2020

titre

International electronic health record-derived COVID-19 clinical course profiles: the 4CE consortium

auteur_8max

Gabriel Brat, Griffin Weber, Nils Gehlenborg, Paul Avillach, Nathan Palmer, Luca Chiovato, James Cimino, Brett Beaulieu-Jones, Sehi L’ Yi, Mark Keller, Douglas Bell, Robert Follett, Lav Patel, Anne Jannot, Lemuel Waitman, Gilbert Omenn, Alberto Malovini, Jason Moore, Valentina Tibollo, Shawn Murphy, Riccardo Bellazzi, David Hanauer, Arnaud Serret-Larmande, Alba Gutierrez-Sacristan, John Holmes, Douglas Bell, Kenneth Mandl, Jeffrey Klann, Douglas Murad, Luigia Scudeller, Mauro Bucalo, Katie Kirchoff, Jean Craig, Jihad Obeid, Vianney Jouhet, Romain Griffier, Sébastien Cossin, Bertrand Moal, Antonio Bellasi, Hans Prokosch, Detlef Kraska, Piotr Sliz, Amelia Tan, Kee Yuan Ngiam, Alberto Zambelli, Danielle Mowery, Emily Schiver, Batsal Devkota, Robert Bradford, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Vincent Benoit, Romain Bey, Nicolas Paris, Patricia Serre, Nina Orlova, Julien Dubiel, Martin Hilka, Stephane Breant, Judith Leblanc, Nicolas Griffon, Anita Burgun, Melodie Bernaux, Arnaud Sandrin, Elisa Salamanca, Sylvie Cormont, Thomas Ganslandt, Tobias Gradinger, Julien Champ, Martin Boeker, Patricia Martel, Loïc Estève, Alexandre Gramfort, Olivier Grisel, Damien Leprovost, Thomas Moreau, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Demian Wassermann, Arthur Mensch, Charlotte Caucheteux, Christian Haverkamp, Guillaume Lemaître, Silvano Bosari, Andrew South, Tianxi Cai, Isaac Kohane

article

npj Digital Medicine, Nature Research 2020, 3 (1), pp.#109. ⟨10.1038/s41746-020-00308-0⟩

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titre

Beyond brain age: Empirically-derived proxy measures of mental health

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Gael Varoquaux, Josselin Houenou, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Denis Engemann

article

2020

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titre

Fine-grain atlases of functional modes for fMRI analysis

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Gaël Varoquaux, Antonia Machlouzarides-Shalit, Krzysztof Gorgolewski, Demian Wassermann, Bertrand Thirion, Arthur Mensch

article

NeuroImage, Elsevier, 2020, pp.117126

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titre

Neumann networks: differential programming for supervised learning with missing values

auteur_8max

Marine Le Morvan, Julie Josse, Thomas Moreau, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux

article

2020

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titre

On the consistency of supervised learning with missing values

auteur_8max

Julie Josse, Nicolas Prost, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux

article

2020

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titre

Combining magnetoencephalography with magnetic resonance imaging enhances learning of surrogate-biomarkers

auteur_8max

Denis Engemann, Oleh Kozynets, David Sabbagh, Guillaume Lemaître, Gaël Varoquaux, Franziskus Liem, Alexandre Gramfort

article

eLife, eLife Sciences Publication, 2020, ⟨10.7554/eLife.54055⟩

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titre

Predictive regression modeling with MEG/EEG: from source power to signals and cognitive states

auteur_8max

David Sabbagh, Pierre Ablin, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Denis Engemann

article

NeuroImage, Elsevier, 2020, ⟨10.1016/j.neuroimage.2020.116893⟩

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titre

NeuroQuery, comprehensive meta-analysis of human brain mapping

auteur_8max

Jérôme Dockès, Russell Poldrack, Romain Primet, Hande Gözükan, Tal Yarkoni, Fabian Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

eLife, eLife Sciences Publication, 2020

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titre

Fine-grain atlases of functional modes for fMRI analysis

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Gaël Varoquaux, Antonia Machlouzarides-Shalit, Krzysztof J. Gorgolewski, Demian Wassermann, Bertrand Thirion, Arthur Mensch

article

2020

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Survey of machine-learning experimental methods at NeurIPS2019 and ICLR2020

auteur_8max

Xavier Bouthillier, Gaël Varoquaux

article

[Research Report] Inria Saclay Ile de France. 2020

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titre

Encoding high-cardinality string categorical variables

auteur_8max

Patricio Cerda, Gaël Varoquaux

article

IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, In press, ⟨10.1109/TKDE.2020.2992529⟩

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titre

Linear predictor on linearly-generated data with missing values: non consistency and solutions

auteur_8max

Marine Le Morvan, Nicolas Prost, Julie Josse, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux

article

Proceedings of Machine Learning Research, PMLR, In press

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2019

titre

Comparing distributions: $l1$ geometry improves kernel two-sample testing

auteur_8max

Meyer Scetbon, Gaël Varoquaux

article

NeurIPS 2019 - 33th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada

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titre

Feature Grouping as a Stochastic Regularizer for High-Dimensional Structured Data

auteur_8max

Sergül Aydöre, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NeurIPS 2019 - 33th Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada

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titre

Manifold-regression to predict from MEG/EEG brain signals without source modeling

auteur_8max

David Sabbagh, Pierre Ablin, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Denis Engemann

article

NeurIPS 2019 - 33th Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada

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titre

Brain-based ranking of cognitive domains to predict schizophrenia

auteur_8max

Teresa Karrer, Danielle S. Bassett, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Angela Laird, Peter Fox, Simon Eickhoff, Olivier Grisel, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Human Brain Mapping, Wiley, 2019, ⟨10.1002/hbm.24716⟩

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titre

Benchmarking functional connectome-based predictive models for resting-state fMRI

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Mehdi Rahim, Alexandre Abraham, Darya Chyzhyk, Michael Milham, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, Elsevier, 2019, pp.115-134. ⟨10.1016/j.neuroimage.2019.02.062⟩

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titre

Predictive models avoid excessive reductionism in cognitive neuroimaging

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Russell Poldrack

article

Current Opinion in Neurobiology, Elsevier, In press, 55, ⟨10.1016/j.conb.2018.11.002⟩

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titre

Population shrinkage of covariance (PoSCE) for better individual brain functional-connectivity estimation

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Analysis, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/j.media.2019.03.001⟩

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2018

titre

Atlases of cognition with large-scale human brain mapping

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Russell Poldrack, Baptiste Gauthier, Danilo Bzdok, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14 (11), pp.e1006565. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006565⟩

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titre

Approximate message-passing for convex optimization with non-separable penalties

auteur_8max

Andre Manoel, Florent Krzakala, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Lenka Zdeborová

article

2018

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titre

Subspecialization within default mode nodes characterized in 10,000 UK Biobank participants

auteur_8max

Julius Kernbach, B Yeo, Jonathan Smallwood, Daniel Margulies, Michel Thiebaut de Schotten, Henrik Walter, Mert Sabuncu, Avram Holmes, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2018, ⟨10.1073/pnas.1804876115⟩

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titre

Extracting Universal Representations of Cognition across Brain-Imaging Studies

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

2018

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titre

Text to brain: predicting the spatial distribution of neuroimaging observations from text reports

auteur_8max

Jérôme Dockès, Demian Wassermann, Russell Poldrack, Fabian Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

MICCAI 2018 - 21st International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2018, Granada, Spain. pp.1-18

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titre

Shared Endo-phenotypes of Default Mode Dysfunction in Attention Deficit/Hyperactivity Disorder and Autism Spectrum Disorder

auteur_8max

Julius Kernbach, Theodore Satterthwaite, Danielle S. Bassett, Jonathan Smallwood, Daniel Margulies, Sarah Krall, Philip Shaw, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Kerstin Konrad, Danilo Bzdok

article

Translational Psychiatry, Nature Pub. Group, 2018

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titre

Individual Brain Charting, a high-resolution fMRI dataset for cognitive mapping

auteur_8max

Ana Pinho, Alexis Amadon, Torsten Ruest, Murielle Fabre, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Philippe Pinel, Evelyn Eger, Gael Varoquaux, Christophe Pallier, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion

article

Scientific Data , Nature Publishing Group, 2018, 5, pp.180105. ⟨10.1038/sdata.2018.105⟩

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titre

Similarity encoding for learning with dirty categorical variables

auteur_8max

Patricio Cerda, Gaël Varoquaux, Balázs Kégl

article

Machine Learning, Springer Verlag, 2018, ⟨10.1007/s10994-018-5724-2⟩

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titre

Controlling a confound in predictive models with a test set minimizing its effect

auteur_8max

Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Michael Milham

article

PRNI 2018 - 8th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2018, Singapore, Singapore. pp.1-4

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titre

Prediction and inference diverge in biomedicine: Simulations and real-world data

auteur_8max

Danilo Bzdok, Denis Engemann, Olivier Grisel, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

2018

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titre

Inter-subject registration of functional images: do we need anatomical images ?

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Frontiers in Neuroscience, Frontiers, In press

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titre

Different shades of default mode disturbance in schizophrenia: Subnodal covariance estimation in structure and function

auteur_8max

Jeremy Lefort-Besnard, Danielle S Bassett, Jonathan Smallwood, Daniel S. Margulies, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Simon Eickhoff, Danilo Bzdok

article

Human Brain Mapping, Wiley, 2018, pp.1-52

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titre

Stochastic Subsampling for Factorizing Huge Matrices

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

IEEE Transactions on Signal Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2018, 66 (1), pp.113-128. ⟨10.1109/TSP.2017.2752697⟩

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titre

Patterns of Schizophrenia Symptoms: Hidden Structure in the PANSS Questionnaire

auteur_8max

Jeremy Lefort-Besnard, Gaël Varoquaux, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Iris Sommer, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Translational Psychiatry, Nature Pub. Group, In press, ⟨10.1038/s41398-018-0294-4⟩

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titre

Atlases of cognition with large-scale brain mapping

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Russell Poldrack, Baptiste Gauthier, Danilo Bzdok, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, In press

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2017

titre

Learning Neural Representations of Human Cognition across Many fMRI Studies

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, United States

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titre

Label scarcity in biomedicine: Data-rich latent factor discovery enhances phenotype prediction

auteur_8max

Marc-Andre Schulz, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Neural Information Processing Systems, Machine Learning in Health Workshop, Dec 2017, Long Beach, United States

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titre

Population-shrinkage of covariance to estimate better brain functional connectivity

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Interventions, Sep 2017, Quebec city, Canada

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titre

Relating Brain Structures To Open-Ended Descriptions Of Cognition

auteur_8max

Jérôme Dockès, Olivier Grisel, Joan Massich, Fabian Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

CCN 2017 - Conference on Cognitive Computational Neuroscience, Sep 2017, New York, United States. 10 (2), pp.59 - 63, 2017, ⟨10.1016/j.tics.2005.12.004⟩

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titre

Decoding fMRI activity in the time domain improves classification performance

auteur_8max

João Loula, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.08.018⟩

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titre

Learning to Discover Sparse Graphical Models

auteur_8max

Eugene Belilovsky, Kyle Kastner, Gaël Varoquaux, Matthew Blaschko

article

International Conference on Machine Learning , Aug 2017, Sydney, Australia

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titre

Hierarchical Region-Network Sparsity for High-Dimensional Inference in Brain Imaging

auteur_8max

Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

International conference on Information Processing in Medical Imaging (IPMI) 2017, Jun 2017, Boone, North Carolina, United States

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titre

Joint prediction of multiple scores captures better individual traits from brain images

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok, Irène Buvat, Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.06.072⟩

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titre

Cross-validation failure: small sample sizes lead to large error bars

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.06.061⟩

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titre

Towards a Faster Randomized Parcellation Based Inference

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

PRNI 2017 - 7th International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2017, Toronto, Canada

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titre

Multi-output predictions from neuroimaging: assessing reduced-rank linear models

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI 2017 - The 7th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2017, Toronto, Canada. pp.1 - 4, ⟨10.1109/PRNI.2017.7981504⟩

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Distinct alterations in Parkinson's Medication-state and Disease-state Connectivity Running Title: PD altered connectivity

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael Greicius, Kathleen Poston

article

Neuroimage-Clinical, Elsevier, 2017

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titre

FReM – scalable and stable decoding with fast regularized ensemble of models

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, Elsevier, 2017, pp.1-16. ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.10.005⟩

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2016

titre

Subsampled online matrix factorization with convergence guarantees

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NIPS Workshop on Optimization for Machine Learning, Dec 2016, Barcelone, Spain

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titre

Testing for Differences in Gaussian Graphical Models: Applications to Brain Connectivity

auteur_8max

Eugene Belilovsky, Gaël Varoquaux, Matthew B. Blaschko

article

Neural Information Processing Systems (NIPS) 2016, Dec 2016, Barcelona, Spain

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titre

Learning brain regions via large-scale online structured sparse dictionary-learning

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Neural Information Processing Systems (NIPS), Dec 2016, Barcelona, Spain

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titre

Deriving reproducible biomarkers from multi-site resting-state data: An Autism-based example

auteur_8max

Alexandre Abraham, Michael Milham, Adriana Di Martino, R. Cameron Craddock, Dimitris Samaras, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.045⟩

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titre

Exploring the anatomical encoding of voice with a mathematical model of the vocal system.

auteur_8max

M Florencia Assaneo, Jacobo Sitt, Gaël Varoquaux, Mariano Sigman, Laurent Cohen, Marcos A Trevisan

article

NeuroImage, Elsevier, 2016, 141, pp.31-9. ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.07.033⟩

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titre

Predicting brain-age from multimodal imaging data captures cognitive impairment

auteur_8max

Franziskus Liem, Gaël Varoquaux, Jana Kynast, Frauke Beyer, Shahrzad Kharabian Masouleh, Julia M. Huntenburg, Leonie Lampe, Mehdi Rahim, Alexandre Abraham, R. Cameron Craddock, Steffi Riedel-Heller, Tobias Luck, Markus Loeffler, Matthias L. Schroeter, Anja Veronica Witte, Daniel S. Margulies

article

NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.11.005⟩

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titre

Transmodal Learning of Functional Networks for Alzheimer's Disease Prediction

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Claude Comtat, Gaël Varoquaux

article

IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, IEEE, 2016, 10 (7), pp.1204 - 1213. ⟨10.1109/JSTSP.2016.2600400⟩

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titre

Recursive nearest agglomeration (ReNA): fast clustering for approximation of structured signals

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Jonas Kahn, Bertrand Thirion

article

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Institute of Electrical and Electronics Engineers, In press, XX, ⟨10.1109/TPAMI.2018.2815524⟩

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titre

Neuroimaging Research: From Null-Hypothesis Falsification to Out-of-sample Generalization

auteur_8max

Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Educational and Psychological Measurement, SAGE Publications, 2016

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titre

The Brain Imaging Data Structure: a format for organizing and describing neuroimaging data

auteur_8max

Krzysztof Gorgolewski, Tibor Auer, Vince D Calhoun, Cameron Craddock, Samir Das, Eugene Duff, Guillaume Flandin, Satrajit Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, B. Nolan Nichols, Thomas E Nichols, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, Jessica Turner, Gaël Varoquaux, Russell Poldrack

article

22nd Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2016), Jun 2016, Geneva, Switzerland

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titre

Fast brain decoding with random sampling and random projections

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

PRNI 2016: the 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy

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titre

Comparing functional connectivity based predictive models across datasets

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Alexandre Abraham, Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI 2016: 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy

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titre

Social-sparsity brain decoders: faster spatial sparsity

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Matthieu Kowalski, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2016, Trento, Italy

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titre

The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments

auteur_8max

Krzysztof Gorgolewski, Tibor Auer, Vince Calhoun, Cameron Craddock, Samir Das, Eugene Duff, Guillaume Flandin, Satrajit Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, Nolan Nichols, Thomas Nichols, John Pellman, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, William Triplett, Jessica Turner, Gaël Varoquaux, Russell Poldrack

article

Scientific Data , Nature Publishing Group, 2016, 3, pp.160044. ⟨10.1038/sdata.2016.44⟩

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titre

Dictionary Learning for Massive Matrix Factorization

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

International Conference on Machine Learning, Jun 2016, New York, United States. pp.1737-1746

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titre

Formal Models of the Network Co-occurrence Underlying Mental Operations

auteur_8max

Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Michael Eickenberg, Cyril Poupon, Bertrand Thirion

article

PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, ⟨10.1371/journal.pcbi.1004994⟩

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titre

Compressed Online Dictionary Learning for Fast Resting-State fMRI Decomposition

auteur_8max

Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

International Symposium on Biomedical Imaging, IEEE, Apr 2016, Prague, Czech Republic. pp.1282-1285, ⟨10.1109/ISBI.2016.7493501⟩

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titre

Local Q-Linear Convergence and Finite-time Active Set Identification of ADMM on a Class of Penalized Regression Problems

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

ICASSP, International Conference on Acoustics, Speach, and Signal Processing, Mar 2016, http://icassp2016.org/default.asp, China

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titre

Connectivity-Based Parcellation: Critique and Implications

auteur_8max

Simon Eickhoff, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Danilo Bzdok

article

Human Brain Mapping, Wiley, 2016, pp.22. ⟨10.1002/hbm.22933⟩

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titre

Beyond computational reproducibility, let us aim for reusability

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

IEEE CIS Newsletter on Cognitive and Developmental Systems, IEEE CIS Technical Committee on CDS, 2016, What is Computational Reproducibility?, 13 (2)

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titre

Assessing and tuning brain decoders: cross-validation, caveats, and guidelines

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Pradeep Reddy Raamana, Denis Engemann, Andrés Hoyos-Idrobo, Yannick Schwartz, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.038⟩

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titre

Seeing it all: Convolutional network layers map the function of the human visual system

auteur_8max

Michael Eickenberg, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.001⟩

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2015

titre

Semi-Supervised Factored Logistic Regression for High-Dimensional Neuroimaging Data

auteur_8max

Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Olivier Grisel, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NIPS'15: 28th International Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2015, Montreal, Canada

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titre

Integrating Multimodal Priors in Predictive Models for the Functional Characterization of Alzheimer's Disease

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Alexandre Abraham, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Claude Comtat, Gael Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2015, Munich, Germany. ⟨10.1007/978-3-319-24553-9_26⟩

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titre

Total Variation meets Sparsity: statistical learning with segmenting penalties

auteur_8max

Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer Aided Intervention (MICCAI), Oct 2015, München, Germany

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titre

FAASTA: A fast solver for total-variation regularization of ill-conditioned problems with application to brain imaging

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertand Thirion

article

Colloque GRETSI, P. Gonçalves, P. Abry, Sep 2015, Lyon, France

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titre

Fast clustering for scalable statistical analysis on structured images

auteur_8max

Bertrand Thirion, Andrés Hoyos-Idrobo, Jonas Kahn, Gaël Varoquaux

article

ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Bertrand Thirion, Lars Kai Hansen, Sanmi Koyejo, Jul 2015, Lille, France

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titre

Correlations of correlations are not reliable statistics: implications for multivariate pattern analysis.

auteur_8max

Bertrand Thirion, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux

article

ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Bertrand Thirion, Lars Kai Hansen, Sanmi Koyejo, Jul 2015, Lille, France

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titre

Convex relaxations of penalties for sparse correlated variables with bounded total variation

auteur_8max

Eugene Belilovsky, Andreas Argyriou, Gaël Varoquaux, Matthew Blaschko

article

Machine Learning, Springer Verlag, 2015, pp.1-21. ⟨10.1007/s10994-015-5511-2⟩

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titre

NeuroVault.org: new features and a proof of concept analysis

auteur_8max

Krzysztof Gorgolewski, Gaël Varoquaux, Gabriel Rivera, Joseph Wexler, Yannick Schwartz, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Thomas E Nichols, Jean Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies, Russell Poldrack

article

21st Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2015), Jun 2015, Honolulu, United States

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titre

SpaceNet: Multivariate brain decoding and segmentation

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

OHBM, Jun 2015, Honolulu, Hawaii, United States

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titre

Speeding-up model-selection in GraphNet via early-stopping and univariate feature-screening

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI, Jun 2015, Stanford, United States

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titre

Improving sparse recovery on structured images with bagged clustering

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

International Workshop On Pattern Recognition In Neuroimaging (PRNI), 2015, Jun 2015, Palo alto, United States

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NeuroVault.org: a web-based repository for collecting and sharing unthresholded statistical maps of the human brain

auteur_8max

Krzysztof Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwarz, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Vanessa Sochat, Thomas Nichols, Russell Poldrack, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies

article

Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2015, 9 (8), ⟨10.3389/fninf.2015.00008⟩

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NeuroVault.org: A repository for sharing unthresholded statistical maps, parcellations, and atlases of the human brain

auteur_8max

Krzysztof Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwartz, Vanessa Sochat, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Thomas Nichols, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies, Russell Poldrack

article

NeuroImage, Elsevier, 2015, 124 (Pt B), pp.1242-1244. ⟨10.1016/j.neuroimage.2015.04.016⟩

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titre

Transport on Riemannian Manifold for Connectivity-based Brain Decoding

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael D Greicius, Bertrand Thirion

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, PP (99), pp.9. ⟨10.1109/TMI.2015.2463723⟩

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titre

Scipy Lecture Notes

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Emmanuelle Gouillart, Olav Vahtras, Valentin Haenel, Nicolas P. Rougier, Ralf Gommers, Fabian Pedregosa, Zbigniew Jędrzejewski-Szmek, Pauli Virtanen, Christophe Combelles, Didrik Pinte, Robert Cimrman, André Espaze, Adrien Chauve, Christopher Burns

article

Zenodo, 2015, ⟨10.5281/zenodo.31736⟩

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2014

titre

Identification of Mood-Relevant Brain Connections Using a Continuous, Subject-Driven Rumination Paradigm.

auteur_8max

Anna-Clare Milazzo, Bernard Ng, Heidi Jiang, William Shirer, Gael Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael D Greicius

article

Cerebral Cortex, Oxford University Press (OUP), 2014, pp.12

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titre

Principal Component Regression predicts functional responses across individuals

auteur_8max

Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Cyril Poupon, Philippe Pinel

article

MICCAI, Sep 2014, Boston, United States

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titre

Deriving a multi-subject functional-connectivity atlas to inform connectome estimation

auteur_8max

Ronald Phlypo, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2014, Boston, United States. pp.185-192, ⟨10.1007/978-3-319-10443-0_24⟩

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titre

Transport on Riemannian Manifold for Functional Connectivity-based Classification

auteur_8max

Bernard Ng, Martin Dressler, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael Greicius, Bertrand Thirion

article

MICCAI - 17th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Polina Golland, Sep 2014, Boston, United States

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titre

Region segmentation for sparse decompositions: better brain parcellations from rest fMRI

auteur_8max

Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gael Varoquaux

article

Sparsity Techniques in Medical Imaging, Sep 2014, Boston, United States. pp.8

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titre

Benchmarking solvers for TV-l1 least-squares and logistic regression in brain imaging

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI 2014 - 4th International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2014, Tübingen, Germany

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titre

Which fMRI clustering gives good brain parcellations?

auteur_8max

Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Elvis Dohmatob, Jean-Baptiste Poline

article

Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2014, 8 (167), pp.13. ⟨10.3389/fnins.2014.00167⟩

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titre

Machine Learning Patterns for Neuroimaging-Genetic Studies in the Cloud

auteur_8max

Benoit da Mota, Radu Tudoran, Alexandru Costan, Gaël Varoquaux, Goetz Brasche, Patricia J. Conrod, Hervé Lemaitre, Tomáš Paus, Marcella Rietschel, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion

article

Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2014, Recent advances and the future generation of neuroinformatics infrastructure, 8, ⟨10.3389/fninf.2014.00031⟩

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titre

How machine learning is shaping cognitive neuroimaging

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

GigaScience, BioMed Central, 2014, 3, pp.28. ⟨10.1186/2047-217X-3-28⟩

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2013

titre

Mapping cognitive ontologies to and from the brain

auteur_8max

Yannick Schwartz, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NIPS (Neural Information Processing Systems), Dec 2013, United States

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titre

Machine Learning for Neuroimaging with Scikit-Learn

auteur_8max

Alexandre Abraham, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Philippe Gervais, Andreas Muller, Jean Kossaifi, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2013, pp.15. ⟨10.3389/fninf.2014.00014⟩

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titre

Randomized parcellation based inference.

auteur_8max

Benoit da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Tobias Banaschewski, Gareth J. Barker, Arun L. W. Bokde, Uli Bromberg, Patricia J. Conrod, Jürgen Gallinat, Hugh Garavan, Jean-Luc Martinot, Frauke Nees, Tomáš Paus, Zdenka Pausova, Marcella Rietschel, Michael N. Smolka, Andreas Ströhle, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, Elsevier, 2013, epub ahead of print. ⟨10.1016/j.neuroimage.2013.11.012⟩

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titre

Learning and comparing functional connectomes across subjects

auteur_8max

Gaël Varoquaux, R. Cameron Craddock

article

NeuroImage, Elsevier, 2013, 80, pp.405-415. ⟨10.1016/j.neuroimage.2013.04.007⟩

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titre

API design for machine learning software: experiences from the scikit-learn project

auteur_8max

Lars Buitinck, Gilles Louppe, Mathieu Blondel, Fabian Pedregosa, Andreas Mueller, Olivier Grisel, Vlad Niculae, Peter Prettenhofer, Alexandre Gramfort, Jaques Grobler, Robert Layton, Jake Vanderplas, Arnaud Joly, Brian Holt, Gaël Varoquaux

article

European Conference on Machine Learning and Principles and Practices of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2013, Prague, Czech Republic

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titre

Enhancing the Reproducibility of Group Analysis with Randomized Brain Parcellations

auteur_8max

Benoit da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan

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titre

Implications of Inconsistencies between fMRI and dMRI on Multimodal Connectivity Estimation

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Kensaku Mori, Sep 2013, Nagoya, Japan

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titre

Extracting brain regions from rest fMRI with Total-Variation constrained dictionary learning

auteur_8max

Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gaël Varoquaux

article

MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan

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A framework for inter-subject prediction of functional connectivity from structural networks

auteur_8max

Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, David Sharp, Christian Ledig, Robert Leech, Daniel Rueckert

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, epub ahead of print, ⟨10.1109/TMI.2013.2276916⟩

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titre

A Novel Sparse Group Gaussian Graphical Model for Functional Connectivity Estimation

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Information Processing in Medical Imaging, Jun 2013, Asilomar, United States

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titre

Cohort-level brain mapping: learning cognitive atoms to single out specialized regions

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Philippe Pinel, Bertrand Thirion

article

IPMI - Information Processing in Medical Imaging - 2013, William M. Wells, Sarang Joshi, Kilian M. Pohl, Jun 2013, Asilomar, United States. pp.438-449, ⟨10.1007/978-3-642-38868-2_37⟩

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titre

A Comparison of Metrics and Algorithms for Fiber Clustering

auteur_8max

Viviana Siless, Sergio Medina, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States

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titre

Hemodynamic estimation based on Consensus Clustering

auteur_8max

Solveig Badillo, Gaël Varoquaux, Philippe Ciuciu

article

PRNI 2013 -- 3rd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States

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titre

Robust Group-Level Inference in Neuroimaging Genetic Studies

auteur_8max

Virgile Fritsch, Benoit da Mota, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Eva Loth, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2013, Philadelphie, United States

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titre

Identifying predictive regions from fMRI with TV-L1 prior

auteur_8max

Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Pattern Recognition in Neuroimaging (PRNI), Jun 2013, Philadelphia, United States

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titre

Spatial vs. Temporal Features in ICA of Resting-State fMRI - A Quantitative and Qualitative Investigation in the Context of Response Inhibition

auteur_8max

Lixia Tian, Yazhuo Kong, Juejing Ren, Gaël Varoquaux, Yufeng Zang, Stephen Smith

article

PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, ⟨10.1371/journal.pone.0066572⟩

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titre

Publishing scientific software matters

auteur_8max

Christophe Pradal, Gaël Varoquaux, Hans Peter Langtangen

article

Journal of computational science, Elsevier, 2013, 4 (5), pp.311 - 312. ⟨10.1016/j.jocs.2013.08.001⟩

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2012

titre

Hyperfrontality and hypoconnectivity during refreshing in schizophrenia.

auteur_8max

Marie-Laure Grillon, Catherine Oppenheim, Gaël Varoquaux, Frédérique Charbonneau, Anne-Dominique Devauchelle, Marie-Odile Krebs, Franck Bayle, Bertrand Thirion, Caroline Huron

article

Psychiatry Research: Neuroimaging, Elsevier, 2012, 211 (3), pp.226-233. ⟨10.1016/j.pscychresns.2012.09.001⟩

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titre

A MapReduce Approach for Ridge Regression in Neuroimaging-Genetic Studies

auteur_8max

Benoit da Mota, Michael Eickenberg, Soizic Laguitton, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

DCICTIA-MICCAI - Data- and Compute-Intensive Clinical and Translational Imaging Applications in conjonction with the 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2012, Oct 2012, Nice, France

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titre

Non-parametric Density Modeling and Outlier Detection in Medical Imaging Datasets

auteur_8max

Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Machine Learning in Medical Imaging - Miccai 2012 workshop, Oct 2012, Nice, France. pp.207-214

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titre

Improving accuracy and power with transfer learning using a meta-analytic database

auteur_8max

Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Philippe Pinel, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

MICCAI, Oct 2012, Nice, France. pp.1-8

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titre

A Novel Sparse Graphical Approach for Multimodal Brain Connectivity Inference

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France

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titre

Learning to rank from medical imaging data

auteur_8max

Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort

article

Third International Workshop on Machine Learning in Medical Imaging - MLMI 2012, INRIA, Oct 2012, Nice, France

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titre

A fast computational framework for genome-wide association studies with neuroimaging data

auteur_8max

Benoit da Mota, Vincent Frouin, Edouard Duchesnay, Soizic Laguitton, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

20th International Conference on Computational Statistics (COMPSTAT 2012), Aug 2012, Limassol, Cyprus

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titre

Decoding Visual Percepts Induced by Word Reading with fMRI

auteur_8max

Alexandre Gramfort, Christophe Pallier, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in NeuroImaging (PRNI), 2012 International Workshop on, Jul 2012, Londres, United Kingdom. pp.13-16, ⟨10.1109/PRNI.2012.20⟩

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titre

On spatial selectivity and prediction across conditions with fMRI

auteur_8max

Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom. pp.53-56

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titre

Connectivity-informed Sparse Classifiers for fMRI Brain Decoding

auteur_8max

Bernard Ng, Viviana Siless, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Rafeef Abugharbieh

article

Pattern Recognition in Neuroimaging, Christos Davatzikos, Moritz Grosse-Wentrup, Janaina Mourao-Miranda, Dimitri Van De Ville, Jul 2012, London, United Kingdom

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titre

Improved brain pattern recovery through ranking approaches

auteur_8max

Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort

article

PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom

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titre

Small-sample brain mapping: sparse recovery on spatially correlated designs with randomization and clustering

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion

article

International Conference on Machine Learning, Andrew McCallum, Jun 2012, Edimbourg, United Kingdom

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titre

PyXNAT: XNAT in Python

auteur_8max

Yannick Schwartz, Alexis Barbot, Benjamin Thyreau, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Aditya Siram, Daniel Marcus, Jean-Baptiste Poline

article

Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2012, 6 (12), pp.1-14. ⟨10.3389/fninf.2012.00012⟩

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titre

Detecting Outliers in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Robust Covariance Estimators

auteur_8max

Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Benjamin Thyreau, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Analysis, Elsevier, 2012, 16, pp.1359-1370. ⟨10.1016/j.media.2012.05.002⟩

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titre

Markov models for fMRI correlation structure: is brain functional connectivity small world, or decomposable into networks?

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Journal of Physiology - Paris, Elsevier, 2012, 106, pp.212-221. ⟨10.1016/j.jphysparis.2012.01.001⟩

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titre

In Situ Synchrotron Microtomography Reveals Multiple Reaction Pathways During Soda-Lime Glass Synthesis

auteur_8max

Emmanuelle Gouillart, Michael-J. Toplis, Julien Grynberg, Marie-Hélène Chopinet, Elin Sondergard, Luc Salvo, Michel Suéry, Marco Di Michiel, Gaël Varoquaux

article

Journal of the American Ceramic Society, Wiley, 2012, 95 (5), pp.1504-1507. ⟨10.1111/j.1551-2916.2012.05151.x⟩

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titre

Changing computational research. The challenges ahead.

auteur_8max

Cameron Neylon, Jan Aerts, C Titus Brown, Simon J Coles, Les Hatton, Daniel Lemire, K Jarrod Millman, Peter Murray-Rust, Fernando Perez, Neil Saunders, Nigam Shah, Arfon Smith, Gaël Varoquaux, Egon Willighagen

article

Source Code for Biology and Medicine, BioMed Central, 2012, 7 (2), pp.2. ⟨10.1186/1751-0473-7-2⟩

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2011

titre

A Comparative Study of Algorithms for Intra- and Inter-subjects fMRI Decoding

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

MLINI - Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging - 2011, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. pp.1-8, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_1⟩

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titre

Statistical Learning for Resting-State fMRI: Successes and Challenges

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging, NIPS workshop, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. pp.172-177, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_22⟩

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titre

Beyond brain reading: randomized sparsity and clustering to simultaneously predict and identify

auteur_8max

Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NIPS 2011 MLINI Workshop, Dec 2011, Granada, Spain. pp.9-16, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_2⟩

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titre

Scikit-learn: Machine Learning in Python

auteur_8max

Fabian Pedregosa, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Vincent Michel, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Mathieu Blondel, Peter Prettenhofer, Ron Weiss, Vincent Dubourg, Jake Vanderplas, Alexandre Passos, David Cournapeau, Matthieu Brucher, Matthieu Perrot, Édouard Duchesnay

article

Journal of Machine Learning Research, Microtome Publishing, 2011

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titre

Detecting Outlying Subjects in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Regularized Minimum Covariance Determinant

auteur_8max

Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Thyreau Benjamin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. pp. 264-271, ⟨10.1007/978-3-642-23626-6_33⟩

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titre

Connectivity-informed fMRI Activation Detection

auteur_8max

Bernard Ng, Abugharbieh Rafeef, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computed Aided Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.285-292, ⟨10.1007/978-3-642-23629-7_35⟩

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titre

A probabilistic framework to infer brain functional connectivity from anatomical connections

auteur_8max

Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Emma Robinson, David Sharp, David Edwards, Daniel Rueckert

article

Information Processing in Medical Imaging, Gábor Székely, Horst Hahn, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. pp.296-307, ⟨10.1007/978-3-642-22092-0_25⟩

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titre

Multi-subject dictionary learning to segment an atlas of brain spontaneous activity

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Fabian Pedregosa, Vincent Michel, Bertrand Thirion

article

Information Processing in Medical Imaging, Gábor Székely, Horst Hahn, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. pp.562-573, ⟨10.1007/978-3-642-22092-0_46⟩

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titre

A supervised clustering approach for fMRI-based inference of brain states

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Christine Keribin, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition, Elsevier, 2011, epub ahead of print. ⟨10.1016/j.patcog.2011.04.006⟩

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MULTIFRACTAL ANALYSIS OF RESTING STATE NETWORKS IN FUNCTIONAL MRI

auteur_8max

Philippe Ciuciu, Gaël Varoquaux, Patrice Abry, Moty Almog

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2011, Chicago, United States. paper ID 1544

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titre

The NumPy array: a structure for efficient numerical computation

auteur_8max

Stefan van der Walt, S. Chris Colbert, Gaël Varoquaux

article

Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 13 (2), pp.22-30. ⟨10.1109/MCSE.2011.37⟩

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titre

Total variation regularization for fMRI-based prediction of behaviour.

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Bertrand Thirion

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 30 (7), pp.1328 - 1340. ⟨10.1109/TMI.2011.2113378⟩

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titre

Mayavi: 3D visualization of scientific data

auteur_8max

Prabhu Ramachandran, Gaël Varoquaux

article

Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 13 (2), pp.40-51. ⟨10.1109/MCSE.2011.35⟩

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2010

titre

Brain covariance selection: better individual functional connectivity models using population prior

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Advances in Neural Information Processing Systems, John Lafferty, Dec 2010, Vancouver, Canada

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titre

Accurate Definition of Brain Regions Position Through the Functional Landmark Approach

auteur_8max

Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline

article

13th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2010, Beijing, China

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titre

Detection of brain functional-connectivity difference in post-stroke patients using group-level covariance modeling

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Flore Baronnet, Andreas Kleinschmidt, Pierre Fillard, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Added Intervention, Tianzi Jiang, Sep 2010, Beijing, China. ⟨10.1007/978-3-642-15705-9_25⟩

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Total Variation regularization enhances regression-based brain activity prediction

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

1st ICPR Workshop on Brain Decoding - Pattern recognition challenges in neuroimaging - 20th International Conference on Pattern Recognition, Aug 2010, Istanbul, Turkey. pp.9-12, ⟨10.1109/WBD.2010.13⟩

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titre

A group model for stable multi-subject ICA on fMRI datasets.

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Philippe Pinel, Andreas Kleinschmidt, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, Elsevier, 2010, 51 (1), pp.288-99. ⟨10.1016/j.neuroimage.2010.02.010⟩

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titre

ICA-based sparse feature recovery from fMRI datasets

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Merlin Keller, Jean Baptiste Poline, Philippe Ciuciu, Bertrand Thirion

article

Biomedical Imaging, IEEE International Symposium on, Apr 2010, Rotterdam, Netherlands. pp.1177

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2009

titre

How to estimate the differential acceleration in a two-species atom interferometer to test the equivalence principle

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Rémi Geiger, Patrick Cheinet, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

New Journal of Physics, Institute of Physics: Open Access Journals, 2009, 11, pp.113010. ⟨10.1088/1367-2630/11/11/113010⟩

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titre

CanICA: Model-based extraction of reproducible group-level ICA patterns from fMRI time series

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Aided Intervention, Sep 2009, London, United Kingdom. pp.1

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titre

Proceedings of the 8th Python in Science conference

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Stefan van der Walt, Jarrod Millman

article

SciPy 2009: 8th Python in Science Conference, Aug 2009, Pasadena, United States. pp.1-78

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titre

Light-pulse atom interferometry in microgravity

auteur_8max

Guillaume Stern, Baptiste Battelier, Rémi Geiger, Gaël Varoquaux, André Villing, Frédéric Moron, Olivier Carraz, Nassim Zahzam, Yannick Bidel, Oualid Chaibi, Frank Pereira dos Santos, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

The European Physical Journal D : Atomic, molecular, optical and plasma physics, EDP Sciences, 2009, 53 (3), pp.353. ⟨10.1140/epjd/e2009-00150-5⟩

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titre

Python comme langage scientifique

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

Linux Magazine France, Diamond Editions, 2009, Explorer les richesses du langage Python, 40

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2008

titre

Mayavi: Making 3D Data Visualization Reusable

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Prabhu Ramachandran

article

SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. pp.51

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titre

Proceedings of the 7th Python in Science conference

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Travis Vaught, Jarrod Millman

article

SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. pp.1-78

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Agile Computer Control of a Complex Experiment

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2008, 10 (2), pp.55-59. ⟨10.1109/MCSE.2008.47⟩

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Atomic sources for long-time-of-flight interferometric inertial sensors

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

Atomic Physics [physics.atom-ph]. Université Paris Sud - Paris XI; Institut d'Optique, 2008. English

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Sagnac effect in superfluid liquids

auteur_8max

Eric Varoquaux, Gaël Varoquaux

article

Uspekhi Fizicheskikh Nauk, 2008, 51 (2), pp.205-208. ⟨10.1070/PU2008v051n02ABEH006425⟩

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titre

Effects of disorder in 2D

auteur_8max

Jean-Philippe Brantut, Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Thomas Bourdel, Alain Aspect, Philippe Bouyer

article

Latsis, Jan 2008, Lausanne, Switzerland

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Light-shift tomography in an optical-dipole trap for neutral atoms

auteur_8max

Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer

article

Physical Review A, American Physical Society, 2008, 78, pp.031401 (R). ⟨10.1103/PhysRevA.78.031401⟩

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titre

All-optical evaporative cooling in a versatile optical-dipole trap at telecom wavelength

auteur_8max

Martin Robert-De-Saint-Vincent, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Robert Nyman

article

YAO, 2008, Florence, Italy

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2007

titre

I.C.E.: An Ultra-Cold Atom Source for Long-Baseline Interferometric Inertial Sensors in Reduced Gravity

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Nassim Zahzam, Walid Chaibi, Jean-François Clément, Olivier Carraz, Jean-Philippe Brantut, Robert Nyman, Franck Pereira dos Santos, Linda Mondin, Michel Rouzé, Yannick Bidel, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

Rencontres de Moriond Gravitational Waves and Experimental Gravity, Mar 2007, La Thuile, Val d'Aosta, Italy

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2006

titre

I.C.E.: a Transportable Atomic Inertial Sensor for Test in Microgravity

auteur_8max

Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Fabien Lienhart, Damien Chambon, Salah Boussen, Jean-François Clément, T. Muller, Giorgio Santarelli, Frank Pereira dos Santos, André Clairon, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

Applied Physics B - Laser and Optics, Springer Verlag, 2006, 84, pp.673-681. ⟨10.1007/s00340-006-2395-7⟩

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titre

Tapered-amplified AR-coated laser diodes for Potassium and Rubidium atomic-physics experiments

auteur_8max

Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Brice Villier, Delphine Sacchet, Frédéric Moron, Yann Le Coq, Alain Aspect, Philippe Bouyer

article

Review of Scientific Instruments, American Institute of Physics, 2006, 77, pp.033105. ⟨10.1063/1.2186809⟩

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