Publications HAL de gael,varoquaux

2021

titre: Centering inclusivity in the design of online conferences - An OHBM - Open Science perspective
auteur_8max: Elizabeth Levitis, Cassandra Gould van Praag, Remi Gau, Stephan Heunis, Elizabeth Dupre, Greg Kiar, Katherine Bottenhorn, Tristan Glatard, Aki Nikolaidis, Kirstie Jane Whitaker, Matteo Mancini, Guiomar Niso, Soroosh Afyouni, Eva Alonso Ortiz, Stefan Appelhoff, Aurina Arnatkeviciute, Melvin Selim Atay, Tibor Auer, Giulia Baracchini, Johanna Margarete Marianne Bayer, Michael J.S. Beauvais, Janine Diane Bijsterbosch, Isil Poyraz Bilgin, Saskia Bollmann, Steffen Bollmann, Rotem Botvinik-Nezer, Molly Bright, Vince Calhoun, Xiao Chen, Sidhant Chopra, Hu Chuan-Peng, Thomas Close, Savannah Cookson, Cameron Craddock, Alejandro de la Vega, Benjamin de Leener, Damion Demeter, Paola Di Maio, Erin Dickie, Simon Eickhoff, Oscar Esteban, Karolina Finc, Matteo Frigo, Saampras Ganesan, Melanie Ganz, Kelly Garner, Eduardo Garza-Villarreal, Gabriel Gonzalez-Escamilla, Rohit Goswami, John David Griffiths, Tijl Grootswagers, Samuel Guay, Olivia Guest, Daniel Handwerker, Peer Herholz, Katja Heuer, Dorien Huijser, Vittorio Iacovella, Michael Joseph, Agah Karakuzu, David Keator, Xenia Kobeleva, Manoj Kumar, Angie Laird, Linda Larson-Prior, Alexandra Lautarescu, Alberto Lazari, Jon Haitz Legarreta Gorroño, Xue-Ying Li, Jinglei Lv, Sina Mansour, David Meunier, Dustin Moraczewski, Tulika Nandi, Samuel Nastase, Matthias Nau, Stephanie Noble, Martin Norgaard, Johnes Obungoloch, Robert Oostenveld, Edwina Orchard, Ana Luísa Pinho, Russell Poldrack, Anqi Qiu, Pradeep Reddy Raamana, Ariel Rokem, Saige Rutherford, Malvika Sharan, Thomas Shaw, Warda Syeda, Meghan Testerman, Roberto Toro, Sofie Valk, Sofie van den Bossche, Gael Varoquaux, Frantisek Vasa, Michele Veldsman, Jakub Vohryzek, Adina Svenja Wagner, Reubs Walsh, Tonya White, Fu-Te Wong, Xihe Xie, Chao-Gan Yan, Yu-Fang Yang, Yohan Yee, Gaston Zanitti, Ana van Gulick, Eugene Duff, Camille Maumet
article: GigaScience, BioMed Central, 2021, ⟨10.1093/gigascience/giab051⟩
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titre: What's a good imputation to predict with missing values?
auteur_8max: Marine Le Morvan, Julie Josse, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux
article: 2021
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titre: A Lightweight Neural Model for Biomedical Entity Linking
auteur_8max: Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek
article: 2021
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titre: Extracting representations of cognition across neuroimaging studies improves brain decoding
auteur_8max: Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (5), pp.e1008795:1-20. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008795⟩
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titre: Accounting for variance in machine learning benchmarks
auteur_8max: Xavier Bouthillier, Pierre Delaunay, Mirko Bronzi, Assya Trofimov, Brennan Nichyporuk, Justin Szeto, Naz Sepah, Edward Raff, Kanika Madan, Vikram Voleti, Samira Kahou, Vincent Michalski, Dmitriy Serdyuk, Tal Arbel, Chris Pal, Gaël Varoquaux, Pascal Vincent
article: MLsys 2021 - 4th Conference on Machine Learning and Systems, Apr 2021, San Francisco (virtual), United States
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titre: Brainhack: Developing a culture of open, inclusive, community-driven neuroscience
auteur_8max: Rémi Gau, Stephanie Noble, Katja Heuer, Katherine Bottenhorn, Isil Bilgin, Yu-Fang Yang, Julia Huntenburg, Johanna M.M. Bayer, Richard A.I. Bethlehem, Shawn Rhoads, Christoph Vogelbacher, Valentina Borghesani, Elizabeth Levitis, Hao-Ting Wang, Sofie van den Bossche, Xenia Kobeleva, Jon Haitz Legarreta, Samuel Guay, Selim Melvin Atay, Gael Varoquaux, Dorien Huijser, Malin Sandström, Peer Herholz, Samuel Nastase, Amanpreet Badhwar, Guillaume Dumas, Simon Schwab, Stefano Moia, Michael Dayan, Yasmine Bassil, Paula Brooks, Matteo Mancini, James Shine, David O’connor, Xihe Xie, Davide Poggiali, Patrick Friedrich, Anibal Heinsfeld, Lydia Riedl, Roberto Toro, César Caballero-Gaudes, Anders Eklund, Kelly Garner, Christopher Nolan, Damion Demeter, Fernando Barrios, Junaid Merchant, Elizabeth Mcdevitt, Robert Oostenveld, R. Cameron Craddock, Ariel Rokem, Andrew Doyle, Satrajit Ghosh, Aki Nikolaidis, Olivia Stanley, Eneko Uruñuela, Nasim Anousheh, Aurina Arnatkeviciute, Guillaume Auzias, Dipankar Bachar, Elise Bannier, Ruggero Basanisi, Arshitha Basavaraj, Marco Bedini, Pierre Bellec, R. Austin Benn, Kathryn Berluti, Steffen Bollmann, Saskia Bollmann, Claire Bradley, Jesse Brown, Augusto Buchweitz, Patrick Callahan, Micaela Chan, Bramsh Chandio, Theresa Cheng, Sidhant Chopra, Ai Wern Chung, Thomas Close, Etienne Combrisson, Giorgia Cona, R. Todd Constable, Claire Cury, Kamalaker Dadi, Pablo Damasceno, Samir Das, Fabrizio de Vico Fallani, Krista Destasio, Erin Dickie, Lena Dorfschmidt, Eugene Duff, Elizabeth Dupre, Sarah Dziura, Nathalia Esper, Oscar Esteban, Shreyas Fadnavis, Guillaume Flandin, Jessica Flannery, John Flournoy, Stephanie Forkel, Alexandre Franco, Saampras Ganesan, Siyuan Gao, José García Alanis, Eleftherios Garyfallidis, Tristan Glatard, Enrico Glerean, Javier Gonzalez-Castillo, Cassandra Gould van Praag, Abigail Greene, Geetika Gupta, Catherine Alice Hahn, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Thomas Hartmann, Valérie Hayot-Sasson, Stephan Heunis, Felix Hoffstaedter, Daniela Hohmann, Corey Horien, Horea-Ioan Ioanas, Alexandru Iordan, Chao Jiang, Michael Joseph, Jason Kai, Agah Karakuzu, David Kennedy, Anisha Keshavan, Ali Khan, Gregory Kiar, P. Christiaan Klink, Vincent Koppelmans, Serge Koudoro, Angela Laird, Georg Langs, Marissa Laws, Roxane Licandro, Sook-Lei Liew, Tomislav Lipic, Krisanne Litinas, Daniel Lurie, Désirée Lussier, Christopher Madan, Lea-Theresa Mais, Sina Mansour L, J.P. Manzano-Patron, Dimitra Maoutsa, Matheus Marcon, Daniel Margulies, Giorgio Marinato, Daniele Marinazzo, Christopher Markiewicz, Camille Maumet, Felipe Meneguzzi, David Meunier, Michael Milham, Kathryn Mills, Davide Momi, Clara Moreau, Aysha Motala, Iska Moxon-Emre, Thomas Nichols, Dylan Nielson, Gustav Nilsonne, Lisa Novello, Caroline O’brien, Emily Olafson, Lindsay Oliver, John Onofrey, Edwina Orchard, Kendra Oudyk, Patrick Park, Mahboobeh Parsapoor, Lorenzo Pasquini, Scott Peltier, Cyril Pernet, Rudolph Pienaar, Pedro Pinheiro-Chagas, Jean-Baptiste Poline, Anqi Qiu, Tiago Quendera, Laura Rice, Joscelin Rocha-Hidalgo, Saige Rutherford, Mathias Scharinger, Dustin Scheinost, Deena Shariq, Thomas Shaw, Viviana Siless, Molly Simmonite, Nikoloz Sirmpilatze, Hayli Spence, Julia Sprenger, Andrija Stajduhar, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Angela Tam, Link Tejavibulya, Michel Thiebaut de Schotten, Ina Thome, Laura Tomaz da Silva, Nicolas Traut, Lucina Uddin, Antonino Vallesi, John Vanmeter, Nandita Vijayakumar, Matteo Visconti Di Oleggio Castello, Jakub Vohryzek, Jakša Vukojević, Kirstie Jane Whitaker, Lucy Whitmore, Steve Wideman, Suzanne Witt, Hua Xie, Ting Xu, Chao-Gan Yan, Fang-Cheng Yeh, B.T. Thomas Yeo, Xi-Nian Zuo
article: Neuron, Elsevier, 2021, pp.S0896-6273(21)00231-2. ⟨10.1016/j.neuron.2021.04.001⟩
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titre: Decoding with Confidence: Statistical Control on Decoder Maps
auteur_8max: Jérôme-Alexis Chevalier, Tuan-Binh Nguyen, Joseph Salmon, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: NeuroImage, Elsevier, 2021, pp.117921. ⟨10.1016/j.neuroimage.2021.117921⟩
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titre: Preventing dataset shift from breaking machine-learning biomarkers
auteur_8max: Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline
article: GigaScience, BioMed Central, In press
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2020

titre: Subject‐specific segregation of functional territories based on deep phenotyping
auteur_8max: Ana Luísa Pinho, Alexis Amadon, Murielle Fabre, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Juan Jesús Torres, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Philippe Pinel, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz‐pannier, Bertrand Thirion
article: Human Brain Mapping, Wiley, 2020, ⟨10.1002/hbm.25189⟩
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titre: NeuMiss networks: differentiable programming for supervised learning with missing values
auteur_8max: Marine Le Morvan, Julie Josse, Thomas Moreau, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux
article: NeurIPS 2020 - 34th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2020, Vancouver / Virtual, Canada
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titre: International electronic health record-derived COVID-19 clinical course profiles: the 4CE consortium
auteur_8max: Gabriel Brat, Griffin Weber, Nils Gehlenborg, Paul Avillach, Nathan Palmer, Luca Chiovato, James Cimino, Brett Beaulieu-Jones, Sehi l'Yi, Mark Keller, Douglas Bell, Robert Follett, Lav Patel, Anne Jannot, Lemuel Waitman, Gilbert Omenn, Alberto Malovini, Jason Moore, Valentina Tibollo, Shawn Murphy, Riccardo Bellazzi, David Hanauer, Arnaud Serret-Larmande, Alba Gutierrez-Sacristan, John Holmes, Douglas Bell, Kenneth Mandl, Jeffrey Klann, Douglas Murad, Luigia Scudeller, Mauro Bucalo, Katie Kirchoff, Jean Craig, Jihad Obeid, Vianney Jouhet, Romain Griffier, Sébastien Cossin, Bertrand Moal, Antonio Bellasi, Hans Prokosch, Detlef Kraska, Piotr Sliz, Amelia Tan, Kee Yuan Ngiam, Alberto Zambelli, Danielle Mowery, Emily Schiver, Batsal Devkota, Robert Bradford, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Vincent Benoit, Romain Bey, Nicolas Paris, Patricia Serre, Nina Orlova, Julien Dubiel, Martin Hilka, Stephane Breant, Judith Leblanc, Nicolas Griffon, Anita Burgun, Melodie Bernaux, Arnaud Sandrin, Elisa Salamanca, Sylvie Cormont, Thomas Ganslandt, Tobias Gradinger, Julien Champ, Martin Boeker, Patricia Martel, Loïc Estève, Alexandre Gramfort, Olivier Grisel, Damien Leprovost, Thomas Moreau, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Demian Wassermann, Arthur Mensch, Charlotte Caucheteux, Christian Haverkamp, Guillaume Lemaître, Silvano Bosari, Andrew South, Tianxi Cai, Isaac Kohane
article: npj Digital Medicine, Nature Research 2020, 3 (1), pp.#109. ⟨10.1038/s41746-020-00308-0⟩
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titre: Causal inference methods for combining randomized trials and observational studies: a review
auteur_8max: Bénédicte Colnet, Imke Mayer, Guanhua Chen, Awa Dieng, Ruohong Li, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Vert, Julie Josse, Shu Yang
article: 2020
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titre: Hydroxychloroquine with or without azithromycin and in-hospital mortality or discharge in patients hospitalized for COVID-19 infection: a cohort study of 4,642 in-patients in France
auteur_8max: Emilie Sbidian, Julie Josse, Guillaume Lemaître, Imke Mayer, Melodie Bernaux, Alexandre Gramfort, Nathanaël Lapidus, Nicolas Paris, Antoine Neuraz, Ivan Lerner, Nicolas Garcelon, Bastien Rance, Olivier Grisel, Thomas Moreau, Ali Bellamine, Pierre Wolkenstein, Gaël Varoquaux, Eric Caumes, Marc Lavielle, Armand Mekontso Dessap, Etienne Audureau
article: 2020
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titre: Beyond brain age: Empirically-derived proxy measures of mental health
auteur_8max: Kamalaker Dadi, Gael Varoquaux, Josselin Houenou, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Denis Engemann
article: 2020
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titre: Individual Brain Charting dataset extension, second release of high-resolution fMRI data for cognitive mapping
auteur_8max: Ana Luísa Pinho, Alexis Amadon, Baptiste Gauthier, Nicolas Clairis, André Knops, Sarah Genon, Elvis Dohmatob, Juan Jesús Torre, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Eric Salmon, Manuela Piazza, David Melcher, Mathias Pessiglione, Virginie van Wassenhove, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion
article: Scientific Data , Nature Publishing Group, 2020, 7 (1), ⟨10.1038/s41597-020-00670-4⟩
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titre: Linear predictor on linearly-generated data with missing values: non consistency and solutions
auteur_8max: Marine Le Morvan, Nicolas Prost, Julie Josse, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux
article: AISTATS 2020 - International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, Aug 2020, Online, France. pp.3165-3174
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titre: Fine-grain atlases of functional modes for fMRI analysis
auteur_8max: Kamalaker Dadi, Gaël Varoquaux, Antonia Machlouzarides-Shalit, Krzysztof Gorgolewski, Demian Wassermann, Bertrand Thirion, Arthur Mensch
article: NeuroImage, Elsevier, 2020, pp.117126
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titre: On the consistency of supervised learning with missing values
auteur_8max: Julie Josse, Nicolas Prost, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux
article: 2020
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titre: Combining magnetoencephalography with magnetic resonance imaging enhances learning of surrogate-biomarkers
auteur_8max: Denis Engemann, Oleh Kozynets, David Sabbagh, Guillaume Lemaître, Gaël Varoquaux, Franziskus Liem, Alexandre Gramfort
article: eLife, eLife Sciences Publication, 2020, ⟨10.7554/eLife.54055⟩
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titre: Predictive regression modeling with MEG/EEG: from source power to signals and cognitive states
auteur_8max: David Sabbagh, Pierre Ablin, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Denis Engemann
article: NeuroImage, Elsevier, 2020, ⟨10.1016/j.neuroimage.2020.116893⟩
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titre: NeuroQuery, comprehensive meta-analysis of human brain mapping
auteur_8max: Jérôme Dockès, Russell Poldrack, Romain Primet, Hande Gözükan, Tal Yarkoni, Fabian Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: eLife, eLife Sciences Publication, 2020
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titre: Fine-grain atlases of functional modes for fMRI analysis
auteur_8max: Kamalaker Dadi, Gaël Varoquaux, Antonia Machlouzarides-Shalit, Krzysztof Jacek Gorgolewski, Demian Wassermann, Bertrand Thirion, Arthur Mensch
article: 2020
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titre: Survey of machine-learning experimental methods at NeurIPS2019 and ICLR2020
auteur_8max: Xavier Bouthillier, Gaël Varoquaux
article: [Research Report] Inria Saclay Ile de France. 2020
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titre: Encoding high-cardinality string categorical variables
auteur_8max: Patricio Cerda, Gaël Varoquaux
article: IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, In press, ⟨10.1109/TKDE.2020.2992529⟩
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2019

titre: Manifold-regression to predict from MEG/EEG brain signals without source modeling
auteur_8max: David Sabbagh, Pierre Ablin, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Denis Engemann
article: NeurIPS 2019 - 33th Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada
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titre: Feature Grouping as a Stochastic Regularizer for High-Dimensional Structured Data
auteur_8max: Sergül Aydöre, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: NeurIPS 2019 - 33th Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada
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titre: Comparing distributions: $l1$ geometry improves kernel two-sample testing
auteur_8max: Meyer Scetbon, Gaël Varoquaux
article: NeurIPS 2019 - 33th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada
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titre: Brain-based ranking of cognitive domains to predict schizophrenia
auteur_8max: Teresa Karrer, Danielle S. Bassett, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Angela Laird, Peter Fox, Simon Eickhoff, Olivier Grisel, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok
article: Human Brain Mapping, Wiley, 2019, 40, pp.4487-4507. ⟨10.1002/hbm.24716⟩
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titre: Benchmarking functional connectome-based predictive models for resting-state fMRI
auteur_8max: Kamalaker Dadi, Mehdi Rahim, Alexandre Abraham, Darya Chyzhyk, Michael Milham, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: NeuroImage, Elsevier, 2019, pp.115-134. ⟨10.1016/j.neuroimage.2019.02.062⟩
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titre: Predictive models avoid excessive reductionism in cognitive neuroimaging
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Russell Poldrack
article: Current Opinion in Neurobiology, Elsevier, In press, 55, ⟨10.1016/j.conb.2018.11.002⟩
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titre: Population shrinkage of covariance (PoSCE) for better individual brain functional-connectivity estimation
auteur_8max: Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: Medical Image Analysis, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/j.media.2019.03.001⟩
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2018

titre: Atlases of cognition with large-scale human brain mapping
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Russell Poldrack, Baptiste Gauthier, Danilo Bzdok, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2018, 14 (11), pp.e1006565. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006565⟩
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titre: Approximate message-passing for convex optimization with non-separable penalties
auteur_8max: Andre Manoel, Florent Krzakala, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Lenka Zdeborová
article: 2018
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titre: Subspecialization within default mode nodes characterized in 10,000 UK Biobank participants
auteur_8max: Julius Kernbach, B Yeo, Jonathan Smallwood, Daniel Margulies, Michel Thiebaut de Schotten, Henrik Walter, Mert Sabuncu, Avram Holmes, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok
article: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2018, ⟨10.1073/pnas.1804876115⟩
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titre: Text to brain: predicting the spatial distribution of neuroimaging observations from text reports
auteur_8max: Jérôme Dockès, Demian Wassermann, Russell Poldrack, Fabian Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: MICCAI 2018 - 21st International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2018, Granada, Spain. pp.1-18
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titre: Shared Endo-phenotypes of Default Mode Dysfunction in Attention Deficit/Hyperactivity Disorder and Autism Spectrum Disorder
auteur_8max: Julius Kernbach, Theodore Satterthwaite, Danielle S. Bassett, Jonathan Smallwood, Daniel Margulies, Sarah Krall, Philip Shaw, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Kerstin Konrad, Danilo Bzdok
article: Translational Psychiatry, Nature Pub. Group, 2018
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titre: Similarity encoding for learning with dirty categorical variables
auteur_8max: Patricio Cerda, Gaël Varoquaux, Balázs Kégl
article: Machine Learning, Springer Verlag, 2018, ⟨10.1007/s10994-018-5724-2⟩
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titre: Individual Brain Charting, a high-resolution fMRI dataset for cognitive mapping
auteur_8max: Ana Pinho, Alexis Amadon, Torsten Ruest, Murielle Fabre, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Philippe Pinel, Evelyn Eger, Gael Varoquaux, Christophe Pallier, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion
article: Scientific Data , Nature Publishing Group, 2018, 5, pp.180105. ⟨10.1038/sdata.2018.105⟩
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titre: Controlling a confound in predictive models with a test set minimizing its effect
auteur_8max: Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Michael Milham
article: PRNI 2018 - 8th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2018, Singapore, Singapore. pp.1-4
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titre: Prediction and inference diverge in biomedicine: Simulations and real-world data
auteur_8max: Danilo Bzdok, Denis Engemann, Olivier Grisel, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: 2018
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titre: Inter-subject registration of functional images: do we need anatomical images ?
auteur_8max: Elvis Dohmatob, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: Frontiers in Neuroscience, Frontiers, In press
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titre: Different shades of default mode disturbance in schizophrenia: Subnodal covariance estimation in structure and function
auteur_8max: Jeremy Lefort-Besnard, Danielle S Bassett, Jonathan Smallwood, Daniel S. Margulies, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Simon Eickhoff, Danilo Bzdok
article: Human Brain Mapping, Wiley, 2018, pp.1-52
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titre: Stochastic Subsampling for Factorizing Huge Matrices
auteur_8max: Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: IEEE Transactions on Signal Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2018, 66 (1), pp.113-128. ⟨10.1109/TSP.2017.2752697⟩
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titre: Patterns of Schizophrenia Symptoms: Hidden Structure in the PANSS Questionnaire
auteur_8max: Jeremy Lefort-Besnard, Gaël Varoquaux, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Iris Sommer, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok
article: Translational Psychiatry, Nature Pub. Group, In press, ⟨10.1038/s41398-018-0294-4⟩
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titre: Atlases of cognition with large-scale brain mapping
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Russell Poldrack, Baptiste Gauthier, Danilo Bzdok, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: PLoS Computational Biology, Public Library of Science, In press
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2017

titre: Learning Neural Representations of Human Cognition across Many fMRI Studies
auteur_8max: Arthur Mensch, Julien Mairal, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, United States
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titre: Label scarcity in biomedicine: Data-rich latent factor discovery enhances phenotype prediction
auteur_8max: Marc-Andre Schulz, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok
article: Neural Information Processing Systems, Machine Learning in Health Workshop, Dec 2017, Long Beach, United States
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titre: Population-shrinkage of covariance to estimate better brain functional connectivity
auteur_8max: Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: Medical Image Computing and Computer Assisted Interventions, Sep 2017, Quebec city, Canada
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titre: Relating Brain Structures To Open-Ended Descriptions Of Cognition
auteur_8max: Jérôme Dockès, Olivier Grisel, Joan Massich, Fabian Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: CCN 2017 - Conference on Cognitive Computational Neuroscience, Sep 2017, New York, United States. 10 (2), pp.59 - 63, 2017, ⟨10.1016/j.tics.2005.12.004⟩
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titre: Decoding fMRI activity in the time domain improves classification performance
auteur_8max: João Loula, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: NeuroImage, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.08.018⟩
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titre: Learning to Discover Sparse Graphical Models
auteur_8max: Eugene Belilovsky, Kyle Kastner, Gaël Varoquaux, Matthew Blaschko
article: International Conference on Machine Learning , Aug 2017, Sydney, Australia
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titre: Hierarchical Region-Network Sparsity for High-Dimensional Inference in Brain Imaging
auteur_8max: Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: International conference on Information Processing in Medical Imaging (IPMI) 2017, Jun 2017, Boone, North Carolina, United States
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titre: Joint prediction of multiple scores captures better individual traits from brain images
auteur_8max: Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok, Irène Buvat, Gaël Varoquaux
article: NeuroImage, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.06.072⟩
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titre: Cross-validation failure: small sample sizes lead to large error bars
auteur_8max: Gaël Varoquaux
article: NeuroImage, Elsevier, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.06.061⟩
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titre: Multi-output predictions from neuroimaging: assessing reduced-rank linear models
auteur_8max: Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: PRNI 2017 - The 7th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2017, Toronto, Canada. pp.1 - 4, ⟨10.1109/PRNI.2017.7981504⟩
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titre: Towards a Faster Randomized Parcellation Based Inference
auteur_8max: Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: PRNI 2017 - 7th International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2017, Toronto, Canada
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titre: Distinct alterations in Parkinson's Medication-state and Disease-state Connectivity Running Title: PD altered connectivity
auteur_8max: Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael Greicius, Kathleen Poston
article: Neuroimage-Clinical, Elsevier, 2017
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titre: FReM – scalable and stable decoding with fast regularized ensemble of models
auteur_8max: Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Bertrand Thirion
article: NeuroImage, Elsevier, 2017, pp.1-16. ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.10.005⟩
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2016

titre: Subsampled online matrix factorization with convergence guarantees
auteur_8max: Arthur Mensch, Julien Mairal, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: NIPS Workshop on Optimization for Machine Learning, Dec 2016, Barcelone, Spain
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titre: Learning brain regions via large-scale online structured sparse dictionary-learning
auteur_8max: Elvis Dohmatob, Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: Neural Information Processing Systems (NIPS), Dec 2016, Barcelona, Spain
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titre: Testing for Differences in Gaussian Graphical Models: Applications to Brain Connectivity
auteur_8max: Eugene Belilovsky, Gaël Varoquaux, Matthew B. Blaschko
article: Neural Information Processing Systems (NIPS) 2016, Dec 2016, Barcelona, Spain
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titre: Deriving reproducible biomarkers from multi-site resting-state data: An Autism-based example
auteur_8max: Alexandre Abraham, Michael Milham, Adriana Di Martino, R. Cameron Craddock, Dimitris Samaras, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.045⟩
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titre: Exploring the anatomical encoding of voice with a mathematical model of the vocal system.
auteur_8max: M Florencia Assaneo, Jacobo Sitt, Gaël Varoquaux, Mariano Sigman, Laurent Cohen, Marcos A Trevisan
article: NeuroImage, Elsevier, 2016, 141, pp.31-9. ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.07.033⟩
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titre: Predicting brain-age from multimodal imaging data captures cognitive impairment
auteur_8max: Franziskus Liem, Gaël Varoquaux, Jana Kynast, Frauke Beyer, Shahrzad Kharabian Masouleh, Julia M. Huntenburg, Leonie Lampe, Mehdi Rahim, Alexandre Abraham, R. Cameron Craddock, Steffi Riedel-Heller, Tobias Luck, Markus Loeffler, Matthias L. Schroeter, Anja Veronica Witte, Daniel S. Margulies
article: NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.11.005⟩
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titre: Transmodal Learning of Functional Networks for Alzheimer's Disease Prediction
auteur_8max: Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Claude Comtat, Gaël Varoquaux
article: IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, IEEE, 2016, 10 (7), pp.1204 - 1213. ⟨10.1109/JSTSP.2016.2600400⟩
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titre: Recursive nearest agglomeration (ReNA): fast clustering for approximation of structured signals
auteur_8max: Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Jonas Kahn, Bertrand Thirion
article: IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Institute of Electrical and Electronics Engineers, In press, XX, ⟨10.1109/TPAMI.2018.2815524⟩
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titre: Neuroimaging Research: From Null-Hypothesis Falsification to Out-of-sample Generalization
auteur_8max: Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: Educational and Psychological Measurement, SAGE Publications, 2016
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titre: The Brain Imaging Data Structure: a format for organizing and describing neuroimaging data
auteur_8max: Krzysztof Gorgolewski, Tibor Auer, Vince D Calhoun, Cameron Craddock, Samir Das, Eugene Duff, Guillaume Flandin, Satrajit Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, B. Nolan Nichols, Thomas E Nichols, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, Jessica Turner, Gaël Varoquaux, Russell Poldrack
article: 22nd Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2016), Jun 2016, Geneva, Switzerland
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titre: Comparing functional connectivity based predictive models across datasets
auteur_8max: Kamalaker Dadi, Alexandre Abraham, Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: PRNI 2016: 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy
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titre: Fast brain decoding with random sampling and random projections
auteur_8max: Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: PRNI 2016: the 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy
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titre: Social-sparsity brain decoders: faster spatial sparsity
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Matthieu Kowalski, Bertrand Thirion
article: Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2016, Trento, Italy
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titre: The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments
auteur_8max: Krzysztof Gorgolewski, Tibor Auer, Vince Calhoun, Cameron Craddock, Samir Das, Eugene Duff, Guillaume Flandin, Satrajit Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, Nolan Nichols, Thomas Nichols, John Pellman, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, William Triplett, Jessica Turner, Gaël Varoquaux, Russell Poldrack
article: Scientific Data , Nature Publishing Group, 2016, 3, pp.160044. ⟨10.1038/sdata.2016.44⟩
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titre: Dictionary Learning for Massive Matrix Factorization
auteur_8max: Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: International Conference on Machine Learning, Jun 2016, New York, United States. pp.1737-1746
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titre: Formal Models of the Network Co-occurrence Underlying Mental Operations
auteur_8max: Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Michael Eickenberg, Cyril Poupon, Bertrand Thirion
article: PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, ⟨10.1371/journal.pcbi.1004994⟩
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titre: Compressed Online Dictionary Learning for Fast Resting-State fMRI Decomposition
auteur_8max: Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: International Symposium on Biomedical Imaging, IEEE, Apr 2016, Prague, Czech Republic. pp.1282-1285, ⟨10.1109/ISBI.2016.7493501⟩
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titre: Local Q-Linear Convergence and Finite-time Active Set Identification of ADMM on a Class of Penalized Regression Problems
auteur_8max: Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: ICASSP, International Conference on Acoustics, Speach, and Signal Processing, Mar 2016, http://icassp2016.org/default.asp, China
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titre: Connectivity-Based Parcellation: Critique and Implications
auteur_8max: Simon Eickhoff, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Danilo Bzdok
article: Human Brain Mapping, Wiley, 2016, pp.22. ⟨10.1002/hbm.22933⟩
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titre: Assessing and tuning brain decoders: cross-validation, caveats, and guidelines
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Pradeep Reddy Raamana, Denis Engemann, Andrés Hoyos-Idrobo, Yannick Schwartz, Bertrand Thirion
article: NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.038⟩
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titre: Beyond computational reproducibility, let us aim for reusability
auteur_8max: Gaël Varoquaux
article: IEEE CIS Newsletter on Cognitive and Developmental Systems, IEEE CIS Technical Committee on CDS, 2016, What is Computational Reproducibility?, 13 (2)
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titre: Seeing it all: Convolutional network layers map the function of the human visual system
auteur_8max: Michael Eickenberg, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: NeuroImage, Elsevier, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.001⟩
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2015

titre: Semi-Supervised Factored Logistic Regression for High-Dimensional Neuroimaging Data
auteur_8max: Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Olivier Grisel, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: NIPS'15: 28th International Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2015, Montreal, Canada
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titre: Integrating Multimodal Priors in Predictive Models for the Functional Characterization of Alzheimer's Disease
auteur_8max: Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Alexandre Abraham, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Claude Comtat, Gael Varoquaux
article: Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2015, Munich, Germany. ⟨10.1007/978-3-319-24553-9_26⟩
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titre: Total Variation meets Sparsity: statistical learning with segmenting penalties
auteur_8max: Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: Medical Image Computing and Computer Aided Intervention (MICCAI), Oct 2015, München, Germany
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titre: FAASTA: A fast solver for total-variation regularization of ill-conditioned problems with application to brain imaging
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertand Thirion
article: Colloque GRETSI, P. Gonçalves, P. Abry, Sep 2015, Lyon, France
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titre: Correlations of correlations are not reliable statistics: implications for multivariate pattern analysis.
auteur_8max: Bertrand Thirion, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux
article: ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Bertrand Thirion, Lars Kai Hansen, Sanmi Koyejo, Jul 2015, Lille, France
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titre: Fast clustering for scalable statistical analysis on structured images
auteur_8max: Bertrand Thirion, Andrés Hoyos-Idrobo, Jonas Kahn, Gaël Varoquaux
article: ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Bertrand Thirion, Lars Kai Hansen, Sanmi Koyejo, Jul 2015, Lille, France
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titre: Convex relaxations of penalties for sparse correlated variables with bounded total variation
auteur_8max: Eugene Belilovsky, Andreas Argyriou, Gaël Varoquaux, Matthew Blaschko
article: Machine Learning, Springer Verlag, 2015, pp.1-21. ⟨10.1007/s10994-015-5511-2⟩
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titre: NeuroVault.org: new features and a proof of concept analysis
auteur_8max: Krzysztof Gorgolewski, Gaël Varoquaux, Gabriel Rivera, Joseph Wexler, Yannick Schwartz, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Thomas E Nichols, Jean Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies, Russell Poldrack
article: 21st Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2015), Jun 2015, Honolulu, United States
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titre: SpaceNet: Multivariate brain decoding and segmentation
auteur_8max: Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: OHBM, Jun 2015, Honolulu, Hawaii, United States
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titre: Improving sparse recovery on structured images with bagged clustering
auteur_8max: Andrés Hoyos-Idrobo, Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: International Workshop On Pattern Recognition In Neuroimaging (PRNI), 2015, Jun 2015, Palo alto, United States
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titre: Speeding-up model-selection in GraphNet via early-stopping and univariate feature-screening
auteur_8max: Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: PRNI, Jun 2015, Stanford, United States
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titre: NeuroVault.org: A repository for sharing unthresholded statistical maps, parcellations, and atlases of the human brain
auteur_8max: Krzysztof Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwartz, Vanessa Sochat, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Thomas Nichols, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies, Russell Poldrack
article: NeuroImage, Elsevier, 2015, 124 (Pt B), pp.1242-1244. ⟨10.1016/j.neuroimage.2015.04.016⟩
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titre: NeuroVault.org: a web-based repository for collecting and sharing unthresholded statistical maps of the human brain
auteur_8max: Krzysztof Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwarz, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Vanessa Sochat, Thomas Nichols, Russell Poldrack, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies
article: Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2015, 9 (8), ⟨10.3389/fninf.2015.00008⟩
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titre: Transport on Riemannian Manifold for Connectivity-based Brain Decoding
auteur_8max: Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael D Greicius, Bertrand Thirion
article: IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, PP (99), pp.9. ⟨10.1109/TMI.2015.2463723⟩
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titre: Scipy Lecture Notes
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Emmanuelle Gouillart, Olav Vahtras, Valentin Haenel, Nicolas P. Rougier, Ralf Gommers, Fabian Pedregosa, Zbigniew Jędrzejewski-Szmek, Pauli Virtanen, Christophe Combelles, Didrik Pinte, Robert Cimrman, André Espaze, Adrien Chauve, Christopher Burns
article: Zenodo, 2015, ⟨10.5281/zenodo.31736⟩
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2014

titre: Identification of Mood-Relevant Brain Connections Using a Continuous, Subject-Driven Rumination Paradigm.
auteur_8max: Anna-Clare Milazzo, Bernard Ng, Heidi Jiang, William Shirer, Gael Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael D Greicius
article: Cerebral Cortex, Oxford University Press (OUP), 2014, pp.12
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titre: Deriving a multi-subject functional-connectivity atlas to inform connectome estimation
auteur_8max: Ronald Phlypo, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2014, Boston, United States. pp.185-192, ⟨10.1007/978-3-319-10443-0_24⟩
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titre: Transport on Riemannian Manifold for Functional Connectivity-based Classification
auteur_8max: Bernard Ng, Martin Dressler, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael Greicius, Bertrand Thirion
article: MICCAI - 17th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Polina Golland, Sep 2014, Boston, United States
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titre: Principal Component Regression predicts functional responses across individuals
auteur_8max: Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Cyril Poupon, Philippe Pinel
article: MICCAI, Sep 2014, Boston, United States
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titre: Region segmentation for sparse decompositions: better brain parcellations from rest fMRI
auteur_8max: Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gael Varoquaux
article: Sparsity Techniques in Medical Imaging, Sep 2014, Boston, United States. pp.8
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titre: Benchmarking solvers for TV-l1 least-squares and logistic regression in brain imaging
auteur_8max: Elvis Dohmatob, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: PRNI 2014 - 4th International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2014, Tübingen, Germany
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titre: Which fMRI clustering gives good brain parcellations?
auteur_8max: Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Elvis Dohmatob, Jean-Baptiste Poline
article: Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2014, 8 (167), pp.13. ⟨10.3389/fnins.2014.00167⟩
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titre: Machine Learning Patterns for Neuroimaging-Genetic Studies in the Cloud
auteur_8max: Benoit da Mota, Radu Tudoran, Alexandru Costan, Gaël Varoquaux, Goetz Brasche, Patricia J. Conrod, Hervé Lemaitre, Tomáš Paus, Marcella Rietschel, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion
article: Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2014, Recent advances and the future generation of neuroinformatics infrastructure, 8, ⟨10.3389/fninf.2014.00031⟩
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titre: How machine learning is shaping cognitive neuroimaging
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: GigaScience, BioMed Central, 2014, 3, pp.28. ⟨10.1186/2047-217X-3-28⟩
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2013

titre: Mapping cognitive ontologies to and from the brain
auteur_8max: Yannick Schwartz, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: NIPS (Neural Information Processing Systems), Dec 2013, United States
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titre: Machine Learning for Neuroimaging with Scikit-Learn
auteur_8max: Alexandre Abraham, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Philippe Gervais, Andreas Muller, Jean Kossaifi, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: Frontiers in Neuroscience, Frontiers, 2013, pp.15. ⟨10.3389/fninf.2014.00014⟩
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titre: Randomized parcellation based inference.
auteur_8max: Benoit da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Tobias Banaschewski, Gareth J. Barker, Arun L. W. Bokde, Uli Bromberg, Patricia J. Conrod, Jürgen Gallinat, Hugh Garavan, Jean-Luc Martinot, Frauke Nees, Tomáš Paus, Zdenka Pausova, Marcella Rietschel, Michael N. Smolka, Andreas Ströhle, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: NeuroImage, Elsevier, 2013, epub ahead of print. ⟨10.1016/j.neuroimage.2013.11.012⟩
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titre: Learning and comparing functional connectomes across subjects
auteur_8max: Gaël Varoquaux, R. Cameron Craddock
article: NeuroImage, Elsevier, 2013, 80, pp.405-415. ⟨10.1016/j.neuroimage.2013.04.007⟩
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titre: API design for machine learning software: experiences from the scikit-learn project
auteur_8max: Lars Buitinck, Gilles Louppe, Mathieu Blondel, Fabian Pedregosa, Andreas Mueller, Olivier Grisel, Vlad Niculae, Peter Prettenhofer, Alexandre Gramfort, Jaques Grobler, Robert Layton, Jake Vanderplas, Arnaud Joly, Brian Holt, Gaël Varoquaux
article: European Conference on Machine Learning and Principles and Practices of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2013, Prague, Czech Republic
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titre: Extracting brain regions from rest fMRI with Total-Variation constrained dictionary learning
auteur_8max: Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gaël Varoquaux
article: MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan
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titre: Implications of Inconsistencies between fMRI and dMRI on Multimodal Connectivity Estimation
auteur_8max: Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Kensaku Mori, Sep 2013, Nagoya, Japan
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titre: Enhancing the Reproducibility of Group Analysis with Randomized Brain Parcellations
auteur_8max: Benoit da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan
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titre: A framework for inter-subject prediction of functional connectivity from structural networks
auteur_8max: Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, David Sharp, Christian Ledig, Robert Leech, Daniel Rueckert
article: IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, epub ahead of print, ⟨10.1109/TMI.2013.2276916⟩
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titre: A Novel Sparse Group Gaussian Graphical Model for Functional Connectivity Estimation
auteur_8max: Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Information Processing in Medical Imaging, Jun 2013, Asilomar, United States
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titre: Cohort-level brain mapping: learning cognitive atoms to single out specialized regions
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Philippe Pinel, Bertrand Thirion
article: IPMI - Information Processing in Medical Imaging - 2013, William M. Wells, Sarang Joshi, Kilian M. Pohl, Jun 2013, Asilomar, United States. pp.438-449, ⟨10.1007/978-3-642-38868-2_37⟩
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titre: A Comparison of Metrics and Algorithms for Fiber Clustering
auteur_8max: Viviana Siless, Sergio Medina, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States
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titre: Hemodynamic estimation based on Consensus Clustering
auteur_8max: Solveig Badillo, Gaël Varoquaux, Philippe Ciuciu
article: PRNI 2013 -- 3rd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States
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titre: Identifying predictive regions from fMRI with TV-L1 prior
auteur_8max: Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux
article: Pattern Recognition in Neuroimaging (PRNI), Jun 2013, Philadelphia, United States
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titre: Robust Group-Level Inference in Neuroimaging Genetic Studies
auteur_8max: Virgile Fritsch, Benoit da Mota, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Eva Loth, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2013, Philadelphie, United States
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titre: Spatial vs. Temporal Features in ICA of Resting-State fMRI - A Quantitative and Qualitative Investigation in the Context of Response Inhibition
auteur_8max: Lixia Tian, Yazhuo Kong, Juejing Ren, Gaël Varoquaux, Yufeng Zang, Stephen Smith
article: PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, ⟨10.1371/journal.pone.0066572⟩
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titre: Publishing scientific software matters
auteur_8max: Christophe Pradal, Gaël Varoquaux, Hans Peter Langtangen
article: Journal of computational science, Elsevier, 2013, 4 (5), pp.311 - 312. ⟨10.1016/j.jocs.2013.08.001⟩
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2012

titre: Hyperfrontality and hypoconnectivity during refreshing in schizophrenia.
auteur_8max: Marie-Laure Grillon, Catherine Oppenheim, Gaël Varoquaux, Frédérique Charbonneau, Anne-Dominique Devauchelle, Marie-Odile Krebs, Franck Bayle, Bertrand Thirion, Caroline Huron
article: Psychiatry Research: Neuroimaging, Elsevier, 2012, 211 (3), pp.226-233. ⟨10.1016/j.pscychresns.2012.09.001⟩
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titre: Non-parametric Density Modeling and Outlier Detection in Medical Imaging Datasets
auteur_8max: Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Machine Learning in Medical Imaging - Miccai 2012 workshop, Oct 2012, Nice, France. pp.207-214
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titre: Improving accuracy and power with transfer learning using a meta-analytic database
auteur_8max: Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Philippe Pinel, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: MICCAI, Oct 2012, Nice, France. pp.1-8
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titre: A Novel Sparse Graphical Approach for Multimodal Brain Connectivity Inference
auteur_8max: Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France
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titre: A MapReduce Approach for Ridge Regression in Neuroimaging-Genetic Studies
auteur_8max: Benoit da Mota, Michael Eickenberg, Soizic Laguitton, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: DCICTIA-MICCAI - Data- and Compute-Intensive Clinical and Translational Imaging Applications in conjonction with the 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2012, Oct 2012, Nice, France
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titre: Learning to rank from medical imaging data
auteur_8max: Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort
article: Third International Workshop on Machine Learning in Medical Imaging - MLMI 2012, INRIA, Oct 2012, Nice, France
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titre: A fast computational framework for genome-wide association studies with neuroimaging data
auteur_8max: Benoit da Mota, Vincent Frouin, Edouard Duchesnay, Soizic Laguitton, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: 20th International Conference on Computational Statistics (COMPSTAT 2012), Aug 2012, Limassol, Cyprus
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titre: On spatial selectivity and prediction across conditions with fMRI
auteur_8max: Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom. pp.53-56
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titre: Connectivity-informed Sparse Classifiers for fMRI Brain Decoding
auteur_8max: Bernard Ng, Viviana Siless, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Rafeef Abugharbieh
article: Pattern Recognition in Neuroimaging, Christos Davatzikos, Moritz Grosse-Wentrup, Janaina Mourao-Miranda, Dimitri Van De Ville, Jul 2012, London, United Kingdom
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titre: Improved brain pattern recovery through ranking approaches
auteur_8max: Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort
article: PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom
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titre: Decoding Visual Percepts Induced by Word Reading with fMRI
auteur_8max: Alexandre Gramfort, Christophe Pallier, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: Pattern Recognition in NeuroImaging (PRNI), 2012 International Workshop on, Jul 2012, Londres, United Kingdom. pp.13-16, ⟨10.1109/PRNI.2012.20⟩
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titre: Small-sample brain mapping: sparse recovery on spatially correlated designs with randomization and clustering
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion
article: International Conference on Machine Learning, Andrew McCallum, Jun 2012, Edimbourg, United Kingdom
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titre: PyXNAT: XNAT in Python
auteur_8max: Yannick Schwartz, Alexis Barbot, Benjamin Thyreau, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Aditya Siram, Daniel Marcus, Jean-Baptiste Poline
article: Frontiers in Neuroinformatics, Frontiers, 2012, 6 (12), pp.1-14. ⟨10.3389/fninf.2012.00012⟩
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titre: Detecting Outliers in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Robust Covariance Estimators
auteur_8max: Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Benjamin Thyreau, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Medical Image Analysis, Elsevier, 2012, 16, pp.1359-1370. ⟨10.1016/j.media.2012.05.002⟩
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titre: Markov models for fMRI correlation structure: is brain functional connectivity small world, or decomposable into networks?
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Journal of Physiology - Paris, Elsevier, 2012, 106, pp.212-221. ⟨10.1016/j.jphysparis.2012.01.001⟩
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titre: Changing computational research. The challenges ahead.
auteur_8max: Cameron Neylon, Jan Aerts, C Titus Brown, Simon J Coles, Les Hatton, Daniel Lemire, K Jarrod Millman, Peter Murray-Rust, Fernando Perez, Neil Saunders, Nigam Shah, Arfon Smith, Gaël Varoquaux, Egon Willighagen
article: Source Code for Biology and Medicine, BioMed Central, 2012, 7 (2), pp.2. ⟨10.1186/1751-0473-7-2⟩
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titre: In Situ Synchrotron Microtomography Reveals Multiple Reaction Pathways During Soda-Lime Glass Synthesis
auteur_8max: Emmanuelle Gouillart, Michael-J. Toplis, Julien Grynberg, Marie-Hélène Chopinet, Elin Sondergard, Luc Salvo, Michel Suéry, Marco Di Michiel, Gaël Varoquaux
article: Journal of the American Ceramic Society, Wiley, 2012, 95 (5), pp.1504-1507. ⟨10.1111/j.1551-2916.2012.05151.x⟩
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2011

titre: Statistical Learning for Resting-State fMRI: Successes and Challenges
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging, NIPS workshop, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. pp.172-177, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_22⟩
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titre: A Comparative Study of Algorithms for Intra- and Inter-subjects fMRI Decoding
auteur_8max: Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: MLINI - Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging - 2011, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. pp.1-8, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_1⟩
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titre: Beyond brain reading: randomized sparsity and clustering to simultaneously predict and identify
auteur_8max: Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: NIPS 2011 MLINI Workshop, Dec 2011, Granada, Spain. pp.9-16, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_2⟩
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titre: Scikit-learn: Machine Learning in Python
auteur_8max: Fabian Pedregosa, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Vincent Michel, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Mathieu Blondel, Peter Prettenhofer, Ron Weiss, Vincent Dubourg, Jake Vanderplas, Alexandre Passos, David Cournapeau, Matthieu Brucher, Matthieu Perrot, Édouard Duchesnay
article: Journal of Machine Learning Research, Microtome Publishing, 2011
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titre: Detecting Outlying Subjects in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Regularized Minimum Covariance Determinant
auteur_8max: Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Thyreau Benjamin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. pp. 264-271, ⟨10.1007/978-3-642-23626-6_33⟩
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titre: Connectivity-informed fMRI Activation Detection
auteur_8max: Bernard Ng, Abugharbieh Rafeef, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Medical Image Computing and Computed Aided Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.285-292, ⟨10.1007/978-3-642-23629-7_35⟩
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titre: A probabilistic framework to infer brain functional connectivity from anatomical connections
auteur_8max: Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Emma Robinson, David Sharp, David Edwards, Daniel Rueckert
article: Information Processing in Medical Imaging, Gábor Székely, Horst Hahn, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. pp.296-307, ⟨10.1007/978-3-642-22092-0_25⟩
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titre: Multi-subject dictionary learning to segment an atlas of brain spontaneous activity
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Fabian Pedregosa, Vincent Michel, Bertrand Thirion
article: Information Processing in Medical Imaging, Gábor Székely, Horst Hahn, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. pp.562-573, ⟨10.1007/978-3-642-22092-0_46⟩
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titre: A supervised clustering approach for fMRI-based inference of brain states
auteur_8max: Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Christine Keribin, Bertrand Thirion
article: Pattern Recognition, Elsevier, 2011, epub ahead of print. ⟨10.1016/j.patcog.2011.04.006⟩
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titre: MULTIFRACTAL ANALYSIS OF RESTING STATE NETWORKS IN FUNCTIONAL MRI
auteur_8max: Philippe Ciuciu, Gaël Varoquaux, Patrice Abry, Moty Almog
article: IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2011, Chicago, United States. paper ID 1544
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titre: The NumPy array: a structure for efficient numerical computation
auteur_8max: Stefan van der Walt, S. Chris Colbert, Gaël Varoquaux
article: Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 13 (2), pp.22-30. ⟨10.1109/MCSE.2011.37⟩
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titre: Total variation regularization for fMRI-based prediction of behaviour.
auteur_8max: Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Bertrand Thirion
article: IEEE Transactions on Medical Imaging, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 30 (7), pp.1328 - 1340. ⟨10.1109/TMI.2011.2113378⟩
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titre: Mayavi: 3D visualization of scientific data
auteur_8max: Prabhu Ramachandran, Gaël Varoquaux
article: Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2011, 13 (2), pp.40-51. ⟨10.1109/MCSE.2011.35⟩
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2010

titre: Brain covariance selection: better individual functional connectivity models using population prior
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Advances in Neural Information Processing Systems, John Lafferty, Dec 2010, Vancouver, Canada
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titre: Detection of brain functional-connectivity difference in post-stroke patients using group-level covariance modeling
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Flore Baronnet, Andreas Kleinschmidt, Pierre Fillard, Bertrand Thirion
article: Medical Image Computing and Computer Added Intervention, Tianzi Jiang, Sep 2010, Beijing, China. ⟨10.1007/978-3-642-15705-9_25⟩
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titre: Accurate Definition of Brain Regions Position Through the Functional Landmark Approach
auteur_8max: Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline
article: 13th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2010, Beijing, China
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titre: Total Variation regularization enhances regression-based brain activity prediction
auteur_8max: Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion
article: 1st ICPR Workshop on Brain Decoding - Pattern recognition challenges in neuroimaging - 20th International Conference on Pattern Recognition, Aug 2010, Istanbul, Turkey. pp.9-12, ⟨10.1109/WBD.2010.13⟩
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titre: A group model for stable multi-subject ICA on fMRI datasets.
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Philippe Pinel, Andreas Kleinschmidt, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: NeuroImage, Elsevier, 2010, 51 (1), pp.288-99. ⟨10.1016/j.neuroimage.2010.02.010⟩
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titre: ICA-based sparse feature recovery from fMRI datasets
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Merlin Keller, Jean Baptiste Poline, Philippe Ciuciu, Bertrand Thirion
article: Biomedical Imaging, IEEE International Symposium on, Apr 2010, Rotterdam, Netherlands. pp.1177
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2009

titre: How to estimate the differential acceleration in a two-species atom interferometer to test the equivalence principle
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Rémi Geiger, Patrick Cheinet, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article: New Journal of Physics, Institute of Physics: Open Access Journals, 2009, 11, pp.113010. ⟨10.1088/1367-2630/11/11/113010⟩
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titre: CanICA: Model-based extraction of reproducible group-level ICA patterns from fMRI time series
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion
article: Medical Image Computing and Computer Aided Intervention, Sep 2009, London, United Kingdom. pp.1
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titre: Proceedings of the 8th Python in Science conference
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Stefan van der Walt, Jarrod Millman
article: SciPy 2009: 8th Python in Science Conference, Aug 2009, Pasadena, United States. pp.1-78
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titre: Light-pulse atom interferometry in microgravity
auteur_8max: Guillaume Stern, Baptiste Battelier, Rémi Geiger, Gaël Varoquaux, André Villing, Frédéric Moron, Olivier Carraz, Nassim Zahzam, Yannick Bidel, Oualid Chaibi, Frank Pereira dos Santos, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article: The European Physical Journal D : Atomic, molecular, optical and plasma physics, EDP Sciences, 2009, 53 (3), pp.353. ⟨10.1140/epjd/e2009-00150-5⟩
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titre: Python comme langage scientifique
auteur_8max: Gaël Varoquaux
article: Linux Magazine France, Diamond Editions, 2009, Explorer les richesses du langage Python, 40
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2008

titre: Proceedings of the 7th Python in Science conference
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Travis Vaught, Jarrod Millman
article: SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. pp.1-78
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titre: Mayavi: Making 3D Data Visualization Reusable
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Prabhu Ramachandran
article: SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. pp.51
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titre: Agile Computer Control of a Complex Experiment
auteur_8max: Gaël Varoquaux
article: Computing in Science and Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2008, 10 (2), pp.55-59. ⟨10.1109/MCSE.2008.47⟩
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titre: Atomic sources for long-time-of-flight interferometric inertial sensors
auteur_8max: Gaël Varoquaux
article: Atomic Physics [physics.atom-ph]. Université Paris Sud - Paris XI; Institut d'Optique, 2008. English
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titre: Sagnac effect in superfluid liquids
auteur_8max: Eric Varoquaux, Gaël Varoquaux
article: Uspekhi Fizicheskikh Nauk, 2008, 51 (2), pp.205-208. ⟨10.1070/PU2008v051n02ABEH006425⟩
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titre: Effects of disorder in 2D
auteur_8max: Jean-Philippe Brantut, Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Thomas Bourdel, Alain Aspect, Philippe Bouyer
article: Latsis, Jan 2008, Lausanne, Switzerland
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titre: Light-shift tomography in an optical-dipole trap for neutral atoms
auteur_8max: Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer
article: Physical Review A, American Physical Society, 2008, 78, pp.031401 (R). ⟨10.1103/PhysRevA.78.031401⟩
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titre: All-optical evaporative cooling in a versatile optical-dipole trap at telecom wavelength
auteur_8max: Martin Robert-De-Saint-Vincent, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Robert Nyman
article: YAO, 2008, Florence, Italy
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2007

titre: I.C.E.: An Ultra-Cold Atom Source for Long-Baseline Interferometric Inertial Sensors in Reduced Gravity
auteur_8max: Gaël Varoquaux, Nassim Zahzam, Walid Chaibi, Jean-François Clément, Olivier Carraz, Jean-Philippe Brantut, Robert Nyman, Franck Pereira dos Santos, Linda Mondin, Michel Rouzé, Yannick Bidel, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article: Rencontres de Moriond Gravitational Waves and Experimental Gravity, Mar 2007, La Thuile, Val d'Aosta, Italy
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2006

titre: I.C.E.: a Transportable Atomic Inertial Sensor for Test in Microgravity
auteur_8max: Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Fabien Lienhart, Damien Chambon, Salah Boussen, Jean-François Clément, T. Muller, Giorgio Santarelli, Frank Pereira dos Santos, André Clairon, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer
article: Applied Physics B - Laser and Optics, Springer Verlag, 2006, 84, pp.673-681. ⟨10.1007/s00340-006-2395-7⟩
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titre: Tapered-amplified AR-coated laser diodes for Potassium and Rubidium atomic-physics experiments
auteur_8max: Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Brice Villier, Delphine Sacchet, Frédéric Moron, Yann Le Coq, Alain Aspect, Philippe Bouyer
article: Review of Scientific Instruments, American Institute of Physics, 2006, 77, pp.033105. ⟨10.1063/1.2186809⟩
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