Publications HAL de Olivier, BERNARD

2023

Journal articles

titre
Exploring the dynamics of astaxanthin production in Haematococcus pluvialis biofilms using a rotating biofilm‐based system
auteur
David Morgado, Andrea Fanesi, Thierry Martin, Sihem Tebbani, Olivier Bernard, Filipa Lopes
article
Biotechnology and Bioengineering, 2023, ⟨10.1002/bit.28624⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-04388661/file/Biotech%20Bioengineering%20-%202023%20-%20Morgado%20-%20Exploring%20the%20dynamics%20of%20astaxanthin%20production%20in%20Haematococcus%20pluvialis.pdf BibTex
titre
The impact of light/dark regimes on structure and physiology of Chlorella vulgaris biofilms
auteur
Yan Gao, Olivier Bernard, Andrea Fanesi, Patrick Perré, Filipa Lopes
article
Frontiers in Microbiology, 2023, 14, ⟨10.3389/fmicb.2023.1250866⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-04388644/file/fmicb-14-1250866.pdf BibTex
titre
A short basis of the Stickelberger ideal of a cyclotomic field
auteur
Olivier Bernard, Radan Kučera
article
Mathematics of Computation, 2023, ⟨10.1090/mcom/3863⟩
typdoc
Journal articles
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https://arxiv.org/pdf/2109.13329 BibTex
titre
Insight into the ionic atmosphere effect: Comparison of theories for electrolytes at the primitive level
auteur
Jean-Pierre Simonin, Olivier Bernard
article
Fluid Phase Equilibria, 2023, 571, pp.113805. ⟨10.1016/j.fluid.2023.113805⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04081472/file/DH_2023_Hal.pdf BibTex
titre
Optimal periodic resource allocation in reactive dynamical systems: Application to microalgal production
auteur
Olivier Bernard, Liu‐di Lu, Julien Salomon
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2023, 33 (9), pp.4989-5010. ⟨10.1002/rnc.6171⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03170481/file/hal.pdf BibTex
titre
Optimizing resource recovery from wastewater with algae-bacteria membrane reactors
auteur
Francesca Casagli, Fabrice Béline, Elena Ficara, Olivier Bernard
article
Chemical Engineering Journal, 2023, 451, pp.138488. ⟨10.1016/j.cej.2022.138488⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03932262/file/Manuscript_CE_v28_vf.pdf BibTex
titre
Life cycle assessment of an innovative rotating biofilm technology for microalgae production: An eco-design approach
auteur
Diego Penaranda, Hubert Bonnefond, Freddy Guihéneuf, Marjorie Morales, Olivier Bernard
article
Journal of Cleaner Production, 2023, 384, pp.135600. ⟨10.1016/j.jclepro.2022.135600⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03920632/file/2.%20Manuscript.%20Penaranda%20et%20al.%2C2022%20%E2%80%93%20revised%20v2DP.pdf BibTex
titre
A universal dynamical metabolic model representing mixotrophic growth of Chlorella sp. on wastes
auteur
Bruno Assis Pessi, Caroline Baroukh, Anais Bacquet, Olivier Bernard
article
Water Research, 2023, 229, pp.119388. ⟨10.1016/j.watres.2022.119388⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03920752/file/VFA_paper.pdf BibTex
titre
Microalgal biofilm behavior under light/dark cycles
auteur
Yan Gao, J. Ignacio Fierro U, Patrick Perré, Filipa Lopes, Olivier Bernard
article
IFAC-PapersOnLine, 2023, 56 (2), pp.9739-9744. ⟨10.1016/j.ifacol.2023.10.288⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-04371850/file/IFAC2023_WC-1.pdf BibTex
titre
Theoretical growth rate of microalgae under high/low-flashing light
auteur
Ignacio Fierro, Liu-Di Lu, Olivier Bernard
article
Journal of Mathematical Biology, In press
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03936421/file/Light_Dark_Regime_Optical_Depth_PDF.pdf BibTex

Conference papers

titre
Hybrid modelling of algae-bacteria processes for resource recovery
auteur
Francesca Casagli, Olivier Bernard
article
AlgaEurope 2023, EABA (European Algae Biomass Association), Dec 2023, Prague, Czech Republic
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Hybrid Machine LearningMechanistic Modeling Of AlgaeBacteria Processes Under Various Climatologies
auteur
Francesca Casagli, Morgan Scalabrino, Ignacio Fierro, Olivier Bernard
article
WATERMATEX 2023 - 11th IWA symposium on modelling and integrated assessment, Sep 2023, Quebec city, Canada
typdoc
Conference papers
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titre
Non-destructive monitoring tools for biomass and astaxanthin production in Haematococcus pluvialis rotating biofilms: a spectroscopy approach
auteur
David Morgado Pereira, Andrea Fanesi, Thierry Martin, Sihem Tebbani, Olivier Bernard, Filipa Lopes
article
14th European Congress of Chemical Engineering and 7th European Congress of Applied Biotechnology, Sep 2023, Berlin (DE), Germany
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Physic-informed neural networks for microalgae modeling
auteur
J. Ignacio Fierro U, Olivier Bernard
article
ECCE 14 & ECAB 7 - 14th European Congress of Chemical Engineering and 7th European Congress of Applied Biotechnology, Sep 2023, Berlin, Germany
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Validation of a simple and adaptive prediction model for temperature in outdoor microalgae cultivation systems
auteur
Ali Gharib, Francesca Casagli, Walid Djema, Pedro Moñino Fernandez, Rocca Chin-On, Olivier Bernard
article
ECCE 14 & ECAB 7 - 14th European Congress of Chemical Engineering and 7th European Congress of Applied Biotechnology, Sep 2023, Berlin, Germany
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-04390889/file/Abstract_AGharibEtAl_V3.pdf BibTex
titre
LCA for technologies at low technological readiness level: A case study on microalgae cultivation system
auteur
Diego Penaranda, Marjorie Morales, Freddy Guihéneuf, Olivier Bernard
article
CILCA 2023 - X Conferencia Latinoamericana de Análisis de Ciclo de Vida, Jul 2023, Viña del Mar, Chile
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-04284517/file/Penaranda%20et%20al.%2C2023_extended-abstract.pdf BibTex
titre
An auto-adaptive heat transfer model predicting the temperature evolution in photobioreactors
auteur
Ali Gharib, Walid Djema, Francesca Casagli, Olivier Bernard
article
22nd IFAC World Congress, Jul 2023, Yokohama, Japan. pp.9715-9720, ⟨10.1016/j.ifacol.2023.10.284⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-04390482/file/IFAC2023Yokohama-1.pdf BibTex
titre
Optimal control of microalgae culture accounting for photoinhibition and light attenuation
auteur
Ignacio Fierro, Walid Djema, Olivier Bernard
article
IFAC World Congress 2023, Jul 2023, Yokohama, Japan
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-04251736/file/OCP1___Joel_Ignacio_Fierro.pdf BibTex
titre
Non-destructive monitoring of biomass and astaxanthin in Haematococcus pluvialis biofilms: a reflectance spectroscopy approach
auteur
David Morgado Pereira, Andrea Fanesi, Thierry Martin, Sihem Tebbani, Olivier Bernard, Filipa Lopes
article
AlgalBBB 2023 - International Conference on Algal Biomass, Biofuels and Bioproducts, Jun 2023, Waikoloa Beach Marriott, United States
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Observer Design via Non-Monotone Lyapunov Functions for Monitoring Heterotrophic Microalgae
auteur
Juan Carlos Arceo, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
22nd IFAC World Congress, 2023, Yokohama, Japan
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-04229860/file/_IFAC_2023__Observer_Design_via_Non_Monotone_Lyapunov_Functions_for_Monitoring_Heterotrophic_Microalgae-1.pdf BibTex
titre
Neural ODEs for phytoplankton modeling
auteur
J. Ignacio Fierro U, Olivier Bernard
article
Journées scientifiques INRIA Chile, 2023, Valparaiso (Chile), Chile
typdoc
Conference papers
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BibTex

2022

Journal articles

titre
Simulating biotechnological processes affected by meteorology: Application to algae–bacteria systems
auteur
Francesca Casagli, Olivier Bernard
article
Journal of Cleaner Production, 2022, 377, pp.134190. ⟨10.1016/j.jclepro.2022.134190⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03935662/file/JCP_FC_2022.pdf BibTex
titre
Optimal production of microalgae in the presence of grazers
auteur
Carlos Martínez, Bruno Assis Pessi, Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, 2022, 118, pp.153-164. ⟨10.1016/j.jprocont.2022.09.001⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03920759/file/manuscript_JPC.pdf BibTex
titre
A half-century of research on microalgae-bacteria for wastewater treatment
auteur
Jineth Arango Oviedo, Raúl Muñoz, Andrés Donoso-Bravo, Olivier Bernard, Francesca Casagli, David Jeison
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2022, 67, pp.102828. ⟨10.1016/j.algal.2022.102828⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03935846/file/2022-07-18%20Arango%20et%20al.%20ARV2revisedJ.pdf BibTex
titre
The paradoxes hidden behind the Droop model highlighted by a metabolic approach
auteur
Caroline Baroukh, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Frontiers in Plant Science, 2022, 13, 16 p. ⟨10.3389/fpls.2022.941230⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.inrae.fr/hal-03781716/file/Baroukh%2C%20Mairet%2C%20Bernard_2022_Frontiers%20in%20Plant%20Science.pdf BibTex
titre
How Heat Transfer Indirectly Affects Performance of Algae-Bacteria Raceways
auteur
Francesca Casagli, Olivier Bernard
article
Microorganisms, 2022, 10 (8), pp.1515. ⟨10.3390/microorganisms10081515⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03771361/file/microorganisms-10-01515-v2.pdf BibTex
titre
Coupling heat transfer modelling to ALBA model for full predictions from meteorology
auteur
Francesca Casagli, Olivier Bernard
article
IFAC-PapersOnLine, 2022, 55 (20), pp.558-563. ⟨10.1016/j.ifacol.2022.09.154⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03935762/file/MatMod2022_Vienna_FC.pdf BibTex
titre
The architecture and metabolic traits of monospecific photosynthetic biofilms studied in a custom flow‐through system
auteur
Andrea Fanesi, Thierry Martin, Cyril Breton, Olivier Bernard, Romain Briandet, Filipa Lopes
article
Biotechnology and Bioengineering, 2022, 119, pp. 2459-2470. ⟨10.1002/bit.28147⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03862671/file/Fanesi%20et%20al%202022%20cuvettes%2027052022%20FINAL.pdf BibTex
titre
Dynamical Darwinian selection of a more productive strain of Tisochrysis lutea
auteur
Hubert Bonnefond, Y. Lie, T. Lacour, B. Saint-Jean, G. Carrier, E. Pruvost, Amélie Talec, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2022, 65, pp.102743. ⟨10.1016/j.algal.2022.102743⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03668620/file/Bonnefond%20et%20al%20AR%202022.pdf BibTex
titre
Understanding photosynthetic biofilm productivity and structure through 2D simulation
auteur
Bastien Polizzi, Andrea Fanesi, Filipa Lopes, Magali Ribot, Olivier Bernard
article
PLoS Computational Biology, 2022, 18 (4), pp.e1009904. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009904⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03700020/file/journal.pcbi.1009904.pdf BibTex
titre
Optimal Darwinian Selection of Microorganisms with Internal Storage
auteur
Walid Djema, Térence Bayen, Olivier Bernard
article
Processes, 2022, 10 (3), pp.461. ⟨10.3390/pr10030461⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03699709/file/WDprocesses-10-00461.pdf BibTex
titre
Does temperature shift justify microalgae production under greenhouse?
auteur
Bruno Assis Pessi, Eric Pruvost, Amélie Talec, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2022, 61, pp.102579. ⟨10.1016/j.algal.2021.102579⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03522868/file/Effects_of_temperature_in_raceway_production_of_microalgae.pdf BibTex
titre
Optimal optical conditions for Microalgal production in photobioreactors
auteur
Olivier Bernard, Liu-Di Lu
article
Journal of Process Control, 2022, 112, pp.69-77. ⟨10.1016/j.jprocont.2022.03.001⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03323094/file/hal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Outdoor N2O emissions measurements in algae-bacteria systems guided by modelling
auteur
Francesca Casagli, Jineth Arango Oviedo, David Jeison, Fabrice Beline, Olivier Bernard
article
AlgaEurope 2022, EABA (European Algae Biomass Association), Dec 2022, Rome, Italy
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Model of Bacteria Mutualism in a Chemostat: Analysis and Optimization with Interval Detector
auteur
Juan Carlos Arceo, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2022 - Conference on Decision and Control, Dec 2022, Cancun, Mexico
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-03903952/file/_Final_CDC_2022__Model_of_Bacteria_Mutualism_in_a_Chemostat__Analysis_and_Optimization_with_Interval_Detector.pdf BibTex
titre
Log-S-unit Lattices Using Explicit Stickelberger Generators to Solve Approx Ideal-SVP
auteur
Olivier Bernard, Andrea Lesavourey, Tuong-Huy Nguyen, Adeline Roux-Langlois
article
ASIACRYPT 2022 - 28th International Conference on the Theory and Application of Cryptology and Information Security, Dec 2022, Taipei, Taiwan, Taiwan. pp.677-708, ⟨10.1007/978-3-031-22969-5_23⟩
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-04028180/file/LogSunitAsiacrypt22.pdf BibTex
titre
The impact of light regimes on Chlorella vulgaris biofilm structural dynamics and physiology.
auteur
Yan Gao, Olivier Bernard, Andrea Fanesi, Patrick Perre, Filipa Lopes
article
Biofilms10, May 2022, Leipzig, Germany
typdoc
Conference papers
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BibTex

Theses

titre
Algebraic cryptanalysis of the shortest vector problem in ideal lattices
auteur
Olivier Bernard
article
Cryptography and Security [cs.CR]. Université Rennes 1, 2022. English. ⟨NNT : 2022REN1S037⟩
typdoc
Theses
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https://theses.hal.science/tel-03888247/file/BERNARD_Olivier.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
When is a Matrix of Dimension 3 Similar to a Metzler Matrix ? Application to Interval Observer Design
auteur
Frederic Mazenc, Olivier Bernard
article
IEEE Transactions on Automatic Control, 2021, pp.1-1. ⟨10.1109/TAC.2021.3123245⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03533716/file/MazencBernard_221_33.pdf BibTex
titre
Microalgal lipids: A review of lipids potential and quantification for 95 phytoplankton species
auteur
Marjorie Morales, Claude Aflalo, Olivier Bernard
article
Biomass and Bioenergy, 2021, 150, pp.106108. ⟨10.1016/j.biombioe.2021.106108⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03273007/file/1-s2.0-S0961953421001458-main.pdf BibTex
titre
Acquisition of TCF3 and CCND3 Mutations and Transformation to Burkitt Lymphoma in a Case of B-Cell Prolymphocytic Leukemia
auteur
M’boyba Diop, Florence Nguyen-Khac, Simon Bouzy, Damien Roos-Weil, Clotilde Bravetti, Agathe Maillon, M 'Boyba Diop, Cécile Doualle, Nathalie Droin, Olivier Bernard, Elise Chapiro
article
HemaSphere, 2021, 5 (5), pp.e563. ⟨10.1097/HS9.0000000000000563⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03285046/file/Nguyen-Khac%20et%20al.%20-%202021%20-%20Acquisition%20of%20TCF3%20and%20CCND3%20Mutations%20and%20Transf.pdf BibTex
titre
Balancing Microalgae and Nitrifiers for Wastewater Treatment: Can Inorganic Carbon Limitation Cause an Environmental Threat?
auteur
Francesca Casagli, Simone Rossi, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard, Elena Ficara
article
Environmental Science and Technology, 2021, 55 (6), pp.3940-3955. ⟨10.1021/acs.est.0c05264⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.inrae.fr/hal-03219531/file/Casagli-EST-2021-CC-BY.pdf BibTex
titre
Modeling the Influence of Temperature, Light Intensity and Oxygen Concentration on Microalgal Growth Rate
auteur
Ignacio López Muñoz, Olivier Bernard
article
Processes, 2021, 9 (3), pp.496. ⟨10.3390/pr9030496⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03166641/file/2021_Lopez_Temperature_Ligh_O2_Processes.pdf BibTex
titre
ALBA: a comprehensive growth model to optimize algae-bacteria wastewater treatment in raceway ponds
auteur
Francesca Casagli, Gaetano Zuccaro, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer, Elena Ficara
article
Water Research, 2021, 190, pp.116734. ⟨10.1016/j.watres.2020.116734⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03142211/file/Casagli_2021_WR.pdf BibTex
titre
Enhancing PUFA-rich polar lipids in Tisochrysis lutea using adaptive laboratory evolution (ALE) with oscillating thermal stress
auteur
Manon Gachelin, Marc Boutoute, Gregory Carrier, Amélie Talec, Eric Pruvost, Freddy Guihéneuf, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 2021, ⟨10.1007/s00253-020-11000-4⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03022411/file/Manucript_text%20FG%2016092020.pdf BibTex
titre
Turnpike features in optimal selection of species represented by quota models
auteur
Walid Djema, Laëtitia Giraldi, Sofya Maslovskaya, Olivier Bernard
article
Automatica, In press, ⟨10.1016/j.automatica.2021.109804⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03217983/file/Automatica_2021_%20HAL_V2.pdf BibTex
titre
A thermal trade-off between viral production and degradation drives phytoplankton-virus population dynamics
auteur
David Demory, Joshua Weitz, Anne-Claire Baudoux, Suzanne Touzeau, Nathalie Simon, Sophie Rabouille, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Ecology Letters, 2021, 24 (6), pp.1133-1144. ⟨10.1111/ele.13722⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03066279/file/2020.08.18.256156.full.pdf BibTex
titre
Shear stress affects the architecture and cohesion of Chlorella vulgaris biofilms
auteur
Andrea Fanesi, Marc Lavayssière, Cyril Breton, Olivier Bernard, Romain Briandet, Filipa Lopes
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-83523-3⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03193722/file/s41598-021-83523-3.pdf BibTex

Conference papers

titre
Adaptative laboratory evolution for enhanced EPS production in biofilm forming microalgae
auteur
Aurélie Pham, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Freddy Guihéneuf, Hubert Bonnefond, Amélie Talec
article
AlgaEurope Conference, Dec 2021, OnLine, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Mixing strategies combined with shape design to enhance productivity of a raceway pond
auteur
Olivier Bernard, Liu-Di Lu, Julien Salomon
article
ADCHEM 2021 - 16th IFAC Symposium on Advanced Control of Chemical Processes, Jun 2021, Venice, Italy. pp.281-286, ⟨10.1016/j.ifacol.2021.08.255⟩
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-03017414/file/hal.pdf BibTex
titre
Controlling the bottom topography of a microalgal pond to optimize productivity
auteur
Olivier Bernard, Liu-Di Lu, Jacques Sainte-Marie, Julien Salomon
article
ACC 2021 - American Control Conference, IEEE, May 2021, New Orleans, United States. pp.634-639, ⟨10.23919/ACC50511.2021.9483235⟩
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-02970776/file/ACC2021_topography.pdf BibTex
titre
Optimizing microalgal productivity in raceway ponds through a controlled mixing device
auteur
Olivier Bernard, Liu-Di Lu, Julien Salomon
article
ACC 2021 - American Control Conference, IEEE, May 2021, New Orleans, United States. pp.640-645, ⟨10.23919/ACC50511.2021.9482760⟩
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-02970756/file/main.pdf BibTex

Books

titre
OcéanIA: AI, Data, and Models for Understanding the Ocean and Climate Change
auteur
Nayat Sanchez-Pi, Luis Marti, Julien Salomon, Jacques Sainte-Marie, Olivier Bernard, Michele Sebag, Marc Schoenauer, Alejandro Maass, Damien Eveillard, André Abreu, Colomban de Vargas, Pablo A. Marquet
article
pp.1-64, 2021
typdoc
Books
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https://hal.science/hal-03274323/file/ocean-white-book-2021.pdf BibTex

Patents

titre
Système flottant de production de microalgues sous forme de biofilm
auteur
Olivier Bernard, Hubert Bonnefond, Axel Wakefield, Freddy Guihéneuf
article
France, N° de brevet: FR3107900A1. 2021
typdoc
Patents
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BibTex

2020

Journal articles

titre
Rotating algal biofilm versus planktonic cultivation: LCA perspective
auteur
Marjorie Morales, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
Journal of Cleaner Production, 2020, 257, pp.120547. ⟨10.1016/j.jclepro.2020.120547⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03142233/file/Manuscript%20without%20track%20changes.pdf BibTex
titre
Dynamics of the periodically forced light-limited Droop model
auteur
Carlos Martínez, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Journal of Differential Equations, 2020, ⟨10.1016/j.jde.2020.03.020⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-02422838/file/manuscript.pdf BibTex
titre
Separating Two Species of Microalgae in Photobioreactors in Minimal Time
auteur
Walid Djema, Olivier Bernard, Laetitia Giraldi
article
Journal of Process Control, 2020, 87, pp.120-129. ⟨10.1016/j.jprocont.2020.01.003⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-03148717/file/papierJPC2020.pdf BibTex
titre
Reducing a model of sugar metabolism in peach to catch different patterns among genotypes
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
Mathematical Biosciences, 2020, 321, pp.108321. ⟨10.1016/j.mbs.2020.108321⟩
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Journal articles
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https://hal.inrae.fr/hal-02922359/file/Kanso2020.pdf BibTex

Conference papers

titre
Artificial Intelligence, Machine Learning and Modeling for Understanding the Oceans and Climate Change
auteur
Nayat Sanchez-Pi, Luis Marti, André Abreu, Olivier Bernard, Colomban de Vargas, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Pablo A. Marquet, Jacques Sainte-Marie, Julien Salomon, Marc Schoenauer, Michele Sebag
article
NeurIPS 2020 Workshop - Tackling Climate Change with Machine Learning, Dec 2020, Santiago / Virtual, Chile
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-03138712/file/paper.pdf BibTex
titre
Twisted-PHS: Using the Product Formula to Solve Approx-SVP in Ideal Lattices
auteur
Olivier Bernard, Adeline Roux-Langlois
article
Asiacrypt 2020 - 26th Annual International Conference on the Theory and Application of Cryptology and Information Security, Dec 2020, Virtual, France. pp.349--380
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-03038124/file/2020-1081.pdf BibTex
titre
Reducing a model of sugar metabolism in peach fruit to explore genetic diversity
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
iCROPM 2020 : Crop modelling for the Future, Feb 2020, Montpellier, France. pp.1-5
typdoc
Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-03587179/file/ICROPM2020.pdf BibTex

Book sections

titre
Potentiel des microalgues
auteur
Hubert Bonnefond, Charlotte Combe, Jean-Paul Cadoret, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Stephanie Baumberger. Chimie verte et industries agroalimentaires - Vers une bioéconomie durable, Lavoisier, 2020
typdoc
Book sections
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https://inria.hal.science/hal-02421830/file/chap%207_OLivier.pdf BibTex
titre
Microalgae as a source of edible oils
auteur
Jelena Helene Cvejic, Antonio Luca Langellotti, Hubert Bonnefond, Vito Verardo, Olivier Bernard
article
Lipids and Edible Oils, Elsevier, pp.175-211, 2020, ⟨10.1016/B978-0-12-817105-9.00005-7⟩
typdoc
Book sections
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Patents

titre
Device for producing microalgae
auteur
Olivier Bernard, Hubert Bonnefond
article
France, Patent n° : WO/2020/099590. 2020
typdoc
Patents
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2019

Journal articles

titre
The impact of light supply to photosynthetic moving biofilms
auteur
Jérôme Grenier, Hubert Bonnefond, Filipa Lopes, Olivier Bernard
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2019, 44 (101674), ⟨10.1016/j.algal.2019.101674⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Optimal integration of microalgae production with photovoltaic panels: environmental impacts and energy balance
auteur
Marjorie Morales, Arnaud Hélias, Olivier Bernard
article
Biotechnology for Biofuels, 2019, 12 (1), pp.239. ⟨10.1186/s13068-019-1579-4⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-02421845/file/1%20Manuscript%20LCA%20Biodiesel%20BfB%20REVIEWERS%20VERSION%202.pdf BibTex
titre
Evaluation of the feasibility of photosynthetic biogas upgrading: Simulation of a large-scale system
auteur
Leslie Meier, Carlos Martínez, Carlos Vílchez, Olivier Bernard, David Jeison
article
Energy, 2019, 189, pp.116313. ⟨10.1016/j.energy.2019.116313⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Perspectives of surface plasmonic resonance optical fibre sensors for anaerobic digestion
auteur
Jacob J Lamb, Olivier Bernard, Shiplu Sarker, Kristian M Lien, Dag Roar Hjelme
article
Engineering in Life Sciences, 2019, 19 (11), pp.759-769. ⟨10.1002/elsc.201900063⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-02421874/file/Lamb_review_manuscript_Olivier.pdf BibTex
titre
Perspectives of surface plasmon resonance sensors for optimized biogas methanation
auteur
Jacob J Lamb, Olivier Bernard, Shiplu Sarker, Kristian M Lien, Dag Roar Hjelme
article
Engineering in Life Sciences, 2019, 19 (11), pp.759-769. ⟨10.1002/elsc.201900063⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.inrae.fr/hal-02567012/file/2019_Lamb_Eng%20Life%20Sci.pdf BibTex
titre
Perspectives of optical colourimetric sensors for anaerobic digestion
auteur
Jacob J Lamb, Olivier Bernard, Shiplu Sarker, Kristian M Lien, Dag Roar Hjelme
article
Renewable and Sustainable Energy Reviews, 2019, 111, pp.87-96. ⟨10.1016/j.rser.2019.04.083⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-02421946/file/Lamb_review_with-tracked-changes-1.pdf BibTex
titre
Twelve quick tips for designing sound dynamical models for bioprocesses
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard
article
PLoS Computational Biology, 2019, 15 (8), pp.e1007222. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007222⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-02421763/file/TenTricksBioprocess_R1_v7.pdf BibTex
titre
Gradient-based optimization of a rotating algal biofilm process
auteur
Pierre-Olivier Lamare, Nina Aguillon, Jacques Sainte-Marie, Jérôme Grenier, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
Automatica, 2019, 105, pp.80-88. ⟨10.1016/j.automatica.2019.02.043⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-02422853/file/RAB_Automatica_17-1082.pdf BibTex
titre
Dynamics and control of a periodically forced microalgae culture
auteur
Carlos Martínez, Francis Mairet, Pierre Martinon, Olivier Bernard
article
IFAC-PapersOnLine, 2019, 52, pp.922-927. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.06.180⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01891648/file/dycops_final.pdf BibTex
titre
Meteorological Data-Based Optimal Control Strategy for Microalgae Cultivation in Open Pond Systems
auteur
Riccardo De-Luca, Fabrizio Bezzo, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
Complexity, 2019, 2019, pp.1-12. ⟨10.1155/2019/4363895⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-02427401/file/4363895.pdf BibTex
titre
Picoeukaryotes of the Micromonas genus: sentinels of a warming ocean
auteur
David Demory, Anne-Claire Baudoux, Adam Monier, Nathalie Simon, Christophe Six, Pei Ge, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2019, 13 (1), pp.132-146. ⟨10.1038/s41396-018-0248-0⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01973977/file/RABOUILLE_Sophie.pdf BibTex
titre
Dynamical reduction of linearized metabolic networks through quasi steady state approximation
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
AIChE Journal, 2019, 65 (1), pp.18-31. ⟨10.1002/aic.16406⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01924343/file/accepted_version_AIChE_Lopez2018dynamical.pdf BibTex
titre
Microalgae and cyanobacteria modeling in water resource recovery facilities: A critical review
auteur
Brian D. Shoener, Stephanie M. Schramm, Fabrice Béline, Olivier Bernard, Carlos Martínez, Benedek G. Plosz, Spencer Snowling, Jean-Philippe Steyer, Borja Valverde-Pérez, Dorottya Wagner, Jeremy S. Guest
article
Water Research X, 2019, 2, pp.18. ⟨10.1016/j.wroa.2018.100024⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-02268495/file/re2019-pub00060751.pdf BibTex
titre
The architecture of monospecific microalgae biofilms 2
auteur
Andrea Fanesi, Armelle Paule, Olivier Bernard, Romain Briandet, Filipa Lopes
article
Microorganisms, 2019, 7 (9), pp.352. ⟨10.3390/microorganisms7090352⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-02422042/file/microorganisms-570799.pdf BibTex

Conference papers

titre
Recent advances in algal biofilm cultivation for fish feed
auteur
Freddy Guihéneuf, Alex Wakefield, Quentin Girardin, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Christophe Vasseur, Hubert Bonnefond
article
AlgaEurope Conference, Dec 2019, Paris, France
typdoc
Conference papers
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titre
Enhancing Tetraselmis suecica biofilm productivity by adding organic and inorganic carbon
auteur
Margaux Caia, Freddy Guihéneuf, Hubert Bonnefond, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
AlguaEurope Conference, Dec 2019, Paris, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Turnpike Features in Optimal Selection of Microalgae
auteur
Walid Djema, Olivier Bernard, Laetitia Giraldi
article
FOSBE 2019 - 8th IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, Oct 2019, Valencia, Spain. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.12.273⟩
typdoc
Conference papers
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titre
A reduction strategy to simplify a model of sugar metabolism for application to a large panel of genotypes
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
FOSBE 2019 - 8th Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, IFAC, Oct 2019, Valencia, Spain
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-02419377/file/husseinIFAC4.pdf BibTex
titre
Improvement of microalgae strains by dynamic darwinian selection pressure
auteur
Hubert Bonnefond, Yann Lie, Eric Pruvost, Amélie Talec, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Alg’in Provence - European Workshop, Oct 2019, Arles, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Recent advances in microalgal biotechnology with an emphasis on biofilm cultivation
auteur
Freddy Guihéneuf, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Hubert Bonnefond
article
EPC7 - 7th European Phycological Congress, Aug 2019, Zagreb, Croatia
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
An Optimal Control Strategy Separating Two Species of Microalgae in Photobioreactors
auteur
Walid Djema, Laetitia Giraldi, Olivier Bernard
article
DYCOPS 2019 - 12th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, Apr 2019, Florianopolis, Brazil. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.06.178⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01891910/file/IFAC%20DYCOPS%202019%20FINAL%20VERSION%20%5BWalid_Laetitia_Olivier%5D.pdf BibTex

Book sections

titre
Life-cycle assessment of microalgal-based biofuel. Chapitre 20
auteur
Marjorie Morales, Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Helias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Biomass, Biofuels, Biochemicals : Biofuels from Algae, 2ème ed., Elsevier, 606 p., 2019, 978-0-444-64192-2. ⟨10.1016/B978-0-444-64192-2.00020-2⟩
typdoc
Book sections
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BibTex

Patents

titre
Bioreactor for the selection of microalgae
auteur
Olivier Bernard, Hubert Bonnefond, Antoine Sciandra, Eric Pruvost, Ghjuvan Micaelu Grimaud
article
United States, Patent n° : 16/335,390, 2019. 2019
typdoc
Patents
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2018

Journal articles

titre
Optimizing CO2 transfer in algal open ponds
auteur
Margaux Caïa, Olivier Bernard, Quentin Béchet
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2018, 35, pp.530-538. ⟨10.1016/j.algal.2018.09.009⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Theory of turbid microalgae cultures
auteur
Carlos Martínez, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Journal of Theoretical Biology, 2018, 456, pp.190 - 200. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.07.016⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01891616/file/manuscript_martinez.pdf BibTex
titre
Analytical Reduction of Nonlinear Metabolic Networks Accounting for Dynamics in Enzymatic Reactions
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
Complexity, 2018, 2018, pp.1 - 22. ⟨10.1155/2018/2342650⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01872615/file/Complexity_accepted_version_Lopez_2018_author_copie.pdf BibTex
titre
Deep Learning Techniques for Automatic MRI Cardiac Multi-structures Segmentation and Diagnosis: Is the Problem Solved?
auteur
Olivier Bernard, Alain Lalande, Clement Zotti, Frederic Cervenansky, Xin Yang, Pheng-Ann Heng, Irem Cetin, Karim Lekadir, Oscar Camara, Miguel Angel Gonzalez Ballester, Gerard Sanroma, Sandy Napel, Steffen Petersen, Georgios Tziritas, Elias Grinias, Mahendra Khened, Varghese Alex Kollerathu, Ganapathy Krishnamurthi, Marc-Michel Rohé, Xavier Pennec, Maxime Sermesant, Fabian Isensee, Paul Jager, Klaus H Maier-Hein, Peter M. Full, Ivo Wolf, Sandy Engelhardt, Chrisitan Baumgartner, Lisa Koch, Jelmer Wolterink, Ivana Isgum, Yeonggul Jang, Yoonmi Hong, Jay Patravali, Shubham Jain, Olivier Humbert, Pierre-Marc Jodoin
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2018, 37 (11), pp.2514-2525. ⟨10.1109/TMI.2018.2837502⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
How do microalgae perceive light in a high-rate pond? Towards more realistic Lagrangian experiments
auteur
David Demory, Charlotte Combe, Philipp Hartmann, Amélie Talec, Eric Pruvost, Raouf Hamouda, Fabien Souillé, Pierre-Olivier Lamare, Marie-Odile Bristeau, Jacques Sainte-Marie, Sophie Rabouille, Francis Mairet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Royal Society Open Science, 2018, 5 (5), pp.180523. ⟨10.1098/rsos.180523⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01830067/file/180523.full.pdf BibTex
titre
Full-scale validation of an algal productivity model including nitrogen limitation
auteur
Quentin Béchet, Noémie Coulombier, Christophe Vasseur, Thomas Lasserre, Loic Le Dean, Olivier Bernard
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2018, 31, pp.377-386. ⟨10.1016/j.algal.2018.02.010⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Realistic Vendor-Specific Synthetic Ultrasound Data for Quality Assurance of 2-D Speckle Tracking Echocardiography: Simulation Pipeline and Open Access Database
auteur
Martino Alessandrini, Bidisha Chakraborty, Brecht Heyde, Olivier Bernard, Mathieu de Craene, Maxime Sermesant, Jan d'Hooge
article
IEEE Transactions on Ultrasonics, Ferroelectrics and Frequency Control, 2018, 65 (3), pp.411-422. ⟨10.1109/TUFFC.2017.2786300⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Modelling an Artificial Microalgae-Cyanobacteria Ecosystem
auteur
Margaux Caïa, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer
article
IFAC-PapersOnLine, 2018, 51 (2), pp.655 - 660. ⟨10.1016/j.ifacol.2018.03.111⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01833296/file/1-s2.0-S2405896318301150-main.pdf BibTex
titre
A Framework for the Generation of Realistic Synthetic Cardiac Ultrasound and Magnetic Resonance Imaging Sequences from the same Virtual Patients
auteur
Yitian Zhou, Sophie Giffard-Roisin, Mathieu de Craene, Sorina Camarasu-Pop, Jan d'Hooge, Martino Alessandrini, Denis Friboulet, Maxime Sermesant, Olivier Bernard
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2018, 37 (3), pp.741-754. ⟨10.1109/TMI.2017.2708159⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01533366/file/TMI2708159.pdf BibTex
titre
Maximizing microalgae productivity in a light-limited chemostat
auteur
Carlos Martínez, Olivier Bernard, Francis Mairet
article
IFAC-PapersOnLine, 2018, 51 (2), pp.735 - 740. ⟨10.1016/j.ifacol.2018.04.001⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01891634/file/manuscript_max_prod.pdf BibTex

Conference papers

titre
Reduction of Metabolic Networks keeping Core Dynamics
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Maximizing microalgae productivity in a light-limited chemostat
auteur
Carlos Martínez, Olivier Bernard, Francis Mairet
article
Meeting of working Group Medicago sativa, Feb 2018, Vienne, Austria. pp.6, ⟨10.1016/j.ifacol.2018.04.001⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Reduction of Metabolic Networks keeping Dynamics
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
MATHMOD 2018 - 9th Vienna International Conference on Mathematical Modelling, Feb 2018, Vienne, Austria
typdoc
Conference papers
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BibTex

Book sections

titre
Life-Cycle Assessment of Microalgal-Based Biofuels
auteur
Marjorie Morales, Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Hélias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Biomass, Biofuels and Biochemicals, Elsevier, pp.507-550, 2018
typdoc
Book sections
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2017

Journal articles

titre
Modeling the impact of high temperatures on microalgal viability and photosynthetic activity
auteur
Quentin Béchet, Martin Laviale, Nicolas Arsapin, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
Biotechnology for Biofuels, 2017, 10 (1), pp.136. ⟨10.1186/s13068-017-0823-z⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01530933/file/13068_2017_Article_823.pdf BibTex
titre
Continuous selection pressure to improve temperature acclimation of Tisochrysis lutea
auteur
Hubert Bonnefond, Ghjuvan Micaelu Grimaud, Judith Rumin, Gaël Bougaran, Amélie Talec, M O Gachelin, M O Boutoute, Eric Pruvost, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
PLoS ONE, 2017, ⟨10.1371/journal.pone.0183547⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01576865/file/Pub_selection_v29.pdf BibTex
titre
Modeling the temperature effect on the specific growth rate of phytoplankton: a review
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Francis Mairet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Reviews in Environmental Science and Bio/technology, 2017, ⟨10.1007/s11157-017-9443-0⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01576871/file/Review_Thermal_modelling_2017_revision_v6.pdf BibTex
titre
Exploiting meteorological forecasts for the optimal operation of algal ponds
auteur
Riccardo De-Luca, Fabrizio Bezzo, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, 2017, 55, pp.55 - 65. ⟨10.1016/j.jprocont.2017.03.010⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Dynamic metabolic modeling of heterotrophic and mixotrophic microalgal growth on fermentative wastes
auteur
Caroline Baroukh, Violette Turon, Olivier Bernard
article
PLoS Computational Biology, 2017, 13 (6), pp.e1005590. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005590⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01576858/file/journal.pcbi.1005590.pdf BibTex
titre
Ion transport through deformable porous media:derivation of the macroscopic equations using upscaling
auteur
Grégoire Allaire, Olivier Bernard, Jean-François Dufrêche, Andro Mikelic
article
Computational & Applied Mathematics, 2017, 36, pp.1431-1462. ⟨10.1007/s40314-016-0321-0⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Coupling and uncoupling of triglyceride and beta-carotene production by Dunaliella salina under nitrogen limitation and starvation
auteur
Hubert Bonnefond, Nina Moelants, Amélie Talec, Patrick Mayzaud, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Biotechnology for Biofuels, 2017, 10 (1), pp.25. ⟨10.1186/s13068-017-0713-4⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01450081/file/13068_2017_Article_713.pdf BibTex
titre
Temperature is a key factor in Micromonas-virus interactions
auteur
David Demory, Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Christophe Six, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Pei Ge, Estelle Bigeard, Stéphan Jacquet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille, Anne-Claire Baudoux
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2017, 11 (3), pp.601-612. ⟨10.1038/ismej.2016.160⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01464528/file/Demory_Viruses_micromonas_temperature_2017_REVISED.pdf BibTex

Conference papers

titre
Evolution engineering for enhancing photosynthetic efficiency of high density cultures of Tisochrysis lutea
auteur
Hubert Bonnefond, Yann Lie, Eric Pruvost, Amélie Talec, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
6th congress of the International Society for Applied Phycology, Jun 2017, Nantes, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Impact of high temperatures on microalgal viability and photosynthetic activity: consequence for mass cultivation
auteur
Quentin Béchet, Martin Laviale, Nicolas Arsapin, Hubert Bonnefond, Olivier Bernard
article
6th congress of the International Society for Applied Phycology (ISAP), Jun 2017, Nantes, France
typdoc
Conference papers
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BibTex

Patents

titre
Selective bioreactor for microalgae
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra, Francis Mairet, Hubert Bonnefond, Eric Pruvost
article
France, Patent n° : WO2017174907A1. 2017
typdoc
Patents
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2016

Journal articles

titre
Mutation allele burden remains unchanged in chronic myelomonocytic leukaemia responding to hypomethylating agents
auteur
Jane Merlevede, Nathalie Droin, Tingting Qin, Kristen Meldi, Kenichi Yoshida, Margot Morabito, Emilie Chautard, Didier Auboeuf, Pierre Fenaux, Thorsten Braun, Raphaël Itzykson, Stéphane de Botton, Bruno Quesnel, T. Commes, Eric Jourdan, William Vainchenker, Olivier Bernard, Noémie Pata-Merci, Stéphanie Solier, Velimir Gayevskiy, Marcel E Dinger, Mark J. Cowley, Dorothée Selimoglu-Buet, Vincent Meyer, François Artiguenave, Jean-François Deleuze, Claude Preudhomme, Michael Stratton, Ludmil B. Alexandrov, Eric Padron, Seishi Ogawa, Serge Koscielny, Maria Figueroa, Eric Solary
article
Nature Communications, 2016, 7 (1), ⟨10.1038/ncomms10767⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-03130526/file/IRMB%2013_P39_%20Mutation%20allele%20burden%20remains%20unchanged%20in%20chronic%20myelomonocytic%20leukaemia%20responding%20to%20hypomethylating%20agents_ncomms10767.pdf BibTex
titre
Concomitant effects of light and temperature diel variations on the growth rate and lipid production of Dunaliella salina
auteur
Hubert Bonnefond, N. Moelants, Amélie Talec, Olivier Bernard, A. Sciandra
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2016, 14, pp.72-78. ⟨10.1016/j.algal.2015.12.018⟩
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Journal articles
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01266717/file/Bonnefond_2016_Concomitant_effects.pdf BibTex
titre
Dynamic coupling of photoacclimation and photoinhibition in a model of microalgae growth
auteur
Andreas Nikolaou, Philipp Hartmann, Antoine Sciandra, Benoît Chachuat, Olivier Bernard
article
Journal of Theoretical Biology, 2016, 390, pp.61 - 72. ⟨10.1016/j.jtbi.2015.11.004⟩
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Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01247049/file/paper_R2_v16.pdf BibTex
titre
Detailed Evaluation of Five 3D Speckle Tracking Algorithms Using Synthetic Echocardiographic Recordings
auteur
Martino Alessandrini, Brecht Heyde, Sandro Queirós, Szymon Cygan, Maria Zontak, Oudom Somphone, Olivier Bernard, Maxime Sermesant, Hervé Delingette, Daniel Barbosa, Mathieu de Craene, Matthew O'Donnell, Jan d'Hooge
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2016, 35 (8), pp.1915-1926. ⟨10.1109/TMI.2016.2537848⟩
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Journal articles
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https://hal.science/hal-01373083/file/main.pdf BibTex

Conference papers

titre
Generation of Realistic 4D Synthetic CSPAMM Tagged MR Sequences for Benchmarking Cardiac Motion Tracking Algorithms
auteur
Yitian Zhou, Mathieu de Craene, Oudom Somphone, Maxime Sermesant, Olivier Bernard
article
International Workshop on Simulation and Synthesis in Medical Imaging, Oct 2016, Athens, Greece. pp.108-117, ⟨10.1007/978-3-319-46630-9_11⟩
typdoc
Conference papers
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titre
Phase-Based Registration of Cardiac Tagged MR Images by Incorporating Anatomical Constraints
auteur
Yitian Zhou, Mathieu de Craene, Maxime Sermesant, Olivier Bernard
article
International Workshop on Statistical Atlases and Computational Models of the Heart, Oct 2016, Athens, Greece. pp.39-47, ⟨10.1007/978-3-319-52718-5_5⟩
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Conference papers
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titre
Metabolic modeling of C. sorokiniana diauxic heterotrophic growth
auteur
Caroline Baroukh, Olivier Bernard
article
6. IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering (FOSBE), Oct 2016, Magdeburg, Germany. pp.330-335, ⟨10.1016/j.ifaco1.2016.12.148⟩
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Conference papers
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titre
Caractérisation des substances polymériques extracellulaires (EPS) de biofilms de diatomées benthiques marines
auteur
Steven G Daniel, Cédric Hubas, Hubert Bonnefond, Sophie Sablé, Olivier Bernard, Martin Laviale
article
35ème Colloque de l’Association des Diatomistes de Langue Française (ADLaF), Sep 2016, Belvaux, Luxembourg
typdoc
Conference papers
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titre
The Photoinhibistat: Operating Microalgae Culture under Photoinhibition for Strain Selection
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard
article
11th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems Including Biosystems DYCOPS-CAB , Jun 2016, Trondheim, Norway. ⟨10.1016/j.ifacol.2016.07.344⟩
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Conference papers
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Patents

titre
BIOREACTOR FOR MICROALGAE
auteur
Olivier Bernard, Francis Mairet, Charlotte Combe, Antoine Sciandra, Eric Pruvost
article
France, Patent n° : WO/2016/151219. 2016
typdoc
Patents
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2015

Journal articles

titre
Instrumentation and control of anaerobic digestion processes: a review and some research challenges
auteur
Julie Jimenez, Eric Latrille, Jérome Harmand, Daniel Gaida, Christian Wolf, Francis Mairet, Olivier Bernard, Victor Alcaraz-Gonzalez, Hugo Mendez-Acosta, Daniel Zitomer, Dennis Totzke, Henri Spanjers, Fabian Jacobi, Alan Guwy, Richard Dinsdale, Sofiane Mazhegrane, Gonzalo Ruiz-Filippi, Aurora Seco, Thierry Ribeiro, André Pauss, Jean-Philippe Steyer
article
Reviews in Environmental Science and Bio/technology, 2015, 14 (4), pp.615-648. ⟨10.1007/s11157-015-9382-6⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Recommendations for Life Cycle Assessment of algal fuels
auteur
Pierre Collet, Arnaud Hélias, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Applied Energy, 2015, 154, pp.1089-1102. ⟨10.1016/j.apenergy.2015.03.056⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Production of a methyl ester from the microalgae Nannochloropsis grown in raceways on the French west coast
auteur
Béatrice Perrier, Christelle Crampon, Olivier Guézet, Coralie Simon, François Maire, Olivier Lépine, Jeremy Pruvost, Paul Lozano, Olivier Bernard, Elisabeth Badens
article
Fuel, 2015, 153, pp.640-649. ⟨10.1016/j.fuel.2015.03.011⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01247077/file/2015_Perrier_Shamash_Fuel_PC.pdf BibTex
titre
Long-term adaptive response to high-frequency light signals in the unicellular photosynthetic eukaryote Dunaliella salina
auteur
Charlotte Combe, Philipp Hartmann, Sophie Rabouille, Amélie Talec, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Biotechnology and Bioengineering, 2015, 112 (6), pp.1111-1121. ⟨10.1002/bit.25526⟩
typdoc
Journal articles
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titre
A Pipeline for the Generation of Realistic 3D Synthetic Echocardiographic Sequences: Methodology and Open-access Database.
auteur
Martino Alessandrini, Mathieu de Craene, Olivier Bernard, Sophie Giffard-Roisin, Pascal Allain, Juergen Weese, Eric Saloux, Hervé Delingette, Maxime Sermesant, Jan d'Hooge
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2015, 34 (7), pp.1436-1451. ⟨10.1109/TMI.2015.2396632⟩
typdoc
Journal articles
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titre
The use of fluorescent Nile red and BODIPY for lipid measurement in microalgae
auteur
Judith Rumin, Hubert Bonnefond, Bruno Saint-Jean, Catherine Rouxel, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Jean-Paul Cadoret, Gaël Bougaran
article
Biotechnology for Biofuels, 2015, 8 (1), pp.16. ⟨10.1186/s13068-015-0220-4⟩
typdoc
Journal articles
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titre
A state of the art of metabolic networks of unicellular microalgae and cyanobacteria for biofuel production
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Metabolic Engineering, 2015, 30, pp.49-60. ⟨10.1016/j.ymben.2015.03.019⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Adaptive control of light attenuation for optimizing microalgae production
auteur
Francis Mairet, Rafael Munoz Tamayo, Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, 2015, 30, pp.117-124. ⟨10.1016/j.jprocont.2015.03.010⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Mathematical modeling of unicellular microalgae and cyanobacteria metabolism for biofuel production
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer
article
Current Opinion in Biotechnology, 2015, 33, pp.198-205. ⟨10.1016/j.copbio.2015.03.002⟩
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Journal articles
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titre
Competition between phytoplankton and bacteria: exclusion and coexistence
auteur
Frédéric Grognard, Pierre Masci, Eric Benoît, Olivier Bernard
article
Journal of Mathematical Biology, 2015, 70 (5), pp.959-1006. ⟨10.1007/s00285-014-0783-x⟩
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Journal articles
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https://arxiv.org/pdf/1208.0316 BibTex

Conference papers

titre
A new approach to unravel metabolic regulations. Application to microalgae growth and lipid production under day/night cycles and nitrogen starvation
auteur
Caroline Baroukh, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer, Rafael Munoz Tamayo, Benoit Chachuat
article
BioSynSys 2015 : 1er colloque du GDR "Biologie de Synthèse et des Systèmes", Sep 2015, Paris, France
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-01601441/file/livret_Biosynsys_2015_2.pdf BibTex
titre
The role of the image phase in cardiac strain imaging
auteur
Martino Alessandrini, Adrian Basarab, Mathieu de Craene, Maxime Sermesant, Hervé Liebgott, Olivier Bernard, Jan d'Hooge
article
EUSIPCO 2015 - 23rd European Signal Processing Conference, Aug 2015, Nice, France. pp.2796-2800, ⟨10.1109/EUSIPCO.2015.7362894⟩
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-01265886/file/alessandrini_14906.pdf BibTex
titre
Metabolic modeling of microalgae growth and lipids production during day/night cycles and nitrogen starvation
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Metabolic Pathway Analysis 2015, Jun 2015, Braga, Portugal
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Generation of ultra-realistic synthetic echocardiographic sequences to facilitate standardization of deformation imaging
auteur
Martino Alessandrini, Brecht Heyde, Sophie Giffard-Roisin, Hervé Delingette, Maxime Sermesant, Pascal Allain, Olivier Bernard, Mathieu de Craene, Jan d'Hooge
article
International Symposium on BIOMEDICAL IMAGING: From Nano to Macro (ISBI 2015), Apr 2015, New York, United States. pp.756-759, ⟨10.1109/ISBI.2015.7163982⟩
typdoc
Conference papers
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titre
A simple Adaptive Dynamics model to study the effect of global warming on marine phytoplankton
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Francis Mairet, Sakina-Dorothée Ayata, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Mathematical Models in Ecology and Evolution, 2015, Paris, France
typdoc
Conference papers
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titre
Modelling the effect of temperature on phytoplankton growth across the global ocean
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Valérie Le Guennec, Sakina-Dorothée Ayata, Francis Mairet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
8th Vienna International Conference on Mathematical Modelling — MATHMOD 2015, 2015, Vienna, Austria. ⟨10.1016/j.ifacol.2015.05.059⟩
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Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01245890/file/Grimaud_Mathmod_2015_v2.pdf BibTex

Book sections

titre
Modelling of Microalgae Culture Systems with Applications to Control and Optimization
auteur
Olivier Bernard, Francis Mairet, Benoît Chachuat
article
Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology , Microalgae Biotechnology (153), pp. 59-87, 2015, 0724-6145. ⟨10.1007/10_2014_287⟩
typdoc
Book sections
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2014

Journal articles

titre
Phytoplankton plasticity drives large variability in carbon fixation efficiency
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Marina Lévy, Olivier Aumont, Laure Resplandy, Alessandro Tagliabue, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Geophysical Research Letters, 2014, 41 (24), pp.8994-9000. ⟨10.1002/2014gl062249⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-01996384/file/Ayata-et-al_2014_GRL_ppk_ratio.pdf BibTex
titre
La production de micro-algues sous serre photovoltaique : évolution ou révolution ?
auteur
Olivier Bernard
article
Revue de l'Energie, 2014, 621, pp.385-392
typdoc
Journal articles
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titre
Modelling the dynamics of carbon–nitrogen metabolism in the unicellular diazotrophic cyanobacterium Crocosphaera watsonii WH8501, under variable light regimes
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Sophie Rabouille, Anthony Dron, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Ecological Modelling, 2014, 291, pp.121--133. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.07.016⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Getting the most out of it: optimal experiments for parameter estimation of microalgae growth models
auteur
Rafael Munoz Tamayo, Pierre Martinon, Gaël Bougaran, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, 2014, 24 (6), pp.991-1001. ⟨10.1016/j.jprocont.2014.04.021⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00998525/file/Munoz%20OED_vfinal.pdf BibTex
titre
ISS Interval Observers for Nonlinear Systems Transformed Into Triangular Systems
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2014, 24 (7), pp.1241-1261. ⟨10.1002/rnc.2937⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Interval observer with near optimal adaptation dynamics. Application to the estimation of lipid quota in microalgae
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2014, 24 (6), pp.1142-1157. ⟨10.1002/rnc.2934⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Estimation of neutral lipid and carbohydrate quotas in microalgae using adaptive interval observers
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
Bioprocess and Biosystems Engineering, 2014, 37 (1), pp.51-61. ⟨10.1007/s00449-013-0913-7⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00854476/file/BBE-obs_lipid-v5_post-print.pdf BibTex
titre
DRUM: A new framework for metabolic modeling under non-balanced growth. Application to the carbon metabolism of unicellular microalgae
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
PLoS ONE, 2014, 9 (8), pp.e104499. ⟨10.1371/journal.pone.0104499⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-01123224/file/BaroukhMunoz-Tamayo-PLOSONE2014_%7B3F7FEBC8-C592-4E8E-BCDF-FCC5B28B8C85%7D.pdf BibTex
titre
The effect of Time Scales in Photosynthesis on microalgae Productivity
auteur
Philipp Hartmann, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
Bioprocess and Biosystems Engineering, 2014, 37 (1), pp.17-25. ⟨10.1007/s00449-013-1031-2⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00852255/file/2013_Hartmann_BBE.pdf BibTex
titre
Optimal strategies for biomass productivity maximization in a photobioreactor using natural light
auteur
Frédéric Grognard, Andrei R. Akhmetzhanov, Olivier Bernard
article
Automatica, 2014, 50 (2), pp.359-368. ⟨10.1016/j.automatica.2013.11.014⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00871341/file/photoB_final_hal.pdf BibTex
titre
Biodiesel from microalgae – Life cycle assessment and recommendations for potential improvements
auteur
Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Helias, Stéphanie Bricout, Isabelle Lombaert-Valot, Béatrice Perrier, Olivier Lépine, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Renewable Energy, 2014, 71, pp.525-533. ⟨10.1016/j.renene.2014.06.009⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
Elastic registration vs. block matching for quantification of cardiac function with 3D ultrasound: Initial results of a direct comparison in silico based on a new evaluation pipeline
auteur
Martino Alessandrini, Brecht Heyde, Szymon Cygan, Maxime Sermesant, Hervé Delingette, Olivier Bernard, De Craene, Jan d'Hooge
article
IEEE International Ultrasonics Symposium, Sep 2014, Chicago, United States. pp.608 - 611, ⟨10.1109/ULTSYM.2014.0149⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01095790/file/radD71C8.pdf BibTex
titre
Growth Rate Estimation of Algae in Raceway Ponds: A Novel Approach
auteur
Philipp Hartmann, David Demory, Charlotte Combe, Raouf Hamouda, Jacques Sainte-Marie, Marie-Odile Bristeau, Anne-Céline Boulanger, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer, Sophie Rabouille, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.02408⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
A Dynamical Model to study the Response of Microalgae to Pulse Amplitude Modulated Fluorometry
auteur
Frédéric Chazalon, Sophie Rabouille, Philipp Hartmann, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. pp.7152-7157, ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.02162⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01101296/file/ifacconf%20CHAZALON_v6.pdf BibTex
titre
Robustness of Closed-Loop Control to Biodiversity: a Didactic Example
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. pp.5321-5326, ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.02193⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01094693/file/robust_v5_IFAC.pdf BibTex
titre
Modelling thermal adaptation in microalgae : an adaptive dynamics point of view
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
19th IFAC World Congress, Aug 2014, Cape Town, South Africa. pp.4376-4381, ⟨10.3182/20140824-6-ZA-1003.00982⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01094700/file/Grimaud_Ifac2014_v18_REVIEW.pdf BibTex
titre
Generation of ultra-realistic synthetic echocardiographic sequences
auteur
Mathieu de Craene, Martino Alessandrini, Pascal Allain, Stephanie Marchesseau, I Waechter-Stehle, J Weese, E Saloux, H. G. Morales, R Cuingnet, Hervé Delingette, M Sermesant, Olivier Bernard, J D 'Hooge
article
Biomedical Imaging (ISBI), 2014 IEEE 11th International Symposium on, Apr 2014, Beijing, China. pp.73 - 76, ⟨10.1109/ISBI.2014.6867812⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01095133/file/IsbiSyrus.pdf BibTex
titre
Avancés et défis en imagerie médicale ultrasonore basée sur l'échantillonnage compressé (Congrès Français d'Acoustique 2014)
auteur
Adrian Basarab, Denis Kouamé, Olivier Bernard, Denis Friboulet, Hervé Liebgott
article
12ème Congrès Français d'Acoustique (CFA 2014), Apr 2014, Poitiers, France
typdoc
Conference papers
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Book sections

titre
Life-cycle assessment of microalgal based biofuels
auteur
Pierre Collet, Daniele Spinelli, Laurent Lardon, Arnaud Helias, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Biofuels from algae, Elsevier, 2014, 978-0-444-59558-4
typdoc
Book sections
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https://hal.inrae.fr/hal-02801914/file/ColletSpinelli-2013_1.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
A 2D model for hydrodynamics and biology coupling applied to algae growth simulations
auteur
Olivier Bernard, Anne-Céline Boulanger, Marie-Odile Bristeau, Jacques Sainte-Marie
article
ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis, 2013, 47 (5), pp.1387-1412. ⟨10.1051/m2an/2013072⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-00936859/file/bernard_boulanger_bristeau_saint-marie_2013.pdf BibTex
titre
Phytoplankton growth formulation in marine ecosystem models: should we take into account photo-acclimation and variable stoichiometry in oligotrophic areas?
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Marina Lévy, Olivier Aumont, Antoine Sciandra, Jacques Sainte-Marie, Alessandro Tagliabue, Olivier Bernard
article
Journal of Marine Systems, 2013, 125, pp.29-40. ⟨10.1016/j.jmarsys.2012.12.010⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-00820981/file/Ayata-et-al_2013_JMS_accepted.pdf BibTex
titre
Optimizing microalgal production in raceway systems
auteur
Rafael Munoz Tamayo, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
Biotechnology Progress, 2013, 29 (2), pp.543--552. ⟨10.1002/btpr.1699⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00850376/file/2013_Munoz-Tamayo_BP.pdf BibTex
titre
3D strain assessment in ultrasound (straus): A synthetic comparison of five tracking methodologies
auteur
Mathieu de Craene, Stéphanie Marchesseau, Brecht Heyde, Hang Gao, M. Alessandrini, Olivier Bernard, Gemma Piella, Antonio Porras, Lennart Tautz, Anja Hennemuth, Adityo Prakosa, Hervé Liebgott, Oudom Somphone, Pascal Allain, S. Makram Ebeid, Hervé Delingette, Maxime Sermesant, Jan d'Hooge, Eric Saloux
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2013, 32 (9), pp.1632 - 1646. ⟨10.1109/TMI.2013.2261823⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00840039/file/TMI-2013-0246.pdf BibTex
titre
Effect of gaseous cement industry effluents on four species of microalgae
auteur
Amélie Talec, Myrvline Philistin, Frédérique Ferey, Günther Walenta, Jean-Olivier Irisson, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Bioresource Technology, 2013, 143, pp.353 - 359. ⟨10.1016/j.biortech.2013.05.104⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00852260/file/2013_Talec_BT.pdf BibTex
titre
Un zeste de mathématiques pour les biocarburants de demain
auteur
Olivier Bernard, Jacques Sainte-Marie, Bruno Sialve
article
Mathématiques de la Planète Terre, un jour une brève, 2013
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Hydrodynamics-Biology Coupling for Algae Culture and Biofuel Production
auteur
Olivier Bernard, Jacques Sainte-Marie, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer
article
ERCIM News, 2013, 92, pp.47
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00850370/file/EN92-web.pdf BibTex
titre
Screening and selection of growth-promoting bacteria for ıt Dunaliella cultures
auteur
Myriam Le Chevanton, Matthieu Garnier, Gaël Bougaran, Nathalie Schreiber, Ewa Lukomska, Jean-Baptiste Bérard, Eric Fouilland, Olivier Bernard, Jean-Paul Cadoret
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2013, 2, pp.212--222. ⟨10.1016/j.algal.2013.05.003⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00852257/file/2013_LeChevanton_JMS.pdf BibTex
titre
Temperature effect on microalgae: a crucial factor for outdoor production
auteur
Monique Ras, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Reviews in Environmental Science and Bio/technology, 2013, 12 (2), pp.153-164. ⟨10.1007/s11157-013-9310-6⟩
typdoc
Journal articles
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00852286/file/2013_RAS_RESBT.pdf BibTex
titre
Reducing the Anaerobic Digestion Model No. 1 for its application to an industrial wastewater treatment plant treating winery effluent wastewater
auteur
Carlos García-Diéguez, Olivier Bernard, Enrique Roca
article
Bioresource Technology, 2013, 132, pp.244 - 253. ⟨10.1016/j.biortech.2012.12.166⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00852253/file/2013_Garcia_BT.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modelling light-dark regime influence on the carbon-nitrogen metabolism in a unicellular diazotrophic cyanobacterium
auteur
Ghjuvan Micaelu Grimaud, Anthony Dron, Sophie Rabouille, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
CAB, Dec 2013, Mumbai, India. ⟨10.3182/20131216-3-IN-2044.00025⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-00854479/file/2013_GRIMAUD_CAB_AOUT2013v3.pdf BibTex
titre
Design of Optimal Experiments for Parameter Estimation of Microalgae Growth Models
auteur
Rafael Munoz Tamayo, Pierre Martinon, Gaël Bougaran, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
International Symposium on Computer Applications to Biotechnology (CAB 2013), Dec 2013, Mumbai, India
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-00856749/file/2013_Munoz-Tamayo_OED_Algae_CAB.pdf BibTex
titre
A new framework for metabolic modeling under non-balanced growth. Application to carbon metabolism of unicellular microalgae
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
CAB 2013 - International on Computer Applications to Biotechnology, Dec 2013, Mumbai, India
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-00856042/file/CAB2013_Baroukh_Caroline_revised_version_2_table_included.pdf BibTex
titre
Adaptive control for optimizing microalgae production
auteur
Francis Mairet, Rafael Munoz Tamayo, Olivier Bernard
article
Computer Application in Biotechnology (CAB2013), Dec 2013, Mumbai, India
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-00921486/file/cab-control_algae_v4.pdf BibTex
titre
A closed-loop controller for optimizing nitrogen removal in a microalgal outdoor pond
auteur
Rafael Munoz Tamayo, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
11. IWA Conference on Instrumentation Control and Automation, Sep 2013, Narbonne, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
A new framework for metabolic modelling under non-balanced growth. Application to photoautotrophic microalgae in day/night cycle.
auteur
Caroline Baroukh, Rafael Munoz Tamayo, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Metabolic Pathway Analysis 2013, Sep 2013, Oxford, United Kingdom
typdoc
Conference papers
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titre
Driving Species Competition in a Light-limited Chemostat
auteur
Francis Mairet, Rafael Munoz Tamayo, Olivier Bernard
article
9th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS), Sep 2013, Toulouse, France
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-00852258/file/2013_Mairet_Nolcos.pdf BibTex
titre
A dynamic Model coupling Photoacclimation and Photoinhibition in Microalgae
auteur
Philipp Hartmann, Andrea Nikolaou, Benoît Chachuat, Olivier Bernard
article
European Control Conference (ECC13), Jul 2013, Zurich, Switzerland
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-00852256/file/2013_Hartmann_ECC.pdf BibTex
titre
Driving microalgal production in raceway systems to near optimal productivities.
auteur
Rafael Munoz Tamayo, Francis Mairet, Olivier Bernard
article
European Control Conference (ECC13), Jul 2013, Zurich, Switzerland
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-00852259/file/2013_Munoz_ECC.pdf BibTex

Book sections

titre
Le rêve porté par les microalgues
auteur
Claude Gudin, Olivier Bernard
article
Claude Gudin. La culture de l'invisible - le rêve porté par les microalgues, Ovadia, pp.109, 2013, 2363920325 9782363920324
typdoc
Book sections
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https://inria.hal.science/hal-00852254/file/2013_GudinBernard_Ovadia.pdf BibTex
titre
Modélisation et Ingénierie de la Photosynthèse
auteur
Jean-François Cornet, Olivier Bernard
article
Mosseri, Rémy and Jeandel, Catherine. L'énergie à découvert, 1, CNRS Eds, pp.160-161, 2013, 978-2-271-07678-6 9782271076786
typdoc
Book sections
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https://inria.hal.science/hal-00852282/file/2013_CornetBernard_CNRS.pdf BibTex

Patents

titre
Procédé et installation de production de micro-algues
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra, Eric Pruvost, Filipa Lopes
article
France, N° de brevet: 13 56955. 2013
typdoc
Patents
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2012

Journal articles

titre
Exponentially Stable Interval Observers for Linear Systems with Delay.
auteur
Frédéric Mazenc, Silviu-Iulian Niculescu, Olivier Bernard
article
SIAM Journal on Control and Optimization, 2012, 50 (1), pp.286-305. ⟨10.1137/100812124⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00761603/file/2012_Mazenc_SIAM_1.pdf BibTex
titre
Neutral lipids and carbohydrates productivities as a response to the nitrogen status in the Haptophyceae Isochrysis sp. (T-iso): starvation vs. limitation
auteur
Thomas Lacour, Antoine Sciandra, Amélie Talec, Patrick Mayzaud, Olivier Bernard
article
Journal of Phycology, 2012, 48 (3), pp.647-656. ⟨10.1111/j.1529-8817.2012.01154.x⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Cell cycle implication on nitrogen acquisition and synchronization in ıt Thalassiosira weissflogii (Bacillariophyta)
auteur
Christophe Mocquet, Antoine Sciandra, Amélie Talec, Olivier Bernard
article
Journal of Phycology, 2012, 49 (2), pp.371-380. ⟨10.1111/jpy.12045⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00848436/file/2013_Mocquet_JP.pdf BibTex
titre
Influence of CO2 and nitrogen limitation on the coccolith volume of Emiliania huxleyi (Haptophyta)
auteur
Marius N. Müller, Luc L Beaufort, Olivier Bernard, Maria-Luiza Pedrotti, Amélie Talec, Antoine Sciandra
article
Biogeosciences, 2012, 9 (4), pp.4155--4167. ⟨10.5194/bg-9-4155-2012⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00848437/file/bg-9-4155-2012.pdf BibTex
titre
Three-reaction model for the anaerobic digestion of microalgae
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Elliot Cameron, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Benoît Chachuat
article
Biotechnology and Bioengineering, 2012, 109 (2), pp.415-425. ⟨10.1002/bit.23350⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00848426/file/BB_AD3algae_v6.pdf BibTex
titre
Validation of a simple model accounting for light and temperature effect on microalgal growth
auteur
Olivier Bernard, Barbara Rémond
article
Bioresource Technology, 2012, 123, pp.520-527. ⟨10.1016/j.biortech.2012.07.022⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Diel variations of carbohydrates and neutral lipids in N-sufficient and N-limited cyclostat cultures of Isochrysis sp.
auteur
Thomas Lacour, Antoine Sciandra, Amélie Talec, Patrick Mayzaud, Olivier Bernard
article
Journal of Phycology, 2012, 48 (4), pp.966-975. ⟨10.1111/j.1529-8817.2012.01177.x⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
Construction of ISS Interval Observers for Triangular Systems
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
51th IEEE Conference on Decision and Control, 2012, Maui, Hawaii, United States. pp.6780-6785
typdoc
Conference papers
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titre
Interaction between Time Scales in Microalgae Based Processes
auteur
Philipp Hartmann, Quentin Béchet, Olivier Bernard
article
20th Mediterranean Conference on Control & Automation (MED), 2012, Barcelona, Spain. pp.561--566, ⟨10.1109/MED.2012.6265697⟩
typdoc
Conference papers
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titre
ODIN: supervision avancée de procédés de production de bioénergie
auteur
Olivier Bernard, Mélaine Gautier
article
Journée de la métrologie et de la mesure (J2M), 2012, Le Croisic, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Adaptative interval observer with application to the estimation of biofuel production by microalgae
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
20th Mediterranean Conference on Control Automation (MED), 2012, Barcelona, Spain. pp.567-572, ⟨10.1109/MED.2012.6265698⟩
typdoc
Conference papers
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titre
ODIN: plateforme de supervision de bioreacteur
auteur
Olivier Bernard, Mélaine Gautier
article
Bioenergiesud, 2012, Nîmes, France
typdoc
Conference papers
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titre
Modélisation de la croissance du phytoplancton et de la production primaire dans les océans
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Marina Lévy, Olivier Aumont, Olivier Bernard
article
Journée de l'IMREDD, 2012, Nice, France
typdoc
Conference papers
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2011

Journal articles

titre
Interval observers for linear time-invariant systems with disturbances
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
Automatica, 2011, 47 (1), pp.140-147. ⟨10.1016/j.automatica.2010.10.019⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-00555464/file/auto09-0938.pdf BibTex
titre
Hurdles and challenges for modelling and control of microalgae for CO2 mitigation and biofuel production
auteur
Olivier Bernard
article
Journal of Process Control, 2011, 21 (10), pp.1378--1389. ⟨10.1016/j.jprocont.2011.07.012⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Modeling anaerobic digestion of microalgae using ADM1.
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
Bioresource Technology, 2011, 102 (13), pp.6823--6829
typdoc
Journal articles
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titre
Modelling neutral lipid production by the microalga Isochrysis affinis galbana under nitrogen limitation
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Pierre Masci, Thomas Lacour, Antoine Sciandra
article
Bioresource Technology, 2011, 102, pp.142-149. ⟨10.1016/j.biortech.2010.06.138⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
Algae as source of biofuel - Environmental assessment and ecodesign perspectives
auteur
Pierre Collet, Juliette Langlois, Melissa Cornelus, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard, Arnaud Helias
article
Conference Ecotech & tools, Nov 2011, Montpellier, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Numerical prediction of microalgae productivity and energy requirement during the cultivation process in raceway
auteur
Philipp Hartmann, Anne-Céline Boulanger, Jacques Sainte-Marie, Marie-Odile Bristeau, Kerstin Ebert, Antoine Sciandra, Olivier Bernard
article
Alg'n'Chem conference, Fédération française pour les sciences de la chimie, Nov 2011, Montpellier, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Testing the ability of ADM1 to represent the anaerobic digestion of microalgae
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
8. IWA Symposium on Systems Analysis and Integrated Assessment, Jun 2011, San Sebastian, Spain
typdoc
Conference papers
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https://hal.inrae.fr/hal-02745226/file/46951_20110628044829675_1.pdf BibTex
titre
Interval estimation of lipid quota in microalgae culture using dynamic tuning parameter
auteur
Francis Mairet, Marcelo Moisan, Olivier Bernard
article
9th IEEE International Conference on Control & Automation (IEEE ICCA 2011), 2011, Santiago, Chile. ⟨10.1109/ICCA.2011.6137953⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Anaerobic digestion of microalgae: evaluation of process performances using ADM1
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
Stic & Environnement 2011, 2011, Saint-Etienne, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
A Dynamic Model for Anaerobic Digestion of Microalgae
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer
article
IFAC World Congress, 2011, Milano, Italy. ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.02636⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Comparison of biogeochemical models with increasing complexity in photosynthesis formulation: the importance of taking into account photoadaptation in marine ecosystem models
auteur
Sakina-Dorothée Ayata, Olivier Aumont, Olivier Bernard, Marina Lévy
article
Advances in Marine Ecosystem Modelling Symposium 2011, 2011, Plymouth, United Kingdom
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Modelling microalgae growth in nitrogen limited photobiorector for estimating biomass, carbohydrate and neutral lipid productivities
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Thomas Lacour, Antoine Sciandra
article
IFAC World Congress, 2011, Milano, Italy. ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.03165⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Anaerobic Digestion of Microalgae: Identification for Optimization and Control
auteur
Elliot Cameron, Francis Mairet, Olivier Bernard, Monique Ras, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Benoît Chachuat
article
IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). Laxenburg, AUT., 2011, Milano, Italy. pp.5052-5057, ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.03196⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Can we produce biofuel from microalgae without a renewable source of electricity and heat?
auteur
Pierre Collet, Laurent Lardon, Arnaud Hélias, Stéphanie Bricout, Isabelle Lombaert-Valot, Béatrice Perrier, Olivier Lépine, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Algn'n'Chem conference, 2011, Montpellier, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Investigating photo inhibition processes in a novel Droop-Han modelling approach
auteur
Philipp Hartmann, Olivier Bernard
article
Proceedings of the Watermatex conference, 2011, San Sebastian, Spain
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Environmental assessment and ecodesign perspectives
auteur
Pierre Collet, Juliette Langlois, Melissa Cornelus, Laurent Lardon, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard, Arnaud Hélias
article
Ecotech-tools conference, 2011, Montpellier, France
typdoc
Conference papers
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BibTex

2010

Journal articles

titre
Modeling continuous cultures of microalgae colimited by nitrogen and phosphorus
auteur
Gaël Bougaran, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Journal of Theoretical Biology, 2010, 265 (3), pp.443. ⟨10.1016/j.jtbi.2010.04.018⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-00608413/file/PEER_stage2_10.1016%252Fj.jtbi.2010.04.018.pdf BibTex
titre
Asymptotically Stable Interval Observers for Planar Systems with Complex Poles
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
IEEE Transactions on Automatic Control, 2010, 55 (2), pp.523-527
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Interval observer-based estimator of specific growth rate in bioreactors
auteur
Francis Mairet, Marcello Moisan, Olivier Bernard
article
Journal Européen des Systèmes Automatisés (JESA), 2010, 44 (4-5), pp.493-507. ⟨10.3166/jesa.44.493-507⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Constrained Hybrid Neural Modelling of Biotechnological Processes
auteur
Asma Karama, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
International Journal of Chemical Reactor Engineering, 2010, 8, pp.A21. ⟨10.2202/1542-6580.2117⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex

Conference papers

titre
Design and steady-state operation of an algal bioreactor coupled to an anaerobic digester
auteur
Elliot Cameron, Francis Mairet, Anne-Laure Mouly, Monique Ras, Olivier Bernard, Jean-Philippe Steyer, Benoit Chachuat
article
IWA 2010 World Water Congress & Exhibition, Sep 2010, Montréal, Canada
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Time-varying interval observers for linear systems with additive disturbances
auteur
Frédéric Mazenc, Olivier Bernard
article
8th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS 2010), Sep 2010, Bologne, Italy
typdoc
Conference papers
Accès au bibtex
BibTex
titre
Modelling neutral lipid productivity in photobioreactors under nitrogen deprivency
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Pierre Masci, Thomas Lacour, Antoine Sciandra
article
8th European Workshop on Biotechnology of microalgae, 2010, Nuthetal, Germany
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Coupling biological and radiative models to describe microalgal growth in a photobioreactor
auteur
Francis Mairet, Mariana Titica, Olivier Bernard, Jeremy Pruvost
article
11th IFAC Symposium on Computer Applications in Biotechnology - CAB, 2010, Leuven, Belgium. pp.168-173, ⟨10.3182/20100707-3-BE-2012.0007⟩
typdoc
Conference papers
Accès au bibtex
BibTex
titre
Microalgal biomass surface productivity optimization based on a photobioreactor model
auteur
Pierre Masci, Frédéric Grognard, Olivier Bernard
article
11th IFAC Symposium on Computer Applications in Biotechnology - CAB, 2010, Leuven, Belgium. pp.180-185, ⟨10.3182/20100707-3-BE-2012.0014⟩
typdoc
Conference papers
Accès au bibtex
BibTex
titre
Hurdles and challenges for modelling and control of microalgae for CO2 mitigation and biofuel production
auteur
Olivier Bernard
article
9th International Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, 2010, Leuven, Belgium
typdoc
Conference papers
Accès au bibtex
BibTex
titre
Optimization of a photobioreactor biomass production using natural light
auteur
Frédéric Grognard, Andrei Akhmetzhanov, Pierre Masci, Olivier Bernard
article
49th IEEE Conference on Decision and Control, 2010, Atlanta, GA, United States. pp.4691-4696, ⟨10.1109/CDC.2010.5717185⟩
typdoc
Conference papers
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/1009.2137 BibTex
titre
Modelling lipid production in microalgae
auteur
Francis Mairet, Olivier Bernard, Pierre Masci, Thomas Lacour, Antoine Sciandra
article
DYnamics and COntrol of Process Systems - DYCOPS-2010, 2010, Leuven, Belgium. ⟨10.3182/20100705-3-BE-2011.00082⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Cell cycle modelling for microalgae grown under light/dark cycles
auteur
Christophe Mocquet, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
11th IFAC Symposium on Computer Applications in Biotechnology - CAB, 2010, Leuven, Belgium. pp.174-179, ⟨10.3182/20100707-3-BE-2012.0072⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Hurdles and challenges to extrapolate microalgal TAG production from lab to field: towards reliable numerical predictions
auteur
Olivier Bernard
article
8th European Workshop on Biotechnology of microalgae, 2010, Nuthetal, Germany
typdoc
Conference papers
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BibTex

Patents

titre
Procede de fixation de co2 et de traitement de dechets organiques par couplage d'un systeme de digestion anaerobie et d'un systeme de production de microorganismes phytoplanctoniques
auteur
Olivier Bernard, Gaël Bougaran, Jean-Paul Cadoret, Raymond Kaas, E. Latrille, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer
article
France, N° de brevet: WO 2010084274 A1. 2010
typdoc
Patents
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https://inria.hal.science/hal-00856191/file/BrevetFR2941157B1_1.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Anaerobic digestion of microalgae as a necessary step to make microalgal biodiesel sustainable.
auteur
Bruno Sialve, Nicolas Bernet, Olivier Bernard
article
Biotechnology Advances, 2009, 27 (4), pp.409-416. ⟨10.1016/j.biotechadv.2009.03.001⟩
typdoc
Journal articles
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00854465/file/2009_Sialve_Anaerobic_Digestion_Microalgae_SIALVE_Biotech_Adv.pdf BibTex
titre
Near optimal interval observers bundle for uncertain bioreactors
auteur
Marcelo Moisan, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
Automatica, 2009, 45 (1), pp.291-295. ⟨10.1016/j.automatica.2008.07.006⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
A simplified design for strict Lyapunov functions under Matrosov conditions
auteur
Frédéric Mazenc, Michael Malisoff, Olivier Bernard
article
IEEE Transactions on Automatic Control, 2009, 54 (1), pp.177-183. ⟨10.1109/TAC.2008.2008353⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Life-cycle assessment of biodiesel production from microalgae
auteur
Laurent Lardon, Arnaud Helias, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard
article
Environmental Science and Technology, 2009, 43 (17), pp.6475-6481. ⟨10.1021/es900705j⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex

Conference papers

titre
Interval Observers for Linear Systems with Delay
auteur
Frederic Mazenc, Silviu-Iulian Niculescu, Olivier Bernard
article
Joint 48th IEEE Conference on Decision and Control (CDC) / 28th Chinese Control Conference (CCC), Dec 2009, Shanghai, China. ⟨10.1109/CDC.2009.5399818⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Driving competition in a complex ecosystem: application to anaerobic digestion
auteur
Pierre Masci, Olivier Bernard, Frédéric Grognard, Eric Latrille, Jean-Baptiste Sorba, Jean-Philippe Steyer
article
European Control Conference, Aug 2009, Budapest, Hungary
typdoc
Conference papers
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01091826/file/masci_ECC2009.pdf BibTex
titre
Asymptotically stable interval observers for planar systems with complex poles
auteur
Frédéric F. Mazenc, Olivier Bernard
article
European control conference 2009 : ECC'09, Aug 2009, Budapest, Hungary
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
A photobioreactor model in nitrogen limited conditions
auteur
Olivier Bernard, Pierre Masci, Antoine Sciandra
article
Mathmod 09 - 6th Vienna International Conference on Mathematical Modelling, Feb 2009, Vienne, Austria
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-03523391/file/Bernard%20Masci%20Sciandra%20Matmod09%20ACTI.pdf BibTex
titre
Predictions of carbon fixation during a bloom of Emiliania huxleyi as a function of the regulating inorganic species
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra, Sophie Rabouille
article
Mathmod 2009 - 6th Vienna International Conference on Mathematical Modelling, Feb 2009, Vienne, Austria
typdoc
Conference papers
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03523367/file/Bernard%20et%20al%20Matmod09%20ACTI.pdf BibTex
titre
Modelling continuous cultures of microalgae colimited with nitrogen and phosphorus
auteur
Gael Bougaran, Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Mathmod 2009 - 6th Vienna International Conference on Mathematical Modelling, Feb 2009, Vienna, Austria
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-03523334/file/Bougaran%20et%20al%20Matmod09%20ACTI%20copie.pdf BibTex

Patents

titre
Bioréacteur et procédé pour la production de biogaz
auteur
Olivier Bernard, Jonathan Hess, Jean-Philippe Steyer, Eric Latrille
article
France, N° de brevet: FR 2925040 (A1) FR 2925040 (B1) EP 2231849 (A2) WO 2009101297 (A2). 2009, pp.1-34
typdoc
Patents
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https://hal.science/hal-01189742/file/BrevetFR2925040B1_1.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Projet Shamash : production de biocarburants lipidiques par des microalgues
auteur
Olivier Bernard, Christian Blonz, Bernard Hidoine
article
Interstices, 2008
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Generic analysis of the response of calcifying microalgae to an elevation of pCO2 : qualitative vs quantitative analysis
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra
article
Revue Africaine de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2008, Volume 9, 2007 Conference in Honor of Claude Lobry, 2008, pp.57-84. ⟨10.46298/arima.1892⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01277921/file/arima00905.pdf BibTex
titre
Modélisation : Des micro-algues numériques par Olivier Bernard et Antoine Sciandra. Entre complexité des modèles et fiabilité, entretien avec James Orr, propos recueillis par Dominique Chouchan.
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra, James Orr
article
Les Cahiers de l'INRIA - La Recherche, 2008, L' eau, 421 juillet/août 2008
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/inria-00546786/file/inria-n421-juil-aout08.pdf BibTex
titre
Estimation of a Reduced Model of the BSM1 Activated Sludge Wastewater Treatment Plant
auteur
O. Barrou, A. Karama, E.K. Lakhal, Olivier Bernard, Marie-Noëlle Pons, J.P. Corriou
article
International Journal of Chemical Reactor Engineering, 2008, 6, pp.Article A63
typdoc
Journal articles
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titre
Global stabilization of a class of partially known nonnegative systems
auteur
Ludovic Mailleret, Jean-Luc Gouzé, Olivier Bernard
article
Automatica, 2008, 44 (8), pp.2128-2134. ⟨10.1016/j.automatica.2007.12.006⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
Continuous Selection of the Fastest Growing Species in the Chemostat
auteur
Pierre Masci, Olivier Bernard, Frédéric Grognard
article
17th IFAC World Congress, Jul 2008, Seoul, South Korea. pp.9707-9712, ⟨10.3182/20080706-5-KR-1001.01642⟩
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01091821/file/masci_ifac.pdf BibTex
titre
Lyapunov functions and robustness analysis under Matrosov conditions with an application to biological systems
auteur
Frédéric Mazenc, Michael Malisoff, Olivier Bernard
article
American Control Conference 2008 : ACC 2008, Jun 2008, Seattle, United States. pp.2933 - 2938, ⟨10.1109/ACC.2008.4586941⟩
typdoc
Conference papers
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2006

Journal articles

titre
Stability analysis of a wastewater treatment plant with saturated control
auteur
Frédéric Grognard, Olivier Bernard
article
Water Science and Technology, 2006, 53 (1), pp.149-157. ⟨10.2166/wst.2006.017⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01090322/file/WST05grognard.pdf BibTex
titre
Lessons learnt from 15 years of ICA in anaerobic digesters
auteur
Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard, Damien John Batstone, Irini Angelidaki
article
Water Science and Technology, 2006, 53 (4-5), pp.25-33. ⟨10.2166/wst.2006.107⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
Modelling the response of the marine microalgae Emiliania huxleyi to an elevation of pCO2
auteur
Olivier Bernard, S Madani, Antoine Sciandra
article
Mathmod 2006 - 5th Vienna Conference on Mathematical Modelling, Feb 2006, Vienne, Austria
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-03542882/file/Bernard%20Madani%20Sciandra%20Mathmod05%202006.pdf BibTex

Book sections

titre
STATE ESTIMATION FOR WASTEWATER TREATMENT PROCESSES
auteur
Olivier Bernard, Benoit Chachuat, Jean-Philippe Steyer
article
Philippe Quevauviller. Wastewater Quality Monitoring and Wastewater Quality Monitoring and Treatment, 6 (6), John Wiley & Sons Ltd, 2006, Wastewater Monitoring; Water Quality Measurements, 10: 0-471-49929-3
typdoc
Book sections
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https://inria.hal.science/inria-00122496/file/Bernard_Chachuat_Steyer_060103.pdf BibTex

2005

Journal articles

titre
On the estimation of the pseudo-stoichiometric matrix for macroscopic mass balance modelling of biotechnological processes
auteur
Olivier Bernard, Georges Bastin
article
Mathematical Biosciences, 2005, 193, pp.51-77
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/inria-00122545/file/BernardBastinMBS6448.pdf BibTex
titre
Probabilistic Observers for a Class of Uncertain Biological Processes
auteur
Benoit Chachuat, Olivier Bernard
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2005, 16, pp.157-171
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/inria-00122551/file/ChachuatBernard_IJNRC.pdf BibTex
titre
Can we assess the model complexity for a bioprocess ? Theory and example of the anaerobic digestion process
auteur
Olivier Bernard, Benoit Chachuat, Arnaud Hélias, Jorge Rodriguez
article
Water Science and Technology, 2005, 53, pp.85-92
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/inria-00122500/file/Bernard_et_al_WST06.pdf BibTex
titre
Identification of reaction networks for bioprocesses: determination of a partially unknown pseudo-stoichiometric matrix
auteur
Olivier Bernard, Georges Bastin
article
Bioprocess and Biosystems Engineering, 2005, 27, pp.293-302
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/inria-00122549/file/Bernard_Bastin_BBE2.pdf BibTex

Conference papers

titre
An integrated system to remote monitor and control anaerobic wastewater treatment plant through the internet
auteur
Olivier Bernard, Benoit Chachuat, Arnaud Hélias, Bruno Le Dantec, Bruno Sialve, Jean-Philippe Steyer, Laurent Lardon, Pascal Neveu, Simon Lambert, Julian Gallop, Maurice Dixon, Paulo Ratini, Andreas Quintaba, Stefano Frattesi, Juan Lema, Enrique Roca, Gonzalo Ruiz, Jorge Rodriguez, Amayo Franco, Peter Vanrolleghem, U. Zaher, Dirk de Pauw, Kristof de Neve, Kristof Lievens, Denis Dochain, Olivier Schoefs, Hadrien Fibrianto, Roberto Farina, Victor Alcaraz-Gonzalez, Victor Gonzalez-Alvarez, Jose Antonio Martinez, F. Esandi, O. Duclaud, Jean-François Lavigne, Pierre Lemaire
article
10. IWA Congress on Anaerobic Digestion, Aug 2005, Montreal, Canada
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Lessons learnt from 15 years of ICA in anaerobic digesters
auteur
Jean-Philippe Steyer, Olivier Bernard, Damien John Batstone, Irini Angelidaki
article
2.IWA International Conference on Instrumentation, Control and Automation for Water and Wastewater Treatment and Transport Systems, May 2005, Busan, South Korea. ⟨10.2166/wst.2006.107⟩
typdoc
Conference papers
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2004

Journal articles

titre
A mechanistic modelling and data assimilation approach to estimate the carbon/chlorophyll and carbon/nitrogen ratios in a coupled hydrodynamical-biological model
auteur
Blaise Faugeras, Olivier Bernard, Antoine Sciandra, Marina Lévy
article
Nonlinear Processes in Geophysics, 2004, 11 (4), pp.515-533. ⟨10.5194/npg-11-515-2004⟩
typdoc
Journal articles
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https://hal.science/hal-00331073/file/npg-11-515-2004.pdf BibTex

Conference papers

titre
Stability analysis of a wastewater treatment plant with saturated control
auteur
Frédéric Grognard, Olivier Bernard
article
6th International Symposium on Systems Analysis and Integration Assessment (WATERMATEX 2004), Nov 2004, Beijing, China
typdoc
Conference papers
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https://inria.hal.science/hal-01091729/file/beijing.pdf BibTex

2003

Journal articles

titre
A multiscale micromechanics-hydration model for the early-age elastic properties of cement-based materials
auteur
Olivier Bernard, Franz-Josef Ulm, Éric Lemarchand
article
Cement and Concrete Research, 2003, 33 (9), pp.1293-1309. ⟨10.1016/S0008-8846(03)00039-5⟩
typdoc
Journal articles
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2002

Conference papers

titre
QUALITATIVE BEHAVIOUR OF A PHYTOPLANKTON GROWTH MODEL IN A PHOTOBIOREACTOR
auteur
Lionel Pawlowski, Olivier Bernard, Emilie Lefloc'H, Antoine Sciandra
article
15th IFAC World Congress, Jul 2002, Barcelone, Spain. pp.437 - 442, ⟨10.3182/20020721-6-ES-1901.01382⟩
typdoc
Conference papers
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2001

Journal articles

titre
A non-linear software sensor to monitor the internal nitrogen quota of phytoplanktonic cells
auteur
Olivier Bernard, Antoine Sciandra, Gauthier Sallet
article
Oceanologica Acta, 2001, 24 (5), pp.435 - 442. ⟨10.1016/S0399-1784(01)01155-0⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Involvement of the NF-κB pathway in the transforming properties of the TEL-Jak2 leukemogenic fusion protein
auteur
Susana Constantino Rosa Santos, Richard Monni, Isabelle Bouchaert, Olivier Bernard, Sylvie Gisselbrecht, Fabrice Gouilleux, Virginie Penard-Lacronique
article
FEBS Letters, 2001, 497 (2-3), pp.148-152. ⟨10.1016/s0014-5793(01)02452-8⟩
typdoc
Journal articles
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https://univ-tours.hal.science/hal-02427356/file/Involvement%20of%20the%20NF-UB%20pathway%20in%20the%20transforming%20properties%20of%20the.pdf BibTex
titre
Constitutively active STAT5 variants induce growth and survival of hematopoietic cells through a PI 3-kinase/Akt dependent pathway
auteur
Susana Constantino Rosa Santos, Virginie Lacronique, Isabelle Bouchaert, Richard Monni, Olivier Bernard, Sylvie Gisselbrecht, Fabrice Gouilleux
article
Oncogene, 2001, 20 (17), pp.2080-2090. ⟨10.1038/sj.onc.1204308⟩
typdoc
Journal articles
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https://univ-tours.hal.science/hal-02427359/file/Constitutively%20active%20STAT5%20variants%20induce%20growth%20and%20survival%20of.pdf BibTex

1999

Conference papers

titre
Use of non linear software sensor to monitor the internal state of a culture of microalgae
auteur
Olivier Bernard, Gauthier Sallet, Antoine Sciandra
article
IFAC World Congress, Jul 1999, Beijing, China. pp.5806 - 5811, ⟨10.1016/S1474-6670(17)56991-8⟩
typdoc
Conference papers
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1998

Conference papers

titre
High gain nonlinear softwares to monitore a culture of microalgae
auteur
Olivier Bernard, Gauthier Sallet, Antoine Sciandra
article
Actes du congrès Biodecision 98 (CD Rom), Feb 1998, Montpellier, France
typdoc
Conference papers
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