Publications HAL de hugues, talbot

2025

Journal articles

titre: Robust automatic crater detection at all latitudes on Mars with Deep-learning
auteur: Martinez Leonard, François Andrieu, Frédéric Schmidt, Hugues Talbot, Bentley Mark
article: Planetary and Space Science, 2025, 260, ⟨10.1016/j.pss.2025.106053⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.pss.2025.106053
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titre: Performance analysis of a deep-learning algorithm to detect the presence of inflammation in MRI of sacroiliac joints in patients with axial spondyloarthritis
auteur: Joeri Nicolaes, Evi Tselenti, Theodore Aouad, Clementina López-Medina, Antoine Feydy, Hugues Talbot, Bengt Hoepken, Natasha de Peyrecave, Maxime Dougados
article: Annals of the Rheumatic Diseases, 2025, ⟨10.1136/ard-2024-225862⟩
DOI: DOI : 10.1136/ard-2024-225862
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Preprints, Working Papers, ...

titre: SparseXMIL: Leveraging sparse convolutions for context-aware and memory-efficient classification of whole slide images in digital pathology
auteur: Loïc Le Bescond, Marvin Lerousseau, Fabrice Andre, Hugues Talbot
article: 2025
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2024

Journal articles

titre: Liquid Biopsy versus CT: Comparison of Tumor Burden Quantification in 1065 Patients with Metastases
auteur: Lama Dawi, Younes Belkouchi, Littisha Lawrance, Othilie Gautier, Samy Ammari, Damien Vasseur, Felix Wirth, Joya Hadchiti, Salome Morer, Clemence David, François Bidault, Corinne Balleyguier, Michèle Kind, Arnaud Bayle, Laila Belcaid, Mihaela Aldea, Claudio Nicotra, Arthur Geraud, Madona Sakkal, Felix Blanc-Durand, Sophie Moog, Maria Fernanda Mosele, Marco Tagliamento, Alice Bernard-Tessier, Benjamin Verret, Cristina Smolenschi, Nathalie Auger, Anas Gazzah, Jean-Baptiste Micol, Olivier Caron, Antoine Hollebecque, Yohann Loriot, Benjamin Besse, Ludovic Lacroix, Etienne Rouleau, Santiago Ponce, Fabrice André, Jean-Charles Soria, Fabrice Barlesi, Serge Muller, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Antoine Italiano, Nathalie Lassau
article: Radiology, 2024, 313 (2), ⟨10.1148/radiol.232674⟩
DOI: DOI : 10.1148/radiol.232674
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titre: Imaging-guided prognostic score-based approach to assess the benefits of combotherapy versus monotherapy with immune checkpoint inhibitors in metastatic MSI-H colorectal cancer patients
auteur: Rémy Barbe, Younes Belkouchi, Yves Menu, Romain Cohen, Clemence David, Michele Kind, Sana Harguem, Lama Dawi, Joya Hadchiti, Fatine Selhane, Nicolas Billet, Samy Ammari, Ambroise Bertin, Littisha Lawrance, Baptiste Cervantes, Antoine Hollebecque, Corinne Balleyguier, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Thierry Andre
article: European Journal of Cancer, 2024, 202, pp.114020. ⟨10.1016/j.ejca.2024.114020⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.ejca.2024.114020
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titre: Learning truly monotone operators with applications to nonlinear inverse problems
auteur: Younes Belkouchi, Jean-Christophe Pesquet, Audrey Repetti, Hugues Talbot
article: SIAM Journal on Imaging Sciences, In press
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titre: Detection and severity quantification of pulmonary embolism with 3D CT data using an automated deep learning-based artificial solution
auteur: Aissam Djahnine, Carole Lazarus, Mathieu Lederlin, Sébastien Mulé, Rafael Wiemker, Salim Si-Mohamed, Emilien Jupin-Delevaux, Olivier Nempont, Youssef Skandarani, Mathieu de Craene, Segbedji Goubalan, Caroline Raynaud, Younes Belkouchi, Amira Ben Afia, Clement Fabre, Gilbert Ferretti, Constance de Margerie, Pierre Berge, Renan Liberge, Nicolas Elbaz, Maxime Blain, Pierre-Yves Brillet, Guillaume Chassagnon, Farah Cadour, Caroline Caramella, Mostafa El Hajjam, Samia Boussouar, Joya Hadchiti, Xavier Fablet, Antoine Khalil, Hugues Talbot, Alain Luciani, Nathalie Lassau, Loic Boussel
article: Diagnostic and Interventional Imaging, 2024, ⟨10.1016/j.diii.2023.09.006⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.diii.2023.09.006
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titre: Detection and characterization of pancreatic lesion with artificial intelligence: The SFR 2023 artificial intelligence data challenge
auteur: Theodore Aouad, Valerie Laurent, Paul Levant, Agnes Rode, Nina Brillat-Savarin, Pénélope Gaillot, Christine Hoeffel, Eric Frampas, Maxime Barat, Roberta Russo, Mathilde Wagner, Magaly Zappa, Olivier Ernst, Anais Delagnes, Quentin Fillias, Lama Dawi, Céline Savoye-Collet, Pauline Copin, Paul Calame, Edouard Reizine, Alain Luciani, Marie-France Bellin, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article: Diagnostic and Interventional Imaging, 2024, 105 (10), pp.395-399. ⟨10.1016/j.diii.2024.07.002⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.diii.2024.07.002
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Conference papers

titre: Enhancing Quantitative Image Synthesis through Pretraining and Resolution Scaling for Bone Mineral Density Estimation from a Plain X-ray Image
auteur: Yi Gu, Yoshito Otake, Keisuke Uemura, Masaki Takao, Mazen Soufi, Seiji Okada, Nobuhiko Sugano, Hugues Talbot, Yoshinobu Sato
article: SASHIMI 2024 - International Workshop on Simulation and Synthesis in Medical Imaging, Oct 2024, Marrakech, Morocco. pp.134-145
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titre: 3DDX: Bone Surface Reconstruction from a Single Standard-Geometry Radiograph via Dual-Face Depth Estimation
auteur: Yi Gu, Yoshito Otake, Keisuke Uemura, Masaki Takao, Mazen Soufi, Seiji Okada, Nobuhiko Sugano, Hugues Talbot, Yoshinobu Sato
article: MICCAI 2024, Oct 2024, Marrakech, Morocco. pp.3-13, ⟨10.1007/978-3-031-72104-5_1⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-031-72104-5_1
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titre: Learning sperm cells part segmentation with class-specific data augmentation
auteur: Marcin Jankowski, Emila Lewandowska, Hugues Talbot, Daniel Wesierski, Anna Jezierska
article: HSI 2024 - 16th International Conference on Human System Interaction, Jul 2024, Paris, France. pp.1-6, ⟨10.1109/HSI61632.2024.10613572⟩
DOI: DOI : 10.1109/HSI61632.2024.10613572
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titre: Finite Volume Informed Graph Neural Network for Myocardial Perfusion Simulation
auteur: Raoul Sallé de Chou, Matthew Sinclair, Sabrina Lynch, Nan Xiao, Laurent Najman, Irene E Vignon-Clementel, Hugues Talbot
article: Proceedings of The 7nd International Conference on Medical Imaging with Deep Learning, Jul 2024, Paris, France. pp.276-288
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titre: Convex optimization for binary tree-based transport networks
auteur: Raoul Sallé de Chou, Mohamed Ali Srir, Laurent Najman, Nicolas Passat, Hugues Talbot, Irene Vignon-Clementel
article: International Conference on Discrete Geometry and Mathematical Morphology (DGMM), 2024, Florence, Italy. pp.217-228, ⟨10.1007/978-3-031-57793-2_17⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-031-57793-2_17
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Patents

titre: Method for determining whether an image of a person's face is suitable for use as an ID photograph
auteur: Manel Ben Youssef, Diop Maissa, Sylvain Lempereur, Menetrey Emile, Hugues Talbot
article: France, Patent n° : US 2024/0338977. 2024
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Poster communications

titre: 171P A deep learning model for breast cancer diagnosis from fine-needle aspiration cytology whole slide images
auteur: L. Le Bescond, V. Suciu, S. Christodoulidis, M. Vakalopoulou, Hugues Talbot, R. Soufan, C. Balleyguier, S. Delaloge, F. André
article: ESMO Open, May 2024, Berlin, Germany. Abstract Book of ESMO Breast Cancer 2024, 9, pp.103193, 2024, ⟨10.1016/j.esmoop.2024.103193⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.esmoop.2024.103193
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Preprints, Working Papers, ...

titre: ZeBraInspector, a platform for the automated segmentation and analysis of body and brain volumes in whole 5 dpf zebrafish following simultaneous visualization with identical orientations
auteur: Sylvain Lempereur, Matthieu Simion, Elodie Machado, Fabrice Licata, Lilian Buzer, Isabelle Robineau, Julien Hémon, Payel Banerjee, Noémie de Crozé, Marc Léonard, Pierre Affaticati, Arnim Jenett, Hugues Talbot, Jean-Stéphane Joly
article: 2024
DOI: DOI : 10.1101/2020.10.26.353656
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titre: 3D lung nodule segmentation from 2D annotations using morphological operations
auteur: Jean-Luc Dupire, Younes Belkouchi, Leo Stepien, Nicolas Billet, Lama Dawi, Felix Wirth, Nathalie Lassau, Hugues Talbot
article: 2024
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titre: Supervoxel based 3D diseased lung segmentation
auteur: Leo Stepien, Younes Belkouchi, Jean-Luc Dupire, Nicolas Billet, Lama Dawi, Felix Wirth, Nathalie Lassau, Hugues Talbot
article: 2024
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titre: Performance Analysis of a Deep Learning Algorithm to Detect MRI Positive Sacroiliac Joints in Patients with Axial Spondyloarthritis According to the Assessment of SpondyloArthritis international Society 2009 Definition
auteur: Joeri Nicolaes, Evi Tselenti, Theodore Aouad, Clementina López-Medina, Antoine Feydy, Hugues Talbot, Bengt Hoepken, Natasha de Peyrecave, Maxime Dougados
article: 2024
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2023

Journal articles

titre: Bone mineral density estimation from a plain X-ray image by learning decomposition into projections of bone-segmented computed tomography
auteur: Yi Gu, Yoshito Otake, Keisuke Uemura, Mazen Soufi, Masaki Takao, Hugues Talbot, Seiji Okada, Nobuhiko Sugano, Yoshinobu Sato
article: Medical Image Analysis, 2023, 90, pp.102970. ⟨10.1016/j.media.2023.102970⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.media.2023.102970
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titre: Synergic prognostic value of 3D CT scan subcutaneous fat and muscle masses for immunotherapy-treated cancer
auteur: Pierre Decazes, Samy Ammari, Younes Belkouchi, Léo Mottay, Littisha Lawrance, Antoine de Prévia, Hugues Talbot, Siham Farhane, Paul-Henry P.-H. Cournède, Aurelien Marabelle, Florian Guisier, David Planchard, Tony Ibrahim, Caroline Robert, Fabrice Barlesi, Pierre Vera, Nathalie Lassau
article: Journal for Immunotherapy of Cancer, 2023, 11 (9), pp.e007315. ⟨10.1136/jitc-2023-007315⟩
DOI: DOI : 10.1136/jitc-2023-007315
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titre: Trastuzumab deruxtecan in metastatic breast cancer with variable HER2 expression: the phase 2 DAISY trial
auteur: Fernanda Mosele, Elise Deluche, Amelie Lusque, Loïc Le Bescond, Thomas Filleron, Yoann Pradat, Agnes Ducoulombier, Barbara Pistilli, Thomas Bachelot, Frederic Viret, Christelle Levy, Nicolas Signolle, Alexia Alfaro, Diep T N Tran, Ingrid Judith Garberis, Hugues Talbot, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou, Nathalie Droin, Aurelie Stourm, Maki Kobayashi, Tomoya Kakegawa, Ludovic Lacroix, Patrick Saulnier, Bastien Job, Marc Deloger, Marta Jimenez, Celine Mahier, Vianney Baris, Pierre Laplante, Patricia Kannouche, Virginie Marty, Magali Lacroix-Triki, Veronique Diéras, Fabrice André
article: Nature Medicine, 2023, 29 (8), pp.2110 - 2120. ⟨10.1038/s41591-023-02478-2⟩
DOI: DOI : 10.1038/s41591-023-02478-2
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titre: Better than RECIST and Faster than iRECIST: Defining the Immunotherapy Progression Decision Score to Better Manage Progressive Tumors on Immunotherapy
auteur: Younes Belkouchi, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Littisha Lawrance, Siham Farhane, Rahma Feki-Mkaouar, Joya Hadchiti, Lama Dawi, Julien Vibert, Paul-Henry Cournède, Clara Cousteix, Camille Mazza, Michele Kind, Antoine Italiano, Aurelien Marabelle, Samy Ammari, Stephane Champiat
article: Clinical Cancer Research, 2023, 29 (8), pp.1528-1534. ⟨10.1158/1078-0432.CCR-22-0890⟩
DOI: DOI : 10.1158/1078-0432.CCR-22-0890
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titre: A deep learning model for the diagnosis of sacroiliitis according to Assessment of SpondyloArthritis International Society classification criteria with magnetic resonance imaging
auteur: Adrien Bordner, Théodore Aouad, Clementina Lopez Medina, Sisi Yang, Anna Molto, Hugues Talbot, Maxime Dougados, Antoine Feydy
article: Diagnostic and Interventional Imaging, 2023, pp.1-11. ⟨10.1016/j.diii.2023.03.008⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.diii.2023.03.008
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titre: OpenCCO: An Implementation of Constrained Constructive Optimization for Generating 2D and 3D Vascular Trees
auteur: Bertrand Kerautret, Phuc Ngo, Nicolas Passat, Hugues Talbot, Clara Jaquet
article: Image Processing On Line, 2023, 13, pp.258-279. ⟨10.5201/ipol.2023.477⟩
DOI: DOI : 10.5201/ipol.2023.477
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titre: Synthetic MR image generation of macrotrabecular-massive hepatocellular carcinoma using generative adversarial networks
auteur: Vincent Couteaux, Cheng Zhang, Sébastien Mulé, Laurent Milot, Pierre-Jean Valette, Caroline Raynaud, Anna Sesilia Vlachomitrou, Cybele Ciofolo-Veit, Littisha Lawrance, Younes Belkouchi, Valérie Vilgrain, Maité Lewin, Hervé Trillaud, Christine Hoeffel, Valérie Laurent, Samy Ammari, Eric Morand, Orphee Faucoz, Arthur Tenenhaus, Hugues Talbot, Alain Luciani, Nathalie Lassau, Carole Lazarus
article: Diagnostic and Interventional Imaging, 2023, 104 (5), pp.243-247. ⟨10.1016/j.diii.2023.01.003⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.diii.2023.01.003
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titre: Generative adversarial networks (GAN)-based data augmentation of rare liver cancers: The SFR 2021 Artificial Intelligence Data Challenge
auteur: Sébastien Mulé, Littisha Lawrance, Younes Belkouchi, Valérie Vilgrain, Maité Lewin, Hervé Trillaud, Christine Hoeffel, Valérie Laurent, Samy Ammari, Eric Morand, Orphée Faucoz, Arthur Tenenhaus, Anne Cotten, Jean-François Meder, Hugues Talbot, Alain Luciani, Nathalie Lassau
article: Diagnostic and Interventional Imaging, 2023, 104 (1), pp.43-48. ⟨10.1016/j.diii.2022.09.005⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.diii.2022.09.005
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titre: Detection and quantification of pulmonary embolism with artificial intelligence: The SFR 2022 artificial intelligence data challenge
auteur: Younes Belkouchi, Mathieu Lederlin, Amira Ben Afia, Clement Fabre, Gilbert Raymond Ferretti, Constance de Margerie, Pierre Berge, Renan Liberge, Nicolas Elbaz, Maxime Blain, Pierre Yves Brillet, Guillaume Chassagnon, Farah Cadour, Caroline Caramella, Mostafa El Hajjam, Samia Boussouar, Joya Hadchiti, Xavier Fablet, Antoine M. Khalil, Alain Luciani, Anne Cotten, Jean François Meder, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article: Diagnostic and Interventional Imaging, 2023, 104 (10), pp.485-489. ⟨10.1016/j.diii.2023.05.007⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.diii.2023.05.007
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Conference papers

titre: 1022MO Predicting overall survival of patients with melanoma and NSCLC treated with immunotherapy using AI combining total tumor volume and tumor heterogeneity on CT-Scans
auteur: Lama Dawi, Samy Ammari, Younes Belkouchi, Joya Hadchiti, L. Lawrance, F. Wirth, Aline Bertin, S. Morer, N. Billet, Corinne Balleyguier, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article: ESMO 2023 - Congress of European Society for Medical Oncology, European Society for Medical Oncology, Oct 2023, Madrid, Spain. pp.S622, ⟨10.1016/j.annonc.2023.09.2161⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.annonc.2023.09.2161
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titre: 142P Correlating total tumor volume on CT-Scan and liquid biopsy ctDNA in 1017 patients with metastatic cancer: A novel study
auteur: Y. Belkouchi, L. Dawi, L. Lawrance, S. Ammari, D. Vasseur, F. Wirth, O. Gautier, Paul-Henry P.-H. Cournède, J. Hadchiti, C. David, F. Bidault, C. Balleyguier, M. Kind, Hugues Talbot, A. Italiano, N. Lassau
article: ESMO Congress 2023, European Society for Medical Oncology, Oct 2023, Madrid, Spain. pp.S237, ⟨10.1016/j.annonc.2023.09.2867⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.annonc.2023.09.2867
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titre: MSKdeX: Musculoskeletal (MSK) Decomposition from an X-Ray Image for Fine-Grained Estimation of Lean Muscle Mass and Muscle Volume
auteur: Yi Gu, Yoshito Otake, Keisuke Uemura, Masaki Takao, Mazen Soufi, Yuta Hiasa, Hugues Talbot, Seiji Okada, Nobuhiko Sugano, Yoshinobu Sato
article: MICCAI 2023 - 26th International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Oct 2023, Vancoucer, Canada. pp.497-507, ⟨10.1007/978-3-031-43990-2_47⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-031-43990-2_47
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titre: On the detection of Out-Of-Distribution samples in Multiple Instance Learning
auteur: Loïc Le Bescond, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Fabrice Andre, Hugues Talbot
article: Uncertainty Estimation for Computer Vision, ICCV2023 Workshop, Oct 2023, Paris, France
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titre: A foundation for exact binarized morphological neural networks
auteur: Theodore Aouad, Hugues Talbot
article: ICCV 2023 - International Conference on Computer Vision, workshop on Low Bit Quantized Neural Networks, Oct 2023, Paris, France
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titre: OpenCCO : Une implémentation de l’algorithme CCO pour la construction d’arbres vasculaires 2D et 3D
auteur: Bertrand Kerautret, Phuc Ngo, Nicolas Passat, Hugues Talbot, Clara Jaquet, Adam Germain
article: Atelier R-Vessel-X 2023, Jun 2023, Lyon, France
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titre: POS0341 PERFORMANCE ANALYSIS OF A DEEP LEARNING ALGORITHM TO DETECT POSITIVE SIJ MRI ACCORDING TO THE ASAS DEFINITION IN AXSPA PATIENTS
auteur: Joeri Nicolaes, Evi Tselenti, Théodore Aouad, Clementina López-Medina, Antoine Feydy, Hugues Talbot, Bengt Hoepken, Natasha de Peyrecave, Maxime Dougados
article: EULAR 2023 - European Congress of Rheumatology, May 2023, Milan, Italy. pp.418.1-418, ⟨10.1136/annrheumdis-2023-eular.2357⟩
DOI: DOI : 10.1136/annrheumdis-2023-eular.2357
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Preprints, Working Papers, ...

titre: Elastica Energy Regularization via Graph Cuts
auteur: Daniel Martins Antunes, Jacques-Olivier Lachaud, Hugues Talbot
article: 2023
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2022

Journal articles

titre: Toward semi-automatic biologically effective dose treatment plan optimisation for Gamma Knife radiosurgery
auteur: Thomas Klinge, Hugues Talbot, Ian Paddick, Sébastien Ourselin, Jamie R Mcclelland, Marc Modat
article: Physics in Medicine and Biology, 2022, 67 (21), pp.215001. ⟨10.1088/1361-6560/ac8965⟩
DOI: DOI : 10.1088/1361-6560/ac8965
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titre: ZeBraInspector, a platform for the automated segmentation and analysis of body and brain volumes in whole 5 days post-fertilization zebrafish following simultaneous visualization with identical orientations
auteur: Sylvain Lempereur, Elodie Machado, Fabrice Licata, Matthieu Simion, Lilian Buzer, Isabelle Robineau, Julien Hémon, Payel Banerjee, Noémie de Crozé, Marc Léonard, Pierre Affaticati, Hugues Talbot, Jean-Stéphane Joly
article: Developmental Biology, 2022, 490, pp.86-99. ⟨10.1016/j.ydbio.2022.07.004⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.ydbio.2022.07.004
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titre: Better than RECIST and faster than iRECIST: Defining the immunotherapy progression decision score to better manage progressive tumors on immunotherapy
auteur: Younes Belkouchi, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, L. Lawrance, S. Farhane, R. Feki-Mkaouar, J. Vibert, Paul-Henry P.-H. Cournède, A. Marabelle, S. Ammari, S. Champiat
article: Annals of Oncology, 2022, 33, pp.S595-S596. ⟨10.1016/j.annonc.2022.07.159⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.annonc.2022.07.159
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titre: Distributed Algorithms for Scalable Proximity Operator Computation and Application to Video Denoising
auteur: Feriel Abboud, Marin Stamm, Emilie Chouzenoux, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot
article: Digital Signal Processing, 2022, 128, pp.103610. ⟨10.1016/j.dsp.2022.103610⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.dsp.2022.103610
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titre: Prediction of Early Response to Immunotherapy: DCE-US as a New Biomarker
auteur: Raphael Naccache, Younes Belkouchi, Littisha Lawrance, Baya Benatsou, Joya Hadchiti, Paul-Henry Cournede, Samy Ammari, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article: Cancers, 2022, 14 (5), pp.1337. ⟨10.3390/cancers14051337⟩
DOI: DOI : 10.3390/cancers14051337
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titre: Homotopic affine transformations in the 2D Cartesian grid
auteur: Nicolas Passat, Phuc Ngo, Yukiko Kenmochi, Hugues Talbot
article: Journal of Mathematical Imaging and Vision, 2022, 64 (7), pp.786-806. ⟨10.1007/s10851-022-01094-y⟩
DOI: DOI : 10.1007/s10851-022-01094-y
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titre: Predicting immunotherapy outcomes in patients with MSI tumors using NLR and CT global tumor volume
auteur: Younes Belkouchi, Laetitia Nebot-Bral, Littisha Lawrance, Michele Kind, Clémence David, Samy Ammari, Paul-Henry P.-H. Cournède, Hugues Talbot, Perrine Vuagnat, Cristina Smolenschi, Patricia L Kannouche, Nathalie Chaput, Nathalie Lassau, Antoine Hollebecque
article: Frontiers in Oncology, 2022, 12, pp.982790. ⟨10.3389/fonc.2022.982790⟩
DOI: DOI : 10.3389/fonc.2022.982790
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Conference papers

titre: Incrementally semi-supervised classification of arthritis inflammation on a clinical dataset
auteur: Théodore Aouad, Clementina Lopez-Medina, Charlotte Martin-Peltier, Adrien Bordner, Sisi Yang, Anna Molto, Maxime Dougados, Antoine Feydy, Hugues Talbot
article: IEEE International Conference on Image Processing 2022, IEEE, Oct 2022, Bordeaux, France
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titre: Binary morphological neural network
auteur: Théodore Aouad, Hugues Talbot
article: IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), Oct 2022, Bordeaux, France. pp.3276-3280
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titre: Unsupervised Nuclei Segmentation using Spatial Organization Priors
auteur: Loïc Le Bescond, Marvin Lerousseau, Ingrid Garberis, Fabrice André, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou, Hugues Talbot
article: MICCAI 2022 - 25th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.325-335
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titre: Transformer graph network for coronary plaque localization in CCTA
auteur: Mario Viti, Hugues Talbot, Nicolas Gogin
article: ISBI 2022 - IEEE 19th International Symposium on Biomedical Imaging, Mar 2022, Kolkata, India. pp.1-5, ⟨10.1109/ISBI52829.2022.9761646⟩
DOI: DOI : 10.1109/ISBI52829.2022.9761646
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titre: Transformations affines discrètes sous contraintes topologiques et géométriques. Approche d'optimisation sur les complexes cellulaires
auteur: Phuc Ngo, Nicolas Passat, Yukiko Kenmochi, Hugues Talbot
article: Journées du Groupe de Travail en Géométrie Discrète et Morphologie Mathématique (GDMM), 2022, Bordeaux, France
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Poster communications

titre: Better than RECIST and faster than iRECIST: defining the Immunotherapy Progression Decision score to better manage progressive tumors on immunotherapy
auteur: Younes Belkouchi, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Littisha Lawrance, Siham Farhane, Rahma Feki-Mkaouar, Julien Vibert, Paul-Henry P.-H. Cournède, Clara Cousteix, Camille Mazza, Aurélien Marabelle, Samy Ammari, Stephane Champiat
article: ESMO 2022, Sep 2022, Paris, France.
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Preprints, Working Papers, ...

titre: Binary Multi Channel Morphological Neural Network
auteur: Théodore Aouad, Hugues Talbot
article: 2022
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2021

Journal articles

titre: Object Detection with Component-Graphs in Multi-band Images: Application to Source Detection in Astronomical Images
auteur: Thanh Xuan Nguyen, Giovanni Chierchia, O Razim, R Peletier, Laurent Najman, Hugues Talbot, Benjamin Perret
article: IEEE Access, 2021, 9, pp.156482-156491. ⟨10.1109/ACCESS.2021.3128519⟩
DOI: DOI : 10.1109/ACCESS.2021.3128519
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titre: Automatic coronary artery calcium scoring from unenhanced-ECG-gated CT using deep learning
auteur: Nicolas Gogin, Mario Viti, Luc Nicodème, Mickaël Ohana, Hugues Talbot, Umit Gencer, Magloire Mekukosokeng, Thomas Caramella, Yann Diascorn, Jean-Yves Airaud, Marc-Samir Guillot, Zoubir Bensalah, Caroline Dam Hieu, Bassam Abdallah, Imad Bousaid, Nathalie Lassau, Elie Mousseaux
article: Diagnostic and Interventional Imaging, 2021, 102 (11), pp.683-690. ⟨10.1016/j.diii.2021.05.004⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.diii.2021.05.004
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titre: Machine‐Learning‐Assisted Intelligent Imaging Flow Cytometry: A Review
auteur: Shaobo Luo, Yuzhi Shi, Lip Ket Chin, Paul Edward Hutchinson, Yi Zhang, Giovanni Chierchia, Hugues Talbot, Xudong Jiang, Tarik Bourouina, Ai-Qun Liu
article: Advanced Intelligent Systems, 2021, 3 (11), pp.2100073. ⟨10.1002/aisy.202100073⟩
DOI: DOI : 10.1002/aisy.202100073
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titre: Myocardial Perfusion Simulation for Coronary Artery Disease: A Coupled Patient-Specific Multiscale Model
auteur: Lazaros Papamanolis, Hyun Jin Kim, Clara Jaquet, Matthew Sinclair, Michiel Schaap, Ibrahim Danad, Pepijn van Diemen, Paul Knaapen, Laurent Najman, Hugues Talbot, Charles A Taylor, Irene Vignon-Clementel
article: Annals of Biomedical Engineering, 2021, 49, pp.1432-1447. ⟨10.1007/s10439-020-02681-z⟩
DOI: DOI : 10.1007/s10439-020-02681-z
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titre: Deep learning‐enabled imaging flow cytometry for high‐speed Cryptosporidium and Giardia detection
auteur: Shaobo Luo, Tarik Bourouina, Giovanni Chierchia, Hugues Talbot, Ai-Qun Liu, Yuzhi Shi, Kim Truc Nguyen, Shilun Feng, Ahmed Elsayed
article: Cytometry Part A, 2021, ⟨10.1002/cyto.a.24321⟩
DOI: DOI : 10.1002/cyto.a.24321
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titre: Integrating deep learning CT-scan model, biological and clinical variables to predict severity of COVID-19 patients
auteur: Nathalie Lassau, Samy Ammari, Emilie Chouzenoux, Hugo Gortais, Paul Herent, Matthieu Devilder, Samer Soliman, Olivier Meyrignac, Marie-Pauline Talabard, Jean-Philippe Lamarque, Remy Dubois, Nicolas Loiseau, Paul Trichelair, Etienne Bendjebbar, Gabriel Garcia, Corinne Balleyguier, Mansouria Merad, Annabelle Stoclin, Simon Jegou, Franck Griscelli, Nicolas Tetelboum, Yingping Li, Sagar Verma, Matthieu Terris, Tasnim Dardouri, Kavya Gupta, Ana Neacsu, Frank Chemouni, Meriem Sefta, Paul Jehanno, Imad Bousaid, Yannick Boursin, Emmanuel Planchet, Mikael Azoulay, Jocelyn Dachary, Fabien Brulport, Adrian Gonzalez, Olivier Dehaene, Jean-Baptiste Schiratti, Kathryn Schutte, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot, Elodie Pronier, Gilles Wainrib, Thomas Clozel, Fabrice Barlesi, Marie-France Bellin, Michael Blum
article: Nature Communications, In press, 12 (634), ⟨10.1038/s41467-020-20657-4⟩
DOI: DOI : 10.1038/s41467-020-20657-4
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titre: An Elastica-driven Digital Curve Evolution Model for Image Segmentation
auteur: Daniel Antunes, Jacques-Olivier Lachaud, Hugues Talbot
article: Journal of Mathematical Imaging and Vision, 2021, 63 (1), pp.1-17. ⟨10.1007/s10851-020-00983-4⟩
DOI: DOI : 10.1007/s10851-020-00983-4
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titre: Clinical validation of a computer‐based approach for the quantification of the skin ageing process of women using in vivo confocal microscopy
auteur: Julie Robic, Alex Nkengne, Benjamin Perret, Michel Couprie, Hugues Talbot, Giovanni Pellacani, Katell Vie
article: Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology, 2021, 35 (1), ⟨10.1111/jdv.16810⟩
DOI: DOI : 10.1111/jdv.16810
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titre: Influence of magnetic field strength on magnetic resonance imaging radiomics features in brain imaging, an in vitro and in vivo study
auteur: Samy Ammari, Stéphanie Pitre-Champagnat, Laurent Dercle, Emilie Chouzenoux, Salma Moalla, Sylvain Reuze, Hugues Talbot, Tite Mokoyoko, Joya Hadchiti, Sebastien Diffetocq, Andreas Volk, Mickeal El Haik, Sara Lakiss, Corinne Balleyguier, Nathalie Lassau, Francois Bidault
article: Frontiers in Oncology, 2021, 10, pp.541663. ⟨10.3389/fonc.2020.541663⟩
DOI: DOI : 10.3389/fonc.2020.541663
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titre: Rare bioparticle detection via deep metric learning
auteur: Shaobo Luo, Yuzhi Shi, Lip Ket Chin, Yi Zhang, Bihan Wen, Ying Sun, Binh T T Nguyen, Giovanni Chierchia, Hugues Talbot, Tarik Bourouina, Xudong Jiang, Ai-Qun Liu
article: RSC Advances, 2021, 11 (29), pp.17603-17610. ⟨10.1039/D1RA02869C⟩
DOI: DOI : 10.1039/D1RA02869C
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Conference papers

titre: A Maximum-Flow Model for Digital Elastica Shape Optimization
auteur: Daniel Martins Antunes, Jacques-Olivier Lachaud, Hugues Talbot
article: Discrete Geometry Mathematical Morphology 2021, May 2021, Uppsala (Suède), Sweden. pp.429-440, ⟨10.1007/978-3-030-76657-3_31⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-76657-3_31
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titre: Over-MAP: Structural Attention Mechanism and Automated Semantic Segmentation Ensembled for Uncertainty Prediction
auteur: Charles A Kantor, Léonard Boussioux, Brice Rauby, Hugues Talbot
article: AAAI 2021 - 35th AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2021, Virtual, China. pp.15316-15322
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titre: Geo-Spatiotemporal Features and Shape-Based Prior Knowledge for Fine-grained Imbalanced Data Classification
auteur: Charles A. Kantor, Marta Skreta, Brice Rauby, Léonard Boussioux, Emmanuel Jehanno, Alexandra Luccioni, David Rolnick, Hugues Talbot
article: IJCAI 2021 - Workshop on AI for Social Good, Jan 2021, Tokyo, Japan
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Proceedings

titre: Reproducible Research in Pattern Recognition: Third International Workshop, RRPR 2021
auteur: Bertrand Kerautret, Miguel Colom, Adrien Krähenbühl, Daniel Lopresti, Pascal Monasse, Hugues Talbot
article: 12636, Springer International Publishing, 2021, Lecture Notes in Computer Science, 978-3-030-76422-7. ⟨10.1007/978-3-030-76423-4⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-76423-4
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Preprints, Working Papers, ...

titre: Coronary Plaque Localization and Characterization using Self-Attention Tree-Graph embeddings
auteur: Mario Viti, Hugues Talbot, Nicolas Gogin
article: 2021
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2020

Journal articles

titre: Machine Learning-Based Pipeline for High Accuracy Bioparticle Sizing
auteur: Shaobo Luo, Yi Zhang, Kim Truc Nguyen, Shilun Feng, Yuzhi Shi, Yang Liu, Paul Hutchinson, Giovanni Chierchia, Hugues Talbot, Tarik Bourouina, Xudong Jiang, Ai Qun Liu
article: Micromachines, 2020, 11 (12), pp.1084. ⟨10.3390/mi11121084⟩
DOI: DOI : 10.3390/mi11121084
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titre: Efficient position estimation of 3D fluorescent spherical beads in confocal microscopy via Poisson denoising
auteur: Alessandro Benfenati, Francesco Bonacci, Tarik Bourouina, Hugues Talbot
article: Journal of Mathematical Imaging and Vision, 2020, 63 (1), pp.56-72. ⟨10.1007/s10851-020-00994-1⟩
DOI: DOI : 10.1007/s10851-020-00994-1
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titre: Automated segmentation of thick confocal microscopy 3D images for the measurement of white matter volumes in zebrafish brains
auteur: Sylvain Lempereur, Arnim Jenett, Elodie Machado, Ignacio Arganda-Carreras, Matthieu Simion, Pierre Affaticati, Jean-Stéphane Joly, Hugues Talbot
article: Mathematical Morphology - Theory and Applications, 2020, 4 (1), pp.31-45. ⟨10.1515/mathm-2020-0100⟩
DOI: DOI : 10.1515/mathm-2020-0100
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titre: Clarification of Definitions of Hyperprogressive Disease During Immunotherapy for Non–Small Cell Lung Cancer
auteur: Baptiste Kas, Hugues Talbot, Roberto Ferrara, Colombe Richard, Jean-Philippe Lamarque, Stéphanie Pitre-Champagnat, David Planchard, Corinne Balleyguier, Benjamin Besse, Laura Mezquita, Nathalie Lassau, Caroline Caramella
article: JAMA oncology, 2020, 6 (7), pp.1039. ⟨10.1001/jamaoncol.2020.1634⟩
DOI: DOI : 10.1001/jamaoncol.2020.1634
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titre: Deep Learning-Based Concurrent Brain Registration and Tumor Segmentation
auteur: Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Emilie Alvarez Andres, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Siddhartha Chandra, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Roger Sun, Charlotte Robert, Hugues Talbot, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article: Frontiers in Computational Neuroscience, 2020, Multimodal Brain Tumor Segmentation and Beyond, ⟨10.3389/fncom.2020.00017⟩
DOI: DOI : 10.3389/fncom.2020.00017
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titre: Shaping for PET image analysis
auteur: Eloïse Grossiord, Nicolas Passat, Hugues Talbot, Benoît Naegel, Salim Kanoun, Ilan Tal, Pierre Tervé, Soléakhéna Ken, Olivier Casasnovas, Michel Meignan, Laurent Najman
article: Pattern Recognition Letters, 2020, 131, pp.307-313. ⟨10.1016/j.patrec.2020.01.017⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.patrec.2020.01.017
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Conference papers

titre: Does Super-Resolution Improve OCR Performance in the Real World ? A Case Study on Images of Receipts
auteur: Vivien Robert, Hugues Talbot
article: ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abu Dhabi, United Arab Emirates. pp.548-552, ⟨10.1109/ICIP40778.2020.9191067⟩
DOI: DOI : 10.1109/ICIP40778.2020.9191067
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titre: CGO: Multiband Astronomical Source Detection With Component-Graphs
auteur: Thanh Xuan Nguyen, Giovanni Chierchia, Laurent Najman, Aku Venhola, Caroline Haigh, Reynier Peletier, Michael H.F. Wilkinson, Hugues Talbot, Benjamin Perret
article: ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abu Dhabi, United Arab Emirates. pp.16-20, ⟨10.1109/ICIP40778.2020.9191276⟩
DOI: DOI : 10.1109/ICIP40778.2020.9191276
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Reports

titre: AI-based multi-modal integration (ScanCov scores) of clinical characteristics, lab tests and chest CTs improves COVID-19 outcome prediction of hospitalized patients
auteur: Nathalie Lassau, Samy Ammari, Emilie Chouzenoux, Hugo Gortais, Paul Herent, Matthieu Devilder, Samer Soliman, Olivier Meyrignac, Marie-Pauline Talabard, Jean-Philippe Lamarque, Rémy Dubois, Nicolas Loiseau, Paul Trichelair, Etienne Bendjebbar, Gabriel C Garcia, Corinne Balleyguier, Mansouria Merad, Annabelle Stoclin, Simon Jegou, Franck Griscelli, Nicolas Tetelboum, Yingping Li, Sagar Verma, Matthieu Terris, Tasnim Dardouri, Kavya Gupta, Ana Neacsu, Frank Chemouni, Meriem Sefta, Paul Jehanno, Imad Bousaid, Yannick Boursin, Emmanuel Planchet, Mikael Azoulay, Jocelyn Dachary, Fabien Brulport, Adrián González, Olivier Dehaene, Jean-Baptiste Schiratti, Kathryn Schutte, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot, Elodie Pronier, Gilles Wainrib, Thomas Clozel, Fabrice Barlesi, Marie-France Bellin, Michael G B Blum
article: [Research Report] Inria Saclay Ile de France. 2020
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2019

Journal articles

titre: Three-dimensional conditional random field for the dermal–epidermal junction segmentation
auteur: Julie Robic, Benjamin Perret, Alex Nkengne, Michel Couprie, Hugues Talbot
article: Journal of Medical Imaging, 2019, 6 (02), pp.1. ⟨10.1117/1.JMI.6.2.024003⟩
DOI: DOI : 10.1117/1.JMI.6.2.024003
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titre: Generation of patient-specific cardiac vascular networks: a hybrid image-based and synthetic geometric model
auteur: Clara Jaquet, Laurent Najman, Hugues Talbot, Leo Grady, Michiel Schaap, Buzzy Spain, Hyun Jin Kim, Irene Vignon-Clementel, Charles A. Taylor
article: IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 2019, 66 (4), pp.946-955. ⟨10.1109/TBME.2018.2865667⟩
DOI: DOI : 10.1109/TBME.2018.2865667
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titre: High throughput automated detection of axial malformations in Medaka fish embryo
auteur: Diane Genest, Élodie Puybareau, Marc Léonard, Jean Cousty, Noémie de Crozé, Hugues Talbot
article: Computers in Biology and Medicine, 2019, 105, pp.157-168. ⟨10.1016/j.compbiomed.2018.12.016⟩
DOI: DOI : 10.1016/j.compbiomed.2018.12.016
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titre: Shape-based analysis on component-graphs for multivalued image processing
auteur: Eloïse Grossiord, Benoît Naegel, Hugues Talbot, Laurent Najman, Nicolas Passat
article: Mathematical Morphology - Theory and Applications, 2019, 3 (1), pp.45-70. ⟨10.1515/mathm-2019-0003⟩
DOI: DOI : 10.1515/mathm-2019-0003
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titre: nD variational restoration of curvilinear structures with prior-based directional regularization
auteur: Odyssée Merveille, Benoît Naegel, Hugues Talbot, Nicolas Passat
article: IEEE Transactions on Image Processing, 2019, 28 (8), pp.3848-3859. ⟨10.1109/TIP.2019.2901706⟩
DOI: DOI : 10.1109/TIP.2019.2901706
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Conference papers

titre: Using Separated Inputs for Multimodal Brain Tumor Segmentation with 3D U-Net-like Architectures
auteur: N. Boutry, J. Chazalon, E. Puybareau, G. Tochon, Hugues Talbot, T. Géraud
article: Brainlesion: Glioma, Multiple Sclerosis, Stroke and Traumatic Brain Injuries: 5th International Workshop,, Oct 2019, Shenzhen, China. pp.187-199, ⟨10.1007/978-3-030-46640-4_18⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-46640-4_18
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titre: Spherical Fluorescent Particle Segmentation and Tracking in 3D Confocal Microscopy
auteur: Élodie Puybareau, Edwin Carlinet, Alessandro Benfenati, Hugues Talbot
article: ISMM 2019 - 14th International Symposium on Mathematical Morphology, Bernhard Burgeth; Andreas Kleefeld; Benoît Naegel; Nicolas Passat; Benjamin Perret, Jul 2019, Saarbrücken, Germany. pp.520-531, ⟨10.1007/978-3-030-20867-7_40⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-20867-7_40
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titre: Self-dual pattern spectra for characterising the dermal-epidermal junction in 3D reflectance confocal microscopy imaging
auteur: Julie Robic, Benjamin Perret, Alex Nkengne, Michel Couprie, Hugues Talbot
article: ISMM 2019 - International Symposium on Mathematical Morphology and Its Applications to Signal and Image Processing, Jul 2019, Saarbrücken, Germany. pp.508-519, ⟨10.1007/978-3-030-20867-7_39⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-20867-7_39
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titre: Atlas-based automated detection of swim bladder in Medaka embryo
auteur: Diane Genest, Marc Léonard, Jean Cousty, Noémie de Crozé, Hugues Talbot
article: ISMM 2019 - International Symposium on Mathematical Morphology and Its Application to Signal and Image Processing, Bernhard Burgeth; Andreas Kleefeld; Benoit Naegel; Nicolas Passat; Benjamin Perret, Jul 2019, Saarbrücken, Germany. pp.496-507, ⟨10.1007/978-3-030-20867-7_38⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-20867-7_38
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titre: Digital Curvature Evolution Model for Image Segmentation
auteur: Daniel Antunes, Jacques-Olivier Lachaud, Hugues Talbot
article: DGCI 2019 - International Conference on Discrete Geometry for Computer Imagery, Mar 2019, Noisy-le-Grand, France. pp.15-26, ⟨10.1007/978-3-030-14085-4_2⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-14085-4_2
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Preprints, Working Papers, ...

titre: Hyperprogressive disease during immunotherapy: an attempt to clarify different definitions
auteur: Baptiste Kas, Hugues Talbot, Roberto Ferrara, C Richard, Benjamin Besse, Laura Mezquita, Nathalie Lassau, Caroline Caramella
article: 2019
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2018

Journal articles

titre: Curvilinear structure analysis by ranking the orientation responses of path operators
auteur: Odyssée Merveille, Hugues Talbot, Laurent Najman, Nicolas Passat
article: IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 2018, 40 (2), pp.304-317. ⟨10.1109/TPAMI.2017.2672972⟩
DOI: DOI : 10.1109/TPAMI.2017.2672972
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Conference papers

titre: Coronary artery centerline tracking with the Morphological Skeleton Loss
auteur: Mario Viti, Hugues Talbot, Bassam Abdallah, Etienne Perot, Nicolas Gogin
article: IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), Oct 2018, Bordeaux, France. ⟨10.1109/ICIP46576.2022.9897385⟩
DOI: DOI : 10.1109/ICIP46576.2022.9897385
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titre: A Multicore Convex Optimization Algorithm with Applications to Video Restoration
auteur: Feriel Abboud, Emilie Chouzenoux, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot
article: IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2018, Athens, Greece
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titre: Segmentation 3D des lésions du lymphome à partir de descripteurs multimodaux TEP/TDM
auteur: Eloïse Grossiord, Hugues Talbot, Nicolas Passat, Michel Meignan, Laurent Najman
article: Journée thématique du GdR ISIS : "Segmentation d'images biomédicales : quels outils pour l'analyse des données massives, hétérogènes et multimodales ?", 2018, Paris, France
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Proceedings

titre: Reproducible Research in Pattern Recognition, Second International Workshop, RRPR 2018
auteur: Bertrand Kerautret, Miguel Colom, Daniel Lopresti, Pascal Monasse, Hugues Talbot
article: Reproducible Research in Pattern Recognition, Second International Workshop, RRPR 2018, Lecture Notes in Computer Science, 11455, Springer Cham, 2018, 978-3-030-23986-2. ⟨10.1007/978-3-030-23987-9⟩
DOI: DOI : 10.1007/978-3-030-23987-9
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Preprints, Working Papers, ...

titre: A Variational Method for Flicker Removal in High Speed Video Sequences
auteur: Ali Kanj, Hugues Talbot, Jean-Christophe Pesquet, Raoul Rodriguez Luparello
article: 2018
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