2021

Journal articles

titre

A Deep Multi-Task Learning Framework Coupling Semantic Segmentation and Fully Convolutional LSTM Networks for Urban Change Detection

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2021

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Elastic Registration–driven Deep Learning for Longitudinal Assessment of Systemic Sclerosis Interstitial Lung Disease at CT

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Mihir Sahasrabudhe, Rafael Marini, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Anh-Tuan Dinh-Xuan, Bertrand Dunogué, Luc Mouthon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

Radiology, Radiological Society of North America, 2021, 298 (1), pp.189-198. ⟨10.1148/radiol.2020200319⟩

DOI

DOI : 10.1148/radiol.2020200319

Accès au bibtex

titre

AI-driven quantification, staging and outcome prediction of COVID-19 pneumonia

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Enzo Battistella, Stergios Christodoulidis, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Severine Dangeard, Eric Deutsch, Fabrice Andre, Enora Guillo, Nara Halm, Stefany El Hajj, Florian Bompard, Sophie Neveu, Chahinez Hani, Ines Saab, Aliénor Campredon, Hasmik Koulakian, Souhail Bennani, Gael Freche, Maxime Barat, Aurelien Lombard, Laure Fournier, Hippolyte Monnier, Téodor Grand, Jules Gregory, Yann Nguyen, Antoine Khalil, Elyas Mahdjoub, Pierre-Yves Brillet, Stéphane Tran Ba, Valérie Bousson, Ahmed Mekki, Robert-Yves Carlier, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios

article

Medical Image Analysis, Elsevier, 2021, 67, pp.101860. ⟨10.1016/j.media.2020.101860⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.media.2020.101860

Accès au bibtex

Conference papers

titre

3D Unsupervised Kidney Graft Segmentation Based on Deep Learning and Multi-Sequence MRI

auteur

Leo Milecki, Sylvain Bodard, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou

article

IEEE ISBI 2021 - International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2021, Nice / Virtual, France

Accès au texte intégral et bibtex

2020

Journal articles

titre

Radiomics to predict outcomes and abscopal response of patients with cancer treated with immunotherapy combined with radiotherapy using a validated signature of CD8 cells

auteur

Roger Sun, Nora Sundahl, Markus Hecht, Florian Putz, Andrea Lancia, Angela Rouyar, Marina Milic, Alexandre Carré, Enzo Battistella, Emilie Alvarez Andres, Stéphane Niyoteka, Edouard Romano, Guillaume Louvel, Jérôme Durand-Labrunie, Sophie Bockel, Rastilav Bahleda, Charlotte Robert, Celine Boutros, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Benjamin Frey, Jean-Charles Soria, Christophe Massard, Charles Ferté, Rainer Fietkau, Piet Ost, Udo Gaipl, Eric Deutsch

article

Journal for Immunotherapy of Cancer, BMJ Publishing Group 2020, 8 (2), pp.e001429. ⟨10.1136/jitc-2020-001429⟩

DOI

DOI : 10.1136/jitc-2020-001429

Accès au bibtex

titre

Standardization of brain MR images across machines and protocols: bridging the gap for MRI-based radiomics

auteur

Alexandre Carré, Guillaume Klausner, Myriam Edjlali, Marvin Lerousseau, Jade Briend-Diop, Roger Sun, Samy Ammari, Sylvain Reuzé, Emilie Alvarez Andres, Théo Estienne, Stéphane Niyoteka, Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Frédéric Dhermain, Nikos Paragios, Eric Deutsch, Catherine Oppenheim, Johan Pallud, Charlotte Robert

article

Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), pp.12340. ⟨10.1038/s41598-020-69298-z⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41598-020-69298-z

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Deep Learning–based Approach for Automated Assessment of Interstitial Lung Disease in Systemic Sclerosis on CT Images

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Evangelia Zacharaki, Galit Aviram, Charlotte Martin, Rafael Marini, Norbert Bus, Naïm Jerjir, Arsène Mekinian, Thông Hua-Huy, Laurence Monnier-Cholley, Nouria Benmostefa, Luc Mouthon, Anh-Tuan Dinh-Xuan, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

Radiology: Artificial Intelligence, RSNA, 2020, 2 (4), pp.e190006. ⟨10.1148/ryai.2020190006⟩

DOI

DOI : 10.1148/ryai.2020190006

Accès au bibtex

titre

Deep Learning-Based Concurrent Brain Registration and Tumor Segmentation

auteur

Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Emilie Andres, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Siddhartha Chandra, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Roger Sun, Charlotte Robert, Hugues Talbot, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

Frontiers in Computational Neuroscience, Frontiers, 2020, Multimodal Brain Tumor Segmentation and Beyond, ⟨10.3389/fncom.2020.00017⟩

DOI

DOI : 10.3389/fncom.2020.00017

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Artificial intelligence applications for thoracic imaging

auteur

Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

European Journal of Radiology, Elsevier, 2020, 123, pp.108774. ⟨10.1016/j.ejrad.2019.108774⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ejrad.2019.108774

Accès au bibtex

Conference papers

titre

Weakly Supervised Multiple Instance Learning Histopathological Tumor Segmentation

auteur

Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Marion Classe, Julien Adam, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Théo Estienne, Théophraste Henry, Eric Deutsch, Nikos Paragios

article

MICCAI 2020 - Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2020, Lima, Peru. pp.470-479, ⟨10.1007/978-3-030-59722-1_45⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-59722-1_45

Accès au bibtex

Directions of work or proceedings

titre

Self-supervised Nuclei Segmentation in Histopathological Images Using Attention

auteur

Mihir Sahasrabudhe, Stergios Christodoulidis, Roberto Salgado, Stefan Michiels, Sherene Loi, Fabrice André, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou

article

MICCAI 2020 - 23rd International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2020, Lima, Peru. pp.393-402, 2020, ⟨10.1007/978-3-030-59722-1_38⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-59722-1_38

Accès au texte intégral et bibtex

Preprints, Working Papers, ...

titre

Deep Multi-Instance Learning Using Multi-Modal Data for Diagnosis of Lymphocytosis

auteur

Mihir Sahasrabudhe, Pierre Sujobert, Evangelia Zacharaki, Eugénie Maurin, Béatrice Grange, Laurent Jallades, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou

article

2020

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Deep learning based registration using spatial gradients and noisy segmentation labels

auteur

Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Théophraste Henry, Marvin Lerousseau, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

2020

Accès au texte intégral et bibtex

2019

Journal articles

titre

Deep learning: definition and perspectives for thoracic imaging

auteur

Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

European Radiology, Springer Verlag, 2019, ⟨10.1007/s00330-019-06564-3⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00330-019-06564-3

Accès au bibtex

titre

Use of Elastic Registration in Pulmonary MRI for the Assessment of Pulmonary Fibrosis in Patients with Systemic Sclerosis

auteur

Guillaume Chassagnon, Charlotte Martin, Rafael Marini, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Luc Mouthon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel

article

Radiology, Radiological Society of North America, 2019, 291 (2), pp.487-492. ⟨10.1148/radiol.2019182099⟩

DOI

DOI : 10.1148/radiol.2019182099

Accès au bibtex

titre

A Novel Object-Based Deep Learning Framework for Semantic Segmentation of Very High-Resolution Remote Sensing Data: Comparison with Convolutional and Fully Convolutional Networks

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

Remote Sensing, MDPI, 2019, 11 (6), pp.684. ⟨10.3390/rs11060684⟩

DOI

DOI : 10.3390/rs11060684

Accès au texte intégral et bibtex

Conference papers

titre

U-ReSNet: Ultimate Coupling of Registration and Segmentation with Deep Nets

auteur

Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Enzo Battistella, Marvin Lerousseau, Alexandre Carre, Guillaume Klausner, Roger Sun, Charlotte Robert, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

MICCAI 2019: Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2019, MICCAI, Oct 2019, Shenzhen, China. pp.310-319, ⟨10.1007/978-3-030-32248-9_35⟩

DOI

DOI : 10.1007/978-3-030-32248-9_35

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Detecting urban changes with recurrent neural networks from multitemporal Sentinel-2 data

auteur

Maria Papadomanolaki, Sagar Verma, Maria Vakalopoulou, Siddharth Gupta, Konstantinos Karantzalos

article

IGARSS 2019 - IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, Japan

Accès au texte intégral et bibtex

titre

A multi-task deep learning framework coupling semantic segmentation and image reconstruction for very high resolution imagery

auteur

Maria Papadomanolaki, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou

article

IGARSS 2019 - IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, Japan

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Image Registration of Satellite Imagery with Deep Convolutional Neural Networks

auteur

Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios

article

IGARSS 2019 - 2019 IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, France. pp.4939-4942, ⟨10.1109/IGARSS.2019.8898220⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2019.8898220

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Gene Expression High-Dimensional Clustering towards a Novel, Robust, Clinically Relevant and Highly Compact Cancer Signature

auteur

Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Roger Sun, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch

article

IWBBIO 2019 - 7th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, May 2019, Granada, Spain

Accès au texte intégral et bibtex

2018

Journal articles

titre

A radiomics approach to assess tumour-infiltrating CD8 cells and response to anti-PD-1 or anti-PD-L1 immunotherapy: an imaging biomarker, retrospective multicohort study

auteur

Roger Sun, Elaine Johanna Limkin, Maria Vakalopoulou, Laurent Dercle, Stéphane Champiat, Shan Rong Han, Loic Verlingue, David Brandao, Andrea Lancia, Samy Ammari, Antoine Hollebecque, Jean-Yves Scoazec, Aurélien Marabelle, Christophe Massard, Jean-Charles Soria, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Éric Deutsch, Charles Ferté

article

Lancet Oncology, Elsevier, 2018, ⟨10.1016/S1470-2045(18)30413-3⟩

DOI

DOI : 10.1016/S1470-2045(18)30413-3

Accès au bibtex

titre

Demystification of AI-driven medical image interpretation: past, present and future

auteur

Peter Savadjiev, Jaron Chong, Anthony Dohan, Maria Vakalopoulou, Caroline Reinhold, Nikos Paragios, Benoit Gallix

article

European Radiology, Springer Verlag, 2018, ⟨10.1007/s00330-018-5674-x⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00330-018-5674-x

Accès au bibtex

titre

Detailed Land Cover Mapping from Multitemporal Landsat-8 Data of Different Cloud Cover

auteur

Christina Karakizi, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou, Georgia Antoniou

article

Remote Sensing, MDPI, 2018, 10 (8), ⟨10.3390/rs10081214⟩

DOI

DOI : 10.3390/rs10081214

Accès au bibtex

Conference papers

titre

AtlasNet: Multi-atlas Non-linear Deep Networks for Medical Image Segmentation

auteur

Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Norbert Bus, Rafael Marini Silva, Evangelia Zacharaki, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios

article

International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2018, Granada, Spain

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Linear and Deformable Image Registration with 3D Convolutional Neural Networks

auteur

Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Marie-Pierre Revel, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios

article

Reconstruction and Analysis of Moving Body Organs, 21th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention 2018, Sep 2018, Grenada, Spain

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Context Aware 3D CNNs for Brain Tumor Segmentation

auteur

Siddhartha Chandra, Maria Vakalopoulou, Lucas Fidon, Enzo Battistella, Théo Estienne, Roger Sun, Charlotte Robert, Eric Deutsch, Nikos Paragios

article

MICCAI Brainlesion Workshop, Sep 2018, Granada, Spain

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Stacked Encoder-Decoders for Accurate Semantic Segmentation of Very High Resolution Satellite Datasets

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Konstantinos Karantzalos

article

IGARSS 2018 - 38th annual International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2018, Valencia, Spain. pp.1-4

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Deep patch-based priors under a fully convolutional encoder-decoder architecture for interstitial lung disease segmentation

auteur

Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel, Evangelia Zacharaki

article

ISBI’18 - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2018, Washington, D.C., United States

Accès au texte intégral et bibtex

Preprints, Working Papers, ...

titre

Identifying the Best Machine Learning Algorithms for Brain Tumor Segmentation, Progression Assessment, and Overall Survival Prediction in the BRATS Challenge

auteur

Spyridon Bakas, Mauricio Reyes, Enzo Battistella, Siddhartha Chandra, Théo Estienne, Lucas Fidon, Maria Vakalopoulou, Roger Sun, Et Al., Éric Deutsch, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Bjoern Menze

article

2018

Accès au bibtex

2017

Conference papers

titre

Integrating edge/boundary priors with classification scores for building detection in very high resolution data

auteur

Maria Vakalopoulou, Norbert Bus, Konstantinos Karantzalos, Nikos Paragios

article

IEEE International geoscience and remote sensing symposium (IGARSS), Jul 2017, Fort Worth, TX, United States. pp.3309-3312, ⟨10.1109/IGARSS.2017.8127705⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2017.8127705

Accès au bibtex

titre

Patch-based deep learning architectures for sparse annotated very high resolution datasets

auteur

Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

Joint Urban Remote Sensing Event (JURSE), Mar 2017, Dubai, United Arab Emirates. ⟨10.1109/JURSE.2017.7924538⟩

DOI

DOI : 10.1109/JURSE.2017.7924538

Accès au bibtex

titre

Per city-block, density estimation at build-up areas from aerial RGB imagery with deep learning

auteur

Theodosia Vardoulaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos

article

Joint Urban Remote Sensing Event (JURSE), Mar 2017, Dubai, United Arab Emirates. ⟨10.1109/JURSE.2017.7924605⟩

DOI

DOI : 10.1109/JURSE.2017.7924605

Accès au bibtex

2016

Journal articles

titre

Graph-Based Registration, Change Detection, and Classification in Very High Resolution Multitemporal Remote Sensing Data

auteur

Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios

article

IEEE Journal of Selected Topics in Applied Earth Observations and Remote Sensing, IEEE, 2016, 9, pp.2940 - 2951. ⟨10.1109/JSTARS.2016.2557081⟩

DOI

DOI : 10.1109/JSTARS.2016.2557081

Accès au texte intégral et bibtex

Conference papers

titre

Simultaneous registration, segmentation and change detection from multisensor, multitemporal satellite image pairs.

auteur

Maria Vakalopoulou, Christos Platias, Maria Papadomanolaki, Nikos Paragios, Konstantinos Karantzalos

article

International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), Jul 2016, Beijing, China. ⟨10.1109/IGARSS.2016.7729469⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2016.7729469

Accès au texte intégral et bibtex

2015

Conference papers

titre

Building detection in very high resolution multispectral data with deep learning features

auteur

Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios

article

Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), 2015 IEEE International, Jul 2015, Milan, Italy. pp.1873-1876, ⟨10.1109/IGARSS.2015.7326158⟩

DOI

DOI : 10.1109/IGARSS.2015.7326158

Accès au texte intégral et bibtex

titre

Simultaneous Registration and Change Detection in Multitemporal, Very High Resolution Remote Sensing Data

auteur

Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karatzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios

article

2015 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops (CVPRW), Jun 2015, Boston, United States. pp.61-69, ⟨10.1109/CVPRW.2015.7301384⟩

DOI

DOI : 10.1109/CVPRW.2015.7301384

Accès au texte intégral et bibtex