Publications HAL du labo/EPI IRISA-D7

2020

Journal articles

titre
Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species
auteur
Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2020, 9, ⟨10.1101/803056⟩
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titre
Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, "Aphidius ervi" and "Lysiphlebus fabarum
auteur
Alice Dennis, Gabriel Ballesteros, Stéphanie Robin, Lukas Schrader, Jens Bast, Jan Berghöfer, Leo Beukeboom, Maya Belghazi, Anthony Bretaudeau, Jan Buellesbach, Elizabeth Cash, Dominique Colinet, Zoé Dumas, Mohammed Errbii, Patrizia Falabella, Jean-Luc Gatti, Elzemiek Geuverink, Joshua Gibson, Corinne Hertaeg, Stefanie Hartmann, Emmanuelle Jacquin-Joly, Mark Lammers, Blas Lavandero, Ina Lindenbaum, Lauriane Massardier-Galatà, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nina Pak, Marylène Poirié, Rosanna Salvia, Chris Smith, Denis Tagu, Sophie Tares, Heiko Vogel, Tanja Schwander, Jean-Christophe Simon, Christian Figueroa, Christoph Vorburger, Fabrice Legeai, Jürgen Gadau
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2020, 21 (Art. 376), pp.1-27. ⟨10.1186/s12864-020-6764-0⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02649295/file/s12864-020-6764-0 BibTex
titre
Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment
auteur
Dinka Mandakovic, Ángela Cintolesi, Jonathan Maldonado, Sebastián Mendoza, Méziane Aite, Alexis Gaete, Francisco Saitua, Miguel Allende, Veronica Cambiazo, Anne Siegel, Alejandro Maass, Mauricio Gonzalez, Mauricio Latorre
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-020-62130-8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02524471/file/s41598-020-62130-8.pdf BibTex
titre
Genomic architecture of endogenous ichnoviruses reveals distinct evolutionary pathways leading to virus domestication in parasitic wasps
auteur
Fabrice Legeai, Bernardo Santos, Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Rebecca Dikow, Claire Lemaitre, Véronique Jouan, Marc Ravallec, Jean-Michel Drezen, Denis Tagu, Frédéric Baudat, Gabor Gyapay, Xin Zhou, Shanlin Liu, Bruce Webb, Seán Brady, Anne-Nathalie Volkoff
article
BMC Biology, BioMed Central, 2020, 18 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12915-020-00822-3⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02918230/file/2020_Legeai_BMC%20Biology.pdf BibTex
titre
Towards Universal Logic: Gaggle Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
Journal of Applied Logics - IfCoLoG Journal of Logics and their Applications, College Publications, 2020, 7 (6), pp.875-945
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03046655/file/Aucher-Towards_Universal_Logic_Gaggle_Logics-2020.pdf BibTex
titre
Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in the fall armyworm
auteur
Sylvie Gimenez, Heba Abdelgaffar, Gaelle Le Goff, Frédérique Hilliou, Carlos Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Juan Luis Jurat-Fuentes, Emmanuelle d'Alençon, Kiwoong Nam
article
Communications Biology, Nature Publishing Group, 2020, 3 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s42003-020-01382-6⟩
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titre
The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest
auteur
Claude Rispe, Fabrice Legeai, Paul Nabity, Rosa Fernández, Arinder Arora, Patrice Baa-Puyoulet, Celeste Banfill, Leticia Bao, Miquel Barberà, Maryem Bouallegue, Anthony Bretaudeau, Jennifer Brisson, Federica Calevro, Pierre Capy, Olivier Catrice, Thomas Chertemps, Carole Couture, Laurent Deliere, Angela Douglas, Keith Dufault-Thompson, Paula Escuer, Honglin Feng, Astrid Forneck, Toni Gabaldón, Roderic Guigó, Frédérique Hilliou, Silvia Hinojosa-Alvarez, Yi-Min Hsiao, Sylvie Hudaverdian, Emmanuelle Jacquin-Joly, Edward James, Spencer Johnston, Benjamin Joubard, Gaëlle Le Goff, Gaël Le Trionnaire, Pablo Librado, Shanlin Liu, Eric Lombaert, Hsiao-Ling Lu, Martine Maïbèche, Mohamed Makni, Marina Marcet-Houben, David Martinez-Torres, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nancy Moran, Daciana Papura, Nicolas Parisot, Yvan Rahbé, Mélanie Ribeiro Lopes, Aida Ripoll-Cladellas, Stéphanie Robin, Céline Roques, Celine Lopez-Roques, Pascale Roux, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Jose Sánchez-Herrero, Didac Santesmasses, Iris Scatoni, Rémy-Félix Serre, Ming Tang, Wenhua Tian, Paul Umina, Manuella van Munster, Carole Vincent-Monégat, Joshua Wemmer, Alex Wilson, Ying Zhang, Chaoyang Zhao, Jing Zhao, Serena Zhao, Xin Zhou, François Delmotte, Denis Tagu
article
BMC Biology, BioMed Central, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02917617/file/Rispe-2020-The%20genome%20sequence%20of%20the%20grape%20phylloxera.pdf BibTex
titre
Plasma microRNA signature in presymptomatic and symptomatic subjects with C9orf72-associated frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
auteur
Virgilio Kmetzsch, Vincent Anquetil, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Ludmila Jornea, Sylvie Forlani, Philippe Couratier, David Wallon, Florence Pasquier, Noémie Robil, Pierre de la Grange, Ivan Moszer, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
article
Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, BMJ Publishing Group, 2020, 92 (5), pp.485-493. ⟨10.1136/jnnp-2020-324647⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03046771/file/jnnp-2020-324647.full.pdf BibTex
titre
Dynamic estimation and Grid partitioning approach for Multi-Objective Optimization Problems in medical cloud federations
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
article
Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, Springer Berlin / Heidelberg, 2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03103810/file/TLDKS.pdf BibTex
titre
Towards a better understanding of the low recall of insertion variants with short-read based variant callers
auteur
Wesley Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
article
BMC Genomics, 2020, 21 (762), ⟨10.1186/s12864-020-07125-5⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03032763/file/s12864-020-07125-5.pdf BibTex
titre
Cyanorak v2.1: a scalable information system dedicated to the visualization and expert curation of marine and brackish picocyanobacteria genomes
auteur
Laurence Garczarek, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Gregory Farrant, Mark Hoebeke, Loraine Brillet-Guéguen, Antoine Bisch, Mathilde Ferrieux, Jukka Siltanen, Erwan Corre, Gildas Le corguillé, Morgane Ratin, Frances Pitt, Martin Ostrowski, Maël Conan, Anne Siegel, Karine Labadie, Jean-Marc Aury, Patrick Wincker, David Scanlan, Frédéric Partensky
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2020, 49 (D1), pp.D667-D676. ⟨10.1093/nar/gkaa958⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02988562/file/Garczarek%20et%20al_NAR_Database%20issue_2020_final_with%20Figures%20and%20suppl%20Figures.pdf BibTex
titre
GDBAlive: a Temporal Graph Database Built on Top of a Columnar Data Store
auteur
Maria Massri, Philippe Raipin, Pierre Meye
article
Journal of advances in information technology, JAIT, 2020
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titre
From Task Tuning to Task Assignment in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
auteur
Joris Duguépéroux, Tristan Allard
article
Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, Springer Berlin / Heidelberg, 2020, pp.67-107. ⟨10.1007/978-3-662-62271-1_3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02896342/file/main-v2.pdf BibTex
titre
Big Genes, Small Effectors: Pea Aphid Cassette Effector Families Composed From Miniature Exons
auteur
Matthew Dommel, Jonghee Oh, Jose Carlos Huguet-Tapia, Endrick Guy, Hélène Boulain, Akiko Sugio, Marimuthu Murugan, Fabrice Legeai, Michelle Heck, Michael Smith, Frank White
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, pp.1-11. ⟨10.3389/fpls.2020.01230⟩
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titre
Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
auteur
Rosa Fernández, Marina Marcet-Houben, Fabrice Legeai, Gautier Richard, Stéphanie Robin, Valentin Wucher, Cinta Pegueroles, Toni Gabaldón, Denis Tagu
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2020, 37 (9), pp.2601-2615. ⟨10.1093/molbev/msaa110⟩
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titre
SVJedi: genotyping structural variations with long reads
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2020, 36 (17), pp.4568-4575. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa527⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03032737/file/SVJedi_Bioinformatics.pdf BibTex
titre
MinYS: mine your symbiont by targeted genome assembly in symbiotic communities
auteur
Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
NAR Genomics and Bioinformatics, Oxford University Press, 2020, 2 (3), pp.1-11. ⟨10.1093/nargab/lqaa047⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02891885/file/Guyomar2020.PDF BibTex
titre
Whole genome sequence of the soybean aphid, Aphis glycines.
auteur
Jacob A Wenger, Bryan J Cassone, Fabrice Legeai, J Spencer Johnston, Raman Bansal, Ashley D Yates, Brad S Coates, Vitor a C Pavinato, Andy Michel
article
Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 2020, 123, pp.102917. ⟨10.1016/j.ibmb.2017.01.005⟩
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BibTex
titre
Integration of miRNA‐regulatory networks in hepatic stellate cells identifies TIMP3 as a key factor in chronic liver disease
auteur
Fida Azar, Kevin Courtet, Bassil Dekky, Dominique Bonnier, Olivier Dameron, Alain Colige, Vincent Legagneux, Nathalie Theret
article
Liver International, Wiley-Blackwell, 2020, 40 (8), pp.2021-2033. ⟨10.1111/liv.14476⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02549948/file/Azar%20et%20al-2020-Integration%20of%20miRNA-regulatory%20networks%20in%20hepatic%20stellate%20cells%20identifies.pdf BibTex
titre
Synergic Effects of Temperature and Irradiance on the Physiology of the Marine Synechococcus Strain WH7803
auteur
Ulysse Guyet, Ngoc Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, Maël Conan, Morgane Ratin, Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Loraine Brillet-Guéguen, Mark Hoebeke, Christophe Six, Claudia Steglich, Anne Siegel, Damien Eveillard, Frédéric Partensky, Laurence Garczarek
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01707⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02929424/file/fmicb-11-01707.pdf BibTex
titre
DiscoSnp-RAD: de novo detection of small variants for RAD-Seq population genomics
auteur
Jérémy Gauthier, Charlotte Mouden, Tomasz Suchan, Nadir Alvarez, Nils Arrigo, Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
PeerJ, PeerJ, 2020, pp.1-20. ⟨10.7717/peerj.9291⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01634232/file/version_editeur_peerj-9291.pdf BibTex
titre
Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions
auteur
Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel
article
Biochemical Society Transactions, Portland Press, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02569935/file/BST_review.pdf BibTex
titre
Soybean aphid biotype 1 genome: Insights into the invasive biology and adaptive evolution of a major agricultural pest
auteur
Rosanna Giordano, Ravi Kiran Donthu, Aleksey Zimin, Irene Consuelo Julca Chavez, Toni Gabaldon, Manuella van Munster, Lawrence Hon, Richard Hall, Jonathan Badger, Minh Nguyen, Alejandra Flores, Bruce Potter, Tugrul Giray, Felipe Soto-Adames, Everett Weber, Jose Marcelino, Christopher Fields, David Voegtlin, Curt Hill, Glen Hartman, Tatsiana Akraiko, Andrew Aschwanden, Arian Avalos, Mark Band, Bryony Bonning, Anthony Bretaudeau, Olga Chiesa, Anitha Chirumamilla, Brad Coates, Giuseppe Cocuzza, Eileen Cullen, Peter Desborough, Brian Diers, Christina Difonzo, George Heimpel, Theresa Herman, Yongping Huanga, Janet Knodel, Chiun-Cheng Ko, Genevieve Labrie, Doris Lagos-Kutz, Joon-Ho Lee, Seunghwan Lee, Fabrice Legeai, Mauro Mandrioli, Gian Carlo Manicardi, Emanuele Mazzoni, Giulia Melchiori, Ana Micijevic, Nick Miller, Andi Nasuddin, Brian Nault, Matthew O'Neal, Michela Panini, Massimo Pessino, Deirdre Prischmann-Voldseth, Hugh Robertson, Hojun Song, Kelley Tilmon, John Tooker, Kongming Wu, Shuai Zhan
article
Insect Biochemistry and Molecular Biology, Elsevier, 2020, 120, pp.1-24. ⟨10.1016/j.ibmb.2020.103334⟩
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BibTex
titre
RDF graph summarization for first-sight structure discovery
auteur
François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
article
The VLDB Journal, Springer, 2020, 29 (5), pp.1191-1218. ⟨10.1007/s00778-020-00611-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02530206/file/revised_HAL_inlined.pdf BibTex
titre
Extracellular vesicles produced by human and animal Staphylococcus aureus strains share a highly conserved core proteome
auteur
Natayme Rocha Tartaglia, Aurélie Nicolas, Vinicius de Rezende Rodovalho, Brenda Silva Rosa Da Luz, Valérie Briard-Bion, Zuzana Krupova, Anne Thierry, François Coste, Agnès Burel, Patrice Martin, Julien Jardin, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Eric Guedon
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-64952-y⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02638124/file/2020_Tartaglia_SciReports.pdf BibTex
titre
Contrasting genomic and phenotypic outcomes of hybridization between pairs of mimetic butterfly taxa across a suture zone
auteur
Jérémy Gauthier, Donna Lisa De‐silva, Zachariah Gompert, Annabel Whibley, Céline Houssin, Yann Le Poul, Melanie Mcclure, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, James Mallet, Marianne Elias
article
Molecular Ecology, Wiley, 2020, 29 (7), pp.1328-1343. ⟨10.1111/mec.15403⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02800429/file/2020%20-%20Gauthier%20et%20al%20Mol%20Ecol.pdf BibTex
titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2020, 92-102 (Volume 274), ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01322440/file/short_read_connectors.pdf BibTex
titre
ELECTOR: evaluator for long reads correction methods
auteur
Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset
article
NAR Genomics and Bioinformatics, Oxford University Press, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02371117/file/lqz015.pdf BibTex
titre
Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
auteur
Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric J-J Leroux, Simon Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V Markov
article
iScience, Elsevier, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01943880/file/Belcour2020.pdf BibTex
titre
Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions
auteur
Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon Dittami
article
Frontiers in Marine Science, Frontiers Media, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02866101/file/burgunter2020.pdf BibTex
titre
SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
auteur
Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02308101/file/main.pdf BibTex
titre
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
auteur
Jarno Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2020, pp.1-9. ⟨10.1186/s13015-020-0163-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02187246/file/wabi2019final.pdf BibTex
titre
Fuzzy quality-aware queries to graph databases
auteur
Olivier Pivert, Etienne Scholly, Grégory Smits, Virginie Thion
article
Information Sciences, Elsevier, 2020
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BibTex
titre
Graph-FCA: An extension of formal concept analysis to knowledge graphs
auteur
Carlos Bobed, Pierre Maillot, Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2020, 273 (5), pp.81-102. ⟨10.1016/j.dam.2019.03.003⟩
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BibTex
titre
A pipeline to create predictive functional networks: application to the tumor progression of hepatocellular carcinoma
auteur
Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Lokmane Chebouba, Carito Guziolowski, Nathalie Théret
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2020, 21 (1), pp.18. ⟨10.1186/s12859-019-3316-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02095930/file/A_pipeline_to_create_predictive_functional_networks__application_to_the_tumor_progression_of_hepatocellular_carcinoma%20%281%29.pdf BibTex
titre
The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
auteur
Simon Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel Markov, André Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Marine Genomics, Elsevier, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02866117/file/307165v3.full.pdf BibTex
titre
Graph-FCA: An extension of formal concept analysis to knowledge graphs
auteur
Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2020, 271, pp.81-102
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BibTex
titre
Innovative Approach to Predict DNA Adduct Formation of Environnemental Contaminants
auteur
Maël Conan, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Theret
article
Environmental and Molecular Mutagenesis, Wiley-Blackwell, 2020, 61 (S1), pp.58. ⟨10.1002/em.22405⟩
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BibTex
titre
How to interact with medical terminologies? Formative usability evaluations comparing three approaches for supporting the use of MedDRA by pharmacovigilance specialists
auteur
Romaric Marcilly, Laura Douze, Sébastien Ferré, Bissan Audeh, Carlos Bobed, Agnès Lillo-Le Louet, Jean-Baptiste Lamy, Cedric Bousquet
article
BMC Medical Informatics and Decision Making, BioMed Central, 2020, 20 (1), pp.261. ⟨10.1186/s12911-020-01280-1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02972457/file/s12911-020-01280-1 BibTex
titre
Evidential positive opinion influence measures for viral marketing
auteur
Siwar Jendoubi, Arnaud Martin
article
Knowledge and Information Systems (KAIS), Springer, 2020, 62, pp.1037-1062. ⟨10.1007/s10115-019-01375-w⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02176369/file/OpinionV05.pdf BibTex
titre
Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
auteur
Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
article
Microbial Biotechnology, Wiley, 2020, 13 (5), pp.1648-1672. ⟨10.1111/1751-7915.13634⟩
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titre
Unveiling the implicit knowledge, one scenario at a time
auteur
Flavien Lécuyer, Valérie Gouranton, Aurélien Lamercerie, Adrien Reuzeau, Bruno Arnaldi, Benoît Caillaud
article
Visual Computer, Springer Verlag, 2020, pp.1-12. ⟨10.1007/s00371-020-01904-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02879083/file/Demodocos_x_XRaken__Visual_Computer_-4.pdf BibTex
titre
NegPSpan: efficient extraction of negative sequential patterns with embedding constraints
auteur
Thomas Guyet, René Quiniou
article
Data Mining and Knowledge Discovery, Springer, 2020, 34, pp.563-609. ⟨10.1007/s10618-019-00672-w⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03025572/file/article_DMKD_NegPSpan.pdf BibTex
titre
Cytosine methylation of mature microRNAs inhibits their functions and is associated with poor prognosis in glioblastoma multiforme
auteur
Mathilde Cheray, Amandine Etcheverry, Camille Jacques, Romain Pacaud, Gwenola Bougras-Cartron, Marc Aubry, Florent Denoual, Pierre Peterlongo, Arulraj Nadaradjane, Josephine Briand, Farida Akcha, Dominique Heymann, François M Vallette, Jean Mosser, Benjamin Ory, Pierre-Francois Cartron
article
Molecular Cancer, BioMed Central, 2020, 19 (1), pp.1-36. ⟨10.1186/s12943-020-01155-z⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-02500622/file/s12943-020-01155-z BibTex
titre
Complete Genome Sequences of Two Strains of Streptococcus pyogenes Belonging to an Emergent Clade of the Genotype emm89 in Brittany, France
auteur
Marie Devaere, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Emeline Roux, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
article
Microbiology Resource Announcements, American Society for Microbiology, 2020, 9 (11), pp.e00129-20. ⟨10.1128/MRA.00129-20⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-02532959/file/Microbiology%20Resource%20Announcements-2020-Devaere-e00129-20.full.pdf BibTex

Conference papers

titre
Netspot: a simple Intrusion Detection System with statistical learning
auteur
Alban Siffer, Alexandre Termier, Pierre-Alain Fouque, Christine Largouët
article
TrustCom 2020 - IEEE 19th International Conference on Trust, Security and Privacy in Computing and Communications, Dec 2020, Guangzhou, China. ⟨10.1109/TrustCom50675.2020.00122⟩
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titre
Variant Calling Parallelization on Processor-in-Memory Architecture
auteur
Dominique Lavenier, Remy Cimadomo, Romaric Jodin
article
BIBM 2020 - IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Dec 2020, Virtual, South Korea. pp.1-4
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03006764/file/bibm_upvc4.pdf BibTex
titre
Publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
auteur
Louis Béziaud, Tristan Allard, Sébastien Gambs
article
AICOL 2020 - 11th International Workshop on Artificial Intelligence and the Complexity of Legal Systems, in conjunction with JURIX 2020, Dec 2020, Virtual, Czech Republic
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https://hal.inria.fr/hal-03225201/file/aicol20.pdf BibTex
titre
FPSelect: Low-Cost Browser Fingerprints for Mitigating Dictionary Attacks against Web Authentication Mechanisms
auteur
Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit
article
Annual Computer Security Applications Conference (ACSAC 2020), Dec 2020, Austin, United States. ⟨10.1145/3427228.3427297⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02965948/file/acsac-postprint.pdf BibTex
titre
Localize to Classify and Classify to Localize: Mutual Guidance in Object Detection
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
ACCV 2020 - The 15th Asian Conference on Computer Vision, Nov 2020, Kyoto / Virtual, Japan. pp.1-15
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03025756/file/accv2020.pdf BibTex
titre
Hide and Mine in Strings: Hardness and Algorithms
auteur
Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Guilia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
article
International Conference on Data Mining (ICDM), Nov 2020, Sorrento, Italy
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03070560/file/Hide_and_Mine_is_Hard%284%29.pdf BibTex
titre
How to use Model Checking for Diagnosing Fault Patterns in Petri nets
auteur
Johanne Bakalara, Yannick Pencolé, Audine Subias
article
WODES 2020 - 15th IFAC Workshop on Discrete Event Systems, Nov 2020, Virtual, Brazil. pp.1-6
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titre
Adversarial Regularization for Explainable-by-Design Time Series Classification
auteur
Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Romain Tavenard
article
ICTAI 2020 - 32th International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2020, online, Greece. pp.1-9
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titre
Revisiting RDF storage layouts for efficient query answering
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Tayeb Merabti, Marie-Laure Mugnier
article
SSWS 2020 - 13th International Workshop on Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems, Nov 2020, Athène, Greece
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https://hal.inria.fr/hal-02921457/file/main.pdf BibTex
titre
A Novel Path-based Entity Relatedness Measure for Efficient Collective Entity Linking
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
article
International Semantic Web Conference (ISWC), Nov 2020, Athens, Greece
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https://hal.inria.fr/hal-02937580/file/paper_292.pdf BibTex
titre
A Proposal for Nested Results in SPARQL
auteur
Sébastien Ferré
article
ISWC 2020 Posters, Demos, and Industry Tracks, Nov 2020, Athens, Greece
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https://hal.inria.fr/hal-03156013/file/paper527.pdf BibTex
titre
An extension of chronicles temporal model with taxonomies
auteur
Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
article
BDA 2020 - 36ème Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03176657/file/BDA2020.pdf BibTex
titre
Multispectral Fusion for Object Detection with Cyclic Fuse-and-Refine Blocks
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abou Dabi, United Arab Emirates. pp.1-5
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02872132/file/icip2020.pdf BibTex
titre
Improving Anchor-based Explanations
auteur
Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
article
CIKM 2020 - 29th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Oct 2020, Galway / Virtual, Ireland. pp.3269-3272, ⟨10.1145/3340531.3417461⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03133223/file/cikm2020.pdf BibTex
titre
Expedition in the Update Universe
auteur
Guillaume Aucher
article
Dynamic Logic. New Trends and Applications. DaLi 2020., Oct 2020, Prague, Czech Republic. pp.1-16, ⟨10.1007/978-3-030-65840-3_1⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03094220/file/Aucher-Expedition_in_the_update_universe-2020.pdf BibTex
titre
Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
auteur
Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos
article
Web Services - ICWS 2020 - 27th International Conference, Held as Part of the Services Conference Federation, SCF 2020, Sep 2020, Honolulu, United States. pp.77-95, ⟨10.1007/978-3-030-59618-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02964718/file/ICWS2020.pdf BibTex
titre
An Algebra of Deterministic Propositional Acceptance Automata (DPAA)
auteur
Aurélien Lamercerie, Benoît Caillaud
article
FDL 2020 - Forum on specification & Design Languages, Sep 2020, Kiel, Germany. pp.1-8
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02971772/file/FDL%202020%20-%20DPAA%20Algebra.pdf BibTex
titre
A Student-oriented Tool to Support Course Selection in Academic Counseling Sessions
auteur
Jaime Castells, Poul-Doust Mohammad, Luis Galárraga, Gonzalo Méndez, Margarita Ortiz-Rojas, Alberto Jiménez
article
LAUR 2020 - Workshop on Adoption, Adaptation and Pilots of Learning Analytics in Under-represented Regions co-located with the 15th European Conference on Technology Enhanced Learning 2020, Sep 2020, Virtual Event, Germany. pp.1-10
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https://hal.inria.fr/hal-03084671/file/paper4.pdf BibTex
titre
Generalized chronicles for temporal sequence classification
auteur
Yann Dauxais, Thomas Guyet
article
AALTD 2020 - 5th ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2020, Ghent, Belgium. pp.1-16
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https://hal.inria.fr/hal-03025590/file/aaltd_article5.pdf BibTex
titre
Integrating Writing Dynamics in CNN for Online Children Handwriting Recognition
auteur
Simon Corbillé, Elisa Fromont, Eric Anquetil, Pauline Nerdeux
article
17th International Conference on Frontiers in Handwriting Recognition (ICFHR), Sep 2020, Dortmund, Germany
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02940236/file/ICFHR_2020_Camera-ready-Corbille.pdf BibTex
titre
A Graph-Theoretic Barcode Ordering Model for Linked-Reads
auteur
Yoann Dufresne, Chen Sun, Pierre Marijon, Dominique Lavenier, Cedric Chauve, Rayan Chikhi
article
WABI 2020 - 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2020, Pisa, Italy. pp.11 - 12, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2020.11⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03008334/file/LIPIcs-WABI-2020-11.pdf BibTex
titre
MASCARA (ModulAr Semantic CAching fRAmework) towards FPGA acceleration for IoT Security monitoring
auteur
van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
article
VLIoT 2020 - International Workshop on Very Large Internet of Things, Sep 2020, Tokyo, Japan. pp.14-23
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https://hal.inria.fr/hal-03017402/file/paper_VLIoT_HAL.pdf BibTex
titre
Obi-Wan: Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
VLDB 2020 - 46th International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2020, Tokyo, Japan
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https://hal.inria.fr/hal-02921434/file/main.pdf BibTex
titre
Declarative mining of negative sequential patterns
auteur
Philippe Besnard, Thomas Guyet
article
DPSW 2020 - 1st Declarative Problem Solving Workshop, Pedro Cabalar (CITIC-Univ. A Coruña, Spain); Andreas Herzig (Tolouse Univ, France); David Pearce (Univ. Politécnica Madrid, Spain); Torsten Schaub (Univ. Potsdam, Germany); Stefan Woltran (Vienna Univ. Tech. Austria), Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-8
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titre
Semantics of negative sequential patterns
auteur
Thomas Guyet, Philippe Besnard
article
ECAI 2020 - 24 th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-11
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titre
Cooking related Carbon Footprint Evaluationand Optimisation
auteur
Damien Alvarez de Toledo, Laurent d'Orazio, Frédéric Andrès, Maria Leite
article
International Workshop on Intelligent Data – From Data to Knowledge (DOING 2020), Aug 2020, Lyon, France
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titre
A Scored Semantic Cache Replacement Strategy for Mobile Cloud Database Systems
auteur
Zachary Arani, Drake Chapman, Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Taras Basiuk
article
International Workshop on BI & BIG DATA APPLICATIONS (BBIGAP) @ ADBIS, Aug 2020, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03128881/file/paperArani.pdf BibTex
titre
Optimization for Large-Scale Fuzzy Joins Using Fuzzy Filters in MapReduce
auteur
Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent d'Orazio
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ-IEEE), Jul 2020, Glasgow, United Kingdom. ⟨10.1109/FUZZ48607.2020.9177610⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03107555/file/fuzzieee2020.pdf BibTex
titre
Online publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
auteur
Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
article
1st International Workshop on Law and Machine Learning LML2020, in conjunction with ICML 2020, Jul 2020, Vienna, Austria
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titre
Guess Who ?" Large-Scale Data-Centric Study of the Adequacy of Browser Fingerprints for Web Authentication
auteur
Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaetan Le Guelvouit
article
International Conference on Innovative Mobile and Internet Services in Ubiquitous Computing (IMIS), Jul 2020, Lodz, Poland. pp.161-172, ⟨10.1007/978-3-030-50399-4_16⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02611624/file/Guess%20Who%20-%20Large-Scale%20Data-Centric%20Study%20of%20the%20Adequacy%20of%20Browser%20Fingerprints%20for%20Web%20Authentication%20-%20Final%20Postprint.pdf BibTex
titre
ComPotts: Optimal alignment of coevolutionary models for protein sequences
auteur
Hugo Talibart, François Coste
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France. pp.1-8
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https://hal.inria.fr/hal-02862213/file/jobim_proceedings.pdf BibTex
titre
Towards a better understanding of the low discovery rate of short-read based insertion variant callers
auteur
Wesley Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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https://hal.inria.fr/hal-03120668/file/Delage2020_submitted.pdf BibTex
titre
Steps in the Representation of Concept Lattices and Median Graphs
auteur
Alain Gély, Miguel Couceiro, Laurent Miclet, Amedeo Napoli
article
CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Sadok Ben Yahia; Francisco José Valverde Albacete; Martin Trnecka, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.1-11
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https://hal.inria.fr/hal-02912312/file/cla2020_medianGraph.pdf BibTex
titre
Transduction sémantique pour la modélisation de système
auteur
Aurélien Lamercerie
article
PFIA 2020 - Plate-Forme de l'Intelligence Artificielle (PFIA), rencontres RJCIA, Jun 2020, Angers, France. pp.1-6
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02971742/file/RJCIA%202020%20-%20Transduction%20s%C3%A9mantique.pdf BibTex
titre
Practical comparison of FCA extensions to model indeterminate value of ternary data
auteur
Priscilla Keip, Sébastien Ferré, Alain Gutierrez, Marianne Huchard, Pierre Silvie, Pierre Martin
article
15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications (CLA), Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.197-208
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titre
Livre blanc INRIA / INRAE sur le numérique en Agriculture
auteur
Véronique Bellon-Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Emmanuel Prados, Alexandre Termier
article
PFIA 2020 - (Plateforme de l'Intelligence Artificielle) - Journée Agronomie et IA, Jun 2020, Virtual, France. pp.1-26
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https://hal.inrae.fr/hal-02887646/file/PFIA_AgronomieIA-2020_LivreBlancINRIA-INRAE.pdf BibTex
titre
Data Centric Workflows for Crowdsourcing
auteur
Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
article
Petri Nets 2020 - 41st International Conference on Application and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2020, Paris, France. pp.1-39
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https://hal.inria.fr/hal-02508838/file/acsd.pdf BibTex
titre
Bandits manchots avec échantillonnage de Thompson pour des recommandations multiples suivant un modèle fondé sur les positions
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
article
CAp 2020 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02872149/file/cap2020.pdf BibTex
titre
Méthodes de Fusion de Cartes de Caractéristiques pour la Détection Multispectrale par Réseaux de Neurones Profonds
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
RFIAP 2020 - Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02872123/file/RFIAP2020.pdf BibTex
titre
Fast and Exact Rule Mining with AMIE 3
auteur
Jonathan Lajus, Luis Galárraga, Fabian Suchanek
article
ESWC 2020 - 17th International Semantic Web Conference, May 2020, Virtual Event, Greece. pp.36-52, ⟨10.1007/978-3-030-49461-2_3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03084606/file/amie3.pdf BibTex
titre
Widening for MDL-based Retail Signature Discovery
auteur
Clément Gautrais, Peggy Cellier, Matthijs van Leeuwen, Alexandre Termier
article
IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany. pp.1-12
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https://hal.inria.fr/hal-02505913/file/2020%20-%20IDA_mdl_signatures.pdf BibTex
titre
GraphMDL: Graph Pattern Selection based on Minimum Description Length
auteur
Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany
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https://hal.inria.fr/hal-02510517/file/ida_graphmdl.pdf BibTex
titre
Overlapping Hierarchical Clustering (OHC)
auteur
Ian Jeantet, Zoltan Miklos, David Gross-Amblard
article
Inteligent Data Analysis (IDA 2020), Apr 2020, Konstanz, Germany
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https://hal.inria.fr/hal-02452729/file/Overlapping_Hierarchical_Clustering_IDA2020_Camera_Ready_.pdf BibTex
titre
A Persistent Memory-Aware Buffer Pool Manager Simulator for Multi-Tenant Cloud Databases
auteur
Taras Basiuk, Le Gruenwald, Laurent D'orazio, Eleazar Leal
article
International Workshop on Big Data Management on Emerging Hardware, Apr 2020, Dallas, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02514273/file/2020harddb.pdf BibTex
titre
Think Cities: the accelerator for sustainable planning
auteur
Gwenaelle Carfantan, Florian Daniel, Laurent D'orazio, Trung-Dung Le, Xavier Marin, Olivier Peau, Hervé Rannou
article
International Workshop on Data-Driven Smart Cities (DASC@ICDE), Apr 2020, Dallas, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02513929/file/2020dasc.pdf BibTex
titre
REMI: Mining Intuitive Referring Expressions on Knowledge Bases
auteur
Luis Galárraga, Julien Delaunay, Jean-Louis Dessalles
article
EDBT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Virtual Event, Denmark. pp.387-390, ⟨10.5441/002/edbt.2020.39⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03084627/file/paper_238.pdf BibTex
titre
Task-Tuning in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
auteur
Joris Duguépéroux, Antonin Voyez, Tristan Allard
article
International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.5441/002/edbt.2020.79⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02570334/file/paper_306.pdf BibTex
titre
Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
EDBT/ICDT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark
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titre
A Distributed Multi-Sensor Machine Learning Approach to Earthquake Early Warning
auteur
Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
article
In Proceedings of the 34th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2020, New York, United States. pp.403-411, ⟨10.1609/aaai.v34i01.5376⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02373429/file/Fauvel19.pdf BibTex
titre
Profilage et prédiction : de l’usage des algorithmes en matière pénale
auteur
Laurent Rousvoal, Tristan Allard, Elisa Fromont
article
2020 - Festival des libertés numériques, INSA Rennes, Université Rennes 2, URFIST de Rennes., Feb 2020, Rennes, France
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BibTex
titre
Construction guidée de requêtes analytiques sur des graphes RDF
auteur
Sébastien Ferré
article
Atelier Web des Données, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://hal.inria.fr/hal-02452395/file/paper.pdf BibTex
titre
Modelisation de l'incertitude et de l'imprecision de donnees de crowdsourcing : MONITOR
auteur
Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
article
Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://hal.inria.fr/hal-02487535/file/EGC_ICTAI.pdf BibTex
titre
GraphMDL : sélection de motifs de graphes avec le principe MDL
auteur
Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
EGC 2020, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://hal.inria.fr/hal-02511412/file/egc_graphMDL.pdf BibTex
titre
ARES : un extracteur d'exigences pour la modélisation de systèmes
auteur
Aurélien Lamercerie
article
EGC 2020 - Extraction et Gestion des Connaissances (Atelier - Fouille de Textes - Text Mine), Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.1-4
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02971727/file/TM%202020%20-%20Ares.pdf BibTex
titre
Énumération des occurrences d'une chronique
auteur
Thomas Guyet, Philippe Besnard, Ahmed Samet, Nasreddine Ben Salha, Nicolas Lachiche
article
EGC 2020 - 20ème édition de la Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.1-8
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https://hal.inria.fr/hal-02422796/file/EGC20_RecoChronicle_Guyet.pdf BibTex

Book sections

titre
Generalized Chronicles for Temporal Sequence Classification
auteur
Thomas Guyet, Yann Dauxais
article
Extended articles of the International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, 12588, Springer, pp.30-45, 2020, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-030-65741-3. ⟨10.1007/978-3-030-65742-0_3⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03090211/file/aaltd_article5.pdf BibTex
titre
Integrative models for TGF-$\beta$ signaling and extracellular matrix
auteur
Nathalie Theret, Jérôme Feret, Arran Hodgkinson, Pierre Boutillier, Pierre Vignet, Ovidiu Radulescu
article
Sylvie Ricard-Blum. Extracellular Matrix Omics, 7, Springer, pp.17, 2020, Biology of Extracellular Matrix, 978-3-030-58329-3. ⟨10.1007/978-3-030-58330-9_10⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02458073/file/Chapter_TGFB-THERET.pdf BibTex
titre
IA et bioinformatique
auteur
Jacques Nicolas
article
Sébastien Konieczny; Henri Prade. L’intelligence artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?, Cépaduès, pp.101, 2020, 9782364938502
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https://hal.inria.fr/hal-03127545/file/IAetbioinformatiqueCepadues.pdf BibTex
titre
Ouvrir la boîte noire des algorithmes de personnalisation
auteur
Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs, Julien Lolive
article
Le profilage en ligne : entre libéralisme et régulation, Mare & Martin, 2020, Libre droit, 978-2-84934-466-8
Accès au bibtex
BibTex
titre
Formal Concept Analysis: From Knowledge Discovery to Knowledge Processing
auteur
Sébastien Ferré, Marianne Huchard, Mehdi Kaytoue, Sergei Kuznetsov, Amedeo Napoli
article
Pierre Marquis; Odile Papini; Henri Prade. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, 2, Springer International Publishing, pp.411-445, 2020, AI Algorithms, 978-3-030-06167-8. ⟨10.1007/978-3-030-06167-8_13⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Artificial Intelligence and Bioinformatics
auteur
Jacques Nicolas
article
Marquis, P., Papini, O., Prade, H. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, III, Springer, pp.575, 2020, Interfaces and Applications of Artificial Intelligence, 978-3-030-06169-2
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https://hal.inria.fr/hal-01850570/file/Ai_and_Bioinformaticspersonalcopy.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Proceedings of the BDA 2020 conference
auteur
Bernd Amann, François Goasdoué
article
2020
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https://hal.inria.fr/hal-03176597/file/ActesBDA2020.pdf BibTex
titre
Actes de l’atelier HIA 2020: Humains et IA, travailler en intelligence
auteur
David Gross-Amblard
article
Jan 2020, Bruxelles, Belgique. 2020
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https://hal.inria.fr/hal-02462059/file/HIA2020-actes.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
From databases to artificial intelligence
auteur
Zoltan Miklos
article
Databases [cs.DB]. Université de Rennes 1 [UR1], 2020
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https://hal.inria.fr/tel-02501285/file/hdr_ZoltanMiklos_final.pdf BibTex
titre
Enhancing sequential pattern mining with time and reasoning
auteur
Thomas Guyet
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2020
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02495270/file/HdR_Guyet.pdf BibTex

Lectures

titre
Green IT - Le matériel de l'immatériel
auteur
Olivier Ridoux
article
École d'ingénieur. France. 2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02492252/file/picopoly%20green%20it.pdf BibTex

Master thesis

titre
Rapport de stage Master 2 : Apprentissage et étude de Transformer pour la classification en familles protéiques
auteur
Nicolas Buton
article
Intelligence artificielle [cs.AI]. 2020
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https://hal.inria.fr/hal-03103334/file/Rapport_de_stage_M2%281%29.pdf BibTex
titre
AlPha: A Mixed Integer Linear Programming Approach for Genome Haplotyping
auteur
Kerian Thuillier
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-03127775/file/report_kerian_thuillier.pdf BibTex
titre
Amélioration du positionnement de fragments ADN pour réalisation de séquences consensus dans le contexte de l’assemblage de novo de longues lectures
auteur
Victor Epain
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2020
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https://hal.inria.fr/hal-03119772/file/rapport_EPAIN_M2_2020.pdf BibTex

Other publications

titre
Nanopore MinION long read sequencer: an overview of its error landscape
auteur
Clara Delahaye, Jacques Nicolas
article
2020
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https://hal.inria.fr/hal-03123133/file/SeqBIM_2020_Clara_Delahaye.pdf BibTex

Poster communications

titre
MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
auteur
Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
article
Biodiversity Genomics 2020, Oct 2020, Virtual, France
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BibTex
titre
Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing
auteur
Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Eric Guedon, Jacques Nicolas
article
JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03121440/file/Siekaniec_Gregoire_Jobim_2020.pdf BibTex
titre
Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species
auteur
Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩
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https://hal.inria.fr/hal-03151934/file/jobim2020_poster_15.pdf BibTex
titre
MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
auteur
Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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BibTex
titre
Concepts de voisins dans les graphes RDF : Une extension Jena et une interface graphique
auteur
Nicolas Fouqué, Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://hal.inria.fr/hal-03156022/file/Demo_CNN_EGC_2020.pdf BibTex

Documents associated with scientific events

titre
GraphMDL Visualizer: Interactive Visualization of Graph Patterns
auteur
Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
GEM: Graph Embedding and Mining Workshop @ ECML-PKDD 2020, Sep 2020, Ghent, Belgium
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https://hal.inria.fr/hal-03142207/file/gem_workshop-graphmdl_visualizer.pdf BibTex
titre
Interface de Recueil de Données Imparfaites pour le CrowdSourcing
auteur
Constance Thierry, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak, Pierrick Uro
article
EGC 2020 - Humains et IA, travailler en intelligence Atelier de la conférence, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://hal.inria.fr/hal-02465761/file/HIA2020_paper_4.pdf BibTex

Reports

titre
État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links)
auteur
Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
article
[Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02557351/file/MoDaL_2019_synthese_Ver1.pdf BibTex
titre
Atelier MoDaL (Multi-Scale Data Links)
auteur
Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
article
[Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-02507799/file/MoDaL_2019_workshop_report_V4.pdf BibTex

Theses

titre
Filters based fuzzy big joins
auteur
Thi To Quyen Tran
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1; Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S070⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03211210/file/TRAN_Thi_To_Quyen.pdf BibTex
titre
Leveraging browser fingerprinting for web authentication
auteur
Tompoariniaina Nampoina Andriamilanto
article
Systems and Control [cs.SY]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S045⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03150590/file/ANDRIAMILANTO_Tompoariniaina.pdf BibTex
titre
Identification de signature causale pathologie par intégration de données multi-omiques
auteur
Méline Wery
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S071⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03213016/file/WERY_Meline.pdf BibTex
titre
Caractérisation et détection d'insertions constitutionnelles de grande taille dans le cadre d'un usage médical
auteur
Wesley Delage
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S049⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03084361/file/DELAGE_Wesley.pdf BibTex
titre
Structural variant genotyping with long read data
auteur
Lolita Lecompte
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S054⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03082460/file/LECOMPTE_Lolita.pdf BibTex
titre
Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data
auteur
Marine Louarn
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English
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https://hal.inria.fr/tel-03111759/file/Thesis_MLouarn.pdf BibTex
titre
Investigation of a framework for seasonal time series forecasting
auteur
Colin Leverger
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S033⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03118382/file/LEVERGER_Colin.pdf BibTex
titre
Frequent itemset sampling of high throughput streams on FPGA accelerators
auteur
Maël Gueguen
article
Embedded Systems. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S053⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03120148/file/GUEGUEN_Mael.pdf BibTex
titre
Enhancing performance and explainability of multivariate time series machine learning methods : applications for social impact in dairy resource monitoring and earthquake early warning
auteur
Kevin Fauvel
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S043⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03140673/file/FAUVEL_Kevin.pdf BibTex
titre
Protecting workers in crowdsourcing platforms : a technical perspective
auteur
Joris Duguépéroux
article
Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S023⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03099278/file/DUGUEPEROUX_Joris.pdf BibTex
titre
Combination of supervised and unsupervised classifiers based on belief functions
auteur
Na Li
article
Image Processing [eess.IV]. University of Rennes I, 2020. English
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-03029781/file/thesis_Na_final.pdf BibTex
titre
Modeling and management of imperfect preferences with the theory of belief functions
auteur
Yiru Zhang
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S006⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-02503990/file/ZHANG_Yiru.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Cost and Quality Assurance in Crowdsourcing Workflows
auteur
Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
article
2020
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https://hal.inria.fr/hal-02964736/file/edbt-workflow.pdf BibTex
titre
Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in fall armyworms
auteur
Kiwoong Nam, Sylvie Gimenez, Frederique Hilliou, Carlos Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Emmanuelle d'Alençon
article
2020
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https://hal.inrae.fr/hal-02945633/file/812958v1.full.pdf BibTex
titre
Community-Driven Data Analysis Training for Biology
auteur
Bérénice Batut, Saskia Hiltemann, Andrea Bagnacani, Dannon Baker, Vivek Bhardwaj, Clemens Blank, Anthony Bretaudeau, Loraine Brillet-Guéguen, John Chilton, Dave Clements, Olivia Doppelt-Azeroual, Anika Erxleben, Mallory Ann Freeberg, Simon Gladman, Youri Hoogstrate, Hans-Rudolf Hotz, Torsten Houwaart, Pratik Jagtap, Delphine Larivière, Gildas Le Corguillé, Thomas Manke, Fabien Mareuil, Fidel Ramírez, Devon Ryan, Florian Christoph Sigloch, Nicola Soranzo, Joachim Wolff, Pavankumar Videm, Markus Wolfien, Aisanjiang Wubuli, Dilmurat Yusuf, James Taylor, Rolf Backofen, Anton Nekrutenko, Bjorn Grüning
article
2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-02613129/file/225680v2.full.pdf BibTex
titre
A Large-scale Empirical Analysis of Browser Fingerprints Properties for Web Authentication
auteur
Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit, Alexandre Garel
article
2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02870826/file/main.pdf BibTex
titre
SEPAR: Towards Regulating Future of Work Multi-Platform Crowdworking Environments with Privacy Guarantees
auteur
Mohammad Javad Amiri, Joris Duguépéroux, Tristan Allard, Divyakant Agrawal, Amr El Abbadi
article
2020
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https://arxiv.org/pdf/2005.01038 BibTex
titre
Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
auteur
Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon
article
2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02399723/file/867739.full.pdf BibTex
titre
Assemblage de Novo de Longues Lectures Par Programmation Linéaire
auteur
Victor Epain, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
2020
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03007132/file/EasyChair-Preprint-2573.pdf BibTex
titre
Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
auteur
Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette Linglin, Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
article
2020
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https://hal-agrocampus-ouest.archives-ouvertes.fr/hal-02487262/file/_Manzanares_2020.02.05.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Pourquoi le client doit il être parfait ?
auteur
Arnaud Martin
article
Survey Magazine, Soft Concept, 2019, pp.18-19
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02409321/file/surveyIncertitude2.pdf BibTex
titre
Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus
auteur
Delphine Nègre, Méziane Aite, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Loraine Brillet-Guéguen, Xi Liu, Philippe Bordron, Olivier Godfroy, Agnieszka Lipinska, Catherine Leblanc, Anne Siegel, Simon Dittami, Erwan Corre, Gabriel V. Markov
article
Antioxidants , MDPI, 2019, 8 (11), pp.564. ⟨10.3390/antiox8110564⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Differential Expression of Candidate Salivary Effector Genes in Pea Aphid Biotypes With Distinct Host Plant Specificity
auteur
Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Julie Jaquiéry, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2019, 10, pp.1301. ⟨10.3389/fpls.2019.01301⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02378266/file/pdf BibTex
titre
Principles for a Judgement Editor Based on Binary Decision Diagrams
auteur
Guillaume Aucher, Jean Berbinau, Marie-Laure Morin
article
Journal of Applied Logics -IfCoLog Journal of Logics and their Applications, 2019, Special Issue: Reasoning for Legal AI, 6 (5), pp.33
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02273483/file/AucherEtAl-JournalOfAppliedLogics-2019.pdf BibTex
titre
The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
auteur
Jon Ison, Hans Ienasescu, Piotr Chmura, Emil Rydza, Hervé Ménager, Matúš Kalaš, Veit Schwämmle, Bjorn Grüning, Niall Beard, Rodrigo Lopez, Severine Duvaud, Heinz Stockinger, Bengt Persson, Radka Svobodová Vařeková, Tomáš Raček, Jiří Vondrášek, Hedi Peterson, Ahto Salumets, Inge Jonassen, Rob Hooft, Tommi Nyrönen, Alfonso Valencia, Salvador Capella, Josep Gelpí, Federico Zambelli, Babis Savakis, Brane Leskošek, Kristoffer Rapacki, Christophe Blanchet, Rafael Jimenez, Arlindo Oliveira, Gert Vriend, Olivier Collin, Jacques van Helden, Peter Løngreen, Søren Brunak
article
Genome Biology, BioMed Central, 2019, 20 (164), pp.1-4. ⟨10.1186/s13059-019-1772-6⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02408472/file/bio.toolsRegistry.pdf BibTex
titre
SHAMAN : Symbolic and Human-centric view of dAta MANagement
auteur
François Goasdoué
article
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, AFIA, 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02345067/file/Goasdoue-shaman-19.pdf BibTex
titre
Expression and efficient evaluation of fuzzy quantified structural queries to fuzzy graph databases
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
Fuzzy Sets and Systems, Elsevier, 2019, 366, pp.3-17. ⟨10.1016/j.fss.2018.06.002⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Handling probabilistic integrity constraints in pay-as-you-go reconciliation of data models
auteur
Nguyen Quoc Viet Hung, Matthias Weidlich, Nguyen Tam, Zoltan Miklos, Karl Aberer, Avigdor Gal, Bela Stantic
article
Information Systems, Elsevier, 2019, 83, pp.166-180. ⟨10.1016/j.is.2019.04.002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02099877/file/main.pdf BibTex
titre
Evolution of the human cold/menthol receptor, TRPM8
auteur
Samuel Blanquart, Anne-Sophie Borowiec, Philippe Delcourt, Martin Figeac, Christopher Emerling, Andrea Meseguer, Morad Roudbaraki, Natalia Prevarskaya, Gabriel Bidaux
article
Molecular Phylogenetics and Evolution, Elsevier, 2019, 136, pp.104-118. ⟨10.1016/j.ympev.2019.04.011⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02284919/file/MPE_2019_manuscrit%20soumis.pdf BibTex
titre
Summarizing Semantic Graphs: A Survey
auteur
Sejla Cebiric, François Goasdoué, Haridimos Kondylakis, Dimitris Kotzinos, Ioana Manolescu, Georgia Troullinou, Mussab Zneika
article
The VLDB Journal, Springer, 2019, 28 (3)
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https://hal.inria.fr/hal-01925496/file/hal.pdf BibTex
titre
Dynamic modeling of nutrient use and individual requirements of lactating sows
auteur
Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Charlotte Gaillard, Laetitia Cloutier, Fréderic Guay, Jean-Yves Dourmad
article
Journal of Animal Science, American Society of Animal Science, 2019, 97 (7), pp.2822-2836. ⟨10.1093/jas/skz167⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints
auteur
Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart
article
PeerJ, PeerJ, 2019, 7, pp.1-35. ⟨10.7717/peerj.6559⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Computing and Explaining Query Answers over Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
auteur
Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
article
Journal of Artificial Intelligence Research, Association for the Advancement of Artificial Intelligence, 2019, 64, pp.563-644. ⟨10.1613/jair.1.11395⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02066288/file/11395-Article%20%28PDF%29-21164-1-10-20190310.pdf BibTex
titre
Cytonuclear interactions remain stable during allopolyploid evolution despite repeated whole-genome duplications in Brassica
auteur
Julie Ferreira de Carvalho, Jérémy Lucas, Gwenaëlle Deniot, Cyril Falentin, Olivier Filangi, Marie Gilet, Fabrice Legeai, Maryse Lode, Jérôme Morice, Gwenn Trotoux, Valérie Barbe, Jean Keller, Rod Snowdon, Zhesi He, France Denoeud, Patrick Wincker, Ian Bancroft
article
Plant Journal, Wiley, 2019, 98 (3), pp.434-447. ⟨10.1111/tpj.14228⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-02019346/file/Carvalho%20et%20al_Cytonuclear%20interactions%20remain%20stable%20during%20allopolyploid%20evolution%20despite.pdf BibTex
titre
Sequence selection by FitSS4ASR alleviates ancestral sequence reconstruction as exemplified for geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
auteur
Kristina Straub, Mona Linde, Cosimo Kropp, Samuel Blanquart, Patrick Babinger, Rainer Merkl
article
Biological Chemistry, De Gruyter, 2019, 400 (3), pp.367-381. ⟨10.1515/hsz-2018-0344⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02284913/file/FitSS4ASR_V2.pdf BibTex
titre
Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02407243/file/main.pdf BibTex
titre
The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
auteur
Thomas Darde, Estelle Lecluze, Aurélie Lardenois, Isabelle Stévant, Nathan Alary, Frank Tüttelmann, Olivier Collin, Serge Nef, Bernard Jégou, Antoine Rolland, Fréderic Chalmel
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (17), pp.3133-3139. ⟨10.1093/bioinformatics/btz047⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-02015545/file/Darde_et_al_2018_The%20ReproGenomics%20Viewer_Final.pdf BibTex
titre
queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, 35 (17), pp.3203-3205. ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01988699/file/queryMed.pdf BibTex
titre
Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
auteur
Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01987197/file/Guillot2019_Article_PeptimapperProteogenomicsWorkf.pdf BibTex
titre
Role of the acquisition of a type 3 secretion system in the emergence of novel pathogenic strains of Xanthomonas
auteur
Valérian Méline, Wesley Delage, Chrystelle Brin, Camille Li-Marchetti, Daniel Sochard, Matthieu Arlat, Céline Rousseau, Armelle Darrasse, Martial Briand, Guillaume Lebreton, Perrine Portier, Marion Fischer-Le Saux, Karine Durand, Marie-Agnès Jacques, Etienne Belin, Tristan Boureau
article
Molecular Plant Pathology, Wiley, 2019, 20 (1), pp.33-50. ⟨10.1111/mpp.12737⟩
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BibTex
titre
Complete Assembly of Circular and Chloroplast Genomes Based on Global Optimization
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sébastien François, Dominique Lavenier
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, World Scientific Publishing, In press, pp.1-28. ⟨10.1142/S0219720019500148⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02151798/file/HAL_JBCB-main.pdf BibTex
titre
RNA interference identifies domesticated viral genes involved in assembly and trafficking of virus-derived particles in ichneumonid wasps
auteur
Ange Lorenzi, Marc Ravallec, Magali Eychenne, Véronique Jouan, Stéphanie Robin, Isabelle Darboux, Fabrice Legeai, Anne-Sophie Gosselin-Grenet, Mathieu Sicard, Don Stoltz, Anne Nathalie Volkoff
article
PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2019, 15 (12), pp.e1008210. ⟨10.1371/journal.ppat.1008210⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02483831/file/2019_Lorenzi_Plos%20Pathogens.pdf BibTex
titre
Evidence for an ichnovirus machinery in parasitoids of coleopteran larvae
auteur
Stéphanie Robin, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, James Whitfield, Véronique Jouan, Fabrice Legeai, Anne-Nathalie Volkoff
article
Virus Research, Elsevier, 2019, 263, pp.189-206. ⟨10.1016/j.virusres.2019.02.001⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks
auteur
Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02018724/file/JTB_WERY%282%29.pdf BibTex
titre
Data-driven Assessment of Structural Evolution of RDF Graphs
auteur
Carlos Bobed, Pierre Maillot, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, IOS Press, In press
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titre
Ontology population with deep learning-based NLP: a case study on the Biomolecular Network Ontology
auteur
Ali Ayadi, Ahmed Samet, François de Bertrand de Beuvron, Cecilia Zanni-Merk
article
Procedia Computer Science, Elsevier, 2019, 159, pp.572-581. ⟨10.1016/j.procs.2019.09.212⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02317227/file/li.pdf BibTex
titre
In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans
auteur
Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret
article
Toxicology Letters, Elsevier, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01903264/file/hal-01903264.pdf BibTex

Conference papers

titre
Toward a Framework for Seasonal Time Series Forecasting Using Clustering
auteur
Colin Leverger, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Vincent Lemaire, Alexis Bondu, Alexandre Termier
article
IDEAL 2019, Nov 2019, Manchester, United Kingdom. pp.328-340, ⟨10.1007/978-3-030-33607-3_36⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02371221/file/IDEAL2019.pdf BibTex
titre
Agnostic local explanation for time series classification
auteur
Maël Guilleme, Véronique Masson, Laurence Rozé, Alexandre Termier
article
ICTAI 2019 - 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2019, Portland, United States
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BibTex
titre
Modeling uncertainty and inaccuracy on data from crowdsourcing platforms: MONITOR
auteur
Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
article
IEEE 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI'19), Nov 2019, Portland, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02359881/file/ICTAI_2019_paper_487.pdf BibTex
titre
On Complex Value Relations in Hive
auteur
Matthieu Pilven, Stefanie Scherzinger, Laurent d'Orazio
article
International Workshop on Modeling and Management of Big Data, Nov 2019, Salvador, Bahia, Brazil
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02290732/file/19mobid.pdf BibTex
titre
Admissible Generalizations of Examples as Rules
auteur
Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
article
ICTAI 2019 - 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2019, Portland, United States. pp.1480-1485
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https://hal.inria.fr/hal-02267166/file/ICTAI2019.pdf BibTex
titre
BeLink: Querying Networks of Facts, Statements and Beliefs
auteur
Tien-Duc Cao, Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Xavier Tannier
article
CIKM 2019 - 28th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Nov 2019, Beijing, China. ⟨10.1145/3357384.3357851⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02269134/file/belink-hal.pdf BibTex
titre
Learning boolean regulations based on prior-knowledge data: a logical-based viewpoint
auteur
Anne Siegel
article
SASB 2019 - 10th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, Oct 2019, Porto, Portugal
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BibTex
titre
Profilage et « prédiction » : de la justice prédictive à la prédiction par l’intelligence artificielle
auteur
Tristan Allard, Alexandra Bensamoun, Laurent Rousvoal, Sandrine Turgis
article
Le profilage en ligne : Construction d'une approche globale à l'intersection du droit, de l'informatique et de la sociologie, Sandrine TURGIS, IODE UMR CNRS 6262, Université de Rennes 1; Johann BOURCIER, IRISA/INRIA UMR 6074, Université de Rennes 1, Sep 2019, Rennes, France
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BibTex
titre
Increasing life science resources re-usability using Semantic Web technologies
auteur
Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Olivier Dameron
article
eScience 2019 - 15th International eScience Conference, Sep 2019, San Diego, United States. pp.1-9
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https://hal.inria.fr/hal-02274982/file/PID6102547.pdf BibTex
titre
Using Knowledge Base Semantics in Context-Aware Entity Linking
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
article
DocEng 2019 - 19th ACM Symposium on Document Engineering, Sep 2019, Berlin, Germany. pp.1-10, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02171981/file/EVGGS-DocEng-19.pdf BibTex
titre
Improving Domain Adaptation By Source Selection
auteur
Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont
article
ICIP 2019 - IEEE International Conference on Image Processing, Sep 2019, Taïpei, Taiwan. ⟨10.1109/ICIP.2019.8803325⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02136378/file/ICIP2019_bascol.pdf BibTex
titre
Statistically Significant Discriminative Patterns Searching
auteur
Hoang Pham, Gwendal Virlet, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
article
DaWaK 2019 - 21st International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Aug 2019, Linz, Austria. pp.105-115, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02190793/file/paper_SSDPS_DaWak19_final.pdf BibTex
titre
Using automated reasoning to explore unconventional organisms: a first step to explore host-microbial interactions
auteur
Anne Siegel
article
MPA 2019 - Conference on Metabolic Pathway Analysis, Aug 2019, Riga, Latvia
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BibTex
titre
Towards Sustainable Dairy Management - A Machine Learning Enhanced Method for Estrus Detection
auteur
Kevin Fauvel, Véronique Masson, Elisa Fromont, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
article
In Proceedings of the 25th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2019, Anchorage, United States. pp.3051-3059, ⟨10.1145/3292500.3330712⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02190790/file/KDD_Fauvel19.pdf BibTex
titre
An automatic land covers identification based on Dempster-Shafer theory for multi-spectral images
auteur
Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
article
IGARSS2019, Jul 2019, Yokohama, Japan
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02269026/file/4892.pdf BibTex
titre
Genotyping Structural Variations using Long Read Data
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland. pp.1-3
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https://hal.inria.fr/hal-02289484/file/Lecompte_HiTSeq_2019.pdf BibTex
titre
Linking pharmacological and medical knowledge using semantic Web technologies
auteur
Nolwenn Le Meur, Yann Rivault, Olivier Dameron
article
useR! 2019 - Conférence internationale des utilisateurs de R, Jul 2019, Toulouse, France
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BibTex
titre
Compressing and Querying Skypattern Cubes
auteur
Willy Ugarte, Samir Loudni, Patrice Boizumault, Bruno Crémilleux, Alexandre Termier
article
IEA/AIE-2019 - 32nd International Conference on Industrial, Engineering & Other Applications of Applied Intelligent Systems, Jul 2019, Graz, Austria. pp.406-421, ⟨10.1007/978-3-030-22999-3_36⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02190788/file/84.pdf BibTex
titre
Classification de séries temporelles basée sur des "shapelets" interprétables par réseaux de neurones antagonistes
auteur
Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Etienne Menager, Loïc Mosser, Romain Tavenard
article
CAp 2019 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02268004/file/mini_cap_fr.pdf BibTex
titre
Genotyping Structural Variations using Long Read data
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
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https://hal.inria.fr/hal-02288091/file/Lecompte_JOBIM_2019.pdf BibTex
titre
Conciliation of process description and molecular interaction networks using logical properties of ontology
auteur
Vincent Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02301702/file/JOBIM2019_paper_166.pdf BibTex
titre
AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources
auteur
Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02401750/file/Jobim2019___AskOmics___poster%281%29.pdf BibTex
titre
Reference-guided genome assembly in metagenomic samples
auteur
Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
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https://hal.inria.fr/hal-02308257/file/MindTheGap_Jobim2019.pdf BibTex
titre
Semantic(s) of negative sequential patterns
auteur
Thomas Guyet
article
JIAF 2019 - 13èmes Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-10
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https://hal.inria.fr/hal-02188501/file/negatives_JIAF2019.pdf BibTex
titre
Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
auteur
Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, Emmanuel Oger, André Happe
article
2019 - Workshop IA&Santé, PFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-8
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02265743/file/IASante_PFIA2019_bakalara.pdf BibTex
titre
Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
auteur
Johanne Bakalara
article
AIME 2019 - 17th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, Jun 2019, Poznan, Poland. pp.1-7
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02265731/file/AIME2019_Bakalara.pdf BibTex
titre
Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression
auteur
Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
article
ICFCA 2019 - 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02399578/file/Conference_ICFCA_2019_Camera_ready.pdf BibTex
titre
Biseau: An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Graph Visualization applied to FCA
auteur
Lucas Bourneuf
article
ICFCA 2019 - International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Frankfort, Germany. pp.1-6
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https://hal.inria.fr/hal-02399610/file/shortAT2.pdf BibTex
titre
Processing Fuzzy Relational Queries Using Fuzzy Views
auteur
Emmanuel Doumard, Olivier Pivert, Grégory Smits, Virginie Thion
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02116133/file/F-IEEE19-vf.pdf BibTex
titre
FRELS: Fast and Reliable Estimated Linguistic Summaries
auteur
Grégory Smits, Pierre Nerzic, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02116137/file/versionSoumise.pdf BibTex
titre
Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
auteur
Hugo Talibart, François Coste
article
CECAM 2019 - workshop on Co-evolutionary methods for the prediction and design of protein structure and interactions, CECAM-HQ-EPFL, Jun 2019, Lausanne, Switzerland. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02402646/file/compotts-presentation-abstract-cecam2019.pdf BibTex
titre
Link Prediction in Knowledge Graphs with Concepts of Nearest Neighbours
auteur
Sébastien Ferré
article
The Semantic Web (ESWC), Jun 2019, Portoroz, Slovenia. pp.84-100
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02281789/file/paper.pdf BibTex
titre
Reformulation-based query answering for RDF graphs with RDFS ontologies
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
ESWC 2019 - European Semantic Web Conference, Jun 2019, Portoroz, Slovenia
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02051413/file/extended.pdf BibTex
titre
Toward FPGA-Based Semantic Caching for Accelerating Data Analysis with Spark and HDFS
auteur
Marouan Maghzaoui, Laurent d'Orazio, Julien Lallet
article
ISIP 2019 - International Workshop on Information Search, Integration, and Personalization, May 2019, Fukuoka, Japan. pp.104-115, ⟨10.1007/978-3-030-30284-9_7⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02285508/file/18isip.pdf BibTex
titre
A Linked Data Model for Facts, Statements and Beliefs
auteur
Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
The Web Conference 2019 - International Workshop on Misinformation, Computational Fact-Checking and Credible Web, May 2019, San Francisco, United States. ⟨10.1145/3308560.3316737⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02057980/file/beliefs.pdf BibTex
titre
Indexing De Bruijn graphs with minimizers
auteur
Camille Marchet, Maël Kerbiriou, Antoine Limasset
article
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Whashinton, United States. pp.1-16, ⟨10.1101/546309⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02435086/file/546309v2.full.pdf BibTex
titre
CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
auteur
Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
article
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02435116/file/546630v3.full.pdf BibTex
titre
From Cost-Sensitive Classification to Tight F-measure Bounds
auteur
Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
article
AISTATS 2019 - 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, Apr 2019, Naha, Okinawa, Japan. pp.1245-1253
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02049763/file/aistats_2018.pdf BibTex
titre
Incremental structural summarization of RDF graphs
auteur
François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
article
EDBT 2019 - 22nd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01978784/file/paper-261.pdf BibTex
titre
Optimizing DICOM data management with NSGA-G
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent Orazio
article
International Workshop on Design, Optimization, Languages and Analytical Processing of Big Data, Mar 2019, Lisbon, Portugal
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02285736/file/Paper21-TLe.pdf BibTex
titre
Dynamic estimation for medical data management in a cloud federation
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent Orazio
article
International Workshop on Data Analytics solutions for Real-LIfe APplications, Mar 2019, Lisbon, Portugal
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02285762/file/DARLIAP_5.pdf BibTex
titre
Range Query Processing for Monitoring Applications over Untrustworthy Clouds
auteur
Hoang Tran, Tristan Allard, Laurent Orazio, Amr Abbadi
article
International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal. ⟨10.5441/002/edbt.2019.82⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02285562/file/EDBT19_paper_287.pdf BibTex
titre
Accelerating Itemset Sampling using Satisfiability Constraints on FPGA
auteur
Mael Gueguen, Olivier Sentieys, Alexandre Termier
article
DATE 2019 - 22nd IEEE/ACM Design, Automation and Test in Europe, Mar 2019, Florence, Italy. pp.1046-1051, ⟨10.23919/DATE.2019.8714932⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01941862/file/main.pdf BibTex
titre
A Belief Approach for Detecting Spammed Links in Social Networks
auteur
Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Yaghlane
article
International Conference on Agents and Artificial Intelligence, Feb 2019, Prague, Czech Republic
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02064966/file/ICAART_CamReady.pdf BibTex
titre
Modélisation dynamique de l’utilisation des nutriments et des besoins individuels chez la truie en lactation
auteur
Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Charlotte Gaillard, Laetitia Cloutier, Fréderic Guay, Jean-Yves Dourmad
article
51èmes Journées de la Recherche Porcine, Feb 2019, Paris, France. pp.117-122
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BibTex
titre
Prédiction de liens dans les graphes de connaissances avec les concepts de plus proches voisins
auteur
Sébastien Ferré
article
Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2019, Metz, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02281775/file/paper-fr.pdf BibTex
titre
Localized Random Shapelets
auteur
Maël Guilleme, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Xavier Renard
article
International Workshop on Advanced Analysis and Learning on Temporal Data, 2019, Wurzburg, Germany. pp.85-97, ⟨10.1007/978-3-030-39098-3_7⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02513295/file/Paper_16_AALTD_2019.pdf BibTex

Book sections

titre
An Improved Fuzzy Analytical Hierarchy Process for K-Representative Skyline Web Services Selection
auteur
Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader, Karim Benouaret
article
Modelling and Implementation of Complex Systems, pp.312-328, 2019, 978-3-030-05481-6
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BibTex
titre
On Categorial Grammatical Inference and Logical Information Systems
auteur
Annie Foret, Denis Béchet
article
Logic and Algorithms in Computational Linguistics 2018, Series: Advances in Intelligent Systems and Computing, Volume 860, pp.125-153, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-30077-7_6⟩
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BibTex
titre
Measuring the Expertise of Workers for Crowdsourcing Applications
auteur
Jean-Christophe Dubois, Laetitia Gros, Mouloud Kharoune, Yolande Le Gall, Arnaud Martin, Zoltán Miklós, Hosna Ouni
article
Advances in Knowledge Discovery and Management, pp.139-157, 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02162937/file/AKDM_final.pdf BibTex
titre
Discriminant chronicle mining
auteur
Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
article
B. Pinaud; F. Guillet; F. Gandon and C. Largeron. Advances in Knowledge Discovery and Management (vol 8), Springer, Cham, pp.89-118, 2019, Advances in Knowledge Discovery and Management, 978-3-030-18128-4. ⟨10.1007/978-3-030-18129-1_5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01940146/file/AKDM_final.pdf BibTex
titre
Conflict management in information fusion with belief functions
auteur
Arnaud Martin
article
Eloi Bossé; Galina L. Rogova. Information quality in information fusion and decision making, pp.79-97, 2019, Information Fusion and Data Science, 978-3-030-03643-0
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01586671/file/conflict.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Intelligence artificielle et réseaux sociaux
auteur
Arnaud Martin
article
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 103, 2019
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BibTex
titre
COnférence en Recherche d'Informations et Applications - CORIA 2018, Rennes, France, 16/05/2018 - 18/05/2018
auteur
Josiane Mothe, Peggy Cellier, Anne-Laure Ligozat
article
Mothe, Josiane and Cellier, Peggy and Ligozat, Anne-Laure. May 2018, Rennes, France. ARIA : Association Francophone de Recherche d'Information et Applications, 2019
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BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Intelligence Artificielle pour l'aide à la décision des systèmes dynamiques : Diagnostic, Prévision, Recommandation d'actions
auteur
Christine Largouët
article
Intelligence artificielle [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2019
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https://hal.inria.fr/tel-02437159/file/HDR-finale.pdf BibTex
titre
Quality Management of Information Systems - A Human-Centric Point of View
auteur
Virginie Thion
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2019
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https://hal.inria.fr/tel-02407434/file/hdr_thion.pdf BibTex

Master thesis

titre
Linear programming for metabolic network completion
auteur
Kerian Thuillier
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02408003/file/Rapport_Stage.pdf BibTex
titre
De novo long reads assembly using integer linear programming
auteur
Victor Epain
article
Operations Research [cs.RO]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02413832/file/M1_BioInformatic_Internship_report_EPAIN_Victor.pdf BibTex
titre
Search engine for genomic sequencing data
auteur
Téo Lemane
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02410102/file/RapportM2_TeoLemane.pdf BibTex
titre
Evaluation of the public databases' relevance as comprehensive tools for pharmacological mechanisms
auteur
Pierre Beaudier
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02191210/file/BEAUDIER_Pierre_rapport.pdf BibTex
titre
Régulation par les miARNs des gènes régulant la fécondité et le développement embryonnaire précoce chez le poisson médaka
auteur
Fanny Casse Encadrée
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02192476/file/CASSE_Fanny_rapport.pdf BibTex
titre
Faster SPARQL Federated Queries
auteur
Antoine Abel
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02269417/file/ABEL_Antoine_rapport.pdf BibTex
titre
Stockage d'information sur ADN
auteur
Ariane Badual
article
Biotechnologie. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-02401641/file/rapport_Ariane_Badoual_Stockage_ADN.pdf BibTex
titre
Caractérisation en modules fonctionnels de la famille de protéines ADAMTS / ADAMTSL
auteur
Olivier Dennler
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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https://hal.inria.fr/hal-02403084/file/Rapport_M2_Olivier_Dennler.pdf BibTex

Other publications

titre
L’intelligence naturelle : la science des données de l’IA
auteur
Arnaud Martin
article
The Conversation L’expertise universitaire, l’exigence journalistique, 2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02306082/file/ArticleTheConversation.pdf BibTex

Poster communications

titre
Advanced Coding Schemes for DNA-Based Data Storage Using Nanopore Sequencing Technologies
auteur
Dominique Lavenier, Emeline Roux, Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum
article
Journées CominLabs 2019, Nov 2019, Rennes, France. 2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02400656/file/DNA-Storage.pdf BibTex
titre
ISNLP on AI for Education - Exploratory action 2019 : Exploratory experiments combining Information Systems and Natural Language Processing
auteur
Annie Foret
article
Cominlabs days, Nov 2019, Rennes, France
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https://hal.inria.fr/hal-02462991/file/2019-poster-CominLabs-A0-portrait_2019_ISNLP-18nov.pdf BibTex
titre
SVJedi : Structural variation genotyping using long reads
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
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https://hal.inria.fr/hal-02290884/file/Lecompte_HiTSeq2019_poster.pdf BibTex
titre
Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis
auteur
Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anne Siegel
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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https://hal.inria.fr/hal-02193860/file/PosterJOBIM19.pdf BibTex
titre
Error Correction Schemes for DNA Storage with Nanopore Sequencing
auteur
Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum, Dominique Lavenier, Emeline Roux
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02400744/file/jobim_2019.pdf BibTex
titre
From genomics to metagenomics: benchmark of variation graphs
auteur
Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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https://hal.inria.fr/hal-02284559/file/poster_jobim_v4.pdf BibTex
titre
Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
auteur
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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titre
Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
auteur
Hugo Talibart, François Coste
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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Documents associated with scientific events

titre
Understanding the evolution of science: analyzing evolving term co-occurrence graphs with spectral techniques
auteur
Zoltan Miklos, Mickaël Foursov, Franklin Lia, Ian Jeantet, David Gross-Amblard
article
Third international workshop on advances on managing and mining evolving graphs (LEG@ECMLPKDD), Sep 2019, Würzburg, Germany
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titre
Interface for collecting answers to equivocal questions for crowdsourcing
auteur
Constance Thierry, Yolande Le Gall, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak
article
Workshop Visualization & HCI for Crowd-Sourcing, Jun 2019, Clermont-Ferrand, France
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Reports

titre
Kartu-Verbs: A Semantic Web Base of Inflected Verb Forms for the Georgian Language
auteur
Mireille Ducassé
article
[Research Report] IRISA. 2019
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titre
Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
[Technical Report] LIX, Ecole polytechnique; Inria Saclay. 2019
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Theses

titre
A search space of graph motifs for graph compression : from Powergraphs to triplet concepts
auteur
Lucas Bourneuf
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2019. English. ⟨NNT : 2019REN1S060⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02509459/file/BOURNEUF_Lucas.pdf BibTex
titre
Data Management in a Cloud Federation
auteur
Trung Dung Le, Ecole Doctorale, Abdelkader Hameurlain, Karine Zeitouni
article
Computer Science [cs]. Rennes 1, 2019. English
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-02931831/file/ThesisTrungDungLe.pdf BibTex
titre
MODELLING INTERACTIONS BETWEEN NODES IN A CREDIBILIST SOCIAL NETWORK
auteur
Salma Ben Dhaou
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Institut Supérieur de Gestion de Tunis, 2019. English
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
auteur
Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltán Miklós
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-02397971/file/Main.pdf BibTex
titre
Earthquake Early Warning Dataset
auteur
Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
article
2019
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titre
The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga
auteur
Simon Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Méziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel Markov, André Minoche, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira Peters, Anne Siegel, Camille Trottier, Hwan Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
2019
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02333021/file/307165.full.pdf BibTex
titre
Metabolic complementarity between a brown alga and associated 1 cultivable bacteria provide indications of beneficial interactions
auteur
Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon Dittami
article
2019
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02333039/file/813683.full.pdf BibTex
titre
Data Centric Workflows for Crowdsourcing
auteur
Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Rituraj Singh, Zoltán Miklós
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-01976280/file/compwork.pdf BibTex
titre
Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations
auteur
Romuald Laso-Jadart, Kevin Sugier, Emmanuelle Petit, Karine Labadie, Pierre Peterlongo, Christophe Ambroise, Patrick Wincker, Jean-Louis Jamet, Mohammed-Amin Madoui
article
2019
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https://hal.inria.fr/hal-02275928/file/599076.full.pdf BibTex
titre
Deep learning languages: a key fundamental shift from probabilities to weights?
auteur
François Coste
article
2019
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2018

Journal articles

titre
Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea
auteur
Majda Arif, Jérémy Gauthier, Kevin Sugier, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Pierre Peterlongo, Mohammed-Amin Madoui
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01987200/file/disco_nana%20%281%29.pdf BibTex
titre
A belief combination rule for a large number of sources
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
article
Journal of Advances in Information Fusion, ISIF, 2018, 13 (2)
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01883239/file/LNS_combination_rule_reviseJAIF%20%281%29.pdf BibTex
titre
A broad genomic panel of microsatellite loci from Brycon orbignyanus (Characiformes: Bryconidae) an endangered migratory Neotropical fish
auteur
Gabriel Yazbeck, Rafael Sachetto Oliveira, José Mauro Ribeiro, Raíssa Graciano, Rosiane Santos, Fausto Carmo, Dominique Lavenier
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), pp.1-5. ⟨10.1038/s41598-018-26623-x⟩
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titre
Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
auteur
Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Audric Cologne, Sophie Terrone, Louis Dulaurier, Jean-Baptiste Claude, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-21770-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01924204/file/s41598-018-21770-7.pdf BibTex
titre
Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda
auteur
Yves Moné, Sandra Nhim, Sylvie Gimenez, Fabrice Legeai, Imène Séninet, Hugues Parrinello, Nicolas Negre, Emmanuelle d'Alençon
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2018, 19 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-5119-6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01926342/file/s12864-018-5119-6 BibTex
titre
Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
auteur
Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jousselin, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
article
Microbiome, BioMed Central, 2018, 6 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s40168-018-0562-9⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01926402/file/Guyomar2018.pdf BibTex
titre
Hybrid Metabolic Network Completion
auteur
Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
article
Theory and Practice of Logic Programming, Cambridge University Press (CUP), 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01936778/file/1808.04149.pdf BibTex
titre
Genome sequence of the wheat stem sawfly, Cephus cinctus, representing an early-branching lineage of the Hymenoptera, illuminates evolution of hymenopteran chemoreceptors
auteur
Robert Robertson, Robert Waterhouse, Kimberly Walden, Livio Ruzzante, Maarten Reijnders, Brad Coates, Fabrice Legeai, Joanna Gress, Sezgi Biyiklioglu, David Weaver, Kevin Wanner, Hikmet Budak
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2018, 10 (11), pp.2997-3011. ⟨10.1093/gbe/evy232⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01926352/file/evy232.pdf BibTex
titre
Parallel Processing Strategies for Skyline Queries Tolerant to Outliers
auteur
Pierre Nerzic, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
article
International Journal of Intelligent Systems, Wiley, 2018, 33 (10), pp.1992-2018
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BibTex
titre
A soft computing approach to big data summarization
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Ronald Yager, Pierre Nerzic
article
Fuzzy Sets and Systems, Elsevier, 2018, 348, pp.4-20
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BibTex
titre
MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis
auteur
Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Aurélie Le Cam, Anne Siegel, Julien Bobe, Violette Thermes
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01871468/file/2018_Thermes_PlosOne.pdf BibTex
titre
An Evidential Method for Correcting Noisy Information in Social Network
auteur
Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
Online Social Networks and Media, Elsevier, 2018, Volume 7, pp.30-44
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01868866/file/AcceptedPaper.pdf BibTex
titre
Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
auteur
Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (17), pp.i934 - i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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BibTex
titre
Learning maximum excluding ellipsoids from imbalanced data with theoretical guarantees
auteur
Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
article
Pattern Recognition Letters, Elsevier, 2018, 112, pp.310-316. ⟨10.1016/j.patrec.2018.08.016⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01878830/file/PRL_format.pdf BibTex
titre
Introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
auteur
Derek Greene, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Jesse Davis
article
Data Mining and Knowledge Discovery, Springer, 2018, 32 (5), pp.1177-1178. ⟨10.1007/s10618-018-0586-6⟩
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BibTex
titre
Guest editors introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
auteur
Jesse Davis, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Derek Greene
article
Machine Learning, Springer Verlag, 2018, 107 (8-10), pp.1207-1208. ⟨10.1007/s10994-018-5745-x⟩
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BibTex
titre
Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races
auteur
Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Fabrice Legeai, Lucie Mieuzet, Carole Smadja, Claire Lemaitre, Renaud Vitalis, Jean-Christophe Simon
article
Molecular Ecology, Wiley, 2018, 27 (16), pp.3287 - 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩
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BibTex
titre
Interfacial layer in high-performance CFRP composites cured out-of-autoclave: Influence of the carbon fiber surface and its graphite-like properties
auteur
Arnaud Martin, Brigitte Defoort, Christelle Kowandy, Xavier Coqueret
article
Composites Part A: Applied Science and Manufacturing, Elsevier, 2018, 110, pp.203-216. ⟨10.1016/j.compositesa.2018.04.026⟩
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BibTex
titre
A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems
auteur
Arnaud Meng, Camille Marchet, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Adriana Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Eric Pelletier, Ian Probert, Johan Decelle, Stéphane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner
article
Microbiome, BioMed Central, 2018, pp.1-35. ⟨10.1101/221424⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01643153/file/s40168-018-0481-9.pdf BibTex
titre
Combination of classifiers with optimal weight based on evidential reasoning
auteur
Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin
article
IEEE Transactions on Fuzzy Systems, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2018, 26 (3), pp.1217_1230. ⟨10.1109/TFUZZ.2017.2718483⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01588701/file/FinalVersion.pdf BibTex
titre
Finding Maximum Cliques on the D-Wave Quantum Annealer
auteur
Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Georg Hahn, Guillaume Rizk
article
Journal of Signal Processing Systems, Springer, 2018, ⟨10.1007/s11265-018-1357-8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01920397/file/Chapuis2018_Article_FindingMaximumCliquesOnTheD-Wa.pdf BibTex
titre
Modal logics of sabotage revisited
auteur
Guillaume Aucher, Johan Van Benthem, Davide Grossi
article
Journal of Logic and Computation, Oxford University Press (OUP), 2018, 28 (2), pp.269 - 303. ⟨10.1093/logcom/exx034⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01827076/file/RevisedProof.pdf BibTex
titre
TOXsIgN: a cross-species repository for toxicogenomic signatures
auteur
Thomas A. Darde, Pierre Gaudriault, Rémi Béranger, Clement Lancien, Annaelle Caillarec-Joly, Olivier Sallou, Nathalie Bonvallot, Cécile Chevrier, Séverine Mazaud-Guittot, Bernard Jégou, Olivier Collin, Emmanuelle Becker, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (12), pp.2116-2122. ⟨10.1093/bioinformatics/bty040⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01863047/file/Darde%20-%20TOXsIgN.pdf BibTex
titre
Disentangling the Causes for Faster-X Evolution in Aphids
auteur
Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Tiphaine Ouisse, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anaïs Gouin, Pierre Nouhaud, Jennifer Brisson, Ryan Bickel, Swapna Purandare, Julie Poulain, Christophe Battail, Claire Lemaitre, Lucie Mieuzet, Gaël Le Trionnaire, Jean-Christophe Simon, Claude Rispe
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2018, 10 (2), pp.507-520. ⟨10.1093/gbe/evy015⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01701165/file/evy015.pdf BibTex
titre
De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01643156/file/NAR_CARNAC_reviews.pdf BibTex
titre
Semantic caching framework, an application to FPGA-based application for IoT security monitoring
auteur
Laurent d'Orazio, Julien Lallet
article
Open Journal of Internet of Things, RonPub UG, 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01857359/file/paper.pdf BibTex
titre
Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models
auteur
Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, Maria-Paz Cortés, Sebastián N Mendoza, Gregory Carrier, Olivier Dameron, Nicolas Guillaudeux, Mauricio Latorre, Nicolas Loira, Gabriel V Markov, Alejandro Maass, Anne Siegel
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01807842/file/journal.pcbi.1006146.pdf BibTex
titre
Computational pan-genomics: status, promises and challenges
auteur
Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390478/file/Brief%20Bioinform-2016--bib-bbw089.pdf BibTex
titre
SELP: Semi-supervised evidential label propagation algorithm for graph data clustering
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhunga Liu
article
International Journal of Approximate Reasoning, Elsevier, 2018, 92, pp.139-154. ⟨10.1016/j.ijar.2017.09.008⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01668379/file/selp_ijar_paper.pdf BibTex
titre
From medico-administrative databases analysis to care trajectories analytics: an example with the French SNDS
auteur
Erwan Drezen, Thomas Guyet, André Happe
article
Fundamental and Clinical Pharmacology, Wiley, 2018, 32 (1), pp.78-80. ⟨10.1111/fcp.12323⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01631802/file/FCP12323_PEPS_DrezenGuyetHappe_2017.pdf BibTex
titre
Data Science Techniques for Sustainable Dairy Management
auteur
Kévin Fauvel, Véronique Masson, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
article
ERCIM News, ERCIM, 2018, pp.29-30
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02623595/file/2018_Fauvel_ERCIM%20News_1.pdf BibTex
titre
Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants
auteur
Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, Jonghee Oh, Marimuthu Murugan, Michael Smith, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Frank White, James Carolan, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
article
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01891942/file/hal-01891942.pdf BibTex
titre
De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae)
auteur
Bernhard Gschloessl, Franck Dorkeld, Philippe Audiot, Anthony Bretaudeau, Carole Kerdelhue, Rejane Streiff
article
Data in Brief, Elsevier, 2018, 17, pp.781-787. ⟨10.1016/j.dib.2018.01.073⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02627842/file/2018_Gschloessl_Data%20in%20Brief_1.pdf BibTex
titre
Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data
auteur
Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩
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Conference papers

titre
Combination of supervised learning and unsupervised learning based on object association for land cover classification
auteur
Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
article
DICTA2018, Dec 2018, Canberra, Australia
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01922096/file/dicta.pdf BibTex
titre
An efficient multi-objective genetic algorithm for cloud computing: NSGA-G
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
article
International Workshop on Benchmarking, Performance Tuning and Optimization for Big Data Applications (BPOD), Dec 2018, Seattle, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01962235/file/BPOD2018_Dung.pdf BibTex
titre
Adaptive Time, Monetary Cost Aware Query Optimization on Cloud Database Systems
auteur
Chenxiao Wang, Zach Arani, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
article
International workshop on Scalable Cloud Data Management (SCDM@BigData), Dec 2018, Seattle, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01962218/file/PID5688543.pdf BibTex
titre
Sparklis over PEGASE Knowledge Graph: A New Tool for Pharmacovigilance
auteur
Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
article
International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS), Dec 2018, Antwerpen, Belgium
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https://hal.inria.fr/hal-01976825/file/PEGASE___Ongoing_Papers.pdf BibTex
titre
A Hybrid MCDM Framework for Efficient Web Services Selection Based on QoS
auteur
Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader
article
2018 International Conference on Applied Smart Systems (ICASS), Nov 2018, Medea, Algeria. pp.1-6
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titre
Conciliation of medicine systems disease maps and other molecular interaction networks using logical properties of ontology
auteur
Vincent Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
article
Data Integration in the Life Sciences 5DILS 2018), Nov 2018, Hannover, Germany
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titre
Converting Alzheimer's disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data
auteur
Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
article
DILS 2018 - 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01917742/file/Henry_et_al_ORCID.pdf BibTex
titre
Modélisation du profil des contributeurs dans les plateformes de crowdsourcing
auteur
Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
article
27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01920669/file/main.pdf BibTex
titre
Génération efficace de résumés linguistiques estimés
auteur
Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
article
LFA 2018 - 27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
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BibTex
titre
Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
JFO 2018 - 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01912046/file/article-jfo.pdf BibTex
titre
Tree-based Cost-Sensitive Methods for Fraud Detection in Imbalanced Data
auteur
Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
article
IDA 2018 - 17th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Oct 2018, ‘s-Hertogenbosch, Netherlands. pp.213-224, ⟨10.1007/978-3-030-01768-2_18⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01895967/file/CSTree.pdf BibTex
titre
Rewriting-Based Query Answering for Semantic Data Integration Systems
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
BDA: Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2018, Bucarest, Romania
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01927282/file/bda.pdf BibTex
titre
Answering Provenance-Aware Queries on RDF Data Cubes under Memory Budgets
auteur
Luis Galárraga, Kim Ahlstrøm, Katja Hose, Torben Pedersen
article
ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.547-565, ⟨10.1007/978-3-030-00671-6_32⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01931333/file/paper.pdf BibTex
titre
Browsing Linked Data Catalogs with LODAtlas
auteur
Emmanuel Pietriga, Hande Gözükan, Caroline Appert, Marie Destandau, Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.137-153
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https://hal.inria.fr/hal-01827766/file/LODAtlas-ISWC2018.pdf BibTex
titre
Admissible generalizations of examples as rules
auteur
Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
article
One-day Workshop on Machine Learning and Explainability, Christel Vrain, Université d' Orléans, Oct 2018, Orléans, France
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https://hal.inria.fr/hal-01940129/file/Presentation_PTV_WS_Interpretability.pdf BibTex
titre
Evidential community detection based on density peaks
auteur
Kuang Zhou, Quan Pan, Arnaud Martin
article
BELIEF 2018 - The 5th International Conference on Belief Functions, Sep 2018, Compiègne, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01882803/file/EDPC_belief2018.pdf BibTex
titre
An empirical study to determine the optimal k in Ek-NNclus method
auteur
Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
article
5th International Conference on Beleif Functions (BELIEF2018), BFAS, Sep 2018, Compiègne, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01880400/file/main.pdf BibTex
titre
Evidential Independence Maximization on Twitter Network
auteur
Siwar Jendoubi, Mouna Chebbah, Arnaud Martin
article
5th International Conference, Belief 2018, Sep 2018, Compiègne, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01879620/file/BELIEF-1.pdf BibTex
titre
Day-ahead time series forecasting: application to capacity planning
auteur
Colin Leverger, Vincent Lemaire, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Laurence Rozé
article
AALTD'18 - 3nd ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2018, Dublin, Ireland
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https://hal.inria.fr/hal-01912002/file/ts_workshop_cl.pdf BibTex
titre
KaSa: A Static Analyzer for Kappa
auteur
Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, Nathalie Théret, Pierre Vignet
article
CMSB 2018 - 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01888951/file/cmsb2018.pdf BibTex
titre
Mining Periodic Patterns with a MDL Criterion
auteur
Esther Galbrun, Peggy Cellier, Nikolaj Tatti, Alexandre Termier, Bruno Crémilleux
article
ECML/PKDD 2018 European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.535-551
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01951722/file/393.pdf BibTex
titre
Predicting Pass Receiver In Football Using Distance Based Features
auteur
Yann Dauxais, Clément Gautrais
article
MLSA 2018 - 5th Workshop on Machine Learning and Data Mining for Sports Analytic of ECML/PKDD, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.1-7
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01912616/file/dauxais_mlsa18.pdf BibTex
titre
Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
auteur
Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
article
ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943
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https://hal.inria.fr/hal-01946860/file/Frioux%20et%20al.%20-%202018%20-%20Scalable%20and%20exhaustive%20screening%20of%20metabolic%20functions%20carried%20out%20by%20microbial%20consortia.pdf BibTex
titre
How to measure the topological quality of protein parse trees?
auteur
Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
article
ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 - 138
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https://hal.inria.fr/hal-01938608/file/pyzik18.pdf BibTex
titre
Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction
auteur
François Coste, Jacques Nicolas
article
ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168
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https://hal.inria.fr/hal-01872266/file/coste18.pdf BibTex
titre
A clustering model for uncertain preferences based on belief functions
auteur
Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
article
DaWaK: Data Warehousing and Knowledge Discovery, Sep 2018, Regensburg, Germany. ⟨10.1007/978-3-319-98539-8_9⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01880391/file/llncs.pdf BibTex
titre
Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics
auteur
Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue
article
28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01826564/file/main.pdf BibTex
titre
Responsive and Flexible Controlled Natural Language Authoring with Zipper-based Transformations
auteur
Sébastien Ferré
article
International Workshop on Controlled Natural Languages (CNL), Aug 2018, Dublin, Ireland
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https://hal.inria.fr/hal-01976766/file/paper.pdf BibTex
titre
Precision feeding of lactating sows: development of a decision support tool to handle variability
auteur
Raphaël Gauthier, Fréderic Guay, Ludovic Brossard, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad
article
EAAP 2018 - 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01949645/file/Gauthier%202018_1.pdf BibTex
titre
Are your data gathered? The Folding Test of Unimodality
auteur
Alban Siffer, Pierre-Alain Fouque, Alexandre Termier, Christine Largouët
article
KDD 2018 - 24th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery & Data Minin, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.2210-2218, ⟨10.1145/3219819.3219994⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01951676/file/siffer_kdd18.pdf BibTex
titre
An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA
auteur
Lucas Bourneuf
article
FCA4AI'18 - 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01945938/file/FCA4AI_18___biseau.pdf BibTex
titre
Efficient Generation of Reliable Estimated Linguistic Summaries
auteur
Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems , Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01854298/file/180201.pdf BibTex
titre
Improving Hamming distance-based fuzzy join in MapReduce using Bloom Filters
auteur
Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent D’orazio
article
FUZZ-IEEE, Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil. ⟨10.1109/FUZZ-IEEE.2018.8491658⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01857386/file/18fuzzieee.pdf BibTex
titre
Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids
auteur
Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart
article
ISMB 2018 - 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States
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BibTex
titre
queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01834137/file/queryMed.pdf BibTex
titre
Breton-français et numérique, projet LangNum-br-fr (phase conception)
auteur
Annie Foret
article
Conférence Langues et numérique 2018, Jul 2018, Paris, France
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https://hal.inria.fr/hal-01959451/file/Pour%20les%20actes%202018%20de%20L%26N-br-fr.pdf BibTex
titre
CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01930211/file/jobim_carnac.pdf BibTex
titre
Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer's disease
auteur
Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
article
DMCM 2018 - 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01873474/file/DiseaseMapMeeting_2018_VHenry.pdf BibTex
titre
Un algorithme de pondération de la F-Mesure par pondération des erreurs de classfication.
auteur
Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
article
Conférence pour l'Apprentissage Automatique, Jun 2018, Saint-Etienne du Rouvray, France
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BibTex
titre
Mixed Integer Linear Programming Approach for a Distance-Constrained Elementary Path Problem
auteur
Sébastien Francois, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Metodi Traikov, Nicola Yanev
article
CTW 2018 - 16th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2018, Paris, France. pp.1-4
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https://hal.inria.fr/hal-01937008/file/DCEP_CTW.pdf BibTex
titre
Independence of Sources in Social Networks
auteur
Manel Chehibi, Mouna Chebbah, Arnaud Martin
article
Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems. Theory and Foundations - 17th International Conference, IPMU, Jun 2018, Cadiz, Spain
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01823784/file/IPMU18.pdf BibTex
titre
On Dissimilarity Measures at the Fuzzy Partition Level
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Toan Duong
article
17th International Conference on Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems, Jun 2018, Cadiz, Spain
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01741885/file/dissimilarityMeasuresAtPartitionLevel-VF.pdf BibTex
titre
How Hierarchies of Concept Graphs Can Facilitate the Interpretation of RCA Lattices?
auteur
Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2018, Olomouc, Czech Republic
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01976754/file/CLA_2018___RCA_Graph_Patterns.pdf BibTex
titre
Answers Partitioning and Lazy Joins for Efficient Query Relaxation and Application to Similarity Search
auteur
Sébastien Ferré
article
Extended Semantic Web Conference (ESWC), Jun 2018, Heraklion, Greece
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01945454/file/paper2.pdf BibTex
titre
Gioqoso, an online Quality Assessment Tool for Music Notation
auteur
Francesco Foscarin, David Fiala, Florent Jacquemard, Philippe Rigaux, Virginie Thion
article
4th International Conference on Technologies for Music Notation and Representation (TENOR'18), Sandeep Bhagwati and Jean Bresson, May 2018, Montreal, Canada
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01895171/file/tenor18.pdf BibTex
titre
Analyse formelle d'exigences en langue naturelle pour la conception de systèmes cyber-physiques
auteur
Aurélien Lamercerie
article
TALN 2018 - Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, May 2018, Rennes, France. pp.1-13
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01970134/file/TALN%202018%20-%20Analyse%20exigences%20LN%20pour%20conception%20SCP.pdf BibTex
titre
Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
article
RECOMB 2018, Apr 2018, Paris, France
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https://arxiv.org/pdf/1711.03336 BibTex
titre
A Differentially Private Index for Range Query Processing in Clouds
auteur
Cetin Sahin, Tristan Allard, Reza Akbarinia, Amr Abbadi, Esther Pacitti
article
34th IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2018, Paris, France. pp.857-868, ⟨10.1109/ICDE.2018.00082⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01886725/file/PINED-RQ-ICDE2018.pdf BibTex
titre
Fuzzy Query By Example
auteur
Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
article
SAC 2018 - The 33rd ACM/SIGAPP Symposium On Applied Computing, Apr 2018, Pau, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01662908/file/sac18.pdf BibTex
titre
Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé
auteur
Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed'Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, Olivier Dameron, Gilles Foucras, Alexandre Journaux, Frédéric Launay, Pierre-Yves Le Bail, Nathalie Le Floc'H, Mélanie Martignon, Claire Nédellec, Marie-Helene Pinard - van der Laan, Edwige Quillet, Marie-Christine Meunier-Salaün
article
Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France
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BibTex
titre
Global optimization approach for circular and chloroplast genome assembly
auteur
Sébastien Francois, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
article
BICoB 2018 - 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Mar 2018, Las Vegas, United States. pp.1-11, ⟨10.1101/231324⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01666830/file/BIORXIV-2017-231324v1-Andonov.pdf BibTex
titre
An Experimental Approach For Information Extraction in Multi-Party Dialogue Discourse
auteur
Pegah Alizadeh, Peggy Cellier, Thierry Charnois, Bruno Crémilleux, Albrecht Zimmermann
article
CICLing 2018 - 19th International Conference on Computational Linguistics and Intelligent Text Processing, Mar 2018, Hanoi, Vietnam. pp.1-14
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01804147/file/CICLING2018.pdf BibTex
titre
PerForecast : un outil de prévision de l'évolution de séries temporelles pour le planning capacitaire
auteur
Colin Leverger, Régis Marguerie, Vincent Lemaire, Thomas Guyet, Simon Malinowski
article
EGC 2018 - Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France. pp.455-458
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01911243/file/perforecast.pdf BibTex
titre
Exploration de résumés personnalisés de données
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert
article
Extraction et Gestion de Connaissances, Jan 2018, Paris, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01741883/file/visu_rewritingVectors.pdf BibTex
titre
Fouille de motifs temporels négatifs
auteur
Katerina Tsesmeli, Manel Boumghar, Thomas Guyet, René Quiniou, Laurent Pierre
article
EGC 2018 - 18ème Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France. pp.263-268
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01657540/file/paper.pdf BibTex
titre
A Communication Model that Bridges Knowledge Delivery between Data Miners and Domain Users
auteur
Scarlett Kelly
article
HICSS 2018 - 51th Hawaii International Conference on System Sciences, Jan 2018, Hawaii, United States. pp.192-198
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01651737/file/A%20Communication%20Model%20Inria%20report%20version.%2011.29.pdf BibTex
titre
FURQL : une extension floue de SPARQL
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
INFORSID, 2018, Nantes, France
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BibTex
titre
A Method to build a Geolocalized Food Price Time Series Knowledge Base analyzable by Everyone
auteur
Johyn Papin, Frédéric Andrès, Laurent d'Orazio
article
Latin America Data Science Workshop (LADaS@VLDB), 2018, Rio de Janeiro, Brazil
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01857388/file/short_paper_data_science%283%29.pdf BibTex
titre
Mesurer la dissimilarité au niveau d'une partition floue
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Toan Duong
article
Logique Floue et Applications (LFA), 2018, Arras, France
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BibTex
titre
Modèles possibilistes de bases de données incertaines - Une vue d'ensemble
auteur
Olivier Pivert, Henri Prade
article
Logique Floue et Applications (LFA), 2018, Arras, France
Accès au bibtex
BibTex

Book sections

titre
Protection des données personnelles destinées à être publiées : description d’une attaque minimaliste sur un jeu de données pseudonymisé
auteur
Tristan Allard
article
La justice prédictive, 60, Dalloz, 2018, Archives de Philosophie du droit, 2247182288
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BibTex
titre
Handling Uncertainty in Relational Databases with Possibility Theory - A Survey of Different Modelings
auteur
Olivier Pivert, Henri Prade
article
Scalable Uncertainty Management - 12th International Conference, SUM 2018, Milan, Italy, October 3-5, 2018, Proceedings, pp.396-404, 2018
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BibTex
titre
Inductive Learning from State Transitions over Continuous Domains
auteur
Tony Ribeiro, Sophie Tourret, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Domenico Borzacchiello, Francisco Chinesta, Olivier Roux, Katsumi Inoue
article
27th International Conference on Inductive Logic Programming, LNCS, volume 10759, Springer, Cham, pp.124-139, 2018, Inductive Logic Programming, ⟨10.1007/978-3-319-78090-0_9⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01655644/file/main.pdf BibTex
titre
Fuzzy Preference Queries to NoSQL Graph Databases
auteur
Arnaud Castelltort, Anne Laurent, Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
Olivier Pivert. NoSQL Data Models – Trends and Challenges, 1 (Chapter 6), pp.167-201, 2018, 9781786303646. ⟨10.1002/9781119528227.ch6⟩
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Directions of work or proceedings

titre
Actes de la conférence Traitement Automatique de la Langue Naturelle, TALN 2018
auteur
Anne-Laure Ligozat, Peggy Cellier, Anne-Lyse Minard, Vincent Claveau, Cyril Grouin, Patrick Paroubek
article
May 2018, Rennes, France. 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01843585/file/Actes_TALN2018_vol2.pdf BibTex
titre
Formal Grammar 2018
auteur
Annie Foret, Greg Kobele, Sylvain Pogodalla
article
Annie Foret; Greg Kobele; Sylvain Pogodalla. Aug 2018, Sofia, Bulgaria. 10950, Springer, 2018, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-57784-4⟩
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titre
Belief Functions: Theory and Applications
auteur
Sébastien Destercke, Thierry Denoeux, Fabio Cuzzolin, Arnaud Martin
article
5th International Conference (BELIEF 2018), Sep 2018, Compiègne, France. 11069, Springer, 2018, Lecture Notes in Computer Science
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titre
Formal Grammar
auteur
Annie Foret, Reinhard Muskens, Sylvain Pogodalla
article
Jul 2017, Toulouse, France. Lecture Notes in Computer Science, 10686, Springer-Verlag Berlin Heidelberg; Springer, 2018, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-56343-4⟩
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titre
NoSQL Data Models – Trends and Challenges
auteur
Olivier Pivert
article
2018
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Personnalisation et enrichissement des méthodes d’accès aux données
auteur
Grégory Smits
article
Base de données [cs.DB]. Université Rennes 1, 2018
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https://hal.inria.fr/tel-01739707/file/main.pdf BibTex

Master thesis

titre
Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues
auteur
Nicolas Guillaudeux
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2018
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https://hal.inria.fr/hal-01948461/file/M2_NGuillaudeux_181206.pdf BibTex

Books

titre
Scalable Uncertainty Management - 11th International Conference, SUM 2017, Granada, Spain, October 4-6, 2017, Proceedings
auteur
Serafin Moral, Olivier Pivert, Daniel Sánchez, Nicolás Marín
article
2018
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Poster communications

titre
PEGASE: A Knowledge Graph for Search and Exploration in Pharmacovigilance Data
auteur
Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
article
EKAW Posters and Demonstrations, Nov 2018, Nancy, France
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https://hal.inria.fr/hal-01976818/file/poster_PEGASE.pdf BibTex
titre
What's New in SPARKLIS
auteur
Sébastien Ferré
article
EKAW Posters and Demonstrations, Nov 2018, Nancy, France
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https://hal.inria.fr/hal-01976799/file/demo.pdf BibTex
titre
ComVisMD-A Visualization Tool for Compact Display of Multidimensional Data: An illustration on Cricket Players Data
auteur
Mireille Ducassé, Shridhar Dandin
article
IEEE VIS 2018 International Conference, Oct 2018, Berlin, Germany
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titre
The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
auteur
Thomas Alain Darde, Estelle Lecluze, Nathan Alary, Lardenois Aurélie, Olivier Collin, Frank Tüttelmann, Serge Nef, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
article
European Congress of Andrology, Oct 2018, Budapest, Hungary
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titre
ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads
auteur
Lolita Lecompte, Camille Marchet, Pierre Morisse, Antoine Limasset, Pierre Peterlongo, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01929900/file/Poster_ELECTOR.pdf BibTex
titre
Simulation of RNA sequencIng with Oxford Nanopore Technologies
auteur
Camille Marchet, Leandro Lima
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01929917/file/RNA_simulator.pdf BibTex
titre
Gioqoso, an Online Quality Evaluation Tool for MEI Scores
auteur
Vincent Besson, David Fiala, Philippe Rigaux, Virginie Thion
article
Music encoding conference 2018 (MEC 2018), May 2018, Washington DC, United States. 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01708859/file/Poster.pdf BibTex
titre
Reference guided genome assembly in metagenomic samples
auteur
Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
RECOMB 2018 - 22nd International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France. pp.1
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01934823/file/recomb_Guyomar.pdf BibTex
titre
CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01929963/file/marchet-camille-genscale.pdf BibTex
titre
Développement d’un outil de prévision des besoins nutritionnels des truies en lactation. Application à l’alimentation de précision
auteur
Raphaël Gauthier, Fréderic Guay, Ludovic Brossard, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad
article
Journées d’animation scientifiques du département Phase, Apr 2018, Rennes, France. pp.1, 2018, Journées d’animation scientifiques du département Phase - Recueil des résumés
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01949603/file/raphael_gauthier_poster.pdf BibTex

Reports

titre
Séparation d'haplotypes à partir de données de séquençage de troisième génération
auteur
Maxime Bridoux
article
[Stage] Inria Rennes - Bretagne Atlantique. 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01933561/file/ENS_Rennes_DIT_L3_2018_paper_32.pdf BibTex
titre
Compact Summaries of Rich Heterogeneous Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
article
[Research Report] RR-8920, INRIA Saclay; Université Rennes 1. 2018, pp.1-40
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https://hal.inria.fr/hal-01325900/file/RR-04072018.pdf BibTex
titre
A SPARQL 1.1 Query Builder for the Data Analytics of Vanilla RDF Graphs
auteur
Sébastien Ferré
article
[Research Report] IRISA Rennes Bretagne Atlantique, équipe LIS. 2018
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https://hal.inria.fr/hal-01820469/file/paper_as_report.pdf BibTex
titre
Data Mining for Fault Localization: towards a Global Debugging Process
auteur
Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Sébastien Ferré, Olivier Ridoux
article
[Research Report] INSA RENNES; Univ Rennes, CNRS, IRISA, France. 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02003069/file/DebuggingAsDataMining.pdf BibTex
titre
Data Quality Rules for Digital Score Libraries
auteur
David Fiala, Philippe Rigaux, Alice Tacaille, Virginie Thion, Gioqoso Members
article
[Research Report] IRISA, Université de Rennes. 2018, pp.1-28
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https://hal.inria.fr/hal-01734821/file/indicateursQt.pdf BibTex

Theses

titre
Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems
auteur
Clémence Frioux
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S058⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01945853/file/FRIOUX_Clemence.pdf BibTex
titre
Signatures : detecting and characterizing complex recurrent behavior in sequential data
auteur
Clément Gautrais
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S041⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01984629/file/GAUTRAIS_Clement.pdf BibTex
titre
From reads to transcripts: de novo methods for the analysis of transcriptome second and third generation sequencing.
auteur
Camille Marchet
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2018. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01939193/file/these.pdf BibTex
titre
Discriminant chronicle mining
auteur
Yann Dauxais
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S052⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02044269/file/DAUXAIS_Yann.pdf BibTex
titre
Learning commonalities in RDF & SPARQL
auteur
Sara El Hassad
article
Programming Languages [cs.PL]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S011⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01835703/file/EL_HASSAD_Sara.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
NegPSpan: efficient extraction of negative sequential patterns with embedding constraints
auteur
Thomas Guyet, René Quiniou
article
2018
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https://hal.inria.fr/hal-01743975/file/negpspan_extended.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Vers une démocratisation des outils pour l'exploration de données ?
auteur
Alexandre Termier, Joanna Jongwane
article
Interstices, INRIA, 2017
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BibTex
titre
Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing
auteur
Maria-Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, Veronica Cambiazo, Alejandro Maass
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01661270/file/fmicb-08-02462.pdf BibTex
titre
Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
auteur
Leandro Lima, Blerina Sinaimeri, Gustavo Sacomoto, Helene Lopez-Maestre, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2017, 12 (1), pp.2. ⟨10.1186/s13015-017-0091-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01474524/file/13015_2017_Article_91.pdf BibTex
titre
Two genomes of highly polyphagous lepidopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with different host-plant ranges
auteur
Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Kiwoong Nam, Sylvie Gimenez, Jean-Marc Aury, Bernard Duvic, Frederique Hilliou, Nicolas Durand, Nicolas Montagné, Isabelle Darboux, Suyog Kuwar, Thomas Chertemps, David Siaussat, Anne Bretschneider, Yves Moné, Seung-Joon Ahn, Sabine Hänniger, Anne-Sophie Gosselin Grenet, David Neunemann, Florian Maumus, Isabelle Luyten, Karine Labadie, Wei Xu, Fotini Koutroumpa, Jean-Michel Escoubas, Angel Llopis, Martine Maïbèche-Coisne, Fanny Salasc, Archana Tomar, Alisha Anderson, Sher Khan, Pascaline Dumas, Marion Orsucci, Julie Guy, Caroline Belser, Adriana Alberti, Benjamin Noel, Arnaud Couloux, Jonathan Mercier, Sabine Nidelet, Emeric Dubois, Nai-Yong Liu, Isabelle Boulogne, Olivier Mirabeau, Gaelle Le Goff, Karl Gordon, John Oakeshott, Fernando Consoli, Anne-Nathalie Volkoff, Howard Fescemyer, James Marden, Dawn Luthe, Salvador Herrero, David Heckel, Patrick Wincker, Gael Kergoat, Joelle Amselem, Hadi Quesneville, Astrid Groot, Emmanuelle Jacquin-Joly, Nicolas Nègre, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, Emmanuelle D’alençon, Philippe Fournier
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-017-10461-4⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01633879/file/Gouin2017.pdf BibTex
titre
A data warehouse to explore multidimensional simulated data from a spatially distributed agro-hydrological model to improve catchment nitrogen management
auteur
Tassadit Bouadi, Marie-Odile Cordier, Pierre Moreau, René Quiniou, Jordy Salmon-Monviola, Chantal Gascuel-Odoux
article
Environmental Modelling and Software, Elsevier, 2017, 97, pp.229 - 242. ⟨10.1016/j.envsoft.2017.07.019⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01597840/file/EMS_T.Bouadi_Submission.pdf BibTex
titre
Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
auteur
Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen, Johannes Dröge, Ivan Gregor, Stephan Majda, Jessika Fiedler, Eik Dahms, Andreas Bremges, Adrian Fritz, Ruben Garrido-Oter, Tue Sparholt Jørgensen, Nicole Shapiro, Philip D Blood, Alexey Gurevich, Yang Bai, Dmitrij Turaev, Matthew Z Demaere, Rayan Chikhi, Niranjan Nagarajan, Christopher Quince, Lars Hestbjerg Hansen, Søren J Sørensen, Burton K H Chia, Bertrand Denis, Jeff L Froula, Zhong Wang, Robert Egan, Dongwan Don Kang, Jeffrey J Cook, Charles Deltel, Michael Beckstette, Claire Lemaitre, Peter Peterlongo, Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Yu-Wei Wu, Steven W Singer, Chirag Jain, Marc Strous, Heiner Klingenberg, Peter Meinicke, Michael D Barton, Thomas Lingner, Hsin-Hung Lin, Yu-Chieh Liao, Genivaldo Gueiros Z Silva, Daniel A Cuevas, Robert A Edwards, Surya Saha, Vitor C Piro, Bernhard Y Renard, Mihai Pop, Hans-Peter Klenk, Markus Göker, Nikos C Kyrpides, Tanja Woyke, Julia A Vorholt, Paul Schulze-Lefert, Edward M Rubin, Aaron E Darling, Thomas Rattei, Alice C Mchardy
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01633525/file/099127.full.pdf BibTex
titre
Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
article
Future Generation Computer Systems, Elsevier, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01516082/file/Cohen-Boulakia-etal-reproductibility.pdf BibTex
titre
Platelet soluble CD40-Ligand level is associated with transfusion adverse reactions in a mixed threshold and hit model
auteur
Fabrice Cognasse, Caroline Sut, Elisa Fromont, Sandrine Laradi, Hind Hamzeh-Cognasse, Olivier Garraud
article
Blood, American Society of Hematology, 2017, ⟨10.1182/blood-2017-03-773945⟩
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BibTex
titre
A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩
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BibTex
titre
Genome scans on experimentally evolved populations reveal candidate regions for adaptation to plant resistance in the potato cyst nematode Globodera pallida.
auteur
Delphine Eoche-Bosy, Matthieu Gautier, Magali Esquibet, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, Olivier Bouchez, Sylvain Fournet, Eric Grenier, Josselin Montarry
article
Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (18), pp.4700-4711. ⟨10.1111/mec.14240⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01605681/file/MainDocument_Eoche-Bosy-et-al.pdf BibTex
titre
Dosage compensation and sex-specific epigenetic landscape of the X chromosome in the pea aphid.
auteur
Gautier Richard, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anthony Bretaudeau, Denis Tagu, Julie Jaquiéry, Gaël Le Trionnaire
article
Epigenetics & Chromatin, BioMed Central, 2017, 10 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13072-017-0137-1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01555242/file/Richard%20-%20Dosage%20compensation.pdf BibTex
titre
Regard sur « Le mythe de la Singularité. Faut-il craindre l'intelligence artificielle ? »
auteur
Marie-Odile Cordier
article
Interstices, INRIA, 2017
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BibTex
titre
Extended Automata for Temporal Planning of Interacting Agents
auteur
Christine Largouët, Omar Krichen, Yulong Zhao
article
International Journal of Monitoring and Surveillance Technologies Research, IGI Global, 2017, 5 (1), pp.30 - 48. ⟨10.4018/IJMSTR.2017010102⟩
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BibTex
titre
Hardware acceleration of de novo genome assembly
auteur
Sharat Chandra Varma, Paul Kolin, M. Balakrishnan, Dominique Lavenier
article
International Journal of Embedded Systems, Inderscience, 2017, 9 (1), pp.74-89. ⟨10.1504/IJES.2017.10002593⟩
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BibTex
titre
Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks
auteur
Sylvain Prigent, Clémence Frioux, Simon M Dittami, Sven Thiele, Abdelhalim Larhlimi, Guillaume Collet, Gutknecht Fabien, Jeanne Got, Damien Eveillard, Jérémie Bourdon, Frédéric Plewniak, Thierry Tonon, Anne Siegel
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01449100/file/prigent2017.pdf BibTex
titre
Credal Fusion of Classifications for Noisy and Uncertain Data
auteur
Fatma Karem, Mounir Dhibi, Arnaud Martin, Mohamed Salim Bouhlel
article
International Journal of Electrical and Computer Engineering (IJECE), IAES, 2017, 7 (2), pp.1071-1087
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01546634/file/Karem17a.pdf BibTex
titre
TopPI: An efficient algorithm for item-centric mining
auteur
Vincent Leroy, Martin Kirchgessner, Alexandre Termier, Sihem Amer-Yahia
article
Information Systems, Elsevier, 2017, 64, pp.104 - 118. ⟨10.1016/j.is.2016.09.001⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01479067/file/toppi%20%281%29.pdf BibTex
titre
Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks
auteur
Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, Maria-Paz Cortés, Jeanne Got, Camille Trottier, Damien Eveillard, Anne Siegel
article
PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01635688/file/publi17-lipm-048laniau_combining_1.pdf BibTex
titre
SPARKLIS: An Expressive Query Builder for SPARQL Endpoints with Guidance in Natural Language
auteur
Sébastien Ferré
article
Open Journal Of Semantic Web, Research Online Publishing (RonPub), 2017, 0
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https://hal.inria.fr/hal-01485093/file/sparklis-preprint.pdf BibTex
titre
Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species
auteur
Thomas C. Mathers, Yazhou Chen, Gemy Kaithakottil, Fabrice Legeai, Sam T. Mugford, Patrice Baa-Puyoulet, Anthony Bretaudeau, Bernardo Clavijo, Stefano Colella, Olivier Collin, Tamas Dalmay, Thomas Derrien, Honglin Feng, Toni Gabaldon, Anna Jordan, Irene Julca, Graeme J. Kettles, Krissana Kowitwanich, Dominique Lavenier, Paolo Lenzi, Sara Lopez-Gomollon, Damian Loska, Daniel Mapleson, Florian Maumus, Simon Moxon, Daniel R. G. Price, Akiko Sugio, Manuella van Munster, Marilyne Uzest, Darren Waite, Georg Jander, Denis Tagu, Alex C. C. Wilson, Cock van Oosterhout, David Swarbreck, Saskia A. Hogenhout
article
Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01500475/file/Rapid%20transcriptional%20plasticity%20of%20duplicated-%20version%20of%20record.pdf BibTex
titre
caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families
auteur
Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩
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BibTex
titre
Two Evidential Data Based Models for Influence Maximization in Twitter
auteur
Siwar Jendoubi, Arnaud Martin, Ludovic Liétard, Hend Ben Hadji, Boutheina Ben Yaghlane
article
Knowledge-Based Systems, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.knosys.2017.01.014⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01435733/file/InfluenceMaximizationV008.pdf BibTex
titre
A modeling approach to evaluate the balance between bioactivation and detoxification of MeIQx in human hepatocytes
auteur
Victorien Delannée, Sophie Langouët, Nathalie Théret, Anne Siegel
article
PeerJ, PeerJ, 2017, 5, pp.e3703. ⟨10.7717/peerj.3703⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01575579/file/Delanne_A%20modeling%20approach.pdf BibTex
titre
Full Sequencing and Genomic Analysis of Three emm75 Group A Streptococcus Strains Recovered in the Course of an Epidemiological Shift in French Brittany
auteur
Aude Rochefort, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Alexandra Meygret, Yahia Adnani, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2017, 5 (39), pp.e00957. ⟨10.1128/genomeA.00957-17⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01617890/file/Rochefort%20-%20Full%20Sequencing%20and%20Genomic%20Analysis.pdf BibTex
titre
FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome
auteur
Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Benoit Hedan, Guillaume Rizk, Laëtitia Lagoutte, Tosso Leeb, Vidhya Jagannathan, Edouard Cadieu, Audrey David, Hannes Lohi, Susanna Cirera, Merete Fredholm, Nadine Botherel, Peter A. J. Leegwater, Celine Le Beguec, Hille Fieten, Jeremy Johnson, Jessica Alföldi, Catherine André, Kerstin Lindblad-Toh, Christophe Hitte, Thomas Derrien
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (8), pp.12. ⟨10.1093/nar/gkw1306⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01532061/file/Wucher%20-%20FEELnc.pdf BibTex
titre
Erratum to: Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species
auteur
Thomas C. Mathers, Yazhou Chen, Gemy Kaithakottil, Fabrice Legeai, Sam T. Mugford, Patrice Baa-Puyoulet, Anthony Bretaudeau, Bernardo Clavijo, Stefano Colella, Olivier Collin, Tamas Dalmay, Thomas Derrien, Honglin Feng, Toni Gabaldon, Anna Jordan, Irene Julca, Graeme J. Kettles, Krissana Kowitwanich, Dominique Lavenier, Paolo Lenzi, Sara Lopez-Gomollon, Damian Loska, Daniel Mapleson, Florian Maumus, Simon Moxon, Daniel R. G. Price, Akiko Sugio, Manuella Munster, Marilyne Uzest, Darren Waite, Georg Jander, Denis Tagu, Alex C. C. Wilson, Cock Oosterhout, David Swarbreck, Saskia A. Hogenhout
article
Genome Biology, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.63. ⟨10.1186/s13059-017-1202-6⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01588181/file/erratum_1.pdf BibTex
titre
A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs
auteur
Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, David Causeur, Hélène Gilbert, Isabelle Louveau
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.244. ⟨10.1186/s12864-017-3639-0⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01494107/file/Gondret_et_al-2017-BMC_Genomics_%7BF0E95270-5F39-418D-A2C8-2BDF35110611%7D.pdf BibTex

Conference papers

titre
Improving user interaction in mobile-cloud database query processing
auteur
Chenxiao Wang, Jason Arenson, Florian Helff, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
article
Workshop on Scalable Cloud Data Management, Dec 2017, Boston, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01640072/file/PID5122071-1.pdf BibTex
titre
A Framework for Efficient Representative Summarization of RDF Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2017, Vienna, Austria
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https://hal.inria.fr/hal-01577778/file/poster-HAL.pdf BibTex
titre
Learning Commonalities in SPARQL
auteur
Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2017, Vienna, Austria
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https://hal.inria.fr/hal-01572691/file/EGJ-ISWC-17.pdf BibTex
titre
Identifying Functional Families of Trajectories in Biological Pathways by Soft Clustering: Application to TGF-β Signaling
auteur
Jean Coquet, Nathalie Théret, Vincent Legagneux, Olivier Dameron
article
CMSB 2017 - 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, France. pp.17
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01559249/file/JeanCoquet_CMSB.pdf BibTex
titre
Improving time-series rule matching performance for detecting energy consumption patterns
auteur
Maël Guilleme, Laurence Rozé, Véronique Masson, Cérès Carton, René Quiniou, Alexandre Termier
article
DARE 2017 - 5th International Workshop on Data Analytics for Renewable Energy Integration, Sep 2017, Skopje, Macedonia. pp.59-71, ⟨10.1007/978-3-319-71643-5_6⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01654890/file/DARE2017_article.pdf BibTex
titre
From Self-Data to Self-Preferences: Towards Preference Elicitation in Personal Information Management Systems
auteur
Tristan Allard, Tassadit Bouadi, Joris Duguépéroux, Virginie Sans
article
International Workshop on Personal Analytics and Privacy (In conjunction with ECML PKDD 2017) , Sep 2017, Skopje, Macedonia
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https://hal.inria.fr/hal-01578990/file/selfpref-pap-17.pdf BibTex
titre
Multi-Plant Photovoltaic Energy Forecasting Challenge: Second place solution
auteur
Clément Gautrais, Yann Dauxais, Maël Guilleme
article
Discovery Challenges co-located with European Conference on Machine Learning - Principle and Practice of Knowledge Discovery in Database, Sep 2017, Skopje, Macedonia
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01639813/file/paper.pdf BibTex
titre
Toward a better understanding of the plant microbiota
auteur
Victoria Potdevin, Marie Chevallier, Ruben Garrido Oter, Anne Siegel, Stéphane Hacquard, Damien Eveillard, Philippe Vandenkoornhuyse
article
4ème colloque de Génomique Environnementale, GDR Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
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BibTex
titre
Toward the study of metabolic functions in algal holobionts
auteur
Claire Lippold, Camille Trottier, Clémence Frioux, Marie Chevallier, Simon M Dittami, Anne Siegel
article
4ème Colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
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BibTex
titre
Topic Signatures in Political Campaign Speeches
auteur
Clément Gautrais, Peggy Cellier, René Quiniou, Alexandre Termier
article
EMNLP 2017 - Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing, Sep 2017, Copenhagen, Denmark
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01640498/file/emnlp2017.pdf BibTex
titre
Belief Measure of Expertise for Experts Detection in Question Answering Communities: case study Stack Overflow
auteur
Dorra Attiaoui, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
21st International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems, Sep 2017, Marseille, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01568061/file/k17gen-127.pdf BibTex
titre
Mining rare sequential patterns with ASP
auteur
Ahmed Samet, Thomas Guyet, Benjamin Negrevergne
article
ILP 2017 - 27th International Conference on Inductive Logic Programming, Sep 2017, Orléans, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01569582/file/ilp_samet_2017.pdf BibTex
titre
Nested Forms with Dynamic Suggestions for Quality RDF Authoring
auteur
Pierre Maillot, Sébastien Ferré, Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Franck Partouche
article
International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA), Aug 2017, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01731124/file/DEXA17_Formulis.pdf BibTex
titre
A reliability-based approach for influence maximization using the evidence theory
auteur
Siwar Jendoubi, Arnaud Martin
article
19th International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery - DaWaK 2017, Aug 2017, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01551780/file/ReliabilityApproach.pdf BibTex
titre
Belief Temporal Analysis of Expert Users: case study Stack Overflow
auteur
Dorra Attiaoui, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
Big Data Analytics and Knowledge Discovery DAWAK, Aug 2017, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01576875/file/V3.pdf BibTex
titre
Lightweight Privacy-Preserving Task Assignment in Skill-Aware Crowdsourcing
auteur
Louis Béziaud, Tristan Allard, David Gross-Amblard
article
International Conference on Database and Expert Systems Applications, Aug 2017, Lyon, France. pp.18 - 26, ⟨10.1007/978-3-319-64471-4_2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01580249/file/bag17lightweight.pdf BibTex
titre
Anomaly Detection in Streams with Extreme Value Theory
auteur
Alban Siffer, Pierre-Alain Fouque, Alexandre Termier, Christine Largouët
article
KDD 2017 - Proceedings of the 23rd ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2017, Halifax, Canada. ⟨10.1145/3097983.3098144⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01640325/file/siffer_kdd_17.pdf BibTex
titre
Quality Awareness over Graph Pattern Queries
auteur
Philippe Rigaux, Virginie Thion
article
Proceedings of the International Database Engineering & Applications Symposium (IDEAS), Jul 2017, Bristol, United Kingdom
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https://hal.inria.fr/hal-01528456/file/Prigaux_ideas17.pdf BibTex
titre
Analyse thermodynamique du cycle de conversion utilisant le CO2 Supercritique pour une application en réacteur modulaire
auteur
Hoang-Son Pham, Jean-Henry Ferrasse, Olivier Boutin, Nicolas Alpy, Manuel Saez
article
SFGP 2017 - 16ème Congrès de la Société Française de Génie des Procédés, Jul 2017, Nancy, France
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BibTex
titre
Expert Opinion Extraction from a Biomedical Database
auteur
Ahmed Samet, Thomas Guyet, Benjamin Negrevergne, Tien-Tuan Dao, Tuan Nha Hoang, Marie-Christine Ho Ba Tho
article
Conference on Symbolic and Quantitative Approaches to Reasoning with Uncertainty (ECSQARU), Jul 2017, Lugano, Switzerland. pp.1 - 12, ⟨10.1016/S0888-613X(02)00066-X⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01584984/file/ecsqaru_Samet_OpinionMining_2017.pdf BibTex
titre
An automatic water detection approach based on Dempster-Shafer theory for multi spectral images
auteur
Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
article
20th International Conference on Information Fusion, Jul 2017, XI'AN, China
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573200/file/main.pdf BibTex
titre
Evidence combination for a large number of sources
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
article
2017 20th International Conference on Information Fusion (FUSION), Jul 2017, Xi'an, China
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01567484/file/combination_fusion2017.pdf BibTex
titre
The Advantage of Evidential Attributes in Social Networks
auteur
Salma Ben Dhaou, Kuang Zhou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
20th International Conference on Information Fusion, Jul 2017, Xi'an, China
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01562965/file/PaperFUSION.pdf BibTex
titre
Preference fusion and Condorcet's Paradox under uncertainty
auteur
Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
article
International Conference on Information Fusion, Jul 2017, Xi'an, China
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01573217/file/main.pdf BibTex
titre
Interactive Data Exploration on Top of Linguistic Summaries
auteur
Grégory Smits, Ronald R. Yager, Olivier Pivert
article
In Proc. of the 26th IEEE International Conference on Fuzzy Systems (Fuzz-IEEE'17), Jul 2017, Naples, Italy
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BibTex
titre
Fuzzy Quantified Queries to Fuzzy RDF Databases
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ-IEEE), Jul 2017, Naples, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-01510270/file/FuzzIEEEFURQLQuantPivertSlamaThion.pdf BibTex
titre
Hybrid Metabolic Network Completion
auteur
Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
article
14th International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - LPNMR 2017, Jul 2017, Espoo, Finland. pp.308-321
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https://hal.inria.fr/hal-01557347/file/paper.pdf BibTex
titre
Concepts de plus proches voisins dans des graphes de connaissances.
auteur
Sébastien Ferré
article
28es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances IC 2017, Jul 2017, Caen, France. pp.163-174
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01570277/file/paper_cnn.pdf BibTex
titre
Admissible generalizations of examples as rules (JIAF 2017)
auteur
Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
article
11èmes Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF 2017), Jul 2017, Caen, France
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BibTex
titre
AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies
auteur
Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
article
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1
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https://hal.inria.fr/hal-01577425/file/Jobim2017___AskOmics___Demo.pdf BibTex
titre
Vocabulary Elicitation for Informative Descriptions of Classes
auteur
Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
article
joint 17th World Congress of International Fuzzy Systems Association and 9th International Conference on Soft Computing and Intelligent Systems (IFSA-SCSI'17), Jun 2017, Otsu, Japan
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BibTex
titre
Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics
auteur
Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
article
Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France
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BibTex
titre
Declarative Sequential Pattern Mining of Care Pathways
auteur
Thomas Guyet, André Happe, Yann Dauxais
article
Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Jun 2017, Vienna, Austria. pp.1161 - 266, ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_29⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01569023/file/main.pdf BibTex
titre
Discriminant chronicles mining: Application to care pathways analytics
auteur
Yann Dauxais, Thomas Guyet, David Gross-Amblard, André Happe
article
Artificial Intelligence in Medicine, Jun 2017, Vienna, Austria. ⟨10.1007/978-3-319-59758-4₂6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01568929/file/main.pdf BibTex
titre
A Typicality-Based Recommendation Approach Leveraging Demographic Data
auteur
Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
article
In Proc. of the 12th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'17), Jun 2017, Londres, United Kingdom
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BibTex
titre
Graph Constraints in Urban Computing: Dealing with conditions in processing urban data
auteur
Laurent d'Orazio, Mirian Halfeld-Ferrari, Carmem Hara, Nadia Kozievitch, Martin Musicante
article
International workshop on Data Analytics solutions for Real-LIfe Applications (DARLI-AP), Jun 2017, Exter, United Kingdom
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01609260/file/graph-constraints-urban-3.pdf BibTex
titre
Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
auteur
Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
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https://hal.inria.fr/hal-01566246/file/p11-limasset.pdf BibTex
titre
Mining relevant interval rules
auteur
Thomas Guyet, René Quiniou, Véronique Masson
article
International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2017, Rennes, France
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https://hal.inria.fr/hal-01584981/file/icfca2017_Guyet_RIR.pdf BibTex
titre
FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression
auteur
Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
article
International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01558302/file/Conference_ICFCA_2017_camera_ready.pdf BibTex
titre
Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid
auteur
Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, Sylvie Hudaverdian, Stéphanie Jaubert-Possamai, Nathalie Leterme-Prunier, Jacques Nicolas, Hervé Seitz, Anne Siegel, Sylvie Tanguy, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
article
10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States
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BibTex
titre
Interoperable infrastructure and implementation of a health data model for remote monitoring of chronic diseases with comorbidities
auteur
Philippe Finet, Bernard Gibaud, Olivier Dameron, Régine Le Bouquin Jeannes
article
Journées d'Etude sur la TéléSANté, 6ème edition, Pôle Capteurs, Université d'Orléans, May 2017, Bourges, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01565009/file/JETSAN2017PhFINET.doc https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01565009/file/JETSAN2017PhFINET.pdf BibTex
titre
Towards Learning Commonalities in SPARQL
auteur
Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
Extended Semantic Web Conference (ESWC), May 2017, Portoroz, Slovenia
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https://hal.inria.fr/hal-01508720/file/EGJ-ESWC17-poster.pdf BibTex
titre
Learning Commonalities in RDF
auteur
Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
Extended Semantic Web Conference (ESWC), May 2017, Portoroz, Slovenia
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https://hal.inria.fr/hal-01485862/file/EGJ-ESWC17-paper.pdf BibTex
titre
Formalizing quality rules on music notation. An ontology-based approach
auteur
Samira Si-Said Cherfi, Fayçal Hamdi, Philippe Rigaux, Virginie Thion, Nicolas Travers
article
International Conference on Technologies for Music Notation and Representation - TENOR'17, May 2017, Coruna, Spain
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BibTex
titre
Purchase Signatures of Retail Customers
auteur
Clément Gautrais, René Quiniou, Peggy Cellier, Thomas Guyet, Alexandre Termier
article
PAKDD 2017 - The Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2017, Jeju, South Korea
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01639795/file/paper.pdf BibTex
titre
A transcriptomic approach to study marine plankton holobionts
auteur
Arnaud Meng, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Camille Marchet, Adriana Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Ian Probert, Noritoshi Suzuki, Stéphane Le Crom, Lucie Bittner, Fabrice Not
article
International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
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BibTex
titre
Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
auteur
Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
article
International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
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BibTex
titre
Global Optimization for Scaffolding and Completing Genome Assemblies
auteur
Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
article
International Network Optimization Conference , European Network Optimization Group (ENOG), Feb 2017, Lisboa, Portugal. pp.15
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https://hal.inria.fr/hal-01499859/file/RR-9050%20%281%29.pdf BibTex
titre
Une mesure d'expertise pour le crowdsourcing
auteur
Hosna Ouni, Arnaud Martin, Laetitia Gros, Mouloud Kharoune, Zoltan Miklos
article
Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2017, Grenoble, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01432561/file/PapierCrowdBeliefVF.pdf BibTex
titre
Extraction de chroniques discriminantes
auteur
Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
article
Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2017, Grenoble, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01413473/file/main.pdf BibTex
titre
Calcul, stockage et utilisation efficaces de résumés linguistiques de données massives
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Pierre Nerzic
article
Logique Floue et Applications (LFA), 2017, Amiens, France
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BibTex

Book sections

titre
Efficiency Analysis of ASP Encodings for Sequential Pattern Mining Tasks
auteur
Thomas Guyet, Yves Moinard, René Quiniou, Torsten Schaub
article
Bruno Pinaud; Fabrice Guillet; Bruno Cremilleux; Cyril de Runz. Advances in Knowledge Discovery and Management, 7, Springer, pp.41--81, 2017, 978-3-319-65405-8
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https://hal.inria.fr/hal-01631879/file/paper_AKDM7_Guyet_arxiv.pdf BibTex
titre
Approche algébrique de la manipulation des données
auteur
François Goasdoué, Virginie Thion
article
Mokrane Bouzeghoub; Rémy Mosseri. Les Big Data à découvert, CNRS Editions, 2017, 978-2-271-11464-8
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BibTex
titre
L'écologie des systèmes
auteur
Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse
article
Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri. Les Big Data à Découvert, CNRS éditions, 2017, 978-2-271-11464-8
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BibTex
titre
De Novo NGS Data Compression
auteur
Gaëtan Benoit, Claire Lemaitre, Guillaume Rizk, Erwan Drezen, Dominique Lavenier
article
Mourad Elloumi. Algorithms for Next-Generation Sequencing Data, Springer, pp.91-115, 2017, 978-3-319-59826-0. ⟨10.1007/978-3-319-59826-0_4⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01633718/file/de-novo-ngs-compression_2016_01_08.pdf BibTex
titre
Diagnosis and supervision: model-based approaches
auteur
Marie-Odile Cordier, Philippe Dague, Yannick Pencolé, Louise Travé-Massuyès
article
Pierre Marquis, Odile Papini, Henri Prade. A guided tour of artificial intelligence research, Springer, 2017, Knowledge representation and reasoning, 978-3-030-06164-7
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BibTex
titre
La fouille de données
auteur
Amedeo Napoli, Alexandre Termier
article
Mokrane Bouzeghoub; Rémy Mosseri. Les Big Data à découvert, CNRS Editions, pp.1-3, 2017, 978-2-271-11464-8
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https://hal.inria.fr/hal-01673437/file/an%2Bat-fdd-bigdata-160715.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
A Similarity Measure Based on Care Trajectories as Sequences of Sets
auteur
Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
article
Annette ten Teije; Christian Popow; John H. Holmes; Lucia Sacchi. Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Jun 2017, Vienna, Austria. , 10259, Springer, pp.278-282, 2017, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-59758-4. ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_32⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01558123/file/AIME_YRivault_paper_71.pdf BibTex
titre
Flexible Query Answering Systems - 12th International Conference, FQAS 2017 - London, UK, June 21-22
auteur
Henning Christiansen, Hélène Jaudoin, Panagiotis Chountas, Troels Andreasen, Henrik Legind Larsen
article
2017
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BibTex

Lectures

titre
Logic and Commonsense Reasoning
auteur
Guillaume Aucher
article
Master. Rennes, France. 2017, pp.151
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https://hal.archives-ouvertes.fr/cel-01586568/file/LogicCommonsense-CourseNotes-2017.pdf BibTex

Master thesis

titre
Better scoring schemes for the recognition of functional proteins by protomata
auteur
Manon Ruffini
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01557941/file/Rapport_de_stage_master.pdf BibTex
titre
Vérifications du réseau métabolique entier de Tisochrysis lutea
auteur
Nicolas Guillaudeux
article
Informatique [cs]. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-02382948/file/Rapport_N_Guillaudeux_M1.pdf BibTex

Other publications

titre
LepidoDB Information system
auteur
Emmanuelle d'Alençon, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Nicolas Negre, Ki Woong Nam
article
2017
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BibTex

Books

titre
Informatique
auteur
Joelle Delacroix, François Barthélemy, Raphaël Fournier, Isabelle Gil-Michalon, Amélie Lambert, Agnès Plateau, Stephane Rovedakis, Marianne Simonot, Virginie Thion, Emmanuel Waymel
article
Dunod, 2017, Fluoresciences, 3257227892
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BibTex

Poster communications

titre
Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
auteur
Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
article
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01638884/file/poster_Jobim_Guyomar.pdf BibTex
titre
Simka: large scale de novo comparative metagenomics
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.234, 2017, JOBIM 2017 LILLE
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BibTex
titre
Genome specific expression in the liver of mule and hinny duck hybrids
auteur
Christian Diot, Frédéric Herault, Julien Navarro, Laure Le Calvez, Elisabeth Baéza, Christophe Klopp, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Pierre Peterlongo
article
10. European Symposium on Poultry Genetics (ESPG), Jun 2017, Saint-Malo, France. pp.1, 2017, Proceedings of the 10th European symposium on poultry genetics
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01594559/file/2017_Diot_10thESPG_abstract_1.pdf BibTex
titre
Mesures de similarité entre trajectoires de soins issues de bases de données médico-administratives
auteur
Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
article
8 èmes rencontres scientifiques du réseau doctoral en santé publique, Mar 2017, Rennes, France. pp.1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01915618/file/poster_rd_Yann_Rivault.pdf BibTex

Reports

titre
A Framework for Efficient Representative Summarization of RDF Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
[Research Report] RR-9090, Inria Saclay Ile de France; Ecole Polytechnique,; Université de Rennes 1 [UR1]. 2017, pp.11
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01577431/file/RR-9090.pdf BibTex
titre
Evaluation of genome assembly software based on long reads
auteur
Laurent Bouri, Dominique Lavenier, Jean-Francois Gibrat, Victoria Fabia Dominguez del Angel
article
[Research Report] France Genomique. 2017
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BibTex
titre
Evaluation of long read error correction software
auteur
Laurent Bouri, Dominique Lavenier
article
[Research Report] RR-9028, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique; GenScale. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01463694/file/RR-9028.pdf BibTex

Theses

titre
Novel Pattern Mining Techniques for Genome-wide Association Studies
auteur
Hoang Son Pham
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. IRISA, equipe GENSCALE, 2017. English
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https://hal.inria.fr/tel-01672442/file/Thesis_Son.pdf BibTex
titre
Étude exhaustive de voies de signalisation de grande taille par clustering des trajectoires et caractérisation par analyse sémantique
auteur
Jean Coquet
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S073⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01670730/file/COQUET_Jean.pdf BibTex
titre
Belief Detection and Temporal Analysis of Experts in Question Answering Communities: case study Stack Overflow
auteur
Dorra Attiaoui
article
Computer Science [cs]. Université de Rennes 1, 2017. English
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01743002/file/Rapport%20VF.pdf BibTex
titre
Métagénomique comparative de novo à grande échelle
auteur
Gaëtan Benoit
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S088⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01659395/file/BENOIT_Gaetan.pdf BibTex
titre
Using Hierarchical Skills for Optimized Task Selection in Crowdsourcing
auteur
Panagiotis Mavridis
article
Web. Université de Rennes 1 [UR1], 2017. English
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https://hal.inria.fr/tel-02501323/file/these_PanagiotisMavridis_final.pdf BibTex
titre
Using hierarchical skills for optimized task selection in crowdsourcing
auteur
Panagiotis Mavridis
article
Computer science. Université rennes1, 2017. English
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https://hal.inria.fr/tel-02501308/file/MAVRIDIS_Panagiotis.pdf BibTex
titre
Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques : application aux xénobiotiques
auteur
Victorien Delannée
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S058⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01659375/file/DELANNEE_Victorien.pdf BibTex
titre
Structure de réseaux biologiques : rôle des nœuds internes vis-à-vis de la production de composés
auteur
Julie Laniau
article
Recherche opérationnelle [cs.RO]. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, 2017. Français
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01656474/file/manuscrit_these.pdf BibTex
titre
Nouvelles approches pour l'exploitation des données de séquences génomique haut débit
auteur
Antoine Limasset
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S049⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01686367/file/LIMASSET_Antoine.pdf BibTex
titre
Novel approaches for the exploitation of high throughput sequencing data
auteur
Antoine Limasset
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. English
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https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-01566938/file/these.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Annotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
auteur
Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01643169/file/074807.full%281%29.pdf BibTex
titre
Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01564093/file/amplicons_PeerJ_20170718.pdf BibTex
titre
First landscape of binding to chromosomes for a domesticated mariner transposase in the human genome: diversity of genomic targets of SETMAR isoforms in two colorectal cell lines
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Solenne Bire, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Alban Girault, Serge Guyetant, Thierry Lecomte, Benoit Piegu, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01558001/file/115030.full.pdf BibTex
titre
Lightweight Privacy-Preserving Task Assignment in Skill-Aware Crowdsourcing
auteur
Louis Béziaud, Tristan Allard, David Gross-Amblard
article
2017
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https://hal.inria.fr/hal-01534682/file/fullversion-dexa17.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
The smell of us – crowdsourcing human body odor evaluation
auteur
Marguerite Benony, Marianne Cardon, Arnaud Ferré, Jean Coquet, Nathan Foulquier, Florian Thonier, Lucas Le Lann, Henry de Belly, Alexandre Evans, Aakriti Jain, Juan Manuel García Arcos, Jason Bland, Ian Marcus, Ariel B Lindner, Edwin H Wintermute
article
Human Computation - A Transdisciplinary Journal, Human Computation Institute, 2016, 3 (1), pp.161-197. ⟨10.15346/hc.v3i1.9⟩
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BibTex
titre
Read mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Bastien Cazaux, Eric Rivals, Pierre Peterlongo
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (1), ⟨10.1186/s12859-016-1103-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01349636/file/RMDBG.pdf BibTex
titre
Molecular alterations induced by a high-fat high-fiber diet in porcine adipose tissues: variations according to the anatomical fat location
auteur
Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, David Causeur, Isabelle Louveau
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.120. ⟨10.1186/s12864-016-2438-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01286555/file/16GondretBMC_%7BA4C911BE-7131-4ADB-90F7-8E1460807C53%7D.pdf BibTex
titre
De novo transcriptome assembly of the grapevine phylloxera allows identification of genes differentially expressed between leaf- and root-feeding forms
auteur
Claude Rispe, Fabrice Legeai, Daciana Papura, Anthony Bretaudeau, Sylvie Hudaverdian, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu, Julie Jaquiéry, François Delmotte
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.219. ⟨10.1186/s12864-016-2530-8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01286528/file/12864_2016_Article_2530.pdf BibTex
titre
SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
auteur
Gilles Boutet, Susete Alves Carvalho, Matthieu Falque, Pierre Peterlongo, Emeline Lhuillier, Olivier Bouchez, Clément Lavaud, Marie-Laure Pilet-Nayel, Nathalie Rivière, Alain Baranger
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.121. ⟨10.1186/s12864-016-2447-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01275696/file/12864_2016_Article_2447.pdf BibTex
titre
Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2016, 2 (14), 25 p. ⟨10.7717/peerj-cs.94⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01397150/file/simka_revised_for_hal.pdf BibTex
titre
Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
auteur
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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BibTex
titre
Genome sequence of the uncommon Streptococcus pyogenes M/emm66 strain STAB13021, isolated from clonal clustered cases in French Brittany
auteur
Alexandra Meygret, Vincent Pascal, Séverine Moullec, Jessica Nacazume, Yahia Adnani, Dominique Lavenier, Samer Kayal, Ahmad Faili
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2016, 4 (4), pp.e00689-16. ⟨10.1128/genomeA.00689-16⟩
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BibTex
titre
Geometric analysis of pathways dynamics: application to versatility of TGF-β receptors
auteur
Satya Swarup Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Théret, Ovidiu Radulescu
article
BioSystems, Elsevier, 2016, 149, pp.3-14. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.004⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01379033/file/Samal_et_al_Biosystems_final.pdf BibTex
titre
The Belief-Noisy-OR model applied to network reliability analysis
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
article
International Journal of Uncertainty, Fuzziness and Knowledge-Based Systems, World Scientific Publishing, 2016, 24, pp.937-960. ⟨10.1142/s0218488516500434⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01326342/file/BeliefNoisyOr.pdf BibTex
titre
Adaptive imputation of missing values for incomplete pattern classification
auteur
Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin
article
Pattern Recognition, Elsevier, 2016, 52, ⟨10.1016/j.patcog.2015.10.001⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01259203/file/CCAI.pdf BibTex
titre
Identification and optimization of hydrazone-gallate derivatives as specific inhibitors of DNA methyltransferase 3A
auteur
Alexandre Erdmann, Yoann Menon, Christina Gros, Véronique Masson, Yannick Aussagues, Frédéric Ausseil, Natacha Novosad, Philippe Schambel, Michel Baltas, Paola Arimondo
article
Future Medicinal Chemistry, Future Science, 2016, 8 (4), pp.373-380. ⟨10.4155/fmc.15.192⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Dynamic Epistemic Logic in Update Logic
auteur
Guillaume Aucher
article
Journal of Logic and Computation, Oxford University Press (OUP), 2016, 26 (6), pp.1913-1960. ⟨10.1093/logcom/exw002⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01476249/file/JLC2016CameraReadyPart2.pdf BibTex
titre
Displaying Updates in Logic
auteur
Guillaume Aucher
article
Journal of Logic and Computation, Oxford University Press (OUP), 2016, 26 (6), pp.1865-1912. ⟨10.1093/logcom/exw001⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01476234/file/JLC2016-Part1-DiplayingUpdatesInLogic-Corrected.pdf BibTex
titre
Relevance of health level 7 clinical document architecture and integrating the healthcare enterprise cross-enterprise document sharing profile for managing chronic wounds in a telemedicine context
auteur
Philippe Finet, Olivier Dameron, B Gibaud, R. Lebouquin Jeannes
article
Healthcare Technology Letters, The Institution of Engineering and Technology, 2016, 3 (1), pp.22-26. ⟨10.1049/htl.2015.0053⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01301007/file/Manuscript%20Finet%20hal.pdf BibTex
titre
Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
auteur
Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
article
GigaScience, BioMed Central, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01280238/file/colibread_galaxy.pdf BibTex
titre
Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes
auteur
Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, Alejandro Maass
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.129-42. ⟨10.1186/s12859-016-0885-0⟩
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BibTex
titre
Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming
auteur
Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
article
BioSystems, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01354075/file/preprint.pdf BibTex
titre
Using Bids, Arguments and Preferences in Sensitive Multi-unit Assignments: A p-Equitable Process and a Course Allocation Case Study
auteur
Mireille Ducassé, Peggy Cellier
article
Group Decision and Negotiation, 2016, 25 (6), ⟨10.1007/s10726-016-9483-9⟩
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BibTex
titre
VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences
auteur
Clovis Galiez, Magnan Christophe, François Coste, Pierre Baldi
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩
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BibTex
titre
A combinatorial approach to products of Pisot substitutions
auteur
Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
article
Ergodic Theory and Dynamical Systems, Cambridge University Press (CUP), 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1401.0704v2 BibTex
titre
Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach
auteur
Philippe Bordron, Mauricio Latorre, Maria-Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, Anne Siegel, Alejandro Maass, Damien Eveillard
article
MicrobiologyOpen, Wiley, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩
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BibTex
titre
TGF-β signaling intersects with CD103 integrin signaling to promote T lymphocyte accumulation and antitumor activity in the lung tumor microenvironment
auteur
Marie Boutet, Ludiane Gauthier, Marine Leclerc, Gwendoline Gros, Vincent de Montpreville, Nathalie Théret, Emmanuel Donnadieu, Fathia Mami-Chouaib
article
Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2016, 76 (7), pp.1757-69. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-1545⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01282442/file/TGF%CE%B2%20Signaling%20Intersects%20with%20CD103-boutet2016-final.pdf BibTex
titre
ECMdd: Evidential c-medoids clustering with multiple prototypes
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
article
Pattern Recognition, Elsevier, 2016, 60, pp.239-257. ⟨10.1016/j.patcog.2016.05.005⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01326332/file/ECMdd_paper_journal_revise.pdf BibTex
titre
Une approche coopérative d’aide à la réparation de requêtes floues
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert
article
Ingéniérie des Systèmes d'Information, Lavoisier, 2016, 21 (3), pp.11-30
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BibTex
titre
Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization
auteur
Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, Anne Siegel, Robert Bellé
article
Molecular Reproduction and Development, Wiley, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01390047/file/Picard_2016_Model_of_the.pdf BibTex
titre
Evaluation and Improvement of a Transition Business Process: A Case Study guided by a Semantic Quality-based Approach
auteur
Virginie Thion, Malika Grim-Yefsah, Camille Rosenthal-Sabroux, Samira Si-Said Cherfi
article
Information Systems Management, Taylor & Francis, 2016, 33 (1), pp.74-87. ⟨10.1080/10580530.2016.1117879⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01093013/file/ISM16_transitionQuality_thion_grim_rosenthal_sisaid.pdf BibTex
titre
Solving Data Mismatches in Bioinformatics Workflows by Generating Data Converters
auteur
Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, Mireille Ducassé
article
Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, Springer Berlin / Heidelberg, 2016, LNCS, 9510, pp.88-115
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01485059/file/paper%20Ba.pdf BibTex
titre
Efficient local search for L$_1$ and L$_2$ binary matrix factorization
auteur
Hamid Mirisaee, Eric Gaussier, Alexandre Termier
article
Intelligent Data Analysis, IOS Press, 2016, 20, pp.783 - 807. ⟨10.3233/IDA-160832⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01405186/file/IDA_journal_2016.pdf BibTex
titre
Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal
auteur
Masoomeh Taghipoor, Sophie Lemosquet, Jaap van Milgen, Anne Siegel, Daniel Sauvant, Florence Gondret
article
INRA Productions Animales, Paris: INRA, 2016, 29 (3), pp.201-216. ⟨10.20870/productions-animales.2016.29.3.2960⟩
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BibTex
titre
PepPSy: a web server to prioritize gene products in experimental and biocuration workflows
auteur
Olivier Sallou, Paula D. Duek, Thomas A. Darde, Olivier Collin, Lydie Lane, Frédéric Chalmel
article
Database - The journal of Biological Databases and Curation, Oxford University Press, 2016, 2016, pp.baw070. ⟨10.1093/database/baw070⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Differential gene expression according to race and host plant in the pea aphid
auteur
Isobel Eyres, Julie Jaquiéry, Akiko Sugio, Ludovic Duvaux, Karim Gharbi, Jing-Jiang Zhou, Fabrice Legeai, Michaela Nelson, Jean-Christophe Simon, Carole M. Smadja, Roger Butlin, Julia Ferrari
article
Molecular Ecology, Wiley, 2016, 25 (17), pp.4197-4215. ⟨10.1111/mec.13771⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01371828/file/2016_Eyres_Molecular_Ecology_1.pdf BibTex
titre
Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of the Alerts
auteur
Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
article
Studies in Health Technology and Informatics, IOS Press, 2016, 221, pp.59--63. ⟨10.3233/978-1-61499-633-0-59⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation
auteur
Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
article
EP-Europace, Oxford University Press (OUP): Policy B, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01331019/file/Personalized%20and%20automated%20remote%20monitoring-accepted.pdf BibTex
titre
Gestion de la qualité des données ouvertes liées - État des lieux et perspectives
auteur
Delphine Barrau, Nathalie Barthélémy, Zoubida Kedad, Brigitte Laboisse, Sylvaine Nugier, Virginie Thion
article
Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, Editions RNTI, 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01333623/file/LOD_Quality_RNTI.pdf BibTex
titre
SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
auteur
Hélène Lopez-Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw655⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01352586/file/Lopez-Maestre-2016.pdf BibTex

Conference papers

titre
DNA Mapping using Processor-in-Memory Architecture
auteur
Dominique Lavenier, Jean-Francois Roy, David Furodet
article
Workshop on Accelerator-Enabled Algorithms and Applications in Bioinformatics, Dec 2016, Shenzhen, China
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01399997/file/PID4577775.pdf BibTex
titre
Lightweight Privacy-Preserving Averaging for the Internet of Things
auteur
Tristan Allard, Davide Frey, George Giakkoupis, Julien Lepiller
article
M4IOT 2016 - 3rd Workshop on Middleware for Context-Aware Applications in the IoT, Dec 2016, Trento, Italy. pp.19 - 22, ⟨10.1145/3008631.3008635⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01421986/file/main.pdf BibTex
titre
Semantic Authoring of Ontologies by Exploration and Elimination of Possible Worlds
auteur
Sébastien Ferré
article
International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW), Nov 2016, Bologna, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-01405502/file/paper-pew.pdf BibTex
titre
An RDF Design Pattern for the Structural Representation and Querying of Expressions
auteur
Sébastien Ferré
article
International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW), Nov 2016, Bologna, Italy. pp.196 - 211, ⟨10.1007/978-3-319-49004-5_13⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01405495/file/final-main.pdf BibTex
titre
IKEYS: Interactive Keyword Search Dedicated to Corporate Data
auteur
Grégory Smits, Khadim Drame, Olivier Pivert
article
20th International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW’16), Nov 2016, Bologna, Italy
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BibTex
titre
Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
BDA (Bases de Données Avancées), Nov 2016, Poitiers, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01363625/file/summaries.pdf BibTex
titre
Temporal Planning with extended Timed Automata
auteur
Christine Largouët, Omar Krichen, Yulong Zhao
article
28th International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2016), IEEE, Nov 2016, SAN JOSE, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01398695/file/ICTAI-2016.pdf BibTex
titre
Caractérisation floue de clusters de réponses
auteur
Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
article
Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA'16), Nov 2016, La Rochelle, France. pp.235-243
Accès au bibtex
BibTex
titre
Recherche Sociale, Structurée et Sémantique
auteur
Raphaël Bonaque, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
32ème Conférence sur la Gestion de Données - Principes, Technologies et Applications, Nov 2016, Poitiers, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01426532/file/bda.pdf BibTex
titre
FORMULIS: Dynamic Form-Based Interface For Guided Knowledge Graph Authoring
auteur
Pierre Maillot, Sébastien Ferré, Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Franck Partouche
article
International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management, Oct 2016, Bologne, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01443319/file/EKAW16_Formulis.pdf BibTex
titre
Optimizing FOL reducible query answering: understanding performance challenges
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
ISWC 2016: The 15th International Semantic Web Conference, Oct 2016, Kobe, Japan
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https://hal.inria.fr/hal-01400568/file/main.pdf BibTex
titre
PEPS: a platform for supporting studies in pharmaco-epidemiology using medico-administrative databases
auteur
Frédéric Balusson, Marie-Anne Botrel, Olivier Dameron, Yann Dauxais, Erwan Drezen, Alain Dupuy, Thomas Guyet, David Gross-Amblard, André Happe, Nolwenn Le Meur, Béranger Le Nautout, Emmanuelle Leray, Emmanuel Nowak, Caroline Rault, Emmanuel Oger, Elisabeth Polard
article
International Congress on e-Health Research, Oct 2016, Paris, France
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titre
A refined parsing graph approach to learn smaller contextually substitutable grammars with less data
auteur
François Coste, Mikail Demirdelen
article
ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01406337/file/demirdelen.pdf BibTex
titre
How to measure the topological quality of protein grammars?
auteur
Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Lukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek
article
ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01406331/file/icgi16_abs_rev.pdf BibTex
titre
Simple K-star Categorial Dependency Grammars and their Inference
auteur
Denis Béchet, Annie Foret
article
The 13th International Conference on Grammatical Inference (ICGI), Oct 2016, Delft, Netherlands
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01363393/file/main-ICGI-2016.pdf BibTex
titre
BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction
auteur
Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, Denis Tagu
article
XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States
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titre
Semi-supervised evidential label propagation algorithm for graph data
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
article
BELIEF 2016 - The 4th International Conference on Belief Functions, Sep 2016, Prague, Czech Republic
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01349851/file/SELP_belief2016.pdf BibTex
titre
Characterization of experts in crowdsourcing platforms
auteur
Amal Ben Rjab, Mouloud Kharoune, Zoltan Miklos, Arnaud Martin
article
The 4th International Conference on Belief Functions, Sep 2016, Prague, Czech Republic
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01372142/file/Article-Belief%202016-VF.pdf BibTex
titre
Fuzzy Quantified Structural Queries to Fuzzy Graph Databases
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
Proceedings of the International Conference on Scalable Uncertainty Management (SUM), Sep 2016, Nice, France
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BibTex
titre
Detecting strategic moves in HearthStone matches
auteur
Boris Doux, Clément Gautrais, Benjamin Negrevergne
article
Machine Learning and Data Mining for Sports Analytics Workshop of ECML/PKDD, Sep 2016, Riva del Garda, Italy
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01412432/file/hearthstone_paper.pdf BibTex
titre
A New Approach to the Discretization of Multidimensional Scaling
auteur
Warley Gramacho, Antonio Mucherino, Jung-Hsin Lin, Carlile Lavor
article
IEEE Conference Proceedings of FedCSIS16, Sep 2016, Gandz, Poland
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BibTex
titre
Global Optimization for Scafolding and Completing Genome Assemblies
auteur
Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
article
12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, Sep 2016, Toulouse, France
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https://hal.inria.fr/hal-01567134/file/inoc_17.pdf BibTex
titre
Storing and Querying DICOM Data with HYTORMO
auteur
Danh Nguyen-Cong, Laurent D’orazio, Nga Tran, Mohand-Said Hacid
article
Data Management and Analytics for Medicine and Healthcare - International Workshop (DMAH), Held at VLDB, Revised Selected Papers, Sep 2016, New Delhi, India. pp.43-61, ⟨10.1007/978-3-319-57741-8_4⟩
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titre
InterCriteria Analysis of Ant Algorithm with Environment Change for GPS Surveying Problem
auteur
Stefka Fidanova, Olympia Roeva, Antonio Mucherino, K. Kapanova
article
17th International Conference on Artificial Intelligence: Methodology Systems, Applications (AIMSA16), Sep 2016, Varna, Bulgaria. pp.271-278, ⟨10.1007/978-3-319-44748-3_26⟩
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titre
Complications post-opératoires et mode de prise en charge en angioplastie : apport du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI)
auteur
Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
article
Congrès Adelf-Epiter 2016, Sep 2016, Rennes, France
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titre
Identifying Genetic Variant Combinations using Skypatterns
auteur
Hoang-Son Pham, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
article
7th International Workshop on Biological Knowledge Discovery and Data Mining (Workshop BIOKDD '16 ), DEXA, Sep 2016, Porto, Portugal. ⟨10.1109/DEXA.2016.13⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01385614/file/BioKDD2016.pdf BibTex
titre
Global Optimization Methods for Genome Scaffolding
auteur
Sebastien François, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics , Sep 2016, Toulouse, France
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https://hal.inria.fr/hal-01385665/file/WCB16_paper_6.pdf BibTex
titre
Teaching an RDBMS about ontological constraints
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
Very Large Data Bases, Sep 2016, New Delhi, India
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https://hal.inria.fr/hal-01354592/file/main.pdf BibTex
titre
Mixed-instance querying: a lightweight integration architecture for data journalism
auteur
Raphaël Bonaque, Tien Duc Cao, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Javier Letelier, Ioana Manolescu, Oscar Mendoza, Swen Ribeiro, Xavier Tannier, Michaël Thomazo
article
VLDB, Sep 2016, New Delhi, India
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https://hal.inria.fr/hal-01321201/file/last_commit.pdf BibTex
titre
Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
article
RCAM'16 "Recent Computational Advances in Metagenomics", Sep 2016, The Hague, Netherlands
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https://hal.inria.fr/hal-01576304/file/RCAM2016_long_DetectionOfMutatedPrimers_20170822.pdf BibTex
titre
An application suite based on the IFB Container as a Service platform
auteur
Francois Moreews, Olivier Sallou, Olivier Collin
article
ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
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titre
Mining frequent patterns using CP: a comparative study
auteur
Valentin Lemière, Yann Dauxais, Patrice Boizumault, Arnaud Lallouet
article
22nd International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming (Doctoral Program at CP’16), Sep 2016, Toulouse, France
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titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
auteur
Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
Prageu Stringology Conference , Aug 2016, Prague, Czech Republic
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https://hal.inria.fr/hal-01386744/file/commet_linked_PSC2016.pdf BibTex
titre
Maximizing positive opinion influence using an evidential approach
auteur
Siwar Jendoubi, Arnaud Martin, Ludovic Liétard, Hend Ben Hadji, Boutheina Ben Yaghlane
article
FLINS, Aug 2016, Roubaix, France. pp.168 - 174, ⟨10.1142/9789813146976_0029⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01380348/file/flinsHal.pdf BibTex
titre
A Methodology for Quality Assessment in Collaborative Score Libraries
auteur
Vincent Besson, Marco Gurrieri, Philippe Rigaux, Alice Tacaille, Virginie Thion
article
Proceedings of the 17th International Society for Music Information Retrieval Conference, Aug 2016, New York City, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01316014/file/ismir-qual.pdf BibTex
titre
A Soft Computing Approach to Agile Business Intelligence
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Ronald R. Yager
article
25th IEEE International Conference on Fuzzy Systems (Fuzz-IEEE'16), Jul 2016, Vancouver, Canada. ⟨10.1109/FUZZ-IEEE.2016.7737915⟩
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titre
An Extension of SPARQL with Fuzzy Navigational Capabilities for Querying Fuzzy RDF Data
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2016, Vancouver, Canada
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https://hal.inria.fr/hal-01290932/file/FuzzIEEE_fuzzyGraphDB16-v14.pdf BibTex
titre
Query-Driven Repairing of Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
auteur
Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
article
IJCAI: International Joint Conference on Artificial Intelligence, Jul 2016, New York, United States
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01367864/file/BieBouGoa-IJCAI16.pdf BibTex
titre
Packing graphs with ASP for landscape simulation
auteur
Thomas Guyet, Yves Moinard, Jacques Nicolas, René Quiniou
article
IJCAI 2016 - 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8
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https://hal.inria.fr/hal-01327368/file/graph-packing.pdf BibTex
titre
Knowledge-based Sequence Mining with ASP
auteur
Martin Gebser, Thomas Guyet, René Quiniou, Javier Romero, Torsten Schaub
article
IJCAI 2016- 25th International joint conference on artificial intelligence, Jul 2016, New-york, United States. pp.8
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https://hal.inria.fr/hal-01327363/file/Gebser_IJCAI2016.pdf BibTex
titre
Evidential Label Propagation Algorithm for Graphs
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
article
The 19th International Conference on Information Fusion , Jul 2016, Heidelberg, Germany
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01330738/file/ELP_fusion2016.pdf BibTex
titre
Graph-FCA in Practice
auteur
Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
International Conference on Conceptual Structures (ICCS), Jul 2016, Annecy, France. pp.107 - 121, ⟨10.1007/978-3-319-40985-6_9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01405491/file/paper-final.pdf BibTex
titre
Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox
auteur
Marie Chevallier, Méziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, Maria-Paz Cortés, Clémence Frioux, Julie Laniau, Camille Trottier, Alejandro Maass, Anne Siegel
article
Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01377844/file/soumission_Jobim_106437.pdf BibTex
titre
Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique (SFBI), Jun 2016, Rennes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01343121/file/Jobim2016_amplicon_VFproceedings.pdf BibTex
titre
The probiotic [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
auteur
Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel, Gwénaël Jan¨
article
International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics - IPC2016, Jun 2016, Budapest, Hungary
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BibTex
titre
A Fuzzy Approach to the Characterization of Database Query Answers
auteur
Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
article
16th International Conference on Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems (IPMU’16), Jun 2016, Eindhoven, Netherlands. pp.329-340
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BibTex
titre
A Fuzzy Extension of SPARQL for Querying Gradual RDF Data
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Grégory Smits, Virginie Thion
article
IEEE International Conference on Research Challenges in Information Science (RCIS’16) Posters, Jun 2016, Grenoble, France
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BibTex
titre
SUGAR: A Graph Database Fuzzy Querying System
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Grégory Smits, Virginie Thion
article
IEEE International Conference on Research Challenges in Information Science (RCIS’16) Demos, Jun 2016, Grenoble, France. ⟨10.1109/RCIS.2016.7549366⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01297185/file/rcis_2016_fudge.pdf BibTex
titre
Bridging the Gap Between Formal Languages and Natural Languages with Zippers
auteur
Sébastien Ferré
article
Extended Semantic Web Conference (ESWC), May 2016, Heraklion, Greece. pp.269 - 284, ⟨10.1007/978-3-319-34129-3_17⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01405488/file/main-final.pdf BibTex
titre
Integrating socio-economic drivers in an explicit-time, qualitative fisheries model: EcoMata
auteur
Christine Largouët, Yves-Marie Bozec, Yulong Zhao
article
Understanding Marine Socio-ecological Systems including the human dimension in integrated ecosystem assessment, ICES, May 2016, Brest, France
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BibTex
titre
Searching for Cost-Optimized Strategies: An Agricultural Application
auteur
Christine Largouët, Yulong Zhao, Marie-Odile Cordier
article
2nd International Conference, ICDSST 2016, May 2016, Plymouth, United Kingdom. pp.31 - 43, ⟨10.1007/978-3-319-32877-5_3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01398660/file/ICDSST-2016-largouet.pdf BibTex
titre
A New Privacy-Preserving Solution for Clustering Massively Distributed Personal Times-Series
auteur
Tristan Allard, Georges Hébrail, Florent Masseglia, Esther Pacitti
article
ICDE: International Conference on Data Engineering, May 2016, Helsinki, Finland. pp.1370-1373, ⟨10.1109/ICDE.2016.7498347⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01270268/file/ICDE16_demo_409.pdf BibTex
titre
Query-driven Repairing of Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
auteur
Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
article
DL: Description Logics, Apr 2016, Le Cap, South Africa
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02152060/file/BieBouGoa_DL16.pdf BibTex
titre
Using Hierarchical Skills for Optimized Task Assignment in Knowledge-Intensive Crowdsourcing
auteur
Panagiotis Mavridis, David Gross-Amblard, Zoltán Miklós
article
WWW2016, ACM, IW3C, Apr 2016, Montreal, Canada. ⟨10.1145/2872427.2883070⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01306481/file/WWW2016hal.pdf BibTex
titre
SPARQL Extensions with Preferences: a Survey
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
ACM Symposium on Applied Computing, Apr 2016, Pisa, Italy, France. ⟨10.1145/2851613.2851690⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01235190/file/SlamaPivertThion_SAC16.pdf BibTex
titre
Social, Structured and Semantic Search
auteur
Raphaël Bonaque, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
International Conference on Extending Database Technology, Mar 2016, Bordeaux, France
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https://hal.inria.fr/hal-01277939/file/hal.pdf BibTex
titre
La gestion de données médico-administratives grâce aux outils du Web sémantique
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Journées ADELF-EMOIS « Système d’information hospitalier et Epidémiologie », Mar 2016, Dijon, France. pp.S15, ⟨10.1016/j.respe.2016.01.051⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01297389/file/abstract_ADELF-EMOIS_2016.pdf BibTex
titre
Possibilistic Conditional Tables
auteur
Olivier Pivert, Henri Prade
article
9th International Symposium on Foundations of Information and Knowledge Systems (FoIKS'16), Mar 2016, Linz, Austria. pp.42-61
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BibTex
titre
Explaining Inconsistency-Tolerant Query Answering over Description Logic Knowledge Bases
auteur
Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
article
AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2016, Phoenix, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01277086/file/bienvenu-bourgaux.pdf BibTex
titre
Exploration des Données du Défi EGC 2016 à l'aide d'un Système d'Information Logique
auteur
Peggy Cellier, Sébastien Ferré, Annie Foret, Olivier Ridoux
article
16ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC 2016), Jan 2016, Reims, France
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https://hal.inria.fr/hal-01253026/file/main.pdf BibTex
titre
Towards Visualizing Hidden Structures
auteur
Rémy Dautriche, Alexandre Termier, Renaud Blanch, Miguel Santana
article
International Conference on Data Mining (ICDM) / PhD Forum, 2016, Barcelone, Spain
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01407664/file/ICDM_phdForum.pdf BibTex
titre
Requêtes quantifiées floues structurelles sur des bases de données graphe
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
Logique Floue et Applications, 2016, La Rochelle, France
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BibTex
titre
FURQL : une extension floue du langage SPARQL
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
Journées Bases de Données Avancées (BDA), 2016, Poitiers, France
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BibTex
titre
Fouille de motifs séquentiels avec ASP
auteur
Thomas Guyet, Yves Moinard, René Quiniou, Torsten Schaub
article
Extraction et Gestion de Connaissances (EGC), 2016, Reims, France
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BibTex
titre
Steady Patterns
auteur
Willy Ugarte, Alexandre Termier, Miguel Santana
article
Data Science and Big Data Analytics workshop of International Conference on Data Mining, 2016, Barcelone, Spain
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01408397/file/workshopIcdm16_ugarte.pdf BibTex
titre
A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks.
auteur
Anne Siegel
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France
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BibTex

Book sections

titre
GPU-accelerated shortest paths computations for planar graphs
auteur
Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
article
Hamid Azad Advances in GPU Research and Practice , Elsevier, pp.774, 2016, 9780128037386
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BibTex
titre
Introducing the Environment in Ant Colony Optimization
auteur
Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
article
Studies in Computational Intelligence, 655, Springer, pp.147-158, 2016, Recent Advances in Computational Optimization
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BibTex
titre
Dense Bag-of-Temporal-SIFT-Words for Time Series Classification
auteur
Adeline Bailly, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Laetitia Chapel, Thomas Guyet
article
Advanced Analysis and Learning on Temporal Data, Springer, 2016, 978-3319444116. ⟨10.1007/978-3-319-44412-3_2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01252726/file/dense-bag-temporal.pdf BibTex
titre
On Making Skyline Queries Resistant to Outliers
auteur
Hélène Jaudoin, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Daniel Rocacher
article
F. Guillet, B. Pinaud, G. Venturini. Advances in Knowledge Discovery and Management vol. 6, Springer, pp.19-38, 2016, Studies in Computational Intelligence
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BibTex
titre
Learning the Language of Biological Sequences
auteur
François Coste
article
Jeffrey Heinz; José M. Sempere. Topics in Grammatical Inference, Springer-Verlag, 2016, 978-3-662-48393-0. ⟨10.1007/978-3-662-48395-4_8⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01244770/file/learning_language_of_biological_sequences.pdf BibTex
titre
Genomics of Phenotypic plastity in Aphids
auteur
Jenn A. Brisson, Julie Jaquiéry, Fabrice Legeai, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
article
Henryk Czosnek; Murad Ghanim. Management of Insect Pests to Agriculture, Springer International Publishing, pp.65-96, 2016, 978-3-319-24049-7. ⟨10.1007/978-3-319-24049-7_3⟩
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Directions of work or proceedings

titre
Formal Grammar
auteur
Annie Foret, Glyn Morrill, Reinhard Muskens, Rainer Osswald, Sylvain Pogodalla
article
Italy. 9804, Springer Berlin Heidelberg, 2016, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-662-53041-2. ⟨10.1007/978-3-662-53042-9⟩
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titre
Analyse intelligente des réseaux sociaux
auteur
Tassadit Bouadi, Fabien Gandon, Arnaud Martin
article
France. 30 (4), Lavoisier, 2016, Revue d’intelligence artificielle
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BibTex
titre
Flexible Query Answering Systems 2015, Proceedings of the 11th International Conference FQAS 2015, Cracow, Poland, October 26-28, 2015
auteur
Troels Andreasen, Henning Christiansen, Janusz Kacprzyk, Henrik Larsen, Gabriella Pasi, Olivier Pivert, Guy de Tré, Maria Amparo Vila, Adnan Yazici, Slawomir Zadrozny
article
Troels Andreasen; Henning Christiansen; Janusz Kacprzyk; Henrik Larsen; Gabriella Pasi; Olivier Pivert; Guy De Tré; Maria Amparo Vila; Adnan Yazici; Slawomir Zadrozny. Oct 2016, Cracow, Poland. 400, Springer, 2016, Advances in Intelligent Systems and Computing, ⟨10.1007/978-3-319-26154-6⟩
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Lire les lectures : analyse de données de séquençage
auteur
Pierre Peterlongo
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université rennes1, 2016
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https://hal.inria.fr/tel-01278275/file/HDR.pdf BibTex
titre
Ontology-based methods for analyzing life science data
auteur
Olivier Dameron
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2016
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https://hal.inria.fr/tel-01403371/file/Dameron_Olivier_HDR_manuscript.pdf BibTex

Master thesis

titre
Apprentissage profond et acquisition de représentations latentes de séquences peptidiques
auteur
Sun Rémy
article
Apprentissage [cs.LG]. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01406368/file/ENS_Rennes_DIT_Internship_L3_2016_paper_2.pdf BibTex
titre
Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages
auteur
Mikaïl Demirdelen
article
Machine Learning [cs.LG]. 2016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01406352/file/rapport_MRI.pdf BibTex

Books

titre
Foundations and Methods in Combinatorial and Statistical Data Analysis and Clustering
auteur
Israël-César Lerman
article
Springer-Verlag London, 2016, Advanced Information and Knowledge Processing, 978-1-4471-6791-4
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BibTex

Poster communications

titre
TOXsIgN – un espace de dépôt publique dédié aux signatures toxicologiques
auteur
Thomas Alain Darde, Pierre Gaudriault, Rémi Béranger, Lancien Clément, Annaelle Caillarec-Joly, Olivier Sallou, Nathalie Bonvallot, Cécile Chevrier, Séverine Mazaud-Guittot, Bernard Jégou, Olivier Collin, Becker Emmanuelle, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
article
10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family
auteur
Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Regine Delourme, Maria Manzanares-Dauleux, Mélanie Jubault
article
Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia
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https://hal.inria.fr/hal-01391707/file/evrard2016brassica_poster.pdf BibTex
titre
The probiotic [i]Propionibacteriumfreudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
auteur
Fabien Cousin, S. Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, C. Brenner, E. Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel
article
4 International Symposium on Propionibacteria and Bibfidobacteria, Sep 2016, Cork, Ireland. 2016
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titre
Minimal perfect hash functions in large scale bioinformatics Problem
auteur
Antoine Limasset, Camille Marchet, Pierre Peterlongo, Lucie Bittner
article
JOBIM 2016, Jun 2016, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01341718/file/PosterJOBIM2016.pdf BibTex
titre
Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics
auteur
Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
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titre
Understanding Customer Attrition at an Individual Level: a New Model in Grocery Retail Context
auteur
Clément Gautrais, Peggy Cellier, Thomas Guyet, René Quiniou, Alexandre Termier
article
International Conference on Extending Database Technology (EDBT), Mar 2016, Bordeaux, France. ⟨10.5441/002/edbt.2016.87⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01405172/file/paper-316.pdf BibTex

Reports

titre
Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues
auteur
Laurent Bouri, Dominique Lavenier
article
[Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01282892/file/RR_Inria_5_1.pdf BibTex
titre
Learning Commonalities in RDF and SPARQL
auteur
Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
[Research Report] Université Rennes 1. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01386237/file/RR-LGG-2017-05-15.pdf BibTex
titre
Efficient query answering in the presence of DL-LiteR constraints
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
[Research Report] RR-8714, INRIA Saclay; INRIA. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01143498/file/RR-8714.pdf BibTex
titre
MAPPING on UPMEM
auteur
Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
article
[Research Report] RR-8923, INRIA. 2016, pp.17
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01327511/file/RR-MAP_UPMEM_8923_June_2016.pdf BibTex
titre
BLAST on UPMEM
auteur
Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
article
[Research Report] RR-8878, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016, pp.20
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01294345/file/RR-BLAST_UPMEM_27_04_2016.pdf BibTex
titre
A Characterization of Displayable Logics Extending Update Logic
auteur
Guillaume Aucher
article
[Research Report] Université de Rennes 1. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01276927/file/ResearchReport2016v2.pdf BibTex

Theses

titre
Influencers characterization in a social network for viral marketing perspectives
auteur
Siwar Jendoubi
article
Social and Information Networks [cs.SI]. Université Rennes 1, 2016. English. ⟨NNT : 2016REN1S076⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01665815/file/JENDOUBI_Siwar.pdf BibTex
titre
De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩
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https://hal.inria.fr/tel-01416734/file/ANTOINE_LORQUIN_Aymeric.pdf BibTex
titre
Discovering and exploiting analogical proportions in a relational database context
auteur
William Correa Beltran
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2016. English. ⟨NNT : 2016REN1S110⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01508503/file/CORREA_William.pdf BibTex
titre
Belief relational clustering and its application to community detection
auteur
Kuang Zhou
article
Probability [math.PR]. Université Rennes 1, 2016. English. ⟨NNT : 2016REN1S027⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01395061/file/ZHOU_Kuang.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Seamless Coarse Grained Parallelism Integration in Intensive Bioinformatics Workflows
auteur
Francois Moreews, Dominique Lavenier
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-00908842/file/seamless_draft.pdf BibTex
titre
Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
2016
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https://arxiv.org/pdf/1604.02412 BibTex

2015

Journal articles

titre
BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry
auteur
François Moreews, Olivier Sallou, Hervé Ménager, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Christophe Blanchet, Olivier Collin
article
F1000Research, Faculty of 1000, 2015, ⟨10.12688/f1000research.7536.1⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01243520/file/bioshadock_final.pdf BibTex
titre
Automatic Classification of Protein Structure Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Gunnar Klau, Mathilde Boudic-Jamin, Inken Wohlers
article
Algorithms, MDPI, 2015, 8 (4), ⟨10.3390/a8040850⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01248543/file/algorithms-08-00850-v2.pdf BibTex
titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida, Hélène Chiapello, Amal Hammani, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Marie-Noëlle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan¨, Pierre Peterlongo, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.35. ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01142363/file/s12864-015-1467-7.pdf BibTex
titre
All-Pairs Shortest Path Algorithms for Planar Graph for GPU-Accelerated Clusters
auteur
Hristo Djidjev, Guillaume Chapuis, Rumen Andonov, Sunil Thulasidasan, Dominique Lavenier
article
Journal of Parallel and Distributed Computing, Elsevier, 2015, 85, pp.91-103. ⟨10.1016/j.jpdc.2015.06.008⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01235348/file/APSP-JPDC2.pdf BibTex
titre
Long term analysis of time series of satellite images
auteur
Thomas Guyet, Hervé Nicolas
article
Pattern Recognition Letters, Elsevier, 2015, 70, pp.17-23. ⟨10.1016/j.patrec.2015.11.005⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01239504/file/SITS_PRL_testASCII.pdf BibTex
titre
Combining execution pipelines to improve parallel implementation of HMMER on FPGA
auteur
Naeem Abbas, Steven Derrien, Sanjay Rajopadhye, Patrice Quinton, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier
article
Microprocessors and Microsystems: Embedded Hardware Design (MICPRO), Elsevier, 2015, 39, pp.457-470. ⟨10.1016/j.micpro.2015.06.006⟩
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BibTex
titre
Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP
auteur
Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, Jacques Nicolas, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01058610/file/paper.pdf BibTex
titre
Automatic Classification of Protein Structures Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Klau Gunnar, Mathilde Le Boudic-Jamin, Inken Wohlers
article
Algorithms, MDPI, 2015, Special Issue Algorithmic Themes in Bioinformatics, Volume 8 (Issue 4), pp.20. ⟨10.3390/a8040850⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01250539/file/algorithms-4-850.pdf BibTex
titre
Reference-free compression of high throughput sequencing data with a probabilistic de Bruijn graph
auteur
Gaëtan Benoit, Claire Lemaitre, Dominique Lavenier, Erwan Drezen, Thibault Dayris, Raluca Uricaru, Guillaume Rizk
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (1), ⟨10.1186/s12859-015-0709-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01214682/file/s12859-015-0709-7-1.pdf BibTex
titre
Designing experiments to discriminate families of logic models
auteur
Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
article
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩
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titre
Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments
auteur
Clovis Galiez, François Coste
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y.pdf https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y-s1.pdf https://hal.inria.fr/hal-01214482/file/s12859-015-0693-y-s2.pdf BibTex
titre
A Certainty-Based Model for Uncertain Databases
auteur
Olivier Pivert, Henri Prade
article
IEEE Transactions on Fuzzy Systems, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, 23 (4), pp.1181 - 1196. ⟨10.1109/TFUZZ.2014.2347994⟩
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BibTex
titre
Assembler un génome sur un pico-ordinateur
auteur
Dominique Lavenier
article
Biofutur, Elsevier - Cachan : Lavoisier, 2015, 34 (363)
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BibTex
titre
OBITools: a Unix-inspired software package for DNA metabarcoding
auteur
Frédéric Boyer, Céline Mercier, Aurélie Bonin, Yvan Le Bras, Pierre Taberlet, Eric Coissac
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2015, pp.10.1111/1755-0998.12428. ⟨10.1111/1755-0998.12428⟩
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BibTex
titre
Whole-genome re-sequencing of non-model organisms: lessons from unmapped reads
auteur
Anaïs Gouin, Fabrice Legeai, Pierre Nouhaud, Annabel Whibley, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
Heredity, Nature Publishing Group, 2015, 114, pp.494-501. ⟨10.1038/hdy.2014.85⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01081094/file/Heredity_Gouin_preprint.pdf BibTex
titre
On the Representation of De Bruijn Graphs
auteur
Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Shaun Jackman, Jared T. Simpson, Paul Medvedev
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2015, 22 (5), pp.336 - 352. ⟨10.1089/cmb.2014.0160⟩
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titre
The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community.
auteur
Thomas A Darde, Olivier Sallou, Emmanuelle Becker, Bertrand Evrard, Cyril Monjoeaud, Yvan Le Bras, Bernard Jégou, Olivier Collin, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2015, 43 (W1), pp.8. ⟨10.1093/nar/gkv345⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01146120/file/nar.gkv345.full.pdf BibTex
titre
Parallel Seed-Based Approach to Multiple Protein Structure Similarities Detection
auteur
Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
Scientific Programming, IOS Press, 2015, 2015, ⟨10.1155/2015/279715⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01235331/file/ppam2013_submission_241.pdf BibTex
titre
Erratum to: Database preference queries - a possibilistic logic approach with symbolic priorities.
auteur
Didier Dubois, Allel Hadj Ali, Henri Prade
article
Annals of Mathematics and Artificial Intelligence, Springer Verlag, 2015, 73 (3-4), pp.359-363. ⟨10.1007/s10472-014-9446-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01282066/file/dubois_15077.pdf BibTex
titre
SRD: a Staphylococcus regulatory RNA database.
auteur
Mohamed Sassi, Yoann Augagneur, Tony Mauro, Lorraine Ivain, Svetlana Chabelskaya, Marc Hallier, Olivier Sallou, Brice Felden
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015, RNA, 21 (5), pp.1005-1017. ⟨10.1261/rna.049346.114⟩
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BibTex
titre
PaturMata, a model to manage grassland under climate change, Agronomy for Sustainable Development
auteur
Pauline Dusseux, Yulong Zhao, Marie-Odile Cordier, Thomas Corpetti, Luc Delaby, Chantal Gascuel-Odoux, Laurence Hubert-Moy
article
Agronomy for Sustainable Development, Springer Verlag/EDP Sciences/INRA, 2015, 35 (3), pp.10.1007/s13593-015-0295-0. ⟨10.1007/s13593-015-0295-0⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01152055/file/2015_Dusseux_Agronomy%20for%20Sustainable%20Development_1.pdf BibTex
titre
Identification of long non-coding RNAs in insects genomes
auteur
Fabrice Legeai, Thomas Derrien
article
Current Opinion in Insect Science, Elsevier, 2015, 7, pp.37 - 44. ⟨10.1016/j.cois.2015.01.003⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01240461/file/2015_Legeai_Insect%20Science_1.pdf BibTex
titre
Interrogation floue de bases de données relationnelles : de la théorie à la pratique
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Thomas Girault
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, Lavoisier, 2015, 29 (5), pp.569-593. ⟨10.3166/ria.29.569-593⟩
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BibTex
titre
Inference reasoning on fishers' knowledge using Bayesian causal maps
auteur
Louis Bonneau de Beaufort, Karima Sedki, Guy Fontenelle
article
Ecological Informatics, Elsevier, 2015, 30, pp.345-355. ⟨10.1016/j.ecoinf.2015.09.006⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01231072/file/Auteur_Libre.pdf BibTex
titre
A similarity-based community detection method with multiple prototype representation
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
article
Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, Elsevier, 2015, pp.519-531. ⟨10.1016/j.physa.2015.07.016⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01185866/file/multi_weights_krank_1113.pdf BibTex
titre
Abstract Gringo
auteur
Martin Gebser, Amelia Harrison, Roland Kaminski, Vladimir Lifschitz, Torsten Schaub
article
Theory and Practice of Logic Programming, Cambridge University Press (CUP), 2015, 15 (4-5), pp.449-463. ⟨10.1017/s1471068415000150⟩
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https://arxiv.org/pdf/1507.06576 BibTex
titre
Extraction des zones cohérentes par l’analyse spatio-temporelle d’images de télédétection
auteur
Thomas Guyet, Simon Malinowski, Mohand-Cherif Benyounès
article
Revue Internationale de Géomatique, Lavoisier, 2015, Numéro spécial SAGEO 2014, pp.22. ⟨10.3166/rig.25.473-494⟩
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BibTex
titre
The chloroplast genome of the hexaploid Spartina maritima (Poaceae, Chloridoideae): Comparative analyses and molecular dating
auteur
Mathieu Rousseau-Gueutin, Sidonie Bellot, Guillaume E. Martin, Julien Boutte, Houda Chelaifa, Oscar Lima, Sophie Michon-Coudouel, Delphine Naquin, Armel Salmon, Abdelkader Ainouche, Malika L. Ainouche
article
Molecular Phylogenetics and Evolution, Elsevier, 2015, 93, pp.5-16. ⟨10.1016/j.ympev.2015.06.013⟩
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BibTex
titre
Combining partially independent belief functions
auteur
Mouna Chebbah, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
Decision Support Systems, Elsevier, 2015, pp.37-46. ⟨10.1016/j.dss.2015.02.017⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01132564/file/IndependentBeliefFunctions.pdf BibTex
titre
Extended notions of sign consistency to relate experimental data to signaling and regulatory network topologies
auteur
Sven Thiele, Julio Saez-Rodriguez, Luca Cerone, A Siegel, Carito Guziolowski, Steffen Klamt
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2015, 16, pp.345. ⟨10.1186/s12859-015-0733-7⟩
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BibTex
titre
Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
Electronic Notes in Theoretical Computer Science, Elsevier, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
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BibTex
titre
Une définition pour un modèle QCL graduel
auteur
Ludovic Lietard, Allel Hadjali, Daniel Rocacher
article
Revue d'Intelligence Artificielle, 2015, 2015, pp.543--567
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BibTex
titre
Programmation par ensembles réponses pour simuler l’assolement d’un paysage
auteur
Thomas Guyet, Yves Moinard, René Quiniou
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, Lavoisier, 2015, Numéro spécial RFIA 2014, 29 (3-4), pp.28. ⟨10.3166/ria.29.293-320⟩
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BibTex
titre
Median evidential c-means algorithm and its application to community detection
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
article
Knowledge-Based Systems, Elsevier, 2015, 74, pp.69 - 88. ⟨10.1016/j.knosys.2014.11.010⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01100902/file/median_ecm_1104.pdf BibTex
titre
Optimal Threshold Determination for Interpreting Semantic Similarity and Particularity: Application to the Comparison of Gene Sets and Metabolic Pathways Using GO and ChEBI
auteur
Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (7), pp.30. ⟨10.1371/journal.pone.0133579⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01184934/file/bettembourg2015threshold_figs_201507.pdf BibTex
titre
Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
auteur
Pascaline Dumas, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre, Erwan Scaon, Marion Orsucci, Karine Labadie, Sylvie Gimenez, Anne Laure Clamens, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Jean-Marc Aury, Philippe Fournier, Gael Kergoat, Emmanuelle d'Alençon
article
Genetica, Springer Verlag, 2015, 143 (3), pp.305-316. ⟨10.1007/s10709-015-9829-2⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01208780/file/Dumas%202015%20Genetica_%7B568C1922-7476-4C67-AE44-595F83C3FFFE%7D.pdf BibTex
titre
Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts
auteur
Peggy Cellier, Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux, Olivier Gandrillon, Jiri Klema, Jean-Luc Manguin
article
Journal of Biomedical Semantics, BioMed Central, 2015, 6, pp.1-27. ⟨10.1186/s13326-015-0023-3⟩
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BibTex
titre
The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories
auteur
Damian Smedley, Syed Haider, Steffen Durinck, Luca Pandini, Paolo Provero, James Allen, Olivier Arnaiz, Mohammad Hamza Awedh, Richard Baldock, Giulia Barbiera, Philippe Bardou, Tim Beck, Andrew Blake, Merideth Bonierbale, Anthony J. Brookes, Gabriele Bucci, Iwan Buetti, Sarah Burge, Cédric Cabau, Joseph W. Carlson, Claude Chelala, Charalambos Chrysostomou, Davide Cittaro, Olivier Collin, Raul Cordova, Rosalind J. Cutts, Erik Dassi, Alex Di Genova, Anis Djari, Anthony Esposito, Heather Estrella, Eduardo Eyras, Julio Fernandez-Banet, Simon Forbes, Robert C. Free, Takatomo Fujisawa, Emanuela Gadaleta, Jose M. Garcia-Manteiga, David Goodstein, Kristian Gray, José Afonso Guerra-Assunção, Bernard Haggarty, Dong-Jin Han, Byung Woo Han, Todd Harris, Jayson Harshbarger, Robert K. Hastings, Richard D. Hayes, Claire Hoede, Shen Hu, Zhi-Liang Hu, Lucie Hutchins, Zhengyan Kan, Hideya Kawaji, Aminah Keliet, Arnaud Kerhornou, Sunghoon Kim, Rhoda Kinsella, Christophe Klopp, Lei Kong, Daniel Lawson, Dejan Lazarevic, Ji-Hyun Lee, Thomas Letellier, Chuan-Yun Li, Pietro Lió, Chu-Jun Liu, Jie Luo, Alejandro Maass, Jérôme Mariette, Thomas Maurel, Stefania Merella, Azza Mostafa Mohamed, Francois Moreews, Ibounyamine Nabihoudine, Nelson Ndegwa, Celine Noirot, Cristian Perez-Llamas, Alessandro Quattrone, Michael Primig, Davide Rambaldi, Olivier Sallou, James Reecy, Michela Riba, Steven Rosanoff, Amna Ali Saddiq, Elisa Salas, Hadi Quesneville, Rebecca Shepherd, Reinhard Simon, Linda Sperling, William Spooner, Daniel M. Staines, Delphine Steinbach, Kevin Stone, Elia Stupka, Jon W. Teague, Abu Z. Dayem Ullah, Jun Wang, Doreen Ware, Marie Wong-Erasmus, Ken Youens-Clark, Amonida Zadissa, Shi-Jian Zhang, Arek Kasprzyk
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01146849/file/THe%20BioMart%20community%20portal%20an%20innovative%20alternative%20to%20large%2C%20centralized%20data%20repositories_CK-JM_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Coarse to Fine Keyword Queries with User Interactions
auteur
Khadim Drame, Grégory Smits, Olivier Pivert
article
17th International Conference on Information Integration and Web-based Applications & Services (iiWAS 2015), Dec 2015, Brussels, Belgium
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BibTex
titre
A Clustering-Based Approach to the Mining of Analogical Proportions
auteur
William Correa Beltran, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
article
27th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI'15), Nov 2015, Vietri sul Mare, Italy
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BibTex
titre
Constructing Weighted Argumentation Framework with Cognitive Maps
auteur
Karima Sedki, Louis Bonneau de Beaufort
article
International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI), IEEE, Nov 2015, Vietri sul Mare, Italy. ⟨10.1109/ICTAI.2015.108⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01231192/file/ICTAI-15.pdf BibTex
titre
Réparation efficace de requêtes floues
auteur
Olivier Pivert, Grégory Smits
article
Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA'15), Nov 2015, Poitiers, France. pp.8
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titre
Explications linguistiques et graphiques de groupes de données
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert
article
Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA'15), Nov 2015, Poitiers, France. pp.8
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titre
Fusion de préférences pour la détection de communautés dans les réseaux sociaux
auteur
Faten Elarbi, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
24ème Conférence sur la Logique Floue et ses Applications, Nov 2015, Poitiers, France
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https://hal.inria.fr/hal-01270169/file/F.ELARBI_LFA2015.pdf BibTex
titre
Caractérisation d'experts dans les plate-formes de crowdsourcing Characterization of experts in crowdsourcing platforms
auteur
Amal Ben Rjab, Mouloud Kharoune, Zoltan Miklos, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
24ème Conférence sur la Logique Floue et ses Applications, Nov 2015, Poitiers, France
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https://hal.inria.fr/hal-01263635/file/ArticleVF.pdf BibTex
titre
A logical information system proposal for browsing terminological resources
auteur
Annie Foret
article
Terminology and Artificial Intelligence (TIA) 2015, Nov 2015, Grenade, Spain
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https://hal.inria.fr/hal-01253206/file/TIA_2015_final.pdf BibTex
titre
A Clustering-Based Approach to the Explanation of Database Query Answers
auteur
Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
article
11th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'15), Oct 2015, Cracow, Poland
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titre
Analogical Database Queries
auteur
William Correa Beltran, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
article
11th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'15), Oct 2015, Cracow, Poland
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titre
A Certainty-Based Approach to the Cautious Handling of Suspect Values
auteur
Olivier Pivert, Henri Prade
article
11th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'15), Oct 2015, Cracow, Poland
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titre
Security Mechanisms Planning to Enforce Security Policies
auteur
Anis Bkakria, Frédéric Cuppens, Nora Cuppens-Boulahia, David Gross-Amblard
article
International symposium on foudations and practice of security, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.85 - 101, ⟨10.1007/978-3-319-30303-1_6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01375760/file/paper.pdf BibTex
titre
Safe Suggestions Based on Type Convertibility to Guide Workflow Composition
auteur
Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, Mireille Ducassé
article
Foundations of Intelligent Systems (ISMIS), Oct 2015, Lyon, France. ⟨10.1007/978-3-319-25252-0_25⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01252775/file/final.pdf BibTex
titre
Selecting Representative Instances from Datasets
auteur
Hamid Mirisaee, Ahlame Chouakria Douzal, Alexandre Termier
article
IEEE International Conference on Data Science and Advanced Analytics (DSAA 2015), Oct 2015, Paris, France
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BibTex
titre
Interactive User Group Analysis
auteur
Behrooz Omidvar Tehrani, Sihem Amer-Yahia, Alexandre Termier
article
24th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2015), ACM, Oct 2015, Melbourne, Australia
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titre
From formal concepts to analogical complexes
auteur
Laurent Miclet, Jacques Nicolas
article
CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12
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https://hal.inria.fr/hal-01198943/file/CLA2015.pdf BibTex
titre
Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
auteur
Gaëtan Benoit
article
RCAM, Oct 2015, Paris, France
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https://hal.inria.fr/hal-01231795/file/2015_10_06_RCAM_Simka.pdf BibTex
titre
Data Mining Approach to Temporal Debugging of Embedded Streaming Applications
auteur
Oleg Iegorov, Alexandre Termier, Vincent Leroy, Jean-François Méhaut, Miguel Santana
article
15th International Conference on Embedded Software (EMSOFT'2015), Oct 2015, Amsterdam, Netherlands
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01178782/file/197-EM31.pdf BibTex
titre
Understanding and Improving Reformulation-Based Query Answering Performance in RDF
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
BDA'15, Sep 2015, Île de Porquerolles, France
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https://hal.inria.fr/hal-01174299/file/RDFCoversDemo.pdf BibTex
titre
Optimizing FOL reducible query answering
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
BDA'15, Sep 2015, Île de Porquerolles, France
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https://hal.inria.fr/hal-01174300/file/dlr-bda15.pdf BibTex
titre
Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
BDA (Bases de Données Avancées), Sep 2015, Île de Porquerolles, France
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https://hal.inria.fr/hal-01176301/file/SummaryDemoBDA.pdf BibTex
titre
Une approche coopérative d'aide à la réparation de requêtes floues
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert
article
31e Journées Bases de Données Avancées (BDA'15), Sep 2015, Île de Porquerolles, France. pp.9
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titre
Answer Set Programming modulo Acyclicity
auteur
Jori Bomanson, Martin Gebser, Toni Janhunen, Benjamin Kaufmann, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), Sep 2015, Lexington, United States. pp.143-150, ⟨10.1007/978-3-319-23264-5_13⟩
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BibTex
titre
aspartame: Solving Constraint Satisfaction Problems with Answer Set Programming
auteur
Mutsunori Banbara, Martin Gebser, Katsumi Inoue, Max Ostrowski, Andrea Peano, Torsten Schaub, Takehide Soh, Naoyuki Tamura, Matthias Weise
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), Sep 2015, Lexington, United States. pp.112-126, ⟨10.1007/978-3-319-23264-5_10⟩
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titre
Linguistic and Graphical Explanation of a Cluster-Based Data Structure
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert
article
9th International Conference on Scalable Uncertainty Management (SUM’15), Sep 2015, Quebec City, Canada. pp.14
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BibTex
titre
Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data
auteur
Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
article
CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01164751/file/report.pdf BibTex
titre
Ant Colony Optimization with Environment Changes: an Application to GPS Surveying
auteur
Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
article
Federated Conference on Computer Science and Iinformation Ssystems, Sep 2015, Lodz, Poland
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titre
Bag-of-Temporal-SIFT-Words for Time Series Classification
auteur
Adeline Bailly, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Thomas Guyet, Laetitia Chapel
article
ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2015, Porto, Portugal
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https://halshs.archives-ouvertes.fr/halshs-01184900/file/bag-temporal-sift.pdf BibTex
titre
Database Querying in the Presence of Suspect Values
auteur
Olivier Pivert, Henri Prade
article
19th East-European Conference on Advances in Databases and Information Systems (ADBIS’15), Sep 2015, Poitiers, France. pp.6
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BibTex
titre
Chronicles mining in a database of drugs exposures
auteur
Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
article
ECML Doctoral consortium, Sep 2015, Porto, Portugal
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BibTex
titre
Improving Coordinated SMT-based System Synthesis by Utilizing Domain-specific Heuristics
auteur
Benjamin Andres, Alexander Biewer, Javier Romero, Christian Haubelt, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), Sep 2015, Lexington, KY, United States. pp.55-68
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BibTex
titre
Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
Proceedings of the VLDB Endowment, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaii, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01178140/file/SummaryDemoVLDB.pdf BibTex
titre
Reformulation-based query answering in RDF: alternatives and performance
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
Very Large Data Bases, Aug 2015, Hawaii, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01174298/file/RDFCoversDemo.pdf BibTex
titre
Expression and Efficient Processing of Fuzzy Queries in a Graph Database Context
auteur
Olivier Pivert, Grégory Smits, Virginie Thion
article
Fuzz-IEEE'15 : 24th IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Aug 2015, Istanbul, Turkey, France. pp.8
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https://hal.inria.fr/hal-01140195/file/FuzzIEEE_fuzzyGraphDB15.pdf BibTex
titre
Détection des experts dans un cadre incertain
auteur
Dorra Attiaoui, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
Atelier Réseaux Sociaux et Intelligence Artificielle, Jul 2015, Rennes, France. ⟨10.3166/PFIA.1.1-??⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01172605/file/RSIA_vf.pdf BibTex
titre
KLAST: fast and sensitive software to compare large genomic databanks on cloud
auteur
Ivaylo Petrov, Sébastien Brillet, Erwan Drezen, Sylvain Quiniou, L Antin, Patrick Durand, Dominique Lavenier
article
World Congress in Computer Science, Computer Engineering, and Applied Computing, Jul 2015, Las Vegas,, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01235339/file/BioComp_BIC2743.pdf BibTex
titre
Landscape features that prevent or foster urban sprawl
auteur
Thomas Guyet
article
MultiTemp 2015 : 8th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images, Jul 2015, Annecy, France. pp.244-247
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BibTex
titre
Dynamic Time Warping Distance for Message Propagation Classification in Twitter
auteur
Siwar Jendoubi, Arnaud Martin, Ludovic Liétard, Boutheina Yaghlane, Hend Hadji
article
ECSQARU 2015, Jul 2015, Compiègne, France. pp.419 - 428, ⟨10.1007/978-3-319-20807-7_38⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01445443/file/ECSQARU.pdf BibTex
titre
Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments
auteur
Clovis Galiez, François Coste
article
3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France
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https://hal.inria.fr/hal-01214506/file/3DSIG2015_GaliezCoste.pdf BibTex
titre
A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed
auteur
François Moreews, Olivier Sallou, Yvan Le Bras, Grosjean Marie, Cyril Monjeaud, Thomas A Darde, Olivier Collin, Christophe Blanchet
article
Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
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https://hal.inria.fr/hal-01160514/file/S4_T3_francois_moreews_gcc2015_1.pdf BibTex
titre
De novo detection of structure repeats in Proteins
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov
article
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM , Société Française de BioInformatique (SFBI), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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https://hal.inria.fr/hal-01250541/file/kunoichi.pdf BibTex
titre
Evidential relational clustering using medoids
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
article
The 18th International Conference on Information Fusion, Jul 2015, Washington, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176143/file/sECMdd_fusion2015_revise.pdf BibTex
titre
Classification of incomplete patterns based on fusion of belief functions
auteur
Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin, Grégoire Mercier
article
The 18th International Conference on Information Fusion, Jul 2015, Washington, United States
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01270251/file/fusion2015.pdf BibTex
titre
Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée
article
JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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https://hal.inria.fr/hal-01197050/file/JOBIM2015_Rsat_LXRE_FINALE.pdf BibTex
titre
Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
Data Science - 30th British International Conference on Databases, BICOD 2015, Edinburgh, UK, July 6-8, 2015, Proceedings, Jul 2015, Edinburgh, United Kingdom. pp.87--91
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https://hal.inria.fr/hal-01176277/file/paper_42.pdf BibTex
titre
Une infrastructure générique basée sur les apports du Web Sémantique pour l’analyse des bases médico-administratives
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Plate-forme Intelligence Artificielle 2015, conférence Ingénierie des Connaissances, Jun 2015, Rennes, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01678828/file/Le%20Web%20S%C3%A9mantique%20pour%20les%20donn%C3%A9es%20de%20sant%C3%A9.pdf BibTex
titre
Evidential community detection using structural and attribute information
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
article
Atelier Réseaux Sociaux et Intelligence Artificielle, Jun 2015, Rennes, France. ⟨10.3166/RIA⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176326/file/ECMwR_community_detection_revise.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176326/file/graph_ecm.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176326/file/graph_example.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176326/file/graph_fcm.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176326/file/graph_iecm.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01176326/file/karate_original.pdf BibTex
titre
Conception interactive d'ontologies par élimination de mondes possibles
auteur
Sébastien Ferré
article
IC2015, Jun 2015, Rennes, France
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https://hal.inria.fr/hal-01165493/file/paper.pdf BibTex
titre
AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique
auteur
Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jun 2015, Rennes, France. pp.7
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01184903/file/bettembourg2015inovive.pdf BibTex
titre
A Proposal for Extending Formal Concept Analysis to Knowledge Graphs
auteur
Sébastien Ferré
article
Formal Concept Analysis, Jun 2015, Nerja, Spain. pp.271--286
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01196287/file/gfca2.pdf BibTex
titre
Akenou-Breizh, un projet de plate-forme valorisant des ressources et outils informatiques et linguistiques pour le breton
auteur
Annie Foret, Valérie Bellynck, Christian Boitet
article
TALaRE'2015, Jun 2015, Caen, France
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BibTex
titre
Optimal Discretization Orders for Distance Geometry: a Theoretical Standpoint
auteur
Antonio Mucherino
article
LSSC2015 - Proceedings of Large Scale Scientific Computations, Jun 2015, Sozopol, Bulgaria
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BibTex
titre
Explaining Query Answers under Inconsistency-Tolerant Semantics over Description Logic Knowledge Bases (Extended Abstract)
auteur
Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
article
Description Logics, Jun 2015, Athens, Greece
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https://hal.inria.fr/hal-01277080/file/dl15.pdf BibTex
titre
Efficient Query Answering in DL-Lite through FOL Reformulation (Extended Abstract)
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
28th International Workshop on Description Logics, Jun 2015, Athens, Greece
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01155715/file/dl15.pdf BibTex
titre
Chiaroscuro: Transparency and Privacy for Massive Personal Time-Series Clustering
auteur
Tristan Allard, Georges Hébrail, Florent Masseglia, Esther Pacitti
article
SIGMOD: International Conference on Management of Data, May 2015, Melbourne, Australia. pp.779-794, ⟨10.1145/2723372.2749453⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01136686/file/chiaroscuro-sigmod-main-hal.pdf BibTex
titre
Energy Modeling and Optimization for Tiled Nested-Loop Codes
auteur
Nirmal Prajapati, Waruna Ranasinghe, Vamsi Krishna Tandrapati, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sanjay Rajopadhye
article
Parallel and Distributed Processing Symposium Workshop (IPDPSW), May 2015, Hyderabad India. pp.888 - 895 ⟨10.1109/IPDPSW.2015.94⟩
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BibTex
titre
A Pseudo de Bruijn Graph Representation for Discretization Orders for Distance Geometry
auteur
Antonio Mucherino
article
Proceedings of IWBBIO15, May 2015, Granada, Spain. pp.514-523
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BibTex
titre
Connected Keywords
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Virginie Thion
article
9th IEEE International Conference on Research Challenges in Information Science (RCIS’15), May 2015, Athens, Greece. pp.112 - 120, ⟨10.1109/RCIS.2015.7128869⟩
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BibTex
titre
SMART: A tool for analyzing and reconciling schema matching networks
auteur
Hung Nguyen Quoc Viet, Tam Nguyen Thanh, Vinh Chau, Tri Kurniawan Wijaya, Zoltan Miklos, Karl Aberer, Avigdor Gal, Matthias Weidlich
article
31st International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
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titre
CliqueSquare in Action: Flat Plans for Massively Parallel RDF Queries
auteur
Benjamin Djahandideh, François Goasdoué, Zoi Kaoudi, Ioana Manolescu, Jorge-Arnulfo Quiané-Ruiz, Stamatis Zampetakis
article
International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
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https://hal.inria.fr/hal-01108710/file/main.pdf BibTex
titre
Efficient OLAP Operations For RDF Analytics
auteur
Elham Akbari-Azirani, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Alexandra Roatis
article
International Workshop on Data Engineering meets the Semantic Web (DESWeb), Apr 2015, Seoul, South Korea. ⟨10.1109/ICDEW.2015.7129548⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01187448/file/paper-hal.pdf BibTex
titre
Query-oriented Summarization of RDF Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
Data Engineering Meets Semantic Web Workshop (DESWeb), Apr 2015, Seoul, South Korea
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BibTex
titre
CliqueSquare: Flat Plans for Massively Parallel RDF Queries
auteur
François Goasdoué, Zoi Kaoudi, Ioana Manolescu, Jorge-Arnulfo Quiané-Ruiz, Stamatis Zampetakis
article
International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01108705/file/ICDE15_research_124.pdf BibTex
titre
Reasoning on Web Data: Algorithms and Performance
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Alexandra Roatis
article
ICDE - 31st International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01148500/file/tutorial.pdf BibTex
titre
Optimizing Reformulation-based Query Answering in RDF
auteur
Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
EDBT: 18th International Conference on Extending Database Technology, Mar 2015, Brussels, Belgium
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https://hal.inria.fr/hal-01143068/file/paper-88.pdf BibTex
titre
Data integration
auteur
Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel
article
Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives
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BibTex
titre
Discretization Orders and Distance Geometry
auteur
Antonio Mucherino
article
16ème conférence ROADEF :, Feb 2015, Marseille, France
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BibTex
titre
Découverte de proportions analogiques dans les bases de données: une première approche
auteur
William Correa Beltran, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
article
15e Conférence Internationale Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC'15), Jan 2015, Luxembourg, Luxembourg. pp.12
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BibTex
titre
Sequential pattern mining for customer relationship management analysis
auteur
Kiril Gashteovski, Thomas Guyet, René Quiniou, Alzennyr da Silva, Véronique Masson
article
Atelier GAST@EGC2015, Jan 2015, Luxembourg, Luxembourg
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BibTex
titre
Improved Local Search for Binary Matrix Factorization
auteur
Hamid Mirisaee, Eric Gaussier, Alexandre Termier
article
Twenty-Ninth AAAI Conference on Artificial Intelligence, AAAI, Jan 2015, Austin, United States. pp.1198-1204
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BibTex
titre
ASP Solving for Expanding Universes
auteur
Martin Gebser, Toni Janhunen, Holger Jost, Roland Kaminski, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States
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BibTex
titre
Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution
auteur
Timo Jolivet, Anne Siegel
article
MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01196152/file/report.pdf https://hal.inria.fr/hal-01196152/file/MCUSiegelJolivet.pdf BibTex
titre
Shift-design with Answer Set Programming
auteur
Michael Abseher, Martin Gebser, Nysret Musliu, Torsten Schaub, Stefan Woltran
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States. pp.7
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BibTex
titre
Integrating ASP into ROS for Reasoning in Robots
auteur
Benjamin Andres, David Rajaratnam, Orkunt Sabuncu, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States. pp.25
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BibTex
titre
asprin: Customizing Answer Set Preferences without a Headache
auteur
Gerhard Brewka, James P. Delgrande, Javier Romero, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Twenty-Ninth National Conference on Artificial Intelligence (AAAI'15), 2015, Austin, United States. pp.1467-1474
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BibTex
titre
A symbolic system synthesis approach for hard real-time systems based on coordinated SMT-solving
auteur
Alexander Biewer, Benjamin Andres, Jens Gladigau, Torsten Schaub, Christian Haubelt
article
Proceedings of the Conference on Design, Automation and Test in Europe (DATE'15), 2015, San Jose, United States. pp.357-362
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BibTex
titre
A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina
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https://hal.inria.fr/hal-01196598/file/ijcai15_picard_et_al.pdf BibTex
titre
Progress in clasp series 3
auteur
Martin Gebser, Roland Kaminski, Benjamin Kaufmann, Javier Romero, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States
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titre
An Implementation of Consistency-Based Multi-Agent Belief Change using ASP
auteur
Paul Vicol, James P. Delgrande, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States. pp.7
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titre
Implementing preferences with asprin
auteur
Gerhard Brewka, James P. Delgrande, Javier Romero, Torsten Schaub
article
Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States
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titre
Extracting characteristics of Satellite Image Time Series with Decision Trees
auteur
Thomas Guyet
article
MultiTemp, 2015, Annecy, France. pp.260-263
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titre
Sequence mining under multiple constraints
auteur
Nicolas Béchet, Peggy Cellier, Thierry Charnois, Bruno Crémilleux
article
30th Int. Conf. Symposium On Applied Computing (SAC 2015), 2015, Salamanca, Spain. pp.908 - 914, ⟨10.1145/354756.354849⟩
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titre
Reducing trace size in multimedia applications endurance tests
auteur
Serge Vladimir Emteu Tchagou, Alexandre Termier, Jean-François Méhaut, Brice Videau, Miguel Santana, René Quiniou
article
Design, Automation & Test in Europe Conference & Exhibition (DATE) , 2015, Grenoble, France
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titre
Sequential pattern mining on multimedia data
auteur
Corentin Hardy, Laurent Amsaleg, Guillaume Gravier, Simon Malinowski, René Quiniou
article
European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Database Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, 2015, Porto, Portugal
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titre
The chemosensory transcriptome of the cotton leafworm Spodoptera littoralis
auteur
Emmanuelle Joly, Erwan Poivet, Aurore Gallot, Fabrice Legeai, Nicolas Montagné
article
24. Annual Meeting of the European-Chemoreception-Research-Organization (ECRO), 2015, NA, France
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Book sections

titre
Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
auteur
Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
article
David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01228488/file/plant_repeats_nicolas_finHAL.pdf BibTex
titre
Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming
auteur
Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
article
S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization
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titre
The effective use of the DSmT for multi-class classification
auteur
Nassim Abbas, Youcef Chibani, Arnaud Martin, Florentin Smarandache
article
Advances and Applications of DSmT for Information Fusion, 4, 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01558062/file/Abbas_Chibani_Martin_Smarandache_Book_Chapter_V4.pdf BibTex
titre
Paysages et étalement urbain : Aspects physiques et culturels à travers l'exemple de l'aire urbaine d'Angers
auteur
Élise Athané, Julie Bourbeillon, Thomas Coisnon, Thomas Guyet, Anaïs Marshall, Hervé Nicolas, Walid Oueslati, Damien Rousselière, Julien Salanié
article
Biodiversité, paysage et cadre de vie - La démocratie en pratique, Victoires Editions, pp.91-110, 2015, 978-2-35113- 238-8
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titre
Ricochet Robots Reloaded: A Case-study in Multi-shot ASP Solving
auteur
Martin Gebser, Roland Kaminski, Philipp Obermeier, Torsten Schaub
article
T. Eiter and H. Strass and M. Truszczynski and S. Woltran. Advances in Knowledge Representation, Logic Programming, and Abstract Argumentation: Essays Dedicated to Gerhard Brewka on the Occasion of His 60th Birthday, 9060, Springer, pp.17-32, 2015, lnai, ⟨10.1007/978-3-319-14726-0_2⟩
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titre
How to Efficiently Diagnose and Repair Fuzzy Database Queries that Fail
auteur
Olivier Pivert, Grégory Smits
article
Fifty Years of Fuzzy Logic and its Applications, 326, Springer, pp.499-517, 2015, Studies in Fuzziness and Soft Computing, ⟨10.1007/978-3-319-19683-1_25⟩
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titre
Distributed Computing for Enumeration
auteur
Alexandre Termier
article
Encyclopedia of Algorithms, Springer Berlin Heidelberg, 2015, 978-3-642-27848-8. ⟨10.1007/978-3-642-27848-8_724-1⟩
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titre
On the Pisot Substitution Conjecture
auteur
S Akiyama, M Barge, V Berthé, J.-Y Lee, A Siegel
article
Mathematics of Aperiodic Order, 309, Springer, pp.33-72, 2015, Progress in mathematics, 978-3-0348-0903-0. ⟨10.1007/978-3-0348-0903-0_2⟩
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titre
Des modèles et des outils pour des projets de territoire
auteur
Patrick Durand, Pierre Moreau, Laurent Ruiz, Jordy Salmon-Monviola, Francoise Vertes, Christine Baratte, Cyril Benhamou, Tassadit Bouadi, Marie-Odile Cordier, Samuel Corgne, Pauline Dusseux, Philippe Faverdin, Chantal Gascuel, Laurence Hubert-Moy, Virginie Parnaudeau, Eric Ramat, Thierry Raimbault, Valérie Viaud
article
Comment réconcilier agriculture et territoire, Editions Quae, 151 p., 2015, Matière à débattre et décider, 978-2-7592-2284-1
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Directions of work or proceedings

titre
Distance Geometry and Applications
auteur
Antonio Mucherino, Rosiane de Freitas, Carlile Lavor
article
special issue of Discrete Applied Mathematics, France. 197, 2015
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titre
Actes de la conférence BDA 2014 : Gestion de données - principes, technologies et applications
auteur
David Gross-Amblard, Christine Collet, Christophe Bobineau, Fabrice Jouanot
article
David Gross-Amblard. BDA 2014 : Gestion de données - principes, technologies et applications, Oct 2014, Autrans, France. pp.55, 2015
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https://hal.inria.fr/hal-01163748/file/bda2014-actes.pdf BibTex
titre
Foundations of Intelligent Systems, 22nd International Symposium, ISMIS 2015, Lyon, France, October 21-23, 2015. Proceedings
auteur
Floriana Esposito, Olivier Pivert, Mohand-Saïd Hacid, Zbigniew Ras, Stefano Ferilli
article
22nd International Symposium (ISMIS 2015), Oct 2015, Lyon, France. 9384, Springer, 2015, Lecture Notes on Artificial Intelligence, ⟨10.1007/978-3-319-25252-0⟩
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Master thesis

titre
Test and Benchmarking of A New Scaffolding Methodology
auteur
Alexandrina Bodrug
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2015
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titre
Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales
auteur
Maud Jusot
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015
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https://hal.inria.fr/hal-01246372/file/Maud_JUSOT_rapport_de_stage_M2BI_2015%20%281%29.pdf BibTex

Patents

titre
Procédé et installation de comparaison de consommation d'effluents sans divulgation de données de consommations mesurées
auteur
Tristan Allard, Georges Hébrail, Florent Masseglia, Esther Pacitti
article
France, N° de brevet: EP 2930471 A1. 2015
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titre
Procédé de traitement de données d'accessibilité, dispositif et programme correspondant
auteur
Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
article
France, N° de brevet: 1451562 - WO2015/128327Al. 2015
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Poster communications

titre
Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways
auteur
Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret
article
JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01242893/file/posterjobim.pdf BibTex
titre
Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms
auteur
Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Emmanuelle d'Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
article
Genome Informatics, Oct 2015, Cold Spring Harbor Laboratory, United States. 2015
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https://hal.inria.fr/hal-01231793/file/genome_informatics_gouin.pdf BibTex
titre
Interrogation par analogie dans les bases de données
auteur
Sara El Hassad
article
Base de Données Avancées, Sep 2015, Île de Porquerolles, France
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https://hal.inria.fr/hal-01494865/file/paper.pdf BibTex
titre
GO-Docker: Batch scheduling with containers
auteur
Olivier Sallou, Cyril Monjeaud
article
IEEE Cluster 2015, Sep 2015, CHICAGO, United States. ⟨10.1109/CLUSTER.2015.89⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01213323/file/poster_godocker.pdf https://hal.inria.fr/hal-01213323/file/poster_camera_godocker.pdf BibTex
titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of [i]Propionibacterium freudenreichii[/i]
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Helene Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan¨, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
JOBIM 16.Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015
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BibTex
titre
BGREAT: A De Bruijn graph read mapping tool
auteur
Antoine Limasset, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont ferrant, France
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BibTex
titre
Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨10.1093/Bioinforma-cs/btu406⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01180603/file/poster5.pdf BibTex
titre
Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics
auteur
Mélanie Petera, Gildas Le Corguille, Marion Landi, Misharl Monsoor, Marie Tremblay Franco, Christophe Duperier, Jean-François Martin, Daniel Jacob, Yann Guitton, Marie Lefebvre, Estelle Pujos-Guillot, Franck Giacomoni, Etienne Thévenot, Christophe Caron
article
JOBIM 2015 (16. édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01214152/file/2015_P%C3%A9t%C3%A9ra_workflow_Jobim_Clermont_%7BC263FB02-D99C-4EA7-B77F-3893D2C975F9%7D.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01214152/file/2015_programme_JOBIM_%7BCDBDCDC0-4066-4190-AC53-28543644E262%7D.pdf BibTex
titre
VCF$\_$creator: Mapping and VCF Creation features in DiscoSnp++
auteur
Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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https://hal.inria.fr/hal-01176492/file/posterJOBIM29062015.pdf BibTex
titre
Yet another Galaxy Genome viewer
auteur
Thomas Alain Darde, Francois Moreews, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Frédéric Chalmel
article
GCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
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titre
PEW : un outil d'aide à la conception d'ontologies par l'exploration des mondes possibles
auteur
Sébastien Ferré
article
IC2015, Jun 2015, Rennes, France. 2015, IC2015
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titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Hélène Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan¨, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. 2015
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BibTex
titre
Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms, a case study of the genomes of two Spodoptera frugiperda host strains
auteur
Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, K Labadie, Jean-Marc Aury, Emmanuelle d'Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
article
Arthropod Genomics 2015, Jun 2015, Manhattan (Kansas), United States. 2015
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titre
TermLis : un contexte d'information logique pour des ressources terminologiques
auteur
Annie Foret
article
Traitement Automatique des Langues Naturelles, Jun 2015, Caen, France. Actes de la 22e conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, 2015, Actes de la 22e conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles
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titre
The ReproGenomics Viewer: An integrative cross-species toolbox for the reproductive science community
auteur
Thomas Alain Darde, Olivier Sallou, Becker Emmanuelle, Bertrand Evrard, Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras, Bernard Jégou, Olivier Collin, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
article
ReproScience, Apr 2015, Rennes, France
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titre
Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility
auteur
Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, David Causeur, Isabelle Louveau
article
ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. Journal of Animal Science, 93 (Suppl. 2), 2015, Abstract book of the ASAS/ADSA midwest meeting
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01210925/file/77-Abstract%20ASAS%20Midwest%20meeting_1.pdf https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01210925/file/77-Abstract%20ASAS%20Midwest%20meeting_2.docx BibTex

Documents associated with scientific events

titre
Manifeste: Pour plus d'Interactions entre Informatique, Sciences Humaines et Sociales et Arts
auteur
Guillaume Aucher, Olivier Ridoux
article
Science des données et sciences humaines et sociales : atelier 4 du Data Science Symposium, Nov 2015, Rennes, France. pp.6, 2015
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Reports

titre
Social, Structured, and Semantic Search
auteur
Raphaël Bonaque, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
[Research Report] RR-8797, Inria Saclay Ile de France. 2015, 38 p
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https://hal.inria.fr/hal-01218116/file/RR-8797.pdf BibTex
titre
Interactive Data-Driven Research: the place where databases and data mining research meet
auteur
Sihem Amer-Yahia, Vincent Leroy, Alexandre Termier, Martin Kirchgessner, Behrooz Omidvar-Tehrani
article
[Research Report] RR-LIG-049, LIG. 2015
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Theses

titre
Réseaux de réactions : de l’analyse probabiliste à la réfutation
auteur
Vincent Picard
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S093⟩
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titre
Similarités et divergences, globales et locales, entre structures protéiques
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S119⟩
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titre
Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques
auteur
Mathilde Le Boudic-Jamin
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Rennes 1, 2015. Français
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titre
Concevoir et partager des workflows d’analyse de données. Application aux traitements intensifs en bioinformatique
auteur
Francois Moreews
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. université de rennes 1, 2015. Français
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titre
Concevoir et partager des workflows d’analyse de données : application aux traitements intensifs en bioinformatique
auteur
François Moreews
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S089⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01308297/file/MOREEWS_Francois.pdf BibTex
titre
Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l'identification de protéines de virus
auteur
Clovis Galiez
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01328182/file/GALIEZ_Clovis.pdf BibTex
titre
Composition guidée de services : application aux workflows d’analyse de données en bio-informatique
auteur
Mouhamadou Ba
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. INSA de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015ISAR0024⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01301681/file/These_BA_Mouhamadou.pdf BibTex
titre
Decision Making for Ontology Matching under the Theory of Belief Functions
auteur
Amira Essaid
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes 1 [UR1]; Université de Tunis, 2015. English
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/tel-02501458/file/ESSAID_Amira.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network
auteur
Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard
article
2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01244179/file/jlaniau.pdf BibTex