Publications HAL de gouze du labo/EPI biocore;comore;macbes

2024

Journal articles

titre
Optimal bacterial resource allocation strategies in batch processing
auteur
Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
SIAM Journal on Applied Mathematics, 2024, pp.S567-S591. ⟨10.1137/22M1506328⟩
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https://inria.hal.science/hal-03710681/file/Optimal_bacterial_resource_allocation_in_batch_processing%20%281%29.pdf BibTex
titre
Optimal control of waste recovery process
auteur
Othman Cherkaoui-Dekkaki, Walid Djema, Nadia Raissi, Jean-Luc Gouzé, Noha El Khattabi
article
International Journal of Dynamics and Control, 2024, ⟨10.1007/s40435-024-01484-7⟩
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https://inria.hal.science/hal-04711930/file/Othman__Optimal_control_of_waste_recovery_process%20%283%29.pdf BibTex
titre
Optimal resource allocation in micro-organisms under periodic nutrient fluctuations
auteur
Javier Innerarity Imizcoz, Walid Djema, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Theoretical Biology, In press, ⟨10.1016/j.jtbi.2024.111953⟩
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https://inria.hal.science/hal-04726319/file/_Javier____Journal_of_Theoretical_Biology_JTB_and_CDC_short_version___Optimal_allocation_under_dynamic_conditions-2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Optimization of microalgae biosynthesis via controlled algal-bacterial symbiosis
auteur
Rand Asswad, Walid Djema, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Eugenio Cinquemani
article
CDC 2024 - 63rd IEEE Conference on Decision and Control, IEEE CSS, Dec 2024, Milan, Italy. pp.1-6
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https://inria.hal.science/hal-04727571/file/main.pdf BibTex
titre
Optimal cell growth under periodic environment
auteur
Javier Innerarity Imizcoz, Walid Djema, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
MTNS 2024 - 26th International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Aug 2024, Cambridge (Angleterre), United Kingdom
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https://inria.hal.science/hal-04724783/file/gouzemtnsfinal.pdf BibTex
titre
Kalman-based approaches for online estimation of bioreactor dynamics from fluorescent reporter measurements
auteur
Rand Asswad, Eugenio Cinquemani, Jean-Luc Gouzé
article
ECC 2024 - European Control Conference, Jun 2024, Stockholm, Sweden. pp.1-6, ⟨10.23919/ECC64448.2024.10591076⟩
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https://hal.science/hal-04556535/file/ECC24_final_2024-03-25.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Stability analysis of a bacterial growth model through computer algebra
auteur
Agustín Gabriel Yabo, Mohab Safey El Din, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
MathematicS In Action, 2023, 12 (1), pp.175-189. ⟨10.5802/msia.37⟩
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https://hal.science/hal-03671432/file/MSIA_2023__12_1_175_0.pdf BibTex
titre
Weak synchronization and convergence in coupled genetic regulatory networks: Applications to damped oscillators and multistable circuits
auteur
Nicolas Augier, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2023, 33 (9), pp.4867-4892. ⟨10.1002/rnc.6061⟩
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https://inria.hal.science/hal-03270268/file/lyapunov.pdf BibTex
titre
Resource allocation accounts for the large variability of rate-yield phenotypes across bacterial strains
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
article
eLife, 2023, 12, pp.1-29. ⟨10.7554/eLife.79815⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04145943/file/article_published.pdf BibTex
titre
Optimal protein production by a synthetic microbial consortium: Coexistence, distribution of labor, and syntrophy
auteur
Carlos Martinez, Eugenio Cinquemani, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Mathematical Biology, 2023, 87 (1), pp.1-37. ⟨10.1007/s00285-023-01935-3⟩
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https://inria.hal.science/hal-03525249/file/Optimal_protein_production_by_a_synthetic_microbia-2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Resource allocation strategies behind rate-yield phenotypes in E.coli
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
article
2023 - Workshop on Advanced School on Quantitative Principles in Microbial Physiology: from Single Cells to Cell Communities, ICTP, Oct 2023, Trieste, Italy. pp.1
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https://hal.inrae.fr/hal-04216644/file/abstract_talk.pdf BibTex
titre
Observer Design via Non-Monotone Lyapunov Functions for Monitoring Heterotrophic Microalgae
auteur
Juan Carlos Arceo, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
22nd IFAC World Congress, 2023, Yokohama, Japan
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https://inria.hal.science/hal-04229860/file/_IFAC_2023__Observer_Design_via_Non_Monotone_Lyapunov_Functions_for_Monitoring_Heterotrophic_Microalgae-1.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Turnpike property in optimal microbial metabolite production
auteur
Jean-Baptiste Caillau, Walid Djema, Jean-Luc Gouzé, Sofya Maslovskaya, Jean-Baptiste Pomet
article
Journal of Optimization Theory and Applications, 2022, ⟨10.1007/s10957-022-02023-0⟩
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https://hal.science/hal-03328686/file/Caillau2022_Article_TurnpikePropertyInOptimalMicro.pdf BibTex
titre
Qualitative control strategies for synchronization of bistable gene regulatory networks
auteur
Nicolas Augier, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
IEEE Transactions on Automatic Control, 2022, ⟨10.1109/TAC.2022.3145653⟩
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https://inria.hal.science/hal-02953502/file/root.pdf BibTex
titre
Dynamical analysis and optimization of a generalized resource allocation model of microbial growth
auteur
Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong, Francis Mairet
article
SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 2022, 21 (1), pp.137-165. ⟨10.1137/21M141097X⟩
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https://inria.hal.science/hal-03251044/file/accepted_version.pdf BibTex

Conference papers

titre
Model of Bacteria Mutualism in a Chemostat: Analysis and Optimization with Interval Detector
auteur
Juan Carlos Arceo, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2022 - Conference on Decision and Control, Dec 2022, Cancun, Mexico
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https://inria.hal.science/hal-03903952/file/_Final_CDC_2022__Model_of_Bacteria_Mutualism_in_a_Chemostat__Analysis_and_Optimization_with_Interval_Detector.pdf BibTex
titre
Optimal allocation of bacterial resources in fed-batch reactors
auteur
Agustin Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
2022 European Control Conference (ECC), Jul 2022, London, United Kingdom. pp.1466-1471, ⟨10.23919/ECC55457.2022.9838346⟩
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https://inria.hal.science/hal-03421358/file/accepted.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
State observation in microbial consortia: A case study on a synthetic producer‐cleaner consortium
auteur
Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé, Eugenio Cinquemani
article
International Journal of Robust and Nonlinear Control, 2021, pp.1-12. ⟨10.1002/rnc.5945⟩
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BibTex
titre
Global dynamics of the chemostat with overflow metabolism
auteur
Carlos Martínez, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Mathematical Biology, 2021, 82 (3), ⟨10.1007/s00285-021-01566-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-03130387/file/preprint_overflow.pdf BibTex
titre
Optimal proteome allocation and the temperature dependence of microbial growth laws
auteur
Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong
article
npj Systems Biology and Applications, 2021, 7 (14), ⟨10.1038/s41540-021-00172-y⟩
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https://inria.hal.science/hal-03094908/file/s41540-021-00172-y.pdf BibTex

Conference papers

titre
Hierarchical MPC applied to bacterial resource allocation and metabolite synthesis
auteur
Agustin Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2021 - 60th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2021, Austin, United States. pp.667-672, ⟨10.1109/CDC45484.2021.9683025⟩
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https://hal.science/hal-03189960/file/main.pdf BibTex
titre
Control for synchronization of bistable piecewise affine genetic regulatory networks
auteur
Nicolas Augier, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
CHAOS 2021 - 6th IFAC Hybrid Conference on Analysis and Control of Chaotic Systems, Sep 2021, Catania, Italy. ⟨10.1016/j.ifacol.2021.11.044⟩
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https://inria.hal.science/hal-03317956/file/chaos_1.pdf BibTex
titre
Optimal bacterial resource allocation
auteur
Agustin Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
DCO 2021 - International Conference on Dynamic Control and Optimization, Feb 2021, Aveiro, Portugal
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https://inria.hal.science/hal-03528000/file/sli-dco.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Robust Adaptive Estimation in the Competitive Chemostat
auteur
Alex dos Reis de Souza, Jean-Luc Gouzé, Denis Efimov, Andrey Polyakov
article
Computers & Chemical Engineering, 2020, 142, pp.107030. ⟨10.1016/j.compchemeng.2020.107030⟩
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https://inria.hal.science/hal-02909395/file/_Adaptive_CACE.pdf BibTex
titre
Reducing a model of sugar metabolism in peach to catch different patterns among genotypes
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
Mathematical Biosciences, 2020, 321, pp.108321. ⟨10.1016/j.mbs.2020.108321⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02922359/file/Kanso2020.pdf BibTex
titre
Qualitative control of undesired oscillations in a genetic negative feedback loop with uncertain measurements
auteur
Lucie Chambon, Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
Automatica, 2020, 112, pp.108642. ⟨10.1016/j.automatica.2019.108642⟩
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https://inria.hal.science/hal-02418421/file/autosam.pdf BibTex
titre
Enhanced production of heterologous proteins by a synthetic microbial community: Conditions and trade-offs
auteur
Marco Mauri, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong, Eugenio Cinquemani
article
PLoS Computational Biology, 2020, 16 (4), pp.e1007795. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007795⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02640446/file/journal.pcbi.1007795.pdf BibTex
titre
Robust Stabilization of Competing Species in the Chemostat
auteur
Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Process Control, 2020, 87, pp.138-146. ⟨10.1016/j.jprocont.2020.01.010⟩
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https://inria.hal.science/hal-02462162/file/_RobustStab.pdf BibTex
titre
Optimal bacterial resource allocation: metabolite production in continuous bioreactors
auteur
Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
Mathematical Biosciences and Engineering, 2020, 17 (6), pp.7074-7100. ⟨10.3934/mbe.2020364⟩
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https://inria.hal.science/hal-02974185/file/10.3934_mbe.2020364.pdf BibTex

Conference papers

titre
Control of negative feedback loops in genetic networks
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé, Roderick Edwards
article
CDC 2020 - 59th Conference on Decision and Control, Dec 2020, Jeju Island / Virtual, South Korea
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https://inria.hal.science/hal-03144847/file/CDC20belgacem.pdf BibTex
titre
Optimal control of a fed-batch reactor with overflow metabolism
auteur
Carlos Martínez, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC 2020 - 1st Virtual World Congress by the International Federation of Automatic Control, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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https://hal.science/hal-03130517/file/preprint_fedbatch.pdf BibTex
titre
Optimizing bacterial resource allocation: metabolite production in continuous bioreactors
auteur
Agustín Gabriel Yabo, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC 2020 - 1st Virtual World Congress by the International Federation of Automatic Control, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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https://hal.science/hal-02980429/file/IFAC.pdf BibTex
titre
Observer-Based Robust Control of a Continuous Bioreactor with Heterogeneous Community
auteur
Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC 2020 - 21rst IFAC World Congress, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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https://inria.hal.science/hal-02634501/file/IFAC20_Alex.pdf BibTex
titre
The turnpike property in maximization of microbial metabolite production
auteur
Jean-Baptiste Caillau, Walid Djema, Laetitia Giraldi, Jean-Luc Gouzé, Sofya Maslovskaya, Jean-Baptiste Pomet
article
IFAC 2020 - 21rst IFAC World Congress, Jul 2020, Berlin / Virtual, Germany
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https://hal.science/hal-02916081/file/bacterial-growth-IFAC2020.pdf BibTex
titre
Reducing a model of sugar metabolism in peach fruit to explore genetic diversity
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
iCROPM 2020 : Crop modelling for the Future, Feb 2020, Montpellier, France. pp.1-5
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https://hal.inrae.fr/hal-03587179/file/ICROPM2020.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Modeling the bioconversion of polysaccharides in a continuous reactor: A case study of the production of oligo-galacturonates by Dickeya dadantii
auteur
Jacques-Alexandre Sepulchre, Sylvie Reverchon, Jean-Luc Gouzé, William Nasser
article
Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (5), pp.1753-1762. ⟨10.1074/jbc.RA118.004615⟩
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https://inria.hal.science/hal-01952846/file/Article_JBC20181105.pdf BibTex
titre
Analysis of a genetic-metabolic oscillator with piecewise linear models
auteur
Madalena Chaves, Diego A. Oyarzun, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Theoretical Biology, 2019, 462, pp.259 - 269. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.10.026⟩
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https://hal.science/hal-01936225/file/met-circuit-resubmit-v3b-webversion.pdf BibTex
titre
Optimal control of bacterial growth for the maximization of metabolite production
auteur
Ivan Yegorov, Francis Mairet, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Mathematical Biology, 2019, 78 (4), pp.985-1032. ⟨10.1007/s00285-018-1299-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-01929475/file/Yegorov_Gouze_Mairet_deJong.pdf BibTex
titre
Dynamical reduction of linearized metabolic networks through quasi steady state approximation
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
AIChE Journal, 2019, 65 (1), pp.18-31. ⟨10.1002/aic.16406⟩
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https://inria.hal.science/hal-01924343/file/accepted_version_AIChE_Lopez2018dynamical.pdf BibTex

Conference papers

titre
Singular regimes for the maximization of metabolite production
auteur
Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France. pp.31-36
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https://inria.hal.science/hal-02418444/file/CDCYabo.pdf BibTex
titre
Global asymptotic stability of a genetic negative feedback loop with an affine control
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
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https://inria.hal.science/hal-02418431/file/CDC19_1007_FI.pdf BibTex
titre
Robust Control of a Competitive Environment in the Chemostat using Discontinuous Control Laws
auteur
Alex dos Reis de Souza, Denis Efimov, Andrey Polyakov, Jean-Luc Gouzé
article
CDC 2019 - 58th IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2019, Nice, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02308076/file/_Robust_CDC2019.pdf BibTex
titre
Global stabilization of a genetic positive feedback loop via the design of a synthetic auto-repression
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering (FOSBE), Oct 2019, Valencia, Spain. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.12.249⟩
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https://inria.hal.science/hal-02418438/file/FOSBE19_0016_FI.pdf BibTex
titre
A reduction strategy to simplify a model of sugar metabolism for application to a large panel of genotypes
auteur
Hussein Kanso, Bénédicte Quilot-Turion, Mohamed-Mahmoud Memah, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé, Valentina Baldazzi
article
FOSBE 2019 - 8th Conference on Foundations of Systems Biology in Engineering, IFAC, Oct 2019, Valencia, Spain
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https://hal.science/hal-02419377/file/husseinIFAC4.pdf BibTex
titre
Bacterial growth strategies as Optimal Control problems: maximizing metabolite production
auteur
Agustín Gabriel Yabo, Jean-Baptiste Caillau, Jean-Luc Gouzé
article
FGS'2019 - 19th French-German-Swiss conference on Optimization, Sep 2019, Nice, France
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BibTex
titre
On Adaptive Estimation of Bacterial Growth in the Competitive Chemostat
auteur
Alex dos Reis de Souza, Jean-Luc Gouzé, Andrey Polyakov, Denis Efimov
article
MECHATRONICS 2019 - 8th International-Federation-of-Automatic-Control (IFAC) Symposium on Mechatronic Systems / 11th International-Federation-of-Automatic-Control (IFAC) Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS), Sep 2019, Vienne, Austria. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.11.789⟩
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https://inria.hal.science/hal-02416265/file/2FT_Observer%28IFAC%29_NoProofs.pdf BibTex
titre
Optimal control of bacterial growth for metabolite production: The role of timing and costs of control
auteur
Eugenio Cinquemani, Francis Mairet, Ivan Yegorov, Hidde de Jong, Jean-Luc Gouzé
article
ECC 2019 - 18th European Control Conference, Jun 2019, Naples, Italy. pp.2657-2662, ⟨10.23919/ECC.2019.8796079⟩
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https://inria.hal.science/hal-02384034/file/ECC19.pdf BibTex
titre
A new qualitative control strategy for the genetic Toggle Switch
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
DYCOPS 2019 - 12th IFAC Symposium on Dynamics and Control of Process Systems, including Biosystems, Ifac, Apr 2019, Florianopolis, Brazil. pp.532-537, ⟨10.1016/j.ifacol.2019.06.117⟩
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https://inria.hal.science/hal-02319873/file/DYCOPS19_0061_FI.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Analytical Reduction of Nonlinear Metabolic Networks Accounting for Dynamics in Enzymatic Reactions
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
Complexity, 2018, 2018, pp.1 - 22. ⟨10.1155/2018/2342650⟩
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https://inria.hal.science/hal-01872615/file/Complexity_accepted_version_Lopez_2018_author_copie.pdf BibTex
titre
A Stability Result for Periodic Solutions of Nonmonotonic Smooth Negative Feedback Systems
auteur
Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 2018, 17 (2), pp.1091 - 1116. ⟨10.1137/17M1141205⟩
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https://inria.hal.science/hal-01872255/file/SiamPoignardM114120.pdf BibTex
titre
Optimal feedback strategies for bacterial growth with degradation, recycling and effect of temperature
auteur
Ivan Yegorov, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
Optimal Control Applications and Methods, 2018, 39 (2), pp.1084-1109. ⟨10.1002/oca.2398⟩
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https://inria.hal.science/hal-01655960/file/Yegorov_Mairet_Gouze_Degradation_Recycling_authorversion.pdf BibTex
titre
Reduction and stability analysis of a transcription-translation model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Stefano Casagranda, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2018, 80 (2), pp.294-318. ⟨10.1007/s11538-017-0372-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-01655367/file/templateBMAB.pdf BibTex
titre
Principal process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Suzanne Touzeau, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
BMC Systems Biology, 2018, 12, pp.68. ⟨10.1186/s12918-018-0586-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-01818033/file/2018_Casagranda_BMC%20Systems%20Biology_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modelling cell-death drug response heterogeneity at the receptor layer
auteur
Luis Pereira, Paul Hofman, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves, Jérémie Roux
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Qualitative control for a genetic negative feedback loop
auteur
Lucie Chambon, Jean-Luc Gouzé
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Reduction of Metabolic Networks keeping Core Dynamics
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
11th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology (ECMTB 2018), Jul 2018, Lisbon, Portugal
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BibTex
titre
Reduction of Metabolic Networks keeping Dynamics
auteur
Claudia López Zazueta, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
MATHMOD 2018 - 9th Vienna International Conference on Mathematical Modelling, Feb 2018, Vienne, Austria
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BibTex

2017

Journal articles

titre
Mathematical modelling of microbes: metabolism, gene expression and growth
auteur
Hidde de Jong, Stefano Casagranda, Nils Giordano, Eugenio Cinquemani, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of the Royal Society Interface, 2017, 14 (136), pp.1-14. ⟨10.1098/rsif.2017.0502⟩
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https://inria.hal.science/hal-01666954/file/20170502.full.pdf BibTex
titre
Optimization and control of bio-conversion of polymeric substrate in the chemostat
auteur
Jacques-Alexandre Sepulchre, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
AIChE Journal, 2017, 63 (11), pp.4738-4747. ⟨10.1002/aic.15853⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-01569696/file/article-20170530.pdf BibTex

Conference papers

titre
Optimal resource allocation for bacterial growth with degradation
auteur
Ivan Yegorov, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. 15968 p., ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.1593⟩
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https://inria.hal.science/hal-01524917/file/Gouze_Mairet_Yegorov_IFAC.pdf BibTex
titre
Principal Process Analysis and reduction of biological models with order of magnitude
auteur
Stefano Casagranda, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC World Congress, International Federation of Automatic Control (IFAC). AUT., Jul 2017, Toulouse, France. 15968 p., ⟨10.1016/j.ifacol.2017.08.2241⟩
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https://inria.hal.science/hal-01529448/file/IFAC17_1948_FI%20%283%29.pdf BibTex
titre
Modeling cell death dynamics at the receptor level
auteur
Luis Pereira, Mickael Meyer, Paul Hofman, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves, Jérémie Roux
article
CompSysBio, Advanced Lecture Course on Computational Systems Biology, Mar 2017, Aussois, France
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2016

Journal articles

titre
Dynamical allocation of cellular resources as an optimal control problem: Novel insights into microbial growth strategies
auteur
Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
PLoS Computational Biology, 2016, 12 (3), pp.e1004802. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004802⟩
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https://inria.hal.science/hal-01332394/file/pcbi.1004802.pdf BibTex
titre
Periodic Oscillations for Non Monotonic Smooth Negative Feedback Circuits
auteur
Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
SIAM Journal on Applied Dynamical Systems, 2016, 15 (1), pp.257-286. ⟨10.1137/15M1033368⟩
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https://hal.science/hal-01242157/file/M103336.pdf BibTex
titre
Hybrid Control of a Bioreactor with Quantized Measurements
auteur
Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
IEEE Transactions on Automatic Control, 2016, 61 (5), pp.1385 - 1390 ⟨10.1109/TAC.2015.2471735⟩
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https://inria.hal.science/hal-01239387/file/hybrid_bioreactor_vf_short.pdf BibTex

Conference papers

titre
Model simplification and process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
The 5th International Symposium on Positive Systems (POSTA), Sep 2016, Rome, Italy
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BibTex
titre
2D piecewise affine models approximate real continuous dynamics up to invariant sets
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
NOLCOS 2016 - 10th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems, Aug 2016, Monterey, United States
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https://inria.hal.science/hal-01410972/file/nolcosGCFinal.pdf BibTex
titre
Oscillations for non monotonic negative feedback genes networks
auteur
Camille Poignard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jul 2016, Nottingham, United Kingdom
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2015

Journal articles

titre
Intraclonal heterogeneity in tumors and its impact on precision medicine
auteur
Jérémie Roux, Jean-Luc Gouzé, Paul Hofman
article
Médecine/Sciences, 2015, 31 (1), pp.28-31. ⟨10.1051/medsci/20153101009⟩
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https://inria.hal.science/hal-01259249/file/pdf.pdf BibTex
titre
Continuous-switch piecewise quadratic models of biological networks: Application to bacterial growth
auteur
Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Automatica, 2015, 61, pp.164-172. ⟨10.1016/j.automatica.2015.07.031⟩
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https://hal.science/hal-01231368/file/SPQ-CartaChavesGouze-web-format.pdf BibTex

Conference papers

titre
Control of bio-conversion of polymeric substrate in the chemostat
auteur
Jean-Luc Gouzé, Francis Mairet, Jacques Alexandre Sepulchre
article
FOSBE, Aug 2015, Boston, United States
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BibTex
titre
Contrôle hybride d'un bioréacteur avec des mesures discrètes
auteur
Jean-Luc Gouzé
article
35ème Colloque de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2015, Poitiers, France
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BibTex
titre
Model reduction and process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
2015 23th Mediterranean Conference on Control and Automation (MED), Jun 2015, Torremolinos, Spain. ⟨10.1109/MED.2015.7158908⟩
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https://inria.hal.science/hal-01239356/file/MED2015-paper.pdf BibTex

Poster communications

titre
Modeling and coupling biorhythms
auteur
Sofia Almeida, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Franck Delaunay
article
2nd Labex SIGNALIFE Meeting, Nov 2015, Nice, France. , 2015
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2014

Journal articles

titre
Links between topology of the transition graph and limit cycles in a two-dimensional piecewise affine biological model
auteur
Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of Mathematical Biology, 2014, 69 (6-7), pp.1461-1495. ⟨10.1007/s00285-013-0735-x⟩
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https://hal.science/hal-00919872/file/AbouJaoude_JMB.pdf BibTex

Conference papers

titre
Stability analysis of a reduced transcription-translation model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
Proceedings of the 53rd IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2014, Los Angeles, CA, United States
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BibTex
titre
Dynamic optimisation of resource allocation in microorganisms
auteur
Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS 2014), University of Groningen. NLD., Jul 2014, Groningen, Netherlands
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https://inria.hal.science/hal-01079299/file/extended_abstract.pdf BibTex
titre
A coupled transcription-translation mathematical model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands
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BibTex
titre
Mathematical study of the global dynamics of a concave gene expression model
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
22nd Mediterranean Conference of Control and Automation (MED), Jun 2014, Palermo, Italy. ⟨10.1109/MED.2014.6961562⟩
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Book sections

titre
Control of a Bioreactor with Quantized Measurements
auteur
Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé
article
Fages, François and Piazza, Carla. Formal Methods in Macro-Biology, 8738, Springer International Publishing, pp.47-62, 2014, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-319-10398-3. ⟨10.1007/978-3-319-10398-3_5⟩
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https://inria.hal.science/hal-01092328/file/hybrid_bioreactor_v6.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Probabilistic approach for predicting periodic orbits in piecewise affine differential models
auteur
Madalena Chaves, Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2013, 75 (6), pp.967-987. ⟨10.1007/s11538-012-9773-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-00828847/file/chaves-farcot-gouze-bmb2013.pdf BibTex
titre
Global stability of enzymatic chain of full reversible Michaelis-Menten reactions
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, 2013, 61 (3), pp.425-436. ⟨10.1007/s10441-013-9195-3⟩
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https://inria.hal.science/hal-00850369/file/IsmaelABarticle-sfbt_reduitversionauteur.pdf BibTex
titre
Stabilizing effect of cannibalism in a two stages population model
auteur
Jonathan Rault, Eric Benoît, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, 2013, 61, pp.119-139. ⟨10.1007/s10441-013-9172-x⟩
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https://inria.hal.science/hal-00848443/file/actabioRaultBenoitGouze.pdf BibTex

Conference papers

titre
Stability analysis and reduction of gene transcription models
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
52nd IEEE Conference on Decision and Control (CDC'13), Dec 2013, Florence, Italy
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BibTex
titre
Analysis and reduction of transcription translation coupled models for gene expression
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
CAB (Computer applied to Biotechnology), IFAC, Dec 2013, Mumbai, India
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BibTex
titre
A class of Switched Piecewise Quadratic Systems for coupling gene expression with growth rate in bacteria
auteur
Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
9th IFAC Symposium Nonlinear Control Systems (NOLCOS'13), Sep 2013, Toulouse, France. pp.271-276, ⟨10.3182/20130904-3-FR-2041.00140⟩
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BibTex
titre
Positive control for global stabilization of predator-prey systems
auteur
Frédéric Grognard, Jonathan Rault, Jean-Luc Gouzé
article
9th IFAC Symposium Nonlinear Control Systems (NOLCOS'13), 2013, Toulouse, France. pp.265-270, ⟨10.3182/20130904-3-FR-2041.00136⟩
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BibTex
titre
Quantitative comparison of one-step and two-step models of gene expression
auteur
Valentin Zulkower, Jean-Luc Gouzé, Hidde de Jong
article
Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM'13), 2013, Toulouse, France
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BibTex

Book sections

titre
Modeling and analysis of gene regulatory networks
auteur
Gilles Bernot, Jean-Paul Comet, Adrien Richard, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Frédéric Dayan
article
Cazals, Frédéric and Kornprobst, Pierre. Modeling in Computational Biology and Biomedicine, Springer, pp.47-80, 2013, 9783642312083 364231208X. ⟨10.1007/978-3-642-31208-3_2⟩
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BibTex

2012

Journal articles

titre
Global stability of reversible enzymatic metabolic chains
auteur
Ibrahima Ndiaye, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, 2012, 61 (1), pp.41-57. ⟨10.1007/s10441-013-9171-y⟩
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https://inria.hal.science/hal-00848438/file/enzactabiorev2finalNdiayeGouzeversionauteur.pdf BibTex
titre
Global stability for a model of competition in the chemostat with microbial inputs
auteur
Gonzalo Robledo, Frédéric Grognard, Jean-Luc Gouzé
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, 2012, 13 (2), pp.582-598. ⟨10.1016/j.nonrwa.2011.07.049⟩
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https://inria.hal.science/hal-00848445/file/JLG-Fg-GrV2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Robust estimation for a hybrid model of genetic network
auteur
Xiao-Dong Li, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
20th Mediterranean Conference on Control and Automation, Jul 2012, Barcelona, Spain. pp.145-150
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BibTex
titre
Stabilization of an oscillating n-dimensional structured population model
auteur
Jonathan Rault, Jean-Luc Gouzé
article
20th Mediterranean Conference on Control & Automation (MED), 2012, Barcelona, Spain. pp.372-377, ⟨10.1109/MED.2012.6265666⟩
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BibTex
titre
Structure estimation for unate Boolean models of gene regulation networks
auteur
Christian Breindl, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé, Frank Allgöwer
article
Proc. 16th IFAC Symposium on System Identification, 2012, Brussels, Belgium. pp.1725-1730, ⟨10.3182/20120711-3-BE-2027.00278⟩
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BibTex
titre
Global Stability of Full Open Reversible Michaelis-Menten Reactions
auteur
Ismail Belgacem, Jean-Luc Gouzé
article
8th IFAC Symposium Advanced Control of Chemical Processes (ADCHEM), 2012, Furama Riverfront, Singapore. pp.591--596, ⟨10.3182/20120710-4-SG-2026.00039⟩
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BibTex

Book sections

titre
A simple model to control growth rate of synthetic E. coli during the exponential phase: model analysis and parameter estimation
auteur
Alfonso Carta, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
David Gilbert and Monika Heiner. Computational Methods in Systems Biology, 7605, Springer, pp.107-126, 2012, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_8⟩
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https://inria.hal.science/hal-00848400/file/CartaChavesGouze-CMSB2012.pdf BibTex

Reports

titre
GEMCO Deliverable D2T1: Analysis and reduction of a model of the gene expression machinery in E.coli
auteur
Luis Casaccia, Wassim Abou-Jaoudé, Jean-Luc Gouzé
article
[Research Report] 2012
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BibTex

2011

Journal articles

titre
Exact control of genetic networks in a qualitative framework: the bistable switch example
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Automatica, 2011, 47 (6), pp.1105-1112. ⟨10.1016/j.automatica.2011.01.071⟩
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https://inria.hal.science/hal-00848406/file/chaves-gouze-automatica2011.pdf BibTex
titre
A theoretical exploration of birhythmicity in the p53-Mdm2 network
auteur
Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
PLoS ONE, 2011, 6 (2), pp.e17075. ⟨10.1371/journal.pone.0017075⟩
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https://inria.hal.science/hal-00848373/file/AbouChavesGouze-birhythmicity-Pone2013.pdf BibTex

Conference papers

titre
An observer for a piecewise affine genetic network model with Boolean observations
auteur
Xiao-Dong Li, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves
article
IEEE Conference of Decision and Control, Dec 2011, Orlando, United States. pp.4389 - 4394, ⟨10.1109/CDC.2011.6160629⟩
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BibTex
titre
Mechanisms for coexistence of two limit cycles in a biochemical model
auteur
Wassim Abou-Jaoudé, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
IFAC World Congress, 2011, Milan, Italy. ⟨10.3182/20110828-6-IT-1002.00749⟩
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BibTex
titre
Qualitative Control of a Bistable Genetic Network
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2011, Krakow, Poland
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BibTex

Reports

titre
An observer for a genetic network model with Boolean observations
auteur
Xiao-Dong Li, Jean-Luc Gouzé, Madalena Chaves
article
2011, pp.4389 - 4394
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BibTex

2010

Journal articles

titre
Oscillations induced by different timescales in signal modules regulated by slowly evolving protein-protein interactions
auteur
Ibrahima Ndiaye, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
IET Systems Biology, 2010, 4(4), pp.263-276. ⟨10.1049/iet-syb.2009.0020⟩
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https://inria.hal.science/hal-00847299/file/ndiaye-chaves-gouze-IETsysBio.pdf https://inria.hal.science/hal-00847299/file/ndiaye-chaves-gouze-IETsysBio-supplementary.pdf BibTex
titre
Constrained Hybrid Neural Modelling of Biotechnological Processes
auteur
Asma Karama, Olivier Bernard, Jean-Luc Gouzé
article
International Journal of Chemical Reactor Engineering, 2010, 8, pp.A21. ⟨10.2202/1542-6580.2117⟩
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BibTex
titre
Dynamical study and robustness for a nonlinear wastewater treatment model
auteur
Mustapha Serhani, Jean-Luc Gouzé, Nadia Raissi
article
Nonlinear Analysis: Real World Applications, 2010, 12, pp.487-500. ⟨10.1016/j.nonrwa.2010.06.034⟩
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BibTex
titre
Limit cycles in piecewise-affine gene network models with multiple interaction loops
auteur
Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
International Journal of Systems Science, 2010, 41 (1), pp.119-130. ⟨10.1080/00207720903144552⟩
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https://inria.hal.science/hal-00831782/file/RR-6875.pdf BibTex
titre
Comparing Boolean and piecewise affine differential models for genetic networks
auteur
Madalena Chaves, Laurent Tournier, Jean-Luc Gouzé
article
Acta Biotheoretica, 2010, 58 (2-3), pp.217-232. ⟨10.1007/s10441-010-9097-6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00847281/file/chaves-tournier-gouze-AB2010.pdf https://inria.hal.science/hal-00847281/file/chaves-tournier-gouze-AB2010-SI.pdf BibTex

Conference papers

titre
Unicité et stabilité globale de l'équilibre de modèles métaboliques réversibles
auteur
Ibrahima Ndiaye, Jean-Luc Gouzé
article
Conférence Internationale Francophone d'Automatique CIFA 2010, 2010, Nancy, France
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BibTex
titre
Qualitative control of genetic networks: the bistable switch example
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
8th IFAC Symposium on Nonlinear Control Systems (NOLCOS 2010), 2010, Bologna, Italy. pp.338-343, ⟨10.3182/20100901-3-IT-2016.00166⟩
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BibTex
titre
Transition probabilities for piecewise affine models of genetic networks
auteur
Madalena Chaves, Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
Proc. Int. Symp. Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS 10), Budapest, Hungary, Jul. 2010., 2010, Budapest, Hungary
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https://inria.hal.science/hal-00831793/file/ChavesFarcotGouze-MTNS10.pdf BibTex
titre
Qualitative control of periodic solutions in piecewise affine models of genetic networks
auteur
Etienne Farcot, Jean-Luc Gouzé
article
Proc. IFAC Nonlinear Control Systems Symposium (NOLCOS 10), Bologna, Italy, Sep. 2010., Università di Bologna [Bologna] (UNIBO). Bologne, ITA., 2010, Bologna, Italy. 6 p., ⟨10.3182/20100901-3-IT-2016.00145⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-00831789/file/control-cycles-nolcos10-revised.pdf BibTex

Book sections

titre
Piecewise affine models of regulatory genetic networks: review and probabilistic interpretation
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
Lévine, Jean and Müllhaupt, Philippe. Advances in the Theory of Control, Signals and Systems, with Physical Modelling, 407, Springer, pp.241-253, 2010, Lecture Notes in Control and Information Sciences, ⟨10.1007/978-3-642-16135-3_20⟩
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https://inria.hal.science/hal-00847287/file/GouzeChaves-LNCIS2010.pdf BibTex

Reports

titre
A theoretical exploration of birhythmicity in the p53-Mdm2 network
auteur
Wassim Abou-Jaoude, Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
[Research Report] RR-7406, INRIA. 2010
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00523270/file/RR-7406.pdf BibTex
titre
Exact control of genetic networks in a qualitative framework: the bistable switch example
auteur
Madalena Chaves, Jean-Luc Gouzé
article
[Research Report] RR-7359, INRIA. 2010, pp.22
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00507040/file/RR-7359.pdf BibTex