2024
Journal articles
- titre
- Generic and queryable data integration schema for transcriptomics and epigenomics studies
- auteur
- Yael Tirlet, Matéo Boudet, Emmanuelle Becker, Fabrice Legeai, Olivier Dameron
- article
- Computational and Structural Biotechnology Journal, 2024, 23, pp.4232-4241. ⟨10.1016/j.csbj.2024.11.022⟩
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-
- titre
- BioPAX in 2024: Where we are and where we are heading
- auteur
- Cécile Beust, Emmanuelle Becker, Nathalie Théret, Olivier Dameron
- article
- Computational and Structural Biotechnology Journal, 2024, 23, pp.3999-4010. ⟨10.1016/j.csbj.2024.10.045⟩
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-
- titre
- The Galaxy platform for accessible, reproducible, and collaborative data analyses: 2024 update
- auteur
- Linelle Ann L Abueg, Enis Afgan, Olivier Allart, Ahmed Awan, Wendi Bacon, Dannon Baker, Madeline Bassetti, Bérénice Batut, Matthias Bernt, Daniel Blankenberg, Aureliano Bombarely, Anthony Bretaudeau, Catherine Bromhead, Melissa Burke, Patrick Capon, Martin Čech, María Chavero-Díez, John Chilton, Tyler Collins, Frederik Coppens, Nate Coraor, Gianmauro Cuccuru, Fabio Cumbo, John Davis, Paul de Geest, Willem de Koning, Martin Demko, Assunta Desanto, José Manuel Domínguez Begines, Maria Doyle, Bert Droesbeke, Anika Erxleben-Eggenhofer, Melanie Föll, Giulio Formenti, Anne Fouilloux, Rendani Gangazhe, Tanguy Genthon, Jeremy Goecks, Alejandra Beltran, Nuwan Goonasekera, Nadia Goué, Timothy Griffin, Björn Grüning, Aysam Guerler, Sveinung Gundersen, Ove Johan Ragnar Gustafsson, Christina Hall, Thomas Harrop, Helge Hecht, Alireza Heidari, Tillman Heisner, Florian Heyl, Saskia Hiltemann, Hans-Rudolf Hotz, Cameron Hyde, Pratik Jagtap, Julia Jakiela, James Johnson, Jayadev Joshi, Marie Jossé, Khaled Jum’ah, Matúš Kalaš, Katarzyna Kamieniecka, Tunc Kayikcioglu, Markus Konkol, Leonid Kostrykin, Natalie Kucher, Anup Kumar, Mira Kuntz, Delphine Lariviere, Ross Lazarus, Yvan Le Bras, Gildas Le Corguillé, Justin Lee, Simone Leo, Leandro Liborio, Romane Libouban, David López Tabernero, Lucille Lopez-Delisle, Laila Los, Alexandru Mahmoud, Igor Makunin, Pierre Marin, Subina Mehta, Winnie Mok, Pablo Moreno, François Morier-Genoud, Stephen Mosher, Teresa Müller, Engy Nasr, Anton Nekrutenko, Tiffanie Nelson, Asime Oba, Alexander Ostrovsky, Polina Polunina, Krzysztof Poterlowicz, Elliott Price, Gareth Price, Helena Rasche, Bryan Raubenolt, Coline Royaux, Luke Sargent, Michelle Savage, Volodymyr Savchenko, Denys Savchenko, Michael Schatz, Pauline Seguineau, Beatriz Serrano-Solano, Nicola Soranzo, Sanjay Kumar Srikakulam, Keith Suderman, Anna Syme, Marco Antonio Tangaro, Jonathan Tedds, Mehmet Tekman, Anil Thanki, Michael Uhl, Marius van den Beek, Deepti Varshney, Jenn Vessio, Pavankumar Videm, Greg von Kuster, Gregory Watson, Natalie Whitaker-Allen, Uwe Winter, Martin Wolstencroft, Federico Zambelli, Paul Zierep, Rand Zoabi
- article
- Nucleic Acids Research, 2024, 52 (W1), pp.W83-W94. ⟨10.1093/nar/gkae410⟩
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-
- titre
- Multiple deletions of candidate effector genes lead to the breakdown of partial grapevine resistance to downy mildew
- auteur
- Manon Paineau, Andrea Minio, Pere Mestre, Frédéric Fabre, Isabelle Mazet, Carole Couture, Fabrice Legeai, Thomas Dumartinet, Dario Cantu, François Delmotte
- article
- New Phytologist, 2024, 243 (4), pp.1490-1505. ⟨10.1111/nph.19861⟩
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-
- titre
- Combined cytogenetic and molecular methods for taxonomic verification and description of Brassica populations deriving from different origins
- auteur
- Cyril Falentin, Houria Hadj-Arab, Fella Aissiou, Claudia Bartoli, Giuseppe Bazan, Matéo Boudet, Lydia Bousset-Vaslin, Marwa Chwikhi, Olivier Coriton, Gwénaelle Deniot, Julie Ferreira de Carvalho, Laurène Gay, Anna Geraci, Pascal Glory, Virginie Huteau, Riadh Ilahy, Vincenzo Ilardi, José A. Jarillo, Vladimir Meglic, Elisabetta Oddo, Monica Pernas, Manuel Pineiro, Barbara Pipan, Thouraya Rhim, Vincent Richer, Fulvia Rizza, Joelle Ronfort, Mathieu Rousseau-Gueutin, Rosario Schicchi, Lovro Sinkovic, Maryse Taburel, Valeria Terzi, Sylvain Théréné, Mathieu Tiret, Imen Tlili, Marie-Hélène Wagner, Franz Werner Badeck, Anne-Marie Chèvre
- article
- Genetic Resources, 2024, 5 (9), pp.61-71. ⟨10.46265/genresj.ryaj6068⟩
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-
- titre
- Identification of a viral gene essential for the genome replication of a domesticated endogenous virus in ichneumonid parasitoid wasps
- auteur
- Ange Lorenzi, Fabrice Legeai, Véronique Jouan, Pierre-Alain Girard, Michael R Strand, Marc Ravallec, Magali Eychenne, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Jeanne Rochefort, Mathilde Villegas, Gaelen R Burke, Rita Rebollo, Nicolas Nègre, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- PLoS Pathogens, 2024, 20 (4), pp.e1011980. ⟨10.1371/journal.ppat.1011980⟩
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-
- titre
- Leveraging an Isolation Forest to Anomaly Detection and Data Clustering
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
- article
- Data and Knowledge Engineering, 2024, 151, pp.102302. ⟨10.1016/j.datak.2024.102302⟩
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-
- titre
- Proceedings of the OHBM Brainhack 2022
- auteur
- Stefano Moia, Hao-Ting Wang, Anibal S. Heinsfeld, Dorota Jarecka, Yu Fang Yang, Stephan Heunis, Michele Svanera, Benjamin De Leener, Andrea Gondová, Sin Kim, Arshitha Basavaraj, Johanna M. M. Bayer, Roza G. Bayrak, Pierre-Louis Bazin, Isil Poyraz Bilgin, Steffen Bollmann, Daniel Borek, Valentina Borghesani, Trang Cao, Gang Chen, Alejandro de La Vega, Sebastian Dresbach, Philipp Ehses, Jan Ernsting, Inês Esteves, Oscar Ferrante, Kelly G. Garner, Rémi Gau, Elodie Germani, Tara Ghafari, Satrajit S. Ghosh, Sarah E. Goodale, Cassandra D. Gould Van Praag, Samuel Guay, Omer Faruk Gulban, Yaroslav O. Halchenko, Michael Hanke, Peer Herholz, Katja Heuer, Felix Hoffstaedter, Ruoqi Huang, Renzo Huber, Ole Jensen, Kan Keeratimahat, Julian Q. Kosciessa, Sladjana Lukic, Neville Magielse, Christopher J. Markiewicz, Caroline G. Martin, Camille Maumet, Anna Menacher, Jeff Mentch, Christian Mönch, Shammi More, Leonardo Muller, Leonardo Muller-Rodriguez, Samuel A. Nastase, Eliana Nicolaisen-Sobesky, Dylan M. Nielson, Christopher R. Nolan, François Paugam, Pedro Pinheiro-Chagas, Ana Luísa Pinho, Alessandra Pizzuti, Benjamin Poldrack, Benedikt A. Poser, Roberta Rocca, Jacob Sanz-Robinson, Kelvin Sarink, Kevin R Sitek, Nadine Spychala, Rüdiger Stirnberg, Michał Szczepanik, Mohammad Torabi, Roberto Toro, Sebastian G. W. Urchs, Sofie L. Valk, Adina S Wagner, Laura K. Waite, Alexander Q. Waite, Lea Waller, Tyler J. Wishard, Jianxiao Wu, Yuchen Zhou, Janine D. Bijsterbosch
- article
- Aperture Neuro, 2024, ⟨10.52294/001c.92760⟩
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-
- titre
- Comparing machine-learning models of different levels of complexity for crop protection: A look into the complexity-accuracy tradeoff
- auteur
- Olivier Gauriau, Luis Galárraga, François Brun, Alexandre Termier, Loïc Davadan, François Joudelat
- article
- Smart Agricultural Technology, 2024, 7, pp.100380. ⟨10.1016/j.atech.2023.100380⟩
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-
- titre
- Indexer des milliards d’éléments avec les filtres de Bloom
- auteur
- Pierre Peterlongo, Lucas Robidou
- article
- Interstices, 2024, pp.1-6
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-
- titre
- Indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets with kmindex and ORA
- auteur
- Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Nature Computational Science, 2024, 4 (2), pp.104-109. ⟨10.1038/s43588-024-00596-6⟩
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-
- titre
- Indexer les données génomiques : un défi de taille à relever
- auteur
- Téo Lemane, Magali Lescot, Pierre Peterlongo
- article
- Interstices, 2024, pp.1-5
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-
- titre
- Transcriptomic basis of sex loss in the pea aphid
- auteur
- M D Huguet, Stéphanie Robin, Sylvie Hudaverdian, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier-Leterme, Romuald Cloteau, Sylvain Baulande, Patricia Legoix-Né, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon, Julie Jaquiéry, Denis Tagu, Gaël Le Trionnaire
- article
- BMC Genomics, 2024, Bmc Genomics, 25 (1), pp.202. ⟨10.1186/s12864-023-09776-6⟩
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-
- titre
- HairSplitter: haplotype assembly from long, noisy reads
- auteur
- Roland Faure, Dominique Lavenier, Jean-François Flot
- article
- Peer Community In Mathematical and Computational Biology, 2024, pp.1-16. ⟨10.1101/2024.02.13.580067⟩
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-
- titre
- Global exact optimisations for chloroplast structural haplotype scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2024, 19 (5), pp.1-35. ⟨10.1186/s13015-023-00243-1⟩
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-
- titre
- Identification of transcriptional modules linked to the drought response of Brassica napus during seed development and their mitigation by early biotic stress
- auteur
- Grégoire Bianchetti, Vanessa Clouet, Fabrice Legeai, Cécile Baron, Kévin Gazengel, Benoit Ly Vu, Sébastien Baud, Alexandra To, Maria Manzanares-Dauleux, Julia Buitink, Nathalie Nesi
- article
- Physiologia Plantarum, 2024, 176 (1), ⟨10.1111/ppl.14130⟩
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-
- titre
- Genomic insights into Spiroplasma endosymbionts that induce male-killing and protective phenotypes in the pea aphid
- auteur
- Hiroshi Arai, Fabrice Legeai, Daisuke Kageyama, Akiko Sugio, Jean-Christophe Simon
- article
- FEMS Microbiology Letters, 2024, 371, ⟨10.1093/femsle/fnae027⟩
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-
- titre
- Evidential uncertainty sampling for active learning
- auteur
- Arthur Hoarau, Vincent Lemaire, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois, Arnaud Martin
- article
- Machine Learning, 2024
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-
- titre
- Analyzing and explaining privacy risks on time series data: ongoing work and challenges
- auteur
- Tristan Allard, Hira Asghar, Gildas Avoine, Christophe Bobineau, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Anna Monreale, Francesca Naretto, Roberto Pellungrini, Francesca Pratesi, Marie-Christine Rousset, Antonin Voyez
- article
- SIGKDD explorations : newsletter of the Special Interest Group (SIG) on Knowledge Discovery & Data Mining, In press, 26 (1), pp.1-10. ⟨10.1145/3682112.3682118⟩
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-
- titre
- The 5-Fluorouracil RNA Expression Viewer (5-FUR) Facilitates Interpreting the Effects of Drug Treatment and RRP6 Deletion on the Transcriptional Landscape in Yeast
- auteur
- Ugo Szachnowski, Oliver Sallou, Matéo Boudet, Anthony Bretaudeau, Maxime Wéry, Antonin Morillon, Michael Primig
- article
- Yeast, 2024, Online ahead of print. ⟨10.1002/yea.3982⟩
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-
- titre
- Regulus infers signed regulatory relations from few samples' information using discretization and likelihood constraints
- auteur
- Marine Louarn, Guillaume Collet, Eve Barre, Thierry Fest, Olivier Dameron, Anne Siegel, Fabrice Chatonnet
- article
- PLoS Computational Biology, 2024, 20 (1), pp.e1011816. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011816⟩
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-
- titre
- Fully in vitro iterative construction of a 24 kb-long artificial DNA sequence to store digital information
- auteur
- Julien Leblanc, Olivier Boulle, Emeline Roux, Jacques Nicolas, Dominique Lavenier, Yann Audic
- article
- Biotechniques, 2024, 76 (5), pp.203-215. ⟨10.2144/btn-2023-0109⟩
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-
- titre
- Evolutionary genomics of the emergence of brown algae as key components of coastal ecosystems
- auteur
- France Denoeud, Olivier Godfroy, Corinne Cruaud, Svenja Heesch, Zofia Nehr, Nachida Tadrent, Arnaud Couloux, Loraine Brillet-Guéguen, Ludovic Delage, Dean Mckeown, Taizo Motomura, Duncan Sussfeld, Xiao Fan, Lisa Mazéas, Nicolas Terrapon, Josué Barrera-Redondo, Romy Petroll, Lauric Reynes, Seok-Wan Choi, Jihoon Jo, Kavitha Uthanumallian, Kenny Bogaert, Céline Duc, Pélagie Ratchinski, Agnieszka Lipinska, Benjamin Noel, Eleanor Murphy, Martin Lohr, Ananya Khatei, Pauline Hamon-Giraud, Christophe Vieira, Komlan Avia, Svea Sanja Akerfors, Shingo Akita, Yacine Badis, Tristan Barbeyron, Arnaud Belcour, Wahiba Berrabah, Samuel Blanquart, Ahlem Bouguerba-Collin, Trevor Bringloe, Rose Ann Cattolico, Alexandre Cormier, Helena Cruz de Carvalho, Romain Dallet, Olivier de Clerck, Ahmed Debit, Erwan Denis, Christophe Destombe, Erica Dinatale, Simon Dittami, Elodie Drula, Sylvain Faugeron, Jeanne Got, Louis Graf, Agnès Groisillier, Marie-Laure Guillemin, Lars Harms, William John Hatchett, Bernard Henrissat, Galice Hoarau, Chloé Jollivet, Alexander Jueterbock, Ehsan Kayal, Andrew Knoll, Kazuhiro Kogame, Arthur Le Bars, Catherine Leblanc, Line Le Gall, Ronja Ley, Xi Liu, Steven Loduca, Pascal Jean Lopez, Philippe Lopez, Eric Manirakiza, Karine Massau, Stéphane Mauger, Laetitia Mest, Gurvan Michel, Catia Monteiro, Chikako Nagasato, Delphine Nègre, Eric Pelletier, Naomi Phillips, Philippe Potin, Stefan Rensing, Ellyn Rousselot, Sylvie Rousvoal, Declan Schroeder, Delphine Scornet, Anne Siegel, Leila Tirichine, Thierry Tonon, Klaus Valentin, Heroen Verbruggen, Florian Weinberger, Glen Wheeler, Hiroshi Kawai, Akira Peters, Hwan Su Yoon, Cécile Hervé, Naihao Ye, Eric Bapteste, Myriam Valero, Gabriel Markov, Erwan Corre, Susana Coelho, Patrick Wincker, Jean-Marc Aury, J. Mark Cock
- article
- Cell, In press, ⟨10.1016/j.cell.2024.10.049⟩
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-
- titre
- Transposable element accumulation drives genome size increase in Hylesia metabus (Lepidoptera: Saturniidae), an urticating moth species from South America
- auteur
- Charles Perrier, Rémi Allio, Fabrice Legeai, Mathieu Gautier, Frédéric Bénéluz, William Marande, Anthony Théron, Nathalie Rodde, Melfran Herrera, Laure Saune, Hugues Parrinello, Mélanie Mcclure, Mónica Arias
- article
- Journal of Heredity, In press, ⟨10.1093/jhered/esae069⟩
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-
- titre
- A rule-based multiscale model of hepatic stellate cell plasticity: Critical role of the inactivation loop in fibrosis progression
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Vincent Legagneux, Octave Hazard, Jeremy Bomo, Anne Siegel, Jerome Feret, Nathalie Theret
- article
- PLoS Computational Biology, 2024, 20 (7), pp.e1011858. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011858⟩
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-
- titre
- SPARTA: Interpretable functional classification of microbiomes and detection of hidden cumulative effects
- auteur
- Baptiste Ruiz, Arnaud Belcour, Samuel Blanquart, Sylvie Buffet-Bataillon, Isabelle Le Huërou-Luron, Anne Siegel, Yann Le Cunff
- article
- PLoS Computational Biology, 2024, 20 (11), pp.e1012577. ⟨10.1371/journal.pcbi.1012577⟩
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-
- titre
- Empirical evidence for metabolic drift in plant and algal lipid biosynthesis pathways
- auteur
- Maëlle Zonnequin, Arnaud Belcour, Ludovic Delage, Anne Siegel, Samuel Blanquart, Catherine Leblanc, Gabriel V Markov
- article
- Frontiers in Plant Science, 2024, 15, pp.1339132. ⟨10.3389/fpls.2024.1339132⟩
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-
- titre
- Exploration de partitions musicales modélisées sous forme de graphe
- auteur
- Philippe Rigaux, Virginie Thion
- article
- Revue ouverte d’ingénierie des systèmes d’information, 2024, 4 (2), ⟨10.21494/ISTE.OP.2024.1193⟩
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-
- titre
- Expliquer une boîte noire sans boîte noire
- auteur
- Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
- article
- Revue TAL : traitement automatique des langues, 2024, 64 (3/2023), pp.93-117
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Chromosome-Level Assembly and Annotation of the Pearly Heath Coenonympha arcania Butterfly Genome
- auteur
- Fabrice Legeai, Sandra Romain, Thibaut Capblancq, Paul Doniol-Valcroze, Mathieu Joron, Claire Lemaitre, Laurence Després
- article
- Genome Biology and Evolution, 2024, pp.1-7. ⟨10.1093/gbe/evae055⟩
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-
Conference papers
- titre
- MiMyCS: A Processing-in-Memory Read Mapper for Compressing Next-Gen Sequencing Datasets
- auteur
- Florestan de Moor, Meven Mognol, Charles Deltel, Erwan Drezen, Julien Legriel, Dominique Lavenier
- article
- 2024 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Dec 2024, Lisbonne, Portugal. pp.7176
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Synthetic Data: Generate Avatar Data on Demand
- auteur
- Thomas Lebrun, Louis Béziaud, Tristan Allard, Tristan Allard, Antoine Boutet, Sébastien Gambs, Mohamed Maouche
- article
- The International Web Information Systems Engineering conference (WISE), Dec 2024, Doha-Qatar, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Primer design for DNA storage random access
- auteur
- Jeremy Mateos, Dominique Lavenier, Melpomeni Dimopoulou, Anthony Genot, Marc Antonini
- article
- CORESA 2024 - 23ème conférence sur COmpression et REprésentation des Signaux Audiovisuels, Nov 2024, Rennes, France. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A new sketching method for metagenome assembly from accurate long reads
- auteur
- Roland Faure, Baptiste Hilaire, Dominique Lavenier, Jean-François Flot
- article
- Genome Informatics 2024, Nov 2024, Hinxton, Cambridge, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Uncovering communities of pipelines in the task-fMRI analytical space
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2024, Abu Dhabi, United Arab Emirates. ⟨10.1109/ICIP51287.2024.10647701⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- myCADI: my Contextual Anomaly Detection using Isolation
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits
- article
- Proceedings of the 33rd ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM ’24), Oct 2024, Boise, ID, United States. ⟨10.1145/3627673.3679208⟩
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-
- titre
- Database Approaches to the Modelling and Querying of Musical Scores: a Survey
- auteur
- Adel Aly, Olivier Pivert, Virginie Thion
- article
- Proceedings of the International Conference on Theory and Practice of Digital Libraries (TPDL'24), Sep 2024, Ljubljana, Slovenia
- Accès au bibtex
-
- titre
- Pangenome graph manipulation for local visualisation with pancat
- auteur
- Siegfried Dubois, Matthias Zytnicki, Thomas Faraut, Claire Lemaitre
- article
- MIGGS1 2024 - 1st symposium on Methods for Interfacing with Graphs of Genomic Sequences, Sep 2024, Lille, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Theoretically Grounded Extension of Universal Attacks from the Attacker's Viewpoint
- auteur
- Jordan Patracone, Paul Viallard, Emilie Morvant, Gilles Gasso, Amaury Habrard, Stéphane Canu
- article
- ECML PKDD 2024 - European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2024, Vilnius, Lithuania. pp.1-27, ⟨10.1007/978-3-031-70359-1_17⟩
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-
- titre
- Precedability Prediction Between Open Educational Resources
- auteur
- Aymen Bazouzi, Hoël Le Capitaine, Zoltan Miklos, Mickaël Foursov
- article
- International Conference on Information Technology for Social Good (GoodIT ’24), Sep 2024, Bremen, Germany. ⟨10.1145/3677525.3678686⟩
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-
- titre
- A mean distance between elements of same class for rich labels
- auteur
- Arthur Hoarau, Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- Belief Functions : Theory and Applications, 2024, Sep 2024, Belfast, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automated Hierarchical Conflict Reduction for Crowdsourced Annotation Tasks using Belief Functions
- auteur
- Constance Thierry, David Gross-Amblard, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois
- article
- 8th International Conference on Belief Functions (BEFLIEF), Sep 2024, Belfast, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenotypes Extraction from Text: Analysis and Perspective in the LLM Era
- auteur
- Moussa Baddour, Stéphane Paquelet, Paul Rollier, Marie De Tayrac, Olivier Dameron, Thomas Labbé
- article
- IS 2024 - 12th IEEE International Conference on Intelligent Systems, Aug 2024, Varna, Bulgaria. pp.1-8, ⟨10.1109/IS61756.2024.10705235⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cdbgtricks: Strategies to update a compacted de Bruijn graph
- auteur
- Khodor Hannoush, Camille Marchet, Pierre Peterlongo
- article
- PSC 2024 - Prague Stringology Conference, Faculty of Information Technology, Czech Technical University in Prague, Aug 2024, Prague (CZ), Czech Republic. pp.1-13, ⟨10.1101/2024.05.24.595676⟩
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-
- titre
- Parallelization of the Banded Needleman & Wunsch Algorithm on UPMEM PiM Architecture for Long DNA Sequence Alignment
- auteur
- Meven Mognol, Dominique Lavenier, Julien Legriel
- article
- ICPP 2024 - International Conference on Parallel Processing, Aug 2024, Gotland, Sweden. pp.1-10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- VG-Prefetcher Cache: Towards Edge-Based Time Series Data Management Using Visibility Graph Prefetching
- auteur
- Akram Bensalem, Laurent d'Orazio, Julien Lallet, Andrea Enrici
- article
- International Conference on Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), Jul 2024, Rennes France, France. pp.1-4, ⟨10.1145/3676288.3676304⟩
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-
- titre
- WebAssembly serverless join: A Study of its Application
- auteur
- Chanattan Sok, Laurent d'Orazio, Reyyan Tekin, Dimitri Tombroff
- article
- International Conference on Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), Jul 2024, Rennes France, France. pp.1-4, ⟨10.1145/3676288.3676305⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- GUESS: monitorinG join qUery Execution in Serverless and Serverful spark
- auteur
- An-Truong Tran Phan, Laurent d'Orazio, Thuong-Cang Phan, Le Gruenwald
- article
- International Conference on Database Systems for Advanced Applications (DASFAA), Jul 2024, Gifu, Japan
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Une borne PAC-Bayésienne sur une mesure de risque pour l'apprentissage équitable
- auteur
- Hind Atbir, Farah Cherfaoui, Guillaume Metzler, Emilie Morvant, Paul Viallard
- article
- CAP 2024 - Conférence sur l'Apprentissage Automatique, Jul 2024, Lille, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Prédiction précoce de la transférabilité d'embryons bovins par vidéomicroscopie
- auteur
- Yasmine Hachani, Patrick Bouthemy, Sylvie Ruffini, Ludivine Laffont, Elisa Fromont, Alline de Paula Reis
- article
- RFIAP 2024 - Congrès Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception, SSFAM (Société Savante Francophone d'Apprentissage Machine); AFRIF (Association Française pour la Reconnaissance et l'Interprétation des Formes), Jul 2024, Lille, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Form-based semantic caching on time series
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
- article
- International Conference on Computational Science and Its Applications (ICCSA), Jul 2024, Hanoi (Vietnam), France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Galaxy France: an example of a national UseGalaxy server
- auteur
- Clea Siguret, Thomas Chaussepied, Romane Libouban, Eva Mercier, Julien Seiler, Bérénice Batut, Gildas Le Corguillé, Anthony Bretaudeau
- article
- GCC 2024 - Galaxy Community Conference, Jun 2024, Brno, Czech Republic. pp.1-15, ⟨10.7490/f1000research.1119767.1⟩
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-
- titre
- Misconceptions about Galaxy debunked by the (French) Galaxy Community
- auteur
- Romane Libouban, Eva Mercier, Thomas Chaussepied, Bérénice Batut, Anthony Bretaudeau, Gildas Le Corguillé
- article
- JOBIM 2024 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2024, TOULOUSE, France. pp.1-28
- Accès au bibtex
-
- titre
- Query Optimization for Ontology-Mediated Query Answering
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- The ACM Web Conference (WWW), May 2024, Singapore, Singapore. ⟨10.1145/3589334.3645567⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- HeROcache: Storage-Aware Scheduling in Heterogeneous Serverless Edge - The Case of IDS
- auteur
- Vincent Lannurien, Camélia Slimani, Laurent d'Orazio, Olivier Barais, Stéphane Paquelet, Jalil Boukhobza
- article
- CCGrid 2024 - 24th IEEE/ACM international Symposium on Cluster, Cloud and Internet Computing, May 2024, Philadelphia, United States. pp.1-11
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Leveraging PAC-Bayes Theory and Gibbs Distributions for Generalization Bounds with Complexity Measures
- auteur
- Paul Viallard, Rémi Emonet, Amaury Habrard, Emilie Morvant, Valentina Zantedeschi
- article
- AISTATS 2024 - 27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, May 2024, Valencia, Spain
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- titre
- ConstrucTED : Constructing Tailored Educational Datasets From Online Courses
- auteur
- Aymen Bazouzi, Zoltan Miklos, Mickaël Foursov, Hoël Le Capitaine
- article
- 16th International Conference on Computer Supported Education (CSEDU), May 2024, Angers, France. pp.645-652, ⟨10.5220/0012745000003693⟩
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- titre
- Tackling the Abstraction and Reasoning Corpus (ARC) with Object-centric Models and the MDL Principle
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- IDA 2024 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2024, Stockholm, Sweden. pp.1-12
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- titre
- CADI: Contextual Anomaly Detection using an Isolation Forest
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
- article
- The 39th ACM/SIGAPP Symposium On Applied Computing, Apr 2024, Avila, Spain. ⟨10.1145/3605098.3635969⟩
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- titre
- Towards an edit distance between pangenome graphs
- auteur
- Siegfried Dubois, Zytnicki Matthias, Claire Lemaitre, Faraut Thomas
- article
- DSB 2024 - Workshop Data Structures in Bioinformatics, Mar 2024, Montpellier, France. pp.1-1
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-
- titre
- Fast and Accurate Context-Aware Basic Block Timing Prediction using Transformers
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- CC 2024 - ACM SIGPLAN 33rd International Conference on Compiler Construction, Gabriel Rodríguez, Mar 2024, Edimbourg, United Kingdom. pp.227-237, ⟨10.1145/3640537.3641572⟩
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- titre
- CEGAR-Based Approach for Solving Combinatorial Optimization Modulo Quantified Linear Arithmetics Problems
- auteur
- Kerian Thuillier, Anne Siegel, Loïc Paulevé
- article
- AAAI 2024 - The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-8
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- titre
- Shaping Up SHAP: Enhancing Stability through Layer-Wise Neighbor Selection
- auteur
- Gwladys Kelodjou, Laurence Rozé, Véronique Masson, Luis Galárraga, Romaric Gaudel, Maurice Tchuente, Alexandre Termier
- article
- AAAI 2024 - 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-10
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- titre
- Assembling close strains in metagenome assemblies using discrete optimization
- auteur
- Tam Khac Minh Truong, Roland Faure, Rumen Andonov
- article
- BIOINFORMATICS 2024 - 15th International conference on bioinformatics models, methods and algorithms, Feb 2024, Rome, Italy. pp.1-10
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- titre
- Understanding the limits of pangenome graphs for the analysis of large inversions in a complex of butterfly species
- auteur
- Sandra Romain, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre
- article
- 2024 - International Environmental and Agronomical Genomics symposium, Feb 2024, Toulouse, France. pp.1-1
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- titre
- Méthode crédibiliste pour l'extraction d'incertitudes sans dépendance aux observations
- auteur
- Arthur Hoarau, Vincent Lemaire, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- EGC 2024 - 24ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2024, Dijon, France
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- titre
- Investigating the use of language models for natural language querying over knowledge graphs
- auteur
- Alexandra Épiphanie Padonou, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- EGC 2024 - 24ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2024, Dijon, France. pp.1-8
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Books
- titre
- Advances in Knowledge Discovery and Management
- auteur
- Rakia Jaziri, Arnaud Martin, Antoine Cornuéjols, Etienne Cuvelier, Fabrice Guillet
- article
- Springer Nature Switzerland, 1110, 2024, Studies in Computational Intelligence, 9783031404023. ⟨10.1007/978-3-031-40403-0⟩
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-
Poster communications
- titre
- P06-18 Enhancing prediction and priorisation of adverse effects: TOXsIgN as a comprehensive resource for toxicogenomics
- auteur
- T. Darde, I. Kugathas, Matéo Boudet, Anthony Bretaudeau, R. Le Guével, L. Noël, Terje Svingen, Olivier Collin, Antoine D. Rolland, F. Chalmel
- article
- EUROTOX 2024 - 58th Congress of the European Societies of Toxicology, Sep 2024, Copenhagen, Denmark. pp.S159, 2024, ⟨10.1016/j.toxlet.2024.07.402⟩
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- titre
- Metabolomic Semantic Datalake : A Scalable Approach to Managing Metabolomics Semantic Resources
- auteur
- Guillaume Laisney, David Benaben, Christophe Duperier, Matéo Boudet, Franck Giacomoni, Olivier Filangi
- article
- JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. pp.1-1, 2024
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- titre
- Orchestrating data flows throughout their whole life cycle
- auteur
- Konogan Bourhy, Laurent Bouri, Christophe Bruley, Olivier Collin, Frédéric De Lamotte, Thomas Denecker, Marie-Dominique Devignes, Jean-François Dufayard, Alban Gaignard, Nadia Goué, Gildas Le Corguille, Paulette Lieby, Hervé Ménager, Imane Messak, Hamid Ouahioune, Claire Rioualen, Thomas Rosnet, Baptiste Rousseau, Julien Seiler, Jacques van Helden
- article
- JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024
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- titre
- Services deployed on the IFB National Network of Computing Resources (NNCR)
- auteur
- David Benaben, Christophe Blanchet, Matéo Boudet, Guillaume Brysbaert, Anthony Bretaudeau, Micaël Calvas, Nicole Charriere, Stéphane Delmotte, Hervé Gilquin, Nadia Goué, Jean-François Guillaume, Jean-Christophe Haessig, Didier Laborie, Arthur Le Bars, Gildas Le Corguillé, Julien Seiler, Jérôme Pansanel, Guillaume Seith, Bruno Spataro, Cyrille Toulet
- article
- JOBIM 2024 - Journées ouvertes en biologie, informatique, et mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. , 2024
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- titre
- Metagenome-scale metabolic modelling for the characterization of cross-feeding interactions in Microcystis-associated microbial communities, in the context of freshwater cyanobacterial blooms
- auteur
- Juliette Audemard, Sébastien Halary, Gabriel Markov, Jeanne Got, Anne Siegel, Marie Lefebvre, Julie Leloup, Benjamin Marie, Nicolas Creusot, Binta Dieme, Cleḿence Frioux
- article
- JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. pp.1-1, 2024
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- titre
- Exploring the richness of the French Galaxy Ecosystem
- auteur
- Bérénice Batut, Gildas Le Corguillé, Yvan Le Bras, Loraine Brillet-Guéguen, Fabien Mareuil, Anthony Bretaudeau
- article
- GCC 2024 - Galaxy Community Conference, Jun 2024, Brno, Czech Republic. , pp.1-1, 2024, ⟨10.7490/f1000research.1119765.1⟩
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- titre
- Building a Distributed Computing Network for Galaxy, Application to Genome Annotation
- auteur
- Eva Mercier, Romane Libouban, Thomas Chaussepied, Anthony Bretaudeau
- article
- JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. 2024
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- titre
- Unlocking the Soil Microbiome: Unraveling Soil Microbial Complexity Using Long-Read Metagenomics
- auteur
- Carole Belliardo, Nicolas Maurice, Clémence Frioux, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Samuel Mondy, Arthur Péré, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
- article
- EAGS 2024 - The International Environmental and Agronomical Genomics symposium, Feb 2024, Toulouse, France. , pp.1-1, 2024
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- titre
- Exploring and quantifying the soil genetic diversity captured by long and short-read shotgun metagenomic sequencing
- auteur
- Carole Belliardo, Samuel Mondy, Arthur Pere, Claire Lemaitre, Riccardo Vicedomini, Clémence Frioux, David James Sherman, Pierre Abad, Marc Bailly-Bechet, Etienne Danchin
- article
- Journées 2024 du programme Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. , pp.1-1, 2024
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- titre
- Metagenomic assembly of complex ecosystems with highly accurate long-reads
- auteur
- Nicolas Maurice, Claire Lemaitre, Clémence Frioux, Riccardo Vicedomini
- article
- Journées 2024 du PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. pp.1-1, 2024
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Documents associated with scientific events
- titre
- À la découverte des métiers de la recherche en imagerie cérébrale
- auteur
- Fanny Dégeilh, Elodie Germani, Nolwenn Jégou, Carla Joud, Jeremy Lefort-Besnard, Camille O Muller
- article
- 2024 - 26e édition de la Semaine du Cerveau, Mar 2024, Rennes, France. pp.1-89, 2024
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Proceedings
- titre
- SSDBM '24: Proceedings of the 36th International Conference on Scientific and Statistical Database Management
- auteur
- Shadi Ibrahim, Suren Byna, Tristan Allard, Jay Lofstead, Amelie Chi Zhou, Tassadit Bouadi, Jalil Boukhobza, Diana Moise, Cédric Tedeschi, Jean Lucas Bez
- article
- SSDBM 2024 - 36th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, ACM, pp.1-165, 2024, 979-8-4007-1020-9. ⟨10.1145/3676288⟩
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Reports
- titre
- Correspondence Theory of Atomic Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de Rennes. 2024
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- titre
- A Characterization of Properly Displayable Atomic Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de Rennes. 2024
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- titre
- Calculi for Basic Atomic Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de Rennes. 2024
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Theses
- titre
- Haplotype assembly from long reads
- auteur
- Roland Faure
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes; Université Libre de Bruxelles, 2024. English. ⟨NNT : ⟩
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- titre
- Numerical rule mining for the prediction of plant disease dynamics.
- auteur
- Olivier Gauriau
- article
- Apprentissage [cs.LG]. Université de Rennes, 2024. Français. ⟨NNT : 2024URENS036⟩
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- titre
- Hybrid satisfiability methods for the inference of boolean regulations controlling metabolic networks
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2024. English. ⟨NNT : 2024URENS032⟩
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-
- titre
- Active Learning of Uncertain and Imprecise Data
- auteur
- Arthur Hoarau
- article
- Apprentissage [cs.LG]. Université de Rennes, 2024. Français. ⟨NNT : ⟩
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Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Predicting Parkinson's disease trajectory using clinical and functional MRI features: a reproduction and replication study
- auteur
- Elodie Germani, Nikhil Baghwat, Mathieu Dugré, Rémi Gau, Albert Montillo, Kevin Nguyen, Andrzej Sokolowski, Madeleine Sharp, Jean-Baptiste Poline, Tristan Glatard
- article
- 2024
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- titre
- Tighter Generalisation Bounds via Interpolation
- auteur
- Paul Viallard, Maxime Haddouche, Umut Şimşekli, Benjamin Guedj
- article
- 2024
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-
- titre
- A PAC-Bayesian Link Between Generalisation and Flat Minima
- auteur
- Maxime Haddouche, Paul Viallard, Umut Şimşekli, Benjamin Guedj
- article
- 2024
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- titre
- The Backpack Quotient Filter: a dynamic and space-efficient data structure for querying k -mers with abundance.
- auteur
- Victor Levallois, Francesco Andreace, Bertrand Le Gal, Yoann Dufresne, Pierre Peterlongo
- article
- 2024
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-
- titre
- Towards Efficient k-Mer Set Operations via Function-Assigned Masked Superstrings
- auteur
- Ondřej Sladký, Pavel Veselý, Karel Břinda
- article
- 2024
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- titre
- Efficient and Robust Search of Microbial Genomes via Phylogenetic Compression
- auteur
- Karel Břinda, Leandro Lima, Simone Pignotti, Natalia Quinones-Olvera, Kamil Salikhov, Rayan Chikhi, Gregory Kucherov, Zamin Iqbal, Michael Baym
- article
- 2024
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- titre
- BioPAX-Explorer: a Python Object-Oriented framework for overcoming the complexity of querying biological networks
- auteur
- François Moreews, Jean-Baptiste Bougaud, Emmanuelle Becker, Florence Gondret, Olivier Dameron
- article
- 2024
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-
- titre
- The HCP multi-pipeline dataset: an opportunity to investigate analytical variability in fMRI data analysis
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Pierre Maurel, Camille Maumet
- article
- 2024
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- titre
- How to improve the annotation of Galaxy resources? Outcomes of an online hackathon for improving the annotation of Galaxy resources for microbial data resources
- auteur
- Bérénice Batut, Matthias Bernt, Mina Hojat Ansari, Matúš Kalaš, Paul Klemm, Romane Libouban, Engy Nasr, Claire Rioualen, Wai Cheng Thang, Rand Zoabi, Paul Zierep
- article
- 2024
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- titre
- Mitigating analytical variability in fMRI results with style transfer
- auteur
- Elodie Germani, Camille Maumet, Elisa Fromont
- article
- 2024
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-
- titre
- FroM Superstring to Indexing: a space-efficient index for unconstrained k-mer sets using the Masked Burrows-Wheeler Transform (MBWT)
- auteur
- Ondřej Sladký, Pavel Veselý, Karel Břinda
- article
- 2024
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- titre
- Under the Hood of Tabular Data Generation Models: Benchmarks with Extensive Tuning
- auteur
- G. Charbel N. Kindji, Lina Maria Rojas-Barahona, Elisa Fromont, Tanguy Urvoy
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Uniform Generalization Bounds on Data-Dependent Hypothesis Sets via PAC-Bayesian Theory on Random Sets
- auteur
- Benjamin Dupuis, Paul Viallard, George Deligiannidis, Umut Şimşekli
- article
- 2024
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-
- titre
- Warnings/Cautions when collecting Brassica diversity along a large climatic gradient
- auteur
- Cyril Falentin, Houria Hadj-Arab, Fella Aissiou, Claudia Bartoli, Giuseppe Bazan, Matéo Boudet, Lydia Bousset-Vaslin, Marwa Chwikhi, Olivier Coriton, Gwenaëlle Deniot, Julie Ferreira de Carvalho, Laurène Gay, Anna Geraci, Pascal Glory, Virginie Huteau, Riadh Ilahy, Vincenzo Ilardi, José A. Jarillo, Vladimir Meglič, Elisabetta Oddo, Mónica Pernas, Manuel Piñeiro, Barbara Pipan, Thouraya Rhim, Vincent Richer, Fulvia Rizza, Joëlle Ronfort, Mathieu Rousseau-Gueutin, Rosario Schicchi, Lovro Sinkovič, Maryse Taburel, Valeria Terzi, Sylvain Théréné, Mathieu Tiret, Imen Tlili, Franz Werner Badeck, Anne-Marie Chèvre
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- decOM: similarity-based microbial source tracking of ancient oral samples using k-mer-based methods
- auteur
- Camila Duitama González, Riccardo Vicedomini, Téo Lemane, Nicolas Rascovan, Hugues Richard, Rayan Chikhi
- article
- Microbiome, 2023, 11 (1), pp.1-12. ⟨10.1186/s40168-023-01670-3⟩
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-
- titre
- aKmerBroom: Ancient oral DNA decontamination using Bloom filters on k-mer sets
- auteur
- Camila Duitama González, Samarth Rangavittal, Riccardo Vicedomini, Rayan Chikhi, Hugues Richard
- article
- iScience, 2023, 26 (11), pp.108057. ⟨10.1016/j.isci.2023.108057⟩
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-
- titre
- Predicting enzymatic function of protein sequences with attention
- auteur
- Nicolas Buton, François Coste, Yann Le Cunff
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (10), pp.1-10. ⟨10.1093/bioinformatics/btad620⟩
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-
- titre
- Concepts of Neighbors and their Application to Instance-based Learning on Relational Data
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2023, 164, pp.1-49. ⟨10.1016/j.ijar.2023.109059⟩
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-
- titre
- RTGEN++: A Relative Temporal Graph GENerator
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye, Amaury Bouchra Pilet, Thomas Hassan
- article
- Future Generation Computer Systems, In press, 146, pp.139-155. ⟨10.1016/j.future.2023.03.023⟩
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- titre
- Phylogenetic inference of the emergence of sequence modules and protein-protein interactions in the ADAMTS-TSL family
- auteur
- Olivier Dennler, François Coste, Samuel Blanquart, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
- article
- PLoS Computational Biology, 2023, 19 (8), pp.e1011404. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011404⟩
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- titre
- Sky-signatures: detecting and characterizing recurrent behavior in sequential data
- auteur
- Clément Gautrais, Peggy Cellier, Thomas Guyet, René Quiniou, Alexandre Termier
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2023, ⟨10.1007/s10618-023-00949-1⟩
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-
- titre
- MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- BMC Bioinformatics, 2023, 24 (1), pp.284. ⟨10.1186/s12859-023-05395-w⟩
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-
- titre
- SVJedi-graph: improving the genotyping of close and overlapping structural variants with long reads using a variation graph
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (Supplement_1), pp.270 - 278. ⟨10.1093/bioinformatics/btad237⟩
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- titre
- Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
- auteur
- Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
- article
- mSystems, 2023, 8 (3), pp.1-23. ⟨10.1128/msystems.01027-22⟩
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-
- titre
- Evidential Random Forests
- auteur
- Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- Expert Systems with Applications, 2023, 230, pp.120652. ⟨10.1016/j.eswa.2023.120652⟩
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-
- titre
- Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe
- auteur
- Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, Clémence Frioux, Catherine Leblanc, Simon M Dittami, Samuel Blanquart, Gabriel V. Markov, Anne Siegel
- article
- Genome Research, 2023, 33, pp.972 - 987. ⟨10.1101/gr.277056.122⟩
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-
- titre
- On the benefits of self-taught learning for brain decoding
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- GigaScience, 2023, 12, pp.1-17. ⟨10.1093/gigascience/giad029⟩
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-
- titre
- fimpera: drastic improvement of Approximate Membership Query data-structures with counts
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.1-16. ⟨10.1101/2022.06.27.497694⟩
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-
- titre
- First chromosome scale genomes of ithomiine butterflies (Nymphalidae: Ithomiini): comparative models for mimicry genetic studies
- auteur
- Jérémy Gauthier, Joana Meier, Fabrice Legeai, Melanie McClure, Annabel Whibley, Anthony Bretaudeau, Hélène Boulain, Hugues Parrinello, Sam T. Mugford, Richard Durbin, Chenxi Zhou, Shane McCarthy, Christopher W. Wheat, Florence Piron-Prunier, Christelle Monsempes, Marie‐Christine François, Paul Jay, Camille Noûs, Emma Persyn, Emmanuelle Jacquin-Joly, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Claire Lemaitre
- article
- Molecular Ecology Resources, In press, 23 (4), pp.872-885. ⟨10.1111/1755-0998.13749⟩
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-
- titre
- HaploBlocks: Efficient Detection of Positive Selection in Large Population Genomic Datasets
- auteur
- Benedikt Kirsch-Gerweck, Leonard Bohnenkämper, Michel T Henrichs, Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Joachim Burger, Jens Stoye, Yoan Diekmann
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (3), pp.1-12. ⟨10.1093/molbev/msad027⟩
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-
- titre
- Stocker les données : la piste prometteuse de l’ADN
- auteur
- Dominique Lavenier, Marc Antonini, Yannick Rondelez, A.J. Genot
- article
- Interstices, 2023
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- titre
- Estimation of the qualification and behavior of a contributor and aggregation of his answers in a crowdsourcing context
- auteur
- Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- Expert Systems with Applications, 2023
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- titre
- Insights into the potential for mutualistic and harmful host‐microbe interactions affecting brown alga freshwater acclimation
- auteur
- Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Gianmaria Califano, Méziane Aite, Enora Fremy, Elham Karimi, Erwan Corre, Thomas Wichard, Anne Siegel, Catherine Boyen, Simon M. Dittami
- article
- Molecular Ecology, In press, 32 (3), pp.703-723. ⟨10.1111/mec.16766⟩
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-
- titre
- Fixing molecular complexes in BioPAX standards to enrich interactions and detect redundancies using Semantic Web Technologies
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.btad257. ⟨10.1093/bioinformatics/btad257⟩
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-
- titre
- BayesTICS: Local temporal image correlation spectroscopy and Bayesian simulation technique for sparse estimation of diffusion in fluorescence imaging
- auteur
- Anca Caranfil, Yann Le Cunff, Charles Kervrann
- article
- Biological Imaging, 2023, Biological Imaging, 3, pp.1-12. ⟨10.1017/s2633903x23000041⟩
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-
- titre
- A dataset to study group-housed sows' individual behaviours and production responses to different short-term events
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- Animal - Open Space, 2023, 2, pp.100039. ⟨10.1016/j.anopes.2023.100039⟩
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-
- titre
- Prediction of the daily nutrient requirements of gestating sows based on sensor data and machine-learning algorithms
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- Journal of Animal Science, 2023, 101, pp.skad337. ⟨10.1093/jas/skad337⟩
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-
- titre
- Estimation of gestating sows’ welfare status based on machine learning methods and behavioral data
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.21042. ⟨10.1038/s41598-023-46925-z⟩
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-
- titre
- Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- BMC Genomics, 2023, 23, pp.1-20. ⟨10.1186/s12864-023-09751-1⟩
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-
Scientific blog post
- titre
- Le SARS-CoV-2 : une expérience inédite de surveillance génomique mondiale
- auteur
- Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre, Florence Débarre
- article
- 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Mapping-friendly Sequence Reductions to process compressed genomic data
- auteur
- Roland Faure, Baptiste Hilaire, Dominique Lavenier
- article
- SeqBIM 2023, Nov 2023, Lille, France. pp.1-1
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- titre
- Towards an edit distance between pangenome graphs
- auteur
- Siegfried Dubois, Benjamin Linard, Matthias Zytnicki, Claire Lemaitre, Thomas Faraut
- article
- SeqBIM 2023 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2023, Lille, France. pp.1-2
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- titre
- The Need for Better RDF Archiving Benchmarks
- auteur
- Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- MEPDaW 2023 - Managing the Evolution and Preservation of the Data Web, Nov 2023, Athens, Greece. pp.1-5
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-
- titre
- Language Models as Controlled Natural Language Semantic Parsers for Knowledge Graph Question Answering
- auteur
- Jens Lehmann, Preetam Gattogi, Dhananjay Bhandiwad, Sébastien Ferré, Sahar Vahdati
- article
- ECAI 2023 - 26th European Conference on Artificial Intelligence, Sep 2023, Krakow (Cracovie), Poland. pp.1348--1356, ⟨10.3233/FAIA230411⟩
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-
- titre
- OneWater FAIR Data Platform : setting up a national FAIR water data platform and community
- auteur
- Sylvain Grellet, Isabelle Braud, Fanny Arnaud, Kenneth Maussang, Anne Laurent, Frédéric Huynh, Hervé Piégay, Lise Vaudor, Christelle Pierkot, Sandrine Charles, Yvan Le Bras, Laurent Longuevergne, Hervé Squividant, Mario Adam, Charly Coussot, Véronique Chaffard
- article
- TERENO OZCAR 2023 - 2ème conférence internationale TERENO OZCAR, TERENO and OZCAR networks, Sep 2023, Bonn, Germany. pp.1-23
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-
- titre
- Extracting ODRL Digital Right Representations from License Texts using AMR
- auteur
- Malo Revel, Aurélien Lamercerie, Annie Foret, Zoltan Miklos
- article
- ASAIL 2023 - Automated Semantic Analysis of Information in Legal Text, Sep 2023, Braga, Portugal. pp.1-7
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-
- titre
- Interactive Visualization of Counterfactual Explanations for Tabular Data
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- ECML/PKDD 2023 - European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin, Italy. pp.330-334, ⟨10.1007/978-3-031-43430-3_25⟩
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- titre
- Generating robust counterfactual explanations
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- ECML/PKDD - European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2023, Turin (Italie), Italy. pp.1-16
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- titre
- Modeling evolutionary responses in crowdsourcing MCQ using belief function theory
- auteur
- Constance Thierry, Arnaud Martin, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois
- article
- 27th International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems (KES 2023), Sep 2023, Athens, Greece
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-
- titre
- Dynamic sliding window encoding for data storageon DNA under biological and indexing constraints
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier, Haddad S.
- article
- EUSIPCO 2023: 31st European Signal Processing Conference, Sep 2023, Helsiinki, Finland. pp.1-5, ⟨10.23919/EUSIPCO58844.2023.10289957⟩
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- titre
- Dexteris: Data Exploration and Transformation with a Guided Query Builder Approach
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- DEXA 2023 - 34th International Conference on Database and Expert Systems Applications, Aug 2023, Penang, Malaysia, Malaysia. pp.361-376, ⟨10.1007/978-3-031-39847-6_29⟩
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- titre
- Combined transcriptomics and metabolomics in the whole blood to depict feed efficiency in pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- 74. Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), EAAP, Aug 2023, Lyon, France. pp.516
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-
- titre
- Precise Segmentation for Children Handwriting Analysis by Combining Multiple Deep Models with Online Knowledge
- auteur
- Simon Corbillé, Eric Anquetil, Elisa Fromont
- article
- ICDAR 2023 - 17th International Conference on Document Analysis and Recognition, Aug 2023, San José, United States. pp.1-18
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- titre
- Datasets with rich Labels for Machine Learning
- auteur
- Arthur Hoarau, Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- 2023 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ), Aug 2023, Incheon, France. ⟨10.1109/FUZZ52849.2023.10309672⟩
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- titre
- Scalable Computation of Fuzzy Joins Over Large Collections of JSON Data
- auteur
- Remi Uhartegaray, Laurent d'Orazio, Matthew Damigos, Eleftherios Kalogeros
- article
- 2023 IEEE International Conference on Fuzzy Systems (FUZZ), Aug 2023, Incheon, South Korea. ⟨10.1109/fuzz52849.2023.10309759⟩
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-
- titre
- Graph-FCA Meets Pattern Structures
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- ICFCA 2023 - 17th International Conference on Formal Concept Analysis, Jul 2023, Kassel, Germany. pp.33-48, ⟨10.1007/978-3-031-35949-1_3⟩
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-
- titre
- CAWET: Context-Aware Worst-Case Execution Time Estimation Using Transformers
- auteur
- Abderaouf N Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- ECRTS 2023 - 35th Euromicro Conference on Real-Time Systems, Jul 2023, Vienne, Austria. pp.7:1--7:20, ⟨10.4230/LIPIcs.ECRTS.2023.7⟩
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-
- titre
- Exploring variability patterns in the task-fMRI analytical space
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- OHBM 2023 - 29th Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping, Jul 2023, Montreal, Canada
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- titre
- HairSplitter: separating strains in metagenome assemblies with long reads
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM 2023 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané, France. pp.1-8
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- titre
- Compressed Indexing for Consecutive Occurrences
- auteur
- Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner
- article
- CPM 2023 - 34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Jun 2023, Paris, France. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2023.12⟩
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- titre
- Regularization, Semi-supervision, and Supervision for a Plausible Attention-Based Explanation
- auteur
- Duc Hau Nguyen, Cyrielle Mallart, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
- article
- 28th International Conference on Natural Language and Information Systems (NLDB), Jun 2023, Derby, United Kingdom. pp.285-298
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-
- titre
- Honey, Tell Me What's Wrong", Explicabilité Globale des Modèles de TAL par la Génération Coopérative
- auteur
- Antoine Chaffin, Julien Delaunay
- article
- CORIA TALN RJCRI RECITAL 2023 - 18e Conférence en Recherche d'Information et Applications \\ 16e Rencontres Jeunes Chercheurs en RI \\ 30e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles \\ 25e Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues, Jun 2023, Paris, France. pp.105-122
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-
- titre
- Analytics for Language Learning : Transmettre aux enseignants les profils linguistiques de leurs apprenants
- auteur
- Thomas Gaillat, Cyrielle Mallart, Anatole Faugère, Andrew Simpkin, Bernardo Stearns, Paula Lissón, Jen-Yu Li, Nicolas Ballier, Rémi Venant
- article
- Atelier GERAS @ 62e Congrès annuel de la SAES 2023, Université Rennes 2; SAES La Sorbonne Nouvelle; GERAS (Groupe d'Etude et de Recherche en Anglais de Spécialité), Jun 2023, Rennes, France
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- titre
- Improved Complexity Results and an Efficient Solution for Connected Multi-Agent Path Finding
- auteur
- Isseïnie Calviac, Ocan Sankur, François Schwarzentruber
- article
- AAMAS 2023 - 22nd International Conference on Autonomous Agents and Multiagent Systems, May 2023, London, United Kingdom. pp.1-9
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- titre
- Deep metric learning for visual servoing: when pose and image meet in latent space
- auteur
- Samuel Felton, Élisa Fromont, Eric Marchand
- article
- ICRA 2023 - IEEE International Conference on Robotics and Automation, May 2023, London, United Kingdom. pp.741-747, ⟨10.1109/ICRA48891.2023.10160963⟩
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- titre
- GLENDA: Querying over RDF Archives with SPARQL
- auteur
- Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- ESWC 2023 - 20th International Conference on The Semantic Web, May 2023, Hersonisos, Crete, Greece. pp.75-80, ⟨10.1007/978-3-031-43458-7_14⟩
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-
- titre
- HeROfake: Heterogeneous Resources Orchestration in a Serverless Cloud – An Application to Deepfake Detection
- auteur
- Vincent Lannurien, Laurent d'Orazio, Olivier Barais, Esther Bernard, Olivier Weppe, Laurent Beaulieu, Amine Kacete, Stéphane Paquelet, Jalil Boukhobza
- article
- CCGrid 2023 - IEEE/ACM 23rd International Symposium on Cluster, Cloud and Internet Computing, May 2023, Bangalore, India. pp.154-165, ⟨10.1109/CCGrid57682.2023.00024⟩
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-
- titre
- OptiRef: Query Optimization for Knowledge Bases
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- The ACM Web Conference (WWW), Apr 2023, Austin, United States. ⟨10.1145/3543873.3587342⟩
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- titre
- Visualizing How-Provenance Explanations for SPARQL Queries
- auteur
- Luis Galárraga, Daniel Hernández, Anas Katim, Katja Hose
- article
- WWW 2023 - ACM International World Wide Web Conference, Apr 2023, Austin, United States. pp.212-216, ⟨10.1145/3543873.3587350⟩
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-
- titre
- Adaptation of AI Explanations to Users' Roles
- auteur
- Julien Delaunay, Christine Largouët, Luis Galárraga, Niels Van Berkel
- article
- HCXAI 2023 - Workshop on Human-Centered Explainable AI, Apr 2023, Hamburg, Germany. pp.1-7
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-
- titre
- Impressions and Strategies of Academic Advisors When Using a Grade Prediction Tool During Term Planning
- auteur
- Gonzalo Gabriel Méndez, Luis Galárraga, Katherine Chiluiza, Patricio Mendoza
- article
- CHI 2023 - Conference on Human Factors in Computing Systems, Apr 2023, Hamburg, Germany. pp.1-18, ⟨10.1145/3544548.3581575⟩
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- titre
- EMBEDD-ER : EMBEDDing Educational Resources Using Linked Open Data
- auteur
- Aymen Bazouzi, Mickaël Foursov, Hoël Le Capitaine, Zoltan Miklos
- article
- 15th International Conference on Computer Supported Education (CSEDU), Apr 2023, Prague, Czech Republic. pp.439-446, ⟨10.5220/0012045300003470⟩
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-
- titre
- Grammatical profiling with UD annotation (WiP)
- auteur
- Nicolas Ballier, Cyrielle Mallart, Thomas Gaillat
- article
- Workshop on Profiling second language vocabulary and grammar, University of Gothenburg, Humanisten., Apr 2023, Gothenburg, Sweden
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-
- titre
- Effects of Locality and Rule Language on Explanations for Knowledge Graph Embeddings
- auteur
- Luis Galárraga
- article
- IDA 2023 - Advances in Intelligent Data Analysis XXI, Apr 2023, Louvain-la-Neuve, Belgium. pp.143-155, ⟨10.1007/978-3-031-30047-9_12⟩
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- titre
- Representation learning for more reproducible fMRI data analyses
- auteur
- Elodie Germani, Elisa Fromont, Camille Maumet
- article
- IABM 2023 - Colloque Français d'Intelligence Artificielle en Imagerie Biomédical, Mar 2023, Paris, France. pp.1
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- titre
- Persistence-Based Discretization for Learning Discrete Event Systems from Time Series
- auteur
- Lénaïg Cornanguer, Christine Largouët, Laurence Rozé, Alexandre Termier
- article
- MLmDS 2023 - AAAI Workshop When Machine Learning meets Dynamical Systems: Theory and Applications, Feb 2023, Washington (DC), United States. pp.1-6
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- titre
- Scaling Large RDF Archives To Very Long Histories
- auteur
- Olivier Pelgrin, Ruben Taelman, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- ICSC 2023 - IEEE 17th International Conference on Semantic Computing, Feb 2023, Laguna Hills, United States. pp.41-48, ⟨10.1109/ICSC56153.2023.00013⟩
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-
- titre
- Optimal Square Detection Over General Alphabets
- auteur
- Jonas Ellert, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel
- article
- SODA - 2023 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, Jan 2023, Florence, Italy. pp.5220-5242, ⟨10.1137/1.9781611977554.ch189⟩
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-
- titre
- Visualiser des explications contrefactuelles pour des données tabulaires
- auteur
- Victor Guyomard, François Wallyn, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- EGC 2023 - Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France. pp.557-564
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-
- titre
- Le principe MDL au service de l'automatisation de tâches uniques d'abstraction et de raisonnement (ARC) à partir de peu d'exemples
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- EGC 2023 - Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2023, Lyon, France. pp.235-246
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-
- titre
- From Structured Textual Data to Semantic Linked-data for Georgian Verbal Knowledge
- auteur
- Archil Elizbarashvili, Mireille Ducassé, Manana Khachidze, Magda Tsintsadze
- article
- ELEX 2023: ELECTRONIC LEXICOGRAPHY IN THE 21ST CENTURY, 2023, Brno, Czech Republic
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-
Book sections
- titre
- Clock-G: Temporal Graph Management System
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- Lecture Notes in Computer Science, 14160 (LIV), Springer, pp.1-40, In press, Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, ⟨10.1007/978-3-662-68014-8_1⟩
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-
- titre
- Métagénomique et métatranscriptomique
- auteur
- Cervin Guyomar, Claire Lemaitre
- article
- Des séquences aux graphes. Méthodes et structures discrètes pour la bioinformatique, ISTE, pp.1-36, 2023, 9781789480665
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-
- titre
- Serverless Cloud Computing: State of the Art and Challenges
- auteur
- Vincent Lannurien, Laurent D’orazio, Olivier Barais, Jalil Boukhobza
- article
- Serverless Computing: Principles and Paradigms, 162, Springer International Publishing, pp.275-316, 2023, Lecture Notes on Data Engineering and Communications Technologies, ⟨10.1007/978-3-031-26633-1_11⟩
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-
- titre
- Data Mining‐Based Techniques for Software Fault Localization
- auteur
- Peggy Cellier, Mireille Ducassé, Sébastien Ferré, Olivier Ridoux, W. Eric Wong
- article
- Handbook of Software Fault Localization, 1, Wiley, Chapitre 7, 2023, 9781119291824. ⟨10.1002/9781119880929.ch7⟩
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-
Master thesis
- titre
- Learning canonical Potts models
- auteur
- Pablo Espana Gutierrez
- article
- Computer Science [cs]. 2023
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-
- titre
- Identification systématique de modules dans une collection de requêtes SPARQL
- auteur
- Alix Regnier
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
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-
- titre
- Assemblage métagénomique d'écosystèmes complexes avec différentes technologies de séquençage de 3ème génération
- auteur
- Nicolas Maurice
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2023
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-
Other publications
- titre
- Pre-training and fine-tuning dataset for transformers consisting of basic blocks and their execution times (average, minimum, and maximum) along with the execution context of these blocks, for various Cortex processors M7, M4, A53, and A72.
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou, Isabelle Puaut, Elisa Fromont
- article
- 2023, ⟨10.5281/zenodo.10043908⟩
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-
Poster communications
- titre
- HairSplitter: separating similar strains in metagenome assembly
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- ISMB/ECCB 2023 - 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
- auteur
- Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau
- article
- JOBIM 2023 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Plouzané (Brest Métropole), France. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- AskoR, an R package for easy RNA-Seq data analysis.
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Kévin Gazengel, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Stéphanie Daval, Fabrice Legeai
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (Jobim), Jun 2023, Tours, France. pp.263, 2018, JOBIM2023. ⟨10.1080/02664763.2018.1454894⟩
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-
- titre
- Prediction of daily nutritional requirements of gestating sows based on their behaviour and machine learning methods
- auteur
- Maëva Durand, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort, Jean-Yves Dourmad, Charlotte Gaillard
- article
- ESPHM - 14th European symposium of porcine health management, May 2023, Thessalokini, Greece. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- Scikit-mine: A pattern mining library in Python
- auteur
- Peggy Cellier
- article
- SMiLe 2023 - Spring workshop on Mining and Learning, May 2023, Sint-Michielgestel, Netherlands. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- Distributed Function Cache for Heterogeneous Serverless Cloud
- auteur
- Vincent Lannurien, Laurent D’orazio, Olivier Barais, Stephane Paquelet, Jalil Boukhobza
- article
- Per3S - Performance and Scalability of Storage Systems, May 2023, Paris, France. pp.1-1, 2023
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-
- titre
- Real-time combination of observed growth and feed intake performance with performance simulated by InraPorc® to apply precision feeding to growing pigs
- auteur
- Ludovic Brossard, Christine Largouët, Louis Bonneau de Beaufort
- article
- 55. Journées de la Recherche Porcine (JRP), Jan 2023, Saint-Malo, France. Ifip, Animal science proceedings, 14 (5), pp.133-134 | 670-671, 2023, 55èmes Journées de la recherche porcine. ⟨10.1016/j.anscip.2023.06.037⟩
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-
Documents associated with scientific events
- titre
- Quizz - Mieux comprendre l’intelligence artificielle en étudiant l’intelligence humaine
- auteur
- Elodie Germani
- article
- Tissage 2024 - TrIptyque Science Société pour AGir Ensemble, Apr 2023, Rennes, France. pp.1-22, 2024
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-
Reports
- titre
- Comparaison et visualisation de graphes de pangénomes
- auteur
- Siegfried Dubois, Claire Lemaitre, Thomas Faraut, Matthias Zytnicki
- article
- Université de rennes. 2023, pp.1-38
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-
Theses
- titre
- DNA fragment assembly: graph structures and chloroplast genome scaffolding
- auteur
- Victor Epain
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS083⟩
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-
- titre
- Efficient ontology-based data management
- auteur
- Wafaa El Husseini
- article
- Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS102⟩
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-
- titre
- Kappa language modelling of hepatic star cell dynamics during fibrosis development and reversion
- auteur
- Matthieu Bouguéon
- article
- Médecine humaine et pathologie. Université de Rennes, 2023. Français. ⟨NNT : 2023URENB073⟩
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-
- titre
- Knowledge graph construction from texts with an explainable, human-centered Artificial Intelligence
- auteur
- H. Ambre Ayats
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS095⟩
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-
- titre
- Explainability for machine learning models : from data adaptability to user perception
- auteur
- Julien Delaunay
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS076⟩
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-
- titre
- Machine learning for timing estimation
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS087⟩
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-
- titre
- Integration and analysis of heterogeneous biological data through multilayer graph exploitation to gain deeper insights into feed efficiency variations in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné
- article
- Agricultural sciences. Agrocampus Ouest, 2023. English. ⟨NNT : 2023NSARC170⟩
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-
- titre
- Explainable Job Recommender Systems for Recruiters and Consulting Companies
- auteur
- François Mentec
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Explainable job recommender systems for recruiters and consulting companies
- auteur
- François Mentec
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS086⟩
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-
- titre
- DNA fragment assembly, graph structures and chloroplast genome scaffolding : comparative analyses, formulations and implementations
- auteur
- Victor Epain
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS083⟩
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-
- titre
- Timed automata learning from time series
- auteur
- Lénaïg Cornanguer
- article
- Automatic Control Engineering. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS051⟩
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-
- titre
- Sketch-based approaches to process massive string data
- auteur
- Garance Gourdel
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS049⟩
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-
- titre
- Modèle Transformer pour l’interprétabilité et les prédictions multi-niveaux des fonctions des protéines à partir de leurs séquences
- auteur
- Nicolas Buton
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS040⟩
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-
- titre
- Search engine for genomic sequencing data
- auteur
- Lucas Robidou
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS039⟩
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-
- titre
- Privacy risk analysis of large-scale temporal data : application to electricity consumption data
- auteur
- Antonin Voyez, Antonin Voyez
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2023. English. ⟨NNT : 2023URENS023⟩
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-
- titre
- Integrating Explicit Knowledge with Deep Learning for Children's Handwriting Recognition and Segmentation
- auteur
- Simon Corbillé
- article
- Apprentissage [cs.LG]. Université de Rennes, 2023. Français. ⟨NNT : 2023URENS021⟩
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-
- titre
- Improving Image Quality using High Dynamic Range and Aesthetics Assessment
- auteur
- Mathieu Chambe
- article
- Image Processing [eess.IV]. Univ Rennes, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- In vitro construction and long read sequencing analysis of a 24 kb long artificial DNA sequence encoding the Universal Declaration of the Rights of Man and of the Citizen
- auteur
- Julien Leblanc, Olivier Boulle, Emeline Roux, Nicolas Jacques, Dominique Lavenier, Yann Audic
- article
- 2023
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-
- titre
- kmindex and ORA: indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets
- auteur
- Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- 2023
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-
- titre
- Compressed Consecutive Pattern Matching
- auteur
- Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya, Teresa Anna Steiner
- article
- 2023
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-
- titre
- HEADWORK: a Data-centric Crowdsourcing Platform for Complex Tasks and Participants
- auteur
- David Gross-Amblard, Marion Tommasi, Iandry Rakotoniaina, Constance Thierry, Rituraj Singh, Léo Jacoboni
- article
- 2023
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-
- titre
- Small networks of expressed genes in the whole blood and relationships to profiles in circulating metabolites provide insights in inter-individual variability of feed efficiency in growing pigs
- auteur
- Camille Juigné, Emmanuelle Becker, Florence Gondret
- article
- 2023
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-
- titre
- Masked superstrings as a unified framework for textual k-mer set representations
- auteur
- Ondřej Sladký, Pavel Veselý, Karel Břinda
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- Reasoning over Time into Models with DataTime
- auteur
- Gauthier Lyan, Jean-Marc Jézéquel, David Gross-Amblard, Romain Lefeuvre, Benoit Combemale
- article
- Software and Systems Modeling, 2022, pp.1-25
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-
- titre
- kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses
- auteur
- Téo Lemane, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (24), pp.5443-5445. ⟨10.1093/bioinformatics/btac689⟩
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-
- titre
- The evolutionary process of invasion in the fall armyworm (Spodoptera frugiperda)
- auteur
- Sudeeptha Yainna, Wee Tek Tay, Karine Durand, Estelle Fiteni, Frédérique Hilliou, Fabrice Legeai, Anne-Laure Clamens, Sylvie Gimenez, R. Asokan, C. M. Kalleshwaraswamy, Sharanabasappa S. Deshmukh, Robert L. Meagher Jr., Carlos A. Blanco, Pierre J. Silvie, Thierry Brévault, Anicet Dassou, Gael Kergoat, Thomas Walsh, Karl Gordon, Nicolas Nègre, Emmanuelle d'Alençon, Kiwoong Nam
- article
- Scientific Reports, 2022, 12, pp.21063. ⟨10.1038/s41598-022-25529-z⟩
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-
- titre
- Evidential prototype-based clustering based on transfer learning
- auteur
- Kuang Zhou, Mei Guo, Arnaud Martin
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2022, 151, pp.322-343. ⟨10.1016/j.ijar.2022.10.001⟩
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-
- titre
- Improving reusability along the data life cycle: a Regulatory Circuits Case Study
- auteur
- Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Catherine Faron, Olivier Dameron
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2022, 13 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/s13326-022-00266-4⟩
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-
- titre
- Gut microbiota analysis for prediction of clinical relapse in Crohn’s disease
- auteur
- Sylvie Buffet-Bataillon, Guillaume Bouguen, François Fleury, Vincent Cattoir, Yann Le Cunff
- article
- Scientific Reports, 2022, 12 (1), pp.19929. ⟨10.1038/s41598-022-23757-x⟩
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-
- titre
- Host-plant adaptation as a driver of incipient speciation in the fall armyworm ( Spodoptera frugiperda )
- auteur
- Estelle Fiteni, Karine Durand, Sylvie Gimenez, Robert L. Meagher Jr., Fabrice Legeai, Gael J. Kergoat, Nicolas Nègre, Emmanuelle dAlençon, Ki Woong Nam
- article
- BMC Ecology and Evolution, 2022, 22, pp.133. ⟨10.1101/2022.09.30.510290⟩
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-
- titre
- Combination of explicit segmentation with Seq2Seq recognition for fine analysis of children handwriting
- auteur
- Omar Krichen, Simon Corbillé, Eric Anquetil, Nathalie Girard, Elisa Fromont, Pauline Nerdeux
- article
- International Journal on Document Analysis and Recognition, 2022, ⟨10.1007/s10032-022-00409-4⟩
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-
- titre
- A New Belief-based Incomplete Pattern Unsupervised Classification Method
- auteur
- Zuowei Zhang, Zhe Liu, Zongfang Ma, Yiru Zhang, Hao Wang
- article
- IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, 34 (11), pp.5084-5097. ⟨10.1109/TKDE.2021.3049511⟩
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-
- titre
- QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-read sequencing data
- auteur
- Roland Faure, Dominique Lavenier
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, pp.1-8. ⟨10.1093/bioadv/vbac068/6717790⟩
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-
- titre
- The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
- auteur
- Yoann Dufresne, Teo Lemane, Pierre Marijon, Pierre Peterlongo, Amatur Rahman, Marek Kokot, Paul Medvedev, Sebastian Deorowicz, Rayan Chikhi
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩
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-
- titre
- Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells)
- auteur
- Milka Popova, Ibrahim Fakih, Evelyne Forano, Anne Siegel, Rafael Muñoz-Tamayo, Diego Morgavi
- article
- CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2022, 2022, ⟨10.1079/cabireviews202217025⟩
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-
- titre
- Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
- auteur
- Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Tom O. Delmont
- article
- eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
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-
- titre
- Deep learning for assessing the aesthetics of professional photographs
- auteur
- Mathieu Chambe, Rémi Cozot, Olivier Le Meur
- article
- Computer Animation and Virtual Worlds, 2022, pp.14. ⟨10.1002/cav.2105⟩
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-
- titre
- On computing evidential centroid through conjunctive combination: an impossibility theorem
- auteur
- Yiru Zhang, Sébastien Destercke, Zuowei Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
- article
- IEEE Transactions on Artificial Intelligence, 2022, pp.1-10. ⟨10.1109/TAI.2022.3180973⟩
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-
- titre
- Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology
- auteur
- Anna Niarakis, Dagmar Waltemath, James Glazier, Falk Schreiber, Sarah Keating, David Nickerson, Claudine Chaouiya, Anne Siegel, Vincent Noël, Henning Hermjakob, Tomáš Helikar, Sylvain Soliman, Laurence Calzone
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2022, 23 (4), pp.1-11. ⟨10.1093/bib/bbac212⟩
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-
- titre
- Galaxy Training: A powerful framework for teaching!
- auteur
- Saskia Hiltemann, Helena Rasche, Simon Gladman, Hans-Rudolf Hotz, Delphine Larivière, Daniel Blankenberg, Pratik Jagtap, Thomas Wollmann, Anthony Bretaudeau, Nadia Goué, Timothy Griffin, Coline Royaux, Yvan Le Bras, Subina Mehta, Anna Syme, Frederik Coppens, Bert Droesbeke, Nicola Soranzo, Wendi Bacon, Fotis Psomopoulos, Cristóbal Gallardo-Alba, John Davis, Melanie Christine Föll, Matthias Fahrner, Maria Doyle, Beatriz Serrano-Solano, Anne Claire Fouilloux, Peter van Heusden, Wolfgang Maier, Dave Clements, Florian Heyl, Björn Grüning, Bérénice Batut
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 19 (1), pp.e1010752. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010752⟩
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-
- titre
- Spodoptera littoralis genome mining brings insights on the dynamic of expansion of gustatory receptors in polyphagous noctuidae
- auteur
- Camille Meslin, Pauline Mainet, Nicolas Montagné, Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, J Spencer Johnston, Fotini A. Koutroumpa, Emma Persyn, Christelle Monsempès, Marie-Christine François, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- G3, 2022, 12 (8), pp.jkac131. ⟨10.1093/g3journal/jkac131⟩
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-
- titre
- Diversity and Inclusion Activities in EGC - A 2022 Report
- auteur
- Sihem Amer-Yahia, Angela Bonifati, Cécile Favre, Elisa Fromont, Nicolas Labroche, Guy Melançon, Florence Sèdes, Arnaud Soulet, Alexandre Termier
- article
- SIGKDD explorations : newsletter of the Special Interest Group (SIG) on Knowledge Discovery & Data Mining, 2022, 24 (1), pp.52-56. ⟨10.1145/3544903.3544911⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- EnosLib: A Library for Experiment-Driven Research in Distributed Computing
- auteur
- Ronan-Alexandre Cherrueau, Marie Delavergne, Alexandre van Kempen, Adrien Lebre, Dimitri Pertin, Javier Rojas Balderrama, Anthony Simonet, Matthieu Simonin
- article
- IEEE Transactions on Parallel and Distributed Systems, 2022, 33 (6), pp.1464-1477. ⟨10.1109/TPDS.2021.3111159⟩
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-
- titre
- On the Universality of Atomic and Molecular Logics via Protologics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Logica Universalis, 2022, 16 (1-2), pp.285-322. ⟨10.1007/s11787-022-00298-5⟩
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-
- titre
- kmtricks: Efficient construction of Bloom filters for large sequencing data collections
- auteur
- Téo Lemane, Paul Medvedev, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, ⟨10.1093/bioadv/vbac029⟩
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-
- titre
- Décoder le génome : vers la compréhension du fonctionnement du SARS-CoV-2
- auteur
- Hélène Touzet, Mikaël Salson, Claire Lemaitre
- article
- Interstices, 2022
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-
- titre
- Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
- auteur
- Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline Brito, C. Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç, Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas, Eugene Goltsman, Melissa Gray, Lars Hestbjerg Hansen, Steven Hofmeyr, Pingqin Huang, Luiz Irber, Huijue Jia, Tue Sparholt Jørgensen, Silas Kieser, Terje Klemetsen, Axel Kola, Mikhail Kolmogorov, Anton Korobeynikov, Jason Kwan, Nathan Lapierre, Claire Lemaitre, Chenhao Li, Antoine Limasset, Fabio Malcher-Miranda, Serghei Mangul, Vanessa Marcelino, Camille Marchet, Pierre Marijon, Dmitry Meleshko, Daniel Mende, Alessio Milanese, Niranjan Nagarajan, Jakob Nissen, Sergey Nurk, Leonid Oliker, Lucas Paoli, Vitor Piro, Jacob Porter, Simon Rasmussen, Evan Rees, Knut Reinert, Bernhard Renard, Espen Mikal Robertsen, Gail Rosen, Hans-Joachim Ruscheweyh, Varuni Sarwal, Nicola Segata, Enrico Seiler, Lizhen Shi, Fengzhu Sun, Shinichi Sunagawa, Søren Johannes Sørensen, Ashleigh Thomas, Chengxuan Tong, Mirko Trajkovski, Julien Tremblay, Gherman Uritskiy, Riccardo Vicedomini, Zhengyang Wang, Ziye Wang, Zhong Wang, Andrew Warren, Nils Peder Willassen, Katherine Yelick, Ronghui You, Georg Zeller, Zhengqiao Zhao, Shanfeng Zhu, Jie Zhu, Ruben Garrido-Oter, Petra Gastmeier, Stephane Hacquard, Susanne Häußler, Ariane Khaledi, Friederike Maechler, Fantin Mesny, Simona Radutoiu, Paul Schulze-Lefert, Nathiana Smit, Till Strowig, Andreas Bremges, Alexander Sczyrba, Alice Carolyn Mchardy, Pierre Peterlongo
- article
- Nature Methods, 2022, 19 (4), pp.429-440. ⟨10.1038/s41592-022-01431-4⟩
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-
- titre
- Visual Servoing in Autoencoder Latent Space
- auteur
- Samuel Felton, Pascal Brault, Elisa Fromont, Eric Marchand
- article
- IEEE Robotics and Automation Letters, 2022, 7 (2), pp.3234-3241. ⟨10.1109/LRA.2022.3144490⟩
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-
- titre
- The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
- auteur
- Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- BMC Genomics, 2022, 23, pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-022-08459-y⟩
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-
- titre
- Hide and Mine in Strings: Hardness, Algorithms, and Experiments
- auteur
- Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
- article
- IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2022, pp.1-6. ⟨10.1109/TKDE.2022.3158063⟩
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-
- titre
- EXOSC10/Rrp6 is essential for the eight-cell embryo/morula transition
- auteur
- Fabrice G. Petit, Soazik P. Jamin, Pierre-Yves Kernanec, Emmanuelle Becker, Guillaume Halet, Michael Primig
- article
- Developmental Biology, 2022, 483, pp.58-65. ⟨10.1016/j.ydbio.2021.12.010⟩
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-
- titre
- XEM: An explainable-by-design ensemble method for multivariate time series classification
- auteur
- Kevin Fauvel, Elisa Fromont, Véronique Masson, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2022, 36 (3), pp.917-957. ⟨10.1007/s10618-022-00823-6⟩
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-
- titre
- A Large-scale Empirical Analysis of Browser Fingerprints Properties for Web Authentication
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit, Alexandre Garel
- article
- ACM Transactions on the Web, 2022, 16 (1), pp.1--62. ⟨10.1145/3478026⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards a reproducible interactome: semantic-based detection of redundancies to unify protein-protein interaction databases
- auteur
- Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2022, Proceedings, 38 (6), pp.1-7. ⟨10.1093/bioinformatics/btac013⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Disease progression score estimation from multimodal imaging and microRNA data using supervised variational autoencoders
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnes Camuzat, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 2022, 26 (12), pp.1-12. ⟨10.1109/JBHI.2022.3208517⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BSC: Belief Shift Clustering
- auteur
- Zuo-Wei Zhang, Zhun-Ga Liu, Arnaud Martin, Kuang Zhou
- article
- IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2022, pp.1-13. ⟨10.1109/TSMC.2022.3205365⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SECURE-GEGELATI Always-On Intrusion Detection through GEGELATI Lightweight Tangled Program Graphs
- auteur
- Nicolas Sourbier, Karol Desnos, Thomas Guyet, Frédéric Majorczyk, Olivier Gesny, Maxime Pelcat
- article
- Journal of Signal Processing Systems, 2022, Design and Architectures for Signal and Image Processing 2021, 94 (7), pp.753-770. ⟨10.1007/s11265-021-01728-1⟩
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-
- titre
- Identifying genes with conserved splicing structure and orthologous isoforms in human, mouse and dog
- auteur
- Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart
- article
- BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.1-14. ⟨10.1186/s12864-022-08429-4⟩
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-
- titre
- Impact of Data Cleansing for Urban Bus Commercial Speed Prediction
- auteur
- Gauthier Lyan, David Gross-Amblard, Jean-Marc Jézéquel, Simon Malinowski
- article
- SN Computer Science, 2022, 3 (82), pp.1-11. ⟨10.1007/s42979-021-00966-1⟩
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-
- titre
- Masculinization of the X-chromosome in aphid soma and gonads
- auteur
- Julie Jaquiéry, Jean-Christophe Simon, Stéphanie Robin, Gautier Richard, Jean Peccoud, Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Sylvie Tanguy, Nathalie Prunier Leterme, Gaël Le Trionnaire
- article
- Peer Community Journal, 2022, 2, pp.e53. ⟨10.24072/pcjournal.166⟩
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-
- titre
- Anomaly Explanation : A Review
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- Data and Knowledge Engineering, 2022, 137, pp.101946
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Precision feeding of lactating sows: implementation and evaluation of a decision support system in farm conditions
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Dan Bussières, Jean-Philippe Martineau, Jean-Yves Dourmad
- article
- Journal of Animal Science, 2022, pp.1-40. ⟨10.1093/jas/skac222⟩
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-
- titre
- MicroRNA signatures in genetic frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Morwena Latouche, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
- article
- Annals of Clinical and Translational Neurology, 2022, pp.1-14. ⟨10.1002/acn3.51674⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multi-omic investigation of low-nitrogen conditional resistance to clubroot reveals Brassica napus genes involved in nitrate assimilation
- auteur
- Y Aigu, Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Nathalie Marnet, C Lariagon, Anne Laperche, F Legeai, Maria J Manzanares-Dauleux, Antoine Gravot
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.790563. ⟨10.3389/fpls.2022.790563⟩
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-
- titre
- Discrete modeling for integration and analysis of large-scale signaling networks
- auteur
- Pierre Vignet, Jean Coquet, Sébastien Aubert, Matéo Boudet, Anne Siegel, Nathalie Théret
- article
- PLoS Computational Biology, 2022, 18 (6), pp.e1010175. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010175⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Learning a credal classifier with optimized and adaptive multi-estimation for missing data imputation
- auteur
- Zuo-Wei Zhang, Hong-Peng Tian, Ling-Zhi Yan, Arnaud Martin, Kuang Zhou
- article
- IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2022, 52 (7), pp.4092-4104
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩
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-
Scientific blog post
- titre
- Comment la bioinformatique a résolu le puzzle du génome du SARS-CoV-2
- auteur
- Claire Lemaitre, Mikaël Salson, Hélène Touzet
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- The Lannion report on Big Data and Security Monitoring Research
- auteur
- Laurent d'Orazio, Jalil Boukhobza, Omer Rana, Juba Agoun, Le Gruenwald, Hervé Rannou, Elisa Bertino, Mohand-Saïd Hacid, Taofik Saïdi, Georges Bossert, VanLong Nguyen Huu, Dimitri Tombroff, Makoto Onizuka
- article
- Workshop on Big Data for CyberSecurity (BigCyber-2022), Dec 2022, Osaka, Japan. pp.2960-2969, ⟨10.1109/BigData55660.2022.10020852⟩
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-
- titre
- A method to identify target molecules and extract the corresponding graph of interactions in BioPAX
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- BBCC2022 - Bioinformatics and Computational Biology Conference, Dec 2022, Virtual, Italy
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The french INRIA- INRAE White Book “Agriculture and digital technologies” - Coupling digitalization and agroecology to design more sustainable and resilient food systems
- auteur
- Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- NARO 2022 - 2nd International Symposium on Food and Health “Global Food Security and Human Health -Toward Transforming the Food System with Advanced Technology-”, Dec 2022, virtuel, Japan
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-
- titre
- Prédiction des épidémies de cercosporiose de la betterave par des approches d’apprentissage automatique.
- auteur
- Lucile Vallet, François Brun, Olivier Gauriau, François Joudelat, Céline Gouwie, Ghislain Malatesta, Juliette Adrian, Fabienne Maupas
- article
- VÉGÉPHYL -13ème Conférence internationale sur les maladies des plantes, Dec 2022, Orléans, France. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- DNA Storage: Synthesis and Sequencing Semiconductor Technologies
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- IEDM 2022 - 68th Annual IEEE International Electron Devices Meeting, Dec 2022, San Francisco, United States. pp.1-4
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Intégration de données de phénotypiques, environnementales et de biodiversité à l'aide des technologies du Web Sémantique
- auteur
- Olivier Dameron, Yael Tirlet, Matéo Boudet, Fabrice Legeai
- article
- SYSINFO-INRAe 2022 - Journées INRAE systèmes d'information pour les données agro-environnementales, Nov 2022, Clermont-Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- HairSplitter: assembling long reads in an unknown number of haplotypes
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- SeqBIM 2022 - Journées sur les Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Nov 2022, Bordeaux, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Pattern matching under DTW distance
- auteur
- Garance Gourdel, Anne Driemel, Pierre Peterlongo, Tatiana Starikovskaya
- article
- SPIRE 2022 - 29th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Nov 2022, Concepción, Chile. pp.315--330
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CATREEN : Context-Aware Code Timing Estimation with Stacked Recurrent Networks
- auteur
- Abderaouf Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- ICTAI 2022 - 34th IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Oct 2022, Virtually, China. pp.1-6, ⟨10.1109/ICTAI56018.2022.00090⟩
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-
- titre
- ASSIST: Outil pour l'extraction et l'analyse statistique d'articles
- auteur
- Justine Fouillé, Thi Lan Huong Nguyen, Baptiste Alix, Brett Becker, Matthieu Rochard, Hélène de Ribaupierre, Laurent d'Orazio
- article
- EDA 2022 : 18ème journées Business Intelligence & Big Data, Oct 2022, Clermont- Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reliability-Based Imbalanced Data Classification with Dempster-Shafer Theory
- auteur
- Hongpeng Tian, Zuowei Zhang, Arnaud Martin, Zhunga Liu
- article
- 7th International Conference on Belief Functions, Oct 2022, PARIS, France. ⟨10.1007/978-3-031-17801-6_8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Real bird dataset with imprecise and uncertain values
- auteur
- Constance Thierry, Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- 7th International Conference on Belief Functions, Oct 2022, Paris, France
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-
- titre
- Belief functions on ordered frames of discernment
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- 7th International Conference on Belief Functions (BELIEF2022), BFAS, Oct 2022, Paris, France
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-
- titre
- Imperfect Labels with Belief Functions for Active Learning
- auteur
- Arthur Hoarau, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- Belief Functions: Theory and Applications, Oct 2022, Paris, France. pp.44-53, ⟨10.1007/978-3-031-17801-6_5⟩
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-
- titre
- Gestion de données efficace dans les bases de connaissances
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA "Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications", Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Towards Speeding Up Graph-Relational Queries in RDBMSs
- auteur
- Angelos Christos Anadiotis, François Goasdoué, Mhd Yamen Haddad, Ioana Manolescu
- article
- BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA « Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- OptiRef : optimisation pour la gestion de données dans les bases de connaissances
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- BDA 2022 - 38èmes journées de la conférence BDA "Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications", Oct 2022, Clermont-Ferrand, France
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-
- titre
- Exploration de données massives à l'aide d'estimations de cardinalités
- auteur
- Pierre Nerzic, Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- LFA 2022 - Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2022, Toulouse, France
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-
- titre
- PANDA : Personnaliser les ANomalies Détectées par Apprentissage
- auteur
- Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Véronne Yepmo, Olivier Pivert
- article
- LFA 2022 - Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2022, Toulouse, France
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-
- titre
- When Should We Use Linear Explanations?
- auteur
- Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
- article
- CIKM 2022 - 31st ACM International Conference on Information and Knowledge Management, ACM, Oct 2022, Atlanta, United States. pp.355-364, ⟨10.1145/3511808.3557489⟩
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-
- titre
- QuickFill, QuickMixte : approches par blocs pour la réduction du nombre de programmes en synthèse de programmes
- auteur
- Vanessa Fokou, Peggy Cellier, Maurice Tchuente, Alexandre Termier
- article
- CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-10
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- titre
- Contributions des entrées sur les sorties pour les réseaux métaboliques sur génomes entiers: performances et utilisation pour des études en nutrition humaine
- auteur
- Oumarou Abdou Arbi, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-12
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-
- titre
- VCNet: A self-explaining model for realistic counterfactual generation
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Thomas Guyet, Tassadit Bouadi, Alexandre Termier
- article
- ECML PKDD 2022 - European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases., Sep 2022, Grenoble, France. pp.1-16
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-
- titre
- Multi-objective query optimization in Spark SQL
- auteur
- Michail Georgoulakis, Verena Kantere, Laurent D’orazio
- article
- IDEAS 2022 - International Database Engineered Applications Symposium, Aug 2022, Budapest, Hungary
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-
- titre
- SLA-Aware Cloud Query Processing with Reinforcement Learning-based Multi-Objective Re-Optimization
- auteur
- Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
- article
- DAWAK 2022 - International Conference on Data Warehousing and Knowledge Discovery, Aug 2022, Vienna, Austria
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- titre
- Massive Data Exploration using Estimated Cardinalities
- auteur
- Pierre Nerzic, Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- WCCI 2022 - IEEE World Congress on Computational Intelligence, Jul 2022, Padoue, Italy
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- titre
- UniRank: Unimodal Bandit Algorithm for Online Ranking
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
- article
- ICML 2022 - 39th International Conference on Machine Learning, Jul 2022, Baltimore, United States. pp.1-31
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-
- titre
- Membership Inference Attacks on Aggregated Time Series with Linear Programming
- auteur
- Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
- article
- SECRYPT 2022 - 19th International Conference on Security and Cryptography, Jul 2022, Lisbon, France. pp.193-204, ⟨10.5220/0011276100003283⟩
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-
- titre
- PANDA: Human-in-the-Loop Anomaly Detection and Explanation
- auteur
- Grégory Smits, Marie-Jeanne Lesot, Véronne Yepmo, Olivier Pivert
- article
- IPMU 2022 - Information Processing and Management of Uncertainty in Knowledge-Based Systems, Jul 2022, Milan, Italy
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- titre
- S-LIME : reconcilier localité et fidélité des explications linéaires
- auteur
- Romaric Gaudel, Luis Galárraga, Julien Delaunay, Laurence Roze, Vaishnavi Bhargava
- article
- CAP - RFIAP 2022 - Conférence française sur l'apprentissage machine - Reconnaissance de formes, Images, Apprentissage et Perception, Jul 2022, Vannes, France
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- titre
- Detection and correction of non-conformities and redundancies in complexes of molecules in BioPAX
- auteur
- Camille Juigné, Olivier Dameron, François Moreews, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.1-25
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- titre
- Optimal Scaffolding for Chloroplasts' Inverted Repeats
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM2022, Jul 2022, Rennes, France
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- titre
- UniRank : un algorithme de bandit générique pour l'ordonnancement en ligne
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Élisa Fromont
- article
- CAP - RFIAP 2022 - Conférence française sur l'apprentissage machine - Reconnaissance de formes, Images, Apprentissage et Perception, Elisa Fromont et Nicolas Courty, Jul 2022, Vannes, France
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- titre
- Highlight on Computing disease progression scores using multimodal variational autoencoders trained with neuroimaging and microRNA data
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- Jobim 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
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- titre
- Highlight on semantic web technologies are effective to remove redundancies from protein-protein interaction databases and define reproducible interactomes
- auteur
- Marc Melkonian, Camille Juigné, Olivier Dameron, Gwenaël Rabut, Emmanuelle Becker
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. pp.146
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- titre
- Construction de Graphes de Connaissance à partir de textes avec une I.A. centrée-utilisateur
- auteur
- H. Ambre Ayats
- article
- TALN 2022 - 29e Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles, Jun 2022, Avignon, France. pp.33-46
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- titre
- Optimisation du Positionnement de Voitures en Autopartage basée sur la Prédiction de leur Utilité
- auteur
- Gregory Martin, Matthieu Donain, Elisa Fromont, Tias Guns, Laurence Roze, Alexandre Termier
- article
- Conférence Nationale en Intelligence Artificielle 2022 (CNIA 2022), Jun 2022, Saint-Etienne, France. pp.1-10
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- titre
- Processing-in-Memory to speed up NGS analysis
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- SFA²F 2022 - Sequencing to Function: Analysis and Application for the Future, Jun 2022, Santa Fe, United States
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-
- titre
- CONNOR: Exploring Similarities in Graphs with Concepts of Neighbors
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- ETAFCA 2022 - Existing Tools and Applications for Formal Concept Analysis, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-6
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-
- titre
- Exploring the Application of Graph-FCA to the Problem of Knowledge Graph Alignment
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- CLA 2022 - 16th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling Complex Structures in Graph-FCA: Illustration on Natural Language Syntax
- auteur
- Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- ETAFCA 2022 - Existing Tools and Applications for Formal Concept Analysis, Jun 2022, Tallinn, Estonia. pp.1-6
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-
- titre
- Cache management in MASCARA-FPGA: from coalescing heuristic to replacement policy
- auteur
- Van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
- article
- DaMoN 2022 - 18th International Workshop on Data Management on New Hardware, Jun 2022, Philadelphia, United States. pp.1-5, ⟨10.1145/3533737.3535096⟩
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-
- titre
- Iterated Dependencies in a Breton treebank and implications for a Categorial Dependency Grammar
- auteur
- Annie Foret, Denis Béchet, Valérie Bellynck
- article
- Proceedings of the 4th Celtic Language Technology Workshop within LREC2022, Jun 2022, Marseille, France
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-
- titre
- Towards a Graph-Oriented Perspective for Querying Music Scores
- auteur
- Philippe Rigaux, Virginie Thion
- article
- Proceedings of the INFORSID conference, May 2022, Dijon, France
- Accès au bibtex
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- titre
- Clock-G: A temporal graph management system with space-efficient storage technique
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- International Conference on Data Engineering (ICDE 2022), May 2022, Kuala Lumpur, Malaysia
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Générer des explications contrefactuelles à l'aide d'un autoencodeur supervisé
- auteur
- Victor Guyomard, Françoise Fessant, Tassadit Bouadi, Thomas Guyet
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, EGC’2022, Apr 2022, Blois, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- s-LIME: Reconciling Locality and Fidelity in Linear Explanations
- auteur
- Romaric Gaudel, Luis Galárraga, Julien Delaunay, Laurence Rozé, Vaishnavi Bhargava
- article
- IDA 2022 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2022, Rennes, France. pp.1-13
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Two-Step Approach for Explainable Relation Extraction
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- IDA 2022 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2022, Rennes, France. pp.1-12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- RTGEN : A Relative Temporal Graph GENerator
- auteur
- Maria Massri, Zoltan Miklos, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- DATAPLAT workshop at the EDBT/ICDT 2022 Joint Conference, Mar 2022, Edinburgh, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- From Cloud to Serverless: MOO in the new Cloud epoch
- auteur
- Michail Georgoulakis Misegiannis, Laurent D’orazio, Verena Kantere
- article
- International Conference on Extending Database Technology (EDBT), Mar 2022, Virtual, United Kingdom. ⟨10.48786/edbt.2022.58⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A first proposal for secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
- article
- DSMM 2022 - 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Experimental DNA storage platform
- auteur
- Olivier Boullé, Dominique Lavenier
- article
- DSMM 2022 - 1st International Conference on Data Storage in Molecular Media, Mar 2022, Virtual, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- RISCLESS: A Reinforcement Learning Strategy to Guarantee SLA on Cloud Ephemeral and Stable Resources
- auteur
- Sidahmed Yalles, Mohamed Handaoui, Jean-Emile Dartois, Olivier Barais, Laurent d'Orazio, Jalil Boukhobza
- article
- 2022 30th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing (PDP), Mar 2022, Valladolid, Spain. pp.83-87, ⟨10.1109/PDP55904.2022.00021⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Linear integer programming approach for chloroplast genome scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 23ème congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision, INSA Lyon, Feb 2022, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- TAG: Learning Timed Automata from Logs
- auteur
- Lénaïg Cornanguer, Christine Largouët, Laurence Rozé, Alexandre Termier
- article
- AAAI 2022 - 36th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Virtual, Canada. pp.1-9
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- XPM: An explainable-by-design pattern-based estrus detection approach to improve resource use in dairy farms
- auteur
- Issei Harada, Kevin Fauvel, Thomas Guyet, Véronique Masson, Alexandre Termier, Philippe Faverdin
- article
- AAAI 2022 - 36th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2022, Vancouver, Canada. pp.1-10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A multimodal variational autoencoder for estimating progression scores from imaging and microRNA data in rare neurodegenerative diseases
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Emmanuelle Becker, Dario Saracino, Vincent Anquetil, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot
- article
- SPIE Medical Imaging 2022: Image Processing, Feb 2022, San Diego, California, United States. pp.376-382, ⟨10.1117/12.2607250⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Kartu-Verbs : un système d'informations logiques de formes verbales fléchies pour contourner les problèmes de lemmatisation des verbes géorgiens
- auteur
- Mireille Ducassé
- article
- EGC 2022 - Conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances, Jan 2022, Blois, France. pp.421-428
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Low-cost Multispectral Scene Analysis with Modality Distillation
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- WACV 2022 - IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, Jan 2022, Waikoloa /Virtual, United States. pp.1-10, ⟨10.1109/WACV51458.2022.00339⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- The rule-based model approach. A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jérôme Feret, Octave Hazard, Nathalie Théret
- article
- Elisabetta De Maria. Systems Biology Modelling and Analysis: Formal Bioinformatics Methods and Tools, Wiley, pp.1-76, 2022, 978-1-119-71653-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome Assembly
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics - SCIENCES - Bioinformatics - ISTE Wiley, 2022, 9781789450668
- Accès au bibtex
-
- titre
- Metagenomics and Metatranscriptomics
- auteur
- Cervin Guyomar, Claire Lemaitre
- article
- From Sequences to Graphs: Discrete Methods and Structures for Bioinformatics, ISTE, 2022, 9781789450668
- Accès au bibtex
-
- titre
- Méthodes du Web sémantique pour l’intégration de données en sciences de la vie
- auteur
- Olivier Dameron
- article
- Intégration de données biologiques, ISTE Group, pp.1-30, 2022, 9781789480306
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Problèmes d'optimisation combinatoire pour l'étude du métabolisme
- auteur
- Clémence Frioux, Anne Siegel
- article
- Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, ISTE éditions, 2022, Encyclopédie Sciences, 9781789480290. ⟨10.51926/ISTE.9029.ch2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Streaming Regular Expression Membership and Pattern Matching
- auteur
- Bartłomiej Dudek, Paweł Gawrychowski, Garance Gourdel, Tatiana Starikovskaya
- article
- Proceedings of the 2022 Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms (SODA), Society for Industrial and Applied Mathematics, pp.670-694, 2022, ⟨10.1137/1.9781611977073.30⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Les défis de demain
- auteur
- Ludovic Brossard, Véronique Bellon Maurel, Pierre Bisquert, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Roland Lenain, Pierre P. Labarthe, Evelyne Lutton, Pierre Maurel, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- Agriculture et numérique : Tirer le meilleur du numérique pour contribuer à la transition vers des agricultures et des systèmes alimentaires durables, 6, INRIA, pp.120-143, 2022, Livre blanc INRIA
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-
- titre
- Foundations and state of the art
- auteur
- Nathalie Mitton, Ludovic Brossard, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Romain Gautron, Nadine Hilgert, Dino Ienco, Christine Largouët, Evelyne Lutton, Véronique Masson, Roger Martin-Clouaire, Marie-Laure Mugnier, Pascal Neveu, Philippe Preux, Helene Raynal, Catherine Roussey, Alexandre Termier, Véronique Bellon Maurel
- article
- Agriculture and Digital Technology: Getting the most out of digital technology to contribute to the transition to sustainable agriculture and food systems, 6, INRIA, pp.30-75, 2022, White book Inrira
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-
- titre
- Challenges for the future
- auteur
- Ludovic Brossard, Véronique Bellon Maurel, Pierre Bisquert, Tassadit Bouadi, Frédérick Garcia, Roland Lenain, Pierre P. Labarthe, Evelyne Lutton, Pierre Maurel, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- Agriculture and Digital Technology: Getting the most out of digital technology to contribute to the transition to sustainable agriculture and food systems, 6, pp.112-134, 2022, White book Inria, 978-2-7261-1310-3
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-
- titre
- Conceptual Navigation in Large Knowledge Graphs
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Springer. Complex Data Analytics with Formal Concept Analysis, Springer, pp.1-30, 2022
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- From homogeneous data to heterogeneous data in systems biology
- auteur
- Emmanuelle Becker
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022
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-
Master thesis
- titre
- Pondération d'automates obtenus par alignements partiels de séquences protéiques
- auteur
- Thibaut Antoine, François Coste
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Search for exposomic causality of liver fibrosis using network analysis
- auteur
- Cécile Beust
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Draft reconstructions of metabolic networks from Nanopore and shotgun metagenomic data.
- auteur
- Moana Aulagner
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparative analysis of genome scale metabolic networks in brown algae
- auteur
- Pauline Hamon-Giraud
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integration of farming and environmental data thanks to Web semantic technologies
- auteur
- Yael Tirlet
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2022
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-
Books
- titre
- Advances in Knowledge Discovery and Management, Volume 9
- auteur
- Rakia Jaziri, Arnaud Martin, Marie-Christine Rousset, Lydia Boudjeloud-Assala, Fabrice Guillet
- article
- Springer Internation Publishing 2022; Springer International Publishing, 1004, 2022, Studies in Computational Intelligence, 9783030902865. ⟨10.1007/978-3-030-90287-2⟩
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-
- titre
- Agriculture et numérique
- auteur
- Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- INRIA, pp.1-195, 2022, ⟨10.17180/wmkb-ty56⟩
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-
- titre
- Agriculture and Digital Technology
- auteur
- Véronique Bellon Maurel, Ludovic Brossard, Frédérick Garcia, Nathalie Mitton, Alexandre Termier
- article
- pp.1-185, 2022, ⟨10.17180/wmkb-ty56-en⟩
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-
Poster communications
- titre
- Integration and analysis of heterogeneous biological data modelled with multilayer graphs for a better understanding of feed efficiency
- auteur
- Camille Juigné
- article
- Séminaire DIGIT-BIO INRAE, Dec 2022, Ecully, France
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-
- titre
- Machine learning for timing estimation
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou, Elisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- D3 - Architecture séminaire: PhD days / Journées doctorants – 2022, Nov 2022, Rennes, France
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-
- titre
- Storing the declaration of human rights on one data DNA molecule
- auteur
- Gouenou Coatrieux, Chloé Berton, Elsa Dupraz, Belaid Hamoum, Thomas Derrien, Yann Audic, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas, Julien Leblanc, Olivier Boullé, Emeline Roux
- article
- CominLabs day 2022, Oct 2022, Rennes, France. pp.1-1
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-
- titre
- Hairsplitter: Separating noisy long reads into an unknown number of haplotypes
- auteur
- Roland Faure, Jean-François Flot, Dominique Lavenier
- article
- Genome Informatics 2022, Sep 2022, London / Virtual, United Kingdom. pp.1-1
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-
- titre
- BIPAA, Bioinformatics Platform for the Agroecosystems Arthropods.
- auteur
- Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- The 11th international workshop on Molecular Biology and Genetics of the Lepidoptera, Aug 2022, Kolympari, Greece
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-
- titre
- PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste, Mathilde Carpentier
- article
- ISMB 2022 - 30th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2022, Madison, United States. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AskoR, an R package for easy RNA-Seq data analysis illustrated by the analysis of plant/pathogen/microbiote interactions.
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Kévin Gazengel, Masanelli Sylvin, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Stéphanie Daval, Fabrice Legeai
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (Jobim), Jul 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EnzBert: Deep attention network for enzyme class predictions
- auteur
- Nicolas Buton, Yann Le Cunff, François Coste
- article
- JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SVJedi-graph: genotyping close and overlapping structural variants with a variation graph and long-reads
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The genomic basis of the Streptococcus thermophilus health-promoting properties
- auteur
- Emeline Roux, Aurélie Nicolas, Florence Valence, Grégoire Siekaniec, Victoria Chuat, Jacques Nicolas, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- JOBIM 2022 - Les journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , pp.1-1, 2022
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-
- titre
- Secure data storage into DNA molecules compliant with biological constraints: Ensuring the confidentiality of data stored into DNA molecules
- auteur
- Chloé Berton, Gouenou Coatrieux, Dominique Lavenier
- article
- RITS 2022 - Recherche en Imagerie et Technologies pour la Santé, May 2022, Brest, France. pp.1-1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Functional Motif Prediction in ADAMTS-TSL proteins Based on Module(s) and Phenotype(s) Co-appearance
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Théret
- article
- ALPHY/AIEM 2022 - Rencontres Génomique évolutive, Bioinformatique, Alignement et Phylogénie, Mar 2022, Rennes, France
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-
Reports
- titre
- Generalized Keisler Theorems for Atomic and Molecular Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Université de Rennes 1. 2022
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-
- titre
- Generalized Keisler Theorems for First-order Logic and Protologics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Université de Rennes 1 (UR1). 2022
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-
- titre
- Sur les traces de Mobi’Kids. L’enfant autonome au défi de la ville
- auteur
- Sandrine Depeau, Isabelle I. André-Poyaud, Nathalie Audas, Hélène Bailleul, Olivier Bedel, Abdelhakim Boumoud, Sonia Chardonnel, Pierre Cherel, Aurèle Desgans, Thomas Devogele, Pierre Dias, Sylvestre Duroudier, Laurent Etienne, Benoît Feildel, Francis Jambon, Fallou Kasse Serigne, Colin Kerouanton, Manon Le Goc, Maëlys Le Magadou, Arnaud Lepetit, Françoise Leprince, Théa Manola, Jul Mcoisans, Boris Mericskay, Eve Moffat, Clément Moreau, Estelle Ployon, Nicolas Robinet, Kamila Tabaka, Jean-Paul Thibaud
- article
- ESO (CNRS, Université Rennes2); PACTE (CNRS, UGA, Sciences Po Grenoble); AAU (CNRS, Centrale Nantes, ENSA Nantes et Grenoble, UGA); LIFAT (Université de Tours); (PME) ALKANTE; PME, RF TRACK PME. 2022, pp.75
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-
Theses
- titre
- Designing a temporal graph management system for IoT application domains
- auteur
- Maria Massri
- article
- Databases [cs.DB]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S103⟩
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-
- titre
- Characterization in functional modules of ADAMTS-TSL proteins, by phylogeny approaches
- auteur
- Olivier Dennler
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Indexing and analysis of large sequencing collections using k-mer matrices
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S127⟩
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-
- titre
- Haplotype phasing from long reads with ASP : a flexible optimization approach
- auteur
- Clara Delahaye
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S093⟩
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-
- titre
- Semantic caching framework towards FPGA acceleration for range query processing in domain of massive distributed data
- auteur
- Huu van Long Nguyen
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S094⟩
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-
- titre
- Combining knowledge-based and sequence comparison approaches to elucidate metabolic functions, from pathways to communities
- auteur
- Arnaud Belcour
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S061⟩
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-
- titre
- Multimodal analysis of neuroimaging and transcriptomic data in genetic frontotemporal dementia
- auteur
- Virgilio Kmetzsch
- article
- Machine Learning [stat.ML]. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS279⟩
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-
- titre
- List recommendations with multi-armed bandits
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S023⟩
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-
- titre
- Identification and quantification of microbial strains in metagenomic samples using variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Representation of uncertainty and imprecision between clusters with belief functions
- auteur
- Zuowei Zhang
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes; Northwestern Polytechnical University (Chine), 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S003⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacteriumFibrobacter succinogenesS85
- auteur
- Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Muñoz-Tamayo
- article
- 2022
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-
- titre
- Unique in the Smart Grid -The Privacy Cost of Fine-Grained Electrical Consumption Data
- auteur
- Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
- article
- 2022
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-
- titre
- Overlap Graphs for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 2022
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-
- titre
- MTG-Link: leveraging barcode information from linked-reads to assemble specific loci
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- 2022
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-
- titre
- CATREEN: Context-Aware Code Timing Estimation with Stacked Recurrent Networks
- auteur
- Abderaouf Nassim Amalou, Élisa Fromont, Isabelle Puaut
- article
- 2022
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-
- titre
- Inverted Repeats Scaffolding for a Dedicated Chloroplast Genome Assembler
- auteur
- Victor Epain, Dominique Lavenier, Rumen Andonov
- article
- 2022
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-
- titre
- HDR-LFNet: Inverse Tone Mapping using Fusion Network
- auteur
- Mathieu Chambe, Ewa Kijak, Zoltan Miklos, Olivier Le Meur, Rémi Cozot, Kadi Bouatouch
- article
- 2022
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-
- titre
- Integer Programming Approach for Nested Pairs Genome Scaffolding
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- EsMeCaTa: Estimating metabolic capabilities from taxonomic affiliations
- auteur
- Arnaud Belcour, Baptiste Ruiz, Clémence Frioux, Samuel Blanquart, Anne Siegel
- article
- 2022
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-
- titre
- Overlap Graph for Assembling and Scaffolding Algorithms: Paradigm Review and Implementation Proposals
- auteur
- Victor Epain
- article
- 2022
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-
2021
Journal articles
- titre
- XCM: An Explainable Convolutional Neural Network for Multivariate Time Series Classification
- auteur
- Kevin Fauvel, Tao Lin, Véronique Masson, Élisa Fromont, Alexandre Termier
- article
- Mathematics , 2021, 9 (23), pp.1-20. ⟨10.3390/math9233137⟩
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-
- titre
- Global patterns in genomic diversity underpinning the evolution of insecticide resistance in the aphid crop pest Myzus persicae
- auteur
- Kumar Saurabh Singh, Erick Cordeiro, Bartlomiej Troczka, Adam Pym, Joanna Mackisack, Thomas Mathers, Ana Duarte, Fabrice Legeai, Stéphanie Robin, Pablo Bielza, Hannah Burrack, Kamel Charaabi, Ian Denholm, Christian Figueroa, Richard Ffrench-Constant, Georg Jander, John Margaritopoulos, Emanuele Mazzoni, Ralf Nauen, Claudio Ramírez, Guangwei Ren, Ilona Stepanyan, Paul Umina, Nina Voronova, John Vontas, Martin Williamson, Alex Wilson, Gao Xi-Wu, Young-Nam Youn, Christoph Zimmer, Jean-Christophe Simon, Alex Hayward, Chris Bass
- article
- Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.847. ⟨10.1038/s42003-021-02373-x⟩
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-
- titre
- PPalign: optimal alignment of Potts models representing proteins with direct coupling information
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22 (317), pp.1-22. ⟨10.1186/s12859-021-04222-4⟩
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-
- titre
- Scalable long read self-correction and assembly polishing with multiple sequence alignment
- auteur
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
- article
- Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-80757-5⟩
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-
- titre
- Comparative transcriptome analysis at the onset of speciation in a mimetic butterfly—The Ithomiini Melinaea marsaeus
- auteur
- Florence Piron-Prunier, Emma Persyn, Fabrice Legeai, Melanie Mcclure, Camille Meslin, Stéphanie Robin, Susete Alves Carvalho, Ammara Mohammad, Corinne Blugeon, Emmanuelle Jacquin‐joly, Nicolas Montagné, Marianne Elias, Jérémy Gauthier
- article
- Journal of Evolutionary Biology, 2021, 34 (11), pp.1704-1721. ⟨10.1111/jeb.13940⟩
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-
- titre
- Sequencing DNA with nanopores: Troubles and biases
- auteur
- Clara Delahaye, Jacques Nicolas
- article
- PLoS ONE, 2021, 16 (10), pp.e0257521. ⟨10.1371/journal.pone.0257521⟩
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-
- titre
- Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
- auteur
- Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos
- article
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, In press, pp.1-38
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-
- titre
- RNA sequencing data for responses to drought stress and/or clubroot infection in developing seeds of Brassica napus
- auteur
- Grégoire Bianchetti, Vanessa Clouet, Fabrice Legeai, Cécile Baron, Kévin Gazengel, Aurélien Carrillo, Maria M. Manzanares-Dauleux, Julia J Buitink, Nathalie Nesi
- article
- Data in Brief, 2021, 38, pp.1-11. ⟨10.1016/j.dib.2021.107392⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Constructing xenobiotic maps of metabolism to predict enzymes catalyzing metabolites capable of binding to DNA
- auteur
- Mael Conan, Nathalie Theret, Sophie Langouet, Anne Siegel
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.1-26. ⟨10.1186/s12859-021-04363-6⟩
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-
- titre
- Plant‐phenotypic changes induced by parasitoid ichnoviruses enhance the performance of both unparasitized and parasitized caterpillars
- auteur
- Antonino Cusumano, S Urbach, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marcel Dicke, Erik Poelman, Anne‐nathalie Volkoff
- article
- Molecular Ecology, 2021, 30 (18), pp.4567-4583. ⟨10.1111/mec.16072⟩
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-
- titre
- Computing How-provenance for SPARQL queries via Query Rewriting
- auteur
- Luis Galárraga, Daniel Hernández, Katja Hose
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2021, 14 (13), pp.3389-3401. ⟨10.14778/3484224.3484235⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- When subsistence fishing meets conservation issues: Survey of a small fishery in a neotropical river with high biodiversity value
- auteur
- Guillaume Longin, Guy Fontenelle, Louis Bonneau de Beaufort, Chrystelle Delord, Sophie Launay, Raphaëlle Rinaldo, Gilles Lassalle, Pierre-Yves Le Bail, Jean-Marc Roussel
- article
- Fisheries Research, 2021, 241, pp.1-9. ⟨10.1016/j.fishres.2021.105995⟩
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-
- titre
- StrainFLAIR: strain-level profiling of metagenomic samples using variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.e11884. ⟨10.7717/peerj.11884⟩
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-
- titre
- Evidence integration credal classification algorithm versus missing data distributions
- auteur
- Zuo-Wei Zhang, Zhe Liu, Zong-Fa Ma, Ji-Huan He, Xing-Yu Zhu
- article
- Information Sciences, 2021, 569, pp.39-54. ⟨10.1016/j.ins.2021.04.008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparative Transcriptome Analysis Provides Insights into Response of Ulva compressa to Fluctuating Salinity Conditions
- auteur
- Qikun Xing, Guiqi Bi, Min Cao, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Yunxiang Mao
- article
- Journal of Phycology, 2021, 57 (4), pp.1295-1308. ⟨10.1111/jpy.13167⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Proteo-Trancriptomic Analyses Reveal a Large Expansion of Metalloprotease-Like Proteins in Atypical Venom Vesicles of the Wasp Meteorus pulchricornis (Braconidae)
- auteur
- Jean-Luc Gatti, Maya Belghazi, Fabrice Legeai, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, Stéphanie Robin, Djibril Aboubakar-Souna, Ramasamy Srinivasan, Manuele Tamò, Marylène Poirié, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- Toxins, 2021, 13 (7), pp.1-36. ⟨10.3390/toxins13070502⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AskoR, A R Package for Easy RNASeq Data Analysis
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Kévin Gazengel, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Stéphanie Daval, Fabrice Legeai
- article
- Proceedings of The 1st International Electronic Conference on Entomology, 2021, ⟨10.3390/iece-10646⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- La confidentialité différentielle, garante de l’anonymat
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
- article
- Pour la science, 2021
- Accès au bibtex
-
- titre
- Transcriptome Profiling of Starvation in the Peripheral Chemosensory Organs of the Crop Pest Spodoptera littoralis Caterpillars
- auteur
- Erwan Poivet, Aurore Gallot, Nicolas Montagné, Pavel Senin, Christelle Monsempès, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- Insects, 2021, 12 (7), pp.573. ⟨10.3390/insects12070573⟩
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-
- titre
- LRez: C ++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- Bioinformatics Advances, 2021, 1 (1), pp.1-4. ⟨10.1093/bioadv/vbab022⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Application of concepts of neighbours to knowledge graph completion
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- CODATA Data Science Journal, 2021, 4 (1), pp.1-28. ⟨10.3233/DS-200030⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of Streptococcus thermophilus Genes Specifically Expressed under Simulated Human Digestive Conditions Using R-IVET Technology
- auteur
- Ophélie Uriot, Mounira Kebouchi, Emilie Lorson, Wessam Galia, Sylvain Denis, Sandrine Chalancon, Zeeshan Hafeez, Emeline Roux, Magali Genay, Stéphanie Blanquet-Diot, Annie Dary-Mourot
- article
- Microorganisms, 2021, 9 (6), pp.1-26. ⟨10.3390/microorganisms9061113⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robustness analysis of metabolic predictions in algal microbial communities based on different annotation pipelines
- auteur
- Elham Karimi, Enora Geslain, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anne Siegel, Erwan Corre, Simon M Dittami
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.1-24. ⟨10.7717/peerj.11344⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Outpatient vagus nerve stimulation surgery in drug-resistant epilepsy patients with severe intellectual disability
- auteur
- Insafe Mezjan, Isabelle Gourfinkel-An, Vincent Degos, Stéphane Clemenceau, Vincent Navarro, Véronique Masson, Alexandre Carpentier, Bertrand Mathon
- article
- Epilepsy & Behavior, 2021, 118, pp.1-4. ⟨10.1016/j.yebeh.2021.107931⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards Fully-fledged Archiving for RDF Datasets
- auteur
- Olivier Pelgrin, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, 2021, 12 (6), pp.903-925. ⟨10.3233/SW-210434⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Incremental learning of iterated dependencies
- auteur
- Denis Béchet, Annie Foret
- article
- Machine Learning, 2021, ⟨10.1007/s10994-021-05947-2⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Converting disease maps into heavyweight ontologies: general methodology and application to Alzheimer’s disease
- auteur
- Vincent Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Laura Vila Xicota, Bruno Dubois, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2021, pp.1-33. ⟨10.1093/database/baab004⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamic Evidential Clustering Algorithm
- auteur
- Zuowei Zhang, Zhe Liu, Arnaud Martin, Zhun-Ga Liu, Kuang Zhou
- article
- Knowledge-Based Systems, 2021, 213
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Chromosomal scale assembly of parasitic wasp genome reveals symbiotic virus colonization
- auteur
- Jérémy Gauthier, Hélène Boulain, Joke J F A van Vugt, Lyam Baudry, Emma Persyn, Jean-Marc Aury, Benjamin Noel, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Sven Warris, Mohamed A Chebbi, Géraldine Dubreuil, Bernard Duvic, Natacha Kremer, Philippe Gayral, Karine Musset, Thibaut Josse, Diane Bigot, Christophe Bressac, Sébastien Moreau, Georges Périquet, Myriam Harry, Nicolas Montagne, Isabelle Boulogne, Mahnaz Sabeti-Azad, Martine Maïbèche, Thomas Chertemps, Frédérique Hilliou, David Siaussat, Joëlle Amselem, Isabelle Luyten, Claire Capdevielle-Dulac, Karine Labadie, Bruna Laís Merlin, Valérie Barbe, Jetske G de Boer, Martial Marbouty, Fernando Luis Cônsoli, Stéphane Dupas, Aurélie Hua-Van, Gaelle Le Goff, Annie Bézier, Emmanuelle Jacquin-Joly, James B Whitfield, Louise E M Vet, Hans M Smid, Laure Kaiser, Romain Koszul, Elisabeth Huguet, Elisabeth A. Herniou, Jean-Michel Drezen
- article
- Communications Biology, 2021, 4 (1), pp.1-15. ⟨10.1038/s42003-020-01623-8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Heterogeneous information fusion: combination of multiple supervised and unsupervised classification methods based on belief functions
- auteur
- Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
- article
- Information Sciences, 2021, 544, pp.238-265
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cyanorak v2.1: a scalable information system dedicated to the visualization and expert curation of marine and brackish picocyanobacteria genomes
- auteur
- Laurence Garczarek, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Gregory Farrant, Mark Hoebeke, Loraine Brillet-Guéguen, Antoine Bisch, Mathilde Ferrieux, Jukka Siltanen, Erwan Corre, Gildas Le corguillé, Morgane Ratin, Frances Pitt, Martin Ostrowski, Maël Conan, Anne Siegel, Karine Labadie, Jean-Marc Aury, Patrick Wincker, David Scanlan, Frédéric Partensky
- article
- Nucleic Acids Research, 2021, 49 (D1), pp.D667-D676. ⟨10.1093/nar/gkaa958⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Online forecasting of daily feed intake in lactating sows supported by offline time-series clustering, for precision livestock farming
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Laurence Rozé, Jean-Yves Dourmad
- article
- Computers and Electronics in Agriculture, 2021, 188, pp.106329. ⟨10.1016/j.compag.2021.106329⟩
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-
- titre
- A distance for evidential preferences with application to group decision making
- auteur
- Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Yewan Wang, Arnaud Martin
- article
- Information Sciences, 2021, 568, pp.113-132. ⟨10.1016/j.ins.2021.03.011⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Rennes - une IA souveraine au service de la vie publique
- auteur
- Guillaume Gravier, Elisa Fromont, Nicolas Courty, Teddy Furon, Christine Guillemot, Paolo Robuffo Giordano
- article
- Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Resurrection of Ancestral Malate Dehydrogenases Reveals the Evolutionary History of Halobacterial Proteins : Deciphering Gene Trajectories and Changes in Biochemical Properties
- auteur
- Samuel Blanquart, Mathieu Groussin, Aline Le Roy, Gergely J Szöllosi, Eric Girard, Bruno Franzetti, Manolo Gouy, Dominique Madern
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2021, 38 (9), pp.3754-3774. ⟨10.1093/molbev/msab146⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Two repeated motifs enriched within some enhancers and origins of replication are bound by SETMAR isoforms in human colon cells
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Peter Arensburger, Ahmed Arnaoty, Sassan Asgari, Martine Batailler, Linda Beauclair, Catherine Belleannée, Nicolas Buisine, Vincent Coustham, Serge Guyetant, Laura Helou, Thierry Lecomte, Bruno Pitard, Isabelle Stévant, Yves Bigot
- article
- Genomics, 2021, 113 (3), pp.1589-1604. ⟨10.1016/j.ygeno.2021.03.032⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX
- auteur
- François Moreews, Hugo Simon, Anne Siegel, Florence Gondret, Emmanuelle Becker
- article
- Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semi-Quantitative Targeted Gas Chromatography-Mass Spectrometry Profiling Supports a Late Side-Chain Reductase Cycloartenol-to-Cholesterol Biosynthesis Pathway in Brown Algae
- auteur
- Jean Girard, Goulven Lanneau, Ludovic Delage, Cédric Leroux, Arnaud Belcour, Jeanne Got, Jonas Collén, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon M Dittami, Catherine Leblanc, Gabriel V Markov
- article
- Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.1-10. ⟨10.3389/fpls.2021.648426⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fishers’ perceptions of river resources: case study of French Guiana native populations using contextual cognitive mapping
- auteur
- Guillaume Longin, Louis Bonneau de Beaufort, Guy Fontenelle, Raphaelle Rinaldo, Jean-Marc Roussel, Pierre-Yves Le Bail
- article
- Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2021, 45 (1), pp.5-20. ⟨10.26028/cybium/2021-451-001⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Effects of the environment and animal behavior on nutrient requirements for gestating sows: Future improvements in precision feeding
- auteur
- Charlotte Gaillard, Maëva Durand, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad, Céline Tallet
- article
- Animal Feed Science and Technology, 2021, 279, pp.1-17. ⟨10.1016/j.anifeedsci.2021.115034⟩
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-
- titre
- Re-optimization for Multi-objective Cloud Database Query Processing using Machine Learning
- auteur
- Chenxiao Wang, Zach Arani, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
- article
- International Journal of Database Management Systems, 2021, 13 (1), pp.21 - 40. ⟨10.5121/ijdms.2021.13102⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of isolated or mixed strains from long reads: a challenge met on Streptococcus thermophilus using a MinION sequencer
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Téo Lemane, Eric Guédon, Jacques Nicolas
- article
- Microbial Genomics, 2021, 7 (11), pp.1-14. ⟨10.1099/mgen.0.000654⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Categorial Dependency Grammars: Analysis and Learning (Invited Talk)
- auteur
- Denis Béchet, Annie Foret
- article
- Logic and Algorithms in Computational Linguistics 2021 (LACompLing2021), Dec 2021, Montpellier, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards Data-and-Innovation Driven Sustainable and Productive Agriculture: BIO-AGRI-WATCH as a Use Case Study
- auteur
- Asanee Kawtrakul, Hutchatai Chanlekha, Kitsana Waiyamai, Thanapat Kangkachit, Laurent d'Orazio, Dimitris Kotzinos, Dominique Laurent, Nicolas Spyratos
- article
- Workshop on Smart Farming, Precision Agriculture, and Supply Chain (SmartFarm@BigData), Dec 2021, Virtuelle, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ASSIST: Article eXtraction and statIstical AnalysiS
- auteur
- Justine Fouillé, Thi Lan Huong Nguyen, Baptiste Alix, Brett Becker, Matthieu Rochard, Hélène de Ribaupierre, Laurent d'Orazio
- article
- International Workshop on Data science for equality, inclusion and well-being challenges (DS4EIW@BigData), Dec 2021, Virtuelle, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards Data-and-Innovation Driven Sustainable and Productive Agriculture: BIO-AGRI-WATCH as a Use Case Study
- auteur
- Asanee Kawtrakul, Hutchatai Chanlekha, Kitsana Waiyamai, Thanapat Kangkachit, Laurent d'Orazio, Dimitris Kotzinos, Dominique Laurent, Nicolas Spyratos
- article
- 2021 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), Dec 2021, Orlando, United States. pp.3407-3415, ⟨10.1109/BIGDATA52589.2021.9671520⟩
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-
- titre
- Detecting Fake News Conspiracies with Multitask and Prompt-Based Learning
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, Thomas Girault, Cyrielle Mallart, Duc Hau Nguyen
- article
- MediaEval 2021 - MediaEval Multimedia Evaluation benchmark. Workshop, Dec 2021, Online, Netherlands. pp.1-3
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-
- titre
- MDSC: Modelling Distributed Stream Processing across the Edge-to-Cloud Continuum
- auteur
- Daniel Balouek-Thomert, Pedro Silva, Kevin Fauvel, Alexandru Costan, Gabriel Antoniu, Manish Parashar
- article
- DML-ICC 2021 workshop (held in conjunction with UCC 2021), Dec 2021, Leicester, United Kingdom
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-
- titre
- PDF-Distil: including Prediction Disagreements in Feature-based Distillation for object detection
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- BMVC 2021 - 32nd British Machine Vision Conference, Nov 2021, Virtual, United Kingdom. pp.1-13
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-
- titre
- Prediction-Based Fleet Relocation for Free Floating Car Sharing Services
- auteur
- Gregory Martin, Matthieu Donain, Elisa Fromont, Tias Guns, Laurence Roze, Alexandre Termier
- article
- ICTAI 2021 - 33rd International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2021, Virtual, United States. pp.1-5
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-
- titre
- Discovering Useful Compact Sets of Sequential Rules in a Long Sequence
- auteur
- Erwan Bourrand, Luis Galárraga, Esther Galbrun, Elisa Fromont, Alexandre Termier
- article
- ICTAI 2021 - 33rd IEEE International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2021, Virtual, United States. pp.1-5
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-
- titre
- Kartu-Verbs: A Semantic Web Base of Inflected Georgian Verb Forms to Bypass Georgian Verb Lemmatization Issues
- auteur
- Mireille Ducassé
- article
- XIX EURALEX conference, Nov 2021, Alexandroupolis, Greece
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-
- titre
- Cost and Quality Assurance in Crowdsourcing Workflows (Extended Abstract)
- auteur
- Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- BDA 2021 - 37 eme Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies, Applications, Oct 2021, Paris, France. pp.1-2
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-
- titre
- Attaque par inférence d'appartenance sur des séries temporelles agrégées en utilisant la programmation par contraintes
- auteur
- Antonin Voyez, Tristan Allard, Gildas Avoine, Pierre Cauchois, Elisa Fromont, Matthieu Simonin
- article
- BDA 2021 - 37ème Conférence sur la Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- Towards Faster Reformulation-based Query Answering on RDF Graphs with RDFS Ontologies
- auteur
- Maxime Buron, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2021, Online, United States
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-
- titre
- Ontology-Mediated Query Answering: Performance Challenges and Advances
- auteur
- Wafaa El Husseini, Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Hélène Jaudoin
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Oct 2021, Online, United States
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-
- titre
- Modèle crédibiliste pour l'échantillonnage en apprentissage actif
- auteur
- Daniel Zhu, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Vincent Lemaire
- article
- Rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Oct 2021, Paris, France
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-
- titre
- Built Year Prediction from Buddha Face with Heterogeneous Labels
- auteur
- Yiming Qian, Cheikh Brahim El Vaigh, Yuta Nakashima, Benjamin Renoust, Hajime Nagahara, Yutaka Fujioka
- article
- SUMAC'21: 3rd Workshop on Structuring and Understanding of Multimedia heritAge Contents, Oct 2021, Chengdu, China. ⟨10.1145/3475720.3484441⟩
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-
- titre
- TrieDF: Efficient In-memory Indexing for Metadata-augmented RDF
- auteur
- Olivier Pelgrin, Luis Galárraga, Katja Hose
- article
- 7th Workshop on Managing the Evolution and Preservation of the Data Web (MEPDaW) co-located with the 20th International Semantic Web Conference (ISWC 2021), Virtual event, October 25th, 2021, Oct 2021, Virtual Event, France. pp.1-10
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-
- titre
- Fast Unfolding of Credal Partitions in Evidential Clustering
- auteur
- Zuowei Zhang, Arnaud Martin, Zhunga Liu, Kuang Zhou, Yiru Zhang
- article
- 6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China. pp.3-12, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_1⟩
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-
- titre
- Credal Clustering for Imbalanced Data
- auteur
- Zuowei Zhang, Zhunga Liu, Kuang Zhou, Arnaud Martin, Yiru Zhang
- article
- 6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China. pp.13-21, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_2⟩
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-
- titre
- Evidential clustering based on transfer learning
- auteur
- Kuang Zhou, Mei Guo, Arnaud Martin
- article
- International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China
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-
- titre
- Validation of Smets' hypothesis in the crowdsourcing environment
- auteur
- Constance Thierry, Arnaud Martin, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall
- article
- 6th International Conference on Belief Functions, Oct 2021, Shanghai, China
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-
- titre
- Genome-scale network reconstruction of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85
- auteur
- Fakih Ibrahim, Jeanne Got, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo
- article
- 2021 - 12th International Symposium on Gut Microbiology, INRAE ; Rowett Institute UK, Oct 2021, En ligne, France
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-
- titre
- DataTime: a Framework to smoothly Integrate Past, Present and Future into Models
- auteur
- Gauthier Lyan, Jean-Marc Jézéquel, David Gross-Amblard, Benoit Combemale
- article
- MODELS 2021 - ACM/IEEE 24th International Conference on Model Driven Engineering Languages and Systems, Oct 2021, Fukuoka, Japan. pp.1-11
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-
- titre
- findere: fast and precise approximate membership query
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- SPIRE 2021 - The 28th annual Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2021, Lille / Virtual, France. ⟨10.1101/2021.05.31.446182⟩
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-
- titre
- On the Quality of Compositional Prediction for Prospective Analytics on Graphs
- auteur
- Gauthier Lyan, David Gross-Amblard, Jean-Marc Jézéquel
- article
- DaWaK 2021 - 23rd International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Sep 2021, Linz, Austria. pp.91-105, ⟨10.1007/978-3-030-87101-7_10⟩
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-
- titre
- Conversational recommendations for job recruiters
- auteur
- François Mentec, Zoltán Miklós, Sébastien Hervieu, Thierry Roger
- article
- Knowledge-aware and Conversational Recommender Systems, Sep 2021, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27
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-
- titre
- Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩
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-
- titre
- Analytical Queries on Vanilla RDF Graphs with a Guided Query Builder Approach
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- FQAS 2021 - Flexible Query Answering Systems, Sep 2021, Bratislava, Slovakia
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-
- titre
- A Well-founded Graph-based Summarization Framework for Description Logics
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué
- article
- International worshop on Description Logics, Sep 2021, Bratislava, Slovakia
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-
- titre
- Deep Active Learning from Multispectral Data Through Cross-Modality Prediction Inconsistency
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefevre, Bruno Avignon
- article
- ICIP 2021 - 28th IEEE International Conference on Image Processing, Sep 2021, Anchorage, United States. pp.1-5, ⟨10.1109/ICIP42928.2021.9506322⟩
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-
- titre
- A Classification of Anomaly Explanation Methods
- auteur
- Véronne Yepmo, Grégory Smits, Olivier Pivert
- article
- Advances in Interpretable Machine Learning and Artificial Intelligence (AIMLAI), Sep 2021, (Online), France
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-
- titre
- Temporal phenotyping for characterisation of hospital care pathways of COVID19 patients
- auteur
- Mathieu Chambard, Thomas Guyet, Yên-Lan Nguyen, Etienne Audureau
- article
- AALTD 2021 - The 6th International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2021, Bilbao / Virtual, Spain. pp.1-16
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-
- titre
- Evidential Nearest Neighbours in Active Learning
- auteur
- Daniel Zhu, Arnaud Martin, Yolande Le Gall, Jean-Christophe Dubois, Vincent Lemaire
- article
- Worksop on Interactive Adaptive Learning (IAL) - ECML-PKDD, Sep 2021, Bilbao, Spain
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-
- titre
- Adding Structure and Removing Duplicates in SPARQL Results with Nested Tables
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Further with Knowledge Graphs (SEMANTiCS), Sep 2021, Amsterdam, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Channel Model with Memory for DNA Data Storage with Nanopore Sequencing
- auteur
- Belaid Hamoum, Elsa Dupraz, Laura Conde-Canencia, Dominique Lavenier
- article
- ISTC 2021: 11th International Symposium on Topics in Coding, Aug 2021, Montreal, Canada. pp.1-5, ⟨10.1109/ISTC49272.2021.9594243⟩
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-
- titre
- GCNBoost: Artwork Classification by Label Propagation through a Knowledge Graph
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, Noa Garcia, Benjamin Renoust, Chenhui Chu, Yuta Nakashima, Hajime Nagahara
- article
- ICMR 2021 - ACM International Conference on Multimedia Retrieval, Aug 2021, Taipei, Taiwan
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-
- titre
- Compressing and Indexing Aligned Readsets
- auteur
- Travis Gagie, Garance Gourdel, Giovanni Manzini
- article
- WABI 2021 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Online conference, France. pp.1-21, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2021.13⟩
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-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- MPA 2021 - 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27
- Accès au bibtex
-
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- CIAA 2021 - 25th International Conference on Implementation and Application of Automata, Jul 2021, Bremen, Germany. pp.1-12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Probabilistic forecasting of seasonal time series Combining clustering and classification for forecasting
- auteur
- Colin Leverger, Thomas Guyet, Simon Malinowski, Vincent Lemaire, Alexis Bondu, Laurence Rozé, Alexandre Termier, Régis Marguerie
- article
- ITISE 2021 - 7th International Conference on Time Series and Forecasting, Jul 2021, Gran Canaria, Spain. pp.1-13
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parametric Graph for Unimodal Ranking Bandit
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont, Boammani Aser Lompo
- article
- ICML 2021 - International Conference on Machine Learning, Jul 2021, Virtual, Canada. pp.3630--3639
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-
- titre
- Optimal de novo assemblies for chloroplast genomes based on inverted repeats patterns
- auteur
- Rumen Andonov, Victor Epain, Dominique Lavenier
- article
- BiATA 2021 - 4th International conference Bioinformatics: from Algorithms to Applications, Jul 2021, St. Petersbourg, Russia. pp.1-2
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-
- titre
- MASCARA-FPGA cooperation model: Query Trimming through accelerators
- auteur
- van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
- article
- SSDBM 2021 - 33rd International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jul 2021, Tampa, United States. pp.203-208, ⟨10.1145/3468791.3468795⟩
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-
- titre
- LEVIATHAN: efficient discovery of large structural variants by leveraging long-range information from Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Fabrice Legeai, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
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-
- titre
- GraphUnzip: unzipping assembly graphs with long reads and Hi-C
- auteur
- Roland Faure, Nadège Guiglielmoni, Jean-François Flot
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-7
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-
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Meziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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-
- titre
- Skyline Groups Are Ideals. An Efficient Algorithm for Enumerating Skyline Groups
- auteur
- Simon Coumes, Tassadit Bouadi, Lhouari Nourine, Alexandre Termier
- article
- IWOCA 2021 - 32nd International Workshop on Combinatorial Algorithms, Jul 2021, Ottawa, Canada. pp.223-236, ⟨10.1007/978-3-030-79987-8_16⟩
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-
- titre
- AskoR, A R Package for Easy RNASeq Data Analysis
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Kévin Gazengel, Anthony Bretaudeau, Stéphanie Robin, Stéphanie Daval, Fabrice Legeai
- article
- IECE 2021 - 1st International Electronic Conference on Entomology, Jul 2021, Virtual, France. pp.1-8, ⟨10.3390/IECE-10646⟩
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-
- titre
- Extraction de sous-groupes exceptionnels de séries temporelles
- auteur
- Josie Signe
- article
- RJCIA 2021 - Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle, Jul 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.89-90
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Extracting Relations in Texts with Concepts of Neighbours
- auteur
- H. Ambre Ayats, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- International Conference In Formal Concepts Analysis, Jun 2021, Strasbourg, France
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-
- titre
- An open generator of synthetic administrative healthcare databases
- auteur
- Thomas Guyet, Tristan Allard, Johanne Bakalara, Olivier Dameron
- article
- IAS 2021 - Atelier Intelligence Artificielle et Santé, Jun 2021, Bordeaux (virtuel), France. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Cost and Quality in Crowdsourcing Workflows
- auteur
- Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- PETRI NETS 2021 - 42nd International Conference on Applications and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2021, Paris, France. pp.33-54, ⟨10.1007/978-3-030-76983-3_3⟩
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-
- titre
- Cloud Query Processing with Reinforcement Learning-based Multi-Objective Re-optimization
- auteur
- Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
- article
- International Conference on Model & Data Engineering (MEDI), Jun 2021, Tallinn, Estonia
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ordonnancement d'objets par bandits unimodaux sur des graphes paramétriques
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont, Aser Boammani Lompo
- article
- CAp 2021 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jun 2021, Saint-Etienne (en ligne), France. pp.1
- Accès au bibtex
-
- titre
- Siame-se(3): regression in se(3) for end-to-end visual servoing
- auteur
- Samuel Felton, Elisa Fromont, Eric Marchand
- article
- ICRA 2021 - IEEE International Conference on Robotics and Automation, May 2021, Xi'an, China. pp.14454-14460
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- HiPaR: Hierarchical Pattern-Aided Regression
- auteur
- Luis Galárraga, Olivier Pelgrin, Alexandre Termier
- article
- PAKDD 2021 - Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2021, Virtual, France. pp.320-332, ⟨10.1007/978-3-030-75762-5_26⟩
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-
- titre
- Showing Academic Performance Predictions during Term Planning: Effects on Students’ Decisions, Behaviors, and Preferences
- auteur
- Luis Galárraga, Gonzalo Mendez, Katherine Chiluiza
- article
- CHI 2021 - ACM CHI Conference on Human Factors in Computing Systems, May 2021, Yokohama, Japan. pp.1-17, ⟨10.1145/3411764.3445718⟩
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-
- titre
- Bandit Algorithm for Both Unknown Best Position and Best Item Display on Web Pages
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
- article
- IDA 2021 - 19th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2021, Porto (virtual), Portugal. pp.12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Separ: Towards Regulating Future of Work Multi-Platform Crowdworking Environments with Privacy Guarantees
- auteur
- Mohammad Javad Amiri, Joris Duguépéroux, Tristan Allard, Divyakant Agrawal, Amr El Abbadi
- article
- The Web Conference 2021 (WWW '21), Apr 2021, Ljubljana, Slovenia. ⟨10.1145/3442381.3449858⟩
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-
- titre
- BrFAST: a Tool to Select Browser Fingerprinting Attributes for Web Authentication According to a Usability-Security Trade-off
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard
- article
- Companion Proceedings of the Web Conference 2021 (WWW ’21 Companion), Apr 2021, Ljubljana, Slovenia. ⟨10.1145/3442442.3458610⟩
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-
- titre
- FRESQUE: A Scalable Ingestion Framework for Secure Range Query Processing on Clouds
- auteur
- Hoang van Tran, Tristan Allard, Laurent d'Orazio, Amr El Abbadi
- article
- EDBT 2021 - 24th International Conference on Extending Database Technology, Mar 2021, Nicosia, Cyprus. ⟨10.5441/002/edbt.2021.19⟩
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-
- titre
- GraphMDL+: Interleaving the Generation and MDL-based Selection of Graph Patterns
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- SAC '21: The 36th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing, Mar 2021, Virtual Event, South Korea. pp.355-363, ⟨10.1145/3412841.3441917⟩
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-
- titre
- An extension of chronicles temporal model with taxonomies -Application to epidemiological studies
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
- article
- HEALTHINF 2021 - 14th International Conference on Health Informatics, Feb 2021, online, France. pp.1-10
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Passive Learning of Timed Automata from Logs (Student Abstract)
- auteur
- Lénaïg Cornanguer
- article
- AAAI 2021 - 35th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2021, Vancouver (virtual), Canada. pp.15773-15774
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Algorithm for real-time prediction of daily feed intake in lactating sows
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Laurence Rozé, Jean-Yves Dourmad
- article
- 53. Journées de la Recherche Porcine, Ifip; Inrae, Feb 2021, En ligne, France. pp.127-132
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Performance-Explainability Framework to Benchmark Machine Learning Methods: Application to Multivariate Time Series Classifiers
- auteur
- Kevin Fauvel, Véronique Masson, Elisa Fromont
- article
- IJCAI-PRICAI 2020 - Workshop on Explainable Artificial Intelligence (XAI), Jan 2021, Yokohama, Japan. pp.1-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Guided Attentive Feature Fusion for Multispectral Pedestrian Detection
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- WACV 2021 - IEEE Winter Conference on Applications of Computer Vision, Jan 2021, Waikoloa /Virtual, United States. pp.1-9, ⟨10.1109/WACV48630.2021.00012⟩
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-
- titre
- Requêtes flexibles avec des concepts disjonctifs
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot, Ronald R Yager
- article
- Rencontres Francophones sur la Logique Floue et ses Applications (LFA), 2021, Paris, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Unequal Singleton Pair Distance for Evidential Preference Clustering
- auteur
- Yiru Zhang, Arnaud Martin
- article
- Belief Functions: Theory and Applications, 12915, Springer International Publishing, pp.33-43, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-88601-1_4⟩
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-
- titre
- Towards Universal Logic: Gaggle Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Melvin Fitting. Selected Topics from Contemporary Logics, College Publications, pp.5 - 73, 2021, Landscapes in Logic, 978-1848903500
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Méthodes bioinformatiques pour l'étude des Variants de Structure avec des données de séquençages génomiques
- auteur
- Claire Lemaitre
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021
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-
Special issue
- titre
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems; Vol. XLIX, LNCS 12920. Special Issue on Data Management – Principles, Technologies and Applications
- auteur
- Abdelkader Hameurlain, A Min Tjoa, Bernd Amann, François Goasdoué
- article
- 12920, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-662-64148-4⟩
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-
Lectures
- titre
- Compilation
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Master. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Art of Demo
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Master. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Principles of Information technology Systems
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Licence. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The agile approach to software development
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- Licence. France. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- Mitigating Unintended Bias in Masked Language Models
- auteur
- Mohammed Rameez Rameez Qureshi
- article
- Computer Science [cs]. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- QuickDeconvolution: fast and scalable deconvolution of linked-reads sequencing data
- auteur
- Roland Faure
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Détection de recombinaisons génomiques et protéomiques homologues par alignement multiple local et partiel
- auteur
- Benjamin Blanc
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- titre
- Modelling hepatic stellate cells activation by TGFB1 using Kappa language
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- 2021, pp.1-23
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Préface of Proceedings of the conference BDA'2021
- auteur
- Esther Pacitti, Zoltan Miklos
- article
- 2021
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-
- titre
- Les décodeuses du numérique
- auteur
- Léa Castor, Célia Esnoult, Laure Thiébault, Ali Charara, Olivier Serre, Anne Siegel
- article
- CNRS Editions, 2021, 2271139481
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-
Poster communications
- titre
- A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- CompSysBio 2021 - Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Nov 2021, Aussois, France. pp.1-1
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-
- titre
- Identification of bacterial strains using ORI (Oxford nanopore Reads Identification)
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Rania Ouazahrou, Gaëlle Boudry, Eric Guédon, Emeline Roux, Jacques Nicolas
- article
- Microbes 2021 - Société Française de Microbiologie, Sep 2021, Nantes, France
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-
- titre
- A Kappa model for hepatic stellate cells activation by TGFB1
- auteur
- Matthieu Bouguéon, Pierre Boutillier, Jerome Feret, Octave Hazard, Nathalie Theret
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux / Virtual, France. pp.1-6
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-
- titre
- Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
- article
- WABI 2021 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Aug 2021, Chicago (Online), United States
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-
- titre
- Phylogenetic Functional Module Characterization of the ADAMTS / ADAMTS like Protein Family
- auteur
- Olivier Dennler, Samuel Blanquart, François Coste, Catherine Belleannée, Nathalie Theret
- article
- JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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- titre
- LRez: C++ API and toolkit for analyzing and managing Linked-Reads data
- auteur
- Pierre Morisse, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- SVJedi-graph: Structural Variant genotyping with long-reads using a variation graph
- auteur
- Sandra Romain, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. pp.1
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-
- titre
- Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species
- auteur
- Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- IHMC 2021 - 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1
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-
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- DCC 2021 - Data Compression Conference, Mar 2021, Virtual, United States
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-
- titre
- Génération d'un SNDS synthétique à partir de données ouvertes
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- EGC 2021 - Actes de la conférence Extraction et Gestion des connaissances, Jan 2021, Montpellier, France. Actes de la conférence Extraction et Gestion des connaissances (EGC), pp.1-2
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Reports
- titre
- Towards a Generic Model Theory: Automatic Bisimulations for Atomic, Molecular and First-order Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- [Research Report] Université de rennes 1. 2021
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-
- titre
- From Requirements as AMR-like Graphs to Automata-Based Reasoning
- auteur
- Aurélien Lamercerie, Annie Foret
- article
- [Research Report] Université de Rennes 1. 2021
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-
- titre
- Constrained Consensus Sequence Algorithm for DNA Archiving
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] CNRS IRISA. 2021
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-
- titre
- SARS-CoV-2 Through the Lens of Computational Biology: How bioinformatics is playing a key role in the study of the virus and its origins
- auteur
- Samuel Alizon, Frédéric Cazals, Stéphane Guindon, Claire Lemaitre, Tristan Mary-Huard, Anna Niarakis, Mikaël Salson, Celine Scornavacca, Hélène Touzet
- article
- [Research Report] CNRS. 2021, pp.1-35
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-
Theses
- titre
- To compare gene structures for prediction of alternative coding transcripts in human, mouse and dog
- auteur
- Nicolas Guillaudeux
- article
- Autre [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1S079⟩
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-
- titre
- Evaluation of the quality of contributions and contributors on crowdsourcing platforms
- auteur
- Constance Thierry
- article
- Informatique [cs]. Université de Rennes 1, 2021. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Multispectral object detection
- auteur
- Heng Zhang
- article
- Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S099⟩
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-
- titre
- Identification of strains of a bacterial species from long reads
- auteur
- Grégoire Romain Siekaniec
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S083⟩
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-
- titre
- Mining Tractable Sets of Graph Patterns with the Minimum Description Length Principle
- auteur
- Francesco Bariatti
- article
- Computer Science [cs]. Université de Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Urban mobility : leveraging machine learning and data masses for the building of simulators
- auteur
- Gauthier Lyan
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S056⟩
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-
- titre
- Interpretable time series classification
- auteur
- Yichang Wang
- article
- Neural and Evolutionary Computing [cs.NE]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S052⟩
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-
- titre
- Predictive approach to asses the genotoxicity of environmental contaminants
- auteur
- Maël Conan
- article
- Génétique. Université de Rennes, 2021. Français. ⟨NNT : 2021REN1B010⟩
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-
- titre
- Comparison of homologous protein sequences using direct coupling information by pairwise Potts model alignments
- auteur
- Hugo Talibart
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S031⟩
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-
- titre
- Content and data linking leveraging ontological knowledge in data journalism
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh
- article
- Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S001⟩
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-
- titre
- Hierarchical and temporal analysis of scientific corpora as tools for the history of science
- auteur
- Ian Jeantet
- article
- Information Retrieval [cs.IR]. Université Rennes 1, 2021. English. ⟨NNT : 2021REN1S048⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Visual Servoing in Autoencoder Latent Space: Supplementary material
- auteur
- Samuel Felton, Pascal Brault, Elisa Fromont, Eric Marchand
- article
- 2021
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-
- titre
- Spodoptera littoralis genome mining brings insights on the dynamic of expansion of gustatory receptors in polyphagous noctuidae
- auteur
- Camille Meslin, Pauline Mainet, Nicolas Montagné, Stéphanie Robin, Fabrice Legeai, Anthony Bretaudeau, J. Spencer Johnston, Fotini Koutroumpa, Emma Persyn, Christelle Monsempès, Marie-Christine François, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- 2021
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-
2020
Journal articles
- titre
- Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.61968⟩
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-
- titre
- Cytosine methylation of mature microRNAs inhibits their functions and is associated with poor prognosis in glioblastoma multiforme
- auteur
- Mathilde Cheray, Amandine Etcheverry, Camille Jacques, Romain Pacaud, Gwenola Bougras-Cartron, Marc Aubry, Florent Denoual, Pierre Peterlongo, Arulraj Nadaradjane, Josephine Briand, Farida Akcha, Dominique Heymann, François M Vallette, Jean Mosser, Benjamin Ory, Pierre-Francois Cartron
- article
- Molecular Cancer, 2020, 19 (1), pp.1-36. ⟨10.1186/s12943-020-01155-z⟩
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-
- titre
- Functional insights from the GC-poor genomes of two aphid parasitoids, "Aphidius ervi" and "Lysiphlebus fabarum
- auteur
- Alice Dennis, Gabriel Ballesteros, Stéphanie Robin, Lukas Schrader, Jens Bast, Jan Berghöfer, Leo Beukeboom, Maya Belghazi, Anthony Bretaudeau, Jan Buellesbach, Elizabeth Cash, Dominique Colinet, Zoé Dumas, Mohammed Errbii, Patrizia Falabella, Jean-Luc Gatti, Elzemiek Geuverink, Joshua Gibson, Corinne Hertaeg, Stefanie Hartmann, Emmanuelle Joly Jacquin-Joly, Mark Lammers, Blas Lavandero, Ina Lindenbaum, Lauriane Massardier-Galatà, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nina Pak, Marylène Poirié, Rosanna Salvia, Denis Tagu, Sophie Tares, Heiko Vogel, Tanja Schwander, Jean-Christophe Simon, Christian Figueroa, Christoph Vorburger, Fabrice Legeai, Jürgen Gadau, R.Chris Smith
- article
- BMC Genomics, 2020, 21 (Art. 376), pp.1-27. ⟨10.1186/s12864-020-6764-0⟩
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-
- titre
- Genomic architecture of endogenous ichnoviruses reveals distinct evolutionary pathways leading to virus domestication in parasitic wasps
- auteur
- Fabrice F. Legeai, Bernardo F Santos, Stéphanie Robin, Anthony Bretaudeau, Rebecca B Dikow, Claire Lemaitre, Véronique Jouan, Marc Ravallec, Jean-Michel Drezen, Denis Tagu, Frédéric Baudat, Gabor Gyapay, Xin Zhou, Shanlin Liu, Bruce A Webb, Seán Brady, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12915-020-00822-3⟩
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-
- titre
- Towards Universal Logic: Gaggle Logics
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Journal of Applied Logics - IfCoLoG Journal of Logics and their Applications, 2020, 7 (6), pp.875-945
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-
- titre
- How to interact with medical terminologies? Formative usability evaluations comparing three approaches for supporting the use of MedDRA by pharmacovigilance specialists
- auteur
- Romaric Marcilly, Laura Douze, Sébastien Ferré, Bissan Audeh, Carlos Bobed, Agnès Lillo-Le Louet, Jean-Baptiste Lamy, Cedric Bousquet
- article
- BMC Medical Informatics and Decision Making, 2020, 20 (1), pp.261. ⟨10.1186/s12911-020-01280-1⟩
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-
- titre
- The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest
- auteur
- Claude Rispe, Fabrice Legeai, Paul Nabity, Rosa Fernández, Arinder Arora, Patrice Baa-Puyoulet, Celeste Banfill, Leticia Bao, Miquel Barberà, Maryem Bouallegue, Anthony Bretaudeau, Jennifer A. Brisson, Federica Calevro, Pierre Capy, Olivier Catrice, Thomas Chertemps, Carole Couture, Laurent Deliere, Angela Douglas, Keith Dufault-Thompson, Paula Escuer, Honglin Feng, Astrid Forneck, Toni Gabaldón, Roderic Guigó, Frédérique Hilliou, Silvia Hinojosa-Alvarez, Yi-Min Hsiao, Sylvie Hudaverdian, Emmanuelle Jacquin-Joly, Edward James, Spencer J. Johnston, Benjamin Joubard, Gaëlle Le Goff, Gaël Le Trionnaire, Pablo Librado, Shanlin Liu, Eric Lombaert, Hsiao-Ling Lu, Martine Maïbèche, Mohamed Makni, Marina Marcet-Houben, David Martinez-Torres, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nancy Moran, Daciana Papura, Nicolas Parisot, Yvan Rahbé, Mélanie Ribeiro Lopes, Aida Ripoll-Cladellas, Stéphanie Robin, Céline Roques, Celine Lopez-Roques, Pascale Roux, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Jose Sánchez-Herrero, Didac Santesmasses, Iris Scatoni, Rémy-Félix Serre, Ming Tang, Wenhua Tian, Paul Umina, Manuella van Munster, Carole Vincent-Monégat, Joshua Wemmer, Alex Wilson, Ying Zhang, Chaoyang Zhao, Jing Zhao, Serena Zhao, Xin Zhou, François Delmotte, Denis Tagu
- article
- BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
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-
- titre
- Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment
- auteur
- Dinka Mandakovic, Ángela Cintolesi, Jonathan Maldonado, Sebastián Mendoza, Méziane Aite, Alexis Gaete, Francisco Saitua, Miguel Allende, Veronica Cambiazo, Anne Siegel, Alejandro Maass, Mauricio Gonzalez, Mauricio Latorre
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-020-62130-8⟩
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-
- titre
- Plasma microRNA signature in presymptomatic and symptomatic subjects with C9orf72-associated frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis
- auteur
- Virgilio Kmetzsch, Vincent Anquetil, Dario Saracino, Daisy Rinaldi, Agnès Camuzat, Thomas Gareau, Ludmila Jornea, Sylvie Forlani, Philippe Couratier, David Wallon, Florence Pasquier, Noémie Robil, Pierre de La Grange, Ivan Moszer, Isabelle Le Ber, Olivier Colliot, Emmanuelle Becker
- article
- Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry, 2020, 92 (5), pp.485-493. ⟨10.1136/jnnp-2020-324647⟩
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-
- titre
- Dynamic estimation and Grid partitioning approach for Multi-Objective Optimization Problems in medical cloud federations
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
- article
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2020
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-
- titre
- Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in the fall armyworm
- auteur
- Sylvie Gimenez, Heba Abdelgaffar, Gaelle Le Goff, Frédérique Hilliou, Carlos Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Juan Luis Jurat-Fuentes, Emmanuelle d'Alençon, Kiwoong Nam
- article
- Communications Biology, 2020, 3 (1), pp.1-10. ⟨10.1038/s42003-020-01382-6⟩
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-
- titre
- Towards a better understanding of the low recall of insertion variants with short-read based variant callers
- auteur
- Wesley J Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
- article
- BMC Genomics, 2020, 21 (762), ⟨10.1186/s12864-020-07125-5⟩
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-
- titre
- GDBAlive: a Temporal Graph Database Built on Top of a Columnar Data Store
- auteur
- Maria Massri, Philippe Raipin, Pierre Meye
- article
- Journal of advances in information technology, 2020
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-
- titre
- From Task Tuning to Task Assignment in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
- auteur
- Joris Duguépéroux, Tristan Allard
- article
- Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2020, pp.67-107. ⟨10.1007/978-3-662-62271-1_3⟩
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-
- titre
- Big Genes, Small Effectors: Pea Aphid Cassette Effector Families Composed From Miniature Exons
- auteur
- Matthew Dommel, Jonghee Oh, Jose Carlos Huguet-Tapia, Endrick Guy, Hélène Boulain, Akiko Sugio, Marimuthu Murugan, Fabrice Legeai, Michelle Heck, Michael C. Smith, Frank White
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, pp.1-11. ⟨10.3389/fpls.2020.01230⟩
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-
- titre
- MinYS: mine your symbiont by targeted genome assembly in symbiotic communities
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (3), pp.1-11. ⟨10.1093/nargab/lqaa047⟩
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-
- titre
- SVJedi: genotyping structural variations with long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (17), pp.4568-4575. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa527⟩
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-
- titre
- Selection following Gene Duplication Shapes Recent Genome Evolution in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
- auteur
- Rosa Fernández, Marina Marcet-Houben, Fabrice Legeai, Gautier Richard, Stéphanie Robin, Valentin Wucher, Cinta Pegueroles, Toni Gabaldón, Denis Tagu
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (9), pp.2601-2615. ⟨10.1093/molbev/msaa110⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
- auteur
- Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
- article
- Microbial Biotechnology, 2020, 13 (5), pp.1648-1672. ⟨10.1111/1751-7915.13634⟩
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-
- titre
- Innovative Approach to Predict DNA Adduct Formation of Environnemental Contaminants
- auteur
- Maël Conan, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Theret
- article
- Environmental and Molecular Mutagenesis, 2020, 61 (S1), pp.58. ⟨10.1002/em.22405⟩
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-
- titre
- Whole genome sequence of the soybean aphid, Aphis glycines.
- auteur
- Jacob A Wenger, Bryan J Cassone, Fabrice Legeai, J Spencer Johnston, Raman Bansal, Ashley D Yates, Brad S Coates, Vitor a C Pavinato, Andy Michel
- article
- Insect Biochemistry and Molecular Biology, 2020, 123, pp.102917. ⟨10.1016/j.ibmb.2017.01.005⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Integration of miRNA‐regulatory networks in hepatic stellate cells identifies TIMP3 as a key factor in chronic liver disease
- auteur
- Fida Azar, Kevin Courtet, Bassil Dekky, Dominique Bonnier, Olivier Dameron, Alain Colige, Vincent Legagneux, Nathalie Theret
- article
- Liver International, 2020, 40 (8), pp.2021-2033. ⟨10.1111/liv.14476⟩
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-
- titre
- Synergic Effects of Temperature and Irradiance on the Physiology of the Marine Synechococcus Strain WH7803
- auteur
- Ulysse Guyet, Ngoc Thanh Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, Maël Conan, Morgane Ratin, Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Loraine A Brillet-Guéguen, Mark M. Hoebeke, Christophe Six, Claudia Steglich, Anne Siegel, Damien Eveillard, Frédéric Partensky, Laurence Garczarek
- article
- Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01707⟩
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-
- titre
- DiscoSnp-RAD: de novo detection of small variants for RAD-Seq population genomics
- auteur
- Jérémy Gauthier, Charlotte Mouden, Tomasz Suchan, Nadir Alvarez, Nils Arrigo, Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2020, pp.1-20. ⟨10.7717/peerj.9291⟩
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-
- titre
- Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions
- auteur
- Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel
- article
- Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩
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-
- titre
- RDF graph summarization for first-sight structure discovery
- auteur
- François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
- article
- The VLDB Journal, 2020, 29 (5), pp.1191-1218. ⟨10.1007/s00778-020-00611-y⟩
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-
- titre
- Extracellular vesicles produced by human and animal Staphylococcus aureus strains share a highly conserved core proteome
- auteur
- Natayme Rocha Tartaglia, Aurélie Nicolas, Vinicius de Rezende Rodovalho, Brenda Silva Rosa Da Luz, Valérie Briard-Bion, Zuzana Krupova, Anne Thierry, François Coste, Agnès Burel, Patrice P. Martin, Julien Jardin, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Eric Guédon
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-13. ⟨10.1038/s41598-020-64952-y⟩
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-
- titre
- Contrasting genomic and phenotypic outcomes of hybridization between pairs of mimetic butterfly taxa across a suture zone
- auteur
- Jérémy Gauthier, Donna Lisa De‐silva, Zachariah Gompert, Annabel Whibley, Céline Houssin, Yann Le Poul, Melanie Mcclure, Claire Lemaitre, Fabrice Legeai, James Mallet, Marianne Elias
- article
- Molecular Ecology, 2020, 29 (7), pp.1328-1343. ⟨10.1111/mec.15403⟩
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-
- titre
- A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2020, 92-102 (Volume 274), ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
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-
- titre
- Complete Genome Sequences of Two Strains of Streptococcus pyogenes Belonging to an Emergent Clade of the Genotype emm89 in Brittany, France
- auteur
- Marie Devaere, Sarrah Boukthir, Séverine Moullec, Emeline Roux, Dominique Lavenier, Ahmad Faili, Samer Kayal
- article
- Microbiology Resource Announcements, 2020, 9 (11), pp.e00129-20. ⟨10.1128/MRA.00129-20⟩
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-
- titre
- ELECTOR : evaluator for long reads correction methods
- auteur
- Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩
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-
- titre
- Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions
- auteur
- Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon Dittami
- article
- Frontiers in Marine Science, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩
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-
- titre
- Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
- auteur
- Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric J-J Leroux, Simon M. Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V Markov
- article
- iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩
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-
- titre
- SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
- auteur
- Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
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-
- titre
- Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
- auteur
- Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2020, pp.1-9. ⟨10.1186/s13015-020-0163-6⟩
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-
- titre
- Graph-FCA: An extension of formal concept analysis to knowledge graphs
- auteur
- Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2020, 273 (5), pp.81-102. ⟨10.1016/j.dam.2019.03.003⟩
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-
- titre
- Fuzzy quality-aware queries to graph databases
- auteur
- Olivier Pivert, Etienne Scholly, Grégory Smits, Virginie Thion
- article
- Information Sciences, 2020, 521, pp.160--173. ⟨10.1016/J.INS.2020.02.035⟩
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-
- titre
- A pipeline to create predictive functional networks: application to the tumor progression of hepatocellular carcinoma
- auteur
- Maxime Folschette, Vincent Legagneux, Arnaud Poret, Lokmane Chebouba, Carito Guziolowski, Nathalie Théret
- article
- BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), pp.18. ⟨10.1186/s12859-019-3316-1⟩
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-
- titre
- The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
- auteur
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, Meziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Herve, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E. Minoche, Misharl Monsoor, Pierre Péricard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F. Peters, Anne Siegel, Amandine Siméon, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- Marine Genomics, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩
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-
- titre
- Evidential positive opinion influence measures for viral marketing
- auteur
- Siwar Jendoubi, Arnaud Martin
- article
- Knowledge and Information Systems (KAIS), 2020, 62, pp.1037-1062. ⟨10.1007/s10115-019-01375-w⟩
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-
- titre
- Unveiling the implicit knowledge, one scenario at a time
- auteur
- Flavien Lécuyer, Valérie Gouranton, Aurélien Lamercerie, Adrien Reuzeau, Bruno Arnaldi, Benoît Caillaud
- article
- The Visual Computer, 2020, pp.1-12. ⟨10.1007/s00371-020-01904-7⟩
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-
- titre
- NegPSpan: efficient extraction of negative sequential patterns with embedding constraints
- auteur
- Thomas Guyet, René Quiniou
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2020, 34, pp.563-609. ⟨10.1007/s10618-019-00672-w⟩
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-
Conference papers
- titre
- Netspot: a simple Intrusion Detection System with statistical learning
- auteur
- Alban Siffer, Alexandre Termier, Pierre-Alain Fouque, Christine Largouët
- article
- TrustCom 2020 - IEEE 19th International Conference on Trust, Security and Privacy in Computing and Communications, Dec 2020, Guangzhou, China. ⟨10.1109/TrustCom50675.2020.00122⟩
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-
- titre
- Variant Calling Parallelization on Processor-in-Memory Architecture
- auteur
- Dominique Lavenier, Remy Cimadomo, Romaric Jodin
- article
- BIBM 2020 - IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Dec 2020, Virtual, South Korea. pp.1-4
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-
- titre
- Publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
- article
- AICOL 2020 - 11th International Workshop on Artificial Intelligence and the Complexity of Legal Systems, in conjunction with JURIX 2020, Dec 2020, Virtual, Czech Republic
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-
- titre
- FPSelect: Low-Cost Browser Fingerprints for Mitigating Dictionary Attacks against Web Authentication Mechanisms
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaëtan Le Guelvouit
- article
- Annual Computer Security Applications Conference (ACSAC 2020), Dec 2020, Austin, United States. ⟨10.1145/3427228.3427297⟩
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-
- titre
- Localize to Classify and Classify to Localize: Mutual Guidance in Object Detection
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- ACCV 2020 - The 15th Asian Conference on Computer Vision, Nov 2020, Kyoto / Virtual, Japan. pp.1-15, ⟨10.1007/978-3-030-69538-5_7⟩
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-
- titre
- How to use Model Checking for Diagnosing Fault Patterns in Petri nets
- auteur
- Johanne Bakalara, Yannick Pencolé, Audine Subias
- article
- WODES 2020 - 15th IFAC Workshop on Discrete Event Systems, Nov 2020, Virtual, Brazil. pp.1-6
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-
- titre
- Adversarial regularization for explainable-by-design time series classification
- auteur
- Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Romain Tavenard
- article
- ICTAI 2020 - 32th International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2020, online, Greece. pp.1-9, ⟨10.1109/ICTAI50040.2020.00165⟩
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-
- titre
- Revisiting RDF storage layouts for efficient query answering
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Tayeb Merabti, Marie-Laure Mugnier
- article
- SSWS 2020 - 13th International Workshop on Scalable Semantic Web Knowledge Base Systems, Nov 2020, Athène, Greece. pp.17-32
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-
- titre
- A Novel Path-based Entity Relatedness Measure for Efficient Collective Entity Linking
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
- article
- International Semantic Web Conference (ISWC), Nov 2020, Athens, Greece
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-
- titre
- A Proposal for Nested Results in SPARQL
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- ISWC 2020 Posters, Demos, and Industry Tracks, Nov 2020, Athens, Greece
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-
- titre
- An extension of chronicles temporal model with taxonomies
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, André Happe, Emmanuel Oger
- article
- BDA 2020 - 36ème Conférence sur la Gestion des Données - Principes, Technologies et Applications, Oct 2020, Virtual, France. pp.1-10
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-
- titre
- Multispectral Fusion for Object Detection with Cyclic Fuse-and-Refine Blocks
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abou Dabi, United Arab Emirates. pp.1-5
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-
- titre
- Improving Anchor-based Explanations
- auteur
- Julien Delaunay, Luis Galárraga, Christine Largouët
- article
- CIKM 2020 - 29th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Oct 2020, Galway / Virtual, Ireland. pp.3269-3272, ⟨10.1145/3340531.3417461⟩
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-
- titre
- SYSBOOSTER, application of Data Science to surveillance of systems for detection or anticipation of dysfunctions or failures of systems
- auteur
- Alain Celisse, Olivier Gauriau, Margot Corréard, Jean-François Bouin, Lennart Priester, Ronald Naumann, Emmanuel Arbaretier, Michel Kaczmarek, Uwe Schmietainski, Hagen Friedrich
- article
- Congrès Lambda Mu 22 « Les risques au cœur des transitions » (e-congrès) - 22e Congrès de Maîtrise des Risques et de Sûreté de Fonctionnement, Institut pour la Maîtrise des Risques, Oct 2020, Le Havre (e-congrès), France. pp.1-9
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-
- titre
- Expedition in the Update Universe
- auteur
- Guillaume Aucher
- article
- Dynamic Logic. New Trends and Applications. DaLi 2020., Oct 2020, Prague, Czech Republic. pp.1-16, ⟨10.1007/978-3-030-65840-3_1⟩
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-
- titre
- Generalized Chronicles for Temporal Sequence Classification
- auteur
- Thomas Guyet, Yann Dauxais
- article
- AALTD 2020 - International Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2020, Ghent, Belgium. pp.30-45, ⟨10.1007/978-3-030-65742-0_3⟩
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-
- titre
- Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
- auteur
- Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos
- article
- Web Services - ICWS 2020 - 27th International Conference, Held as Part of the Services Conference Federation, SCF 2020, Sep 2020, Honolulu, United States. pp.77-95, ⟨10.1007/978-3-030-59618-7⟩
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-
- titre
- An Algebra of Deterministic Propositional Acceptance Automata (DPAA)
- auteur
- Aurélien Lamercerie, Benoît Caillaud
- article
- FDL 2020 - Forum on specification & Design Languages, Sep 2020, Kiel, Germany. pp.1-8
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- titre
- A Student-oriented Tool to Support Course Selection in Academic Counseling Sessions
- auteur
- Jaime Castells, Poul-Doust Mohammad, Luis Galárraga, Gonzalo Méndez, Margarita Ortiz-Rojas, Alberto Jiménez
- article
- LAUR 2020 - Workshop on Adoption, Adaptation and Pilots of Learning Analytics in Under-represented Regions co-located with the 15th European Conference on Technology Enhanced Learning 2020, Sep 2020, Virtual Event, Germany. pp.1-10
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-
- titre
- A Graph-Theoretic Barcode Ordering Model for Linked-Reads
- auteur
- Yoann Dufresne, Chen Sun, Pierre Marijon, Dominique Lavenier, Cedric Chauve, Rayan Chikhi
- article
- WABI 2020 - 20th Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2020, Pisa, Italy. pp.11 - 12, ⟨10.4230/LIPIcs.WABI.2020.11⟩
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- titre
- Integrating Writing Dynamics in CNN for Online Children Handwriting Recognition
- auteur
- Simon Corbillé, Elisa Fromont, Eric Anquetil, Pauline Nerdeux
- article
- 17th International Conference on Frontiers in Handwriting Recognition (ICFHR), Sep 2020, Dortmund, Germany
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- titre
- MASCARA (ModulAr Semantic CAching fRAmework) towards FPGA acceleration for IoT Security monitoring
- auteur
- van Long Nguyen Huu, Julien Lallet, Emmanuel Casseau, Laurent d'Orazio
- article
- VLIoT 2020 - International Workshop on Very Large Internet of Things, Sep 2020, Tokyo, Japan. pp.14-23
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-
- titre
- Obi-Wan: Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- VLDB 2020 - 46th International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2020, Tokyo, Japan
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-
- titre
- Declarative mining of negative sequential patterns
- auteur
- Philippe Besnard, Thomas Guyet
- article
- 1st Declarative Problem Solving Workshop (DPSW 2020) @ ECAI 2020, Pedro Cabalar (CITIC-Univ. A Coruña, Spain); Andreas Herzig (Tolouse Univ, France); David Pearce (Univ. Politécnica Madrid, Spain); Torsten Schaub (Univ. Potsdam, Germany); Stefan Woltran (Vienna Univ. Tech. Austria), Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-8
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-
- titre
- Semantics of negative sequential patterns
- auteur
- Thomas Guyet, Philippe Besnard
- article
- 24 th European Conference on Artificial Intelligence (ECAI 2020), European Association for Artificial Intelligence (EurAI); Spanish AI Society (AEPIA); University of Santiago de Compostela (CiTIUS), Aug 2020, Santiago de Compostela, Spain. pp.1-7
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-
- titre
- Cooking related Carbon Footprint Evaluationand Optimisation
- auteur
- Damien Alvarez de Toledo, Laurent d'Orazio, Frédéric Andrès, Maria Leite
- article
- International Workshop on Intelligent Data – From Data to Knowledge (DOING 2020), Aug 2020, Lyon, France
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-
- titre
- A Scored Semantic Cache Replacement Strategy for Mobile Cloud Database Systems
- auteur
- Zachary Arani, Drake Chapman, Chenxiao Wang, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Taras Basiuk
- article
- International Workshop on BI & BIG DATA APPLICATIONS (BBIGAP) @ ADBIS, Aug 2020, Lyon, France
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-
- titre
- Optimization for Large-Scale Fuzzy Joins Using Fuzzy Filters in MapReduce
- auteur
- Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent d'Orazio
- article
- FUZZ-IEEE 2020 - International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2020, Glasgow, United Kingdom. pp.1-8, ⟨10.1109/FUZZ48607.2020.9177610⟩
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-
- titre
- Online publication of court records: circumventing the privacy-transparency trade-off
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs
- article
- 1st International Workshop on Law and Machine Learning LML2020, in conjunction with ICML 2020, Jul 2020, Vienna, Austria
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-
- titre
- Hybridation d'approches « transparentes » et basées « Deep Learning » pour l'analyse automatisée de productions graphiques d'élèves dans le contexte de l'éducation
- auteur
- Simon Corbillé, Eric Anquetil, Elisa Fromont
- article
- SIFED 2020 - Symposium International Francophone sur l’Ecrit et le Document, Jul 2020, En ligne, France
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- titre
- Guess Who ?" Large-Scale Data-Centric Study of the Adequacy of Browser Fingerprints for Web Authentication
- auteur
- Nampoina Andriamilanto, Tristan Allard, Gaetan Le Guelvouit
- article
- International Conference on Innovative Mobile and Internet Services in Ubiquitous Computing (IMIS), Jul 2020, Lodz, Poland. pp.161-172, ⟨10.1007/978-3-030-50399-4_16⟩
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-
- titre
- Towards a better understanding of the low discovery rate of short-read based insertion variant callers
- auteur
- Wesley Delage, Julien Thevenon, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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- titre
- ComPotts: Optimal alignment of coevolutionary models for protein sequences
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France. pp.1-8
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- titre
- Steps in the Representation of Concept Lattices and Median Graphs
- auteur
- Alain Gély, Miguel Couceiro, Laurent Miclet, Amedeo Napoli
- article
- CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Sadok Ben Yahia; Francisco José Valverde Albacete; Martin Trnecka, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.1-11
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-
- titre
- Transduction sémantique pour la modélisation de système
- auteur
- Aurélien Lamercerie
- article
- PFIA 2020 - Plate-Forme de l'Intelligence Artificielle (PFIA), rencontres RJCIA, Jun 2020, Angers, France. pp.1-6
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- titre
- Practical comparison of FCA extensions to model indeterminate value of ternary data
- auteur
- Priscilla Keip, Sébastien Ferré, Alain Gutierrez, Marianne Huchard, Pierre Silvie, Pierre Martin
- article
- CLA 2020 - 15th International Conference on Concept Lattices and Their Applications, Jun 2020, Tallinn, Estonia. pp.197-208
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-
- titre
- Data Centric Workflows for Crowdsourcing
- auteur
- Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- Petri Nets 2020 - 41st International Conference on Application and Theory of Petri Nets and Concurrency, Jun 2020, Paris, France. pp.1-39
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-
- titre
- Bandits manchots avec échantillonnage de Thompson pour des recommandations multiples suivant un modèle fondé sur les positions
- auteur
- Camille-Sovanneary Gauthier, Romaric Gaudel, Elisa Fromont
- article
- CAp 2020 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Méthodes de Fusion de Cartes de Caractéristiques pour la Détection Multispectrale par Réseaux de Neurones Profonds
- auteur
- Heng Zhang, Elisa Fromont, Sébastien Lefèvre, Bruno Avignon
- article
- RFIAP 2020 - Reconnaissance des Formes, Image, Apprentissage et Perception, Jun 2020, Vannes, France. pp.1-2
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-
- titre
- Fast and Exact Rule Mining with AMIE 3
- auteur
- Jonathan Lajus, Luis Galárraga, Fabian Suchanek
- article
- ESWC 2020 - 17th International Semantic Web Conference, May 2020, Virtual Event, Greece. pp.36-52, ⟨10.1007/978-3-030-49461-2_3⟩
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-
- titre
- GraphMDL: Graph Pattern Selection based on Minimum Description Length
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany. ⟨10.1007/978-3-030-44584-3_5⟩
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-
- titre
- Overlapping Hierarchical Clustering (OHC)
- auteur
- Ian Jeantet, Zoltan Miklos, David Gross-Amblard
- article
- Inteligent Data Analysis (IDA 2020), Apr 2020, Konstanz, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Widening for MDL-based Retail Signature Discovery
- auteur
- Clément Gautrais, Peggy Cellier, Matthijs van Leeuwen, Alexandre Termier
- article
- IDA 2020 - Symposium on Intelligent Data Analysis, Apr 2020, Konstanz, Germany. pp.1-12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Persistent Memory-Aware Buffer Pool Manager Simulator for Multi-Tenant Cloud Databases
- auteur
- Taras Basiuk, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio, Eleazar Leal
- article
- International Workshop on Big Data Management on Emerging Hardware, Apr 2020, Dallas, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Think Cities: the accelerator for sustainable planning
- auteur
- Gwenaelle Carfantan, Florian Daniel, Laurent d'Orazio, Trung-Dung Le, Xavier Marin, Olivier Peau, Hervé Rannou
- article
- International Workshop on Data-Driven Smart Cities (DASC@ICDE), Apr 2020, Dallas, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Task-Tuning in Privacy-Preserving Crowdsourcing Platforms
- auteur
- Joris Duguépéroux, Antonin Voyez, Tristan Allard
- article
- International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.5441/002/edbt.2020.79⟩
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-
- titre
- REMI: Mining Intuitive Referring Expressions on Knowledge Bases
- auteur
- Luis Galárraga, Julien Delaunay, Jean-Louis Dessalles
- article
- EDBT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Virtual Event, Denmark. pp.387-390, ⟨10.5441/002/edbt.2020.39⟩
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-
- titre
- Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- EDBT 2020 - 23rd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2020, Copenhagen, Denmark. pp.299-310, ⟨10.5441/002/edbt.2020.27⟩
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-
- titre
- A Distributed Multi-Sensor Machine Learning Approach to Earthquake Early Warning
- auteur
- Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
- article
- In Proceedings of the 34th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2020, New York, United States. pp.403-411, ⟨10.1609/aaai.v34i01.5376⟩
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-
- titre
- Profilage et prédiction : de l’usage des algorithmes en matière pénale
- auteur
- Laurent Rousvoal, Tristan Allard, Elisa Fromont
- article
- 2020 - Festival des libertés numériques, INSA Rennes, Université Rennes 2, URFIST de Rennes., Feb 2020, Rennes, France
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-
- titre
- Construction guidée de requêtes analytiques sur des graphes RDF
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Atelier Web des Données, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- GraphMDL : sélection de motifs de graphes avec le principe MDL
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- EGC 2020, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelisation de l'incertitude et de l'imprecision de donnees de crowdsourcing : MONITOR
- auteur
- Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2020, Bruxelles, Belgique
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Énumération des occurrences d'une chronique
- auteur
- Thomas Guyet, Philippe Besnard, Ahmed Samet, Nasreddine Ben Salha, Nicolas Lachiche
- article
- EGC 2020 - 20ème édition de la Conférence Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.253-260
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-
- titre
- ARES : un extracteur d'exigences pour la modélisation de systèmes
- auteur
- Aurélien Lamercerie
- article
- EGC 2020 - Extraction et Gestion des Connaissances (Atelier - Fouille de Textes - Text Mine), Jan 2020, Bruxelles, Belgique. pp.1-4
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-
- titre
- Approximating Longest Common Substring with k mismatches: Theory and Practice
- auteur
- Garance Gourdel, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Tatiana Starikovskaya
- article
- CPM 2020 - 31st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, 2020, Copenhagen, Denmark. ⟨10.4230/LIPIcs.CPM.2020.16⟩
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-
Book sections
- titre
- Integrative models for TGF-$\beta$ signaling and extracellular matrix
- auteur
- Nathalie Theret, Jérôme Feret, Arran Hodgkinson, Pierre Boutillier, Pierre Vignet, Ovidiu Radulescu
- article
- Sylvie Ricard-Blum. Extracellular Matrix Omics, 7, Springer, pp.17, 2020, Biology of Extracellular Matrix, 978-3-030-58329-3. ⟨10.1007/978-3-030-58330-9_10⟩
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-
- titre
- IA et Bioinformatique
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Sébastien Konieczny; Henri Prade. L’intelligence artificielle: De quoi s’agit-il vraiment ?, Cépaduès, pp.101, 2020, 9782364938502
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-
- titre
- Ouvrir la boîte noire des algorithmes de personnalisation
- auteur
- Tristan Allard, Louis Béziaud, Sébastien Gambs, Julien Lolive
- article
- Le profilage en ligne : entre libéralisme et régulation, Mare & Martin, 2020, Libre droit, 978-2-84934-466-8
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-
- titre
- Formal Concept Analysis: From Knowledge Discovery to Knowledge Processing
- auteur
- Sébastien Ferré, Marianne Huchard, Mehdi Kaytoue, Sergei Kuznetsov, Amedeo Napoli
- article
- Pierre Marquis; Odile Papini; Henri Prade. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, 2, Springer International Publishing, pp.411-445, 2020, AI Algorithms, 978-3-030-06167-8. ⟨10.1007/978-3-030-06167-8_13⟩
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-
- titre
- Artificial Intelligence and Bioinformatics
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Marquis, P., Papini, O., Prade, H. A Guided Tour of Artificial Intelligence Research, III, Springer, pp.575, 2020, Interfaces and Applications of Artificial Intelligence, 978-3-030-06169-2
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- From databases to artificial intelligence
- auteur
- Zoltan Miklos
- article
- Databases [cs.DB]. Université de Rennes 1 [UR1], 2020
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-
- titre
- Enhancing sequential pattern mining with time and reasoning
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2020
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-
Lectures
- titre
- Green IT - The hardware of informationware
- auteur
- Olivier Ridoux
- article
- École d'ingénieur. France. 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- Rapport de stage Master 2 : Apprentissage et étude de Transformer pour la classification en familles protéiques
- auteur
- Nicolas Buton
- article
- Intelligence artificielle [cs.AI]. 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AlPha: A Mixed Integer Linear Programming Approach for Genome Haplotyping
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- DNA fragments positioning improvement to realise consensus sequences in the de novo long reads assembly context
- auteur
- Victor Epain
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- titre
- Nanopore MinION long read sequencer: an overview of its error landscape
- auteur
- Clara Delahaye, Jacques Nicolas
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Actes de l’atelier HIA 2020: Humains et IA, travailler en intelligence
- auteur
- David Gross-Amblard
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- Biodiversity Genomics 2020, Oct 2020, Online, France.
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-
- titre
- Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species
- auteur
- Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩
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-
- titre
- Bacterial strains identification using Oxford Nanopore sequencing
- auteur
- Grégoire Siekaniec, Emeline Roux, Eric Guédon, Jacques Nicolas
- article
- JOBIM2020, Jun 2020, Montpellier, France
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-
- titre
- MTG-Link: filling gaps in draft genome assemblies with linked read data
- auteur
- Anne Guichard, Fabrice Legeai, Arthur Le Bars, Paul Yann Jay, Mathieu Joron, Denis Tagu, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France.
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-
- titre
- Concepts de voisins dans les graphes RDF : Une extension Jena et une interface graphique
- auteur
- Nicolas Fouqué, Sébastien Ferré, Peggy Cellier
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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-
- titre
- Dynamic modeling of nutrient use and sows’ individual requirements
- auteur
- Charlotte Gaillard, Raphaël Gauthier, Jean-Yves Dourmad
- article
- Final conference for the European project Feed-a-Gene, Jan 2020, Rennes, France. 2020
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-
Documents associated with scientific events
- titre
- GraphMDL Visualizer: Interactive Visualization of Graph Patterns
- auteur
- Francesco Bariatti, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- GEM: Graph Embedding and Mining Workshop @ ECML-PKDD 2020, Sep 2020, Ghent, Belgium
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-
- titre
- Interface de Recueil de Données Imparfaites pour le CrowdSourcing
- auteur
- Constance Thierry, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak, Pierrick Uro
- article
- EGC 2020 - Humains et IA, travailler en intelligence Atelier de la conférence, Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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-
Proceedings
- titre
- Actes de la conférence BDA 2020
- auteur
- Bernd Amann, François Goasdoué
- article
- 2020
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-
- titre
- Actes des 31es journées francophones d’Ingénierie des Connaissances
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Plate-Forme Intelligence Artificielle, Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2020
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-
Reports
- titre
- État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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-
- titre
- WorkShop MoDaL (Multi-Scale Data Links)
- auteur
- Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, Richard Redon, Anne Siegel
- article
- [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020
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-
- titre
- Rapport de conjoncture 2019 : CID 51 Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant
- auteur
- Franck Picard, Myriam Ferro, Alice Cleynen, Marie Doumic, Xavier Duchemin, Guillaume Fertin, Jonathan Filee, Philippe Juin, Romain Koszul, Rafael Laboissiere, Dominique Lavenier, Thérèse Malliavin, Antonio Monari, Isabelle Nondier, Françoise Peyrin, Pierre Pouget, David Vallenet, Rufin Vanrullen, Stéphane Vezian, Aleksandra Walczak
- article
- Comité national de la recherche scientifique. 2020
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-
Theses
- titre
- Filters based fuzzy big joins
- auteur
- Thi To Quyen Tran
- article
- Databases [cs.DB]. Université Rennes 1; Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S070⟩
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-
- titre
- Leveraging browser fingerprinting for web authentication
- auteur
- Tompoariniaina Nampoina Andriamilanto
- article
- Systems and Control [cs.SY]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S045⟩
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-
- titre
- Identification of causal pathologic signature by multi-omic data integration
- auteur
- Méline Wery
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S071⟩
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-
- titre
- Characterization and detection of large constitutional insertions for medical use
- auteur
- Wesley Delage
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. Français. ⟨NNT : 2020REN1S049⟩
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-
- titre
- Structural variant genotyping with long read data
- auteur
- Lolita Lecompte
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S054⟩
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-
- titre
- Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data : application to B cell differentiation and follicular lymphoma non coding mutations
- auteur
- Marine Louarn
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S088⟩
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-
- titre
- Analysis and integration of heterogeneous large-scale genomics data
- auteur
- Marine Louarn
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Investigation of a framework for seasonal time series forecasting
- auteur
- Colin Leverger
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université de Rennes, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S033⟩
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-
- titre
- Frequent itemset sampling of high throughput streams on FPGA accelerators
- auteur
- Maël Gueguen
- article
- Embedded Systems. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S053⟩
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-
- titre
- Enhancing Performance and Explainability of Multivariate Time Series Machine Learning Methods : Applications for Social Impact in Dairy Resource Monitoring and Earthquake Early Warning
- auteur
- Kevin Fauvel
- article
- Machine Learning [cs.LG]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S043⟩
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-
- titre
- Protecting workers in crowdsourcing platforms : a technical perspective
- auteur
- Joris Duguépéroux
- article
- Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S023⟩
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-
- titre
- Combination of supervised and unsupervised classifiers based on belief functions
- auteur
- Na Li
- article
- Image Processing [eess.IV]. University of Rennes I, 2020. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Modeling and management of imperfect preferences with the theory of belief functions
- auteur
- Yiru Zhang
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Rennes 1, 2020. English. ⟨NNT : 2020REN1S006⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Cost and Quality Assurance in Crowdsourcing Workflows
- auteur
- Loïc Hélouët, Zoltan Miklos, Rituraj Singh
- article
- 2020
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-
- titre
- Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in fall armyworms
- auteur
- Ki Woong Nam, Sylvie Gimenez, Frederique Hilliou, Carlos A Blanco, Sabine Hänniger, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Nicolas Nègre, Emmanuelle d'Alençon
- article
- 2020
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-
- titre
- Community-Driven Data Analysis Training for Biology
- auteur
- Bérénice Batut, Saskia Hiltemann, Andrea Bagnacani, Dannon Baker, Vivek Bhardwaj, Clemens Blank, Anthony Bretaudeau, Loraine Brillet-Guéguen, John K. Chilton, Dave Clements, Olivia Doppelt-Azeroual, Anika Erxleben, Mallory Ann Freeberg, Simon Gladman, Youri Hoogstrate, Hans-Rudolf Hotz, Torsten Houwaart, Pratik Jagtap, Delphine Larivière, Gildas Le Corguillé, Thomas Manke, Fabien Mareuil, Fidel Ramírez, Devon Ryan, Florian Christoph Sigloch, Nicola Soranzo, Joachim Wolff, Pavankumar Videm, Markus Wolfien, Aisanjiang Wubuli, Dilmurat Yusuf, James Taylor, Rolf Backofen, Anton Nekrutenko, Bjorn Grüning
- article
- 2020
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-
- titre
- SEPAR: Towards Regulating Future of Work Multi-Platform Crowdworking Environments with Privacy Guarantees
- auteur
- Mohammad Javad Amiri, Joris Duguépéroux, Tristan Allard, Divyakant Agrawal, Amr El Abbadi
- article
- 2020
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-
- titre
- Long Reads Assembly Using Integer Linear Programming
- auteur
- Victor Epain, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Dominique Lavenier
- article
- 2020
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-
- titre
- Soil microbiota influences clubroot disease by modulating Plasmodiophora brassicae and Brassica napus transcriptomes
- auteur
- Stéphanie Daval, Kévin Gazengel, Arnaud Belcour, Juliette J. Linglin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Alain Sarniguet, Maria M. Manzanares-Dauleux, Lionel Lebreton, Christophe Mougel
- article
- 2020
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-
2019
Journal articles
- titre
- RNA interference identifies domesticated viral genes involved in assembly and trafficking of virus-derived particles in ichneumonid wasps
- auteur
- Ange Lorenzi, Marc Ravallec, Magali Eychenne, Véronique Jouan, Stéphanie Robin, Isabelle Darboux, Fabrice Legeai, Anne-Sophie Gosselin-Grenet, Mathieu Sicard, Don Stoltz, Anne Nathalie Volkoff
- article
- PLoS Pathogens, 2019, 15 (12), pp.e1008210. ⟨10.1371/journal.ppat.1008210⟩
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-
- titre
- Pourquoi le client doit il être parfait ?
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- Survey Magazine, 2019, pp.18-19
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-
- titre
- Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus
- auteur
- Delphine Nègre, Méziane Aite, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Loraine Brillet-Guéguen, Xi Liu, Philippe Bordron, Olivier Godfroy, Agnieszka P. Lipinska, Catherine Leblanc, Anne Siegel, Simon Dittami, Erwan Corre, Gabriel V. Markov
- article
- Antioxidants , 2019, 8 (11), pp.564. ⟨10.3390/antiox8110564⟩
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-
- titre
- Differential Expression of Candidate Salivary Effector Genes in Pea Aphid Biotypes With Distinct Host Plant Specificity
- auteur
- Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Julie Jaquiéry, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
- article
- Frontiers in Plant Science, 2019, 10, pp.1301. ⟨10.3389/fpls.2019.01301⟩
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-
- titre
- Principles for a Judgement Editor Based on Binary Decision Diagrams
- auteur
- Guillaume Aucher, Jean Berbinau, Marie-Laure Morin
- article
- Journal of Applied Logics -IfCoLog Journal of Logics and their Applications, 2019, Special Issue: Reasoning for Legal AI, 6 (5), pp.33
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-
- titre
- The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences
- auteur
- Jon Ison, Hans Ienasescu, Piotr Chmura, Emil Rydza, Hervé Ménager, Matúš Kalaš, Veit Schwämmle, Bjorn Grüning, Niall Beard, Rodrigo Lopez, Severine Duvaud, Heinz Stockinger, Bengt Persson, Radka Svobodová Vařeková, Tomáš Raček, Jiří Vondrášek, Hedi Peterson, Ahto Salumets, Inge Jonassen, Rob Hooft, Tommi Nyrönen, Alfonso Valencia, Salvador Capella, Josep Gelpí, Federico Zambelli, Babis Savakis, Brane Leskošek, Kristoffer Rapacki, Christophe Blanchet, Rafael Jimenez, Arlindo Oliveira, Gert Vriend, Olivier Collin, Jacques van Helden, Peter Løngreen, Søren Brunak
- article
- Genome Biology, 2019, 20 (164), pp.1-4. ⟨10.1186/s13059-019-1772-6⟩
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-
- titre
- SHAMAN : Symbolic and Human-centric view of dAta MANagement
- auteur
- François Goasdoué
- article
- Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 2019
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-
- titre
- Handling probabilistic integrity constraints in pay-as-you-go reconciliation of data models
- auteur
- Nguyen Quoc Viet Hung, Matthias Weidlich, Nguyen Thanh Tam, Zoltan Miklos, Karl Aberer, Avigdor Gal, Bela Stantic
- article
- Information Systems, 2019, 83, pp.166-180. ⟨10.1016/j.is.2019.04.002⟩
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-
- titre
- Expression and efficient evaluation of fuzzy quantified structural queries to fuzzy graph databases
- auteur
- Olivier Pivert, Olfa Slama, Virginie Thion
- article
- Fuzzy Sets and Systems, 2019, 366, pp.3-17. ⟨10.1016/j.fss.2018.06.002⟩
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-
- titre
- Evolution of the human cold/menthol receptor, TRPM8
- auteur
- Samuel Blanquart, Anne-Sophie Borowiec, Philippe Delcourt, Martin Figeac, Christopher A Emerling, Andrea S Meseguer, Morad Roudbaraki, Natalia Prevarskaya, Gabriel Bidaux
- article
- Molecular Phylogenetics and Evolution, 2019, 136, pp.104-118. ⟨10.1016/j.ympev.2019.04.011⟩
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-
- titre
- Summarizing Semantic Graphs: A Survey
- auteur
- Sejla Cebiric, François Goasdoué, Haridimos Kondylakis, Dimitris Kotzinos, Ioana Manolescu, Georgia Troullinou, Mussab Zneika
- article
- The VLDB Journal, 2019, 28 (3)
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-
- titre
- Dynamic modeling of nutrient use and individual requirements of lactating sows
- auteur
- Raphaël Gauthier, Christine Largouët, Charlotte Gaillard, Laetitia Cloutier, Fréderic Guay, Jean-Yves Dourmad
- article
- Journal of Animal Science, 2019, 97 (7), pp.2822-2836. ⟨10.1093/jas/skz167⟩
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-
- titre
- Evidence for an ichnovirus machinery in parasitoids of coleopteran larvae
- auteur
- Stéphanie Robin, Marc Ravallec, Marie Frayssinet, James Whitfield, Véronique Jouan, Fabrice Legeai, Anne-Nathalie Volkoff
- article
- Virus Research, 2019, 263, pp.189-206. ⟨10.1016/j.virusres.2019.02.001⟩
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-
- titre
- Estimating probabilistic context-free grammars for proteins using contact map constraints
- auteur
- Witold Dyrka, Mateusz Pyzik, François Coste, Hugo Talibart
- article
- PeerJ, 2019, 7, pp.1-35. ⟨10.7717/peerj.6559⟩
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-
- titre
- Computing and Explaining Query Answers over Inconsistent DL-Lite Knowledge Bases
- auteur
- Meghyn Bienvenu, Camille Bourgaux, François Goasdoué
- article
- Journal of Artificial Intelligence Research, 2019, 64, pp.563-644. ⟨10.1613/jair.1.11395⟩
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-
- titre
- Platform Design for Crowdsourcing and Future of Work
- auteur
- David Gross-Amblard, Atsuyuki Morishima, Saravanan Thirumuruganathan, Marion Tommasi, Ko Yoshida
- article
- Bulletin of the Technical Committee on Data Engineering, 2019, 42 (4)
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-
- titre
- Sequence selection by FitSS4ASR alleviates ancestral sequence reconstruction as exemplified for geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
- auteur
- Kristina Straub, Mona Linde, Cosimo Kropp, Samuel Blanquart, Patrick Babinger, Rainer Merkl
- article
- Biological Chemistry, 2019, 400 (3), pp.367-381. ⟨10.1515/hsz-2018-0344⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
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-
- titre
- The ReproGenomics Viewer: a multi-omics and cross-species resource compatible with single-cell studies for the reproductive science community
- auteur
- Thomas Darde, Estelle Lecluze, Aurélie Lardenois, Isabelle Stévant, Nathan Alary, Frank Tüttelmann, Olivier Collin, Serge Nef, Bernard Jégou, Antoine D. Rolland, Fréderic Chalmel
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3133-3139. ⟨10.1093/bioinformatics/btz047⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- queryMed: Semantic Web functions for linking pharmacological and medical knowledge to data
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (17), pp.3203-3205. ⟨10.1093/bioinformatics/btz034⟩
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-
- titre
- Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
- auteur
- Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés A Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
- article
- BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
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-
- titre
- Role of the acquisition of a type 3 secretion system in the emergence of novel pathogenic strains of Xanthomonas
- auteur
- Valérian Méline, Wesley Delage, Chrystelle Brin, Camille Li-Marchetti, Daniel Sochard, Matthieu Arlat, Céline Rousseau, Armelle Darrasse, Martial Briand, Guillaume Lebreton, Perrine Portier, Marion Fischer-Le Saux, Karine Durand, Marie-Agnès Jacques, Etienne Belin, Tristan Boureau
- article
- Molecular Plant Pathology, 2019, 20 (1), pp.33-50. ⟨10.1111/mpp.12737⟩
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-
- titre
- In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans
- auteur
- Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret
- article
- Toxicology Letters, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks
- auteur
- Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩
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-
- titre
- Complete Assembly of Circular and Chloroplast Genomes Based on Global Optimization
- auteur
- Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Sébastien François, Dominique Lavenier
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, In press, pp.1-28. ⟨10.1142/S0219720019500148⟩
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-
- titre
- Ontology population with deep learning-based NLP: a case study on the Biomolecular Network Ontology
- auteur
- Ali Ayadi, Ahmed Samet, François de Bertrand de Beuvron, Cecilia Zanni-Merk
- article
- Procedia Computer Science, 2019, 159, pp.572-581. ⟨10.1016/j.procs.2019.09.212⟩
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-
- titre
- Data-driven Assessment of Structural Evolution of RDF Graphs
- auteur
- Carlos Bobed, Pierre Maillot, Peggy Cellier, Sébastien Ferré
- article
- Semantic Web – Interoperability, Usability, Applicability, In press
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-
Conference papers
- titre
- Toward a Framework for Seasonal Time Series Forecasting Using Clustering
- auteur
- Colin Leverger, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Vincent Lemaire, Alexis Bondu, Alexandre Termier
- article
- IDEAL 2019, Nov 2019, Manchester, United Kingdom. pp.328-340, ⟨10.1007/978-3-030-33607-3_36⟩
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-
- titre
- Modeling uncertainty and inaccuracy on data from crowdsourcing platforms: MONITOR
- auteur
- Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
- article
- IEEE 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI'19), Nov 2019, Portland, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Admissible generalizations of examples as rules (2019)
- auteur
- Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
- article
- 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI 2019), IEEE, Nov 2019, Portland, OR, United States. ⟨10.1109/ICTAI.2019.00211⟩
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-
- titre
- On Complex Value Relations in Hive
- auteur
- Matthieu Pilven, Stefanie Scherzinger, Laurent d'Orazio
- article
- International Workshop on Modeling and Management of Big Data, Nov 2019, Salvador, Bahia, Brazil
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Agnostic local explanation for time series classification
- auteur
- Maël Guilleme, Véronique Masson, Laurence Rozé, Alexandre Termier
- article
- ICTAI 2019 - 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence, Nov 2019, Portland, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- BeLink: Querying Networks of Facts, Statements and Beliefs
- auteur
- Tien-Duc Cao, Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Xavier Tannier
- article
- CIKM 2019 - 28th ACM International Conference on Information and Knowledge Management, Nov 2019, Beijing, China. ⟨10.1145/3357384.3357851⟩
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-
- titre
- Learning boolean regulations based on prior-knowledge data: a logical-based viewpoint
- auteur
- Anne Siegel
- article
- SASB 2019 - 10th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, Oct 2019, Porto, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Profilage et « prédiction » : de la justice prédictive à la prédiction par l’intelligence artificielle
- auteur
- Tristan Allard, Alexandra Bensamoun, Laurent Rousvoal, Sandrine Turgis
- article
- Le profilage en ligne : Construction d'une approche globale à l'intersection du droit, de l'informatique et de la sociologie, Sandrine TURGIS, IODE UMR CNRS 6262, Université de Rennes 1; Johann BOURCIER, IRISA/INRIA UMR 6074, Université de Rennes 1, Sep 2019, Rennes, France
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-
- titre
- Increasing life science resources re-usability using Semantic Web technologies
- auteur
- Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- eScience 2019 - 15th International eScience Conference, Sep 2019, San Diego, United States. pp.1-9
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using Knowledge Base Semantics in Context-Aware Entity Linking
- auteur
- Cheikh Brahim El Vaigh, François Goasdoué, Guillaume Gravier, Pascale Sébillot
- article
- DocEng 2019 - 19th ACM Symposium on Document Engineering, Sep 2019, Berlin, Germany. pp.1-10, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
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-
- titre
- Improving Domain Adaptation By Source Selection
- auteur
- Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont
- article
- ICIP 2019 - IEEE International Conference on Image Processing, Sep 2019, Taïpei, Taiwan. ⟨10.1109/ICIP.2019.8803325⟩
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-
- titre
- Statistically Significant Discriminative Patterns Searching
- auteur
- Hoang Son Pham, Gwendal Virlet, Dominique Lavenier, Alexandre Termier
- article
- DaWaK 2019 - 21st International Conference on Big Data Analytics and Knowledge Discovery, Aug 2019, Linz, Austria. pp.105-115, ⟨10.1007/978-3-030-27520-4_8⟩
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-
- titre
- Using automated reasoning to explore unconventional organisms: a first step to explore host-microbial interactions
- auteur
- Anne Siegel
- article
- MPA 2019 - Conference on Metabolic Pathway Analysis, Aug 2019, Riga, Latvia
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards Sustainable Dairy Management - A Machine Learning Enhanced Method for Estrus Detection
- auteur
- Kevin Fauvel, Véronique Masson, Elisa Fromont, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
- article
- In Proceedings of the 25th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Aug 2019, Anchorage, United States. pp.3051-3059, ⟨10.1145/3292500.3330712⟩
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-
- titre
- An automatic land covers identification based on Dempster-Shafer theory for multi-spectral images
- auteur
- Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
- article
- IGARSS2019, Jul 2019, Yokohama, Japan
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read Data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland. pp.1-3
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-
- titre
- Compressing and Querying Skypattern Cubes
- auteur
- Willy Ugarte, Samir Loudni, Patrice Boizumault, Bruno Crémilleux, Alexandre Termier
- article
- IEA/AIE-2019 - 32nd International Conference on Industrial, Engineering & Other Applications of Applied Intelligent Systems, Jul 2019, Graz, Austria. pp.406-421, ⟨10.1007/978-3-030-22999-3_36⟩
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-
- titre
- Linking pharmacological and medical knowledge using semantic Web technologies
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Yann Rivault, Olivier Dameron
- article
- useR! 2019 - Conférence internationale des utilisateurs de R, Jul 2019, Toulouse, France
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-
- titre
- Classification de séries temporelles basée sur des "shapelets" interprétables par réseaux de neurones antagonistes
- auteur
- Yichang Wang, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Simon Malinowski, Etienne Menager, Loïc Mosser, Romain Tavenard
- article
- CAp 2019 - Conférence sur l'Apprentissage automatique, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-2
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-
- titre
- Conciliation of process description and molecular interaction networks using logical properties of ontology
- auteur
- Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
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-
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
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-
- titre
- AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources
- auteur
- Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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-
- titre
- Reference-guided genome assembly in metagenomic samples
- auteur
- Cervin Guyomar, Wesley Delage, Fabrice Legeai, Christophe Mougel, Jean-Christophe Simon, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
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-
- titre
- Semantic(s) of negative sequential patterns
- auteur
- Thomas Guyet
- article
- JIAF 2019 - 13èmes Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-10
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-
- titre
- Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
- auteur
- Johanne Bakalara, Thomas Guyet, Olivier Dameron, Emmanuel Oger, André Happe
- article
- 2019 - Workshop IA&Santé, PFIA, Jul 2019, Toulouse, France. pp.1-8
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-
- titre
- Temporal models of care sequences for the exploration of medico-administrative data
- auteur
- Johanne Bakalara
- article
- AIME 2019 - 17th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, Jun 2019, Poznan, Poland. pp.1-7
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-
- titre
- Biseau: An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Graph Visualization applied to FCA
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- ICFCA 2019 - International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Frankfort, Germany. pp.1-6
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-
- titre
- Concept Lattices as a Search Space for Graph Compression
- auteur
- Lucas Bourneuf, Jacques Nicolas
- article
- ICFCA 2019 - 15th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2019, Francfort, Germany. pp.274-289, ⟨10.1007/978-3-030-21462-3_18⟩
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-
- titre
- Processing Fuzzy Relational Queries Using Fuzzy Views
- auteur
- Emmanuel Doumard, Olivier Pivert, Grégory Smits, Virginie Thion
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
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-
- titre
- FRELS: Fast and Reliable Estimated Linguistic Summaries
- auteur
- Grégory Smits, Pierre Nerzic, Marie-Jeanne Lesot, Olivier Pivert
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems, Jun 2019, New-Orleans, United States
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-
- titre
- Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- CECAM 2019 - workshop on Co-evolutionary methods for the prediction and design of protein structure and interactions, CECAM-HQ-EPFL, Jun 2019, Lausanne, Switzerland. pp.1-2
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-
- titre
- Link Prediction in Knowledge Graphs with Concepts of Nearest Neighbours
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- The Semantic Web (ESWC), Jun 2019, Portoroz, Slovenia. pp.84-100
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-
- titre
- Reformulation-based query answering for RDF graphs with RDFS ontologies
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- ESWC 2019 - 16th European Semantic Web Conference, Jun 2019, Portoroz, Slovenia. pp.19-35, ⟨10.1007/978-3-030-21348-0_2⟩
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-
- titre
- Toward FPGA-Based Semantic Caching for Accelerating Data Analysis with Spark and HDFS
- auteur
- Marouan Maghzaoui, Laurent d'Orazio, Julien Lallet
- article
- ISIP 2019 - International Workshop on Information Search, Integration, and Personalization, May 2019, Fukuoka, Japan. pp.104-115, ⟨10.1007/978-3-030-30284-9_7⟩
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-
- titre
- A Linked Data Model for Facts, Statements and Beliefs
- auteur
- Ludivine Duroyon, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- The Web Conference 2019 - International Workshop on Misinformation, Computational Fact-Checking and Credible Web, May 2019, San Francisco, United States. ⟨10.1145/3308560.3316737⟩
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-
- titre
- CONSENT: Scalable self-correction of long reads with multiple sequence alignment
- auteur
- Pierre Morisse, Camille Marchet, Antoine Limasset, Thierry Lecroq, Arnaud Lefebvre
- article
- Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Washinton, United States. pp.1-9, ⟨10.1101/546630⟩
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-
- titre
- Efficient exact associative structure for sequencing data
- auteur
- Camille Marchet, Maël Kerbiriou, Antoine Limasset
- article
- Recomb-Seq 2019 - 9th RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, May 2019, Whashinton, United States. pp.1-16
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-
- titre
- From Cost-Sensitive Classification to Tight F-measure Bounds
- auteur
- Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
- article
- AISTATS 2019 - 22nd International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, Apr 2019, Naha, Okinawa, Japan. pp.1245-1253
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-
- titre
- Optimizing DICOM data management with NSGA-G
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent D ′ Orazio
- article
- International Workshop on Design, Optimization, Languages and Analytical Processing of Big Data, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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- titre
- Dynamic estimation for medical data management in a cloud federation
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent D ′ Orazio
- article
- International Workshop on Data Analytics solutions for Real-LIfe APplications, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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-
- titre
- Range Query Processing for Monitoring Applications over Untrustworthy Clouds
- auteur
- Hoang Tran, Tristan Allard, Laurent D ' Orazio, Amr El Abbadi
- article
- International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal. ⟨10.5441/002/edbt.2019.82⟩
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- titre
- Incremental structural summarization of RDF graphs
- auteur
- François Goasdoué, Pawel Guzewicz, Ioana Manolescu
- article
- EDBT 2019 - 22nd International Conference on Extending Database Technology, Mar 2019, Lisbon, Portugal
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-
- titre
- Accelerating Itemset Sampling using Satisfiability Constraints on FPGA
- auteur
- Mael Gueguen, Olivier Sentieys, Alexandre Termier
- article
- DATE 2019 - 22nd IEEE/ACM Design, Automation and Test in Europe, Mar 2019, Florence, Italy. pp.1046-1051, ⟨10.23919/DATE.2019.8714932⟩
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-
- titre
- A Belief Approach for Detecting Spammed Links in Social Networks
- auteur
- Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- International Conference on Agents and Artificial Intelligence, Feb 2019, Prague, Czech Republic
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-
- titre
- Prédiction de liens dans les graphes de connaissances avec les concepts de plus proches voisins
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2019, Metz, France
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-
- titre
- Localized Random Shapelets
- auteur
- Maël Guilleme, Simon Malinowski, Romain Tavenard, Xavier Renard
- article
- International Workshop on Advanced Analysis and Learning on Temporal Data, 2019, Wurzburg, Germany. pp.85-97, ⟨10.1007/978-3-030-39098-3_7⟩
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-
Book sections
- titre
- An Improved Fuzzy Analytical Hierarchy Process for K-Representative Skyline Web Services Selection
- auteur
- Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader, Karim Benouaret
- article
- Modelling and Implementation of Complex Systems, pp.312-328, 2019, 978-3-030-05481-6. ⟨10.1007/978-3-030-05481-6_24⟩
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-
- titre
- On Categorial Grammatical Inference and Logical Information Systems
- auteur
- Denis Béchet, Annie Foret
- article
- Logic and Algorithms in Computational Linguistics 2018, Series: Advances in Intelligent Systems and Computing, Volume 860, pp.125-153, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-30077-7_6⟩
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-
- titre
- Measuring the Expertise of Workers for Crowdsourcing Applications
- auteur
- Jean-Christophe Dubois, Laetitia Gros, Mouloud Kharoune, Yolande Le Gall, Arnaud Martin, Zoltán Miklós, Hosna Ouni
- article
- Advances in Knowledge Discovery and Management, pp.139-157, 2019
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-
- titre
- Discriminant chronicle mining
- auteur
- Yann Dauxais, David Gross-Amblard, Thomas Guyet, André Happe
- article
- B. Pinaud; F. Guillet; F. Gandon and C. Largeron. Advances in Knowledge Discovery and Management (vol 8), Springer, Cham, pp.89-118, 2019, Advances in Knowledge Discovery and Management, 978-3-030-18128-4. ⟨10.1007/978-3-030-18129-1_5⟩
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-
- titre
- Conflict management in information fusion with belief functions
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- Eloi Bossé; Galina L. Rogova. Information quality in information fusion and decision making, pp.79-97, 2019, Information Fusion and Data Science, 978-3-030-03643-0
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Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Artificial Intelligence for decision support in dynamic systems: Diagnosis, Prediction, Recommendation of actions
- auteur
- Christine Largouët
- article
- Intelligence artificielle [cs.AI]. Université de Rennes 1, 2019
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- titre
- Quality Management of Information Systems - A Human-Centric Point of View
- auteur
- Virginie Thion
- article
- Databases [cs.DB]. Université Rennes 1, 2019
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Special issue
- titre
- IA & réseaux sociaux
- auteur
- Arnaud Martin, Philippe Morignot, Dominique Longin
- article
- Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 103, 2019, Association Française d'Intelligence Artificielle
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- titre
- Intelligence artificielle et réseaux sociaux
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- Bulletin de l'Association Française pour l'Intelligence Artificielle, 103, 2019
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Master thesis
- titre
- Linear programming for metabolic network completion
- auteur
- Kerian Thuillier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
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-
- titre
- De novo long reads assembly using integer linear programming
- auteur
- Victor Epain
- article
- Operations Research [math.OC]. 2019
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- titre
- Search engine for genomic sequencing data
- auteur
- Téo Lemane
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Regulation of genes regulating fecondity and early embryonic development by miRNAs in the Medaka fish
- auteur
- Fanny Casse Encadrée
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Faster SPARQL Federated Queries
- auteur
- Antoine Abel
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evaluation of the public databases' relevance as comprehensive tools for pharmacological mechanisms
- auteur
- Pierre Beaudier
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Stockage d'information sur ADN
- auteur
- Ariane Badual
- article
- Biotechnologie. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Caractérisation en modules fonctionnels de la famille de protéines ADAMTS / ADAMTSL
- auteur
- Olivier Dennler
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2019
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-
Other publications
- titre
- L’intelligence naturelle : la science des données de l’IA
- auteur
- Arnaud Martin
- article
- The Conversation L’expertise universitaire, l’exigence journalistique, 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Advanced Coding Schemes for DNA-Based Data Storage Using Nanopore Sequencing Technologies
- auteur
- Dominique Lavenier, Emeline Roux, Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum
- article
- Journées CominLabs 2019, Nov 2019, Rennes, France. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ISNLP on AI for Education - Exploratory action 2019 : Exploratory experiments combining Information Systems and Natural Language Processing
- auteur
- Annie Foret
- article
- Cominlabs days, Nov 2019, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SVJedi : Structural variation genotyping using long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Predicting isoform transcripts: What does the comparison of known transcripts in human, mouse and dog tell us?
- auteur
- Nicolas Guillaudeux, Catherine Belleannée, Samuel Blanquart, Jean-Stéphane Varré
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. 8, pp.1, 2019, ⟨10.7490/f1000research.1117311.1⟩
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-
- titre
- Using residues coevolution to search for protein homologs through alignment of Potts models
- auteur
- Hugo Talibart, François Coste
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Error Correction Schemes for DNA Storage with Nanopore Sequencing
- auteur
- Laura Conde-Canencia, Belaid Hamoum, Dominique Lavenier, Emeline Roux
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- From genomics to metagenomics: benchmark of variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis
- auteur
- Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1
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-
Documents associated with scientific events
- titre
- Understanding the evolution of science: analyzing evolving term co-occurrence graphs with spectral techniques
- auteur
- Zoltan Miklos, Mickaël Foursov, Franklin Lia, Ian Jeantet, David Gross-Amblard
- article
- Third international workshop on advances on managing and mining evolving graphs (LEG@ECMLPKDD), Sep 2019, Würzburg, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Interface for collecting answers to equivocal questions for crowdsourcing
- auteur
- Constance Thierry, Yolande Le Gall, Géry Casiez, Jean-Christophe Dubois, Sylvain Malacria, Arnaud Martin, Thomas Pietrzak
- article
- Workshop Visualization & HCI for Crowd-Sourcing, Jun 2019, Clermont-Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Proceedings
- titre
- Actes de la COnférence en Recherche d'Informations et Applications - CORIA 2018, Rennes, France, 16/05/2018 - 18/05/2018
- auteur
- Josiane Mothe, Peggy Cellier, Anne-Laure Ligozat
- article
- COnférence en Recherche d'Informations et Applications - CORIA 2018, ARIA : Association Francophone de Recherche d'Information et Applications, 2019
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Kartu-Verbs: A Semantic Web Base of Inflected Verb Forms for the Georgian Language
- auteur
- Mireille Ducassé
- article
- [Research Report] IRISA. 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Ontology-Based RDF Integration of Heterogeneous Data
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- [Technical Report] LIX, Ecole polytechnique; Inria Saclay. 2019
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-
Theses
- titre
- A search space of graph motifs for graph compression : from Powergraphs to triplet concepts
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2019. English. ⟨NNT : 2019REN1S060⟩
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-
- titre
- Data Management in a Cloud Federation
- auteur
- Trung Dung Le, Ecole Doctorale, Karine Zeitouni
- article
- Computer Science [cs]. Rennes 1, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- MODELLING INTERACTIONS BETWEEN NODES IN A CREDIBILIST SOCIAL NETWORK
- auteur
- Salma Ben Dhaou
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Institut Supérieur de Gestion de Tunis, 2019. English. ⟨NNT : ⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Reducing the Cost of Aggregation in Crowdsourcing
- auteur
- Rituraj Singh, Loïc Hélouët, Zoltán Miklós
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Earthquake Early Warning Dataset
- auteur
- Kevin Fauvel, Daniel Balouek-Thomert, Diego Melgar, Pedro Silva, Anthony Simonet, Gabriel Antoniu, Alexandru Costan, Véronique Masson, Manish Parashar, Ivan Rodero, Alexandre Termier
- article
- 2019
- Accès au bibtex
-
- titre
- The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga
- auteur
- Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Méziane Aite, Komlan Avia, Christophe Caron, Chung Hyun Cho, Jonas Collen, Alexandre Cormier, Ludovic Delage, Sylvie Doubleau, Clémence Frioux, Angélique Gobet, Irene González-Navarrete, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Didier Jollivet, Hetty Kleinjan, Catherine Leblanc, Xi Liu, Dominique Marie, Gabriel V Markov, André E Minoche, Pierre Pericard, Marie-Mathilde Perrineau, Akira F Peters, Anne Siegel, Camille Trottier, Hwan Su Yoon, Heinz Himmelbauer, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Data Centric Workflows for Crowdsourcing
- auteur
- Pierre Bourhis, Loïc Hélouët, Rituraj Singh, Zoltán Miklós
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations
- auteur
- Romuald Laso-Jadart, Kevin Sugier, Emmanuelle Petit, Karine Labadie, Pierre Peterlongo, Christophe Ambroise, Patrick Wincker, Jean-Louis Jamet, Mohammed-Amin Madoui
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Deep learning languages: a key fundamental shift from probabilities to weights?
- auteur
- François Coste
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea
- auteur
- Majda Arif, Jérémy Gauthier, Kevin Sugier, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Pierre Peterlongo, Mohammed-Amin Madoui
- article
- Molecular Ecology Resources, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches
- auteur
- Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jousselin, Christophe Mougel, Claire Lemaitre, Jean-Christophe Simon
- article
- Microbiome, 2018, 6 (1), pp.1-21. ⟨10.1186/s40168-018-0562-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A belief combination rule for a large number of sources
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan
- article
- Journal of Advances in Information Fusion, 2018, 13 (2)
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Complementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
- auteur
- Clara Benoit-Pilven, Camille Marchet, Emilie Chautard, Leandro Lima, Marie-Pierre Lambert, Gustavo Sacomoto, Amandine Rey, Audric Cologne, Sophie Terrone, Louis Dulaurier, Jean-Baptiste Claude, Cyril Bourgeois, Didier Auboeuf, Vincent Lacroix
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), ⟨10.1038/s41598-018-21770-7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A broad genomic panel of microsatellite loci from Brycon orbignyanus (Characiformes: Bryconidae) an endangered migratory Neotropical fish
- auteur
- Gabriel Yazbeck, Rafael Sachetto Oliveira, José Mauro Ribeiro, Raíssa Graciano, Rosiane Santos, Fausto Carmo, Dominique Lavenier
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.1-5. ⟨10.1038/s41598-018-26623-x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda
- auteur
- Yves Moné, Sandra Nhim, Sylvie Gimenez, Fabrice Legeai, Imène Séninet, Hugues Parrinello, Nicolas Negre, Emmanuelle d'Alençon
- article
- BMC Genomics, 2018, 19 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s12864-018-5119-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hybrid Metabolic Network Completion
- auteur
- Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko
- article
- Theory and Practice of Logic Programming, 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome sequence of the wheat stem sawfly, Cephus cinctus, representing an early-branching lineage of the Hymenoptera, illuminates evolution of hymenopteran chemoreceptors
- auteur
- Robert Robertson, Robert Waterhouse, Kimberly Walden, Livio Ruzzante, Maarten Reijnders, Brad Coates, Fabrice Legeai, Joanna Gress, Sezgi Biyiklioglu, David Weaver, Kevin Wanner, Hikmet H. Budak
- article
- Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (11), pp.2997-3011. ⟨10.1093/gbe/evy232⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A soft computing approach to big data summarization
- auteur
- Grégory Smits, Olivier Pivert, Ronald Yager, Pierre Nerzic
- article
- Fuzzy Sets and Systems, 2018, 348, pp.4-20
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parallel Processing Strategies for Skyline Queries Tolerant to Outliers
- auteur
- Pierre Nerzic, Hélène Jaudoin, Olivier Pivert
- article
- International Journal of Intelligent Systems, 2018, 33 (10), pp.1992-2018
- Accès au bibtex
-
- titre
- MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis
- auteur
- Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, Fabrice Legeai, Jérôme Montfort, Aurélie Le Cam, Anne Siegel, Julien Bobe, Violette Thermes
- article
- PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩
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-
- titre
- An Evidential Method for Correcting Noisy Information in Social Network
- auteur
- Salma Ben Dhaou, Mouloud Kharoune, Arnaud Martin, Boutheina Ben Yaghlane
- article
- Online Social Networks and Media, 2018, Volume 7, pp.30-44
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- titre
- Learning maximum excluding ellipsoids from imbalanced data with theoretical guarantees
- auteur
- Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
- article
- Pattern Recognition Letters, 2018, 112, pp.310-316. ⟨10.1016/j.patrec.2018.08.016⟩
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- titre
- Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
- auteur
- Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2018, 34 (17), pp.i934-i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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- titre
- Introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
- auteur
- Derek Greene, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Jesse Davis
- article
- Data Mining and Knowledge Discovery, 2018, 32 (5), pp.1177-1178. ⟨10.1007/s10618-018-0586-6⟩
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-
- titre
- Guest editors introduction to the special issue for the ECML PKDD 2018 journal track
- auteur
- Jesse Davis, Bjørn Bringmann, Elisa Fromont, Derek Greene
- article
- Machine Learning, 2018, 107 (8-10), pp.1207-1208. ⟨10.1007/s10994-018-5745-x⟩
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- titre
- Identifying genomic hotspots of differentiation and candidate genes involved in the adaptive divergence of pea aphid host races
- auteur
- Pierre Nouhaud, Mathieu Gautier, Anaïs Gouin, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Fabrice Legeai, Lucie Mieuzet, Carole Smadja, Claire Lemaitre, Renaud Vitalis, Jean-Christophe Simon
- article
- Molecular Ecology, 2018, 27 (16), pp.3287 - 3300. ⟨10.1111/mec.14799⟩
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- titre
- A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems
- auteur
- Arnaud Meng, Camille Marchet, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Eric Pelletier, Ian Probert, Johan Decelle, Stéphane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner
- article
- Microbiome, 2018, pp.1-35. ⟨10.1186/s40168-018-0481-9⟩
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-
- titre
- Fast Evolution and Lineage-Specific Gene Family Expansions of Aphid Salivary Effectors Driven by Interactions with Host-Plants
- auteur
- Hélène Boulain, Fabrice Legeai, Endrick Guy, Stéphanie Morliere, Nadine Douglas, Jonghee Oh, Marimuthu Murugan, Michael Smith, Julie Jaquiéry, Jean Peccoud, Frank White, James Carolan, Jean-Christophe Simon, Akiko Sugio
- article
- Genome Biology and Evolution, 2018, 10 (6), pp.1554-1572. ⟨10.1093/gbe/evy097⟩
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-
- titre
- Combination of classifiers with optimal weight based on evidential reasoning
- auteur
- Zhun-Ga Liu, Quan Pan, Jean Dezert, Arnaud Martin
- article
- IEEE Transactions on Fuzzy Systems, 2018, 26 (3), pp.1217_1230. ⟨10.1109/TFUZZ.2017.2718483⟩
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-
- titre
- Finding Maximum Cliques on the D-Wave Quantum Annealer
- auteur
- Guillaume Chapuis, Hristo Djidjev, Georg Hahn, Guillaume Rizk
- article
- Journal of Signal Processing Systems, 2018, ⟨10.1007/s11265-018-1357-8⟩
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-
- titre
- Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models
- auteur
- Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, Maria-Paz Cortés, Sebastián N Mendoza, Gregory Carrier, Olivier Dameron, Nicolas Guillaudeux, Mauricio Latorre, Nicolas Loira, Gabriel V Markov, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- PLoS Computational Biology, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩
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-
- titre
- De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae)
- auteur
- Bernhard Gschloessl, Franck Dorkeld, Philippe Audiot, Anthony Bretaudeau, Carole Kerdelhue, Rejane Streiff
- article
- Data in Brief, 2018, 17, pp.781-787. ⟨10.1016/j.dib.2018.01.073⟩
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-
- titre
- Modal logics of sabotage revisited
- auteur
- Guillaume Aucher, Johan Van Benthem, Davide Grossi
- article
- Journal of Logic and Computation, 2018, 28 (2), pp.269 - 303. ⟨10.1093/logcom/exx034⟩
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-
- titre
- Global Optimization for Scaffolding and Completing Genome Assemblies
- auteur
- Sebastien François, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Hristo Djidjev
- article
- Electronic Notes in Discrete Mathematics, 2018
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-
- titre
- From medico-administrative databases analysis to care trajectories analytics: an example with the French SNDS
- auteur
- Erwan Drezen, Thomas Guyet, André Happe
- article
- Fundamental & Clinical Pharmacology, 2018, 32 (1), pp.78-80. ⟨10.1111/fcp.12323⟩
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-
- titre
- TOXsIgN: a cross-species repository for toxicogenomic signatures
- auteur
- Thomas A. Darde, Pierre Gaudriault, Rémi Béranger, Clement Lancien, Annaelle Caillarec-Joly, Olivier Sallou, Nathalie Bonvallot, Cécile Chevrier, Séverine Mazaud-Guittot, Bernard Jégou, Olivier Collin, Emmanuelle Becker, Antoine D. Rolland, Frédéric Chalmel
- article
- Bioinformatics, 2018, 34 (12), pp.2116-2122. ⟨10.1093/bioinformatics/bty040⟩
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-
- titre
- Data Science Techniques for Sustainable Dairy Management
- auteur
- Kévin Fauvel, Véronique Masson, Philippe Faverdin, Alexandre Termier
- article
- ERCIM News, 2018, 113, pp.29-30
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-
- titre
- Semantic caching framework, an application to FPGA-based application for IoT security monitoring
- auteur
- Laurent d'Orazio, Julien Lallet
- article
- Open Journal of Internet of Things, 2018
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-
- titre
- Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data
- auteur
- Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
- article
- PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩
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-
- titre
- SELP: Semi-supervised evidential label propagation algorithm for graph data clustering
- auteur
- Kuang Zhou, Arnaud Martin, Quan Pan, Zhunga Liu
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2018, 92, pp.139-154. ⟨10.1016/j.ijar.2017.09.008⟩
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-
- titre
- De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
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-
- titre
- Computational pan-genomics: status, promises and challenges
- auteur
- Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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-
Conference papers
- titre
- Adaptive Time, Monetary Cost Aware Query Optimization on Cloud Database Systems
- auteur
- Chenxiao Wang, Zach Arani, Le Gruenwald, Laurent d'Orazio
- article
- International workshop on Scalable Cloud Data Management (SCDM@BigData), Dec 2018, Seattle, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An efficient multi-objective genetic algorithm for cloud computing: NSGA-G
- auteur
- Trung-Dung Le, Verena Kantere, Laurent d'Orazio
- article
- International Workshop on Benchmarking, Performance Tuning and Optimization for Big Data Applications (BPOD), Dec 2018, Seattle, United States
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-
- titre
- Combination of supervised learning and unsupervised learning based on object association for land cover classification
- auteur
- Na Li, Arnaud Martin, Rémi Estival
- article
- DICTA2018, Dec 2018, Canberra, Australia
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- titre
- Sparklis over PEGASE Knowledge Graph: A New Tool for Pharmacovigilance
- auteur
- Carlos Bobed, Laura Douze, Sébastien Ferré, Romaric Marcilly
- article
- International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS), Dec 2018, Antwerpen, Belgium
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-
- titre
- A Hybrid MCDM Framework for Efficient Web Services Selection Based on QoS
- auteur
- Abdelaziz Ouadah, Allel Hadjali, Fahima Nader
- article
- 2018 International Conference on Applied Smart Systems (ICASS), Nov 2018, Medea, Algeria. pp.1-6
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-
- titre
- Converting Alzheimer's disease map into a heavyweight ontology: a formal network to integrate data
- auteur
- Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- DILS 2018 - 13th International Conference on Data Integration in the Life Sciences, Nov 2018, Hannover, Germany. pp.1-9
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-
- titre
- Conciliation of medicine systems disease maps and other molecular interaction networks using logical properties of ontology
- auteur
- Vincent J. Henry, Giulia Bassignana, Violetta Zujovic, Fabrizio de Vico Fallani, Olivier Dameron, Ivan Moszer, Olivier Colliot
- article
- Data Integration in the Life Sciences 5DILS 2018), Nov 2018, Hannover, Germany
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-
- titre
- Contributors profile modelization in crowdsourcing platforms
- auteur
- Constance Thierry, Jean-Christophe Dubois, Yolande Le Gall, Arnaud Martin
- article
- 27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Génération efficace de résumés linguistiques estimés
- auteur
- Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- LFA 2018 - 27èmes rencontres francophones sur la logique floue et ses applications, Nov 2018, Arras, France
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-
- titre
- Ontologies biomédicales et Web Sémantique pour la réutilisation des bases de données médico-administratives en pharmaco-épidémiologie
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- JFO 2018 - 7ème Journées Francophones sur les Ontologies, Nov 2018, Hammamet, Tunisie. pp.1-6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Tree-based Cost-Sensitive Methods for Fraud Detection in Imbalanced Data
- auteur
- Guillaume Metzler, Xavier Badiche, Brahim Belkasmi, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Marc Sebban
- article
- IDA 2018 - 17th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Oct 2018, ‘s-Hertogenbosch, Netherlands. pp.213-224, ⟨10.1007/978-3-030-01768-2_18⟩
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-
- titre
- Rewriting-Based Query Answering for Semantic Data Integration Systems
- auteur
- Maxime Buron, François Goasdoué, Ioana Manolescu, Marie-Laure Mugnier
- article
- BDA: Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2018, Bucarest, Romania
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Answering Provenance-Aware Queries on RDF Data Cubes under Memory Budgets
- auteur
- Luis Galárraga, Kim Ahlstrøm, Katja Hose, Torben Bach Pedersen
- article
- ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.547-565, ⟨10.1007/978-3-030-00671-6_32⟩
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-
- titre
- Admissible generalizations of examples as rules (2018)
- auteur
- Philippe Besnard, Thomas Guyet, Véronique Masson
- article
- One-day Workshop on Machine Learning and Explainability, Christel Vrain, Université d' Orléans, Oct 2018, Orléans, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Browsing Linked Data Catalogs with LODAtlas
- auteur
- Emmanuel Pietriga, Hande Gözükan, Caroline Appert, Marie Destandau, Šejla Čebirić, François Goasdoué, Ioana Manolescu
- article
- ISWC 2018 - 17th International Semantic Web Conference, Oct 2018, Monterey, United States. pp.137-153, ⟨10.1007/978-3-030-00668-6_9⟩
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-
- titre
- Evidential community detection based on density peaks
- auteur
- Kuang Zhou, Quan Pan, Arnaud Martin
- article
- BELIEF 2018 - The 5th International Conference on Belief Functions, Sep 2018, Compiègne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Evidential Independence Maximization on Twitter Network
- auteur
- Siwar Jendoubi, Mouna Chebbah, Arnaud Martin
- article
- 5th International Conference, Belief 2018, Sep 2018, Compiègne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An empirical study to determine the optimal k in Ek-NNclus method
- auteur
- Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
- article
- 5th International Conference on Beleif Functions (BELIEF2018), BFAS, Sep 2018, Compiègne, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Day-ahead time series forecasting: application to capacity planning
- auteur
- Colin Leverger, Vincent Lemaire, Simon Malinowski, Thomas Guyet, Laurence Rozé
- article
- AALTD'18 - 3nd ECML/PKDD Workshop on Advanced Analytics and Learning on Temporal Data, Sep 2018, Dublin, Ireland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- KaSa: A Static Analyzer for Kappa
- auteur
- Pierre Boutillier, Ferdinanda Camporesi, Jean Coquet, Jérôme Feret, Kim Quyên Lý, Nathalie Théret, Pierre Vignet
- article
- CMSB 2018 - 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2018, Brno, Czech Republic. pp.285-291, ⟨10.1007/978-3-319-99429-1_17⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mining Periodic Patterns with a MDL Criterion
- auteur
- Esther Galbrun, Peggy Cellier, Nikolaj Tatti, Alexandre Termier, Bruno Crémilleux
- article
- ECML/PKDD 2018 European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.535-551, ⟨10.1007/978-3-030-10928-8_32⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Predicting Pass Receiver In Football Using Distance Based Features
- auteur
- Yann Dauxais, Clément Gautrais
- article
- MLSA 2018 - 5th Workshop on Machine Learning and Data Mining for Sports Analytic of ECML/PKDD, Sep 2018, Dublin, Ireland. pp.1-7
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia
- auteur
- Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel
- article
- ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943, ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩
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-
- titre
- How to measure the topological quality of protein parse trees?
- auteur
- Mateusz Pyzik, François Coste, Witold Dyrka
- article
- ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wroclaw, Poland. pp.118 - 138
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Learning local substitutable context-free languages from positive examples in polynomial time and data by reduction
- auteur
- François Coste, Jacques Nicolas
- article
- ICGI 2018 - 14th International Conference on Grammatical Inference, Sep 2018, Wrocław, Poland. pp.155 - 168
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A clustering model for uncertain preferences based on belief functions
- auteur
- Yiru Zhang, Tassadit Bouadi, Arnaud Martin
- article
- DaWaK: Data Warehousing and Knowledge Discovery, Sep 2018, Regensburg, Germany. ⟨10.1007/978-3-319-98539-8_9⟩
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-
- titre
- Learning Dynamics with Synchronous, Asynchronous and General Semantics
- auteur
- Tony Ribeiro, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux, Katsumi Inoue
- article
- 28th International Conference on Inductive Logic Programming, Fabrizio Riguzzi; Elena Bellodi; Riccardo Zese, Sep 2018, Ferrara, Italy. ⟨10.1007/978-3-319-99960-9_8⟩
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-
- titre
- Precision feeding of lactating sows: development of a decision support tool to handle variability
- auteur
- Raphaël Gauthier, Fréderic Guay, Ludovic Brossard, Christine Largouët, Jean-Yves Dourmad
- article
- 69. Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Aug 2018, Dubrovnik, Croatia
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Responsive and Flexible Controlled Natural Language Authoring with Zipper-based Transformations
- auteur
- Sébastien Ferré
- article
- International Workshop on Controlled Natural Languages (CNL), Aug 2018, Dublin, Ireland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Are your data gathered? The Folding Test of Unimodality
- auteur
- Alban Siffer, Pierre-Alain Fouque, Alexandre Termier, Christine Largouët
- article
- KDD 2018 - 24th ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery & Data Minin, Aug 2018, London, United Kingdom. pp.2210-2218, ⟨10.1145/3219819.3219994⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An Answer Set Programming Environment for High-Level Specification and Visualization of FCA
- auteur
- Lucas Bourneuf
- article
- FCA4AI'18 - 6th Workshop «What can FCA do for Artificial Intelligence?», Jul 2018, Stockholm, Sweden. pp.1-12
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Efficient Generation of Reliable Estimated Linguistic Summaries
- auteur
- Grégory Smits, Pierre Nerzic, Olivier Pivert, Marie-Jeanne Lesot
- article
- IEEE International Conference on Fuzzy Systems , Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improving Hamming distance-based fuzzy join in MapReduce using Bloom Filters
- auteur
- Thi-To-Quyen Tran, Thuong-Cang Phan, Anne Laurent, Laurent D’orazio
- article
- FUZZ-IEEE 2018 - International Conference on Fuzzy Systems, Jul 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.1-7, ⟨10.1109/FUZZ-IEEE.2018.8491658⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Where the context-free grammar meets the contact map: a probabilistic model of protein sequences aware of contacts between amino acids
- auteur
- Witold Dyrka, François Coste, Hugo Talibart
- article
- ISMB 2018 - 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2018, Chicago, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- queryMed : enrichissement des données de recherche en pharmaco-épidémiologie
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Septièmes rencontres R, Jul 2018, Rennes, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Breton-français et numérique, projet LangNum-br-fr (phase conception)
- auteur
- Annie Foret
- article
- Conférence Langues et numérique 2018, Jul 2018, Paris, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integrating ontological representation and reasoning into a disease map: application to Alzheimer's disease
- auteur
- Vincent J. Henry, Ivan Moszer, Olivier Dameron, Marie-Claude Potier, Martin Hofmann-Apitius, Olivier Colliot
- article
- DMCM 2018 - 3rd Disease Maps Community Meeting, Jun 2018, Paris, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Un algorithme de pondération de la F-Mesure par pondération des erreurs de classfication.
- auteur
- Kevin Bascol, Rémi Emonet, Elisa Fromont, Amaury Habrard, Guillaume Metzler, Marc Sebban
- article
- Conférence pour l'Apprentissage Automatique, Jun 2018, Saint-Etienne du Rouvray, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mixed Integer Linear Programming Approach for a Distance-Constrained Elementary Path Problem
- auteur
- Sébastien Francois, Rumen Andonov, Hristo Djidjev, Metodi Traikov, Nicola Yanev
- article
- CTW 201