2023
Journal articles
- titre
- fimpera: drastic improvement of Approximate Membership Query data-structures with counts
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (5), pp.1-16. ⟨10.1101/2022.06.27.497694⟩
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-
- titre
- HaploBlocks: Efficient Detection of Positive Selection in Large Population Genomic Datasets
- auteur
- Benedikt Kirsch-Gerweck, Leonard Bohnenkämper, Michel T Henrichs, Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Joachim Burger, Jens Stoye, Yoan Diekmann
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (3), pp.1-12. ⟨10.1093/molbev/msad027⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- kmindex and ORA: indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets
- auteur
- Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses
- auteur
- Téo Lemane, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (24), pp.5443-5445. ⟨10.1093/bioinformatics/btac689⟩
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-
- titre
- The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers
- auteur
- Yoann Dufresne, Teo Lemane, Pierre Marijon, Pierre Peterlongo, Amatur Rahman, Marek Kokot, Paul Medvedev, Sebastian Deorowicz, Rayan Chikhi
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (18), pp.4423-4425. ⟨10.1093/bioinformatics/btac528⟩
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-
- titre
- Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
- auteur
- Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Tom O. Delmont
- article
- eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
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-
- titre
- kmtricks: Efficient construction of Bloom filters for large sequencing data collections
- auteur
- Téo Lemane, Paul Medvedev, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics Advances, 2022, ⟨10.1093/bioadv/vbac029⟩
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-
- titre
- Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges
- auteur
- Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline Brito, C. Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç, Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas, Eugene Goltsman, Melissa Gray, Lars Hestbjerg Hansen, Steven Hofmeyr, Pingqin Huang, Luiz Irber, Huijue Jia, Tue Sparholt Jørgensen, Silas Kieser, Terje Klemetsen, Axel Kola, Mikhail Kolmogorov, Anton Korobeynikov, Jason Kwan, Nathan Lapierre, Claire Lemaitre, Chenhao Li, Antoine Limasset, Fabio Malcher-Miranda, Serghei Mangul, Vanessa Marcelino, Camille Marchet, Pierre Marijon, Dmitry Meleshko, Daniel Mende, Alessio Milanese, Niranjan Nagarajan, Jakob Nissen, Sergey Nurk, Leonid Oliker, Lucas Paoli, Vitor Piro, Jacob Porter, Simon Rasmussen, Evan Rees, Knut Reinert, Bernhard Renard, Espen Mikal Robertsen, Gail Rosen, Hans-Joachim Ruscheweyh, Varuni Sarwal, Nicola Segata, Enrico Seiler, Lizhen Shi, Fengzhu Sun, Shinichi Sunagawa, Søren Johannes Sørensen, Ashleigh Thomas, Chengxuan Tong, Mirko Trajkovski, Julien Tremblay, Gherman Uritskiy, Riccardo Vicedomini, Zhengyang Wang, Ziye Wang, Zhong Wang, Andrew Warren, Nils Peder Willassen, Katherine Yelick, Ronghui You, Georg Zeller, Zhengqiao Zhao, Shanfeng Zhu, Jie Zhu, Ruben Garrido-Oter, Petra Gastmeier, Stephane Hacquard, Susanne Häußler, Ariane Khaledi, Friederike Maechler, Fantin Mesny, Simona Radutoiu, Paul Schulze-Lefert, Nathiana Smit, Till Strowig, Andreas Bremges, Alexander Sczyrba, Alice Carolyn Mchardy, Pierre Peterlongo
- article
- Nature Methods, 2022, 19 (4), pp.429-440. ⟨10.1038/s41592-022-01431-4⟩
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-
Conference papers
- titre
- Pattern matching under DTW distance
- auteur
- Garance Gourdel, Anne Driemel, Pierre Peterlongo, Tatiana Starikovskaya
- article
- SPIRE 2022 - 29th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Nov 2022, Concepción, Chile. pp.315--330
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-
2021
Journal articles
- titre
- StrainFLAIR: strain-level profiling of metagenomic samples using variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2021, 9, pp.e11884. ⟨10.7717/peerj.11884⟩
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-
Conference papers
- titre
- findere: fast and precise approximate membership query
- auteur
- Lucas Robidou, Pierre Peterlongo
- article
- SPIRE 2021 - The 28th annual Symposium on String Processing and Information Retrieval, Oct 2021, Lille / Virtual, France. ⟨10.1101/2021.05.31.446182⟩
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-
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- CIAA 2021 - 25th International Conference on Implementation and Application of Automata, Jul 2021, Bremen, Germany. pp.1-12
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-
Poster communications
- titre
- Approximate Hashing for Bioinformatics
- auteur
- Guy Arbitman, Shmuel T Klein, Pierre Peterlongo, Dana Shapira
- article
- DCC 2021 - Data Compression Conference, Mar 2021, Virtual, United States
- Accès au bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Cytosine methylation of mature microRNAs inhibits their functions and is associated with poor prognosis in glioblastoma multiforme
- auteur
- Mathilde Cheray, Amandine Etcheverry, Camille Jacques, Romain Pacaud, Gwenola Bougras-Cartron, Marc Aubry, Florent Denoual, Pierre Peterlongo, Arulraj Nadaradjane, Josephine Briand, Farida Akcha, Dominique Heymann, François M Vallette, Jean Mosser, Benjamin Ory, Pierre-Francois Cartron
- article
- Molecular Cancer, 2020, 19 (1), pp.1-36. ⟨10.1186/s12943-020-01155-z⟩
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-
- titre
- SVJedi: genotyping structural variations with long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (17), pp.4568-4575. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa527⟩
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-
- titre
- DiscoSnp-RAD: de novo detection of small variants for RAD-Seq population genomics
- auteur
- Jérémy Gauthier, Charlotte Mouden, Tomasz Suchan, Nadir Alvarez, Nils Arrigo, Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- PeerJ, 2020, pp.1-20. ⟨10.7717/peerj.9291⟩
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-
- titre
- A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in bioinformatics
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2020, 92-102 (Volume 274), ⟨10.1016/j.dam.2018.03.035⟩
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-
- titre
- ELECTOR : evaluator for long reads correction methods
- auteur
- Camille Marchet, Pierre Morisse, Lolita Lecompte, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq, Pierre Peterlongo, Antoine Limasset
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (1), pp.1-12. ⟨10.1093/nargab/lqz015⟩
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-
- titre
- SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
- auteur
- Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
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-
- titre
- Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time
- auteur
- Jarno N Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2020, pp.1-9. ⟨10.1186/s13015-020-0163-6⟩
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-
2019
Journal articles
- titre
- Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
- article
- Bioinformatics, 2019, ⟨10.1093/bioinformatics/btz102⟩
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-
- titre
- Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes
- auteur
- Laetitia Guillot, Ludovic Delage, Alain Viari, Yves Vandenbrouck, Emmanuelle Com, Andrés A Ritter, Régis Lavigne, Dominique Marie, Pierre Peterlongo, Philippe Potin, Charles Pineau
- article
- BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.56. ⟨10.1186/s12864-019-5431-9⟩
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-
Conference papers
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read Data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genotyping Structural Variations using Long Read data
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1-8
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-
Poster communications
- titre
- SVJedi : Structural variation genotyping using long reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- HiTSeq 2019 - Conference on High Throughput Sequencing, Jul 2019, Basel, Switzerland
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-
- titre
- From genomics to metagenomics: benchmark of variation graphs
- auteur
- Kévin da Silva, Nicolas Pons, Magali Berland, Florian Plaza Oñate, Mathieu Almeida, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations
- auteur
- Romuald Laso-Jadart, Kevin Sugier, Emmanuelle Petit, Karine Labadie, Pierre Peterlongo, Christophe Ambroise, Patrick Wincker, Jean-Louis Jamet, Mohammed-Amin Madoui
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- Discovering Millions of Plankton Genomic Markers from the Atlantic Ocean and the Mediterranean Sea
- auteur
- Majda Arif, Jérémy Gauthier, Kevin Sugier, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Pierre Peterlongo, Mohammed-Amin Madoui
- article
- Molecular Ecology Resources, 2018, pp.1-24. ⟨10.1111/1755-0998.12985⟩
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-
- titre
- A de novo approach to disentangle partner identity and function in holobiont systems
- auteur
- Arnaud Meng, Camille Marchet, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Eric Pelletier, Ian Probert, Johan Decelle, Stéphane Le Crom, Fabrice Not, Lucie Bittner
- article
- Microbiome, 2018, pp.1-35. ⟨10.1186/s40168-018-0481-9⟩
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-
- titre
- De Novo Clustering of Long Reads by Gene from Transcriptomics Data
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- Nucleic Acids Research, In press, pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gky834⟩
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-
- titre
- Computational pan-genomics: status, promises and challenges
- auteur
- Tobias Marschall, Manja Marz, Thomas Abeel, Louis Dijkstra, Bas E. Dutilh, Ali Ghaffaari, Paul Kersey, Wigard P. Kloosterman, Veli Makinen, Adam M. Novak, Benedict Paten, David Porubsky, Eric Rivals, Can Alkan, Jasmijn A. Baaijens, Paul I. W. de Bakker, Valentina Boeva, Raoul J. P. Bonnal, Francesca Chiaromonte, Rayan Chikhi, Francesca D. Ciccarelli, Robin Cijvat, Erwin Datema, Cornelia M. Van Duijn, Evan E. Eichler, Corinna Ernst, Eleazar Eskin, Erik Garrison, Mohammed El-Kebir, Gunnar W. Klau, Jan O. Korbel, Eric-Wubbo Lameijer, Benjamin Langmead, Marcel Martin, Paul Medvedev, John C. Mu, Pieter Neerincx, Klaasjan Ouwens, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Sven Rahmann, Ben Raphael, Knut Reinert, Dick de Ridder, Jeroen de Ridder, Matthias Schlesner, Ole Schulz-Trieglaff, Ashley D. Sanders, Siavash Sheikhizadeh, Carl Shneider, Sandra Smit, Daniel Valenzuela, Jiayin Wang, Lodewyk Wessels, Ying Zhang, Victor Guryev, Fabio Vandin, Kai Ye, Alexander Schönhuth
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2018, 19 (1), pp.118-135. ⟨10.1093/bib/bbw089⟩
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-
Conference papers
- titre
- CARNAC-LR : Clustering coefficient-based Acquisition of RNA Communities in Long Reads
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-3
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Toward perfect reads: self-correction of short reads via mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Jean-François Flot, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB 2018, Apr 2018, Paris, France
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- ELECTOR: EvaLuation of Error Correction Tools for lOng Reads
- auteur
- Lolita Lecompte, Camille Marchet, Pierre Morisse, Antoine Limasset, Pierre Peterlongo, Arnaud Lefebvre, Thierry Lecroq
- article
- JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
- Accès au bibtex
-
- titre
- CARNAC-LR: De novo Clustering of Gene Expressed Variants in Transcriptomic Long Reads Data Sets
- auteur
- Camille Marchet, Lolita Lecompte, Corinne da Silva, Corinne Cruaud, Jean-Marc Aury, Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB-seq 2018 - Eighth RECOMB Satellite Workshop on Massively Parallel Sequencing, Apr 2018, Paris, France. pp.1-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Critical Assessment of Metagenome Interpretation – a benchmark of computational metagenomics software
- auteur
- Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen, Johannes Dröge, Ivan Gregor, Stephan Majda, Jessika Fiedler, Eik Dahms, Andreas Bremges, Adrian Fritz, Ruben Garrido-Oter, Tue Sparholt Jørgensen, Nicole Shapiro, Philip D Blood, Alexey Gurevich, Yang Bai, Dmitrij Turaev, Matthew Z Demaere, Rayan Chikhi, Niranjan Nagarajan, Christopher Quince, Lars Hestbjerg Hansen, Søren J Sørensen, Burton K H Chia, Bertrand Denis, Jeff L Froula, Zhong Wang, Robert Egan, Dongwan Don Kang, Jeffrey J Cook, Charles Deltel, Michael Beckstette, Claire Lemaitre, Peter Peterlongo, Guillaume Rizk, Dominique Lavenier, Yu-Wei Wu, Steven W Singer, Chirag Jain, Marc Strous, Heiner Klingenberg, Peter Meinicke, Michael D Barton, Thomas Lingner, Hsin-Hung Lin, Yu-Chieh Liao, Genivaldo Gueiros Z Silva, Daniel A Cuevas, Robert A Edwards, Surya Saha, Vitor C Piro, Bernhard y Renard, Mihai Pop, Hans-Peter Klenk, Markus Göker, Nikos C Kyrpides, Tanja Woyke, Julia A Vorholt, Paul Schulze-Lefert, Edward M Rubin, Aaron E Darling, Thomas Rattei, Alice C Mchardy
- article
- Nature Methods, 2017, 14 (11), pp.1063 - 1071. ⟨10.1038/nmeth.4458⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Fast and scalable minimal perfect hashing for massive key sets
- auteur
- Antoine Limasset, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
- article
- 16th International Symposium on Experimental Algorithms, Jun 2017, London, United Kingdom. pp.1 - 11
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A transcriptomic approach to study marine plankton holobionts
- auteur
- Arnaud Meng, Erwan Corre, Pierre Peterlongo, Camille Marchet, Adriana A. Alberti, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Ian Probert, Noritoshi Suzuki, Stéphane Le Crom, Lucie Bittner, Fabrice Not
- article
- International Conference on Holobionts, Apr 2017, Paris, France
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-
Poster communications
- titre
- Simka: large scale de novo comparative metagenomics
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. , pp.234, 2017, JOBIM 2017 LILLE
- Accès au bibtex
-
- titre
- Genome specific expression in the liver of mule and hinny duck hybrids
- auteur
- Christian Diot, Frédéric Herault, Julien Navarro, Laure Le Calvez, Elisabeth Baéza, Christophe C. Klopp, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Pierre Peterlongo
- article
- 10. European Symposium on Poultry Genetics (ESPG), Jun 2017, Saint-Malo, France. pp.1, 2017, Proceedings of the 10th European symposium on poultry genetics
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
- auteur
- Gilles Boutet, Susete Alves Carvalho, Matthieu Falque, Pierre Peterlongo, Emeline Lhuillier, Olivier Bouchez, Clément Lavaud, Marie-Laure Pilet-Nayel, Nathalie Rivière, Alain Baranger
- article
- BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.121. ⟨10.1186/s12864-016-2447-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Read mapping on de Bruijn graphs
- auteur
- Antoine Limasset, Bastien Cazaux, Eric Rivals, Pierre Peterlongo
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), ⟨10.1186/s12859-016-1103-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multiple comparative metagenomics using multiset k -mer counting
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- PeerJ Computer Science, 2016, 2 (14), 25 p. ⟨10.7717/peerj-cs.94⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
- auteur
- Yvan Le Bras, Olivier Collin, Cyril Monjeaud, Vincent Lacroix, Eric Rivals, Claire Lemaitre, Vincent Miele, Gustavo Sacomoto, Camille Marchet, Bastien Cazaux, Amal Zine El Aabidine, Leena Salmela, Susete Alves Carvalho, Alexan Andrieux, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo
- article
- GigaScience, 2016, 5 (1), ⟨10.1186/s13742-015-0105-2⟩
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-
Conference papers
- titre
- A resource-frugal probabilistic dictionary and applications in (meta)genomics
- auteur
- Camille Marchet, Antoine Limasset, Lucie Bittner, Pierre Peterlongo
- article
- Prageu Stringology Conference , Aug 2016, Prague, Czech Republic
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Lire les lectures : analyse de données de séquençage
- auteur
- Pierre Peterlongo
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université rennes1, 2016
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Minimal perfect hash functions in large scale bioinformatics Problem
- auteur
- Antoine Limasset, Camille Marchet, Pierre Peterlongo, Lucie Bittner
- article
- JOBIM 2016, Jun 2016, Lyon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Multiple Comparative Metagenomics using Multiset k-mer Counting
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Mahendra Mariadassou, Erwan Drezen, Sophie Schbath, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- 2016
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida, Hélène Chiapello, Amal Hammani, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Marie-Noëlle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Vasco Azevedo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.35. ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
- auteur
- Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
- article
- David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- BGREAT: A De Bruijn graph read mapping tool
- auteur
- Antoine Limasset, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont ferrant, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Helene Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- JOBIM 16. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, ⟨10.1186/s12864-015-1467-7⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- VCF$\_$creator: Mapping and VCF Creation features in DiscoSnp++
- auteur
- Chloé Riou, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Simka: fast kmer-based method for estimating the similarity between numerous metagenomic datasets
- auteur
- Gaëtan Benoit, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier, Claire Lemaitre
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , ⟨10.1093/Bioinforma-cs/btu406⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii
- auteur
- Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Sintia Almeida da Silva, Hélène Chiapello, Amal Hammami, Julien Buratti, Annie Gendrault, Valérie Barbe, Jean-Marc Aury, Stéphanie-Marie Deutsch, Aurélie Nicolas, Sandrine Parayre-Breton, Marie-Noelle Madec, Victoria Chuat, Gwénaël Jan, Pierre Peterlongo, Yves Le Loir, Hélène Falentin
- article
- 20. Colloque du Club des Bactéries Lactiques, Jun 2015, Lille, France. , 2015
- Accès au bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- Reference-free detection of isolated SNPs
- auteur
- Raluca Uricaru, Guillaume Rizk, Vincent Lacroix, Elsa Quillery, Olivier Plantard, Rayan Chikhi, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo
- article
- Nucleic Acids Research, 2014, 43 (2), pp.e11. ⟨10.1093/nar/gku1187⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Rime: Repeat identification
- auteur
- Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2014, 163 (3), pp.275-286. ⟨10.1016/j.dam.2013.02.016⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- GATB: Genome Assembly & Analysis Tool Box
- auteur
- Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
- article
- Bioinformatics, 2014, 30, pp.2959 - 2961. ⟨10.1093/bioinformatics/btu406⟩
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-
Conference papers
- titre
- COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
- auteur
- Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
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-
- titre
- Mapping-free and assembly-free discovery of inversion breakpoints from raw NGS reads
- auteur
- Claire Lemaitre, Liviu Ciortuz, Pierre Peterlongo
- article
- Algorithms for Computational Biology, Jul 2014, Tarragona, Spain. pp.119-130, ⟨10.1007/978-3-319-07953-0_10⟩
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-
Poster communications
- titre
- GATB: Toolbox for developing efficient NGS software
- auteur
- Erwan Drezen, G Rizk, R Chikhi, Charles Deltel, C Lemaitre, P Peterlongo, D Lavenier
- article
- 9th Brazilian Symposium on Bioinformatics, BSB 2014, Oct 2014, Belo Honrizonte, Brazil
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- titre
- Reference-free high-throughput SNP detection in pea: an example of discoSnp usage for a non-model complex genome
- auteur
- Susete Alves Carvalho, Raluca Uricaru, Jorge Duarte, Claire Lemaitre, Nathalie Rivière, Gilles Boutet, Alain Baranger, Pierre Peterlongo
- article
- ECCB 2014, Sep 2014, Strasbourg, France
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- titre
- SNP discovery in pea: a powerful tool for academic research and breeding
- auteur
- Gilles Boutet, J. Duarte, Susete Alves Carvalho, Clément Lavaud, Raluca Uricaru, Pierre Peterlongo, Marie-Laure Pilet-Nayel, Alain Baranger, Nathalie Riviere
- article
- 6. International Food Legumes Research Conference (IFLRC VI), Jul 2014, Saskatook, Canada. , 2014
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- titre
- Speeding up NGS software development
- auteur
- Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
- article
- Sequencing, Finishing and Analysis in the Future Meeting, May 2014, Santa Fé, United States
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- titre
- GATB: a software toolbox for genome assembly and analysis
- auteur
- Erwan Drezen, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Charles Deltel, Claire Lemaitre, Pierre Peterlongo, Dominique Lavenier
- article
- Bio-IT World Conference, Apr 2014, Boston, United States
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2013
Journal articles
- titre
- Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
- auteur
- Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard
- article
- Molecular Ecology Resources, 2013, 14 (2), pp.393-400. ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩
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-
Conference papers
- titre
- Analyse de transcriptomes de foies de canards par séquençage d’ARN (RNA-Seq)
- auteur
- Christian Diot, Magalie Houee, Olivier Demeure, Elisabeth Baéza, Alain Vignal, Frederique Pitel, Christel Marie-Etancelin, Christèle Robert-Granié, Caroline Molette, Olivier Bouchez, Diane Esquerre, Nathalie Marsaud, Christophe C. Klopp, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
- article
- 10. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, La Rochelle., Mar 2013, La Rochelle, France
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-
Reports
- titre
- Médiation Scientifique : une facette de nos métiers de la recherche
- auteur
- Antoine Rousseau, Aurélie Darnaud, Brice Goglin, Céline Acharian, Christine Leininger, Christophe Godin, Clarisse Holik, Claude Kirchner, Diane Rives, Elodie Darquie, Erwan Kerrien, Fabrice Neyret, Florent Masseglia, Florian Dufour, Gérard Berry, Gilles Dowek, Hélène Robak, Hélène Xypas, Irina Illina, Isabelle Gnaedig, Joanna Jongwane, Jocelyne Ehrel, Laurent Viennot, Laure Guion, Lisette Calderan, Lola Kovacic, Marie Collin, Marie-Agnès Enard, Marie-Hélène Comte, Martin Quinson, Martine Olivi, Mathieu Giraud, Mathilde Dorémus, Mia Ogouchi, Muriel Droin, Nathalie Lacaux, Nicolas P. Rougier, Nicolas Roussel, Pascal Guitton, Pierre Peterlongo, Rose-Marie Cornus, Simon Vandermeersch, Sophie Maheo, Sylvain Lefebvre, Sylvie Boldo, Thierry Viéville, Véronique Poirel, Aline Chabreuil, Arnaud Fischer, Claude Farge, Claude Vadel, Isabelle Astic, Jean-Pierre Dumont, Loic Féjoz, Patrick Rambert, Pierre Paradinas, Sophie de Quatrebarbes, Stéphane Laurent
- article
- [Interne] Inria. 2013, pp.34
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-
2012
Journal articles
- titre
- Compareads: comparing huge metagenomic experiments
- auteur
- Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 19), pp.S10. ⟨10.1186/1471-2105-13-S19-S10⟩
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-
- titre
- KISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
- auteur
- Gustavo Sacomoto, Janice Kielbassa, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Pavlos Antoniou, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (Suppl 6), pp.S5. ⟨10.1186/1471-2105-13-S6-S5⟩
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-
- titre
- Mapsembler, targeted and micro assembly of large NGS datasets on a desktop computer
- auteur
- Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.48. ⟨10.1186/1471-2105-13-48⟩
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Conference papers
- titre
- Compareads: comparing huge metagenomic experiments
- auteur
- Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- RECOMB Comparative Genomics 2012, Oct 2012, Niterói, Brazil
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- titre
- BlastGraph: intensive approximate pattern matching in string graphs and de-Bruijn graphs
- auteur
- Guillaume Holley, Pierre Peterlongo
- article
- PSC 2012, Aug 2012, Prague, Czech Republic
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Poster communications
- titre
- Compareads: comparing huge metagenomic experiments
- auteur
- Nicolas Maillet, Claire Lemaitre, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- 13e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France. 2012
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