Publications HAL de peterlongo du labo/EPI genscale

2019

Journal articles

titre
Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
auteur
Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01987197/file/Guillot2019_Article_PeptimapperProteogenomicsWorkf.pdf BibTex

Conference papers

titre
Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
auteur
Jarno Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
article
WABI 2019 - Workshop on Algorithms in Bioinformatics, Sep 2019, Niagara Falls, United States. pp.1-9
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https://hal.inria.fr/hal-02187246/file/wabi2019final.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea
auteur
Majda Arif, Jérémy Gauthier, Kevin Sugier, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Pierre Peterlongo, Mohammed-Amin Madoui
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01987200/file/disco_nana%20%281%29.pdf BibTex
titre
A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems
auteur
Arnaud Meng, Camille Marchet, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Adriana Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Eric Pelletier, Ian Probert, Johan Decelle, Stéphane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner
article
Microbiome, BioMed Central, 2018, pp.1-35. ⟨10.1101/221424⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01643153/file/s40168-018-0481-9.pdf BibTex
titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2018, pp.1-11. ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01873312/file/1703.00667%281%29.pdf BibTex
titre
De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01643156/file/NAR_CARNAC_reviews.pdf BibTex
titre
Computational pan-genomics: status, promises and challenges
auteur
Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
article
Briefings in Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01390478/file/Brief%20Bioinform-2016--bib-bbw089.pdf BibTex

Conference papers

titre
CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne Da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01930211/file/jobim_carnac.pdf BibTex
titre
Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
article
RECOMB 2018, Apr 2018, Paris, France
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https://arxiv.org/pdf/1711.03336 BibTex

Poster communications

titre
ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads
auteur
Lolita Lecompte, Camille Marchet, Pierre Morisse, Antoine Limasset, Pierre Peterlongo, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq
article
JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01929900/file/Poster_ELECTOR.pdf BibTex
titre
CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
auteur
Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne Da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
article
RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01929963/file/marchet-camille-genscale.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
auteur
Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen, Johannes Dröge, Ivan Gregor, Stephan Majda, Jessika Fiedler, Eik Dahms, Andreas Bremges, Adrian Fritz, Ruben Garrido-Oter, Tue Sparholt Jørgensen, Nicole Shapiro, Philip D Blood, Alexey Gurevich, Yang Bai, Dmitrij Turaev, Matthew Z Demaere, Rayan Chikhi, Niranjan Nagarajan, Christopher Quince, Lars Hestbjerg Hansen, Søren J Sørensen, Burton K H Chia, Bertrand Denis, Jeff L Froula, Zhong Wang, Robert Egan, Dongwan Don Kang, Jeffrey J Cook, Charles Deltel, Michael Beckstette, Claire Lemaitre, Peter Peterlongo, Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Yu-Wei Wu, Steven W Singer, Chirag Jain, Marc Strous, Heiner Klingenberg, Peter Meinicke, Michael D Barton, Thomas Lingner, Hsin-Hung Lin, Yu-Chieh Liao, Genivaldo Gueiros Z Silva, Daniel A Cuevas, Robert A Edwards, Surya Saha, Vitor C Piro, Bernhard Y Renard, Mihai Pop, Hans-Peter Klenk, Markus Göker, Nikos C Kyrpides, Tanja Woyke, Julia A Vorholt, Paul Schulze-Lefert, Edward M Rubin, Aaron E Darling, Thomas Rattei, Alice C Mchardy
article
Nature Methods, Nature Publishing Group, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01633525/file/099127.full.pdf BibTex

Conference papers

titre
Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
auteur
Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
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https://hal.inria.fr/hal-01566246/file/p11-limasset.pdf BibTex
titre
A transcriptomic approach to study marine plankton holobionts
auteur
Arnaud Meng, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Camille Marchet, Adriana Alberti, Corinne Da Silva, Patrick Wincker, Ian Probert, Noritoshi Suzuki, Stéphane Le Crom, Lucie Bittner, Fabrice Not
article
International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
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BibTex

Poster communications

titre
Simka: large scale de novo comparative metagenomics
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.234, 2017
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BibTex
titre
Genome specific expression in the liver of mule and hinny duck hybrids
auteur
Christian Diot, Frédéric Herault, Julien Navarro, Laure Le Calvez, Elisabeth Baeza, Christophe Klopp, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Pierre Peterlongo
article
10. European Symposium on Poultry Genetics (ESPG), Jun 2017, Saint-Malo, France. pp.1, 2017
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
DiscoSnp-RAD: de novo detection of small variants for population genomics
auteur
Jérémy Gauthier, Charlotte Mouden, Tomasz Suchan, Nadir Alvarez, Nils Arrigo, Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
2017
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https://hal.inria.fr/hal-01634232/file/DiscoSNP_RAD_RECOMB_3.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Read mapping on de Bruijn graphs
auteur
Antoine Limasset, Bastien Cazaux, Eric Rivals, Pierre Peterlongo
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (1), ⟨10.1186/s12859-016-1103-9⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01349636/file/RMDBG.pdf BibTex
titre
SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
auteur
Gilles Boutet, Susete Alves Carvalho, Matthieu Falque, Pierre Peterlongo, Emeline Lhuillier, Olivier Bouchez, Clément Lavaud, Marie-Laure Pilet-Nayel, Nathalie Rivière, Alain Baranger
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.121. ⟨10.1186/s12864-016-2447-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01275696/file/12864_2016_Article_2447.pdf BibTex
titre
Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2016, 2, ⟨10.7717/peerj-cs.94⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01397150/file/simka_revised_for_hal.pdf BibTex
titre
Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
auteur
Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves-Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
article
GigaScience, BioMed Central, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01280238/file/colibread_galaxy.pdf BibTex

Conference papers

titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
auteur
Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
Prageu Stringology Conference , Aug 2016, Prague, Czech Republic
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https://hal.inria.fr/hal-01386744/file/commet_linked_PSC2016.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Lire les lectures : analyse de données de séquençage
auteur
Pierre Peterlongo
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université rennes1, 2016
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https://hal.inria.fr/tel-01278275/file/HDR.pdf BibTex

Poster communications

titre
Minimal perfect hash functions in large scale bioinformatics Problem
auteur
Antoine Limasset, Camille Marchet, Pierre Peterlongo, Lucie Bittner
article
JOBIM 2016, Jun 2016, Lyon, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01341718/file/PosterJOBIM2016.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
auteur
Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
article
2016
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https://hal.inria.fr/hal-01322440/file/short_read_connectors.pdf BibTex
titre
Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
2016
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https://arxiv.org/pdf/1604.02412 BibTex

2015

Journal articles

titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida, Hélène Chiapello, Amal Hammani, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Marie-Noëlle Madec, Victoria Chuat, Gwenaël Jan, Pierre Peterlongo, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2015, 16 (1), pp.35. ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01142363/file/s12864-015-1467-7.pdf BibTex

Book sections

titre
Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
auteur
Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
article
David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01228488/file/plant_repeats_nicolas_finHAL.pdf BibTex

Poster communications

titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of [i]Propionibacterium freudenreichii[/i]
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Helene Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, V. Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwenael Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
JOBIM 16.Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. 2015
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BibTex
titre
VCF$\_$creator: Mapping and VCF Creation features in DiscoSnp++
auteur
Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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https://hal.inria.fr/hal-01176492/file/posterJOBIM29062015.pdf BibTex
titre
BGREAT: A De Bruijn graph read mapping tool
auteur
Antoine Limasset, Pierre Peterlongo
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont ferrant, France
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BibTex
titre
Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
auteur
Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
article
JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨http://www6.inra.fr/jobim2015⟩. ⟨10.1093/Bioinforma-cs/btu406⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01180603/file/poster5.pdf BibTex
titre
Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
auteur
Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Hélène Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
article
20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. 2015
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BibTex

2014

Journal articles

titre
Reference-free detection of isolated SNPs
auteur
Raluca Uricaru, Guillaume Rizk, Vincent Lacroix, Elsa Quillery, Olivier Plantard, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2014, 43 (2), pp.e11. ⟨10.1093/nar/gku1187⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01083715/file/discoSnp_NAR_2014.pdf https://hal.inria.fr/hal-01083715/file/discoSnp_NAR_add_file_2014.pdf BibTex
titre
GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box
auteur
Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2014, 30, pp.2959 - 2961. ⟨10.1093/bioinformatics/btu406⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088571/file/GATB.pdf BibTex
titre
Rime: Repeat identification
auteur
Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2014, 163 (3), pp.275-286. ⟨10.1016/j.dam.2013.02.016⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00802023/file/federico2014.pdf BibTex

Conference papers

titre
COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
auteur
Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
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https://hal.inria.fr/hal-01080050/file/commet_camera_ready.pdf BibTex
titre
Mapping-free and assembly-free discovery of inversion breakpoints from raw NGS reads
auteur
Claire Lemaitre, Liviu Ciortuz, Pierre Peterlongo
article
Algorithms for Computational Biology, Jul 2014, Tarragona, Spain. pp.119-130, ⟨10.1007/978-3-319-07953-0_10⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-01063157/file/Lemaitre2014_preprint.pdf BibTex

Poster communications

titre
GATB: Toolbox for developing efficient NGS software
auteur
Erwan Drezen, G Rizk, R Chikhi, Charles Deltel, C Lemaitre, P Peterlongo, D Lavenier
article
9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Honrizonte, Brazil
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088828/file/BSB_Poster.pdf BibTex
titre
Reference-free high-throughput SNP detection in pea: an example of discoSnp usage for a non-model complex genome
auteur
Susete Alves Carvalho, Raluca Uricaru, Jorge Duarte, Claire Lemaitre, Nathalie Rivière, Gilles Boutet, Alain Baranger, Pierre Peterlongo
article
ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
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https://hal.inria.fr/hal-01091184/file/PosterECCB14_DiscoSnp.pdf BibTex
titre
SNP discovery in pea: a powerful tool for academic research and breeding
auteur
Gilles Boutet, J. Duarte, Susete Alves Carvalho, Clément Lavaud, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo, Marie-Laure Nayel, Alain Baranger, Nathalie Riviere
article
6. International Food Legumes Research Conference (IFLRC VI), Jul 2014, Saskatook, Canada. 2014
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BibTex
titre
Speeding up NGS software development
auteur
Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
article
Sequencing, Finishing and Analysis in the Future Meeting, May 2014, Santa Fé, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088683/file/PosterSFAF.pdf BibTex
titre
GATB: a software toolbox for genome assembly and analysis
auteur
Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
article
Bio-IT World Conference, Apr 2014, Boston, United States
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01088641/file/BioIT_poster_v1.1.1.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
auteur
Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2013, ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Analyse de transcriptomes de foies de canards par séquençage d’ARN (RNA-Seq)
auteur
Christian Diot, Magalie Houee, Olivier Demeure, Elisabeth Baeza, Alain Vignal, Frederique Pitel, Christel Marie-Etancelin, Christèle Robert-Granie, Caroline Molette, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Nathalie Marsaud, Christophe Klopp, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
article
10. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2013, La Rochelle, France
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BibTex

Reports

titre
Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
auteur
Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger, Christophe Godin, Clarisse Holik, Claude Kirchner, Diane Rives, Elodie Darquie, Erwan Kerrien, Fabrice Neyret, Florent Masseglia, Florian Dufour, Gérard Berry, Gilles Dowek, Hélène Robak, Hélène Xypas, Irina Illina, Isabelle Gnaedig, Joanna Jongwane, Jocelyne Ehrel, Laurent Viennot, Laure Guion, Lisette Calderan, Lola Kovacic, Marie Collin, Marie-Agnès Enard, Marie-Hélène Comte, Martin Quinson, Martine Olivi, Mathieu Giraud, Mathilde Dorémus, Mia Ogouchi, Muriel Droin, Nathalie Lacaux, Nicolas Rougier, Nicolas Roussel, Pascal Guitton, Pierre Peterlongo, Rose-Marie Cornus, Simon Vandermeersch, Sophie Maheo, Sylvain Lefebvre, Sylvie Boldo, Thierry Viéville, Véronique Poirel, Aline Chabreuil, Arnaud Fischer, Claude Farge, Claude Vadel, Isabelle Astic, Jean-Pierre Dumont, Loic Féjoz, Patrick Rambert, Pierre Paradinas, Sophie de Quatrebarbes, Stéphane Laurent
article
[Interne] none. 2013, pp.34
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BibTex

2012

Journal articles

titre
Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer
auteur
Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (1), pp.48. ⟨10.1186/1471-2105-13-48⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00784408/file/1471-2105-13-48.pdf BibTex
titre
Compareads: comparing huge metagenomic experiments
auteur
Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S10. ⟨10.1186/1471-2105-13-S19-S10⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00784394/file/1471-2105-13-S19-S10.pdf BibTex
titre
KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
auteur
Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2012, 13 (Suppl 6), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-13-S6-S5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00784407/file/1471-2105-13-S6-S5.pdf BibTex

Conference papers

titre
Compareads: comparing huge metagenomic experiments
auteur
Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
RECOMB Comparative Genomics 2012, Oct 2012, Niterói, Brazil
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00720951/file/compareads_recomb_cg.pdf BibTex
titre
BlastGraph: intensive approximate pattern matching in string graphs and de-Bruijn graphs
auteur
Guillaume Holley, Pierre Peterlongo
article
PSC 2012, Aug 2012, Prague, Czech Republic
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00711911/file/blast_graph_reviewed.pdf BibTex

Poster communications

titre
Compareads: comparing huge metagenomic experiments
auteur
Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
13e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00760332/file/poster_nico_maillet.pdf BibTex