2025

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TabICL: A Tabular Foundation Model for In-Context Learning on Large Data

auteur_8max

Jingang Qu, David Holzmüller, Gaël Varoquaux, Marine Le Morvan

article

ICML 2025 - 42nd International Conference on Machine Learning, Jul 2025, Vancouver, Canada

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Hype, Sustainability, and the Price of the Bigger-is-Better Paradigm in AI

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandra Sasha Luccioni, Meredith Whittaker

article

FAccT 2025 - ACM Conference on Fairness, Accountability, and Transparency, Jun 2025, Athens, Greece

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Innovative Clinical Trial Approach for Evaluating Digital Medical Devices under European Fast-Track Regulatory Frameworks

auteur_8max

Moreno Ursino, Sandrine Boulet, Corinne Collignon, Florence Francis-Oliviero, Edouard Lhomme, Raphaël Porcher, Florence Saillour, Gaël Varoquaux, Rodolphe Thiébaut, Sarah Zohar

article

EPICLIN 2025 - Conférence francophone d’EPIdémiologie CLINique, May 2025, Bordeaux, France

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Decision from Suboptimal Classifiers: Excess Risk Pre-and Post-Calibration

auteur_8max

Alexandre Perez-Lebel, Gaël Varoquaux, Sanmi Koyejo, Matthieu Doutreligne, Marine Le Morvan

article

AISTATS 2025 - the 28th International Conference on Artifi- cial Intelligence and Statistics, May 2025, Mai Khao, Thailand

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Retrieve, Merge, Predict: Augmenting Tables with Data Lakes

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Riccardo Cappuzzo, Aimee Coelho, Félix Lefebvre, Paolo Papotti, Gaël Varoquaux

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Transactions on Machine Learning Research Journal, 2025

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From prediction to prescription: Machine learning and Causal Inference

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Judith Abécassis, Élise Dumas, Julie Alberge, Gaël Varoquaux

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Annual Review of Biomedical Data Science, 2025, ⟨10.1146/annurev-biodatasci-103123-095750⟩

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Imputation for prediction: beware of diminishing returns

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Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux

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ICLR 2025 - International Conference on Learning Representations, Apr 2025, Singapore, Singapore

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Confidence intervals for performance estimates in brain MRI segmentation

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Rosana El Jurdi, Gaël Varoquaux, Olivier Colliot

article

Medical Image Analysis, In press, pp.103565. ⟨10.1016/j.media.2025.103565⟩

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How to select predictive models for decision making or causal inference?

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Matthieu Doutreligne, Gaël Varoquaux

article

GigaScience, 2025, 14, ⟨10.1093/gigascience/giaf016⟩

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2024

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Hype, Sustainability, and the Price of the Bigger-is-Better Paradigm in AI

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Gaël Varoquaux, Alexandra Sasha Luccioni, Meredith Whittaker

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2024

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Reconfidencing LLM Uncertainty from the Grouping Loss Perspective

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Lihu Chen, Alexandre Perez-Lebel, Fabian Suchanek, Gaël Varoquaux

article

EMNLP 2024 - Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing, Nov 2024, Miami, United States. ⟨10.48550/arXiv.2402.04957⟩

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Operational challenges of building a million-patient cohort from EHRs: The COhort of DIabetic patients (CODIA) on the AP-HP EDS

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Judith Abécassis, Théo Jolivet, Audrey Bergès, Elise Liu, Jean-Baptiste Julla, Yawa Abouleka, Julie Alberge, Isabel Bonnetier, Thomas Petit-Jean, Romain Bey, Candice Estellat, Florence Tubach, Gaël Varoquaux, Louis Potier

article

journée de l'Atelier TIDS (Traitement Informatique des Données de Santé) du GdR MaDICS, Oct 2024, Paris (PariSanté Campus), France

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Confidence intervals uncovered: Are we ready for real-world medical imaging AI?

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Evangelia Christodoulou, Annika Reinke, Rola Houhou, Piotr Kalinowski, Selen Erkan, Carole H Sudre, Ninon Burgos, Sofiène Boutaj, Sophie Loizillon, Maëlys Solal, Nicola Rieke, Veronika Cheplygina, Michela Antonelli, Leon D Mayer, Minu D Tizabi, M. Jorge Cardoso, Amber Simpson, Paul F Jäger, Annette Kopp-Schneider, Gaël Varoquaux, Olivier Colliot, Lena Maier-Hein

article

MICCAI 2024 - 27th International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Oct 2024, Marrakech, Morocco. pp.124-132, ⟨10.1007/978-3-031-72117-5_12⟩

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What is the Role of Small Models in the LLM Era: A Survey

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Lihu Chen, Gaël Varoquaux

article

2024

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CARTE: Pretraining and Transfer for Tabular Learning

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Myung Jun Kim, Léo Grinsztajn, Gaël Varoquaux

article

Forty-first International Conference on Machine Learning, ICML 2024, Jul 2024, Vienna, Austria

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Individual Brain Charting dataset extension, third release for movie watching and retinotopy data

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Ana Luísa Pinho, Hugo Richard, Ana Fernanda Ponce, Michael Eickenberg, Alexis Amadon, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Juan Jesús Torre, Swetha Shankar, Himanshu Aggarwal, Alexis Thual, Thomas Chapalain, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion

article

Scientific Data , 2024, 11 (590)

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Reweighting the RCT for generalization: finite sample error and variable selection

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Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet

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Journal of the Royal Statistical Society: Series A Statistics in Society, 2024, ⟨10.1093/jrsssa/qnae043⟩

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International Scientific Report on the Safety of Advanced AI: interim report

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Yohsua Bengio, Soren Mindermann, Daniel Privitera, Tamay Besiroglu, Rishi Bommasani, Stephen Casper, Yejin Choi, Danielle Goldfarb, Hoda Heidari, Leila Khalatbari, Shayne Longpre, Vasilios Mavroudis, Mazeika Mantas, Kwan Yee Ng, Chinasa T. Okolo, Deborah Raji, Theodora Skeadas, Florian Tramèr, Bronwyn Fox, Andre Carlos Ponce de Leon Ferreira de Carvalho, Mona Nemer, Raquel Pezoa Rivera, Yi Zeng, Juha Heikkilä, Guillaume Avrin, Antonio Krüger, Balaraman Ravindran, Hammam Riza, Ciarán Seoighe, Ziv Katvir, Andrea Monti, Hiroaki Kitano, Mary Kerema, José Ramón, Haroon Sheikh, Gill Jolly, Olubunmi Ajala, Dominic Ligot, Kyoung Mu Lee, Ahmet Halit, Crystal Rugege, Fahad Albalawi, Denise Wong, Nuria Oliver, Christian Busch, Oleksii Molchanovskyi, Marwan Alserkal, Saif Khan, Angela Mclean, Amandeep Gill, Bayo Adekanmbi, Paul Christiano, David Dalrymple, Thomas G. Dietterich, Edward Felten, Pascale Fung, Pierre-Olivier Gourinchas, Nick Jennings, Andreas Krause, Percy Liang, Teresa Ludermir, Vidushi Marda, Helen Margetts, John A. Mcdermid, Arvind Narayanan, Alondra Nelson, Alice Oh, Gopal Ramchurn, Stuart Russell, Marietje Schaake, Dawn Song, Alvaro Soto, Lee Tiedrich, Gaël Varoquaux, Andrew Yao, Yaqin Zhang

article

Department for Science, Innovation and Technology. 2024

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Learning High-Quality and General-Purpose Phrase Representations

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Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek

article

EACL 2024 - The 18th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, Mar 2024, La Valette, Malta

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On the consistency of supervised learning with missing values

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Julie Josse, Jacob M. Chen, Nicolas Prost, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet

article

Statistical Papers, 2024, 65 (9), pp.5447-5479. ⟨10.1007/s00362-024-01550-4⟩

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Taux de mortalité et facteurs de risque associés chez les patients diabétiques hospitalisés pour plaie du pied : étude de cohorte historique sur l'EDS-APHP

auteur_8max

T. Jolivet, J-B. Julla, Y. Abouleka, A. Berges, Gaël Varoquaux, Judith Abécassis, Julie Alberge, T. Petit Jean, E. Larger, A. Hartemann, J-F. Gautier, L. Potier, C. Estellat, F. Tubach

article

Journal of Epidemiology and Population Health, 2024, 72, pp.202255. ⟨10.1016/j.jeph.2024.202255⟩

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IA : Notre Ambition Pour La France

auteur_8max

Philippe Aghion, Anne Bouverot, Arno Amabile, Cyprien Canivenc, Gilles Babinet, Joëlle Barral, Alexandra Bensamoun, Nozha Boujemaa, Bertrand Charlès, Luc Julia, Yann Lecun, Arthur Mensch, Cédric O, Isabelle Ryl, Franca Salis-Madinier, Martin Tisné, Gaël Varoquaux, Marc Auberger, Simon Bunel, Philippe Chantepie, Eloy Dorado, Emilie-Pauline Gallié, Paul Jolie, Arnaud Mazier, Vincent Montreuil, Erwan Paitel, Timothée Paris, Christophe Ravier, Ulrich Tan, Louis Charles Viossat

article

Gouvernement Français. 2024

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Metrics reloaded: recommendations for image analysis validation

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Lena Maier-Hein, Annika Reinke, Patrick Godau, Minu Tizabi, Florian Buettner, Evangelia Christodoulou, Ben Glocker, Fabian Isensee, Jens Kleesiek, Michal Kozubek, Mauricio Reyes, Michael Riegler, Manuel Wiesenfarth, A Emre Kavur, Carole Sudre, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, Tim Rädsch, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, M Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Beth Cimini, Gary Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Robert Haase, Daniel Hashimoto, Michael Hoffman, Merel Huisman, Pierre Jannin, Charles Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Florian Kofler, Annette Kopp-Schneider, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Nasir Rajpoot, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara Sánchez, Shravya Shetty, Maarten van Smeden, Ronald Summers, Abdel Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Paul Jäger

article

Nature Methods, 2024, 21 (2), pp.195-212. ⟨10.1038/s41592-023-02151-z⟩

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Risk ratio, odds ratio, risk difference... Which causal measure is easier to generalize?

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Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet

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2024

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Causal inference methods for combining randomized trials and observational studies: a review

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Bénédicte Colnet, Imke Mayer, Guanhua Chen, Awa Dieng, Ruohong Li, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Vert, Julie Josse, Shu Yang

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Statistical Science, In press

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Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation

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Annika Reinke, Minu D. Tizabi, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Emre Kavur, Tim Rädsch, Carole H. Sudre, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, Florian Buettner, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Jianxu Chen, Evangelia Christodoulou, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Ben Glocker, Patrick Godau, Robert Haase, Daniel A. Hashimoto, Michael M. Hoffman, Merel Huisman, Fabian Isensee, Pierre Jannin, Charles E. Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Hannes Kenngott, Jens Kleesiek, Florian Kofler, Thijs Kooi, Annette Kopp-Schneider, Michal Kozubek, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett A. Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne L. Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel G. M. Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Susanne M. Rafelski, Nasir Rajpoot, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara I. Sánchez, Shravya Shetty, Ronald M. Summers, Abdel A. Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios A. Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Ziv R. Yaniv, Paul F. Jäger, Lena Maier-Hein

article

Nature Methods, 2024, 21, pp.182-194. ⟨10.1038/s41592-023-02150-0⟩

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The Past, Present, and Future of the Brain Imaging Data Structure (BIDS)

auteur_8max

Russell Poldrack, Christopher Markiewicz, Stefan Appelhoff, Yoni Ashar, Tibor Auer, Sylvain Baillet, Shashank Bansal, Leandro Beltrachini, Christian Benar, Giacomo Bertazzoli, Suyash Bhogawar, Ross Blair, Marta Bortoletto, Mathieu Boudreau, Teon Brooks, Vince Calhoun, Filippo Maria Castelli, Patricia Clement, Alexander Cohen, Julien Cohen-Adad, Sasha d'Ambrosio, Gilles de Hollander, María de la Iglesia-Vayá, Alejandro de la Vega, Arnaud Delorme, Orrin Devinsky, Dejan Draschkow, Eugene Paul Duff, Elizabeth Dupre, Eric Earl, Oscar Esteban, Franklin Feingold, Guillaume Flandin, Anthony Galassi, Giuseppe Gallitto, Melanie Ganz, Rémi Gau, James Gholam, Satrajit Ghosh, Alessio Giacomel, Ashley Gillman, Padraig Gleeson, Alexandre Gramfort, Samuel Guay, Giacomo Guidali, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Nell Hardcastle, Peer Herholz, Dora Hermes, Christopher Honey, Robert Innis, Horea-Ioan Ioanas, Andrew Jahn, Agah Karakuzu, David Keator, Gregory Kiar, Balint Kincses, Angela Laird, Jonathan Lau, Alberto Lazari, Jon Haitz Legarreta, Adam Li, Xiangrui Li, Bradley Love, Hanzhang Lu, Eleonora Marcantoni, Camille Maumet, Giacomo Mazzamuto, Steven Meisler, Mark Mikkelsen, Henk Mutsaerts, Thomas Nichols, Aki Nikolaidis, Gustav Nilsonne, Guiomar Niso, Martin Norgaard, Thomas Okell, Robert Oostenveld, Eduard Ort, Patrick Park, Mateusz Pawlik, Cyril Pernet, Franco Pestilli, Jan Petr, Christophe Phillips, Jean-Baptiste Poline, Luca Pollonini, Pradeep Reddy Raamana, Petra Ritter, Gaia Rizzo, Kay Robbins, Alexander Rockhill, Christine Rogers, Ariel Rokem, Chris Rorden, Alexandre M Routier, Jose Manuel Saborit-Torres, Taylor Salo, Michael Schirner, Robert Smith, Tamas Spisak, Julia Sprenger, Nicole Swann, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Bertrand Thirion, Adam Thomas, Sajjad Torabian, Gaël Varoquaux, Bradley Voytek, Julius Welzel, Martin Wilson, Tal Yarkoni, Krzysztof Gorgolewski

article

Imaging Neuroscience, 2024, 2, pp.1-19. ⟨10.1162/imag_a_00103⟩

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Performance evaluation of predictive AI models to support medical decisions: Overview and guidance

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Ben van Calster, Gary S. Collins, Andrew J. Vickers, Laure Wynants, Kathleen F. Kerr, Lasai Barreñada, Gaël Varoquaux, Karandeep Singh, Karel G. M. Moons, Tina Hernandez-Boussard, Dirk Timmerman, David J. Mclernon, Maarten van Smeden, Ewout W. Steyerberg

article

2024

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2023

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Vectorizing string entries for data processing on tables: when are larger language models better?

auteur_8max

Léo Grinsztajn, Myung Jun Kim, Edouard Oyallon, Gaël Varoquaux

article

2023

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Understanding metric-related pitfalls in image analysis validation

auteur_8max

Annika Reinke, Minu D. Tizabi, Michael Baumgartner, Matthias Eisenmann, Doreen Heckmann-Nötzel, A. Emre Kavur, Tim Rädsch, Carole H. Sudre, Laura Acion, Michela Antonelli, Tal Arbel, Spyridon Bakas, Arriel Benis, Matthew Blaschko, Florian Buettner, M. Jorge Cardoso, Veronika Cheplygina, Jianxu Chen, Evangelia Christodoulou, Beth A. Cimini, Gary S. Collins, Keyvan Farahani, Luciana Ferrer, Adrian Galdran, Bram van Ginneken, Ben Glocker, Patrick Godau, Robert Haase, Daniel A. Hashimoto, Michael M. Hoffman, Merel Huisman, Fabian Isensee, Pierre Jannin, Charles E. Kahn, Dagmar Kainmueller, Bernhard Kainz, Alexandros Karargyris, Alan Karthikesalingam, Hannes Kenngott, Jens Kleesiek, Florian Kofler, Thijs Kooi, Annette Kopp-Schneider, Michal Kozubek, Anna Kreshuk, Tahsin Kurc, Bennett A. Landman, Geert Litjens, Amin Madani, Klaus Maier-Hein, Anne L. Martel, Peter Mattson, Erik Meijering, Bjoern Menze, Karel G. M. Moons, Henning Müller, Brennan Nichyporuk, Felix Nickel, Jens Petersen, Susanne M. Rafelski, Nasir Rajpoot, Mauricio Reyes, Michael A. Riegler, Nicola Rieke, Julio Saez-Rodriguez, Clara I. Sánchez, Shravya Shetty, Ronald M. Summers, Abdel A. Taha, Aleksei Tiulpin, Sotirios A. Tsaftaris, Ben van Calster, Gaël Varoquaux, Ziv R. Yaniv, Paul F. Jäger, Lena Maier-Hein

article

2023

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The Locality and Symmetry of Positional Encodings

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Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek

article

EMNLP 2023 - Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing, Dec 2023, Singapore, Singapore

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Causal thinking for decision making on Electronic Health Records: why and how

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Matthieu Doutreligne, Tristan Struja, Judith Abecassis, Claire Morgand, Leo Anthony Celi, Gaël Varoquaux

article

2023

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Lessons from shortcomings in machine learning for medical imaging

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Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina

article

OECD. 2023

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Evaluating machine learning models and their diagnostic value

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Gaël Varoquaux, Olivier Colliot

article

Olivier Colliot. Machine Learning for Brain Disorders, Springer, 2023

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GLADIS: A General and Large Acronym Disambiguation Benchmark

auteur_8max

Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian M. Suchanek

article

EACL 2023 - The 17th Conference of the European Chapter of the Association for Computational Linguistics, May 2023, Dubrovnik, Croatia

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Potential pitfalls in the use of real-world data for studying long COVID

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Harrison G Zhang, Jacqueline P Honerlaw, Monika Maripuri, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, Brendin R Beaulieu-Jones, Huma S Baig, Sehi L’yi, Yuk-Lam Ho, Michele Morris, Vidul Ayakulangara Panickan, Xuan Wang, Griffin M Weber, Katherine P Liao, Shyam Visweswaran, Bryce W Q Tan, William Yuan, Nils Gehlenborg, Sumitra Muralidhar, Rachel B Ramoni, James R Aaron, Giuseppe Agapito, Adem Albayrak, Giuseppe Albi, Mario Alessiani, Anna Alloni, Danilo F Amendola, François Angoulvant, Li L L J Anthony, Bruce J Aronow, Fatima Ashraf, Andrew Atz, Paul Avillach, Paula S Azevedo, James Balshi, Brett K Beaulieu-Jones, Douglas S Bell, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal-Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Surbhi Bhatnagar, Alvar Blanco-Martínez, Clara-Lea Bonzel, John Booth, Silvano Bosari, Florence T Bourgeois, Robert L Bradford, Stéphane Bréant, Nicholas W Brown, Raffaele Bruno, William A Bryant, Mauro Bucalo, Emily Bucholz, Anita Burgun, Tianxi Cai, Mario Cannataro, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Jin Chen, Krista Y Chen, Luca Chiovato, Lorenzo Chiudinelli, Kelly Cho, James J Cimino, Tiago K Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean B Craig, Juan Luis Cruz-Bermúdez, Jaime Cruz-Rojo, Arianna Dagliati, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Priyam Das, Batsal Devkota, Audrey Dionne, Rui Duan, Julien Dubiel, Scott L Duvall, Loic Esteve, Hossein Estiri, Shirley Fan, Robert W Follett, Thomas Ganslandt, Noelia García-Barrio, Lana X Garmire, Emily J Getzen, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Alba Gutiérrez-Sacristán, Larry Han, David A Hanauer, Christian Haverkamp, Derek Y Hazard, Bing He, Darren W Henderson, Martin Hilka, John H Holmes, Chuan Hong, Kenneth M Huling, Meghan R Hutch, Richard W Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Mark S Keller, Chris J Kennedy, Daniel A Key, Katie Kirchoff, Jeffrey G Klann, Ian D Krantz, Detlef Kraska, Ashok K Krishnamurthy, Trang T Le, Judith Leblanc, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Ne Hooi Will Loh, Qi Long, Sara Lozano-Zahonero, Yuan Luo, Kristine E Lynch, Sadiqa Mahmood, Sarah E Maidlow, Adeline Makoudjou, Alberto Malovini, Kenneth D Mandl, Chengsheng Mao, Anupama Maram, Patricia Martel, Marcelo R Martins, Jayson S Marwaha, Aaron J Masino, Maria Mazzitelli, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos F Minicucci, Bertrand Moal, Taha Mohseni Ahooyi, Jason H Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey S Morris, Karyn L Moshal, Sajad Mousavi, Danielle L Mowery, Douglas A Murad, Shawn N Murphy, Thomas P Naughton, Carlos Tadeu Breda Neto, Antoine Neuraz, Jane Newburger, Kee Yuan Ngiam, Wanjiku F M Njoroge, James B Norman, Jihad Obeid, Marina P Okoshi, Karen L Olson, Gilbert S Omenn, Nina Orlova, Brian D Ostasiewski, Nathan P Palmer, Nicolas Paris, Lav P Patel, Miguel Pedrera-Jiménez, Emily R Pfaff, Ashley C Pfaff, Danielle Pillion, Sara Pizzimenti, Hans U Prokosch, Robson A Prudente, Andrea Prunotto, Víctor Quirós-González, Rachel B Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig-Domínguez, Pablo Rojo, Paula Rubio-Mayo, Paolo Sacchi, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, L Nelson Sanchez-Pinto, Arnaud Sandrin, Nandhini Santhanam, Janaina C C Santos, Fernando J Sanz Vidorreta, Maria Savino, Emily R Schriver, Petra Schubert, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil J Sebire, Pablo Serrano-Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Mohsin Shah, Zahra Shakeri Hossein Abad, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Andrew M South, Anastasia Spiridou, Zachary H Strasser, Amelia L M Tan, Byorn W L Tan, Suzana E Tanni, Deanne M Taylor, Ana I Terriza-Torres, Valentina Tibollo, Patric Tippmann, Emma M S Toh, Carlo Torti, Enrico M Trecarichi, Yi-Ju Tseng, Andrew K Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret E Vella, Guillaume Verdy, Jill-Jênn Vie, Michele Vitacca, Kavishwar B Wagholikar, Lemuel R Waitman, Demian Wassermann, Martin Wolkewitz, Scott Wong, Xin Xiong, Ye Ye, Nadir Yehya, Alberto Zambelli, Harrison G Zhang, Daniela Zöller, Valentina Zuccaro, Chiara Zucco, Isaac S Kohane, Zongqi Xia, Kelly Cho, Tianxi Cai, Gabriel A Brat

article

Nature Medicine, 2023, 29 (5), pp.1040-1043. ⟨10.1038/s41591-023-02274-y⟩

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Beyond calibration: estimating the grouping loss of modern neural networks

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Alexandre Perez-Lebel, Marine Le Morvan, Gaël Varoquaux

article

ICLR 2023 – The Eleventh International Conference on Learning Representations, May 2023, Kigali, Rwanda

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Relational Data Embeddings for Feature Enrichment with Background Information

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Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux

article

Machine Learning, 2023, 112 (2), pp.687-720. ⟨10.1007/s10994-022-06277-7⟩

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2022

titre

Comprehensive decoding mental processes from Web repositories of functional brain images

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Romuald Menuet, Raphael Meudec, Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Scientific Reports, 2022, 12 (7050), ⟨10.1038/s41598-022-10710-1⟩

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International comparisons of laboratory values from the 4CE collaborative to predict COVID-19 mortality

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Griffin Weber, Chuan Hong, Zongqi Xia, Nathan Palmer, Paul Avillach, Sehi L’yi, Mark Keller, Shawn Murphy, Alba Gutiérrez-Sacristán, Clara-Lea Bonzel, Arnaud Serret-Larmande, Antoine Neuraz, Gilbert Omenn, Shyam Visweswaran, Jeffrey Klann, Andrew South, Ne Hooi Will Loh, Mario Cannataro, Brett Beaulieu-Jones, Riccardo Bellazzi, Giuseppe Agapito, Mario Alessiani, Bruce Aronow, Douglas Bell, Vincent Benoit, Florence Bourgeois, Luca Chiovato, Kelly Cho, Arianna Dagliati, Scott Duvall, Noelia García Barrio, David Hanauer, Yuk-Lam Ho, John Holmes, Richard Issitt, Molei Liu, Yuan Luo, Kristine Lynch, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Michael Matheny, Jason Moore, Jeffrey Morris, Michele Morris, Danielle Mowery, Kee Yuan Ngiam, Lav Patel, Miguel Pedrera Jiménez, Rachel Ramoni, Emily Schriver, Petra Schubert, Pablo Serrano Balazote, Anastasia Spiridou, Amelia Tan, Byorn Tan, Valentina Tibollo, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Xuan Wang, James Aaron, Adem Albayrak, Giuseppe Albi, James Balshi, Anna Alloni, Danilo Amendola, François Angoulvant, Brett Beaulieu-Jones, Li Anthony, Fatima Ashraf, Andrew Atz, Paul Avillach, Paula Azevedo, Antonio Bellasi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal-Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Surbhi Bhatnagar, Alvar Blanco-Martínez, Martin Boeker, John Booth, Silvano Bosari, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, Raffaele Bruno, William Bryant, Mauro Bucalo, Emily Bucholz, Anita Burgun, Tianxi Cai, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Lorenzo Chiudinelli, Kelly Cho, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz-Bermúdez, Jaime Cruz-Rojo, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Priyam Das, Batsal Devkota, Lana Garmire, Audrey Dionne, Rui Duan, Julien Dubiel, Loic Esteve, Hossein Estiri, Shirley Fan, Robert Follett, Thomas Ganslandt, Noelia García-Barrio, Nils Gehlenborg, Emily Getzen, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Alba Gutiérrez-Sacristán, Larry Han, David Hanauer, Christian Haverkamp, Daniel Key, Derek Hazard, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Chris Kennedy, Kate Kernan, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Isaac Kohane, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Trang Le, Judith Leblanc, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Qi Long, Sara Lozano-Zahonero, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Adeline Makoudjou, Anupama Maram, Patricia Martel, Marcelo Martins, Jayson Marwaha, Aaron Masino, Maria Mazzitelli, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Taha Mohseni Ahooyi, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Douglas Murad, Shawn Murphy, Thomas Naughton, Carlos Tadeu Breda Neto, Jane Newburger, Kee Yuan Ngiam, Wanjiku Njoroge, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Gilbert Omenn, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Lav Patel, Miguel Pedrera-Jiménez, Ashley Pfaff, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Sara Pizzimenti, Hans Prokosch, Robson Prudente, Andrea Prunotto, Víctor Quirós-González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig-Domínguez, Pablo Rojo, Paula Rubio-Mayo, Paolo Sacchi, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Jebathilagam Samayamuthu, L. Nelson Sanchez-Pinto, Arnaud Sandrin, Nandhini Santhanam, Janaina Santos, Fernando Sanz Vidorreta, Maria Savino, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano-Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Mohsin Shah, Zahra Shakeri Hossein Abad, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Andrew South, Francesca Sperotto, Zachary Strasser, Amelia Tan, Bryce Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza-Torres, Patric Tippmann, Emma Toh, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Guillaume Verdy, Jill-Jênn Vie, Shyam Visweswaran, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Griffin Weber, Martin Wolkewitz, Scott Wong, Zongqi Xia, Xin Xiong, Ye Ye, Nadir Yehya, William Yuan, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniela Zöller, Valentina Zuccaro, Chiara Zucco, Isaac Kohane, Tianxi Cai, Gabriel Brat

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npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.74. ⟨10.1038/s41746-022-00601-0⟩

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Machine learning for medical imaging: methodological failures and recommendations for the future

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Gaël Varoquaux, Veronika Cheplygina

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npj Digital Medicine, 2022, 5 (1), pp.48. ⟨10.1038/s41746-022-00592-y⟩

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Why do tree-based models still outperform deep learning on typical tabular data?

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Léo Grinsztajn, Edouard Oyallon, Gaël Varoquaux

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36th Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS 2022) Track on Datasets and Benchmarks, Nov 2022, New Orleans, United States

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Body-weight variability and risk of cardiovascular outcomes in patients with type 1 diabetes: a retrospective observational analysis of data from the DCCT/EDIC population.

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Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Nicolas Venteclef, Kamel Mohammedi, Ronan Roussel, Marion Camoin, Gianluca Perseghin, Gilberto Velho, Louis Potier

article

Cardiovascular Diabetology, 2022, 21 (1), pp.247. ⟨10.1186/s12933-022-01689-0⟩

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Predicting future cognitive decline from non-brain and multimodal brain imaging data in healthy and pathological aging

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Bruno Hebling Vieira, Franziskus Liem, Kamalaker Dadi, Denis Engemann, Alexandre Gramfort, Pierre Bellec, Richard Cameron Craddock, Jessica Damoiseaux, Christopher Steele, Tal Yarkoni, Nicolas Langer, Daniel Margulies, Gaël Varoquaux

article

Neurobiology of Aging, 2022, 118, pp.55-65. ⟨10.1016/j.neurobiolaging.2022.06.008⟩

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Causal effect on a target population: a sensitivity analysis to handle missing covariates

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Bénédicte Colnet, Julie Josse, Gaël Varoquaux, Erwan Scornet

article

Journal of Causal Inference, 2022, 10 (1), pp.372-414. ⟨10.1515/jci-2021-0059⟩

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424-P: Body-Weight Variability and Risk of Cardiovascular Outcomes in Type 1 Diabetes: Results from the DCCT/EDIC Studies

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Iulia Petria, Samuel Albuquerque, Gaël Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Gilberto Velho, Gianluca Perseghin, Ronan Roussel, Louis Potier

article

Diabetes, 2022, 71 (Supplement_1), ⟨10.2337/db22-424-P⟩

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Understanding Brain Network Dynamics in Autism Begs for Generalization

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Yong Liu, Gaël Varoquaux

article

Biological Psychiatry, 2022, 91 (11), pp.916-917. ⟨10.1016/j.biopsych.2022.03.007⟩

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Imputing out-of-vocabulary embeddings with LOVE makes language models robust with little cost

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Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek

article

ACL 2022 - 60th Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics, May 2022, Dublin, Ireland

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How to remove or control confounds in predictive models, with applications to brain biomarkers

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Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Michael Milham, Bertrand Thirion

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GigaScience, 2022, 11, ⟨10.1093/gigascience/giac014⟩

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Advancing brain network models to reconcile functional neuroimaging and clinical research

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Xenia Kobeleva, Gaël Varoquaux, Alain Dagher, Mohit Adhikari, Christian Grefkes, Matthieu Gilson

article

Neuroimage-Clinical, 2022, 36, pp.103262. ⟨10.1016/j.nicl.2022.103262⟩

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Insights from an autism imaging biomarker challenge: promises and threats to biomarker discovery

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Nicolas Traut, Katja Heuer, Guillaume Lemaître, Anita Beggiato, David Germanaud, Monique Elmaleh, Alban Bethegnies, Laurent Bonnasse-Gahot, Weidong Cai, Stanislas Chambon, Freddy Cliquet, Ayoub Ghriss, Nicolas Guigui, Amicie de Pierrefeu, Meng Wang, Valentina Zantedeschi, Alexandre Boucaud, Joris van Den Bossche, Balázs Kegl, Richard Delorme, Thomas Bourgeron, Roberto Toro, Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, 2022, 255, pp.119171. ⟨10.1016/j.neuroimage.2022.119171⟩

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Analytics on Non-Normalized Data Sources: more Learning, rather than more Cleaning

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Alexis Cvetkov-Iliev, Alexandre Allauzen, Gaël Varoquaux

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IEEE Access, In press, 10, pp.42420-42431. ⟨10.1109/ACCESS.2022.3168013⟩

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Benchmarking missing-values approaches for predictive models on health databases

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Alexandre Perez-Lebel, Gaël Varoquaux, Marine Le Morvan, Julie Josse, Jean-Baptiste Poline

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GigaScience, In press, ⟨10.1093/gigascience/giac013⟩

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2021

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AI as statistical methods for imperfect theories

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Gaël Varoquaux

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NeurIPS 2021 - 35th Conference on Neural Information Processing Systems. Workshop: AI for Science, Dec 2021, Virtual, France

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What's a good imputation to predict with missing values?

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Marine Le Morvan, Julie Josse, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux

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NeurIPS 2021 - 35th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2021, Virtual, France. ⟨10.48550/arXiv.2106.00311⟩

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Evolving phenotypes of non-hospitalized patients that indicate long COVID

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Hossein Estiri, Zachary Strasser, Gabriel Brat, Yevgeniy Semenov, Chirag Patel, Shawn Murphy, James Aaron, Giuseppe Agapito, Adem Albayrak, Mario Alessiani, Danilo Amendola, Li Anthony, Bruce Aronow, Fatima Ashraf, Andrew Atz, Paul Avillach, James Balshi, Brett Beaulieu-Jones, Douglas Bell, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Alvar Blanco Martínez, Martin Boeker, Clara-Lea Bonzel, John Booth, Silvano Bosari, Florence Bourgeois, Robert Bradford, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, William Bryant, Mauro Bucalo, Anita Burgun, Tianxi Cai, Mario Cannataro, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Jin Chen, Krista Chen, Luca Chiovato, Lorenzo Chiudinelli, Kelly Cho, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz Bermúdez, Jaime Cruz Rojo, Arianna Dagliati, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Anahita Davoudi, Batsal Devkota, Julien Dubiel, Loic Esteve, Shirley Fan, Robert Follett, Paula Gaiolla, Thomas Ganslandt, Noelia García Barrio, Lana Garmire, Nils Gehlenborg, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Alba Gutiérrez-Sacristán, David Hanauer, Christian Haverkamp, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, John Holmes, Chuan Hong, Petar Horki, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Mark Keller, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Isaac Kohane, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Sehi L’yi, Trang Le, Judith Leblanc, Andressa Leite, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Ne Hooi Will Loh, Sara Lozano-Zahonero, Yuan Luo, Kristine Lynch, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Anupama Maram, Patricia Martel, Aaron Masino, Maria Mazzitelli, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Michele Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Danielle Mowery, Douglas Murad, Thomas Naughton, Antoine Neuraz, Kee Yuan Ngiam, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Gilbert Omenn, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Lav Patel, Miguel Pedrera Jimenez, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Hans Prokosch, Robson Prudente, Víctor Quirós González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig Domínguez, Pablo Rojo, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Samayamuthu, Arnaud Sandrin, Janaina Santos, Maria Savino, Emily Schriver, Petra Schubert, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Zahra Shakeri, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Andrew South, Anastasia Spiridou, Amelia Tan, Bryce Tan, Byorn Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza Torres, Valentina Tibollo, Patric Tippmann, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Guillaume Verdy, Jill-Jênn Vie, Shyam Visweswaran, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Xuan Wang, Demian Wassermann, Griffin Weber, Zongqi Xia, Nadir Yehya, William Yuan, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniel Zoeller, Chiara Zucco

article

BMC Medicine, 2021, 19 (1), pp.249. ⟨10.1186/s12916-021-02115-0⟩

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Multinational characterization of neurological phenotypes in patients hospitalized with COVID-19

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Trang Le, Alba Gutiérrez-Sacristán, Jiyeon Son, Chuan Hong, Andrew South, Brett Beaulieu-Jones, Ne Hooi Will Loh, Yuan Luo, Michele Morris, Kee Yuan Ngiam, Lav Patel, Malarkodi Samayamuthu, Emily Schriver, Amelia Tan, Jason Moore, Tianxi Cai, Gilbert Omenn, Paul Avillach, Isaac Kohane, Shyam Visweswaran, Danielle Mowery, Zongqi Xia, James Aaron, Giuseppe Agapito, Adem Albayrak, Mario Alessiani, Danilo Amendola, François Angoulvant, Li Anthony, Bruce Aronow, Andrew Atz, James Balshi, Douglas Bell, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Alvar Blanco Martínez, Martin Boeker, Clara-Lea Bonzel, John Booth, Silvano Bosari, Florence Bourgeois, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, William Bryant, Mauro Bucalo, Anita Burgun, Mario Cannataro, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Luca Chiovato, Lorenzo Chiudinelli, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz Bermúdez, Jaime Cruz Rojo, Arianna Dagliati, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Anahita Davoudi, Batsal Devkota, Julien Dubiel, Loic Esteve, Shirley Fan, Robert Follett, Paula Gaiolla, Thomas Ganslandt, Noelia García Barrio, Lana Garmire, Nils Gehlenborg, Alon Geva, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, David Hanauer, Christian Haverkamp, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, John Holmes, Petar Horki, Kenneth Huling, Meghan Hutch, Richard Issitt, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Mark Keller, Katie Kirchoff, Jeffrey Klann, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Sehi L’yi, Judith Leblanc, Andressa Leite, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Molei Liu, Sarah Lozano-Zahonero, Kristine Lynch, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Adeline Makoudjou Tchendjou, Alberto Malovini, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Anupama Maram, Patricia Martel, Aaron Masino, Michael Matheny, Thomas Maulhardt, Maria Mazzitelli, Michael Mcduffie, Arthur Mensch, Fatima Ashraf, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Bertrand Moal, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Karyn Moshal, Sajad Mousavi, Douglas Murad, Shawn Murphy, Thomas Naughton, Antoine Neuraz, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Miguel Pedrera Jimenez, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Hans Prokosch, Robson Prudente, Víctor Quirós González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig Domínguez, Pablo Rojo, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Janaina Santos, Maria Savino, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Neil Sebire, Pablo Serrano Balazote, Patricia Serre, Arnaud Serret-Larmande, Zahra Shakeri, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Charles Sonday, Anastasia Spiridou, Bryce Tan, Byorn Tan, Suzana Tanni, Deanne Taylor, Ana Terriza-Torres, Valentina Tibollo, Patric Tippmann, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Margaret Vella, Jill-Jênn Vie, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Griffin Weber, Yuan William, Nadir Yehya, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Daniela Zoeller, Chiara Zucco

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Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.20238. ⟨10.1038/s41598-021-99481-9⟩

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External validation of prognostic scores for COVID-19: a multicenter cohort study of patients hospitalized in Greater Paris University Hospitals

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Yannis Lombardi, Loris Azoyan, Piotr Szychowiak, Ali Bellamine, Guillaume Lemaitre, Mélodie Bernaux, Christel Daniel, Judith Leblanc, Quentin Riller, Olivier Steichen, Pierre-Yves Ancel, Alain Bauchet, Nathanael Beeker, Vincent Benoit, Romain Bey, Aurélie Bourmaud, Stéphane Bréant, Anita Burgun, Fabrice Carrat, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Sylvie Cormont, Julien Dubiel, Catherine Duclos, Loic Esteve, Marie Frank, Nicolas Garcelon, Alexandre Gramfort, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Martin Guilbaud, Claire Hassen-Khodja, François Hemery, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Jerome Lambert, Richard Layese, Léo Lebouter, Damien Leprovost, Ivan Lerner, Kankoe Levi Sallah, Aurélien Maire, Marie-France Mamzer, Patricia Martel, Arthur Mensch, Thomas Moreau, Antoine Neuraz, Nina Orlova, Nicolas Paris, Bastien Rance, Hélène Ravera, Antoine Rozes, Pierre Rufat, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Patricia Serre, Xavier Tannier, Jean-Marc Treluyer, Damien van Gysel, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Maxime Wack, Perceval Wajsburt, Demian Wassermann, Eric Zapletal

article

Intensive Care Medicine, 2021, 47 (12), pp.1426-1439. ⟨10.1007/s00134-021-06524-w⟩

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Numerical uncertainty in analytical pipelines lead to impactful variability in brain networks

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Gregory Kiar, Yohan Chatelain, Pablo de Oliveira Castro, Eric Petit, Ariel Rokem, Gaël Varoquaux, Bratislav Misic, Alan Evans, Tristan Glatard

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PLoS ONE, 2021, 16 (11), pp.e0250755. ⟨10.1371/journal.pone.0250755⟩

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Centering inclusivity in the design of online conferences - An OHBM - Open Science perspective

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Elizabeth Levitis, Cassandra Gould van Praag, Remi Gau, Stephan Heunis, Elizabeth Dupre, Greg Kiar, Katherine Bottenhorn, Tristan Glatard, Aki Nikolaidis, Kirstie Jane Whitaker, Matteo Mancini, Guiomar Niso, Soroosh Afyouni, Eva Alonso Ortiz, Stefan Appelhoff, Aurina Arnatkeviciute, Melvin Selim Atay, Tibor Auer, Giulia Baracchini, Johanna Margarete Marianne Bayer, Michael J. S. Beauvais, Janine Diane Bijsterbosch, Isil Poyraz Bilgin, Saskia Bollmann, Steffen Bollmann, Rotem Botvinik-Nezer, Molly Bright, Vince Calhoun, Xiao Chen, Sidhant Chopra, Hu Chuan-Peng, Thomas Close, Savannah Cookson, Cameron Craddock, Alejandro de La Vega, Benjamin de Leener, Damion Demeter, Paola Di Maio, Erin Dickie, Simon Eickhoff, Oscar Esteban, Karolina Finc, Matteo Frigo, Saampras Ganesan, Melanie Ganz, Kelly Garner, Eduardo Garza-Villarreal, Gabriel Gonzalez-Escamilla, Rohit Goswami, John David Griffiths, Tijl Grootswagers, Samuel Guay, Olivia Guest, Daniel Handwerker, Peer Herholz, Katja Heuer, Dorien Huijser, Vittorio Iacovella, Michael Joseph, Agah Karakuzu, David Keator, Xenia Kobeleva, Manoj Kumar, Angie Laird, Linda Larson-Prior, Alexandra Lautarescu, Alberto Lazari, Jon Haitz Legarreta Gorroño, Xue-Ying Li, Jinglei Lv, Sina Mansour, David Meunier, Dustin Moraczewski, Tulika Nandi, Samuel Nastase, Matthias Nau, Stephanie Noble, Martin Norgaard, Johnes Obungoloch, Robert Oostenveld, Edwina Orchard, Ana Luísa Pinho, Russell Poldrack, Anqi Qiu, Pradeep Reddy Raamana, Ariel Rokem, Saige Rutherford, Malvika Sharan, Thomas Shaw, Warda Syeda, Meghan Testerman, Roberto Toro, Sofie Valk, Sofie van den Bossche, Gael Varoquaux, Frantisek Vasa, Michele Veldsman, Jakub Vohryzek, Adina Svenja Wagner, Reubs Walsh, Tonya White, Fu-Te Wong, Xihe Xie, Chao-Gan Yan, Yu-Fang Yang, Yohan Yee, Gaston Zanitti, Ana van Gulick, Eugene Duff, Camille Maumet

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GigaScience, 2021, 10 (8), ⟨10.1093/gigascience/giab051⟩

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International Analysis of Electronic Health Records of Children and Youth Hospitalized With COVID-19 Infection in 6 Countries

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Florence Bourgeois, Alba Gutiérrez-Sacristán, Mark Keller, Molei Liu, Chuan Hong, Clara-Lea Bonzel, Amelia Tan, Bruce Aronow, Martin Boeker, John Booth, Jaime Cruz Rojo, Batsal Devkota, Noelia García Barrio, Nils Gehlenborg, Alon Geva, David Hanauer, Meghan Hutch, Richard Issitt, Jeffrey Klann, Yuan Luo, Kenneth Mandl, Chengsheng Mao, Bertrand Moal, Karyn Moshal, Shawn Murphy, Antoine Neuraz, Kee Yuan Ngiam, Gilbert Omenn, Lav Patel, Miguel Pedrera Jiménez, Neil Sebire, Pablo Serrano Balazote, Arnaud Serret-Larmande, Andrew South, Anastasia Spiridou, Deanne Taylor, Patric Tippmann, Shyam Visweswaran, Griffin Weber, Isaac Kohane, Tianxi Cai, Paul Avillach, Jaime Cruz-Rojo, Noelia García-Barrio, Miguel Pedrera-Jiménez, Pablo Serrano-Balazote, James Aaron, Giuseppe Agapito, Adem Albayrak, Mario Alessiani, Danilo Amendola, François Angoulvant, Li Llj Anthony, Andrew Atz, James Balshi, Brett Beaulieu-Jones, Douglas Bell, Antonio Bellasi, Riccardo Bellazzi, Vincent Benoit, Michele Beraghi, José Luis Bernal Sobrino, Mélodie Bernaux, Romain Bey, Alvar Blanco Martínez, Silvano Bosari, Robert Bradford, Gabriel Brat, Stéphane Bréant, Nicholas Brown, William Bryant, Mauro Bucalo, Anita Burgun, Mario Cannataro, Aldo Carmona, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Krista Chen, Jin Chen, Luca Chiovato, Lorenzo Chiudinelli, James Cimino, Tiago Colicchio, Sylvie Cormont, Sébastien Cossin, Jean Craig, Juan Luis Cruz Bermúdez, Arianna Dagliati, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Anahita Davoudi, Julien Dubiel, Scott Duvall, Loic Esteve, Shirley Fan, Robert Follett, Paula Sa Gaiolla, Thomas Ganslandt, Lana Garmire, Tobias Gradinger, Alexandre Gramfort, Romain Griffier, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Christian Haverkamp, Bing He, Darren Henderson, Martin Hilka, John Holmes, Petar Horki, Kenneth Huling, Anne Sophie Jannot, Vianney Jouhet, Ramakanth Kavuluru, Katie Kirchoff, Ian Krantz, Detlef Kraska, Ashok Krishnamurthy, Sehi L'Yi, Trang Le, Judith Leblanc, Andressa Rr Leite, Guillaume Lemaitre, Leslie Lenert, Damien Leprovost, Ne Hooi Will Loh, Kristine Lynch, Sadiqa Mahmood, Sarah Maidlow, Alberto Malovini, Anupama Maram, Patricia Martel, Aaron Masino, Michael Matheny, Thomas Maulhardt, Maria Mazzitelli, Michael Mcduffie, Arthur Mensch, Marianna Milano, Marcos Minicucci, Jason Moore, Cinta Moraleda, Jeffrey Morris, Michele Morris, Sajad Mousavi, Danielle Mowery, Douglas Murad, Thomas Naughton, James Norman, Jihad Obeid, Marina Okoshi, Karen Olson, Nina Orlova, Brian Ostasiewski, Nathan Palmer, Nicolas Paris, Emily Pfaff, Danielle Pillion, Hans Prokosch, Robson Prudente, Víctor Quirós González, Rachel Ramoni, Maryna Raskin, Siegbert Rieg, Gustavo Roig Domínguez, Pablo Rojo, Carlos Sáez, Elisa Salamanca, Malarkodi Samayamuthu, Arnaud Sandrin, Janaina Cc Santos, Maria Savino, Emily Schriver, Juergen Schuettler, Luigia Scudeller, Patricia Serre, Domenick Silvio, Piotr Sliz, Jiyeon Son, Charles Sonday, Bryce Wq Tan, Byorn Wl Tan, Suzana Tanni, Ana Terriza Torres, Valentina Tibollo, Carlo Torti, Enrico Trecarichi, Yi-Ju Tseng, Andrew Vallejos, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Michele Vitacca, Kavishwar Wagholikar, Lemuel Waitman, Demian Wassermann, Yuan William, Zongqi Xia, Nadir Yehya, Alberto Zambelli, Harrison Zhang, Chiara Zucco

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JAMA Network Open, 2021, 4 (6), pp.e2112596. ⟨10.1001/jamanetworkopen.2021.12596⟩

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Unravelling the Neural Basis of Spatial Delusions After Stroke

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Michel Thiebaut de Schotten, Stephanie Noble, Katja Heuer, Katherine Bottenhorn, Isil Bilgin, Yu-Fang Yang, Julia Huntenburg, Johanna M.M. Bayer, Richard A.I. Bethlehem, Shawn Rhoads, Christoph Vogelbacher, Valentina Borghesani, Elizabeth Levitis, Hao-Ting Wang, Sofie van den Bossche, Xenia Kobeleva, Jon Haitz Legarreta, Samuel Guay, Selim Melvin Atay, Gael Varoquaux, Dorien Huijser, Malin Sandström, Peer Herholz, Samuel Nastase, Amanpreet Badhwar, Guillaume Dumas, Simon Schwab, Stefano Moia, Michael Dayan, Yasmine Bassil, Paula Brooks, Matteo Mancini, James Shine, David O’connor, Xihe Xie, Davide Poggiali, Patrick Friedrich, Anibal Heinsfeld, Lydia Riedl, Roberto Toro, César Caballero-Gaudes, Anders Eklund, Kelly Garner, Christopher Nolan, Damion Demeter, Fernando Barrios, Junaid Merchant, Elizabeth Mcdevitt, Robert Oostenveld, R. Cameron Craddock, Ariel Rokem, Andrew Doyle, Satrajit Ghosh, Aki Nikolaidis, Olivia Stanley, Eneko Uruñuela, Nasim Anousheh, Aurina Arnatkeviciute, Guillaume Auzias, Dipankar Bachar, Elise Bannier, Ruggero Basanisi, Arshitha Basavaraj, Marco Bedini, Pierre Bellec, R. Austin Benn, Kathryn Berluti, Steffen Bollmann, Saskia Bollmann, Claire Bradley, Jesse Brown, Augusto Buchweitz, Patrick Callahan, Micaela Chan, Bramsh Chandio, Theresa Cheng, Sidhant Chopra, Ai Wern Chung, Thomas Close, Etienne Combrisson, Giorgia Cona, R. Todd Constable, Claire Cury, Kamalaker Dadi, Pablo Damasceno, Samir Das, Fabrizio de Vico Fallani, Krista Destasio, Erin Dickie, Lena Dorfschmidt, Eugene Duff, Elizabeth Dupre, Sarah Dziura, Nathalia Esper, Oscar Esteban, Shreyas Fadnavis, Guillaume Flandin, Jessica Flannery, John Flournoy, Alexandre Franco, Saampras Ganesan, Siyuan Gao, José García Alanis, Eleftherios Garyfallidis, Tristan Glatard, Enrico Glerean, Javier Gonzalez-Castillo, Cassandra Gould van Praag, Abigail Greene, Geetika Gupta, Catherine Alice Hahn, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Thomas Hartmann, Valérie Hayot-Sasson, Stephan Heunis, Felix Hoffstaedter, Daniela Hohmann, Corey Horien, Horea-Ioan Ioanas, Alexandru Iordan, Chao Jiang, Michael Joseph, Jason Kai, Agah Karakuzu, David Kennedy, Anisha Keshavan, Ali Khan, Gregory Kiar, P. Christiaan Klink, Vincent Koppelmans, Serge Koudoro, Angela Laird, Georg Langs, Marissa Laws, Roxane Licandro, Sook-Lei Liew, Tomislav Lipic, Krisanne Litinas, Daniel Lurie, Désirée Lussier, Christopher Madan, Lea-Theresa Mais, Sina Mansour L, Jose Pedro Manzano-Patron, Dimitra Maoutsa, Matheus Marcon, Daniel Margulies, Giorgio Marinato, Daniele Marinazzo, Christopher Markiewicz, Felipe Meneguzzi, David Meunier, Michael Milham, Kathryn Mills, Davide Momi, Clara Moreau, Aysha Motala, Iska Moxon-Emre, Thomas Nichols, Dylan Nielson, Gustav Nilsonne, Lisa Novello, Caroline O’brien, Emily Olafson, Lindsay Oliver, John Onofrey, Edwina Orchard, Kendra Oudyk, Patrick Park, Mahboobeh Parsapoor, Lorenzo Pasquini, Scott Peltier, Cyril Pernet, Rudolph Pienaar, Pedro Pinheiro-Chagas, Jean-Baptiste Poline, Anqi Qiu, Tiago Quendera, Laura Rice, Joscelin Rocha-Hidalgo, Saige Rutherford, Mathias Scharinger, Dustin Scheinost, Deena Shariq, Thomas Shaw, Viviana Siless, Molly Simmonite, Nikoloz Sirmpilatze, Hayli Spence, Julia Sprenger, Andrija Stajduhar, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Angela Tam, Link Tejavibulya, Ina Thome, Laura Tomaz da Silva, Nicolas Traut, Lucina Uddin, Antonino Vallesi, John Vanmeter, Nandita Vijayakumar, Matteo Visconti Di Oleggio Castello, Jakub Vohryzek, Jakša Vukojević, Kirstie Jane Whitaker, Lucy Whitmore, Steve Wideman, Suzanne Witt, Hua Xie, Ting Xu, Chao-Gan Yan, Fang-Cheng Yeh, B.T. Thomas Yeo, Xi-Nian Zuo, Pedro Alves, Ana Fonseca, Daniela Silva, Matilde Andrade, Teresa Pinho‐e‐melo, Isabel Martins

article

Annals of Neurology, 2021, 89 (6), pp.1181-1194. ⟨10.1002/ana.26079⟩

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titre

Extracting representations of cognition across neuroimaging studies improves brain decoding

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PLoS Computational Biology, 2021, 17 (5), pp.e1008795:1-20. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008795⟩

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titre

Accounting for variance in machine learning benchmarks

auteur_8max

Xavier Bouthillier, Pierre Delaunay, Mirko Bronzi, Assya Trofimov, Brennan Nichyporuk, Justin Szeto, Naz Sepah, Edward Raff, Kanika Madan, Vikram Voleti, Samira Ebrahimi Kahou, Vincent Michalski, Dmitriy Serdyuk, Tal Arbel, Chris Pal, Gaël Varoquaux, Pascal Vincent

article

MLsys 2021 - 4th Conference on Machine Learning and Systems, Apr 2021, San Francisco (virtual), United States

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titre

Brainhack: Developing a culture of open, inclusive, community-driven neuroscience

auteur_8max

Rémi Gau, Stephanie Noble, Katja Heuer, Katherine Bottenhorn, Isil Bilgin, Yu-Fang Yang, Julia Huntenburg, Johanna M.M. Bayer, Richard A.I. Bethlehem, Shawn Rhoads, Christoph Vogelbacher, Valentina Borghesani, Elizabeth Levitis, Hao-Ting Wang, Sofie van den Bossche, Xenia Kobeleva, Jon Haitz Legarreta, Samuel Guay, Selim Melvin Atay, Gael Varoquaux, Dorien Huijser, Malin Sandström, Peer Herholz, Samuel Nastase, Amanpreet Badhwar, Guillaume Dumas, Simon Schwab, Stefano Moia, Michael Dayan, Yasmine Bassil, Paula Brooks, Matteo Mancini, James Shine, David O’connor, Xihe Xie, Davide Poggiali, Patrick Friedrich, Anibal Heinsfeld, Lydia Riedl, Roberto Toro, César Caballero-Gaudes, Anders Eklund, Kelly Garner, Christopher Nolan, Damion Demeter, Fernando Barrios, Junaid Merchant, Elizabeth Mcdevitt, Robert Oostenveld, R. Cameron Craddock, Ariel Rokem, Andrew Doyle, Satrajit Ghosh, Aki Nikolaidis, Olivia Stanley, Eneko Uruñuela, Nasim Anousheh, Aurina Arnatkeviciute, Guillaume Auzias, Dipankar Bachar, Elise Bannier, Ruggero Basanisi, Arshitha Basavaraj, Marco Bedini, Pierre Bellec, R. Austin Benn, Kathryn Berluti, Steffen Bollmann, Saskia Bollmann, Claire Bradley, Jesse Brown, Augusto Buchweitz, Patrick Callahan, Micaela Chan, Bramsh Chandio, Theresa Cheng, Sidhant Chopra, Ai Wern Chung, Thomas Close, Etienne Combrisson, Giorgia Cona, R. Todd Constable, Claire Cury, Kamalaker Dadi, Pablo Damasceno, Samir Das, Fabrizio de Vico Fallani, Krista Destasio, Erin Dickie, Lena Dorfschmidt, Eugene Duff, Elizabeth Dupre, Sarah Dziura, Nathalia Esper, Oscar Esteban, Shreyas Fadnavis, Guillaume Flandin, Jessica Flannery, John Flournoy, Stephanie Forkel, Alexandre Franco, Saampras Ganesan, Siyuan Gao, José García Alanis, Eleftherios Garyfallidis, Tristan Glatard, Enrico Glerean, Javier Gonzalez-Castillo, Cassandra Gould van Praag, Abigail Greene, Geetika Gupta, Catherine Alice Hahn, Yaroslav Halchenko, Daniel Handwerker, Thomas Hartmann, Valérie Hayot-Sasson, Stephan Heunis, Felix Hoffstaedter, Daniela Hohmann, Corey Horien, Horea-Ioan Ioanas, Alexandru Iordan, Chao Jiang, Michael Joseph, Jason Kai, Agah Karakuzu, David Kennedy, Anisha Keshavan, Ali Khan, Gregory Kiar, P. Christiaan Klink, Vincent Koppelmans, Serge Koudoro, Angela Laird, Georg Langs, Marissa Laws, Roxane Licandro, Sook-Lei Liew, Tomislav Lipic, Krisanne Litinas, Daniel Lurie, Désirée Lussier, Christopher Madan, Lea-Theresa Mais, Sina Mansour L, Jose Pedro Manzano-Patron, Dimitra Maoutsa, Matheus Marcon, Daniel Margulies, Giorgio Marinato, Daniele Marinazzo, Christopher Markiewicz, Camille Maumet, Felipe Meneguzzi, David Meunier, Michael Milham, Kathryn Mills, Davide Momi, Clara Moreau, Aysha Motala, Iska Moxon-Emre, Thomas Nichols, Dylan Nielson, Gustav Nilsonne, Lisa Novello, Caroline O’brien, Emily Olafson, Lindsay Oliver, John Onofrey, Edwina Orchard, Kendra Oudyk, Patrick Park, Mahboobeh Parsapoor, Lorenzo Pasquini, Scott Peltier, Cyril Pernet, Rudolph Pienaar, Pedro Pinheiro-Chagas, Jean-Baptiste Poline, Anqi Qiu, Tiago Quendera, Laura Rice, Joscelin Rocha-Hidalgo, Saige Rutherford, Mathias Scharinger, Dustin Scheinost, Deena Shariq, Thomas Shaw, Viviana Siless, Molly Simmonite, Nikoloz Sirmpilatze, Hayli Spence, Julia Sprenger, Andrija Stajduhar, Martin Szinte, Sylvain Takerkart, Angela Tam, Link Tejavibulya, Michel Thiebaut de Schotten, Ina Thome, Laura Tomaz da Silva, Nicolas Traut, Lucina Uddin, Antonino Vallesi, John Vanmeter, Nandita Vijayakumar, Matteo Visconti Di Oleggio Castello, Jakub Vohryzek, Jakša Vukojević, Kirstie Jane Whitaker, Lucy Whitmore, Steve Wideman, Suzanne Witt, Hua Xie, Ting Xu, Chao-Gan Yan, Fang-Cheng Yeh, B.T. Thomas Yeo, Xi-Nian Zuo

article

Neuron, 2021, 109 (11), pp.1769-1775. ⟨10.1016/j.neuron.2021.04.001⟩

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titre

Decoding with Confidence: Statistical Control on Decoder Maps

auteur_8max

Jérôme-Alexis Chevalier, Tuan-Binh Nguyen, Joseph Salmon, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, 2021, pp.117921. ⟨10.1016/j.neuroimage.2021.117921⟩

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titre

A lightweight neural model for biomedical entity linking

auteur_8max

Lihu Chen, Gaël Varoquaux, Fabian Suchanek

article

AAAI 2021 - The Thirty-Fifth Conference on Artificial Intelligence, Association for the Advancement of Artificial Intelligence, Feb 2021, Palo Alto (virtual), United States. pp.12657-12665

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titre

Prediction, Not Association, Paves the Road to Precision Medicine

auteur_8max

Danilo Bzdok, Gael Varoquaux, Ewout Steyerberg

article

JAMA Psychiatry, 2021, 78 (2), pp.127. ⟨10.1001/jamapsychiatry.2020.2549⟩

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titre

Preventing dataset shift from breaking machine-learning biomarkers

auteur_8max

Jérôme Dockès, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline

article

GigaScience, In press, ⟨10.1093/gigascience/giab055⟩

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titre

Population modeling with machine learning can enhance measures of mental health

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Gaël Varoquaux, Josselin Houenou, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Denis Engemann

article

GigaScience, 2021, ⟨10.1101/2020.08.25.266536⟩

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2020

titre

Individual Brain Charting dataset extension, fourth release of high-resolution fMRI data for cognitive mapping

auteur_8max

Juan Jesus Torre, Ana Luísa Pinho, Swetha Shankar, Alexis Amadon, Mani Saignavongs, Marcela Perrone-Bertolotti, Thomas Bazeille, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Chantal Ginisty, S Éverine Becuwe-Desmidt, Éverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Jean- Philippe Lachaux, Patrick G Bissett, Ayse Zeynep Enkavi, Ian Eisenberg, Russell Poldrack, Roberta Santoro, Elia Formisano, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion

article

2020

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titre

Subject‐specific segregation of functional territories based on deep phenotyping

auteur_8max

Ana Luísa Pinho, Alexis Amadon, Murielle Fabre, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Juan Jesús Torres, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Philippe Pinel, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Christophe C Pallier, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz‐pannier, Bertrand Thirion

article

Human Brain Mapping, 2020, ⟨10.1002/hbm.25189⟩

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titre

NeuMiss networks: differentiable programming for supervised learning with missing values

auteur_8max

Marine Le Morvan, Julie Josse, Thomas Moreau, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux

article

NeurIPS 2020 - 34th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2020, Vancouver / Virtual, Canada

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titre

Obesity Doubles Mortality in Patients Hospitalized for Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Paris Hospitals, France: A Cohort Study on 5,795 Patients

auteur_8max

Sébastien Czernichow, Nathanael Beeker, Claire Rives‐lange, Emmanuel Guerot, Jean‐luc Diehl, Sandrine Katsahian, Jean‐sébastien Hulot, Tigran Poghosyan, Claire Carette, Anne‐sophie Jannot, Pierre‐yves Ancel, Alain Bauchet, Vincent Benoit, Mélodie Bernaux, Ali Bellamine, Romain Bey, Aurélie Bourmaud, Stéphane Bréant, Anita Burgun, Fabrice Carrat, Charlotte Caucheteux, Julien Champ, Sylvie Cormont, Christel Daniel, Julien Dubiel, Catherine Ducloas, Loic Esteve, Marie Frank, Nicolas Garcelon, Alexandre Gramfort, Nicolas Griffon, Olivier Grisel, Martin Guilbaud, Claire Hassen‐khodja, François Hemery, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Jerome Lambert, Richard Layese, Judith Leblanc, Léo Lebouter, Guillaume Lemaitre, Damien Leprovost, Ivan Lerner, Kankoe Levi Sallah, Aurélien Maire, Marie‐france Mamzer, Patricia Martel, Arthur Mensch, Thomas Moreau, Antoine Neuraz, Nina Orlova, Nicolas Paris, Bastien Rance, Hélène Ravera, Antoine Rozes, Elisa Salamanca, Arnaud Sandrin, Patricia Serre, Xavier Tannier, Jean‐marc Treluyer, Damien van Gysel, Gael Varoquaux, Jill Jen Vie, Maxime Wack, Perceval Wajsburt, Demian Wassermann, Eric Zapletal

article

Obesity, 2020, 28 (12), pp.2282-2289. ⟨10.1002/oby.23014⟩

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titre

International electronic health record-derived COVID-19 clinical course profiles: the 4CE consortium

auteur_8max

Gabriel A. Brat, Griffin M. Weber, Nils Gehlenborg, Paul Avillach, Nathan P. Palmer, Luca Chiovato, James Cimino, Brett K. Beaulieu-Jones, Sehi L'Yi, Mark S. Keller, Douglas S. Bell, Robert W. Follett, Lav P. Patel, Anne Sophie Jannot, Lemuel R. Waitman, Gilbert Omenn, Alberto Malovini, Jason H. Moore, Valentina Tibollo, Shawn N Murphy, Riccardo Bellazzi, David A Hanauer, Arnaud Serret-Larmande, Alba Gutierrez-Sacristan, John J Holmes, Douglas Bell, Kenneth D. Mandl, Jeffrey G Klann, Douglas A Murad, Luigia Scudeller, Mauro Bucalo, Katie Kirchoff, Jean Craig, Jihad Obeid, Vianney Jouhet, Romain Griffier, Sébastien Cossin, Bertrand Moal, Antonio Bellasi, Hans U Prokosch, Detlef Kraska, Piotr Sliz, Amelia L.M. Tan, Kee Yuan Ngiam, Alberto Zambelli, Danielle L Mowery, Emily Schiver, Batsal Devkota, Robert Bradford, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Vincent Benoit, Romain Bey, Nicolas Paris, Patricia Serre, Nina Orlova, Julien Dubiel, Martin Hilka, Stephane Breant, Judith Leblanc, Nicolas Griffon, Anita Burgun, Melodie Bernaux, Arnaud Sandrin, Elisa Salamanca, Sylvie Cormont, Thomas Ganslandt, Tobias Gradinger, Julien Champ, Martin Boeker, Patricia Martel, Loïc Estève, Alexandre Gramfort, Olivier Grisel, Damien Leprovost, Thomas Moreau, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Demian Wassermann, Arthur Mensch, Charlotte Caucheteux, Christian Haverkamp, Guillaume Lemaître, Silvano Bosari, Andrew South, Tianxi Cai, Isaac Kohane

article

npj Digital Medicine, 2020, 3 (1), pp.#109. ⟨10.1038/s41746-020-00308-0⟩

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titre

Hydroxychloroquine with or without azithromycin and in-hospital mortality or discharge in patients hospitalized for COVID-19 infection: a cohort study of 4,642 in-patients in France

auteur_8max

Emilie Sbidian, Julie Josse, Guillaume Lemaître, Imke Mayer, Melodie Bernaux, Alexandre Gramfort, Nathanaël Lapidus, Nicolas Paris, Antoine Neuraz, Ivan Lerner, Nicolas Garcelon, Bastien Rance, Olivier Grisel, Thomas Moreau, Ali Bellamine, Pierre Wolkenstein, Gaël Varoquaux, Eric Caumes, Marc Lavielle, Armand Mekontso Dessap, Etienne Audureau

article

2020

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titre

Beyond brain age: Empirically-derived proxy measures of mental health

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Gael Varoquaux, Josselin Houenou, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Denis Engemann

article

2020

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titre

Linear predictor on linearly-generated data with missing values: non consistency and solutions

auteur_8max

Marine Le Morvan, Nicolas Prost, Julie Josse, Erwan Scornet, Gaël Varoquaux

article

AISTATS 2020 - International Conference on Artificial Intelligence and Statistics, Aug 2020, Online, France. pp.3165-3174

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titre

Fine-grain atlases of functional modes for fMRI analysis

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Gaël Varoquaux, Antonia Machlouzarides-Shalit, Krzysztof J. Gorgolewski, Demian Wassermann, Bertrand Thirion, Arthur Mensch

article

NeuroImage, 2020, 221, pp.117126

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titre

Combining magnetoencephalography with magnetic resonance imaging enhances learning of surrogate-biomarkers

auteur_8max

Denis ​ Engemann, Oleh Kozynets, David Sabbagh, Guillaume Lemaître, Gaël Varoquaux, Franziskus Liem, Alexandre Gramfort

article

eLife, 2020, ⟨10.7554/eLife.54055⟩

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titre

Predictive regression modeling with MEG/EEG: from source power to signals and cognitive states

auteur_8max

David Sabbagh, Pierre Ablin, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Denis Engemann

article

NeuroImage, 2020, ⟨10.1016/j.neuroimage.2020.116893⟩

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titre

NeuroQuery, comprehensive meta-analysis of human brain mapping

auteur_8max

Jérôme Dockès, Russell Poldrack, Romain Primet, Hande Gözükan, Tal Yarkoni, Fabian M Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

eLife, 2020

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titre

Fine-grain atlases of functional modes for fMRI analysis

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Gaël Varoquaux, Antonia Machlouzarides-Shalit, Krzysztof Jacek Gorgolewski, Demian Wassermann, Bertrand Thirion, Arthur Mensch

article

2020

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titre

Survey of machine-learning experimental methods at NeurIPS2019 and ICLR2020

auteur_8max

Xavier Bouthillier, Gaël Varoquaux

article

[Research Report] Inria Saclay Ile de France. 2020

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titre

Encoding high-cardinality string categorical variables

auteur_8max

Patricio Cerda, Gaël Varoquaux

article

IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, In press, ⟨10.1109/TKDE.2020.2992529⟩

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titre

Individual Brain Charting dataset extension, second release of high-resolution fMRI data for cognitive mapping

auteur_8max

Ana Luísa Pinho, Alexis Amadon, Baptiste Gauthier, Nicolas Clairis, André Knops, Sarah Genon, Elvis Dohmatob, Juan Jesús Torre, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Yann Lecomte, Valérie Berland, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Eric Salmon, Manuela Piazza, David Melcher, Mathias Pessiglione, Virginie van Wassenhove, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion

article

Scientific Data , 2020, ⟨10.1038/s41597-020-00670-4⟩

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2019

titre

Comparing distributions: $l1$ geometry improves kernel two-sample testing

auteur_8max

Meyer Scetbon, Gaël Varoquaux

article

NeurIPS 2019 - 33th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada

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titre

Feature Grouping as a Stochastic Regularizer for High-Dimensional Structured Data

auteur_8max

Sergül Aydöre, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NeurIPS 2019 - 33th Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada

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titre

Manifold-regression to predict from MEG/EEG brain signals without source modeling

auteur_8max

David Sabbagh, Pierre Ablin, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Denis Engemann

article

NeurIPS 2019 - 33th Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2019, Vancouver, Canada

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titre

Brain-based ranking of cognitive domains to predict schizophrenia

auteur_8max

Teresa M Karrer, Danielle S. Bassett, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Angela R Laird, Peter Fox, Simon B. Eickhoff, Olivier Grisel, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Human Brain Mapping, 2019, 40, pp.4487-4507. ⟨10.1002/hbm.24716⟩

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titre

Benchmarking functional connectome-based predictive models for resting-state fMRI

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Mehdi Rahim, Alexandre Abraham, Darya Chyzhyk, Michael Milham, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, 2019, 192, pp.115-134. ⟨10.1016/j.neuroimage.2019.02.062⟩

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titre

Predictive models avoid excessive reductionism in cognitive neuroimaging

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Russell Poldrack

article

Current Opinion in Neurobiology, In press, 55, ⟨10.1016/j.conb.2018.11.002⟩

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titre

Population shrinkage of covariance (PoSCE) for better individual brain functional-connectivity estimation

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Analysis, 2019, ⟨10.1016/j.media.2019.03.001⟩

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2018

titre

Atlases of cognition with large-scale human brain mapping

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Russell A Poldrack, Baptiste Gauthier, Danilo Bzdok, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

PLoS Computational Biology, 2018, 14 (11), pp.e1006565. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006565⟩

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titre

Approximate message-passing for convex optimization with non-separable penalties

auteur_8max

Andre Manoel, Florent Krzakala, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Lenka Zdeborová

article

2018

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titre

Subspecialization within default mode nodes characterized in 10,000 UK Biobank participants

auteur_8max

Julius M Kernbach, B T Thomas Yeo, Jonathan Smallwood, Daniel Margulies, Michel Thiebaut de Schotten, Henrik Walter, Mert Sabuncu, Avram J Holmes, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, ⟨10.1073/pnas.1804876115⟩

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titre

Text to brain: predicting the spatial distribution of neuroimaging observations from text reports

auteur_8max

Jérôme Dockès, Demian Wassermann, Russell Poldrack, Fabian M. Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

MICCAI 2018 - 21st International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2018, Granada, Spain. pp.1-18

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titre

Shared Endo-phenotypes of Default Mode Dysfunction in Attention Deficit/Hyperactivity Disorder and Autism Spectrum Disorder

auteur_8max

Julius M Kernbach, Theodore D Satterthwaite, Danielle S. Bassett, Jonathan Smallwood, Daniel Margulies, Sarah Krall, Philip Shaw, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Kerstin Konrad, Danilo Bzdok

article

Translational Psychiatry, 2018, 8 (1), pp.133. ⟨10.1038/s41398-018-0179-6⟩

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titre

Individual Brain Charting, a high-resolution fMRI dataset for cognitive mapping

auteur_8max

Ana Luísa Pinho, Alexis Amadon, Torsten Ruest, Murielle Fabre, Elvis Dohmatob, Isabelle Denghien, Chantal Ginisty, Séverine Becuwe-Desmidt, Séverine Roger, Laurence Laurier, Véronique Joly-Testault, Gaëlle Médiouni-Cloarec, Christine Doublé, Bernadette Martins, Philippe Pinel, Evelyn Eger, Gael Varoquaux, Christophe Pallier, Stanislas Dehaene, Lucie Hertz-Pannier, Bertrand Thirion

article

Scientific Data , 2018, 5, pp.180105. ⟨10.1038/sdata.2018.105⟩

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titre

Similarity encoding for learning with dirty categorical variables

auteur_8max

Patricio Cerda, Gaël Varoquaux, Balázs Kégl

article

Machine Learning, 2018, ⟨10.1007/s10994-018-5724-2⟩

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titre

Controlling a confound in predictive models with a test set minimizing its effect

auteur_8max

Darya Chyzhyk, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Michael Milham

article

PRNI 2018 - 8th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2018, Singapore, Singapore. pp.1-4

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titre

Prediction and inference diverge in biomedicine: Simulations and real-world data

auteur_8max

Danilo Bzdok, Denis Engemann, Olivier Grisel, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

2018

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titre

Inter-subject registration of functional images: do we need anatomical images ?

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Frontiers in Neuroscience, In press

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titre

Different shades of default mode disturbance in schizophrenia: Subnodal covariance estimation in structure and function

auteur_8max

Jeremy Lefort-Besnard, Danielle S Bassett, Jonathan Smallwood, Daniel S. Margulies, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Simon B. Eickhoff, Danilo Bzdok

article

Human Brain Mapping, 2018, pp.1-52

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titre

Stochastic Subsampling for Factorizing Huge Matrices

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

IEEE Transactions on Signal Processing, 2018, 66 (1), pp.113-128. ⟨10.1109/TSP.2017.2752697⟩

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titre

Atlases of cognition with large-scale brain mapping

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Russell Poldrack, Baptiste Gauthier, Danilo Bzdok, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

PLoS Computational Biology, In press

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titre

Patterns of Schizophrenia Symptoms: Hidden Structure in the PANSS Questionnaire

auteur_8max

Jeremy Lefort-Besnard, Gaël Varoquaux, Birgit Derntl, Oliver Gruber, Andre Aleman, Renaud Jardri, Iris Sommer, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Translational Psychiatry, 2018, 8, pp.237. ⟨10.1038/s41398-018-0294-4⟩

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2017

titre

Learning Neural Representations of Human Cognition across Many fMRI Studies

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Danilo Bzdok, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Neural Information Processing Systems, Dec 2017, Long Beach, United States

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titre

Label scarcity in biomedicine: Data-rich latent factor discovery enhances phenotype prediction

auteur_8max

Marc-Andre Schulz, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok

article

Neural Information Processing Systems, Machine Learning in Health Workshop, Dec 2017, Long Beach, United States

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titre

Population-shrinkage of covariance to estimate better brain functional connectivity

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Interventions, Sep 2017, Quebec city, Canada

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titre

Relating Brain Structures To Open-Ended Descriptions Of Cognition

auteur_8max

Jérôme Dockès, Olivier Grisel, Joan Massich, Fabian Suchanek, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

CCN 2017 - Conference on Cognitive Computational Neuroscience, Sep 2017, New York, United States. , 10 (2), pp.59 - 63, 2017, ⟨10.1016/j.tics.2005.12.004⟩

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titre

Decoding fMRI activity in the time domain improves classification performance

auteur_8max

João Loula, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.08.018⟩

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titre

Learning to Discover Sparse Graphical Models

auteur_8max

Eugene B Belilovsky, Kyle Kastner, Gaël Varoquaux, Matthew B Blaschko

article

International Conference on Machine Learning , Aug 2017, Sydney, Australia

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titre

Hierarchical Region-Network Sparsity for High-Dimensional Inference in Brain Imaging

auteur_8max

Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

International conference on Information Processing in Medical Imaging (IPMI) 2017, Jun 2017, Boone, North Carolina, United States

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titre

Joint prediction of multiple scores captures better individual traits from brain images

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Danilo Bzdok, Irène Buvat, Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.06.072⟩

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titre

Cross-validation failure: small sample sizes lead to large error bars

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, 2017, ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.06.061⟩

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titre

Towards a Faster Randomized Parcellation Based Inference

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

PRNI 2017 - 7th International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2017, Toronto, Canada

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titre

Multi-output predictions from neuroimaging: assessing reduced-rank linear models

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI 2017 - The 7th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2017, Toronto, Canada. pp.1 - 4, ⟨10.1109/PRNI.2017.7981504⟩

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titre

Distinct alterations in Parkinson's Medication-state and Disease-state Connectivity Running Title: PD altered connectivity

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael D. Greicius, Kathleen L Poston

article

Neuroimage-Clinical, 2017

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titre

FReM – scalable and stable decoding with fast regularized ensemble of models

auteur_8max

Andrés A Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, 2017, pp.1-16. ⟨10.1016/j.neuroimage.2017.10.005⟩

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2016

titre

Subsampled online matrix factorization with convergence guarantees

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NIPS Workshop on Optimization for Machine Learning, Dec 2016, Barcelone, Spain

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titre

Learning brain regions via large-scale online structured sparse dictionary-learning

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Neural Information Processing Systems (NIPS), Dec 2016, Barcelona, Spain

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titre

Testing for Differences in Gaussian Graphical Models: Applications to Brain Connectivity

auteur_8max

Eugene Belilovsky, Gaël Varoquaux, Matthew B. Blaschko

article

Neural Information Processing Systems (NIPS) 2016, Dec 2016, Barcelona, Spain

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titre

Deriving reproducible biomarkers from multi-site resting-state data: An Autism-based example

auteur_8max

Alexandre Abraham, Michael Milham, Adriana Di Martino, R. Cameron Craddock, Dimitris Samaras, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NeuroImage, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.045⟩

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titre

Exploring the anatomical encoding of voice with a mathematical model of the vocal system.

auteur_8max

M Florencia Assaneo, Jacobo Sitt, Gaël Varoquaux, Mariano Sigman, Laurent Cohen, Marcos A Trevisan

article

NeuroImage, 2016, 141, pp.31-9. ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.07.033⟩

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titre

Predicting brain-age from multimodal imaging data captures cognitive impairment

auteur_8max

Franziskus Liem, Gaël Varoquaux, Jana Kynast, Frauke Beyer, Shahrzad Kharabian Masouleh, Julia M. Huntenburg, Leonie Lampe, Mehdi Rahim, Alexandre Abraham, R. Cameron Craddock, Steffi Riedel-Heller, Tobias Luck, Markus Loeffler, Matthias L. Schroeter, Anja Veronica Witte, Daniel S. Margulies

article

NeuroImage, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.11.005⟩

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titre

Transmodal Learning of Functional Networks for Alzheimer's Disease Prediction

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Claude Comtat, Gaël Varoquaux

article

IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, 2016, 10 (7), pp.1204 - 1213. ⟨10.1109/JSTSP.2016.2600400⟩

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titre

Recursive nearest agglomeration (ReNA): fast clustering for approximation of structured signals

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Jonas Kahn, Bertrand Thirion

article

IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, In press, XX, ⟨10.1109/TPAMI.2018.2815524⟩

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titre

Neuroimaging Research: From Null-Hypothesis Falsification to Out-of-sample Generalization

auteur_8max

Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Educational and Psychological Measurement, 2016

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titre

The Brain Imaging Data Structure: a format for organizing and describing neuroimaging data

auteur_8max

Krzysztof Gorgolewski, Tibor Auer, Vince D Calhoun, Cameron Craddock, Samir Das, Eugene P. Duff, Guillaume Flandin, Satrajit Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav Halchenko, Daniel A. Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, B. Nolan Nichols, Thomas E Nichols, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, Jessica Turner, Gaël Varoquaux, Russell Poldrack

article

22nd Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2016), Jun 2016, Geneva, Switzerland

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titre

Fast brain decoding with random sampling and random projections

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

PRNI 2016: the 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy

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titre

Comparing functional connectivity based predictive models across datasets

auteur_8max

Kamalaker Dadi, Alexandre Abraham, Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI 2016: 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2016, Trento, Italy

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titre

Social-sparsity brain decoders: faster spatial sparsity

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Matthieu Kowalski, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2016, Trento, Italy

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titre

The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments

auteur_8max

Krzysztof J. Gorgolewski, Tibor Auer, Vince D. Calhoun, Cameron R. Craddock, Samir Das, Eugene P. Duff, Guillaume Flandin, Satrajit S. Ghosh, Tristan Glatard, Yaroslav O. Halchenko, Daniel A. Handwerker, Michael Hanke, David Keator, Xiangrui Li, Zachary Michael, Camille Maumet, Nolan B. Nichols, Thomas E. Nichols, John Pellman, Jean-Baptiste Poline, Ariel Rokem, Gunnar Schaefer, Vanessa Sochat, William Triplett, Jessica A. Turner, Gaël Varoquaux, Russell A. Poldrack

article

Scientific Data , 2016, 3, pp.160044. ⟨10.1038/sdata.2016.44⟩

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titre

Dictionary Learning for Massive Matrix Factorization

auteur_8max

Arthur Mensch, Julien Mairal, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

International Conference on Machine Learning, Jun 2016, New York, United States. pp.1737-1746

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titre

Formal Models of the Network Co-occurrence Underlying Mental Operations

auteur_8max

Danilo Bzdok, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Michael Eickenberg, Cyril Poupon, Bertrand Thirion

article

PLoS Computational Biology, 2016, ⟨10.1371/journal.pcbi.1004994⟩

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titre

Compressed Online Dictionary Learning for Fast Resting-State fMRI Decomposition

auteur_8max

Arthur Mensch, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

International Symposium on Biomedical Imaging, IEEE, Apr 2016, Prague, Czech Republic. pp.1282-1285, ⟨10.1109/ISBI.2016.7493501⟩

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titre

Local Q-Linear Convergence and Finite-time Active Set Identification of ADMM on a Class of Penalized Regression Problems

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

ICASSP, International Conference on Acoustics, Speach, and Signal Processing, Mar 2016, http://icassp2016.org/default.asp, China

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titre

Connectivity-Based Parcellation: Critique and Implications

auteur_8max

Simon B. Eickhoff, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Danilo Bzdok

article

Human Brain Mapping, 2016, pp.22. ⟨10.1002/hbm.22933⟩

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titre

Assessing and tuning brain decoders: cross-validation, caveats, and guidelines

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Pradeep A Reddy Raamana, Denis A Engemann, Andrés A Hoyos-Idrobo, Yannick A Schwartz, Bertrand A Thirion

article

NeuroImage, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.038⟩

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titre

Seeing it all: Convolutional network layers map the function of the human visual system

auteur_8max

Michael Eickenberg, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, 2016, ⟨10.1016/j.neuroimage.2016.10.001⟩

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titre

Beyond computational reproducibility, let us aim for reusability

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

IEEE CIS Newsletter on Cognitive and Developmental Systems, 2016, What is Computational Reproducibility?, 13 (2)

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2015

titre

Semi-Supervised Factored Logistic Regression for High-Dimensional Neuroimaging Data

auteur_8max

Danilo Bzdok, Michael Eickenberg, Olivier Grisel, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NIPS'15: 28th International Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2015, Montreal, Canada

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titre

Total Variation meets Sparsity: statistical learning with segmenting penalties

auteur_8max

Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer Aided Intervention (MICCAI), Oct 2015, München, Germany

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titre

Integrating Multimodal Priors in Predictive Models for the Functional Characterization of Alzheimer's Disease

auteur_8max

Mehdi Rahim, Bertrand Thirion, Alexandre Abraham, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Claude Comtat, Gael Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2015, Munich, Germany. ⟨10.1007/978-3-319-24553-9_26⟩

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titre

FAASTA: A fast solver for total-variation regularization of ill-conditioned problems with application to brain imaging

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Michael Eickenberg, Elvis Dohmatob, Bertand Thirion

article

Colloque GRETSI, P. Gonçalves, P. Abry, Sep 2015, Lyon, France

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titre

Correlations of correlations are not reliable statistics: implications for multivariate pattern analysis.

auteur_8max

Bertrand Thirion, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Gaël Varoquaux

article

ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Bertrand Thirion, Lars Kai Hansen, Sanmi Koyejo, Jul 2015, Lille, France

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titre

Fast clustering for scalable statistical analysis on structured images

auteur_8max

Bertrand Thirion, Andrés Hoyos-Idrobo, Jonas Kahn, Gaël Varoquaux

article

ICML Workshop on Statistics, Machine Learning and Neuroscience (Stamlins 2015), Bertrand Thirion, Lars Kai Hansen, Sanmi Koyejo, Jul 2015, Lille, France

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titre

Convex relaxations of penalties for sparse correlated variables with bounded total variation

auteur_8max

Eugene Belilovsky, Andreas Argyriou, Gaël Varoquaux, Matthew B. Blaschko

article

Machine Learning, 2015, pp.1-21. ⟨10.1007/s10994-015-5511-2⟩

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titre

NeuroVault.org: new features and a proof of concept analysis

auteur_8max

Krzysztof Gorgolewski, Gaël Varoquaux, Gabriel Rivera, Joseph Wexler, Yannick Schwartz, Satrajit Ghosh, Camille Maumet, Thomas E Nichols, Jean Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel Margulies, Russell Poldrack

article

21st Annual Meeting of the Organization for Human Brain Mapping (OHBM 2015), Jun 2015, Honolulu, United States

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titre

SpaceNet: Multivariate brain decoding and segmentation

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

OHBM, Jun 2015, Honolulu, Hawaii, United States

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titre

Speeding-up model-selection in GraphNet via early-stopping and univariate feature-screening

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Michael Eickenberg, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI, Jun 2015, Stanford, United States

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titre

Improving sparse recovery on structured images with bagged clustering

auteur_8max

Andrés Hoyos-Idrobo, Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

International Workshop On Pattern Recognition In Neuroimaging (PRNI), 2015, Jun 2015, Palo alto, United States

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titre

NeuroVault.org: a web-based repository for collecting and sharing unthresholded statistical maps of the human brain

auteur_8max

Krzysztof J. Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwarz, Satrajit S. Ghosh, Camille Maumet, Vanessa V. Sochat, Thomas E. Nichols, Russell A. Poldrack, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel S. Margulies

article

Frontiers in Neuroinformatics, 2015, 9 (8), ⟨10.3389/fninf.2015.00008⟩

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titre

NeuroVault.org: A repository for sharing unthresholded statistical maps, parcellations, and atlases of the human brain

auteur_8max

Krzysztof J. Gorgolewski, Gael Varoquaux, Gabriel Rivera, Yannick Schwartz, Vanessa V. Sochat, Satrajit S. Ghosh, Camille Maumet, Thomas E. Nichols, Jean-Baptiste Poline, Tal Yarkoni, Daniel S. Margulies, Russell A. Poldrack

article

NeuroImage, 2015, 124 (Pt B), pp.1242-1244. ⟨10.1016/j.neuroimage.2015.04.016⟩

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titre

Transport on Riemannian Manifold for Connectivity-based Brain Decoding

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael D Greicius, Bertrand Thirion

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2015, PP (99), pp.9. ⟨10.1109/TMI.2015.2463723⟩

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titre

Scipy Lecture Notes

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Emmanuelle Gouillart, Olav Vahtras, Valentin Haenel, Nicolas P. Rougier, Ralf Gommers, Fabian Pedregosa, Zbigniew Jędrzejewski-Szmek, Pauli Virtanen, Christophe Combelles, Didrik Pinte, Robert Cimrman, André Espaze, Adrien Chauve, Christopher Burns

article

Zenodo, 2015, ⟨10.5281/zenodo.31736⟩

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2014

titre

Identification of Mood-Relevant Brain Connections Using a Continuous, Subject-Driven Rumination Paradigm.

auteur_8max

Anna-Clare Milazzo, Bernard Ng, Heidi Jiang, William Shirer, Gael Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Michael D Greicius

article

Cerebral Cortex, 2014, pp.12

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titre

Deriving a multi-subject functional-connectivity atlas to inform connectome estimation

auteur_8max

Ronald Phlypo, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2014, Boston, United States. pp.185-192, ⟨10.1007/978-3-319-10443-0_24⟩

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titre

Transport on Riemannian Manifold for Functional Connectivity-based Classification

auteur_8max

Bernard Ng, Martin Dressler, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Michael D. Greicius, Bertrand Thirion

article

MICCAI - 17th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Polina Golland, Sep 2014, Boston, United States

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titre

Principal Component Regression predicts functional responses across individuals

auteur_8max

Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Olivier Grisel, Cyril Poupon, Philippe Pinel

article

MICCAI, Sep 2014, Boston, United States

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titre

Region segmentation for sparse decompositions: better brain parcellations from rest fMRI

auteur_8max

Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gael Varoquaux

article

Sparsity Techniques in Medical Imaging, Sep 2014, Boston, United States. pp.8

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titre

Benchmarking solvers for TV-l1 least-squares and logistic regression in brain imaging

auteur_8max

Elvis Dohmatob, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

PRNI 2014 - 4th International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2014, Tübingen, Germany

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titre

Which fMRI clustering gives good brain parcellations?

auteur_8max

Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Elvis Dohmatob, Jean-Baptiste Poline

article

Frontiers in Neuroscience, 2014, 8 (167), pp.13. ⟨10.3389/fnins.2014.00167⟩

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titre

Machine Learning Patterns for Neuroimaging-Genetic Studies in the Cloud

auteur_8max

Benoit da Mota, Radu Tudoran, Alexandru Costan, Gaël Varoquaux, Goetz Brasche, Patricia J. Conrod, Hervé Lemaitre, Tomáš Paus, Marcella Rietschel, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Gabriel Antoniu, Bertrand Thirion

article

Frontiers in Neuroinformatics, 2014, Recent advances and the future generation of neuroinformatics infrastructure, 8, ⟨10.3389/fninf.2014.00031⟩

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titre

How machine learning is shaping cognitive neuroimaging

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

GigaScience, 2014, 3, pp.28. ⟨10.1186/2047-217X-3-28⟩

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2013

titre

Mapping cognitive ontologies to and from the brain

auteur_8max

Yannick Schwartz, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

NIPS (Neural Information Processing Systems), Dec 2013, United States

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titre

Machine Learning for Neuroimaging with Scikit-Learn

auteur_8max

Alexandre Abraham, Fabian Pedregosa, Michael Eickenberg, Philippe Gervais, Andreas Muller, Jean Kossaifi, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Frontiers in Neuroscience, 2013, pp.15. ⟨10.3389/fninf.2014.00014⟩

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titre

Randomized parcellation based inference.

auteur_8max

Benoit da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Tobias Banaschewski, Gareth J. Barker, Arun L. W. Bokde, Uli Bromberg, Patricia J. Conrod, Jürgen Gallinat, Hugh Garavan, Jean-Luc Martinot, Frauke Nees, Tomáš Paus, Zdenka Pausova, Marcella Rietschel, Michael N. Smolka, Andreas Ströhle, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, 2013, epub ahead of print. ⟨10.1016/j.neuroimage.2013.11.012⟩

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titre

Learning and comparing functional connectomes across subjects

auteur_8max

Gaël Varoquaux, R. Cameron Craddock

article

NeuroImage, 2013, 80, pp.405-415. ⟨10.1016/j.neuroimage.2013.04.007⟩

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titre

API design for machine learning software: experiences from the scikit-learn project

auteur_8max

Lars Buitinck, Gilles Louppe, Mathieu Blondel, Fabian Pedregosa, Andreas Mueller, Olivier Grisel, Vlad Niculae, Peter Prettenhofer, Alexandre Gramfort, Jaques Grobler, Robert Layton, Jake Vanderplas, Arnaud Joly, Brian Holt, Gaël Varoquaux

article

European Conference on Machine Learning and Principles and Practices of Knowledge Discovery in Databases, Sep 2013, Prague, Czech Republic

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titre

Implications of Inconsistencies between fMRI and dMRI on Multimodal Connectivity Estimation

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Kensaku Mori, Sep 2013, Nagoya, Japan

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titre

Extracting brain regions from rest fMRI with Total-Variation constrained dictionary learning

auteur_8max

Alexandre Abraham, Elvis Dohmatob, Bertrand Thirion, Dimitris Samaras, Gaël Varoquaux

article

MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan

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titre

Enhancing the Reproducibility of Group Analysis with Randomized Brain Parcellations

auteur_8max

Benoit da Mota, Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

MICCAI - 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2013, Sep 2013, Nagoya, Japan

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titre

A framework for inter-subject prediction of functional connectivity from structural networks

auteur_8max

Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, David J. Sharp, Christian Ledig, Robert Leech, Daniel Rueckert

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2013, epub ahead of print, ⟨10.1109/TMI.2013.2276916⟩

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titre

A Novel Sparse Group Gaussian Graphical Model for Functional Connectivity Estimation

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Information Processing in Medical Imaging, Jun 2013, Asilomar, United States

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titre

Cohort-level brain mapping: learning cognitive atoms to single out specialized regions

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Yannick Schwartz, Philippe Pinel, Bertrand Thirion

article

IPMI - Information Processing in Medical Imaging - 2013, William M. Wells, Sarang Joshi, Kilian M. Pohl, Jun 2013, Asilomar, United States. pp.438-449, ⟨10.1007/978-3-642-38868-2_37⟩

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titre

Hemodynamic estimation based on Consensus Clustering

auteur_8max

Solveig Badillo, Gaël Varoquaux, Philippe Ciuciu

article

PRNI 2013 -- 3rd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States

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titre

Robust Group-Level Inference in Neuroimaging Genetic Studies

auteur_8max

Virgile Fritsch, Benoit da Mota, Gaël Varoquaux, Vincent Frouin, Eva Loth, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in Neuroimaging, Jun 2013, Philadelphie, United States

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titre

A Comparison of Metrics and Algorithms for Fiber Clustering

auteur_8max

Viviana Siless, Sergio Medina, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in NeuroImaging, Jun 2013, Philadelphia, United States

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titre

Identifying predictive regions from fMRI with TV-L1 prior

auteur_8max

Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux

article

Pattern Recognition in Neuroimaging (PRNI), Jun 2013, Philadelphia, United States

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titre

Spatial vs. Temporal Features in ICA of Resting-State fMRI - A Quantitative and Qualitative Investigation in the Context of Response Inhibition

auteur_8max

Lixia Tian, Yazhuo Kong, Juejing Ren, Gaël Varoquaux, Yufeng Zang, Stephen M. Smith

article

PLoS ONE, 2013, ⟨10.1371/journal.pone.0066572⟩

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titre

Publishing scientific software matters

auteur_8max

Christophe Pradal, Gaël Varoquaux, Hans Peter Langtangen

article

Journal of computational science, 2013, 4 (5), pp.311 - 312. ⟨10.1016/j.jocs.2013.08.001⟩

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2012

titre

Hyperfrontality and hypoconnectivity during refreshing in schizophrenia.

auteur_8max

Marie-Laure Grillon, Catherine Oppenheim, Gaël Varoquaux, Frédérique Charbonneau, Anne-Dominique Devauchelle, Marie-Odile Krebs, Franck Bayle, Bertrand Thirion, Caroline Huron

article

Psychiatry Research: Neuroimaging, 2012, 211 (3), pp.226-233. ⟨10.1016/j.pscychresns.2012.09.001⟩

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titre

Improving accuracy and power with transfer learning using a meta-analytic database

auteur_8max

Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Philippe Pinel, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

MICCAI, Oct 2012, Nice, France. pp.1-8

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titre

A MapReduce Approach for Ridge Regression in Neuroimaging-Genetic Studies

auteur_8max

Benoit da Mota, Michael Eickenberg, Soizic Laguitton, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

DCICTIA-MICCAI - Data- and Compute-Intensive Clinical and Translational Imaging Applications in conjonction with the 15th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - 2012, Oct 2012, Nice, France

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titre

A Novel Sparse Graphical Approach for Multimodal Brain Connectivity Inference

auteur_8max

Bernard Ng, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2012, Nice, France

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titre

Non-parametric Density Modeling and Outlier Detection in Medical Imaging Datasets

auteur_8max

Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Machine Learning in Medical Imaging - Miccai 2012 workshop, Oct 2012, Nice, France. pp.207-214

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titre

Learning to rank from medical imaging data

auteur_8max

Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort

article

Third International Workshop on Machine Learning in Medical Imaging - MLMI 2012, INRIA, Oct 2012, Nice, France

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A fast computational framework for genome-wide association studies with neuroimaging data

auteur_8max

Benoit da Mota, Vincent Frouin, Edouard Duchesnay, Soizic Laguitton, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

20th International Conference on Computational Statistics (COMPSTAT 2012), Aug 2012, Limassol, Cyprus

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titre

Improved brain pattern recovery through ranking approaches

auteur_8max

Fabian Pedregosa, Elodie Cauvet, Gaël Varoquaux, Christophe Pallier, Bertrand Thirion, Alexandre Gramfort

article

PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom

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Decoding Visual Percepts Induced by Word Reading with fMRI

auteur_8max

Alexandre Gramfort, Christophe Pallier, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition in NeuroImaging (PRNI), 2012 International Workshop on, Jul 2012, Londres, United Kingdom. pp.13-16, ⟨10.1109/PRNI.2012.20⟩

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Connectivity-informed Sparse Classifiers for fMRI Brain Decoding

auteur_8max

Bernard Ng, Viviana Siless, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion, Rafeef Abugharbieh

article

Pattern Recognition in Neuroimaging, Christos Davatzikos, Moritz Grosse-Wentrup, Janaina Mourao-Miranda, Dimitri Van De Ville, Jul 2012, London, United Kingdom

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titre

On spatial selectivity and prediction across conditions with fMRI

auteur_8max

Yannick Schwartz, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

PRNI 2012 : 2nd International Workshop on Pattern Recognition in NeuroImaging, Jul 2012, London, United Kingdom. pp.53-56

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titre

Small-sample brain mapping: sparse recovery on spatially correlated designs with randomization and clustering

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Bertrand Thirion

article

International Conference on Machine Learning, Andrew McCallum, Jun 2012, Edimbourg, United Kingdom

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PyXNAT: XNAT in Python

auteur_8max

Yannick Schwartz, Alexis Barbot, Benjamin Thyreau, Vincent Frouin, Gaël Varoquaux, Aditya Siram, Daniel Marcus, Jean-Baptiste Poline

article

Frontiers in Neuroinformatics, 2012, 6 (12), pp.1-14. ⟨10.3389/fninf.2012.00012⟩

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Detecting Outliers in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Robust Covariance Estimators

auteur_8max

Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Benjamin Thyreau, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Analysis, 2012, 16, pp.1359-1370. ⟨10.1016/j.media.2012.05.002⟩

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Markov models for fMRI correlation structure: is brain functional connectivity small world, or decomposable into networks?

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Journal of Physiology - Paris, 2012, 106, pp.212-221. ⟨10.1016/j.jphysparis.2012.01.001⟩

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titre

In Situ Synchrotron Microtomography Reveals Multiple Reaction Pathways During Soda-Lime Glass Synthesis

auteur_8max

Emmanuelle Gouillart, Michael-J. Toplis, Julien Grynberg, Marie-Hélène Chopinet, Elin Sondergard, Luc Salvo, Michel Suéry, Marco Di Michiel, Gaël Varoquaux

article

Journal of the American Ceramic Society, 2012, 95 (5), pp.1504-1507. ⟨10.1111/j.1551-2916.2012.05151.x⟩

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titre

Changing computational research. The challenges ahead.

auteur_8max

Cameron Neylon, Jan Aerts, C Titus Brown, Simon J Coles, Les Hatton, Daniel Lemire, K Jarrod Millman, Peter Murray-Rust, Fernando Perez, Neil Saunders, Nigam Shah, Arfon Smith, Gaël Varoquaux, Egon Willighagen

article

Source Code for Biology and Medicine, 2012, 7 (2), pp.2. ⟨10.1186/1751-0473-7-2⟩

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2011

titre

A Comparative Study of Algorithms for Intra- and Inter-subjects fMRI Decoding

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Evelyn Eger, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

MLINI - Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging - 2011, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. pp.1-8, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_1⟩

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Statistical Learning for Resting-State fMRI: Successes and Challenges

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

Machine Learning and Interpretation in Neuroimaging, NIPS workshop, Dec 2011, Sierra Nevada, Spain. pp.172-177, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_22⟩

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Beyond brain reading: randomized sparsity and clustering to simultaneously predict and identify

auteur_8max

Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

NIPS 2011 MLINI Workshop, Dec 2011, Granada, Spain. pp.9-16, ⟨10.1007/978-3-642-34713-9_2⟩

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Scikit-learn: Machine Learning in Python

auteur_8max

Fabian Pedregosa, Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Vincent Michel, Bertrand Thirion, Olivier Grisel, Mathieu Blondel, Peter Prettenhofer, Ron Weiss, Vincent Dubourg, Jake Vanderplas, Alexandre Passos, David Cournapeau, Matthieu Brucher, Matthieu Perrot, Edouard Duchesnay

article

Journal of Machine Learning Research, 2011

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titre

Detecting Outlying Subjects in High-Dimensional Neuroimaging Datasets with Regularized Minimum Covariance Determinant

auteur_8max

Virgile Fritsch, Gaël Varoquaux, Thyreau Benjamin, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. pp. 264-271, ⟨10.1007/978-3-642-23626-6_33⟩

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titre

Connectivity-informed fMRI Activation Detection

auteur_8max

Bernard Ng, Abugharbieh Rafeef, Gaël Varoquaux, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computed Aided Intervention, Sep 2011, Toronto, Canada. pp.285-292, ⟨10.1007/978-3-642-23629-7_35⟩

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A probabilistic framework to infer brain functional connectivity from anatomical connections

auteur_8max

Fani Deligianni, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion, Emma Robinson, David J. Sharp, David A. Edwards, Daniel Rueckert

article

Information Processing in Medical Imaging, Gábor Székely, Horst Hahn, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. pp.296-307, ⟨10.1007/978-3-642-22092-0_25⟩

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titre

Multi-subject dictionary learning to segment an atlas of brain spontaneous activity

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Fabian Pedregosa, Vincent Michel, Bertrand Thirion

article

Information Processing in Medical Imaging, Gábor Székely, Horst Hahn, Jul 2011, Kaufbeuren, Germany. pp.562-573, ⟨10.1007/978-3-642-22092-0_46⟩

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titre

A supervised clustering approach for fMRI-based inference of brain states

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Christine Keribin, Bertrand Thirion

article

Pattern Recognition, 2011, epub ahead of print. ⟨10.1016/j.patcog.2011.04.006⟩

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MULTIFRACTAL ANALYSIS OF RESTING STATE NETWORKS IN FUNCTIONAL MRI

auteur_8max

Philippe Ciuciu, Gaël Varoquaux, Patrice Abry, Moty Almog

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IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2011, Chicago, United States. paper ID 1544

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The NumPy array: a structure for efficient numerical computation

auteur_8max

Stefan van Der Walt, S. Chris Colbert, Gaël Varoquaux

article

Computing in Science and Engineering, 2011, 13 (2), pp.22-30. ⟨10.1109/MCSE.2011.37⟩

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Total variation regularization for fMRI-based prediction of behaviour.

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Evelyn Eger, Bertrand Thirion

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2011, 30 (7), pp.1328 - 1340. ⟨10.1109/TMI.2011.2113378⟩

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Mayavi: 3D visualization of scientific data

auteur_8max

Prabhu Ramachandran, Gaël Varoquaux

article

Computing in Science and Engineering, 2011, 13 (2), pp.40-51. ⟨10.1109/MCSE.2011.35⟩

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2010

titre

Brain covariance selection: better individual functional connectivity models using population prior

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Alexandre Gramfort, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Advances in Neural Information Processing Systems, John Lafferty, Dec 2010, Vancouver, Canada

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Detection of brain functional-connectivity difference in post-stroke patients using group-level covariance modeling

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Flore Baronnet, Andreas Kleinschmidt, Pierre Fillard, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Added Intervention, Tianzi Jiang, Sep 2010, Beijing, China. ⟨10.1007/978-3-642-15705-9_25⟩

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Accurate Definition of Brain Regions Position Through the Functional Landmark Approach

auteur_8max

Bertrand Thirion, Gaël Varoquaux, Jean-Baptiste Poline

article

13th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2010, Beijing, China

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Total Variation regularization enhances regression-based brain activity prediction

auteur_8max

Vincent Michel, Alexandre Gramfort, Gaël Varoquaux, Bertrand Thirion

article

1st ICPR Workshop on Brain Decoding - Pattern recognition challenges in neuroimaging - 20th International Conference on Pattern Recognition, Aug 2010, Istanbul, Turkey. pp.9-12, ⟨10.1109/WBD.2010.13⟩

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A group model for stable multi-subject ICA on fMRI datasets.

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Philippe Pinel, Andreas Kleinschmidt, Jean-Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

NeuroImage, 2010, 51 (1), pp.288-99. ⟨10.1016/j.neuroimage.2010.02.010⟩

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ICA-based sparse feature recovery from fMRI datasets

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Merlin Keller, Jean Baptiste Poline, Philippe Ciuciu, Bertrand Thirion

article

Biomedical Imaging, IEEE International Symposium on, Apr 2010, Rotterdam, Netherlands. pp.1177

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2009

titre

How to estimate the differential acceleration in a two-species atom interferometer to test the equivalence principle

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Rémi Geiger, Patrick Cheinet, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

New Journal of Physics, 2009, 11, pp.113010. ⟨10.1088/1367-2630/11/11/113010⟩

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CanICA: Model-based extraction of reproducible group-level ICA patterns from fMRI time series

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Sepideh Sadaghiani, Jean Baptiste Poline, Bertrand Thirion

article

Medical Image Computing and Computer Aided Intervention, Sep 2009, London, United Kingdom. pp.1

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Proceedings of the 8th Python in Science conference

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Stefan van Der Walt, Jarrod Millman

article

SciPy 2009: 8th Python in Science Conference, Aug 2009, Pasadena, United States. pp.1-78

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titre

Light-pulse atom interferometry in microgravity

auteur_8max

Guillaume Stern, Baptiste Battelier, Rémi Geiger, Gaël Varoquaux, André Villing, Frédéric Moron, Olivier Carraz, Nassim Zahzam, Yannick Bidel, Oualid Chaibi, Frank Pereira dos Santos, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

The European Physical Journal D : Atomic, molecular, optical and plasma physics, 2009, 53 (3), pp.353. ⟨10.1140/epjd/e2009-00150-5⟩

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Python comme langage scientifique

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

Linux Magazine France, 2009, Explorer les richesses du langage Python, 40

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2008

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Proceedings of the 7th Python in Science conference

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Travis Vaught, Jarrod Millman

article

SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. pp.1-78

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titre

Mayavi: Making 3D Data Visualization Reusable

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Prabhu Ramachandran

article

SciPy 2008: 7th Python in Science Conference, Aug 2008, Pasadena, United States. pp.51

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titre

Agile Computer Control of a Complex Experiment

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

Computing in Science and Engineering, 2008, 10 (2), pp.55-59. ⟨10.1109/MCSE.2008.47⟩

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Atomic sources for long-time-of-flight interferometric inertial sensors

auteur_8max

Gaël Varoquaux

article

Atomic Physics [physics.atom-ph]. Université Paris Sud - Paris XI; Institut d'Optique, 2008. English. ⟨NNT : ⟩

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Sagnac effect in superfluid liquids

auteur_8max

Eric Varoquaux, Gaël Varoquaux

article

Uspekhi Fizicheskikh Nauk, 2008, 51 (2), pp.205-208. ⟨10.1070/PU2008v051n02ABEH006425⟩

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titre

Effects of disorder in 2D

auteur_8max

Jean-Philippe Brantut, Gaël Varoquaux, Robert A. Nyman, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Thomas Bourdel, Alain Aspect, Philippe Bouyer

article

Latsis, Jan 2008, Lausanne, Switzerland

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titre

Light-shift tomography in an optical-dipole trap for neutral atoms

auteur_8max

Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Martin Robert-De-Saint-Vincent, Gaël Varoquaux, Robert Nyman, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer

article

Physical Review A : Atomic, molecular, and optical physics [1990-2015], 2008, 78, pp.031401 (R). ⟨10.1103/PhysRevA.78.031401⟩

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All-optical evaporative cooling in a versatile optical-dipole trap at telecom wavelength

auteur_8max

Martin Robert-De-Saint-Vincent, Alain Aspect, Thomas Bourdel, Philippe Bouyer, Gaël Varoquaux, Jean-Philippe Brantut, Jean-François Clément, Robert A. Nyman

article

YAO, 2008, Florence, Italy

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2007

titre

I.C.E.: An Ultra-Cold Atom Source for Long-Baseline Interferometric Inertial Sensors in Reduced Gravity

auteur_8max

Gaël Varoquaux, Nassim Zahzam, Walid Chaibi, Jean-François Clément, Olivier Carraz, Jean-Philippe Brantut, Robert A. Nyman, Franck Pereira dos Santos, Linda Mondin, Michel Rouzé, Yannick Bidel, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

Rencontres de Moriond Gravitational Waves and Experimental Gravity, Mar 2007, La Thuile, Val d'Aoste, Italy

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2006

titre

I.C.E.: a Transportable Atomic Inertial Sensor for Test in Microgravity

auteur_8max

Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Fabien Lienhart, Damien Chambon, Salah Boussen, Jean-François Clément, T. Muller, Giorgio Santarelli, Frank Pereira dos Santos, André Clairon, Alexandre Bresson, Arnaud Landragin, Philippe Bouyer

article

Applied Physics B - Laser and Optics, 2006, 84, pp.673-681. ⟨10.1007/s00340-006-2395-7⟩

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titre

Tapered-amplified AR-coated laser diodes for Potassium and Rubidium atomic-physics experiments

auteur_8max

Robert Nyman, Gaël Varoquaux, Brice Villier, Delphine Sacchet, Frédéric Moron, Yann Le Coq, Alain Aspect, Philippe Bouyer

article

Review of Scientific Instruments, 2006, 77, pp.033105. ⟨10.1063/1.2186809⟩

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