2025

Journal articles

titre

Multimodal CustOmics: A unified and interpretable multi-task deep learning framework for multimodal integrative data analysis in oncology

auteur

Hakim Benkirane, Maria Vakalopoulou, David Planchard, Julien Adam, Ken Olaussen, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède

article

PLoS Computational Biology, 2025, 21 (6), pp.e1013012. ⟨10.1371/journal.pcbi.1013012⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pcbi.1013012

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titre

Renal Transplant Survival Prediction From Unsupervised Deep Learning-Based Radiomics on Early Dynamic Contrast-Enhanced MRI

auteur

Léo Milecki, Sylvain Bodard, Vicky Kalogeiton, Florence Poinard, Anne-Marie Tissier, Idris Boudhabhay, Jean-Michel Correas, Dany Anglicheau, Maria Vakalopoulou, Marc-Olivier Timsit

article

Academic Radiology, 2025, ⟨10.1016/j.acra.2025.05.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.acra.2025.05.001

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2024

Journal articles

titre

Prognostic value of automated assessment of interstitial lung disease on CT in systemic sclerosis

auteur

Aëlle Le Gall, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Raphaël Porcher, Bertrand Dunogué, Alice Berezné, Loïc Guillevin, Véronique Le Guern, Pascal Cohen, Benjamin Chaigne, Jonathan London, Matthieu Groh, Romain Paule, Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Anh-Tuan Dinh-Xuan, Marie Pierre Revel, Luc Mouthon, Alexis Régent

article

Rheumatology, 2024, 63 (1), pp.103-110. ⟨10.1093/rheumatology/kead164⟩

DOI

DOI : 10.1093/rheumatology/kead164

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Conference papers

titre

You Don't Need Domain-Specific Data Augmentations When Scaling Self-Supervised Learning

auteur

Théo Moutakanni, Maxime Oquab, Marc Szafraniec, Maria Vakalopoulou, Piotr Bojanowski

article

NeurIPS 2024 - The Thirty-Eighth Annual Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2024, Vancouver, Canada

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titre

ADAPT: Multimodal Learning for Detecting Physiological Changes under Missing Modalities

auteur

Julie Mordacq, Leo Milecki, Maria Vakalopoulou, Steve Oudot, Vicky Kalogeiton

article

MIDL 2024 - Medical Imaging with Deep Learning, Jul 2024, Paris, France

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titre

Counterfactual Analysis for Digital Histopathology Slides Using Human Interpretable Features

auteur

Hakim Benkirane, Maria Vakalopoulou, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède, William Lotter

article

MIDL 2024 - Medical Imaging with Deep Learning, Jul 2024, Paris, France. Online ahead of print

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titre

SI-MIL: Taming Deep MIL for Self-Interpretability in Gigapixel Histopathology

auteur

Saarthak Kapse, Pushpak Pati, Srijan Das, Jingwei Zhang, Chao Chen, Maria Vakalopoulou, Joel Saltz, Dimitris Samaras, Rajarsi R. Gupta, Prateek Prasanna

article

CVPR 2024 - Computer Vision and Pattern Recognition, Jun 2024, Seattle, United States. ⟨10.1109/CVPR52733.2024.01067⟩

DOI

DOI : 10.1109/CVPR52733.2024.01067

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titre

Multimodal Learning for Detecting Stress under Missing Modalities

auteur

Julie Mordacq, Leo Milecki, Maria Vakalopoulou, Steve Oudot, Vicky Kalogeiton

article

WiCV 2024 - Women in Computer Vision workshop In conjunction with CVPR, Jun 2024, Seattle, United States

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titre

Diffusion models for nuclei segmentation in low data regimes

auteur

Konstantinos Alexis, Stergios Christodoulidis, Dimitrios Gunopulos, Maria Vakalopoulou

article

IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, May 2024, Athens, Greece

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Preprints, Working Papers, ...

titre

GHOST: Graph-based Higher-Order Similarity Transformation for Classification

auteur

Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

2024

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2023

Journal articles

titre

Trastuzumab deruxtecan in metastatic breast cancer with variable HER2 expression: the phase 2 DAISY trial

auteur

Fernanda Mosele, Elise Deluche, Amelie Lusque, Loïc Le Bescond, Thomas Filleron, Yoann Pradat, Agnes Ducoulombier, Barbara Pistilli, Thomas Bachelot, Frederic Viret, Christelle Levy, Nicolas Signolle, Alexia Alfaro, Diep T N Tran, Ingrid Judith Garberis, Hugues Talbot, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou, Nathalie Droin, Aurelie Stourm, Maki Kobayashi, Tomoya Kakegawa, Ludovic Lacroix, Patrick Saulnier, Bastien Job, Marc Deloger, Marta Jimenez, Celine Mahier, Vianney Baris, Pierre Laplante, Patricia Kannouche, Virginie Marty, Magali Lacroix-Triki, Veronique Diéras, Fabrice André

article

Nature Medicine, 2023, 29 (8), pp.2110 - 2120. ⟨10.1038/s41591-023-02478-2⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41591-023-02478-2

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titre

Learn2Reg: Comprehensive Multi-Task Medical Image Registration Challenge, Dataset and Evaluation in the Era of Deep Learning

auteur

Alessa Hering, Lasse Hansen, Tony Mok, Albert Chung, Hanna Siebert, Stephanie Hager, Annkristin Lange, Sven Kuckertz, Stefan Heldmann, Wei Shao, Sulaiman Vesal, Mirabela Rusu, Geoffrey Sonn, Theo Estienne, Maria Vakalopoulou, Luyi Han, Yunzhi Huang, Pew-Thian Yap, Mikael Brudfors, Yael Balbastre, Samuel Joutard, Marc Modat, Gal Lifshitz, Dan Raviv, Jinxin Lv, Qiang Li, Vincent Jaouen, Dimitris Visvikis, Constance Fourcade, Mathieu Rubeaux, Wentao Pan, Zhe Xu, Bailiang Jian, Francesca de Benetti, Marek Wodzinski, Niklas Gunnarsson, Jens Sjolund, Daniel Grzech, Huaqi Qiu, Zeju Li, Alexander Thorley, Jinming Duan, Christoph Grosbrohmer, Andrew Hoopes, Ingerid Reinertsen, Yiming Xiao, Bennett Landman, Yuankai Huo, Keelin Murphy, Nikolas Lessmann, Bram van Ginneken, Adrian Dalca, Mattias Heinrich

article

IEEE Transactions on Medical Imaging, 2023, 42 (3), pp.697-712. ⟨10.1109/TMI.2022.3213983⟩

DOI

DOI : 10.1109/TMI.2022.3213983

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titre

Dosiomics-Based Prediction of Radiation-Induced Valvulopathy after Childhood Cancer

auteur

Stefania Chounta, Rodrigue S. Allodji, Maria Vakalopoulou, Mahmoud Bentriou, Duyen Thi Do, Florent de Vathaire, Ibrahima Sory Diallo, Brice C. Fresneau, Thibaud Charrier, Vincent Zossou, Stergios Christodoulidis, Sarah Lemler, Véronique Letort Le Chevalier

article

Cancers, 2023, 15 (12), ⟨10.3390/cancers15123107⟩

DOI

DOI : 10.3390/cancers15123107

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Conference papers

titre

Certification of Deep Learning Models for Medical Image Segmentation

auteur

Othmane Laousy, Alexandre Araujo, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie Pierre Revel, Maria Vakalopoulou

article

MICCAI 2023 - 26th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2023, Vancouver (BC), Canada. pp.611-621, ⟨10.1007/978-3-031-43901-8_58⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-43901-8_58

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titre

Structured State Space Models for Multiple Instance Learning in Digital Pathology

auteur

Leo Fillioux, Joseph Boyd, Maria Vakalopoulou, Paul-Henry P.-H. Cournède, Stergios Christodoulidis

article

MICCAI 2023, Oct 2023, Vancouver, Canada. ⟨10.1007/978-3-031-43907-0_57⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-43907-0_57

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titre

SAM-Path: A Segment Anything Model for Semantic Segmentation in Digital Pathology

auteur

Jingwei Zhang, Ke Ma, Saarthak Kapse, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Prateek Prasanna, Dimitris Samaras

article

MICCAI 2023 - Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2023, Vancouver, Canada. pp.161-170, ⟨10.1007/978-3-031-47401-9_16⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-47401-9_16

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titre

Prompt-MIL: Boosting Multi-instance Learning Schemes via Task-Specific Prompt Tuning

auteur

Jingwei Zhang, Saarthak Kapse, Ke Ma, Prateek Prasanna, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Dimitris Samaras

article

MICCAI 2023 - 26th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2023, Vancouver, Canada. pp.624-634, ⟨10.1007/978-3-031-43993-3_60⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-43993-3_60

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titre

On the detection of Out-Of-Distribution samples in Multiple Instance Learning

auteur

Loïc Le Bescond, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Fabrice Andre, Hugues Talbot

article

Uncertainty Estimation for Computer Vision, ICCV2023 Workshop, Oct 2023, Paris, France

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titre

Spatio-Temporal Analysis of Patient-Derived Organoid Videos Using Deep Learning for the Prediction of Drug Efficacy

auteur

Leo Fillioux, Emilie Gontran, Jérôme Cartry, Jacques RR Mathieu, Sabrina Bedja, Alice Boilève, Paul-Henry Cournède, Fanny Jaulin, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou

article

ICCV workshop 2023, Oct 2023, Paris, France

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titre

Towards Better Certified Segmentation via Diffusion Models

auteur

Othmane Laousy, Alexandre Araujo, Guillaume Chassagnon, Marie-Pierre Revel, Siddharth Garg, Farshad Khorrami, Maria Vakalopoulou

article

UAI 2023 - The 39th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence -, Jul 2023, Pittsburgh (Pennsylvania), United States. pp.1185-1195

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titre

Have Foundational Models Seen Satellite Images?

auteur

Akash Panigrahi, Sagar Verma, Matthieu Terris, Maria Vakalopoulou

article

IGARSS 2023 - International Geoscience and Remote Sensing Symposium, IEEE, Jul 2023, Pasadena, United States

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titre

MEDIMP: 3D Medical Images with clinical Prompts from limited tabular data for renal transplantation

auteur

Leo Milecki, Vicky Kalogeiton, Sylvain Bodard, Dany Anglicheau, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou

article

MIDL 2023 - Medical Imaging with Deep Learning, Jul 2023, Nashville (Tennessee), United States

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titre

Differentiable Gamma Index-Based Loss Functions: Accelerating Monte-Carlo Radiotherapy Dose Simulation

auteur

Sonia Martinot, Nikos Komodakis, Maria Vakalopoulou, Norbert Bus, Charlotte Robert, Eric Deutsch, Nikos Paragios

article

Information Processing in Medical Imaging, Jun 2023, San Carlos De Bariloche, Argentina. pp.485-496, ⟨10.1007/978-3-031-34048-2_37⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-34048-2_37

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Book sections

titre

Deep learning: basics and convolutional neural networks (CNN)

auteur

Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Ninon Burgos, Olivier Colliot, Vincent Lepetit

article

Olivier Colliot. Machine Learning for Brain Disorders, Springer, 2023, ⟨10.1007/978-1-0716-3195-9_3⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-1-0716-3195-9_3

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2022

Journal articles

titre

Assessment of Functional and Nutritional Status and Skeletal Muscle Mass for the Prognosis of Critically Ill Solid Cancer Patients

auteur

Clara Vigneron, Othmane Laousy, Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Julien Charpentier, Jérôme Alexandre, Matthieu Jamme, Frédéric Pène

article

Cancers, 2022, 14 (23), pp.5870. ⟨10.3390/cancers14235870⟩

DOI

DOI : 10.3390/cancers14235870

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titre

Artificial intelligence in lung cancer: current applications and perspectives

auteur

Guillaume Chassagnon, Constance de Margerie-Mellon, Maria Vakalopoulou, Rafael Marini, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Marie-Pierre Revel, Philippe Soyer

article

Japanese Journal of Radiology, 2022, 41, ⟨10.1007/s11604-022-01359-x⟩

DOI

DOI : 10.1007/s11604-022-01359-x

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titre

Diversity of approaches in artificial intelligence: an opportunity for discoveries in thoracic imaging

auteur

Guillaume Chassagnon, Alienor Campredon, Maria Vakalopoulou, Pierre-Régis Burgel

article

European Respiratory Journal, 2022, 60 (1), pp.2200022. ⟨10.1183/13993003.00022-2022⟩

DOI

DOI : 10.1183/13993003.00022-2022

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Conference papers

titre

Hyper-AdaC: Adaptive clustering-based hypergraph representation of whole slide images for survival analysis

auteur

Hakim Benkirane, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Ingrid-Judith Garberis, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède

article

ML4H 2022 - Machine Learning for Health, Nov 2022, New Orelans, France. pp.405-418

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titre

Test-Time Image-to-Image Translation Ensembling Improves Out-of-Distribution Generalization in Histopathology

auteur

Marin Scalbert, Maria Vakalopoulou, Florent Couzinié-Devy

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2022: 25th International Conference, Singapore, September 18–22, 2022, Proceedings, Part II, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.120-129, ⟨10.1007/978-3-031-16434-7_12⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-16434-7_12

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titre

Unsupervised Nuclei Segmentation using Spatial Organization Priors

auteur

Loïc Le Bescond, Marvin Lerousseau, Ingrid Garberis, Fabrice André, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou, Hugues Talbot

article

MICCAI 2022 - 25th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.325-335

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titre

Region-Guided CycleGANs for Stain Transfer in Whole Slide Images

auteur

Joseph Boyd, Irène Villa, Marie-Christine Mathieu, Eric Deutsch, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis

article

MICCAI 2022 - 25th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.356-365, ⟨10.1007/978-3-031-16434-7_35⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-16434-7_35

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titre

Contrastive Masked Transformers for Forecasting Renal Transplant Function

auteur

Leo Milecki, Vicky Kalogeiton, Sylvain Bodard, Dany Anglicheau, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou

article

MICCAI 2022 - 25th International Confernce on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp 244-254, ⟨10.1007/978-3-031-16449-1_24⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-16449-1_24

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titre

Gigapixel Whole-Slide Images Classification Using Locally Supervised Learning

auteur

Jingwei Zhang, Xin Zhang, Ke Ma, Rajarsi Gupta, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Dimitris Samaras

article

MICCAI 2022 - 25th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Locally supervised learning; Whole slide image; Multiple instance learning; Classification, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.192-201, ⟨10.1007/978-3-031-16434-7_19⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-031-16434-7_19

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titre

Constrative Learning for Kidney Transplant Analysis using MRI data and Deep Convolutional Networks

auteur

Leo Milecki, Vicky Kalogeiton, Sylvain Bodard, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou

article

Medical Imaging with Deep Learning 2022, Jul 2022, Zürich, Switzerland

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2021

Journal articles

titre

COMBING: Clustering in Oncology for Mathematical and Biological Identification of Novel Gene Signatures

auteur

Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Roger Sun, Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Sergey Nikolaev, Émilie Alvarez Andres, Alexandre Carré, Stéphane Niyoteka, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Emilie Alvarez Andres, Eric Deutsch

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021, pp.1-1. ⟨10.1109/TCBB.2021.3123910⟩

DOI

DOI : 10.1109/TCBB.2021.3123910

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titre

Deep learning for lung disease segmentation on CT: Which reconstruction kernel should be used?

auteur

Trieu-Nghi Hoang-Thi, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel, Guillaume Chassagnon

article

Diagnostic and Interventional Imaging, 2021, 102 (11), pp.691-695. ⟨10.1016/j.diii.2021.10.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.diii.2021.10.001

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titre

Using chest CT scan and unsupervised machine learning for predicting and evaluating response to lumacaftor-ivacaftor in people with cystic fibrosis

auteur

Alienor Campredon, Enzo Battistella, Clémence Martin, Isabelle Durieu, Laurent Mely, Christophe Marguet, Chantal Belleguic, Marlène Murris-Espin, Raphaël Chiron, Annlyse Fanton, Stéphanie Bui, Martine Reynaud-Gaubert, Philippe Reix, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Maria Vakalopoulou, Marie-Pierre Revel, Jennifer da Silva, Pierre-Régis Burgel, Guillaume Chassagnon

article

European Respiratory Journal, 2021, pp.2101344. ⟨10.1183/13993003.01344-2021⟩

DOI

DOI : 10.1183/13993003.01344-2021

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titre

Unsupervised Multistep Deformable Registration of Remote Sensing Imagery Based on Deep Learning

auteur

Maria Papadomanolaki, Stergios Christodoulidis, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou

article

Remote Sensing, 2021, 13 (7), ⟨10.3390/rs13071294⟩

DOI

DOI : 10.3390/rs13071294

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titre

A Deep Multi-Task Learning Framework Coupling Semantic Segmentation and Fully Convolutional LSTM Networks for Urban Change Detection

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2021, ⟨10.1109/TGRS.2021.3055584⟩

DOI

DOI : 10.1109/TGRS.2021.3055584

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titre

AI-driven quantification, staging and outcome prediction of COVID-19 pneumonia

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Enzo Battistella, Stergios Christodoulidis, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Severine Dangeard, Eric Deutsch, Fabrice Andre, Enora Guillo, Nara Halm, Stefany El Hajj, Florian Bompard, Sophie Neveu, Chahinez Hani, Ines Saab, Aliénor Campredon, Hasmik Koulakian, Souhail Bennani, Gael Freche, Maxime Barat, Aurelien Lombard, Laure Fournier, Hippolyte Monnier, Téodor Grand, Jules Gregory, Yann Nguyen, Antoine Khalil, Elyas Mahdjoub, Pierre-Yves Brillet, Stéphane Tran Ba, Valérie Bousson, Ahmed Mekki, Robert-Yves Carlier, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios

article

Medical Image Analysis, 2021, 67, pp.101860. ⟨10.1016/j.media.2020.101860⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.media.2020.101860

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titre

Elastic Registration–driven Deep Learning for Longitudinal Assessment of Systemic Sclerosis Interstitial Lung Disease at CT

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Mihir Sahasrabudhe, Rafael Marini, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Anh-Tuan Dinh-Xuan, Bertrand Dunogué, Luc Mouthon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

Radiology, 2021, 298 (1), pp.189-198. ⟨10.1148/radiol.2020200319⟩

DOI

DOI : 10.1148/radiol.2020200319

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Conference papers

titre

Self-Supervised Representation Learning using Visual Field Expansion on Digital Pathology

auteur

Joseph Boyd, Mykola Liashuha, Eric Deutsch, Nikos Paragios, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou

article

2021 IEEE/CVF International Conference on Computer Vision Workshops (ICCVW), Oct 2021, Montreal, Canada. pp.639-647, ⟨10.1109/ICCVW54120.2021.00077⟩

DOI

DOI : 10.1109/ICCVW54120.2021.00077

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titre

Weakly Supervised Pan-Cancer Segmentation Tool

auteur

Marvin Lerousseau, Marion Classe, Enzo Battistella, Théo Estienne, Théophraste Henry, Amaury Leroy, Roger Sun, Maria Vakalopoulou, Jean-Yves Scoazec, Eric Deutsch, Nikos Paragios

article

Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2021, Stansbroug, France. pp.248-256, ⟨10.1007/978-3-030-87237-3_24⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-87237-3_24

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titre

SparseConvMIL: Sparse Convolutional Context-Aware Multiple Instance Learning for Whole Slide Image Classification

auteur

Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Eric Deutsch, Nikos Paragios

article

MICCAI Workshop on Computational Pathology, COMPAY@MICCAI 2021, Sep 2021, Strasbourg, France

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titre

Exploring Deep Registration Latent Spaces

auteur

Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Enzo Battistella, Théophraste Henry, Marvin Lerousseau, Amaury Leroy, Guillaume Chassagnon, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

DART in MICCAI 2021, the 24th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2021, Strasbourg, France. pp.112-122, ⟨10.1007/978-3-030-87722-4_11⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-87722-4_11

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titre

Deep Reinforcement Learning for L3 Slice Localization in Sarcopenia Assessment

auteur

Othmane Laousy, Guillaume Chassagnon, Edouard Oyallon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel, Maria Vakalopoulou

article

Machine Learning in Medical Imaging @MICCAI, Sep 2021, Strasbourg, France. pp.317-326, ⟨10.1007/978-3-030-87589-3_33⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-87589-3_33

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titre

Me-NDT: Neural-backed Decision Tree for visual Explainability of deep Medical models

auteur

Guanghui Fu, Ruiqian Wang, Jianqiang Li, Maria Vakalopoulou, Vicky Kalogeiton

article

Medical Imaging with Deep Learning 2021, Jul 2021, Lübeck, Germany

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titre

A Joint Spatial and Magnification Based Attention Framework for Large Scale Histopathology Classification

auteur

Jingwei Zhang, Ke Ma, John van Arman, Rajarsi Gupta, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Dimitris Samaras

article

2021 IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops (CVPRW), Jun 2021, Nashville, United States. ⟨10.1109/CVPRW53098.2021.00418⟩

DOI

DOI : 10.1109/CVPRW53098.2021.00418

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titre

3D Unsupervised Kidney Graft Segmentation Based on Deep Learning and Multi-Sequence MRI

auteur

Leo Milecki, Sylvain Bodard, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou

article

IEEE ISBI 2021 - International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2021, Nice / Virtual, France

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Book sections

titre

Deep Learning for the Earth Sciences

auteur

Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Nikos Paragios

article

Deep Learning for the Earth Sciences: A Comprehensive Approach to Remote Sensing, Climate Science, and Geosciences, 1, Wiley, 2021, ⟨10.1002/9781119646181.ch9⟩

DOI

DOI : 10.1002/9781119646181.ch9

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2020

Journal articles

titre

Radiomics to predict outcomes and abscopal response of patients with cancer treated with immunotherapy combined with radiotherapy using a validated signature of CD8 cells

auteur

Roger Sun, Nora Sundahl, Markus Hecht, Florian Putz, Andrea Lancia, Angela Rouyar, Marina Milic, Alexandre Carré, Enzo Battistella, Emilie Alvarez Andres, Stéphane Niyoteka, Edouard Romano, Guillaume Louvel, Jérôme Durand-Labrunie, Sophie Bockel, Rastilav Bahleda, Charlotte Robert, Celine Boutros, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Benjamin Frey, Jean-Charles Soria, Christophe Massard, Charles Ferté, Rainer Fietkau, Piet Ost, Udo Gaipl, Eric Deutsch

article

Journal for Immunotherapy of Cancer, 2020, 8 (2), pp.e001429. ⟨10.1136/jitc-2020-001429⟩

DOI

DOI : 10.1136/jitc-2020-001429

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titre

Dosimetry-Driven Quality Measure of Brain Pseudo Computed Tomography Generated From Deep Learning for MRI-Only Radiation Therapy Treatment Planning

auteur

Emilie Alvarez Andres, Lucas Fidon, Maria Vakalopoulou, Marvin Lerousseau, Alexandre Carré, Roger Sun, Guillaume Klausner, Samy Ammari, Nathan Benzazon, Sylvain Reuzé, Théo Estienne, Stéphane Niyoteka, Enzo Battistella, Angéla Rouyar, Georges Noël, Anne Beaudre, Frédéric Dhermain, Eric Deutsch, Nikos Paragios, Charlotte Robert

article

International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics, 2020, 108 (3), pp.813-823. ⟨10.1016/j.ijrobp.2020.05.006⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijrobp.2020.05.006

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titre

Standardization of brain MR images across machines and protocols: bridging the gap for MRI-based radiomics

auteur

Alexandre Carré, Guillaume Klausner, Myriam Edjlali, Marvin Lerousseau, Jade Briend-Diop, Roger Sun, Samy Ammari, Sylvain Reuzé, Emilie Alvarez Andres, Théo Estienne, Stéphane Niyoteka, Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Frédéric Dhermain, Nikos Paragios, Eric Deutsch, Catherine Oppenheim, Johan Pallud, Charlotte Robert

article

Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.12340. ⟨10.1038/s41598-020-69298-z⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41598-020-69298-z

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titre

Deep Learning–based Approach for Automated Assessment of Interstitial Lung Disease in Systemic Sclerosis on CT Images

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Evangelia Zacharaki, Galit Aviram, Charlotte Martin, Rafael Marini, Norbert Bus, Naïm Jerjir, Arsène Mekinian, Thông Hua-Huy, Laurence Monnier-Cholley, Nouria Benmostefa, Luc Mouthon, Anh-Tuan Dinh-Xuan, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

Radiology: Artificial Intelligence, 2020, 2 (4), pp.e190006. ⟨10.1148/ryai.2020190006⟩

DOI

DOI : 10.1148/ryai.2020190006

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titre

Deep Learning-Based Concurrent Brain Registration and Tumor Segmentation

auteur

Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Emilie Alvarez Andres, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Siddhartha Chandra, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Roger Sun, Charlotte Robert, Hugues Talbot, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

Frontiers in Computational Neuroscience, 2020, Multimodal Brain Tumor Segmentation and Beyond, ⟨10.3389/fncom.2020.00017⟩

DOI

DOI : 10.3389/fncom.2020.00017

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titre

Artificial intelligence applications for thoracic imaging

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

European Journal of Radiology, 2020, 123, pp.108774. ⟨10.1016/j.ejrad.2019.108774⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ejrad.2019.108774

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Conference papers

titre

Self-supervised Nuclei Segmentation in Histopathological Images Using Attention

auteur

Mihir Sahasrabudhe, Stergios Christodoulidis, Roberto Salgado, Stefan Michiels, Sherene Loi, Fabrice André, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou

article

MICCAI 2020 - International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Oct 2020, Lima, Peru. pp.393-402, ⟨10.1007/978-3-030-59722-1_38⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-59722-1_38

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titre

Weakly Supervised Multiple Instance Learning Histopathological Tumor Segmentation

auteur

Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Marion Classe, Julien Adam, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Théo Estienne, Théophraste Henry, Eric Deutsch, Nikos Paragios

article

MICCAI 2020 - Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2020, Lima, Peru. pp.470-479, ⟨10.1007/978-3-030-59722-1_45⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-59722-1_45

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Deep Multi-Instance Learning Using Multi-Modal Data for Diagnosis of Lymphocytosis

auteur

Mihir Sahasrabudhe, Pierre Sujobert, Evangelia I Zacharaki, Eugénie Maurin, Béatrice Grange, Laurent Jallades, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou

article

2020

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titre

Deep learning based registration using spatial gradients and noisy segmentation labels

auteur

Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Théophraste Henry, Marvin Lerousseau, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

2020

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2019

Journal articles

titre

Deep learning: definition and perspectives for thoracic imaging

auteur

Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

European Radiology, 2019, 30, p. 2021-2030. ⟨10.1007/s00330-019-06564-3⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00330-019-06564-3

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titre

Use of Elastic Registration in Pulmonary MRI for the Assessment of Pulmonary Fibrosis in Patients with Systemic Sclerosis

auteur

Guillaume Chassagnon, Charlotte Martin, Rafael Marini, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Luc Mouthon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

Radiology, 2019, 291 (2), pp.487-492. ⟨10.1148/radiol.2019182099⟩

DOI

DOI : 10.1148/radiol.2019182099

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titre

Gene Expression High-Dimensional Clustering Towards a Novel, Robust, Clinically Relevant and Highly Compact Cancer Signature

auteur

Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Roger Sun, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

Lecture Notes in Computer Science, 2019, Lecture Notes in Computer Science, 11465, pp.462-474. ⟨10.1007/978-3-030-17938-0_41⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-17938-0_41

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titre

A Novel Object-Based Deep Learning Framework for Semantic Segmentation of Very High-Resolution Remote Sensing Data: Comparison with Convolutional and Fully Convolutional Networks

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

Remote Sensing, 2019, 11 (6), pp.684. ⟨10.3390/rs11060684⟩

DOI

DOI : 10.3390/rs11060684

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Conference papers

titre

U-ReSNet: Ultimate Coupling of Registration and Segmentation with Deep Nets

auteur

Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Enzo Battistella, Marvin Lerousseau, Alexandre Carre, Guillaume Klausner, Roger Sun, Charlotte Robert, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

MICCAI 2019: Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2019, MICCAI, Oct 2019, Shenzhen, China. pp.310-319, ⟨10.1007/978-3-030-32248-9_35⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-32248-9_35

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titre

Image Registration of Satellite Imagery with Deep Convolutional Neural Networks

auteur

Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios

article

IGARSS 2019 - 2019 IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, France. pp.4939-4942, ⟨10.1109/IGARSS.2019.8898220⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2019.8898220

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titre

Detecting urban changes with recurrent neural networks from multitemporal Sentinel-2 data

auteur

Maria Papadomanolaki, Sagar Verma, Maria Vakalopoulou, Siddharth Gupta, Konstantinos Karantzalos

article

IGARSS 2019 - IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, Japan

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titre

A multi-task deep learning framework coupling semantic segmentation and image reconstruction for very high resolution imagery

auteur

Maria Papadomanolaki, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou

article

IGARSS 2019 - IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, Japan. ⟨10.1109/igarss.2019.8898133⟩

DOI

DOI : 10.1109/igarss.2019.8898133

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titre

Gene Expression High-Dimensional Clustering towards a Novel, Robust, Clinically Relevant and Highly Compact Cancer Signature

auteur

Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Roger Sun, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

IWBBIO 2019 - 7th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, May 2019, Granada, Spain

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2018

Journal articles

titre

A radiomics approach to assess tumour-infiltrating CD8 cells and response to anti-PD-1 or anti-PD-L1 immunotherapy: an imaging biomarker, retrospective multicohort study

auteur

Roger Sun, Elaine Johanna Limkin, Maria Vakalopoulou, Laurent Dercle, Stéphane Champiat, Shan Rong Han, Loic Verlingue, David Brandao, Andrea Lancia, Samy Ammari, Antoine Hollebecque, Jean-Yves Scoazec, Aurélien Marabelle, Christophe Massard, Jean-Charles Soria, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Éric Deutsch, Charles Ferté

article

Lancet Oncology, 2018, 19 (9), pp.1180-1191. ⟨10.1016/S1470-2045(18)30413-3⟩

DOI

DOI : 10.1016/S1470-2045(18)30413-3

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titre

Demystification of AI-driven medical image interpretation: past, present and future

auteur

Peter Savadjiev, Jaron Chong, Anthony Dohan, Maria Vakalopoulou, Caroline Reinhold, Nikos Paragios, Benoit Gallix

article

European Radiology, 2018, 29, p. 1616-1624. ⟨10.1007/s00330-018-5674-x⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00330-018-5674-x

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titre

Detailed Land Cover Mapping from Multitemporal Landsat-8 Data of Different Cloud Cover

auteur

Christina Karakizi, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou, Georgia Antoniou

article

Remote Sensing, 2018, 10 (8), pp.1214. ⟨10.3390/rs10081214⟩

DOI

DOI : 10.3390/rs10081214

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Conference papers

titre

Linear and Deformable Image Registration with 3D Convolutional Neural Networks

auteur

Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Marie-Pierre Revel, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios

article

Reconstruction and Analysis of Moving Body Organs, 21th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention 2018, Sep 2018, Grenada, Spain

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titre

AtlasNet: Multi-atlas Non-linear Deep Networks for Medical Image Segmentation

auteur

Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Norbert Bus, Rafael Marini Silva, Evangelia I. Zacharaki, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios

article

International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2018, Granada, Spain

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titre

Context Aware 3D CNNs for Brain Tumor Segmentation

auteur

Siddhartha Chandra, Maria Vakalopoulou, Lucas Fidon, Enzo Battistella, Théo Estienne, Roger Sun, Charlotte Robert, Eric Deutsch, Nikos Paragios

article

MICCAI Brainlesion Workshop, Sep 2018, Granada, Spain

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titre

Stacked Encoder-Decoders for Accurate Semantic Segmentation of Very High Resolution Satellite Datasets

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Konstantinos Karantzalos

article

IGARSS 2018 - 38th annual International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2018, Valencia, Spain. pp.1-4

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titre

Deep patch-based priors under a fully convolutional encoder-decoder architecture for interstitial lung disease segmentation

auteur

Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel, Evangelia I. Zacharaki

article

ISBI’18 - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2018, Washington, D.C., United States

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Preprints, Working Papers, ...

titre

Identifying the Best Machine Learning Algorithms for Brain Tumor Segmentation, Progression Assessment, and Overall Survival Prediction in the BRATS Challenge

auteur

Spyridon Bakas, Mauricio Reyes, Enzo Battistella, Siddhartha Chandra, Théo Estienne, Lucas Fidon, Maria Vakalopoulou, Roger Sun, Et Al., Éric Deutsch, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Bjoern Menze

article

2018

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2017

Conference papers

titre

Integrating edge/boundary priors with classification scores for building detection in very high resolution data

auteur

Maria Vakalopoulou, Norbert Bus, Konstantinos Karantzalos, Nikos Paragios

article

IEEE International geoscience and remote sensing symposium (IGARSS), Jul 2017, Fort Worth, TX, United States. pp.3309-3312, ⟨10.1109/IGARSS.2017.8127705⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2017.8127705

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titre

Patch-based deep learning architectures for sparse annotated very high resolution datasets

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

Joint Urban Remote Sensing Event (JURSE), Mar 2017, Dubai, United Arab Emirates. ⟨10.1109/JURSE.2017.7924538⟩

DOI

DOI : 10.1109/JURSE.2017.7924538

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titre

Per city-block, density estimation at build-up areas from aerial RGB imagery with deep learning

auteur

Theodosia Vardoulaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

Joint Urban Remote Sensing Event (JURSE), Mar 2017, Dubai, United Arab Emirates. ⟨10.1109/JURSE.2017.7924605⟩

DOI

DOI : 10.1109/JURSE.2017.7924605

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2016

Journal articles

titre

Graph-Based Registration, Change Detection, and Classification in Very High Resolution Multitemporal Remote Sensing Data

auteur

Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios

article

IEEE Journal of Selected Topics in Applied Earth Observations and Remote Sensing, 2016, 9, pp.2940 - 2951. ⟨10.1109/JSTARS.2016.2557081⟩

DOI

DOI : 10.1109/JSTARS.2016.2557081

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Conference papers

titre

Simultaneous registration, segmentation and change detection from multisensor, multitemporal satellite image pairs.

auteur

Maria Vakalopoulou, Christos Platias, Maria Papadomanolaki, Nikos Paragios, Konstantinos Karantzalos

article

International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), Jul 2016, Beijing, China. ⟨10.1109/IGARSS.2016.7729469⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2016.7729469

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2015

Conference papers

titre

Building detection in very high resolution multispectral data with deep learning features

auteur

Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios

article

Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), 2015 IEEE International, Jul 2015, Milan, Italy. pp.1873-1876, ⟨10.1109/IGARSS.2015.7326158⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2015.7326158

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titre

Simultaneous Registration and Change Detection in Multitemporal, Very High Resolution Remote Sensing Data

auteur

Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karatzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios

article

2015 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops (CVPRW), Jun 2015, Boston, United States. pp.61-69, ⟨10.1109/CVPRW.2015.7301384⟩

DOI

DOI : 10.1109/CVPRW.2015.7301384

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