB 2019 - 6th International Workshop, Hybrid Systems Biology, Apr 2019, Prague, Czech Republic. pp.165 - 174
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02386381/file/Tool_paper-web-format.pdf BibTex
titre
Taking advantage of pathogen diversity and plant immunity to minimize disease prevalence
auteur
Pauline Clin, Florence Val, Frédéric Grognard, Frédéric Hamelin
article
Séminaire UMR ISA, Mar 2019, Sophia Antipolis, France
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titre
Taking advantage of pathogen diversity and plant immunity to minimize disease prevalence
auteur
Pauline Clin, Florence Val, Frédéric Grognard, Frédéric Hamelin
article
17e Rencontres de Virologie Végétale, Jan 2019, Aussois, France
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Book sections

titre
Potentiel des microalgues
auteur
Hubert Bonnefond, Charlotte Combe, Jean-Paul Cadoret, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Stephanie Baumberger. Chimie verte et industries agroalimentaires - Vers une bioéconomie durable, Lavoisier, A paraître
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https://hal.inria.fr/hal-02421830/file/chap%207_OLivier.pdf BibTex
titre
Life-cycle assessment of microalgal-based biofuel. Chapitre 20
auteur
Marjorie Morales, Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Helias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Biomass, Biofuels, Biochemicals : Biofuels from Algae, Elsevier, 606 p., 2019, 978-0-444-64192-2. ⟨10.1016/B978-0-444-64192-2.00020-2⟩
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Directions of work or proceedings

titre
Molecular Logic and Computational Synthetic Biology First International Symposium, MLCSB 2018, Santiago, Chile, December 17–18, 2018, Revised Selected Papers
auteur
Madalena Chaves, Manuel A. Martins
article
Madalena Chaves; Manuel A. Martins. 11415, Springer, 2019, LNCS, 978-3-030-19431-4. ⟨10.1007/978-3-030-19432-1⟩
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Patents

titre
Bioreactor for the selection of microalgae
auteur
Olivier Bernard, Hubert Bonnefond, Antoine Sciandra, Eric Pruvost, Ghjuvan Micaelu Grimaud
article
United States, Patent n° : 16/335,390, 2019. 2019
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Reports

titre
Gradient-based optimization of a rotating algal biofilm process
auteur
Pierre-Olivier Lamare, Nina Aguillon, Jacques Sainte-Marie, Jérôme Grenier, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
[Research Report] RR-9250, Inria - Sophia antipolis. 2019
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https://hal.inria.fr/hal-01990002/file/RR-9250%20%281%29.pdf BibTex

Theses

titre
Modeling cell response heterogeneity to pro-apoptotic ligands
auteur
Luis Carlos Gomes Pereira
article
Automatic Control Engineering. COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), 2019. English. ⟨NNT : 2019AZUR4081⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02865212/file/2019AZUR4081.pdf BibTex
titre
Modeling, analysis, and control of microalgae growth in dense cultures
auteur
Carlos Martinez von Dossow
article
Automatic Control Engineering. Sorbonne Université, 2019. English
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https://hal.inria.fr/tel-02920644/file/these_archivage_3573863.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Separating Two Species of Microalgae in Photobioreactors in Minimal Time
auteur
Walid Djema, Olivier Bernard, Laetitia Giraldi
article
2019
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titre
Turnpike Features in Optimal Selection ofMicroalgae
auteur
Walid Djema, Laetitia Giraldi, Olivier Bernard
article
2019
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titre
A multi-seasonal model of plant-nematode interactions and its use to identify optimal plant resistance deployment strategies
auteur
Samuel Nilusmas, Mathilde Mercat, Thomas Perrot, Caroline Djian-Caporalino, Philippe Castagnone-Sereno, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Ludovic Mailleret
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-02393028/file/774869.full.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Impact of genetic drift, selection and accumulation level on virus adaptation to its host plants
auteur
Elsa Rousseau, Lucie Tamisier, Frédéric Fabre, Vincent Simon, Marion Szadkowski, Olivier Bouchez, Catherine Zanchetta, Gregory Girardot, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard, Alain Palloix, Benoit Moury
article
Molecular Plant Pathology, Wiley, 2018, 19 (12), pp.2575-2589. ⟨10.1111/mpp.12730⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01953902/file/Rousseau-MPP.pdf BibTex
titre
Optimizing CO2 transfer in algal open ponds
auteur
Margaux Caïa, Olivier Bernard, Quentin Béchet
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2018, 35, pp.530-538
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BibTex
titre
Theory of turbid microalgae cultures
auteur
Carlos Martínez, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2018, 456, pp.190 - 200. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.07.016⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01891616/file/manuscript_martinez.pdf BibTex
titre
Boolean dynamics revisited through feedback interconnections
auteur
Madalena Chaves, Daniel Figueiredo, Manuel Martins
article
Natural Computing, Springer Verlag, 2018, ⟨10.1007/s11047-018-9716-8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01936299/file/inter-dynamics-Naco-v6-webversion.pdf BibTex
titre
Clustered or scattered? The impact of habitat fragmentation on establishment and early spread
auteur
Thibaut Morel-Journel, Maud Hautier, Elodie Vercken, Ludovic Mailleret
article
Ecography, Wiley, 2018, 41 (10), pp.1675-1683
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https://hal.inria.fr/hal-01957107/file/preprint_Ecography.pdf BibTex
titre
When higher carrying capacities lead to faster propagation
auteur
Marjorie Haond, Thibaut Morel-Journel, Eric Lombaert, Elodie Vercken, Ludovic Mailleret, Lionel Roques
article
Peer Community in Ecology, Peer Community In, 2018
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https://hal.inria.fr/hal-01883019/file/307322.full.pdf BibTex
titre
Between-group pathogen transmission: From processes to modeling
auteur
Thierry Hoch, Suzanne Touzeau, Anne-France Viet, Pauline Ezanno
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2018, 383, pp.138 - 149. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2018.05.016⟩
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BibTex
titre
Dynamical reduction of linearized metabolic networks through quasi steady state approximation
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
AIChE Journal, Wiley, 2018, 65 (1), pp.18-31. ⟨10.1002/aic.16406⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01924343/file/accepted_version_AIChE_Lopez2018dynamical.pdf BibTex
titre
Analytical Reduction of Nonlinear Metabolic Networks Accounting for Dynamics in Enzymatic Reactions
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
Complexity, Wiley, 2018, 2018, pp.1 - 22. ⟨10.1155/2018/2342650⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01872615/file/Complexity_accepted_version_Lopez_2018_author_copie.pdf BibTex
titre
Are compound leaves more complex than simple ones? A multi-scale analysis
auteur
Garance Koch, Gaelle Rolland, Myriam Dauzat, Alexis Bediee, Valentina Baldazzi, Nadia Bertin, Yann Guédon, Christine Granier
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2018, 122 (7), pp.1173-1185. ⟨10.1093/aob/mcy116⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01953068/file/Koch-et-al-revised-HAL.pdf BibTex
titre
Analysis Tools for Interconnected Boolean Networks With Biological Applications
auteur
Madalena Chaves, Laurent Tournier
article
Frontiers in Physiology, Frontiers, 2018, 9, pp.1-18. ⟨10.3389/fphys.2018.00586⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01936199/file/2018_Chaves_Frontiers%20in%20Physiology_1.pdf BibTex
titre
A kinetic model of sugar metabolism in peach fruit reveals a functional hypothesis of markedly low fructose-to-glucose ratio phenotype
auteur
Elsa Desnoues, Michel Génard, Bénédicte Quilot-Turion, Valentina Baldazzi
article
Plant Journal, Wiley, 2018, 94 (4), pp.685-698. ⟨10.1111/tpj.13890⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01953042/file/Desnoues_et_al_ThePlantJournal_HAL.pdf BibTex
titre
How do microalgae perceive light in a high-rate pond? Towards more realistic Lagrangian experiments
auteur
David Demory, Charlotte Combe, Philipp Hartmann, Amélie Talec, Eric Pruvost, Raouf Hamouda, Fabien Souillé, Pierre-Olivier Lamare, Marie-Odile Bristeau, Jacques Sainte-Marie, Sophie Rabouille, Francis Mairet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Royal Society Open Science, The Royal Society, 2018, 5 (5), pp.180523. ⟨10.1098/rsos.180523⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01830067/file/180523.full.pdf BibTex
titre
A Stability Result for Periodic Solutions of Nonmonotonic Smooth Negative Feedback Systems
auteur
Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2018, 17 (2), pp.1091 - 1116. ⟨10.1137/17M1141205⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01872255/file/SiamPoignardM114120.pdf BibTex
titre
Full-scale validation of an algal productivity model including nitrogen limitation
auteur
Quentin Béchet, Noémie Coulombier, Christophe Vasseur, Thomas Lasserre, Loic Le Dean, Olivier Bernard
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2018, 31, pp.377-386
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BibTex
titre
Maximizing microalgae productivity in a light-limited chemostat
auteur
Carlos Martínez, Olivier Bernard, Francis Mairet
article
IFAC-PapersOnLine, Elsevier, 2018, 51 (2), pp.735 - 740. ⟨10.1016/j.ifacol.2018.04.001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01891634/file/manuscript_max_prod.pdf BibTex
titre
Comparative assessment of evaporation models in algal ponds
auteur
Quentin Béchet, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer, Andy Shilton, Benoit Guieysse
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2018, 35, pp.283-291. ⟨10.1016/j.algal.2018.08.022⟩
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BibTex
titre
Optimizing CO2 transfer in algal open ponds
auteur
Margaux Caïa, Olivier Bernard, Quentin Béchet
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2018, 35, pp.530-538. ⟨10.1016/j.algal.2018.09.009⟩
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BibTex
titre
Optimal feedback strategies for bacterial growth with degradation, recycling and effect of temperature
auteur
Ivan Yegorov, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
Optimal Control Applications and Methods, Wiley, 2018, 39 (2), pp.1084-1109. ⟨10.1002/oca.2398⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01655960/file/Yegorov_Mairet_Gouze_Degradation_Recycling_authorversion.pdf BibTex
titre
Kalman 1960: The birth of modern system theory
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
Mathematical Population Studies, Taylor & Francis (Routledge), In press
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https://hal.inria.fr/hal-01940560/file/BernhardDeschamps_definitif.pdf BibTex
titre
Modelling an Artificial Microalgae-Cyanobacteria Ecosystem
auteur
Margaux Caïa, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer
article
IFAC-PapersOnLine, Elsevier, 2018, 51 (2), pp.655 - 660. ⟨10.1016/j.ifacol.2018.03.111⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01833296/file/1-s2.0-S2405896318301150-main.pdf BibTex
titre
Principal process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Suzanne Touzeau, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2018, 12, pp.68. ⟨10.1186/s12918-018-0586-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01818033/file/2018_Casagranda_BMC%20Systems%20Biology_1.pdf BibTex
titre
Reduction and stability analysis of a transcription-translation model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Stefano Casagranda, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2018, 80 (2), pp.294-318. ⟨10.1007/s11538-017-0372-4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01655367/file/templateBMAB.pdf BibTex

Conference papers

titre
Ecophysiological modeling of the impact of light quantity and quality on microalgae growth in high-density open ponds
auteur
Philippe Le Noac'H, Sakina Dorothée Ayata, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Martin Laviale
article
Sfecologie 2018 - International Conference on Ecological Sciences, Oct 2018, Rennes, France
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BibTex
titre
Modelling and control of coffee berry borer infestation
auteur
Yves Fotso Fotso, Frédéric Grognard, Berge Tsanou, Suzanne Touzeau
article
CARI’2018 - 14. Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2018, Stellenbosch, South Africa
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https://hal.inria.fr/hal-01871508/file/CARI2018%20_Fotso_Yves.pdf BibTex
titre
A multi-seasonal model of the dynamics of banana plant-parasitic nematodes
auteur
Israël Tankam Chedjou, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Jean-Jules Tewa
article
CARI’2018 - 14. Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2018, Stellenbosch, South Africa
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titre
Uninvadable strategies for biotrophic pathogens, from dynamic games to adaptive dynamics
auteur
Frédéric Grognard, Ivan Yegorov, Julien Guegan, Ludovic Mailleret, Fabien Halkett, Pierre Bernhard
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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https://hal.inria.fr/hal-01940820/file/CT-fredericgrognard.pdf BibTex
titre
Modelling cell-death drug response heterogeneity at the receptor layer
auteur
Luis Pereira, Paul Hofman, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves, Jérémie Roux
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Investigating viremia rebounds using a PRSS data-supported model of immune response
auteur
Suzanne Touzeau, Natacha Go, Catherine Belloc, Andrea Doeschl-Wilson
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Unravelling the contribution of cell cycle and cell expansion in an integrated model of tomato fruit development
auteur
Valentina Baldazzi
article
ECMTB 2018 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Sustainable management of root-knot nematodes in horticultural crops by modeling and optimizing resistance gene deployment
auteur
Samuel Nilusmas, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Caroline Djian-Caporalino, Philippe Castagnone-Sereno, Ludovic Mailleret
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
An agricultural control of Radopholus similis in banana plantations
auteur
Israël Tankam Chedjou, Suzanne Touzeau, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Jean-Jules Tewa
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Modelling and control of coffee berry borer infestation
auteur
Yves Fotso Fotso, Suzanne Touzeau, Samuel Bowong, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Berge Tsanou
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Gene-for-gene epidemic models, systemic acquired resistance, and the evolution of plant parasites
auteur
Frédéric Hamelin, Clin Pauline, Florence Val, Frédéric Grognard
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Qualitative control for a genetic negative feedback loop
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Reduction of Metabolic Networks keeping Core Dynamics
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Stability Analysis of a Nonlinear System with Infinite Distributed Delays Describing Cell Dynamics
auteur
Walid Djema, Frédéric Mazenc, Catherine Bonnet, Jean Clairambault, Emilia Fridman
article
IEEE American Control Conference (ACC 2018), Jun 2018, Milwaukee, United States. ⟨10.23919/acc.2018.8430869⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01849010/file/ACC2018Paper2_RevisedV2.pdf BibTex
titre
Gene-for-gene epidemic models, systemic acquired resistance, and the evolution of plant parasites
auteur
Frédéric Hamelin, Clin Pauline, Florence Val, Frédéric Grognard
article
$MB^2$ 3rd Mathematical Biology Modelling Days of Besançon, Jun 2018, Besançon, France
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BibTex
titre
Towards a control-theory approach for minimizing unused grid resources
auteur
Emmanuel Stahl, Agustín Yabo, Olivier Richard, Bruno Bzeznik, Bogdan Robu, Eric Rutten
article
AI-Science'18 - workshop on Autonomous Infrastructure for Science, in conjunction with the ACM HPDC 2018, Jun 2018, Tempe, AZ, United States. pp.1-8, ⟨10.1145/3217197.3217201⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01823787/file/CtrlCiGri.pdf BibTex
titre
Reduction of Metabolic Networks keeping Dynamics
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
MATHMOD 2018 - 9th Vienna International Conference on Mathematical Modelling, Feb 2018, Vienne, Austria
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BibTex
titre
Maximizing microalgae productivity in a light-limited chemostat
auteur
Carlos Martínez, Olivier Bernard, Francis Mairet
article
Meeting of working Group Medicago sativa, Feb 2018, Vienne, Austria. pp.6, ⟨10.1016/j.ifacol.2018.04.001⟩
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BibTex
titre
Robust output regulation of 2 x 2 hyperbolic systems: Control law and Input-to-State Stability
auteur
Pierre-Olivier Lamare, Jean Auriol, Florent Di Meglio, Ulf Jakob F. Aarsnes
article
American and Control Conference, 2018, Milwaukee, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01499686/file/ACC_I_Theoretical.pdf BibTex

Book sections

titre
Gibbard-Satterthwaite Theorem
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
Encyclopedia of Law and Economics, Springer New York, pp.1-7, 2018
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https://hal.inria.fr/hal-01940545/file/G-S%2B.pdf BibTex
titre
Life-Cycle Assessment of Microalgal-Based Biofuels
auteur
Marjorie Morales, Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Hélias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Biomass, Biofuels and Biochemicals, Elsevier, pp.507-550, 2018
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BibTex
titre
Arrow’s (im)possibility theorem
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
Encyclopedia of Law and Economics, In press
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01941037/file/Arrow.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Les conquêtes de l’INRA pour le biocontrôle
auteur
Thibaut Malausa, Emmanuelle Joly, Brigitte Frerot, Frédéric Marion-Poll, Denis Thiery, Jean-Claude Martin, Amélie Levevre, Maria Navajas, Elisabeth Tabone, Jean-Yves Rasplus, Nicolas Ris, Jean-Claude Ogier, Sylvie Pagès, Alain Givaudan, Sophie Gaudriault, Jean-Luc Gatti, Claire Lavigne, Jean-Charles Bouvier, Ludovic Mailleret, Elodie Vercken, Etienne Klein, Lionel Roques, Nicolas Desneux, Christine Poncet, Marc Bardin, Philippe Nicot, Michel Ponchet, Eric Galiana, Marie-Noëlle Brisset
article
France. INRA Sciences & Impact, 32 p., 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01963048/file/dp-biocontrole-2.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Modélisation et contrôle en dynamiques de populations. Applications en protection des plantes.
auteur
Ludovic Mailleret
article
Automatique. Université Côte d'Azur, 2018
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https://hal.inria.fr/tel-01954099/file/notice_mailleret_short.pdf BibTex

Other publications

titre
Explore the best sugar factory: the fruit
auteur
Elsa Desnoues, Michel Génard, Bénédicte Quilot-Turion, Valentina Baldazzi
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01953091/file/Desnoues_TheScienceBreaker18.pdf BibTex

Poster communications

titre
Does mixing in suspended cultures enhance photosynthesis? Towards moving biofilms
auteur
Olivier Bernard, Hubert Bonnefond, David Demory, Charlotte Combe, Jacques Sainte Marie, Filipa Lopes, Antoine Sciandra
article
AlgaEurope Conference, Dec 2018, Amsterdam, Netherlands
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titre
An individual based model to optimize natural enemies deployment in augmentative biological control.
auteur
Ludovic Mailleret, David Davtian, Frédéric Grognard
article
SFECOLOGY 2018 - International Conference on Ecological Sciences., Oct 2018, Rennes, France
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titre
An individual based model to optimize natural enemies deployment in augmentative biological control.
auteur
Ludovic Mailleret, David Davtian, Frédéric Grognard
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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https://hal.inria.fr/hal-01861120/file/P-ludovicmailleret.pdf BibTex
titre
Evolution of populations of Leptosphaeria maculans, a fungal pathogen of oilseed rape, under resistance selection pressure: insights from two decades of surveys in France
auteur
Marie-Helene Balesdent, Clémence Plissonneau, Florence Carpentier, Laurent Coudard, Suzanne Touzeau, Martine Leflon, Magali Ermel, Regine Delourme, Loïc Le Meur, Thierry Rouxel
article
21. Crucifer Genetics Conference - Brassica 2018, Jul 2018, Saint-Malo, France. 2018
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Theses

titre
Synchronization of biological oscillators : modeling, analysis and coupling of the mammalian cell cycle and circadian clock
auteur
Sofia José Figueiredo Almeida
article
Other [cs.OH]. Université Côte d'Azur, 2018. English. ⟨NNT : 2018AZUR4239⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02446575/file/2018AZUR4239.pdf BibTex
titre
Dynamical reduction of metabolic networks by singular perturbation theory : application to microalgae
auteur
Claudia López Zazueta
article
Signal and Image processing. COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019), 2018. English. ⟨NNT : 2018AZUR4108⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02411569/file/2018AZUR4108.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
How optimal foragers should respond to habitat changes? On the consequences of habitat conversion
auteur
Vincent Calcagno, Frédéric Hamelin, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01954274/file/273557.full.pdf BibTex
titre
Organ-wide and ploidy-dependent regulations both contribute to cell size determination: evidence from a computational model of tomato fruit
auteur
Valentina Baldazzi, Pierre Valsesia, Michel Génard, Nadia Bertin
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01953178/file/BaldazziEtAl_preprintV1.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Modeling the impact of high temperatures on microalgal viability and photosynthetic activity
auteur
Quentin Béchet, Martin Laviale, Nicolas Arsapin, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2017, 10 (1), pp.136. ⟨10.1186/s13068-017-0823-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01530933/file/13068_2017_Article_823.pdf BibTex
titre
Mathematical modelling of microbes: metabolism, gene expression and growth
auteur
Hidde de Jong, Stefano Casagranda, Nils Giordano, Eugenio Cinquemani, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2017, 14 (136), pp.1-14. ⟨10.1098/rsif.2017.0502⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01666954/file/20170502.full.pdf BibTex
titre
Estimating virus effective population size and selection without neutral markers
auteur
Elsa Rousseau, Benoit Moury, Ludovic Mailleret, Rachid Senoussi, Alain Palloix, Vincent Simon, Sophie Valière, Frédéric Grognard, Frédéric Fabre
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2017, 13 (11), pp.1-25. ⟨10.1371/journal.ppat.1006702⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01658535/file/journal.ppat.1006702.pdf BibTex
titre
A multi-seasonal model of plant-nematode interactions and its use to identify durable plant resistance deployment strategies
auteur
Samuel Nilusmas, Mathilde Mercat, Thomas Perrot, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Caroline Djian Caporalino, Philippe Castagnone-Sereno, Ludovic Mailleret
article
Acta Horticulturae, International Society for Horticultural Science, 2017, pp.211 - 218. ⟨10.17660/ActaHortic.2017.1182.25⟩
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titre
Cell division, endoreduplication and expansion processes: setting the cell and organ control into an integrated model of tomato fruit development
auteur
Valentina Baldazzi, Michel Génard, Nadia Bertin
article
Acta Horticulturae, International Society for Horticultural Science, 2017, 1182, pp.257 - 264. ⟨10.17660/ActaHortic.2017.1182.31⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01661920/file/Baldazzi_ActaHort2016_final.pdf BibTex
titre
Modeling the temperature effect on the specific growth rate of phytoplankton: a review
auteur
Ghjuvan Grimaud, Francis Mairet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Reviews in Environmental Science and Bio/technology, Springer Verlag, 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01576871/file/Review_Thermal_modelling_2017_revision_v6.pdf BibTex
titre
Continuous selection pressure to improve temperature acclimation of Tisochrysis lutea
auteur
Hubert Bonnefond, Ghjuvan Micaelu Grimaud, Judith Rumin, Gaël Bougaran, Amélie Talec, M Gachelin, M Boutoute, Eric Pruvost, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01576865/file/Pub_selection_v29.pdf BibTex
titre
A time-space model for the growth of microalgae biofilms for biofuel production
auteur
B. Polizzi, O. Bernard, M. Ribot
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.jtbi.2017.08.017⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01408045/file/Article_Biofilm_1D_031116_hal.pdf BibTex
titre
Quantitative trait loci in pepper control the effective population size of two RNA viruses at inoculation
auteur
Lucie Tamisier, Elsa Rousseau, Sebastien Barraillé, Ghislaine Nemouchi, Marion Szadkowski, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard, Frederic Fabre, Benoit Moury, Alain Palloix
article
Journal of General Virology, Microbiology Society, 2017, 98 (7), pp.1923 - 1931. ⟨10.1099/jgv.0.000835⟩
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BibTex
titre
Exploiting meteorological forecasts for the optimal operation of algal ponds
auteur
Riccardo De-Luca, Fabrizio Bezzo, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, Elsevier, 2017, 55, pp.55 - 65. ⟨10.1016/j.jprocont.2017.03.010⟩
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BibTex
titre
Dynamic metabolic modeling of heterotrophic and mixotrophic microalgal growth on fermentative wastes
auteur
Caroline Baroukh, Violette Turon, Olivier Bernard
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (6), pp.e1005590. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005590⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01576858/file/journal.pcbi.1005590.pdf BibTex
titre
Fast algal eco-toxicity assessment: Influence of light intensity and exposure time on Chlorella vulgaris inhibition by atrazine and DCMU
auteur
Alexandre Camuel, Benoit Guieysse, Cynthia Alcántara, Quentin Béchet
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, Elsevier, 2017, 140, pp.141 - 147. ⟨10.1016/j.ecoenv.2017.02.013⟩
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titre
Coupling and uncoupling of triglyceride and beta-carotene production by Dunaliella salina under nitrogen limitation and starvation
auteur
Hubert Bonnefond, Nina Moelants, Amélie Talec, Patrick Mayzaud, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2017, 10 (1), pp.25. ⟨10.1186/s13068-017-0713-4⟩
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titre
How to prevent viremia rebound in virus infections ? Evidence from a data-driven mathematical model for PRRS.
auteur
Andrea Doeschl-Wilson, Natacha Go, Suzanne Touzeau
article
SAPHIR Newsletters, SAPHIR Project, 2017, 4, pp.9-11
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BibTex
titre
Infochemical use and dietary specialization in parasitoids: a meta-analysis
auteur
Louise van Oudenhove, Ludovic Mailleret, Xavier Fauvergue
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2017, 7 (13), pp.4804 - 4811. ⟨10.1002/ece3.2888⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01569455/file/Oudenhove_et_al-2017-Ecology_and_Evolution.pdf BibTex
titre
Applying differential dynamic logic to reconfigurable biological networks
auteur
Daniel Figueiredo, Manuel Martins, Madalena Chaves
article
Mathematical Biosciences, Elsevier, 2017, 291, pp.10 - 20. ⟨10.1016/j.mbs.2017.05.012⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01568597/file/DFMMMC-mc-web-version.pdf BibTex
titre
The next generation of microalgae production systems under photovoltaic greenhouses
auteur
O. Bernard, Ricardo Suay Suay, Q. Bechet, Christine Poncet, Hicham Fatnassi, Francis Mairet, Antoine Sciandra, Antoine Mangin, D. Coulon, R. Boubekri
article
Acta Horticulturae, International Society for Horticultural Science, 2017, pp.921-928. ⟨10.17660/ActaHortic.2017.1170.118⟩
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titre
A kinetic model of sugar metabolism in peach fruit allows the exploration of genetic variability
auteur
Elsa Desnoues, Michel Génard, Bénédicte Quilot-Turion, Valentina Baldazzi
article
Acta Horticulturae, International Society for Horticultural Science, 2017, pp.169-176. ⟨10.17660/ActaHortic.2017.1182.20⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01662057/file/Desnoues_Genard_Acta_Hortimodel_revised.pdf BibTex
titre
Hunting cooperation and Allee effects in predators
auteur
Mickaël Teixeira Alves, Frank M. Hilker
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2017, 419, pp.13-22. ⟨10.1016/j.jtbi.2017.02.002⟩
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BibTex
titre
Optimization and control of bio-conversion of polymeric substrate in the chemostat
auteur
Jacques-Alexandre Sepulchre, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
AIChE Journal, Wiley, 2017, 63 (11), pp.4738-4747. ⟨10.1002/aic.15853⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01569696/file/article-20170530.pdf BibTex
titre
Mate Limitation in Fungal Plant Parasites Can Lead to Cyclic Epidemics in Perennial Host Populations
auteur
Virginie Ravigné, Valérie Lemesle, Alicia Walter, Ludovic Mailleret, Frédéric Hamelin
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2017, 73 (3), pp.1 - 447. ⟨10.1007/s11538-016-0240-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01569465/file/ravigne%20et%20al%20BMB%202016-fin-ludo.pdf BibTex
titre
Augmentative biocontrol when natural enemies are subject to Allee effects
auteur
Nicolas Bajeux, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2017, 74 (7), pp.1561 - 1587. ⟨10.1007/s00285-016-1063-8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01402250/file/article.pdf BibTex
titre
Temperature is a key factor in Micromonas-virus interactions
auteur
David Demory, Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Christophe Six, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Pei Ge, Estelle Bigeard, Stéphan Jacquet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille, Anne-Claire Baudoux
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2017, 11 (3), pp.601-612. ⟨10.1038/ismej.2016.160⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01464528/file/Demory_Viruses_micromonas_temperature_2017_REVISED.pdf BibTex

Conference papers

titre
Potential of evolution engineering for enhancing productivity of microalgae
auteur
Hubert Bonnefond, Amélie Talec, Eric Pruvost, M Boutoute, Ghjuvan Micaelu Grimaud, Yann Lie, T Sauvée, Antoine Sciandra
article
AlgaEurope 2017 Conference, Dec 2017, Berlin, Germany
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BibTex
titre
Épidémiologie mathématique : applications en élevage et en agriculture
auteur
Suzanne Touzeau
article
MADEV17 - Mathématiques Appliquées à des questions de DEVeloppement, Académie des Sciences, France; Académie Hassan II des Sciences et Techniques, Maroc, Oct 2017, Rabat, Maroc
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BibTex
titre
How to prevent viremia rebound? Evidence from a PRRSv data-supported model of the immune response
auteur
Natacha Go, Suzanne Touzeau, Andrea Doeschl-Wilson, Catherine Belloc
article
IDDconf 2017 - Conference of Infectious Disease Dynamics, Sep 2017, Ambleside, Cumbria, United Kingdom
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BibTex
titre
A comprehensive reduced model of the mammalian cell cycle
auteur
Sofia Almeida, Madalena Chaves, Franck Delaunay, Celine Feillet
article
IFAC World Congress 2017, Jul 2017, Toulouse, France. ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.2204⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01568507/file/IFAC17_3071_FI.pdf BibTex
titre
Maximizing microalgae productivity by shading outdoor cultures
auteur
Carlos Martínez, Olivier Bernard, Francis Mairet
article
IFAC 2017 - 20th World Congress of the International Federation of Automatic Control, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. pp.8734 - 8739, ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.1725⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01666463/file/IFAC_2017.pdf BibTex
titre
Optimal resource allocation for biotrophic plant pathogens
auteur
Ivan Yegorov, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Fabien Halkett
article
IFAC 2017 - 20th World Congress of the International Federation of Automatic Control, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. pp.1-6, ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.328⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01572090/file/Yegorov_Grognard_Mailleret_Halkett_IFAC%20%286%29.pdf BibTex
titre
Principal Process Analysis and reduction of biological models with order of magnitude
auteur
Stefano Casagranda, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. 15968 p., ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.2241⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01529448/file/IFAC17_1948_FI%20%283%29.pdf BibTex
titre
Optimal resource allocation for bacterial growth with degradation
auteur
Ivan Yegorov, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. 15968 p., ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.1593⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01524917/file/Gouze_Mairet_Yegorov_IFAC.pdf BibTex
titre
Evolution engineering for enhancing photosynthetic efficiency of high density cultures of Tisochrysis lutea
auteur
Hubert Bonnefond, Yann Lie, Eric Pruvost, Amélie Talec, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
6th congress of the International Society for Applied Phycology, Jun 2017, Nantes, France
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BibTex
titre
Neutralising antibodies prevent PRRS viremia rebound: evidence from a data-supported model of immune response
auteur
Natacha Go, Suzanne Touzeau, Catherine Belloc, Andrea Doeschl-Wilson
article
ModAH 2017 - Modelling in Animal Health conference, INRA, Jun 2017, Nantes, France. 69 p
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titre
A multi-seasonal model of plant-nematode interactions and its use for durable plant resistance deployment strategies
auteur
Samuel Nilusmas, Mathilde Mercat, Thomas Perrot, Suzanne Touzeau, Vincent Calcagno, Caroline Djian-Caporalino, Philippe Castagnone, Ludovic Mailleret
article
EASYs 2017 - Ecology & Agriculture Summit for Young scientists, EAS., Mar 2017, Chizé, France
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titre
Modeling cell death dynamics at the receptor level
auteur
Luis Pereira, Mickael Meyer, Paul Hofman, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves, Jérémie Roux
article
CompSysBio, Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Mar 2017, Aussois, France
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titre
Reduction of a complex biotechnological process model using state-variable association method-Application to the anaerobic digestion of micro-algae
auteur
Zeyneb Khedim, Boumediene Benyahia, Francis Mairet, Jean-Philippe Steyer, Jérôme Harmand
article
2017 International Conference on Control, Automation and Diagnosis (ICCAD), IEEE, Jan 2017, Hammamet, Tunisia. pp.135-140, ⟨10.1109/CADIAG.2017.8075645⟩
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Patents

titre
Selective bioreactor for microalgae
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra, Francis Mairet, Hubert Bonnefond, Eric Pruvost
article
France, Patent n° : WO2017174907A1. 2017
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Poster communications

titre
Impact de la température sur les interactions entre la microalgue marine Micromonas et les virus qui l’infectent
auteur
David Demory, Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Christophe Six, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Pei Ge, Estelle Bigeard, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille, A. C. Baudoux
article
VIIIe Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne,, Oct 2017, Camaret-sur-Mer, France
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Reports

titre
Modélisation du portage des salmonelles dans un élevage porcin
auteur
Justine Guillaumont, Caroline Bidot, Suzanne Touzeau
article
[Rapport Technique] 2017-2, INRA, UR1404 Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement. 2017, pp.47
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https://hal.inria.fr/hal-01605512/file/maiage_techrep2017-2_%7B68F4B923-3D47-4508-BC15-10B23613182E%7D.pdf BibTex

Theses

titre
Modélisation de stratégies d'introduction de populations, effets Allee et stochasticité
auteur
Nicolas Bajeux
article
Autre. Université Côte d'Azur, 2017. Français. ⟨NNT : 2017AZUR4056⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01865809/file/2017AZUR4056.pdf BibTex
titre
Modeling, analysis and reduction of biological systems
auteur
Stefano Casagranda
article
Other. Université Côte d'Azur, 2017. English. ⟨NNT : 2017AZUR4049⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02169197/file/2017AZUR4049.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Optimization of strain selection in evolutionary continuous culture
auteur
Terence Bayen, Francis Mairet
article
International Journal of Control, Taylor & Francis, 2016, 90 (12), pp.2748-2759. ⟨10.1080/00207179.2016.1264631⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01332683/file/mutation-16-06-2016.pdf BibTex
titre
Evidence for an optimal level of connectivity for establishment and colonisation
auteur
Thibaut Morel-Journel, Camille Piponiot, Elodie Vercken, Ludovic Mailleret
article
Biology Letters, Royal Society, The, 2016, 12 (11), ⟨10.1098/rsbl.2016.0704⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01406406/file/MS_V8.pdf BibTex
titre
Integrating Physiology and Architecture in Models of Fruit Expansion
auteur
Mikolaj Cieslak, Ibrahim Cheddadi, Frédéric Boudon, Valentina Baldazzi, Michel Génard, Christophe Godin, Nadia Bertin
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, pp.19. ⟨10.3389/fpls.2016.01739⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01400062/file/Cieslak-fpls-2016-07-01739.pdf BibTex
titre
Calibration of a productivity model for the microalgae Dunaliella salina accounting for light and temperature
auteur
Quentin Béchet, Philippe Moussion, Olivier Bernard
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2016, 21, pp.156 - 160. ⟨10.1016/j.algal.2016.11.001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01410980/file/Revised_Manuscript_UnMarked.pdf BibTex
titre
Influence of temperature on Chlorella vulgaris growth and mortality rates in a photobioreactor
auteur
Rui Serra-Maia, Olivier Bernard, Ana Gonçalves, Sakina Bensalem, Filipa Lopes
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2016, 18, pp.352 - 359. ⟨10.1016/j.algal.2016.06.016⟩
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BibTex
titre
Modelling Salmonella transmission among pigs from farm to slaughterhouse: Interplay between management variability and epidemiological uncertainty
auteur
Jordi Ferrer Savall, Caroline Bidot, Mily Leblanc-Maridor, Catherine Belloc, Suzanne Touzeau
article
International Journal of Food Microbiology, Elsevier, 2016, 229, pp.33-43. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2016.03.020⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01334840/file/IntJFoodMicro_review4.pdf BibTex
titre
Maximizing Productivity and Reducing Environmental Impacts of Full-Scale Algal Production through Optimization of Open Pond Depth and Hydraulic Retention Time
auteur
Quentin Béchet, Andy Shilton, Benoit Guieysse
article
Environmental Science & Technology, American Chemical Society, 2016, 50 (7), pp.4102 - 4110. ⟨10.1021/acs.est.5b05412⟩
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BibTex
titre
Reply to the Comment on “Mathematical modeling of unicellular microalgae and cyanobacteria metabolism for biofuel production” by Baroukh et al. [Curr. Opin. Biotechnol. 2015, 33:198–205]
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Muñoz-Tamayo, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer
article
Current Opinion in Biotechnology, Elsevier, 2016, 38, pp.200 - 202. ⟨10.1016/j.copbio.2016.02.018⟩
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BibTex
titre
Dynamical allocation of cellular resources as an optimal control problem: Novel insights into microbial growth strategies
auteur
Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, 12 (3), pp.e1004802. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004802⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01332394/file/pcbi.1004802.pdf BibTex
titre
Concomitant effects of light and temperature diel variations on the growth rate and lipid production of Dunaliella salina
auteur
Hubert Bonnefond, N. Moelants, A. Talec, Olivier Bernard, A. Sciandra
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2016, 14, pp.72-78. ⟨10.1016/j.algal.2015.12.018⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01266717/file/Bonnefond_2016_Concomitant_effects.pdf BibTex
titre
Dynamic coupling of photoacclimation and photoinhibition in a model of microalgae growth
auteur
Andreas Nikolaou, Philipp Hartmann, Antoine Sciandra, Benoît Chachuat, Olivier Bernard
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2016, 390, pp.61 - 72. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.11.004⟩
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BibTex
titre
Temporal niche differentiation of parasites sharing the same plant host: oak powdery mildew as a case study
auteur
Frédéric Hamelin, Anne Bisson, Marie-Laure Desprez Loustau, Frédéric Fabre, Ludovic Mailleret
article
Ecosphere, Ecological Society of America, 2016, 7 (11), pp.e01517. ⟨10.1002/ecs2.1517⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01402248/file/Hamelin_et_al-2016-Ecosphere.pdf BibTex
titre
Sharing a resource with randomly arriving foragers
auteur
Pierre Bernhard, Frédéric Hamelin
article
Mathematical Biosciences, Elsevier, 2016, 273 (91), pp.91-101. ⟨10.1016/j.mbs.2016.01.004⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01294950/file/berham16.pdf BibTex
titre
On Dynamic Games with Randomly Arriving Players
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
Dynamic Games and Applications, Springer Verlag, 2016, pp.34. ⟨10.1007/s13235-016-0197-z⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01425013/file/Bernhard2016.pdf BibTex
titre
Robustness of Bioprocess Feedback Control to Biodiversity
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard
article
AIChE Journal, Wiley, 2016, pp.24. ⟨10.1002/aic.15604⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01410765/file/Aiche_robust.pdf BibTex
titre
Periodic Oscillations for Non Monotonic Smooth Negative Feedback Circuits
auteur
Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2016, 15 (1), pp.257-286. ⟨10.1137/15M1033368⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01242157/file/M103336.pdf BibTex
titre
An optimisation approach for stability analysis and controller synthesis of linear hyperbolic systems
auteur
Pierre-Olivier Lamare, Antoine Girard, Christophe Prieur
article
ESAIM: Control, Optimisation and Calculus of Variations, EDP Sciences, 2016, 22 (4), pp.1236-1263. ⟨10.1051/cocv/2016038⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01331730/file/COCV_LGP16.pdf BibTex
titre
Hybrid Control of a Bioreactor with Quantized Measurements
auteur
Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
IEEE Transactions on Automatic Control, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2016, 61 (5), pp.1385 - 1390 ⟨10.1109/TAC.2015.2471735⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01239387/file/hybrid_bioreactor_vf_short.pdf BibTex

Conference papers

titre
Theoretical and microcosm approaches to biological invasions
auteur
Elodie Vercken, Ludovic Mailleret
article
The Physics and Biology of Invasion, Dec 2016, Nice, France
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titre
Habitat quality and the velocity of spatial population expansion
auteur
Marjorie Haond, Ludovic Mailleret, T. Morel-Journel, L. Roques, Elodie Vercken
article
SFÉCOLOGIE 2016- Colloque de la societe francaise d'ecologie, Oct 2016, Marseille, France
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BibTex
titre
Effect of the spatial distribution of resources in experimental mini-landscapes on the fitness of two populations of Trichogramma cacoeciae
auteur
Victor Burte, Guy Perez, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
Sfécologie2016 - International Conference on Ecological Sciences, Oct 2016, Marseille, France
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BibTex
titre
Metabolic modeling of C. sorokiniana diauxic heterotrophic growth
auteur
Caroline Baroukh, Olivier Bernard
article
6. IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering (FOSBE), Oct 2016, Magdeburg, Germany. pp.330-335, ⟨10.1016/j.ifaco1.2016.12.148⟩
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titre
Modélisation mathématique en épidémiologie animale et végétale
auteur
Suzanne Touzeau
article
École de recherche CIMPA-CETIC Modélisation Mathématique en Sciences du Vivant, Sep 2016, Yaoundé, Cameroun
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BibTex
titre
A multi-seasonal model of plant-nematode interactions and its use for durable plant resistance deployment strategies
auteur
S. Nilusmas, M. Mercat, T. Perrot, Suzanne Touzeau, V. Calcagno, C. Djian-Caporalino, P. Castagnone, Ludovic Mailleret
article
Hortimodel 2016 - Models for plant growth, environment control and farming management in protected cultivation, Sep 2016, Avignon, France. 8 p
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01402242/file/article-rev.pdf BibTex
titre
Model simplification and process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
The 5th International Symposium on Positive Systems (POSTA), Sep 2016, Rome, Italy
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BibTex
titre
Quantitative trait loci in pepper genome control the effective population size of two RNA viruses at inoculation
auteur
Lucie Tamisier, Elsa Rousseau, Sebastien Barraillé, Ghislaine Nemouchi, Marion Szadkowski, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard, Frédéric Fabre, Benoit Moury, Alain Palloix
article
16. Eucarpia Capsicum and Eggplant meeting, Szent István University. Gödöllo, HUN., Sep 2016, Kecskemét, Hungary. 591 p
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https://hal.inrae.fr/hal-02738767/file/Tamisier_Palloix%2016th%20eucarpia%202016%20169-176_1.pdf BibTex
titre
Habitat quality and the velocity of spatial population expansion
auteur
Marjorie Haond, Ludovic Mailleret, Thibaut Morel Journel, Lionel Roques, Elodie Vercken
article
10. Models in Population Dynamics and Ecology (CMPDE 16), Aix Marseille Université (AMU). Marseille, FRA., Sep 2016, Marseille, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02738990/file/2016_Haond_CMPDE_1.pdf BibTex
titre
Habitat quality and the velocity of spatial population expansion
auteur
Marjorie Haond, Ludovic Mailleret, Thibaut Morel Journel, Lionel Roques, Elodie Vercken
article
MPDE 2016 - International Conference on Models in Population Dynamics and Ecology, Sep 2016, Marseille, France
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BibTex
titre
Introduced populations in a stochastic world
auteur
Nicolas Bajeux, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Vincent Calcagno
article
10. Models in Population Dynamics and Ecology (CMPDE 16), Aix Marseille Université (AMU). FRA., Sep 2016, Marseille, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02738988/file/2016_Bajeux_CMPDE_1.pdf BibTex
titre
2D piecewise affine models approximate real continuous dynamics up to invariant sets
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
NOLCOS 2016 - 10th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems, Aug 2016, Monterey, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01410972/file/nolcosGCFinal.pdf BibTex
titre
Introduced populations in a stochastic world
auteur
Nicolas Bajeux, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2016, Nottingham, United Kingdom
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BibTex
titre
Oscillations for non monotonic negative feedback genes networks
auteur
Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2016, Nottingham, United Kingdom
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BibTex
titre
Introduced populations in a stochastic world
auteur
Nicolas Bajeux, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
9. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB), Jul 2016, Nottingham, United Kingdom
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BibTex
titre
Adding an integrator to backstepping: Output disturbances rejection for linear hyperbolic systems
auteur
Pierre-Olivier Lamare, Florent Di Meglio
article
American Control Conference, Jul 2016, Boston, United States. ⟨10.1109/ACC.2016.7525443⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01358718/file/2016ACC_POL_FDM.pdf BibTex
titre
Dynamic Flux Balance Analysis of the Metabolism of Microalgae under a Diurnal Light Cycle
auteur
Caroline Baroukh, Jean Philippe Steyer, Olvier Bernard, Benoit Chachuat
article
DYCOPS-CAB 2016 - 11th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, Including Biosystems DYCOPS-CAB 2016, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jun 2016, Trondheim, Norway. pp.791 - 796, ⟨10.1016/j.ifacol.2016.07.285⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01413531/file/BaroukhSteyer-11IFAC2016preprint_1.pdf BibTex
titre
Optimal operation of algal ponds accounting for future meteorology
auteur
Riccardo De-Luca, Quentin Béchet, Fabrizio Bezzo, Olivier Bernard
article
11th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, Jun 2016, Trondheim, Norway. pp.1062 - 1067, ⟨10.1016/j.ifacol.2016.07.343⟩
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BibTex
titre
The Photoinhibistat: Operating Microalgae Culture under Photoinhibition for Strain Selection
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard
article
11th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems Including Biosystems DYCOPS-CAB , Jun 2016, Trondheim, Norway. ⟨10.1016/j.ifacol.2016.07.344⟩
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BibTex
titre
Joint estimation of effective population size and selection coefficient without neutrel markers: method validation and application to experimental evolution of viruses
auteur
Elsa Rousseau, Benoit Moury, Ludovic Mailleret, Rachid Senoussi, Alain Palloix, Vincent Simon, Frédéric Grognard, Sophie Valiere, Frédéric Fabre
article
13. International plant virus epidemiology symposium, Jun 2016, Avignon, France. 165 p
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https://hal.inrae.fr/hal-02739698/file/Palloix%2013.int.%20plant%20virus%20epid.%20sympo.%202016%2016_1.pdf BibTex
titre
Habitat quality and the velocity of spatial population expansion
auteur
Marjorie Haond, Ludovic Mailleret, T. Morel-Journel, L. Roques, Elodie Vercken
article
ETAMM 2016 - Emerging Trends in Applied Mathematics and Mechanics., May 2016, Perpignan, France
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BibTex
titre
Why, when and how should exposure be considered in a model representing the within-host immune response to infection?
auteur
Suzanne Touzeau, Natacha Go, Caroline Bidot, Catherine Belloc
article
Emerging Trends in Applied Mathematics and Mechanics (ETAMM), May 2016, Perpignan, France
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BibTex
titre
Stochastic epidemiological model for the analysis of plant resistance break- down to pathogens subjected to genetic drift
auteur
Elsa Rousseau, Mélanie Bonneault, Frédéric Fabre, Benoit Moury, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard
article
Emerging trends in applied mathematics and mechanics (ETAMM 2016), May 2016, Perpignan, France
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BibTex
titre
Habitat quality and the velocity of spatial population expansion
auteur
Marjorie Haond, Ludovic Mailleret, Thibaut Morel Journel, Lionel Roques, Elodie Vercken
article
Emerging Trends in Applied Mathematics and Mechanics (ETAMM 2016), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD). FRA., May 2016, Perpignan, France
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BibTex
titre
Introduced populations in a stochastic world
auteur
N. Bajeux, F. Grognard, Ludovic Mailleret, V. Calcagno
article
Models in population dynamics and ecology, 2016, Marseille, France
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Patents

titre
BIOREACTOR FOR MICROALGAE
auteur
Olivier Bernard, Francis Mairet, Charlotte Combe, Antoine Sciandra, Eric Pruvost
article
France, Patent n° : WO/2016/151219. 2016
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Poster communications

titre
Genetic drift as a tool to increase the durability of plant qualitative resistance to viruses
auteur
Elsa Rousseau, Mélanie Bonneault, Frédéric Fabre, Benoit Moury, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard
article
13. International plant virus epidemiology symposium, Jun 2016, Avignon, France. 165 p., 2016, “Building bridges between disciplines for sustainable management of plant virus diseases”. IPVE 2016. Programme and abstracts
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https://hal.inrae.fr/hal-02740450/file/2016_Rousseau_IPVE_Poster_1.pdf BibTex

Reports

titre
Dynamic equilibrium in games with randomly arriving players
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
[Research Report] RR-8961, Université de la Côte d'Azur - INRIA. 2016, pp.38
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https://hal.inria.fr/hal-01379644/file/RR-8961.pdf BibTex

Theses

titre
Modelling the temperature effect on phytoplankton : from acclimation to adaptation
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud
article
Other. Université Nice Sophia Antipolis, 2016. English. ⟨NNT : 2016NICE4025⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01383294/file/2016NICE4025.pdf BibTex
titre
Effet de la dérive génétique et de la sélection sur la durabilité de la résistance des plantes aux virus
auteur
Elsa Rousseau
article
Sciences agricoles. Université Nice Sophia Antipolis, 2016. Français. ⟨NNT : 2016NICE4024⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02796455/file/2016NICE4024.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Cournot oligopoly with randomly arriving producers
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01413910/file/WP-2016-14.pdf BibTex
titre
Dynamic equilibrium in games with randomly arriving players
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01394813/file/WP-2016-10.pdf BibTex
titre
Shared predation: positive effects of predator distraction
auteur
Mickaël Teixeira Alves, Frédéric Grognard, Vincent Calcagno, Ludovic Mailleret
article
2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01579311/file/2017_Teixeira%20Alves_BioRxiv_%7B3CAC23DF-1CE6-4B68-A56C-5D12B095A7F9%7D.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Epidemiological and evolutionary management of plant resistance: optimizing the deployment of cultivar mixtures in time and space in agricultural landscapes
auteur
Frédéric Fabre, Elsa Rousseau, Ludovic Mailleret, Benoît Moury
article
Evolutionary Applications, Blackwell, 2015, 8 (10), pp.919-932. ⟨10.1111/eva.12304⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01239676/file/2015_Fabre_Evolutionary%20Applications_%7B6F4C29D7-8FBC-4842-A4B6-FBBBB7963D26%7D.pdf BibTex
titre
Analysis of a periodic optimal control problem connected to microalgae anaerobic digestion
auteur
Térence Bayen, Francis Mairet, Pierre Martinon, Matthieu Sebbah
article
Optimal Control Applications and Methods, Wiley, 2015, 36 (6), pp.750-773. ⟨10.1002/oca.2127⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00860570/file/BMMS-HAL.pdf BibTex
titre
Instrumentation and control of anaerobic digestion processes: a review and some research challenges
auteur
Julie Jimenez, Eric Latrille, Jérome Harmand, Daniel Gaida, Christian Wolf, Francis Mairet, Olivier Bernard, Victor Alcaraz-Gonzalez, Hugo Mendez-Acosta, Daniel Zitomer, Dennis Totzke, Henri Spanjers, Fabian Jacobi, Alan Guwy, Richard Dinsdale, Sofiane Mazhegrane, Gonzalo Ruiz-Filippi, Aurora Seco, Thierry Ribeiro, André Pauss, Jean-Philippe Steyer
article
Reviews in Environmental Science and Bio/technology, Springer Verlag, 2015, 14 (4), pp.615-648. ⟨10.1007/s11157-015-9382-6⟩
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BibTex
titre
The highs and lows of dispersal: how connectivity and initial population size jointly shape establishment dynamics in discrete landscapes
auteur
Thibaut Morel-Journel, Pierre Girod, Ludovic Mailleret, Alexandra Auguste, Aurélie Blin, Elodie Vercken
article
Oikos, Nordic Ecological Society, 2015, 125 (6), pp.769-777. ⟨10.1111/oik.02718⟩
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BibTex
titre
Recommendations for Life Cycle Assessment of algal fuels
auteur
Pierre Collet, Arnaud Hélias, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Applied Energy, Elsevier, 2015, 154, pp.1089-1102. ⟨10.1016/j.apenergy.2015.03.056⟩
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BibTex
titre
Production of a methyl ester from the microalgae Nannochloropsis grown in raceways on the French west coast
auteur
Béatrice Perrier, Christelle Crampon, Olivier Guézet, Coralie Simon, François Maire, Olivier Lépine, Jeremy Pruvost, Paul Lozano, Olivier Bernard, Elisabeth Badens
article
Fuel, Elsevier, 2015, 153, pp.640-649. ⟨10.1016/j.fuel.2015.03.011⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01247077/file/2015_Perrier_Shamash_Fuel_PC.pdf BibTex
titre
Temporal autocorrelation in host density increases establishment success of parasitoids in an experimental system
auteur
Elodie Vercken, Xavier Fauvergue, Nicolas Ris, Didier Crochard, Ludovic Mailleret
article
Ecology and Evolution, Wiley Open Access, 2015, 5 (13), pp.2684-2693. ⟨10.1002/ece3.1505⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01239677/file/2015_Vercken_Ecology%20and%20Evolution_1.pdf BibTex
titre
Optimal feeding strategy for the minimal time problem of a fed-batch bioreactor with mortality rate
auteur
Térence Bayen, Francis Mairet, Marc Mazade
article
Optimal Control Applications and Methods, Wiley, 2015, 36 (1), pp.77-92. ⟨10.1002/oca.2102⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00759058/file/manuscript-rev2-hal.pdf BibTex
titre
Analysis of an optimal control problem connected to bioprocesses involving a saturated singular arc
auteur
Térence Bayen, Marc Mazade, Francis Mairet
article
Discrete and Continuous Dynamical Systems - Series B, American Institute of Mathematical Sciences, 2015, 20 (1), pp.39-58. ⟨10.3934/dcdsb.2015.20.39⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00879385/file/dcds-b-3.pdf BibTex
titre
L’hétérogénéité intraclonale des tumeurs et son impact sur la médecine de précision
auteur
Jérémie Roux, Jean-Luc Gouzé, Paul Hofman
article
médecine/sciences, EDP Sciences, 2015, 31 (1), pp.28-31. ⟨10.1051/medsci/20153101009⟩
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BibTex
titre
Long-term adaptive response to high-frequency light signals in the unicellular photosynthetic eukaryote Dunaliella salina
auteur
Charlotte Combe, Philipp Hartmann, Sophie Rabouille, Amélie Talec, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Biotechnology and Bioengineering, Wiley, 2015, 112 (6), pp.1111-1121. ⟨10.1002/bit.25526⟩
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BibTex
titre
Design of a bistable switch to control cellular uptake
auteur
Diego A. Oyarzún, Madalena Chaves
article
Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2015, 12 (113), pp.20150618. ⟨10.1098/rsif.2015.0618⟩
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BibTex
titre
Processus d’invasions biologiques : de l’approche descriptive à l’approche prédictive
auteur
Benoit Facon, Ludovic Mailleret, David Renault, Lionel Roques
article
Revue d'Ecologie, Terre et Vie, Société nationale de protection de la nature, 2015, 70 (12), pp.110-113
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BibTex
titre
A state of the art of metabolic networks of unicellular microalgae and cyanobacteria for biofuel production
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Muñoz-Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Metabolic Engineering, Elsevier, 2015, 30, pp.49-60. ⟨10.1016/j.ymben.2015.03.019⟩
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BibTex
titre
Adaptive control of light attenuation for optimizing microalgae production
auteur
Francis Mairet, Rafael Muñoz-Tamayo, Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, Elsevier, 2015, 30, pp.117-124. ⟨10.1016/j.jprocont.2015.03.010⟩
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BibTex
titre
De l’utilisation de microcosmes pour le test d’hypothèses en biologie de l’invasion
auteur
Thibaut Morel Journel, Xavier Fauvergue, Eric Lombaert, Ludovic Mailleret, Thibaut Malausa, Nicolas Ris, Elodie Vercken
article
Revue d'Ecologie, Terre et Vie, Société nationale de protection de la nature, 2015, 70 (12), pp.16-27
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BibTex
titre
Continuous-switch piecewise quadratic models of biological networks: Application to bacterial growth
auteur
Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Automatica, Elsevier, 2015, 61, pp.164-172. ⟨10.1016/j.automatica.2015.07.031⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01231368/file/SPQ-CartaChavesGouze-web-format.pdf BibTex
titre
Proportional Transaction Costs in the Robust Control Approach to Option Pricing: The Uniqueness Theorem
auteur
Naïma El Farouq, Pierre Bernhard
article
Applied Mathematics and Optimization, Springer Verlag (Germany), 2015, 72 (2), pp.187-202. ⟨10.1007/s00245-014-9276-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01090616/file/ElFarouq-Bernhard-revision.pdf BibTex
titre
Natural enemies deployment in patchy environments for augmentative biological control
auteur
Bapan Ghosh, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
Applied Mathematics and Computation, Elsevier, 2015, 266 (1), pp.982-999. ⟨10.1016/j.amc.2015.06.021⟩
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BibTex
titre
The utilization of microcosms to test invasion biology hypotheses
auteur
Thibaut Morel-Journel, Xavier Fauvergue, Eric Lombaert, Ludovic Mailleret, Thibaut Malausa, Nicolas Ris, Elodie Vercken
article
Revue d'Ecologie, 2015, 70, pp.16 - 27
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BibTex
titre
Evolutionary Dynamics of the Handicap Principle: An Example
auteur
Pierre Bernhard
article
Dynamic Games and Applications, Springer Verlag, 2015, 5 (2), pp.214-227. ⟨10.1007/s13235-014-0108-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01090629/file/bernhard_revised.pdf BibTex
titre
Mathematical modeling of unicellular microalgae and cyanobacteria metabolism for biofuel production
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Muñoz-Tamayo, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer
article
Current Opinion in Biotechnology, Elsevier, 2015, 33, pp.198-205. ⟨10.1016/j.copbio.2015.03.002⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
The colorimetric assay of viability for algae (CAVA): a fast and accurate technique
auteur
Quentin Béchet, Ivan Feurgard, Benoit Guieysse, Filipa Lopes
article
Journal of Applied Phycology, Springer Verlag, 2015, 27 (6), pp.2289-2297. ⟨10.1007/s10811-014-0508-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01096355/file/JAPH-D-14-00456%20%20for%20HAL.pdf BibTex
titre
Competition between phytoplankton and bacteria: exclusion and coexistence
auteur
Frédéric Grognard, Pierre Masci, Eric Benoît, Olivier Bernard
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2015, 70 (5), pp.959-1006. ⟨10.1007/s00285-014-0783-x⟩
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titre
The use of fluorescent Nile red and BODIPY for lipid measurement in microalgae
auteur
Judith Rumin, Hubert Bonnefond, Bruno Saint-Jean, Catherine Rouxel, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Jean-Paul Cadoret, Gaël Bougaran
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2015, 8 (1), pp.16. ⟨10.1186/s13068-015-0220-4⟩
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Conference papers

titre
Organic matter characterization: towards a unified methodology for biological treatments modelling
auteur
Julie Jimenez, Camila Espinoza Cavajal, Quentin Aemig, Sabine Houot, Jean-Philippe Steyer, Fabien Vedrenne, Dominique Patureau
article
14. World Congress on Anaerobic Digestion (AD14), International Water Association (IWA). INT., Nov 2015, Viña del Mar, Chile
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https://hal.inrae.fr/hal-02743262/file/jimenez_1.pdf BibTex
titre
A new approach to unravel metabolic regulations. Application to microalgae growth and lipid production under day/night cycles and nitrogen starvation
auteur
Caroline Baroukh, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer, Rafael Munoz Tamayo, Benoit Chachuat
article
BioSynSys 2015 : 1er colloque du GDR "Biologie de Synthèse et des Systèmes", Sep 2015, Paris, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01601441/file/livret_Biosynsys_2015_2.pdf BibTex
titre
It’s all about connections: hubs and invasions in habitat networks
auteur
Thibaut Morel-Journel, Claire Rais Assa, Ludovic Mailleret, Elodie Vercken
article
Annual Meeting of the Ecological Society of America, Aug 2015, Baltimore, United States
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titre
Control of bio-conversion of polymeric substrate in the chemostat
auteur
Jean-Luc Gouzé, Francis Mairet, Jacques Alexandre Sepulchre
article
FOSBE, Aug 2015, Boston, United States
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titre
Metabolic modeling of microalgae growth and lipids production during day/night cycles and nitrogen starvation
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Metabolic Pathway Analysis 2015, Jun 2015, Braga, Portugal
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titre
Towards a better understanding of the within-host dynamics to PRRSv: insights from modelling approach
auteur
Natacha Go, Catherine Belloc, Caroline Bidot, Suzanne Touzeau
article
International Porcine Reproductive And Respiratory Syndrome Congress, Jun 2015, Gand, Belgium
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titre
Joint estimation of effective population sizes and selection coefficients from time-sampled data: a case study on virus populations submitted to plant resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jerome Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Frédéric Grognard, Benoit Moury
article
9. colloque de la Société Française de Phytopathologie, Societe Francaise de Phytopathologie (SFP). FRA., Jun 2015, Colmar, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02738575/file/2015_Rousseau_SFP_1.pdf BibTex
titre
Contrôle hybride d'un bioréacteur avec des mesures discrètes
auteur
Jean-Luc Gouzé
article
35ème Colloque de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2015, Poitiers, France
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titre
Model reduction and process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
2015 23th Mediterranean Conference on Control and Automation (MED), Jun 2015, Torremolinos, Spain. ⟨10.1109/MED.2015.7158908⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01239356/file/MED2015-paper.pdf BibTex
titre
Discrete synchronization of massively coupled systems using hierarchical couplings
auteur
Camille Poignard
article
SIAM Conference on Applications of Dynamical Systems, May 2015, Snowbird, United States
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titre
Towards an exploration of PRRSv vaccine efficiency in silico
auteur
Natacha Go, Catherine Belloc, Caroline Bidot, Suzanne Touzeau
article
European Symposium of Porcine Health Management, Apr 2015, Nantes, France
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titre
Joint estimation of effective population sizes and selection coefficients from time-sampled data: a case study on virus populations exposed to plant resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jerome Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Frédéric Grognard, Benoit Moury
article
15. Rencontres de Virologie Végétale (RVV), Jan 2015, Aussois, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02738942/file/2015_Rousseau_RVV_1.pdf BibTex
titre
Modelling the effect of temperature on phytoplankton growth across the global ocean
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Valérie Le Guennec, Sakina-Dorothée Ayata, Francis Mairet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
8th Vienna International Conference on Mathematical Modelling — MATHMOD 2015, 2015, Vienna, Austria. ⟨10.1016/j.ifacol.2015.05.059⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01245890/file/Grimaud_Mathmod_2015_v2.pdf BibTex
titre
A simple Adaptive Dynamics model to study the effect of global warming on marine phytoplankton
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Francis Mairet, Sakina-Dorothée Ayata, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Mathematical Models in Ecology and Evolution, 2015, Paris, France
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titre
Estimation of genetic drift and selection from next generation sequencing time-sampled data
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jérôme Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Frédéric Grognard, Benoît Moury
article
SMBE Satellite meeting SMBEBA 2015, Investigating biological adaptation with NGS: data and models , 2015, Leicester, United Kingdom
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titre
Joint estimation of effective population sizes and selection coefficients from time-sampled data: a case study on virus populations exposed to plant resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jérôme Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Frédéric Grognard, Benoît Moury
article
Rencontres de Virologie Végétale (RVV), 2015, Aussois, France
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titre
Joint estimation of effective population sizes and selection coefficients from time-sampled data: a case study on virus populations submitted to plant resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jérôme Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Frédéric Grognard, Benoît Moury
article
9e Colloque de la Société Française de Phytopathologie, 2015, Colmar, France
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Book sections

titre
Linear Quadratic Zero-Sum Two-Person Differential Games
auteur
Pierre Bernhard
article
Encyclopaedia of Systems and Control, Springer-Verlag, pp.6, 2015, ⟨10.1007/978-1-4471-5102-9_29-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01215550/file/LQZSTPDGauthor.pdf BibTex
titre
Pursuit-Evasion Games and Zero-sum Two-person Differential Games
auteur
Pierre Bernhard
article
Encyclopaedia of Systems and Control, Springer-Verlag, pp.8, 2015, ⟨10.1007/978-1-4471-5102-9_270-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01215556/file/NonlinearZSTPDGauthor.pdf BibTex
titre
Modelling of Microalgae Culture Systems with Applications to Control and Optimization
auteur
Olivier Bernard, Francis Mairet, Benoît Chachuat
article
Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology , Microalgae Biotechnology (153), pp. 59-87, 2015, 0724-6145. ⟨10.1007/10_2014_287⟩
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Other publications

titre
« Structures : organisation, complexité, dynamique » des mot-clés au sens inattendu
auteur
Thierry Viéville, Sylvie Boldo, Florent Masseglia, Pierre Bernhard
article
2015
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Poster communications

titre
Modeling and coupling biorhythms
auteur
Sofia Almeida, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Franck Delaunay
article
2nd Labex SIGNALIFE Meeting, Nov 2015, Nice, France. 2015
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titre
Joint estimation of the strength of genetic drift and selection from next generation sequencing time-sampled data : a case study on the adaptation of virus populations to host plant resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jerome Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Benoit Moury, Frédéric Grognard
article
SMBE Satellite meeting SMBEBA 2015 "Investigating biological adaptation with NGS: data and models", May 2015, St Martin de Londres, France. 2015
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https://hal.inrae.fr/hal-02797375/file/Abstract_1 BibTex
titre
Estimation of genetic drift and selection from next generation sequencing time-sampled data
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jerome Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Frédéric Grognard, Benoit Moury
article
Modelling biological evolution 2015: linking mathematical theories with empirical realities, Apr 2015, Leicester, United Kingdom. 2015
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https://hal.inrae.fr/hal-02738798/file/PosterFabre_1.pdf BibTex

Reports

titre
Modélisation de l'interaction entre gènes pour évaluer la durabilité de résistances variétale
auteur
Romain Tching Chi Yen
article
France. Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), FRA. 2015, 27 p
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titre
Calibration of Personalized Patient Pharmacokinetic Models
auteur
Victor A Bernal Arzola
article
[Intership report] Université de Nice Sophia Antipolis. 2015
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titre
Réduction de la taille des antennes photosynthétiques d'une microalgue par pression de séléction
auteur
Yann Lie
article
[Intership report] ENSAT. 2015
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BibTex
titre
Modélisation de la production de biomasse de microalgues dans des bassins sous serres
auteur
Margaux Caïa
article
[Intership report] ENSAT. 2015
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titre
Modélisation de la production de microalgues sous serre photovoltaique
auteur
Philippe Moussion
article
[Intership report] ENSAT. 2015
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titre
Conception et étude d’un modèle de gestion durable des variétés de plantes résistantes aux virus dans un paysage agricole
auteur
Mélanie Bonneault
article
[Stage] INSA Lyon. 2015
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BibTex
titre
Modélisation de l’interaction entre gènes pour évaluer la durabilité de résistances variétales
auteur
Romain Tching Chi Yen
article
[Stage] INSA Lyon. 2015
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BibTex
titre
Modélisation de l'impact des hautes températures sur les microalgues
auteur
Nicolas Arsapin
article
[Intership report] Université du Sud Toulon Var. 2015
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BibTex
titre
Évolution de la virulence chez un nématode phytoparasite : optimisation et analyse de sensibilité des stratégies de déploiement temporel de plantes résistantes
auteur
Mathilde Mercat
article
[Stage] Université de Rennes 1. 2015, pp.22
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BibTex
titre
Réponse physiologique d'une cyanobactérie à la température
auteur
Tiphaine Lecieux
article
[Stage] Master d’Océanographie – Spécialité Biologie Ecologie Marine, Université Aix-Marseille. 2015
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Theses

titre
Modelling, analysis and control of biological networks
auteur
Ismail Belgacem
article
Automatic Control Engineering. Université Nice Sophia-Antipolis, 2015. English
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Joint estimation of the strength of genetic drift and selection from next generation sequencing time-sampled data : a case study on the adaptation of virus populations to host plant resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Jérôme Coville, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Rachid Senoussi, Benoît Moury, Frédéric Grognard
article
2015
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titre
On Dynamic Games with Randomly Arriving Players
auteur
Pierre Bernhard, Marc Deschamps
article
2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01377916/file/WP-2015-13.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Phytoplankton plasticity drives large variability in carbon fixation efficiency
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Marina Lévy, Olivier Aumont, Laure Resplandy, Alessandro Tagliabue, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Geophysical Research Letters, American Geophysical Union, 2014, 41 (24), pp.8994-9000. ⟨10.1002/2014gl062249⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01996384/file/Ayata-et-al_2014_GRL_ppk_ratio.pdf BibTex
titre
The functional response predicts the effect of resource distribution on the optimal movement rate of consumers
auteur
Vincent Calcagno, Frédéric Grognard, Frédéric Hamelin, Eric Wajnberg, Ludovic Mailleret
article
Ecology Letters, Wiley, 2014, 17 (12), pp.1570-1579. ⟨10.1111/ele.12379⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01084299/file/calcagno_2014_1.pdf BibTex
titre
Phytoplankton plasticity drives large variability in carbon fixation efficiency
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Marina Lévy, Olivier Aumont, Laure Resplandy, Alessandro Tagliabue, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Geophysical Research Letters, American Geophysical Union, 2014, 41 (24), pp.8994-9000. ⟨10.1002/2014GL062249⟩
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titre
Simple signaling games of sexual selection (Grafen’s revisited)
auteur
Pierre Bernhard, Frédéric Hamelin
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2014, 69 (6-7), pp.1719-1742. ⟨10.1007/s00285-013-0745-8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00933425/file/BernhardHamelinRevised.pdf BibTex
titre
Links between topology of the transition graph and limit cycles in a two-dimensional piecewise affine biological model
auteur
Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2014, 69 (6-7), pp.1461-1495. ⟨10.1007/s00285-013-0735-x⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00919872/file/AbouJaoude_JMB.pdf BibTex
titre
La production de micro-algues sous serre photovoltaique : évolution ou révolution ?
auteur
Olivier Bernard
article
Revue de l'Energie, Conseil Français de l’Énergie, 2014, 621, pp.385-392
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BibTex
titre
How optimal foragers should respond to habitat changes: a reanalysis of the Marginal Value Theorem
auteur
Vincent Calcagno, Ludovic Mailleret, Eric Wajnberg, Frédéric Grognard
article
Journal of Mathematical Biology, Springer Verlag (Germany), 2014, 69 (5), pp.1237-1265. ⟨10.1007/s00285-013-0734-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00871355/file/calcagno_2014_2_1.pdf BibTex
titre
Modelling the dynamics of carbon–nitrogen metabolism in the unicellular diazotrophic cyanobacterium Crocosphaera watsonii WH8501, under variable light regimes
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Sophie Rabouille, Anthony Dron, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2014, 291, pp.121--133. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.07.016⟩
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BibTex
titre
Direct and apparent compensation in plant-herbivore interactions
auteur
Audrey Lebon, Ludovic Mailleret, Yves Dumont, Frédéric Grognard
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2014, Special Issue of the 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA’12 ) — Special Issue of PMA’12, 290, pp.192-203. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.02.020⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00968183/file/EM_VF.pdf BibTex
titre
Pathogen population dynamics in agricultural landscapes: The Ddal modelling framework
auteur
Julien Papaïx, Katarzyna Adamczyk-Chauvat, Annie Bouvier, Kiên Kiêu, Suzanne Touzeau, Christian Lannou, Hervé Monod
article
Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2014, 27, pp.509-520. ⟨10.1016/j.meegid.2014.01.022⟩
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BibTex
titre
Integrative Model of the Immune Response to a Pulmonary Macrophage Infection: What Determines the Infection Duration?
auteur
Natacha Go, Caroline Bidot, Catherine Belloc, Suzanne Touzeau
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e107818. ⟨10.1371/journal.pone.0107818⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01099937/file/journal.pone.0107818.pdf BibTex
titre
Can epidemic control be achieved by altering landscape connectivity in agricultural systems?
auteur
Julien Papaïx, Suzanne Touzeau, Hervé Monod, Christian Lannou
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2014, 284 (284), pp.35-47. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.04.014⟩
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BibTex
titre
Getting the most out of it: optimal experiments for parameter estimation of microalgae growth models
auteur
Rafael Muñoz-Tamayo, Pierre Martinon, Gaël Bougaran, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, Elsevier, 2014, 24 (6), pp.991-1001. ⟨10.1016/j.jprocont.2014.04.021⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00998525/file/Munoz%20OED_vfinal.pdf BibTex
titre
ISS Interval Observers for Nonlinear Systems Transformed Into Triangular Systems
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, Wiley, 2014, 24 (7), pp.1241-1261. ⟨10.1002/rnc.2937⟩
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BibTex
titre
Optimization of the separation of two species in a chemostat
auteur
Térence Bayen, Francis Mairet
article
Automatica, Elsevier, 2014, 50 (4), pp.1243-1248. ⟨10.1016/j.automatica.2014.02.024⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00817147/file/preprint-HAL.pdf BibTex
titre
Interval observer with near optimal adaptation dynamics. Application to the estimation of lipid quota in microalgae
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, Wiley, 2014, 24 (6), pp.1142-1157. ⟨10.1002/rnc.2934⟩
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titre
Allee Effects and the Evolution of Polymorphism in Cyclic Parthenogens
auteur
Magda Castel, Ludovic Mailleret, Didier Andrivon, Virginie Ravigné, Frédéric Hamelin
article
The American Naturalist, The American Society of Naturalists, 2014, 183 (3), pp.E75-E88. ⟨10.1086/674828⟩
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BibTex
titre
Estimation of neutral lipid and carbohydrate quotas in microalgae using adaptive interval observers
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
Bioprocess and Biosystems Engineering, Springer Verlag, 2014, 37 (1), pp.51-61. ⟨10.1007/s00449-013-0913-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00854476/file/BBE-obs_lipid-v5_post-print.pdf BibTex
titre
The effect of Time Scales in Photosynthesis on microalgae Productivity
auteur
Philipp Hartmann, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
Bioprocess and Biosystems Engineering, Springer Verlag, 2014, 37 (1), pp.17-25. ⟨10.1007/s00449-013-1031-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00852255/file/2013_Hartmann_BBE.pdf BibTex
titre
DRUM: A new framework for metabolic modeling under non-balanced growth. Application to the carbon metabolism of unicellular microalgae
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Muñoz-Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (8), pp.e104499. ⟨10.1371/journal.pone.0104499⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01123224/file/BaroukhMunoz-Tamayo-PLOSONE2014_%7B3F7FEBC8-C592-4E8E-BCDF-FCC5B28B8C85%7D.pdf BibTex
titre
Optimal strategies for biomass productivity maximization in a photobioreactor using natural light
auteur
Frédéric Grognard, Andrei R. Akhmetzhanov, Olivier Bernard
article
Automatica, Elsevier, 2014, 50 (2), pp.359-368. ⟨10.1016/j.automatica.2013.11.014⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00871341/file/photoB_final_hal.pdf BibTex
titre
Attractor computation using interconnected Boolean networks: testing growth rate models in E. Coli
auteur
Madalena Chaves, Alfonso Carta
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2014, pp.17. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.021⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01095196/file/ecoli-bool-web-version-final.pdf BibTex
titre
Natural enemy-mediated indirect interactions among prey species: potential for enhancing biocontrol services in agroecosystems
auteur
Anaïs Chailleux, Emily K Mohl, Mickaël Teixeira Alves, Gerben J Messelink, Nicolas Desneux
article
Pest Management Science, Wiley, 2014, 70 (12), pp.1769 - 1779. ⟨10.1002/ps.3916⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01571388/file/Chailleux_et_al-2014-Pest_Management_Science.pdf BibTex
titre
Biodiesel from microalgae – Life cycle assessment and recommendations for potential improvements
auteur
Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Helias, Stéphanie Bricout, Isabelle Lombaert-Valot, Béatrice Perrier, Olivier Lépine, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Renewable Energy, Elsevier, 2014, 71, pp.525-533. ⟨10.1016/j.renene.2014.06.009⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Clustered or scattered? The impact of habitat distribution on establishment dynamics
auteur
Thibaut Morel Journel, Maud Hautier, Elodie Vercken, Ludovic Mailleret
article
British Ecological Society - Société Française d'Ecologie Joint Annual Meeting, Dec 2014, Lille, France
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BibTex
titre
Parasitoid response to herbivore induced plant volatiles: a meta-analysis.
auteur
Louise van Oudenhove, Ludovic Mailleret, Xavier Fauvergue
article
British Ecological Society - Société Française d'Ecologie Joint Annual Meeting, Dec 2014, Lille, France
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BibTex
titre
Stability analysis of a reduced transcription-translation model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
Proceedings of the 53rd IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2014, Los Angeles, CA, United States
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BibTex
titre
Clustered or scattered? The impact of habitat distribution on establishment dynamics
auteur
Thibaut Morel Journel, Maud Hautier, Elodie Vercken, Ludovic Mailleret
article
Conférence du GDR InvaBio, Oct 2014, Rennes, France
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BibTex
titre
From theory to data : temporal niche differentiation of closely related pathogens species sharing the same plant host.
auteur
Anne Bisson, Frédéric Fabre, Ludovic Mailleret, Marie Laure Desprez Loustau, Frédéric Hamelin
article
Les maladies infectieuses comme moteur de l’évolution : les défis à venir, Sep 2014, Roscoff, France
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BibTex
titre
Hybrid mathematical formalism for analysis of biological regulatory networks
auteur
Madalena Chaves
article
IEEE International Meeting on Analysis and Applications of Nonsmooth Systems, Sep 2014, COMO, Italy
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BibTex
titre
Feedback stabilization of predator-prey systems for impulsive biological control
auteur
Frédéric Grognard
article
19th IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Aug 2014, Cape Town, South Africa. 12336 p., ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.00666⟩
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BibTex
titre
Growth Rate Estimation of Algae in Raceway Ponds: A Novel Approach
auteur
Philipp Hartmann, David Demory, Charlotte Combe, Raouf Hamouda, Jacques Sainte-Marie, Marie-Odile Bristeau, Anne-Céline Boulanger, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer, Sophie Rabouille, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.02408⟩
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BibTex
titre
A Dynamical Model to study the Response of Microalgae to Pulse Amplitude Modulated Fluorometry
auteur
Frédéric Chazalon, Sophie Rabouille, Philipp Hartmann, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. pp.7152-7157, ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.02162⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01101296/file/ifacconf%20CHAZALON_v6.pdf BibTex
titre
Robustness of Closed-Loop Control to Biodiversity: a Didactic Example
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. pp.5321-5326, ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.02193⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01094693/file/robust_v5_IFAC.pdf BibTex
titre
Modelling thermal adaptation in microalgae : an adaptive dynamics point of view
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. pp.4376-4381, ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.00982⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01094700/file/Grimaud_Ifac2014_v18_REVIEW.pdf BibTex
titre
Introduction strategies for biological control agents subject to Allee effects
auteur
Nicolas Bajeux, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Grogningen, Netherlands. 8 p
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titre
A coupled transcription-translation mathematical model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands
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titre
Predictive analysis for biological regulatory systems – combining discrete and continuous formalisms
auteur
Madalena Chaves
article
Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS'14), Jul 2014, Groningen, Netherlands
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titre
Hybrid models for the interconnection of circadian and genetic cycles in cyanobacteria
auteur
Madalena Chaves, Miguel Preto
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands. pp.4
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titre
Dynamic optimisation of resource allocation in microorganisms
auteur
Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS 2014), University of Groningen. NLD., Jul 2014, Groningen, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01079299/file/extended_abstract.pdf BibTex
titre
Modeling and control in physical, life, and social sciences: Some remarks
auteur
Pierre Bernhard
article
At the Boundaries of Dynamic Games, Control, and Viability, Jun 2014, St Nicolas-la-Chapelle, France. pp.29
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https://hal.inria.fr/hal-01090633/file/modeling.pdf BibTex
titre
Mathematical study of the global dynamics of a concave gene expression model
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
22nd Mediterranean Conference of Control and Automation (MED), Jun 2014, Palermo, Italy. ⟨10.1109/MED.2014.6961562⟩
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titre
Optimal natural enemies deployment in patchy environments for augmentative biological control
auteur
Bapan Ghosh, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Goteborg, Sweden
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titre
Modelling populations subjected to pulsed taking regimes
auteur
Ludovic Mailleret, Valérie Lemesle, Frédéric Hamelin, Vincent Calcagno, Frédéric Grognard
article
9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Goteborg, Sweden
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titre
Protection of the durability of major resistance genes to plant viruses with quantitative resistance, a modeling approach
auteur
Elsa Rousseau, Jerome Coville, Alain Palloix, Frédéric Fabre, Ludovic Mailleret, Benoît Moury, Frédéric Grognard
article
9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Goteborg, Sweden
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titre
Protection of the durability of major resistance genes to plant viruses through quantitative resistance, a modeling approach
auteur
Elsa Rousseau, Jerome Coville, Frédéric Fabre, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Benoit Moury, Frédéric Grognard
article
ECMTB14 - 9. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gothenburg, Sweden
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https://hal.inrae.fr/hal-02739537/file/2014_Rousseau_ECMTB14_1.pdf BibTex
titre
Minimal time problem for a fed-batch bioreactor with a non admissible singular arc
auteur
Térence Bayen, Francis Mairet, Marc Mazade
article
European Control Conference (ECC), Université de Strasbourg (Unistra). Strasbourg, FRA. IEEE Control Systems Society., Jun 2014, Strasbourg, France. pp.165-170, ⟨10.1109/ECC.2014.6862444⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01095694/file/ecc-bayen-mairet-mazade_vf.pdf BibTex
titre
Modelling the infection and immune dynamics induced by a pathogen targeting pulmonary macrophages : influence of strain virulence and host exposure
auteur
Natacha Go, Caroline Bidot, Catherine Belloc, Suzanne Touzeau
article
9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Göteborg, Sweden. 16p
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BibTex
titre
Les stratégies d'introduction d'agents de lutte biologique soumis aux effets Allee
auteur
Nicolas Bajeux, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
34ème Séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique, Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, Saint Flour, France
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titre
Protecting the durability of major resistance genes to plant viruses with quantitative resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Vincent Simon, Sophie Valière, Benoît Moury, Frédéric Grognard
article
Conférence Jacques Monod, Apr 2014, Roscoff, France
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titre
Intégration et changement d’échelle : quels enjeux en santé animale ?
auteur
Pauline Ezanno, Elisabeta Vergu, François Beaudeau, Suzanne Touzeau, Catherine Belloc
article
Colloque "Nouveaux défis de Modélisation pour l'Agro-écologie", Feb 2014, Paris, France
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titre
Trichogrammas surf on pushed waves: effect of propagule pressure and connectivity of the introduction site on the invasion of an experimental discrete landscape
auteur
Thibaut Morel Journel, Pierre Girod, Ludovic Mailleret, Elodie Vercken
article
Entomophagistes, 2014, Louvain-la-Neuve, Belgium
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BibTex
titre
Technological and Ecological Approaches to Design and Manage Sustainable Greenhouse Production Systems
auteur
Christine Poncet, Pia Parolin, Hicham Fatnassi, Ludovic Mailleret, Alexandre Bout, Jeannine Pizzol, Roger Boll, Bresch Cécile
article
29th International Horticultural Congress, 2014, Brisbane, Australia. ⟨10.17660/ActaHortic.2015.1107.5⟩
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titre
Allee effects and the evolution of polymorphism in cyclical parthenogens.
auteur
Magda Castel, Ludovic Mailleret, Didier Andrivon, Virginie Ravigné
article
NIMBioS workshop on vectored plant viruses, 2014, Knoxville, United States
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BibTex
titre
Caractérisation des réponses des parasitoïdes aux défenses induites des plantes
auteur
Louise van Oudenhove, Ludovic Mailleret, Xavier Fauvergue
article
Entomophagistes, Université Catholique de Louvain (UCLouvain). BEL. Earth and Life Institute., 2014, Louvain-la-Neuve, Belgique
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Book sections

titre
Life-Cycle Assessment of Microalgal-Based Biofuels
auteur
Pierre Collet, Daniele Spinelli, Laurent Lardon, Arnaud Hélias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Biofuels from Algae, Elsevier, pp.287-312, 2014
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BibTex
titre
Control of a Bioreactor with Quantized Measurements
auteur
Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
Fages, François and Piazza, Carla. Formal Methods in Macro-Biology, 8738, Springer International Publishing, pp.47-62, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-10398-3. ⟨10.1007/978-3-319-10398-3_5⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01092328/file/hybrid_bioreactor_v6.pdf BibTex
titre
Towards Real-Time Control of Gene Expression at the Single Cell Level: A Stochastic Control Approach
auteur
Lakshmeesh Maruthi, Ilya Tkachev, Alfonso Carta, Eugenio Cinquemani, Pascal Hersen, Gregory Batt, Alessandro Abate
article
Computational Methods in Systems Biology, 8859, Springer International Publishing, pp.155-172, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-12981-5. ⟨10.1007/978-3-319-12982-2_12⟩
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BibTex
titre
Life-cycle assessment of microalgal based biofuels
auteur
Pierre Collet, Daniele Spinelli, Laurent Lardon, Arnaud Helias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Biofuels from algae, Elsevier, 2014, 978-0-444-59558-4
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https://hal.inrae.fr/hal-02801914/file/ColletSpinelli-2013_1.pdf BibTex

Master thesis

titre
Modélisation de l’effet de la température sur la croissance du phytoplancton à l’échelle de l’océan mondial
auteur
Valérie Le Guennec
article
Automatique. 2014
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BibTex
titre
Evolution de la virulence chez un nématode phytoparasite: modélisation et optimisation du déploiement des plantes résistantes.
auteur
Thomas Perrot
article
Sciences du Vivant [q-bio]. 2014
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BibTex

Poster communications

titre
Protecting the durability of major resistance genes to plant viruses with quantitative resistance
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Ludovic Mailleret, Alain Palloix, Vincent Simon, Sophie Valiere, Benoit Moury, Frédéric Grognard
article
Conférences Jacques Monod : “From emerging to pandemic viruses: interplay between host ecology and viral evolution”, Apr 2014, Roscoff, France. 2014
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https://hal.inrae.fr/hal-02738827/file/2014_Rousseau_Conf%20Monod_poster_1.pdf https://hal.inrae.fr/hal-02738827/file/2014_Rousseau_Conf%20Monod_2.pdf BibTex

Reports

titre
Évaluation du gisement potentiel de ressources algales pour l’énergie et la chimie en France à horizon 2030
auteur
Guillaume Kerlero de Rosbo, Olivier Bernard
article
[Rapport Technique] ADEME. 2014, pp.164
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https://hal.inria.fr/hal-01102032/file/potentiel-algal-en-france-rapport-2014.pdf BibTex

Theses

titre
Metabolic modeling under non-balanced growth. Application to microalgae for biofuels production
auteur
Caroline Baroukh
article
Automatic Control Engineering. Université Montpellier 2, 2014. English
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https://hal.inria.fr/tel-01108542/file/These_version_finale2.pdf BibTex
titre
Modelling, analysis and control for systems biology : application to bacterial growth models
auteur
Alfonso Carta
article
Other. Université Nice Sophia Antipolis, 2014. English. ⟨NNT : 2014NICE4024⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01094091/file/2014NICE4024.pdf BibTex
titre
Effect of hydrodynamics on light utilization in large scale cultures of microalgae
auteur
Philipp Hartmann
article
Other. Université Nice Sophia Antipolis, 2014. English. ⟨NNT : 2014NICE4022⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01108529/file/Thesis_Hartmann_FINAL.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
A 2D model for hydrodynamics and biology coupling applied to algae growth simulations
auteur
Olivier Bernard, Anne-Céline Boulanger, Marie-Odile Bristeau, Jacques Sainte-Marie
article
ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis, EDP Sciences, 2013, 47 (5), pp.1387-1412. ⟨10.1051/m2an/2013072⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00936859/file/bernard_boulanger_bristeau_saint-marie_2013.pdf BibTex
titre
Phytoplankton growth formulation in marine ecosystem models: should we take into account photo-acclimation and variable stoichiometry in oligotrophic areas?
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Marina Lévy, Olivier Aumont, Antoine Sciandra, Jacques Sainte-Marie, Alessandro Tagliabue, Olivier Bernard
article
Journal of Marine Systems, Elsevier, 2013, 125, pp.29-40. ⟨10.1016/j.jmarsys.2012.12.010⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00820981/file/Ayata-et-al_2013_JMS_accepted.pdf BibTex
titre
A model of network neutrality with usage-based prices
auteur
Eitan Altman, Pierre Bernhard, Stephane Caron, George Kesidis, Julio Rojas-Mora, Sulan Wong
article
Telecommunication Systems, Springer Verlag (Germany), 2013, 52 (2), pp.601-609. ⟨10.1007/s11235-011-9504-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00926718/file/paper-neutrality-kesidis-wong.pdf BibTex
titre
Hydrodynamics-Biology Coupling for Algae Culture and Biofuel Production
auteur
Olivier Bernard, Jacques Sainte-Marie, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer
article
ERCIM News, ERCIM, 2013, 92, pp.47
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https://hal.inria.fr/hal-00850370/file/EN92-web.pdf BibTex
titre
Un zeste de mathématiques pour les biocarburants de demain
auteur
Olivier Bernard, Jacques Sainte-Marie, Bruno Sialve
article
Mathématiques de la Planète Terre, un jour une brève, Cap'Math, CNRS, Inria, SFdS, SMAI, SMF, 2013
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BibTex
titre
Screening and selection of growth-promoting bacteria for ıt Dunaliella cultures
auteur
Myriam Le Chevanton, Matthieu Garnier, Gaël Bougaran, Nathalie Schreiber, Ewa Lukomska, Jean-Baptiste Bérard, Eric Fouilland, Olivier Bernard, Jean-Paul Cadoret
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, Elsevier, 2013, 2, pp.212--222. ⟨10.1016/j.algal.2013.05.003⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00852257/file/2013_LeChevanton_JMS.pdf BibTex
titre
Temperature effect on microalgae: a crucial factor for outdoor production
auteur
Monique Ras, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Reviews in Environmental Science and Bio/technology, Springer Verlag, 2013, 12 (2), pp.153-164. ⟨10.1007/s11157-013-9310-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00852286/file/2013_RAS_RESBT.pdf BibTex
titre
Effect of gaseous cement industry effluents on four species of microalgae
auteur
Amélie Talec, Myrvline Philistin, Frédérique Ferey, Günther Walenta, Jean-Olivier Irisson, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2013, 143, pp.353 - 359. ⟨10.1016/j.biortech.2013.05.104⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00852260/file/2013_Talec_BT.pdf BibTex
titre
Reducing the Anaerobic Digestion Model No. 1 for its application to an industrial wastewater treatment plant treating winery effluent wastewater
auteur
Carlos García-Diéguez, Olivier Bernard, Enrique Roca
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2013, 132, pp.244 - 253. ⟨10.1016/j.biortech.2012.12.166⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00852253/file/2013_Garcia_BT.pdf BibTex
titre
Interconnection of asynchronous Boolean networks, asymptotic and transient dynamics
auteur
Laurent Tournier, Madalena Chaves
article
Automatica, Elsevier, 2013, 49 (4), pp.884-893. ⟨10.1016/j.automatica.2013.01.015⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848450/file/tournier-chaves-automatica2013.pdf BibTex
titre
Time-lag in extinction dynamics in experimental populations: evidence for a genetic Allee effect
auteur
Elodie Vercken, Flora Vincent, Ludovic Mailleret, Nicolas Ris, Elizabeth Tabone, Xavier Fauvergue
article
Journal of Animal Ecology, Wiley, 2013, 82 (3), pp.621-631. ⟨10.1111/1365-2656.12051⟩
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BibTex
titre
Probabilistic approach for predicting periodic orbits in piecewise affine differential models
auteur
Madalena Chaves, Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
Bulletin of Mathematical Biology, Springer Verlag, 2013, 75 (6), pp.967-987. ⟨10.1007/s11538-012-9773-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00828847/file/chaves-farcot-gouze-bmb2013.pdf BibTex
titre
Optimizing microalgal production in raceway systems
auteur
Rafael Muñoz-Tamayo, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Biotechnology Progress, Wiley, 2013, 29 (2), pp.543--552. ⟨10.1002/btpr.1699⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00850376/file/2013_Munoz-Tamayo_BP.pdf BibTex
titre
Hierarchy of models: From qualitative to quantitative analysis of circadian rhythms in cyanobacteria
auteur
Madalena Chaves, Miguel Preto
article
Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, American Institute of Physics, 2013, 23 (2), pp.025113. ⟨10.1063/1.4810922⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00850373/file/chaves-preto-chaos2013.pdf BibTex
titre
Global stability of enzymatic chain of full reversible Michaelis-Menten reactions
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2013, 61 (3), pp.425-436. ⟨10.1007/s10441-013-9195-3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00850369/file/IsmaelABarticle-sfbt_reduitversionauteur.pdf BibTex
titre
Stabilizing effect of cannibalism in a two stages population model
auteur
Jonathan Rault, Eric Benoît, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2013, 61, pp.119-139. ⟨10.1007/s10441-013-9172-x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848443/file/actabioRaultBenoitGouze.pdf BibTex
titre
Optimal Synthesis for the Minimum Time Control Problems of Fed-Batch Bioprocesses for Growth Functions with Two Maxima
auteur
Térence Bayen, Pedro Gajardo, Francis Mairet
article
Journal of Optimization Theory and Applications, Springer Verlag, 2013, 158, pp.521 - 553. ⟨10.1007/s10957-012-0225-0⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01088417/file/bosses-23-12.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modelling light-dark regime influence on the carbon-nitrogen metabolism in a unicellular diazotrophic cyanobacterium
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Anthony Dron, Sophie Rabouille, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
CAB, Dec 2013, Mumbai, India
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https://hal.inria.fr/hal-00854479/file/2013_GRIMAUD_CAB_AOUT2013v3.pdf BibTex
titre
A new framework for metabolic modeling under non-balanced growth. Application to carbon metabolism of unicellular microalgae
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Muñoz-Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Computer Applied to Biotechnology, Dec 2013, Mumbai, India
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https://hal.inria.fr/hal-00856042/file/CAB2013_Baroukh_Caroline_revised_version_2_table_included.pdf BibTex
titre
Design of Optimal Experiments for Parameter Estimation of Microalgae Growth Models
auteur
Rafael Muñoz-Tamayo, Pierre Martinon, Gaël Bougaran, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
International Symposium on Computer Applications to Biotechnology (CAB 2013), Dec 2013, Mumbai, India
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https://hal.inria.fr/hal-00856749/file/2013_Munoz-Tamayo_OED_Algae_CAB.pdf BibTex
titre
Adaptive control for optimizing microalgae production
auteur
Francis Mairet, Rafael Munoz Tamayo, Olivier Bernard
article
International Symposium on Computer Applications to Biotechnology (CAB 2013), Dec 2013, Bombay, India
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02745711/file/2013_Mairet_CAB_1.pdf BibTex
titre
A new framework for metabolic modeling under non-balanced growth. Application to carbon metabolism of unicellular microalgae
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
International Symposium on Computer Applications to Biotechnology (CAB 2013), Dec 2013, Bombay, India
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BibTex
titre
Stability analysis and reduction of gene transcription models
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
52nd IEEE Conference on Decision and Control (CDC'13), Dec 2013, Florence, Italy
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BibTex
titre
A linear reformulation of Boolean optimization problems and its application to the problem of estimating the structure of gene regulation networks
auteur
Christian Breindl, Madalena Chaves, Frank Allgöwer
article
52nd IEEE Conference on Decision and Control (CDC'13), Dec 2013, Florence, Italy
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BibTex
titre
Analysis and reduction of transcription translation coupled models for gene expression
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
CAB (Computer applied to Biotechnology), IFAC, Dec 2013, Mumbai, India
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BibTex
titre
Adaptive control for optimizing microalgae production
auteur
Francis Mairet, Rafael Muñoz-Tamayo, Olivier Bernard
article
Computer Application in Biotechnology (CAB2013), Dec 2013, Mumbai, India
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00921486/file/cab-control_algae_v4.pdf BibTex
titre
Identification of key immune mechanisms for the resolution of PRRSv infection by a modelling approach
auteur
Natacha Go, Caroline Bidot, Catherine Belloc, Suzanne Touzeau
article
4. International Conference on Infectious Disease Dynamics (Epidemics), Nov 2013, Amsterdam, Netherlands
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BibTex
titre
A closed-loop controller for optimizing nitrogen removal in a microalgal outdoor pond
auteur
Rafael Munoz Tamayo, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
11. IWA Conference on Instrumentation Control and Automation, Sep 2013, Narbonne, France
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BibTex
titre
A new framework for metabolic modelling under non-balanced growth. Application to photoautotrophic microalgae in day/night cycle.
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Metabolic Pathway Analysis 2013, Sep 2013, Oxford, United Kingdom
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BibTex
titre
Fed-batch bioreactor with mortality rate
auteur
Térence Bayen, Francis Mairet, Marc Mazade
article
9th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS), Sep 2013, Toulouse, France. pp.158-163, ⟨10.3182/20130904-3-FR-2041.00024⟩
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BibTex
titre
Driving Species Competition in a Light-limited Chemostat
auteur
Francis Mairet, Rafael Muñoz-Tamayo, Olivier Bernard
article
9th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS), Sep 2013, Toulouse, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00852258/file/2013_Mairet_Nolcos.pdf BibTex
titre
A class of Switched Piecewise Quadratic Systems for coupling gene expression with growth rate in bacteria
auteur
Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
9th IFAC Symposium Nonlinear Control Systems (NOLCOS'13), Sep 2013, Toulouse, France. pp.271-276, ⟨10.3182/20130904-3-FR-2041.00140⟩
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BibTex
titre
Driving species competition in a light-limited chemostat
auteur
Francis Mairet, Rafael Munoz Tamayo, Olivier Bernard
article
9. IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS 2013), Sep 2013, Toulouse, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Effect of temperature fluctuations on microalgae growth and content: a review
auteur
M. Ras, Jean-Philippe Steyer, O. Bernard
article
10. International Phycological Congress, Aug 2013, Orlando, Floride, United States
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BibTex
titre
A dynamic Model coupling Photoacclimation and Photoinhibition in Microalgae
auteur
Philipp Hartmann, Andrea Nikolaou, Benoît Chachuat, Olivier Bernard
article
European Control Conference (ECC13), Jul 2013, Zurich, Switzerland
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00852256/file/2013_Hartmann_ECC.pdf BibTex
titre
Driving microalgal production in raceway systems to near optimal productivities.
auteur
Rafael Muñoz-Tamayo, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
European Control Conference (ECC13), Jul 2013, Zurich, Switzerland
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00852259/file/2013_Munoz_ECC.pdf BibTex
titre
State estimation for gene networks with intrinsic and extrinsic noise: a case study on E.coli arabinose uptake dynamics
auteur
Alfonso Carta, Eugenio Cinquemani
article
ECC13 - European Control Conference - 2013, Jul 2013, Zurich, Switzerland
Accès au bibtex
BibTex
titre
Driving microalgal production in raceway systems to near optimal productivities
auteur
Rafael Munoz Tamayo, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
European Control Conference (ECC13), Jul 2013, Zurich, Switzerland
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02744947/file/2013_Munoz-Tamayo_ECC_1.pdf BibTex
titre
Sustainable plant resistance management in agricultural landscapes
auteur
Frederic Fabre, Elsa Rousseau, Ludovic Mailleret, Benoit Moury
article
12. IPVE Symposium, International Institute of Tropical Agriculture, CGIAR (IITA). Ibadan, NGA.; International Society for Plant Pathology (ISPP). International Committee for Plant Virus Epidemiology, St Paul, INT., Jan 2013, Arusha, Tanzania. 256 p
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https://hal.inrae.fr/hal-02747924/file/Fabre_IPVE_Summary_2013_1.pdf BibTex
titre
Sustainable plant resistance management in agricultural landscapes
auteur
Elsa Rousseau, Benoit Moury, Frederic Fabre, Ludovic Mailleret
article
14. Rencontres de Virologie Végétale (RVV2013), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biologie du Fruit et Pathologie (1332)., Jan 2013, Aussois, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02745569/file/2013-Rousseau-RVV_1.pdf BibTex
titre
Allee effects and the evolution of polymorphism in cyclical parthenogens.
auteur
Magda Castel, Ludovic Mailleret, Didier Andrivon, Virginie Ravigné, Frédéric Hamelin
article
Conférences Jacques Monod: Avancées récentes sur l'évolution du sexe et des systèmes génétiques, 2013, Roscoff, France
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titre
Positive control for global stabilization of predator-prey systems
auteur
Frédéric Grognard, Jonathan Rault, Jean-Luc Gouzé
article
9th IFAC Symposium Nonlinear Control Systems (NOLCOS'13), 2013, Toulouse, France. pp.265-270, ⟨10.3182/20130904-3-FR-2041.00136⟩
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titre
Biological and integrated pest control in floriculture.
auteur
Christine Poncet, Alexandre Bout, Pia Parolin, Cécile Bresch, Hicham Fatnassi, Ludovic Mailleret
article
SUMFLOWER "Sustainable Management of Floriculture", 2013, Vintimiglia, Italy
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titre
Parasites also have sex: consequences on host-parasite population dynamics.
auteur
Virginie Ravigné, Valérie Lemesle, Ludovic Mailleret, Frédéric Hamelin
article
AARMS Mathematical Biology Workshop, 2013, St John's, Canada
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titre
Parasites also have sex: consequences on host-parasite population dynamics.
auteur
Virginie Ravigné, Valérie Lemesle, Ludovic Mailleret, Frédéric Hamelin
article
Computational and Mathematical Population Dynamics (CMPD4), 2013, Taiyuan, China
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titre
Quantitative comparison of one-step and two-step models of gene expression
auteur
Valentin Zulkower, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'13), 2013, Toulouse, France
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titre
Sustainable plant resistance management in agricultural landscapes
auteur
Frédéric Fabre, Elsa Rousseau, Ludovic Mailleret, Benoit Moury
article
12th International plant virus Epidemiology Symposium, 2013, Arusha, Tanzania
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Book sections

titre
Life-Cycle Assessment of Microalgal-Based Biofuels
auteur
Pierre Collet, Daniele Spinelli, Laurent Lardon, Arnaud Hélias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
A. Pandey and D.-J. Lee and Y. Chisti and C. R. Soccol. Biofuels from algae, Elsevier, pp.287-312, 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00854438/file/2013_Collet_-_LCA_of_microalgal_based_biofuel.pdf BibTex
titre
Join forces or cheat: evolutionary analysis of a consumer-resource system
auteur
Andrei R. Akhmetzhanov, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard, Pierre Bernhard
article
Pierre Cardaliaguet and Ross Cressman. Advances in Dynamic Games, Springer, pp.73-95, 2013, Annals of the International Society of Dynamic Games; v. 12, ⟨10.1007/978-0-8176-8355-9_4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848377/file/akhmetzhanov_final.pdf BibTex
titre
Modeling and analysis of gene regulatory networks
auteur
Gilles Bernot, Jean-Paul Comet, Adrien Richard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Frédéric Dayan
article
Cazals, Frédéric and Kornprobst, Pierre. Modeling in Computational Biology and Biomedicine, Springer, pp.47-80, 2013, 9783642312083 364231208X. ⟨10.1007/978-3-642-31208-3_2⟩
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titre
Le rêve porté par les microalgues
auteur
Claude Gudin, Olivier Bernard
article
Claude Gudin. La culture de l'invisible - le rêve porté par les microalgues, Ovadia, pp.109, 2013, 2363920325 9782363920324
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https://hal.inria.fr/hal-00852254/file/2013_GudinBernard_Ovadia.pdf BibTex
titre
Modélisation et Ingénierie de la Photosynthèse
auteur
Jean-François Cornet, Olivier Bernard
article
Mosseri, Rémy and Jeandel, Catherine. L'énergie à découvert, 1, CNRS Eds, pp.160-161, 2013, 978-2-271-07678-6 9782271076786
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https://hal.inria.fr/hal-00852282/file/2013_CornetBernard_CNRS.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Predictive analysis of dynamical systems: combining discrete and continuous formalisms
auteur
Madalena Chaves
article
Dynamical Systems [math.DS]. Université Nice Sophia Antipolis, 2013
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00908927/file/HDR-2013-chaves.pdf BibTex

Master thesis

titre
Influence de la densité dépendance dans les modèles impulsionnels de dynamique de populations
auteur
Nicolas Bajeux
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2013
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BibTex
titre
Genetic regulatory networks. A discretization approach.
auteur
Florin Todoran
article
2013
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BibTex
titre
Modélisation de la réponse du photosystème II à un flash de lumière dans un PAM et estimation des paramètres physiologiques
auteur
Frédéric Chazalon
article
Sciences du Vivant [q-bio]. 2013
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BibTex
titre
Étude théorique et expérimentale de l'effet de l'hydrodynamique sur la photosynthèse du phytoplancton par un dispositif novateur à base de LED
auteur
David Demory
article
Sciences du Vivant [q-bio]. 2013
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Patents

titre
Procédé et installation de production de micro-algues
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra, Eric Pruvost, Filipa Lopes
article
France, N° de brevet: 13 56955. 2013
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Poster communications

titre
Exploration of the macrophage – virus interactions during a PRRSV infection by a modelling approach
auteur
Natacha Go, Caroline Bidot, Catherine Belloc, Suzanne Touzeau
article
64th Annual Meeting of the European Association for Animal Production (EAAP), Aug 2013, Nantes, France. 2013
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titre
Impact of quantitative plant resistance on within-host viral demo-genetic dynamics
auteur
Elsa Rousseau, Sebastien Barraillé, Ludovic Mailleret, Frédéric Fabre, Benoit Moury, Frédéric Grognard
article
5. journées des doctorants SPE, Jun 2013, Montpellier, France. pp.1, 2013
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BibTex
titre
Impact of quantitative plant resistance on within-host viral demo-genetic dynamics
auteur
Elsa Rousseau, Sebastien Barraillé, Ludovic Mailleret, Frédéric Fabre, Benoit Moury, Frédéric Grognard
article
Bridging theoretical and experimental evolution, Jun 2013, La Fouly, Switzerland. pp.1, 2013
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https://hal.inrae.fr/hal-02808951/file/Poster_Elsa_WorkshopLaFouly_A2_420_595_1.pdf BibTex
titre
Exploration of the immune response to the Porcine Respiratory and Reproductive Syndrome Virus PRRSV by a modelling approach: conditions for viral clearance
auteur
Natacha Go, Caroline Bidot, Catherine Belloc, Suzanne Touzeau
article
5. European Symposium of Porcine Health Management (ESPHM), May 2013, Edinburgh, United Kingdom. 2013
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https://hal.inrae.fr/hal-02809871/file/Poster_ESPHM2013_Ngo_1.pdf BibTex

Reports

titre
Study of a controlled Kolmogorov periodic equation connected to the optimization of periodic bioprocess
auteur
Térence Bayen, Francis Mairet, Matthieu Sebbah
article
[Research Report] INRIA Sophia Antipolis. 2013
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00855054/file/BMS-HAL.pdf BibTex

Theses

titre
Des interactions indirectes entre les proies : modélisation et influence du comportement du prédateur commun
auteur
Mickael Teixeira Alves
article
Autre [cs.OH]. Université Nice Sophia Antipolis, 2013. Français. ⟨NNT : 2013NICE4024⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00833242/file/2013NICE4024.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Influence of CO_2 and nitrogen limitation on the coccolith volume of Emiliania huxleyi (Haptophyta)
auteur
Marius N. Müller, Luc Beaufort, Olivier Bernard, Maria-Luiza Pedrotti, Amélie Talec, Antoine Sciandra
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2012, 9 (4), pp.4155--4167. ⟨10.5194/bg-9-4155-2012⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848437/file/bg-9-4155-2012.pdf BibTex
titre
Validation of a simple model accounting for light and temperature effect on microalgal growth
auteur
Olivier Bernard, Barbara Rémond
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2012, 123, pp.520-527. ⟨10.1016/j.biortech.2012.07.022⟩
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BibTex
titre
Neutral lipids and carbohydrates productivities as a response to the nitrogen status in the Haptophyceae Isochrysis sp. (T-iso): starvation vs. limitation
auteur
Thomas Lacour, Antoine Sciandra, Amélie Talec, Patrick Mayzaud, Olivier Bernard
article
Journal of Phycology, Wiley, 2012, 48 (3), pp.647-656. ⟨10.1111/j.1529-8817.2012.01154.x⟩
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BibTex
titre
Cell cycle implication on nitrogen acquisition and synchronization in ıt Thalassiosira weissflogii (Bacillariophyta)
auteur
Christophe Mocquet, Antoine Sciandra, Amélie Talec, Olivier Bernard
article
Journal of Phycology, Wiley, 2012, 49 (2), pp.371-380. ⟨10.1111/jpy.12045⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848436/file/2013_Mocquet_JP.pdf BibTex
titre
Diel variations of carbohydrates and neutral lipids in N-sufficient and N-limited cyclostat cultures of Isochrysis sp.
auteur
Thomas Lacour, Antoine Sciandra, Amélie Talec, Patrick Mayzaud, Olivier Bernard
article
Journal of Phycology, Wiley, 2012, 48 (4), pp.966-975. ⟨10.1111/j.1529-8817.2012.01177.x⟩
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BibTex
titre
Multistability and oscillations in genetic control of metabolism
auteur
Diego A. Oyarzún, Madalena Chaves, Marit Hoff-Hoffmeyer-Zlotnik
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2012, 295, pp.139-153. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.11.017⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848440/file/OyarzunChavesHoff-JTB2012.pdf BibTex
titre
Durable strategies to deploy plant resistance in agricultural landscapes
auteur
Frédéric Fabre, Elsa Rousseau, Ludovic Mailleret, Benoît Moury
article
New Phytologist, Wiley, 2012, 193 (4), pp.1064-1075. ⟨10.1111/j.1469-8137.2011.04019.x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848412/file/50381_20120223084943688_1.pdf BibTex
titre
Exponentially Stable Interval Observers for Linear Systems with Delay.
auteur
Frédéric Mazenc, Silviu-Iulian Niculescu, Olivier Bernard
article
SIAM Journal on Control and Optimization, Society for Industrial and Applied Mathematics, 2012, 50 (1), pp.286-305. ⟨10.1137/100812124⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00761603/file/2012_Mazenc_SIAM_1.pdf BibTex
titre
From elaborate to compact seasonal plant epidemic models and back: is competitive exclusion in the details?
auteur
Ludovic Mailleret, Magda Castel, Josselin Montarry, Frédéric Hamelin
article
Theoretical Ecology, Springer 2012, 5, pp.311-324
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BibTex
titre
Global stability for a model of competition in the chemostat with microbial inputs
auteur
Gonzalo Robledo, Frédéric Grognard, Jean-Luc Gouzé
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, Elsevier, 2012, 13 (2), pp.582-598. ⟨10.1016/j.nonrwa.2011.07.049⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848445/file/JLG-Fg-GrV2.pdf BibTex
titre
Three-reaction model for the anaerobic digestion of microalgae
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Elliot Cameron, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Benoît Chachuat
article
Biotechnology and Bioengineering, Wiley, 2012, 109 (2), pp.415-425. ⟨10.1002/bit.23350⟩
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BibTex
titre
Global stability of reversible enzymatic metabolic chains
auteur
Ibrahima Ndiaye, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2012, 61 (1), pp.41-57. ⟨10.1007/s10441-013-9171-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848438/file/enzactabiorev2finalNdiayeGouzeversionauteur.pdf BibTex

Conference papers

titre
Durabilité des stratégies de gestion de plantes résistantes aux virus dans un paysage agricole
auteur
Elsa Rousseau, Frédéric Fabre, Ludovic Mailleret, Benoit Moury, Frédéric Grognard
article
Workshop Modélisation et Régulation des Pollutions, Université Montesquieu (Bordeaux 4). FRA.; Université Montpellier 1 (UM1). FRA.; Université de La Rochelle (ULR). FRA., Dec 2012, La Rochelle, France. pp.35
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BibTex
titre
Sustainable plant resistance management in agricultural landscapes
auteur
Frederic Fabre, Elsa Rousseau, Ludovic Mailleret, Benoit Moury
article
Plant resistance sustainability 2012 international conference, Oct 2012, La Colle-Sur-Loup, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02745059/file/Fabre_PRS_Summary_2012_1.pdf https://hal.inrae.fr/hal-02745059/file/Fabre_PRS_Summary_2012_2.docx https://hal.inrae.fr/hal-02745059/file/Fabre_PRS_Summary_2012_3.pdf BibTex
titre
Robust estimation for a hybrid model of genetic network
auteur
Xiao-Dong Li, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
20th Mediterranean Conference on Control and Automation, Jul 2012, Barcelona, Spain. pp.145-150
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BibTex
titre
Habitat quality and optimal foraging: the Marginal Value Theorem revisited
auteur
Vincent Calcagno, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret, Eric Wajnberg
article
First Joint Congress on Evolutionary Biology (Evolution 2012), 2012, Ottawa, Canada
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BibTex
titre
On the evolutionary ecology of cyclically asexual plant parasites
auteur
Magda Castel, Ludovic Mailleret, Virginie Ravigné, Frédéric Hamelin
article
Models in Population Dynamics and Ecology (MPDE12), 2012, Santa Maria, Brazil
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BibTex
titre
Modelling plant compensatory effects in plant-insect dynamics
auteur
Audrey Lebon, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard, Yves Dumont
article
4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, (PMA 2012), Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE). USA., 2012, Shanghai, China. pp.212-219, ⟨10.1109/PMA.2012.6524836⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848422/file/PMAV19.pdf BibTex
titre
ODIN: plateforme de supervision de bioreacteur
auteur
Olivier Bernard, Mélaine Gautier
article
Bioenergiesud, 2012, Nîmes, France
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BibTex
titre
Structure estimation for unate Boolean models of gene regulation networks
auteur
Christian Breindl, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Frank Allgöwer
article
Proc. 16th IFAC Symposium on System Identification, 2012, Brussels, Belgium. pp.1725-1730, ⟨10.3182/20120711-3-BE-2027.00278⟩
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BibTex
titre
Option pricing in a tychastic market model
auteur
Pierre Bernhard
article
Around Viability Boundaries, 2012, Paris, France
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BibTex
titre
Population dynamics of thrips and development of an integrated pest management program using the predator ıt Franklinothrips vespiformis
auteur
Jeannine Pizzol, Doumar Nammour, Pierre Hervouet, Pascal Maignet, Christine Poncet, Ludovic Mailleret, Nicolas Desneux
article
Acta Horticulturae, Proceedings of the XXVIII International Horticultural Congress, 2012, Lisbon, Portugal. pp.173-185
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BibTex
titre
The Ecological Approach of Greenhouse Agro-Ecosystem: Practical Interest for IPM.
auteur
Christine Poncet, Ludovic Mailleret, Nicolas Desneux, Marie-Madeleine Müller, Alexandre Bout, Richard Brun, Jeannine Pizzol, Roger Boll, Cécile Bresch, Pia Parolin, Hicham Fatnassi
article
Acta Horticulturae, Proceedings of the XXVIII International Horticultural Congress, 2012, Lisbon, Portugal. pp.173-185
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BibTex
titre
Bloom triggering in the Southern Ocean : Sensitivity to biological parameters
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Joan Llort, Alessandro Tagliabue, Marina Lévy
article
Workshop TANGGO, 2012, Grenoble, France
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BibTex
titre
Modélisation de la croissance du phytoplancton et de la production primaire dans les océans
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Marina Lévy, Olivier Aumont, Olivier Bernard
article
Journée de l'IMREDD, 2012, Nice, France
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BibTex
titre
Growth and neutral lipid production of Dunaliella salina, in light/dark cycles and periodic temperature variations
auteur
Hubert Bonnefond
article
Young Algaeneers Symposium, 2012, Wageningen, Netherlands
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BibTex
titre
Stabilization of an oscillating n-dimensional structured population model
auteur
Jonathan Rault, Jean-Luc Gouzé
article
20th Mediterranean Conference on Control & Automation (MED), 2012, Barcelona, Spain. pp.372-377, ⟨10.1109/MED.2012.6265666⟩
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BibTex
titre
ODIN: supervision avancée de procédés de production de bioénergie
auteur
Olivier Bernard, Mélaine Gautier
article
Journée de la métrologie et de la mesure (J2M), 2012, Le Croisic, France
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BibTex
titre
Global Stability of Full Open Reversible Michaelis-Menten Reactions
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
8th IFAC Symposium Advanced Control of Chemical Processes (ADCHEM), 2012, Furama Riverfront, Singapore. pp.591--596, ⟨10.3182/20120710-4-SG-2026.00039⟩
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BibTex
titre
A new modelling framework: application to microalgae growth
auteur
Caroline Baroukh
article
Young Algaeneers Symposium, 2012, Wageningen, Netherlands
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BibTex
titre
Adaptative interval observer with application to the estimation of biofuel production by microalgae
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
20th Mediterranean Conference on Control Automation (MED), 2012, Barcelona, Spain. pp.567-572, ⟨10.1109/MED.2012.6265698⟩
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BibTex
titre
Interaction between Time Scales in Microalgae Based Processes
auteur
Philipp Hartmann, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
20th Mediterranean Conference on Control & Automation (MED), 2012, Barcelona, Spain. pp.561--566, ⟨10.1109/MED.2012.6265697⟩
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BibTex
titre
Global stability of full open reversible Michaelis-Menten reactions
auteur
Ismail Belgacem
article
32ème Séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique, 2012, Saint-Flour, France
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BibTex
titre
Construction of ISS Interval Observers for Triangular Systems
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
51th IEEE Conference on Decision and Control, 2012, Maui, Hawaii, United States. pp.6780-6785
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BibTex
titre
Sustainable plant resistance management in agricultural landscapes
auteur
Frédéric Fabre, Elsa Rousseau, Ludovic Mailleret, Benoît Moury
article
Plant Resistance Sustainability 2012, 2012, La Colle sur Loup, France
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BibTex

Book sections

titre
A simple model to control growth rate of synthetic E. coli during the exponential phase: model analysis and parameter estimation
auteur
Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
David Gilbert and Monika Heiner. Computational Methods in Systems Biology, 7605, Springer, pp.107-126, 2012, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848400/file/CartaChavesGouze-CMSB2012.pdf BibTex

Master thesis

titre
Création d'outils de simulation pour la vulgarisation scientifique
auteur
Aurélie Schmitt
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2012
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BibTex
titre
Modélisation de l'influence de la photopériode sur la dynamique du métabolisme du carbone et de l'azote chez une cyanobactérie diazotrophe, Crocosphaera watsonii WH8501
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2012
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BibTex
titre
Etude expérimentale de la réponse adaptative de Dunaliella salina (Chlorophyta) à des signaux lumineux haute fréquence
auteur
Charlotte Combe
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2012
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BibTex
titre
Analysis of cell machinery models in E.coli
auteur
Luis Casaccia
article
Engineering Sciences [physics]. 2012
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BibTex
titre
Lutte biologique inondative et effet Allee chez les prédateurs
auteur
Nicolas Bajeux
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2012
Accès au bibtex
BibTex
titre
Modélisation de l'évolution de maladies virales chez les plantes dans un paysage agricole
auteur
Perside Gbehounou
article
Engineering Sciences [physics]. 2012
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BibTex

Books

titre
The Interval Market Model in Mathematical Finance: Game Theoretic Methods
auteur
Pierre Bernhard, Jacob Engwerda, Berend Roorda, Hans Schumacher, Vassili Kolokoltsov, Jean-Pierre Aubin, Patrick Saint-Pierre
article
Birkhaüser, pp.XVI-346, 2012, Static & Dynamic Game Theory: Foundations & Applications, ⟨10.1007/978-0-8176-8388-7⟩
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BibTex

Reports

titre
Competition between phytoplankton and bacteria: exclusion and coexistence
auteur
Pierre Masci, Frédéric Grognard, Eric Benoît, Olivier Bernard
article
[Research Report] RR-8038, INRIA. 2012, pp.47
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https://hal.inria.fr/hal-00722429/file/RR-8038.pdf BibTex
titre
Periodic optimal control for biomass productivity maximization in a photobioreactor using natural light
auteur
Frédéric Grognard, Andrei Akhmetzhanov, Olivier Bernard
article
[Research Report] RR-7929, INRIA. 2012, pp.28
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00687322/file/RR-7929.pdf BibTex
titre
GEMCO Deliverable D2T1: Analysis and reduction of a model of the gene expression machinery in E.coli
auteur
Luis Casaccia, Wassim Abou-Jaoudé, Jean-Luc Gouzé
article
[Research Report] 2012
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BibTex

Theses

titre
Modélisation mathématique structurée en taille du zooplancton
auteur
Jonathan Rault
article
Mathématiques générales [math.GM]. Université Nice Sophia Antipolis, 2012. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00850906/file/These_Rault.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Synthèse des observateurs pour une classe de systèmes de dimension infinie
auteur
Xiao-Dong Li, Cheng-Zhong Xu
article
Journal Européen des Systèmes Automatisés (JESA), Lavoisier, 2011, 45 (Nouvelles tendances en automatique), pp.363-383
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BibTex
titre
Infinite-dimensional Luenberger-like observers for a rotating body-beam system
auteur
Xiao-Dong Li, Cheng-Zhong Xu
article
Systems and Control Letters, Elsevier, 2011, 60 (2), pp.138-145. ⟨10.1016/j.sysconle.2010.11.005⟩
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BibTex
titre
Interval observers for linear time-invariant systems with disturbances
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
Automatica, Elsevier, 2011, 47 (1), pp.140-147. ⟨10.1016/j.automatica.2010.10.019⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00555464/file/auto09-0938.pdf BibTex
titre
Seasonality and the evolutionary divergence of plant parasites
auteur
Frédéric Hamelin, Magda Castel, Sylvain Poggi, Didier Andrivon, Ludovic Mailleret
article
Ecology, Ecological Society of America, 2011, 92 (12), pp.2159-2166. ⟨10.1890/10-2442.1⟩
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-00729263/file/10-2442_2E1.pdf BibTex
titre
Life-cycle assessment of microalgae culture coupled to biogas production
auteur
Pierre Collet, Arnaud Hélias, Laurent Lardon, Monique Ras, Romy-Alice Goy, Jean-Philippe Steyer
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2011, 102 (1), pp.207-214. ⟨10.1016/j.biortech.2010.06.154⟩
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titre
Modeling anaerobic digestion of microalgae using ADM1.
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2011, 102 (13), pp.6823--6829
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titre
Modelling neutral lipid production by the microalga Isochrysis affinis galbana under nitrogen limitation
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Pierre Masci, Thomas Lacour, Antoine Sciandra
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2011, 102, pp.142-149. ⟨10.1016/j.biortech.2010.06.138⟩
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titre
Modeling anaerobic digestion of microalgae using ADM1
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2011, 102 (13), pp.6823-6829. ⟨10.1016/j.biortech.2011.04.015⟩
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titre
Hurdles and challenges for modelling and control of microalgae for CO2 mitigation and biofuel production
auteur
Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, Elsevier, 2011, 21 (10), pp.1378--1389. ⟨10.1016/j.jprocont.2011.07.012⟩
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titre
A theoretical exploration of birhythmicity in the p53-Mdm2 network
auteur
Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (2), pp.e17075. ⟨10.1371/journal.pone.0017075⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848373/file/AbouChavesGouze-birhythmicity-Pone2013.pdf BibTex
titre
Optimal life-history strategies in seasonal consumer-resource dynamics.
auteur
Andrei R. Akhmetzhanov, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
Evolution, Wiley, 2011, 65 (11), pp.3113--3125. ⟨10.1111/j.1558-5646.2011.01381.x⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848376/file/akhmetzhanov_etal_revised.pdf BibTex
titre
Exact control of genetic networks in a qualitative framework: the bistable switch example
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Automatica, Elsevier, 2011, 47 (6), pp.1105-1112. ⟨10.1016/j.automatica.2011.01.071⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848406/file/chaves-gouze-automatica2011.pdf BibTex

Conference papers

titre
An observer for a piecewise affine genetic network model with Boolean observations
auteur
Xiao-Dong Li, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves
article
IEEE Conference of Decision and Control, Dec 2011, Orlando, United States. pp.4389 - 4394, ⟨10.1109/CDC.2011.6160629⟩
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titre
Algae as source of biofuel - Environmental assessment and ecodesign perspectives
auteur
Pierre Collet, Juliette Langlois, Melissa Cornelus, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard, Arnaud Helias
article
Conference Ecotech & tools, Nov 2011, Montpellier, France
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titre
Numerical prediction of microalgae productivity and energy requirement during the cultivation process in raceway
auteur
Philipp Hartmann, Anne-Céline Boulanger, Jacques Sainte-Marie, Marie-Odile Bristeau, Kerstin Ebert, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Alg'n'Chem conference, Fédération française pour les sciences de la chimie, Nov 2011, Montpellier, France
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titre
Dynamic game for optimal resource allocation of annual plants and grazing consumers
auteur
Andrei R. Akhmetzhanov, Pierre Bernhard, Frédéric Grognard, Ludovic Mailleret
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
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titre
Evolutionary insights from semi-discrete plant epidemic models
auteur
Magda Castel, Frédéric Hamelin, Sylvain Poggi, Didier Andrivon, Ludovic Mailleret
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
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titre
A Dynamic Model for Anaerobic Digestion of Microalgae
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
IFAC World Congress, 2011, Milano, Italy. ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.02636⟩
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titre
Modelling microalgae growth in nitrogen limited photobiorector for estimating biomass, carbohydrate and neutral lipid productivities
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Thomas Lacour, Antoine Sciandra
article
IFAC World Congress, 2011, Milano, Italy. ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.03165⟩
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titre
Anaerobic Digestion of Microalgae: Identification for Optimization and Control
auteur
Elliot Cameron, Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Benoît Chachuat
article
IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). Laxenburg, AUT., 2011, Milano, Italy. pp.5052-5057, ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.03196⟩
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titre
Environmental assessment and ecodesign perspectives
auteur
Pierre Collet, Juliette Langlois, Melissa Cornelus, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard, Arnaud Hélias
article
Ecotech-tools conference, 2011, Montpellier, France
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titre
Optimal foraging predators in Leslie Gower models with alternative prey
auteur
Mickael Teixeira-Alves, Ludovic Mailleret, Frédéric Grognard
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
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titre
Can we produce biofuel from microalgae without a renewable source of electricity and heat?
auteur
Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Hélias, Stéphanie Bricout, Isabelle Lombaert-Valot, Béatrice Perrier, Olivier Lépine, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Algn'n'Chem conference, 2011, Montpellier, France
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titre
Interval estimation of lipid quota in microalgae culture using dynamic tuning parameter
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
9th IEEE International Conference on Control & Automation (IEEE ICCA 2011), 2011, Santiago, Chile. ⟨10.1109/ICCA.2011.6137953⟩
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titre
Testing the ability of ADM1 to represent the anaerobic digestion of microalgae
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
Proceedings of the Watermatex conference, 2011, San Sebastian, Spain
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titre
Spatial and Temporal Associations of Powdery Mildew and Two-Spotted Spider-Mite in Greenhouses.
auteur
Alexandre Bout, Marie-Madeleine Müller, Ludovic Mailleret, Roger Boll, Christine Poncet, Rachid Senoussi
article
Acta Horticulturae, Proceedings of the XXVIII International Horticultural Congress, 2011, Lisbon, Portugal. pp.23-30
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titre
Anaerobic digestion of microalgae: evaluation of process performances using ADM1
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
Stic & Environnement 2011, 2011, Saint-Etienne, France
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titre
Comparison of biogeochemical models with increasing complexity in photosynthesis formulation: the importance of taking into account photoadaptation in marine ecosystem models
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Olivier Aumont, Olivier Bernard, Marina Lévy
article
Advances in Marine Ecosystem Modelling Symposium 2011, 2011, Plymouth, United Kingdom
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titre
Qualitative Control of a Bistable Genetic Network
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
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titre
Predicting the asymptotic dynamics of large biological networks by interconnections of Boolean modules
auteur
Madalena Chaves, Laurent Tournier
article
50th IEEE Conference on Decision and Control and European Control Conference, 2011, Orlando, Florida, United States. pp.3026-3031, ⟨10.1109/CDC.2011.6160454⟩
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https://hal.inria.fr/hal-00848407/file/Chaves-Tournier-attractors-cdc.pdf BibTex
titre
Robust Optimization in Finance
auteur
Pierre Bernhard
article
Optimization Days 2011, 2011, Montréal, Québec, Canada
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titre
Global Gene Regulation in Metabolic Networks
auteur
Diego A. Oyarzún, Madalena Chaves
article
IFAC World Congress, 2011, Milan, Italy
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titre
Stability results on some zooplankton size-structured models
auteur
Jonathan Rault, Eric Benoît
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
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titre
On the Dynamics of the Handicap Principle
auteur
Pierre Bernhard
article
Mathematical Aspects of Game theory, 2011, Toulouse, France
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titre
Mechanisms for coexistence of two limit cycles in a biochemical model
auteur
Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC World Congress, 2011, Milan, Italy. ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.00749⟩
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titre
From elaborate to compact seasonal plant epidemic models
auteur
Ludovic Mailleret, Magda Castel, Frédéric Hamelin
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
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titre
Investigating photo inhibition processes in a novel Droop-Han modelling approach
auteur
Philipp Hartmann, Olivier Bernard
article
Proceedings of the Watermatex conference, 2011, San Sebastian, Spain
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Book sections

titre
ESS, Population games, replicator dynamics: dynamics and games if not dynamic games
auteur
Pierre Bernhard
article
Breton, Michèle and Szajowski, Krzysztof. Advances in the Theory and Applications of Dynamic Games, Birkhaüser, pp.291-311, 2011, Annals of the International Society of Dynamic Games, ⟨10.1007/978-0-8176-8089-3_15⟩
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Master thesis

titre
Modélisation de l'effet de la température sur le taux de croissance spécifique du phytoplancton
auteur
Barbara Rémond
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2011
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BibTex
titre
Elaboration d'un modèle plante-ravageur dans le cadre de la lutte biologique
auteur
Audrey Lebon
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2011
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BibTex
titre
Les réseaux de régulation génétique : controle d'un oscillateur
auteur
Ismail Belgacem
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2011
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titre
Effets de chocs osmotiques sur la production de lipides chez ıt Dunaliella salina
auteur
Hubert Bonnefond
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2011
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BibTex
titre
Conception et étude d'un modèle de gestion durable des variétés de plantes résistantes aux virus dans un paysage
auteur
Elsa Rousseau
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2011
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Reports

titre
An observer for a genetic network model with Boolean observations
auteur
Xiao-Dong Li, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves
article
2011, pp.4389 - 4394
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2010

Patents

titre
Procede de fixation de co2 et de traitement de dechets organiques par couplage d'un systeme de digestion anaerobie et d'un systeme de production de microorganismes phytoplanctoniques
auteur
Olivier Bernard, Gaël Bougaran, Jean-Paul Cadoret, Raymond Kaas, E. Latrille, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer
article
France, N° de brevet: WO 2010084274 A1. 2010
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