Publications HAL de hugues, talbot

2021

Journal articles

titre
Myocardial Perfusion Simulation for Coronary Artery Disease: A Coupled Patient-Specific Multiscale Model
auteur
Lazaros Papamanolis, Hyun Kim, Clara Jaquet, Matthew Sinclair, Michiel Schaap, Ibrahim Danad, Pepijn van Diemen, Paul Knaapen, Laurent Najman, Hugues Talbot, Charles Taylor, Irene Vignon-Clementel
article
Annals of Biomedical Engineering, Springer Verlag, 2021, 49, pp.1432-1447. ⟨10.1007/s10439-020-02681-z⟩
DOI
DOI : 10.1007/s10439-020-02681-z
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03036457/file/Papamanolis2020_Article_MyocardialPerfusionSimulationF.pdf BibTex
titre
Deep learning‐enabled imaging flow cytometry for high‐speed Cryptosporidium and Giardia detection
auteur
Shaobo Luo, Tarik Bourouina, Giovanni Chierchia, Hugues Talbot, Ai-Qun Liu, Yuzhi Shi, Kim Truc Nguyen, Shilun Feng, Ahmed Elsayed
article
Cytometry Part A, Wiley, 2021, ⟨10.1002/cyto.a.24321⟩
DOI
DOI : 10.1002/cyto.a.24321
Accès au bibtex
BibTex
titre
An Elastica-driven Digital Curve Evolution Model for Image Segmentation
auteur
Daniel Antunes, Jacques-Olivier Lachaud, Hugues Talbot
article
Journal of Mathematical Imaging and Vision, Springer Verlag, 2021, 63 (1), pp.1-17. ⟨10.1007/s10851-020-00983-4⟩
DOI
DOI : 10.1007/s10851-020-00983-4
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03144926/file/Antunes_etal_Digital_Elastica.pdf BibTex
titre
Clinical validation of a computer‐based approach for the quantification of the skin ageing process of women using in vivo confocal microscopy
auteur
Julie Robic, Alex Nkengne, Benjamin Perret, Michel Couprie, Hugues Talbot, Giovanni Pellacani, Katell Vie
article
Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology, Wiley, 2021, 35 (1), ⟨10.1111/jdv.16810⟩
DOI
DOI : 10.1111/jdv.16810
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03144931/file/Letter_RCM_Draft.pdf BibTex
titre
Integrating deep learning CT-scan model, biological and clinical variables to predict severity of COVID-19 patients
auteur
Nathalie Lassau, Samy Ammari, Emilie Chouzenoux, Hugo Gortais, Paul Herent, Matthieu Devilder, Samer Soliman, Olivier Meyrignac, Marie-Pauline Talabard, Jean-Philippe Lamarque, Remy Dubois, Nicolas Loiseau, Paul Trichelair, Etienne Bendjebbar, Gabriel Garcia, Corinne Balleyguier, Mansouria Merad, Annabelle Stoclin, Simon Jegou, Franck Griscelli, Nicolas Tetelboum, Yingping Li, Sagar Verma, Matthieu Terris, Tasnim Dardouri, Kavya Gupta, Ana Neacsu, Frank Chemouni, Meriem Sefta, Paul Jehanno, Imad Bousaid, Yannick Boursin, Emmanuel Planchet, Mikael Azoulay, Jocelyn Dachary, Fabien Brulport, Adrian Gonzalez, Olivier Dehaene, Jean-Baptiste Schiratti, Kathryn Schutte, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot, Elodie Pronier, Gilles Wainrib, Thomas Clozel, Fabrice Barlesi, Marie-France Bellin, Michael Blum
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, In press, 12 (634), ⟨10.1038/s41467-020-20657-4⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-020-20657-4
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03136018/file/s41467-020-20657-4.pdf BibTex
titre
Influence of Magnetic Field Strength on Magnetic Resonance Imaging Radiomics Features in Brain Imaging, an In Vitro and In Vivo Study
auteur
Samy Ammari, Stéphanie Pitre-Champagnat, Laurent Dercle, Emilie Chouzenoux, Salma Moalla, Sylvain Reuze, Hugues Talbot, Tite Mokoyoko, Joya Hadchiti, Sebastien Diffetocq, Andreas Volk, Mickeal El Haik, Sara Lakiss, Corinne Balleyguier, Nathalie Lassau, Francois Bidault
article
Frontiers in Oncology, Frontiers, 2021, ⟨10.3389/fonc.2020.541663⟩
DOI
DOI : 10.3389/fonc.2020.541663
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03117688/file/fonc-10-541663.pdf BibTex

Conference papers

titre
Geo-Spatiotemporal Features and Shape-Based Prior Knowledge for Fine-grained Imbalanced Data Classification
auteur
Charles Kantor, Marta Skreta, Brice Rauby, Léonard Boussioux, Emmanuel Jehanno, Alexandra Luccioni, David Rolnick, Hugues Talbot
article
IJCAI 2021 - Workshop on AI for Social Good, Jan 2021, Tokyo, Japan
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03150686/file/IJCAI.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Machine Learning-Based Pipeline for High Accuracy Bioparticle Sizing
auteur
Shaobo Luo, Yi Zhang, Kim Truc Nguyen, Shilun Feng, Yuzhi Shi, Yang Liu, Paul Hutchinson, Giovanni Chierchia, Hugues Talbot, Tarik Bourouina, Xudong Jiang, Ai Liu
article
Micromachines, MDPI, 2020, 11 (12), pp.1084. ⟨10.3390/mi11121084⟩
DOI
DOI : 10.3390/mi11121084
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03144923/file/micromachines-11-01084-v3.pdf BibTex
titre
Efficient position estimation of 3D fluorescent spherical beads in confocal microscopy via Poisson denoising
auteur
Alessandro Benfenati, Francesco Bonacci, Tarik Bourouina, Hugues Talbot
article
Journal of Mathematical Imaging and Vision, Springer Verlag, 2020, 63 (1), pp.56-72. ⟨10.1007/s10851-020-00994-1⟩
DOI
DOI : 10.1007/s10851-020-00994-1
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02150316/file/Benfenati2021_Article_EfficientPositionEstimationOf3.pdf BibTex
titre
Automated segmentation of thick confocal microscopy 3D images for the measurement of white matter volumes in zebrafish brains
auteur
Sylvain Lempereur, Arnim Jenett, Elodie Machado, Ignacio Arganda-Carreras, Matthieu Simion, Pierre Affaticati, Jean-Stéphane Joly, Hugues Talbot
article
Mathematical Morphology - Theory and Applications, De Gruyter 2020, 4 (1), pp.31-45. ⟨10.1515/mathm-2020-0100⟩
DOI
DOI : 10.1515/mathm-2020-0100
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03144939/file/10.1515_mathm-2020-0100%20%281%29.pdf BibTex
titre
Clarification of Definitions of Hyperprogressive Disease During Immunotherapy for Non–Small Cell Lung Cancer
auteur
Baptiste Kas, Hugues Talbot, Roberto Ferrara, Colombe Richard, Jean-Philippe Lamarque, Stéphanie Pitre-Champagnat, David Planchard, Corinne Balleyguier, Benjamin Besse, Laura Mezquita, Nathalie Lassau, Caroline Caramella
article
JAMA oncology, American Medical Association, 2020, 6 (7), pp.1039. ⟨10.1001/jamaoncol.2020.1634⟩
DOI
DOI : 10.1001/jamaoncol.2020.1634
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03144929/file/Article%20definitions%20HPD.pdf BibTex
titre
Deep Learning-Based Concurrent Brain Registration and Tumor Segmentation
auteur
Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Emilie Andres, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Siddhartha Chandra, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Roger Sun, Charlotte Robert, Hugues Talbot, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
Frontiers in Computational Neuroscience, Frontiers, 2020, Multimodal Brain Tumor Segmentation and Beyond, ⟨10.3389/fncom.2020.00017⟩
DOI
DOI : 10.3389/fncom.2020.00017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02974826/file/Frontiers%281%29.pdf BibTex
titre
Shaping for PET image analysis
auteur
Eloïse Grossiord, Nicolas Passat, Hugues Talbot, Benoît Naegel, Salim Kanoun, Ilan Tal, Pierre Tervé, Soléakhéna Ken, Olivier Casasnovas, Michel Meignan, Laurent Najman
article
Pattern Recognition Letters, Elsevier, 2020, 131, pp.307-313. ⟨10.1016/j.patrec.2020.01.017⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.patrec.2020.01.017
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02155801/file/Grossiord%20PRL%202019.pdf BibTex

Conference papers

titre
Does Super-Resolution Improve OCR Performance in the Real World ? A Case Study on Images of Receipts
auteur
Vivien Robert, Hugues Talbot
article
ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abu Dhabi, United Arab Emirates. pp.548-552, ⟨10.1109/ICIP40778.2020.9191067⟩
DOI
DOI : 10.1109/ICIP40778.2020.9191067
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03144925/file/SuperResolution_ICIP_2020.pdf BibTex
titre
CGO: Multiband Astronomical Source Detection With Component-Graphs
auteur
Thanh Xuan Nguyen, Giovanni Chierchia, Laurent Najman, Aku Venhola, Caroline Haigh, Reynier Peletier, Michael H.F. Wilkinson, Hugues Talbot, Benjamin Perret
article
ICIP 2020 - IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2020, Abu Dhabi, United Arab Emirates. pp.16-20, ⟨10.1109/ICIP40778.2020.9191276⟩
DOI
DOI : 10.1109/ICIP40778.2020.9191276
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03132048/file/ICIP_2020_Submitted.pdf BibTex

Reports

titre
AI-based multi-modal integration (ScanCov scores) of clinical characteristics, lab tests and chest CTs improves COVID-19 outcome prediction of hospitalized patients
auteur
Nathalie Lassau, Samy Ammari, Emilie Chouzenoux, Hugo Gortais, Paul Herent, Matthieu Devilder, Samer Soliman, Olivier Meyrignac, Marie-Pauline Talabard, Jean-Philippe Lamarque, Rémy Dubois, Nicolas Loiseau, Paul Trichelair, Etienne Bendjebbar, Gabriel Garcia, Corinne Balleyguier, Mansouria Merad, Annabelle Stoclin, Simon Jegou, Franck Griscelli, Nicolas Tetelboum, Yingping Li, Sagar Verma, Matthieu Terris, Tasnim Dardouri, Kavya Gupta, Ana Neacsu, Frank Chemouni, Meriem Sefta, Paul Jehanno, Imad Bousaid, Yannick Boursin, Emmanuel Planchet, Mikael Azoulay, Jocelyn Dachary, Fabien Brulport, Adrián González, Olivier Dehaene, Jean-Baptiste Schiratti, Kathryn Schutte, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot, Elodie Pronier, Gilles Wainrib, Thomas Clozel, Fabrice Barlesi, Marie-France Bellin, Michael Blum
article
[Research Report] Inria Saclay Ile de France. 2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02586111/file/scancovidia_merged.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Distributed Algorithms for Scalable Proximity Operator Computation and Application to Video Denoising
auteur
Feriel Abboud, Emilie Chouzenoux, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot
article
2020
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01942710/file/distributed_elsevier_hal.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Three-dimensional conditional random field for the dermal–epidermal junction segmentation
auteur
Julie Robic, Benjamin Perret, Alex Nkengne, Michel Couprie, Hugues Talbot
article
Journal of Medical Imaging, SPIE Digital Library, 2019, 6 (02), pp.1. ⟨10.1117/1.JMI.6.2.024003⟩
DOI
DOI : 10.1117/1.JMI.6.2.024003
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02155490/file/JMI-18250RR_online.pdf BibTex
titre
Generation of patient-specific cardiac vascular networks: a hybrid image-based and synthetic geometric model
auteur
Clara Jaquet, Laurent Najman, Hugues Talbot, Leo Grady, Michiel Schaap, Buzzy Spain, Hyun Kim, Irene Vignon-Clementel, Charles Taylor
article
IEEE Transactions on Biomedical Engineering, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2019, 66 (4), pp.946-955. ⟨10.1109/TBME.2018.2865667⟩
DOI
DOI : 10.1109/TBME.2018.2865667
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01869264/file/bare_jrnl.pdf BibTex
titre
High throughput automated detection of axial malformations in Medaka fish embryo
auteur
Diane Genest, Élodie Puybareau, Marc Léonard, Jean Cousty, Noémie de Crozé, Hugues Talbot
article
Computers in Biology and Medicine, Elsevier, 2019, 105, pp.157-168. ⟨10.1016/j.compbiomed.2018.12.016⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.compbiomed.2018.12.016
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01959606/file/High%20throughput%20automated%20detection%20of%20axial%20malformations_unmarked.pdf BibTex
titre
nD variational restoration of curvilinear structures with prior-based directional regularization
auteur
Odyssée Merveille, Benoît Naegel, Hugues Talbot, Nicolas Passat
article
IEEE Transactions on Image Processing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2019, 28 (8), pp.3848-3859. ⟨10.1109/TIP.2019.2901706⟩
DOI
DOI : 10.1109/TIP.2019.2901706
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01832636/file/Merveille%20TIP%202019.pdf BibTex
titre
Shape-based analysis on component-graphs for multivalued image processing
auteur
Eloïse Grossiord, Benoît Naegel, Hugues Talbot, Laurent Najman, Nicolas Passat
article
Mathematical Morphology - Theory and Applications, De Gruyter 2019, 3 (1), pp.45-70. ⟨10.1515/mathm-2019-0003⟩
DOI
DOI : 10.1515/mathm-2019-0003
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.univ-reims.fr/hal-01695384/file/Grossiord%20MMTA%202018.pdf BibTex

Conference papers

titre
Self-dual pattern spectra for characterising the dermal-epidermal junction in 3D reflectance confocal microscopy imaging
auteur
Julie Robic, Benjamin Perret, Alex Nkengne, Michel Couprie, Hugues Talbot
article
ISMM 2019 - International Symposium on Mathematical Morphology and Its Applications to Signal and Image Processing, Jul 2019, Saarbrücken, Germany. pp.508-519, ⟨10.1007/978-3-030-20867-7_39⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-20867-7_39
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02169702/file/Robic%20-%20ISMM%202019%20-%20Self-dual%20pattern%20spectra%20for%20characterising%20the%20dermal-epidermal%20junction%20in%203D%20reflectance%20confocal%20microscopy%20imaging..pdf BibTex
titre
Atlas-based automated detection of swim bladder in Medaka embryo
auteur
Diane Genest, Marc Léonard, Jean Cousty, Noémie de Crozé, Hugues Talbot
article
ISMM 2019 - International Symposium on Mathematical Morphology and Its Application to Signal and Image Processing, Bernhard Burgeth; Andreas Kleefeld; Benoit Naegel; Nicolas Passat; Benjamin Perret, Jul 2019, Saarbrücken, Germany. pp.496-507, ⟨10.1007/978-3-030-20867-7_38⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-20867-7_38
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02019658/file/Atlas-based_automated_detection_of_swim_bladder_in_medaka_fish_embryo.pdf BibTex
titre
Spherical Fluorescent Particle Segmentation and Tracking in 3D Confocal Microscopy
auteur
Élodie Puybareau, Edwin Carlinet, Alessandro Benfenati, Hugues Talbot
article
ISMM 2019 - 14th International Symposium on Mathematical Morphology, Bernhard Burgeth; Andreas Kleefeld; Benoît Naegel; Nicolas Passat; Benjamin Perret, Jul 2019, Saarbrücken, Germany. pp.520-531, ⟨10.1007/978-3-030-20867-7_40⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-20867-7_40
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02426948/file/main.pdf BibTex
titre
Digital Curvature Evolution Model for Image Segmentation
auteur
Daniel Antunes, Jacques-Olivier Lachaud, Hugues Talbot
article
DGCI 2019 - International Conference on Discrete Geometry for Computer Imagery, Mar 2019, Noisy-le-Grand, France. pp.15-26, ⟨10.1007/978-3-030-14085-4_2⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-14085-4_2
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02426946/file/digital-curvature-boundary-correction.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Hyperprogressive disease during immunotherapy: an attempt to clarify different definitions
auteur
Baptiste Kas, Hugues Talbot, Roberto Ferrara, C Richard, Benjamin Besse, Laura Mezquita, Nathalie Lassau, Caroline Caramella
article
2019
Accès au bibtex
BibTex

2018

Journal articles

titre
Curvilinear structure analysis by ranking the orientation responses of path operators
auteur
Odyssée Merveille, Hugues Talbot, Laurent Najman, Nicolas Passat
article
IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2018, 40 (2), pp.304-317. ⟨10.1109/TPAMI.2017.2672972⟩
DOI
DOI : 10.1109/TPAMI.2017.2672972
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01262728/file/RORPO_PAMI_v3.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Multicore Convex Optimization Algorithm with Applications to Video Restoration
auteur
Feriel Abboud, Emilie Chouzenoux, Jean-Christophe Pesquet, Hugues Talbot
article
IEEE International Conference on Image Processing, Oct 2018, Athens, Greece
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01862210/file/Template.pdf BibTex
titre
Segmentation 3D des lésions du lymphome à partir de descripteurs multimodaux TEP/TDM
auteur
Eloïse Grossiord, Hugues Talbot, Nicolas Passat, Michel Meignan, Laurent Najman
article
Journée thématique du GdR ISIS : "Segmentation d'images biomédicales : quels outils pour l'analyse des données massives, hétérogènes et multimodales ?", 2018, Paris, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.univ-reims.fr/hal-01745773/file/Grossiord%20ISIS%202018.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Reproducible Research in Pattern Recognition, Second International Workshop, RRPR 2018
auteur
Bertrand Kerautret, Miguel Colom, Daniel Lopresti, Pascal Monasse, Hugues Talbot
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal-enpc.archives-ouvertes.fr/hal-02172999/file/preface.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A Variational Method for Flicker Removal in High Speed Video Sequences
auteur
Ali Kanj, Hugues Talbot, Jean-Christophe Pesquet, Raoul Luparello
article
2018
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01729639/file/arxiv.pdf BibTex