Publications HAL du labo/EPI IRISA-D7

2024

Journal articles

titre
Combined cytogenetic and molecular methods for taxonomic verification and description of Brassica populations deriving from different origins
auteur
Cyril Falentin, Houria Hadj-Arab, Fella Aissiou, Claudia Bartoli, Giuseppe Bazan, Matéo Boudet, Lydia Bousset-Vaslin, Marwa Chwikhi, Olivier Coriton, Gwénaelle Deniot, Julie Ferreira de Carvalho, Laurène Gay, Anna Geraci, Pascal Glory, Virginie Huteau, Riadh Ilahy, Vincenzo Ilardi, José A. Jarillo, Vladimir Meglic, Elisabetta Oddo, Monica Pernas, Manuel Pineiro, Barbara Pipan, Thouraya Rhim, Vincent Richer, Fulvia Rizza, Joelle Ronfort, Mathieu Rousseau-Gueutin, Rosario Schicchi, Lovro Sinkovic, Maryse Taburel, Valeria Terzi, Sylvain Théréné, Mathieu Tiret, Imen Tlili, Marie-Hélène Wagner, Franz Werner Badeck, Anne-Marie Chèvre
article
Animal Genetic Resources, 2024, 5 (9), pp.61-71. ⟨10.46265/genresj.ryaj6068⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04608007/file/2024_Falentin_et_al.pdf BibTex
titre
Leveraging an Isolation Forest to Anomaly Detection and Data Clustering
auteur
Véronne Yepmo, Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
article
Data and Knowledge Engineering, 2024, 151, pp.102302. ⟨10.1016/j.datak.2024.102302⟩
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https://hal.science/hal-04516593/file/main.pdf BibTex
titre
Proceedings of the OHBM Brainhack 2022
auteur
Stefano Moia, Hao-Ting Wang, Anibal S. Heinsfeld, Dorota Jarecka, Yu Fang Yang, Stephan Heunis, Michele Svanera, Benjamin De Leener, Andrea Gondová, Sin Kim, Arshitha Basavaraj, Johanna M. M. Bayer, Roza G. Bayrak, Pierre-Louis Bazin, Isil Poyraz Bilgin, Steffen Bollmann, Daniel Borek, Valentina Borghesani, Trang Cao, Gang Chen, Alejandro de La Vega, Sebastian Dresbach, Philipp Ehses, Jan Ernsting, Inês Esteves, Oscar Ferrante, Kelly G. Garner, Rémi Gau, Elodie Germani, Tara Ghafari, Satrajit S. Ghosh, Sarah E. Goodale, Cassandra D. Gould Van Praag, Samuel Guay, Omer Faruk Gulban, Yaroslav O. Halchenko, Michael Hanke, Peer Herholz, Katja Heuer, Felix Hoffstaedter, Ruoqi Huang, Renzo Huber, Ole Jensen, Kan Keeratimahat, Julian Q. Kosciessa, Sladjana Lukic, Neville Magielse, Christopher J. Markiewicz, Caroline G. Martin, Camille Maumet, Anna Menacher, Jeff Mentch, Christian Mönch, Shammi More, Leonardo Muller, Leonardo Muller-Rodriguez, Samuel A. Nastase, Eliana Nicolaisen-Sobesky, Dylan M. Nielson, Christopher R. Nolan, François Paugam, Pedro Pinheiro-Chagas, Ana Luísa Pinho, Alessandra Pizzuti, Benjamin Poldrack, Benedikt A. Poser, Roberta Rocca, Jacob Sanz-Robinson, Kelvin Sarink, Kevin R Sitek, Nadine Spychala, Rüdiger Stirnberg, Michał Szczepanik, Mohammad Torabi, Roberto Toro, Sebastian G. W. Urchs, Sofie L. Valk, Adina S Wagner, Laura K. Waite, Alexander Q. Waite, Lea Waller, Tyler J. Wishard, Jianxiao Wu, Yuchen Zhou, Janine D. Bijsterbosch
article
Aperture Neuro, 2024, ⟨10.52294/001c.92760⟩
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https://inria.hal.science/hal-04478342/file/92760-proceedings-of-the-ohbm-brainhack-2022.pdf BibTex
titre
Comparing machine-learning models of different levels of complexity for crop protection: A look into the complexity-accuracy tradeoff
auteur
Olivier Gauriau, Luis Galárraga, François Brun, Alexandre Termier, Loïc Davadan, François Joudelat
article
Smart Agricultural Technology, 2024, 7, pp.100380. ⟨10.1016/j.atech.2023.100380⟩
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https://hal.science/hal-04382202/file/20230828_Gauriau-2023_Comparing%20machine-learning%20models%20of%20different%20levels%20of%20complexity.pdf BibTex
titre
Indexer des milliards d’éléments avec les filtres de Bloom
auteur
Pierre Peterlongo, Lucas Robidou
article
Interstices, 2024, pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-04570454/file/Indexer%20des%20milliards%20d%27e%CC%81le%CC%81ments%20avec%20les%20filtres%20de%20Bloom%20-%20Interstices%20-%20Interstices%20%281%29.pdf BibTex
titre
Transcriptomic basis of sex loss in the pea aphid
auteur
M D Huguet, Stéphanie Robin, Sylvie Hudaverdian, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier-Leterme, Romuald Cloteau, Sylvain Baulande, Patricia Legoix-Né, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon, Julie Jaquiéry, Denis Tagu, Gaël Le Trionnaire
article
BMC Genomics, 2024, Bmc Genomics, 25 (1), pp.202. ⟨10.1186/s12864-023-09776-6⟩
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https://hal.science/hal-04484084/file/s12864-023-09776-6.pdf BibTex
titre
Global exact optimisations for chloroplast structural haplotype scaffolding
auteur
Victor Epain, Rumen Andonov
article
Algorithms for Molecular Biology, 2024, 19 (5), pp.1-35. ⟨10.1186/s13015-023-00243-1⟩
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https://inria.hal.science/hal-04134429/file/khloraascaf.pdf BibTex
titre
Chromosome-Level Assembly and Annotation of the Pearly Heath Coenonympha arcania Butterfly Genome
auteur
Fabrice Legeai, Sandra Romain, Thibaut Capblancq, Paul Doniol-Valcroze, Mathieu Joron, Claire Lemaitre, Laurence Després
article
Genome Biology and Evolution, 2024, pp.1-7. ⟨10.1093/gbe/evae055⟩
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https://hal.science/hal-04530573/file/evae055.pdf BibTex
titre
Regulus infers signed regulatory relations from few samples' information using discretization and likelihood constraints
auteur
Marine Louarn, Guillaume Collet, Eve Barre, Thierry Fest, Olivier Dameron, Anne Siegel, Fabrice Chatonnet
article
PLoS Computational Biology, 2024, 20 (1), pp.e1011816. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011816⟩
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https://hal.science/hal-04443527/file/journal.pcbi.1011816.pdf BibTex
titre
Empirical evidence for metabolic drift in plant and algal lipid biosynthesis pathways
auteur
Maëlle Zonnequin, Arnaud Belcour, Ludovic Delage, Anne Siegel, Samuel Blanquart, Catherine Leblanc, Gabriel V Markov
article
Frontiers in Plant Science, 2024, 15, pp.1339132. ⟨10.3389/fpls.2024.1339132⟩
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https://hal.science/hal-04473577/file/fpls-15-1339132.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Theoretically Grounded Extension of Universal Attacks from the Attacker's Viewpoint
auteur
Jordan Patracone, Paul Viallard, Emilie Morvant, Gilles Gasso, Amaury Habrard, Stéphane Canu
article
European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2024, Vilnius, Lithuania
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https://hal.science/hal-03615461/file/ECML_2024___Semi_Universal_Perturbations-1.pdf BibTex
titre
GUESS: monitorinG join qUery Execution in Serverless and Serverful spark
auteur
An-Truong Tran Phan, Laurent d'Orazio, Thuong-Cang Phan, Le Gruenwald
article
International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA), Jul 2024, Gifu, Japan
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https://hal.science/hal-04544429/file/demo_1329_paper.pdf BibTex
titre
Query Optimization for Ontology-Mediated Query Answering
auteur
Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
The ACM Web Conference (WWW), May 2024, Singapore, Singapore. ⟨10.1145/3589334.3645567⟩
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https://hal.science/hal-04470002/file/main.pdf BibTex
titre
HeROcache: Storage-Aware Scheduling in Heterogeneous Serverless Edge - The Case of IDS
auteur
Vincent Lannurien, Camélia Slimani, Laurent d'Orazio, Olivier Barais, Stéphane Paquelet, Jalil Boukhobza
article
CCGrid 2024 - 24th IEEE/ACM international Symposium on Cluster, Cloud and Internet Computing, May 2024, Philadelphia, United States. pp.1-11
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https://hal.science/hal-04571484/file/HeROcache_Paper.pdf BibTex
titre
ConstrucTED : Constructing Tailored Educational Datasets From Online Courses
auteur
Aymen A Bazouzi, Zoltan Miklos, Mickaël Foursov, Hoël Le Capitaine
article
16th International Conference on Computer Supported Education (CSEDU), May 2024, Angers, France. pp.645-652, ⟨10.5220/0012745000003693⟩
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https://hal.science/hal-04510615/file/ConstrucTED-CR.pdf BibTex
titre
Leveraging PAC-Bayes Theory and Gibbs Distributions for Generalization Bounds with Complexity Measures
auteur
Paul Viallard, Rémi Emonet, Amaury Habrard, Emilie Morvant, Valentina Zantedeschi
article
AISTATS 2024 - 27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, May 2024, Valencia, Spain
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https://arxiv.org/pdf/2402.13285 BibTex
titre
Tackling the Abstraction and Reasoning Corpus (ARC) with Object-centric Models and the MDL Principle
auteur
Sébastien Ferré
article
IDA 2024 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2024, Stockholm, Sweden. pp.1-12
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https://inria.hal.science/hal-04602995/file/paper.pdf BibTex
titre
CADI: Contextual Anomaly Detection using an Isolation Forest
auteur
Véronne Yepmo, Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
article
The 39th ACM/SIGAPP Symposium On Applied Computing, Apr 2024, Avila, Spain. ⟨10.1145/3605098.3635969⟩
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https://hal.science/hal-04390676/file/cadi.pdf BibTex
titre
Fast and Accurate Context-Aware Basic Block Timing Prediction using Transformers
auteur
Abderaouf Nassim Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
article
CC 2024 - ACM SIGPLAN 33rd International Conference on Compiler Construction, Gabriel Rodríguez, Mar 2024, Edimbourg, United Kingdom. pp.227-237, ⟨10.1145/3640537.3641572⟩
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https://hal.science/hal-04406073/file/3640537.3641572.pdf BibTex
titre
CEGAR-Based Approach for Solving Combinatorial Optimization Modulo Quantified Linear Arithmetics Problems
auteur
Kerian Thuillier, Anne Siegel, Loïc Paulevé
article
AAAI 2024 - The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-8
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https://hal.science/hal-04420454/file/proceeding-7882.pdf BibTex
titre
Shaping Up SHAP: Enhancing Stability through Layer-Wise Neighbor Selection
auteur
Gwladys Kelodjou, Laurence Rozé, Véronique Masson, Luis Galárraga, Romaric Gaudel, Maurice Tchuente, Alexandre Termier
article
AAAI 2024 - 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-10
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https://inria.hal.science/hal-04413022/file/Shaping_up_SHAP-2.pdf BibTex
titre
Assembling close strains in metagenome assemblies using discrete optimization
auteur
Tam Khac Minh Truong, Roland Faure, Rumen Andonov
article
BIOINFORMATICS 2024 - 15th International conference on bioinformatics models, methods and algorithms, Feb 2024, Rome, Italy. pp.1-10
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https://inria.hal.science/hal-04349675/file/Improving_metagenome_assembly_with_data_mining_and_discrete_optimization_reviewed.pdf BibTex
titre
Investigating the use of language models for natural language querying over knowledge graphs
auteur
Alexandra Épiphanie Padonou, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
EGC 2024 - 24ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2024, Dijon, France. pp.1-8
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https://inria.hal.science/hal-04602983/file/2024_EGC_Alexandra.pdf BibTex

Books

titre
Advances in Knowledge Discovery and Management
auteur
Rakia Jaziri, Arnaud Martin, Antoine Cornuéjols, Etienne Cuvelier, Fabrice Guillet
article
Springer Nature Switzerland, 1110, 2024, Studies in Computational Intelligence, 9783031404023. ⟨10.1007/978-3-031-40403-0⟩
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Poster communications

titre
Prédire l'évolution de la maladie de Parkinson à l'aide de données cliniques et d'IRM fonctionnelles: reproduction et robustesse d'une étude
auteur
Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Remi Gau, Andrzej Sokolowski, Elisa Fromont, Camille Maumet, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard
article
IABM 2024 - 2ème édition du Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédicale, Mar 2024, Grenoble, France. pp.1-4, 2024
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https://inserm.hal.science/inserm-04531392/file/abstract-iabm2024-egermani.pdf https://inserm.hal.science/inserm-04531392/file/germani-elodie-empenn.pdf BibTex
titre
Unlocking the Soil Microbiome: Unraveling Soil Microbial Complexity Using Long-Read Metagenomics
auteur
Carole Belliardo, Nicolas Maurice, Clémence Frioux, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Samuel Mondy, Arthur Péré, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
article
EAGS 2024 - The International Environmental and Agronomical Genomics symposium, Feb 2024, Toulouse, France. , pp.1-1, 2024
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https://hal.science/hal-04509213/file/EAGS_cbelliardo_2024.pdf BibTex
titre
Exploring and quantifying the soil genetic diversity captured by long and short-read shotgun metagenomic sequencing
auteur
Carole Belliardo, Samuel Mondy, Arthur Pere, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Clémence Frioux, David James Sherman, Pierre Abad, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
article
Journées 2024 du programme Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. , pp.1-1, 2024
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https://hal.science/hal-04423917/file/CBELLIARDO_PEPR_days.pdf BibTex
titre
Metagenomic assembly of complex ecosystems with highly accurate long-reads
auteur
Nicolas Maurice, Claire Lemaitre, Clémence Frioux, Riccardo Vicedomini
article
Journées 2024 du PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. pp.1-1, 2024
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https://inria.hal.science/hal-04425626/file/Poster_Agro_ecologie_numerique.pdf BibTex

Documents associated with scientific events

titre
À la découverte des métiers de la recherche en imagerie cérébrale
auteur
Fanny Dégeilh, Elodie Germani, Nolwenn Jégou, Carla Joud, Jeremy Lefort-Besnard, Camille O Muller
article
2024 - 26e édition de la Semaine du Cerveau, Mar 2024, Rennes, France. pp.1-89, 2024
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https://inria.hal.science/hal-04574796/file/SemaineCerveau2024_14Mars.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Predicting Parkinson's disease trajectory using clinical and functional MRI features: a reproduction and replication study
auteur
Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Rémi Gau, Albert Montillo, Kevin Nguyen, Andrzej Sokolowski, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard
article
2024
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https://inserm.hal.science/inserm-04465765/file/main.pdf BibTex
titre
Tighter Generalisation Bounds via Interpolation
auteur
Paul Viallard, Maxime Haddouche, Umut Şimşekli, Benjamin Guedj
article
2024
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https://arxiv.org/pdf/2402.05101 BibTex
titre
A PAC-Bayesian Link Between Generalisation and Flat Minima
auteur
Maxime Haddouche, Paul Viallard, Umut Şimşekli, Benjamin Guedj
article
2024
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https://hal.science/hal-04455639/file/PLS_inequalities_x_PAC_Bayes.pdf BibTex
titre
Uncovering communities of pipelines in the task-fMRI analytical space
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
2024
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https://hal.science/hal-04331232/file/icip2024-germ.pdf BibTex
titre
Uniform Generalization Bounds on Data-Dependent Hypothesis Sets via PAC-Bayesian Theory on Random Sets
auteur
Benjamin Dupuis, Paul Viallard, George Deligiannidis, Umut Şimşekli
article
2024
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https://arxiv.org/pdf/2404.17442 BibTex
titre
Efficient and Robust Search of Microbial Genomes via Phylogenetic Compression
auteur
Karel Břinda, Leandro Lima, Simone Pignotti, Natalia Quinones-Olvera, Kamil Salikhov, Rayan Chikhi, Gregory Kucherov, Zamin Iqbal, Michael Baym
article
2024
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https://hal.science/hal-04287842/file/mof55.pdf BibTex
titre
Function-Assigned Masked Superstrings as a Versatile and Compact Data Type for k -Mer Sets
auteur
Ondřej Sladký, Pavel Veselý, Karel Břinda
article
2024
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https://hal.science/hal-04573444/file/paper-build.pdf BibTex
titre
Mitigating analytical variability in fMRI results with style transfer
auteur
Elodie Germani, Camille Maumet, Elisa Fromont
article
2024
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https://inserm.hal.science/inserm-04531405/file/samplepaper.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
decOM: similarity-based microbial source tracking of ancient oral samples using k-mer-based methods
auteur
Camila Duitama González, Riccardo Vicedomini, Téo Lemane, Nicolas Rascovan, Hugues Richard, Rayan Chikhi
article
Microbiome, 2023, 11 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s40168-023-01670-3⟩
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https://hal.science/hal-04303600/file/s40168-023-01670-3.pdf BibTex
titre
aKmerBroom: Ancient oral DNA decontamination using Bloom filters on k-mer sets
auteur
Camila Duitama González, Samarth Rangavittal, Riccardo Vicedomini, Rayan Chikhi, Hugues Richard
article
iScience, 2023, 26 (11), pp.108057. ⟨10.1016/j.isci.2023.108057⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04303607/file/PIIS258900422302134X.pdf BibTex
titre
Predicting enzymatic function of protein sequences with attention
auteur
Nicolas Buton, François Coste, Yann Le Cunff
article
Bioinformatics, 2023, 39 (10), pp.1-10. ⟨10.1093/bioinformatics/btad620⟩
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https://hal.science/hal-04382475/file/btad620.pdf BibTex
titre
Concepts of Neighbors and their Application to Instance-based Learning on Relational Data
auteur
H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
International Journal of Approximate Reasoning, 2023, 164, pp.1-49. ⟨10.1016/j.ijar.2023.109059⟩
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https://inria.hal.science/hal-04246864/file/IJAR___Concepts_of_Neighbors-1.pdf BibTex
titre
RTGEN++: A Relative Temporal Graph GENerator
auteur
Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye, Amaury Bouchra Pilet, Thomas Hassan
article
Future Generation Computer Systems, In press, 146, pp.139-155. ⟨10.1016/j.future.2023.03.023⟩
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BibTex
titre
Phylogenetic inference of the emergence of sequence modules and protein-protein interactions in the ADAMTS-TSL family
auteur
Olivier Dennler, François Coste, Samuel Blanquart, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
article
PLoS Computational Biology, 2023, 19 (8), pp.e1011404. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011404⟩
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https://inria.hal.science/hal-04248728/file/journal.pcbi.1011404.pdf BibTex
titre
Sky-signatures: detecting and characterizing recurrent behavior in sequential data
auteur
Clément Gautrais, Peggy Cellier, Thomas Guyet, René Quiniou, Alexandre Termier
article
Data Mining and Knowledge Discovery, 2023, ⟨10.1007/s10618-023-00949-1⟩
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BibTex
titre
MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
auteur
Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
article
BMC Bioinformatics, 2023, 24 (1), pp.284. ⟨10.1186/s12859-023-05395-w⟩
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https://inria.hal.science/hal-04166273/file/s12859-023-05395-w.pdf BibTex
titre
SVJedi-graph: improving the genotyping of close and overlapping structural variants with long reads using a variation graph
auteur
Sandra Romain, Claire Lemaitre
article
Bioinformatics, 2023, 39 (Supplement_1), pp.270 - 278. ⟨10.1093/bioinformatics/btad237⟩
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https://inria.hal.science/hal-04155714/file/btad237.pdf BibTex
titre
Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
auteur
Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
article
mSystems, 2023, 8 (3), pp.1-23. ⟨10.1128/msystems.01027-22⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04131368/file/FAKIH_MSystems_2023.pdf BibTex
titre
Evidential Random Forests
auteur
Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
article
Expert Systems with Applications, 2023, 230, pp.120652. ⟨10.1016/j.eswa.2023.120652⟩
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https://hal.science/hal-04121835/file/Evidential_Random_Forests-1.pdf BibTex
titre
Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe
auteur
Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, Clémence Frioux, Catherine Leblanc, Simon M Dittami, Samuel Blanquart, Gabriel V. Markov, Anne Siegel
article
Genome Research, 2023, 33, pp.972 - 987. ⟨10.1101/gr.277056.122⟩
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https://hal.science/hal-04192851/file/Belcour2023.pdf BibTex
titre
On the benefits of self-taught learning for brain decoding
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
GigaScience, 2023, 12, pp.1-17. ⟨10.1093/gigascience/giad029⟩
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https://inria.hal.science/hal-03769993/file/on_the_benefits_of_self_taught_learning.pdf BibTex
titre
fimpera: drastic improvement of Approximate Membership Query data-structures with counts
auteur
Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
article
Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.1-16. ⟨10.1101/2022.06.27.497694⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03912993/file/2022.06.27.497694v2.full.pdf BibTex
titre
HaploBlocks: Efficient Detection of Positive Selection in Large Population Genomic Datasets
auteur
Benedikt Kirsch-Gerweck, Leonard Bohnenkämper, Michel T Henrichs, Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Joachim Burger, Jens Stoye, Yoan Diekmann
article
Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (3), pp.1-12. ⟨10.1093/molbev/msad027⟩
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https://inria.hal.science/hal-04351491/file/msad027.pdf BibTex
titre
Stocker les données : la piste prometteuse de l’ADN
auteur
Dominique Lavenier, Marc Antonini, Yannick Rondelez, A.J. Genot
article
Interstices, 2023
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BibTex
titre
Estimation of the qualification and behavior of a contributor and aggregation of his answers in a crowdsourcing context
auteur
Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
article
Expert Systems with Applications, 2023
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https://inria.hal.science/hal-03979165/file/journal_ESWA-3.pdf BibTex
titre
Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
auteur
Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
article
BMC Genomics, 2023, 23, pp.1-20. ⟨10.1186/s12864-023-09751-1⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04304335/file/s12864-023-09751-1.pdf BibTex
titre
First chromosome scale genomes of ithomiine butterflies (Nymphalidae: Ithomiini): comparative models for mimicry genetic studies
auteur
Jérémy Gauthier, Joana Meier, Fabrice Legeai, Melanie McClure, Annabel Whibley, Anthony Bretaudeau, Hélène Boulain, Hugues Parrinello, Sam T. Mugford, Richard Durbin, Chenxi Zhou, Shane McCarthy, Christopher W. Wheat, Florence Piron-Prunier, Christelle Monsempes, Marie‐Christine François, Paul Jay, Camille Noûs, Emma Persyn, Emmanuelle Jacquin-Joly, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Claire Lemaitre
article
Molecular Ecology Resources, In press, pp.1-14. ⟨10.1111/1755-0998.13749⟩
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https://inria.hal.science/hal-03926527/file/Molecular%20Ecology%20Resources%20-%202022%20-%20Gauthier%20-%20First%20chromosome%20scale%20genomes%20of%20ithomiine%20butterflies%20Nymphalidae%20-1.pdf BibTex
titre
Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies
auteur
Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
article
Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩
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https://hal.science/hal-04084869/file/btad257.pdf BibTex
titre
BayesTICS: Local temporal image correlation spectroscopy and Bayesian simulation technique for sparse estimation of diffusion in fluorescence imaging
auteur
Anca Caranfil, Yann Le Cunff, Charles Kervrann
article
Biological Imaging, 2023, Biological Imaging, 3, pp.1-12. ⟨10.1017/s2633903x23000041⟩
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https://hal.science/hal-04355179/file/div-class-title-bayestics-local-temporal-image-correlation-spectroscopy-and-bayesian-simulation-technique-for-sparse-estimation-of-diffusion-in-fluorescence-imaging-div.pdf BibTex
titre
A dataset to study group-housed sows' individual behaviours and production responses to different short-term events
auteur
Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
article
Animal - Open Space, 2023, 2, pp.100039. ⟨10.1016/j.anopes.2023.100039⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04040702/file/Durand_2023.pdf BibTex
titre
Exploration de partitions musicales modélisées sous forme de graphe
auteur
Philippe Rigaux, Virginie Thion
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série ISI : Ingénierie des Systèmes d'Information, 2023
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BibTex
titre
Estimation of gestating sows’ welfare status based on machine learning methods and behavioral data
auteur
Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
article
Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.21042. ⟨10.1038/s41598-023-46925-z⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04320566/file/s41598-023-46925-z.pdf BibTex
titre
Prediction of the daily nutrient requirements of gestating sows based on sensor data and machine-learning algorithms
auteur
Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
article
Journal of Animal Science, 2023, 101, pp.skad337. ⟨10.1093/jas/skad337⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04235874/file/skad337.pdf BibTex

Scientific blog post

titre
Le SARS-CoV-2 : une expérience inédite de surveillance génomique mondiale
auteur
Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre, Florence Débarre
article
2023
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https://inria.hal.science/hal-04155812/file/Article3%20-%20surveillance%20ge%CC%81nomique%20mondiale.pdf BibTex

Conference papers

titre
Mapping-friendly Sequence Reductions to process compressed genomic data
auteur
Roland Faure, Baptiste Hilaire, Dominique Lavenier
article
SeqBIM 2023, Nov 2023, Lille, France. pp.1-1
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https://hal.science/hal-04272505/file/abstract_MSR.pdf BibTex
titre
Towards an edit distance between pangenome graphs
auteur
Siegfried Dubois, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki, Claire Lemaitre, Thomas Faraut
article
SeqBIM 2023 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2023, Lille, France. pp.1-2
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https://inria.hal.science/hal-04320771/file/SeqBIM_2023_paper_3.pdf BibTex
titre
The Need for Better RDF Archiving Benchmarks
auteur
Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
article
MEPDaW 2023 - Managing the Evolution and Preservation of the Data Web, Nov 2023, Athens, Greece. pp.1-5
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https://inria.hal.science/hal-04389014/file/MEPDaW_2023.pdf BibTex
titre
Language Models as Controlled Natural Language Semantic Parsers for Knowledge Graph Question Answering
auteur
Jens Lehmann, Preetam Gattogi, Dhananjay Bhandiwad, Sébastien Ferré, Sahar Vahdati
article
ECAI 2023 - 26th European Conference on Artificial Intelligence, Sep 2023, Krakow (Cracovie), Poland. pp.1348--1356, ⟨10.3233/FAIA230411⟩
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https://inria.hal.science/hal-04269089/file/preprint_amazon.pdf BibTex
titre
OneWater FAIR Data Platform : setting up a national FAIR water data platform and community
auteur
Sylvain Grellet, Isabelle Braud, Fanny Arnaud, Kenneth Maussang, Anne Laurent, Frédéric Huynh, Hervé Piégay, Lise Vaudor, Christelle Pierkot, Sandrine Charles, Yvan Le Bras, Laurent Longuevergne, Hervé Squividant, Mario Adam, Charly Coussot, Véronique Chaffard
article
TERENO OZCAR 2023 - 2ème conférence internationale TERENO OZCAR, TERENO and OZCAR networks, Sep 2023, Bonn, Germany. pp.1-23
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https://brgm.hal.science/hal-04233630/file/2023-09-29_presentation_OneWater_Data_OZCAR_W4All_DataTerra_ajouts_affiliations.pdf BibTex
titre
Extracting ODRL Digital Right Representations from License Texts using AMR
auteur
Malo Revel, Aurélien Lamercerie, Annie Foret, Zoltan Miklos
article
ASAIL 2023 - Automated Semantic Analysis of Information in Legal Text, Sep 2023, Braga, Portugal. pp.1-7
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https://inria.hal.science/hal-04449668/file/main.pdf BibTex
titre
Interactive Visualization of Counterfactual Explanations for Tabular Data
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
ECML/PKDD 2023 - European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin, Italy. pp.330-334, ⟨10.1007/978-3-031-43430-3_25⟩
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https://hal.science/hal-04255496/file/Demo_XAItool.pdf BibTex
titre
Generating robust counterfactual explanations
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
ECML/PKDD - European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin (Italie), Italy. pp.1-16
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https://hal.science/hal-04255500/file/generating_robust_counterfactuals.pdf BibTex
titre
Modeling evolutionary responses in crowdsourcing MCQ using belief function theory
auteur
Constance Thierry, Arnaud Martin, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois
article
27th International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems (KES 2023), Sep 2023, Athens, Greece
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https://inria.hal.science/hal-04214522/file/KES_THIERRY-2.pdf BibTex
titre
Dynamic sliding window encoding for data storageon DNA under biological and indexing constraints
auteur
Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier, Haddad S.
article
EUSIPCO 2023: 31st European Signal Processing Conference, Sep 2023, Helsiinki, Finland. pp.1-5, ⟨10.23919/EUSIPCO58844.2023.10289957⟩
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https://inria.hal.science/hal-04246615/file/papier_EUSIPCO_berton_coatrieux_lavenier_haddad.pdf BibTex
titre
Dexteris: Data Exploration and Transformation with a Guided Query Builder Approach
auteur
Sébastien Ferré
article
DEXA 2023 - 34th International Conference on Database and Expert Systems Applications, Aug 2023, Penang, Malaysia, Malaysia. pp.361-376, ⟨10.1007/978-3-031-39847-6_29⟩
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https://inria.hal.science/hal-04186117/file/paper.pdf BibTex
titre
Combined transcriptomics and metabolomics in the whole blood to depict feed efficiency in pigs
auteur
Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
article
74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.516
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https://hal.science/hal-04103974/file/2023__EAAP_abstract.pdf BibTex
titre
Precise Segmentation for Children Handwriting Analysis by Combining Multiple Deep Models with Online Knowledge
auteur
Simon Corbillé, Eric Anquetil, Elisa Fromont
article
ICDAR 2023 - 17th International Conference on Document Analysis and Recognition, Aug 2023, San José, United States. pp.1-18
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https://hal.science/hal-04142592/file/ICDAR_2023_CameraReady_SimonCorbille.pdf BibTex
titre
Scalable Computation of Fuzzy Joins Over Large Collections of JSON Data
auteur
Remi Uhartegaray, Laurent d'Orazio, Matthew Damigos, Eleftherios Kalogeros
article
2023 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ), Aug 2023, Incheon, South Korea. ⟨10.1109/fuzz52849.2023.10309759⟩
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BibTex
titre
Datasets with Rich Labels for Machine Learning
auteur
Arthur Hoarau, Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
article
2023 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ), Aug 2023, Incheon, France. ⟨10.1109/FUZZ52849.2023.10309672⟩
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https://hal.science/hal-04453391/file/Datasets_with_rich_labels_for_machine_learning-1.pdf BibTex
titre
Graph-FCA Meets Pattern Structures
auteur
Sébastien Ferré
article
ICFCA 2023 - 17th International Conference on Formal Concept Analysis, Jul 2023, Kassel, Germany. pp.33-48, ⟨10.1007/978-3-031-35949-1_3⟩
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https://inria.hal.science/hal-04186101/file/paper.pdf BibTex
titre
CAWET: Context-Aware Worst-Case Execution Time Estimation Using Transformers
auteur
Abderaouf N Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
article
ECRTS 2023 - 35th Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2023, Vienne, Austria. pp.7:1--7:20, ⟨10.4230/LIPIcs.ECRTS.2023.7⟩
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https://hal.science/hal-04148587/file/CAWET_ECRTS_LIPS.pdf BibTex
titre
HairSplitter: separating strains in metagenome assemblies with long reads
auteur
Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
article
JOBIM 2023 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané, France. pp.1-8
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https://hal.science/hal-04272455/file/proceedings_HairSplitter.pdf BibTex
titre
Compressed Indexing for Consecutive Occurrences
auteur
Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner
article
CPM 2023 - 34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2023, Paris, France. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2023.12⟩
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https://inria.hal.science/hal-04325233/file/LIPIcs.CPM.2023.12.pdf BibTex
titre
Regularization, Semi-supervision, and Supervision for a Plausible Attention-Based Explanation
auteur
Duc Hau Nguyen, Cyrielle Mallart, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
article
NLDB 2023 - 28th International Conference on Natural Language and Information Systems, Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.1-14
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https://hal.science/hal-04132646/file/Paper_63.pdf BibTex
titre
Honey, Tell Me What's Wrong", Explicabilité Globale des Modèles de TAL par la Génération Coopérative
auteur
Antoine Chaffin, Julien Delaunay
article
CORIA TALN RJCRI RECITAL 2023 - 18e Conférence en Recherche d'Information et Applications \\ 16e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI \\ 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles \\ 25e Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jun 2023, Paris, France. pp.105-122
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https://hal.science/hal-04130137/file/TALN_2023_Therapy.pdf BibTex
titre
Analytics for Language Learning : Transmettre aux enseignants les profils linguistiques de leurs apprenants
auteur
Thomas Gaillat, Cyrielle Mallart, Anatole Faugère, Andrew Simpkin, Bernardo Stearns, Paula Lissón, Jen-Yu Li, Nicolas Ballier, Rémi Venant
article
Atelier GERAS @ 62e Congrès annuel de la SAES 2023, Université Rennes 2; SAES La Sorbonne Nouvelle; GERAS (Groupe d'Etude et de Recherche en Anglais de Spécialité), Jun 2023, Rennes, France
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BibTex
titre
Improved Complexity Results and an Efficient Solution for Connected Multi-Agent Path Finding
auteur
Isseïnie Calviac, Ocan Sankur, François Schwarzentruber
article
AAMAS 2023 - 22nd International Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems, May 2023, London, United Kingdom. pp.1-9
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https://hal.science/hal-04075393/file/main.pdf BibTex
titre
Deep metric learning for visual servoing: when pose and image meet in latent space
auteur
Samuel Felton, Élisa Fromont, Eric Marchand
article
ICRA 2023 - IEEE International Conference on Robotics and Automation, May 2023, London, United Kingdom. pp.741-747, ⟨10.1109/ICRA48891.2023.10160963⟩
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https://inria.hal.science/hal-04003126/file/ICRA23_1860_FI.pdf BibTex
titre
GLENDA: Querying over RDF Archives with SPARQL
auteur
Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
article
ESWC 2023 - 20th International Conference on The Semantic Web, May 2023, Hersonisos, Crete, Greece. pp.75-80, ⟨10.1007/978-3-031-43458-7_14⟩
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https://inria.hal.science/hal-04388974/file/Demo_SPARQL_Archiving.pdf BibTex
titre
HeROfake: Heterogeneous Resources Orchestration in a Serverless Cloud – An Application to Deepfake Detection
auteur
Vincent Lannurien, Laurent d'Orazio, Olivier Barais, Esther Bernard, Olivier Weppe, Laurent Beaulieu, Amine Kacete, Stéphane Paquelet, Jalil Boukhobza
article
CCGrid 2023 - IEEE/ACM 23rd International Symposium on Cluster, Cloud and Internet Computing, May 2023, Bangalore, India. pp.154-165, ⟨10.1109/CCGrid57682.2023.00024⟩
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https://inria.hal.science/hal-04165179/file/HeROfake_Paper.pdf BibTex
titre
OptiRef: Query Optimization for Knowledge Bases
auteur
Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
The ACM Web Conference (WWW), Apr 2023, Austin, United States. ⟨10.1145/3543873.3587342⟩
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https://inria.hal.science/hal-04023665/file/www23-author-version.pdf BibTex
titre
Visualizing How-Provenance Explanations for SPARQL Queries
auteur
Luis Galárraga, Daniel Hernández, Anas Katim, Katja Hose
article
WWW 2023 - ACM International World Wide Web Conference, Apr 2023, Austin, United States. pp.212-216, ⟨10.1145/3543873.3587350⟩
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https://inria.hal.science/hal-04386268/file/TheWebConf2023IWPD_paper_480.pdf BibTex
titre
Adaptation of AI Explanations to Users' Roles
auteur
Julien Delaunay, Christine Largouët, Luis Galárraga, Niels Van Berkel
article
HCXAI 2023 - Workshop on Human-Centered Explainable AI, Apr 2023, Hamburg, Germany. pp.1-7
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04388942/file/chi2023f.pdf BibTex
titre
Impressions and Strategies of Academic Advisors When Using a Grade Prediction Tool During Term Planning
auteur
Gonzalo Gabriel Méndez, Luis Galárraga, Katherine Chiluiza, Patricio Mendoza
article
CHI 2023 - Conference on Human Factors in Computing Systems, Apr 2023, Hamburg, Germany. pp.1-18, ⟨10.1145/3544548.3581575⟩
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https://inria.hal.science/hal-04132566/file/CHI_2023_Revised.pdf BibTex
titre
EMBEDD-ER : EMBEDDing Educational Resources Using Linked Open Data
auteur
Aymen A Bazouzi, Mickaël Foursov, Hoël Le Capitaine, Zoltan Miklos
article
15th International Conference on Computer Supported Education (CSEDU), Apr 2023, Prague, Czech Republic. pp.439-446, ⟨10.5220/0012045300003470⟩
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https://hal.science/hal-04037990/file/EKM_2023_5_CR.pdf BibTex
titre
Grammatical profiling with UD annotation (WiP)
auteur
Nicolas Ballier, Cyrielle Mallart, Thomas Gaillat
article
Workshop on Profiling second language vocabulary and grammar, University of Gothenburg, Humanisten., Apr 2023, Gothenburg, Sweden
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BibTex
titre
Effects of Locality and Rule Language on Explanations for Knowledge Graph Embeddings
auteur
Luis Galárraga
article
IDA 2023 - Advances in Intelligent Data Analysis XXI, Apr 2023, Louvain-la-Neuve, Belgium. pp.143-155, ⟨10.1007/978-3-031-30047-9_12⟩
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https://inria.hal.science/hal-04132499/file/IDA_2023_paper_1620.pdf BibTex
titre
Persistence-Based Discretization for Learning Discrete Event Systems from Time Series
auteur
Lénaïg Cornanguer, Christine Largouët, Laurence Rozé, Alexandre Termier
article
MLmDS 2023 - AAAI Workshop When Machine Learning meets Dynamical Systems: Theory and Applications, Feb 2023, Washington (DC), United States. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-03934438/file/Cornanguer23_Persistence.pdf BibTex
titre
Scaling Large RDF Archives To Very Long Histories
auteur
Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
article
ICSC 2023 - IEEE 17th International Conference on Semantic Computing, Feb 2023, Laguna Hills, United States. pp.41-48, ⟨10.1109/ICSC56153.2023.00013⟩
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https://inria.hal.science/hal-04388912/file/ICSC_2023.pdf BibTex
titre
Optimal Square Detection Over General Alphabets
auteur
Jonas Ellert, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel
article
SODA - 2023 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2023, Florence, Italy. pp.5220-5242, ⟨10.1137/1.9781611977554.ch189⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03991054/file/squares.pdf BibTex
titre
Visualiser des explications contrefactuelles pour des données tabulaires
auteur
Victor Guyomard, François Wallyn, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
EGC 2023 - Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France. pp.557-564
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04181257/file/Demo_egc.pdf BibTex
titre
Le principe MDL au service de l'automatisation de tâches uniques d'abstraction et de raisonnement (ARC) à partir de peu d'exemples
auteur
Sébastien Ferré
article
EGC 2023 - Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France. pp.235-246
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04186090/file/arc_mdl2.pdf BibTex
titre
From Structured Textual Data to Semantic Linked-data for Georgian Verbal Knowledge
auteur
Archil Elizbarashvili, Mireille Ducassé, Manana Khachidze, Magda Tsintsadze
article
ELEX 2023: ELECTRONIC LEXICOGRAPHY IN THE 21ST CENTURY, 2023, Brno, Czech Republic
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BibTex

Book sections

titre
Clock-G: Temporal Graph Management System
auteur
Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
article
Lecture Notes in Computer Science, 14160 (LIV), Springer, pp.1-40, In press, Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, ⟨10.1007/978-3-662-68014-8_1⟩
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https://hal.science/hal-04439031/file/Clock_G__Implementation_Details_final.pdf BibTex
titre
Métagénomique et métatranscriptomique
auteur
Cervin Guyomar, Claire Lemaitre
article
Des séquences aux graphes. Méthodes et structures discrètes pour la bioinformatique, ISTE, pp.1-36, 2023, 9781789480665
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https://inria.hal.science/hal-04338891/file/Chapitre%20ISTE_revision_20200606.pdf BibTex
titre
Serverless Cloud Computing: State of the Art and Challenges
auteur
Vincent Lannurien, Laurent D’orazio, Olivier Barais, Jalil Boukhobza
article
Serverless Computing: Principles and Paradigms, 162, Springer International Publishing, pp.275-316, 2023, Lecture Notes on Data Engineering and Communications Technologies, ⟨10.1007/978-3-031-26633-1_11⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://ensta-bretagne.hal.science/hal-04114984/file/Serverless_SotA_Challenges_Chapter.pdf BibTex
titre
Data Mining‐Based Techniques for Software Fault Localization
auteur
Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Sébastien Ferré, Olivier Ridoux, W. Eric Wong
article
Handbook of Software Fault Localization, 1, Wiley, Chapitre 7, 2023, 9781119291824. ⟨10.1002/9781119880929.ch7⟩
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BibTex

Master thesis

titre
Learning canonical Potts models
auteur
Pablo Espana Gutierrez
article
Computer Science [cs]. 2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04388795/file/INTERNSHIP.pdf BibTex
titre
Identification systématique de modules dans une collection de requêtes SPARQL
auteur
Alix Regnier
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04401773/file/REGNIER_Alix_rapport.pdf BibTex
titre
Assemblage métagénomique d'écosystèmes complexes avec différentes technologies de séquençage de 3ème génération
auteur
Nicolas Maurice
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04142837/file/Rapport_V2-3.pdf BibTex

Poster communications

titre
Exploring variability patterns in the task-fMRI analytical space
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
OHBM 2023 - 29th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jul 2023, Montreal, Canada
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03991042/file/abstract_OHBM.pdf BibTex
titre
HairSplitter: separating similar strains in metagenome assembly
auteur
Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
article
ISMB/ECCB 2023 - 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France. pp.1-1, 2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04272480/file/Faure-Roland-Genscale-ISMBECCB2023.pdf BibTex
titre
BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
auteur
Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
article
JOBIM 2023 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané (Brest Métropole), France. pp.1-1, 2023
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04176786/file/Poster_Stephanie_ROBIN_JOBIM_2023.pdf BibTex
titre
Prediction of daily nutritional requirements of gestating sows based on their behaviour and machine learning methods
auteur
Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
article
ESPHM - 14th European symposium of porcine health management, May 2023, Thessalokini, Greece. pp.1-1, 2023
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https://hal.inrae.fr/hal-04119697/file/Poster_AWN-PP-07.pdf BibTex
titre
Scikit-mine: A pattern mining library in Python
auteur
Peggy Cellier
article
SMiLe 2023 - Spring workshop on Mining and Learning, May 2023, Sint-Michielgestel, Netherlands. pp.1-1, 2023
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https://hal.science/hal-04405499/file/peggy_cellier_lacodam.pdf BibTex
titre
Distributed Function Cache for Heterogeneous Serverless Cloud
auteur
Vincent Lannurien, Laurent D’orazio, Olivier Barais, Stephane Paquelet, Jalil Boukhobza
article
Per3S - Performance and Scalability of Storage Systems, May 2023, Paris, France. pp.1-1, 2023
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https://hal.science/hal-04303898/file/Per3S_Poster%20%284%29.pdf BibTex
titre
Representation learning for more reproducible fMRI data analyses
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
article
IABM 2023 - Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédical, Mar 2023, Paris, France. pp.1
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https://inria.hal.science/hal-04068797/file/poster_elodiegermani.pdf BibTex
titre
Real-time combination of observed growth and feed intake performance with performance simulated by InraPorc® to apply precision feeding to growing pigs
auteur
Ludovic Brossard, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort
article
55. Journées de la Recherche Porcine (JRP), Jan 2023, Saint-Malo, France. Ifip, Animal science proceedings, 14 (5), pp.133-134 | 670-671, 2023, 55èmes Journées de la recherche porcine. ⟨10.1016/j.anscip.2023.06.037⟩
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Documents associated with scientific events

titre
Quizz - Mieux comprendre l’intelligence artificielle en étudiant l’intelligence humaine
auteur
Elodie Germani
article
Tissage 2024 - TrIptyque Science Société pour AGir Ensemble, Apr 2023, Rennes, France. pp.1-22, 2024
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https://inria.hal.science/hal-04457758/file/presentation_mediation_scientifique.pdf BibTex

Reports

titre
Comparaison et visualisation de graphes de pangénomes
auteur
Siegfried Dubois, Claire Lemaitre, Thomas Faraut, Matthias Zytnicki
article
Université de rennes. 2023, pp.1-38
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https://hal.science/hal-04213245/file/Rapport_pang%C3%A9nomes.pdf BibTex

Theses

titre
DNA fragment assembly: graph structures and chloroplast genome scaffolding
auteur
Victor Epain
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS083⟩
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https://inria.hal.science/tel-04357206/file/thesis.pdf BibTex
titre
Efficient ontology-based data management
auteur
Wafaa El Husseini
article
Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS102⟩
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https://theses.hal.science/tel-04586804/file/EL_HUSSEINI_Wafaa.pdf BibTex
titre
Kappa language modelling of hepatic star cell dynamics during fibrosis development and reversion
auteur
Matthieu Bouguéon
article
Médecine humaine et pathologie. Université de Rennes, 2023. Français. ⟨NNT : 2023URENB073⟩
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https://inria.hal.science/tel-04388949/file/BOUGUEON_Matthieu.pdf BibTex
titre
Knowledge graph construction from texts with an explainable, human-centered Artificial Intelligence
auteur
H. Ambre Ayats
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS095⟩
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https://theses.hal.science/tel-04543963/file/AYATS_Hugo.pdf BibTex
titre
Explainability for Machine Learning Models: From Data Adaptability to User Perception
auteur
Julien Delaunay
article
Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes (2023-..), 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-04462990/file/main.pdf BibTex
titre
Explainability for machine learning models : from data adaptability to user perception
auteur
Julien Delaunay
article
Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS076⟩
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https://theses.hal.science/tel-04496068/file/DELAUNAY_Julien.pdf BibTex
titre
Machine learning for timing estimation
auteur
Abderaouf Nassim Amalou
article
Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS087⟩
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https://hal.science/tel-04406029/file/AMALOU_Abderaouf.pdf BibTex
titre
Integration and analysis of heterogeneous biological data through multilayer graph exploitation to gain deeper insights into feed efficiency variations in growing pigs
auteur
Camille Juigné
article
Agricultural sciences. Agrocampus Ouest, 2023. English. ⟨NNT : 2023NSARC170⟩
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https://hal.science/tel-04357864/file/fix_PpF7A2VB-juigne.pdf BibTex
titre
Explainable Job Recommender Systems for Recruiters and Consulting Companies
auteur
François Mentec
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-04393964/file/main.pdf BibTex
titre
Explainable job recommender systems for recruiters and consulting companies
auteur
François Mentec
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS086⟩
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https://theses.hal.science/tel-04521833/file/MENTEC_Francois.pdf BibTex
titre
DNA fragment assembly, graph structures and chloroplast genome scaffolding : comparative analyses, formulations and implementations
auteur
Victor Epain
article
Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS083⟩
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https://theses.hal.science/tel-04516398/file/EPAIN_Victor.pdf BibTex
titre
Timed automata learning from time series
auteur
Lénaïg Cornanguer
article
Automatic Control Engineering. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS051⟩
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https://theses.hal.science/tel-04390077/file/CORNANGUER_Lenaig.pdf BibTex
titre
Sketch-based approaches to process massive string data
auteur
Garance Gourdel
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS049⟩
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https://theses.hal.science/tel-04325241/file/GOURDEL_Garance.pdf BibTex
titre
Modèle Transformer pour l’interprétabilité et les prédictions multi-niveaux des fonctions des protéines à partir de leurs séquences
auteur
Nicolas Buton
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS040⟩
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https://theses.hal.science/tel-04347632/file/BUTON_Nicolas.pdf BibTex
titre
Search engine for genomic sequencing data
auteur
Lucas Robidou
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS039⟩
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https://theses.hal.science/tel-04348290/file/ROBIDOU_Lucas.pdf BibTex
titre
Search engine for genomic sequencing data
auteur
Lucas Robidou
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Inria, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-04352906/file/TheseLucasRobidou.pdf BibTex
titre
Privacy risk analysis of large-scale temporal data : application to electricity consumption data
auteur
Antonin Voyez, Antonin Voyez
article
Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS023⟩
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https://theses.hal.science/tel-04215588/file/VOYEZ_Antonin.pdf BibTex
titre
Integrating Explicit Knowledge with Deep Learning for Children's Handwriting Recognition and Segmentation
auteur
Simon Corbillé
article
Apprentissage [cs.LG]. Université de Rennes, 2023. Français. ⟨NNT : 2023URENS021⟩
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https://theses.hal.science/tel-04236705/file/CORBILLE_Simon.pdf BibTex
titre
Improving Image Quality using High Dynamic Range and Aesthetics Assessment
auteur
Mathieu Chambe
article
Image Processing [eess.IV]. Univ Rennes, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-04187749/file/Chambe_Mathieu.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
The HCP multi-pipeline dataset: an opportunity to investigate analytical variability in fMRI data analysis
auteur
Elodie Germani, Elisa Fromont, Pierre Maurel, Camille Maumet
article
2023
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https://inserm.hal.science/inserm-04356768/file/main.pdf BibTex
titre
In vitro construction and long read sequencing analysis of a 24 kb long artificial DNA sequence encoding the Universal Declaration of the Rights of Man and of the Citizen
auteur
Julien Leblanc, Olivier Boulle, Emeline Roux, Nicolas Jacques, Dominique Lavenier, Yann Audic
article
2023
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https://hal.science/hal-04357386/file/2023.06.26.546242v1.full.pdf BibTex
titre
kmindex and ORA: indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets
auteur
Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
2023
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BibTex
titre
The Silene latifolia genome and its giant Y chromosome
auteur
Carol Moraga, Catarina Branco, Quentin Rougemont, Paris Veltsos, Pavel Jedlička, Aline Muyle, Melissa Hanique, Eric Tannier, Xiaodong Liu, Eddy Mendoza-Galindo, Claire Lemaitre, Peter Fields, Corinne Cruaud, Karine Labadie, Caroline Belser, Jerome Briolay, Sylvain Santoni, Radim Cegan, Raquel Linheiro, Ricardo de la Vega, Gabriele Adam, Adil El Filali, Vinciane Mossion, Adnane Boualem, Raquel Tavares, Amine Chebbi, Richard Cordaux, Cécile Fruchard, Djivan Prentout, Amandine Velt, Bruno Spataro, Stephane Delmotte, Laura Weingartner, Helena Toegelová, Zuzana Tulpová, Petr Cápal, Hana Šimková, Helena Štorchová, Manuela Krüger, Oushadee Abeyawardana, Douglas Taylor, Matthew Olson, Daniel Sloan, Sophie Karrenberg, Lynda Delph, Deborah Charlesworth, Tatiana Giraud, Abdelhafid Bendahmane, Alex Di Genova, Amin Madoui, Roman Hobza, Gabriel Marais
article
2023
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BibTex
titre
Compressed Consecutive Pattern Matching
auteur
Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner
article
2023
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https://hal.science/hal-04251959/file/main.pdf BibTex
titre
HEADWORK: a Data-centric Crowdsourcing Platform for Complex Tasks and Participants
auteur
David Gross-Amblard, Marion Tommasi, Iandry Rakotoniaina, Constance Thierry, Rituraj Singh, Léo Jacoboni
article
2023
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https://inria.hal.science/hal-04162652/file/Headwork__powering_the_crowd_with_tuple_artifacts.pdf BibTex
titre
Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
auteur
Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
article
2023
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https://hal.science/hal-04112110/file/cjuigne___wgcna_modules___preprint-1.pdf BibTex
titre
Masked superstrings as a unified framework for textual k-mer set representations
auteur
Ondřej Sladký, Pavel Veselý, Karel Břinda
article
2023
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https://inria.hal.science/hal-03970624/file/masked-superstrings.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Reasoning over Time into Models with DataTime
auteur
Gauthier Lyan, Jean-Marc Jézéquel, David Gross-Amblard, Romain Lefeuvre, Benoit Combemale
article
Software and Systems Modeling, 2022, pp.1-25
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https://inria.hal.science/hal-03921928/file/DataTime_SoSyM.pdf BibTex
titre
kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses
auteur
Téo Lemane, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
Bioinformatics, 2022, 38 (24), pp.5443-5445. ⟨10.1093/bioinformatics/btac689⟩
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https://inria.hal.science/hal-03885124/file/btac689.pdf BibTex
titre
The evolutionary process of invasion in the fall armyworm (Spodoptera frugiperda)
auteur
Sudeeptha Yainna, Wee Tek Tay, Karine Durand, Estelle Fiteni, Frédérique Hilliou, Fabrice Legeai, Anne-Laure Clamens, Sylvie Gimenez, R. Asokan, C. M. Kalleshwaraswamy, Sharanabasappa S. Deshmukh, Robert L. Meagher Jr., Carlos A. Blanco, Pierre J. Silvie, Thierry Brévault, Anicet Dassou, Gael Kergoat, Thomas Walsh, Karl Gordon, Nicolas Nègre, Emmanuelle d'Alençon, Kiwoong Nam
article
Scientific Reports, 2022, 12, pp.21063. ⟨10.1038/s41598-022-25529-z⟩
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https://hal.science/hal-03926301/file/s41598-022-25529-z.pdf BibTex
titre
Evidential prototype-based clustering based on transfer learning
auteur
Kuang Zhou, Mei Guo, Arnaud Martin
article
International Journal of Approximate Reasoning, 2022, 151, pp.322-343. ⟨10.1016/j.ijar.2022.10.001⟩
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https://hal.science/hal-03991668/file/TECM_IJAR_revise_final.pdf BibTex
titre
Improving reusability along the data life cycle: a Regulatory Circuits Case Study
auteur
Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Catherine Faron, Olivier Dameron
article
Journal of Biomedical Semantics, 2022, 13 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/s13326-022-00266-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-03602177/file/s13326-022-00266-4.pdf BibTex
titre
Gut microbiota analysis for prediction of clinical relapse in Crohn’s disease
auteur
Sylvie Buffet-Bataillon, Guillaume Bouguen, François Fleury, Vincent Cattoir, Yann Le Cunff
article
Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.19929. ⟨10.1038/s41598-022-23757-x⟩
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https://hal.science/hal-03868943/file/s41598-022-23757-x.pdf BibTex
titre
Host-plant adaptation as a driver of incipient speciation in the fall armyworm ( Spodoptera frugiperda )
auteur
Estelle Fiteni, Karine Durand, Sylvie Gimenez, Robert L. Meagher Jr., Fabrice Legeai, Gael J. Kergoat, Nicolas Nègre, Emmanuelle dAlençon, Ki Woong Nam
article
BMC Ecology and Evolution, 2022, 22, pp.133. ⟨10.1101/2022.09.30.510290⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03813221/file/s12862-022-02090-x.pdf BibTex
titre
Combination of explicit segmentation with Seq2Seq recognition for fine analysis of children handwriting
auteur
Omar Krichen, Simon Corbillé, Eric Anquetil, Nathalie Girard, Elisa Fromont, Pauline Nerdeux
article
International Journal on Document Analysis and Recognition, 2022, ⟨10.1007/s10032-022-00409-4⟩
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https://hal.science/hal-03845144/file/Article_journal_ICFHR_FinalVersion-3.pdf BibTex
titre
A New Belief-based Incomplete Pattern Unsupervised Classification Method
auteur
Zuowei Zhang, Zhe Liu, Zongfang Ma, Yiru Zhang, Hao Wang
article
IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, 34 (11), pp.5084-5097. ⟨10.1109/TKDE.2021.3049511⟩
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https://hal.science/hal-03110983/file/2021.01.A%20New%20Belief-based%20Incomplete%20Pattern%20Unsupervised%20Classification%20Method%28TKDE%29.pdf BibTex
titre
QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-read sequencing data
auteur
Roland Faure, Dominique Lavenier
article
Bioinformatics Advances, 2022, pp.1-8. ⟨10.1093/bioadv/vbac068/6717790⟩
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https://hal.science/hal-03790140/file/Article_QuickDeconvolution_review3.pdf BibTex
titre
The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
auteur
Yoann Dufresne, Teo Lemane, Pierre Marijon, Pierre Peterlongo, Amatur Rahman, Marek Kokot, Paul Medvedev, Sebastian Deorowicz, Rayan Chikhi
article
Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩
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https://inria.hal.science/hal-03885245/file/btac528.pdf BibTex
titre
Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells)
auteur
Milka Popova, Ibrahim Fakih, Evelyne Forano, Anne Siegel, Rafael Muñoz-Tamayo, Diego Morgavi
article
CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2022, 2022, ⟨10.1079/cabireviews202217025⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03929845/file/Rumen_microbial_genomics_Popova_et-al_revised_HAL.pdf BibTex
titre
Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
auteur
Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Tom O. Delmont
article
eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
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https://inria.hal.science/hal-02399723/file/867739.full.pdf BibTex
titre
Deep learning for assessing the aesthetics of professional photographs
auteur
Mathieu Chambe, Rémi Cozot, Olivier Le Meur
article
Computer Animation and Virtual Worlds, 2022, pp.14. ⟨10.1002/cav.2105⟩
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BibTex
titre
On computing evidential centroid through conjunctive combination: an impossibility theorem
auteur
Yiru Zhang, Sébastien Destercke, Zuowei Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
article
IEEE Transactions on Artificial Intelligence, 2022, pp.1-10. ⟨10.1109/TAI.2022.3180973⟩
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https://hal.science/hal-03698839/file/Impossibility_paper__TAI___Final_.pdf BibTex
titre
Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology
auteur
Anna Niarakis, Dagmar Waltemath, James Glazier, Falk Schreiber, Sarah Keating, David Nickerson, Claudine Chaouiya, Anne Siegel, Vincent Noël, Henning Hermjakob, Tomáš Helikar, Sylvain Soliman, Laurence Calzone
article
Briefings in Bioinformatics, 2022, 23 (4), pp.1-11. ⟨10.1093/bib/bbac212⟩
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https://inria.hal.science/hal-03690604/file/Addressing%2520barriers%2520in%2520comprehensiveness%252C%2520accessibility%252C%2520reusability%252C%2520interoperability%2520and%2520reproducibility%2520of%2520computational%2520.pdf BibTex
titre
Galaxy Training: A powerful framework for teaching!
auteur
Saskia Hiltemann, Helena Rasche, Simon Gladman, Hans-Rudolf Hotz, Delphine Larivière, Daniel Blankenberg, Pratik Jagtap, Thomas Wollmann, Anthony Bretaudeau, Nadia Goué, Timothy Griffin, Coline Royaux, Yvan Le Bras, Subina Mehta, Anna Syme, Frederik Coppens, Bert Droesbeke, Nicola Soranzo, Wendi Bacon, Fotis Psomopoulos, Cristóbal Gallardo-Alba, John Davis, Melanie Christine Föll, Matthias Fahrner, Maria Doyle, Beatriz Serrano-Solano, Anne Claire Fouilloux, Peter van Heusden, Wolfgang Maier, Dave Clements, Florian Heyl, Björn Grüning, Bérénice Batut
article
PLoS Computational Biology, 2022, 19 (1), pp.e1010752. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010752⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04069041/file/journal.pcbi.1010752.pdf BibTex
titre
Diversity and Inclusion Activities in EGC - A 2022 Report
auteur
Sihem Amer-Yahia, Angela Bonifati, Cécile Favre, Elisa Fromont, Nicolas Labroche, Guy Melançon, Florence Sèdes, Arnaud Soulet, Alexandre Termier
article
SIGKDD explorations : newsletter of the Special Interest Group (SIG) on Knowledge Discovery & Data Mining, 2022, 24 (1), pp.52-56. ⟨10.1145/3544903.3544911⟩
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BibTex
titre
Spodoptera littoralis genome mining brings insights on the dynamic of expansion of gustatory receptors in polyphagous noctuidae
auteur
Camille Meslin, Pauline Mainet, Nicolas Montagné, Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, J Spencer Johnston, Fotini A. Koutroumpa, Emma Persyn, Christelle Monsempès, Marie-Christine François, Emmanuelle Jacquin-Joly
article
G3, 2022, 12 (8), pp.jkac131. ⟨10.1093/g3journal/jkac131⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03713321/file/2022_Meslin_G3_early.pdf BibTex
titre
EnosLib: A Library for Experiment-Driven Research in Distributed Computing
auteur
Ronan-Alexandre Cherrueau, Marie Delavergne, Alexandre van Kempen, Adrien Lebre, Dimitri Pertin, Javier Rojas Balderrama, Anthony Simonet, Matthieu Simonin
article
IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, 2022, 33 (6), pp.1464-1477. ⟨10.1109/TPDS.2021.3111159⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03324177/file/tpds-enoslib-preprint.pdf BibTex
titre
On the Universality of Atomic and Molecular Logics via Protologics
auteur
Guillaume Aucher
article
Logica Universalis, 2022, 16 (1-2), pp.285-322. ⟨10.1007/s11787-022-00298-5⟩
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https://hal.science/hal-03911802/file/HAL-LogicaUniversalis2022.pdf BibTex
titre
kmtricks: Efficient construction of Bloom filters for large sequencing data collections
auteur
Téo Lemane, Paul Medvedev, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
Bioinformatics Advances, 2022, ⟨10.1093/bioadv/vbac029⟩
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https://inria.hal.science/hal-03166007/file/kmtricks.pdf BibTex
titre
Visual Servoing in Autoencoder Latent Space
auteur
Samuel Felton, Pascal Brault, Elisa Fromont, Eric Marchand
article
IEEE Robotics and Automation Letters, 2022, 7 (2), pp.3234-3241. ⟨10.1109/LRA.2022.3144490⟩
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https://inria.hal.science/hal-03506036/file/2022_ral_felton.pdf BibTex
titre
Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
auteur
Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline Brito, C. Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç, Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas, Eugene Goltsman, Melissa Gray, Lars Hestbjerg Hansen, Steven Hofmeyr, Pingqin Huang, Luiz Irber, Huijue Jia, Tue Sparholt Jørgensen, Silas Kieser, Terje Klemetsen, Axel Kola, Mikhail Kolmogorov, Anton Korobeynikov, Jason Kwan, Nathan Lapierre, Claire Lemaitre, Chenhao Li, Antoine Limasset, Fabio Malcher-Miranda, Serghei Mangul, Vanessa Marcelino, Camille Marchet, Pierre Marijon, Dmitry Meleshko, Daniel Mende, Alessio Milanese, Niranjan Nagarajan, Jakob Nissen, Sergey Nurk, Leonid Oliker, Lucas Paoli, Vitor Piro, Jacob Porter, Simon Rasmussen, Evan Rees, Knut Reinert, Bernhard Renard, Espen Mikal Robertsen, Gail Rosen, Hans-Joachim Ruscheweyh, Varuni Sarwal, Nicola Segata, Enrico Seiler, Lizhen Shi, Fengzhu Sun, Shinichi Sunagawa, Søren Johannes Sørensen, Ashleigh Thomas, Chengxuan Tong, Mirko Trajkovski, Julien Tremblay, Gherman Uritskiy, Riccardo Vicedomini, Zhengyang Wang, Ziye Wang, Zhong Wang, Andrew Warren, Nils Peder Willassen, Katherine Yelick, Ronghui You, Georg Zeller, Zhengqiao Zhao, Shanfeng Zhu, Jie Zhu, Ruben Garrido-Oter, Petra Gastmeier, Stephane Hacquard, Susanne Häußler, Ariane Khaledi, Friederike Maechler, Fantin Mesny, Simona Radutoiu, Paul Schulze-Lefert, Nathiana Smit, Till Strowig, Andreas Bremges, Alexander Sczyrba, Alice Carolyn Mchardy, Pierre Peterlongo
article
Nature Methods, 2022, 19 (4), pp.429-440. ⟨10.1038/s41592-022-01431-4⟩
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https://hal.science/hal-03832903/file/s41592-022-01431-4.pdf BibTex
titre
The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
auteur
Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
article
BMC Genomics, 2022, 23, pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-022-08459-y⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03612308/file/s12864-022-08459-y.pdf BibTex
titre
Hide and Mine in Strings: Hardness, Algorithms, and Experiments
auteur
Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
article
IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, pp.1-6. ⟨10.1109/TKDE.2022.3158063⟩
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https://hal.science/hal-03070560/file/Hide_and_Mine_is_Hard%284%29.pdf BibTex
titre
EXOSC10/Rrp6 is essential for the eight-cell embryo/morula transition
auteur
Fabrice G. Petit, Soazik P. Jamin, Pierre-Yves Kernanec, Emmanuelle Becker, Guillaume Halet, Michael Primig
article
Developmental Biology, 2022, 483, pp.58-65. ⟨10.1016/j.ydbio.2021.12.010⟩
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https://hal.science/hal-03713237/file/Petit%20et%20al-2021-EXOSC10-Rrp6%20is%20essential%20for%20the%20eight-cell%20embryo-morula%20transition.pdf BibTex
titre
XEM: An explainable-by-design ensemble method for multivariate time series classification
auteur
Kevin Fauvel, Elisa Fromont, Véronique Masson, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
article
Data Mining and Knowledge Discovery, 2022, 36 (3), pp.917-957. ⟨10.1007/s10618-022-00823-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-03599214/file/Fauvel22_XEM.pdf BibTex
titre
A Large-scale Empirical Analysis of Browser Fingerprints Properties for Web Authentication
auteur
Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit, Alexandre Garel
article
ACM Transactions on the Web, 2022, 16 (1), pp.1--62. ⟨10.1145/3478026⟩
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https://hal.science/hal-02870826/file/A%20Large-scale%20Empirical%20Analysis%20of%20Browser%20Fingerprints%20Properties%20for%20Web%20Authentication.pdf BibTex
titre
Towards a reproducible interactome: semantic-based detection of redundancies to unify protein-protein interaction databases
auteur
Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
article
Bioinformatics, 2022, Proceedings, 38 (6), pp.1-7. ⟨10.1093/bioinformatics/btac013⟩
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https://hal.science/hal-03522989/file/mmelkonian_final%20%281%29.pdf BibTex
titre
MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data
auteur
Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
article
Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩
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https://hal.science/hal-03701755/file/Tuillier-O-2022.pdf BibTex
titre
Disease progression score estimation from multimodal imaging and microRNA data using supervised variational autoencoders
auteur
Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnes Camuzat, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
article
IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, 26 (12), pp.1-12. ⟨10.1109/JBHI.2022.3208517⟩
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https://hal.science/hal-03789357/file/kmetzsch2023-IEEE%20JBHI-postprint.pdf BibTex
titre
Insights into the potential for mutualistic and harmful host‐microbe interactions affecting brown alga freshwater acclimation
auteur
Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Gianmaria Califano, Méziane Aite, Enora Fremy, Elham Karimi, Erwan Corre, Thomas Wichard, Anne Siegel, Catherine Boyen, Simon M. Dittami
article
Molecular Ecology, In press, 32 (3), pp.703-723. ⟨10.1111/mec.16766⟩
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https://hal.science/hal-03868898/file/Molecular%20Ecology%20-%202022%20-%20KleinJan%20-%20Insights%20into%20the%20potential%20for%20mutualistic%20and%20harmful%20host%20microbe%20interactions.pdf BibTex
titre
BSC: Belief Shift Clustering
auteur
Zuo-Wei Zhang, Zhun-Ga Liu, Arnaud Martin, Kuang Zhou
article
IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2022, pp.1-13. ⟨10.1109/TSMC.2022.3205365⟩
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https://hal.science/hal-03816204/file/2.Manuscript%20with%20clean.pdf BibTex
titre
Identifying genes with conserved splicing structure and orthologous isoforms in human, mouse and dog
auteur
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart
article
BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s12864-022-08429-4⟩
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https://hal.science/hal-03616626/file/Guillaudeux_et_al-2022-BMC_Genomics.pdf BibTex
titre
SECURE-GEGELATI Always-On Intrusion Detection through GEGELATI Lightweight Tangled Program Graphs
auteur
Nicolas Sourbier, Karol Desnos, Thomas Guyet, Frédéric Majorczyk, Olivier Gesny, Maxime Pelcat
article
Journal of Signal Processing Systems, 2022, Design and Architectures for Signal and Image Processing 2021, 94 (7), pp.753-770. ⟨10.1007/s11265-021-01728-1⟩
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https://hal.science/hal-03554393/file/JSPS_secure_gegelati.pdf BibTex
titre
Impact of Data Cleansing for Urban Bus Commercial Speed Prediction
auteur
Gauthier Lyan, David Gross-Amblard, Jean-Marc Jézéquel, Simon Malinowski
article
SN Computer Science, 2022, 3 (82), pp.1-11. ⟨10.1007/s42979-021-00966-1⟩
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https://inria.hal.science/hal-03220449/file/Impact_of_data_cleaning_on_bus_commercial_speed_prediction.pdf BibTex
titre
Anomaly Explanation : A Review
auteur
Véronne Yepmo, Grégory Smits, Olivier Pivert
article
Data and Knowledge Engineering, 2022, 137, pp.101946
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https://hal.science/hal-03449887/file/Anomaly_Explanation_DKE.pdf BibTex
titre
Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads
auteur
Julie Jaquiéry, Jean-Christophe Simon, Stéphanie Robin, Gautier Richard, Jean Peccoud, Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier Leterme, Gaël Le Trionnaire
article
Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03999192/file/Masculinization%20of%20the.pdf BibTex
titre
MicroRNA signatures in genetic frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
auteur
Virgilio Kmetzsch, Morwena Latouche, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
article
Annals of Clinical and Translational Neurology, 2022, pp.1-14. ⟨10.1002/acn3.51674⟩
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https://hal.science/hal-03826747/file/kmetzsch2022_ACTN_published_OpenAccess.pdf BibTex
titre
Precision feeding of lactating sows: implementation and evaluation of a decision support system in farm conditions
auteur
Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Dan Bussières, Jean-Philippe Martineau, Jean-Yves Dourmad
article
Journal of Animal Science, 2022, pp.1-40. ⟨10.1093/jas/skac222⟩
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https://hal.science/hal-03699447/file/skac222.pdf BibTex
titre
Multi-omic investigation of low-nitrogen conditional resistance to clubroot reveals Brassica napus genes involved in nitrate assimilation
auteur
Y Aigu, Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Nathalie Marnet, C Lariagon, Anne Laperche, F Legeai, Maria J Manzanares-Dauleux, Antoine Gravot
article
Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.790563. ⟨10.3389/fpls.2022.790563⟩
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https://hal.science/hal-03531145/file/Aigu_fpls-13-790563.pdf BibTex
titre
Learning a credal classifier with optimized and adaptive multi-estimation for missing data imputation
auteur
Zuo-Wei Zhang, Hong-Peng Tian, Ling-Zhi Yan, Arnaud Martin, Kuang Zhou
article
IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2022, 52 (7), pp.4092-4104
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https://hal.science/hal-03271783/file/Manuscript.pdf BibTex
titre
Discrete modeling for integration and analysis of large-scale signaling networks
auteur
Pierre Vignet, Jean Coquet, Sébastien Aubert, Matéo Boudet, Anne Siegel, Nathalie Théret
article
PLoS Computational Biology, 2022, 18 (6), pp.e1010175. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010175⟩
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https://inria.hal.science/hal-03693653/file/journal.pcbi.1010175.pdf BibTex

Scientific blog post

titre
Comment la bioinformatique a résolu le puzzle du génome du SARS-CoV-2
auteur
Claire Lemaitre, Mikaël Salson, Hélène Touzet
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03896532/file/Article1%20-%20decouverte.pdf BibTex
titre
Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2
auteur
Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03750389/file/Article2%20-%20analyse.pdf BibTex

Conference papers

titre
The Lannion report on Big Data and Security Monitoring Research
auteur
Laurent d'Orazio, Jalil Boukhobza, Omer Rana, Juba Agoun, Le Gruenwald, Hervé Rannou, Elisa Bertino, Mohand-Saïd Hacid, Taofik Saïdi, Georges Bossert, VanLong Nguyen Huu, Dimitri Tombroff, Makoto Onizuka
article
Workshop on Big Data for CyberSecurity (BigCyber-2022), Dec 2022, Osaka, Japan. pp.2960-2969, ⟨10.1109/BigData55660.2022.10020852⟩
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https://inria.hal.science/hal-03951141/file/SUPSEC_BigData.pdf BibTex
titre
A method to identify target molecules and extract the corresponding graph of interactions in BioPAX
auteur
Camille Juigné, Olivier Dameron, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
article
BBCC2022 - Bioinformatics and Computational Biology Conference, Dec 2022, Virtual, Italy
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https://inria.hal.science/hal-03876091/file/BBCC22_slides_F1000_2.pdf BibTex
titre
The french INRIA- INRAE White Book “Agriculture and digital technologies” - Coupling digitalization and agroecology to design more sustainable and resilient food systems
auteur
Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
article
NARO 2022 - 2nd International Symposium on Food and Health “Global Food Security and Human Health -Toward Transforming the Food System with Advanced Technology-”, Dec 2022, virtuel, Japan
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BibTex
titre
Prédiction des épidémies de cercosporiose de la betterave par des approches d’apprentissage automatique.
auteur
Lucile Vallet, François Brun, Olivier Gauriau, François Joudelat, Céline Gouwie, Ghislain Malatesta, Juliette Adrian, Fabienne Maupas
article
VÉGÉPHYL -13ème Conférence internationale sur les maladies des plantes, Dec 2022, Orléans, France. pp.1-3
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https://hal.science/hal-03918080/file/Cercocaps_article_Cima2022_Vallet_relu_valid%C3%A9.pdf BibTex
titre
DNA Storage: Synthesis and Sequencing Semiconductor Technologies
auteur
Dominique Lavenier
article
IEDM 2022 - 68th Annual IEEE International Electron Devices Meeting, Dec 2022, San Francisco, United States. pp.1-4
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https://hal.science/hal-03902786/file/DNA_Storage.pdf BibTex
titre
Intégration de données de phénotypiques, environnementales et de biodiversité à l'aide des technologies du Web Sémantique
auteur
Olivier Dameron, Yael Tirlet, Matéo Boudet, Fabrice Legeai
article
SYSINFO-INRAe 2022 - Journées INRAE systèmes d'information pour les données agro-environnementales, Nov 2022, Clermont-Ferrand, France
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https://inria.hal.science/hal-03893738/file/dameron2022sysinfoINRAe.pdf BibTex
titre
HairSplitter: assembling long reads in an unknown number of haplotypes
auteur
Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
article
SeqBIM 2022 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2022, Bordeaux, France
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BibTex
titre
Pattern matching under DTW distance
auteur
Garance Gourdel, Anne Driemel, Pierre Peterlongo, Tatiana Starikovskaya
article
SPIRE 2022 - 29th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Nov 2022, Concepción, Chile. pp.315--330
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https://hal.science/hal-03763091/file/main.pdf BibTex
titre
CATREEN : Context-Aware Code Timing Estimation with Stacked Recurrent Networks
auteur
Abderaouf Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
article
ICTAI 2022 - 34th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Oct 2022, Virtually, China. pp.1-6, ⟨10.1109/ICTAI56018.2022.00090⟩
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https://hal.science/hal-03890057/file/CATREEN_Context-Aware_Code_Timing_Estimation_with_Stacked_Recurrent_Networks.pdf BibTex
titre
ASSIST: Outil pour l'extraction et l'analyse statistique d'articles
auteur
Justine Fouillé, Thi Lan Huong Nguyen, Baptiste Alix, Brett Becker, Matthieu Rochard, Hélène de Ribaupierre, Laurent d'Orazio
article
EDA 2022 : 18ème journées Business Intelligence & Big Data, Oct 2022, Clermont- Ferrand, France
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https://inria.hal.science/hal-03951133/file/22eda-2.pdf BibTex
titre
Imperfect Labels with Belief Functions for Active Learning
auteur
Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
article
Belief Functions: Theory and Applications, Oct 2022, Paris, France. pp.44-53, ⟨10.1007/978-3-031-17801-6_5⟩
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https://hal.science/hal-03817218/file/Belief2022.pdf BibTex
titre
Reliability-Based Imbalanced Data Classification with Dempster-Shafer Theory
auteur
Hongpeng Tian, Zuowei Zhang, Arnaud Martin, Zhunga Liu
article
7th International Conference on Belief Functions, Oct 2022, PARIS, France. ⟨10.1007/978-3-031-17801-6_8⟩
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https://hal.science/hal-03816207/file/2022.10.Reliability-Based%20Imbalanced%20Data%20Classification%20with%20Dempster-Shafer%20Theory%28Belief2022%29.pdf BibTex
titre
Real bird dataset with imprecise and uncertain values
auteur
Constance Thierry, Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
article
7th International Conference on Belief Functions, Oct 2022, Paris, France
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https://inria.hal.science/hal-03850395/file/Belief2022_DATA-1.pdf BibTex
titre
Belief functions on ordered frames of discernment
auteur
Arnaud Martin
article
7th International Conference on Belief Functions (BELIEF2022), BFAS, Oct 2022, Paris, France
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https://hal.science/hal-03807181/file/Belief2022.A.Martin.pdf BibTex
titre
OptiRef : optimisation pour la gestion de données dans les bases de connaissances
auteur
Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA "Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications", Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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BibTex
titre
Towards Speeding Up Graph-Relational Queries in RDBMSs
auteur
Angelos Christos Anadiotis, François Goasdoué, Mhd Yamen Haddad, Ioana Manolescu
article
BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA « Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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https://inria.hal.science/hal-03791272/file/paper.pdf BibTex
titre
Gestion de données efficace dans les bases de connaissances
auteur
Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA "Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications", Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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BibTex
titre
Exploration de données massives à l'aide d'estimations de cardinalités
auteur
Pierre Nerzic, Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
article
LFA 2022 - Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2022, Toulouse, France
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https://inria.hal.science/hal-03777530/file/fuzviz_lfa22.pdf BibTex
titre
PANDA : Personnaliser les ANomalies Détectées par Apprentissage
auteur
Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Véronne Yepmo, Olivier Pivert
article
LFA 2022 - Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2022, Toulouse, France
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https://inria.hal.science/hal-03777547/file/lfa_anomalyVocabulary.pdf BibTex
titre
When Should We Use Linear Explanations?
auteur
Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
article
CIKM 2022 - 31st ACM International Conference on Information and Knowledge Management, ACM, Oct 2022, Atlanta, United States. pp.355-364, ⟨10.1145/3511808.3557489⟩
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https://inria.hal.science/hal-03908363/file/ape-cikm2022.pdf BibTex
titre
Contributions des entrées sur les sorties pour les réseaux métaboliques sur génomes entiers: performances et utilisation pour des études en nutrition humaine
auteur
Oumarou Abdou Arbi, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-12
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https://inria.hal.science/hal-03689107/file/CARI-2022_OumarouAbdouArbi.pdf BibTex
titre
QuickFill, QuickMixte : approches par blocs pour la réduction du nombre de programmes en synthèse de programmes
auteur
Vanessa Fokou, Peggy Cellier, Maurice Tchuente, Alexandre Termier
article
CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-10
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03717860/file/CARI_2022_papier_72.pdf BibTex
titre
VCNet: A self-explaining model for realistic counterfactual generation
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
article
ECML PKDD 2022 - European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases., Sep 2022, Grenoble, France. pp.1-16
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03899151/file/main.pdf BibTex
titre
Multi-objective query optimization in Spark SQL
auteur
Michail Georgoulakis, Verena Kantere, Laurent D’orazio
article
IDEAS 2022 - International Database Engineered Applications Symposium, Aug 2022, Budapest, Hungary
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03925675/file/2022ideas.pdf BibTex
titre
SLA-Aware Cloud Query Processing with Reinforcement Learning-based Multi-Objective Re-Optimization
auteur
Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
article
DAWAK 2022 - International Conference on Data Warehousing and Knowledge Discovery, Aug 2022, Vienna, Austria
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03925654/file/2022dawak.pdf BibTex
titre
Massive Data Exploration using Estimated Cardinalities
auteur
Pierre Nerzic, Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
article
WCCI 2022 - IEEE World Congress on Computational Intelligence, Jul 2022, Padoue, Italy
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03696293/file/fuzviz_VF.pdf BibTex
titre
UniRank: Unimodal Bandit Algorithm for Online Ranking
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
article
ICML 2022 - 39th International Conference on Machine Learning, Jul 2022, Baltimore, United States. pp.1-31
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03740981/file/main.pdf BibTex
titre
PANDA: Human-in-the-Loop Anomaly Detection and Explanation
auteur
Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Véronne Yepmo, Olivier Pivert
article
IPMU 2022 - Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems, Jul 2022, Milan, Italy
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03696295/file/IPMU_paper99.pdf BibTex
titre
Membership Inference Attacks on Aggregated Time Series with Linear Programming
auteur
Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
article
SECRYPT 2022 - 19th International Conference on Security and Cryptography, Jul 2022, Lisbon, France. pp.193-204, ⟨10.5220/0011276100003283⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03726234/file/article_ksa_secrypt.pdf BibTex
titre
Highlight on semantic web technologies are effective to remove redundancies from protein-protein interaction databases and define reproducible interactomes
auteur
Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.146
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03877219/file/melkonian2022jobim.pdf BibTex
titre
S-LIME : reconcilier localité et fidélité des explications linéaires
auteur
Romaric Gaudel, Luis Galárraga, Julien Delaunay, Laurence Roze, Vaishnavi Bhargava
article
CAP - RFIAP 2022 - Conférence française sur l'apprentissage machine - Reconnaissance de formes, Images, Apprentissage et Perception, Jul 2022, Vannes, France
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BibTex
titre
Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX
auteur
Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25
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https://hal.inrae.fr/hal-03752473/file/2022_07_05_CJUIGNE_Jobim.pdf BibTex
titre
Optimal Scaffolding for Chloroplasts' Inverted Repeats
auteur
Victor Epain, Rumen Andonov, Dominique Lavenier
article
JOBIM2022, Jul 2022, Rennes, France
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https://inria.hal.science/hal-03625229/file/JOBIM_2022_KhloraaScaf.pdf BibTex
titre
UniRank : un algorithme de bandit générique pour l'ordonnancement en ligne
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Élisa Fromont
article
CAP - RFIAP 2022 - Conférence française sur l'apprentissage machine - Reconnaissance de formes, Images, Apprentissage et Perception, Elisa Fromont et Nicolas Courty, Jul 2022, Vannes, France
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titre
Highlight on Computing disease progression scores using multimodal variational autoencoders trained with neuroimaging and microRNA data
auteur
Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
article
Jobim 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
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titre
Construction de Graphes de Connaissance à partir de textes avec une I.A. centrée-utilisateur
auteur
H. Ambre Ayats
article
TALN 2022 - 29e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, Jun 2022, Avignon, France. pp.33-46
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https://hal.science/hal-03704042/file/RECITAL22___Sujet_de_th_se.pdf BibTex
titre
Optimisation du Positionnement de Voitures en Autopartage basée sur la Prédiction de leur Utilité
auteur
Gregory Martin, Matthieu Donain, Elisa Fromont, Tias Guns, Laurence Roze, Alexandre Termier
article
Conférence Nationale en Intelligence Artificielle 2022 (CNIA 2022), Jun 2022, Saint-Etienne, France. pp.1-10
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https://hal.science/hal-03866192/file/8-CNIA_2022-Martin-Donain-Formont-Guns-Roze-Termier.pdf BibTex
titre
Processing-in-Memory to speed up NGS analysis
auteur
Dominique Lavenier
article
SFA²F 2022 - Sequencing to Function: Analysis and Application for the Future, Jun 2022, Santa Fe, United States
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https://hal.science/hal-03817360/file/Abstract.pdf BibTex
titre
Modeling Complex Structures in Graph-FCA: Illustration on Natural Language Syntax
auteur
Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
ETAFCA 2022 - Existing Tools and Applications for Formal Concept Analysis, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-03866048/file/paper.pdf BibTex
titre
CONNOR: Exploring Similarities in Graphs with Concepts of Neighbors
auteur
H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
ETAFCA 2022 - Existing Tools and Applications for Formal Concept Analysis, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-03866075/file/ETAFCA_2022.pdf BibTex
titre
Exploring the Application of Graph-FCA to the Problem of Knowledge Graph Alignment
auteur
Sébastien Ferré
article
CLA 2022 - 16th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-12
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https://inria.hal.science/hal-03866030/file/paper.pdf BibTex
titre
Cache management in MASCARA-FPGA: from coalescing heuristic to replacement policy
auteur
Van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
article
DaMoN 2022 - 18th International Workshop on Data Management on New Hardware, Jun 2022, Philadelphia, United States. pp.1-5, ⟨10.1145/3533737.3535096⟩
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https://inria.hal.science/hal-03907912/file/Damon-HAL-INRIA.pdf BibTex
titre
Iterated Dependencies in a Breton treebank and implications for a Categorial Dependency Grammar
auteur
Annie Foret, Denis Béchet, Valérie Bellynck
article
Proceedings of the 4th Celtic Language Technology Workshop within LREC2022, Jun 2022, Marseille, France
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BibTex
titre
Towards a Graph-Oriented Perspective for Querying Music Scores
auteur
Philippe Rigaux, Virginie Thion
article
Proceedings of the INFORSID conference, May 2022, Dijon, France
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titre
Clock-G: A temporal graph management system with space-efficient storage technique
auteur
Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
article
International Conference on Data Engineering (ICDE 2022), May 2022, Kuala Lumpur, Malaysia
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https://inria.hal.science/hal-03621342/file/CLOCK-G_ICDE.pdf BibTex
titre
Générer des explications contrefactuelles à l'aide d'un autoencodeur supervisé
auteur
Victor Guyomard, Françoise Fessant, Tassadit Bouadi, Thomas Guyet
article
Extraction et Gestion des Connaissances, EGC’2022, Apr 2022, Blois, France
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https://hal.science/hal-03551329/file/EGC_article.pdf BibTex
titre
s-LIME: Reconciling Locality and Fidelity in Linear Explanations
auteur
Romaric Gaudel, Luis Galárraga, Julien Delaunay, Laurence Rozé, Vaishnavi Bhargava
article
IDA 2022 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2022, Rennes, France. pp.1-13
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https://inria.hal.science/hal-03741042/file/main.pdf BibTex
titre
A Two-Step Approach for Explainable Relation Extraction
auteur
H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
IDA 2022 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2022, Rennes, France. pp.1-12
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https://inria.hal.science/hal-03866083/file/IDA_2022_final.pdf BibTex
titre
From Cloud to Serverless: MOO in the new Cloud epoch
auteur
Michail Georgoulakis Misegiannis, Laurent D’orazio, Verena Kantere
article
International Conference on Extending Database Technology (EDBT), Mar 2022, Virtual, United Kingdom. ⟨10.48786/edbt.2022.58⟩
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https://inria.hal.science/hal-03925696/file/tutorial-3.pdf BibTex
titre
RTGEN : A Relative Temporal Graph GENerator
auteur
Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
article
DATAPLAT workshop at the EDBT/ICDT 2022 Joint Conference, Mar 2022, Edinburgh, United Kingdom
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https://inria.hal.science/hal-03609893/file/RTGEN_CAMERA_READY_NEW_FORMAT.pdf BibTex
titre
Experimental DNA storage platform
auteur
Olivier Boullé, Dominique Lavenier
article
DSMM 2022 - 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France. pp.1-1
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https://hal.science/hal-03817374/file/abstract_Plateform_DSMM2022.pdf BibTex
titre
A first proposal for secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints
auteur
Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
article
DSMM 2022 - 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France
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BibTex
titre
RISCLESS: A Reinforcement Learning Strategy to Guarantee SLA on Cloud Ephemeral and Stable Resources
auteur
Sidahmed Yalles, Mohamed Handaoui, Jean-Emile Dartois, Olivier Barais, Laurent d'Orazio, Jalil Boukhobza
article
2022 30th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (PDP), Mar 2022, Valladolid, Spain. pp.83-87, ⟨10.1109/PDP55904.2022.00021⟩
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https://hal.science/hal-03921309/file/RISCLESS_A_Reinforcement_Learning_Strategy_to_Guarantee_SLA_on_Cloud_Ephemeral_and_Stable_Resourcesauthor.pdf BibTex
titre
Linear integer programming approach for chloroplast genome scaffolding
auteur
Victor Epain, Rumen Andonov
article
23ème congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, INSA Lyon, Feb 2022, Lyon, France
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https://hal.science/hal-03558978/file/ROADEF2022_khloraa%20%281%29.pdf BibTex
titre
XPM: An explainable-by-design pattern-based estrus detection approach to improve resource use in dairy farms
auteur
Issei Harada, Kevin Fauvel, Thomas Guyet, Véronique Masson, Alexandre Termier, Philippe Faverdin
article
AAAI 2022 - 36th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.1-10
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https://inria.hal.science/hal-03483109/file/Harada22_XPM.pdf BibTex
titre
TAG: Learning Timed Automata from Logs
auteur
Lénaïg Cornanguer, Christine Largouët, Laurence Rozé, Alexandre Termier
article
AAAI 2022 - 36th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Virtual, Canada. pp.1-9
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https://inria.hal.science/hal-03564455/file/TAG_Learning_Timed_Automata_from_Logs.pdf BibTex
titre
A multimodal variational autoencoder for estimating progression scores from imaging and microRNA data in rare neurodegenerative diseases
auteur
Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
article
SPIE Medical Imaging 2022: Image Processing, Feb 2022, San Diego, California, United States. pp.376-382, ⟨10.1117/12.2607250⟩
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https://hal.science/hal-03576117/file/Paper%2012032-47-SPIE%20Medical%20Imaging%202022.pdf BibTex
titre
Kartu-Verbs : un système d'informations logiques de formes verbales fléchies pour contourner les problèmes de lemmatisation des verbes géorgiens
auteur
Mireille Ducassé
article
EGC 2022 - Conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2022, Blois, France. pp.421-428
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https://hal.science/hal-03542560/file/DucasseEGC2022-final.pdf BibTex
titre
Low-cost Multispectral Scene Analysis with Modality Distillation
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
WACV 2022 - IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, Jan 2022, Waikoloa /Virtual, United States. pp.1-10
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https://hal.science/hal-03491950/file/WACV2022_MD.pdf BibTex

Book sections

titre
The rule-based model approach. A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
auteur
Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jérôme Feret, Octave Hazard, Nathalie Théret
article
Elisabetta De Maria. Systems Biology Modelling and Analysis: Formal Bioinformatics Methods and Tools, Wiley, pp.1-76, 2022, 978-1-119-71653-2
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https://inria.hal.science/hal-03388100/file/tgf%20%281%29.pdf BibTex
titre
Genome Assembly
auteur
Dominique Lavenier
article
From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics - SCIENCES - Bioinformatics - ISTE Wiley, 2022, 9781789450668
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BibTex
titre
Metagenomics and Metatranscriptomics
auteur
Cervin Guyomar, Claire Lemaitre
article
From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, ISTE, 2022, 9781789450668
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BibTex
titre
Méthodes du Web sémantique pour l’intégration de données en sciences de la vie
auteur
Olivier Dameron
article
Intégration de données biologiques, ISTE Group, pp.1-30, 2022, 9781789480306
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03720874/file/methodesWebSemantiqueIntegrationDonneesOmiques.pdf BibTex
titre
Problèmes d'optimisation combinatoire pour l'étude du métabolisme
auteur
Clémence Frioux, Anne Siegel
article
Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, ISTE éditions, 2022, Encyclopédie Sciences, 9781789480290. ⟨10.51926/ISTE.9029.ch2⟩
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https://inria.hal.science/hal-03885249/file/ISTE_science_chapitre_for_HAL.pdf BibTex
titre
Streaming Regular Expression Membership and Pattern Matching
auteur
Bartłomiej Dudek, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya
article
Proceedings of the 2022 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), Society for Industrial and Applied Mathematics, pp.670-694, 2022, ⟨10.1137/1.9781611977073.30⟩
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https://hal.science/hal-03887523/file/1.9781611977073.30.pdf BibTex
titre
Les défis de demain
auteur
Ludovic Brossard, Véronique Bellon Maurel, Pierre Bisquert, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Roland Lenain, Pierre P. Labarthe, Evelyne Lutton, Pierre Maurel, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
article
Agriculture et numérique : Tirer le meilleur du numérique pour contribuer à la transition vers des agricultures et des systèmes alimentaires durables, 6, INRIA, pp.120-143, 2022, Livre blanc INRIA
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https://hal.inrae.fr/hal-03609537/file/Chap6_Bellon-Maurel_2022_Livre_Blanc.pdf BibTex
titre
Foundations and state of the art
auteur
Nathalie Mitton, Ludovic Brossard, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Romain Gautron, Nadine Hilgert, Dino Ienco, Christine Largouët, Evelyne Lutton, Véronique Masson, Roger Martin-Clouaire, Marie-Laure Mugnier, Pascal Neveu, Philippe Preux, Helene Raynal, Catherine Roussey, Alexandre Termier, Véronique Bellon Maurel
article
Agriculture and Digital Technology: Getting the most out of digital technology to contribute to the transition to sustainable agriculture and food systems, 6, INRIA, pp.30-75, 2022, White book Inrira
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https://hal.inrae.fr/hal-03609470/file/Chap3_Bellon-Maurel_2022_White_Book.pdf BibTex
titre
Conceptual Navigation in Large Knowledge Graphs
auteur
Sébastien Ferré
article
Springer. Complex Data Analytics with Formal Concept Analysis, Springer, pp.1-30, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03926161/file/chapterFerre2.pdf BibTex
titre
Challenges for the future
auteur
Ludovic Brossard, Véronique Bellon Maurel, Pierre Bisquert, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Roland Lenain, Pierre P. Labarthe, Evelyne Lutton, Pierre Maurel, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
article
Agriculture and Digital Technology: Getting the most out of digital technology to contribute to the transition to sustainable agriculture and food systems, 6, pp.112-134, 2022, White book Inria, 978-2-7261-1310-3
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https://hal.inrae.fr/hal-03667491/file/Chap6_Brossard_2022_White_Book.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
From homogeneous data to heterogeneous data in systems biology
auteur
Emmanuelle Becker
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022
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https://hal.science/tel-03906598/file/ebecker_HDR.pdf BibTex

Master thesis

titre
Pondération d'automates obtenus par alignements partiels de séquences protéiques
auteur
Thibaut Antoine, François Coste
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03789182/file/Stage_Thibaut_Antoine.pdf BibTex
titre
Search for exposomic causality of liver fibrosis using network analysis
auteur
Cécile Beust
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03936209/file/BEUST_Cecile_rapport.pdf BibTex
titre
Draft reconstructions of metabolic networks from Nanopore and shotgun metagenomic data.
auteur
Moana Aulagner
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03879996/file/Rapport_de_stage_M1_BioInformatique_Moana_AULAGNER.pdf BibTex
titre
Comparative analysis of genome scale metabolic networks in brown algae
auteur
Pauline Hamon-Giraud
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03870140/file/P_Hamon-Giraud_Rapport_M2_2022.pdf BibTex
titre
Integration of farming and environmental data thanks to Web semantic technologies
auteur
Yael Tirlet
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03870109/file/Rapport_Yael_Tirlet.pdf BibTex

Books

titre
Advances in Knowledge Discovery and Management, Volume 9
auteur
Rakia Jaziri, Arnaud Martin, Marie-Christine Rousset, Lydia Boudjeloud-Assala, Fabrice Guillet
article
Springer Internation Publishing 2022; Springer International Publishing, 1004, 2022, Studies in Computational Intelligence, 9783030902865. ⟨10.1007/978-3-030-90287-2⟩
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BibTex
titre
Agriculture and Digital Technology
auteur
Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
article
pp.1-185, 2022, ⟨10.17180/wmkb-ty56-en⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03604970/file/white-paper-agriculture-digital-technology-2022_INRIA_HD.pdf BibTex
titre
Agriculture et numérique
auteur
Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
article
INRIA, pp.1-195, 2022, ⟨10.17180/wmkb-ty56⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02887646/file/livre-blanc-agriculture-numerique-2022_INRIA_HD.pdf BibTex

Poster communications

titre
Integration and analysis of heterogeneous biological data modelled with multilayer graphs for a better understanding of feed efficiency
auteur
Camille Juigné
article
Séminaire DIGIT-BIO INRAE, Dec 2022, Ecully, France
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https://inria.hal.science/hal-03880428/file/DIGIT-BIO%20EN%20-%20v3.2.pdf BibTex
titre
Machine learning for timing estimation
auteur
Abderaouf Nassim Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
article
D3 - Architecture séminaire: PhD days / Journées doctorants – 2022, Nov 2022, Rennes, France
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https://hal.science/hal-04260161/file/Poster_AMALOU_DKM_vf4.pdf BibTex
titre
Storing the declaration of human rights on one data DNA molecule
auteur
Gouenou Coatrieux, Chloé Berton, Elsa Dupraz, Belaid Hamoum, Thomas Derrien, Yann Audic, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas, Julien Leblanc, Olivier Boullé, Emeline Roux
article
CominLabs day 2022, Oct 2022, Rennes, France. pp.1-1
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https://hal.science/hal-03817852/file/Poster_CominLabs_2022.pdf BibTex
titre
Hairsplitter: Separating noisy long reads into an unknown number of haplotypes
auteur
Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
article
Genome Informatics 2022, Sep 2022, London / Virtual, United Kingdom. pp.1-1
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https://hal.science/hal-03817928/file/Poster_Hairsplitter.pdf BibTex
titre
BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
auteur
Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
The 11th international workshop on Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, Aug 2022, Kolympari, Greece
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BibTex
titre
PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
auteur
Hugo Talibart, François Coste, Mathilde Carpentier
article
ISMB 2022 - 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2022, Madison, United States. pp.1-1
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https://inria.hal.science/hal-03926272/file/Poster_PPalign_ISMB.pdf BibTex
titre
The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
auteur
Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
article
JOBIM 2022 - Les journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , pp.1-1, 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03717986/file/poster_STH_health_2022_AN.pdf BibTex
titre
EnzBert: Deep attention network for enzyme class predictions
auteur
Nicolas Buton, Yann Le Cunff, François Coste
article
JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. pp.1-1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03780557/file/jobim_2022_poster.pdf BibTex
titre
SVJedi-graph: genotyping close and overlapping structural variants with a variation graph and long-reads
auteur
Sandra Romain, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03885541/file/abstract_SVJgraph_JOBIM2022.pdf BibTex
titre
Secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints: Ensuring the confidentiality of data stored into DNA molecules
auteur
Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
article
RITS 2022 - Recherche en Imagerie et Technologies pour la Santé, May 2022, Brest, France. pp.1-1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03817968/file/poster_RITS_berton_coatrieux_lavenier_2022.pdf BibTex
titre
Functional Motif Prediction in ADAMTS-TSL proteins Based on Module(s) and Phenotype(s) Co-appearance
auteur
Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
article
ALPHY/AIEM 2022 - Rencontres Génomique évolutive, Bioinformatique, Alignement et Phylogénie, Mar 2022, Rennes, France
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https://hal.science/hal-03870590/file/poster_ALPHY.pdf BibTex

Reports

titre
Generalized Keisler Theorems for Atomic and Molecular Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
Université de Rennes 1. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03884240/file/HALreportModelTheoryAtomicMolecularLogicsPart1.pdf BibTex
titre
Generalized Keisler Theorems for First-order Logic and Protologics
auteur
Guillaume Aucher
article
Université de Rennes 1 (UR1). 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03884245/file/HALreportModelTheoryAtomicMolecularLogicsPart2.pdf BibTex
titre
Display and Hilbert Calculi for Atomic and Molecular Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
[Research Report] Université de Rennes 1. 2022
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https://inria.hal.science/hal-03800002/file/AtomicMolecularLogicsCorrespondenceTheoryPart1.pdf BibTex
titre
Correspondence Theory for Atomic Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
[Research Report] Université de Rennes 1. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03800044/file/AtomicMolecularLogicsCorrespondenceTheoryPart2.pdf BibTex
titre
A Characterization of Properly Displayable Atomic and Molecular Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
[Research Report] Université de Rennes 1. 2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03800070/file/AtomicMolecularLogicsCorrespondenceTheoryPart3.pdf BibTex
titre
Sur les traces de Mobi’Kids. L’enfant autonome au défi de la ville
auteur
Sandrine Depeau, Isabelle I. André-Poyaud, Nathalie Audas, Hélène Bailleul, Olivier Bedel, Abdelhakim Boumoud, Sonia Chardonnel, Pierre Cherel, Aurèle Desgans, Thomas Devogele, Pierre Dias, Sylvestre Duroudier, Laurent Etienne, Benoît Feildel, Francis Jambon, Fallou Kasse Serigne, Colin Kerouanton, Manon Le Goc, Maëlys Le Magadou, Arnaud Lepetit, Françoise Leprince, Théa Manola, Jul Mcoisans, Boris Mericskay, Eve Moffat, Clément Moreau, Estelle Ployon, Nicolas Robinet, Kamila Tabaka, Jean-Paul Thibaud
article
ESO (CNRS, Université Rennes2); PACTE (CNRS, UGA, Sciences Po Grenoble); AAU (CNRS, Centrale Nantes, ENSA Nantes et Grenoble, UGA); LIFAT (Université de Tours); (PME) ALKANTE; PME, RF TRACK PME. 2022, pp.75
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https://hal.science/hal-04284882/file/2022_Livret%20Mobikids-VF.pdf BibTex

Theses

titre
Designing a temporal graph management system for IoT application domains
auteur
Maria Massri
article
Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S103⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/tel-04071498/file/MASSRI_Maria.pdf BibTex
titre
Characterization in functional modules of ADAMTS-TSL proteins, by phylogeny approaches
auteur
Olivier Dennler
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-03927428/file/These_Olivier_Dennler.pdf BibTex
titre
Indexing and analysis of large sequencing collections using kmer matrices
auteur
Téo Lemane
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1 (UR1), 2022. English. ⟨NNT : ⟩
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https://inria.hal.science/tel-03921247/file/PhD_Thesis_TL.pdf BibTex
titre
Indexing and analysis of large sequencing collections using k-mer matrices
auteur
Téo Lemane
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S127⟩
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https://theses.hal.science/tel-04186037/file/LEMANE_Teo.pdf BibTex
titre
Haplotype phasing from long reads with ASP : a flexible optimization approach
auteur
Clara Delahaye
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S093⟩
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https://theses.hal.science/tel-04068705/file/DELAHAYE_Clara.pdf BibTex
titre
Haplotype phasing from long reads with ASP: a flexible optimization approach
auteur
Clara Delahaye
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
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https://inria.hal.science/tel-03929660/file/Manuscrit_these-1.pdf BibTex
titre
Semantic caching framework towards FPGA acceleration for range query processing in domain of massive distributed data
auteur
Huu van Long Nguyen
article
Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S094⟩
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https://theses.hal.science/tel-04068992/file/NGUYEN_HUU_Van_Long.pdf BibTex
titre
Combining knowledge-based and sequence comparison approaches to elucidate metabolic functions, from pathways to communities
auteur
Arnaud Belcour
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S061⟩
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https://theses.hal.science/tel-03924107/file/BELCOUR_Arnaud.pdf BibTex
titre
Multimodal analysis of neuroimaging and transcriptomic data in genetic frontotemporal dementia
auteur
Virgilio Kmetzsch
article
Machine Learning [stat.ML]. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS279⟩
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https://theses.hal.science/tel-03892615/file/KMETZSCH_Virgilio_these_2022.pdf BibTex
titre
List recommendations with multi-armed bandits
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier
article
Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S023⟩
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https://theses.hal.science/tel-03854857/file/GAUTHIER_Camille-Sovanneary.pdf BibTex
titre
Identification and quantification of microbial strains in metagenomic samples using variation graphs
auteur
Kévin da Silva
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-03896860/file/DA_SILVA_Kevin.pdf BibTex
titre
Representation of uncertainty and imprecision between clusters with belief functions
auteur
Zuowei Zhang
article
Other [cs.OH]. Université de Rennes; Northwestern Polytechnical University (Chine), 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S003⟩
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https://theses.hal.science/tel-04416424/file/ZHANG_Zuowei.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacteriumFibrobacter succinogenesS85
auteur
Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Muñoz-Tamayo
article
2022
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https://hal.inrae.fr/hal-03871397/file/2022_Fakih_Dynamic%20genome-based%20metabolic%20modeling%20of%20the%20predominant%20cellulolytic%20rumen%20bacterium%20Fibrobacter%20succinogenes%20S85%20%282%29.pdf BibTex
titre
Unique in the Smart Grid -The Privacy Cost of Fine-Grained Electrical Consumption Data
auteur
Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
article
2022
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https://hal.science/hal-03833605/file/main.pdf BibTex
titre
Overlap Graphs for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
auteur
Victor Epain, Rumen Andonov
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03878293/file/overlaps_graph_main.pdf BibTex
titre
MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
auteur
Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
article
2022
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https://hal.science/hal-03886951/file/MTG-Link_preprint.pdf BibTex
titre
CATREEN: Context-Aware Code Timing Estimation with Stacked Recurrent Networks
auteur
Abderaouf Nassim Amalou, Élisa Fromont, Isabelle Puaut
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03776508/file/CATREEN_at_ICTAI_fullVersion.pdf BibTex
titre
Inverted Repeats Scaffolding for a Dedicated Chloroplast Genome Assembler
auteur
Victor Epain, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03684406/file/wabi2022.pdf BibTex
titre
HDR-LFNet: Inverse Tone Mapping using Fusion Network
auteur
Mathieu Chambe, Ewa Kijak, Zoltan Miklos, Olivier Le Meur, Rémi Cozot, Kadi Bouatouch
article
2022
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https://hal.science/hal-03618267/file/iTMO_shallow%287%29.pdf BibTex
titre
Integer Programming Approach for Nested Pairs Genome Scaffolding
auteur
Victor Epain, Rumen Andonov
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03613353/file/nested_scaf.main.pdf BibTex
titre
EsMeCaTa: Estimating metabolic capabilities from taxonomic affiliations
auteur
Arnaud Belcour, Baptiste Ruiz, Clémence Frioux, Samuel Blanquart, Anne Siegel
article
2022
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https://hal.science/hal-03697249/file/2022.03.16.484574.full.pdf BibTex
titre
Overlap Graph for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
auteur
Victor Epain
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03815190/file/revsymg_main.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
XCM: An Explainable Convolutional Neural Network for Multivariate Time Series Classification
auteur
Kevin Fauvel, Tao Lin, Véronique Masson, Élisa Fromont, Alexandre Termier
article
Mathematics , 2021, 9 (23), pp.1-20. ⟨10.3390/math9233137⟩
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https://inria.hal.science/hal-03469487/file/Fauvel21_XCM.pdf BibTex
titre
Global patterns in genomic diversity underpinning the evolution of insecticide resistance in the aphid crop pest Myzus persicae
auteur
Kumar Saurabh Singh, Erick Cordeiro, Bartlomiej Troczka, Adam Pym, Joanna Mackisack, Thomas Mathers, Ana Duarte, Fabrice Legeai, Stéphanie Robin, Pablo Bielza, Hannah Burrack, Kamel Charaabi, Ian Denholm, Christian Figueroa, Richard Ffrench-Constant, Georg Jander, John Margaritopoulos, Emanuele Mazzoni, Ralf Nauen, Claudio Ramírez, Guangwei Ren, Ilona Stepanyan, Paul Umina, Nina Voronova, John Vontas, Martin Williamson, Alex Wilson, Gao Xi-Wu, Young-Nam Youn, Christoph Zimmer, Jean-Christophe Simon, Alex Hayward, Chris Bass
article
Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.847. ⟨10.1038/s42003-021-02373-x⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03313531/file/Singh-2021-Global%20patterns%20in%20genomic%20diversity.pdf BibTex
titre
PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
auteur
Hugo Talibart, François Coste
article
BMC Bioinformatics, 2021, 22 (317), pp.1-22. ⟨10.1186/s12859-021-04222-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-03264248/file/s12859-021-04222-4 BibTex
titre
Scalable long read self-correction and assembly polishing with multiple sequence alignment
auteur
Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-80757-5⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-03210290/file/s41598-020-80757-5.pdf BibTex
titre
Comparative transcriptome analysis at the onset of speciation in a mimetic butterfly—The Ithomiini Melinaea marsaeus
auteur
Florence Piron-Prunier, Emma Persyn, Fabrice Legeai, Melanie Mcclure, Camille Meslin, Stéphanie Robin, Susete Alves Carvalho, Ammara Mohammad, Corinne Blugeon, Emmanuelle Jacquin‐joly, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Jérémy Gauthier
article
Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (11), pp.1704-1721. ⟨10.1111/jeb.13940⟩
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https://hal.science/hal-03381525/file/Piron-Prunier%20et%20al%202021.pdf BibTex
titre
Sequencing DNA with nanopores: Troubles and biases
auteur
Clara Delahaye, Jacques Nicolas
article
PLoS ONE, 2021, 16 (10), pp.e0257521. ⟨10.1371/journal.pone.0257521⟩
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https://inria.hal.science/hal-03362956/file/Sequencing_DNA_with_nanopores_troubles_and_biases.pdf BibTex
titre
Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
auteur
Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos
article
Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, In press, pp.1-38
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https://hal.science/hal-03482460/file/HelouetTLDKS21.pdf BibTex
titre
RNA sequencing data for responses to drought stress and/or clubroot infection in developing seeds of Brassica napus
auteur
Grégoire Bianchetti, Vanessa Clouet, Fabrice Legeai, Cécile Baron, Kévin Gazengel, Aurélien Carrillo, Maria M. Manzanares-Dauleux, Julia J Buitink, Nathalie Nesi
article
Data in Brief, 2021, 38, pp.1-11. ⟨10.1016/j.dib.2021.107392⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-03379739/file/2021_Bianchetti_Data.in.Brief.pdf BibTex
titre
Constructing xenobiotic maps of metabolism to predict enzymes catalyzing metabolites capable of binding to DNA
auteur
Mael Conan, Nathalie Theret, Sophie Langouet, Anne Siegel
article
BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.1-26. ⟨10.1186/s12859-021-04363-6⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-03355908/file/s12859-021-04363-6.pdf BibTex
titre
Computing How-provenance for SPARQL queries via Query Rewriting
auteur
Luis Galárraga, Daniel Hernández, Katja Hose
article
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2021, 14 (13), pp.3389-3401. ⟨10.14778/3484224.3484235⟩
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BibTex
titre
Plant‐phenotypic changes induced by parasitoid ichnoviruses enhance the performance of both unparasitized and parasitized caterpillars
auteur
Antonino Cusumano, S Urbach, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marcel Dicke, Erik Poelman, Anne‐nathalie Volkoff
article
Molecular Ecology, 2021, 30 (18), pp.4567-4583. ⟨10.1111/mec.16072⟩
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https://hal.science/hal-03287280/file/Cusumano%2520et%2520al.%2520%25282021%2529%2520Mol%2520Ecol..pdf BibTex
titre
When subsistence fishing meets conservation issues: Survey of a small fishery in a neotropical river with high biodiversity value
auteur
Guillaume Longin, Guy Fontenelle, Louis Bonneau de Beaufort, Chrystelle Delord, Sophie Launay, Raphaëlle Rinaldo, Gilles Lassalle, Pierre-Yves Le Bail, Jean-Marc Roussel
article
Fisheries Research, 2021, 241, pp.1-9. ⟨10.1016/j.fishres.2021.105995⟩
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https://institut-agro-rennes-angers.hal.science/hal-03228509/file/FISH10476_R2%20-%20Copie.pdf BibTex
titre
StrainFLAIR: strain-level profiling of metagenomic samples using variation graphs
auteur
Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
article
PeerJ, 2021, 9, pp.e11884. ⟨10.7717/peerj.11884⟩
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https://inria.hal.science/hal-03141144/file/peerj-11884.pdf BibTex
titre
Evidence integration credal classification algorithm versus missing data distributions
auteur
Zuo-Wei Zhang, Zhe Liu, Zong-Fa Ma, Ji-Huan He, Xing-Yu Zhu
article
Information Sciences, 2021, 569, pp.39-54. ⟨10.1016/j.ins.2021.04.008⟩
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https://hal.science/hal-03271715/file/EICA.pdf BibTex
titre
Comparative Transcriptome Analysis Provides Insights into Response of Ulva compressa to Fluctuating Salinity Conditions
auteur
Qikun Xing, Guiqi Bi, Min Cao, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Yunxiang Mao
article
Journal of Phycology, 2021, 57 (4), pp.1295-1308. ⟨10.1111/jpy.13167⟩
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BibTex
titre
Proteo-Trancriptomic Analyses Reveal a Large Expansion of Metalloprotease-Like Proteins in Atypical Venom Vesicles of the Wasp Meteorus pulchricornis (Braconidae)
auteur
Jean-Luc Gatti, Maya Belghazi, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, Stéphanie Robin, Djibril Aboubakar-Souna, Ramasamy Srinivasan, Manuele Tamò, Marylène Poirié, Anne-Nathalie Volkoff
article
Toxins, 2021, 13 (7), pp.1-36. ⟨10.3390/toxins13070502⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03292170/file/toxins-13-00502-v2.pdf BibTex
titre
La confidentialité différentielle, garante de l’anonymat
auteur
Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
article
Pour la science, 2021
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BibTex
titre
Transcriptome Profiling of Starvation in the Peripheral Chemosensory Organs of the Crop Pest Spodoptera littoralis Caterpillars
auteur
Erwan Poivet, Aurore Gallot, Nicolas Montagné, Pavel Senin, Christelle Monsempès, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jacquin-Joly
article
Insects, 2021, 12 (7), pp.573. ⟨10.3390/insects12070573⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03278298/file/insects-12-00573.pdf BibTex
titre
LRez: C ++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
auteur
Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
article
Bioinformatics Advances, 2021, 1 (1), pp.1-4. ⟨10.1093/bioadv/vbab022⟩
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https://inria.hal.science/hal-03421103/file/vbab022.pdf BibTex
titre
Identification of Streptococcus thermophilus Genes Specifically Expressed under Simulated Human Digestive Conditions Using R-IVET Technology
auteur
Ophélie Uriot, Mounira Kebouchi, Emilie Lorson, Wessam Galia, Sylvain Denis, Sandrine Chalancon, Zeeshan Hafeez, Emeline Roux, Magali Genay, Stéphanie Blanquet-Diot, Annie Dary-Mourot
article
Microorganisms, 2021, 9 (6), pp.1-26. ⟨10.3390/microorganisms9061113⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03269961/file/URIOT_Microorganisms_2021.pdf BibTex
titre
Application of concepts of neighbours to knowledge graph completion
auteur
Sébastien Ferré
article
CODATA Data Science Journal, 2021, 4 (1), pp.1-28. ⟨10.3233/DS-200030⟩
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https://inria.hal.science/hal-03531781/file/paper3.pdf BibTex
titre
Robustness analysis of metabolic predictions in algal microbial communities based on different annotation pipelines
auteur
Elham Karimi, Enora Geslain, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anne Siegel, Erwan Corre, Simon M Dittami
article
PeerJ, 2021, 9, pp.1-24. ⟨10.7717/peerj.11344⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03223662/file/Karimi%20et%20al.%20-%202021%20-%20Robustness%20analysis%20of%20metabolic%20predictions%20in%20al.pdf BibTex
titre
Outpatient vagus nerve stimulation surgery in drug-resistant epilepsy patients with severe intellectual disability
auteur
Insafe Mezjan, Isabelle Gourfinkel-An, Vincent Degos, Stéphane Clemenceau, Vincent Navarro, Véronique Masson, Alexandre Carpentier, Bertrand Mathon
article
Epilepsy & Behavior, 2021, 118, pp.1-4. ⟨10.1016/j.yebeh.2021.107931⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03263469/file/Mezjan%20et%20al.%20-%202021%20-%20Outpatient%20vagus%20nerve%20stimulation%20surgery%20in%20pati.pdf BibTex
titre
Towards Fully-fledged Archiving for RDF Datasets
auteur
Olivier Pelgrin, Luis Galárraga, Katja Hose
article
Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2021, 12 (6), pp.903-925. ⟨10.3233/SW-210434⟩
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https://inria.hal.science/hal-03500522/file/swj2700.pdf BibTex
titre
Incremental learning of iterated dependencies
auteur
Denis Béchet, Annie Foret
article
Machine Learning, 2021, ⟨10.1007/s10994-021-05947-2⟩
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BibTex
titre
Converting disease maps into heavyweight ontologies: general methodology and application to Alzheimer’s disease
auteur
Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Laura Vila Xicota, Bruno Dubois, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
article
Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, pp.1-33. ⟨10.1093/database/baab004⟩
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https://hal.science/hal-03144306/file/henry2021_database_postprint-2.pdf BibTex
titre
Dynamic Evidential Clustering Algorithm
auteur
Zuowei Zhang, Zhe Liu, Arnaud Martin, Zhun-Ga Liu, Kuang Zhou
article
Knowledge-Based Systems, 2021, 213
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03080938/file/Dynamic%20Evidential%20Clustering%20Algorithm.pdf BibTex
titre
Chromosomal scale assembly of parasitic wasp genome reveals symbiotic virus colonization
auteur
Jérémy Gauthier, Hélène Boulain, Joke J F A van Vugt, Lyam Baudry, Emma Persyn, Jean-Marc Aury, Benjamin Noel, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Sven Warris, Mohamed A Chebbi, Géraldine Dubreuil, Bernard Duvic, Natacha Kremer, Philippe Gayral, Karine Musset, Thibaut Josse, Diane Bigot, Christophe Bressac, Sébastien Moreau, Georges Périquet, Myriam Harry, Nicolas Montagne, Isabelle Boulogne, Mahnaz Sabeti-Azad, Martine Maïbèche, Thomas Chertemps, Frédérique Hilliou, David Siaussat, Joëlle Amselem, Isabelle Luyten, Claire Capdevielle-Dulac, Karine Labadie, Bruna Laís Merlin, Valérie Barbe, Jetske G de Boer, Martial Marbouty, Fernando Luis Cônsoli, Stéphane Dupas, Aurélie Hua-Van, Gaelle Le Goff, Annie Bézier, Emmanuelle Jacquin-Joly, James B Whitfield, Louise E M Vet, Hans M Smid, Laure Kaiser, Romain Koszul, Elisabeth Huguet, Elisabeth A. Herniou, Jean-Michel Drezen
article
Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.1-15. ⟨10.1038/s42003-020-01623-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03127732/file/Gauthier%20et%20al.%20commsbio%202021.pdf BibTex
titre
Heterogeneous information fusion: combination of multiple supervised and unsupervised classification methods based on belief functions
auteur
Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
article
Information Sciences, 2021, 544, pp.238-265
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02938552/file/main.pdf BibTex
titre
Cyanorak v2.1: a scalable information system dedicated to the visualization and expert curation of marine and brackish picocyanobacteria genomes
auteur
Laurence Garczarek, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Gregory Farrant, Mark Hoebeke, Loraine Brillet-Guéguen, Antoine Bisch, Mathilde Ferrieux, Jukka Siltanen, Erwan Corre, Gildas Le corguillé, Morgane Ratin, Frances Pitt, Martin Ostrowski, Maël Conan, Anne Siegel, Karine Labadie, Jean-Marc Aury, Patrick Wincker, David Scanlan, Frédéric Partensky
article
Nucleic Acids Research, 2021, 49 (D1), pp.D667-D676. ⟨10.1093/nar/gkaa958⟩
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https://hal.science/hal-02988562/file/Garczarek%20et%20al_NAR_Database%20issue_2020_final_with%20Figures%20and%20suppl%20Figures.pdf BibTex
titre
Re-optimization for Multi-objective Cloud Database Query Processing using Machine Learning
auteur
Chenxiao Wang, Zach Arani, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
article
International Journal of Database Management Systems, 2021, 13 (1), pp.21 - 40. ⟨10.5121/ijdms.2021.13102⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04506874/file/13121ijdms02.pdf BibTex
titre
Identification of isolated or mixed strains from long reads: a challenge met on Streptococcus thermophilus using a MinION sequencer
auteur
Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Téo Lemane, Eric Guédon, Jacques Nicolas
article
Microbial Genomics, 2021, 7 (11), pp.1-14. ⟨10.1099/mgen.0.000654⟩
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https://hal.science/hal-03444296/file/2021_MinION_STH.pdf BibTex
titre
Online forecasting of daily feed intake in lactating sows supported by offline time-series clustering, for precision livestock farming
auteur
Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Laurence Rozé, Jean-Yves Dourmad
article
Computers and Electronics in Agriculture, 2021, 188, pp.106329. ⟨10.1016/j.compag.2021.106329⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03315102/file/Gauthier-2021-Online%20forecasting%20of%20daily%20feed%20intake.pdf BibTex
titre
A distance for evidential preferences with application to group decision making
auteur
Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Yewan Wang, Arnaud Martin
article
Information Sciences, 2021, 568, pp.113-132. ⟨10.1016/j.ins.2021.03.011⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03171577/file/A_distance_based_aggregation_strategy_for_incomplete_and_uncertain_preferences__v3_-2.pdf BibTex
titre
Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
auteur
Samuel Blanquart, Mathieu Groussin, Aline Le Roy, Gergely J Szöllosi, Eric Girard, Bruno Franzetti, Manolo Gouy, Dominique Madern
article
Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (9), pp.3754-3774. ⟨10.1093/molbev/msab146⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://cnrs.hal.science/hal-03231689/file/msab146.pdf BibTex
titre
Rennes - une IA souveraine au service de la vie publique
auteur
Guillaume Gravier, Elisa Fromont, Nicolas Courty, Teddy Furon, Christine Guillemot, Paolo Robuffo Giordano
article
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2021
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https://hal.science/hal-03313161/file/ia-rennes.pdf BibTex
titre
Two repeated motifs enriched within some enhancers and origins of replication are bound by SETMAR isoforms in human colon cells
auteur
Aymeric Antoine-Lorquin, Peter Arensburger, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Serge Guyetant, Laura Helou, Thierry Lecomte, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
article
Genomics, 2021, 113 (3), pp.1589-1604. ⟨10.1016/j.ygeno.2021.03.032⟩
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https://hal.science/hal-03385429/file/GENO_2021_copy.pdf BibTex
titre
PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX
auteur
François Moreews, Hugo Simon, Anne Siegel, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
article
Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩
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https://hal.science/hal-03265223/file/Moreews_2021.pdf BibTex
titre
Semi-Quantitative Targeted Gas Chromatography-Mass Spectrometry Profiling Supports a Late Side-Chain Reductase Cycloartenol-to-Cholesterol Biosynthesis Pathway in Brown Algae
auteur
Jean Girard, Goulven Lanneau, Ludovic Delage, Cédric Leroux, Arnaud Belcour, Jeanne Got, Jonas Collén, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon M Dittami, Catherine Leblanc, Gabriel V Markov
article
Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.1-10. ⟨10.3389/fpls.2021.648426⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03222505/file/fpls-12-648426.pdf BibTex
titre
Effects of the environment and animal behavior on nutrient requirements for gestating sows: Future improvements in precision feeding
auteur
Charlotte Gaillard, Maëva Durand, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad, Céline Tallet
article
Animal Feed Science and Technology, 2021, 279, pp.1-17. ⟨10.1016/j.anifeedsci.2021.115034⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03347926/file/Gaillard_2021.pdf BibTex
titre
Fishers’ perceptions of river resources: case study of French Guiana native populations using contextual cognitive mapping
auteur
Guillaume Longin, Louis Bonneau de Beaufort, Guy Fontenelle, Raphaelle Rinaldo, Jean-Marc Roussel, Pierre-Yves Le Bail
article
Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2021, 45 (1), pp.5-20. ⟨10.26028/cybium/2021-451-001⟩
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Conference papers

titre
Categorial Dependency Grammars: Analysis and Learning (Invited Talk)
auteur
Denis Béchet, Annie Foret
article
Logic and Algorithms in Computational Linguistics 2021 (LACompLing2021), Dec 2021, Montpellier, France
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BibTex
titre
ASSIST: Article eXtraction and statIstical AnalysiS
auteur
Justine Fouillé, Thi Lan Huong Nguyen, Baptiste Alix, Brett Becker, Matthieu Rochard, Hélène de Ribaupierre, Laurent d'Orazio
article
International Workshop on Data science for equality, inclusion and well-being challenges (DS4EIW@BigData), Dec 2021, Virtuelle, France
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https://hal.science/hal-03522313/file/ieee_express.pdf BibTex
titre
Towards Data-and-Innovation Driven Sustainable and Productive Agriculture: BIO-AGRI-WATCH as a Use Case Study
auteur
Asanee Kawtrakul, Hutchatai Chanlekha, Kitsana Waiyamai, Thanapat Kangkachit, Laurent d'Orazio, Dimitris Kotzinos, Dominique Laurent, Nicolas Spyratos
article
Workshop on Smart Farming, Precision Agriculture, and Supply Chain (SmartFarm@BigData), Dec 2021, Virtuelle, France
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https://hal.science/hal-03522308/file/ieee_checked.pdf BibTex
titre
Towards Data-and-Innovation Driven Sustainable and Productive Agriculture: BIO-AGRI-WATCH as a Use Case Study
auteur
Asanee Kawtrakul, Hutchatai Chanlekha, Kitsana Waiyamai, Thanapat Kangkachit, Laurent d'Orazio, Dimitris Kotzinos, Dominique Laurent, Nicolas Spyratos
article
2021 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), Dec 2021, Orlando, United States. pp.3407-3415, ⟨10.1109/BIGDATA52589.2021.9671520⟩
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BibTex
titre
Detecting Fake News Conspiracies with Multitask and Prompt-Based Learning
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh, Thomas Girault, Cyrielle Mallart, Duc Hau Nguyen
article
MediaEval 2021 - MediaEval Multimedia Evaluation benchmark. Workshop, Dec 2021, Online, Netherlands. pp.1-3
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https://inria.hal.science/hal-03482254/file/paper68.pdf BibTex
titre
MDSC: Modelling Distributed Stream Processing across the Edge-to-Cloud Continuum
auteur
Daniel Balouek-Thomert, Pedro Silva, Kevin Fauvel, Alexandru Costan, Gabriel Antoniu, Manish Parashar
article
DML-ICC 2021 workshop (held in conjunction with UCC 2021), Dec 2021, Leicester, United Kingdom
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https://inria.hal.science/hal-03510012/file/DML_ICC_2021.pdf BibTex
titre
PDF-Distil: including Prediction Disagreements in Feature-based Distillation for object detection
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
BMVC 2021 - 32nd British Machine Vision Conference, Nov 2021, Virtual, United Kingdom. pp.1-13
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https://hal.science/hal-03487128/file/BMVC_Distil.pdf BibTex
titre
Discovering Useful Compact Sets of Sequential Rules in a Long Sequence
auteur
Erwan Bourrand, Luis Galárraga, Esther Galbrun, Elisa Fromont, Alexandre Termier
article
ICTAI 2021 - 33rd IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2021, Virtual, United States. pp.1-5
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https://hal.science/hal-03494520/file/ICTAI2021b.pdf BibTex
titre
Prediction-Based Fleet Relocation for Free Floating Car Sharing Services
auteur
Gregory Martin, Matthieu Donain, Elisa Fromont, Tias Guns, Laurence Roze, Alexandre Termier
article
ICTAI 2021 - 33rd International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2021, Virtual, United States. pp.1-5
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https://hal.science/hal-03491955/file/ICTAI2021a.pdf BibTex
titre
Kartu-Verbs: A Semantic Web Base of Inflected Georgian Verb Forms to Bypass Georgian Verb Lemmatization Issues
auteur
Mireille Ducassé
article
XIX EURALEX conference, Nov 2021, Alexandroupolis, Greece
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https://hal.science/hal-02924019/file/2020_Ducasse_XIX_Euralex.pdf BibTex
titre
Cost and Quality Assurance in Crowdsourcing Workflows (Extended Abstract)
auteur
Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
article
BDA 2021 - 37 eme Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies, Applications, Oct 2021, Paris, France. pp.1-2
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https://inria.hal.science/hal-03482426/file/BDAAbstract.pdf BibTex
titre
Attaque par inférence d'appartenance sur des séries temporelles agrégées en utilisant la programmation par contraintes
auteur
Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
article
BDA 2021 - 37ème Conférence sur la Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2021, Paris, France. pp.1
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titre
Towards Faster Reformulation-based Query Answering on RDF Graphs with RDFS Ontologies
auteur
Maxime Buron, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué
article
International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2021, Online, United States
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https://inria.hal.science/hal-03347679/file/main.pdf BibTex
titre
Ontology-Mediated Query Answering: Performance Challenges and Advances
auteur
Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
article
International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2021, Online, United States
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https://inria.hal.science/hal-03347688/file/main.pdf BibTex
titre
Modèle crédibiliste pour l'échantillonnage en apprentissage actif
auteur
Daniel Zhu, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Vincent Lemaire
article
Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2021, Paris, France
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https://hal.science/hal-03327140/file/LFA_2021_paper_19_post_review.pdf BibTex
titre
Built Year Prediction from Buddha Face with Heterogeneous Labels
auteur
Yiming Qian, Cheikh Brahim El Vaigh, Yuta Nakashima, Benjamin Renoust, Hajime Nagahara, Yutaka Fujioka
article
SUMAC'21: 3rd Workshop on Structuring and Understanding of Multimedia heritAge Contents, Oct 2021, Chengdu, China. ⟨10.1145/3475720.3484441⟩
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https://inria.hal.science/hal-03520715/file/sumac21%20%281%29.pdf BibTex
titre
TrieDF: Efficient In-memory Indexing for Metadata-augmented RDF
auteur
Olivier Pelgrin, Luis Galárraga, Katja Hose
article
7th Workshop on Managing the Evolution and Preservation of the Data Web (MEPDaW) co-located with the 20th International Semantic Web Conference (ISWC 2021), Virtual event, October 25th, 2021, Oct 2021, Virtual Event, France. pp.1-10
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https://inria.hal.science/hal-03500647/file/MEPDaW_2021_paper_1.pdf BibTex
titre
Fast Unfolding of Credal Partitions in Evidential Clustering
auteur
Zuowei Zhang, Arnaud Martin, Zhunga Liu, Kuang Zhou, Yiru Zhang
article
6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China. pp.3-12, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_1⟩
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titre
Evidential clustering based on transfer learning
auteur
Kuang Zhou, Mei Guo, Arnaud Martin
article
International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China
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https://hal.science/hal-03405161/file/TECM_belief2021.pdf BibTex
titre
Credal Clustering for Imbalanced Data
auteur
Zuowei Zhang, Zhunga Liu, Kuang Zhou, Arnaud Martin, Yiru Zhang
article
6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China. pp.13-21, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_2⟩
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BibTex
titre
Validation of Smets' hypothesis in the crowdsourcing environment
auteur
Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
article
6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China
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https://hal.science/hal-03348663/file/articleBELIEF2021.pdf BibTex
titre
Genome-scale network reconstruction of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
auteur
Fakih Ibrahim, Jeanne Got, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
article
2021 - 12th International Symposium on Gut Microbiology, INRAE ; Rowett Institute UK, Oct 2021, En ligne, France
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titre
DataTime: a Framework to smoothly Integrate Past, Present and Future into Models
auteur
Gauthier Lyan, Jean-Marc Jézéquel, David Gross-Amblard, Benoit Combemale
article
MODELS 2021 - ACM/IEEE 24th International Conference on Model Driven Engineering Languages and Systems, Oct 2021, Fukuoka, Japan. pp.1-11
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https://inria.hal.science/hal-03355162/file/DataTime__a_framework_to_smoothly_integrate_past__present_and_future_into_models%20%281%29.pdf BibTex
titre
findere: fast and precise approximate membership query
auteur
Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
article
SPIRE 2021 - The 28th annual Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2021, Lille / Virtual, France. ⟨10.1101/2021.05.31.446182⟩
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https://inria.hal.science/hal-03243791/file/findere_spire_2021.pdf BibTex
titre
On the Quality of Compositional Prediction for Prospective Analytics on Graphs
auteur
Gauthier Lyan, David Gross-Amblard, Jean-Marc Jézéquel
article
DaWaK 2021 - 23rd International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Sep 2021, Linz, Austria. pp.91-105, ⟨10.1007/978-3-030-87101-7_10⟩
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https://hal.science/hal-03356199/file/compred.pdf BibTex
titre
Conversational recommendations for job recruiters
auteur
François Mentec, Zoltán Miklós, Sébastien Hervieu, Thierry Roger
article
Knowledge-aware and Conversational Recommender Systems, Sep 2021, Amsterdam, Netherlands
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https://inria.hal.science/hal-03537355/file/paper17.pdf BibTex
titre
Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
auteur
Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27
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BibTex
titre
Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study
auteur
Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
article
CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩
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https://hal.science/hal-03207589/file/cmsb2021.pdf BibTex
titre
A Well-founded Graph-based Summarization Framework for Description Logics
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué
article
International worshop on Description Logics, Sep 2021, Bratislava, Slovakia
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https://inria.hal.science/hal-03347664/file/main.pdf BibTex
titre
Deep Active Learning from Multispectral Data Through Cross-Modality Prediction Inconsistency
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefevre, Bruno Avignon
article
ICIP 2021 - 28th IEEE International Conference on Image Processing, Sep 2021, Anchorage, United States. pp.1-5
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https://hal.science/hal-03236409/file/icip2021.pdf BibTex
titre
Analytical Queries on Vanilla RDF Graphs with a Guided Query Builder Approach
auteur
Sébastien Ferré
article
FQAS 2021 - Flexible Query Answering Systems, Sep 2021, Bratislava, Slovakia
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https://inria.hal.science/hal-03516589/file/main-final%20%281%29.pdf BibTex
titre
Temporal phenotyping for characterisation of hospital care pathways of COVID19 patients
auteur
Mathieu Chambard, Thomas Guyet, Yên-Lan Nguyen, Etienne Audureau
article
AALTD 2021 - The 6th International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2021, Bilbao / Virtual, Spain. pp.1-16
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https://hal.science/hal-03326636/file/aaltd_covidventil_v2.pdf BibTex
titre
A Classification of Anomaly Explanation Methods
auteur
Véronne Yepmo, Grégory Smits, Olivier Pivert
article
Advances in Interpretable Machine Learning and Artificial Intelligence (AIMLAI), Sep 2021, (Online), France
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https://hal.science/hal-03337036/file/Anomaly_Explanation_AIMLAI%20%282%29.pdf BibTex
titre
Evidential Nearest Neighbours in Active Learning
auteur
Daniel Zhu, Arnaud Martin, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois, Vincent Lemaire
article
Worksop on Interactive Adaptive Learning (IAL) - ECML-PKDD, Sep 2021, Bilbao, Spain
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https://hal.science/hal-03327629/file/IAL_2021_paper_6_post_review.pdf BibTex
titre
Adding Structure and Removing Duplicates in SPARQL Results with Nested Tables
auteur
Sébastien Ferré
article
Further with Knowledge Graphs (SEMANTiCS), Sep 2021, Amsterdam, Netherlands
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https://inria.hal.science/hal-03531777/file/paper_final.pdf BibTex
titre
Channel Model with Memory for DNA Data Storage with Nanopore Sequencing
auteur
Belaid Hamoum, Elsa Dupraz, Laura Conde-Canencia, Dominique Lavenier
article
ISTC 2021: 11th International Symposium on Topics in Coding, Aug 2021, Montreal, Canada. pp.1-5, ⟨10.1109/ISTC49272.2021.9594243⟩
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https://imt-atlantique.hal.science/hal-03337117/file/Hamoum21istc.pdf BibTex
titre
GCNBoost: Artwork Classification by Label Propagation through a Knowledge Graph
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh, Noa Garcia, Benjamin Renoust, Chenhui Chu, Yuta Nakashima, Hajime Nagahara
article
ICMR 2021 - ACM International Conference on Multimedia Retrieval, Aug 2021, Taipei, Taiwan
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https://inria.hal.science/hal-03228787/file/GCNBoost-hal.pdf BibTex
titre
Compressing and Indexing Aligned Readsets
auteur
Travis Gagie, Garance Gourdel, Giovanni Manzini
article
WABI 2021 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Online conference, France. pp.1-21, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2021.13⟩
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https://hal.science/hal-03478058/file/LIPIcs-WABI-2021-13.pdf BibTex
titre
Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
auteur
Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
MPA 2021 - 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27
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BibTex
titre
Probabilistic forecasting of seasonal time series Combining clustering and classification for forecasting
auteur
Colin Leverger, Thomas Guyet, Simon Malinowski, Vincent Lemaire, Alexis Bondu, Laurence Rozé, Alexandre Termier, Régis Marguerie
article
ITISE 2021 - 7th International Conference on Time Series and Forecasting, Jul 2021, Gran Canaria, Spain. pp.1-13
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https://hal.science/hal-03326626/file/itise_probabilisticforecasting.pdf BibTex
titre
Approximate Hashing for Bioinformatics
auteur
Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
article
CIAA 2021 - 25th International Conference on Implementation and Application of Automata, Jul 2021, Bremen, Germany. pp.1-12
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03219482/file/CIAA_2021_paper_11.pdf BibTex
titre
Parametric Graph for Unimodal Ranking Bandit
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont, Boammani Aser Lompo
article
ICML 2021 - International Conference on Machine Learning, Jul 2021, Virtual, Canada. pp.3630--3639
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https://hal.science/hal-03256621/file/ICML2021.pdf BibTex
titre
Optimal de novo assemblies for chloroplast genomes based on inverted repeats patterns
auteur
Rumen Andonov, Victor Epain, Dominique Lavenier
article
BiATA 2021 - 4th International conference Bioinformatics: from Algorithms to Applications, Jul 2021, St. Petersbourg, Russia. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03534195/file/BiATA_2021_formatted_abstract_ANDONOV_EPAIN.pdf BibTex
titre
LEVIATHAN: efficient discovery of large structural variants by leveraging long-range information from Linked-Reads data
auteur
Pierre Morisse, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03441874/file/JOBIM2021_paper_21.pdf BibTex
titre
MASCARA-FPGA cooperation model: Query Trimming through accelerators
auteur
van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
article
SSDBM 2021 - 33rd International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jul 2021, Tampa, United States. pp.203-208, ⟨10.1145/3468791.3468795⟩
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https://inria.hal.science/hal-03503635/file/ssdbm2021_HAL.pdf BibTex
titre
Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
auteur
Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Meziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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BibTex
titre
GraphUnzip: unzipping assembly graphs with long reads and Hi-C
auteur
Roland Faure, Nadège Guiglielmoni, Jean-François Flot
article
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-7
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03441016/file/proceedings_GraphUnzip_jobim2021.pdf BibTex
titre
MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
auteur
Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03441914/file/JOBIM2021_paper_20.pdf BibTex
titre
Skyline Groups Are Ideals. An Efficient Algorithm for Enumerating Skyline Groups
auteur
Simon Coumes, Tassadit Bouadi, Lhouari Nourine, Alexandre Termier
article
IWOCA 2021 - 32nd International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jul 2021, Ottawa, Canada. pp.223-236, ⟨10.1007/978-3-030-79987-8_16⟩
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BibTex
titre
AskoR, A R Package for Easy RNASeq Data Analysis
auteur
Susete Alves Carvalho, Kévin Gazengel, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Stéphanie Daval, Fabrice Legeai
article
IECE 2021 - 1st International Electronic Conference on Entomology, Jul 2021, Virtual, France. pp.1-8, ⟨10.3390/IECE-10646⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03347665/file/Alves%20Carvalho.pdf BibTex
titre
Extraction de sous-groupes exceptionnels de séries temporelles
auteur
Josie Signe
article
RJCIA 2021 - Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle, Jul 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.89-90
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03298742/file/RJCIA_2021_paper_19.pdf BibTex
titre
Extracting Relations in Texts with Concepts of Neighbours
auteur
H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
International Conference In Formal Concepts Analysis, Jun 2021, Strasbourg, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03531335/file/2021_ICFCA_Hugo.pdf BibTex
titre
An open generator of synthetic administrative healthcare databases
auteur
Thomas Guyet, Tristan Allard, Johanne Bakalara, Olivier Dameron
article
IAS 2021 - Atelier Intelligence Artificielle et Santé, Jun 2021, Bordeaux (virtuel), France. pp.1-8
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03326618/file/datasynth.pdf BibTex
titre
Cost and Quality in Crowdsourcing Workflows
auteur
Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
article
PETRI NETS 2021 - 42nd International Conference on Applications and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2021, Paris, France. pp.33-54, ⟨10.1007/978-3-030-76983-3_3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03482424/file/PN-workflows.pdf BibTex
titre
Cloud Query Processing with Reinforcement Learning-based Multi-Objective Re-optimization
auteur
Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
article
International Conference on Model & Data Engineering (MEDI), Jun 2021, Tallinn, Estonia
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03522314/file/medi2021_paper31_carmer-ready.pdf BibTex
titre
Ordonnancement d'objets par bandits unimodaux sur des graphes paramétriques
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont, Aser Boammani Lompo
article
CAp 2021 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jun 2021, Saint-Etienne (en ligne), France. pp.1
Accès au bibtex
BibTex
titre
Siame-se(3): regression in se(3) for end-to-end visual servoing
auteur
Samuel Felton, Elisa Fromont, Eric Marchand
article
ICRA 2021 - IEEE International Conference on Robotics and Automation, May 2021, Xi'an, China. pp.14454-14460
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03173684/file/ICRA2021_Siame_se_3_.pdf BibTex
titre
HiPaR: Hierarchical Pattern-Aided Regression
auteur
Luis Galárraga, Olivier Pelgrin, Alexandre Termier
article
PAKDD 2021 - Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2021, Virtual, France. pp.320-332, ⟨10.1007/978-3-030-75762-5_26⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Showing Academic Performance Predictions during Term Planning: Effects on Students’ Decisions, Behaviors, and Preferences
auteur
Luis Galárraga, Gonzalo Mendez, Katherine Chiluiza
article
CHI 2021 - ACM CHI Conference on Human Factors in Computing Systems, May 2021, Yokohama, Japan. pp.1-17, ⟨10.1145/3411764.3445718⟩
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https://arxiv.org/pdf/2104.00148 BibTex
titre
Bandit Algorithm for Both Unknown Best Position and Best Item Display on Web Pages
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
article
IDA 2021 - 19th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2021, Porto (virtual), Portugal. pp.12
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https://hal.science/hal-03163763/file/IDA_2021_Paper___PB_MHB.pdf BibTex
titre
Separ: Towards Regulating Future of Work Multi-Platform Crowdworking Environments with Privacy Guarantees
auteur
Mohammad Javad Amiri, Joris Duguépéroux, Tristan Allard, Divyakant Agrawal, Amr El Abbadi
article
The Web Conference 2021 (WWW '21), Apr 2021, Ljubljana, Slovenia. ⟨10.1145/3442381.3449858⟩
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https://inria.hal.science/hal-03199954/file/TheWebCon_2021_paper_2677-FINAL.pdf BibTex
titre
BrFAST: a Tool to Select Browser Fingerprinting Attributes for Web Authentication According to a Usability-Security Trade-off
auteur
Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard
article
Companion Proceedings of the Web Conference 2021 (WWW ’21 Companion), Apr 2021, Ljubljana, Slovenia. ⟨10.1145/3442442.3458610⟩
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https://hal.science/hal-03202788/file/BrFAST%20-%20A%20Tool%20to%20Select%20Browser%20Fingerprinting%20Attributes%20for%20Web%20Authentication%20According%20to%20a%20Usability-Security%20Trade-off.pdf BibTex
titre
FRESQUE: A Scalable Ingestion Framework for Secure Range Query Processing on Clouds
auteur
Hoang van Tran, Tristan Allard, Laurent d'Orazio, Amr El Abbadi
article
EDBT 2021 - 24th International Conference on Extending Database Technology, Mar 2021, Nicosia, Cyprus. ⟨10.5441/002/edbt.2021.19⟩
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https://inria.hal.science/hal-03198346/file/p55.pdf BibTex
titre
GraphMDL+: Interleaving the Generation and MDL-based Selection of Graph Patterns
auteur
Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
SAC '21: The 36th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing, Mar 2021, Virtual Event, South Korea. pp.355-363, ⟨10.1145/3412841.3441917⟩
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https://inria.hal.science/hal-03508797/file/sac2021-graphmdlplus%20%281%29.pdf BibTex
titre
An extension of chronicles temporal model with taxonomies -Application to epidemiological studies
auteur
Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
article
HEALTHINF 2021 - 14th International Conference on Health Informatics, Feb 2021, online, France. pp.1-10
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https://hal.science/hal-03096846/file/healthinfo_bakalara.pdf BibTex
titre
Passive Learning of Timed Automata from Logs (Student Abstract)
auteur
Lénaïg Cornanguer
article
AAAI 2021 - 35th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2021, Vancouver (virtual), Canada. pp.15773-15774
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https://inria.hal.science/hal-03201649/file/AAAI_2021_Lenaig.pdf BibTex
titre
Algorithm for real-time prediction of daily feed intake in lactating sows
auteur
Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Laurence Rozé, Jean-Yves Dourmad
article
53. Journées de la Recherche Porcine, Ifip; Inrae, Feb 2021, En ligne, France. pp.127-132
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https://inria.hal.science/hal-03134418/file/A2.pdf BibTex
titre
A Performance-Explainability Framework to Benchmark Machine Learning Methods: Application to Multivariate Time Series Classifiers
auteur
Kevin Fauvel, Véronique Masson, Elisa Fromont
article
IJCAI-PRICAI 2020 - Workshop on Explainable Artificial Intelligence (XAI), Jan 2021, Yokohama, Japan. pp.1-8
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https://hal.science/hal-03094885/file/Fauvel20_Framework.pdf BibTex
titre
Guided Attentive Feature Fusion for Multispectral Pedestrian Detection
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
WACV 2021 - IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, Jan 2021, Waikoloa /Virtual, United States. pp.1-9
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https://hal.science/hal-03119907/file/WACV2021_GAFF.pdf BibTex
titre
Requêtes flexibles avec des concepts disjonctifs
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot, Ronald R Yager
article
Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA), 2021, Paris, France
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Book sections

titre
Unequal Singleton Pair Distance for Evidential Preference Clustering
auteur
Yiru Zhang, Arnaud Martin
article
Belief Functions: Theory and Applications, 12915, Springer International Publishing, pp.33-43, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_4⟩
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https://hal.science/hal-03410134/file/BELIEF2021-2.pdf BibTex
titre
Towards Universal Logic: Gaggle Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
Melvin Fitting. Selected Topics from Contemporary Logics, College Publications, pp.5 - 73, 2021, Landscapes in Logic, 978-1848903500
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https://hal.science/hal-03498949/file/Aucher-Towards_Universal_Logic_Gaggle_Logics-2021.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Méthodes bioinformatiques pour l'étude des Variants de Structure avec des données de séquençages génomiques
auteur
Claire Lemaitre
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021
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https://theses.hal.science/tel-03497793/file/manuscrit_hdr_Claire_Lemaitre.pdf BibTex

Special issue

titre
Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems XLIX
auteur
Bernd Amann, François Goasdoué
article
12920, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-64148-4⟩
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Lectures

titre
The agile approach to software development
auteur
Olivier Ridoux
article
Licence. France. 2021
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https://univ-rennes.hal.science/hal-03213300/file/picopoly%20agile.pdf BibTex
titre
The Art of Demo
auteur
Olivier Ridoux
article
Master. France. 2021
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https://univ-rennes.hal.science/hal-03213321/file/picopoly%20demo.pdf BibTex
titre
Principles of Information technology Systems
auteur
Olivier Ridoux
article
Licence. France. 2021
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https://univ-rennes.hal.science/hal-03213341/file/picopoly%20psi.pdf BibTex
titre
Compilation
auteur
Olivier Ridoux
article
Master. France. 2021
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https://univ-rennes.hal.science/hal-03213316/file/picopoly%20comp.pdf BibTex

Master thesis

titre
Mitigating Unintended Bias in Masked Language Models
auteur
Mohammed Rameez Rameez Qureshi
article
Computer Science [cs]. 2021
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https://inria.hal.science/hal-03363353/file/IDMC_thesis.pdf BibTex
titre
QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-reads sequencing data
auteur
Roland Faure
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2021
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https://inria.hal.science/hal-03479233/file/rapport_de_stage_QuickDeconvolution.pdf BibTex
titre
Détection de recombinaisons génomiques et protéomiques homologues par alignement multiple local et partiel
auteur
Benjamin Blanc
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2021
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https://inria.hal.science/hal-03524403/file/Rapport_de_stage_BLANC_Benjamin.pdf BibTex

Other publications

titre
Modelling hepatic stellate cells activation by TGFB1 using Kappa language
auteur
Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
article
2021, pp.1-23
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https://inria.hal.science/hal-03545569/file/GTBioss_23_11_21.pdf BibTex

Books

titre
Préface of Proceedings of the conference BDA'2021
auteur
Esther Pacitti, Zoltan Miklos
article
2021
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https://inria.hal.science/hal-03500588/file/ActesBDA2021.pdf BibTex
titre
Les décodeuses du numérique
auteur
Léa Castor, Célia Esnoult, Laure Thiébault, Ali Charara, Olivier Serre, Anne Siegel
article
CNRS Editions, 2021, 2271139481
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Poster communications

titre
A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
auteur
Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
article
CompSysBio 2021 - Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Nov 2021, Aussois, France. pp.1-1
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https://inria.hal.science/hal-03545135/file/Matthieu_bougueon_poster.pdf BibTex
titre
A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
auteur
Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
article
CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-03545256/file/CMSB_presentation_M_Bougueon%20%281%29.pdf BibTex
titre
Identification of bacterial strains using ORI (Oxford nanopore Reads Identification)
auteur
Grégoire Siekaniec, Rania Ouazahrou, Gaëlle Boudry, Eric Guédon, Emeline Roux, Jacques Nicolas
article
Microbes 2021 - Société Française de Microbiologie, Sep 2021, Nantes, France
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BibTex
titre
Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
auteur
Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
article
WABI 2021 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Chicago (Online), United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03543214/file/WABI_43_poster_Dennler_Olivier.pdf BibTex
titre
Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
auteur
Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
article
JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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https://hal.science/hal-03543182/file/JOBIM_poster_Dennler_Olivier.pdf BibTex
titre
LRez: C++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
auteur
Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
article
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03441917/file/JOBIM2021_paper_55.pdf BibTex
titre
SVJedi-graph: Structural Variant genotyping with long-reads using a variation graph
auteur
Sandra Romain, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
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https://inria.hal.science/hal-03441915/file/JOBIM2021_paper_117.pdf BibTex
titre
Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species
auteur
Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
IHMC 2021 - 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03438983/file/poster_iHMC.pdf BibTex
titre
Approximate Hashing for Bioinformatics
auteur
Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
article
DCC 2021 - Data Compression Conference, Mar 2021, Virtual, United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
Génération d'un SNDS synthétique à partir de données ouvertes
auteur
Thomas Guyet
article
EGC 2021 - Actes de la conférence Extraction et Gestion des connaissances, Jan 2021, Montpellier, France. Actes de la conférence Extraction et Gestion des connaissances (EGC), pp.1-2
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https://hal.science/hal-03326620/file/EGC21_DataSynthesis_abstract.pdf BibTex

Reports

titre
Towards a Generic Model Theory: Automatic Bisimulations for Atomic, Molecular and First-order Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
[Research Report] Université de rennes 1. 2021
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https://inria.hal.science/hal-03414862/file/TechnicalReport2021.pdf BibTex
titre
From Requirements as AMR-like Graphs to Automata-Based Reasoning
auteur
Aurélien Lamercerie, Annie Foret
article
[Research Report] Université de Rennes 1. 2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03467064/file/From%20Requirements%20as%20AMR-like%20Graphs%20to%20Automata-Based%20Reasoning%20%282021%29.pdf BibTex
titre
Constrained Consensus Sequence Algorithm for DNA Archiving
auteur
Dominique Lavenier
article
[Research Report] CNRS IRISA. 2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03479083/file/Constrained_Consensus_Sequence_Algorithm.pdf BibTex
titre
SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins
auteur
Samuel Alizon, Frédéric Cazals, Stéphane Guindon, Claire Lemaitre, Tristan Mary-Huard, Anna Niarakis, Mikaël Salson, Celine Scornavacca, Hélène Touzet
article
[Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
Accès au texte intégral et bibtex
https://cnrs.hal.science/hal-03170023/file/bioinfocov.pdf BibTex

Theses

titre
To compare gene structures for prediction of alternative coding transcripts in human, mouse and dog
auteur
Nicolas Guillaudeux
article
Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1S079⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03593091/file/GUILLAUDEUX_Nicolas.pdf BibTex
titre
Evaluation of the quality of contributions and contributors on crowdsourcing platforms
auteur
Constance Thierry
article
Informatique [cs]. Université de Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/tel-03537663/file/these_thierry_constance.pdf BibTex
titre
Multispectral object detection
auteur
Heng Zhang
article
Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S099⟩
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https://hal.science/tel-03530257/file/ZHANG_Heng.pdf BibTex
titre
Identification of strains of a bacterial species from long reads
auteur
Grégoire Romain Siekaniec
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S083⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03510672/file/SIEKANIEC_Gregoire.pdf BibTex
titre
Mining Tractable Sets of Graph Patterns with the Minimum Description Length Principle
auteur
Francesco Bariatti
article
Computer Science [cs]. Université de Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/tel-03523742/file/Francesco_Bariatti_PhD.pdf BibTex
titre
Urban mobility : Leveraging machine learning and data masses for the building of simulators
auteur
Gauthier Lyan
article
Informatique [cs]. Université rennes1, 2021. Français. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03355775/file/LYAN_Gauthier.pdf BibTex
titre
Urban mobility : leveraging machine learning and data masses for the building of simulators
auteur
Gauthier Lyan
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S056⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03520672/file/LYAN_Gauthier.pdf BibTex
titre
Interpretable time series classification
auteur
Yichang Wang
article
Neural and Evolutionary Computing [cs.NE]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S052⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03509607/file/WANG_Yichang.pdf BibTex
titre
Predictive approach to asses the genotoxicity of environmental contaminants
auteur
Maël Conan
article
Génétique. Université de Rennes, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1B010⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03334212/file/CONAN_Mael.pdf BibTex
titre
Comparison of homologous protein sequences using direct coupling information by pairwise Potts model alignments
auteur
Hugo Talibart
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S031⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03376771/file/TALIBART_Hugo.pdf BibTex
titre
Content and data linking leveraging ontological knowledge in data journalism
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh
article
Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S001⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/tel-03131484/file/EL_VAIGH_Cheikh_Brahim.pdf BibTex
titre
Hierarchical and temporal analysis of scientific corpora as tools for the history of science
auteur
Ian Jeantet
article
Information Retrieval [cs.IR]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S048⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03108773/file/JEANTET_Ian.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Visual Servoing in Autoencoder Latent Space: Supplementary material
auteur
Samuel Felton, Pascal Brault, Elisa Fromont, Eric Marchand
article
2021
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03448667/file/RA_L_addendum-2.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species
auteur
Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.61968⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02395024/file/elife-61968-v1.pdf BibTex
titre
Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment
auteur
Dinka Mandakovic, Ángela Cintolesi, Jonathan Maldonado, Sebastián Mendoza, Méziane Aite, Alexis Gaete, Francisco Saitua, Miguel Allende, Veronica Cambiazo, Anne Siegel, Alejandro Maass, Mauricio Gonzalez, Mauricio Latorre
article
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-020-62130-8⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02524471/file/s41598-020-62130-8.pdf BibTex
titre
The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest
auteur
Claude Rispe, Fabrice Legeai, Paul Nabity, Rosa Fernández, Arinder Arora, Patrice Baa-Puyoulet, Celeste Banfill, Leticia Bao, Miquel Barberà, Maryem Bouallegue, Anthony Bretaudeau, Jennifer A. Brisson, Federica Calevro, Pierre Capy, Olivier Catrice, Thomas Chertemps, Carole Couture, Laurent Deliere, Angela Douglas, Keith Dufault-Thompson, Paula Escuer, Honglin Feng, Astrid Forneck, Toni Gabaldón, Roderic Guigó, Frédérique Hilliou, Silvia Hinojosa-Alvarez, Yi-Min Hsiao, Sylvie Hudaverdian, Emmanuelle Jacquin-Joly, Edward James, Spencer J. Johnston, Benjamin Joubard, Gaëlle Le Goff, Gaël Le Trionnaire, Pablo Librado, Shanlin Liu, Eric Lombaert, Hsiao-Ling Lu, Martine Maïbèche, Mohamed Makni, Marina Marcet-Houben, David Martinez-Torres, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nancy Moran, Daciana Papura, Nicolas Parisot, Yvan Rahbé, Mélanie Ribeiro Lopes, Aida Ripoll-Cladellas, Stéphanie Robin, Céline Roques, Celine Lopez-Roques, Pascale Roux, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Jose Sánchez-Herrero, Didac Santesmasses, Iris Scatoni, Rémy-Félix Serre, Ming Tang, Wenhua Tian, Paul Umina, Manuella van Munster, Carole Vincent-Monégat, Joshua Wemmer, Alex Wilson, Ying Zhang, Chaoyang Zhao, Jing Zhao, Serena Zhao, Xin Zhou, François Delmotte, Denis Tagu
article
BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02917617/file/Rispe-2020-The%20genome%20sequence%20of%20the%20grape%20phylloxera.pdf BibTex
titre
Cytosine methylation of mature microRNAs inhibits their functions and is associated with poor prognosis in glioblastoma multiforme
auteur
Mathilde Cheray, Amandine Etcheverry, Camille Jacques, Romain Pacaud, Gwenola Bougras-Cartron, Marc Aubry, Florent Denoual, Pierre Peterlongo, Arulraj Nadaradjane, Josephine Briand, Farida Akcha, Dominique Heymann, François M Vallette, Jean Mosser, Benjamin Ory, Pierre-Francois Cartron
article
Molecular Cancer, 2020, 19 (1), pp.1-36. ⟨10.1186/s12943-020-01155-z⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-rennes.hal.science/hal-02500622/file/s12943-020-01155-z BibTex
titre
Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, "Aphidius ervi" and "Lysiphlebus fabarum
auteur
Alice Dennis, Gabriel Ballesteros, Stéphanie Robin, Lukas Schrader, Jens Bast, Jan Berghöfer, Leo Beukeboom, Maya Belghazi, Anthony Bretaudeau, Jan Buellesbach, Elizabeth Cash, Dominique Colinet, Zoé Dumas, Mohammed Errbii, Patrizia Falabella, Jean-Luc Gatti, Elzemiek Geuverink, Joshua Gibson, Corinne Hertaeg, Stefanie Hartmann, Emmanuelle Joly Jacquin-Joly, Mark Lammers, Blas Lavandero, Ina Lindenbaum, Lauriane Massardier-Galatà, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nina Pak, Marylène Poirié, Rosanna Salvia, Denis Tagu, Sophie Tares, Heiko Vogel, Tanja Schwander, Jean-Christophe Simon, Christian Figueroa, Christoph Vorburger, Fabrice Legeai, Jürgen Gadau, R.Chris Smith
article
BMC Genomics, 2020, 21 (Art. 376), pp.1-27. ⟨10.1186/s12864-020-6764-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02649295/file/s12864-020-6764-0 BibTex
titre
Towards Universal Logic: Gaggle Logics
auteur
Guillaume Aucher
article
Journal of Applied Logics - IfCoLoG Journal of Logics and their Applications, 2020, 7 (6), pp.875-945
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03046655/file/Aucher-Towards_Universal_Logic_Gaggle_Logics-2020.pdf BibTex
titre
How to interact with medical terminologies? Formative usability evaluations comparing three approaches for supporting the use of MedDRA by pharmacovigilance specialists
auteur
Romaric Marcilly, Laura Douze, Sébastien Ferré, Bissan Audeh, Carlos Bobed, Agnès Lillo-Le Louet, Jean-Baptiste Lamy, Cedric Bousquet
article
BMC Medical Informatics and Decision Making, 2020, 20 (1), pp.261. ⟨10.1186/s12911-020-01280-1⟩
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https://hal.science/hal-02972457/file/s12911-020-01280-1 BibTex
titre
Genomic architecture of endogenous ichnoviruses reveals distinct evolutionary pathways leading to virus domestication in parasitic wasps
auteur
Fabrice F. Legeai, Bernardo F Santos, Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Rebecca B Dikow, Claire Lemaitre, Véronique Jouan, Marc Ravallec, Jean-Michel Drezen, Denis Tagu, Frédéric Baudat, Gabor Gyapay, Xin Zhou, Shanlin Liu, Bruce A Webb, Seán Brady, Anne-Nathalie Volkoff
article
BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12915-020-00822-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02918230/file/2020_Legeai_BMC%20Biology.pdf BibTex
titre
Plasma microRNA signature in presymptomatic and symptomatic subjects with C9orf72-associated frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
auteur
Virgilio Kmetzsch, Vincent Anquetil, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Ludmila Jornea, Sylvie Forlani, Philippe Couratier, David Wallon, Florence Pasquier, Noémie Robil, Pierre de La Grange, Ivan Moszer, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
article
Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, 2020, 92 (5), pp.485-493. ⟨10.1136/jnnp-2020-324647⟩
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https://inria.hal.science/hal-03046771/file/jnnp-2020-324647.full.pdf BibTex
titre
Dynamic estimation and Grid partitioning approach for Multi-Objective Optimization Problems in medical cloud federations
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
article
Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2020
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https://hal.science/hal-03103810/file/TLDKS.pdf BibTex
titre
Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in the fall armyworm
auteur
Sylvie Gimenez, Heba Abdelgaffar, Gaelle Le Goff, Frédérique Hilliou, Carlos Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Juan Luis Jurat-Fuentes, Emmanuelle d'Alençon, Kiwoong Nam
article
Communications Biology, 2020, 3 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s42003-020-01382-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-03065279/file/s42003-020-01382-6.pdf BibTex
titre
Towards a better understanding of the low recall of insertion variants with short-read based variant callers
auteur
Wesley J Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
article
BMC Genomics, 2020, 21 (762), ⟨10.1186/s12864-020-07125-5⟩
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https://inria.hal.science/hal-03032763/file/s12864-020-07125-5.pdf BibTex
titre
GDBAlive: a Temporal Graph Database Built on Top of a Columnar Data Store
auteur
Maria Massri, Philippe Raipin, Pierre Meye
article
Journal of advances in information technology, 2020
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https://inria.hal.science/hal-02937283/file/DSDE%202020%20EE3009-JAIT.pdf BibTex
titre
From Task Tuning to Task Assignment in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
auteur
Joris Duguépéroux, Tristan Allard
article
Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2020, pp.67-107. ⟨10.1007/978-3-662-62271-1_3⟩
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https://inria.hal.science/hal-02896342/file/main-v2.pdf BibTex
titre
Big Genes, Small Effectors: Pea Aphid Cassette Effector Families Composed From Miniature Exons
auteur
Matthew Dommel, Jonghee Oh, Jose Carlos Huguet-Tapia, Endrick Guy, Hélène Boulain, Akiko Sugio, Marimuthu Murugan, Fabrice Legeai, Michelle Heck, Michael C. Smith, Frank White
article
Frontiers in Plant Science, 2020, 11, pp.1-11. ⟨10.3389/fpls.2020.01230⟩
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https://inria.hal.science/hal-03065308/file/pdf BibTex
titre
Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
auteur
Rosa Fernández, Marina Marcet-Houben, Fabrice Legeai, Gautier Richard, Stéphanie Robin, Valentin Wucher, Cinta Pegueroles, Toni Gabaldón, Denis Tagu
article
Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (9), pp.2601-2615. ⟨10.1093/molbev/msaa110⟩
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https://inria.hal.science/hal-03065353/file/msaa110.pdf BibTex
titre
MinYS: mine your symbiont by targeted genome assembly in symbiotic communities
auteur
Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (3), pp.1-11. ⟨10.1093/nargab/lqaa047⟩
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https://inria.hal.science/hal-02891885/file/Guyomar2020.PDF BibTex
titre
SVJedi: genotyping structural variations with long reads
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
Bioinformatics, 2020, 36 (17), pp.4568-4575. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa527⟩
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https://inria.hal.science/hal-03032737/file/SVJedi_Bioinformatics.pdf BibTex
titre
Innovative Approach to Predict DNA Adduct Formation of Environnemental Contaminants
auteur
Maël Conan, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Theret
article
Environmental and Molecular Mutagenesis, 2020, 61 (S1), pp.58. ⟨10.1002/em.22405⟩
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BibTex
titre
Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
auteur
Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
article
Microbial Biotechnology, 2020, 13 (5), pp.1648-1672. ⟨10.1111/1751-7915.13634⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02624824/file/1751-7915.13634.pdf BibTex
titre
Whole genome sequence of the soybean aphid, Aphis glycines.
auteur
Jacob A Wenger, Bryan J Cassone, Fabrice Legeai, J Spencer Johnston, Raman Bansal, Ashley D Yates, Brad S Coates, Vitor a C Pavinato, Andy Michel
article
Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2020, 123, pp.102917. ⟨10.1016/j.ibmb.2017.01.005⟩
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BibTex
titre
Integration of miRNA‐regulatory networks in hepatic stellate cells identifies TIMP3 as a key factor in chronic liver disease
auteur
Fida Azar, Kevin Courtet, Bassil Dekky, Dominique Bonnier, Olivier Dameron, Alain Colige, Vincent Legagneux, Nathalie Theret
article
Liver International, 2020, 40 (8), pp.2021-2033. ⟨10.1111/liv.14476⟩
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https://hal.science/hal-02549948/file/Azar%20et%20al-2020-Integration%20of%20miRNA-regulatory%20networks%20in%20hepatic%20stellate%20cells%20identifies.pdf BibTex
titre
Synergic Effects of Temperature and Irradiance on the Physiology of the Marine Synechococcus Strain WH7803
auteur
Ulysse Guyet, Ngoc Thanh Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, Maël Conan, Morgane Ratin, Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Loraine A Brillet-Guéguen, Mark M. Hoebeke, Christophe Six, Claudia Steglich, Anne Siegel, Damien Eveillard, Frédéric Partensky, Laurence Garczarek
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01707⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02929424/file/fmicb-11-01707.pdf BibTex
titre
DiscoSnp-RAD: de novo detection of small variants for RAD-Seq population genomics
auteur
Jérémy Gauthier, Charlotte Mouden, Tomasz Suchan, Nadir Alvarez, Nils Arrigo, Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
PeerJ, 2020, pp.1-20. ⟨10.7717/peerj.9291⟩
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https://inria.hal.science/hal-01634232/file/version_editeur_peerj-9291.pdf BibTex
titre
Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions
auteur
Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel
article
Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩
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https://hal.science/hal-02569935/file/BST_review.pdf BibTex
titre
RDF graph summarization for first-sight structure discovery
auteur
François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
article
The VLDB Journal, 2020, 29 (5), pp.1191-1218. ⟨10.1007/s00778-020-00611-y⟩
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https://inria.hal.science/hal-02530206/file/revised_HAL_inlined.pdf BibTex
titre
Extracellular vesicles produced by human and animal Staphylococcus aureus strains share a highly conserved core proteome
auteur
Natayme Rocha Tartaglia, Aurélie Nicolas, Vinicius de Rezende Rodovalho, Brenda Silva Rosa Da Luz, Valérie Briard-Bion, Zuzana Krupova, Anne Thierry, François Coste, Agnès Burel, Patrice P. Martin, Julien Jardin, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Eric Guédon
article
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-64952-y⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02638124/file/2020_Tartaglia_SciReports.pdf BibTex
titre
Contrasting genomic and phenotypic outcomes of hybridization between pairs of mimetic butterfly taxa across a suture zone
auteur
Jérémy Gauthier, Donna Lisa De‐silva, Zachariah Gompert, Annabel Whibley, Céline Houssin, Yann Le Poul, Melanie Mcclure, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, James Mallet, Marianne Elias
article
Molecular Ecology, 2020, 29 (7), pp.1328-1343. ⟨10.1111/mec.15403⟩
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https://hal.science/hal-02800429/file/2020%20-%20Gauthier%20et%20al%20Mol%20Ecol.pdf BibTex
titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
Discrete Applied Mathematics, 2020, 92-102 (Volume 274), ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
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https://inria.hal.science/hal-01322440/file/short_read_connectors.pdf BibTex
titre
Complete Genome Sequences of Two Strains of Streptococcus pyogenes Belonging to an Emergent Clade of the Genotype emm89 in Brittany, France
auteur
Marie Devaere, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Emeline Roux, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
article
Microbiology Resource Announcements, 2020, 9 (11), pp.e00129-20. ⟨10.1128/MRA.00129-20⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-02532959/file/Microbiology%20Resource%20Announcements-2020-Devaere-e00129-20.full.pdf BibTex
titre
ELECTOR : evaluator for long reads correction methods
auteur
Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset
article
NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩
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https://inria.hal.science/hal-02371117/file/lqz015.pdf BibTex
titre
Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions
auteur
Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon Dittami
article
Frontiers in Marine Science, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩
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https://inria.hal.science/hal-02866101/file/burgunter2020.pdf BibTex
titre
Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
auteur
Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric J-J Leroux, Simon M. Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V Markov
article
iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩
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https://inria.hal.science/hal-01943880/file/Belcour2020.pdf BibTex
titre
SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
auteur
Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
article
Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
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https://inria.hal.science/hal-02308101/file/main.pdf BibTex
titre
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
auteur
Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
article
Algorithms for Molecular Biology, 2020, pp.1-9. ⟨10.1186/s13015-020-0163-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-02187246/file/wabi2019final.pdf BibTex
titre
Fuzzy quality-aware queries to graph databases
auteur
Olivier Pivert, Etienne Scholly, Grégory Smits, Virginie Thion
article
Information Sciences, 2020, 521, pp.160--173
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BibTex
titre
Graph-FCA: An extension of formal concept analysis to knowledge graphs
auteur
Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
Discrete Applied Mathematics, 2020, 273 (5), pp.81-102. ⟨10.1016/j.dam.2019.03.003⟩
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https://inria.hal.science/hal-03155996/file/S0166218X19301532.pdf BibTex
titre
A pipeline to create predictive functional networks: application to the tumor progression of hepatocellular carcinoma
auteur
Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Lokmane Chebouba, Carito Guziolowski, Nathalie Théret
article
BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.18. ⟨10.1186/s12859-019-3316-1⟩
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https://hal.science/hal-02095930/file/A_pipeline_to_create_predictive_functional_networks__application_to_the_tumor_progression_of_hepatocellular_carcinoma%20%281%29.pdf BibTex
titre
The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
auteur
Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E. Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F. Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Marine Genomics, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
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https://inria.hal.science/hal-02866117/file/307165v3.full.pdf BibTex
titre
Evidential positive opinion influence measures for viral marketing
auteur
Siwar Jendoubi, Arnaud Martin
article
Knowledge and Information Systems (KAIS), 2020, 62, pp.1037-1062. ⟨10.1007/s10115-019-01375-w⟩
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https://hal.science/hal-02176369/file/OpinionV05.pdf BibTex
titre
Unveiling the implicit knowledge, one scenario at a time
auteur
Flavien Lécuyer, Valérie Gouranton, Aurélien Lamercerie, Adrien Reuzeau, Bruno Arnaldi, Benoît Caillaud
article
The Visual Computer, 2020, pp.1-12. ⟨10.1007/s00371-020-01904-7⟩
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https://inria.hal.science/hal-02879083/file/Demodocos_x_XRaken__Visual_Computer_-4.pdf BibTex
titre
NegPSpan: efficient extraction of negative sequential patterns with embedding constraints
auteur
Thomas Guyet, René Quiniou
article
Data Mining and Knowledge Discovery, 2020, 34, pp.563-609. ⟨10.1007/s10618-019-00672-w⟩
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https://inria.hal.science/hal-03025572/file/article_DMKD_NegPSpan.pdf BibTex

Conference papers

titre
Netspot: a simple Intrusion Detection System with statistical learning
auteur
Alban Siffer, Alexandre Termier, Pierre-Alain Fouque, Christine Largouët
article
TrustCom 2020 - IEEE 19th International Conference on Trust, Security and Privacy in Computing and Communications, Dec 2020, Guangzhou, China. ⟨10.1109/TrustCom50675.2020.00122⟩
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BibTex
titre
Variant Calling Parallelization on Processor-in-Memory Architecture
auteur
Dominique Lavenier, Remy Cimadomo, Romaric Jodin
article
BIBM 2020 - IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Dec 2020, Virtual, South Korea. pp.1-4
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https://hal.science/hal-03006764/file/bibm_upvc4.pdf BibTex
titre
Publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
auteur
Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
article
AICOL 2020 - 11th International Workshop on Artificial Intelligence and the Complexity of Legal Systems, in conjunction with JURIX 2020, Dec 2020, Virtual, Czech Republic
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https://inria.hal.science/hal-03225201/file/aicol20.pdf BibTex
titre
FPSelect: Low-Cost Browser Fingerprints for Mitigating Dictionary Attacks against Web Authentication Mechanisms
auteur
Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit
article
Annual Computer Security Applications Conference (ACSAC 2020), Dec 2020, Austin, United States. ⟨10.1145/3427228.3427297⟩
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https://hal.science/hal-02965948/file/acsac-postprint.pdf BibTex
titre
Localize to Classify and Classify to Localize: Mutual Guidance in Object Detection
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
ACCV 2020 - The 15th Asian Conference on Computer Vision, Nov 2020, Kyoto / Virtual, Japan. pp.1-15
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https://hal.science/hal-03025756/file/accv2020.pdf BibTex
titre
How to use Model Checking for Diagnosing Fault Patterns in Petri nets
auteur
Johanne Bakalara, Yannick Pencolé, Audine Subias
article
WODES 2020 - 15th IFAC Workshop on Discrete Event Systems, Nov 2020, Virtual, Brazil. pp.1-6
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02997908/file/article_proceedings_0056.pdf BibTex
titre
Adversarial regularization for explainable-by-design time series classification
auteur
Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Romain Tavenard
article
ICTAI 2020 - 32th International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2020, online, Greece. pp.1-9
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03025671/file/ictai2020.pdf BibTex
titre
A Novel Path-based Entity Relatedness Measure for Efficient Collective Entity Linking
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
article
International Semantic Web Conference (ISWC), Nov 2020, Athens, Greece
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https://inria.hal.science/hal-02937580/file/paper_292.pdf BibTex
titre
Revisiting RDF storage layouts for efficient query answering
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Tayeb Merabti, Marie-Laure Mugnier
article
SSWS 2020 - 13th International Workshop on Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems, Nov 2020, Athène, Greece. pp.17-32
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02921457/file/main.pdf BibTex
titre
A Proposal for Nested Results in SPARQL
auteur
Sébastien Ferré
article
ISWC 2020 Posters, Demos, and Industry Tracks, Nov 2020, Athens, Greece
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03156013/file/paper527.pdf BibTex
titre
An extension of chronicles temporal model with taxonomies
auteur
Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
article
BDA 2020 - 36ème Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10
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https://hal.science/hal-03176657/file/BDA2020.pdf BibTex
titre
Multispectral Fusion for Object Detection with Cyclic Fuse-and-Refine Blocks
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abou Dabi, United Arab Emirates. pp.1-5
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02872132/file/icip2020.pdf BibTex
titre
Improving Anchor-based Explanations
auteur
Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
article
CIKM 2020 - 29th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Oct 2020, Galway / Virtual, Ireland. pp.3269-3272, ⟨10.1145/3340531.3417461⟩
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https://inria.hal.science/hal-03133223/file/cikm2020.pdf BibTex
titre
SYSBOOSTER, application of Data Science to surveillance of systems for detection or anticipation of dysfunctions or failures of systems
auteur
Alain Celisse, Olivier Gauriau, Margot Corréard, Jean-François Bouin, Lennart Priester, Ronald Naumann, Emmanuel Arbaretier, Michel Kaczmarek, Uwe Schmietainski, Hagen Friedrich
article
Congrès Lambda Mu 22 « Les risques au cœur des transitions » (e-congrès) - 22e Congrès de Maîtrise des Risques et de Sûreté de Fonctionnement, Institut pour la Maîtrise des Risques, Oct 2020, Le Havre (e-congrès), France. pp.1-9
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https://hal.science/hal-03483963/file/LM22_COM_FULL_493240_Emmanuel_Arbaretier_20200716_308700.pdf BibTex
titre
Expedition in the Update Universe
auteur
Guillaume Aucher
article
Dynamic Logic. New Trends and Applications. DaLi 2020., Oct 2020, Prague, Czech Republic. pp.1-16, ⟨10.1007/978-3-030-65840-3_1⟩
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https://hal.science/hal-03094220/file/Aucher-Expedition_in_the_update_universe-2020.pdf BibTex
titre
Generalized Chronicles for Temporal Sequence Classification
auteur
Thomas Guyet, Yann Dauxais
article
AALTD 2020 - International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2020, Ghent, Belgium. pp.30-45, ⟨10.1007/978-3-030-65742-0_3⟩
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https://inria.hal.science/hal-03090211/file/aaltd_article5.pdf BibTex
titre
Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
auteur
Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos
article
Web Services - ICWS 2020 - 27th International Conference, Held as Part of the Services Conference Federation, SCF 2020, Sep 2020, Honolulu, United States. pp.77-95, ⟨10.1007/978-3-030-59618-7⟩
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https://inria.hal.science/hal-02964718/file/ICWS2020.pdf BibTex
titre
An Algebra of Deterministic Propositional Acceptance Automata (DPAA)
auteur
Aurélien Lamercerie, Benoît Caillaud
article
FDL 2020 - Forum on specification & Design Languages, Sep 2020, Kiel, Germany. pp.1-8
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02971772/file/FDL%202020%20-%20DPAA%20Algebra.pdf BibTex
titre
A Student-oriented Tool to Support Course Selection in Academic Counseling Sessions
auteur
Jaime Castells, Poul-Doust Mohammad, Luis Galárraga, Gonzalo Méndez, Margarita Ortiz-Rojas, Alberto Jiménez
article
LAUR 2020 - Workshop on Adoption, Adaptation and Pilots of Learning Analytics in Under-represented Regions co-located with the 15th European Conference on Technology Enhanced Learning 2020, Sep 2020, Virtual Event, Germany. pp.1-10
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https://inria.hal.science/hal-03084671/file/paper4.pdf BibTex
titre
A Graph-Theoretic Barcode Ordering Model for Linked-Reads
auteur
Yoann Dufresne, Chen Sun, Pierre Marijon, Dominique Lavenier, Cedric Chauve, Rayan Chikhi
article
WABI 2020 - 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2020, Pisa, Italy. pp.11 - 12, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2020.11⟩
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https://hal.science/hal-03008334/file/LIPIcs-WABI-2020-11.pdf BibTex
titre
Integrating Writing Dynamics in CNN for Online Children Handwriting Recognition
auteur
Simon Corbillé, Elisa Fromont, Eric Anquetil, Pauline Nerdeux
article
17th International Conference on Frontiers in Handwriting Recognition (ICFHR), Sep 2020, Dortmund, Germany
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https://hal.science/hal-02940236/file/ICFHR_2020_Camera-ready-Corbille.pdf BibTex
titre
MASCARA (ModulAr Semantic CAching fRAmework) towards FPGA acceleration for IoT Security monitoring
auteur
van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
article
VLIoT 2020 - International Workshop on Very Large Internet of Things, Sep 2020, Tokyo, Japan. pp.14-23
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https://inria.hal.science/hal-03017402/file/paper_VLIoT_HAL.pdf BibTex
titre
Obi-Wan: Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
VLDB 2020 - 46th International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2020, Tokyo, Japan
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https://inria.hal.science/hal-02921434/file/main.pdf BibTex
titre
Declarative mining of negative sequential patterns
auteur
Philippe Besnard, Thomas Guyet
article
1st Declarative Problem Solving Workshop (DPSW 2020) @ ECAI 2020, Pedro Cabalar (CITIC-Univ. A Coruña, Spain); Andreas Herzig (Tolouse Univ, France); David Pearce (Univ. Politécnica Madrid, Spain); Torsten Schaub (Univ. Potsdam, Germany); Stefan Woltran (Vienna Univ. Tech. Austria), Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-8
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https://inria.hal.science/hal-03025560/file/DPSW2020_paper_5.pdf BibTex
titre
Semantics of negative sequential patterns
auteur
Thomas Guyet, Philippe Besnard
article
24 th European Conference on Artificial Intelligence (ECAI 2020), European Association for Artificial Intelligence (EurAI); Spanish AI Society (AEPIA); University of Santiago de Compostela (CiTIUS), Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-7
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https://inria.hal.science/hal-02481240/file/negatives_ecai_2020_proofs.pdf BibTex
titre
Cooking related Carbon Footprint Evaluationand Optimisation
auteur
Damien Alvarez de Toledo, Laurent d'Orazio, Frédéric Andrès, Maria Leite
article
International Workshop on Intelligent Data – From Data to Knowledge (DOING 2020), Aug 2020, Lyon, France
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https://hal.science/hal-03107534/file/DOING_Workshop%281%29.pdf BibTex
titre
A Scored Semantic Cache Replacement Strategy for Mobile Cloud Database Systems
auteur
Zachary Arani, Drake Chapman, Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Taras Basiuk
article
International Workshop on BI & BIG DATA APPLICATIONS (BBIGAP) @ ADBIS, Aug 2020, Lyon, France
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https://hal.science/hal-03128881/file/paperArani.pdf BibTex
titre
Optimization for Large-Scale Fuzzy Joins Using Fuzzy Filters in MapReduce
auteur
Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent d'Orazio
article
FUZZ-IEEE 2020 - International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2020, Glasgow, United Kingdom. pp.1-8, ⟨10.1109/FUZZ48607.2020.9177610⟩
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https://hal.science/hal-03107555/file/fuzzieee2020.pdf BibTex
titre
Online publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
auteur
Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
article
1st International Workshop on Law and Machine Learning LML2020, in conjunction with ICML 2020, Jul 2020, Vienna, Austria
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https://hal.science/hal-02889155/file/main.pdf BibTex
titre
Hybridation d'approches « transparentes » et basées « Deep Learning » pour l'analyse automatisée de productions graphiques d'élèves dans le contexte de l'éducation
auteur
Simon Corbillé, Eric Anquetil, Elisa Fromont
article
SIFED 2020 - Symposium International Francophone sur l’Ecrit et le Document, Jul 2020, En ligne, France
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https://hal.science/hal-03992931/file/PresentationThese_Simon_sifed.pdf BibTex
titre
Guess Who ?" Large-Scale Data-Centric Study of the Adequacy of Browser Fingerprints for Web Authentication
auteur
Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaetan Le Guelvouit
article
International Conference on Innovative Mobile and Internet Services in Ubiquitous Computing (IMIS), Jul 2020, Lodz, Poland. pp.161-172, ⟨10.1007/978-3-030-50399-4_16⟩
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https://hal.science/hal-02611624/file/Guess%20Who%20-%20Large-Scale%20Data-Centric%20Study%20of%20the%20Adequacy%20of%20Browser%20Fingerprints%20for%20Web%20Authentication%20-%20Final%20Postprint.pdf BibTex
titre
Towards a better understanding of the low discovery rate of short-read based insertion variant callers
auteur
Wesley Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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https://inria.hal.science/hal-03120668/file/Delage2020_submitted.pdf BibTex
titre
ComPotts: Optimal alignment of coevolutionary models for protein sequences
auteur
Hugo Talibart, François Coste
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France. pp.1-8
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https://inria.hal.science/hal-02862213/file/jobim_proceedings.pdf BibTex
titre
Steps in the Representation of Concept Lattices and Median Graphs
auteur
Alain Gély, Miguel Couceiro, Laurent Miclet, Amedeo Napoli
article
CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Sadok Ben Yahia; Francisco José Valverde Albacete; Martin Trnecka, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.1-11
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https://inria.hal.science/hal-02912312/file/cla2020_medianGraph.pdf BibTex
titre
Transduction sémantique pour la modélisation de système
auteur
Aurélien Lamercerie
article
PFIA 2020 - Plate-Forme de l'Intelligence Artificielle (PFIA), rencontres RJCIA, Jun 2020, Angers, France. pp.1-6
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https://hal.science/hal-02971742/file/RJCIA%202020%20-%20Transduction%20s%C3%A9mantique.pdf BibTex
titre
Practical comparison of FCA extensions to model indeterminate value of ternary data
auteur
Priscilla Keip, Sébastien Ferré, Alain Gutierrez, Marianne Huchard, Pierre Silvie, Pierre Martin
article
CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.197-208
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-03105801/file/paper15.pdf BibTex
titre
Data Centric Workflows for Crowdsourcing
auteur
Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
article
Petri Nets 2020 - 41st International Conference on Application and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2020, Paris, France. pp.1-39
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https://inria.hal.science/hal-02508838/file/acsd.pdf BibTex
titre
Bandits manchots avec échantillonnage de Thompson pour des recommandations multiples suivant un modèle fondé sur les positions
auteur
Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
article
CAp 2020 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
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titre
Méthodes de Fusion de Cartes de Caractéristiques pour la Détection Multispectrale par Réseaux de Neurones Profonds
auteur
Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
article
RFIAP 2020 - Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
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https://hal.science/hal-02872123/file/RFIAP2020.pdf BibTex
titre
Fast and Exact Rule Mining with AMIE 3
auteur
Jonathan Lajus, Luis Galárraga, Fabian Suchanek
article
ESWC 2020 - 17th International Semantic Web Conference, May 2020, Virtual Event, Greece. pp.36-52, ⟨10.1007/978-3-030-49461-2_3⟩
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https://inria.hal.science/hal-03084606/file/amie3.pdf BibTex
titre
GraphMDL: Graph Pattern Selection based on Minimum Description Length
auteur
Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany. ⟨10.1007/978-3-030-44584-3_5⟩
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https://inria.hal.science/hal-02510517/file/ida_graphmdl.pdf BibTex
titre
Overlapping Hierarchical Clustering (OHC)
auteur
Ian Jeantet, Zoltan Miklos, David Gross-Amblard
article
Inteligent Data Analysis (IDA 2020), Apr 2020, Konstanz, Germany
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https://inria.hal.science/hal-02452729/file/Overlapping_Hierarchical_Clustering_IDA2020_Camera_Ready_.pdf BibTex
titre
Widening for MDL-based Retail Signature Discovery
auteur
Clément Gautrais, Peggy Cellier, Matthijs van Leeuwen, Alexandre Termier
article
IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany. pp.1-12
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https://inria.hal.science/hal-02505913/file/2020%20-%20IDA_mdl_signatures.pdf BibTex
titre
A Persistent Memory-Aware Buffer Pool Manager Simulator for Multi-Tenant Cloud Databases
auteur
Taras Basiuk, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
article
International Workshop on Big Data Management on Emerging Hardware, Apr 2020, Dallas, United States
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https://hal.science/hal-02514273/file/2020harddb.pdf BibTex
titre
Think Cities: the accelerator for sustainable planning
auteur
Gwenaelle Carfantan, Florian Daniel, Laurent d'Orazio, Trung-Dung Le, Xavier Marin, Olivier Peau, Hervé Rannou
article
International Workshop on Data-Driven Smart Cities (DASC@ICDE), Apr 2020, Dallas, United States
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https://hal.science/hal-02513929/file/2020dasc.pdf BibTex
titre
Task-Tuning in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
auteur
Joris Duguépéroux, Antonin Voyez, Tristan Allard
article
International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.5441/002/edbt.2020.79⟩
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https://inria.hal.science/hal-02570334/file/paper_306.pdf BibTex
titre
REMI: Mining Intuitive Referring Expressions on Knowledge Bases
auteur
Luis Galárraga, Julien Delaunay, Jean-Louis Dessalles
article
EDBT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Virtual Event, Denmark. pp.387-390, ⟨10.5441/002/edbt.2020.39⟩
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https://inria.hal.science/hal-03084627/file/paper_238.pdf BibTex
titre
Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
EDBT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark. pp.299-310, ⟨10.5441/002/edbt.2020.27⟩
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https://inria.hal.science/hal-02446427/file/main.pdf BibTex
titre
A Distributed Multi-Sensor Machine Learning Approach to Earthquake Early Warning
auteur
Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
article
In Proceedings of the 34th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2020, New York, United States. pp.403-411, ⟨10.1609/aaai.v34i01.5376⟩
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https://hal.science/hal-02373429/file/Fauvel19.pdf BibTex
titre
Profilage et prédiction : de l’usage des algorithmes en matière pénale
auteur
Laurent Rousvoal, Tristan Allard, Elisa Fromont
article
2020 - Festival des libertés numériques, INSA Rennes, Université Rennes 2, URFIST de Rennes., Feb 2020, Rennes, France
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BibTex
titre
Construction guidée de requêtes analytiques sur des graphes RDF
auteur
Sébastien Ferré
article
Atelier Web des Données, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://inria.hal.science/hal-02452395/file/paper.pdf BibTex
titre
GraphMDL : sélection de motifs de graphes avec le principe MDL
auteur
Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
EGC 2020, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://inria.hal.science/hal-02511412/file/egc_graphMDL.pdf BibTex
titre
Modelisation de l'incertitude et de l'imprecision de donnees de crowdsourcing : MONITOR
auteur
Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
article
Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://inria.hal.science/hal-02487535/file/EGC_ICTAI.pdf BibTex
titre
Énumération des occurrences d'une chronique
auteur
Thomas Guyet, Philippe Besnard, Ahmed Samet, Nasreddine Ben Salha, Nicolas Lachiche
article
EGC 2020 - 20ème édition de la Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.253-260
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https://inria.hal.science/hal-02422796/file/EGC20_RecoChronicle_Guyet.pdf BibTex
titre
ARES : un extracteur d'exigences pour la modélisation de systèmes
auteur
Aurélien Lamercerie
article
EGC 2020 - Extraction et Gestion des Connaissances (Atelier - Fouille de Textes - Text Mine), Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.1-4
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https://hal.science/hal-02971727/file/TM%202020%20-%20Ares.pdf BibTex
titre
Approximating Longest Common Substring with k mismatches: Theory and Practice
auteur
Garance Gourdel, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Tatiana Starikovskaya
article
CPM 2020 - 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2020.16⟩
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https://hal.science/hal-03943005/file/LIPIcs-CPM-2020-16.pdf BibTex

Book sections

titre
Integrative models for TGF-$\beta$ signaling and extracellular matrix
auteur
Nathalie Theret, Jérôme Feret, Arran Hodgkinson, Pierre Boutillier, Pierre Vignet, Ovidiu Radulescu
article
Sylvie Ricard-Blum. Extracellular Matrix Omics, 7, Springer, pp.17, 2020, Biology of Extracellular Matrix, 978-3-030-58329-3. ⟨10.1007/978-3-030-58330-9_10⟩
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https://inria.hal.science/hal-02458073/file/Chapter_TGFB-THERET.pdf BibTex
titre
IA et Bioinformatique
auteur
Jacques Nicolas
article
Sébastien Konieczny; Henri Prade. L’intelligence artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?, Cépaduès, pp.101, 2020, 9782364938502
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https://inria.hal.science/hal-03127545/file/IAetbioinformatiqueCepadues.pdf BibTex
titre
Ouvrir la boîte noire des algorithmes de personnalisation
auteur
Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs, Julien Lolive
article
Le profilage en ligne : entre libéralisme et régulation, Mare & Martin, 2020, Libre droit, 978-2-84934-466-8
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BibTex
titre
Formal Concept Analysis: From Knowledge Discovery to Knowledge Processing
auteur
Sébastien Ferré, Marianne Huchard, Mehdi Kaytoue, Sergei Kuznetsov, Amedeo Napoli
article
Pierre Marquis; Odile Papini; Henri Prade. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, 2, Springer International Publishing, pp.411-445, 2020, AI Algorithms, 978-3-030-06167-8. ⟨10.1007/978-3-030-06167-8_13⟩
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BibTex
titre
Artificial Intelligence and Bioinformatics
auteur
Jacques Nicolas
article
Marquis, P., Papini, O., Prade, H. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, III, Springer, pp.575, 2020, Interfaces and Applications of Artificial Intelligence, 978-3-030-06169-2
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https://inria.hal.science/hal-01850570/file/Ai_and_Bioinformaticspersonalcopy.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
From databases to artificial intelligence
auteur
Zoltan Miklos
article
Databases [cs.DB]. Université de Rennes 1 [UR1], 2020
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https://inria.hal.science/tel-02501285/file/hdr_ZoltanMiklos_final.pdf BibTex
titre
Enhancing sequential pattern mining with time and reasoning
auteur
Thomas Guyet
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2020
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https://theses.hal.science/tel-02495270/file/HdR_Guyet.pdf BibTex

Lectures

titre
Green IT - The hardware of informationware
auteur
Olivier Ridoux
article
École d'ingénieur. France. 2020
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https://hal.science/hal-02492252/file/picopoly%20green%20it.pdf BibTex

Master thesis

titre
Rapport de stage Master 2 : Apprentissage et étude de Transformer pour la classification en familles protéiques
auteur
Nicolas Buton
article
Intelligence artificielle [cs.AI]. 2020
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https://inria.hal.science/hal-03103334/file/Rapport_de_stage_M2%281%29.pdf BibTex
titre
AlPha: A Mixed Integer Linear Programming Approach for Genome Haplotyping
auteur
Kerian Thuillier
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03127775/file/report_kerian_thuillier.pdf BibTex
titre
DNA fragments positioning improvement to realise consensus sequences in the de novo long reads assembly context
auteur
Victor Epain
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2020
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https://inria.hal.science/hal-03119772/file/rapport_EPAIN_M2_2020.pdf BibTex

Other publications

titre
Nanopore MinION long read sequencer: an overview of its error landscape
auteur
Clara Delahaye, Jacques Nicolas
article
2020
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https://inria.hal.science/hal-03123133/file/SeqBIM_2020_Clara_Delahaye.pdf BibTex

Books

titre
Actes de l’atelier HIA 2020: Humains et IA, travailler en intelligence
auteur
David Gross-Amblard
article
2020
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https://inria.hal.science/hal-02462059/file/HIA2020-actes.pdf BibTex

Poster communications

titre
MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
auteur
Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
article
Biodiversity Genomics 2020, Oct 2020, Online, France.
Accès au bibtex
BibTex
titre
MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
auteur
Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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BibTex
titre
Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species
auteur
Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
article
JOBIM 2020 - Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩
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https://inria.hal.science/hal-03151934/file/jobim2020_poster_15.pdf BibTex
titre
Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing
auteur
Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Eric Guédon, Jacques Nicolas
article
JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France
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https://hal.science/hal-03121440/file/Siekaniec_Gregoire_Jobim_2020.pdf BibTex
titre
Concepts de voisins dans les graphes RDF : Une extension Jena et une interface graphique
auteur
Nicolas Fouqué, Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03156022/file/Demo_CNN_EGC_2020.pdf BibTex
titre
Dynamic modeling of nutrient use and sows’ individual requirements
auteur
Charlotte Gaillard, Raphaël Gauthier, Jean-Yves Dourmad
article
Final conference for the European project Feed-a-Gene, Jan 2020, Rennes, France. 2020
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BibTex

Documents associated with scientific events

titre
GraphMDL Visualizer: Interactive Visualization of Graph Patterns
auteur
Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
GEM: Graph Embedding and Mining Workshop @ ECML-PKDD 2020, Sep 2020, Ghent, Belgium
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03142207/file/gem_workshop-graphmdl_visualizer.pdf BibTex
titre
Interface de Recueil de Données Imparfaites pour le CrowdSourcing
auteur
Constance Thierry, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak, Pierrick Uro
article
EGC 2020 - Humains et IA, travailler en intelligence Atelier de la conférence, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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https://inria.hal.science/hal-02465761/file/HIA2020_paper_4.pdf BibTex

Proceedings

titre
Actes de la conférence BDA 2020
auteur
Bernd Amann, François Goasdoué
article
2020
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https://inria.hal.science/hal-03176597/file/ActesBDA2020.pdf BibTex
titre
Actes des 31es journées francophones d’Ingénierie des Connaissances
auteur
Sébastien Ferré
article
Plate-Forme Intelligence Artificielle, Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04571425/file/actes_IC_PFIA2020.pdf BibTex

Reports

titre
État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links)
auteur
Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
article
[Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02557351/file/MoDaL_2019_synthese_Ver1.pdf BibTex
titre
WorkShop MoDaL (Multi-Scale Data Links)
auteur
Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
article
[Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-02507799/file/MoDaL_2019_workshop_report_V4.pdf BibTex
titre
Rapport de conjoncture 2019 : CID 51 Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant
auteur
Franck Picard, Myriam Ferro, Alice Cleynen, Marie Doumic, Xavier Duchemin, Guillaume Fertin, Jonathan Filee, Philippe Juin, Romain Koszul, Rafael Laboissiere, Dominique Lavenier, Thérèse Malliavin, Antonio Monari, Isabelle Nondier, Françoise Peyrin, Pierre Pouget, David Vallenet, Rufin Vanrullen, Stéphane Vezian, Aleksandra Walczak
article
Comité national de la recherche scientifique. 2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04360199/file/51_CID_Modelisation-et-analyse-des-donnees-et-des-systemes-biologiques-approches-informatiques-mathematiques-et-physiques.pdf BibTex

Theses

titre
Leveraging browser fingerprinting for web authentication
auteur
Tompoariniaina Nampoina Andriamilanto
article
Systems and Control [cs.SY]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S045⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03150590/file/ANDRIAMILANTO_Tompoariniaina.pdf BibTex
titre
Filters based fuzzy big joins
auteur
Thi To Quyen Tran
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1; Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S070⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03211210/file/TRAN_Thi_To_Quyen.pdf BibTex
titre
Identification of causal pathologic signature by multi-omic data integration
auteur
Méline Wery
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S071⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03213016/file/WERY_Meline.pdf BibTex
titre
Characterization and detection of large constitutional insertions for medical use
auteur
Wesley Delage
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S049⟩
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https://theses.hal.science/tel-03084361/file/DELAGE_Wesley.pdf BibTex
titre
Structural variant genotyping with long read data
auteur
Lolita Lecompte
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S054⟩
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https://theses.hal.science/tel-03082460/file/LECOMPTE_Lolita.pdf BibTex
titre
Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data : application to B cell differentiation and follicular lymphoma non coding mutations
auteur
Marine Louarn
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S088⟩
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https://theses.hal.science/tel-03244465/file/LOUARN_Marine.pdf BibTex
titre
Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data
auteur
Marine Louarn
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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https://inria.hal.science/tel-03111759/file/Thesis_MLouarn.pdf BibTex
titre
Investigation of a framework for seasonal time series forecasting
auteur
Colin Leverger
article
Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S033⟩
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https://theses.hal.science/tel-03118382/file/LEVERGER_Colin.pdf BibTex
titre
Frequent itemset sampling of high throughput streams on FPGA accelerators
auteur
Maël Gueguen
article
Embedded Systems. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S053⟩
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https://theses.hal.science/tel-03120148/file/GUEGUEN_Mael.pdf BibTex
titre
Enhancing Performance and Explainability of Multivariate Time Series Machine Learning Methods : Applications for Social Impact in Dairy Resource Monitoring and Earthquake Early Warning
auteur
Kevin Fauvel
article
Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S043⟩
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https://theses.hal.science/tel-03140673/file/FAUVEL_Kevin.pdf BibTex
titre
Protecting workers in crowdsourcing platforms : a technical perspective
auteur
Joris Duguépéroux
article
Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S023⟩
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https://theses.hal.science/tel-03099278/file/DUGUEPEROUX_Joris.pdf BibTex
titre
Combination of supervised and unsupervised classifiers based on belief functions
auteur
Na Li
article
Image Processing [eess.IV]. University of Rennes I, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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https://hal.science/tel-03029781/file/thesis_Na_final.pdf BibTex
titre
Modeling and management of imperfect preferences with the theory of belief functions
auteur
Yiru Zhang
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S006⟩
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https://hal.science/tel-02503990/file/ZHANG_Yiru.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Cost and Quality Assurance in Crowdsourcing Workflows
auteur
Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
article
2020
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https://inria.hal.science/hal-02964736/file/edbt-workflow.pdf BibTex
titre
Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in fall armyworms
auteur
Ki Woong Nam, Sylvie Gimenez, Frederique Hilliou, Carlos A Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Emmanuelle d'Alençon
article
2020
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https://hal.inrae.fr/hal-02945633/file/812958v1.full.pdf BibTex
titre
Community-Driven Data Analysis Training for Biology
auteur
Bérénice Batut, Saskia Hiltemann, Andrea Bagnacani, Dannon Baker, Vivek Bhardwaj, Clemens Blank, Anthony Bretaudeau, Loraine Brillet-Guéguen, John K. Chilton, Dave Clements, Olivia Doppelt-Azeroual, Anika Erxleben, Mallory Ann Freeberg, Simon Gladman, Youri Hoogstrate, Hans-Rudolf Hotz, Torsten Houwaart, Pratik Jagtap, Delphine Larivière, Gildas Le Corguillé, Thomas Manke, Fabien Mareuil, Fidel Ramírez, Devon Ryan, Florian Christoph Sigloch, Nicola Soranzo, Joachim Wolff, Pavankumar Videm, Markus Wolfien, Aisanjiang Wubuli, Dilmurat Yusuf, James Taylor, Rolf Backofen, Anton Nekrutenko, Bjorn Grüning
article
2020
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https://pasteur.hal.science/pasteur-02613129/file/225680v2.full.pdf BibTex
titre
SEPAR: Towards Regulating Future of Work Multi-Platform Crowdworking Environments with Privacy Guarantees
auteur
Mohammad Javad Amiri, Joris Duguépéroux, Tristan Allard, Divyakant Agrawal, Amr El Abbadi
article
2020
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https://arxiv.org/pdf/2005.01038 BibTex
titre
Long Reads Assembly Using Integer Linear Programming
auteur
Victor Epain, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
article
2020
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https://hal.science/hal-03007132/file/EasyChair-Preprint-2573.pdf BibTex
titre
Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
auteur
Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette J. Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
article
2020
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https://institut-agro-rennes-angers.hal.science/hal-02487262/file/_Manzanares_2020.02.05.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
RNA interference identifies domesticated viral genes involved in assembly and trafficking of virus-derived particles in ichneumonid wasps
auteur
Ange Lorenzi, Marc Ravallec, Magali Eychenne, Véronique Jouan, Stéphanie Robin, Isabelle Darboux, Fabrice Legeai, Anne-Sophie Gosselin-Grenet, Mathieu Sicard, Don Stoltz, Anne Nathalie Volkoff
article
PLoS Pathogens, 2019, 15 (12), pp.e1008210. ⟨10.1371/journal.ppat.1008210⟩
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https://hal.science/hal-02483831/file/2019_Lorenzi_Plos%20Pathogens.pdf BibTex
titre
Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus
auteur
Delphine Nègre, Méziane Aite, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Loraine Brillet-Guéguen, Xi Liu, Philippe Bordron, Olivier Godfroy, Agnieszka P. Lipinska, Catherine Leblanc, Anne Siegel, Simon Dittami, Erwan Corre, Gabriel V. Markov
article
Antioxidants , 2019, 8 (11), pp.564. ⟨10.3390/antiox8110564⟩
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https://inria.hal.science/hal-02395080/file/antioxidants-08-00564-v2.pdf BibTex
titre
Pourquoi le client doit il être parfait ?
auteur
Arnaud Martin
article
Survey Magazine, 2019, pp.18-19
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https://hal.science/hal-02409321/file/surveyIncertitude2.pdf BibTex
titre
Differential Expression of Candidate Salivary Effector Genes in Pea Aphid Biotypes With Distinct Host Plant Specificity
auteur
Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Julie Jaquiéry, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
article
Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1301. ⟨10.3389/fpls.2019.01301⟩
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https://inria.hal.science/hal-02378266/file/pdf BibTex
titre
Principles for a Judgement Editor Based on Binary Decision Diagrams
auteur
Guillaume Aucher, Jean Berbinau, Marie-Laure Morin
article
Journal of Applied Logics -IfCoLog Journal of Logics and their Applications, 2019, Special Issue: Reasoning for Legal AI, 6 (5), pp.33
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https://inria.hal.science/hal-02273483/file/AucherEtAl-JournalOfAppliedLogics-2019.pdf BibTex
titre
The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
auteur
Jon Ison, Hans Ienasescu, Piotr Chmura, Emil Rydza, Hervé Ménager, Matúš Kalaš, Veit Schwämmle, Bjorn Grüning, Niall Beard, Rodrigo Lopez, Severine Duvaud, Heinz Stockinger, Bengt Persson, Radka Svobodová Vařeková, Tomáš Raček, Jiří Vondrášek, Hedi Peterson, Ahto Salumets, Inge Jonassen, Rob Hooft, Tommi Nyrönen, Alfonso Valencia, Salvador Capella, Josep Gelpí, Federico Zambelli, Babis Savakis, Brane Leskošek, Kristoffer Rapacki, Christophe Blanchet, Rafael Jimenez, Arlindo Oliveira, Gert Vriend, Olivier Collin, Jacques van Helden, Peter Løngreen, Søren Brunak
article
Genome Biology, 2019, 20 (164), pp.1-4. ⟨10.1186/s13059-019-1772-6⟩
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https://amu.hal.science/hal-02408472/file/bio.toolsRegistry.pdf BibTex
titre
SHAMAN : Symbolic and Human-centric view of dAta MANagement
auteur
François Goasdoué
article
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02345067/file/Goasdoue-shaman-19.pdf BibTex
titre
Handling probabilistic integrity constraints in pay-as-you-go reconciliation of data models
auteur
Nguyen Quoc Viet Hung, Matthias Weidlich, Nguyen Thanh Tam, Zoltan Miklos, Karl Aberer, Avigdor Gal, Bela Stantic
article
Information Systems, 2019, 83, pp.166-180. ⟨10.1016/j.is.2019.04.002⟩
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https://inria.hal.science/hal-02099877/file/main.pdf BibTex
titre
Expression and efficient evaluation of fuzzy quantified structural queries to fuzzy graph databases
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
Fuzzy Sets and Systems, 2019, 366, pp.3-17. ⟨10.1016/j.fss.2018.06.002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02444573/file/S0165011418303282.pdf BibTex
titre
Evolution of the human cold/menthol receptor, TRPM8
auteur
Samuel Blanquart, Anne-Sophie Borowiec, Philippe Delcourt, Martin Figeac, Christopher A Emerling, Andrea S Meseguer, Morad Roudbaraki, Natalia Prevarskaya, Gabriel Bidaux
article
Molecular Phylogenetics and Evolution, 2019, 136, pp.104-118. ⟨10.1016/j.ympev.2019.04.011⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02284919/file/MPE_2019_manuscrit%20soumis.pdf BibTex
titre
Summarizing Semantic Graphs: A Survey
auteur
Sejla Cebiric, François Goasdoué, Haridimos Kondylakis, Dimitris Kotzinos, Ioana Manolescu, Georgia Troullinou, Mussab Zneika
article
The VLDB Journal, 2019, 28 (3)
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01925496/file/hal.pdf BibTex
titre
Dynamic modeling of nutrient use and individual requirements of lactating sows
auteur
Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Charlotte Gaillard, Laetitia Cloutier, Fréderic Guay, Jean-Yves Dourmad
article
Journal of Animal Science, 2019, 97 (7), pp.2822-2836. ⟨10.1093/jas/skz167⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Evidence for an ichnovirus machinery in parasitoids of coleopteran larvae
auteur
Stéphanie Robin, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, James Whitfield, Véronique Jouan, Fabrice Legeai, Anne-Nathalie Volkoff
article
Virus Research, 2019, 263, pp.189-206. ⟨10.1016/j.virusres.2019.02.001⟩
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https://hal.science/hal-02059774/file/S0168170218307640.pdf BibTex
titre
Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints
auteur
Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart
article
PeerJ, 2019, 7, pp.1-35. ⟨10.7717/peerj.6559⟩
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https://hal.science/hal-02400871/file/peerj-6559.pdf BibTex
titre
Computing and Explaining Query Answers over Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
auteur
Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
article
Journal of Artificial Intelligence Research, 2019, 64, pp.563-644. ⟨10.1613/jair.1.11395⟩
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https://inria.hal.science/hal-02066288/file/11395-Article%20%28PDF%29-21164-1-10-20190310.pdf BibTex
titre
Platform Design for Crowdsourcing and Future of Work
auteur
David Gross-Amblard, Atsuyuki Morishima, Saravanan Thirumuruganathan, Marion Tommasi, Ko Yoshida
article
Bulletin of the Technical Committee on Data Engineering, 2019, 42 (4)
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03583288/file/p35%281%29.pdf BibTex
titre
Sequence selection by FitSS4ASR alleviates ancestral sequence reconstruction as exemplified for geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
auteur
Kristina Straub, Mona Linde, Cosimo Kropp, Samuel Blanquart, Patrick Babinger, Rainer Merkl
article
Biological Chemistry, 2019, 400 (3), pp.367-381. ⟨10.1515/hsz-2018-0344⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02284913/file/FitSS4ASR_V2.pdf BibTex
titre
Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
article
Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02407243/file/main.pdf BibTex
titre
The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
auteur
Thomas Darde, Estelle Lecluze, Aurélie Lardenois, Isabelle Stévant, Nathan Alary, Frank Tüttelmann, Olivier Collin, Serge Nef, Bernard Jégou, Antoine D. Rolland, Fréderic Chalmel
article
Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3133-3139. ⟨10.1093/bioinformatics/btz047⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-rennes.hal.science/hal-02015545/file/Darde_et_al_2018_The%20ReproGenomics%20Viewer_Final.pdf BibTex
titre
queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3203-3205. ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01988699/file/queryMed.pdf BibTex
titre
Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
auteur
Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés A Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
article
BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01987197/file/Guillot2019_Article_PeptimapperProteogenomicsWorkf.pdf BibTex
titre
In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans
auteur
Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret
article
Toxicology Letters, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-rennes.hal.science/hal-01903264/file/hal-01903264.pdf BibTex
titre
Role of the acquisition of a type 3 secretion system in the emergence of novel pathogenic strains of Xanthomonas
auteur
Valérian Méline, Wesley Delage, Chrystelle Brin, Camille Li-Marchetti, Daniel Sochard, Matthieu Arlat, Céline Rousseau, Armelle Darrasse, Martial Briand, Guillaume Lebreton, Perrine Portier, Marion Fischer-Le Saux, Karine Durand, Marie-Agnès Jacques, Etienne Belin, Tristan Boureau
article
Molecular Plant Pathology, 2019, 20 (1), pp.33-50. ⟨10.1111/mpp.12737⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-angers.hal.science/hal-02510889/file/MPP-20-33.pdf BibTex
titre
Data-driven Assessment of Structural Evolution of RDF Graphs
auteur
Carlos Bobed, Pierre Maillot, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
article
Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, In press
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02437482/file/swj2254.pdf BibTex
titre
Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks
auteur
Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel
article
Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02018724/file/JTB_WERY%282%29.pdf BibTex
titre
Complete Assembly of Circular and Chloroplast Genomes Based on Global Optimization
auteur
Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sébastien François, Dominique Lavenier
article
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, In press, pp.1-28. ⟨10.1142/S0219720019500148⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02151798/file/HAL_JBCB-main.pdf BibTex
titre
Ontology population with deep learning-based NLP: a case study on the Biomolecular Network Ontology
auteur
Ali Ayadi, Ahmed Samet, François de Bertrand de Beuvron, Cecilia Zanni-Merk
article
Procedia Computer Science, 2019, 159, pp.572-581. ⟨10.1016/j.procs.2019.09.212⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02317227/file/li.pdf BibTex

Conference papers

titre
Toward a Framework for Seasonal Time Series Forecasting Using Clustering
auteur
Colin Leverger, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Vincent Lemaire, Alexis Bondu, Alexandre Termier
article
IDEAL 2019, Nov 2019, Manchester, United Kingdom. pp.328-340, ⟨10.1007/978-3-030-33607-3_36⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02371221/file/IDEAL2019.pdf BibTex
titre
Modeling uncertainty and inaccuracy on data from crowdsourcing platforms: MONITOR
auteur
Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
article
IEEE 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI'19), Nov 2019, Portland, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02359881/file/ICTAI_2019_paper_487.pdf BibTex
titre
Admissible generalizations of examples as rules (2019)
auteur
Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
article
31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2019), IEEE, Nov 2019, Portland, OR, United States. ⟨10.1109/ICTAI.2019.00211⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02267166/file/ICTAI2019.pdf BibTex
titre
Agnostic local explanation for time series classification
auteur
Maël Guilleme, Véronique Masson, Laurence Rozé, Alexandre Termier
article
ICTAI 2019 - 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2019, Portland, United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
On Complex Value Relations in Hive
auteur
Matthieu Pilven, Stefanie Scherzinger, Laurent d'Orazio
article
International Workshop on Modeling and Management of Big Data, Nov 2019, Salvador, Bahia, Brazil
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02290732/file/19mobid.pdf BibTex
titre
BeLink: Querying Networks of Facts, Statements and Beliefs
auteur
Tien-Duc Cao, Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Xavier Tannier
article
CIKM 2019 - 28th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Nov 2019, Beijing, China. ⟨10.1145/3357384.3357851⟩
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https://inria.hal.science/hal-02269134/file/belink-hal.pdf BibTex
titre
Learning boolean regulations based on prior-knowledge data: a logical-based viewpoint
auteur
Anne Siegel
article
SASB 2019 - 10th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, Oct 2019, Porto, Portugal
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BibTex
titre
Profilage et « prédiction » : de la justice prédictive à la prédiction par l’intelligence artificielle
auteur
Tristan Allard, Alexandra Bensamoun, Laurent Rousvoal, Sandrine Turgis
article
Le profilage en ligne : Construction d'une approche globale à l'intersection du droit, de l'informatique et de la sociologie, Sandrine TURGIS, IODE UMR CNRS 6262, Université de Rennes 1; Johann BOURCIER, IRISA/INRIA UMR 6074, Université de Rennes 1, Sep 2019, Rennes, France
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BibTex
titre
Increasing life science resources re-usability using Semantic Web technologies
auteur
Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Olivier Dameron
article
eScience 2019 - 15th International eScience Conference, Sep 2019, San Diego, United States. pp.1-9
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https://inria.hal.science/hal-02274982/file/PID6102547.pdf BibTex
titre
Using Knowledge Base Semantics in Context-Aware Entity Linking
auteur
Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
article
DocEng 2019 - 19th ACM Symposium on Document Engineering, Sep 2019, Berlin, Germany. pp.1-10, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
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https://inria.hal.science/hal-02171981/file/EVGGS-DocEng-19.pdf BibTex
titre
Improving Domain Adaptation By Source Selection
auteur
Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont
article
ICIP 2019 - IEEE International Conference on Image Processing, Sep 2019, Taïpei, Taiwan. ⟨10.1109/ICIP.2019.8803325⟩
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https://hal.science/hal-02136378/file/ICIP2019_bascol.pdf BibTex
titre
Statistically Significant Discriminative Patterns Searching
auteur
Hoang Son Pham, Gwendal Virlet, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
article
DaWaK 2019 - 21st International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Aug 2019, Linz, Austria. pp.105-115, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
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https://hal.science/hal-02190793/file/paper_SSDPS_DaWak19_final.pdf BibTex
titre
Using automated reasoning to explore unconventional organisms: a first step to explore host-microbial interactions
auteur
Anne Siegel
article
MPA 2019 - Conference on Metabolic Pathway Analysis, Aug 2019, Riga, Latvia
Accès au bibtex
BibTex
titre
Towards Sustainable Dairy Management - A Machine Learning Enhanced Method for Estrus Detection
auteur
Kevin Fauvel, Véronique Masson, Elisa Fromont, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
article
In Proceedings of the 25th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2019, Anchorage, United States. pp.3051-3059, ⟨10.1145/3292500.3330712⟩
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https://hal.science/hal-02190790/file/KDD_Fauvel19.pdf BibTex
titre
An automatic land covers identification based on Dempster-Shafer theory for multi-spectral images
auteur
Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
article
IGARSS2019, Jul 2019, Yokohama, Japan
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02269026/file/4892.pdf BibTex
titre
Genotyping Structural Variations using Long Read Data
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland. pp.1-3
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https://inria.hal.science/hal-02289484/file/Lecompte_HiTSeq_2019.pdf BibTex
titre
Compressing and Querying Skypattern Cubes
auteur
Willy Ugarte, Samir Loudni, Patrice Boizumault, Bruno Crémilleux, Alexandre Termier
article
IEA/AIE-2019 - 32nd International Conference on Industrial, Engineering & Other Applications of Applied Intelligent Systems, Jul 2019, Graz, Austria. pp.406-421, ⟨10.1007/978-3-030-22999-3_36⟩
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https://hal.science/hal-02190788/file/84.pdf BibTex
titre
Linking pharmacological and medical knowledge using semantic Web technologies
auteur
Nolwenn Le Meur, Yann Rivault, Olivier Dameron
article
useR! 2019 - Conférence internationale des utilisateurs de R, Jul 2019, Toulouse, France
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titre
Classification de séries temporelles basée sur des "shapelets" interprétables par réseaux de neurones antagonistes
auteur
Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Etienne Menager, Loïc Mosser, Romain Tavenard
article
CAp 2019 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-2
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titre
Reference-guided genome assembly in metagenomic samples
auteur
Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
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https://inria.hal.science/hal-02308257/file/MindTheGap_Jobim2019.pdf BibTex
titre
Conciliation of process description and molecular interaction networks using logical properties of ontology
auteur
Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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https://hal.science/hal-02301702/file/JOBIM2019_paper_166.pdf BibTex
titre
Genotyping Structural Variations using Long Read data
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
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https://inria.hal.science/hal-02288091/file/Lecompte_JOBIM_2019.pdf BibTex
titre
AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources
auteur
Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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https://hal.science/hal-02401750/file/Jobim2019___AskOmics___poster%281%29.pdf BibTex
titre
Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
auteur
Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, Emmanuel Oger, André Happe
article
2019 - Workshop IA&Santé, PFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-8
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https://hal.science/hal-02265743/file/IASante_PFIA2019_bakalara.pdf BibTex
titre
Semantic(s) of negative sequential patterns
auteur
Thomas Guyet
article
JIAF 2019 - 13èmes Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-10
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https://inria.hal.science/hal-02188501/file/negatives_JIAF2019.pdf BibTex
titre
Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
auteur
Johanne Bakalara
article
AIME 2019 - 17th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, Jun 2019, Poznan, Poland. pp.1-7
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https://hal.science/hal-02265731/file/AIME2019_Bakalara.pdf BibTex
titre
Biseau: An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Graph Visualization applied to FCA
auteur
Lucas Bourneuf
article
ICFCA 2019 - International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Frankfort, Germany. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-02399610/file/shortAT2.pdf BibTex
titre
Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression
auteur
Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
article
ICFCA 2019 - 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩
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https://inria.hal.science/hal-02399578/file/Conference_ICFCA_2019_Camera_ready.pdf BibTex
titre
FRELS: Fast and Reliable Estimated Linguistic Summaries
auteur
Grégory Smits, Pierre Nerzic, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
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https://inria.hal.science/hal-02116137/file/versionSoumise.pdf BibTex
titre
Processing Fuzzy Relational Queries Using Fuzzy Views
auteur
Emmanuel Doumard, Olivier Pivert, Grégory Smits, Virginie Thion
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
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https://inria.hal.science/hal-02116133/file/F-IEEE19-vf.pdf BibTex
titre
Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
auteur
Hugo Talibart, François Coste
article
CECAM 2019 - workshop on Co-evolutionary methods for the prediction and design of protein structure and interactions, CECAM-HQ-EPFL, Jun 2019, Lausanne, Switzerland. pp.1-2
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https://inria.hal.science/hal-02402646/file/compotts-presentation-abstract-cecam2019.pdf BibTex
titre
Link Prediction in Knowledge Graphs with Concepts of Nearest Neighbours
auteur
Sébastien Ferré
article
The Semantic Web (ESWC), Jun 2019, Portoroz, Slovenia. pp.84-100
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https://inria.hal.science/hal-02281789/file/paper.pdf BibTex
titre
Reformulation-based query answering for RDF graphs with RDFS ontologies
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
ESWC 2019 - 16th European Semantic Web Conference, Jun 2019, Portoroz, Slovenia. pp.19-35, ⟨10.1007/978-3-030-21348-0_2⟩
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https://hal.science/hal-02051413/file/extended.pdf BibTex
titre
Toward FPGA-Based Semantic Caching for Accelerating Data Analysis with Spark and HDFS
auteur
Marouan Maghzaoui, Laurent d'Orazio, Julien Lallet
article
ISIP 2019 - International Workshop on Information Search, Integration, and Personalization, May 2019, Fukuoka, Japan. pp.104-115, ⟨10.1007/978-3-030-30284-9_7⟩
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https://hal.science/hal-02285508/file/18isip.pdf BibTex
titre
A Linked Data Model for Facts, Statements and Beliefs
auteur
Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
The Web Conference 2019 - International Workshop on Misinformation, Computational Fact-Checking and Credible Web, May 2019, San Francisco, United States. ⟨10.1145/3308560.3316737⟩
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https://inria.hal.science/hal-02057980/file/beliefs.pdf BibTex
titre
CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
auteur
Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
article
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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https://hal.science/hal-02435116/file/546630v3.full.pdf BibTex
titre
Efficient exact associative structure for sequencing data
auteur
Camille Marchet, Maël Kerbiriou, Antoine Limasset
article
Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Whashinton, United States. pp.1-16
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https://hal.science/hal-02435086/file/546309v4.full.pdf BibTex
titre
From Cost-Sensitive Classification to Tight F-measure Bounds
auteur
Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
article
AISTATS 2019 - 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, Apr 2019, Naha, Okinawa, Japan. pp.1245-1253
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https://hal.science/hal-02049763/file/aistats_2018.pdf BibTex
titre
Incremental structural summarization of RDF graphs
auteur
François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
article
EDBT 2019 - 22nd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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https://inria.hal.science/hal-01978784/file/paper-261.pdf BibTex
titre
Range Query Processing for Monitoring Applications over Untrustworthy Clouds
auteur
Hoang Tran, Tristan Allard, Laurent D ' Orazio, Amr El Abbadi
article
International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal. ⟨10.5441/002/edbt.2019.82⟩
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https://hal.science/hal-02285562/file/EDBT19_paper_287.pdf BibTex
titre
Optimizing DICOM data management with NSGA-G
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent D ′ Orazio
article
International Workshop on Design, Optimization, Languages and Analytical Processing of Big Data, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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https://hal.science/hal-02285736/file/Paper21-TLe.pdf BibTex
titre
Dynamic estimation for medical data management in a cloud federation
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent D ′ Orazio
article
International Workshop on Data Analytics solutions for Real-LIfe APplications, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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https://hal.science/hal-02285762/file/DARLIAP_5.pdf BibTex
titre
Accelerating Itemset Sampling using Satisfiability Constraints on FPGA
auteur
Mael Gueguen, Olivier Sentieys, Alexandre Termier
article
DATE 2019 - 22nd IEEE/ACM Design, Automation and Test in Europe, Mar 2019, Florence, Italy. pp.1046-1051, ⟨10.23919/DATE.2019.8714932⟩
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https://inria.hal.science/hal-01941862/file/main.pdf BibTex
titre
A Belief Approach for Detecting Spammed Links in Social Networks
auteur
Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
International Conference on Agents and Artificial Intelligence, Feb 2019, Prague, Czech Republic
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https://hal.science/hal-02064966/file/ICAART_CamReady.pdf BibTex
titre
Prédiction de liens dans les graphes de connaissances avec les concepts de plus proches voisins
auteur
Sébastien Ferré
article
Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2019, Metz, France
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https://inria.hal.science/hal-02281775/file/paper-fr.pdf BibTex
titre
Localized Random Shapelets
auteur
Maël Guilleme, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Xavier Renard
article
International Workshop on Advanced Analysis and Learning on Temporal Data, 2019, Wurzburg, Germany. pp.85-97, ⟨10.1007/978-3-030-39098-3_7⟩
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https://hal.science/hal-02513295/file/Paper_16_AALTD_2019.pdf BibTex

Book sections

titre
An Improved Fuzzy Analytical Hierarchy Process for K-Representative Skyline Web Services Selection
auteur
Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader, Karim Benouaret
article
Modelling and Implementation of Complex Systems, pp.312-328, 2019, 978-3-030-05481-6. ⟨10.1007/978-3-030-05481-6_24⟩
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BibTex
titre
On Categorial Grammatical Inference and Logical Information Systems
auteur
Denis Béchet, Annie Foret
article
Logic and Algorithms in Computational Linguistics 2018, Series: Advances in Intelligent Systems and Computing, Volume 860, pp.125-153, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-30077-7_6⟩
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BibTex
titre
Measuring the Expertise of Workers for Crowdsourcing Applications
auteur
Jean-Christophe Dubois, Laetitia Gros, Mouloud Kharoune, Yolande Le Gall, Arnaud Martin, Zoltán Miklós, Hosna Ouni
article
Advances in Knowledge Discovery and Management, pp.139-157, 2019
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https://hal.science/hal-02162937/file/AKDM_final.pdf BibTex
titre
Discriminant chronicle mining
auteur
Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
article
B. Pinaud; F. Guillet; F. Gandon and C. Largeron. Advances in Knowledge Discovery and Management (vol 8), Springer, Cham, pp.89-118, 2019, Advances in Knowledge Discovery and Management, 978-3-030-18128-4. ⟨10.1007/978-3-030-18129-1_5⟩
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https://inria.hal.science/hal-01940146/file/AKDM_final.pdf BibTex
titre
Conflict management in information fusion with belief functions
auteur
Arnaud Martin
article
Eloi Bossé; Galina L. Rogova. Information quality in information fusion and decision making, pp.79-97, 2019, Information Fusion and Data Science, 978-3-030-03643-0
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https://hal.science/hal-01586671/file/conflict.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Artificial Intelligence for decision support in dynamic systems: Diagnosis, Prediction, Recommendation of actions
auteur
Christine Largouët
article
Intelligence artificielle [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2019
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https://inria.hal.science/tel-02437159/file/HDR-finale.pdf BibTex
titre
Quality Management of Information Systems - A Human-Centric Point of View
auteur
Virginie Thion
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2019
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https://inria.hal.science/tel-02407434/file/hdr_thion.pdf BibTex

Special issue

titre
IA & réseaux sociaux
auteur
Arnaud Martin, Philippe Morignot, Dominique Longin
article
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 103, 2019, Association Française d'Intelligence Artificielle
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https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04571327/file/103_jan19.pdf BibTex
titre
Intelligence artificielle et réseaux sociaux
auteur
Arnaud Martin
article
Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 103, 2019
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Master thesis

titre
Linear programming for metabolic network completion
auteur
Kerian Thuillier
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
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https://inria.hal.science/hal-02408003/file/Rapport_Stage.pdf BibTex
titre
De novo long reads assembly using integer linear programming
auteur
Victor Epain
article
Operations Research [math.OC]. 2019
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https://inria.hal.science/hal-02413832/file/M1_BioInformatic_Internship_report_EPAIN_Victor.pdf BibTex
titre
Search engine for genomic sequencing data
auteur
Téo Lemane
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02410102/file/RapportM2_TeoLemane.pdf BibTex
titre
Regulation of genes regulating fecondity and early embryonic development by miRNAs in the Medaka fish
auteur
Fanny Casse Encadrée
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02192476/file/CASSE_Fanny_rapport.pdf BibTex
titre
Faster SPARQL Federated Queries
auteur
Antoine Abel
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02269417/file/ABEL_Antoine_rapport.pdf BibTex
titre
Evaluation of the public databases' relevance as comprehensive tools for pharmacological mechanisms
auteur
Pierre Beaudier
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02191210/file/BEAUDIER_Pierre_rapport.pdf BibTex
titre
Stockage d'information sur ADN
auteur
Ariane Badual
article
Biotechnologie. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02401641/file/rapport_Ariane_Badoual_Stockage_ADN.pdf BibTex
titre
Caractérisation en modules fonctionnels de la famille de protéines ADAMTS / ADAMTSL
auteur
Olivier Dennler
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02403084/file/Rapport_M2_Olivier_Dennler.pdf BibTex

Other publications

titre
L’intelligence naturelle : la science des données de l’IA
auteur
Arnaud Martin
article
The Conversation L’expertise universitaire, l’exigence journalistique, 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02306082/file/ArticleTheConversation.pdf BibTex

Poster communications

titre
Advanced Coding Schemes for DNA-Based Data Storage Using Nanopore Sequencing Technologies
auteur
Dominique Lavenier, Emeline Roux, Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum
article
Journées CominLabs 2019, Nov 2019, Rennes, France. 2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02400656/file/DNA-Storage.pdf BibTex
titre
ISNLP on AI for Education - Exploratory action 2019 : Exploratory experiments combining Information Systems and Natural Language Processing
auteur
Annie Foret
article
Cominlabs days, Nov 2019, Rennes, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02462991/file/2019-poster-CominLabs-A0-portrait_2019_ISNLP-18nov.pdf BibTex
titre
SVJedi : Structural variation genotyping using long reads
auteur
Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02290884/file/Lecompte_HiTSeq2019_poster.pdf BibTex
titre
Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
auteur
Hugo Talibart, François Coste
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02402687/file/compotts-poster-abstract-jobim2019.pdf BibTex
titre
Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
auteur
Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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https://inria.hal.science/hal-02267357/file/f1000research-258489.pdf BibTex
titre
Error Correction Schemes for DNA Storage with Nanopore Sequencing
auteur
Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum, Dominique Lavenier, Emeline Roux
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02400744/file/jobim_2019.pdf BibTex
titre
From genomics to metagenomics: benchmark of variation graphs
auteur
Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02284559/file/poster_jobim_v4.pdf BibTex
titre
Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis
auteur
Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anne Siegel
article
JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02193860/file/PosterJOBIM19.pdf BibTex

Documents associated with scientific events

titre
Understanding the evolution of science: analyzing evolving term co-occurrence graphs with spectral techniques
auteur
Zoltan Miklos, Mickaël Foursov, Franklin Lia, Ian Jeantet, David Gross-Amblard
article
Third international workshop on advances on managing and mining evolving graphs (LEG@ECMLPKDD), Sep 2019, Würzburg, Germany
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02195026/file/leg2019_Miklos_cameraRady.pdf BibTex
titre
Interface for collecting answers to equivocal questions for crowdsourcing
auteur
Constance Thierry, Yolande Le Gall, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak
article
Workshop Visualization & HCI for Crowd-Sourcing, Jun 2019, Clermont-Ferrand, France
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https://inria.hal.science/hal-02402853/file/Workshop_VizCrowd_2019.pdf BibTex

Proceedings

titre
Actes de la COnférence en Recherche d'Informations et Applications - CORIA 2018, Rennes, France, 16/05/2018 - 18/05/2018
auteur
Josiane Mothe, Peggy Cellier, Anne-Laure Ligozat
article
COnférence en Recherche d'Informations et Applications - CORIA 2018, ARIA : Association Francophone de Recherche d'Information et Applications, 2019
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Reports

titre
Kartu-Verbs: A Semantic Web Base of Inflected Verb Forms for the Georgian Language
auteur
Mireille Ducassé
article
[Research Report] IRISA. 2019
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https://hal.science/hal-02460975/file/Ducasse_Mireille-TR_Georgian_Verb_project-Dec_2019.pdf BibTex
titre
Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
[Technical Report] LIX, Ecole polytechnique; Inria Saclay. 2019
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https://inria.hal.science/hal-02266517/file/main.pdf BibTex

Theses

titre
A search space of graph motifs for graph compression : from Powergraphs to triplet concepts
auteur
Lucas Bourneuf
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2019. English. ⟨NNT : 2019REN1S060⟩
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https://theses.hal.science/tel-02509459/file/BOURNEUF_Lucas.pdf BibTex
titre
Data Management in a Cloud Federation
auteur
Trung Dung Le, Ecole Doctorale, Abdelkader Hameurlain, Karine Zeitouni
article
Computer Science [cs]. Rennes 1, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/tel-02931831/file/ThesisTrungDungLe.pdf BibTex
titre
MODELLING INTERACTIONS BETWEEN NODES IN A CREDIBILIST SOCIAL NETWORK
auteur
Salma Ben Dhaou
article
Artificial Intelligence [cs.AI]. Institut Supérieur de Gestion de Tunis, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/tel-02144176/file/FinalVersionThesis.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
auteur
Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltán Miklós
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02397971/file/Main.pdf BibTex
titre
Earthquake Early Warning Dataset
auteur
Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
article
2019
Accès au bibtex
BibTex
titre
The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga
auteur
Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Méziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E Minoche, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F Peters, Anne Siegel, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
2019
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02333021/file/307165.full.pdf BibTex
titre
Data Centric Workflows for Crowdsourcing
auteur
Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Rituraj Singh, Zoltán Miklós
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-01976280/file/compwork.pdf BibTex
titre
Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations
auteur
Romuald Laso-Jadart, Kevin Sugier, Emmanuelle Petit, Karine Labadie, Pierre Peterlongo, Christophe Ambroise, Patrick Wincker, Jean-Louis Jamet, Mohammed-Amin Madoui
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-02275928/file/599076.full.pdf BibTex
titre
Deep learning languages: a key fundamental shift from probabilities to weights?
auteur
François Coste
article
2019
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https://inria.hal.science/hal-02235207/file/probxit.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea
auteur
Majda Arif, Jérémy Gauthier, Kevin Sugier, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Pierre Peterlongo, Mohammed-Amin Madoui
article
Molecular Ecology Resources, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
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https://inria.hal.science/hal-01987200/file/disco_nana%20%281%29.pdf BibTex
titre
Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda
auteur
Yves Moné, Sandra Nhim, Sylvie Gimenez, Fabrice Legeai, Imène Séninet, Hugues Parrinello, Nicolas Negre, Emmanuelle d'Alençon
article
BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-5119-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-01926342/file/s12864-018-5119-6 BibTex
titre
A belief combination rule for a large number of sources
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
article
Journal of Advances in Information Fusion, 2018, 13 (2)
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https://hal.science/hal-01883239/file/LNS_combination_rule_reviseJAIF%20%281%29.pdf BibTex
titre
Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
auteur
Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jousselin, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
article
Microbiome, 2018, 6 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s40168-018-0562-9⟩
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https://hal.science/hal-01926402/file/Guyomar2018.pdf BibTex
titre
Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
auteur
Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Audric Cologne, Sophie Terrone, Louis Dulaurier, Jean-Baptiste Claude, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
article
Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-21770-7⟩
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https://inria.hal.science/hal-01924204/file/s41598-018-21770-7.pdf BibTex
titre
A broad genomic panel of microsatellite loci from Brycon orbignyanus (Characiformes: Bryconidae) an endangered migratory Neotropical fish
auteur
Gabriel Yazbeck, Rafael Sachetto Oliveira, José Mauro Ribeiro, Raíssa Graciano, Rosiane Santos, Fausto Carmo, Dominique Lavenier
article
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.1-5. ⟨10.1038/s41598-018-26623-x⟩
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BibTex
titre
Hybrid Metabolic Network Completion
auteur
Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
article
Theory and Practice of Logic Programming, 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩
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https://inria.hal.science/hal-01936778/file/1808.04149.pdf BibTex
titre
Genome sequence of the wheat stem sawfly, Cephus cinctus, representing an early-branching lineage of the Hymenoptera, illuminates evolution of hymenopteran chemoreceptors
auteur
Robert Robertson, Robert Waterhouse, Kimberly Walden, Livio Ruzzante, Maarten Reijnders, Brad Coates, Fabrice Legeai, Joanna Gress, Sezgi Biyiklioglu, David Weaver, Kevin Wanner, Hikmet H. Budak
article
Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (11), pp.2997-3011. ⟨10.1093/gbe/evy232⟩
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https://inria.hal.science/hal-01926352/file/evy232.pdf BibTex
titre
Parallel Processing Strategies for Skyline Queries Tolerant to Outliers
auteur
Pierre Nerzic, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
article
International Journal of Intelligent Systems, 2018, 33 (10), pp.1992-2018
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BibTex
titre
A soft computing approach to big data summarization
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Ronald Yager, Pierre Nerzic
article
Fuzzy Sets and Systems, 2018, 348, pp.4-20
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BibTex
titre
MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis
auteur
Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Aurélie Le Cam, Anne Siegel, Julien Bobe, Violette Thermes
article
PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
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https://hal.science/hal-01871468/file/2018_Thermes_PlosOne.pdf BibTex
titre
An Evidential Method for Correcting Noisy Information in Social Network
auteur
Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
article
Online Social Networks and Media, 2018, Volume 7, pp.30-44
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https://hal.science/hal-01868866/file/AcceptedPaper.pdf BibTex
titre
Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
auteur
Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
article
Bioinformatics, 2018, 34 (17), pp.i934 - i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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titre
Learning maximum excluding ellipsoids from imbalanced data with theoretical guarantees
auteur
Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
article
Pattern Recognition Letters, 2018, 112, pp.310-316. ⟨10.1016/j.patrec.2018.08.016⟩
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https://hal.science/hal-01878830/file/PRL_format.pdf BibTex
titre
Introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
auteur
Derek Greene, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Jesse Davis
article
Data Mining and Knowledge Discovery, 2018, 32 (5), pp.1177-1178. ⟨10.1007/s10618-018-0586-6⟩
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BibTex
titre
Guest editors introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
auteur
Jesse Davis, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Derek Greene
article
Machine Learning, 2018, 107 (8-10), pp.1207-1208. ⟨10.1007/s10994-018-5745-x⟩
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BibTex
titre
Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races
auteur
Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Fabrice Legeai, Lucie Mieuzet, Carole Smadja, Claire Lemaitre, Renaud Vitalis, Jean-Christophe Simon
article
Molecular Ecology, 2018, 27 (16), pp.3287 - 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩
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BibTex
titre
A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems
auteur
Arnaud Meng, Camille Marchet, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Eric Pelletier, Ian Probert, Johan Decelle, Stéphane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner
article
Microbiome, 2018, pp.1-35. ⟨10.1186/s40168-018-0481-9⟩
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https://hal.science/hal-01643153/file/s40168-018-0481-9.pdf BibTex
titre
Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants
auteur
Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, Jonghee Oh, Marimuthu Murugan, Michael Smith, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Frank White, James Carolan, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
article
Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩
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https://hal.science/hal-01891942/file/hal-01891942.pdf BibTex
titre
Combination of classifiers with optimal weight based on evidential reasoning
auteur
Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin
article
IEEE Transactions on Fuzzy Systems, 2018, 26 (3), pp.1217_1230. ⟨10.1109/TFUZZ.2017.2718483⟩
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https://hal.science/hal-01588701/file/FinalVersion.pdf BibTex
titre
Finding Maximum Cliques on the D-Wave Quantum Annealer
auteur
Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Georg Hahn, Guillaume Rizk
article
Journal of Signal Processing Systems, 2018, ⟨10.1007/s11265-018-1357-8⟩
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https://hal.science/hal-01920397/file/Chapuis2018_Article_FindingMaximumCliquesOnTheD-Wa.pdf BibTex
titre
Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models
auteur
Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, Maria-Paz Cortés, Sebastián N Mendoza, Gregory Carrier, Olivier Dameron, Nicolas Guillaudeux, Mauricio Latorre, Nicolas Loira, Gabriel V Markov, Alejandro Maass, Anne Siegel
article
PLoS Computational Biology, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01807842/file/journal.pcbi.1006146.pdf BibTex
titre
De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae)
auteur
Bernhard Gschloessl, Franck Dorkeld, Philippe Audiot, Anthony Bretaudeau, Carole Kerdelhue, Rejane Streiff
article
Data in Brief, 2018, 17, pp.781-787. ⟨10.1016/j.dib.2018.01.073⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02627842/file/2018_Gschloessl_Data%20in%20Brief_1.pdf BibTex
titre
Modal logics of sabotage revisited
auteur
Guillaume Aucher, Johan Van Benthem, Davide Grossi
article
Journal of Logic and Computation, 2018, 28 (2), pp.269 - 303. ⟨10.1093/logcom/exx034⟩
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https://inria.hal.science/hal-01827076/file/RevisedProof.pdf BibTex
titre
Global Optimization for Scaffolding and Completing Genome Assemblies
auteur
Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
article
Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2018
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https://inria.hal.science/hal-03697534/file/main.pdf BibTex
titre
From medico-administrative databases analysis to care trajectories analytics: an example with the French SNDS
auteur
Erwan Drezen, Thomas Guyet, André Happe
article
Fundamental & Clinical Pharmacology, 2018, 32 (1), pp.78-80. ⟨10.1111/fcp.12323⟩
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https://inria.hal.science/hal-01631802/file/FCP12323_PEPS_DrezenGuyetHappe_2017.pdf BibTex
titre
TOXsIgN: a cross-species repository for toxicogenomic signatures
auteur
Thomas A. Darde, Pierre Gaudriault, Rémi Béranger, Clement Lancien, Annaelle Caillarec-Joly, Olivier Sallou, Nathalie Bonvallot, Cécile Chevrier, Séverine Mazaud-Guittot, Bernard Jégou, Olivier Collin, Emmanuelle Becker, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
article
Bioinformatics, 2018, 34 (12), pp.2116-2122. ⟨10.1093/bioinformatics/bty040⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01863047/file/Darde%20-%20TOXsIgN.pdf BibTex
titre
Computational pan-genomics: status, promises and challenges
auteur
Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
article
Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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https://inria.hal.science/hal-01390478/file/Brief%20Bioinform-2016--bib-bbw089.pdf BibTex
titre
Semantic caching framework, an application to FPGA-based application for IoT security monitoring
auteur
Laurent d'Orazio, Julien Lallet
article
Open Journal of Internet of Things, 2018
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https://hal.science/hal-01857359/file/paper.pdf BibTex
titre
Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data
auteur
Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
article
PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩
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https://hal.science/hal-01897020/file/preprint.pdf BibTex
titre
Data Science Techniques for Sustainable Dairy Management
auteur
Kévin Fauvel, Véronique Masson, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
article
ERCIM News, 2018, 113, pp.29-30
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https://hal.inrae.fr/hal-02623595/file/2018_Fauvel_ERCIM%20News_1.pdf BibTex
titre
SELP: Semi-supervised evidential label propagation algorithm for graph data clustering
auteur
Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhunga Liu
article
International Journal of Approximate Reasoning, 2018, 92, pp.139-154. ⟨10.1016/j.ijar.2017.09.008⟩
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https://hal.science/hal-01668379/file/selp_ijar_paper.pdf BibTex
titre
De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
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https://hal.science/hal-01643156/file/NAR_CARNAC_reviews.pdf BibTex

Conference papers

titre
Adaptive Time, Monetary Cost Aware Query Optimization on Cloud Database Systems
auteur
Chenxiao Wang, Zach Arani, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
article
International workshop on Scalable Cloud Data Management (SCDM@BigData), Dec 2018, Seattle, United States
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https://hal.science/hal-01962218/file/PID5688543.pdf BibTex
titre
Combination of supervised learning and unsupervised learning based on object association for land cover classification
auteur
Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
article
DICTA2018, Dec 2018, Canberra, Australia
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01922096/file/dicta.pdf BibTex
titre
An efficient multi-objective genetic algorithm for cloud computing: NSGA-G
auteur
Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
article
International Workshop on Benchmarking, Performance Tuning and Optimization for Big Data Applications (BPOD), Dec 2018, Seattle, United States
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https://hal.science/hal-01962235/file/BPOD2018_Dung.pdf BibTex
titre
Sparklis over PEGASE Knowledge Graph: A New Tool for Pharmacovigilance
auteur
Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
article
International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS), Dec 2018, Antwerpen, Belgium
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https://inria.hal.science/hal-01976825/file/PEGASE___Ongoing_Papers.pdf BibTex
titre
A Hybrid MCDM Framework for Efficient Web Services Selection Based on QoS
auteur
Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader
article
2018 International Conference on Applied Smart Systems (ICASS), Nov 2018, Medea, Algeria. pp.1-6
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BibTex
titre
Conciliation of medicine systems disease maps and other molecular interaction networks using logical properties of ontology
auteur
Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
article
Data Integration in the Life Sciences 5DILS 2018), Nov 2018, Hannover, Germany
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BibTex
titre
Converting Alzheimer's disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data
auteur
Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
article
DILS 2018 - 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9
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https://hal.science/hal-01917742/file/Henry_et_al_ORCID.pdf BibTex
titre
Contributors profile modelization in crowdsourcing platforms
auteur
Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
article
27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
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https://hal.science/hal-01920669/file/main.pdf BibTex
titre
Génération efficace de résumés linguistiques estimés
auteur
Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
article
LFA 2018 - 27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
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BibTex
titre
Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
JFO 2018 - 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6
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https://hal.science/hal-01912046/file/article-jfo.pdf BibTex
titre
Tree-based Cost-Sensitive Methods for Fraud Detection in Imbalanced Data
auteur
Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
article
IDA 2018 - 17th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Oct 2018, ‘s-Hertogenbosch, Netherlands. pp.213-224, ⟨10.1007/978-3-030-01768-2_18⟩
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https://hal.science/hal-01895967/file/CSTree.pdf BibTex
titre
Rewriting-Based Query Answering for Semantic Data Integration Systems
auteur
Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
article
BDA: Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2018, Bucarest, Romania
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https://hal.science/hal-01927282/file/bda.pdf BibTex
titre
Answering Provenance-Aware Queries on RDF Data Cubes under Memory Budgets
auteur
Luis Galárraga, Kim Ahlstrøm, Katja Hose, Torben Bach Pedersen
article
ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.547-565, ⟨10.1007/978-3-030-00671-6_32⟩
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https://inria.hal.science/hal-01931333/file/paper.pdf BibTex
titre
Admissible generalizations of examples as rules (2018)
auteur
Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
article
One-day Workshop on Machine Learning and Explainability, Christel Vrain, Université d' Orléans, Oct 2018, Orléans, France
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https://inria.hal.science/hal-01940129/file/Presentation_PTV_WS_Interpretability.pdf BibTex
titre
Browsing Linked Data Catalogs with LODAtlas
auteur
Emmanuel Pietriga, Hande Gözükan, Caroline Appert, Marie Destandau, Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
article
ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.137-153, ⟨10.1007/978-3-030-00668-6_9⟩
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https://inria.hal.science/hal-01827766/file/LODAtlas-ISWC2018.pdf BibTex
titre
Evidential community detection based on density peaks
auteur
Kuang Zhou, Quan Pan, Arnaud Martin
article
BELIEF 2018 - The 5th International Conference on Belief Functions, Sep 2018, Compiègne, France
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https://hal.science/hal-01882803/file/EDPC_belief2018.pdf BibTex
titre
Evidential Independence Maximization on Twitter Network
auteur
Siwar Jendoubi, Mouna Chebbah, Arnaud Martin
article
5th International Conference, Belief 2018, Sep 2018, Compiègne, France
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https://hal.science/hal-01879620/file/BELIEF-1.pdf BibTex
titre
An empirical study to determine the optimal k in Ek-NNclus method
auteur
Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
article
5th International Conference on Beleif Functions (BELIEF2018), BFAS, Sep 2018, Compiègne, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01880400/file/main.pdf BibTex
titre
Day-ahead time series forecasting: application to capacity planning
auteur
Colin Leverger, Vincent Lemaire, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Laurence Rozé
article
AALTD'18 - 3nd ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2018, Dublin, Ireland
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01912002/file/ts_workshop_cl.pdf BibTex
titre
KaSa: A Static Analyzer for Kappa
auteur
Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, Nathalie Théret, Pierre Vignet
article
CMSB 2018 - 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01888951/file/cmsb2018.pdf BibTex
titre
Mining Periodic Patterns with a MDL Criterion
auteur
Esther Galbrun, Peggy Cellier, Nikolaj Tatti, Alexandre Termier, Bruno Crémilleux
article
ECML/PKDD 2018 European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.535-551, ⟨10.1007/978-3-030-10928-8_32⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01951722/file/393.pdf BibTex
titre
Predicting Pass Receiver In Football Using Distance Based Features
auteur
Yann Dauxais, Clément Gautrais
article
MLSA 2018 - 5th Workshop on Machine Learning and Data Mining for Sports Analytic of ECML/PKDD, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.1-7
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01912616/file/dauxais_mlsa18.pdf BibTex
titre
Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
auteur
Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
article
ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943
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https://inria.hal.science/hal-01946860/file/Frioux%20et%20al.%20-%202018%20-%20Scalable%20and%20exhaustive%20screening%20of%20metabolic%20functions%20carried%20out%20by%20microbial%20consortia.pdf BibTex
titre
Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction
auteur
François Coste, Jacques Nicolas
article
ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168
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https://inria.hal.science/hal-01872266/file/coste18.pdf BibTex
titre
How to measure the topological quality of protein parse trees?
auteur
Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
article
ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 - 138
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https://inria.hal.science/hal-01938608/file/pyzik18.pdf BibTex
titre
A clustering model for uncertain preferences based on belief functions
auteur
Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
article
DaWaK: Data Warehousing and Knowledge Discovery, Sep 2018, Regensburg, Germany. ⟨10.1007/978-3-319-98539-8_9⟩
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https://hal.science/hal-01880391/file/llncs.pdf BibTex
titre
Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics
auteur
Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue
article
28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩
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https://hal.science/hal-01826564/file/main.pdf BibTex
titre
Responsive and Flexible Controlled Natural Language Authoring with Zipper-based Transformations
auteur
Sébastien Ferré
article
International Workshop on Controlled Natural Languages (CNL), Aug 2018, Dublin, Ireland
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https://inria.hal.science/hal-01976766/file/paper.pdf BibTex
titre
Precision feeding of lactating sows: development of a decision support tool to handle variability
auteur
Raphaël Gauthier, Fréderic Guay, Ludovic Brossard, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad
article
69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
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https://hal.science/hal-01949645/file/Gauthier%202018_1.pdf BibTex
titre
Are your data gathered? The Folding Test of Unimodality
auteur
Alban Siffer, Pierre-Alain Fouque, Alexandre Termier, Christine Largouët
article
KDD 2018 - 24th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery & Data Minin, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.2210-2218, ⟨10.1145/3219819.3219994⟩
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https://hal.science/hal-01951676/file/siffer_kdd18.pdf BibTex
titre
An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA
auteur
Lucas Bourneuf
article
FCA4AI'18 - 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12
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https://hal.science/hal-01945938/file/FCA4AI_18___biseau.pdf BibTex
titre
Efficient Generation of Reliable Estimated Linguistic Summaries
auteur
Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
article
IEEE International Conference on Fuzzy Systems , Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil
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https://hal.science/hal-01854298/file/180201.pdf BibTex
titre
Improving Hamming distance-based fuzzy join in MapReduce using Bloom Filters
auteur
Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent D’orazio
article
FUZZ-IEEE 2018 - International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.1-7, ⟨10.1109/FUZZ-IEEE.2018.8491658⟩
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https://hal.science/hal-01857386/file/18fuzzieee.pdf BibTex
titre
Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids
auteur
Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart
article
ISMB 2018 - 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States
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BibTex
titre
queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie
auteur
Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
article
Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2
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https://hal.science/hal-01834137/file/queryMed.pdf BibTex
titre
Breton-français et numérique, projet LangNum-br-fr (phase conception)
auteur
Annie Foret
article
Conférence Langues et numérique 2018, Jul 2018, Paris, France
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https://inria.hal.science/hal-01959451/file/Pour%20les%20actes%202018%20de%20L%26N-br-fr.pdf BibTex
titre
CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
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https://hal.science/hal-01930211/file/jobim_carnac.pdf BibTex
titre
Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer's disease
auteur
Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
article
DMCM 2018 - 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
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https://hal.science/hal-01873474/file/DiseaseMapMeeting_2018_VHenry.pdf BibTex
titre
Un algorithme de pondération de la F-Mesure par pondération des erreurs de classfication.
auteur
Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
article
Conférence pour l'Apprentissage Automatique, Jun 2018, Saint-Etienne du Rouvray, France
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BibTex
titre
Mixed Integer Linear Programming Approach for a Distance-Constrained Elementary Path Problem
auteur
Sébastien Francois, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Metodi Traikov, Nicola Yanev
article
CTW 2018 - 16th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2018, Paris, France. pp.1-4
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https://inria.hal.science/hal-01937008/file/DCEP_CTW.pdf BibTex
titre
Independence of Sources in Social Networks
auteur
Manel Chehibi, Mouna Chebbah, Arnaud Martin
article
Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems. Theory and Foundations - 17th International Conference, IPMU, Jun 2018, Cadiz, Spain
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https://hal.science/hal-01823784/file/IPMU18.pdf BibTex
titre
On Dissimilarity Measures at the Fuzzy Partition Level
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Toan Ngoc Duong
article
17th International Conference on Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems, Jun 2018, Cadiz, Spain
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https://inria.hal.science/hal-01741885/file/dissimilarityMeasuresAtPartitionLevel-VF.pdf BibTex
titre
How Hierarchies of Concept Graphs Can Facilitate the Interpretation of RCA Lattices?
auteur
Sébastien Ferré, Peggy Cellier
article
International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2018, Olomouc, Czech Republic
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https://inria.hal.science/hal-01976754/file/CLA_2018___RCA_Graph_Patterns.pdf BibTex
titre
Answers Partitioning and Lazy Joins for Efficient Query Relaxation and Application to Similarity Search
auteur
Sébastien Ferré
article
Extended Semantic Web Conference (ESWC), Jun 2018, Heraklion, Greece
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https://hal.science/hal-01945454/file/paper2.pdf BibTex
titre
Gioqoso, an online Quality Assessment Tool for Music Notation
auteur
Francesco Foscarin, David Fiala, Florent Jacquemard, Philippe Rigaux, Virginie Thion
article
4th International Conference on Technologies for Music Notation and Representation (TENOR'18), Sandeep Bhagwati and Jean Bresson, May 2018, Montreal, Canada
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https://inria.hal.science/hal-01895171/file/tenor18.pdf BibTex
titre
Formal analysis of natural language requirements for the design of cyber-physical systems
auteur
Aurélien Lamercerie
article
TALN 2018 - Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, May 2018, Rennes, France. pp.1-13
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https://inria.hal.science/hal-01970134/file/TALN%202018%20-%20Analyse%20exigences%20LN%20pour%20conception%20SCP.pdf BibTex
titre
Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
article
RECOMB 2018, Apr 2018, Paris, France
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https://arxiv.org/pdf/1711.03336 BibTex
titre
A Differentially Private Index for Range Query Processing in Clouds
auteur
Cetin Sahin, Tristan Allard, Reza Akbarinia, Amr El Abbadi, Esther Pacitti
article
34th IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2018, Paris, France. pp.857-868, ⟨10.1109/ICDE.2018.00082⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01886725/file/PINED-RQ-ICDE2018.pdf BibTex
titre
Fuzzy Query By Example
auteur
Aurélien Moreau, Olivier Pivert, Grégory Smits
article
SAC 2018 - The 33rd ACM/SIGAPP Symposium On Applied Computing, Apr 2018, Pau, France
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https://hal.science/hal-01662908/file/sac18.pdf BibTex
titre
Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé
auteur
Jérémy Yon, Nathalie Bareille, Bertrand Bed'Hom, Xavier Berthelot, Sylvie Combes, Olivier Dameron, Gilles Foucras, Alexandre Journaux, Frédéric Launay, Pierre-Yves Le Bail, Nathalie Le Floc'H, Mélanie Martignon, Claire Nédellec, Marie-Hélène Pinard-van Der Laan, Edwige Quillet, Marie-Christine Meunier-Salaün
article
Journées d'Animation Scientifique du département Phase (JAS Phase 2018), Apr 2018, Rennes, France
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BibTex
titre
Global optimization approach for circular and chloroplast genome assembly
auteur
Sébastien Francois, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
article
BICoB 2018 - 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, Mar 2018, Las Vegas, United States. pp.1-11, ⟨10.1101/231324⟩
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https://inria.hal.science/hal-01666830/file/BIORXIV-2017-231324v1-Andonov.pdf BibTex
titre
An Experimental Approach For Information Extraction in Multi-Party Dialogue Discourse
auteur
Pegah Alizadeh, Peggy Cellier, Thierry Charnois, Bruno Crémilleux, Albrecht Zimmermann
article
CICLing 2018 - 19th International Conference on Computational Linguistics and Intelligent Text Processing, Mar 2018, Hanoi, Vietnam. pp.1-14
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https://hal.science/hal-01804147/file/CICLING2018.pdf BibTex
titre
PerForecast : un outil de prévision de l'évolution de séries temporelles pour le planning capacitaire
auteur
Colin Leverger, Régis Marguerie, Vincent Lemaire, Thomas Guyet, Simon Malinowski
article
EGC 2018 - Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France. pp.455-458
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https://inria.hal.science/hal-01911243/file/perforecast.pdf BibTex
titre
Fouille de motifs temporels négatifs
auteur
Katerina Tsesmeli, Manel Boumghar, Thomas Guyet, René Quiniou, Laurent Pierre
article
EGC 2018 - 18ème Conférence Internationale sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2018, Paris, France. pp.263-268
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https://inria.hal.science/hal-01657540/file/paper.pdf BibTex
titre
Exploration de résumés personnalisés de données
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert
article
Extraction et Gestion de Connaissances, Jan 2018, Paris, France
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https://inria.hal.science/hal-01741883/file/visu_rewritingVectors.pdf BibTex
titre
A Communication Model that Bridges Knowledge Delivery between Data Miners and Domain Users
auteur
Scarlett Kelly
article
HICSS 2018 - 51th Hawaii International Conference on System Sciences, Jan 2018, Hawaii, United States. pp.192-198
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https://hal.science/hal-01651737/file/A%20Communication%20Model%20Inria%20report%20version.%2011.29.pdf BibTex
titre
A Method to build a Geolocalized Food Price Time Series Knowledge Base analyzable by Everyone
auteur
Johyn Papin, Frédéric Andrès, Laurent d'Orazio
article
Latin America Data Science Workshop (LADaS@VLDB), 2018, Rio de Janeiro, Brazil
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https://hal.science/hal-01857388/file/short_paper_data_science%283%29.pdf BibTex
titre
Sparklis over PEGASE Knowledge Graph: A New Tool for Pharmacovigilance
auteur
Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
article
11th International Conference Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS 2018), 2018, Antwerp, Belgium
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BibTex
titre
FURQL : une extension floue de SPARQL
auteur
Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
INFORSID Conference, 2018, Nantes, France
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BibTex
titre
Mesurer la dissimilarité au niveau d'une partition floue
auteur
Grégory Smits, Olivier Pivert, Toan Ngoc Duong
article
Logique Floue et Applications (LFA), 2018, Arras, France
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BibTex

Book sections

titre
Protection des données personnelles destinées à être publiées : description d’une attaque minimaliste sur un jeu de données pseudonymisé
auteur
Tristan Allard
article
La justice prédictive, 60, Dalloz, 2018, Archives de Philosophie du droit, 2247182288
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BibTex
titre
Inductive Learning from State Transitions over Continuous Domains
auteur
Tony Ribeiro, Sophie Tourret, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Domenico Borzacchiello, Francisco Chinesta, Olivier Roux, Katsumi Inoue
article
27th International Conference on Inductive Logic Programming, LNCS, volume 10759, Springer, Cham, pp.124-139, 2018, Inductive Logic Programming, ⟨10.1007/978-3-319-78090-0_9⟩
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https://hal.science/hal-01655644/file/main.pdf BibTex
titre
Fuzzy Preference Queries to NoSQL Graph Databases
auteur
Arnaud Castelltort, Anne Laurent, Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
article
Olivier Pivert. NoSQL Data Models – Trends and Challenges, 1 (Chapter 6), pp.167-201, 2018, 9781786303646. ⟨10.1002/9781119528227.ch6⟩
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BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Personnalisation et enrichissement des méthodes d’accès aux données
auteur
Grégory Smits
article
Base de données [cs.DB]. Université Rennes 1, 2018
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https://inria.hal.science/tel-01739707/file/main.pdf BibTex

Master thesis

titre
Modélisation de l’imprécision et de l’incertitude de données dans les plateformes de crowdsourcing
auteur
Constance Thierry
article
Informatique [cs]. 2018
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https://inria.hal.science/hal-03610558/file/RapportPFE_Thierry.pdf BibTex
titre
Prédiction de transcriptome : analyse comparative multi-gènes, orthologues
auteur
Nicolas Guillaudeux
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. 2018
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https://inria.hal.science/hal-01948461/file/M2_NGuillaudeux_181206.pdf BibTex

Books

titre
Scalable Uncertainty Management - 11th International Conference, SUM 2017, Granada, Spain, October 4-6, 2017, Proceedings
auteur
Serafin Moral, Olivier Pivert, Daniel Sánchez, Nicolás Marín
article
2018
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BibTex
titre
NoSQL Data Models – Trends and Challenges
auteur
Olivier Pivert
article
2018
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BibTex
titre
Formal Grammar
auteur
Annie Foret, Reinhard Muskens, Sylvain Pogodalla
article
Springer-Verlag Berlin Heidelberg; Springer, 10686, 2018, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-56343-4⟩
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BibTex

Poster communications

titre
PEGASE: A Knowledge Graph for Search and Exploration in Pharmacovigilance Data
auteur
Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
article
EKAW Posters and Demonstrations, Nov 2018, Nancy, France
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https://inria.hal.science/hal-01976818/file/poster_PEGASE.pdf BibTex
titre
What's New in SPARKLIS
auteur
Sébastien Ferré
article
EKAW Posters and Demonstrations, Nov 2018, Nancy, France
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https://inria.hal.science/hal-01976799/file/demo.pdf BibTex
titre
ComVisMD-A Visualization Tool for Compact Display of Multidimensional Data: An illustration on Cricket Players Data
auteur
Mireille Ducassé, Shridhar B. Dandin
article
IEEE VIS 2018 International Conference, Oct 2018, Berlin, Germany.
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BibTex
titre
The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
auteur
Thomas Alain Darde, Estelle Lecluze, Nathan Alary, Lardenois Aurélie, Olivier Collin, Frank Tüttelmann, Serge Nef, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
article
European Congress of Andrology, Oct 2018, Budapest, Hungary
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BibTex
titre
ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads
auteur
Lolita Lecompte, Camille Marchet, Pierre Morisse, Antoine Limasset, Pierre Peterlongo, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
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https://hal.science/hal-01929900/file/Poster_ELECTOR.pdf BibTex
titre
Simulation of RNA sequencIng with Oxford Nanopore Technologies
auteur
Camille Marchet, Leandro Lima
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01929917/file/RNA_simulator.pdf BibTex
titre
BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
auteur
Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
article
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2018, Marseille (FR), France
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BibTex
titre
Gioqoso, an Online Quality Evaluation Tool for MEI Scores
auteur
Vincent Besson, David Fiala, Philippe Rigaux, Virginie Thion
article
Music encoding conference 2018 (MEC 2018), May 2018, Washington DC, United States. , 2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01708859/file/Poster.pdf BibTex
titre
Reference guided genome assembly in metagenomic samples
auteur
Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
article
RECOMB 2018 - 22nd International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France. pp.1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01934823/file/recomb_Guyomar.pdf BibTex
titre
CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
Accès au bibtex
BibTex
titre
CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01929963/file/marchet-camille-genscale.pdf BibTex
titre
Développement d’un outil de prévision des besoins nutritionnels des truies en lactation. Application à l’alimentation de précision
auteur
Raphaël Gauthier, Fréderic Guay, Ludovic Brossard, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad
article
Journées d’animation scientifiques du département Phase, Apr 2018, Rennes, France. , pp.1, 2018, Journées d’animation scientifiques du département Phase - Recueil des résumés
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https://hal.science/hal-01949603/file/raphael_gauthier_poster.pdf BibTex

Proceedings

titre
Actes de la conférence Traitement Automatique de la Langue Naturelle, TALN 2018
auteur
Anne-Laure Ligozat, Peggy Cellier, Anne-Lyse Minard, Vincent Claveau, Cyril Grouin, Patrick Paroubek
article
Traitement Automatique de la Langue Naturelle, TALN 2018, 2018
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https://hal.science/hal-01843585/file/Actes_TALN2018_vol2.pdf BibTex
titre
Formal Grammar 2018
auteur
Annie Foret, Greg Kobele, Sylvain Pogodalla
article
10950, Springer, 2018, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-57784-4⟩
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BibTex
titre
Belief Functions: Theory and Applications
auteur
Sébastien Destercke, Thierry Denoeux, Fabio Cuzzolin, Arnaud Martin
article
5th International Conference on Belief Functions (BELIEF 2018), Sep 2018, Compiègne, France. 11069, Springer, 2018, Lecture Notes in Computer Science
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BibTex

Reports

titre
Séparation d'haplotypes à partir de données de séquençage de troisième génération
auteur
Maxime Bridoux
article
[Stage] Inria Rennes - Bretagne Atlantique. 2018
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https://hal.science/hal-01933561/file/ENS_Rennes_DIT_L3_2018_paper_32.pdf BibTex
titre
Compact Summaries of Rich Heterogeneous Graphs
auteur
Šejla Čebirić, François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
article
[Research Report] RR-8920, INRIA Saclay; Université Rennes 1. 2018, pp.1-40
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https://inria.hal.science/hal-01325900/file/RR-04072018.pdf BibTex
titre
A SPARQL 1.1 Query Builder for the Data Analytics of Vanilla RDF Graphs
auteur
Sébastien Ferré
article
[Research Report] IRISA Rennes Bretagne Atlantique, équipe LIS. 2018
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https://inria.hal.science/hal-01820469/file/paper_as_report.pdf BibTex
titre
Data Quality Rules for Digital Score Libraries
auteur
David Fiala, Philippe Rigaux, Alice Tacaille, Virginie Thion, Gioqoso Members
article
[Research Report] IRISA, Université de Rennes. 2018, pp.1-28
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https://inria.hal.science/hal-01734821/file/indicateursQt.pdf BibTex
titre
Data Mining for Fault Localization: towards a Global Debugging Process
auteur
Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Sébastien Ferré, Olivier Ridoux
article
[Research Report] INSA RENNES; Univ Rennes, CNRS, IRISA, France. 2018
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https://hal.science/hal-02003069/file/DebuggingAsDataMining.pdf BibTex

Theses

titre
Investigating host-microbiota cooperation with gap-filling optimization problems
auteur
Clémence Frioux
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S058⟩
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https://inria.hal.science/tel-01945853/file/FRIOUX_Clemence.pdf BibTex
titre
Signatures : detecting and characterizing complex recurrent behavior in sequential data
auteur
Clément Gautrais
article
Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S041⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-01984629/file/GAUTRAIS_Clement.pdf BibTex
titre
From reads to transcripts: de novo methods for the analysis of transcriptome second and third generation sequencing.
auteur
Camille Marchet
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : ⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-01939193/file/these.pdf BibTex
titre
Discriminant chronicle mining
auteur
Yann Dauxais
article
Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S052⟩
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https://theses.hal.science/tel-02044269/file/DAUXAIS_Yann.pdf BibTex
titre
Learning commonalities in RDF & SPARQL
auteur
Sara El Hassad
article
Programming Languages [cs.PL]. Université de Rennes, 2018. English. ⟨NNT : 2018REN1S011⟩
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https://theses.hal.science/tel-01835703/file/EL_HASSAD_Sara.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
NegPSpan: efficient extraction of negative sequential patterns with embedding constraints
auteur
Thomas Guyet, René Quiniou
article
2018
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https://inria.hal.science/hal-01743975/file/negpspan_extended.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Vers une démocratisation des outils pour l'exploration de données ?
auteur
Alexandre Termier, Joanna Jongwane
article
Interstices, 2017
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BibTex
titre
Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing
auteur
Maria-Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, Veronica Cambiazo, Alejandro Maass
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩
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https://inria.hal.science/hal-01661270/file/fmicb-08-02462.pdf BibTex
titre
Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species
auteur
Thomas C. Mathers, Yazhou Chen, Gemy Kaithakottil, Fabrice Legeai, Sam T. Mugford, Patrice Baa-Puyoulet, Anthony Bretaudeau, Bernardo Clavijo, Stefano Colella, Olivier Collin, Tamas Dalmay, Thomas Derrien, Honglin Feng, Toni Gabaldon, Anna Jordan, Irene Julca, Graeme J. Kettles, Krissana Kowitwanich, Dominique Lavenier, Paolo Lenzi, Sara Lopez-Gomollon, Damian Loska, Daniel Mapleson, Florian Maumus, Simon Moxon, Daniel R. G. Price, Akiko Sugio, Manuella van Munster, Marilyne Uzest, Darren Waite, Georg Jander, Denis Tagu, Alex C. C. Wilson, Cock van Oosterhout, David Swarbreck, Saskia A. Hogenhout
article
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.27. ⟨10.1186/s13059-016-1145-3⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01500475/file/Rapid%20transcriptional%20plasticity%20of%20duplicated-%20version%20of%20record.pdf BibTex
titre
Two genomes of highly polyphagous lepidopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with different host-plant ranges
auteur
Anaïs Gouin, Anthony Bretaudeau, Kiwoong Nam, Sylvie Gimenez, Jean-Marc Aury, Bernard Duvic, Frederique Hilliou, Nicolas Durand, Nicolas Montagné, Isabelle Darboux, Suyog Kuwar, Thomas Chertemps, David Siaussat, Anne Bretschneider, Yves Moné, Seung-Joon Ahn, Sabine Hänniger, Anne-Sophie Gosselin Grenet, David Neunemann, Florian Maumus, Isabelle Luyten, Karine Labadie, Wei Xu, Fotini A. Koutroumpa, Jean-Michel Escoubas, Angel Llopis, Martine Maïbèche-Coisne, Fanny Salasc, Archana Tomar, Alisha R Anderson, Sher Afzal Khan, Pascaline Dumas, Marion Orsucci, Julie Guy, Caroline Belser, Adriana A. Alberti, Benjamin Noel, Arnaud Couloux, Jonathan Mercier, Sabine Nidelet, Emeric Dubois, Nai-Yong Liu, Isabelle Boulogne, Olivier Mirabeau, Gaelle Le Goff, Karl Gordon, John Oakeshott, Fernando L Consoli, Anne-Nathalie Volkoff, Howard W Fescemyer, James H Marden, Dawn S Luthe, Salvador Herrero, David G Heckel, Patrick Wincker, Gael J Kergoat, Joelle Amselem, Hadi Quesneville, Astrid T Groot, Emmanuelle Jacquin-Joly, Nicolas Nègre, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, Emmanuelle D’alençon, Philippe Fournier
article
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-017-10461-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-01633879/file/Gouin2017.pdf BibTex
titre
Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
auteur
Leandro Lima, Blerina Sinaimeri, Gustavo Sacomoto, Helene Lopez-Maestre, Camille Marchet, Vincent Miele, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
article
Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), pp.2. ⟨10.1186/s13015-017-0091-2⟩
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https://inria.hal.science/hal-01474524/file/13015_2017_Article_91.pdf BibTex
titre
Erratum to: Rapid transcriptional plasticity of duplicated gene clusters enables a clonally reproducing aphid to colonise diverse plant species
auteur
Thomas C. Mathers, Yazhou Chen, Gemy Kaithakottil, Fabrice Legeai, Sam T. Mugford, Patrice Baa-Puyoulet, Anthony Bretaudeau, Bernardo Clavijo, Stefano Colella, Olivier Collin, Tamas Dalmay, Thomas Derrien, Honglin Feng, Toni Gabaldon, Anna Jordan, Irene Julca, Graeme J. Kettles, Krissana Kowitwanich, Dominique Lavenier, Paolo Lenzi, Sara Lopez-Gomollon, Damian Loska, Daniel Mapleson, Florian Maumus, Simon Moxon, Daniel R. G. Price, Akiko Sugio, Manuella Van Munster, Marilyne Uzest, Darren Waite, Georg Jander, Denis Tagu, Alex C. C. Wilson, Cock Van Oosterhout, David Swarbreck, Saskia A. Hogenhout
article
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.63. ⟨10.1186/s13059-017-1202-6⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01588181/file/erratum_1.pdf BibTex
titre
A data warehouse to explore multidimensional simulated data from a spatially distributed agro-hydrological model to improve catchment nitrogen management
auteur
Tassadit Bouadi, Marie-Odile Cordier, Pierre Moreau, René Quiniou, Jordy Salmon-Monviola, Chantal Gascuel
article
Environmental Modelling and Software, 2017, 97, pp.229 - 242. ⟨10.1016/j.envsoft.2017.07.019⟩
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https://inria.hal.science/hal-01597840/file/EMS_T.Bouadi_Submission.pdf BibTex
titre
Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
auteur
Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen, Johannes Dröge, Ivan Gregor, Stephan Majda, Jessika Fiedler, Eik Dahms, Andreas Bremges, Adrian Fritz, Ruben Garrido-Oter, Tue Sparholt Jørgensen, Nicole Shapiro, Philip D Blood, Alexey Gurevich, Yang Bai, Dmitrij Turaev, Matthew Z Demaere, Rayan Chikhi, Niranjan Nagarajan, Christopher Quince, Lars Hestbjerg Hansen, Søren J Sørensen, Burton K H Chia, Bertrand Denis, Jeff L Froula, Zhong Wang, Robert Egan, Dongwan Don Kang, Jeffrey J Cook, Charles Deltel, Michael Beckstette, Claire Lemaitre, Peter Peterlongo, Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Yu-Wei Wu, Steven W Singer, Chirag Jain, Marc Strous, Heiner Klingenberg, Peter Meinicke, Michael D Barton, Thomas Lingner, Hsin-Hung Lin, Yu-Chieh Liao, Genivaldo Gueiros Z Silva, Daniel A Cuevas, Robert A Edwards, Surya Saha, Vitor C Piro, Bernhard y Renard, Mihai Pop, Hans-Peter Klenk, Markus Göker, Nikos C Kyrpides, Tanja Woyke, Julia A Vorholt, Paul Schulze-Lefert, Edward M Rubin, Aaron E Darling, Thomas Rattei, Alice C Mchardy
article
Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
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https://hal.science/hal-01633525/file/099127.full.pdf BibTex
titre
Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
article
Future Generation Computer Systems, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
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https://hal.science/hal-01516082/file/Cohen-Boulakia-etal-reproductibility.pdf BibTex
titre
Platelet soluble CD40-Ligand level is associated with transfusion adverse reactions in a mixed threshold and hit model
auteur
Fabrice Cognasse, Caroline Sut, Elisa Fromont, Sandrine Laradi, Hind Hamzeh-Cognasse, Olivier Garraud
article
Blood, 2017, ⟨10.1182/blood-2017-03-773945⟩
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titre
A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
auteur
Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
article
Journal of Computational Biology, 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩
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titre
Genome scans on experimentally evolved populations reveal candidate regions for adaptation to plant resistance in the potato cyst nematode Globodera pallida.
auteur
Delphine Eoche-Bosy, Matthieu Gautier, Magali Esquibet, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, Olivier Bouchez, Sylvain Fournet, Eric Grenier, Josselin Montarry
article
Molecular Ecology, 2017, 26 (18), pp.4700-4711. ⟨10.1111/mec.14240⟩
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https://inria.hal.science/hal-01605681/file/MainDocument_Eoche-Bosy-et-al.pdf BibTex
titre
Dosage compensation and sex-specific epigenetic landscape of the X chromosome in the pea aphid.
auteur
Gautier Richard, Fabrice Legeai, Nathalie Prunier-Leterme, Anthony Bretaudeau, Denis Tagu, Julie Jaqui