Publications HAL de gael,varoquaux

2018

titre
Different shades of default mode disturbance in schizophrenia: Subnodal covariance estimation in structure and function
auteur_8max
Jeremy Lefort-Besnard, Danielle S Bassett, Jonathan Smallwood, Daniel S. Margulies, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Simon Eickhoff, Danilo Bzdok
article
Human Brain Mapping, Wiley, 2018, pp.1-52
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01620441/file/Shades_HBM_accepted_version.pdf BibTex
titre
Stochastic Subsampling for Factorizing Huge Matrices
auteur_8max
Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gael Varoquaux
article
IEEE Transactions on Signal Processing, 2018, 66 (1), pp.113-128. 〈http://ieeexplore.ieee.org/document/8038072/〉. 〈10.1109/TSP.2017.2752697〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01431618/file/modl_tsp.pdf BibTex

2017

titre
Learning Neural Representations of Human Cognition across Many fMRI Studies
auteur_8max
Arthur Mensch, Julien Mairal, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, United States. 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01626823/file/nips.pdf BibTex
titre
Label scarcity in biomedicine: Data-rich latent factor discovery enhances phenotype prediction
auteur_8max
Marc-Andre Schulz, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok
article
Neural Information Processing Systems, Workshop for Machine Learning in Health, 2017
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BibTex
titre
Population-shrinkage of covariance to estimate better brain functional connectivity
auteur_8max
Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Medical Image Computing and Computer Assisted Interventions, Sep 2017, Quebec city, Canada
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https://hal.inria.fr/hal-01547612/file/paper791.pdf BibTex
titre
Decoding fMRI activity in the time domain improves classification performance
auteur_8max
João Loula, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
NeuroImage, Elsevier, 2017, 〈10.1016/j.neuroimage.2017.08.018〉
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https://hal.inria.fr/hal-01576641/file/main.pdf BibTex
titre
Learning to Discover Sparse Graphical Models
auteur_8max
Eugene Belilovsky, Kyle Kastner, Gaël Varoquaux, Matthew Blaschko
article
International Conference on Machine Learning , Aug 2017, Sydney, Australia
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https://hal.inria.fr/hal-01306491/file/DataDrivenGraphDiscovery_NIPS.pdf BibTex
titre
Hierarchical Region-Network Sparsity for High-Dimensional Inference in Brain Imaging
auteur_8max
Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
International conference on Information Processing in Medical Imaging (IPMI) 2017, Jun 2017, Boone, North Carolina, USA, France. 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01480885/file/IPMI_2017_bzdok_camera.pdf BibTex
titre
Joint prediction of multiple scores captures better individual traits from brain images
auteur_8max
Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok, Irène Buvat, Gaël Varoquaux
article
NeuroImage, Elsevier, 2017, 〈10.1016/j.neuroimage.2017.06.072〉
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https://hal.inria.fr/hal-01547524/file/paper.pdf BibTex
titre
Cross-validation failure: small sample sizes lead to large error bars
auteur_8max
Gaël Varoquaux
article
NeuroImage, Elsevier, 2017, 〈10.1016/j.neuroimage.2017.06.061〉
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https://hal.inria.fr/hal-01545002/file/paper.pdf BibTex
titre
Towards a Faster Randomized Parcellation Based Inference
auteur_8max
Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
PRNI 2017 - 7th International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2017, Toronto, Canada. 2017
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https://hal.inria.fr/hal-01552237/file/paper.pdf BibTex
titre
Multi-output predictions from neuroimaging: assessing reduced-rank linear models
auteur_8max
Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
PRNI 2017 - The 7th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2017, Toronto, Canada. pp.1 - 4, 2017, 〈https://sites.google.com/site/prni2017/home〉. 〈10.1109/PRNI.2017.7981504〉
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https://hal.inria.fr/hal-01547572/file/paper.pdf BibTex
titre
Distinct alterations in Parkinson's Medication-state and Disease-state Connectivity Running Title: PD altered connectivity
auteur_8max
Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael Greicius, Kathleen Poston
article
Neuroimage-Clinical, Elsevier, 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01614971/file/main.pdf BibTex
titre
FReM – scalable and stable decoding with fast regularized ensemble of models
auteur_8max
Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Bertrand Thirion
article
NeuroImage, Elsevier, 2017, pp.1-16. 〈10.1016/j.neuroimage.2017.10.005〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01615015/file/paper.pdf BibTex

2016

titre
Subsampled online matrix factorization with convergence guarantees
auteur_8max
Arthur Mensch, Julien Mairal, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
NIPS Workshop on Optimization for Machine Learning, Dec 2016, Barcelone, Spain. 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01405058/file/modl_opt.pdf BibTex
titre
Learning brain regions via large-scale online structured sparse dictionary-learning
auteur_8max
Elvis Dohmatob, Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Neural Information Processing Systems (NIPS), Dec 2016, Barcelona, Spain. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01369134/file/nips%20%281%29.pdf BibTex
titre
Testing for Differences in Gaussian Graphical Models: Applications to Brain Connectivity
auteur_8max
Eugene Belilovsky, Gaël Varoquaux, Matthew B. Blaschko
article
Neural Information Processing Systems (NIPS) 2016, Dec 2016, Barcelona, Spain. NIPS Proceedings
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https://hal.inria.fr/hal-01248844/file/main.pdf BibTex
titre
Deriving reproducible biomarkers from multi-site resting-state data: An Autism-based example
auteur_8max
Alexandre Abraham, Michael Milham, Adriana Di Martino, R. Cameron Craddock, Dimitris Samaras, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
NeuroImage, Elsevier, 2016, 〈10.1016/j.neuroimage.2016.10.045〉
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https://hal.inria.fr/hal-01398867/file/neuroimage.pdf BibTex
titre
Exploring the anatomical encoding of voice with a mathematical model of the vocal system.
auteur_8max
M Florencia Assaneo, Jacobo Sitt, Gaël Varoquaux, Mariano Sigman, Laurent Cohen, Marcos A Trevisan
article
NeuroImage, Elsevier, 2016, 141, pp.31-9. 〈10.1016/j.neuroimage.2016.07.033〉
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BibTex
titre
Predicting brain-age from multimodal imaging data captures cognitive impairment
auteur_8max
Franziskus Liem, Gaël Varoquaux, Jana Kynast, Frauke Beyer, Shahrzad Kharabian Masouleh, Julia M. Huntenburg, Leonie Lampe, Mehdi Rahim, Alexandre Abraham, R. Cameron Craddock, Steffi Riedel-Heller, Tobias Luck, Markus Loeffler, Matthias L. Schroeter, Anja Veronica Witte, Daniel S. Margulies
article
NeuroImage, Elsevier, 2016, 〈10.1016/j.neuroimage.2016.11.005〉
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BibTex
titre
Transmodal Learning of Functional Networks for Alzheimer's Disease Prediction
auteur_8max
Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Claude Comtat, Gaël Varoquaux
article
IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, IEEE, 2016, 10 (7), pp.1204 - 1213. 〈10.1109/JSTSP.2016.2600400〉
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https://hal.inria.fr/hal-01353728/file/article.pdf BibTex
titre
Recursive nearest agglomeration (ReNA): fast clustering for approximation of structured signals
auteur_8max
Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Jonas Kahn, Bertrand Thirion
article
IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01366651/file/paper.pdf BibTex
titre
Neuroimaging Research: From Null-Hypothesis Falsification to Out-of-sample Generalization
auteur_8max
Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Educational and Psychological Measurement, SAGE Publications, 2016
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01338313/file/bzdok_NHST_versus_GI_accepted.pdf BibTex
titre
The Brain Imaging Data Structure: a format for organizing and describing neuroimaging data
auteur_8max
Krzysztof Gorgolewski, Tibor Auer, Vince D Calhoun, Cameron Craddock, Samir Das, Eugene Duff, Guillaume Flandin, Satrajit Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, B. Nolan Nichols, Thomas E Nichols, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, Jessica Turner, Gaël Varoquaux, Russell Poldrack
article
22nd Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2016), Jun 2016, Geneva, Switzerland
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BibTex
titre
Comparing functional connectivity based predictive models across datasets
auteur_8max
Kamalaker Dadi, Alexandre Abraham, Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
PRNI 2016: 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-01319131/file/paper.pdf BibTex
titre
Social-sparsity brain decoders: faster spatial sparsity
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Matthieu Kowalski, Bertrand Thirion
article
Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2016, Trento, Italy. 2016, 〈http://prni2016.wix.com/prni2016〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01334551/file/paper.pdf BibTex
titre
Fast brain decoding with random sampling and random projections
auteur_8max
Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
PRNI 2016: the 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy
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https://hal.inria.fr/hal-01313814/file/paper.pdf BibTex
titre
The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments
auteur_8max
Krzysztof Gorgolewski, Tibor Auer, Vince Calhoun, Cameron Craddock, Samir Das, Eugene Duff, Guillaume Flandin, Satrajit Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, Nolan Nichols, Thomas Nichols, John Pellman, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, William Triplett, Jessica Turner, Gaël Varoquaux, Russell Poldrack
article
Scientific Data , Nature Publishing Group, 2016, 3, pp.160044. 〈10.1038/sdata.2016.44〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01345616/file/sdata201644.pdf BibTex
titre
Dictionary Learning for Massive Matrix Factorization
auteur_8max
Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
International Conference on Machine Learning, Jun 2016, New York, United States. PMLR, 48, pp.1737-1746, 2016, Proceedings of Machine Learning Research. 〈http://jmlr.org/proceedings/papers/v48/mensch16.html〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01308934/file/icml.pdf BibTex
titre
Formal Models of the Network Co-occurrence Underlying Mental Operations
auteur_8max
Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Michael Eickenberg, Cyril Poupon, Bertrand Thirion
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, 〈10.1371/journal.pcbi.1004994〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01338307/file/bzdok_pcompbiol_2016.PDF BibTex
titre
Compressed Online Dictionary Learning for Fast Resting-State fMRI Decomposition
auteur_8max
Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2016, Prague, Czech Republic. IEEE, pp.1282-1285, 2016, 13th International Symposium on Biomedical Imaging. 〈http://ieeexplore.ieee.org/document/7493501/〉. 〈10.1109/ISBI.2016.7493501〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01271033/file/article.pdf BibTex
titre
Local Q-Linear Convergence and Finite-time Active Set Identification of ADMM on a Class of Penalized Regression Problems
auteur_8max
Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
ICASSP, International Conference on Acoustics, Speach, and Signal Processing, Mar 2016, http://icassp2016.org/default.asp, China. ICASSP, International Conference on Acoustics, Speach, and Signal Processing, ICASSP, International Conference on Acoustics, Speach, and Signal Processing
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01265372/file/paper.pdf BibTex
titre
Connectivity-Based Parcellation: Critique and Implications
auteur_8max
Simon Eickhoff, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Danilo Bzdok
article
Human Brain Mapping, Wiley, 2016, pp.22. 〈10.1002/hbm.22933〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01184563/file/cbp_critique_subm.pdf BibTex
titre
Beyond computational reproducibility, let us aim for reusability
auteur_8max
Gaël Varoquaux
article
Newsletter of the IEEE Technical Committee on Cognitive and Developmental Systems, 2016, What is Computational Reproducibility?, 13 (2), 〈https://openlab-flowers.inria.fr/t/ieee-cis-newsletter-on-cognitive-and-developmental-systems/129〉
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https://hal.inria.fr/hal-01592368/file/paper.pdf BibTex
titre
Assessing and tuning brain decoders: cross-validation, caveats, and guidelines
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Pradeep Reddy Raamana, Denis Engemann, Andrés Hoyos-Idrobo, Yannick Schwartz, Bertrand Thirion
article
NeuroImage, Elsevier, 2016, 〈10.1016/j.neuroimage.2016.10.038〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01332785/file/paper.pdf BibTex
titre
Seeing it all: Convolutional network layers map the function of the human visual system
auteur_8max
Michael Eickenberg, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
NeuroImage, Elsevier, 2016, 〈10.1016/j.neuroimage.2016.10.001〉
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https://hal.inria.fr/hal-01389809/file/neuroimage.pdf BibTex

2015

titre
Semi-Supervised Factored Logistic Regression for High-Dimensional Neuroimaging Data
auteur_8max
Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Olivier Grisel, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Neural Information Processing Systems, 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01211248/file/paper.pdf BibTex
titre
Integrating Multimodal Priors in Predictive Models for the Functional Characterization of Alzheimer's Disease
auteur_8max
Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Alexandre Abraham, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Claude Comtat, Gael Varoquaux
article
Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2015, Munich, Germany. 〈10.1007/978-3-319-24553-9_26〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01174636/file/paper983.pdf BibTex
titre
Total Variation meets Sparsity: statistical learning with segmenting penalties
auteur_8max
Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Medical Image Computing and Computer Aided Intervention (MICCAI), Oct 2015, München, Germany. 2015, Proceedings of MICCAI 2015. 〈www.miccai.org〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01170619/file/paper.pdf BibTex
titre
FAASTA: A fast solver for total-variation regularization of ill-conditioned problems with application to brain imaging
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertand Thirion
article
Colloque GRETSI, Sep 2015, Lyon, France. Gretsi, 2015, 〈http://www.gretsi.fr/colloque2015/myGretsi/programme.php〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01247388/file/paper.pdf BibTex
titre
Correlations of correlations are not reliable statistics: implications for multivariate pattern analysis.
auteur_8max
Bertrand Thirion, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux
article
ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Jul 2015, Lille, France. 2015
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01187297/file/paper_stamlins.pdf BibTex
titre
Fast clustering for scalable statistical analysis on structured images
auteur_8max
Bertrand Thirion, Andrés Hoyos-Idrobo, Jonas Kahn, Gael Varoquaux
article
ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Jul 2015, Lille, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01229023/file/paper.pdf BibTex
titre
Convex relaxations of penalties for sparse correlated variables with bounded total variation
auteur_8max
Eugene Belilovsky, Andreas Argyriou, Gaël Varoquaux, Matthew Blaschko
article
Machine Learning, Springer Verlag, 2015, pp.1-21. 〈10.1007/s10994-015-5511-2〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01167861/file/ConvexECML2015.pdf BibTex
titre
NeuroVault.org: new features and a proof of concept analysis
auteur_8max
Krzysztof Gorgolewski, Gaël Varoquaux, Gabriel Rivera, Joseph Wexler, Yannick Schwartz, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Thomas E Nichols, Jean Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies, Russell Poldrack
article
21st Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2015), Jun 2015, Honolulu, United States
Accès au bibtex
BibTex
titre
SpaceNet: Multivariate brain decoding and segmentation
auteur_8max
Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gael Varoquaux
article
OHBM, Jun 2015, Honolulu, Hawaii, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01187230/file/ohbm_poster.pdf BibTex
titre
Improving sparse recovery on structured images with bagged clustering
auteur_8max
Andrés Hoyos-Idrobo, Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
International Workshop On Pattern Recognition In Neuroimaging (PRNI), 2015, Jun 2015, Palo alto, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01174335/file/paper.pdf BibTex
titre
Speeding-up model-selection in GraphNet via early-stopping and univariate feature-screening
auteur_8max
Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
PRNI, Jun 2015, Stanford, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01147731/file/paper.pdf BibTex
titre
NeuroVault.org: A repository for sharing unthresholded statistical maps, parcellations, and atlases of the human brain
auteur_8max
Krzysztof Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwartz, Vanessa Sochat, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Thomas Nichols, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies, Russell Poldrack
article
NeuroImage, Elsevier, 2015, 124 (Pt B), pp.1242-1244. 〈10.1016/j.neuroimage.2015.04.016〉
Accès au texte intégral et bibtex
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01148969/file/nihms769186.pdf BibTex
titre
NeuroVault.org: a web-based repository for collecting and sharing unthresholded statistical maps of the human brain
auteur_8max
Krzysztof Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwarz, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Vanessa Sochat, Thomas Nichols, Russell Poldrack, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies
article
Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2015, 9 (8), 〈10.3389/fninf.2015.00008〉
Accès au texte intégral et bibtex
http://www.hal.inserm.fr/inserm-01134573/file/fninf-09-00008.pdf BibTex
titre
Transport on Riemannian Manifold for Connectivity-based Brain Decoding
auteur_8max
Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael D Greicius, Bertrand Thirion
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, PP (99), pp.9. 〈http://ieeexplore.ieee.org/Xplore/home.jsp〉. 〈10.1109/TMI.2015.2463723〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01185200/file/final.pdf BibTex
titre
Scipy Lecture Notes
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Emmanuelle Gouillart, Olav Vahtras, Valentin Haenel, Nicolas P. Rougier, Ralf Gommers, Fabian Pedregosa, Zbigniew Jędrzejewski-Szmek, Pauli Virtanen, Christophe Combelles, Didrik Pinte, Robert Cimrman, André Espaze, Adrien Chauve, Christopher Burns
article
Zenodo, 2015, 〈10.5281/zenodo.31736〉. 〈http://www.scipy-lectures.org/〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01206546/file/ScipyLectures-simple.pdf BibTex

2014

titre
Identification of Mood-Relevant Brain Connections Using a Continuous, Subject-Driven Rumination Paradigm.
auteur_8max
Anna-Clare Milazzo, Bernard Ng, Heidi Jiang, William Shirer, Gael Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael D Greicius
article
Cerebral Cortex, Oxford University Press (OUP), 2014, pp.12
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BibTex
titre
Deriving a multi-subject functional-connectivity atlas to inform connectome estimation
auteur_8max
Ronald Phlypo, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Golland, Polina; Hata, Nobuhiko; Barillot, Christian; Hornegger, Joachim; Howe, Robert. Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2014, Boston, United States. Springer International Publishing, 8675, pp.185-192, 2014, 〈10.1007/978-3-319-10443-0_24〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00991124/file/paper1144.pdf BibTex
titre
Transport on Riemannian Manifold for Functional Connectivity-based Classification
auteur_8max
Bernard Ng, Martin Dressler, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael Greicius, Bertrand Thirion
article
MICCAI - 17th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2014, Boston, United States. Springer, 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01058521/file/camReady.pdf BibTex
titre
Principal Component Regression predicts functional responses across individuals
auteur_8max
Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Cyril Poupon, Philippe Pinel
article
MICCAI, Sep 2014, Boston, United States. Springer, 2014
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01015173/file/paper_869.pdf BibTex
titre
Region segmentation for sparse decompositions: better brain parcellations from rest fMRI
auteur_8max
Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gael Varoquaux
article
Sparsity Techniques in Medical Imaging, Sep 2014, Boston, United States. pp.8
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01093944/file/paper16.pdf BibTex
titre
Benchmarking solvers for TV-l1 least-squares and logistic regression in brain imaging
auteur_8max
Elvis Dohmatob, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Pattern Recoginition in Neuroimaging (PRNI), Jun 2014, Tübingen, Germany. IEEE, 2014, 〈IEEE〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00991743/file/PRNI2014_TVl1.pdf BibTex
titre
Which fMRI clustering gives good brain parcellations?
auteur_8max
Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Elvis Dohmatob, Jean-Baptiste Poline
article
Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2014, 8 (167), pp.13. 〈http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fnins.2014.00167/pdf〉. 〈10.3389/fnins.2014.00167〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01015172/file/frontiers_paper.pdf BibTex
titre
Machine Learning Patterns for Neuroimaging-Genetic Studies in the Cloud
auteur_8max
Benoit Da Mota, Radu Tudoran, Alexandru Costan, Gaël Varoquaux, Goetz Brasche, Patricia J. Conrod, Hervé Lemaitre, Tomáš Paus, Marcella Rietschel, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion
article
Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2014, Recent advances and the future generation of neuroinformatics infrastructure, 8, 〈10.3389/fninf.2014.00031〉
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https://hal.inria.fr/hal-01057325/file/frontiers.pdf BibTex
titre
How machine learning is shaping cognitive neuroimaging
auteur_8max
Gael Varoquaux, Bertrand Thirion
article
GigaScience, BioMed Central, 2014, 3, pp.28. 〈10.1186/2047-217X-3-28〉
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https://hal.inria.fr/hal-01094737/file/paper.pdf BibTex

2013

titre
Mapping cognitive ontologies to and from the brain
auteur_8max
Yannick Schwartz, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
NIPS (Neural Information Processing Systems), Dec 2013, United States. 2013
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00904763/file/paper.pdf BibTex
titre
Machine Learning for Neuroimaging with Scikit-Learn
auteur_8max
Alexandre Abraham, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Philippe Gervais, Andreas Muller, Jean Kossaifi, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2013, pp.15. 〈10.3389/fninf.2014.00014〉
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https://hal.inria.fr/hal-01093971/file/frontiers.pdf BibTex
titre
Randomized parcellation based inference.
auteur_8max
Benoit Da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Tobias Banaschewski, Gareth J. Barker, Arun L. W. Bokde, Uli Bromberg, Patricia J. Conrod, Jürgen Gallinat, Hugh Garavan, Jean-Luc Martinot, Frauke Nees, Tomáš Paus, Zdenka Pausova, Marcella Rietschel, Michael N. Smolka, Andreas Ströhle, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
NeuroImage, Elsevier, 2013, epub ahead of print. 〈10.1016/j.neuroimage.2013.11.012〉
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https://hal.inria.fr/hal-00915243/file/persistence.pdf https://hal.inria.fr/hal-00915243/file/supplementary_material1.pdf BibTex
titre
Learning and comparing functional connectomes across subjects
auteur_8max
Gaël Varoquaux, R. Cameron Craddock
article
NeuroImage, Elsevier, 2013, 80, pp.405-415. 〈10.1016/j.neuroimage.2013.04.007〉
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https://hal.inria.fr/hal-00812911/file/paper.pdf BibTex
titre
API design for machine learning software: experiences from the scikit-learn project
auteur_8max
Lars Buitinck, Gilles Louppe, Mathieu Blondel, Fabian Pedregosa, Andreas Mueller, Olivier Grisel, Vlad Niculae, Peter Prettenhofer, Alexandre Gramfort, Jaques Grobler, Robert Layton, Jake Vanderplas, Arnaud Joly, Brian Holt, Gaël Varoquaux
article
European Conference on Machine Learning and Principles and Practices of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2013, Prague, Czech Republic. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00856511/file/paper.pdf BibTex
titre
Implications of Inconsistencies between fMRI and dMRI on Multimodal Connectivity Estimation
auteur_8max
Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Yoshinobu Sato and Christian Barillot and Nassir Navab. MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan. Springer, 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00853108/file/camReady.pdf BibTex
titre
Enhancing the Reproducibility of Group Analysis with Randomized Brain Parcellations
auteur_8max
Benoit Da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00832616/file/paper397.pdf BibTex
titre
Extracting brain regions from rest fMRI with Total-Variation constrained dictionary learning
auteur_8max
Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gaël Varoquaux
article
MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan. Springer, 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00853242/file/paper598.pdf BibTex
titre
A framework for inter-subject prediction of functional connectivity from structural networks
auteur_8max
Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, David Sharp, Christian Ledig, Robert Leech, Daniel Rueckert
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, epub ahead of print, 〈http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=6575192&tag=1〉. 〈10.1109/TMI.2013.2276916〉
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https://hal.inria.fr/hal-00852072/file/paper.pdf BibTex
titre
A Novel Sparse Group Gaussian Graphical Model for Functional Connectivity Estimation
auteur_8max
Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Information Processing in Medical Imaging, Jun 2013, Asilomar, United States. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00842607/file/camReadyA4.pdf BibTex
titre
Cohort-level brain mapping: learning cognitive atoms to single out specialized regions
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Philippe Pinel, Bertrand Thirion
article
William M. Wells and Sarang Joshi and Kilian M. Pohl. IPMI - Information Processing in Medical Imaging - 2013, Jun 2013, Asilomar, United States. Springer, 7917, pp.438-449, 2013, LNCS. 〈http://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-642-38868-2_37〉. 〈10.1007/978-3-642-38868-2_37〉
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https://hal.inria.fr/hal-00841502/file/paper.pdf BibTex
titre
Robust Group-Level Inference in Neuroimaging Genetic Studies
auteur_8max
Virgile Fritsch, Benoit Da Mota, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Eva Loth, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2013, Philadelphie, United States. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00833953/file/rlm.pdf BibTex
titre
Hemodynamic estimation based on Consensus Clustering
auteur_8max
Solveig Badillo, Gaël Varoquaux, Philippe Ciuciu
article
PRNI 2013 -- 3rd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00854621/file/PRNI_badillo_varoquaux_ciuciu2013.pdf BibTex
titre
A Comparison of Metrics and Algorithms for Fiber Clustering
auteur_8max
Viviana Siless, Sergio Medina, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00858115/file/FiberClusteringPRNI.pdf BibTex
titre
Identifying predictive regions from fMRI with TV-L1 prior
auteur_8max
Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article
Pattern Recognition in Neuroimaging (PRNI), Jun 2013, Philadelphia, United States. IEEE, 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00839984/file/paper.pdf BibTex
titre
Spatial vs. Temporal Features in ICA of Resting-State fMRI - A Quantitative and Qualitative Investigation in the Context of Response Inhibition
auteur_8max
Lixia Tian, Yazhuo Kong, Juejing Ren, Gaël Varoquaux, Yufeng Zang, Stephen Smith
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 〈10.1371/journal.pone.0066572〉
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BibTex
titre
Publishing scientific software matters
auteur_8max
Christophe Pradal, Gaël Varoquaux, Hans Peter Langtangen
article
Journal of Computational Science, Elsevier, 2013, 4 (5), pp.311 - 312. 〈10.1016/j.jocs.2013.08.001〉
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https://hal.inria.fr/hal-00858663/file/paper.pdf BibTex

2012

titre
Hyperfrontality and hypoconnectivity during refreshing in schizophrenia.
auteur_8max
Marie-Laure Grillon, Catherine Oppenheim, Gaël Varoquaux, Frédérique Charbonneau, Anne-Dominique Devauchelle, Marie-Odile Krebs, Franck Bayle, Bertrand Thirion, Caroline Huron
article
Psychiatry Research: Neuroimaging, Elsevier, 2012, 211 (3), pp.226-233. 〈10.1016/j.pscychresns.2012.09.001〉
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https://hal.inria.fr/hal-00753225/file/Grillon_2012_preprint.pdf BibTex
titre
Improving accuracy and power with transfer learning using a meta-analytic database
auteur_8max
Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Philippe Pinel, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
MICCAI, Oct 2012, Nice, France. pp.1-8, 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00734911/file/paper.pdf BibTex
titre
A MapReduce Approach for Ridge Regression in Neuroimaging-Genetic Studies
auteur_8max
Benoit Da Mota, Michael Eickenberg, Soizic Laguitton, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
DCICTIA-MICCAI - Data- and Compute-Intensive Clinical and Translational Imaging Applications in conjonction with the 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2012, Oct 2012, Nice, France. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00730385/file/article.pdf BibTex
titre
Non-parametric Density Modeling and Outlier Detection in Medical Imaging Datasets
auteur_8max
Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Fei Wang and Dinggang Shen and Pingkun Yan and Kenji Suzuki. Machine Learning in Medical Imaging - Miccai 2012 workshop, Oct 2012, Nice, France. pp.207-214, 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00738438/file/camera_ready.pdf BibTex
titre
Learning to rank from medical imaging data
auteur_8max
Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort
article
Third International Workshop on Machine Learning in Medical Imaging - MLMI 2012, Oct 2012, Nice, France. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00717990/file/paper.pdf BibTex
titre
A Novel Sparse Graphical Approach for Multimodal Brain Connectivity Inference
auteur_8max
Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00741631/file/camReady.pdf BibTex
titre
A fast computational framework for genome-wide association studies with neuroimaging data
auteur_8max
Benoit Da Mota, Vincent Frouin, Edouard Duchesnay, Soizic Laguitton, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
20th International Conference on Computational Statistics (COMPSTAT 2012), Aug 2012, Limassol, Cyprus. 2012
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https://hal.inria.fr/hal-00720265/file/article.pdf BibTex
titre
Decoding Visual Percepts Induced by Word Reading with fMRI
auteur_8max
Alexandre Gramfort, Christophe Pallier, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Pattern Recognition in NeuroImaging (PRNI), 2012 International Workshop on, Jul 2012, Londres, United Kingdom. pp.13-16, 2012, 〈http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=6295916&tag=1〉. 〈10.1109/PRNI.2012.20〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00730768/file/paper.pdf BibTex
titre
On spatial selectivity and prediction across conditions with fMRI
auteur_8max
Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom. pp.53-56, 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00728765/file/paper.pdf BibTex
titre
Connectivity-informed Sparse Classifiers for fMRI Brain Decoding
auteur_8max
Bernard Ng, Viviana Siless, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Rafeef Abugharbieh
article
Pattern Recognition in Neuroimaging, Jul 2012, London, United Kingdom. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00726656/file/connClassifierPRNI2012.pdf BibTex
titre
Improved brain pattern recovery through ranking approaches
auteur_8max
Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort
article
PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00717954/file/paper.pdf BibTex
titre
Small-sample brain mapping: sparse recovery on spatially correlated designs with randomization and clustering
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion
article
John, Langford and Joelle, Pineau. International Conference on Machine Learning, Jun 2012, Edimbourg, United Kingdom. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00705192/file/paper.pdf BibTex
titre
PyXNAT: XNAT in Python
auteur_8max
Yannick Schwartz, Alexis Barbot, Benjamin Thyreau, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Aditya Siram, Daniel Marcus, Jean-Baptiste Poline
article
Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2012, 6 (12), pp.1-14. 〈10.3389/fninf.2012.00012〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00782339/file/paper.pdf BibTex
titre
Detecting Outliers in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Robust Covariance Estimators
auteur_8max
Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Benjamin Thyreau, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Medical Image Analysis, Elsevier, 2012, 16, pp.1359-1370. 〈10.1016/j.media.2012.05.002〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00701225/file/media_outliers.pdf BibTex
titre
Markov models for fMRI correlation structure: is brain functional connectivity small world, or decomposable into networks?
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Journal of Physiology - Paris, Elsevier, 2012, 106, pp.212-221. 〈10.1016/j.jphysparis.2012.01.001〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00665340/file/paper.pdf BibTex
titre
Changing computational research. The challenges ahead.
auteur_8max
Cameron Neylon, Jan Aerts, C Titus Brown, Simon J Coles, Les Hatton, Daniel Lemire, K Jarrod Millman, Peter Murray-Rust, Fernando Perez, Neil Saunders, Nigam Shah, Arfon Smith, Gaël Varoquaux, Egon Willighagen
article
Source Code for Biology and Medicine, BioMed Central, 2012, 7 (2), pp.2. 〈10.1186/1751-0473-7-2〉
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BibTex
titre
In Situ Synchrotron Microtomography Reveals Multiple Reaction Pathways During Soda-Lime Glass Synthesis
auteur_8max
Emmanuelle Gouillart, Michael-J. Toplis, Julien Grynberg, Marie-Hélène Chopinet, Elin Sondergard, Luc Salvo, Michel Suéry, Marco Di Michiel, Gaël Varoquaux
article
Journal of the American Ceramic Society, Wiley, 2012, 95 (5), pp.1504-1507. 〈10.1111/j.1551-2916.2012.05151.x〉
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BibTex

2011

titre
A Comparative Study of Algorithms for Intra- and Inter-subjects fMRI Decoding
auteur_8max
Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Georg Langs, Irina Rish, Moritz Grosse-Wentrup, Brain Murphy. MLINI - Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging - 2011, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. Springer, pp.1-8, 2012, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-34713-9_1〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00753142/file/michel_mlini_2011.pdf BibTex
titre
Statistical Learning for Resting-State fMRI: Successes and Challenges
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Gearg Langs, Irina Rish, Moritz Grosse-Wentrup, Brain Murphy. Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging, NIPS workshop, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. Springer, pp.172-177, 2012, 〈10.1007/978-3-642-34713-9_22〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00753132/file/paper.pdf BibTex
titre
Beyond brain reading: randomized sparsity and clustering to simultaneously predict and identify
auteur_8max
Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
Springer. NIPS 2011 MLINI Workshop, Dec 2011, Granada, Spain. pp.9-16, 2011, Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging. 〈10.1007/978-3-642-34713-9_2〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00704875/file/paper.pdf BibTex
titre
Scikit-learn: Machine Learning in Python
auteur_8max
Fabian Pedregosa, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Vincent Michel, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Mathieu Blondel, Peter Prettenhofer, Ron Weiss, Vincent Dubourg, Jake Vanderplas, Alexandre Passos, David Cournapeau, Matthieu Brucher, Matthieu Perrot, Édouard Duchesnay
article
Journal of Machine Learning Research, Journal of Machine Learning Research, 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00650905/file/pedregosa11a.pdf BibTex
titre
Connectivity-informed fMRI Activation Detection
auteur_8max
Bernard Ng, Abugharbieh Rafeef, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Gabor Fichtinger and Anne Martel and Terry Peters. Medical Image Computing and Computed Aided Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. Springer-Verlag, 6892, pp.285-292, 2011, 2011. 〈http://www.springerlink.com/content/n02708l5206857wh/〉. 〈10.1007/978-3-642-23629-7_35〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00627523/file/camera_ready.pdf BibTex
titre
Detecting Outlying Subjects in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Regularized Minimum Covariance Determinant
auteur_8max
Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Thyreau Benjamin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. Springer-Verlag, Part III (LNCS 6893), pp. 264-271, 2011, 14th International Conference, Toronto, Canada, September 18-22, 2011. 〈http://www.springerlink.com/content/y1w41n8238341866/〉. 〈10.1007/978-3-642-23626-6_33〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00626857/file/outliers.pdf BibTex
titre
A probabilistic framework to infer brain functional connectivity from anatomical connections
auteur_8max
Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Emma Robinson, David Sharp, David Edwards, Daniel Rueckert
article
Information Processing in Medical Imaging, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. Springer, 6801, pp.296-307, 2011, Information Processing in Medical Imaging. 〈10.1007/978-3-642-22092-0_25〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00627914/file/paper.pdf BibTex
titre
Multi-subject dictionary learning to segment an atlas of brain spontaneous activity
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Fabian Pedregosa, Vincent Michel, Bertrand Thirion
article
Information Processing in Medical Imaging, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. Springer, 6801, pp.562-573, 2011, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-22092-0_46〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00588898/file/paper.pdf BibTex
titre
A supervised clustering approach for fMRI-based inference of brain states
auteur_8max
Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Christine Keribin, Bertrand Thirion
article
Pattern Recognition, Elsevier, 2011, epub ahead of print. 〈10.1016/j.patcog.2011.04.006〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00589201/file/supervised_clustering_vm_review.pdf BibTex
titre
MULTIFRACTAL ANALYSIS OF RESTING STATE NETWORKS IN FUNCTIONAL MRI
auteur_8max
Philippe Ciuciu, Gaël Varoquaux, Patrice Abry, Moty Almog
article
IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2011, Chicago, United States. paper ID 1544, 2011
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-00558870/file/MF_ISBI_PA_GV.pdf BibTex
titre
The NumPy array: a structure for efficient numerical computation
auteur_8max
Stefan Van Der Walt, S. Chris Colbert, Gaël Varoquaux
article
Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 13 (2), pp.22-30. 〈10.1109/MCSE.2011.37〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00564007/file/numpy_final.pdf BibTex
titre
Total variation regularization for fMRI-based prediction of behaviour.
auteur_8max
Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Bertrand Thirion
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 30 (7), pp.1328 - 1340. 〈10.1109/TMI.2011.2113378〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00563468/file/arxiv_version.pdf BibTex
titre
Mayavi: 3D visualization of scientific data
auteur_8max
Prabhu Ramachandran, Gaël Varoquaux
article
COMPUTING IN SCIENCE & ENGINEERING, IEEE, 2011, 13 (2), pp.40-51. 〈10.1109/MCSE.2011.35〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00528985/file/article_submitted.pdf BibTex

2010

titre
Brain covariance selection: better individual functional connectivity models using population prior
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Richard Zemel and John Shawe-Taylor. Advances in Neural Information Processing Systems, Dec 2010, Vancouver, Canada. 2010, Advances in Neural Information Processing Systems
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00512451/file/paper.pdf BibTex
titre
Detection of brain functional-connectivity difference in post-stroke patients using group-level covariance modeling
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Flore Baronnet, Andreas Kleinschmidt, Pierre Fillard, Bertrand Thirion
article
Dinggang Shen and Alejandro Frangi and Gabor Szekely. Medical Image Computing and Computer Added Intervention, Sep 2010, Beijing, China. Springer, 2010, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-15705-9_25〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00512417/file/paper.pdf BibTex
titre
Accurate Definition of Brain Regions Position Through the Functional Landmark Approach
auteur_8max
Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline
article
13th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2010, Beijing, China. 2010
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00521909/file/bsa_miccai.pdf BibTex
titre
Total Variation regularization enhances regression-based brain activity prediction
auteur_8max
Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article
1st ICPR Workshop on Brain Decoding - Pattern recognition challenges in neuroimaging - 20th International Conference on Pattern Recognition, Aug 2010, Istanbul, Turkey. IEEE Computer Society, 0, pp.9-12, 2010, 〈10.1109/WBD.2010.13〉
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00504095/file/icpr_2010_tv.pdf BibTex
titre
A group model for stable multi-subject ICA on fMRI datasets.
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Philippe Pinel, Andreas Kleinschmidt, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
NeuroImage, Elsevier, 2010, 51 (1), pp.288-99. 〈10.1016/j.neuroimage.2010.02.010〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00489507/file/paper.pdf BibTex
titre
ICA-based sparse feature recovery from fMRI datasets
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Merlin Keller, Jean Baptiste Poline, Philippe Ciuciu, Bertrand Thirion
article
Biomedical Imaging, IEEE International Symposium on, Apr 2010, Rotterdam, Netherlands. IEEE, pp.1177, 2010
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2009

titre
How to estimate the differential acceleration in a two-species atom interferometer to test the equivalence principle
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Rémi Geiger, Patrick Cheinet, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article
New Journal of Physics, Institute of Physics: Open Access Journals, 2009, 11, pp.113010. 〈10.1088/1367-2630/11/11/113010〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00423845/file/UFF_121009.pdf BibTex
titre
CanICA: Model-based extraction of reproducible group-level ICA patterns from fMRI time series
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article
Medical Image Computing and Computer Aided Intervention, Sep 2009, London, United Kingdom. pp.1, 2009
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00435262/file/paper.pdf BibTex
titre
Proceedings of the 8th Python in Science conference
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Stefan Van Der Walt, Jarrod Millman
article
Gaël Varoquaux; Stefan van der Walt ; Jarrod Millman. SciPy 2009: 8th Python in Science Conference, Aug 2009, Pasadena, United States. 1 (1), pp.1-78, 2009
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502607/file/SciPy2009_proceedings.pdf BibTex
titre
Light-pulse atom interferometry in microgravity
auteur_8max
Guillaume Stern, Baptiste Battelier, Rémi Geiger, Gaël Varoquaux, André Villing, Frédéric Moron, Olivier Carraz, Nassim Zahzam, Yannick Bidel, Oualid Chaibi, Frank Pereira dos Santos, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article
The European Physical Journal D, EDP Sciences, 2009, 53 (3), pp.353. 〈10.1140/epjd/e2009-00150-5〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00369287/file/VF5-180309.pdf BibTex
titre
Python comme langage scientifique
auteur_8max
Gaël Varoquaux
article
Linux Magazine, Editions Diamond, 2009, Explorer les richesses du langage Python, 40, 〈http://www.unixgarden.com/index.php/gnu-linux-magazine-hs/python-comme-langage-scientifique〉
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https://hal.inria.fr/hal-00776672/file/article.pdf BibTex

2008

titre
Mayavi: Making 3D Data Visualization Reusable
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Prabhu Ramachandran
article
Gaël Varoquaux; Travis Vaught ; Jarrod Millman. SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. 1 (1), pp.51, 2008
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502548/file/full_text.pdf BibTex
titre
Proceedings of the 7th Python in Science conference
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Travis Vaught, Jarrod Millman
article
Gaël Varoquaux; Travis Vaught ; Jarrod Millman. SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. 1 (1), pp.1-78, 2008
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502586/file/SciPy2008_proceedings.pdf BibTex
titre
Agile Computer Control of a Complex Experiment
auteur_8max
Gaël Varoquaux
article
Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2008, 10 (2), pp.55-59. 〈10.1109/MCSE.2008.47〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502504/file/varoquaux_agile_computing.pdf BibTex
titre
Atomic sources for long-time-of-flight interferometric inertial sensors
auteur_8max
Gaël Varoquaux
article
Atomic Physics [physics.atom-ph]. Université Paris Sud - Paris XI; Institut d'Optique, 2008. English
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https://pastel.archives-ouvertes.fr/tel-00265714/file/thesis.pdf BibTex
titre
Sagnac effect in superfluid liquids
auteur_8max
Eric Varoquaux, Gaël Varoquaux
article
Uspekhi Fizicheskikh Nauk, 2008, 51 (2), pp.205-208. 〈10.1070/PU2008v051n02ABEH006425〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00502604/file/full_text.pdf BibTex
titre
Effects of disorder in 2D
auteur_8max
Jean-Philippe Brantut, Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Thomas Bourdel, Alain Aspect, Philippe Bouyer
article
Latsis, Jan 2008, Lausanne, Switzerland
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BibTex
titre
Light-shift tomography in an optical-dipole trap for neutral atoms
auteur_8max
Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer
article
Physical Review A, American Physical Society, 2008, 78, pp.031401 (R). 〈10.1103/PhysRevA.78.031401〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00303321/file/thermalisation_sousmission.pdf BibTex
titre
All-optical evaporative cooling in a versatile optical-dipole trap at telecom wavelength
auteur_8max
Martin Robert-De-Saint-Vincent, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Robert Nyman
article
YAO, 2008, Florence, Italy
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2007

titre
I.C.E.: An Ultra-Cold Atom Source for Long-Baseline Interferometric Inertial Sensors in Reduced Gravity
auteur_8max
Gaël Varoquaux, Nassim Zahzam, Walid Chaibi, Jean-François Clément, Olivier Carraz, Jean-Philippe Brantut, Robert Nyman, Franck Pereira dos Santos, Linda Mondin, Michel Rouzé, Yannick Bidel, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article
Rencontres de Moriond Gravitational Waves and Experimental Gravity, Mar 2007, La Thuile, Val d'Aosta, Italy. 2007
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00147641/file/moriond.pdf BibTex

2006

titre
I.C.E.: a Transportable Atomic Inertial Sensor for Test in Microgravity
auteur_8max
Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Fabien Lienhart, Damien Chambon, Salah Boussen, Jean-François Clément, T. Muller, Giorgio Santarelli, Frank Pereira dos Santos, André Clairon, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article
Applied Physics B - Laser and Optics, Springer Verlag, 2006, 84, pp.673-681. 〈10.1007/s00340-006-2395-7〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00023609/file/ICE_ps.pdf BibTex
titre
Tapered-amplified AR-coated laser diodes for Potassium and Rubidium atomic-physics experiments
auteur_8max
Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Brice Villier, Delphine Sacchet, Frédéric Moron, Yann Le Coq, Alain Aspect, Philippe Bouyer
article
Review of Scientific Instruments, American Institute of Physics, 2006, 77, pp.033105. 〈10.1063/1.2186809〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00014931/file/nyman_laser.pdf BibTex