2024
Journal articles
- titre
- Leveraging an Isolation Forest to Anomaly Detection and Data Clustering
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
- article
- Data and Knowledge Engineering, 2024, 151, pp.102302. ⟨10.1016/j.datak.2024.102302⟩
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-
- titre
- Proceedings of the OHBM Brainhack 2022
- auteur
- Stefano Moia, Hao-Ting Wang, Anibal S. Heinsfeld, Dorota Jarecka, Yu Fang Yang, Stephan Heunis, Michele Svanera, Benjamin De Leener, Andrea Gondová, Sin Kim, Arshitha Basavaraj, Johanna M. M. Bayer, Roza G. Bayrak, Pierre-Louis Bazin, Isil Poyraz Bilgin, Steffen Bollmann, Daniel Borek, Valentina Borghesani, Trang Cao, Gang Chen, Alejandro de La Vega, Sebastian Dresbach, Philipp Ehses, Jan Ernsting, Inês Esteves, Oscar Ferrante, Kelly G. Garner, Rémi Gau, Elodie Germani, Tara Ghafari, Satrajit S. Ghosh, Sarah E. Goodale, Cassandra D. Gould Van Praag, Samuel Guay, Omer Faruk Gulban, Yaroslav O. Halchenko, Michael Hanke, Peer Herholz, Katja Heuer, Felix Hoffstaedter, Ruoqi Huang, Renzo Huber, Ole Jensen, Kan Keeratimahat, Julian Q. Kosciessa, Sladjana Lukic, Neville Magielse, Christopher J. Markiewicz, Caroline G. Martin, Camille Maumet, Anna Menacher, Jeff Mentch, Christian Mönch, Shammi More, Leonardo Muller, Leonardo Muller-Rodriguez, Samuel A. Nastase, Eliana Nicolaisen-Sobesky, Dylan M. Nielson, Christopher R. Nolan, François Paugam, Pedro Pinheiro-Chagas, Ana Luísa Pinho, Alessandra Pizzuti, Benjamin Poldrack, Benedikt A. Poser, Roberta Rocca, Jacob Sanz-Robinson, Kelvin Sarink, Kevin R Sitek, Nadine Spychala, Rüdiger Stirnberg, Michał Szczepanik, Mohammad Torabi, Roberto Toro, Sebastian G. W. Urchs, Sofie L. Valk, Adina S Wagner, Laura K. Waite, Alexander Q. Waite, Lea Waller, Tyler J. Wishard, Jianxiao Wu, Yuchen Zhou, Janine D. Bijsterbosch, The Physiopy Community
- article
- Aperture Neuro, 2024
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-
- titre
- Comparing machine-learning models of different levels of complexity for crop protection: A look into the complexity-accuracy tradeoff
- auteur
- Olivier Gauriau, Luis Galárraga, François Brun, Alexandre Termier, Loïc Davadan, François Joudelat
- article
- Smart Agricultural Technology, 2024, 7, pp.100380. ⟨10.1016/j.atech.2023.100380⟩
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-
- titre
- Transcriptomic basis of sex loss in the pea aphid
- auteur
- M D Huguet, Stéphanie Robin, Sylvie Hudaverdian, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier-Leterme, Romuald Cloteau, Sylvain Baulande, Patricia Legoix-Né, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon, Julie Jaquiéry, Denis Tagu, Gaël Le Trionnaire
- article
- BMC Genomics, 2024, Bmc Genomics, 25 (1), pp.202. ⟨10.1186/s12864-023-09776-6⟩
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-
- titre
- Global exact optimisations for chloroplast structural haplotype scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2024, 19 (5), pp.1-35. ⟨10.1186/s13015-023-00243-1⟩
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-
- titre
- Chromosome-Level Assembly and Annotation of the Pearly Heath Coenonympha arcania Butterfly Genome
- auteur
- Fabrice Legeai, Sandra Romain, Thibaut Capblancq, Paul Doniol-Valcroze, Mathieu Joron, Claire Lemaitre, Laurence Després
- article
- Genome Biology and Evolution, 2024, pp.1-7. ⟨10.1093/gbe/evae055⟩
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-
- titre
- Regulus infers signed regulatory relations from few samples' information using discretization and likelihood constraints
- auteur
- Marine Louarn, Guillaume Collet, Eve Barre, Thierry Fest, Olivier Dameron, Anne Siegel, Fabrice Chatonnet
- article
- PLoS Computational Biology, 2024, 20 (1), pp.e1011816. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011816⟩
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-
Conference papers
- titre
- GUESS: monitorinG join qUery Execution in Serverless and Serverful spark
- auteur
- An-Truong Tran Phan, Laurent d'Orazio, Thuong-Cang Phan, Le Gruenwald
- article
- International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA), Jul 2024, Gifu, Japan
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-
- titre
- Query Optimization for Ontology-Mediated Query Answering
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- The ACM Web Conference (WWW), May 2024, Singapore, Singapore. ⟨10.1145/3589334.3645567⟩
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-
- titre
- Leveraging PAC-Bayes Theory and Gibbs Distributions for Generalization Bounds with Complexity Measures
- auteur
- Paul Viallard, Rémi Emonet, Amaury Habrard, Emilie Morvant, Valentina Zantedeschi
- article
- AISTATS 2024 - 27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, May 2024, Valencia, Spain
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-
- titre
- CADI: Contextual Anomaly Detection using an Isolation Forest
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
- article
- The 39th ACM/SIGAPP Symposium On Applied Computing, Apr 2024, Avila, Spain. ⟨10.1145/3605098.3635969⟩
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-
- titre
- Fast and Accurate Context-Aware Basic Block Timing Prediction using Transformers
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- CC 2024 - ACM SIGPLAN 33rd International Conference on Compiler Construction, Gabriel Rodríguez, Mar 2024, Edimbourg, United Kingdom. pp.227-237, ⟨10.1145/3640537.3641572⟩
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-
- titre
- CEGAR-Based Approach for Solving Combinatorial Optimization Modulo Quantified Linear Arithmetics Problems
- auteur
- Kerian Thuillier, Anne Siegel, Loïc Paulevé
- article
- AAAI 2024 - The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-8
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-
- titre
- Shaping Up SHAP: Enhancing Stability through Layer-Wise Neighbor Selection
- auteur
- Gwladys Kelodjou, Laurence Rozé, Véronique Masson, Luis Galárraga, Romaric Gaudel, Maurice Tchuente, Alexandre Termier
- article
- AAAI 2024 - 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-10
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-
- titre
- Assembling close strains in metagenome assemblies using discrete optimization
- auteur
- Tam Khac Minh Truong, Roland Faure, Rumen Andonov
- article
- BIOINFORMATICS 2024 - 15th International conference on bioinformatics models, methods and algorithms, Feb 2024, Rome, Italy. pp.1-10
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-
Books
- titre
- Advances in Knowledge Discovery and Management
- auteur
- Rakia Jaziri, Arnaud Martin, Antoine Cornuéjols, Etienne Cuvelier, Fabrice Guillet
- article
- Springer Nature Switzerland, 1110, 2024, Studies in Computational Intelligence, 9783031404023. ⟨10.1007/978-3-031-40403-0⟩
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-
Poster communications
- titre
- Prédire l'évolution de la maladie de Parkinson à l'aide de données cliniques et d'IRM fonctionnelles: reproduction et robustesse d'une étude
- auteur
- Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Remi Gau, Andrzej Sokolowski, Elisa Fromont, Camille Maumet, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard
- article
- IABM 2024 - 2ème édition du Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédicale, Mar 2024, Grenoble, France. pp.1-4, 2024
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-
- titre
- Unlocking the Soil Microbiome: Unraveling Soil Microbial Complexity Using Long-Read Metagenomics
- auteur
- Carole Belliardo, Nicolas Maurice, Clémence Frioux, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Samuel Mondy, Arthur Péré, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
- article
- EAGS 2024 - The International Environmental and Agronomical Genomics symposium, Feb 2024, Toulouse, France. , pp.1-1, 2024
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-
- titre
- Exploring and quantifying the soil genetic diversity captured by long and short-read shotgun metagenomic sequencing
- auteur
- Carole Belliardo, Samuel Mondy, Arthur Pere, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Clémence Frioux, David James Sherman, Pierre Abad, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
- article
- Journées 2024 du programme Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. , pp.1-1, 2024
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-
- titre
- Metagenomic assembly of complex ecosystems with highly accurate long-reads
- auteur
- Nicolas Maurice, Claire Lemaitre, Clémence Frioux, Riccardo Vicedomini
- article
- Journées 2024 du PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. pp.1-1, 2024
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- ConstrucTED : Constructing Tailored Educational Datasets From Online Courses
- auteur
- Aymen A Bazouzi, Zoltan Miklos, Mickaël Foursov, Hoël Le Capitaine
- article
- 2024
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-
- titre
- Predicting Parkinson's disease trajectory using clinical and functional MRI features: a reproduction and replication study
- auteur
- Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Rémi Gau, Albert Montillo, Kevin Nguyen, Andrzej Sokolowski, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard
- article
- 2024
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-
- titre
- Tighter Generalisation Bounds via Interpolation
- auteur
- Paul Viallard, Maxime Haddouche, Umut Şimşekli, Benjamin Guedj
- article
- 2024
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-
- titre
- A PAC-Bayesian Link Between Generalisation and Flat Minima
- auteur
- Maxime Haddouche, Paul Viallard, Umut Şimşekli, Benjamin Guedj
- article
- 2024
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-
- titre
- Uncovering communities of pipelines in the task-fMRI analytical space
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- 2024
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-
- titre
- Mitigating analytical variability in fMRI results with style transfer
- auteur
- Elodie Germani, Camille Maumet, Elisa Fromont
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- decOM: similarity-based microbial source tracking of ancient oral samples using k-mer-based methods
- auteur
- Camila Duitama González, Riccardo Vicedomini, Téo Lemane, Nicolas Rascovan, Hugues Richard, Rayan Chikhi
- article
- Microbiome, 2023, 11 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s40168-023-01670-3⟩
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-
- titre
- aKmerBroom: Ancient oral DNA decontamination using Bloom filters on k-mer sets
- auteur
- Camila Duitama González, Samarth Rangavittal, Riccardo Vicedomini, Rayan Chikhi, Hugues Richard
- article
- iScience, 2023, 26 (11), pp.108057. ⟨10.1016/j.isci.2023.108057⟩
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-
- titre
- Predicting enzymatic function of protein sequences with attention
- auteur
- Nicolas Buton, François Coste, Yann Le Cunff
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (10), pp.1-10. ⟨10.1093/bioinformatics/btad620⟩
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-
- titre
- Concepts of Neighbors and their Application to Instance-based Learning on Relational Data
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2023, 164, pp.1-49. ⟨10.1016/j.ijar.2023.109059⟩
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-
- titre
- RTGEN++: A Relative Temporal Graph GENerator
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye, Amaury Bouchra Pilet, Thomas Hassan
- article
- Future Generation Computer Systems, In press, 146, pp.139-155. ⟨10.1016/j.future.2023.03.023⟩
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-
- titre
- Phylogenetic inference of the emergence of sequence modules and protein-protein interactions in the ADAMTS-TSL family
- auteur
- Olivier Dennler, François Coste, Samuel Blanquart, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
- article
- PLoS Computational Biology, 2023, 19 (8), pp.e1011404. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011404⟩
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-
- titre
- Sky-signatures: detecting and characterizing recurrent behavior in sequential data
- auteur
- Clément Gautrais, Peggy Cellier, Thomas Guyet, René Quiniou, Alexandre Termier
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2023, ⟨10.1007/s10618-023-00949-1⟩
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-
- titre
- MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- BMC Bioinformatics, 2023, 24 (1), pp.284. ⟨10.1186/s12859-023-05395-w⟩
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-
- titre
- SVJedi-graph: improving the genotyping of close and overlapping structural variants with long reads using a variation graph
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (Supplement_1), pp.270 - 278. ⟨10.1093/bioinformatics/btad237⟩
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-
- titre
- Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
- auteur
- Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
- article
- mSystems, 2023, 8 (3), pp.1-23. ⟨10.1128/msystems.01027-22⟩
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-
- titre
- Evidential Random Forests
- auteur
- Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- Expert Systems with Applications, 2023, 230, pp.120652. ⟨10.1016/j.eswa.2023.120652⟩
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-
- titre
- Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe
- auteur
- Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, Clémence Frioux, Catherine Leblanc, Simon M Dittami, Samuel Blanquart, Gabriel V. Markov, Anne Siegel
- article
- Genome Research, 2023, 33, pp.972 - 987. ⟨10.1101/gr.277056.122⟩
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-
- titre
- On the benefits of self-taught learning for brain decoding
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- GigaScience, 2023, 12, pp.1-17. ⟨10.1093/gigascience/giad029⟩
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-
- titre
- fimpera: drastic improvement of Approximate Membership Query data-structures with counts
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.1-16. ⟨10.1101/2022.06.27.497694⟩
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-
- titre
- HaploBlocks: Efficient Detection of Positive Selection in Large Population Genomic Datasets
- auteur
- Benedikt Kirsch-Gerweck, Leonard Bohnenkämper, Michel T Henrichs, Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Joachim Burger, Jens Stoye, Yoan Diekmann
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (3), pp.1-12. ⟨10.1093/molbev/msad027⟩
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-
- titre
- Stocker les données : la piste prometteuse de l’ADN
- auteur
- Dominique Lavenier, Marc Antonini, Yannick Rondelez, A.J. Genot
- article
- Interstices, 2023
- Accès au bibtex
-
- titre
- Estimation of the qualification and behavior of a contributor and aggregation of his answers in a crowdsourcing context
- auteur
- Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- Expert Systems with Applications, 2023
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-
- titre
- First chromosome scale genomes of ithomiine butterflies (Nymphalidae: Ithomiini): comparative models for mimicry genetic studies
- auteur
- Jérémy Gauthier, Joana Meier, Fabrice Legeai, Melanie McClure, Annabel Whibley, Anthony Bretaudeau, Hélène Boulain, Hugues Parrinello, Sam T. Mugford, Richard Durbin, Chenxi Zhou, Shane McCarthy, Christopher W. Wheat, Florence Piron-Prunier, Christelle Monsempes, Marie‐Christine François, Paul Jay, Camille Noûs, Emma Persyn, Emmanuelle Jacquin-Joly, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Claire Lemaitre
- article
- Molecular Ecology Resources, In press, pp.1-14. ⟨10.1111/1755-0998.13749⟩
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-
- titre
- Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩
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-
- titre
- Prediction of the daily nutrient requirements of gestating sows based on sensor data and machine-learning algorithms
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- Journal of Animal Science, 2023, 101, pp.skad337. ⟨10.1093/jas/skad337⟩
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-
- titre
- BayesTICS: Local temporal image correlation spectroscopy and Bayesian simulation technique for sparse estimation of diffusion in fluorescence imaging
- auteur
- Anca Caranfil, Yann Le Cunff, Charles Kervrann
- article
- Biological Imaging, 2023, Biological Imaging, 3, pp.1-12. ⟨10.1017/s2633903x23000041⟩
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-
- titre
- A dataset to study group-housed sows' individual behaviours and production responses to different short-term events
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- Animal - Open Space, 2023, 2, pp.100039. ⟨10.1016/j.anopes.2023.100039⟩
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-
- titre
- Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- BMC Genomics, 2023, 23, pp.1-20. ⟨10.1186/s12864-023-09751-1⟩
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-
- titre
- Exploration de partitions musicales modélisées sous forme de graphe
- auteur
- Philippe Rigaux, Virginie Thion
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série ISI : Ingénierie des Systèmes d'Information, 2023
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-
- titre
- Estimation of gestating sows’ welfare status based on machine learning methods and behavioral data
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.21042. ⟨10.1038/s41598-023-46925-z⟩
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-
Scientific blog post
- titre
- Le SARS-CoV-2 : une expérience inédite de surveillance génomique mondiale
- auteur
- Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre, Florence Débarre
- article
- 2023
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-
Conference papers
- titre
- Mapping-friendly Sequence Reductions to process compressed genomic data
- auteur
- Roland Faure, Baptiste Hilaire, Dominique Lavenier
- article
- SeqBIM 2023, Nov 2023, Lille, France. pp.1-1
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-
- titre
- Towards an edit distance between pangenome graphs
- auteur
- Siegfried Dubois, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki, Claire Lemaitre, Thomas Faraut
- article
- SeqBIM 2023 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2023, Lille, France. pp.1-2
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-
- titre
- The Need for Better RDF Archiving Benchmarks
- auteur
- Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- MEPDaW 2023 - Managing the Evolution and Preservation of the Data Web, Nov 2023, Athens, Greece. pp.1-5
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Language Models as Controlled Natural Language Semantic Parsers for Knowledge Graph Question Answering
- auteur
- Jens Lehmann, Preetam Gattogi, Dhananjay Bhandiwad, Sébastien Ferré, Sahar Vahdati
- article
- ECAI 2023 - 26th European Conference on Artificial Intelligence, Sep 2023, Krakow (Cracovie), Poland. pp.1348--1356, ⟨10.3233/FAIA230411⟩
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-
- titre
- OneWater FAIR Data Platform : setting up a national FAIR water data platform and community
- auteur
- Sylvain Grellet, Isabelle Braud, Fanny Arnaud, Kenneth Maussang, Anne Laurent, Frédéric Huynh, Hervé Piégay, Lise Vaudor, Christelle Pierkot, Sandrine Charles, Yvan Le Bras, Laurent Longuevergne, Hervé Squividant, Mario Adam, Charly Coussot, Véronique Chaffard
- article
- TERENO OZCAR 2023 - 2ème conférence internationale TERENO OZCAR, TERENO and OZCAR networks, Sep 2023, Bonn, Germany. pp.1-23
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-
- titre
- Extracting ODRL Digital Right Representations from License Texts using AMR
- auteur
- Malo Revel, Aurélien Lamercerie, Annie Foret, Zoltan Miklos
- article
- ASAIL 2023 - Automated Semantic Analysis of Information in Legal Text, Sep 2023, Braga, Portugal. pp.1-7
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Interactive Visualization of Counterfactual Explanations for Tabular Data
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- ECML/PKDD 2023 - European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin, Italy. pp.330-334, ⟨10.1007/978-3-031-43430-3_25⟩
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-
- titre
- Generating robust counterfactual explanations
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- ECML/PKDD - European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin (Italie), Italy. pp.1-16
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling evolutionary responses in crowdsourcing MCQ using belief function theory
- auteur
- Constance Thierry, Arnaud Martin, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois
- article
- 27th International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems (KES 2023), Sep 2023, Athens, Greece
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamic sliding window encoding for data storageon DNA under biological and indexing constraints
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier, Haddad S.
- article
- EUSIPCO 2023: 31st European Signal Processing Conference, Sep 2023, Helsiinki, Finland. pp.1-5, ⟨10.23919/EUSIPCO58844.2023.10289957⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dexteris: Data Exploration and Transformation with a Guided Query Builder Approach
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- DEXA 2023 - 34th International Conference on Database and Expert Systems Applications, Aug 2023, Penang, Malaysia, Malaysia. pp.361-376, ⟨10.1007/978-3-031-39847-6_29⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combined transcriptomics and metabolomics in the whole blood to depict feed efficiency in pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- 74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.516
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Precise Segmentation for Children Handwriting Analysis by Combining Multiple Deep Models with Online Knowledge
- auteur
- Simon Corbillé, Eric Anquetil, Elisa Fromont
- article
- ICDAR 2023 - 17th International Conference on Document Analysis and Recognition, Aug 2023, San José, United States. pp.1-18
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Scalable Computation of Fuzzy Joins Over Large Collections of JSON Data
- auteur
- Remi Uhartegaray, Laurent d'Orazio, Matthew Damigos, Eleftherios Kalogeros
- article
- 2023 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ), Aug 2023, Incheon, South Korea. ⟨10.1109/fuzz52849.2023.10309759⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Datasets with Rich Labels for Machine Learning
- auteur
- Arthur Hoarau, Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- 2023 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ), Aug 2023, Incheon, France. ⟨10.1109/FUZZ52849.2023.10309672⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Graph-FCA Meets Pattern Structures
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- ICFCA 2023 - 17th International Conference on Formal Concept Analysis, Jul 2023, Kassel, Germany. pp.33-48, ⟨10.1007/978-3-031-35949-1_3⟩
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-
- titre
- CAWET: Context-Aware Worst-Case Execution Time Estimation Using Transformers
- auteur
- Abderaouf N Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- ECRTS 2023 - 35th Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2023, Vienne, Austria. pp.7:1--7:20, ⟨10.4230/LIPIcs.ECRTS.2023.7⟩
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-
- titre
- HairSplitter: separating strains in metagenome assemblies with long reads
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM 2023 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané, France. pp.1-8
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-
- titre
- Compressed Indexing for Consecutive Occurrences
- auteur
- Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner
- article
- CPM 2023 - 34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2023, Paris, France. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2023.12⟩
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-
- titre
- Regularization, Semi-supervision, and Supervision for a Plausible Attention-Based Explanation
- auteur
- Duc Hau Nguyen, Cyrielle Mallart, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
- article
- NLDB 2023 - 28th International Conference on Natural Language and Information Systems, Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.1-14
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-
- titre
- Honey, Tell Me What's Wrong", Explicabilité Globale des Modèles de TAL par la Génération Coopérative
- auteur
- Antoine Chaffin, Julien Delaunay
- article
- CORIA TALN RJCRI RECITAL 2023 - 18e Conférence en Recherche d'Information et Applications \\ 16e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI \\ 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles \\ 25e Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jun 2023, Paris, France. pp.105-122
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-
- titre
- Analytics for Language Learning : Transmettre aux enseignants les profils linguistiques de leurs apprenants
- auteur
- Thomas Gaillat, Cyrielle Mallart, Anatole Faugère, Andrew Simpkin, Bernardo Stearns, Paula Lissón, Jen-Yu Li, Nicolas Ballier, Rémi Venant
- article
- Atelier GERAS @ 62e Congrès annuel de la SAES 2023, Université Rennes 2; SAES La Sorbonne Nouvelle; GERAS (Groupe d'Etude et de Recherche en Anglais de Spécialité), Jun 2023, Rennes, France
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-
- titre
- Improved Complexity Results and an Efficient Solution for Connected Multi-Agent Path Finding
- auteur
- Isseïnie Calviac, Ocan Sankur, François Schwarzentruber
- article
- AAMAS 2023 - 22nd International Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems, May 2023, London, United Kingdom. pp.1-9
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-
- titre
- Deep metric learning for visual servoing: when pose and image meet in latent space
- auteur
- Samuel Felton, Élisa Fromont, Eric Marchand
- article
- ICRA 2023 - IEEE International Conference on Robotics and Automation, May 2023, London, United Kingdom. pp.741-747, ⟨10.1109/ICRA48891.2023.10160963⟩
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-
- titre
- GLENDA: Querying over RDF Archives with SPARQL
- auteur
- Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- ESWC 2023 - 20th International Conference on The Semantic Web, May 2023, Hersonisos, Crete, Greece. pp.75-80, ⟨10.1007/978-3-031-43458-7_14⟩
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-
- titre
- HeROfake: Heterogeneous Resources Orchestration in a Serverless Cloud – An Application to Deepfake Detection
- auteur
- Vincent Lannurien, Laurent d'Orazio, Olivier Barais, Esther Bernard, Olivier Weppe, Laurent Beaulieu, Amine Kacete, Stéphane Paquelet, Jalil Boukhobza
- article
- CCGrid 2023 - IEEE/ACM 23rd International Symposium on Cluster, Cloud and Internet Computing, May 2023, Bangalore, India. pp.154-165, ⟨10.1109/CCGrid57682.2023.00024⟩
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-
- titre
- OptiRef: Query Optimization for Knowledge Bases
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- The ACM Web Conference (WWW), Apr 2023, Austin, United States. ⟨10.1145/3543873.3587342⟩
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-
- titre
- Visualizing How-Provenance Explanations for SPARQL Queries
- auteur
- Luis Galárraga, Daniel Hernández, Anas Katim, Katja Hose
- article
- WWW 2023 - ACM International World Wide Web Conference, Apr 2023, Austin, United States. pp.212-216, ⟨10.1145/3543873.3587350⟩
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-
- titre
- Adaptation of AI Explanations to Users' Roles
- auteur
- Julien Delaunay, Christine Largouët, Luis Galárraga, Niels Van Berkel
- article
- HCXAI 2023 - Workshop on Human-Centered Explainable AI, Apr 2023, Hamburg, Germany. pp.1-7
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-
- titre
- Impressions and Strategies of Academic Advisors When Using a Grade Prediction Tool During Term Planning
- auteur
- Gonzalo Gabriel Méndez, Luis Galárraga, Katherine Chiluiza, Patricio Mendoza
- article
- CHI 2023 - Conference on Human Factors in Computing Systems, Apr 2023, Hamburg, Germany. pp.1-18, ⟨10.1145/3544548.3581575⟩
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-
- titre
- EMBEDD-ER : EMBEDDing Educational Resources Using Linked Open Data
- auteur
- Aymen A Bazouzi, Mickaël Foursov, Hoël Le Capitaine, Zoltan Miklos
- article
- 15th International Conference on Computer Supported Education (CSEDU), Apr 2023, Prague, Czech Republic. pp.439-446, ⟨10.5220/0012045300003470⟩
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-
- titre
- Grammatical profiling with UD annotation (WiP)
- auteur
- Nicolas Ballier, Cyrielle Mallart, Thomas Gaillat
- article
- Workshop on Profiling second language vocabulary and grammar, University of Gothenburg, Humanisten., Apr 2023, Gothenburg, Sweden
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-
- titre
- Effects of Locality and Rule Language on Explanations for Knowledge Graph Embeddings
- auteur
- Luis Galárraga
- article
- IDA 2023 - Advances in Intelligent Data Analysis XXI, Apr 2023, Louvain-la-Neuve, Belgium. pp.143-155, ⟨10.1007/978-3-031-30047-9_12⟩
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-
- titre
- Persistence-Based Discretization for Learning Discrete Event Systems from Time Series
- auteur
- Lénaïg Cornanguer, Christine Largouët, Laurence Rozé, Alexandre Termier
- article
- MLmDS 2023 - AAAI Workshop When Machine Learning meets Dynamical Systems: Theory and Applications, Feb 2023, Washington (DC), United States. pp.1-6
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-
- titre
- Scaling Large RDF Archives To Very Long Histories
- auteur
- Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- ICSC 2023 - IEEE 17th International Conference on Semantic Computing, Feb 2023, Laguna Hills, United States. pp.41-48, ⟨10.1109/ICSC56153.2023.00013⟩
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-
- titre
- Optimal Square Detection Over General Alphabets
- auteur
- Jonas Ellert, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel
- article
- SODA - 2023 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2023, Florence, Italy. pp.5220-5242, ⟨10.1137/1.9781611977554.ch189⟩
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-
- titre
- Visualiser des explications contrefactuelles pour des données tabulaires
- auteur
- Victor Guyomard, François Wallyn, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- EGC 2023 - Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France. pp.557-564
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-
- titre
- Le principe MDL au service de l'automatisation de tâches uniques d'abstraction et de raisonnement (ARC) à partir de peu d'exemples
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- EGC 2023 - Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France. pp.235-246
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-
- titre
- From Structured Textual Data to Semantic Linked-data for Georgian Verbal Knowledge
- auteur
- Archil Elizbarashvili, Mireille Ducassé, Manana Khachidze, Magda Tsintsadze
- article
- ELEX 2023: ELECTRONIC LEXICOGRAPHY IN THE 21ST CENTURY, 2023, Brno, Czech Republic
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-
Book sections
- titre
- Clock-G: Temporal Graph Management System
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- Lecture Notes in Computer Science, 14160 (LIV), Springer, pp.1-40, In press, Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, ⟨10.1007/978-3-662-68014-8_1⟩
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-
- titre
- Métagénomique et métatranscriptomique
- auteur
- Cervin Guyomar, Claire Lemaitre
- article
- Des séquences aux graphes. Méthodes et structures discrètes pour la bioinformatique, ISTE, pp.1-36, 2023, 9781789480665
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-
- titre
- Serverless Cloud Computing: State of the Art and Challenges
- auteur
- Vincent Lannurien, Laurent D’orazio, Olivier Barais, Jalil Boukhobza
- article
- Serverless Computing: Principles and Paradigms, 162, Springer International Publishing, pp.275-316, 2023, Lecture Notes on Data Engineering and Communications Technologies, ⟨10.1007/978-3-031-26633-1_11⟩
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-
- titre
- Data Mining‐Based Techniques for Software Fault Localization
- auteur
- Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Sébastien Ferré, Olivier Ridoux, W. Eric Wong
- article
- Handbook of Software Fault Localization, 1, Wiley, Chapitre 7, 2023, 9781119291824. ⟨10.1002/9781119880929.ch7⟩
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-
Master thesis
- titre
- Learning canonical Potts models
- auteur
- Pablo Espana Gutierrez
- article
- Computer Science [cs]. 2023
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-
- titre
- Identification systématique de modules dans une collection de requêtes SPARQL
- auteur
- Alix Regnier
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
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-
- titre
- Assemblage métagénomique d'écosystèmes complexes avec différentes technologies de séquençage de 3ème génération
- auteur
- Nicolas Maurice
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
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-
Poster communications
- titre
- Exploring variability patterns in the task-fMRI analytical space
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- OHBM 2023 - 29th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jul 2023, Montreal, Canada
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-
- titre
- HairSplitter: separating similar strains in metagenome assembly
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- ISMB/ECCB 2023 - 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
- auteur
- Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
- article
- JOBIM 2023 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané (Brest Métropole), France. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- Prediction of daily nutritional requirements of gestating sows based on their behaviour and machine learning methods
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- ESPHM - 14th European symposium of porcine health management, May 2023, Thessalokini, Greece. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- Distributed Function Cache for Heterogeneous Serverless Cloud
- auteur
- Vincent Lannurien, Laurent D’orazio, Olivier Barais, Stephane Paquelet, Jalil Boukhobza
- article
- Per3S - Performance and Scalability of Storage Systems, May 2023, Paris, France. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- Scikit-mine: A pattern mining library in Python
- auteur
- Peggy Cellier
- article
- SMiLe 2023 - Spring workshop on Mining and Learning, May 2023, Sint-Michielgestel, Netherlands. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- Representation learning for more reproducible fMRI data analyses
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- IABM 2023 - Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédical, Mar 2023, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- Associer en temps réel performances observées de croissance et d'ingestion et performances simulées par InraPorc® pour appliquer l'alimentation de précision chez le porc en croissance
- auteur
- Ludovic Brossard, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort
- article
- 55. Journées de la Recherche Porcine (JRP), Jan 2023, Saint-Malo, France. Ifip, Animal science proceedings, 14 (5), pp.133-134 | 670-671, 2023, 55èmes Journées de la recherche porcine. ⟨10.1016/j.anscip.2023.06.037⟩
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-
Documents associated with scientific events
- titre
- Quizz - Mieux comprendre l’intelligence artificielle en étudiant l’intelligence humaine
- auteur
- Elodie Germani
- article
- Tissage 2024 - TrIptyque Science Société pour AGir Ensemble, Apr 2023, Rennes, France. pp.1-22, 2024
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-
Reports
- titre
- Comparaison et visualisation de graphes de pangénomes
- auteur
- Siegfried Dubois, Claire Lemaitre, Thomas Faraut, Matthias Zytnicki
- article
- Université de rennes. 2023, pp.1-38
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-
Theses
- titre
- DNA fragment assembly: graph structures and chloroplast genome scaffolding
- auteur
- Victor Epain
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS083⟩
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-
- titre
- Knowledge graph construction from texts with an explainable, human-centered Artificial Intelligence
- auteur
- H. Ambre Ayats
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS095⟩
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-
- titre
- Modélisation en langage Kappa de la dynamique des cellules étoilées hépatiques durant le développement et la réversion de la fibrose
- auteur
- Matthieu Bouguéon
- article
- Modélisation et simulation. Université de Rennes (2023-..), 2023. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Explainability for Machine Learning Models: From Data Adaptability to User Perception
- auteur
- Julien Delaunay
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes (2023-..), 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Explainability for machine learning models : from data adaptability to user perception
- auteur
- Julien Delaunay
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS076⟩
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-
- titre
- Machine learning for timing estimation
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS087⟩
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-
- titre
- Integration and analysis of heterogeneous biological data through multilayer graph exploitation to gain deeper insights into feed efficiency variations in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Institut Agro - Rennes Angers, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Explainable job recommender systems for recruiters and consulting companies
- auteur
- François Mentec
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS086⟩
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-
- titre
- Explainable Job Recommender Systems for Recruiters and Consulting Companies
- auteur
- François Mentec
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- DNA fragment assembly, graph structures and chloroplast genome scaffolding : comparative analyses, formulations and implementations
- auteur
- Victor Epain
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS083⟩
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-
- titre
- Timed automata learning from time series
- auteur
- Lénaïg Cornanguer
- article
- Automatic Control Engineering. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS051⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sketch-based approaches to process massive string data
- auteur
- Garance Gourdel
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS049⟩
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-
- titre
- Modèle Transformer pour l’interprétabilité et les prédictions multi-niveaux des fonctions des protéines à partir de leurs séquences
- auteur
- Nicolas Buton
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS040⟩
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-
- titre
- Search engine for genomic sequencing data
- auteur
- Lucas Robidou
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS039⟩
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-
- titre
- Search engine for genomic sequencing data
- auteur
- Lucas Robidou
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Inria, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Privacy risk analysis of large-scale temporal data : application to electricity consumption data
- auteur
- Antonin Voyez, Antonin Voyez
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS023⟩
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-
- titre
- Intégration de connaissances explicites à l’apprentissage profond pour la reconnaissance et la segmentation d’écriture manuscrite d’enfants
- auteur
- Simon Corbillé
- article
- Apprentissage [cs.LG]. Université de Rennes, 2023. Français. ⟨NNT : 2023URENS021⟩
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-
- titre
- Improving Image Quality using High Dynamic Range and Aesthetics Assessment
- auteur
- Mathieu Chambe
- article
- Image Processing [eess.IV]. Univ Rennes, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- The HCP multi-pipeline dataset: an opportunity to investigate analytical variability in fMRI data analysis
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Pierre Maurel, Camille Maumet
- article
- 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In vitro construction and long read sequencing analysis of a 24 kb long artificial DNA sequence encoding the Universal Declaration of the Rights of Man and of the Citizen
- auteur
- Julien Leblanc, Olivier Boulle, Emeline Roux, Nicolas Jacques, Dominique Lavenier, Yann Audic
- article
- 2023
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-
- titre
- kmindex and ORA: indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets
- auteur
- Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- 2023
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome
- auteur
- Carol Moraga, Catarina Branco, Quentin Rougemont, Paris Veltsos, Pavel Jedlička, Aline Muyle, Melissa Hanique, Eric Tannier, Xiaodong Liu, Eddy Mendoza-Galindo, Claire Lemaitre, Peter Fields, Corinne Cruaud, Karine Labadie, Caroline Belser, Jerome Briolay, Sylvain Santoni, Radim Cegan, Raquel Linheiro, Ricardo de la Vega, Gabriele Adam, Adil El Filali, Vinciane Mossion, Adnane Boualem, Raquel Tavares, Amine Chebbi, Richard Cordaux, Cécile Fruchard, Djivan Prentout, Amandine Velt, Bruno Spataro, Stephane Delmotte, Laura Weingartner, Helena Toegelová, Zuzana Tulpová, Petr Cápal, Hana Šimková, Helena Štorchová, Manuela Krüger, Oushadee Abeyawardana, Douglas Taylor, Matthew Olson, Daniel Sloan, Sophie Karrenberg, Lynda Delph, Deborah Charlesworth, Tatiana Giraud, Abdelhafid Bendahmane, Alex Di Genova, Amin Madoui, Roman Hobza, Gabriel Marais
- article
- 2023
- Accès au bibtex
-
- titre
- Compressed Consecutive Pattern Matching
- auteur
- Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner
- article
- 2023
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-
- titre
- HEADWORK: a Data-centric Crowdsourcing Platform for Complex Tasks and Participants
- auteur
- David Gross-Amblard, Marion Tommasi, Iandry Rakotoniaina, Constance Thierry, Rituraj Singh, Léo Jacoboni
- article
- 2023
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-
- titre
- Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- 2023
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-
- titre
- Masked superstrings as a unified framework for textual k-mer set representations
- auteur
- Ondřej Sladký, Pavel Veselý, Karel Břinda
- article
- 2023
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-
- titre
- Efficient and Robust Search of Microbial Genomes via Phylogenetic Compression
- auteur
- Karel Břinda, Leandro Lima, Simone Pignotti, Natalia Quinones-Olvera, Kamil Salikhov, Rayan Chikhi, Gregory Kucherov, Zamin Iqbal, Michael Baym
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- Reasoning over Time into Models with DataTime
- auteur
- Gauthier Lyan, Jean-Marc Jézéquel, David Gross-Amblard, Romain Lefeuvre, Benoit Combemale
- article
- Software and Systems Modeling, 2022, pp.1-25
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses
- auteur
- Téo Lemane, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (24), pp.5443-5445. ⟨10.1093/bioinformatics/btac689⟩
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-
- titre
- The evolutionary process of invasion in the fall armyworm (Spodoptera frugiperda)
- auteur
- Sudeeptha Yainna, Wee Tek Tay, Karine Durand, Estelle Fiteni, Frédérique Hilliou, Fabrice Legeai, Anne-Laure Clamens, Sylvie Gimenez, R. Asokan, C. M. Kalleshwaraswamy, Sharanabasappa S. Deshmukh, Robert L. Meagher Jr., Carlos A. Blanco, Pierre J. Silvie, Thierry Brévault, Anicet Dassou, Gael Kergoat, Thomas Walsh, Karl Gordon, Nicolas Nègre, Emmanuelle d'Alençon, Kiwoong Nam
- article
- Scientific Reports, 2022, 12, pp.21063. ⟨10.1038/s41598-022-25529-z⟩
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-
- titre
- Evidential prototype-based clustering based on transfer learning
- auteur
- Kuang Zhou, Mei Guo, Arnaud Martin
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2022, 151, pp.322-343. ⟨10.1016/j.ijar.2022.10.001⟩
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-
- titre
- Improving reusability along the data life cycle: a Regulatory Circuits Case Study
- auteur
- Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Catherine Faron, Olivier Dameron
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2022, 13 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/s13326-022-00266-4⟩
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-
- titre
- Gut microbiota analysis for prediction of clinical relapse in Crohn’s disease
- auteur
- Sylvie Buffet-Bataillon, Guillaume Bouguen, François Fleury, Vincent Cattoir, Yann Le Cunff
- article
- Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.19929. ⟨10.1038/s41598-022-23757-x⟩
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-
- titre
- Host-plant adaptation as a driver of incipient speciation in the fall armyworm ( Spodoptera frugiperda )
- auteur
- Estelle Fiteni, Karine Durand, Sylvie Gimenez, Robert L. Meagher Jr., Fabrice Legeai, Gael J. Kergoat, Nicolas Nègre, Emmanuelle dAlençon, Ki Woong Nam
- article
- BMC Ecology and Evolution, 2022, 22, pp.133. ⟨10.1101/2022.09.30.510290⟩
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-
- titre
- Combination of explicit segmentation with Seq2Seq recognition for fine analysis of children handwriting
- auteur
- Omar Krichen, Simon Corbillé, Eric Anquetil, Nathalie Girard, Elisa Fromont, Pauline Nerdeux
- article
- International Journal on Document Analysis and Recognition, 2022, ⟨10.1007/s10032-022-00409-4⟩
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-
- titre
- A New Belief-based Incomplete Pattern Unsupervised Classification Method
- auteur
- Zuowei Zhang, Zhe Liu, Zongfang Ma, Yiru Zhang, Hao Wang
- article
- IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, 34 (11), pp.5084-5097. ⟨10.1109/TKDE.2021.3049511⟩
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-
- titre
- QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-read sequencing data
- auteur
- Roland Faure, Dominique Lavenier
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, pp.1-8. ⟨10.1093/bioadv/vbac068/6717790⟩
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-
- titre
- The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
- auteur
- Yoann Dufresne, Teo Lemane, Pierre Marijon, Pierre Peterlongo, Amatur Rahman, Marek Kokot, Paul Medvedev, Sebastian Deorowicz, Rayan Chikhi
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩
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-
- titre
- Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells)
- auteur
- Milka Popova, Ibrahim Fakih, Evelyne Forano, Anne Siegel, Rafael Muñoz-Tamayo, Diego Morgavi
- article
- CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2022, 2022, ⟨10.1079/cabireviews202217025⟩
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-
- titre
- Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
- auteur
- Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Tom O. Delmont
- article
- eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
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-
- titre
- Deep learning for assessing the aesthetics of professional photographs
- auteur
- Mathieu Chambe, Rémi Cozot, Olivier Le Meur
- article
- Computer Animation and Virtual Worlds, 2022, pp.14. ⟨10.1002/cav.2105⟩
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-
- titre
- On computing evidential centroid through conjunctive combination: an impossibility theorem
- auteur
- Yiru Zhang, Sébastien Destercke, Zuowei Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
- article
- IEEE Transactions on Artificial Intelligence, 2022, pp.1-10. ⟨10.1109/TAI.2022.3180973⟩
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-
- titre
- Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology
- auteur
- Anna Niarakis, Dagmar Waltemath, James Glazier, Falk Schreiber, Sarah Keating, David Nickerson, Claudine Chaouiya, Anne Siegel, Vincent Noël, Henning Hermjakob, Tomáš Helikar, Sylvain Soliman, Laurence Calzone
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2022, 23 (4), pp.1-11. ⟨10.1093/bib/bbac212⟩
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-
- titre
- Galaxy Training: A powerful framework for teaching!
- auteur
- Saskia Hiltemann, Helena Rasche, Simon Gladman, Hans-Rudolf Hotz, Delphine Larivière, Daniel Blankenberg, Pratik Jagtap, Thomas Wollmann, Anthony Bretaudeau, Nadia Goué, Timothy Griffin, Coline Royaux, Yvan Le Bras, Subina Mehta, Anna Syme, Frederik Coppens, Bert Droesbeke, Nicola Soranzo, Wendi Bacon, Fotis Psomopoulos, Cristóbal Gallardo-Alba, John Davis, Melanie Christine Föll, Matthias Fahrner, Maria Doyle, Beatriz Serrano-Solano, Anne Claire Fouilloux, Peter van Heusden, Wolfgang Maier, Dave Clements, Florian Heyl, Björn Grüning, Bérénice Batut
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 19 (1), pp.e1010752. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010752⟩
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-
- titre
- Diversity and Inclusion Activities in EGC - A 2022 Report
- auteur
- Sihem Amer-Yahia, Angela Bonifati, Cécile Favre, Elisa Fromont, Nicolas Labroche, Guy Melançon, Florence Sèdes, Arnaud Soulet, Alexandre Termier
- article
- SIGKDD explorations : newsletter of the Special Interest Group (SIG) on Knowledge Discovery & Data Mining, 2022, 24 (1), pp.52-56. ⟨10.1145/3544903.3544911⟩
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-
- titre
- Spodoptera littoralis genome mining brings insights on the dynamic of expansion of gustatory receptors in polyphagous noctuidae
- auteur
- Camille Meslin, Pauline Mainet, Nicolas Montagné, Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, J Spencer Johnston, Fotini A. Koutroumpa, Emma Persyn, Christelle Monsempès, Marie-Christine François, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- G3, 2022, 12 (8), pp.jkac131. ⟨10.1093/g3journal/jkac131⟩
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-
- titre
- EnosLib: A Library for Experiment-Driven Research in Distributed Computing
- auteur
- Ronan-Alexandre Cherrueau, Marie Delavergne, Alexandre van Kempen, Adrien Lebre, Dimitri Pertin, Javier Rojas Balderrama, Anthony Simonet, Matthieu Simonin
- article
- IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, 2022, 33 (6), pp.1464-1477. ⟨10.1109/TPDS.2021.3111159⟩
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-
- titre
- On the Universality of Atomic and Molecular Logics via Protologics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Logica Universalis, 2022, 16 (1-2), pp.285-322. ⟨10.1007/s11787-022-00298-5⟩
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-
- titre
- kmtricks: Efficient construction of Bloom filters for large sequencing data collections
- auteur
- Téo Lemane, Paul Medvedev, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, ⟨10.1093/bioadv/vbac029⟩
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-
- titre
- Visual Servoing in Autoencoder Latent Space
- auteur
- Samuel Felton, Pascal Brault, Elisa Fromont, Eric Marchand
- article
- IEEE Robotics and Automation Letters, 2022, 7 (2), pp.3234-3241. ⟨10.1109/LRA.2022.3144490⟩
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-
- titre
- Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
- auteur
- Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline Brito, C. Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç, Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas, Eugene Goltsman, Melissa Gray, Lars Hestbjerg Hansen, Steven Hofmeyr, Pingqin Huang, Luiz Irber, Huijue Jia, Tue Sparholt Jørgensen, Silas Kieser, Terje Klemetsen, Axel Kola, Mikhail Kolmogorov, Anton Korobeynikov, Jason Kwan, Nathan Lapierre, Claire Lemaitre, Chenhao Li, Antoine Limasset, Fabio Malcher-Miranda, Serghei Mangul, Vanessa Marcelino, Camille Marchet, Pierre Marijon, Dmitry Meleshko, Daniel Mende, Alessio Milanese, Niranjan Nagarajan, Jakob Nissen, Sergey Nurk, Leonid Oliker, Lucas Paoli, Vitor Piro, Jacob Porter, Simon Rasmussen, Evan Rees, Knut Reinert, Bernhard Renard, Espen Mikal Robertsen, Gail Rosen, Hans-Joachim Ruscheweyh, Varuni Sarwal, Nicola Segata, Enrico Seiler, Lizhen Shi, Fengzhu Sun, Shinichi Sunagawa, Søren Johannes Sørensen, Ashleigh Thomas, Chengxuan Tong, Mirko Trajkovski, Julien Tremblay, Gherman Uritskiy, Riccardo Vicedomini, Zhengyang Wang, Ziye Wang, Zhong Wang, Andrew Warren, Nils Peder Willassen, Katherine Yelick, Ronghui You, Georg Zeller, Zhengqiao Zhao, Shanfeng Zhu, Jie Zhu, Ruben Garrido-Oter, Petra Gastmeier, Stephane Hacquard, Susanne Häußler, Ariane Khaledi, Friederike Maechler, Fantin Mesny, Simona Radutoiu, Paul Schulze-Lefert, Nathiana Smit, Till Strowig, Andreas Bremges, Alexander Sczyrba, Alice Carolyn Mchardy, Pierre Peterlongo
- article
- Nature Methods, 2022, 19 (4), pp.429-440. ⟨10.1038/s41592-022-01431-4⟩
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-
- titre
- The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
- auteur
- Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- BMC Genomics, 2022, 23, pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-022-08459-y⟩
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-
- titre
- Hide and Mine in Strings: Hardness, Algorithms, and Experiments
- auteur
- Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, pp.1-6. ⟨10.1109/TKDE.2022.3158063⟩
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-
- titre
- EXOSC10/Rrp6 is essential for the eight-cell embryo/morula transition
- auteur
- Fabrice G. Petit, Soazik P. Jamin, Pierre-Yves Kernanec, Emmanuelle Becker, Guillaume Halet, Michael Primig
- article
- Developmental Biology, 2022, 483, pp.58-65. ⟨10.1016/j.ydbio.2021.12.010⟩
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-
- titre
- XEM: An explainable-by-design ensemble method for multivariate time series classification
- auteur
- Kevin Fauvel, Elisa Fromont, Véronique Masson, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2022, 36 (3), pp.917-957. ⟨10.1007/s10618-022-00823-6⟩
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-
- titre
- A Large-scale Empirical Analysis of Browser Fingerprints Properties for Web Authentication
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit, Alexandre Garel
- article
- ACM Transactions on the Web, 2022, 16 (1), pp.1--62. ⟨10.1145/3478026⟩
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-
- titre
- Towards a reproducible interactome: semantic-based detection of redundancies to unify protein-protein interaction databases
- auteur
- Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2022, Proceedings, 38 (6), pp.1-7. ⟨10.1093/bioinformatics/btac013⟩
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-
- titre
- MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩
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-
- titre
- Disease progression score estimation from multimodal imaging and microRNA data using supervised variational autoencoders
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnes Camuzat, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, 26 (12), pp.1-12. ⟨10.1109/JBHI.2022.3208517⟩
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-
- titre
- Impact of Data Cleansing for Urban Bus Commercial Speed Prediction
- auteur
- Gauthier Lyan, David Gross-Amblard, Jean-Marc Jézéquel, Simon Malinowski
- article
- SN Computer Science, 2022, 3 (82), pp.1-11. ⟨10.1007/s42979-021-00966-1⟩
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-
- titre
- Anomaly Explanation : A Review
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- Data and Knowledge Engineering, 2022, 137, pp.101946
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-
- titre
- Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads
- auteur
- Julie Jaquiéry, Jean-Christophe Simon, Stéphanie Robin, Gautier Richard, Jean Peccoud, Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier Leterme, Gaël Le Trionnaire
- article
- Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩
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-
- titre
- BSC: Belief Shift Clustering
- auteur
- Zuo-Wei Zhang, Zhun-Ga Liu, Arnaud Martin, Kuang Zhou
- article
- IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2022, pp.1-13. ⟨10.1109/TSMC.2022.3205365⟩
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-
- titre
- Identifying genes with conserved splicing structure and orthologous isoforms in human, mouse and dog
- auteur
- Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart
- article
- BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s12864-022-08429-4⟩
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-
- titre
- SECURE-GEGELATI Always-On Intrusion Detection through GEGELATI Lightweight Tangled Program Graphs
- auteur
- Nicolas Sourbier, Karol Desnos, Thomas Guyet, Frédéric Majorczyk, Olivier Gesny, Maxime Pelcat
- article
- Journal of Signal Processing Systems, 2022, Design and Architectures for Signal and Image Processing 2021, 94 (7), pp.753-770. ⟨10.1007/s11265-021-01728-1⟩
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-
- titre
- Insights into the potential for mutualistic and harmful host‐microbe interactions affecting brown alga freshwater acclimation
- auteur
- Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Gianmaria Califano, Méziane Aite, Enora Fremy, Elham Karimi, Erwan Corre, Thomas Wichard, Anne Siegel, Catherine Boyen, Simon M. Dittami
- article
- Molecular Ecology, In press, 32 (3), pp.703-723. ⟨10.1111/mec.16766⟩
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-
- titre
- Precision feeding of lactating sows: implementation and evaluation of a decision support system in farm conditions
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Dan Bussières, Jean-Philippe Martineau, Jean-Yves Dourmad
- article
- Journal of Animal Science, 2022, pp.1-40. ⟨10.1093/jas/skac222⟩
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-
- titre
- Multi-omic investigation of low-nitrogen conditional resistance to clubroot reveals Brassica napus genes involved in nitrate assimilation
- auteur
- Y Aigu, Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Nathalie Marnet, C Lariagon, Anne Laperche, F Legeai, Maria J Manzanares-Dauleux, Antoine Gravot
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.790563. ⟨10.3389/fpls.2022.790563⟩
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-
- titre
- MicroRNA signatures in genetic frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Morwena Latouche, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
- article
- Annals of Clinical and Translational Neurology, 2022, pp.1-14. ⟨10.1002/acn3.51674⟩
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-
- titre
- Discrete modeling for integration and analysis of large-scale signaling networks
- auteur
- Pierre Vignet, Jean Coquet, Sébastien Aubert, Matéo Boudet, Anne Siegel, Nathalie Théret
- article
- PLoS Computational Biology, In press, ⟨10.1371/journal.pcbi.1010175⟩
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-
- titre
- Learning a credal classifier with optimized and adaptive multi-estimation for missing data imputation
- auteur
- Zuo-Wei Zhang, Hong-Peng Tian, Ling-Zhi Yan, Arnaud Martin, Kuang Zhou
- article
- IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2022, 52 (7), pp.4092-4104
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-
Scientific blog post
- titre
- Comment la bioinformatique a résolu le puzzle du génome du SARS-CoV-2
- auteur
- Claire Lemaitre, Mikaël Salson, Hélène Touzet
- article
- 2022
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-
- titre
- Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2
- auteur
- Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre
- article
- 2022
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-
Conference papers
- titre
- The Lannion report on Big Data and Security Monitoring Research
- auteur
- Laurent d'Orazio, Jalil Boukhobza, Omer Rana, Juba Agoun, Le Gruenwald, Hervé Rannou, Elisa Bertino, Mohand-Saïd Hacid, Taofik Saïdi, Georges Bossert, VanLong Nguyen Huu, Dimitri Tombroff, Makoto Onizuka
- article
- Workshop on Big Data for CyberSecurity (BigCyber-2022), Dec 2022, Osaka, Japan. pp.2960-2969, ⟨10.1109/BigData55660.2022.10020852⟩
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-
- titre
- A method to identify target molecules and extract the corresponding graph of interactions in BioPAX
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- BBCC2022 - Bioinformatics and Computational Biology Conference, Dec 2022, Virtual, Italy
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-
- titre
- The french INRIA- INRAE White Book “Agriculture and digital technologies” - Coupling digitalization and agroecology to design more sustainable and resilient food systems
- auteur
- Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- NARO 2022 - 2nd International Symposium on Food and Health “Global Food Security and Human Health -Toward Transforming the Food System with Advanced Technology-”, Dec 2022, virtuel, Japan
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-
- titre
- Prédiction des épidémies de cercosporiose de la betterave par des approches d’apprentissage automatique.
- auteur
- Lucile Vallet, François Brun, Olivier Gauriau, François Joudelat, Céline Gouwie, Ghislain Malatesta, Juliette Adrian, Fabienne Maupas
- article
- VÉGÉPHYL -13ème Conférence internationale sur les maladies des plantes, Dec 2022, Orléans, France. pp.1-3
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-
- titre
- DNA Storage: Synthesis and Sequencing Semiconductor Technologies
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- IEDM 2022 - 68th Annual IEEE International Electron Devices Meeting, Dec 2022, San Francisco, United States. pp.1-4
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-
- titre
- Intégration de données de phénotypiques, environnementales et de biodiversité à l'aide des technologies du Web Sémantique
- auteur
- Olivier Dameron, Yael Tirlet, Matéo Boudet, Fabrice Legeai
- article
- SYSINFO-INRAe 2022 - Journées INRAE systèmes d'information pour les données agro-environnementales, Nov 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- HairSplitter: assembling long reads in an unknown number of haplotypes
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- SeqBIM 2022 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2022, Bordeaux, France
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-
- titre
- Pattern matching under DTW distance
- auteur
- Garance Gourdel, Anne Driemel, Pierre Peterlongo, Tatiana Starikovskaya
- article
- SPIRE 2022 - 29th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Nov 2022, Concepción, Chile. pp.315--330
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-
- titre
- CATREEN : Context-Aware Code Timing Estimation with Stacked Recurrent Networks
- auteur
- Abderaouf Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- ICTAI 2022 - 34th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Oct 2022, Virtually, China. pp.1-6, ⟨10.1109/ICTAI56018.2022.00090⟩
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-
- titre
- ASSIST: Outil pour l'extraction et l'analyse statistique d'articles
- auteur
- Justine Fouillé, Thi Lan Huong Nguyen, Baptiste Alix, Brett Becker, Matthieu Rochard, Hélène de Ribaupierre, Laurent d'Orazio
- article
- EDA 2022 : 18ème journées Business Intelligence & Big Data, Oct 2022, Clermont- Ferrand, France
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-
- titre
- Imperfect Labels with Belief Functions for Active Learning
- auteur
- Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- Belief Functions: Theory and Applications, Oct 2022, Paris, France. pp.44-53, ⟨10.1007/978-3-031-17801-6_5⟩
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-
- titre
- Reliability-Based Imbalanced Data Classification with Dempster-Shafer Theory
- auteur
- Hongpeng Tian, Zuowei Zhang, Arnaud Martin, Zhunga Liu
- article
- 7th International Conference on Belief Functions, Oct 2022, PARIS, France. ⟨10.1007/978-3-031-17801-6_8⟩
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-
- titre
- Real bird dataset with imprecise and uncertain values
- auteur
- Constance Thierry, Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- 7th International Conference on Belief Functions, Oct 2022, Paris, France
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-
- titre
- Belief functions on ordered frames of discernment
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- 7th International Conference on Belief Functions (BELIEF2022), BFAS, Oct 2022, Paris, France
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-
- titre
- OptiRef : optimisation pour la gestion de données dans les bases de connaissances
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA "Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications", Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Towards Speeding Up Graph-Relational Queries in RDBMSs
- auteur
- Angelos Christos Anadiotis, François Goasdoué, Mhd Yamen Haddad, Ioana Manolescu
- article
- BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA « Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Gestion de données efficace dans les bases de connaissances
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA "Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications", Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Exploration de données massives à l'aide d'estimations de cardinalités
- auteur
- Pierre Nerzic, Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- LFA 2022 - Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2022, Toulouse, France
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-
- titre
- PANDA : Personnaliser les ANomalies Détectées par Apprentissage
- auteur
- Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Véronne Yepmo, Olivier Pivert
- article
- LFA 2022 - Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2022, Toulouse, France
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-
- titre
- When Should We Use Linear Explanations?
- auteur
- Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
- article
- CIKM 2022 - 31st ACM International Conference on Information and Knowledge Management, ACM, Oct 2022, Atlanta, United States. pp.355-364, ⟨10.1145/3511808.3557489⟩
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-
- titre
- Contributions des entrées sur les sorties pour les réseaux métaboliques sur génomes entiers: performances et utilisation pour des études en nutrition humaine
- auteur
- Oumarou Abdou Arbi, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-12
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-
- titre
- QuickFill, QuickMixte : approches par blocs pour la réduction du nombre de programmes en synthèse de programmes
- auteur
- Vanessa Fokou, Peggy Cellier, Maurice Tchuente, Alexandre Termier
- article
- CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- VCNet: A self-explaining model for realistic counterfactual generation
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- ECML PKDD 2022 - European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases., Sep 2022, Grenoble, France. pp.1-16
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-
- titre
- Multi-objective query optimization in Spark SQL
- auteur
- Michail Georgoulakis, Verena Kantere, Laurent D’orazio
- article
- IDEAS 2022 - International Database Engineered Applications Symposium, Aug 2022, Budapest, Hungary
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SLA-Aware Cloud Query Processing with Reinforcement Learning-based Multi-Objective Re-Optimization
- auteur
- Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
- article
- DAWAK 2022 - International Conference on Data Warehousing and Knowledge Discovery, Aug 2022, Vienna, Austria
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- titre
- Massive Data Exploration using Estimated Cardinalities
- auteur
- Pierre Nerzic, Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- WCCI 2022 - IEEE World Congress on Computational Intelligence, Jul 2022, Padoue, Italy
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- titre
- UniRank: Unimodal Bandit Algorithm for Online Ranking
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
- article
- ICML 2022 - 39th International Conference on Machine Learning, Jul 2022, Baltimore, United States. pp.1-31
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- titre
- PANDA: Human-in-the-Loop Anomaly Detection and Explanation
- auteur
- Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Véronne Yepmo, Olivier Pivert
- article
- IPMU 2022 - Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems, Jul 2022, Milan, Italy
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- titre
- Membership Inference Attacks on Aggregated Time Series with Linear Programming
- auteur
- Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
- article
- SECRYPT 2022 - 19th International Conference on Security and Cryptography, Jul 2022, Lisbon, France. pp.193-204, ⟨10.5220/0011276100003283⟩
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- titre
- Highlight on semantic web technologies are effective to remove redundancies from protein-protein interaction databases and define reproducible interactomes
- auteur
- Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.146
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- titre
- Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25
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- titre
- S-LIME : reconcilier localité et fidélité des explications linéaires
- auteur
- Romaric Gaudel, Luis Galárraga, Julien Delaunay, Laurence Roze, Vaishnavi Bhargava
- article
- CAP - RFIAP 2022 - Conférence française sur l'apprentissage machine - Reconnaissance de formes, Images, Apprentissage et Perception, Jul 2022, Vannes, France
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- titre
- Optimal Scaffolding for Chloroplasts' Inverted Repeats
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM2022, Jul 2022, Rennes, France
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- titre
- UniRank : un algorithme de bandit générique pour l'ordonnancement en ligne
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Élisa Fromont
- article
- CAP - RFIAP 2022 - Conférence française sur l'apprentissage machine - Reconnaissance de formes, Images, Apprentissage et Perception, Elisa Fromont et Nicolas Courty, Jul 2022, Vannes, France
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- titre
- Highlight on Computing disease progression scores using multimodal variational autoencoders trained with neuroimaging and microRNA data
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- Jobim 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
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- titre
- Optimisation du Positionnement de Voitures en Autopartage basée sur la Prédiction de leur Utilité
- auteur
- Gregory Martin, Matthieu Donain, Elisa Fromont, Tias Guns, Laurence Roze, Alexandre Termier
- article
- Conférence Nationale en Intelligence Artificielle 2022 (CNIA 2022), Jun 2022, Saint-Etienne, France. pp.1-10
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- titre
- Construction de Graphes de Connaissance à partir de textes avec une I.A. centrée-utilisateur
- auteur
- H. Ambre Ayats
- article
- TALN 2022 - 29e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, Jun 2022, Avignon, France. pp.33-46
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- titre
- Processing-in-Memory to speed up NGS analysis
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- SFA²F 2022 - Sequencing to Function: Analysis and Application for the Future, Jun 2022, Santa Fe, United States
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- titre
- Modeling Complex Structures in Graph-FCA: Illustration on Natural Language Syntax
- auteur
- Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- ETAFCA 2022 - Existing Tools and Applications for Formal Concept Analysis, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-6
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-
- titre
- CONNOR: Exploring Similarities in Graphs with Concepts of Neighbors
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- ETAFCA 2022 - Existing Tools and Applications for Formal Concept Analysis, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-6
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- titre
- Exploring the Application of Graph-FCA to the Problem of Knowledge Graph Alignment
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- CLA 2022 - 16th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-12
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-
- titre
- Cache management in MASCARA-FPGA: from coalescing heuristic to replacement policy
- auteur
- Van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
- article
- DaMoN 2022 - 18th International Workshop on Data Management on New Hardware, Jun 2022, Philadelphia, United States. pp.1-5, ⟨10.1145/3533737.3535096⟩
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- titre
- Iterated Dependencies in a Breton treebank and implications for a Categorial Dependency Grammar
- auteur
- Annie Foret, Denis Béchet, Valérie Bellynck
- article
- Proceedings of the 4th Celtic Language Technology Workshop within LREC2022, Jun 2022, Marseille, France
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-
- titre
- Towards a Graph-Oriented Perspective for Querying Music Scores
- auteur
- Philippe Rigaux, Virginie Thion
- article
- Proceedings of the INFORSID conference, May 2022, Dijon, France
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- titre
- Clock-G: A temporal graph management system with space-efficient storage technique
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- International Conference on Data Engineering (ICDE 2022), May 2022, Kuala Lumpur, Malaysia
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- titre
- Générer des explications contrefactuelles à l'aide d'un autoencodeur supervisé
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Tassadit Bouadi, Thomas Guyet
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, EGC’2022, Apr 2022, Blois, France
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- titre
- s-LIME: Reconciling Locality and Fidelity in Linear Explanations
- auteur
- Romaric Gaudel, Luis Galárraga, Julien Delaunay, Laurence Rozé, Vaishnavi Bhargava
- article
- IDA 2022 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2022, Rennes, France. pp.1-13
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-
- titre
- A Two-Step Approach for Explainable Relation Extraction
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- IDA 2022 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2022, Rennes, France. pp.1-12
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-
- titre
- From Cloud to Serverless: MOO in the new Cloud epoch
- auteur
- Michail Georgoulakis Misegiannis, Laurent D’orazio, Verena Kantere
- article
- International Conference on Extending Database Technology (EDBT), Mar 2022, Virtual, United Kingdom. ⟨10.48786/edbt.2022.58⟩
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-
- titre
- RTGEN : A Relative Temporal Graph GENerator
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- DATAPLAT workshop at the EDBT/ICDT 2022 Joint Conference, Mar 2022, Edinburgh, United Kingdom
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- titre
- Experimental DNA storage platform
- auteur
- Olivier Boullé, Dominique Lavenier
- article
- DSMM 2022 - 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France. pp.1-1
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- titre
- A first proposal for secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
- article
- DSMM 2022 - 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France
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-
- titre
- RISCLESS: A Reinforcement Learning Strategy to Guarantee SLA on Cloud Ephemeral and Stable Resources
- auteur
- Sidahmed Yalles, Mohamed Handaoui, Jean-Emile Dartois, Olivier Barais, Laurent d'Orazio, Jalil Boukhobza
- article
- 2022 30th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (PDP), Mar 2022, Valladolid, Spain. pp.83-87, ⟨10.1109/PDP55904.2022.00021⟩
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-
- titre
- Linear integer programming approach for chloroplast genome scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 23ème congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, INSA Lyon, Feb 2022, Lyon, France
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-
- titre
- TAG: Learning Timed Automata from Logs
- auteur
- Lénaïg Cornanguer, Christine Largouët, Laurence Rozé, Alexandre Termier
- article
- AAAI 2022 - 36th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Virtual, Canada. pp.1-9
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-
- titre
- XPM: An explainable-by-design pattern-based estrus detection approach to improve resource use in dairy farms
- auteur
- Issei Harada, Kevin Fauvel, Thomas Guyet, Véronique Masson, Alexandre Termier, Philippe Faverdin
- article
- AAAI 2022 - 36th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.1-10
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-
- titre
- A multimodal variational autoencoder for estimating progression scores from imaging and microRNA data in rare neurodegenerative diseases
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- SPIE Medical Imaging 2022: Image Processing, Feb 2022, San Diego, California, United States. pp.376-382, ⟨10.1117/12.2607250⟩
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-
- titre
- Kartu-Verbs : un système d'informations logiques de formes verbales fléchies pour contourner les problèmes de lemmatisation des verbes géorgiens
- auteur
- Mireille Ducassé
- article
- EGC 2022 - Conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2022, Blois, France. pp.421-428
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-
- titre
- Low-cost Multispectral Scene Analysis with Modality Distillation
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- WACV 2022 - IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, Jan 2022, Waikoloa /Virtual, United States. pp.1-10
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-
Book sections
- titre
- The rule-based model approach. A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jérôme Feret, Octave Hazard, Nathalie Théret
- article
- Elisabetta De Maria. Systems Biology Modelling and Analysis: Formal Bioinformatics Methods and Tools, Wiley, pp.1-76, 2022, 978-1-119-71653-2
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-
- titre
- Genome Assembly
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics - SCIENCES - Bioinformatics - ISTE Wiley, 2022, 9781789450668
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-
- titre
- Metagenomics and Metatranscriptomics
- auteur
- Cervin Guyomar, Claire Lemaitre
- article
- From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, ISTE, 2022, 9781789450668
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-
- titre
- Méthodes du Web sémantique pour l’intégration de données en sciences de la vie
- auteur
- Olivier Dameron
- article
- Intégration de données biologiques, ISTE Group, pp.1-30, 2022, 9781789480306
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-
- titre
- Problèmes d'optimisation combinatoire pour l'étude du métabolisme
- auteur
- Clémence Frioux, Anne Siegel
- article
- Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, ISTE éditions, 2022, Encyclopédie Sciences, 9781789480290. ⟨10.51926/ISTE.9029.ch2⟩
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-
- titre
- Streaming Regular Expression Membership and Pattern Matching
- auteur
- Bartłomiej Dudek, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya
- article
- Proceedings of the 2022 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), Society for Industrial and Applied Mathematics, pp.670-694, 2022, ⟨10.1137/1.9781611977073.30⟩
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-
- titre
- Les défis de demain
- auteur
- Ludovic Brossard, Véronique Bellon Maurel, Pierre Bisquert, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Roland Lenain, Pierre P. Labarthe, Evelyne Lutton, Pierre Maurel, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- Agriculture et numérique : Tirer le meilleur du numérique pour contribuer à la transition vers des agricultures et des systèmes alimentaires durables, 6, INRIA, pp.120-143, 2022, Livre blanc INRIA
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-
- titre
- Foundations and state of the art
- auteur
- Nathalie Mitton, Ludovic Brossard, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Romain Gautron, Nadine Hilgert, Dino Ienco, Christine Largouët, Evelyne Lutton, Véronique Masson, Roger Martin-Clouaire, Marie-Laure Mugnier, Pascal Neveu, Philippe Preux, Helene Raynal, Catherine Roussey, Alexandre Termier, Véronique Bellon Maurel
- article
- Agriculture and Digital Technology: Getting the most out of digital technology to contribute to the transition to sustainable agriculture and food systems, 6, INRIA, pp.30-75, 2022, White book Inrira
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-
- titre
- Conceptual Navigation in Large Knowledge Graphs
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Springer. Complex Data Analytics with Formal Concept Analysis, Springer, pp.1-30, 2022
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-
- titre
- Challenges for the future
- auteur
- Ludovic Brossard, Véronique Bellon Maurel, Pierre Bisquert, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Roland Lenain, Pierre P. Labarthe, Evelyne Lutton, Pierre Maurel, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- Agriculture and Digital Technology: Getting the most out of digital technology to contribute to the transition to sustainable agriculture and food systems, 6, pp.112-134, 2022, White book Inria, 978-2-7261-1310-3
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Des données homogènes aux données hétérogènes en biologie des systèmes
- auteur
- Emmanuelle Becker
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022
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-
Master thesis
- titre
- Pondération d'automates obtenus par alignements partiels de séquences protéiques
- auteur
- Thibaut Antoine, François Coste
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
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-
- titre
- Search for exposomic causality of liver fibrosis using network analysis
- auteur
- Cécile Beust
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reconstructions de réseaux métaboliques à partir de données de métagénomique shotgun Nanopore.
- auteur
- Moana Aulagner
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
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-
- titre
- Analyse comparative de réseaux métaboliques à l’échelle du génome chez les algues brunes
- auteur
- Pauline Hamon-Giraud
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
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-
- titre
- Intégration de données agricoles et environnementales à l’aide des technologies du Web sémantique
- auteur
- Yael Tirlet
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
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-
Books
- titre
- Advances in Knowledge Discovery and Management, Volume 9
- auteur
- Rakia Jaziri, Arnaud Martin, Marie-Christine Rousset, Lydia Boudjeloud-Assala, Fabrice Guillet
- article
- Springer Internation Publishing 2022; Springer International Publishing, 1004, 2022, Studies in Computational Intelligence, 9783030902865. ⟨10.1007/978-3-030-90287-2⟩
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-
- titre
- Agriculture and Digital Technology
- auteur
- Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- pp.1-185, 2022, ⟨10.17180/wmkb-ty56-en⟩
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-
- titre
- Agriculture et numérique
- auteur
- Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- INRIA, pp.1-195, 2022, ⟨10.17180/wmkb-ty56⟩
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-
Poster communications
- titre
- Integration and analysis of heterogeneous biological data modelled with multilayer graphs for a better understanding of feed efficiency
- auteur
- Camille Juigné
- article
- Séminaire DIGIT-BIO INRAE, Dec 2022, Ecully, France
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-
- titre
- Machine learning for timing estimation
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- D3 - Architecture séminaire: PhD days / Journées doctorants – 2022, Nov 2022, Rennes, France
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-
- titre
- Storing the declaration of human rights on one data DNA molecule
- auteur
- Gouenou Coatrieux, Chloé Berton, Elsa Dupraz, Belaid Hamoum, Thomas Derrien, Yann Audic, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas, Julien Leblanc, Olivier Boullé, Emeline Roux
- article
- CominLabs day 2022, Oct 2022, Rennes, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hairsplitter: Separating noisy long reads into an unknown number of haplotypes
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- Genome Informatics 2022, Sep 2022, London / Virtual, United Kingdom. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
- auteur
- Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- The 11th international workshop on Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, Aug 2022, Kolympari, Greece
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-
- titre
- PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste, Mathilde Carpentier
- article
- ISMB 2022 - 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2022, Madison, United States. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
- auteur
- Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- JOBIM 2022 - Les journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , pp.1-1, 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EnzBert: Deep attention network for enzyme class predictions
- auteur
- Nicolas Buton, Yann Le Cunff, François Coste
- article
- JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SVJedi-graph: genotyping close and overlapping structural variants with a variation graph and long-reads
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints: Ensuring the confidentiality of data stored into DNA molecules
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
- article
- RITS 2022 - Recherche en Imagerie et Technologies pour la Santé, May 2022, Brest, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Functional Motif Prediction in ADAMTS-TSL proteins Based on Module(s) and Phenotype(s) Co-appearance
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
- article
- ALPHY/AIEM 2022 - Rencontres Génomique évolutive, Bioinformatique, Alignement et Phylogénie, Mar 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Generalized Keisler Theorems for Atomic and Molecular Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Université de Rennes 1. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Generalized Keisler Theorems for First-order Logic and Protologics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Université de Rennes 1 (UR1). 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Display and Hilbert Calculi for Atomic and Molecular Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de Rennes 1. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Correspondence Theory for Atomic Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de Rennes 1. 2022
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-
- titre
- A Characterization of Properly Displayable Atomic and Molecular Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de Rennes 1. 2022
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-
- titre
- Sur les traces de Mobi’Kids. L’enfant autonome au défi de la ville
- auteur
- Sandrine Depeau, Isabelle I. André-Poyaud, Nathalie Audas, Hélène Bailleul, Olivier Bedel, Abdelhakim Boumoud, Sonia Chardonnel, Pierre Cherel, Aurèle Desgans, Thomas Devogele, Pierre Dias, Sylvestre Duroudier, Laurent Etienne, Benoît Feildel, Francis Jambon, Fallou Kasse Serigne, Colin Kerouanton, Manon Le Goc, Maëlys Le Magadou, Arnaud Lepetit, Françoise Leprince, Théa Manola, Jul Mcoisans, Boris Mericskay, Eve Moffat, Clément Moreau, Estelle Ployon, Nicolas Robinet, Kamila Tabaka, Jean-Paul Thibaud
- article
- ESO (CNRS, Université Rennes2); PACTE (CNRS, UGA, Sciences Po Grenoble); AAU (CNRS, Centrale Nantes, ENSA Nantes et Grenoble, UGA); LIFAT (Université de Tours); (PME) ALKANTE; PME, RF TRACK PME. 2022, pp.75
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-
Theses
- titre
- Designing a temporal graph management system for IoT application domains
- auteur
- Maria Massri
- article
- Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S103⟩
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-
- titre
- Caractérisation en modules fonctionnels des protéines ADAMTS-TSL, par approches de phylogénies
- auteur
- Olivier Dennler
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Indexing and analysis of large sequencing collections using kmer matrices
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1 (UR1), 2022. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Indexing and analysis of large sequencing collections using k-mer matrices
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S127⟩
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-
- titre
- Haplotype phasing from long reads with ASP : a flexible optimization approach
- auteur
- Clara Delahaye
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S093⟩
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-
- titre
- Haplotype phasing from long reads with ASP: a flexible optimization approach
- auteur
- Clara Delahaye
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semantic caching framework towards FPGA acceleration for range query processing in domain of massive distributed data
- auteur
- Huu van Long Nguyen
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S094⟩
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-
- titre
- Combining knowledge-based and sequence comparison approaches to elucidate metabolic functions, from pathways to communities
- auteur
- Arnaud Belcour
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S061⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multimodal analysis of neuroimaging and transcriptomic data in genetic frontotemporal dementia
- auteur
- Virgilio Kmetzsch
- article
- Machine Learning [stat.ML]. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS279⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- List recommendations with multi-armed bandits
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S023⟩
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-
- titre
- Identification and quantification of microbial strains in metagenomic samples using variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Representation of uncertainty and imprecision between clusters with belief functions
- auteur
- Zuowei Zhang
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes; Northwestern Polytechnical University (Chine), 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S003⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacteriumFibrobacter succinogenesS85
- auteur
- Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Muñoz-Tamayo
- article
- 2022
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-
- titre
- Unique in the Smart Grid -The Privacy Cost of Fine-Grained Electrical Consumption Data
- auteur
- Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
- article
- 2022
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-
- titre
- Overlap Graphs for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 2022
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-
- titre
- MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- 2022
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-
- titre
- CATREEN: Context-Aware Code Timing Estimation with Stacked Recurrent Networks
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou, Élisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- 2022
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-
- titre
- Inverted Repeats Scaffolding for a Dedicated Chloroplast Genome Assembler
- auteur
- Victor Epain, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
- article
- 2022
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-
- titre
- HDR-LFNet: Inverse Tone Mapping using Fusion Network
- auteur
- Mathieu Chambe, Ewa Kijak, Zoltan Miklos, Olivier Le Meur, Rémi Cozot, Kadi Bouatouch
- article
- 2022
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-
- titre
- Integer Programming Approach for Nested Pairs Genome Scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 2022
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-
- titre
- Overlap Graph for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
- auteur
- Victor Epain
- article
- 2022
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-
- titre
- EsMeCaTa: Estimating metabolic capabilities from taxonomic affiliations
- auteur
- Arnaud Belcour, Baptiste Ruiz, Clémence Frioux, Samuel Blanquart, Anne Siegel
- article
- 2022
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-
2021
Journal articles
- titre
- XCM: An Explainable Convolutional Neural Network for Multivariate Time Series Classification
- auteur
- Kevin Fauvel, Tao Lin, Véronique Masson, Élisa Fromont, Alexandre Termier
- article
- Mathematics , 2021, 9 (23), pp.1-20. ⟨10.3390/math9233137⟩
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-
- titre
- Global patterns in genomic diversity underpinning the evolution of insecticide resistance in the aphid crop pest Myzus persicae
- auteur
- Kumar Saurabh Singh, Erick Cordeiro, Bartlomiej Troczka, Adam Pym, Joanna Mackisack, Thomas Mathers, Ana Duarte, Fabrice Legeai, Stéphanie Robin, Pablo Bielza, Hannah Burrack, Kamel Charaabi, Ian Denholm, Christian Figueroa, Richard Ffrench-Constant, Georg Jander, John Margaritopoulos, Emanuele Mazzoni, Ralf Nauen, Claudio Ramírez, Guangwei Ren, Ilona Stepanyan, Paul Umina, Nina Voronova, John Vontas, Martin Williamson, Alex Wilson, Gao Xi-Wu, Young-Nam Youn, Christoph Zimmer, Jean-Christophe Simon, Alex Hayward, Chris Bass
- article
- Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.847. ⟨10.1038/s42003-021-02373-x⟩
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-
- titre
- PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22 (317), pp.1-22. ⟨10.1186/s12859-021-04222-4⟩
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-
- titre
- Scalable long read self-correction and assembly polishing with multiple sequence alignment
- auteur
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
- article
- Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-80757-5⟩
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-
- titre
- Comparative transcriptome analysis at the onset of speciation in a mimetic butterfly—The Ithomiini Melinaea marsaeus
- auteur
- Florence Piron-Prunier, Emma Persyn, Fabrice Legeai, Melanie Mcclure, Camille Meslin, Stéphanie Robin, Susete Alves Carvalho, Ammara Mohammad, Corinne Blugeon, Emmanuelle Jacquin‐joly, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Jérémy Gauthier
- article
- Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (11), pp.1704-1721. ⟨10.1111/jeb.13940⟩
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-
- titre
- Sequencing DNA with nanopores: Troubles and biases
- auteur
- Clara Delahaye, Jacques Nicolas
- article
- PLoS ONE, 2021, 16 (10), pp.e0257521. ⟨10.1371/journal.pone.0257521⟩
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-
- titre
- Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
- auteur
- Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos
- article
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, In press, pp.1-38
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-
- titre
- RNA sequencing data for responses to drought stress and/or clubroot infection in developing seeds of Brassica napus
- auteur
- Grégoire Bianchetti, Vanessa Clouet, Fabrice Legeai, Cécile Baron, Kévin Gazengel, Aurélien Carrillo, Maria M. Manzanares-Dauleux, Julia J Buitink, Nathalie Nesi
- article
- Data in Brief, 2021, 38, pp.1-11. ⟨10.1016/j.dib.2021.107392⟩
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-
- titre
- Constructing xenobiotic maps of metabolism to predict enzymes catalyzing metabolites capable of binding to DNA
- auteur
- Mael Conan, Nathalie Theret, Sophie Langouet, Anne Siegel
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.1-26. ⟨10.1186/s12859-021-04363-6⟩
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-
- titre
- Plant‐phenotypic changes induced by parasitoid ichnoviruses enhance the performance of both unparasitized and parasitized caterpillars
- auteur
- Antonino Cusumano, S Urbach, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marcel Dicke, Erik Poelman, Anne‐nathalie Volkoff
- article
- Molecular Ecology, 2021, 30 (18), pp.4567-4583. ⟨10.1111/mec.16072⟩
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-
- titre
- Computing How-provenance for SPARQL queries via Query Rewriting
- auteur
- Luis Galárraga, Daniel Hernández, Katja Hose
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2021, 14 (13), pp.3389-3401. ⟨10.14778/3484224.3484235⟩
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-
- titre
- When subsistence fishing meets conservation issues: Survey of a small fishery in a neotropical river with high biodiversity value
- auteur
- Guillaume Longin, Guy Fontenelle, Louis Bonneau de Beaufort, Chrystelle Delord, Sophie Launay, Raphaëlle Rinaldo, Gilles Lassalle, Pierre-Yves Le Bail, Jean-Marc Roussel
- article
- Fisheries Research, 2021, 241, pp.1-9. ⟨10.1016/j.fishres.2021.105995⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- StrainFLAIR: strain-level profiling of metagenomic samples using variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.e11884. ⟨10.7717/peerj.11884⟩
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-
- titre
- Evidence integration credal classification algorithm versus missing data distributions
- auteur
- Zuo-Wei Zhang, Zhe Liu, Zong-Fa Ma, Ji-Huan He, Xing-Yu Zhu
- article
- Information Sciences, 2021, 569, pp.39-54. ⟨10.1016/j.ins.2021.04.008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparative Transcriptome Analysis Provides Insights into Response of Ulva compressa to Fluctuating Salinity Conditions
- auteur
- Qikun Xing, Guiqi Bi, Min Cao, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Yunxiang Mao
- article
- Journal of Phycology, 2021, 57 (4), pp.1295-1308. ⟨10.1111/jpy.13167⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Proteo-Trancriptomic Analyses Reveal a Large Expansion of Metalloprotease-Like Proteins in Atypical Venom Vesicles of the Wasp Meteorus pulchricornis (Braconidae)
- auteur
- Jean-Luc Gatti, Maya Belghazi, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, Stéphanie Robin, Djibril Aboubakar-Souna, Ramasamy Srinivasan, Manuele Tamò, Marylène Poirié, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- Toxins, 2021, 13 (7), pp.1-36. ⟨10.3390/toxins13070502⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- La confidentialité différentielle, garante de l’anonymat
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
- article
- Pour la science, 2021
- Accès au bibtex
-
- titre
- Transcriptome Profiling of Starvation in the Peripheral Chemosensory Organs of the Crop Pest Spodoptera littoralis Caterpillars
- auteur
- Erwan Poivet, Aurore Gallot, Nicolas Montagné, Pavel Senin, Christelle Monsempès, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- Insects, 2021, 12 (7), pp.573. ⟨10.3390/insects12070573⟩
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-
- titre
- LRez: C ++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- Bioinformatics Advances, 2021, 1 (1), pp.1-4. ⟨10.1093/bioadv/vbab022⟩
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-
- titre
- Identification of Streptococcus thermophilus Genes Specifically Expressed under Simulated Human Digestive Conditions Using R-IVET Technology
- auteur
- Ophélie Uriot, Mounira Kebouchi, Emilie Lorson, Wessam Galia, Sylvain Denis, Sandrine Chalancon, Zeeshan Hafeez, Emeline Roux, Magali Genay, Stéphanie Blanquet-Diot, Annie Dary-Mourot
- article
- Microorganisms, 2021, 9 (6), pp.1-26. ⟨10.3390/microorganisms9061113⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Application of concepts of neighbours to knowledge graph completion
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- CODATA Data Science Journal, 2021, 4 (1), pp.1-28. ⟨10.3233/DS-200030⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robustness analysis of metabolic predictions in algal microbial communities based on different annotation pipelines
- auteur
- Elham Karimi, Enora Geslain, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anne Siegel, Erwan Corre, Simon M Dittami
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.1-24. ⟨10.7717/peerj.11344⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Outpatient vagus nerve stimulation surgery in drug-resistant epilepsy patients with severe intellectual disability
- auteur
- Insafe Mezjan, Isabelle Gourfinkel-An, Vincent Degos, Stéphane Clemenceau, Vincent Navarro, Véronique Masson, Alexandre Carpentier, Bertrand Mathon
- article
- Epilepsy & Behavior, 2021, 118, pp.1-4. ⟨10.1016/j.yebeh.2021.107931⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards Fully-fledged Archiving for RDF Datasets
- auteur
- Olivier Pelgrin, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2021, 12 (6), pp.903-925. ⟨10.3233/SW-210434⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Incremental learning of iterated dependencies
- auteur
- Denis Béchet, Annie Foret
- article
- Machine Learning, 2021, ⟨10.1007/s10994-021-05947-2⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Converting disease maps into heavyweight ontologies: general methodology and application to Alzheimer’s disease
- auteur
- Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Laura Vila Xicota, Bruno Dubois, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, pp.1-33. ⟨10.1093/database/baab004⟩
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-
- titre
- Dynamic Evidential Clustering Algorithm
- auteur
- Zuowei Zhang, Zhe Liu, Arnaud Martin, Zhun-Ga Liu, Kuang Zhou
- article
- Knowledge-Based Systems, 2021, 213
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Chromosomal scale assembly of parasitic wasp genome reveals symbiotic virus colonization
- auteur
- Jérémy Gauthier, Hélène Boulain, Joke J F A van Vugt, Lyam Baudry, Emma Persyn, Jean-Marc Aury, Benjamin Noel, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Sven Warris, Mohamed A Chebbi, Géraldine Dubreuil, Bernard Duvic, Natacha Kremer, Philippe Gayral, Karine Musset, Thibaut Josse, Diane Bigot, Christophe Bressac, Sébastien Moreau, Georges Périquet, Myriam Harry, Nicolas Montagne, Isabelle Boulogne, Mahnaz Sabeti-Azad, Martine Maïbèche, Thomas Chertemps, Frédérique Hilliou, David Siaussat, Joëlle Amselem, Isabelle Luyten, Claire Capdevielle-Dulac, Karine Labadie, Bruna Laís Merlin, Valérie Barbe, Jetske G de Boer, Martial Marbouty, Fernando Luis Cônsoli, Stéphane Dupas, Aurélie Hua-Van, Gaelle Le Goff, Annie Bézier, Emmanuelle Jacquin-Joly, James B Whitfield, Louise E M Vet, Hans M Smid, Laure Kaiser, Romain Koszul, Elisabeth Huguet, Elisabeth A. Herniou, Jean-Michel Drezen
- article
- Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.1-15. ⟨10.1038/s42003-020-01623-8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Heterogeneous information fusion: combination of multiple supervised and unsupervised classification methods based on belief functions
- auteur
- Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
- article
- Information Sciences, 2021, 544, pp.238-265
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cyanorak v2.1: a scalable information system dedicated to the visualization and expert curation of marine and brackish picocyanobacteria genomes
- auteur
- Laurence Garczarek, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Gregory Farrant, Mark Hoebeke, Loraine Brillet-Guéguen, Antoine Bisch, Mathilde Ferrieux, Jukka Siltanen, Erwan Corre, Gildas Le corguillé, Morgane Ratin, Frances Pitt, Martin Ostrowski, Maël Conan, Anne Siegel, Karine Labadie, Jean-Marc Aury, Patrick Wincker, David Scanlan, Frédéric Partensky
- article
- Nucleic Acids Research, 2021, 49 (D1), pp.D667-D676. ⟨10.1093/nar/gkaa958⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of isolated or mixed strains from long reads: a challenge met on Streptococcus thermophilus using a MinION sequencer
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Téo Lemane, Eric Guédon, Jacques Nicolas
- article
- Microbial Genomics, 2021, 7 (11), pp.1-14. ⟨10.1099/mgen.0.000654⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Re-optimization for Multi-objective Cloud Database Query Processing using Machine Learning
- auteur
- Chenxiao Wang, Zach Arani, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
- article
- International Journal of Database Management Systems, 2021, 13 (1), pp.21 - 40. ⟨10.5121/ijdms.2021.13102⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Online forecasting of daily feed intake in lactating sows supported by offline time-series clustering, for precision livestock farming
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Laurence Rozé, Jean-Yves Dourmad
- article
- Computers and Electronics in Agriculture, 2021, 188, pp.106329. ⟨10.1016/j.compag.2021.106329⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A distance for evidential preferences with application to group decision making
- auteur
- Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Yewan Wang, Arnaud Martin
- article
- Information Sciences, 2021, 568, pp.113-132. ⟨10.1016/j.ins.2021.03.011⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Two repeated motifs enriched within some enhancers and origins of replication are bound by SETMAR isoforms in human colon cells
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Peter Arensburger, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Serge Guyetant, Laura Helou, Thierry Lecomte, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
- article
- Genomics, 2021, 113 (3), pp.1589-1604. ⟨10.1016/j.ygeno.2021.03.032⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Rennes - une IA souveraine au service de la vie publique
- auteur
- Guillaume Gravier, Elisa Fromont, Nicolas Courty, Teddy Furon, Christine Guillemot, Paolo Robuffo Giordano
- article
- Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
- auteur
- Samuel Blanquart, Mathieu Groussin, Aline Le Roy, Gergely J Szöllosi, Eric Girard, Bruno Franzetti, Manolo Gouy, Dominique Madern
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (9), pp.3754-3774. ⟨10.1093/molbev/msab146⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX
- auteur
- François Moreews, Hugo Simon, Anne Siegel, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semi-Quantitative Targeted Gas Chromatography-Mass Spectrometry Profiling Supports a Late Side-Chain Reductase Cycloartenol-to-Cholesterol Biosynthesis Pathway in Brown Algae
- auteur
- Jean Girard, Goulven Lanneau, Ludovic Delage, Cédric Leroux, Arnaud Belcour, Jeanne Got, Jonas Collén, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon M Dittami, Catherine Leblanc, Gabriel V Markov
- article
- Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.1-10. ⟨10.3389/fpls.2021.648426⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Effects of the environment and animal behavior on nutrient requirements for gestating sows: Future improvements in precision feeding
- auteur
- Charlotte Gaillard, Maëva Durand, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad, Céline Tallet
- article
- Animal Feed Science and Technology, 2021, 279, pp.1-17. ⟨10.1016/j.anifeedsci.2021.115034⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fishers’ perceptions of river resources: case study of French Guiana native populations using contextual cognitive mapping
- auteur
- Guillaume Longin, Louis Bonneau de Beaufort, Guy Fontenelle, Raphaelle Rinaldo, Jean-Marc Roussel, Pierre-Yves Le Bail
- article
- Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2021, 45 (1), pp.5-20. ⟨10.26028/cybium/2021-451-001⟩
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-
Conference papers
- titre
- Categorial Dependency Grammars: Analysis and Learning (Invited Talk)
- auteur
- Denis Béchet, Annie Foret
- article
- Logic and Algorithms in Computational Linguistics 2021 (LACompLing2021), Dec 2021, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- ASSIST: Article eXtraction and statIstical AnalysiS
- auteur
- Justine Fouillé, Thi Lan Huong Nguyen, Baptiste Alix, Brett Becker, Matthieu Rochard, Hélène de Ribaupierre, Laurent d'Orazio
- article
- International Workshop on Data science for equality, inclusion and well-being challenges (DS4EIW@BigData), Dec 2021, Virtuelle, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards Data-and-Innovation Driven Sustainable and Productive Agriculture: BIO-AGRI-WATCH as a Use Case Study
- auteur
- Asanee Kawtrakul, Hutchatai Chanlekha, Kitsana Waiyamai, Thanapat Kangkachit, Laurent d'Orazio, Dimitris Kotzinos, Dominique Laurent, Nicolas Spyratos
- article
- Workshop on Smart Farming, Precision Agriculture, and Supply Chain (SmartFarm@BigData), Dec 2021, Virtuelle, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards Data-and-Innovation Driven Sustainable and Productive Agriculture: BIO-AGRI-WATCH as a Use Case Study
- auteur
- Asanee Kawtrakul, Hutchatai Chanlekha, Kitsana Waiyamai, Thanapat Kangkachit, Laurent d'Orazio, Dimitris Kotzinos, Dominique Laurent, Nicolas Spyratos
- article
- 2021 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), Dec 2021, Orlando, United States. pp.3407-3415, ⟨10.1109/BIGDATA52589.2021.9671520⟩
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-
- titre
- Detecting Fake News Conspiracies with Multitask and Prompt-Based Learning
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, Thomas Girault, Cyrielle Mallart, Duc Hau Nguyen
- article
- MediaEval 2021 - MediaEval Multimedia Evaluation benchmark. Workshop, Dec 2021, Online, Netherlands. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MDSC: Modelling Distributed Stream Processing across the Edge-to-Cloud Continuum
- auteur
- Daniel Balouek-Thomert, Pedro Silva, Kevin Fauvel, Alexandru Costan, Gabriel Antoniu, Manish Parashar
- article
- DML-ICC 2021 workshop (held in conjunction with UCC 2021), Dec 2021, Leicester, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PDF-Distil: including Prediction Disagreements in Feature-based Distillation for object detection
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- BMVC 2021 - 32nd British Machine Vision Conference, Nov 2021, Virtual, United Kingdom. pp.1-13
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Discovering Useful Compact Sets of Sequential Rules in a Long Sequence
- auteur
- Erwan Bourrand, Luis Galárraga, Esther Galbrun, Elisa Fromont, Alexandre Termier
- article
- ICTAI 2021 - 33rd IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2021, Virtual, United States. pp.1-5
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Prediction-Based Fleet Relocation for Free Floating Car Sharing Services
- auteur
- Gregory Martin, Matthieu Donain, Elisa Fromont, Tias Guns, Laurence Roze, Alexandre Termier
- article
- ICTAI 2021 - 33rd International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2021, Virtual, United States. pp.1-5
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Kartu-Verbs: A Semantic Web Base of Inflected Georgian Verb Forms to Bypass Georgian Verb Lemmatization Issues
- auteur
- Mireille Ducassé
- article
- XIX EURALEX conference, Nov 2021, Alexandroupolis, Greece
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cost and Quality Assurance in Crowdsourcing Workflows (Extended Abstract)
- auteur
- Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- BDA 2021 - 37 eme Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies, Applications, Oct 2021, Paris, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Attaque par inférence d'appartenance sur des séries temporelles agrégées en utilisant la programmation par contraintes
- auteur
- Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
- article
- BDA 2021 - 37ème Conférence sur la Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- Towards Faster Reformulation-based Query Answering on RDF Graphs with RDFS Ontologies
- auteur
- Maxime Buron, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2021, Online, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ontology-Mediated Query Answering: Performance Challenges and Advances
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2021, Online, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modèle crédibiliste pour l'échantillonnage en apprentissage actif
- auteur
- Daniel Zhu, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Vincent Lemaire
- article
- Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2021, Paris, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Built Year Prediction from Buddha Face with Heterogeneous Labels
- auteur
- Yiming Qian, Cheikh Brahim El Vaigh, Yuta Nakashima, Benjamin Renoust, Hajime Nagahara, Yutaka Fujioka
- article
- SUMAC'21: 3rd Workshop on Structuring and Understanding of Multimedia heritAge Contents, Oct 2021, Chengdu, China. ⟨10.1145/3475720.3484441⟩
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-
- titre
- TrieDF: Efficient In-memory Indexing for Metadata-augmented RDF
- auteur
- Olivier Pelgrin, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- 7th Workshop on Managing the Evolution and Preservation of the Data Web (MEPDaW) co-located with the 20th International Semantic Web Conference (ISWC 2021), Virtual event, October 25th, 2021, Oct 2021, Virtual Event, France. pp.1-10
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-
- titre
- Fast Unfolding of Credal Partitions in Evidential Clustering
- auteur
- Zuowei Zhang, Arnaud Martin, Zhunga Liu, Kuang Zhou, Yiru Zhang
- article
- 6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China. pp.3-12, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_1⟩
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-
- titre
- Evidential clustering based on transfer learning
- auteur
- Kuang Zhou, Mei Guo, Arnaud Martin
- article
- International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China
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-
- titre
- Credal Clustering for Imbalanced Data
- auteur
- Zuowei Zhang, Zhunga Liu, Kuang Zhou, Arnaud Martin, Yiru Zhang
- article
- 6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China. pp.13-21, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_2⟩
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-
- titre
- Validation of Smets' hypothesis in the crowdsourcing environment
- auteur
- Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- 6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China
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-
- titre
- Genome-scale network reconstruction of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
- auteur
- Fakih Ibrahim, Jeanne Got, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
- article
- 2021 - 12th International Symposium on Gut Microbiology, INRAE ; Rowett Institute UK, Oct 2021, En ligne, France
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-
- titre
- DataTime: a Framework to smoothly Integrate Past, Present and Future into Models
- auteur
- Gauthier Lyan, Jean-Marc Jézéquel, David Gross-Amblard, Benoit Combemale
- article
- MODELS 2021 - ACM/IEEE 24th International Conference on Model Driven Engineering Languages and Systems, Oct 2021, Fukuoka, Japan. pp.1-11
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-
- titre
- findere: fast and precise approximate membership query
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- SPIRE 2021 - The 28th annual Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2021, Lille / Virtual, France. ⟨10.1101/2021.05.31.446182⟩
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-
- titre
- On the Quality of Compositional Prediction for Prospective Analytics on Graphs
- auteur
- Gauthier Lyan, David Gross-Amblard, Jean-Marc Jézéquel
- article
- DaWaK 2021 - 23rd International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Sep 2021, Linz, Austria. pp.91-105, ⟨10.1007/978-3-030-87101-7_10⟩
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-
- titre
- Conversational recommendations for job recruiters
- auteur
- François Mentec, Zoltán Miklós, Sébastien Hervieu, Thierry Roger
- article
- Knowledge-aware and Conversational Recommender Systems, Sep 2021, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27
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-
- titre
- Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩
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-
- titre
- A Well-founded Graph-based Summarization Framework for Description Logics
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué
- article
- International worshop on Description Logics, Sep 2021, Bratislava, Slovakia
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-
- titre
- Deep Active Learning from Multispectral Data Through Cross-Modality Prediction Inconsistency
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefevre, Bruno Avignon
- article
- ICIP 2021 - 28th IEEE International Conference on Image Processing, Sep 2021, Anchorage, United States. pp.1-5
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-
- titre
- Analytical Queries on Vanilla RDF Graphs with a Guided Query Builder Approach
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- FQAS 2021 - Flexible Query Answering Systems, Sep 2021, Bratislava, Slovakia
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-
- titre
- Temporal phenotyping for characterisation of hospital care pathways of COVID19 patients
- auteur
- Mathieu Chambard, Thomas Guyet, Yên-Lan Nguyen, Etienne Audureau
- article
- AALTD 2021 - The 6th International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2021, Bilbao / Virtual, Spain. pp.1-16
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-
- titre
- A Classification of Anomaly Explanation Methods
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- Advances in Interpretable Machine Learning and Artificial Intelligence (AIMLAI), Sep 2021, (Online), France
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-
- titre
- Evidential Nearest Neighbours in Active Learning
- auteur
- Daniel Zhu, Arnaud Martin, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois, Vincent Lemaire
- article
- Worksop on Interactive Adaptive Learning (IAL) - ECML-PKDD, Sep 2021, Bilbao, Spain
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-
- titre
- Adding Structure and Removing Duplicates in SPARQL Results with Nested Tables
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Further with Knowledge Graphs (SEMANTiCS), Sep 2021, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- Channel Model with Memory for DNA Data Storage with Nanopore Sequencing
- auteur
- Belaid Hamoum, Elsa Dupraz, Laura Conde-Canencia, Dominique Lavenier
- article
- ISTC 2021: 11th International Symposium on Topics in Coding, Aug 2021, Montreal, Canada. pp.1-5, ⟨10.1109/ISTC49272.2021.9594243⟩
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-
- titre
- GCNBoost: Artwork Classification by Label Propagation through a Knowledge Graph
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, Noa Garcia, Benjamin Renoust, Chenhui Chu, Yuta Nakashima, Hajime Nagahara
- article
- ICMR 2021 - ACM International Conference on Multimedia Retrieval, Aug 2021, Taipei, Taiwan
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-
- titre
- Compressing and Indexing Aligned Readsets
- auteur
- Travis Gagie, Garance Gourdel, Giovanni Manzini
- article
- WABI 2021 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Online conference, France. pp.1-21, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2021.13⟩
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- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- MPA 2021 - 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27
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-
- titre
- Probabilistic forecasting of seasonal time series Combining clustering and classification for forecasting
- auteur
- Colin Leverger, Thomas Guyet, Simon Malinowski, Vincent Lemaire, Alexis Bondu, Laurence Rozé, Alexandre Termier, Régis Marguerie
- article
- ITISE 2021 - 7th International Conference on Time Series and Forecasting, Jul 2021, Gran Canaria, Spain. pp.1-13
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-
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- CIAA 2021 - 25th International Conference on Implementation and Application of Automata, Jul 2021, Bremen, Germany. pp.1-12
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-
- titre
- Parametric Graph for Unimodal Ranking Bandit
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont, Boammani Aser Lompo
- article
- ICML 2021 - International Conference on Machine Learning, Jul 2021, Virtual, Canada. pp.3630--3639
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-
- titre
- Optimal de novo assemblies for chloroplast genomes based on inverted repeats patterns
- auteur
- Rumen Andonov, Victor Epain, Dominique Lavenier
- article
- BiATA 2021 - 4th International conference Bioinformatics: from Algorithms to Applications, Jul 2021, St. Petersbourg, Russia. pp.1-2
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-
- titre
- LEVIATHAN: efficient discovery of large structural variants by leveraging long-range information from Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
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-
- titre
- MASCARA-FPGA cooperation model: Query Trimming through accelerators
- auteur
- van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
- article
- SSDBM 2021 - 33rd International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jul 2021, Tampa, United States. pp.203-208, ⟨10.1145/3468791.3468795⟩
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-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Meziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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-
- titre
- GraphUnzip: unzipping assembly graphs with long reads and Hi-C
- auteur
- Roland Faure, Nadège Guiglielmoni, Jean-François Flot
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-7
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-
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
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-
- titre
- Skyline Groups Are Ideals. An Efficient Algorithm for Enumerating Skyline Groups
- auteur
- Simon Coumes, Tassadit Bouadi, Lhouari Nourine, Alexandre Termier
- article
- IWOCA 2021 - 32nd International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jul 2021, Ottawa, Canada. pp.223-236, ⟨10.1007/978-3-030-79987-8_16⟩
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-
- titre
- AskoR, A R Package for Easy RNASeq Data Analysis
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Kévin Gazengel, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Stéphanie Daval, Fabrice Legeai
- article
- IECE 2021 - 1st International Electronic Conference on Entomology, Jul 2021, Virtual, France. pp.1-8, ⟨10.3390/IECE-10646⟩
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-
- titre
- Extraction de sous-groupes exceptionnels de séries temporelles
- auteur
- Josie Signe
- article
- RJCIA 2021 - Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle, Jul 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.89-90
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-
- titre
- Extracting Relations in Texts with Concepts of Neighbours
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- International Conference In Formal Concepts Analysis, Jun 2021, Strasbourg, France
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-
- titre
- An open generator of synthetic administrative healthcare databases
- auteur
- Thomas Guyet, Tristan Allard, Johanne Bakalara, Olivier Dameron
- article
- IAS 2021 - Atelier Intelligence Artificielle et Santé, Jun 2021, Bordeaux (virtuel), France. pp.1-8
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-
- titre
- Cost and Quality in Crowdsourcing Workflows
- auteur
- Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- PETRI NETS 2021 - 42nd International Conference on Applications and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2021, Paris, France. pp.33-54, ⟨10.1007/978-3-030-76983-3_3⟩
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-
- titre
- Cloud Query Processing with Reinforcement Learning-based Multi-Objective Re-optimization
- auteur
- Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
- article
- International Conference on Model & Data Engineering (MEDI), Jun 2021, Tallinn, Estonia
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-
- titre
- Ordonnancement d'objets par bandits unimodaux sur des graphes paramétriques
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont, Aser Boammani Lompo
- article
- CAp 2021 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jun 2021, Saint-Etienne (en ligne), France. pp.1
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-
- titre
- Siame-se(3): regression in se(3) for end-to-end visual servoing
- auteur
- Samuel Felton, Elisa Fromont, Eric Marchand
- article
- ICRA 2021 - IEEE International Conference on Robotics and Automation, May 2021, Xi'an, China. pp.14454-14460
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-
- titre
- HiPaR: Hierarchical Pattern-Aided Regression
- auteur
- Luis Galárraga, Olivier Pelgrin, Alexandre Termier
- article
- PAKDD 2021 - Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2021, Virtual, France. pp.320-332, ⟨10.1007/978-3-030-75762-5_26⟩
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-
- titre
- Showing Academic Performance Predictions during Term Planning: Effects on Students’ Decisions, Behaviors, and Preferences
- auteur
- Luis Galárraga, Gonzalo Mendez, Katherine Chiluiza
- article
- CHI 2021 - ACM CHI Conference on Human Factors in Computing Systems, May 2021, Yokohama, Japan. pp.1-17, ⟨10.1145/3411764.3445718⟩
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-
- titre
- Bandit Algorithm for Both Unknown Best Position and Best Item Display on Web Pages
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
- article
- IDA 2021 - 19th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2021, Porto (virtual), Portugal. pp.12
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-
- titre
- Separ: Towards Regulating Future of Work Multi-Platform Crowdworking Environments with Privacy Guarantees
- auteur
- Mohammad Javad Amiri, Joris Duguépéroux, Tristan Allard, Divyakant Agrawal, Amr El Abbadi
- article
- The Web Conference 2021 (WWW '21), Apr 2021, Ljubljana, Slovenia. ⟨10.1145/3442381.3449858⟩
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-
- titre
- BrFAST: a Tool to Select Browser Fingerprinting Attributes for Web Authentication According to a Usability-Security Trade-off
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard
- article
- Companion Proceedings of the Web Conference 2021 (WWW ’21 Companion), Apr 2021, Ljubljana, Slovenia. ⟨10.1145/3442442.3458610⟩
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-
- titre
- FRESQUE: A Scalable Ingestion Framework for Secure Range Query Processing on Clouds
- auteur
- Hoang van Tran, Tristan Allard, Laurent d'Orazio, Amr El Abbadi
- article
- EDBT 2021 - 24th International Conference on Extending Database Technology, Mar 2021, Nicosia, Cyprus. ⟨10.5441/002/edbt.2021.19⟩
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-
- titre
- GraphMDL+: Interleaving the Generation and MDL-based Selection of Graph Patterns
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- SAC '21: The 36th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing, Mar 2021, Virtual Event, South Korea. pp.355-363, ⟨10.1145/3412841.3441917⟩
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-
- titre
- An extension of chronicles temporal model with taxonomies -Application to epidemiological studies
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
- article
- HEALTHINF 2021 - 14th International Conference on Health Informatics, Feb 2021, online, France. pp.1-10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Passive Learning of Timed Automata from Logs (Student Abstract)
- auteur
- Lénaïg Cornanguer
- article
- AAAI 2021 - 35th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2021, Vancouver (virtual), Canada. pp.15773-15774
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Algorithme de prédiction en temps réel de la consommation alimentaire journalière chez la truie en lactation
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Laurence Rozé, Jean-Yves Dourmad
- article
- 53. Journées de la Recherche Porcine, Ifip; Inrae, Feb 2021, En ligne, France. pp.127-132
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Performance-Explainability Framework to Benchmark Machine Learning Methods: Application to Multivariate Time Series Classifiers
- auteur
- Kevin Fauvel, Véronique Masson, Elisa Fromont
- article
- IJCAI-PRICAI 2020 - Workshop on Explainable Artificial Intelligence (XAI), Jan 2021, Yokohama, Japan. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Guided Attentive Feature Fusion for Multispectral Pedestrian Detection
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- WACV 2021 - IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, Jan 2021, Waikoloa /Virtual, United States. pp.1-9
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-
- titre
- Requêtes flexibles avec des concepts disjonctifs
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot, Ronald R Yager
- article
- Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA), 2021, Paris, France
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-
Book sections
- titre
- Unequal Singleton Pair Distance for Evidential Preference Clustering
- auteur
- Yiru Zhang, Arnaud Martin
- article
- Belief Functions: Theory and Applications, 12915, Springer International Publishing, pp.33-43, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_4⟩
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-
- titre
- Towards Universal Logic: Gaggle Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Melvin Fitting. Selected Topics from Contemporary Logics, College Publications, pp.5 - 73, 2021, Landscapes in Logic, 978-1848903500
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Méthodes bioinformatiques pour l'étude des Variants de Structure avec des données de séquençages génomiques
- auteur
- Claire Lemaitre
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021
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-
Special issue
- titre
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems XLIX
- auteur
- Bernd Amann, François Goasdoué
- article
- 12920, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-64148-4⟩
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-
Lectures
- titre
- Approche agile du développement logiciel
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Licence. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- L'art de la démo
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Master. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Principes des systèmes informatiques
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Licence. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Compilation
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Master. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- Mitigating Unintended Bias in Masked Language Models
- auteur
- Mohammed Rameez Rameez Qureshi
- article
- Computer Science [cs]. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-reads sequencing data
- auteur
- Roland Faure
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Détection de recombinaisons génomiques et protéomiques homologues par alignement multiple local et partiel
- auteur
- Benjamin Blanc
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- titre
- Modelling hepatic stellate cells activation by TGFB1 using Kappa language
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- 2021, pp.1-23
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-
Books
- titre
- Préface of Proceedings of the conference BDA'2021
- auteur
- Esther Pacitti, Zoltan Miklos
- article
- 2021
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-
- titre
- Les décodeuses du numérique
- auteur
- Léa Castor, Célia Esnoult, Laure Thiébault, Ali Charara, Olivier Serre, Anne Siegel
- article
- CNRS Editions, 2021, 2271139481
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-
Poster communications
- titre
- A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- CompSysBio 2021 - Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Nov 2021, Aussois, France. pp.1-1
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-
- titre
- A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.1-6
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-
- titre
- Identification of bacterial strains using ORI (Oxford nanopore Reads Identification)
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Rania Ouazahrou, Gaëlle Boudry, Eric Guédon, Emeline Roux, Jacques Nicolas
- article
- Microbes 2021 - Société Française de Microbiologie, Sep 2021, Nantes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
- article
- WABI 2021 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Chicago (Online), United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
- article
- JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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-
- titre
- LRez: C++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- SVJedi-graph: Structural Variant genotyping with long-reads using a variation graph
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- IHMC 2021 - 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1
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-
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- DCC 2021 - Data Compression Conference, Mar 2021, Virtual, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Génération d'un SNDS synthétique à partir de données ouvertes
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- EGC 2021 - Actes de la conférence Extraction et Gestion des connaissances, Jan 2021, Montpellier, France. Actes de la conférence Extraction et Gestion des connaissances (EGC), pp.1-2
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-
Reports
- titre
- Towards a Generic Model Theory: Automatic Bisimulations for Atomic, Molecular and First-order Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de rennes 1. 2021
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-
- titre
- From Requirements as AMR-like Graphs to Automata-Based Reasoning
- auteur
- Aurélien Lamercerie, Annie Foret
- article
- [Research Report] Université de Rennes 1. 2021
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-
- titre
- Constrained Consensus Sequence Algorithm for DNA Archiving
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] CNRS IRISA. 2021
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-
- titre
- SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins
- auteur
- Samuel Alizon, Frédéric Cazals, Stéphane Guindon, Claire Lemaitre, Tristan Mary-Huard, Anna Niarakis, Mikaël Salson, Celine Scornavacca, Hélène Touzet
- article
- [Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
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-
Theses
- titre
- Comparer des structures de gènes pour la prédiction de transcrits alternatifs codants chez l'humain, la souris et le chien
- auteur
- Nicolas Guillaudeux
- article
- Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1S079⟩
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-
- titre
- Évaluation de la qualité des contributions et des contributeurs sur plateformes de crowdsourcing
- auteur
- Constance Thierry
- article
- Informatique [cs]. Université de Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Multispectral object detection
- auteur
- Heng Zhang
- article
- Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S099⟩
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-
- titre
- Identification of strains of a bacterial species from long reads
- auteur
- Grégoire Romain Siekaniec
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S083⟩
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-
- titre
- Mining Tractable Sets of Graph Patterns with the Minimum Description Length Principle
- auteur
- Francesco Bariatti
- article
- Computer Science [cs]. Université de Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Mobilité urbaine : Apprentissage automatique pour la construction de simulateurs à l'aide de masses de données
- auteur
- Gauthier Lyan
- article
- Informatique [cs]. Université rennes1, 2021. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Urban mobility : leveraging machine learning and data masses for the building of simulators
- auteur
- Gauthier Lyan
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S056⟩
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-
- titre
- Interpretable time series classification
- auteur
- Yichang Wang
- article
- Neural and Evolutionary Computing [cs.NE]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S052⟩
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-
- titre
- Approche prédictive pour évaluer la génotoxicité des contaminants de l’environnement
- auteur
- Maël Conan
- article
- Génétique. Université de Rennes, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1B010⟩
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-
- titre
- Comparison of homologous protein sequences using direct coupling information by pairwise Potts model alignments
- auteur
- Hugo Talibart
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S031⟩
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-
- titre
- Content and data linking leveraging ontological knowledge in data journalism
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh
- article
- Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S001⟩
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-
- titre
- Hierarchical and temporal analysis of scientific corpora as tools for the history of science
- auteur
- Ian Jeantet
- article
- Information Retrieval [cs.IR]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S048⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Visual Servoing in Autoencoder Latent Space: Supplementary material
- auteur
- Samuel Felton, Pascal Brault, Elisa Fromont, Eric Marchand
- article
- 2021
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-
2020
Journal articles
- titre
- Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.61968⟩
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-
- titre
- Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment
- auteur
- Dinka Mandakovic, Ángela Cintolesi, Jonathan Maldonado, Sebastián Mendoza, Méziane Aite, Alexis Gaete, Francisco Saitua, Miguel Allende, Veronica Cambiazo, Anne Siegel, Alejandro Maass, Mauricio Gonzalez, Mauricio Latorre
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-020-62130-8⟩
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-
- titre
- The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest
- auteur
- Claude Rispe, Fabrice Legeai, Paul Nabity, Rosa Fernández, Arinder Arora, Patrice Baa-Puyoulet, Celeste Banfill, Leticia Bao, Miquel Barberà, Maryem Bouallegue, Anthony Bretaudeau, Jennifer A. Brisson, Federica Calevro, Pierre Capy, Olivier Catrice, Thomas Chertemps, Carole Couture, Laurent Deliere, Angela Douglas, Keith Dufault-Thompson, Paula Escuer, Honglin Feng, Astrid Forneck, Toni Gabaldón, Roderic Guigó, Frédérique Hilliou, Silvia Hinojosa-Alvarez, Yi-Min Hsiao, Sylvie Hudaverdian, Emmanuelle Jacquin-Joly, Edward James, Spencer J. Johnston, Benjamin Joubard, Gaëlle Le Goff, Gaël Le Trionnaire, Pablo Librado, Shanlin Liu, Eric Lombaert, Hsiao-Ling Lu, Martine Maïbèche, Mohamed Makni, Marina Marcet-Houben, David Martinez-Torres, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nancy Moran, Daciana Papura, Nicolas Parisot, Yvan Rahbé, Mélanie Ribeiro Lopes, Aida Ripoll-Cladellas, Stéphanie Robin, Céline Roques, Celine Lopez-Roques, Pascale Roux, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Jose Sánchez-Herrero, Didac Santesmasses, Iris Scatoni, Rémy-Félix Serre, Ming Tang, Wenhua Tian, Paul Umina, Manuella van Munster, Carole Vincent-Monégat, Joshua Wemmer, Alex Wilson, Ying Zhang, Chaoyang Zhao, Jing Zhao, Serena Zhao, Xin Zhou, François Delmotte, Denis Tagu
- article
- BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
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-
- titre
- Cytosine methylation of mature microRNAs inhibits their functions and is associated with poor prognosis in glioblastoma multiforme
- auteur
- Mathilde Cheray, Amandine Etcheverry, Camille Jacques, Romain Pacaud, Gwenola Bougras-Cartron, Marc Aubry, Florent Denoual, Pierre Peterlongo, Arulraj Nadaradjane, Josephine Briand, Farida Akcha, Dominique Heymann, François M Vallette, Jean Mosser, Benjamin Ory, Pierre-Francois Cartron
- article
- Molecular Cancer, 2020, 19 (1), pp.1-36. ⟨10.1186/s12943-020-01155-z⟩
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-
- titre
- Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, "Aphidius ervi" and "Lysiphlebus fabarum
- auteur
- Alice Dennis, Gabriel Ballesteros, Stéphanie Robin, Lukas Schrader, Jens Bast, Jan Berghöfer, Leo Beukeboom, Maya Belghazi, Anthony Bretaudeau, Jan Buellesbach, Elizabeth Cash, Dominique Colinet, Zoé Dumas, Mohammed Errbii, Patrizia Falabella, Jean-Luc Gatti, Elzemiek Geuverink, Joshua Gibson, Corinne Hertaeg, Stefanie Hartmann, Emmanuelle Joly Jacquin-Joly, Mark Lammers, Blas Lavandero, Ina Lindenbaum, Lauriane Massardier-Galatà, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nina Pak, Marylène Poirié, Rosanna Salvia, Denis Tagu, Sophie Tares, Heiko Vogel, Tanja Schwander, Jean-Christophe Simon, Christian Figueroa, Christoph Vorburger, Fabrice Legeai, Jürgen Gadau, R.Chris Smith
- article
- BMC Genomics, 2020, 21 (Art. 376), pp.1-27. ⟨10.1186/s12864-020-6764-0⟩
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-
- titre
- How to interact with medical terminologies? Formative usability evaluations comparing three approaches for supporting the use of MedDRA by pharmacovigilance specialists
- auteur
- Romaric Marcilly, Laura Douze, Sébastien Ferré, Bissan Audeh, Carlos Bobed, Agnès Lillo-Le Louet, Jean-Baptiste Lamy, Cedric Bousquet
- article
- BMC Medical Informatics and Decision Making, 2020, 20 (1), pp.261. ⟨10.1186/s12911-020-01280-1⟩
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-
- titre
- Genomic architecture of endogenous ichnoviruses reveals distinct evolutionary pathways leading to virus domestication in parasitic wasps
- auteur
- Fabrice F. Legeai, Bernardo F Santos, Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Rebecca B Dikow, Claire Lemaitre, Véronique Jouan, Marc Ravallec, Jean-Michel Drezen, Denis Tagu, Frédéric Baudat, Gabor Gyapay, Xin Zhou, Shanlin Liu, Bruce A Webb, Seán Brady, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12915-020-00822-3⟩
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-
- titre
- Towards Universal Logic: Gaggle Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Journal of Applied Logics - IfCoLoG Journal of Logics and their Applications, 2020, 7 (6), pp.875-945
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-
- titre
- Plasma microRNA signature in presymptomatic and symptomatic subjects with C9orf72-associated frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Vincent Anquetil, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Ludmila Jornea, Sylvie Forlani, Philippe Couratier, David Wallon, Florence Pasquier, Noémie Robil, Pierre de La Grange, Ivan Moszer, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
- article
- Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, 2020, 92 (5), pp.485-493. ⟨10.1136/jnnp-2020-324647⟩
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-
- titre
- Dynamic estimation and Grid partitioning approach for Multi-Objective Optimization Problems in medical cloud federations
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
- article
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2020
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-
- titre
- Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in the fall armyworm
- auteur
- Sylvie Gimenez, Heba Abdelgaffar, Gaelle Le Goff, Frédérique Hilliou, Carlos Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Juan Luis Jurat-Fuentes, Emmanuelle d'Alençon, Kiwoong Nam
- article
- Communications Biology, 2020, 3 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s42003-020-01382-6⟩
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-
- titre
- Towards a better understanding of the low recall of insertion variants with short-read based variant callers
- auteur
- Wesley J Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
- article
- BMC Genomics, 2020, 21 (762), ⟨10.1186/s12864-020-07125-5⟩
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-
- titre
- GDBAlive: a Temporal Graph Database Built on Top of a Columnar Data Store
- auteur
- Maria Massri, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- Journal of advances in information technology, 2020
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-
- titre
- From Task Tuning to Task Assignment in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
- auteur
- Joris Duguépéroux, Tristan Allard
- article
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2020, pp.67-107. ⟨10.1007/978-3-662-62271-1_3⟩
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-
- titre
- Big Genes, Small Effectors: Pea Aphid Cassette Effector Families Composed From Miniature Exons
- auteur
- Matthew Dommel, Jonghee Oh, Jose Carlos Huguet-Tapia, Endrick Guy, Hélène Boulain, Akiko Sugio, Marimuthu Murugan, Fabrice Legeai, Michelle Heck, Michael C. Smith, Frank White
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, pp.1-11. ⟨10.3389/fpls.2020.01230⟩
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-
- titre
- Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
- auteur
- Rosa Fernández, Marina Marcet-Houben, Fabrice Legeai, Gautier Richard, Stéphanie Robin, Valentin Wucher, Cinta Pegueroles, Toni Gabaldón, Denis Tagu
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (9), pp.2601-2615. ⟨10.1093/molbev/msaa110⟩
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-
- titre
- MinYS: mine your symbiont by targeted genome assembly in symbiotic communities
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (3), pp.1-11. ⟨10.1093/nargab/lqaa047⟩
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-
- titre
- SVJedi: genotyping structural variations with long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (17), pp.4568-4575. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa527⟩
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-
- titre
- Innovative Approach to Predict DNA Adduct Formation of Environnemental Contaminants
- auteur
- Maël Conan, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Theret
- article
- Environmental and Molecular Mutagenesis, 2020, 61 (S1), pp.58. ⟨10.1002/em.22405⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
- auteur
- Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
- article
- Microbial Biotechnology, 2020, 13 (5), pp.1648-1672. ⟨10.1111/1751-7915.13634⟩
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-
- titre
- Whole genome sequence of the soybean aphid, Aphis glycines.
- auteur
- Jacob A Wenger, Bryan J Cassone, Fabrice Legeai, J Spencer Johnston, Raman Bansal, Ashley D Yates, Brad S Coates, Vitor a C Pavinato, Andy Michel
- article
- Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2020, 123, pp.102917. ⟨10.1016/j.ibmb.2017.01.005⟩
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-
- titre
- Integration of miRNA‐regulatory networks in hepatic stellate cells identifies TIMP3 as a key factor in chronic liver disease
- auteur
- Fida Azar, Kevin Courtet, Bassil Dekky, Dominique Bonnier, Olivier Dameron, Alain Colige, Vincent Legagneux, Nathalie Theret
- article
- Liver International, 2020, 40 (8), pp.2021-2033. ⟨10.1111/liv.14476⟩
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-
- titre
- Synergic Effects of Temperature and Irradiance on the Physiology of the Marine Synechococcus Strain WH7803
- auteur
- Ulysse Guyet, Ngoc Thanh Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, Maël Conan, Morgane Ratin, Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Loraine A Brillet-Guéguen, Mark M. Hoebeke, Christophe Six, Claudia Steglich, Anne Siegel, Damien Eveillard, Frédéric Partensky, Laurence Garczarek
- article
- Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01707⟩
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-
- titre
- DiscoSnp-RAD: de novo detection of small variants for RAD-Seq population genomics
- auteur
- Jérémy Gauthier, Charlotte Mouden, Tomasz Suchan, Nadir Alvarez, Nils Arrigo, Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2020, pp.1-20. ⟨10.7717/peerj.9291⟩
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-
- titre
- Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions
- auteur
- Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel
- article
- Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩
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-
- titre
- RDF graph summarization for first-sight structure discovery
- auteur
- François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
- article
- The VLDB Journal, 2020, 29 (5), pp.1191-1218. ⟨10.1007/s00778-020-00611-y⟩
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-
- titre
- Extracellular vesicles produced by human and animal Staphylococcus aureus strains share a highly conserved core proteome
- auteur
- Natayme Rocha Tartaglia, Aurélie Nicolas, Vinicius de Rezende Rodovalho, Brenda Silva Rosa Da Luz, Valérie Briard-Bion, Zuzana Krupova, Anne Thierry, François Coste, Agnès Burel, Patrice P. Martin, Julien Jardin, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-64952-y⟩
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-
- titre
- Contrasting genomic and phenotypic outcomes of hybridization between pairs of mimetic butterfly taxa across a suture zone
- auteur
- Jérémy Gauthier, Donna Lisa De‐silva, Zachariah Gompert, Annabel Whibley, Céline Houssin, Yann Le Poul, Melanie Mcclure, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, James Mallet, Marianne Elias
- article
- Molecular Ecology, 2020, 29 (7), pp.1328-1343. ⟨10.1111/mec.15403⟩
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-
- titre
- A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2020, 92-102 (Volume 274), ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
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-
- titre
- Complete Genome Sequences of Two Strains of Streptococcus pyogenes Belonging to an Emergent Clade of the Genotype emm89 in Brittany, France
- auteur
- Marie Devaere, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Emeline Roux, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
- article
- Microbiology Resource Announcements, 2020, 9 (11), pp.e00129-20. ⟨10.1128/MRA.00129-20⟩
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-
- titre
- ELECTOR : evaluator for long reads correction methods
- auteur
- Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩
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-
- titre
- Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions
- auteur
- Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon Dittami
- article
- Frontiers in Marine Science, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩
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-
- titre
- Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
- auteur
- Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric J-J Leroux, Simon M. Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V Markov
- article
- iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩
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-
- titre
- SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
- auteur
- Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
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-
- titre
- Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
- auteur
- Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2020, pp.1-9. ⟨10.1186/s13015-020-0163-6⟩
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-
- titre
- Fuzzy quality-aware queries to graph databases
- auteur
- Olivier Pivert, Etienne Scholly, Grégory Smits, Virginie Thion
- article
- Information Sciences, 2020, 521, pp.160--173
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-
- titre
- Graph-FCA: An extension of formal concept analysis to knowledge graphs
- auteur
- Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2020, 273 (5), pp.81-102. ⟨10.1016/j.dam.2019.03.003⟩
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-
- titre
- A pipeline to create predictive functional networks: application to the tumor progression of hepatocellular carcinoma
- auteur
- Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Lokmane Chebouba, Carito Guziolowski, Nathalie Théret
- article
- BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.18. ⟨10.1186/s12859-019-3316-1⟩
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-
- titre
- The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
- auteur
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E. Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F. Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- Marine Genomics, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evidential positive opinion influence measures for viral marketing
- auteur
- Siwar Jendoubi, Arnaud Martin
- article
- Knowledge and Information Systems (KAIS), 2020, 62, pp.1037-1062. ⟨10.1007/s10115-019-01375-w⟩
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-
- titre
- Unveiling the implicit knowledge, one scenario at a time
- auteur
- Flavien Lécuyer, Valérie Gouranton, Aurélien Lamercerie, Adrien Reuzeau, Bruno Arnaldi, Benoît Caillaud
- article
- The Visual Computer, 2020, pp.1-12. ⟨10.1007/s00371-020-01904-7⟩
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-
- titre
- NegPSpan: efficient extraction of negative sequential patterns with embedding constraints
- auteur
- Thomas Guyet, René Quiniou
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2020, 34, pp.563-609. ⟨10.1007/s10618-019-00672-w⟩
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-
Conference papers
- titre
- Netspot: a simple Intrusion Detection System with statistical learning
- auteur
- Alban Siffer, Alexandre Termier, Pierre-Alain Fouque, Christine Largouët
- article
- TrustCom 2020 - IEEE 19th International Conference on Trust, Security and Privacy in Computing and Communications, Dec 2020, Guangzhou, China. ⟨10.1109/TrustCom50675.2020.00122⟩
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-
- titre
- Variant Calling Parallelization on Processor-in-Memory Architecture
- auteur
- Dominique Lavenier, Remy Cimadomo, Romaric Jodin
- article
- BIBM 2020 - IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Dec 2020, Virtual, South Korea. pp.1-4
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-
- titre
- Publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
- article
- AICOL 2020 - 11th International Workshop on Artificial Intelligence and the Complexity of Legal Systems, in conjunction with JURIX 2020, Dec 2020, Virtual, Czech Republic
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-
- titre
- FPSelect: Low-Cost Browser Fingerprints for Mitigating Dictionary Attacks against Web Authentication Mechanisms
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit
- article
- Annual Computer Security Applications Conference (ACSAC 2020), Dec 2020, Austin, United States. ⟨10.1145/3427228.3427297⟩
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-
- titre
- Localize to Classify and Classify to Localize: Mutual Guidance in Object Detection
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- ACCV 2020 - The 15th Asian Conference on Computer Vision, Nov 2020, Kyoto / Virtual, Japan. pp.1-15
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-
- titre
- How to use Model Checking for Diagnosing Fault Patterns in Petri nets
- auteur
- Johanne Bakalara, Yannick Pencolé, Audine Subias
- article
- WODES 2020 - 15th IFAC Workshop on Discrete Event Systems, Nov 2020, Virtual, Brazil. pp.1-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Adversarial regularization for explainable-by-design time series classification
- auteur
- Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Romain Tavenard
- article
- ICTAI 2020 - 32th International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2020, online, Greece. pp.1-9
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- titre
- A Novel Path-based Entity Relatedness Measure for Efficient Collective Entity Linking
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Nov 2020, Athens, Greece
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- titre
- Revisiting RDF storage layouts for efficient query answering
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Tayeb Merabti, Marie-Laure Mugnier
- article
- SSWS 2020 - 13th International Workshop on Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems, Nov 2020, Athène, Greece. pp.17-32
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- titre
- A Proposal for Nested Results in SPARQL
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- ISWC 2020 Posters, Demos, and Industry Tracks, Nov 2020, Athens, Greece
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- titre
- An extension of chronicles temporal model with taxonomies
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
- article
- BDA 2020 - 36ème Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10
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- titre
- Multispectral Fusion for Object Detection with Cyclic Fuse-and-Refine Blocks
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abou Dabi, United Arab Emirates. pp.1-5
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-
- titre
- Improving Anchor-based Explanations
- auteur
- Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
- article
- CIKM 2020 - 29th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Oct 2020, Galway / Virtual, Ireland. pp.3269-3272, ⟨10.1145/3340531.3417461⟩
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- titre
- SYSBOOSTER, application of Data Science to surveillance of systems for detection or anticipation of dysfunctions or failures of systems
- auteur
- Alain Celisse, Olivier Gauriau, Margot Corréard, Jean-François Bouin, Lennart Priester, Ronald Naumann, Emmanuel Arbaretier, Michel Kaczmarek, Uwe Schmietainski, Hagen Friedrich
- article
- Congrès Lambda Mu 22 « Les risques au cœur des transitions » (e-congrès) - 22e Congrès de Maîtrise des Risques et de Sûreté de Fonctionnement, Institut pour la Maîtrise des Risques, Oct 2020, Le Havre (e-congrès), France. pp.1-9
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- titre
- Expedition in the Update Universe
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Dynamic Logic. New Trends and Applications. DaLi 2020., Oct 2020, Prague, Czech Republic. pp.1-16, ⟨10.1007/978-3-030-65840-3_1⟩
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- titre
- Generalized Chronicles for Temporal Sequence Classification
- auteur
- Thomas Guyet, Yann Dauxais
- article
- AALTD 2020 - International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2020, Ghent, Belgium. pp.30-45, ⟨10.1007/978-3-030-65742-0_3⟩
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-
- titre
- Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
- auteur
- Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos
- article
- Web Services - ICWS 2020 - 27th International Conference, Held as Part of the Services Conference Federation, SCF 2020, Sep 2020, Honolulu, United States. pp.77-95, ⟨10.1007/978-3-030-59618-7⟩
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- titre
- An Algebra of Deterministic Propositional Acceptance Automata (DPAA)
- auteur
- Aurélien Lamercerie, Benoît Caillaud
- article
- FDL 2020 - Forum on specification & Design Languages, Sep 2020, Kiel, Germany. pp.1-8
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- titre
- A Student-oriented Tool to Support Course Selection in Academic Counseling Sessions
- auteur
- Jaime Castells, Poul-Doust Mohammad, Luis Galárraga, Gonzalo Méndez, Margarita Ortiz-Rojas, Alberto Jiménez
- article
- LAUR 2020 - Workshop on Adoption, Adaptation and Pilots of Learning Analytics in Under-represented Regions co-located with the 15th European Conference on Technology Enhanced Learning 2020, Sep 2020, Virtual Event, Germany. pp.1-10
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-
- titre
- A Graph-Theoretic Barcode Ordering Model for Linked-Reads
- auteur
- Yoann Dufresne, Chen Sun, Pierre Marijon, Dominique Lavenier, Cedric Chauve, Rayan Chikhi
- article
- WABI 2020 - 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2020, Pisa, Italy. pp.11 - 12, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2020.11⟩
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- titre
- Integrating Writing Dynamics in CNN for Online Children Handwriting Recognition
- auteur
- Simon Corbillé, Elisa Fromont, Eric Anquetil, Pauline Nerdeux
- article
- 17th International Conference on Frontiers in Handwriting Recognition (ICFHR), Sep 2020, Dortmund, Germany
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- titre
- MASCARA (ModulAr Semantic CAching fRAmework) towards FPGA acceleration for IoT Security monitoring
- auteur
- van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
- article
- VLIoT 2020 - International Workshop on Very Large Internet of Things, Sep 2020, Tokyo, Japan. pp.14-23
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- titre
- Obi-Wan: Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- VLDB 2020 - 46th International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2020, Tokyo, Japan
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-
- titre
- Declarative mining of negative sequential patterns
- auteur
- Philippe Besnard, Thomas Guyet
- article
- 1st Declarative Problem Solving Workshop (DPSW 2020) @ ECAI 2020, Pedro Cabalar (CITIC-Univ. A Coruña, Spain); Andreas Herzig (Tolouse Univ, France); David Pearce (Univ. Politécnica Madrid, Spain); Torsten Schaub (Univ. Potsdam, Germany); Stefan Woltran (Vienna Univ. Tech. Austria), Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-8
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- titre
- Semantics of negative sequential patterns
- auteur
- Thomas Guyet, Philippe Besnard
- article
- 24 th European Conference on Artificial Intelligence (ECAI 2020), European Association for Artificial Intelligence (EurAI); Spanish AI Society (AEPIA); University of Santiago de Compostela (CiTIUS), Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-7
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- titre
- Cooking related Carbon Footprint Evaluationand Optimisation
- auteur
- Damien Alvarez de Toledo, Laurent d'Orazio, Frédéric Andrès, Maria Leite
- article
- International Workshop on Intelligent Data – From Data to Knowledge (DOING 2020), Aug 2020, Lyon, France
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-
- titre
- A Scored Semantic Cache Replacement Strategy for Mobile Cloud Database Systems
- auteur
- Zachary Arani, Drake Chapman, Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Taras Basiuk
- article
- International Workshop on BI & BIG DATA APPLICATIONS (BBIGAP) @ ADBIS, Aug 2020, Lyon, France
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- titre
- Optimization for Large-Scale Fuzzy Joins Using Fuzzy Filters in MapReduce
- auteur
- Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent d'Orazio
- article
- FUZZ-IEEE 2020 - International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2020, Glasgow, United Kingdom. pp.1-8, ⟨10.1109/FUZZ48607.2020.9177610⟩
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- titre
- Online publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
- article
- 1st International Workshop on Law and Machine Learning LML2020, in conjunction with ICML 2020, Jul 2020, Vienna, Austria
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- titre
- Hybridation d'approches « transparentes » et basées « Deep Learning » pour l'analyse automatisée de productions graphiques d'élèves dans le contexte de l'éducation
- auteur
- Simon Corbillé, Eric Anquetil, Elisa Fromont
- article
- SIFED 2020 - Symposium International Francophone sur l’Ecrit et le Document, Jul 2020, En ligne, France
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- titre
- Guess Who ?" Large-Scale Data-Centric Study of the Adequacy of Browser Fingerprints for Web Authentication
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaetan Le Guelvouit
- article
- International Conference on Innovative Mobile and Internet Services in Ubiquitous Computing (IMIS), Jul 2020, Lodz, Poland. pp.161-172, ⟨10.1007/978-3-030-50399-4_16⟩
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- titre
- Towards a better understanding of the low discovery rate of short-read based insertion variant callers
- auteur
- Wesley Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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- titre
- ComPotts: Optimal alignment of coevolutionary models for protein sequences
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France. pp.1-8
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- titre
- Steps in the Representation of Concept Lattices and Median Graphs
- auteur
- Alain Gély, Miguel Couceiro, Laurent Miclet, Amedeo Napoli
- article
- CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Sadok Ben Yahia; Francisco José Valverde Albacete; Martin Trnecka, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.1-11
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- titre
- Transduction sémantique pour la modélisation de système
- auteur
- Aurélien Lamercerie
- article
- PFIA 2020 - Plate-Forme de l'Intelligence Artificielle (PFIA), rencontres RJCIA, Jun 2020, Angers, France. pp.1-6
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- titre
- Practical comparison of FCA extensions to model indeterminate value of ternary data
- auteur
- Priscilla Keip, Sébastien Ferré, Alain Gutierrez, Marianne Huchard, Pierre Silvie, Pierre Martin
- article
- CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.197-208
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- titre
- Data Centric Workflows for Crowdsourcing
- auteur
- Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- Petri Nets 2020 - 41st International Conference on Application and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2020, Paris, France. pp.1-39
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- titre
- Méthodes de Fusion de Cartes de Caractéristiques pour la Détection Multispectrale par Réseaux de Neurones Profonds
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- RFIAP 2020 - Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
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-
- titre
- Bandits manchots avec échantillonnage de Thompson pour des recommandations multiples suivant un modèle fondé sur les positions
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
- article
- CAp 2020 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fast and Exact Rule Mining with AMIE 3
- auteur
- Jonathan Lajus, Luis Galárraga, Fabian Suchanek
- article
- ESWC 2020 - 17th International Semantic Web Conference, May 2020, Virtual Event, Greece. pp.36-52, ⟨10.1007/978-3-030-49461-2_3⟩
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- titre
- GraphMDL: Graph Pattern Selection based on Minimum Description Length
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany. ⟨10.1007/978-3-030-44584-3_5⟩
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- titre
- Overlapping Hierarchical Clustering (OHC)
- auteur
- Ian Jeantet, Zoltan Miklos, David Gross-Amblard
- article
- Inteligent Data Analysis (IDA 2020), Apr 2020, Konstanz, Germany
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- titre
- Widening for MDL-based Retail Signature Discovery
- auteur
- Clément Gautrais, Peggy Cellier, Matthijs van Leeuwen, Alexandre Termier
- article
- IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany. pp.1-12
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- titre
- A Persistent Memory-Aware Buffer Pool Manager Simulator for Multi-Tenant Cloud Databases
- auteur
- Taras Basiuk, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
- article
- International Workshop on Big Data Management on Emerging Hardware, Apr 2020, Dallas, United States
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- titre
- Think Cities: the accelerator for sustainable planning
- auteur
- Gwenaelle Carfantan, Florian Daniel, Laurent d'Orazio, Trung-Dung Le, Xavier Marin, Olivier Peau, Hervé Rannou
- article
- International Workshop on Data-Driven Smart Cities (DASC@ICDE), Apr 2020, Dallas, United States
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- titre
- Task-Tuning in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
- auteur
- Joris Duguépéroux, Antonin Voyez, Tristan Allard
- article
- International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.5441/002/edbt.2020.79⟩
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- titre
- REMI: Mining Intuitive Referring Expressions on Knowledge Bases
- auteur
- Luis Galárraga, Julien Delaunay, Jean-Louis Dessalles
- article
- EDBT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Virtual Event, Denmark. pp.387-390, ⟨10.5441/002/edbt.2020.39⟩
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- titre
- Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- EDBT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark. pp.299-310, ⟨10.5441/002/edbt.2020.27⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Distributed Multi-Sensor Machine Learning Approach to Earthquake Early Warning
- auteur
- Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
- article
- In Proceedings of the 34th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2020, New York, United States. pp.403-411, ⟨10.1609/aaai.v34i01.5376⟩
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- titre
- Profilage et prédiction : de l’usage des algorithmes en matière pénale
- auteur
- Laurent Rousvoal, Tristan Allard, Elisa Fromont
- article
- 2020 - Festival des libertés numériques, INSA Rennes, Université Rennes 2, URFIST de Rennes., Feb 2020, Rennes, France
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- titre
- Construction guidée de requêtes analytiques sur des graphes RDF
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Atelier Web des Données, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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- titre
- GraphMDL : sélection de motifs de graphes avec le principe MDL
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- EGC 2020, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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- titre
- Modelisation de l'incertitude et de l'imprecision de donnees de crowdsourcing : MONITOR
- auteur
- Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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-
- titre
- Énumération des occurrences d'une chronique
- auteur
- Thomas Guyet, Philippe Besnard, Ahmed Samet, Nasreddine Ben Salha, Nicolas Lachiche
- article
- EGC 2020 - 20ème édition de la Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ARES : un extracteur d'exigences pour la modélisation de systèmes
- auteur
- Aurélien Lamercerie
- article
- EGC 2020 - Extraction et Gestion des Connaissances (Atelier - Fouille de Textes - Text Mine), Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.1-4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Énumération des occurrences d'une chronique
- auteur
- Thomas Guyet, Philippe Besnard, Nasreddine Ben Salha, Ahmed Samet, Nicolas Lachiche
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, EGC 2020, Brussels, Belgium, January 27-31, 2020, Jan 2020, Bruxelles, Belgium. pp.253-260
- Accès au bibtex
-
- titre
- Approximating Longest Common Substring with k mismatches: Theory and Practice
- auteur
- Garance Gourdel, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Tatiana Starikovskaya
- article
- CPM 2020 - 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2020.16⟩
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-
Book sections
- titre
- Integrative models for TGF-$\beta$ signaling and extracellular matrix
- auteur
- Nathalie Theret, Jérôme Feret, Arran Hodgkinson, Pierre Boutillier, Pierre Vignet, Ovidiu Radulescu
- article
- Sylvie Ricard-Blum. Extracellular Matrix Omics, 7, Springer, pp.17, 2020, Biology of Extracellular Matrix, 978-3-030-58329-3. ⟨10.1007/978-3-030-58330-9_10⟩
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-
- titre
- IA et bioinformatique
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Sébastien Konieczny; Henri Prade. L’intelligence artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?, Cépaduès, pp.101, 2020, 9782364938502
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-
- titre
- Ouvrir la boîte noire des algorithmes de personnalisation
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs, Julien Lolive
- article
- Le profilage en ligne : entre libéralisme et régulation, Mare & Martin, 2020, Libre droit, 978-2-84934-466-8
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-
- titre
- Formal Concept Analysis: From Knowledge Discovery to Knowledge Processing
- auteur
- Sébastien Ferré, Marianne Huchard, Mehdi Kaytoue, Sergei Kuznetsov, Amedeo Napoli
- article
- Pierre Marquis; Odile Papini; Henri Prade. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, 2, Springer International Publishing, pp.411-445, 2020, AI Algorithms, 978-3-030-06167-8. ⟨10.1007/978-3-030-06167-8_13⟩
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-
- titre
- Artificial Intelligence and Bioinformatics
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Marquis, P., Papini, O., Prade, H. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, III, Springer, pp.575, 2020, Interfaces and Applications of Artificial Intelligence, 978-3-030-06169-2
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- From databases to artificial intelligence
- auteur
- Zoltan Miklos
- article
- Databases [cs.DB]. Université de Rennes 1 [UR1], 2020
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-
- titre
- Enhancing sequential pattern mining with time and reasoning
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2020
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-
Lectures
- titre
- Green IT - Le matériel de l'immatériel
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- École d'ingénieur. France. 2020
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-
Master thesis
- titre
- Rapport de stage Master 2 : Apprentissage et étude de Transformer pour la classification en familles protéiques
- auteur
- Nicolas Buton
- article
- Intelligence artificielle [cs.AI]. 2020
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-
- titre
- AlPha: A Mixed Integer Linear Programming Approach for Genome Haplotyping
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2020
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-
- titre
- Amélioration du positionnement de fragments ADN pour réalisation de séquences consensus dans le contexte de l’assemblage de novo de longues lectures
- auteur
- Victor Epain
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2020
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-
Other publications
- titre
- Nanopore MinION long read sequencer: an overview of its error landscape
- auteur
- Clara Delahaye, Jacques Nicolas
- article
- 2020
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-
Books
- titre
- Actes de l’atelier HIA 2020: Humains et IA, travailler en intelligence
- auteur
- David Gross-Amblard
- article
- 2020
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-
Poster communications
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- Biodiversity Genomics 2020, Oct 2020, Online, France.
- Accès au bibtex
-
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩
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-
- titre
- Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Eric Guédon, Jacques Nicolas
- article
- JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France
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-
- titre
- Concepts de voisins dans les graphes RDF : Une extension Jena et une interface graphique
- auteur
- Nicolas Fouqué, Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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-
- titre
- Dynamic modeling of nutrient use and sows’ individual requirements
- auteur
- Charlotte Gaillard, Raphaël Gauthier, Jean-Yves Dourmad
- article
- Final conference for the European project Feed-a-Gene, Jan 2020, Rennes, France. 2020
- Accès au bibtex
-
Documents associated with scientific events
- titre
- GraphMDL Visualizer: Interactive Visualization of Graph Patterns
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- GEM: Graph Embedding and Mining Workshop @ ECML-PKDD 2020, Sep 2020, Ghent, Belgium
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-
- titre
- Interface de Recueil de Données Imparfaites pour le CrowdSourcing
- auteur
- Constance Thierry, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak, Pierrick Uro
- article
- EGC 2020 - Humains et IA, travailler en intelligence Atelier de la conférence, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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-
Proceedings
- titre
- Proceedings of the BDA 2020 conference
- auteur
- Bernd Amann, François Goasdoué
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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-
- titre
- Atelier MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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-
- titre
- Rapport de conjoncture 2019 : CID 51 Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant
- auteur
- Franck Picard, Myriam Ferro, Alice Cleynen, Marie Doumic, Xavier Duchemin, Guillaume Fertin, Jonathan Filee, Philippe Juin, Romain Koszul, Rafael Laboissiere, Dominique Lavenier, Thérèse Malliavin, Antonio Monari, Isabelle Nondier, Françoise Peyrin, Pierre Pouget, David Vallenet, Rufin Vanrullen, Stéphane Vezian, Aleksandra Walczak
- article
- Comité national de la recherche scientifique. 2020
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-
Theses
- titre
- Leveraging browser fingerprinting for web authentication
- auteur
- Tompoariniaina Nampoina Andriamilanto
- article
- Systems and Control [cs.SY]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S045⟩
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-
- titre
- Filters based fuzzy big joins
- auteur
- Thi To Quyen Tran
- article
- Databases [cs.DB]. Université Rennes 1; Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S070⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification de signature causale pathologie par intégration de données multi-omiques
- auteur
- Méline Wery
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S071⟩
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-
- titre
- Caractérisation et détection d'insertions constitutionnelles de grande taille dans le cadre d'un usage médical
- auteur
- Wesley Delage
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S049⟩
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-
- titre
- Structural variant genotyping with long read data
- auteur
- Lolita Lecompte
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S054⟩
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-
- titre
- Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data : application to B cell differentiation and follicular lymphoma non coding mutations
- auteur
- Marine Louarn
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S088⟩
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-
- titre
- Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data
- auteur
- Marine Louarn
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Investigation of a framework for seasonal time series forecasting
- auteur
- Colin Leverger
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S033⟩
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-
- titre
- Frequent itemset sampling of high throughput streams on FPGA accelerators
- auteur
- Maël Gueguen
- article
- Embedded Systems. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S053⟩
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-
- titre
- Enhancing Performance and Explainability of Multivariate Time Series Machine Learning Methods : Applications for Social Impact in Dairy Resource Monitoring and Earthquake Early Warning
- auteur
- Kevin Fauvel
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S043⟩
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-
- titre
- Protecting workers in crowdsourcing platforms : a technical perspective
- auteur
- Joris Duguépéroux
- article
- Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S023⟩
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-
- titre
- Combination of supervised and unsupervised classifiers based on belief functions
- auteur
- Na Li
- article
- Image Processing [eess.IV]. University of Rennes I, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Modeling and management of imperfect preferences with the theory of belief functions
- auteur
- Yiru Zhang
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S006⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Cost and Quality Assurance in Crowdsourcing Workflows
- auteur
- Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- 2020
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-
- titre
- Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in fall armyworms
- auteur
- Ki Woong Nam, Sylvie Gimenez, Frederique Hilliou, Carlos A Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Emmanuelle d'Alençon
- article
- 2020
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-
- titre
- Community-Driven Data Analysis Training for Biology
- auteur
- Bérénice Batut, Saskia Hiltemann, Andrea Bagnacani, Dannon Baker, Vivek Bhardwaj, Clemens Blank, Anthony Bretaudeau, Loraine Brillet-Guéguen, John K. Chilton, Dave Clements, Olivia Doppelt-Azeroual, Anika Erxleben, Mallory Ann Freeberg, Simon Gladman, Youri Hoogstrate, Hans-Rudolf Hotz, Torsten Houwaart, Pratik Jagtap, Delphine Larivière, Gildas Le Corguillé, Thomas Manke, Fabien Mareuil, Fidel Ramírez, Devon Ryan, Florian Christoph Sigloch, Nicola Soranzo, Joachim Wolff, Pavankumar Videm, Markus Wolfien, Aisanjiang Wubuli, Dilmurat Yusuf, James Taylor, Rolf Backofen, Anton Nekrutenko, Bjorn Grüning
- article
- 2020
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-
- titre
- SEPAR: Towards Regulating Future of Work Multi-Platform Crowdworking Environments with Privacy Guarantees
- auteur
- Mohammad Javad Amiri, Joris Duguépéroux, Tristan Allard, Divyakant Agrawal, Amr El Abbadi
- article
- 2020
- Accès au bibtex
-
- titre
- Assemblage de Novo de Longues Lectures Par Programmation Linéaire
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- 2020
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-
- titre
- Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
- auteur
- Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette J. Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
- article
- 2020
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-
2019
Journal articles
- titre
- RNA interference identifies domesticated viral genes involved in assembly and trafficking of virus-derived particles in ichneumonid wasps
- auteur
- Ange Lorenzi, Marc Ravallec, Magali Eychenne, Véronique Jouan, Stéphanie Robin, Isabelle Darboux, Fabrice Legeai, Anne-Sophie Gosselin-Grenet, Mathieu Sicard, Don Stoltz, Anne Nathalie Volkoff
- article
- PLoS Pathogens, 2019, 15 (12), pp.e1008210. ⟨10.1371/journal.ppat.1008210⟩
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-
- titre
- Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus
- auteur
- Delphine Nègre, Méziane Aite, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Loraine Brillet-Guéguen, Xi Liu, Philippe Bordron, Olivier Godfroy, Agnieszka P. Lipinska, Catherine Leblanc, Anne Siegel, Simon Dittami, Erwan Corre, Gabriel V. Markov
- article
- Antioxidants , 2019, 8 (11), pp.564. ⟨10.3390/antiox8110564⟩
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-
- titre
- Pourquoi le client doit il être parfait ?
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- Survey Magazine, 2019, pp.18-19
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-
- titre
- Differential Expression of Candidate Salivary Effector Genes in Pea Aphid Biotypes With Distinct Host Plant Specificity
- auteur
- Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Julie Jaquiéry, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
- article
- Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1301. ⟨10.3389/fpls.2019.01301⟩
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-
- titre
- Principles for a Judgement Editor Based on Binary Decision Diagrams
- auteur
- Guillaume Aucher, Jean Berbinau, Marie-Laure Morin
- article
- Journal of Applied Logics -IfCoLog Journal of Logics and their Applications, 2019, Special Issue: Reasoning for Legal AI, 6 (5), pp.33
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-
- titre
- The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
- auteur
- Jon Ison, Hans Ienasescu, Piotr Chmura, Emil Rydza, Hervé Ménager, Matúš Kalaš, Veit Schwämmle, Bjorn Grüning, Niall Beard, Rodrigo Lopez, Severine Duvaud, Heinz Stockinger, Bengt Persson, Radka Svobodová Vařeková, Tomáš Raček, Jiří Vondrášek, Hedi Peterson, Ahto Salumets, Inge Jonassen, Rob Hooft, Tommi Nyrönen, Alfonso Valencia, Salvador Capella, Josep Gelpí, Federico Zambelli, Babis Savakis, Brane Leskošek, Kristoffer Rapacki, Christophe Blanchet, Rafael Jimenez, Arlindo Oliveira, Gert Vriend, Olivier Collin, Jacques van Helden, Peter Løngreen, Søren Brunak
- article
- Genome Biology, 2019, 20 (164), pp.1-4. ⟨10.1186/s13059-019-1772-6⟩
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-
- titre
- SHAMAN : Symbolic and Human-centric view of dAta MANagement
- auteur
- François Goasdoué
- article
- Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2019
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-
- titre
- Handling probabilistic integrity constraints in pay-as-you-go reconciliation of data models
- auteur
- Nguyen Quoc Viet Hung, Matthias Weidlich, Nguyen Thanh Tam, Zoltan Miklos, Karl Aberer, Avigdor Gal, Bela Stantic
- article
- Information Systems, 2019, 83, pp.166-180. ⟨10.1016/j.is.2019.04.002⟩
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-
- titre
- Expression and efficient evaluation of fuzzy quantified structural queries to fuzzy graph databases
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- Fuzzy Sets and Systems, 2019, 366, pp.3-17. ⟨10.1016/j.fss.2018.06.002⟩
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-
- titre
- Evolution of the human cold/menthol receptor, TRPM8
- auteur
- Samuel Blanquart, Anne-Sophie Borowiec, Philippe Delcourt, Martin Figeac, Christopher A Emerling, Andrea S Meseguer, Morad Roudbaraki, Natalia Prevarskaya, Gabriel Bidaux
- article
- Molecular Phylogenetics and Evolution, 2019, 136, pp.104-118. ⟨10.1016/j.ympev.2019.04.011⟩
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-
- titre
- Summarizing Semantic Graphs: A Survey
- auteur
- Sejla Cebiric, François Goasdoué, Haridimos Kondylakis, Dimitris Kotzinos, Ioana Manolescu, Georgia Troullinou, Mussab Zneika
- article
- The VLDB Journal, 2019, 28 (3)
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-
- titre
- Dynamic modeling of nutrient use and individual requirements of lactating sows
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Charlotte Gaillard, Laetitia Cloutier, Fréderic Guay, Jean-Yves Dourmad
- article
- Journal of Animal Science, 2019, 97 (7), pp.2822-2836. ⟨10.1093/jas/skz167⟩
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-
- titre
- Evidence for an ichnovirus machinery in parasitoids of coleopteran larvae
- auteur
- Stéphanie Robin, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, James Whitfield, Véronique Jouan, Fabrice Legeai, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- Virus Research, 2019, 263, pp.189-206. ⟨10.1016/j.virusres.2019.02.001⟩
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-
- titre
- Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints
- auteur
- Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart
- article
- PeerJ, 2019, 7, pp.1-35. ⟨10.7717/peerj.6559⟩
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-
- titre
- Computing and Explaining Query Answers over Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
- auteur
- Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
- article
- Journal of Artificial Intelligence Research, 2019, 64, pp.563-644. ⟨10.1613/jair.1.11395⟩
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-
- titre
- Platform Design for Crowdsourcing and Future of Work
- auteur
- David Gross-Amblard, Atsuyuki Morishima, Saravanan Thirumuruganathan, Marion Tommasi, Ko Yoshida
- article
- Bulletin of the Technical Committee on Data Engineering, 2019, 42 (4)
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sequence selection by FitSS4ASR alleviates ancestral sequence reconstruction as exemplified for geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
- auteur
- Kristina Straub, Mona Linde, Cosimo Kropp, Samuel Blanquart, Patrick Babinger, Rainer Merkl
- article
- Biological Chemistry, 2019, 400 (3), pp.367-381. ⟨10.1515/hsz-2018-0344⟩
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-
- titre
- Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
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-
- titre
- The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
- auteur
- Thomas Darde, Estelle Lecluze, Aurélie Lardenois, Isabelle Stévant, Nathan Alary, Frank Tüttelmann, Olivier Collin, Serge Nef, Bernard Jégou, Antoine D. Rolland, Fréderic Chalmel
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3133-3139. ⟨10.1093/bioinformatics/btz047⟩
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-
- titre
- queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3203-3205. ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩
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-
- titre
- Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
- auteur
- Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés A Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
- article
- BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans
- auteur
- Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret
- article
- Toxicology Letters, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩
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-
- titre
- Role of the acquisition of a type 3 secretion system in the emergence of novel pathogenic strains of Xanthomonas
- auteur
- Valérian Méline, Wesley Delage, Chrystelle Brin, Camille Li-Marchetti, Daniel Sochard, Matthieu Arlat, Céline Rousseau, Armelle Darrasse, Martial Briand, Guillaume Lebreton, Perrine Portier, Marion Fischer-Le Saux, Karine Durand, Marie-Agnès Jacques, Etienne Belin, Tristan Boureau
- article
- Molecular Plant Pathology, 2019, 20 (1), pp.33-50. ⟨10.1111/mpp.12737⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Data-driven Assessment of Structural Evolution of RDF Graphs
- auteur
- Carlos Bobed, Pierre Maillot, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, In press
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks
- auteur
- Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Complete Assembly of Circular and Chloroplast Genomes Based on Global Optimization
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sébastien François, Dominique Lavenier
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, In press, pp.1-28. ⟨10.1142/S0219720019500148⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ontology population with deep learning-based NLP: a case study on the Biomolecular Network Ontology
- auteur
- Ali Ayadi, Ahmed Samet, François de Bertrand de Beuvron, Cecilia Zanni-Merk
- article
- Procedia Computer Science, 2019, 159, pp.572-581. ⟨10.1016/j.procs.2019.09.212⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Toward a Framework for Seasonal Time Series Forecasting Using Clustering
- auteur
- Colin Leverger, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Vincent Lemaire, Alexis Bondu, Alexandre Termier
- article
- IDEAL 2019, Nov 2019, Manchester, United Kingdom. pp.328-340, ⟨10.1007/978-3-030-33607-3_36⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling uncertainty and inaccuracy on data from crowdsourcing platforms: MONITOR
- auteur
- Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
- article
- IEEE 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI'19), Nov 2019, Portland, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Admissible generalizations of examples as rules (2019)
- auteur
- Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
- article
- 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2019), IEEE, Nov 2019, Portland, OR, United States. ⟨10.1109/ICTAI.2019.00211⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Agnostic local explanation for time series classification
- auteur
- Maël Guilleme, Véronique Masson, Laurence Rozé, Alexandre Termier
- article
- ICTAI 2019 - 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2019, Portland, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- On Complex Value Relations in Hive
- auteur
- Matthieu Pilven, Stefanie Scherzinger, Laurent d'Orazio
- article
- International Workshop on Modeling and Management of Big Data, Nov 2019, Salvador, Bahia, Brazil
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BeLink: Querying Networks of Facts, Statements and Beliefs
- auteur
- Tien-Duc Cao, Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Xavier Tannier
- article
- CIKM 2019 - 28th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Nov 2019, Beijing, China. ⟨10.1145/3357384.3357851⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Learning boolean regulations based on prior-knowledge data: a logical-based viewpoint
- auteur
- Anne Siegel
- article
- SASB 2019 - 10th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, Oct 2019, Porto, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Profilage et « prédiction » : de la justice prédictive à la prédiction par l’intelligence artificielle
- auteur
- Tristan Allard, Alexandra Bensamoun, Laurent Rousvoal, Sandrine Turgis
- article
- Le profilage en ligne : Construction d'une approche globale à l'intersection du droit, de l'informatique et de la sociologie, Sandrine TURGIS, IODE UMR CNRS 6262, Université de Rennes 1; Johann BOURCIER, IRISA/INRIA UMR 6074, Université de Rennes 1, Sep 2019, Rennes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Increasing life science resources re-usability using Semantic Web technologies
- auteur
- Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- eScience 2019 - 15th International eScience Conference, Sep 2019, San Diego, United States. pp.1-9
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using Knowledge Base Semantics in Context-Aware Entity Linking
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
- article
- DocEng 2019 - 19th ACM Symposium on Document Engineering, Sep 2019, Berlin, Germany. pp.1-10, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improving Domain Adaptation By Source Selection
- auteur
- Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont
- article
- ICIP 2019 - IEEE International Conference on Image Processing, Sep 2019, Taïpei, Taiwan. ⟨10.1109/ICIP.2019.8803325⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Statistically Significant Discriminative Patterns Searching
- auteur
- Hoang Son Pham, Gwendal Virlet, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
- article
- DaWaK 2019 - 21st International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Aug 2019, Linz, Austria. pp.105-115, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using automated reasoning to explore unconventional organisms: a first step to explore host-microbial interactions
- auteur
- Anne Siegel
- article
- MPA 2019 - Conference on Metabolic Pathway Analysis, Aug 2019, Riga, Latvia
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards Sustainable Dairy Management - A Machine Learning Enhanced Method for Estrus Detection
- auteur
- Kevin Fauvel, Véronique Masson, Elisa Fromont, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
- article
- In Proceedings of the 25th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2019, Anchorage, United States. pp.3051-3059, ⟨10.1145/3292500.3330712⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An automatic land covers identification based on Dempster-Shafer theory for multi-spectral images
- auteur
- Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
- article
- IGARSS2019, Jul 2019, Yokohama, Japan
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read Data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Compressing and Querying Skypattern Cubes
- auteur
- Willy Ugarte, Samir Loudni, Patrice Boizumault, Bruno Crémilleux, Alexandre Termier
- article
- IEA/AIE-2019 - 32nd International Conference on Industrial, Engineering & Other Applications of Applied Intelligent Systems, Jul 2019, Graz, Austria. pp.406-421, ⟨10.1007/978-3-030-22999-3_36⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Linking pharmacological and medical knowledge using semantic Web technologies
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Yann Rivault, Olivier Dameron
- article
- useR! 2019 - Conférence internationale des utilisateurs de R, Jul 2019, Toulouse, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Classification de séries temporelles basée sur des "shapelets" interprétables par réseaux de neurones antagonistes
- auteur
- Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Etienne Menager, Loïc Mosser, Romain Tavenard
- article
- CAp 2019 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reference-guided genome assembly in metagenomic samples
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Conciliation of process description and molecular interaction networks using logical properties of ontology
- auteur
- Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources
- auteur
- Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, Emmanuel Oger, André Happe
- article
- 2019 - Workshop IA&Santé, PFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semantic(s) of negative sequential patterns
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- JIAF 2019 - 13èmes Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
- auteur
- Johanne Bakalara
- article
- AIME 2019 - 17th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, Jun 2019, Poznan, Poland. pp.1-7
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Biseau: An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Graph Visualization applied to FCA
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- ICFCA 2019 - International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Frankfort, Germany. pp.1-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression
- auteur
- Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
- article
- ICFCA 2019 - 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩
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-
- titre
- FRELS: Fast and Reliable Estimated Linguistic Summaries
- auteur
- Grégory Smits, Pierre Nerzic, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Processing Fuzzy Relational Queries Using Fuzzy Views
- auteur
- Emmanuel Doumard, Olivier Pivert, Grégory Smits, Virginie Thion
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
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- titre
- Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- CECAM 2019 - workshop on Co-evolutionary methods for the prediction and design of protein structure and interactions, CECAM-HQ-EPFL, Jun 2019, Lausanne, Switzerland. pp.1-2
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-
- titre
- Link Prediction in Knowledge Graphs with Concepts of Nearest Neighbours
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- The Semantic Web (ESWC), Jun 2019, Portoroz, Slovenia. pp.84-100
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-
- titre
- Reformulation-based query answering for RDF graphs with RDFS ontologies
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- ESWC 2019 - 16th European Semantic Web Conference, Jun 2019, Portoroz, Slovenia. pp.19-35, ⟨10.1007/978-3-030-21348-0_2⟩
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- titre
- Toward FPGA-Based Semantic Caching for Accelerating Data Analysis with Spark and HDFS
- auteur
- Marouan Maghzaoui, Laurent d'Orazio, Julien Lallet
- article
- ISIP 2019 - International Workshop on Information Search, Integration, and Personalization, May 2019, Fukuoka, Japan. pp.104-115, ⟨10.1007/978-3-030-30284-9_7⟩
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-
- titre
- A Linked Data Model for Facts, Statements and Beliefs
- auteur
- Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- The Web Conference 2019 - International Workshop on Misinformation, Computational Fact-Checking and Credible Web, May 2019, San Francisco, United States. ⟨10.1145/3308560.3316737⟩
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- titre
- CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
- auteur
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
- article
- Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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- titre
- Efficient exact associative structure for sequencing data
- auteur
- Camille Marchet, Maël Kerbiriou, Antoine Limasset
- article
- Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Whashinton, United States. pp.1-16
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- titre
- From Cost-Sensitive Classification to Tight F-measure Bounds
- auteur
- Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
- article
- AISTATS 2019 - 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, Apr 2019, Naha, Okinawa, Japan. pp.1245-1253
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- titre
- Incremental structural summarization of RDF graphs
- auteur
- François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
- article
- EDBT 2019 - 22nd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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- titre
- Range Query Processing for Monitoring Applications over Untrustworthy Clouds
- auteur
- Hoang Tran, Tristan Allard, Laurent D ' Orazio, Amr El Abbadi
- article
- International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal. ⟨10.5441/002/edbt.2019.82⟩
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- titre
- Optimizing DICOM data management with NSGA-G
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent D ′ Orazio
- article
- International Workshop on Design, Optimization, Languages and Analytical Processing of Big Data, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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- titre
- Dynamic estimation for medical data management in a cloud federation
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent D ′ Orazio
- article
- International Workshop on Data Analytics solutions for Real-LIfe APplications, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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- titre
- Accelerating Itemset Sampling using Satisfiability Constraints on FPGA
- auteur
- Mael Gueguen, Olivier Sentieys, Alexandre Termier
- article
- DATE 2019 - 22nd IEEE/ACM Design, Automation and Test in Europe, Mar 2019, Florence, Italy. pp.1046-1051, ⟨10.23919/DATE.2019.8714932⟩
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-
- titre
- A Belief Approach for Detecting Spammed Links in Social Networks
- auteur
- Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- International Conference on Agents and Artificial Intelligence, Feb 2019, Prague, Czech Republic
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- titre
- Prédiction de liens dans les graphes de connaissances avec les concepts de plus proches voisins
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2019, Metz, France
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- titre
- Localized Random Shapelets
- auteur
- Maël Guilleme, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Xavier Renard
- article
- International Workshop on Advanced Analysis and Learning on Temporal Data, 2019, Wurzburg, Germany. pp.85-97, ⟨10.1007/978-3-030-39098-3_7⟩
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Book sections
- titre
- An Improved Fuzzy Analytical Hierarchy Process for K-Representative Skyline Web Services Selection
- auteur
- Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader, Karim Benouaret
- article
- Modelling and Implementation of Complex Systems, pp.312-328, 2019, 978-3-030-05481-6. ⟨10.1007/978-3-030-05481-6_24⟩
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- titre
- On Categorial Grammatical Inference and Logical Information Systems
- auteur
- Denis Béchet, Annie Foret
- article
- Logic and Algorithms in Computational Linguistics 2018, Series: Advances in Intelligent Systems and Computing, Volume 860, pp.125-153, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-30077-7_6⟩
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- titre
- Measuring the Expertise of Workers for Crowdsourcing Applications
- auteur
- Jean-Christophe Dubois, Laetitia Gros, Mouloud Kharoune, Yolande Le Gall, Arnaud Martin, Zoltán Miklós, Hosna Ouni
- article
- Advances in Knowledge Discovery and Management, pp.139-157, 2019
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-
- titre
- Discriminant chronicle mining
- auteur
- Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
- article
- B. Pinaud; F. Guillet; F. Gandon and C. Largeron. Advances in Knowledge Discovery and Management (vol 8), Springer, Cham, pp.89-118, 2019, Advances in Knowledge Discovery and Management, 978-3-030-18128-4. ⟨10.1007/978-3-030-18129-1_5⟩
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-
- titre
- Conflict management in information fusion with belief functions
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- Eloi Bossé; Galina L. Rogova. Information quality in information fusion and decision making, pp.79-97, 2019, Information Fusion and Data Science, 978-3-030-03643-0
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Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Intelligence Artificielle pour l'aide à la décision des systèmes dynamiques : Diagnostic, Prévision, Recommandation d'actions
- auteur
- Christine Largouët
- article
- Intelligence artificielle [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2019
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- titre
- Quality Management of Information Systems - A Human-Centric Point of View
- auteur
- Virginie Thion
- article
- Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2019
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Special issue
- titre
- Intelligence artificielle et réseaux sociaux
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 103, 2019
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Master thesis
- titre
- Linear programming for metabolic network completion
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
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- titre
- De novo long reads assembly using integer linear programming
- auteur
- Victor Epain
- article
- Operations Research [math.OC]. 2019
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- titre
- Search engine for genomic sequencing data
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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-
- titre
- Régulation par les miARNs des gènes régulant la fécondité et le développement embryonnaire précoce chez le poisson médaka
- auteur
- Fanny Casse Encadrée
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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-
- titre
- Faster SPARQL Federated Queries
- auteur
- Antoine Abel
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
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-
- titre
- Evaluation of the public databases' relevance as comprehensive tools for pharmacological mechanisms
- auteur
- Pierre Beaudier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Stockage d'information sur ADN
- auteur
- Ariane Badual
- article
- Biotechnologie. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Caractérisation en modules fonctionnels de la famille de protéines ADAMTS / ADAMTSL
- auteur
- Olivier Dennler
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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Other publications
- titre
- L’intelligence naturelle : la science des données de l’IA
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- The Conversation L’expertise universitaire, l’exigence journalistique, 2019
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Poster communications
- titre
- Advanced Coding Schemes for DNA-Based Data Storage Using Nanopore Sequencing Technologies
- auteur
- Dominique Lavenier, Emeline Roux, Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum
- article
- Journées CominLabs 2019, Nov 2019, Rennes, France. 2019
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-
- titre
- ISNLP on AI for Education - Exploratory action 2019 : Exploratory experiments combining Information Systems and Natural Language Processing
- auteur
- Annie Foret
- article
- Cominlabs days, Nov 2019, Rennes, France
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- titre
- SVJedi : Structural variation genotyping using long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
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-
- titre
- From genomics to metagenomics: benchmark of variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Error Correction Schemes for DNA Storage with Nanopore Sequencing
- auteur
- Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum, Dominique Lavenier, Emeline Roux
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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- titre
- Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
- auteur
- Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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-
- titre
- Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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- titre
- Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis
- auteur
- Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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Documents associated with scientific events
- titre
- Understanding the evolution of science: analyzing evolving term co-occurrence graphs with spectral techniques
- auteur
- Zoltan Miklos, Mickaël Foursov, Franklin Lia, Ian Jeantet, David Gross-Amblard
- article
- Third international workshop on advances on managing and mining evolving graphs (LEG@ECMLPKDD), Sep 2019, Würzburg, Germany
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- titre
- Interface for collecting answers to equivocal questions for crowdsourcing
- auteur
- Constance Thierry, Yolande Le Gall, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak
- article
- Workshop Visualization & HCI for Crowd-Sourcing, Jun 2019, Clermont-Ferrand, France
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Proceedings
- titre
- Actes de la COnférence en Recherche d'Informations et Applications - CORIA 2018, Rennes, France, 16/05/2018 - 18/05/2018
- auteur
- Josiane Mothe, Peggy Cellier, Anne-Laure Ligozat
- article
- COnférence en Recherche d'Informations et Applications - CORIA 2018, ARIA : Association Francophone de Recherche d'Information et Applications, 2019
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Reports
- titre
- Kartu-Verbs: A Semantic Web Base of Inflected Verb Forms for the Georgian Language
- auteur
- Mireille Ducassé
- article
- [Research Report] IRISA. 2019
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- titre
- Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- [Technical Report] LIX, Ecole polytechnique; Inria Saclay. 2019
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Theses
- titre
- A search space of graph motifs for graph compression : from Powergraphs to triplet concepts
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2019. English. ⟨NNT : 2019REN1S060⟩
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- titre
- Data Management in a Cloud Federation
- auteur
- Trung Dung Le, Ecole Doctorale, Abdelkader Hameurlain, Karine Zeitouni
- article
- Computer Science [cs]. Rennes 1, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
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- titre
- MODELLING INTERACTIONS BETWEEN NODES IN A CREDIBILIST SOCIAL NETWORK
- auteur
- Salma Ben Dhaou
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Institut Supérieur de Gestion de Tunis, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
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Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
- auteur
- Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltán Miklós
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Earthquake Early Warning Dataset
- auteur
- Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
- article
- 2019
- Accès au bibtex
-
- titre
- The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga
- auteur
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Méziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E Minoche, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F Peters, Anne Siegel, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Data Centric Workflows for Crowdsourcing
- auteur
- Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Rituraj Singh, Zoltán Miklós
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations
- auteur
- Romuald Laso-Jadart, Kevin Sugier, Emmanuelle Petit, Karine Labadie, Pierre Peterlongo, Christophe Ambroise, Patrick Wincker, Jean-Louis Jamet, Mohammed-Amin Madoui
- article
- 2019
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-
- titre
- Deep learning languages: a key fundamental shift from probabilities to weights?
- auteur
- François Coste
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea
- auteur
- Majda Arif, Jérémy Gauthier, Kevin Sugier, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Pierre Peterlongo, Mohammed-Amin Madoui
- article
- Molecular Ecology Resources, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
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-
- titre
- Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda
- auteur
- Yves Moné, Sandra Nhim, Sylvie Gimenez, Fabrice Legeai, Imène Séninet, Hugues Parrinello, Nicolas Negre, Emmanuelle d'Alençon
- article
- BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-5119-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A belief combination rule for a large number of sources
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
- article
- Journal of Advances in Information Fusion, 2018, 13 (2)
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-
- titre
- Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
- auteur
- Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jousselin, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
- article
- Microbiome, 2018, 6 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s40168-018-0562-9⟩
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-
- titre
- Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Audric Cologne, Sophie Terrone, Louis Dulaurier, Jean-Baptiste Claude, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-21770-7⟩
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-
- titre
- A broad genomic panel of microsatellite loci from Brycon orbignyanus (Characiformes: Bryconidae) an endangered migratory Neotropical fish
- auteur
- Gabriel Yazbeck, Rafael Sachetto Oliveira, José Mauro Ribeiro, Raíssa Graciano, Rosiane Santos, Fausto Carmo, Dominique Lavenier
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.1-5. ⟨10.1038/s41598-018-26623-x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Hybrid Metabolic Network Completion
- auteur
- Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
- article
- Theory and Practice of Logic Programming, 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩
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-
- titre
- Genome sequence of the wheat stem sawfly, Cephus cinctus, representing an early-branching lineage of the Hymenoptera, illuminates evolution of hymenopteran chemoreceptors
- auteur
- Robert Robertson, Robert Waterhouse, Kimberly Walden, Livio Ruzzante, Maarten Reijnders, Brad Coates, Fabrice Legeai, Joanna Gress, Sezgi Biyiklioglu, David Weaver, Kevin Wanner, Hikmet H. Budak
- article
- Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (11), pp.2997-3011. ⟨10.1093/gbe/evy232⟩
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-
- titre
- Parallel Processing Strategies for Skyline Queries Tolerant to Outliers
- auteur
- Pierre Nerzic, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
- article
- International Journal of Intelligent Systems, 2018, 33 (10), pp.1992-2018
- Accès au bibtex
-
- titre
- A soft computing approach to big data summarization
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Ronald Yager, Pierre Nerzic
- article
- Fuzzy Sets and Systems, 2018, 348, pp.4-20
- Accès au bibtex
-
- titre
- MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis
- auteur
- Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Aurélie Le Cam, Anne Siegel, Julien Bobe, Violette Thermes
- article
- PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An Evidential Method for Correcting Noisy Information in Social Network
- auteur
- Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- Online Social Networks and Media, 2018, Volume 7, pp.30-44
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
- auteur
- Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2018, 34 (17), pp.i934 - i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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-
- titre
- Learning maximum excluding ellipsoids from imbalanced data with theoretical guarantees
- auteur
- Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
- article
- Pattern Recognition Letters, 2018, 112, pp.310-316. ⟨10.1016/j.patrec.2018.08.016⟩
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-
- titre
- Introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
- auteur
- Derek Greene, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Jesse Davis
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2018, 32 (5), pp.1177-1178. ⟨10.1007/s10618-018-0586-6⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Guest editors introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
- auteur
- Jesse Davis, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Derek Greene
- article
- Machine Learning, 2018, 107 (8-10), pp.1207-1208. ⟨10.1007/s10994-018-5745-x⟩
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-
- titre
- Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races
- auteur
- Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Fabrice Legeai, Lucie Mieuzet, Carole Smadja, Claire Lemaitre, Renaud Vitalis, Jean-Christophe Simon
- article
- Molecular Ecology, 2018, 27 (16), pp.3287 - 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩
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-
- titre
- A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems
- auteur
- Arnaud Meng, Camille Marchet, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Eric Pelletier, Ian Probert, Johan Decelle, Stéphane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner
- article
- Microbiome, 2018, pp.1-35. ⟨10.1186/s40168-018-0481-9⟩
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-
- titre
- Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants
- auteur
- Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, Jonghee Oh, Marimuthu Murugan, Michael Smith, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Frank White, James Carolan, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
- article
- Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combination of classifiers with optimal weight based on evidential reasoning
- auteur
- Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin
- article
- IEEE Transactions on Fuzzy Systems, 2018, 26 (3), pp.1217_1230. ⟨10.1109/TFUZZ.2017.2718483⟩
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-
- titre
- Finding Maximum Cliques on the D-Wave Quantum Annealer
- auteur
- Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Georg Hahn, Guillaume Rizk
- article
- Journal of Signal Processing Systems, 2018, ⟨10.1007/s11265-018-1357-8⟩
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-
- titre
- Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models
- auteur
- Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, Maria-Paz Cortés, Sebastián N Mendoza, Gregory Carrier, Olivier Dameron, Nicolas Guillaudeux, Mauricio Latorre, Nicolas Loira, Gabriel V Markov, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- PLoS Computational Biology, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩
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-
- titre
- De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae)
- auteur
- Bernhard Gschloessl, Franck Dorkeld, Philippe Audiot, Anthony Bretaudeau, Carole Kerdelhue, Rejane Streiff
- article
- Data in Brief, 2018, 17, pp.781-787. ⟨10.1016/j.dib.2018.01.073⟩
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-
- titre
- Modal logics of sabotage revisited
- auteur
- Guillaume Aucher, Johan Van Benthem, Davide Grossi
- article
- Journal of Logic and Computation, 2018, 28 (2), pp.269 - 303. ⟨10.1093/logcom/exx034⟩
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-
- titre
- Global Optimization for Scaffolding and Completing Genome Assemblies
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2018
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-
- titre
- From medico-administrative databases analysis to care trajectories analytics: an example with the French SNDS
- auteur
- Erwan Drezen, Thomas Guyet, André Happe
- article
- Fundamental & Clinical Pharmacology, 2018, 32 (1), pp.78-80. ⟨10.1111/fcp.12323⟩
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-
- titre
- TOXsIgN: a cross-species repository for toxicogenomic signatures
- auteur
- Thomas A. Darde, Pierre Gaudriault, Rémi Béranger, Clement Lancien, Annaelle Caillarec-Joly, Olivier Sallou, Nathalie Bonvallot, Cécile Chevrier, Séverine Mazaud-Guittot, Bernard Jégou, Olivier Collin, Emmanuelle Becker, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
- article
- Bioinformatics, 2018, 34 (12), pp.2116-2122. ⟨10.1093/bioinformatics/bty040⟩
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-
- titre
- Computational pan-genomics: status, promises and challenges
- auteur
- Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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-
- titre
- Semantic caching framework, an application to FPGA-based application for IoT security monitoring
- auteur
- Laurent d'Orazio, Julien Lallet
- article
- Open Journal of Internet of Things, 2018
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-
- titre
- Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data
- auteur
- Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
- article
- PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩
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-
- titre
- Data Science Techniques for Sustainable Dairy Management
- auteur
- Kévin Fauvel, Véronique Masson, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
- article
- ERCIM News, 2018, 113, pp.29-30
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-
- titre
- SELP: Semi-supervised evidential label propagation algorithm for graph data clustering
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhunga Liu
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2018, 92, pp.139-154. ⟨10.1016/j.ijar.2017.09.008⟩
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-
- titre
- De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
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-
Conference papers
- titre
- Adaptive Time, Monetary Cost Aware Query Optimization on Cloud Database Systems
- auteur
- Chenxiao Wang, Zach Arani, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
- article
- International workshop on Scalable Cloud Data Management (SCDM@BigData), Dec 2018, Seattle, United States
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-
- titre
- Combination of supervised learning and unsupervised learning based on object association for land cover classification
- auteur
- Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
- article
- DICTA2018, Dec 2018, Canberra, Australia
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-
- titre
- An efficient multi-objective genetic algorithm for cloud computing: NSGA-G
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
- article
- International Workshop on Benchmarking, Performance Tuning and Optimization for Big Data Applications (BPOD), Dec 2018, Seattle, United States
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-
- titre
- Sparklis over PEGASE Knowledge Graph: A New Tool for Pharmacovigilance
- auteur
- Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
- article
- International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS), Dec 2018, Antwerpen, Belgium
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-
- titre
- A Hybrid MCDM Framework for Efficient Web Services Selection Based on QoS
- auteur
- Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader
- article
- 2018 International Conference on Applied Smart Systems (ICASS), Nov 2018, Medea, Algeria. pp.1-6
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-
- titre
- Conciliation of medicine systems disease maps and other molecular interaction networks using logical properties of ontology
- auteur
- Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
- article
- Data Integration in the Life Sciences 5DILS 2018), Nov 2018, Hannover, Germany
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-
- titre
- Converting Alzheimer's disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data
- auteur
- Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- DILS 2018 - 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9
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-
- titre
- Modélisation du profil des contributeurs dans les plateformes de crowdsourcing
- auteur
- Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
- article
- 27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
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-
- titre
- Génération efficace de résumés linguistiques estimés
- auteur
- Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- LFA 2018 - 27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
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-
- titre
- Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- JFO 2018 - 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6
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- titre
- Tree-based Cost-Sensitive Methods for Fraud Detection in Imbalanced Data
- auteur
- Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
- article
- IDA 2018 - 17th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Oct 2018, ‘s-Hertogenbosch, Netherlands. pp.213-224, ⟨10.1007/978-3-030-01768-2_18⟩
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-
- titre
- Rewriting-Based Query Answering for Semantic Data Integration Systems
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- BDA: Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2018, Bucarest, Romania
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-
- titre
- Admissible generalizations of examples as rules (2018)
- auteur
- Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
- article
- One-day Workshop on Machine Learning and Explainability, Christel Vrain, Université d' Orléans, Oct 2018, Orléans, France
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-
- titre
- Answering Provenance-Aware Queries on RDF Data Cubes under Memory Budgets
- auteur
- Luis Galárraga, Kim Ahlstrøm, Katja Hose, Torben Bach Pedersen
- article
- ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.547-565, ⟨10.1007/978-3-030-00671-6_32⟩
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-
- titre
- Browsing Linked Data Catalogs with LODAtlas
- auteur
- Emmanuel Pietriga, Hande Gözükan, Caroline Appert, Marie Destandau, Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.137-153, ⟨10.1007/978-3-030-00668-6_9⟩
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-
- titre
- Evidential community detection based on density peaks
- auteur
- Kuang Zhou, Quan Pan, Arnaud Martin
- article
- BELIEF 2018 - The 5th International Conference on Belief Functions, Sep 2018, Compiègne, France
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-
- titre
- Evidential Independence Maximization on Twitter Network
- auteur
- Siwar Jendoubi, Mouna Chebbah, Arnaud Martin
- article
- 5th International Conference, Belief 2018, Sep 2018, Compiègne, France
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-
- titre
- An empirical study to determine the optimal k in Ek-NNclus method
- auteur
- Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
- article
- 5th International Conference on Beleif Functions (BELIEF2018), BFAS, Sep 2018, Compiègne, France
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-
- titre
- Day-ahead time series forecasting: application to capacity planning
- auteur
- Colin Leverger, Vincent Lemaire, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Laurence Rozé
- article
- AALTD'18 - 3nd ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2018, Dublin, Ireland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- KaSa: A Static Analyzer for Kappa
- auteur
- Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, Nathalie Théret, Pierre Vignet
- article
- CMSB 2018 - 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩
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-
- titre
- Mining Periodic Patterns with a MDL Criterion
- auteur
- Esther Galbrun, Peggy Cellier, Nikolaj Tatti, Alexandre Termier, Bruno Crémilleux
- article
- ECML/PKDD 2018 European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.535-551, ⟨10.1007/978-3-030-10928-8_32⟩
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-
- titre
- Predicting Pass Receiver In Football Using Distance Based Features
- auteur
- Yann Dauxais, Clément Gautrais
- article
- MLSA 2018 - 5th Workshop on Machine Learning and Data Mining for Sports Analytic of ECML/PKDD, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.1-7
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
- auteur
- Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
- article
- ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943
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-
- titre
- Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction
- auteur
- François Coste, Jacques Nicolas
- article
- ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- How to measure the topological quality of protein parse trees?
- auteur
- Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
- article
- ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 - 138
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A clustering model for uncertain preferences based on belief functions
- auteur
- Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
- article
- DaWaK: Data Warehousing and Knowledge Discovery, Sep 2018, Regensburg, Germany. ⟨10.1007/978-3-319-98539-8_9⟩
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-
- titre
- Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics
- auteur
- Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue
- article
- 28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩
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-
- titre
- Responsive and Flexible Controlled Natural Language Authoring with Zipper-based Transformations
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- International Workshop on Controlled Natural Languages (CNL), Aug 2018, Dublin, Ireland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Precision feeding of lactating sows: development of a decision support tool to handle variability
- auteur
- Raphaël Gauthier, Fréderic Guay, Ludovic Brossard, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad
- article
- 69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Are your data gathered? The Folding Test of Unimodality
- auteur
- Alban Siffer, Pierre-Alain Fouque, Alexandre Termier, Christine Largouët
- article
- KDD 2018 - 24th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery & Data Minin, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.2210-2218, ⟨10.1145/3219819.3219994⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- FCA4AI'18 - 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Efficient Generation of Reliable Estimated Linguistic Summaries
- auteur
- Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems , Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improving Hamming distance-based fuzzy join in MapReduce using Bloom Filters
- auteur
- Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent D’orazio
- article
- FUZZ-IEEE 2018 - International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.1-7, ⟨10.1109/FUZZ-IEEE.2018.8491658⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids
- auteur
- Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart
- article
- ISMB 2018 - 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Breton-français et numérique, projet LangNum-br-fr (phase conception)
- auteur
- Annie Foret
- article
- Conférence Langues et numérique 2018, Jul 2018, Paris, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer's disease
- auteur
- Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- DMCM 2018 - 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Un algorithme de pondération de la F-Mesure par pondération des erreurs de classfication.
- auteur
- Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
- article
- Conférence pour l'Apprentissage Automatique, Jun 2018, Saint-Etienne du Rouvray, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mixed Integer Linear Programming Approach for a Distance-Constrained Elementary Path Problem
- auteur
- Sébastien Francois, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Metodi Traikov, Nicola Yanev
- article
- CTW 2018 - 16th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2018, Paris, France. pp.1-4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Independence of Sources in Social Networks
- auteur
- Manel Chehibi, Mouna Chebbah, Arnaud Martin
- article
- Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems. Theory and Foundations - 17th International Conference, IPMU, Jun 2018, Cadiz, Spain
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- On Dissimilarity Measures at the Fuzzy Partition Level
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Toan Ngoc Duong
- article
- 17th International Conference on Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems, Jun 2018, Cadiz, Spain
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- How Hierarchies of Concept Graphs Can Facilitate the Interpretation of RCA Lattices?
- auteur
- Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2018, Olomouc, Czech Republic
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Answers Partitioning and Lazy Joins for Efficient Query Relaxation and Application to Similarity Search
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Extended Semantic Web Conference (ESWC), Jun 2018, Heraklion, Greece
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Gioqoso, an online Quality Assessment Tool for Music Notation
- auteur
- Francesco Foscarin, David Fiala, Florent Jacquemard, Philippe Rigaux, Virginie Thion
- article
- 4th International Conference on Technologies for Music Notation and Representation (TENOR'18), Sandeep Bhagwati and Jean Bresson, May 2018, Montreal, Canada
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analyse formelle d'exigences en langue naturelle pour la conception de systèmes cyber-physiques
- auteur
- Aurélien Lamercerie
- article
- TALN 2018 - Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, May 2018, Rennes, France. pp.1-13
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB 2018, Apr 2018, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Differentially Private Index for Range Query Processing in Clouds
- auteur
- Cetin Sahin, Tristan Allard, Reza Akbarinia, Amr El Abbadi, Esther Pacitti
- article
- 34th IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2018, Paris, France. pp.857-868, ⟨10.1109/ICDE.2018.00082⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fuzzy Query By Example
- auteur
- Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
- article
- SAC 2018 - The 33rd ACM/SIGAPP Symposium On Applied Computing, Apr 2018, Pau, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé
- auteur
- Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed'Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, Olivier Dameron, Gilles Foucras, Alexandre Journaux, Frédéric Launay, Pierre-Yves Le Bail, Nathalie Le Floc'H, Mélanie Martignon, Claire Nédellec, Marie-Hélène Pinard-van Der Laan, Edwige Quillet, Marie-Christine Meunier-Salaün
- article
- Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Global optimization approach for circular and chloroplast genome assembly
- auteur
- Sébastien Francois, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- BICoB 2018 - 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Mar 2018, Las Vegas, United States. pp.1-11, ⟨10.1101/231324⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An Experimental Approach For Information Extraction in Multi-Party Dialogue Discourse
- auteur
- Pegah Alizadeh, Peggy Cellier, Thierry Charnois, Bruno Crémilleux, Albrecht Zimmermann
- article
- CICLing 2018 - 19th International Conference on Computational Linguistics and Intelligent Text Processing, Mar 2018, Hanoi, Vietnam. pp.1-14
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PerForecast : un outil de prévision de l'évolution de séries temporelles pour le planning capacitaire
- auteur
- Colin Leverger, Régis Marguerie, Vincent Lemaire, Thomas Guyet, Simon Malinowski
- article
- EGC 2018 - Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France. pp.455-458
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fouille de motifs temporels négatifs
- auteur
- Katerina Tsesmeli, Manel Boumghar, Thomas Guyet, René Quiniou, Laurent Pierre
- article
- EGC 2018 - 18ème Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France. pp.263-268
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Exploration de résumés personnalisés de données
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- Extraction et Gestion de Connaissances, Jan 2018, Paris, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Communication Model that Bridges Knowledge Delivery between Data Miners and Domain Users
- auteur
- Scarlett Kelly
- article
- HICSS 2018 - 51th Hawaii International Conference on System Sciences, Jan 2018, Hawaii, United States. pp.192-198
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Method to build a Geolocalized Food Price Time Series Knowledge Base analyzable by Everyone
- auteur
- Johyn Papin, Frédéric Andrès, Laurent d'Orazio
- article
- Latin America Data Science Workshop (LADaS@VLDB), 2018, Rio de Janeiro, Brazil
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sparklis over PEGASE Knowledge Graph: A New Tool for Pharmacovigilance
- auteur
- Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
- article
- 11th International Conference Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS 2018), 2018, Antwerp, Belgium
- Accès au bibtex
-
- titre
- FURQL : une extension floue de SPARQL
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- INFORSID Conference, 2018, Nantes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mesurer la dissimilarité au niveau d'une partition floue
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Toan Ngoc Duong
- article
- Logique Floue et Applications (LFA), 2018, Arras, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Protection des données personnelles destinées à être publiées : description d’une attaque minimaliste sur un jeu de données pseudonymisé
- auteur
- Tristan Allard
- article
- La justice prédictive, 60, Dalloz, 2018, Archives de Philosophie du droit, 2247182288
- Accès au bibtex
-
- titre
- Inductive Learning from State Transitions over Continuous Domains
- auteur
- Tony Ribeiro, Sophie Tourret, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Domenico Borzacchiello, Francisco Chinesta, Olivier Roux, Katsumi Inoue
- article
- 27th International Conference on Inductive Logic Programming, LNCS, volume 10759, Springer, Cham, pp.124-139, 2018, Inductive Logic Programming, ⟨10.1007/978-3-319-78090-0_9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fuzzy Preference Queries to NoSQL Graph Databases
- auteur
- Arnaud Castelltort, Anne Laurent, Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- Olivier Pivert. NoSQL Data Models – Trends and Challenges, 1 (Chapter 6), pp.167-201, 2018, 9781786303646. ⟨10.1002/9781119528227.ch6⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Personnalisation et enrichissement des méthodes d’accès aux données
- auteur
- Grégory Smits
- article
- Base de données [cs.DB]. Université Rennes 1, 2018
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-
Master thesis
- titre
- Modélisation de l’imprécision et de l’incertitude de données dans les plateformes de crowdsourcing
- auteur
- Constance Thierry
- article
- Informatique [cs]. 2018
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-
- titre
- Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues
- auteur
- Nicolas Guillaudeux
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2018
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-
Books
- titre
- Scalable Uncertainty Management - 11th International Conference, SUM 2017, Granada, Spain, October 4-6, 2017, Proceedings
- auteur
- Serafin Moral, Olivier Pivert, Daniel Sánchez, Nicolás Marín
- article
- 2018
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-
- titre
- NoSQL Data Models – Trends and Challenges
- auteur
- Olivier Pivert
- article
- 2018
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-
- titre
- Formal Grammar
- auteur
- Annie Foret, Reinhard Muskens, Sylvain Pogodalla
- article
- Springer-Verlag Berlin Heidelberg; Springer, 10686, 2018, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-56343-4⟩
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-
Poster communications
- titre
- PEGASE: A Knowledge Graph for Search and Exploration in Pharmacovigilance Data
- auteur
- Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
- article
- EKAW Posters and Demonstrations, Nov 2018, Nancy, France
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-
- titre
- What's New in SPARKLIS
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- EKAW Posters and Demonstrations, Nov 2018, Nancy, France
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-
- titre
- ComVisMD-A Visualization Tool for Compact Display of Multidimensional Data: An illustration on Cricket Players Data
- auteur
- Mireille Ducassé, Shridhar B. Dandin
- article
- IEEE VIS 2018 International Conference, Oct 2018, Berlin, Germany.
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-
- titre
- The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
- auteur
- Thomas Alain Darde, Estelle Lecluze, Nathan Alary, Lardenois Aurélie, Olivier Collin, Frank Tüttelmann, Serge Nef, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
- article
- European Congress of Andrology, Oct 2018, Budapest, Hungary
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-
- titre
- ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Camille Marchet, Pierre Morisse, Antoine Limasset, Pierre Peterlongo, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq
- article
- JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
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-
- titre
- Simulation of RNA sequencIng with Oxford Nanopore Technologies
- auteur
- Camille Marchet, Leandro Lima
- article
- JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
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-
- titre
- BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
- auteur
- Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2018, Marseille (FR), France
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-
- titre
- Gioqoso, an Online Quality Evaluation Tool for MEI Scores
- auteur
- Vincent Besson, David Fiala, Philippe Rigaux, Virginie Thion
- article
- Music encoding conference 2018 (MEC 2018), May 2018, Washington DC, United States. , 2018
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-
- titre
- Reference guided genome assembly in metagenomic samples
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- RECOMB 2018 - 22nd International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
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-
- titre
- CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
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-
- titre
- Développement d’un outil de prévision des besoins nutritionnels des truies en lactation. Application à l’alimentation de précision
- auteur
- Raphaël Gauthier, Fréderic Guay, Ludovic Brossard, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad
- article
- Journées d’animation scientifiques du département Phase, Apr 2018, Rennes, France. , pp.1, 2018, Journées d’animation scientifiques du département Phase - Recueil des résumés
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-
Proceedings
- titre
- Actes de la conférence Traitement Automatique de la Langue Naturelle, TALN 2018
- auteur
- Anne-Laure Ligozat, Peggy Cellier, Anne-Lyse Minard, Vincent Claveau, Cyril Grouin, Patrick Paroubek
- article
- Traitement Automatique de la Langue Naturelle, TALN 2018, 2018
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-
- titre
- Formal Grammar 2018
- auteur
- Annie Foret, Greg Kobele, Sylvain Pogodalla
- article
- 10950, Springer, 2018, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-57784-4⟩
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-
- titre
- Belief Functions: Theory and Applications
- auteur
- Sébastien Destercke, Thierry Denoeux, Fabio Cuzzolin, Arnaud Martin
- article
- 5th International Conference on Belief Functions (BELIEF 2018), Sep 2018, Compiègne, France. 11069, Springer, 2018, Lecture Notes in Computer Science
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-
Reports
- titre
- Séparation d'haplotypes à partir de données de séquençage de troisième génération
- auteur
- Maxime Bridoux
- article
- [Stage] Inria Rennes - Bretagne Atlantique. 2018
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-
- titre
- Compact Summaries of Rich Heterogeneous Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
- article
- [Research Report] RR-8920, INRIA Saclay; Université Rennes 1. 2018, pp.1-40
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-
- titre
- A SPARQL 1.1 Query Builder for the Data Analytics of Vanilla RDF Graphs
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- [Research Report] IRISA Rennes Bretagne Atlantique, équipe LIS. 2018
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-
- titre
- Data Quality Rules for Digital Score Libraries
- auteur
- David Fiala, Philippe Rigaux, Alice Tacaille, Virginie Thion, Gioqoso Members
- article
- [Research Report] IRISA, Université de Rennes. 2018, pp.1-28
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-
- titre
- Data Mining for Fault Localization: towards a Global Debugging Process
- auteur
- Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Sébastien Ferré, Olivier Ridoux
- article
- [Research Report] INSA RENNES; Univ Rennes, CNRS, IRISA, France. 2018
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-
Theses
- titre
- Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems
- auteur
- Clémence Frioux
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S058⟩
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-
- titre
- Signatures : detecting and characterizing complex recurrent behavior in sequential data
- auteur
- Clément Gautrais
- article
- Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S041⟩
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-
- titre
- From reads to transcripts: de novo methods for the analysis of transcriptome second and third generation sequencing.
- auteur
- Camille Marchet
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Discriminant chronicle mining
- auteur
- Yann Dauxais
- article
- Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S052⟩
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-
- titre
- Learning commonalities in RDF & SPARQL
- auteur
- Sara El Hassad
- article
- Programming Languages [cs.PL]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S011⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- NegPSpan: efficient extraction of negative sequential patterns with embedding constraints
- auteur
- Thomas Guyet, René Quiniou
- article
- 2018
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-
2017
Journal articles
- titre
- Vers une démocratisation des outils pour l'exploration de données ?
- auteur
- Alexandre Termier, Joanna Jongwane
- article
- Interstices, 2017
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-
- titre
- Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing
- auteur
- Maria-Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, Veronica Cambiazo, Alejandro Maass
- article
- Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩
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-
- titre
- Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
- auteur
- Leandro Lima, Blerina Sinaimeri, Gustavo Sacomoto, Helene Lopez-Maestre, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), pp.2. ⟨10.1186/s13015-017-0091-2⟩
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-
- titre
- Two genomes of highly polyphagous lepidopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with different host-plant ranges
- auteur
- Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Kiwoong Nam, Sylvie Gimenez, Jean-Marc Aury, Bernard Duvic, Frederique Hilliou, Nicolas Durand, Nicolas Montagné, Isabelle Darboux, Suyog Kuwar, Thomas Chertemps, David Siaussat, Anne Bretschneider, Yves Moné, Seung-Joon Ahn, Sabine Hänniger, Anne-Sophie Gosselin Grenet, David Neunemann, Florian Maumus, Isabelle Luyten, Karine Labadie, Wei Xu, Fotini A. Koutroumpa, Jean-Michel Escoubas, Angel Llopis, Martine Maïbèche-Coisne, Fanny Salasc, Archana Tomar, Alisha R Anderson, Sher Afzal Khan, Pascaline Dumas, Marion Orsucci, Julie Guy, Caroline Belser, Adriana A. Alberti, Benjamin Noel, Arnaud Couloux, Jonathan Mercier, Sabine Nidelet, Emeric Dubois, Nai-Yong Liu, Isabelle Boulogne, Olivier Mirabeau, Gaelle Le Goff, Karl Gordon, John Oakeshott, Fernando L Consoli, Anne-Nathalie Volkoff, Howard W Fescemyer, James H Marden, Dawn S Luthe, Salvador Herrero, David G Heckel, Patrick Wincker, Gael J Kergoat, Joelle Amselem, Hadi Quesneville, Astrid T Groot, Emmanuelle Jacquin-Joly, Nicolas Nègre, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, Emmanuelle D’alençon, Philippe Fournier
- article
- Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-017-10461-4⟩
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-
- titre
- Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species
- auteur
- Thomas C. Mathers, Yazhou Chen, Gemy Kaithakottil, Fabrice Legeai, Sam T. Mugford, Patrice Baa-Puyoulet, Anthony Bretaudeau, Bernardo Clavijo, Stefano Colella, Olivier Collin, Tamas Dalmay, Thomas Derrien, Honglin Feng, Toni Gabaldon, Anna Jordan, Irene Julca, Graeme J. Kettles, Krissana Kowitwanich, Dominique Lavenier, Paolo Lenzi, Sara Lopez-Gomollon, Damian Loska, Daniel Mapleson, Florian Maumus, Simon Moxon, Daniel R. G. Price, Akiko Sugio, Manuella van Munster, Marilyne Uzest, Darren Waite, Georg Jander, Denis Tagu, Alex C. C. Wilson, Cock van Oosterhout, David Swarbreck, Saskia A. Hogenhout
- article
- Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩
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-
- titre
- Erratum to: Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species
- auteur
- Thomas C. Mathers, Yazhou Chen, Gemy Kaithakottil, Fabrice Legeai, Sam T. Mugford, Patrice Baa-Puyoulet, Anthony Bretaudeau, Bernardo Clavijo, Stefano Colella, Olivier Collin, Tamas Dalmay, Thomas Derrien, Honglin Feng, Toni Gabaldon, Anna Jordan, Irene Julca, Graeme J. Kettles, Krissana Kowitwanich, Dominique Lavenier, Paolo Lenzi, Sara Lopez-Gomollon, Damian Loska, Daniel Mapleson, Florian Maumus, Simon Moxon, Daniel R. G. Price, Akiko Sugio, Manuella Van Munster, Marilyne Uzest, Darren Waite, Georg Jander, Denis Tagu, Alex C. C. Wilson, Cock Van Oosterhout, David Swarbreck, Saskia A. Hogenhout
- article
- Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.63. ⟨10.1186/s13059-017-1202-6⟩
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-
- titre
- A data warehouse to explore multidimensional simulated data from a spatially distributed agro-hydrological model to improve catchment nitrogen management
- auteur
- Tassadit Bouadi, Marie-Odile Cordier, Pierre Moreau, René Quiniou, Jordy Salmon-Monviola, Chantal Gascuel
- article
- Environmental Modelling and Software, 2017, 97, pp.229 - 242. ⟨10.1016/j.envsoft.2017.07.019⟩
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-
- titre
- Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
- auteur
- Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen, Johannes Dröge, Ivan Gregor, Stephan Majda, Jessika Fiedler, Eik Dahms, Andreas Bremges, Adrian Fritz, Ruben Garrido-Oter, Tue Sparholt Jørgensen, Nicole Shapiro, Philip D Blood, Alexey Gurevich, Yang Bai, Dmitrij Turaev, Matthew Z Demaere, Rayan Chikhi, Niranjan Nagarajan, Christopher Quince, Lars Hestbjerg Hansen, Søren J Sørensen, Burton K H Chia, Bertrand Denis, Jeff L Froula, Zhong Wang, Robert Egan, Dongwan Don Kang, Jeffrey J Cook, Charles Deltel, Michael Beckstette, Claire Lemaitre, Peter Peterlongo, Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Yu-Wei Wu, Steven W Singer, Chirag Jain, Marc Strous, Heiner Klingenberg, Peter Meinicke, Michael D Barton, Thomas Lingner, Hsin-Hung Lin, Yu-Chieh Liao, Genivaldo Gueiros Z Silva, Daniel A Cuevas, Robert A Edwards, Surya Saha, Vitor C Piro, Bernhard y Renard, Mihai Pop, Hans-Peter Klenk, Markus Göker, Nikos C Kyrpides, Tanja Woyke, Julia A Vorholt, Paul Schulze-Lefert, Edward M Rubin, Aaron E Darling, Thomas Rattei, Alice C Mchardy
- article
- Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
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-
- titre
- Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
- article
- Future Generation Computer Systems, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
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-
- titre
- Platelet soluble CD40-Ligand level is associated with transfusion adverse reactions in a mixed threshold and hit model
- auteur
- Fabrice Cognasse, Caroline Sut, Elisa Fromont, Sandrine Laradi, Hind Hamzeh-Cognasse, Olivier Garraud
- article
- Blood, 2017, ⟨10.1182/blood-2017-03-773945⟩
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-
- titre
- A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- Journal of Computational Biology, 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩
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-
- titre
- Genome scans on experimentally evolved populations reveal candidate regions for adaptation to plant resistance in the potato cyst nematode Globodera pallida.
- auteur
- Delphine Eoche-Bosy, Matthieu Gautier, Magali Esquibet, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, Olivier Bouchez, Sylvain Fournet, Eric Grenier, Josselin Montarry
- article
- Molecular Ecology, 2017, 26 (18), pp.4700-4711. ⟨10.1111/mec.14240⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dosage compensation and sex-specific epigenetic landscape of the X chromosome in the pea aphid.
- auteur
- Gautier Richard, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anthony Bretaudeau, Denis Tagu, Julie Jaquiéry, Gaël Le Trionnaire
- article
- Epigenetics & Chromatin, 2017, 10 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13072-017-0137-1⟩
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-
- titre
- Regard sur « Le mythe de la Singularité. Faut-il craindre l'intelligence artificielle ? »
- auteur
- Marie-Odile Cordier
- article
- Interstices, 2017
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-
- titre
- FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome
- auteur
- Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Benoit Hedan, Guillaume Rizk, Laëtitia Lagoutte, Tosso Leeb, Vidhya Jagannathan, Edouard Cadieu, Audrey David, Hannes Lohi, Susanna Cirera, Merete Fredholm, Nadine Botherel, Peter A. J. Leegwater, Celine Le Beguec, Hille Fieten, Jeremy Johnson, Jessica Alföldi, Catherine André, Kerstin Lindblad-Toh, Christophe Hitte, Thomas Derrien
- article
- Nucleic Acids Research, 2017, 45 (8), pp.12. ⟨10.1093/nar/gkw1306⟩
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-
- titre
- Extended Automata for Temporal Planning of Interacting Agents
- auteur
- Christine Largouët, Omar Krichen, Yulong Zhao
- article
- International Journal of Monitoring and Surveillance Technologies Research, 2017, 5 (1), pp.30 - 48. ⟨10.4018/IJMSTR.2017010102⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Hardware acceleration of de novo genome assembly
- auteur
- Sharat Chandra Varma, Paul Kolin, M. Balakrishnan, Dominique Lavenier
- article
- International Journal of Embedded Systems, 2017, 9 (1), pp.74-89. ⟨10.1504/IJES.2017.10002593⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks
- auteur
- Sylvain Prigent, Clémence Frioux, Simon M Dittami, Sven Thiele, Abdelhalim Larhlimi, Guillaume Collet, Gutknecht Fabien, Jeanne Got, Damien Eveillard, Jérémie Bourdon, Frédéric Plewniak, Thierry Tonon, Anne Siegel
- article
- PLoS Computational Biology, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩
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-
- titre
- SPARKLIS: An Expressive Query Builder for SPARQL Endpoints with Guidance in Natural Language
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Open Journal Of Semantic Web, 2017, 0
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Two Evidential Data Based Models for Influence Maximization in Twitter
- auteur
- Siwar Jendoubi, Arnaud Martin, Ludovic Liétard, Hend Ben Hadji, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- Knowledge-Based Systems, 2017, ⟨10.1016/j.knosys.2017.01.014⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks
- auteur
- Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, Maria-Paz Cortés, Jeanne Got, Camille Trottier, Damien Eveillard, Anne Siegel
- article
- PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩
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-
- titre
- A modeling approach to evaluate the balance between bioactivation and detoxification of MeIQx in human hepatocytes
- auteur
- Victorien Delannée, Sophie Langouët, Nathalie Théret, Anne Siegel
- article
- PeerJ, 2017, 5, pp.e3703. ⟨10.7717/peerj.3703⟩
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-
- titre
- Full Sequencing and Genomic Analysis of Three emm75 Group A Streptococcus Strains Recovered in the Course of an Epidemiological Shift in French Brittany
- auteur
- Aude Rochefort, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Alexandra Meygret, Yahia Adnani, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
- article
- Genome Announcements, 2017, 5 (39), pp.e00957. ⟨10.1128/genomeA.00957-17⟩
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-
- titre
- A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs
- auteur
- Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, David Causeur, Hélène Gilbert, Isabelle Louveau
- article
- BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.244. ⟨10.1186/s12864-017-3639-0⟩
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-
- titre
- Credal Fusion of Classifications for Noisy and Uncertain Data
- auteur
- Fatma Karem, Mounir Dhibi, Arnaud Martin, Mohamed Salim Bouhlel
- article
- International Journal of Electrical and Computer Engineering, 2017, 7 (2), pp.1071-1087
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- TopPI: An efficient algorithm for item-centric mining
- auteur
- Vincent Leroy, Martin Kirchgessner, Alexandre Termier, Sihem Amer-Yahia
- article
- Information Systems, 2017, 64, pp.104 - 118. ⟨10.1016/j.is.2016.09.001⟩
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-
- titre
- caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families
- auteur
- Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩
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-
Conference papers
- titre
- Improving user interaction in mobile-cloud database query processing
- auteur
- Chenxiao Wang, Jason Arenson, Florian Helff, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
- article
- Workshop on Scalable Cloud Data Management, Dec 2017, Boston, United States
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-
- titre
- Spodoptera genomes in the BIPAA information system
- auteur
- Stéphanie Robin, Fabrice Legeai
- article
- International Conference on Management of Destructive Agricultural Pests Spodoptera (Noctuidae), Nov 2017, Chongqing, China
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Framework for Efficient Representative Summarization of RDF Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2017, Vienna, Austria
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Learning Commonalities in SPARQL
- auteur
- Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2017, Vienna, Austria
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identifying Functional Families of Trajectories in Biological Pathways by Soft Clustering: Application to TGF-β Signaling
- auteur
- Jean Coquet, Nathalie Théret, Vincent Legagneux, Olivier Dameron
- article
- CMSB 2017 - 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, France. pp.17
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improving time-series rule matching performance for detecting energy consumption patterns
- auteur
- Maël Guilleme, Laurence Rozé, Véronique Masson, Cérès Carton, René Quiniou, Alexandre Termier
- article
- DARE 2017 - 5th International Workshop on Data Analytics for Renewable Energy Integration, Sep 2017, Skopje, Macedonia. pp.59-71, ⟨10.1007/978-3-319-71643-5_6⟩
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-
- titre
- From Self-Data to Self-Preferences: Towards Preference Elicitation in Personal Information Management Systems
- auteur
- Tristan Allard, Tassadit Bouadi, Joris Duguépéroux, Virginie Sans
- article
- International Workshop on Personal Analytics and Privacy (In conjunction with ECML PKDD 2017) , Sep 2017, Skopje, Macedonia
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-
- titre
- Multi-Plant Photovoltaic Energy Forecasting Challenge: Second place solution
- auteur
- Clément Gautrais, Yann Dauxais, Maël Guilleme
- article
- Discovery Challenges co-located with European Conference on Machine Learning - Principle and Practice of Knowledge Discovery in Database, Sep 2017, Skopje, Macedonia
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-
- titre
- Toward the study of metabolic functions in algal holobionts
- auteur
- Claire Lippold, Camille Trottier, Clémence Frioux, Marie Chevallier, Simon M Dittami, Anne Siegel
- article
- 4ème Colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Toward a better understanding of the plant microbiota
- auteur
- Victoria Potdevin, Marie Chevallier, Ruben Garrido Oter, Anne Siegel, Stéphane Hacquard, Damien Eveillard, Philippe Vandenkoornhuyse
- article
- 4ème colloque de Génomique Environnementale, GDR Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France
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-
- titre
- Topic Signatures in Political Campaign Speeches
- auteur
- Clément Gautrais, Peggy Cellier, René Quiniou, Alexandre Termier
- article
- EMNLP 2017 - Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing, Sep 2017, Copenhagen, Denmark
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-
- titre
- Belief Measure of Expertise for Experts Detection in Question Answering Communities: case study Stack Overflow
- auteur
- Dorra Attiaoui, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- 21st International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems, Sep 2017, Marseille, France
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-
- titre
- Mining rare sequential patterns with ASP
- auteur
- Ahmed Samet, Thomas Guyet, Benjamin Negrevergne
- article
- ILP 2017 - 27th International Conference on Inductive Logic Programming, Sep 2017, Orléans, France
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-
- titre
- Nested Forms with Dynamic Suggestions for Quality RDF Authoring
- auteur
- Pierre Maillot, Sébastien Ferré, Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Franck Partouche
- article
- International Conference on Database and Expert Systems Applications (DEXA), Aug 2017, Lyon, France
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-
- titre
- A reliability-based approach for influence maximization using the evidence theory
- auteur
- Siwar Jendoubi, Arnaud Martin
- article
- 19th International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery - DaWaK 2017, Aug 2017, Lyon, France
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-
- titre
- Lightweight Privacy-Preserving Task Assignment in Skill-Aware Crowdsourcing
- auteur
- Louis Béziaud, Tristan Allard, David Gross-Amblard
- article
- International Conference on Database and Expert Systems Applications, Aug 2017, Lyon, France. pp.18 - 26, ⟨10.1007/978-3-319-64471-4_2⟩
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-
- titre
- Belief Temporal Analysis of Expert Users: case study Stack Overflow
- auteur
- Dorra Attiaoui, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- Big Data Analytics and Knowledge Discovery DAWAK, Aug 2017, Lyon, France
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-
- titre
- Anomaly Detection in Streams with Extreme Value Theory
- auteur
- Alban Siffer, Pierre-Alain Fouque, Alexandre Termier, Christine Largouët
- article
- KDD 2017 - Proceedings of the 23rd ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2017, Halifax, Canada. ⟨10.1145/3097983.3098144⟩
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-
- titre
- Quality Awareness over Graph Pattern Queries
- auteur
- Philippe Rigaux, Virginie Thion
- article
- Proceedings of the International Database Engineering & Applications Symposium (IDEAS), Jul 2017, Bristol, United Kingdom. ⟨10.1145/3105831.3105871⟩
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-
- titre
- Analyse thermodynamique du cycle de conversion utilisant le CO2 Supercritique pour une application en réacteur modulaire
- auteur
- Hoang-Son Pham, Jean-Henry Ferrasse, Olivier Boutin, Nicolas Alpy, Manuel Saez
- article
- SFGP 2017 - 16ème Congrès de la Société Française de Génie des Procédés, Jul 2017, Nancy, France
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-
- titre
- The Advantage of Evidential Attributes in Social Networks
- auteur
- Salma Ben Dhaou, Kuang Zhou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- 20th International Conference on Information Fusion, Jul 2017, Xi'an, China
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-
- titre
- Evidence combination for a large number of sources
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
- article
- 2017 20th International Conference on Information Fusion (FUSION), Jul 2017, Xi'an, China
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-
- titre
- An automatic water detection approach based on Dempster-Shafer theory for multi spectral images
- auteur
- Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
- article
- 20th International Conference on Information Fusion, Jul 2017, XI'AN, China
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-
- titre
- Expert Opinion Extraction from a Biomedical Database
- auteur
- Ahmed Samet, Thomas Guyet, Benjamin Negrevergne, Tien-Tuan Dao, Tuan Nha Hoang, Marie-Christine Ho Ba Tho
- article
- Conference on Symbolic and Quantitative Approaches to Reasoning with Uncertainty (ECSQARU), Jul 2017, Lugano, Switzerland. pp.1 - 12, ⟨10.1016/S0888-613X(02)00066-X⟩
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-
- titre
- Preference fusion and Condorcet's Paradox under uncertainty
- auteur
- Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
- article
- International Conference on Information Fusion, Jul 2017, Xi'an, China
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-
- titre
- Fuzzy Quantified Queries to Fuzzy RDF Databases
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ-IEEE), Jul 2017, Naples, Italy
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-
- titre
- Interactive Data Exploration on Top of Linguistic Summaries
- auteur
- Grégory Smits, Ronald R. Yager, Olivier Pivert
- article
- In Proc. of the 26th IEEE International Conference on Fuzzy Systems (Fuzz-IEEE'17), Jul 2017, Naples, Italy
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-
- titre
- AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies
- auteur
- Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1
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-
- titre
- Admissible generalizations of examples as rules (JIAF 2017)
- auteur
- Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
- article
- 11èmes Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF 2017), Jul 2017, Caen, France
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-
- titre
- Hybrid Metabolic Network Completion
- auteur
- Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
- article
- 14th International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - LPNMR 2017, Jul 2017, Espoo, Finland. pp.308-321
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-
- titre
- Concepts de plus proches voisins dans des graphes de connaissances.
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- 28es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances IC 2017, Jul 2017, Caen, France. pp.163-174
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-
- titre
- Integration of Linked Data into Galaxy using Askomics
- auteur
- Xavier Garnier, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
- article
- Galaxy Community Conference, Jun 2017, Montpellier, France
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-
- titre
- Vocabulary Elicitation for Informative Descriptions of Classes
- auteur
- Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
- article
- joint 17th World Congress of International Fuzzy Systems Association and 9th International Conference on Soft Computing and Intelligent Systems (IFSA-SCSI'17), Jun 2017, Otsu, Japan
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-
- titre
- Discriminant chronicles mining: Application to care pathways analytics
- auteur
- Yann Dauxais, Thomas Guyet, David Gross-Amblard, André Happe
- article
- Artificial Intelligence in Medicine, Jun 2017, Vienna, Austria. ⟨10.1007/978-3-319-59758-4₂6⟩
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-
- titre
- Declarative Sequential Pattern Mining of Care Pathways
- auteur
- Thomas Guyet, André Happe, Yann Dauxais
- article
- Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Jun 2017, Vienna, Austria. pp.1161 - 266, ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_29⟩
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-
- titre
- A Similarity Measure Based on Care Trajectories as Sequences of Sets
- auteur
- Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
- article
- AIME 2017 - Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, Annette ten Teije; Christian Popow; John H. Holmes; Lucia Sacchi, Jun 2017, Vienna, Austria. pp.278-282, ⟨10.1007/978-3-319-59758-4_32⟩
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-
- titre
- Graph Constraints in Urban Computing: Dealing with conditions in processing urban data
- auteur
- Laurent d'Orazio, Mirian Halfeld-Ferrari, Carmem Satie Hara, Nadia P Kozievitch, Martin A Musicante
- article
- International workshop on Data Analytics solutions for Real-LIfe Applications (DARLI-AP), Jun 2017, Exter, United Kingdom
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-
- titre
- Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
- auteur
- Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- 16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
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-
- titre
- A Typicality-Based Recommendation Approach Leveraging Demographic Data
- auteur
- Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
- article
- In Proc. of the 12th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'17), Jun 2017, Londres, United Kingdom
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-
- titre
- FCA in a Logical Programming Setting for Visualization-oriented Graph Compression
- auteur
- Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
- article
- International Conference on Formal Concept Analysis 2017, Jun 2017, Rennes, France. ⟨10.1007/978-3-319-59271-8_6⟩
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-
- titre
- Mining relevant interval rules
- auteur
- Thomas Guyet, René Quiniou, Véronique Masson
- article
- International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2017, Rennes, France
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-
- titre
- Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid
- auteur
- Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, Sylvie Hudaverdian, Stéphanie Jaubert-Possamai, Nathalie Leterme-Prunier, Jacques Nicolas, Hervé Seitz, Anne Siegel, Sylvie Tanguy, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- 10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States
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-
- titre
- Interoperable infrastructure and implementation of a health data model for remote monitoring of chronic diseases with comorbidities
- auteur
- Philippe Finet, Bernard Gibaud, Olivier Dameron, Régine Le Bouquin Jeannes
- article
- Journées d'Etude sur la TéléSANté, 6ème edition, Pôle Capteurs, Université d'Orléans, May 2017, Bourges, France
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-
- titre
- Learning Commonalities in RDF
- auteur
- Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- Extended Semantic Web Conference (ESWC), May 2017, Portoroz, Slovenia
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-
- titre
- Towards Learning Commonalities in SPARQL
- auteur
- Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- Extended Semantic Web Conference (ESWC), May 2017, Portoroz, Slovenia
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-
- titre
- Formalizing quality rules on music notation. An ontology-based approach
- auteur
- Samira Si-Said Cherfi, Fayçal Hamdi, Philippe Rigaux, Virginie Thion, Nicolas Travers
- article
- International Conference on Technologies for Music Notation and Representation - TENOR'17, May 2017, Coruna, Spain
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-
- titre
- Purchase Signatures of Retail Customers
- auteur
- Clément Gautrais, René Quiniou, Peggy Cellier, Thomas Guyet, Alexandre Termier
- article
- PAKDD 2017 - The Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2017, Jeju, South Korea
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-
- titre
- A transcriptomic approach to study marine plankton holobionts
- auteur
- Arnaud Meng, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Camille Marchet, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Ian Probert, Noritoshi Suzuki, Stéphane Le Crom, Lucie Bittner, Fabrice Not
- article
- International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
- auteur
- Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
- article
- International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
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-
- titre
- Global Optimization for Scaffolding and Completing Genome Assemblies
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- International Network Optimization Conference , European Network Optimization Group (ENOG), Feb 2017, Lisboa, Portugal. pp.15
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-
- titre
- Une mesure d'expertise pour le crowdsourcing
- auteur
- Hosna Ouni, Arnaud Martin, Laetitia Gros, Mouloud Kharoune, Zoltan Miklos
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2017, Grenoble, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Extraction de chroniques discriminantes
- auteur
- Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2017, Grenoble, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Calcul, stockage et utilisation efficaces de résumés linguistiques de données massives
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Pierre Nerzic
- article
- Logique Floue et Applications (LFA), 2017, Amiens, France
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-
- titre
- Problème de la somme coloration Minimale : Borne inférieure de la somme chromatique et borne supérieure de la force du graphe
- auteur
- Clément Lecat, Corinne Lucet, Chumin Li
- article
- ROADEF (2017), 2017, Metz, France
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-
Book sections
- titre
- Efficiency Analysis of ASP Encodings for Sequential Pattern Mining Tasks
- auteur
- Thomas Guyet, Yves Moinard, René Quiniou, Torsten Schaub
- article
- Bruno Pinaud; Fabrice Guillet; Bruno Cremilleux; Cyril de Runz. Advances in Knowledge Discovery and Management, 7, Springer, pp.41--81, 2017, 978-3-319-65405-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Approche algébrique de la manipulation des données
- auteur
- François Goasdoué, Virginie Thion
- article
- Mokrane Bouzeghoub; Rémy Mosseri. Les Big Data à découvert, CNRS Editions, 2017, 978-2-271-11464-8
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-
- titre
- Diagnosis and supervision: model-based approaches
- auteur
- Marie-Odile Cordier, Philippe Dague, Yannick Pencolé, Louise Travé-Massuyès
- article
- Pierre Marquis, Odile Papini, Henri Prade. A guided tour of artificial intelligence research, 1, Springer, 2017, Knowledge representation and reasoning, 978-3-030-06164-7
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-
- titre
- L'écologie des systèmes
- auteur
- Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse
- article
- Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri. Les Big Data à Découvert, CNRS éditions, 2017, 978-2-271-11464-8
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-
- titre
- La fouille de données
- auteur
- Amedeo Napoli, Alexandre Termier
- article
- Mokrane Bouzeghoub; Rémy Mosseri. Les Big Data à découvert, CNRS Editions, pp.1-3, 2017, 978-2-271-11464-8
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-
- titre
- De Novo NGS Data Compression
- auteur
- Gaëtan Benoit, Claire Lemaitre, Guillaume Rizk, Erwan Drezen, Dominique Lavenier
- article
- Mourad Elloumi. Algorithms for Next-Generation Sequencing Data, Springer, pp.91-115, 2017, 978-3-319-59826-0. ⟨10.1007/978-3-319-59826-0_4⟩
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-
Lectures
- titre
- Logic and Commonsense Reasoning
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Master. Rennes, France. 2017, pp.151
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-
Master thesis
- titre
- Better scoring schemes for the recognition of functional proteins by protomata
- auteur
- Manon Ruffini
- article
- Quantitative Methods [q-bio.QM]. 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Vérifications du réseau métabolique entier de Tisochrysis lutea
- auteur
- Nicolas Guillaudeux
- article
- Informatique [cs]. 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- titre
- LepidoDB Information system
- auteur
- Emmanuelle d'Alençon, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Nicolas Negre, Ki Woong Nam
- article
- 2017
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Informatique
- auteur
- Joelle Delacroix, François Barthélemy, Raphaël Fournier, Isabelle Gil-Michalon, Amélie Lambert, Agnès Plateau, Stephane Rovedakis, Marianne Simonot, Virginie Thion, Emmanuel Waymel
- article
- Dunod, 2017, Fluoresciences, 3257227892
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-
- titre
- Flexible Query Answering Systems - 12th International Conference, FQAS 2017 - London, UK, June 21-22
- auteur
- Henning Christiansen, Hélène Jaudoin, Panagiotis Chountas, Troels Andreasen, Henrik Legind Larsen
- article
- 2017
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-
Poster communications
- titre
- Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
- auteur
- Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
- article
- JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simka: large scale de novo comparative metagenomics
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017 LILLE
- Accès au bibtex
-
- titre
- Genome specific expression in the liver of mule and hinny duck hybrids
- auteur
- Christian Diot, Frédéric Herault, Julien Navarro, Laure Le Calvez, Elisabeth Baéza, Christophe C. Klopp, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Pierre Peterlongo
- article
- 10. European Symposium on Poultry Genetics (ESPG), Jun 2017, Saint-Malo, France. pp.1, 2017, Proceedings of the 10th European symposium on poultry genetics
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mesures de similarité entre trajectoires de soins issues de bases de données médico-administratives
- auteur
- Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
- article
- 8 èmes rencontres scientifiques du réseau doctoral en santé publique, Mar 2017, Rennes, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- A Framework for Efficient Representative Summarization of RDF Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- [Research Report] RR-9090, Inria Saclay Ile de France; Ecole Polytechnique,; Université de Rennes 1 [UR1]. 2017, pp.11
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evaluation of genome assembly software based on long reads
- auteur
- Laurent Bouri, Dominique Lavenier, Jean-Francois J.-F. Gibrat, Victoria Fabia Dominguez del Angel
- article
- [Research Report] France Genomique. 2017
- Accès au bibtex
-
- titre
- Evaluation of long read error correction software
- auteur
- Laurent Bouri, Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] RR-9028, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique; GenScale. 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Novel Pattern Mining Techniques for Genome-wide Association Studies
- auteur
- Hoang Son Pham
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. IRISA, equipe GENSCALE, 2017. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Étude exhaustive de voies de signalisation de grande taille par clustering des trajectoires et caractérisation par analyse sémantique
- auteur
- Jean Coquet
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S073⟩
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-
- titre
- Belief Detection and Temporal Analysis of Experts in Question Answering Communities: case study Stack Overflow
- auteur
- Dorra Attiaoui
- article
- Computer Science [cs]. Université de Rennes 1, 2017. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Métagénomique comparative de novo à grande échelle
- auteur
- Gaëtan Benoit
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S088⟩
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-
- titre
- Using hierarchical skills for optimized task selection in crowdsourcing
- auteur
- Panagiotis Mavridis
- article
- Computer science. Université rennes1, 2017. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using Hierarchical Skills for Optimized Task Selection in Crowdsourcing
- auteur
- Panagiotis Mavridis
- article
- Web. Université de Rennes 1 [UR1], 2017. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Intégrer les échelles moléculaires et cellulaires dans l'inférence de réseaux métaboliques : application aux xénobiotiques
- auteur
- Victorien Delannée
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S058⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Structure de réseaux biologiques : rôle des nœuds internes vis-à-vis de la production de composés
- auteur
- Julie Laniau
- article
- Recherche opérationnelle [cs.RO]. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, 2017. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Novel approaches for the exploitation of high throughput sequencing data
- auteur
- Antoine Limasset
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2017. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Nouvelles approches pour l'exploitation des données de séquences génomique haut débit
- auteur
- Antoine Limasset
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2017. Français. ⟨NNT : 2017REN1S049⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Annotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
- article
- 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
- article
- 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- First landscape of binding to chromosomes for a domesticated mariner transposase in the human genome: diversity of genomic targets of SETMAR isoforms in two colorectal cell lines
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Solenne Bire, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Alban Girault, Serge Guyetant, Thierry Lecomte, Benoit Piegu, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
- article
- 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Lightweight Privacy-Preserving Task Assignment in Skill-Aware Crowdsourcing
- auteur
- Louis Béziaud, Tristan Allard, David Gross-Amblard
- article
- 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- The smell of us – crowdsourcing human body odor evaluation
- auteur
- Marguerite Benony, Marianne Cardon, Arnaud Ferré, Jean Coquet, Nathan Foulquier, Florian Thonier, Lucas Le Lann, Henry de Belly, Alexandre Evans, Aakriti Jain, Juan Manuel García Arcos, Jason Bland, Ian Marcus, Ariel B Lindner, Edwin H Wintermute
- article
- Human Computation - A Transdisciplinary Journal, 2016, 3 (1), pp.161-197. ⟨10.15346/hc.v3i1.9⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
- auteur
- Gilles Boutet, Susete Alves Carvalho, Matthieu Falque, Pierre Peterlongo, Emeline Lhuillier, Olivier Bouchez, Clément Lavaud, Marie-Laure Pilet-Nayel, Nathalie Rivière, Alain Baranger
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.121. ⟨10.1186/s12864-016-2447-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Molecular alterations induced by a high-fat high-fiber diet in porcine adipose tissues: variations according to the anatomical fat location
- auteur
- Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, David Causeur, Isabelle Louveau
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.120. ⟨10.1186/s12864-016-2438-3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Read mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Bastien Cazaux, Eric Rivals, Pierre Peterlongo
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), ⟨10.1186/s12859-016-1103-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- De novo transcriptome assembly of the grapevine phylloxera allows identification of genes differentially expressed between leaf- and root-feeding forms
- auteur
- Claude Rispe, Fabrice Legeai, Daciana Papura, Anthony Bretaudeau, Sylvie Hudaverdian, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu, Julie Jaquiéry, François Delmotte
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.219. ⟨10.1186/s12864-016-2530-8⟩
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-
- titre
- Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- PeerJ Computer Science, 2016, 2 (14), 25 p. ⟨10.7717/peerj-cs.94⟩
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-
- titre
- Compacting de Bruijn graphs from sequencing data quickly and in low memory
- auteur
- Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Paul Medvedev
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (12), pp.i201 - i208. ⟨10.1093/bioinformatics/btw279⟩
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-
- titre
- Differential gene expression according to race and host plant in the pea aphid
- auteur
- Isobel Eyres, Julie Jaquiéry, Akiko Sugio, Ludovic Duvaux, Karim Gharbi, Jing-Jiang Zhou, Fabrice Legeai, Michaela Nelson, Jean-Christophe Simon, Carole Smadja, Roger Butlin, Julia Ferrari
- article
- Molecular Ecology, 2016, 25 (17), pp.4197-4215. ⟨10.1111/mec.13771⟩
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-
- titre
- Genome sequence of the uncommon Streptococcus pyogenes M/emm66 strain STAB13021, isolated from clonal clustered cases in French Brittany
- auteur
- Alexandra Meygret, Vincent Pascal, Séverine Moullec, Jessica Nacazume, Yahia Adnani, Dominique Lavenier, Samer Kayal, Ahmad Faili
- article
- Genome Announcements, 2016, 4 (4), pp.e00689-16. ⟨10.1128/genomeA.00689-16⟩
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-
- titre
- Geometric analysis of pathways dynamics: application to versatility of TGF-β receptors
- auteur
- Satya Swarup Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Théret, Ovidiu Radulescu
- article
- BioSystems, 2016, 149, pp.3-14. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.004⟩
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-
- titre
- The Belief-Noisy-OR model applied to network reliability analysis
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
- article
- International Journal of Uncertainty, Fuzziness and Knowledge-Based Systems, 2016, 24, pp.937-960. ⟨10.1142/s0218488516500434⟩
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-
- titre
- TGF-β signaling intersects with CD103 integrin signaling to promote T lymphocyte accumulation and antitumor activity in the lung tumor microenvironment
- auteur
- Marie Boutet, Ludiane Gauthier, Marine Leclerc, Gwendoline Gros, Vincent de Montpreville, Nathalie Théret, Emmanuel Donnadieu, Fathia Mami-Chouaib
- article
- Cancer Research, 2016, 76 (7), pp.1757-69. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-1545⟩
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-
- titre
- Adaptive imputation of missing values for incomplete pattern classification
- auteur
- Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin
- article
- Pattern Recognition, 2016, 52, ⟨10.1016/j.patcog.2015.10.001⟩
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-
- titre
- Identification and optimization of hydrazone-gallate derivatives as specific inhibitors of DNA methyltransferase 3A
- auteur
- Alexandre Erdmann, Yoann Menon, Christina Gros, Véronique Masson, Yannick Aussagues, Frédéric Ausseil, Natacha Novosad, Philippe Schambel, Michel Baltas, Paola Arimondo
- article
- Future Medicinal Chemistry, 2016, 8 (4), pp.373-380. ⟨10.4155/fmc.15.192⟩
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-
- titre
- Dynamic Epistemic Logic in Update Logic
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Journal of Logic and Computation, 2016, 26 (6), pp.1913-1960. ⟨10.1093/logcom/exw002⟩
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-
- titre
- Displaying Updates in Logic
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Journal of Logic and Computation, 2016, 26 (6), pp.1865-1912. ⟨10.1093/logcom/exw001⟩
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-
- titre
- Relevance of health level 7 clinical document architecture and integrating the healthcare enterprise cross-enterprise document sharing profile for managing chronic wounds in a telemedicine context
- auteur
- Philippe Finet, Olivier Dameron, B Gibaud, R. Lebouquin Jeannes
- article
- Healthcare Technology Letters, 2016, 3 (1), pp.22-26. ⟨10.1049/htl.2015.0053⟩
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-
- titre
- Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation
- auteur
- Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
- article
- EP-Europace, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩
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-
- titre
- Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
- auteur
- Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
- article
- GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
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-
- titre
- Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes
- auteur
- Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, Alejandro Maass
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.129-42. ⟨10.1186/s12859-016-0885-0⟩
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-
- titre
- VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences
- auteur
- Clovis Galiez, Magnan Christophe, François Coste, Pierre Baldi
- article
- Bioinformatics, 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩
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-
- titre
- SNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
- auteur
- Hélène Lopez-Maestre, Lilia Brinza, Camille Marchet, Janice Kielbassa, Sylvère Bastien, Mathilde Boutigny, David Monnin, Adil El Filali, Claudia Marcia Carareto, Cristina Vieira, Franck Picard, Natacha Kremer, Fabrice Vavre, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- Nucleic Acids Research, 2016, ⟨10.1093/nar/gkw655⟩
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-
- titre
- Gestion de la qualité des données ouvertes liées - État des lieux et perspectives
- auteur
- Delphine Barrau, Nathalie Barthélémy, Zoubida Kedad, Brigitte Laboisse, Sylvaine Nugier, Virginie Thion
- article
- Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2016
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-
- titre
- Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization
- auteur
- Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, Anne Siegel, Robert Bellé
- article
- Molecular Reproduction and Development, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩
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-
- titre
- Une approche coopérative d’aide à la réparation de requêtes floues
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série ISI : Ingénierie des Systèmes d'Information, 2016, 21 (3), pp.11-30
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-
- titre
- Evaluation and Improvement of a Transition Business Process: A Case Study Guided by a Semantic Quality-Based Approach
- auteur
- Virginie Thion, Malika Grim-Yefsah, Camille Rosenthal-Sabroux, Samira Si-Said Cherfi
- article
- Information Systems Management, 2016, 33 (1), pp.74-87. ⟨10.1080/10580530.2016.1117879⟩
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-
- titre
- Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal
- auteur
- Masoomeh Taghipoor, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Daniel Sauvant, Florence Gondret
- article
- INRA Productions Animales, 2016, 29 (3), pp.201-216. ⟨10.20870/productions-animales.2016.29.3.2960⟩
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-
- titre
- Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach
- auteur
- Philippe Bordron, Mauricio Latorre, Maria-Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, Anne Siegel, Alejandro Maass, Damien Eveillard
- article
- MicrobiologyOpen, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩
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-
- titre
- ECMdd: Evidential c-medoids clustering with multiple prototypes
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
- article
- Pattern Recognition, 2016, 60, pp.239-257. ⟨10.1016/j.patcog.2016.05.005⟩
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-
- titre
- Efficient local search for L$_1$ and L$_2$ binary matrix factorization
- auteur
- Hamid Mirisaee, Eric Gaussier, Alexandre Termier
- article
- Intelligent Data Analysis, 2016, 20, pp.783 - 807. ⟨10.3233/IDA-160832⟩
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-
- titre
- PepPSy: a web server to prioritize gene products in experimental and biocuration workflows
- auteur
- Olivier Sallou, Paula D. Duek, Thomas A. Darde, Olivier Collin, Lydie Lane, Frédéric Chalmel
- article
- Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2016, 2016, pp.baw070. ⟨10.1093/database/baw070⟩
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-
- titre
- Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- BioSystems, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩
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-
- titre
- A combinatorial approach to products of Pisot substitutions
- auteur
- Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
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-
- titre
- Using Bids, Arguments and Preferences in Sensitive Multi-unit Assignments: A p-Equitable Process and a Course Allocation Case Study
- auteur
- Mireille Ducassé, Peggy Cellier
- article
- Group Decision and Negotiation, 2016, 25 (6), ⟨10.1007/s10726-016-9483-9⟩
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-
- titre
- Solving Data Mismatches in Bioinformatics Workflows by Generating Data Converters
- auteur
- Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, Mireille Ducassé
- article
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2016, LNCS, 9510, pp.88-115
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of the Alerts
- auteur
- Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
- article
- Studies in Health Technology and Informatics, 2016, 221, pp.59--63. ⟨10.3233/978-1-61499-633-0-59⟩
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-
Conference papers
- titre
- DNA Mapping using Processor-in-Memory Architecture
- auteur
- Dominique Lavenier, Jean-Francois Roy, David Furodet
- article
- Workshop on Accelerator-Enabled Algorithms and Applications in Bioinformatics, Dec 2016, Shenzhen, China
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Lightweight Privacy-Preserving Averaging for the Internet of Things
- auteur
- Tristan Allard, Davide Frey, George Giakkoupis, Julien Lepiller
- article
- M4IOT 2016 - 3rd Workshop on Middleware for Context-Aware Applications in the IoT, Dec 2016, Trento, Italy. pp.19 - 22, ⟨10.1145/3008631.3008635⟩
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-
- titre
- An RDF Design Pattern for the Structural Representation and Querying of Expressions
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW), Nov 2016, Bologna, Italy. pp.196 - 211, ⟨10.1007/978-3-319-49004-5_13⟩
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-
- titre
- Semantic Authoring of Ontologies by Exploration and Elimination of Possible Worlds
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW), Nov 2016, Bologna, Italy
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- IKEYS: Interactive Keyword Search Dedicated to Corporate Data
- auteur
- Grégory Smits, Khadim Drame, Olivier Pivert
- article
- 20th International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW’16), Nov 2016, Bologna, Italy
- Accès au bibtex
-
- titre
- Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- BDA (Bases de Données Avancées), Nov 2016, Poitiers, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Temporal Planning with extended Timed Automata
- auteur
- Christine Largouët, Omar Krichen, Yulong Zhao
- article
- 28th International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2016), IEEE, Nov 2016, SAN JOSE, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Caractérisation floue de clusters de réponses
- auteur
- Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
- article
- Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA'16), Nov 2016, La Rochelle, France. pp.235-243
- Accès au bibtex
-
- titre
- Recherche Sociale, Structurée et Sémantique
- auteur
- Raphaël Bonaque, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- 32ème Conférence sur la Gestion de Données - Principes, Technologies et Applications, Nov 2016, Poitiers, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- FORMULIS: Dynamic Form-Based Interface For Guided Knowledge Graph Authoring
- auteur
- Pierre Maillot, Sébastien Ferré, Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Franck Partouche
- article
- International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management, Oct 2016, Bologne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimizing FOL reducible query answering: understanding performance challenges
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- ISWC 2016: The 15th International Semantic Web Conference, Oct 2016, Kobe, Japan
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PEPS: a platform for supporting studies in pharmaco-epidemiology using medico-administrative databases
- auteur
- Frédéric Balusson, Marie-Anne Botrel, Olivier Dameron, Yann Dauxais, Erwan Drezen, Alain Dupuy, Thomas Guyet, David Gross-Amblard, André Happe, Nolwenn Le Meur, Béranger Le Nautout, Emmanuelle Leray, Emmanuel Nowak, Caroline Rault, Emmanuel Oger, Elisabeth Polard
- article
- International Congress on e-Health Research, Oct 2016, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- How to measure the topological quality of protein grammars?
- auteur
- Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Lukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek
- article
- ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A refined parsing graph approach to learn smaller contextually substitutable grammars with less data
- auteur
- François Coste, Mikail Demirdelen
- article
- ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simple K-star Categorial Dependency Grammars and their Inference
- auteur
- Denis Béchet, Annie Foret
- article
- The 13th International Conference on Grammatical Inference (ICGI), Oct 2016, Delft, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction
- auteur
- Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, Denis Tagu
- article
- XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Characterization of experts in crowdsourcing platforms
- auteur
- Amal Ben Rjab, Mouloud Kharoune, Zoltan Miklos, Arnaud Martin
- article
- The 4th International Conference on Belief Functions, Sep 2016, Prague, Czech Republic
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semi-supervised evidential label propagation algorithm for graph data
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
- article
- BELIEF 2016 - The 4th International Conference on Belief Functions, Sep 2016, Prague, Czech Republic
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fuzzy Quantified Structural Queries to Fuzzy Graph Databases
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- Proceedings of the International Conference on Scalable Uncertainty Management (SUM), Sep 2016, Nice, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Detecting strategic moves in HearthStone matches
- auteur
- Boris Doux, Clément Gautrais, Benjamin Negrevergne
- article
- Machine Learning and Data Mining for Sports Analytics Workshop of ECML/PKDD, Sep 2016, Riva del Garda, Italy
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A New Approach to the Discretization of Multidimensional Scaling
- auteur
- Warley Gramacho, Antonio Mucherino, Jung-Hsin Lin, Carlile Lavor
- article
- IEEE Conference Proceedings of FedCSIS16, Sep 2016, Gandz, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- Global Optimization for Scafolding and Completing Genome Assemblies
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- 12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics, Sep 2016, Toulouse, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Storing and Querying DICOM Data with HYTORMO
- auteur
- Danh Nguyen-Cong, Laurent D’orazio, Nga Tran, Mohand-Said Hacid
- article
- Data Management and Analytics for Medicine and Healthcare - International Workshop (DMAH), Held at VLDB, Revised Selected Papers, Sep 2016, New Delhi, India. pp.43-61, ⟨10.1007/978-3-319-57741-8_4⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Complications post-opératoires et mode de prise en charge en angioplastie : apport du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI)
- auteur
- Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
- article
- Congrès Adelf-Epiter 2016, Sep 2016, Rennes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- InterCriteria Analysis of Ant Algorithm with Environment Change for GPS Surveying Problem
- auteur
- Stefka Fidanova, Olympia Roeva, Antonio Mucherino, K. Kapanova
- article
- 17th International Conference on Artificial Intelligence: Methodology Systems, Applications (AIMSA16), Sep 2016, Varna, Bulgaria. pp.271-278, ⟨10.1007/978-3-319-44748-3_26⟩
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-
- titre
- Mixed-instance querying: a lightweight integration architecture for data journalism
- auteur
- Raphaël Bonaque, Tien Duc Cao, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Javier Letelier, Ioana Manolescu, Oscar Mendoza, Swen Ribeiro, Xavier Tannier, Michaël Thomazo
- article
- VLDB, Sep 2016, New Delhi, India
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Teaching an RDBMS about ontological constraints
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- Very Large Data Bases, Sep 2016, New Delhi, India
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identifying Genetic Variant Combinations using Skypatterns
- auteur
- Hoang-Son Pham, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
- article
- 7th International Workshop on Biological Knowledge Discovery and Data Mining (Workshop BIOKDD '16 ), DEXA, Sep 2016, Porto, Portugal. ⟨10.1109/DEXA.2016.13⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Global Optimization Methods for Genome Scaffolding
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- 12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics , Sep 2016, Toulouse, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Detection of mutated primers and impact on targeted metagenomics results
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
- article
- RCAM'16 "Recent Computational Advances in Metagenomics", Sep 2016, The Hague, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An application suite based on the IFB Container as a Service platform
- auteur
- François Moreews, Olivier Sallou, Olivier Collin
- article
- ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mining frequent patterns using CP: a comparative study
- auteur
- Valentin Lemière, Yann Dauxais, Patrice Boizumault, Arnaud Lallouet
- article
- 22nd International Conference on Principles and Practice of Constraint Programming (Doctoral Program at CP’16), Sep 2016, Toulouse, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
- auteur
- Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
- article
- Prageu Stringology Conference , Aug 2016, Prague, Czech Republic
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Maximizing positive opinion influence using an evidential approach
- auteur
- Siwar Jendoubi, Arnaud Martin, Ludovic Liétard, Hend Ben Ben Hadji, Boutheina Ben Ben Yaghlane
- article
- FLINS, Aug 2016, Roubaix, France. pp.168 - 174, ⟨10.1142/9789813146976_0029⟩
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-
- titre
- A Methodology for Quality Assessment in Collaborative Score Libraries
- auteur
- Vincent Besson, Marco Gurrieri, Philippe Rigaux, Alice Tacaille, Virginie Thion
- article
- Proceedings of the 17th International Society for Music Information Retrieval Conference, Aug 2016, New York City, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An Extension of SPARQL with Fuzzy Navigational Capabilities for Querying Fuzzy RDF Data
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2016, Vancouver, Canada
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Soft Computing Approach to Agile Business Intelligence
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Ronald R. Yager
- article
- 25th IEEE International Conference on Fuzzy Systems (Fuzz-IEEE'16), Jul 2016, Vancouver, Canada. ⟨10.1109/FUZZ-IEEE.2016.7737915⟩
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-
- titre
- Knowledge-based Sequence Mining with ASP
- auteur
- Martin Gebser, Thomas Guyet, René Quiniou, Javier Romero, Torsten Schaub
- article
- IJCAI 2016- 25th International joint conference on artificial intelligence, Jul 2016, New-york, United States. pp.8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Query-Driven Repairing of Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
- auteur
- Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
- article
- IJCAI: International Joint Conference on Artificial Intelligence, Jul 2016, New York, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Packing graphs with ASP for landscape simulation
- auteur
- Thomas Guyet, Yves Moinard, Jacques Nicolas, René Quiniou
- article
- IJCAI 2016 - 25th International joint conference on artificial intelligence , Jul 2016, New-york, United States. pp.8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Graph-FCA in Practice
- auteur
- Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- International Conference on Conceptual Structures (ICCS), Jul 2016, Annecy, France. pp.107 - 121, ⟨10.1007/978-3-319-40985-6_9⟩
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-
- titre
- Evidential Label Propagation Algorithm for Graphs
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
- article
- The 19th International Conference on Information Fusion , Jul 2016, Heidelberg, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox
- auteur
- Marie Chevallier, Méziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, Maria-Paz Cortés, Clémence Frioux, Julie Laniau, Camille Trottier, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique (SFBI), Jun 2016, Rennes, France
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-
- titre
- The probiotic [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
- auteur
- Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel, Gwénaël Jan
- article
- International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics - IPC2016, Jun 2016, Budapest, Hungary
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-
- titre
- A Fuzzy Approach to the Characterization of Database Query Answers
- auteur
- Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
- article
- 16th International Conference on Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems (IPMU’16), Jun 2016, Eindhoven, Netherlands. pp.329-340
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-
- titre
- A Fuzzy Extension of SPARQL for Querying Gradual RDF Data
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Grégory Smits, Virginie Thion
- article
- IEEE International Conference on Research Challenges in Information Science (RCIS’16) Posters, Jun 2016, Grenoble, France
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-
- titre
- SUGAR: A Graph Database Fuzzy Querying System
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Grégory Smits, Virginie Thion
- article
- IEEE International Conference on Research Challenges in Information Science (RCIS’16) Demos, Jun 2016, Grenoble, France. ⟨10.1109/RCIS.2016.7549366⟩
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-
- titre
- Bridging the Gap Between Formal Languages and Natural Languages with Zippers
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Extended Semantic Web Conference (ESWC), May 2016, Heraklion, Greece. pp.269 - 284, ⟨10.1007/978-3-319-34129-3_17⟩
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-
- titre
- Integrating socio-economic drivers in an explicit-time, qualitative fisheries model: EcoMata
- auteur
- Christine Largouët, Yves-Marie Bozec, Yulong Zhao
- article
- Understanding Marine Socio-ecological Systems including the human dimension in integrated ecosystem assessment, ICES, May 2016, Brest, France
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-
- titre
- Searching for Cost-Optimized Strategies: An Agricultural Application
- auteur
- Christine Largouët, Yulong Zhao, Marie-Odile Cordier
- article
- 2nd International Conference, ICDSST 2016, May 2016, Plymouth, United Kingdom. pp.31 - 43, ⟨10.1007/978-3-319-32877-5_3⟩
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-
- titre
- A New Privacy-Preserving Solution for Clustering Massively Distributed Personal Times-Series
- auteur
- Tristan Allard, Georges Hébrail, Florent Masseglia, Esther Pacitti
- article
- ICDE: International Conference on Data Engineering, May 2016, Helsinki, Finland. pp.1370-1373, ⟨10.1109/ICDE.2016.7498347⟩
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-
- titre
- Query-driven Repairing of Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
- auteur
- Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
- article
- DL: Description Logics, Apr 2016, Le Cap, South Africa
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-
- titre
- Using Hierarchical Skills for Optimized Task Assignment in Knowledge-Intensive Crowdsourcing
- auteur
- Panagiotis Mavridis, David Gross-Amblard, Zoltán Miklós
- article
- WWW2016, ACM, IW3C, Apr 2016, Montreal, Canada. ⟨10.1145/2872427.2883070⟩
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-
- titre
- SPARQL Extensions with Preferences: a Survey
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- ACM Symposium on Applied Computing, Apr 2016, Pisa, Italy, France. ⟨10.1145/2851613.2851690⟩
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-
- titre
- Social, Structured and Semantic Search
- auteur
- Raphaël Bonaque, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- International Conference on Extending Database Technology, Mar 2016, Bordeaux, France
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-
- titre
- La gestion de données médico-administratives grâce aux outils du Web sémantique
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Journées ADELF-EMOIS « Système d’information hospitalier et Epidémiologie », Mar 2016, Dijon, France. pp.S15, ⟨10.1016/j.respe.2016.01.051⟩
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-
- titre
- Possibilistic Conditional Tables
- auteur
- Olivier Pivert, Henri Prade
- article
- 9th International Symposium on Foundations of Information and Knowledge Systems (FoIKS'16), Mar 2016, Linz, Austria. pp.42-61
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-
- titre
- Explaining Inconsistency-Tolerant Query Answering over Description Logic Knowledge Bases
- auteur
- Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
- article
- AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2016, Phoenix, United States
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-
- titre
- Exploration des Données du Défi EGC 2016 à l'aide d'un Système d'Information Logique
- auteur
- Peggy Cellier, Sébastien Ferré, Annie Foret, Olivier Ridoux
- article
- 16ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC 2016), Jan 2016, Reims, France
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-
- titre
- Fouille de motifs séquentiels avec ASP
- auteur
- Thomas Guyet, Yves Moinard, René Quiniou, Torsten Schaub
- article
- Extraction et Gestion de Connaissances (EGC), 2016, Reims, France
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- titre
- A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks.
- auteur
- Anne Siegel
- article
- European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France
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- titre
- Requêtes quantifiées floues structurelles sur des bases de données graphe
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- Logique Floue et Applications, 2016, La Rochelle, France
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-
- titre
- Towards Visualizing Hidden Structures
- auteur
- Rémy Dautriche, Alexandre Termier, Renaud Blanch, Miguel Santana
- article
- International Conference on Data Mining (ICDM) / PhD Forum, 2016, Barcelone, Spain
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-
- titre
- Steady Patterns
- auteur
- Willy Ugarte, Alexandre Termier, Miguel Santana
- article
- Data Science and Big Data Analytics workshop of International Conference on Data Mining, 2016, Barcelone, Spain
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- titre
- FURQL : une extension floue du langage SPARQL
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- Journées Bases de Données Avancées (BDA), 2016, Poitiers, France
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Book sections
- titre
- GPU-accelerated shortest paths computations for planar graphs
- auteur
- Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
- article
- Hamid Azad Advances in GPU Research and Practice , Elsevier, pp.774, 2016, 9780128037386
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-
- titre
- Introducing the Environment in Ant Colony Optimization
- auteur
- Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
- article
- Studies in Computational Intelligence, 655, Springer, pp.147-158, 2016, Recent Advances in Computational Optimization
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-
- titre
- On Making Skyline Queries Resistant to Outliers
- auteur
- Hélène Jaudoin, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Daniel Rocacher
- article
- F. Guillet, B. Pinaud, G. Venturini. Advances in Knowledge Discovery and Management vol. 6, Springer, pp.19-38, 2016, Studies in Computational Intelligence
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-
- titre
- Learning the Language of Biological Sequences
- auteur
- François Coste
- article
- Jeffrey Heinz; José M. Sempere. Topics in Grammatical Inference, Springer-Verlag, 2016, 978-3-662-48393-0. ⟨10.1007/978-3-662-48395-4_8⟩
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-
- titre
- Genomics of Phenotypic plastity in Aphids
- auteur
- Jenn A. Brisson, Julie Jaquiéry, Fabrice Legeai, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- Henryk Czosnek; Murad Ghanim. Management of Insect Pests to Agriculture, Springer International Publishing, pp.65-96, 2016, 978-3-319-24049-7. ⟨10.1007/978-3-319-24049-7_3⟩
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-
- titre
- Dense Bag-of-Temporal-SIFT-Words for Time Series Classification
- auteur
- Adeline Bailly, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Laetitia Chapel, Thomas Guyet
- article
- Advanced Analysis and Learning on Temporal Data, Springer, 2016, 978-3319444116. ⟨10.1007/978-3-319-44412-3_2⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Lire les lectures : analyse de données de séquençage
- auteur
- Pierre Peterlongo
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université rennes1, 2016
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- titre
- Ontology-based methods for analyzing life science data
- auteur
- Olivier Dameron
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2016
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Master thesis
- titre
- Apprentissage profond et acquisition de représentations latentes de séquences peptidiques
- auteur
- Sun Rémy
- article
- Apprentissage [cs.LG]. 2016
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- titre
- Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages
- auteur
- Mikaïl Demirdelen
- article
- Machine Learning [cs.LG]. 2016
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Books
- titre
- Flexible Query Answering Systems 2015, Proceedings of the 11th International Conference FQAS 2015, Cracow, Poland, October 26-28, 2015
- auteur
- Troels Andreasen, Henning Christiansen, Janusz Kacprzyk, Henrik Larsen, Gabriella Pasi, Olivier Pivert, Guy de Tré, Maria Amparo Vila, Adnan Yazici, Slawomir Zadrozny
- article
- Troels Andreasen; Henning Christiansen; Janusz Kacprzyk; Henrik Larsen; Gabriella Pasi; Olivier Pivert; Guy De Tré; Maria Amparo Vila; Adnan Yazici; Slawomir Zadrozny. Springer, 400, 2016, Advances in Intelligent Systems and Computing, ⟨10.1007/978-3-319-26154-6⟩
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-
- titre
- Foundations and Methods in Combinatorial and Statistical Data Analysis and Clustering
- auteur
- Israël-César Lerman
- article
- Springer-Verlag London, 2016, Advanced Information and Knowledge Processing, 978-1-4471-6791-4
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-
- titre
- Formal Grammar
- auteur
- Annie Foret, Glyn Morrill, Reinhard Muskens, Rainer Osswald, Sylvain Pogodalla
- article
- Springer Berlin Heidelberg, 9804, 2016, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-662-53041-2. ⟨10.1007/978-3-662-53042-9⟩
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-
- titre
- Analyse intelligente des réseaux sociaux
- auteur
- Tassadit Bouadi, Fabien Gandon, Arnaud Martin
- article
- Lavoisier, 30 (4), 2016, Revue d’intelligence artificielle
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-
Poster communications
- titre
- ChemPSy : Identification, classification et priorisation de nouveaux perturbateurs endocriniens par intégration massive de données de toxicogénomiques
- auteur
- Thomas Alain Darde, Estelle Lecluze, Becker Emmanuelle, Victoria Potdevin, Olivier Collin, Bernard Jégou, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
- article
- 10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France.
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-
- titre
- TOXsIgN – un espace de dépôt publique dédié aux signatures toxicologiques
- auteur
- Thomas Alain Darde, Pierre Gaudriault, Rémi Béranger, Lancien Clément, Annaelle Caillarec-Joly, Olivier Sallou, Nathalie Bonvallot, Cécile Chevrier, Séverine Mazaud-Guittot, Bernard Jégou, Olivier Collin, Becker Emmanuelle, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
- article
- 10 ans PNREST, ANSES, Nov 2016, Paris, France
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-
- titre
- Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family
- auteur
- Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice F. Legeai, Régine Delourme, Maria M. Manzanares-Dauleux, Mélanie Jubault
- article
- Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia.
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-
- titre
- The probiotic [i]Propionibacteriumfreudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
- auteur
- Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel
- article
- 4 International Symposium on Propionibacteria and Bibfidobacteria, Sep 2016, Cork, Ireland. , 2016
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-
- titre
- Minimal perfect hash functions in large scale bioinformatics Problem
- auteur
- Antoine Limasset, Camille Marchet, Pierre Peterlongo, Lucie Bittner
- article
- JOBIM 2016, Jun 2016, Lyon, France
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-
- titre
- Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics
- auteur
- Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice F. Legeai
- article
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
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-
- titre
- Understanding Customer Attrition at an Individual Level: a New Model in Grocery Retail Context
- auteur
- Clément Gautrais, Peggy Cellier, Thomas Guyet, René Quiniou, Alexandre Termier
- article
- International Conference on Extending Database Technology (EDBT), Mar 2016, Bordeaux, France. ⟨10.5441/002/edbt.2016.87⟩
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-
Reports
- titre
- Evaluation des logiciels d'assemblage utilisant des lectures longues
- auteur
- Laurent Bouri, Dominique Lavenier
- article
- [Rapport de recherche] RT-0475, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016
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-
- titre
- Learning Commonalities in RDF and SPARQL
- auteur
- Sara El Hassad, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- [Research Report] Université Rennes 1. 2016
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- titre
- Efficient query answering in the presence of DL-LiteR constraints
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- [Research Report] RR-8714, INRIA Saclay; INRIA. 2016
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-
- titre
- MAPPING on UPMEM
- auteur
- Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
- article
- [Research Report] RR-8923, INRIA. 2016, pp.17
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-
- titre
- BLAST on UPMEM
- auteur
- Dominique Lavenier, Charles Deltel, David Furodet, Jean-François Roy
- article
- [Research Report] RR-8878, INRIA Rennes - Bretagne Atlantique. 2016, pp.20
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-
- titre
- A Characterization of Displayable Logics Extending Update Logic
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de Rennes 1. 2016
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-
Theses
- titre
- Influencers characterization in a social network for viral marketing perspectives
- auteur
- Siwar Jendoubi
- article
- Social and Information Networks [cs.SI]. Université de Rennes; Université de Tunis (1958-1988), 2016. English. ⟨NNT : 2016REN1S076⟩
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-
- titre
- De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Discovering and exploiting analogical proportions in a relational database context
- auteur
- William Correa Beltran
- article
- Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2016. English. ⟨NNT : 2016REN1S110⟩
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-
- titre
- Belief relational clustering and its application to community detection
- auteur
- Kuang Zhou
- article
- Probability [math.PR]. Université de Rennes; Northwestern Polytechnical University (Chine), 2016. English. ⟨NNT : 2016REN1S027⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Seamless Coarse Grained Parallelism Integration in Intensive Bioinformatics Workflows
- auteur
- François Moreews, Dominique Lavenier
- article
- 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- 2016
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry
- auteur
- François Moreews, Olivier Sallou, Hervé Ménager, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Christophe Blanchet, Olivier Collin
- article
- F1000Research, 2015, ⟨10.12688/f1000research.7536.1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida, Hélène Chiapello, Amal Hammani, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Marie-Noëlle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.35. ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The chloroplast genome of the hexaploid Spartina maritima (Poaceae, Chloridoideae): Comparative analyses and molecular dating
- auteur
- Mathieu Rousseau-Gueutin, Sidonie Bellot, Guillaume E. Martin, Julien Boutte, Houda Chelaifa, Oscar Lima, Sophie Michon-Coudouel, Delphine Naquin, Armel Salmon, Abdelkader Ainouche, Malika L. Ainouche
- article
- Molecular Phylogenetics and Evolution, 2015, 93, pp.5-16. ⟨10.1016/j.ympev.2015.06.013⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Automatic Classification of Protein Structure Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Gunnar Klau, Mathilde Boudic-Jamin, Inken Wohlers
- article
- Algorithms, 2015, 8 (4), ⟨10.3390/a8040850⟩
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-
- titre
- All-Pairs Shortest Path Algorithms for Planar Graph for GPU-Accelerated Clusters
- auteur
- Hristo Djidjev, Guillaume Chapuis, Rumen Andonov, Sunil Thulasidasan, Dominique Lavenier
- article
- Journal of Parallel and Distributed Computing, 2015, 85, pp.91-103. ⟨10.1016/j.jpdc.2015.06.008⟩
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-
- titre
- Long term analysis of time series of satellite images
- auteur
- Thomas Guyet, Hervé Nicolas
- article
- Pattern Recognition Letters, 2015, 70, pp.17-23. ⟨10.1016/j.patrec.2015.11.005⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combining execution pipelines to improve parallel implementation of HMMER on FPGA
- auteur
- Naeem Abbas, Steven Derrien, Sanjay Rajopadhye, Patrice Quinton, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier
- article
- Microprocessors and Microsystems: Embedded Hardware Design , 2015, 39, pp.457-470. ⟨10.1016/j.micpro.2015.06.006⟩
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-
- titre
- Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP
- auteur
- Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, Jacques Nicolas, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 599, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automatic Classification of Protein Structures Using the Maximum Contact Map Overlap Metric
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Klau Gunnar, Mathilde Le Boudic-Jamin, Inken Wohlers
- article
- Algorithms, 2015, Special Issue Algorithmic Themes in Bioinformatics, Volume 8 (Issue 4), pp.20. ⟨10.3390/a8040850⟩
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-
- titre
- Reference-free compression of high throughput sequencing data with a probabilistic de Bruijn graph
- auteur
- Gaëtan Benoit, Claire Lemaitre, Dominique Lavenier, Erwan Drezen, Thibault Dayris, Raluca Uricaru, Guillaume Rizk
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), ⟨10.1186/s12859-015-0709-7⟩
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-
- titre
- Designing experiments to discriminate families of logic models
- auteur
- Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩
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-
- titre
- Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments
- auteur
- Clovis Galiez, François Coste
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩
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-
- titre
- A Certainty-Based Model for Uncertain Databases
- auteur
- Olivier Pivert, Henri Prade
- article
- IEEE Transactions on Fuzzy Systems, 2015, 23 (4), pp.1181 - 1196. ⟨10.1109/TFUZZ.2014.2347994⟩
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-
- titre
- Assembler un génome sur un pico-ordinateur
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- Biofutur, 2015, 34 (363)
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-
- titre
- Value-based argumentation framework built from prioritized qualitative choice logic
- auteur
- Karima Sedki
- article
- International Journal of Approximate Reasoning (IJAR), 2015, 64, pp.75-94
- Accès au bibtex
-
- titre
- OBITools: a Unix-inspired software package for DNA metabarcoding
- auteur
- Frédéric Boyer, Céline Mercier, Aurélie Bonin, Yvan Le Bras, Pierre Taberlet, Eric Coissac
- article
- Molecular Ecology Resources, 2015, pp.10.1111/1755-0998.12428. ⟨10.1111/1755-0998.12428⟩
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-
- titre
- Whole-genome re-sequencing of non-model organisms: lessons from unmapped reads
- auteur
- Anaïs Gouin, Fabrice Legeai, Pierre Nouhaud, Annabel Whibley, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- Heredity, 2015, 114, pp.494-501. ⟨10.1038/hdy.2014.85⟩
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-
- titre
- On the Representation of De Bruijn Graphs
- auteur
- Rayan Chikhi, Antoine Limasset, Shaun Jackman, Jared T. Simpson, Paul Medvedev
- article
- Journal of Computational Biology, 2015, 22 (5), pp.336 - 352. ⟨10.1089/cmb.2014.0160⟩
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-
- titre
- The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community.
- auteur
- Thomas A Darde, Olivier Sallou, Emmanuelle Becker, Bertrand Evrard, Cyril Monjoeaud, Yvan Le Bras, Bernard Jégou, Olivier Collin, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
- article
- Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.8. ⟨10.1093/nar/gkv345⟩
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-
- titre
- Parallel Seed-Based Approach to Multiple Protein Structure Similarities Detection
- auteur
- Guillaume Chapuis, Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- Scientific Programming, 2015, 2015, ⟨10.1155/2015/279715⟩
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-
- titre
- Erratum to: Database preference queries - a possibilistic logic approach with symbolic priorities.
- auteur
- Didier Dubois, Allel Hadj Ali, Henri Prade
- article
- Annals of Mathematics and Artificial Intelligence, 2015, 73 (3-4), pp.359-363. ⟨10.1007/s10472-014-9446-2⟩
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-
- titre
- SRD: a Staphylococcus regulatory RNA database.
- auteur
- Mohamed Sassi, Yoann Augagneur, Tony Mauro, Lorraine Ivain, Svetlana Chabelskaya, Marc Hallier, Olivier Sallou, Brice Felden
- article
- RNA, 2015, RNA, 21 (5), pp.1005-1017. ⟨10.1261/rna.049346.114⟩
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-
- titre
- PaturMata, a model to manage grassland under climate change, Agronomy for Sustainable Development
- auteur
- Pauline Dusseux, Yulong Zhao, Marie-Odile Cordier, Thomas Corpetti, Luc Delaby, Chantal Gascuel, Laurence Hubert-Moy
- article
- Agronomy for Sustainable Development, 2015, 35 (3), pp.10.1007/s13593-015-0295-0. ⟨10.1007/s13593-015-0295-0⟩
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-
- titre
- Identification of long non-coding RNAs in insects genomes
- auteur
- Fabrice Legeai, Thomas Derrien
- article
- Current Opinion in Insect Science, 2015, 7, pp.37 - 44. ⟨10.1016/j.cois.2015.01.003⟩
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-
- titre
- Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
- auteur
- Pascaline Dumas, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre, Erwan Scaon, Marion Orsucci, Karine Labadie, Sylvie Gimenez, Anne Laure Clamens, Hélène Henri, Fabrice Vavre, Jean-Marc Aury, Philippe Fournier, Gael Kergoat, Emmanuelle d'Alençon
- article
- Genetica, 2015, 143 (3), pp.305-316. ⟨10.1007/s10709-015-9829-2⟩
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-
- titre
- Sequential pattern mining for discovering gene interactions and their contextual information from biomedical texts
- auteur
- Peggy Cellier, Thierry Charnois, Marc Plantevit, Christophe Rigotti, Bruno Crémilleux, Olivier Gandrillon, Jiri Klema, Jean-Luc Manguin
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2015, 6, pp.1-27. ⟨10.1186/s13326-015-0023-3⟩
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-
- titre
- Extended notions of sign consistency to relate experimental data to signaling and regulatory network topologies
- auteur
- Sven Thiele, Julio Saez-Rodriguez, Luca Cerone, A Siegel, Carito Guziolowski, Steffen Klamt
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16, pp.345. ⟨10.1186/s12859-015-0733-7⟩
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-
- titre
- Extraction des zones cohérentes par l’analyse spatio-temporelle d’images de télédétection
- auteur
- Thomas Guyet, Simon Malinowski, Mohand-Cherif Benyounès
- article
- Revue Internationale de Géomatique, 2015, Numéro spécial SAGEO 2014, pp.22. ⟨10.3166/rig.25.473-494⟩
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-
- titre
- Interrogation floue de bases de données relationnelles : de la théorie à la pratique
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Thomas Girault
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2015, 29 (5), pp.569-593. ⟨10.3166/ria.29.569-593⟩
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-
- titre
- A similarity-based community detection method with multiple prototype representation
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
- article
- Physica A: Statistical Mechanics and its Applications, 2015, pp.519-531. ⟨10.1016/j.physa.2015.07.016⟩
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-
- titre
- The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories
- auteur
- Damian Smedley, Syed Haider, Steffen Durinck, Luca Pandini, Paolo Provero, James Allen, Olivier Arnaiz, Mohammad Hamza Awedh, Richard Baldock, Giulia Barbiera, Philippe Bardou, Tim Beck, Andrew Blake, Merideth Bonierbale, Anthony J. Brookes, Gabriele Bucci, Iwan Buetti, Sarah Burge, Cédric Cabau, Joseph W. Carlson, Claude Chelala, Charalambos Chrysostomou, Davide Cittaro, Olivier Collin, Raul Cordova, Rosalind J. Cutts, Erik Dassi, Alex Di Genova, Anis Djari, Anthony Esposito, Heather Estrella, Eduardo Eyras, Julio Fernandez-Banet, Simon Forbes, Robert C. Free, Takatomo Fujisawa, Emanuela Gadaleta, Jose M. Garcia-Manteiga, David Goodstein, Kristian Gray, José Afonso Guerra-Assunção, Bernard Haggarty, Dong-Jin Han, Byung Woo Han, Todd Harris, Jayson Harshbarger, Robert K. Hastings, Richard D. Hayes, Claire Hoede, Shen Hu, Zhi-Liang Hu, Lucie Hutchins, Zhengyan Kan, Hideya Kawaji, Aminah A. Keliet, Arnaud Kerhornou, Sunghoon Kim, Rhoda Kinsella, Christophe C. Klopp, Lei Kong, Daniel Lawson, Dejan Lazarevic, Ji-Hyun Lee, Thomas Letellier, Chuan-Yun Li, Pietro Lió, Chu-Jun Liu, Jie Luo, Alejandro Maass, Jérôme J. Mariette, Thomas Maurel, Stefania Merella, Azza Mostafa Mohamed, François Moreews, Ibounyamine Nabihoudine, Nelson Ndegwa, Celine Noirot, Cristian Perez-Llamas, Alessandro Quattrone, Michael Primig, Davide Rambaldi, Olivier Sallou, James Reecy, Michela Riba, Steven Rosanoff, Amna Ali Saddiq, Elisa Salas, Hadi Quesneville, Rebecca Shepherd, Reinhard Simon, Linda Sperling, William Spooner, Daniel M. Staines, Delphine Steinbach, Kevin Stone, Elia Stupka, Jon W. Teague, Abu Z. Dayem Ullah, Jun Wang, Doreen Ware, Marie Wong-Erasmus, Ken Youens-Clark, Amonida Zadissa, Shi-Jian Zhang, Arek Kasprzyk
- article
- Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W589-W598. ⟨10.1093/nar/gkv350⟩
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-
- titre
- BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras, Fabrice Legeai, Olivier Collin
- article
- GigaScience, 2015, 4, pp.22. ⟨10.1186/s13742-015-0063-8⟩
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-
- titre
- Combining partially independent belief functions
- auteur
- Mouna Chebbah, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- Decision Support Systems, 2015, pp.37-46. ⟨10.1016/j.dss.2015.02.017⟩
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-
- titre
- Programmation par ensembles réponses pour simuler l’assolement d’un paysage
- auteur
- Thomas Guyet, Yves Moinard, René Quiniou
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2015, Numéro spécial RFIA 2014, 29 (3-4), pp.28. ⟨10.3166/ria.29.293-320⟩
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-
- titre
- Abstract Gringo
- auteur
- Martin Gebser, Amelia Harrison, Roland Kaminski, Vladimir Lifschitz, Torsten Schaub
- article
- Theory and Practice of Logic Programming, 2015, 15 (4-5), pp.449-463. ⟨10.1017/s1471068415000150⟩
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-
- titre
- Median evidential c-means algorithm and its application to community detection
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
- article
- Knowledge-Based Systems, 2015, 74, pp.69 - 88. ⟨10.1016/j.knosys.2014.11.010⟩
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-
- titre
- Inference reasoning on fishers' knowledge using Bayesian causal maps
- auteur
- Louis Bonneau de Beaufort, Karima Sedki, Guy Fontenelle
- article
- Ecological Informatics, 2015, 30, pp.345-355. ⟨10.1016/j.ecoinf.2015.09.006⟩
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-
- titre
- Une définition pour un modèle QCL graduel
- auteur
- Ludovic Lietard, Allel Hadjali, Daniel Rocacher
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, 2015, 2015, pp.543--567
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-
- titre
- Optimal Threshold Determination for Interpreting Semantic Similarity and Particularity: Application to the Comparison of Gene Sets and Metabolic Pathways Using GO and ChEBI
- auteur
- Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (7), pp.30. ⟨10.1371/journal.pone.0133579⟩
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-
- titre
- Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
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-
Conference papers
- titre
- Coarse to Fine Keyword Queries with User Interactions
- auteur
- Khadim Drame, Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- 17th International Conference on Information Integration and Web-based Applications & Services (iiWAS 2015), Dec 2015, Brussels, Belgium
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-
- titre
- A Clustering-Based Approach to the Mining of Analogical Proportions
- auteur
- William Correa Beltran, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
- article
- 27th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI'15), Nov 2015, Vietri sul Mare, Italy
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-
- titre
- Constructing Weighted Argumentation Framework with Cognitive Maps
- auteur
- Karima Sedki, Louis Bonneau de Beaufort
- article
- International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI), IEEE, Nov 2015, Vietri sul Mare, Italy. ⟨10.1109/ICTAI.2015.108⟩
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-
- titre
- Explications linguistiques et graphiques de groupes de données
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA'15), Nov 2015, Poitiers, France. pp.8
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-
- titre
- Caractérisation d'experts dans les plate-formes de crowdsourcing Characterization of experts in crowdsourcing platforms
- auteur
- Amal Ben Rjab, Mouloud Kharoune, Zoltan Miklos, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- 24ème Conférence sur la Logique Floue et ses Applications, Nov 2015, Poitiers, France
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-
- titre
- Fusion de préférences pour la détection de communautés dans les réseaux sociaux
- auteur
- Faten Elarbi, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- 24ème Conférence sur la Logique Floue et ses Applications, Nov 2015, Poitiers, France
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-
- titre
- Réparation efficace de requêtes floues
- auteur
- Olivier Pivert, Grégory Smits
- article
- Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA'15), Nov 2015, Poitiers, France. pp.8
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-
- titre
- A logical information system proposal for browsing terminological resources
- auteur
- Annie Foret
- article
- Terminology and Artificial Intelligence (TIA) 2015, Nov 2015, Grenade, Spain
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-
- titre
- Security Mechanisms Planning to Enforce Security Policies
- auteur
- Anis Bkakria, Frédéric Cuppens, Nora Cuppens-Boulahia, David Gross-Amblard
- article
- International symposium on foudations and practice of security, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.85 - 101, ⟨10.1007/978-3-319-30303-1_6⟩
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-
- titre
- A Clustering-Based Approach to the Explanation of Database Query Answers
- auteur
- Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
- article
- 11th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'15), Oct 2015, Cracow, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analogical Database Queries
- auteur
- William Correa Beltran, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
- article
- 11th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'15), Oct 2015, Cracow, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Certainty-Based Approach to the Cautious Handling of Suspect Values
- auteur
- Olivier Pivert, Henri Prade
- article
- 11th International Conference on Flexible Query Answering Systems (FQAS'15), Oct 2015, Cracow, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- Safe Suggestions Based on Type Convertibility to Guide Workflow Composition
- auteur
- Mouhamadou Ba, Sébastien Ferré, Mireille Ducassé
- article
- Foundations of Intelligent Systems (ISMIS), Oct 2015, Lyon, France. ⟨10.1007/978-3-319-25252-0_25⟩
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-
- titre
- Interactive User Group Analysis
- auteur
- Behrooz Omidvar Tehrani, Sihem Amer-Yahia, Alexandre Termier
- article
- 24th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2015), ACM, Oct 2015, Melbourne, Australia
- Accès au bibtex
-
- titre
- Selecting Representative Instances from Datasets
- auteur
- Hamid Mirisaee, Ahlame Chouakria Douzal, Alexandre Termier
- article
- IEEE International Conference on Data Science and Advanced Analytics (DSAA 2015), Oct 2015, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- From formal concepts to analogical complexes
- auteur
- Laurent Miclet, Jacques Nicolas
- article
- CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12
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-
- titre
- Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
- auteur
- Gaëtan Benoit
- article
- RCAM, Oct 2015, Paris, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Data Mining Approach to Temporal Debugging of Embedded Streaming Applications
- auteur
- Oleg Iegorov, Alexandre Termier, Vincent Leroy, Jean-François Méhaut, Miguel Santana
- article
- 15th International Conference on Embedded Software (EMSOFT'2015), Oct 2015, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- Une approche coopérative d'aide à la réparation de requêtes floues
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- 31e Journées Bases de Données Avancées (BDA'15), Sep 2015, Île de Porquerolles, France. pp.9
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-
- titre
- Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- BDA (Bases de Données Avancées), Sep 2015, Île de Porquerolles, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimizing FOL reducible query answering
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- BDA'15, Sep 2015, Île de Porquerolles, France
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-
- titre
- Understanding and Improving Reformulation-Based Query Answering Performance in RDF
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- BDA'15, Sep 2015, Île de Porquerolles, France
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-
- titre
- aspartame: Solving Constraint Satisfaction Problems with Answer Set Programming
- auteur
- Mutsunori Banbara, Martin Gebser, Katsumi Inoue, Max Ostrowski, Andrea Peano, Torsten Schaub, Takehide Soh, Naoyuki Tamura, Matthias Weise
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), Sep 2015, Lexington, United States. pp.112-126, ⟨10.1007/978-3-319-23264-5_10⟩
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-
- titre
- Answer Set Programming modulo Acyclicity
- auteur
- Jori Bomanson, Martin Gebser, Toni Janhunen, Benjamin Kaufmann, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), Sep 2015, Lexington, United States. pp.143-150, ⟨10.1007/978-3-319-23264-5_13⟩
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-
- titre
- Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩
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-
- titre
- Linguistic and Graphical Explanation of a Cluster-Based Data Structure
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- 9th International Conference on Scalable Uncertainty Management (SUM’15), Sep 2015, Quebec City, Canada. pp.14
- Accès au bibtex
-
- titre
- Ant Colony Optimization with Environment Changes: an Application to GPS Surveying
- auteur
- Antonio Mucherino, Stefka Fidanova, Maria Ganzha
- article
- Federated Conference on Computer Science and Iinformation Ssystems, Sep 2015, Lodz, Poland
- Accès au bibtex
-
- titre
- Bag-of-Temporal-SIFT-Words for Time Series Classification
- auteur
- Adeline Bailly, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Thomas Guyet, Laetitia Chapel
- article
- ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2015, Porto, Portugal
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Database Querying in the Presence of Suspect Values
- auteur
- Olivier Pivert, Henri Prade
- article
- 19th East-European Conference on Advances in Databases and Information Systems (ADBIS’15), Sep 2015, Poitiers, France. pp.6
- Accès au bibtex
-
- titre
- Chronicles mining in a database of drugs exposures
- auteur
- Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
- article
- ECML Doctoral consortium, Sep 2015, Porto, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Improving Coordinated SMT-based System Synthesis by Utilizing Domain-specific Heuristics
- auteur
- Benjamin Andres, Alexander Biewer, Javier Romero, Christian Haubelt, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), Sep 2015, Lexington, KY, United States. pp.55-68
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reformulation-based query answering in RDF: alternatives and performance
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- Very Large Data Bases, Aug 2015, Hawaii, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaii, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Expression and Efficient Processing of Fuzzy Queries in a Graph Database Context
- auteur
- Olivier Pivert, Grégory Smits, Virginie Thion
- article
- Fuzz-IEEE'15 : 24th IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Aug 2015, Istanbul, Turkey, France. pp.8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Détection des experts dans un cadre incertain
- auteur
- Dorra Attiaoui, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- Atelier Réseaux Sociaux et Intelligence Artificielle, Jul 2015, Rennes, France. ⟨10.3166/PFIA.1.1-??⟩
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-
- titre
- KLAST: fast and sensitive software to compare large genomic databanks on cloud
- auteur
- Ivaylo Petrov, Sébastien Brillet, Erwan Drezen, Sylvain Quiniou, L Antin, Patrick Durand, Dominique Lavenier
- article
- World Congress in Computer Science, Computer Engineering, and Applied Computing, Jul 2015, Las Vegas,, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Landscape features that prevent or foster urban sprawl
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- MultiTemp 2015 : 8th International Workshop on the Analysis of Multitemporal Remote Sensing Images, Jul 2015, Annecy, France. pp.244-247
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dynamic Time Warping Distance for Message Propagation Classification in Twitter
- auteur
- Siwar Jendoubi, Arnaud Martin, Ludovic Liétard, Boutheina Ben Yaghlane, Hend Ben Hadji
- article
- ECSQARU 2015, Jul 2015, Compiègne, France. pp.419 - 428, ⟨10.1007/978-3-319-20807-7_38⟩
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-
- titre
- Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments
- auteur
- Clovis Galiez, François Coste
- article
- 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evidential relational clustering using medoids
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhun-Ga Liu
- article
- The 18th International Conference on Information Fusion, Jul 2015, Washington, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée
- article
- JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- De novo detection of structure repeats in Proteins
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin, Rumen Andonov
- article
- Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques JOBIM , Société Française de BioInformatique (SFBI), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A curated Domain centric shared Docker registry linked to the Galaxy toolshed
- auteur
- François Moreews, Olivier Sallou, Yvan Le Bras, Grosjean Marie, Cyril Monjeaud, Thomas A Darde, Olivier Collin, Christophe Blanchet
- article
- Galaxy Community Conference 2015, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Query-Oriented Summarization of RDF Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- Data Science - 30th British International Conference on Databases, BICOD 2015, Edinburgh, UK, July 6-8, 2015, Proceedings, Jul 2015, Edinburgh, United Kingdom. pp.87--91
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Classification of incomplete patterns based on fusion of belief functions
- auteur
- Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin, Grégoire Mercier
- article
- The 18th International Conference on Information Fusion, Jul 2015, Washington, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Une infrastructure générique basée sur les apports du Web Sémantique pour l’analyse des bases médico-administratives
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Plate-forme Intelligence Artificielle 2015, conférence Ingénierie des Connaissances, Jun 2015, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Conception interactive d'ontologies par élimination de mondes possibles
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- IC2015, Jun 2015, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evidential community detection using structural and attribute information
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
- article
- Atelier Réseaux Sociaux et Intelligence Artificielle, Jun 2015, Rennes, France. ⟨10.3166/RIA⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique
- auteur
- Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jun 2015, Rennes, France. pp.7
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Proposal for Extending Formal Concept Analysis to Knowledge Graphs
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Formal Concept Analysis, Jun 2015, Nerja, Spain. pp.271--286
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Akenou-Breizh, un projet de plate-forme valorisant des ressources et outils informatiques et linguistiques pour le breton
- auteur
- Annie Foret, Valérie Bellynck, Christian Boitet
- article
- TALaRE'2015, Jun 2015, Caen, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Optimal Discretization Orders for Distance Geometry: a Theoretical Standpoint
- auteur
- Antonio Mucherino
- article
- LSSC2015 - Proceedings of Large Scale Scientific Computations, Jun 2015, Sozopol, Bulgaria
- Accès au bibtex
-
- titre
- Explaining Query Answers under Inconsistency-Tolerant Semantics over Description Logic Knowledge Bases (Extended Abstract)
- auteur
- Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
- article
- Description Logics, Jun 2015, Athens, Greece
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Efficient Query Answering in DL-Lite through FOL Reformulation (Extended Abstract)
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- 28th International Workshop on Description Logics, Jun 2015, Athens, Greece
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Chiaroscuro: Transparency and Privacy for Massive Personal Time-Series Clustering
- auteur
- Tristan Allard, Georges Hébrail, Florent Masseglia, Esther Pacitti
- article
- SIGMOD: International Conference on Management of Data, May 2015, Melbourne, Australia. pp.779-794, ⟨10.1145/2723372.2749453⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Energy Modeling and Optimization for Tiled Nested-Loop Codes
- auteur
- Nirmal Prajapati, Waruna Ranasinghe, Vamsi Krishna Tandrapati, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sanjay Rajopadhye
- article
- Parallel and Distributed Processing Symposium Workshop (IPDPSW), May 2015, Hyderabad India. pp.888 - 895 ⟨10.1109/IPDPSW.2015.94⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Pseudo de Bruijn Graph Representation for Discretization Orders for Distance Geometry
- auteur
- Antonio Mucherino
- article
- Proceedings of IWBBIO15, May 2015, Granada, Spain. pp.514-523
- Accès au bibtex
-
- titre
- Connected Keywords
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Virginie Thion
- article
- 9th IEEE International Conference on Research Challenges in Information Science (RCIS’15), May 2015, Athens, Greece. pp.112 - 120, ⟨10.1109/RCIS.2015.7128869⟩
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- titre
- SMART: A tool for analyzing and reconciling schema matching networks
- auteur
- Hung Nguyen Quoc Viet, Tam Nguyen Thanh, Vinh Tuan Chau, Tri Kurniawan Wijaya, Zoltan Miklos, Karl Aberer, Avigdor Gal, Matthias Weidlich
- article
- 31st International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
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- titre
- CliqueSquare in Action: Flat Plans for Massively Parallel RDF Queries
- auteur
- Benjamin Djahandideh, François Goasdoué, Zoi Kaoudi, Ioana Manolescu, Jorge-Arnulfo Quiané-Ruiz, Stamatis Zampetakis
- article
- International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
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- titre
- CliqueSquare: Flat Plans for Massively Parallel RDF Queries
- auteur
- François Goasdoué, Zoi Kaoudi, Ioana Manolescu, Jorge-Arnulfo Quiané-Ruiz, Stamatis Zampetakis
- article
- International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
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- titre
- Reasoning on Web Data: Algorithms and Performance
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Alexandra Roatis
- article
- ICDE - 31st International Conference on Data Engineering, Apr 2015, Seoul, South Korea
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- titre
- Efficient OLAP Operations For RDF Analytics
- auteur
- Elham Akbari-Azirani, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Alexandra Roatis
- article
- International Workshop on Data Engineering meets the Semantic Web (DESWeb), Apr 2015, Seoul, South Korea. ⟨10.1109/ICDEW.2015.7129548⟩
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- titre
- Query-oriented Summarization of RDF Graphs
- auteur
- Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- Data Engineering Meets Semantic Web Workshop (DESWeb), Apr 2015, Seoul, South Korea
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- titre
- Optimizing Reformulation-based Query Answering in RDF
- auteur
- Damian Bursztyn, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- EDBT: 18th International Conference on Extending Database Technology, Mar 2015, Brussels, Belgium
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- titre
- Data integration
- auteur
- Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel
- article
- Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives
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- titre
- Discretization Orders and Distance Geometry
- auteur
- Antonio Mucherino
- article
- 16ème conférence ROADEF :, Feb 2015, Marseille, France
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- titre
- Sequential pattern mining for customer relationship management analysis
- auteur
- Kiril Gashteovski, Thomas Guyet, René Quiniou, Alzennyr da Silva, Véronique Masson
- article
- Atelier GAST@EGC2015, Jan 2015, Luxembourg, Luxembourg
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- titre
- Découverte de proportions analogiques dans les bases de données: une première approche
- auteur
- William Correa Beltran, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
- article
- 15e Conférence Internationale Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC'15), Jan 2015, Luxembourg, Luxembourg. pp.12
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- titre
- Improved Local Search for Binary Matrix Factorization
- auteur
- Hamid Mirisaee, Eric Gaussier, Alexandre Termier
- article
- Twenty-Ninth AAAI Conference on Artificial Intelligence, AAAI, Jan 2015, Austin, United States. pp.1198-1204
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-
- titre
- Reducing trace size in multimedia applications endurance tests
- auteur
- Serge Vladimir Emteu Tchagou, Alexandre Termier, Jean-François Méhaut, Brice Videau, Miguel Santana, René Quiniou
- article
- Design, Automation & Test in Europe Conference & Exhibition (DATE) , 2015, Grenoble, France
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- titre
- Implementing preferences with asprin
- auteur
- Gerhard Brewka, James P. Delgrande, Javier Romero, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States
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-
- titre
- An Implementation of Consistency-Based Multi-Agent Belief Change using ASP
- auteur
- Paul Vicol, James P. Delgrande, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States. pp.7
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-
- titre
- Extracting characteristics of Satellite Image Time Series with Decision Trees
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- MultiTemp, 2015, Annecy, France. pp.260-263
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-
- titre
- Progress in clasp series 3
- auteur
- Martin Gebser, Roland Kaminski, Benjamin Kaufmann, Javier Romero, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States
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-
- titre
- Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution
- auteur
- Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩
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-
- titre
- A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina
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-
- titre
- ASP Solving for Expanding Universes
- auteur
- Martin Gebser, Toni Janhunen, Holger Jost, Roland Kaminski, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States
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-
- titre
- Integrating ASP into ROS for Reasoning in Robots
- auteur
- Benjamin Andres, David Rajaratnam, Orkunt Sabuncu, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States. pp.25
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-
- titre
- Sequential pattern mining on multimedia data
- auteur
- Corentin Hardy, Laurent Amsaleg, Guillaume Gravier, Simon Malinowski, René Quiniou
- article
- European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Database Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, 2015, Porto, Portugal
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- titre
- A symbolic system synthesis approach for hard real-time systems based on coordinated SMT-solving
- auteur
- Alexander Biewer, Benjamin Andres, Jens Gladigau, Torsten Schaub, Christian Haubelt
- article
- Proceedings of the Conference on Design, Automation and Test in Europe (DATE'15), 2015, San Jose, United States. pp.357-362
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-
- titre
- Sequence mining under multiple constraints
- auteur
- Nicolas Béchet, Peggy Cellier, Thierry Charnois, Bruno Crémilleux
- article
- 30th Int. Conf. Symposium On Applied Computing (SAC 2015), 2015, Salamanca, Spain. pp.908 - 914, ⟨10.1145/354756.354849⟩
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-
- titre
- asprin: Customizing Answer Set Preferences without a Headache
- auteur
- Gerhard Brewka, James P. Delgrande, Javier Romero, Torsten Schaub
- article
- Proceedings of the Twenty-Ninth National Conference on Artificial Intelligence (AAAI'15), 2015, Austin, United States. pp.1467-1474
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- titre
- Shift-design with Answer Set Programming
- auteur
- Michael Abseher, Martin Gebser, Nysret Musliu, Torsten Schaub, Stefan Woltran
- article
- Proceedings of the Thirteenth International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning (LPNMR'15), 2015, Lexington, United States. pp.7
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- titre
- The chemosensory transcriptome of the cotton leafworm Spodoptera littoralis
- auteur
- Emmanuelle Joly, Erwan Poivet, Aurore Gallot, Fabrice Legeai, Nicolas Montagné
- article
- 24. Annual Meeting of the European-Chemoreception-Research-Organization (ECRO), 2015, NA, France
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Book sections
- titre
- Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
- auteur
- Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
- article
- David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
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-
- titre
- Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming
- auteur
- Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
- article
- S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization
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- titre
- The effective use of the DSmT for multi-class classification
- auteur
- Nassim Abbas, Youcef Chibani, Arnaud Martin, Florentin Smarandache
- article
- Advances and Applications of DSmT for Information Fusion, 4, 2015
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-
- titre
- How to Efficiently Diagnose and Repair Fuzzy Database Queries that Fail
- auteur
- Olivier Pivert, Grégory Smits
- article
- Fifty Years of Fuzzy Logic and its Applications, 326, Springer, pp.499-517, 2015, Studies in Fuzziness and Soft Computing, ⟨10.1007/978-3-319-19683-1_25⟩
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-
- titre
- Ricochet Robots Reloaded: A Case-study in Multi-shot ASP Solving
- auteur
- Martin Gebser, Roland Kaminski, Philipp Obermeier, Torsten Schaub
- article
- T. Eiter and H. Strass and M. Truszczynski and S. Woltran. Advances in Knowledge Representation, Logic Programming, and Abstract Argumentation: Essays Dedicated to Gerhard Brewka on the Occasion of His 60th Birthday, 9060, Springer, pp.17-32, 2015, lnai, ⟨10.1007/978-3-319-14726-0_2⟩
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-
- titre
- Paysages et étalement urbain : Aspects physiques et culturels à travers l'exemple de l'aire urbaine d'Angers
- auteur
- Élise Athané, Julie Bourbeillon, Thomas Coisnon, Thomas Guyet, Anaïs Marshall, Hervé Nicolas, Walid Oueslati, Damien Rousselière, Julien Salanié
- article
- Biodiversité, paysage et cadre de vie - La démocratie en pratique, Victoires Editions, pp.91-110, 2015, 978-2-35113- 238-8
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-
- titre
- Des modèles et des outils pour des projets de territoire
- auteur
- Patrick Durand, Pierre Moreau, Laurent Ruiz, Jordy Salmon-Monviola, Francoise Vertès, Christine Baratte, Cyril Benhamou, Tassadit Bouadi, Marie-Odile Cordier, Samuel Corgne, Pauline Dusseux, Philippe Faverdin, Chantal Gascuel, Laurence Hubert-Moy, Virginie Parnaudeau, Eric Ramat, Thierry Raimbault, Valérie Viaud
- article
- Comment réconcilier agriculture et territoire, Editions Quae, pp.151, 2015, Matière à débattre et décider, 978-2-7592-2284-1
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-
- titre
- On the Pisot Substitution Conjecture
- auteur
- S Akiyama, M Barge, V Berthé, J.-y Lee, A Siegel
- article
- Mathematics of Aperiodic Order, 309, Springer, pp.33-72, 2015, Progress in mathematics, 978-3-0348-0903-0. ⟨10.1007/978-3-0348-0903-0_2⟩
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-
- titre
- Distributed Computing for Enumeration
- auteur
- Alexandre Termier
- article
- Encyclopedia of Algorithms, Springer Berlin Heidelberg, 2015, 978-3-642-27848-8. ⟨10.1007/978-3-642-27848-8_724-1⟩
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-
Master thesis
- titre
- Test and Benchmarking of A New Scaffolding Methodology
- auteur
- Alexandrina Bodrug
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2015
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-
- titre
- Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales
- auteur
- Maud Jusot
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015
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Patents
- titre
- Procédé et installation de comparaison de consommation d'effluents sans divulgation de données de consommations mesurées
- auteur
- Tristan Allard, Georges Hébrail, Florent Masseglia, Esther Pacitti
- article
- France, N° de brevet: EP 2930471 A1. 2015
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-
- titre
- Procédé de traitement de données d'accessibilité, dispositif et programme correspondant
- auteur
- Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
- article
- France, N° de brevet: 1451562 - WO2015/128327Al. 2015
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Poster communications
- titre
- Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways
- auteur
- Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret
- article
- JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015
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- titre
- Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms
- auteur
- Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Emmanuelle d'Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- Genome Informatics, Oct 2015, Cold Spring Harbor Laboratory, United States. 2015
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- titre
- Interrogation par analogie dans les bases de données
- auteur
- Sara El Hassad
- article
- Base de Données Avancées, Sep 2015, Île de Porquerolles, France
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- titre
- GO-Docker: Batch scheduling with containers
- auteur
- Olivier Sallou, Cyril Monjeaud
- article
- IEEE Cluster 2015, Sep 2015, CHICAGO, United States. , ⟨10.1109/CLUSTER.2015.89⟩
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- titre
- Yet another Galaxy Genome viewer
- auteur
- Thomas Alain Darde, François Moreews, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Frédéric Chalmel
- article
- GCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
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- titre
- BGREAT: A De Bruijn graph read mapping tool
- auteur
- Antoine Limasset, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont ferrant, France
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-
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Helene Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- JOBIM 16. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
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- titre
- VCF$\_$creator: Mapping and VCF Creation features in DiscoSnp++
- auteur
- Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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- titre
- Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics
- auteur
- Mélanie Pétéra, Gildas Le Corguille, Marion Landi, Misharl Monsoor, Marie Tremblay-Franco, Jean-Francois Martin, Christophe Duperier, Daniel Jacob, Yann Guitton, Marie Lefebvre, Estelle Pujos-Guillot, Franck Giacomoni, Etienne Thévenot, Christophe Caron
- article
- JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
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- titre
- Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , ⟨10.1093/Bioinforma-cs/btu406⟩
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- titre
- PEW : un outil d'aide à la conception d'ontologies par l'exploration des mondes possibles
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- IC2015, Jun 2015, Rennes, France. 2015, IC2015
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-
- titre
- Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms, a case study of the genomes of two Spodoptera frugiperda host strains
- auteur
- Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, K Labadie, Jean-Marc Aury, Emmanuelle d'Alençon, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- Arthropod Genomics 2015, Jun 2015, Manhattan (Kansas), United States. 2015
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- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Hélène Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- 20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. , 2015
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-
- titre
- TermLis : un contexte d'information logique pour des ressources terminologiques
- auteur
- Annie Foret
- article
- Traitement Automatique des Langues Naturelles, Jun 2015, Caen, France. , Actes de la 22e conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, 2015, Actes de la 22e conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles
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-
- titre
- The ReproGenomics Viewer: An integrative cross-species toolbox for the reproductive science community
- auteur
- Thomas Alain Darde, Olivier Sallou, Becker Emmanuelle, Bertrand Evrard, Cyril Monjeaud, Yvan Le Bras, Bernard Jégou, Olivier Collin, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
- article
- ReproScience, Apr 2015, Rennes, France
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-
- titre
- Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility
- auteur
- Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, David Causeur, Isabelle Louveau
- article
- ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. Journal of Animal Science, 93 (Suppl. 2), 2015, Abstract book of the ASAS/ADSA midwest meeting
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Documents associated with scientific events
- titre
- Manifeste: Pour plus d'Interactions entre Informatique, Sciences Humaines et Sociales et Arts
- auteur
- Guillaume Aucher, Olivier Ridoux
- article
- Science des données et sciences humaines et sociales : atelier 4 du Data Science Symposium, Nov 2015, Rennes, France. , pp.6, 2015
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Proceedings
- titre
- Distance Geometry and Applications
- auteur
- Antonio Mucherino, Rosiane de Freitas, Carlile Lavor
- article
- special issue of Discrete Applied Mathematics, France. 197, , 2015
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- titre
- Actes de la conférence BDA 2014 : Gestion de données - principes, technologies et applications
- auteur
- David Gross-Amblard, Christine Collet, Christophe Bobineau, Fabrice Jouanot
- article
- David Gross-Amblard. BDA 2014 : Gestion de données - principes, technologies et applications, Oct 2014, Autrans, France. , pp.55, 2015
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- titre
- Foundations of Intelligent Systems, 22nd International Symposium, ISMIS 2015, Lyon, France, October 21-23, 2015. Proceedings
- auteur
- Floriana Esposito, Olivier Pivert, Mohand-Saïd Hacid, Zbigniew Ras, Stefano Ferilli
- article
- 22nd International Symposium (ISMIS 2015), Oct 2015, Lyon, France. 9384, Springer, 2015, Lecture Notes on Artificial Intelligence, ⟨10.1007/978-3-319-25252-0⟩
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Reports
- titre
- Social, Structured, and Semantic Search
- auteur
- Raphaël Bonaque, Bogdan Cautis, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- [Research Report] RR-8797, Inria Saclay Ile de France. 2015, 38 p
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- titre
- Interactive Data-Driven Research: the place where databases and data mining research meet
- auteur
- Sihem Amer-Yahia, Vincent Leroy, Alexandre Termier, Martin Kirchgessner, Behrooz Omidvar-Tehrani
- article
- [Research Report] RR-LIG-049, LIG. 2015
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Theses
- titre
- Réseaux de réactions : de l’analyse probabiliste à la réfutation
- auteur
- Vincent Picard
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S093⟩
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- titre
- Similarités et divergences, globales et locales entre structures protéiques
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Universite Rennes 1, 2015. Français. ⟨NNT : ⟩
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- titre
- Similarités et divergences, globales et locales, entre structures protéiques
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S119⟩
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- titre
- Concevoir et partager des workflows d’analyse de données : application aux traitements intensifs en bioinformatique
- auteur
- François Moreews
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S089⟩
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- titre
- Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l'identification de protéines de virus
- auteur
- Clovis Galiez
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩
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- titre
- Composition guidée de services : application aux workflows d’analyse de données en bio-informatique
- auteur
- Mouhamadou Ba
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. INSA de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015ISAR0024⟩
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-
- titre
- Decision Making for Ontology Matching under the Theory of Belief Functions
- auteur
- Amira Essaid
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes 1 [UR1]; Université de Tunis, 2015. English. ⟨NNT : ⟩
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Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network
- auteur
- Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard
- article
- 2015
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