2022
Journal articles
- titre
- Very High Resolution Species Distribution Modeling Based on Remote Sensing Imagery: How to Capture Fine-Grained and Large-Scale Vegetation Ecology With Convolutional Neural Networks?
- auteur
- Benjamin Deneu, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Maximilien Servajean, François Munoz
- article
- Frontiers in Plant Science, In press, 13, ⟨10.3389/fpls.2022.839279⟩
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-
- titre
- Deep Species Distribution Modeling From Sentinel-2 Image Time-Series: A Global Scale Analysis on the Orchid Family
- auteur
- Joaquim Estopinan, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, François Munoz, Alexis Joly
- article
- Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.839327. ⟨10.3389/fpls.2022.839327⟩
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-
- titre
- How Networks of Citizen Observatories Can Increase the Quality and Quantity of Citizen-Science-Generated Data Used to Monitor SDG Indicators
- auteur
- Sasha Woods, Maria Daskolia, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Karen Soacha, Sonia Liñan, Tim Woods, Jaume Piera, Luigi Ceccaroni
- article
- Sustainability, 2022, 14 (7), ⟨10.3390/su14074078⟩
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-
- titre
- Can Artificial Intelligence Help in the Study of Vegetative Growth Patterns from Herbarium Collections? An Evaluation of the Tropical Flora of the French Guiana Forest
- auteur
- Hervé Goëau, Titouan Lorieul, Patrick Heuret, Alexis Joly, Pierre Bonnet
- article
- Plants, 2022, 11 (4), pp.530-552. ⟨10.3390/plants11040530⟩
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-
- titre
- Dynamic Species Distribution Modeling Reveals the Pivotal Role of Human-Mediated Long-Distance Dispersal in Plant Invasion
- auteur
- Christophe Botella, Pierre Bonnet, Cang Hui, Alexis Joly, David M. Richardson
- article
- Biology, 2022, 11 (9), pp.1293. ⟨10.3390/biology11091293⟩
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-
Conference papers
- titre
- Species Distribution Modeling based on aerial images and environmental features with Convolutional Neural Networks
- auteur
- César Leblanc, Alexis Joly, Titouan Lorieul, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet
- article
- Working Notes of CLEF 2022 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Guglielmo Faggioli; Nicola Ferro; Allan Hanbury; Martin Potthast, Sep 2022, Bologne, Italy. pp.2123-2150
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-
- titre
- Overview of LifeCLEF 2022: An Evaluation of Machine-Learning Based Species Identification and Species Distribution Prediction
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Lukáš Picek, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Andrew Durso, Hervé Glotin, Robert Planqué, Willem-Pier Vellinga, Amanda Navine, Holger Klinck, Tom Denton, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Milan Šulc, Marek Hrúz
- article
- CLEF 2022 - 13th International Conference of the CLEF Association, Sep 2022, Bologna, Italy. pp.257-285, ⟨10.1007/978-3-031-13643-6_19⟩
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-
- titre
- Overview of PlantCLEF 2022: Image-based plant identification at global scale
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2022 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2022, Bologne, Italy. pp.1916-1928
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-
- titre
- Overview of GeoLifeCLEF 2022: Predicting species presence from multi-modal remote sensing, bioclimatic and pedologic data
- auteur
- Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2022 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2022, Bologne, Italy. pp.1940-1956
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-
- titre
- LifeCLEF 2022 Teaser: An Evaluation of Machine-Learning Based Species Identification and Species Distribution Prediction
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Lukáš Picek, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Andrew Durso, Isabelle Bolon, Hervé Glotin, Robert Planqué, Willem-Pier Vellinga, Holger Klinck, Tom Denton, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller, Milan Šulc
- article
- ECIR 2022 - 44th European Conference on Information Retrieval Research, Apr 2022, Stavanger, Norway. pp.390-399, ⟨10.1007/978-3-030-99739-7_49⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections
- auteur
- Quentin Groom, Mathias Dillen, Wouter Addink, Arturo Ariño, Christian Bölling, Pierre Bonnet, Lorenzo Cecchi, Elizabeth Ellwood, Rui Figueira, Pierre-Yves Gagnier, Olwen Grace, Anton Güntsch, Helen Hardy, Pieter Huybrechts, Roger Hyam, Alexis Joly, Isabel Larridon, Vamsi Krishna Kommineni, Laurence Livermore, Ricardo Jorge Lopes, Jeremy Miller, Sofie Meeus, Kenzo Milleville, Marc Pignal, Renato Panda, Jorrit Poelen, Blagoj Ristevski, Tim Robertson, Cristina Rufino, Joaquim Santos, Maarten Schermer, Katja Seltmann, Ben Scott, Heliana Teixeira, Maarten Trekels, Jitendra Gaikwad
- article
- {date}
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-
2021
Journal articles
- titre
- Machine Learning Undercounts Reproductive Organs on Herbarium Specimens but Accurately Derives Their Quantitative Phenological Status: A Case Study of Streptanthus tortuosus
- auteur
- Natalie Love, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Alexis Joly, Susan Mazer
- article
- Plants, 2021, 10 (11), pp.2471. ⟨10.3390/plants10112471⟩
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-
- titre
- Customized e-floras: How to develop your own project on the Pl@ntNet platform
- auteur
- Antoine Affouard, Mathias Chouet, Jean-Christophe Lombardo, Hugo Gresse, Hervé Goëau, Titouan Lorieul, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- Biodiversity Information Science and Standards, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73857⟩
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-
- titre
- AI-based Identification of Plant Photographs from Herbarium Specimens
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- Biodiversity Information Science and Standards, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73751⟩
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-
- titre
- Convolutional neural networks improve species distribution modelling by capturing the spatial structure of the environment
- auteur
- Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Christophe Botella, François Munoz, Alexis Joly
- article
- PLoS Computational Biology, 2021, 17 (4), pp.e1008856. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008856⟩
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-
- titre
- Jointly estimating spatial sampling effort and habitat suitability for multiple species from opportunistic presence‐only data
- auteur
- Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal Monestiez
- article
- Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (5), pp.933-945. ⟨10.1111/2041-210X.13565⟩
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-
- titre
- Identifying gaps in the photographic record of the vascular plant flora of the Americas
- auteur
- Nigel C. A. Pitman, Tomomi Suwa, Carmen Ulloa Ulloa, James Miller, James Solomon, Juliana Philipp, Corine Vriesendorp, Abigail Derby Lewis, Sinem Perk, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Mathias Tobler, Jason H. Best, John P. Janovec, Kevin C. Nixon, Barbara M. Thiers, Melissa Tulig, Edward E. Gilbert, Rafaela Campostrini Forzza, Geraldo Zimbrão, Fabiana Luiza Ranzato Filardi, Robert Turner, Fernando Zuloaga, Manuel Belgrano, Christian Zanotti, Jurriaan M. de Vos, Eduardo Hettwer Giehl, Timothy C. E. Paine, Rubens Texeira de Queiroz, Katya Romoleroux, Everton Hilo de Souza
- article
- Nature Plants, 2021, 7, pp.1010-1014. ⟨10.1038/s41477-021-00974-2⟩
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-
Conference papers
- titre
- Pl@ntNet-300K: a plant image dataset with high label ambiguity and a long-tailed distribution
- auteur
- Camille Garcin, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Jean-Christophe Lombardo, Antoine Affouard, Mathias Chouet, Maximilien Servajean, Titouan Lorieul, Joseph Salmon
- article
- NeurIPS 2021 - 35th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2021, Virtual Conference, France
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-
- titre
- Overview of PlantCLEF 2021: cross-domain plant identification
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2021 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2021, Bucarest, Romania. pp.1422-1436
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-
- titre
- Overview of LifeCLEF 2021: an evaluation of Machine-Learning based Species Identification and Species Distribution Prediction
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Lukáš Picek, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Andrew Durso, Isabelle Bolon, Hervé Glotin, Robert Planqué, Rafael Ruiz de Castañeda, Willem-Pier Vellinga, Holger Klinck, Tom Denton, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller
- article
- CLEF 2021 - 12th International Conference of the CLEF Association, Sep 2021, Virtual Event, France. pp.371-393, ⟨10.1007/978-3-030-85251-1_24⟩
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-
- titre
- Overview of GeoLifeCLEF 2021: Predicting species distribution from 2 million remote sensing images
- auteur
- Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2021 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Guglielmo Faggioli; Nicola Ferro; Alexis Joly; Maria Maistro; Florina Piroi, Sep 2021, Bucarest, Romania. pp.1451-1462
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-
- titre
- Pl@ntNet, ten years of automatic plant identification and monitoring
- auteur
- Alexis Joly, Antoine Affouard, Mathias Chouet, Benjamin Deneu, Joaquim Estopinan, Hervé Goëau, Hugo Gresse, Jean-Christophe Lombardo, Titouan Lorieul, François Munoz, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet
- article
- IUCN - Congrès mondial de la nature, IUCN, Sep 2021, Marseille, France
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-
- titre
- WeedElec: a robotic research platform for individual weed detection and selective electrical weeding
- auteur
- Florent Abdelghafour, Florian Rançon, Shiyu Liu, Julien Champ, Vincent de Rudnicki, Christophe Guizard, Hervé Goëau, Claude Doussan, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Gilles Rabatel
- article
- EPCA 2021 - 13th European Conference on Precision Agriculture, Jul 2021, Budapest, Hungary. pp.695-702, ⟨10.3920/978-90-8686-916-9_83⟩
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-
- titre
- How Do Deep Convolutional SDM Trained on Satellite Images Unravel Vegetation Ecology ?
- auteur
- Benjamin Deneu, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Maximilien Servajean, François Munoz
- article
- ICPR 2020 - 25th International Conference on Pattern Recognition, Alberto Del Bimbo; Rita Cucchiara; Stan Sclaroff; Giovanni Maria Farinella; Tao Mei; Marco Bertini; Hugo Jair Escalante; Roberto Vezzani, Jan 2021, Milan / Virtual, Italy. pp.148-158, ⟨10.1007/978-3-030-68780-9_15⟩
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-
- titre
- Conditional Multi-Task learning for Plant Disease Identification
- auteur
- Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- ICPR 2020 - 25th International Conference on Pattern Recognition, The International Association for Pattern Recognition (IAPR); ICPR2020 Organizing committee, Jan 2021, Milan, Italy. pp.3320-3327, ⟨10.1109/ICPR48806.2021.9412643⟩
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-
2020
Journal articles
- titre
- Attention-Based Recurrent Neural Network for Plant Disease Classification
- auteur
- Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.601250⟩
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-
- titre
- AI Naturalists Might Hold the Key to Unlocking Biodiversity Data in Social Media Imagery
- auteur
- Tom August, Oliver Pescott, Alexis Joly, Pierre Bonnet
- article
- Patterns, 2020, 1 (7), pp.100116. ⟨10.1016/j.patter.2020.100116⟩
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-
- titre
- A New Method for Counting Reproductive Structures in Digitized Herbarium Specimens Using Mask R-CNN
- auteur
- Charles C. Davis, Julien Champ, Daniel Park, Ian Breckheimer, Goia Lyra, Junxi Xie, Alexis Joly, Dharmesh Tarapore, Aaron M Ellison, Pierre Bonnet
- article
- Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.01129⟩
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-
- titre
- Instance segmentation for the fine detection of crop and weed plants by precision agricultural robots
- auteur
- Julien Champ, Adán Mora‐fallas, Hervé Goëau, Erick Mata‐montero, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- Applications in Plant Sciences, 2020, 8 (7), pp.e11373. ⟨10.1002/aps3.11373⟩
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-
- titre
- A new fine‐grained method for automated visual analysis of herbarium specimens: A case study for phenological data extraction
- auteur
- Hervé Goëau, Adán Mora‐fallas, Julien Champ, Natalie Lauren Rossington Love, Susan Mazer, Erick Mata‐montero, Alexis Joly, Pierre Bonnet
- article
- Applications in Plant Sciences, 2020, 8 (6), pp.#e11368. ⟨10.1002/aps3.11368⟩
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-
- titre
- Bias in presence-only niche models related to sampling effort and species niches: Lessons for background point selection
- auteur
- Christophe Botella, Alexis Joly, Pascal Monestiez, Pierre Bonnet, François Munoz
- article
- PLoS ONE, 2020, 15 (5), pp.e0232078. ⟨10.1371/journal.pone.0232078⟩
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-
- titre
- Segmentación de instancias para detección automática de malezas y cultivos en campos de cultivo
- auteur
- Adán Mora-Fallas, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Erick Mata-Montero, Hervé Goëau
- article
- Revista Tecnología en Marcha, 2020, ⟨10.18845/tm.v33i5.5069⟩
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-
- titre
- New perspectives on plant disease characterization based on deep learning
- auteur
- Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- Computers and Electronics in Agriculture, 2020, 170, pp.105220. ⟨10.1016/j.compag.2020.105220⟩
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-
- titre
- Biodiversity Information Science and Standards 4: e58933 Pl@ntNet Services, a Contribution to the Monitoring and Sharing of Information on the World Flora
- auteur
- Pierre Bonnet, Julien Champ, Hervé Goëau, Fabian-Robert Stöter, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Oleksandra Levchenko, Hugo Gresse, Alexis Joly
- article
- Biodiversity Information Science and Standards, 2020, 4, ⟨10.3897/biss.4.58933⟩
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-
- titre
- Machine Learning Using Digitized Herbarium Specimens to Advance Phenological Research
- auteur
- Katelin D. Pearson, Gil Nelson, Myla Aronson, Pierre Bonnet, Laura Brenskelle, Charles C. Davis, Ellen Denny, Elizabeth R. Ellwood, Hervé Goëau, J Mason Heberling, Alexis Joly, Titouan Lorieul, Susan Mazer, Emily Meineke, Brian Stucky, Patrick W. Sweeney, Alexander White, Pamela S. Soltis
- article
- Bioscience, 2020, 70 (7), pp.610-620. ⟨10.1093/biosci/biaa044⟩
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-
- titre
- Contribution citoyenne au suivi de la flore d'un parc national français, un exemple remarquable à l'échelle du Parc national des Cévennes
- auteur
- Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Frantz Hopkins, Errol Véla, Amandine Sahl, Antoine Affouard, Julien Champ, Hugo Gresse, Alexis Joly
- article
- Carnets Botaniques, 2020, pp.1-9. ⟨10.34971/zaz0-n247⟩
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-
- titre
- How citizen scientists contribute to monitor protected areas thanks to automatic plant identification tools
- auteur
- Pierre Bonnet, Alexis Joly, Jean-Michel Faton, Susan Brown, David Kimiti, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Laura Mary, Christel Vignau, François Munoz
- article
- Ecological Solutions and Evidence, 2020, 1 (2), ⟨10.1002/2688-8319.12023⟩
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-
Conference papers
- titre
- Overview of LifeCLEF Plant Identification task 2020
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2020 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, The CLEF Initiative, Sep 2020, Thessalonique, Greece
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Overview of LifeCLEF 2020: A System-Oriented Evaluation of Automated Species Identification and Species Distribution Prediction
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Benjamin Deneu, Willem-Pier Vellinga, Maximilien Servajean, Elijah Cole, Lukáš Picek, Rafael Ruiz de Castañeda, Isabelle Bolon, Andrew Durso, Titouan Lorieul, Christophe Botella, Hervé Glotin, Julien Champ, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller
- article
- CLEF 2020 - 11th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2020, Thessaloniki, Greece. pp.342-363, ⟨10.1007/978-3-030-58219-7_23⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Overview of LifeCLEF location-based species prediction task 2020 (GeoLifeCLEF)
- auteur
- Benjamin Deneu, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Maximilien Servajean, Christophe Botella, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2020 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2020, Thessaloniki, Greece
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- LifeCLEF 2020 Teaser: Biodiversity Identification and Prediction Challenges
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Rafael Ruiz de Castaneda, Hervé Glotin, Elijah Cole, Julien Champ, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Titouan Lorieul, Willem-Pier Vellinga, Fabian-Robert Stöter, Andrew Durso, Pierre Bonnet, Henning Müller
- article
- ECIR 2020 - 42nd European Conference on IR Research on Advances in Information Retrieval, Apr 2020, Lisbon, Portugal. pp.542-549, ⟨10.1007/978-3-030-45442-5_70⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Participation of LIRMM / Inria to the GeoLifeCLEF 2020 challenge
- auteur
- Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, François Munoz, Alexis Joly
- article
- {date}
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The GeoLifeCLEF 2020 Dataset
- auteur
- Elijah Cole, Benjamin Deneu, Titouan Lorieul, Maximilien Servajean, Christophe Botella, Dan Morris, Nebojsa Jojic, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- {date}
- Accès au bibtex
-
2019
Journal articles
- titre
- Toward a large-scale and deep phenological stage annotation of herbarium specimens: Case studies from temperate, tropical, and equatorial floras
- auteur
- Titouan Lorieul, Katelin D. Pearson, Elizabeth R. Ellwood, Hervé Goëau, Jean‐francois Molino, Patrick W. Sweeney, Jennifer M. Yost, Joel Sachs, Gil Nelson, Pamela S. Soltis, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Erick Mata-Montero
- article
- Applications in Plant Sciences, 2019, 7 (3), pp.e01233. ⟨10.1002/aps3.1233⟩
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-
Conference papers
- titre
- Overview of LifeCLEF 2019: Identification of Amazonian Plants, South & North American Birds, and Niche Prediction
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Stefan Kahl, Maximilien Servajean, Hervé Glotin, Pierre Bonnet, Robert Planqué, Fabian-Robert Stöter, Willem-Pier Vellinga, Henning Müller
- article
- CLEF 2019 - 10th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2019, Lugano, Switzerland. pp.387-401, ⟨10.1007/978-3-030-28577-7_29⟩
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-
- titre
- Overview of LifeCLEF Plant Identification Task 2019: diving into Data Deficient Tropical Countries
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2019 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Linda Cappellato; Nicola Ferro; David E. Losada; Henning Müller, Sep 2019, Lugano, Switzerland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Overview of GeoLifeCLEF 2019: plant species prediction using environment and animal occurrences
- auteur
- Christophe Botella, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2019 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2019, Lugano, Switzerland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A new multi-species method to correct for sampling bias in presence only niche models, and its application to Pl@ntNet citizen science data in France
- auteur
- Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal Monestiez
- article
- ESA 2019 - Annual Meeting of the Ecological Society of America, Aug 2019, Louisville, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- LifeCLEF 2019: Biodiversity Identification and Prediction Challenges
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Stefan Kahl, Marion Poupard, Maximilien Servajean, Hervé Glotin, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planqué, Jan Schlüter, Fabian-Robert Stöter, Henning Müller
- article
- ECIR 2019 - 41st European Conference on IR Research, Apr 2019, Cologne, Germany. pp.275-282, ⟨10.1007/978-3-030-15719-7_37⟩
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-
Book sections
- titre
- Biodiversity Information Retrieval Through Large Scale Content-Based Identification: A Long-Term Evaluation
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Jean-Christophe Lombardo, Robert Planqué, Simone Palazzo, Henning Müller
- article
- Nicola Ferro; Carol Peters. Information Retrieval Evaluation in a Changing World: Lessons Learned from 20 Years of CLEF, 41, Springer, pp.389-413, 2019, The Information Retrieval Series, 978-3-030-22948-1. ⟨10.1007/978-3-030-22948-1_16⟩
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-
Software
- titre
- Pl@ntNet
- auteur
- Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- 2019
- Accès au bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- Au-delà de la collecte des données dans les projets de sciences citoyennes : ouvrir le champ de l’analyse et de l’interprétation des données aux citoyens.
- auteur
- Sylvie Blangy, Valentin Lhoste, Céline Arnal, Jennifer Carré, Anaïs Chapot, Isabelle Chuine, Gaëlle Darmon, Alexis Joly, Pascal Monestiez, Pierre Bonnet
- article
- Technologie et innovation, 2018, 18- 3 (Innovations citoyennes), ⟨10.21494/ISTE.OP.2018.0289⟩
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-
- titre
- Species distribution modeling based on the automated identification of citizen observations
- auteur
- Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Pascal P. Monestiez, François Munoz
- article
- Applications in Plant Sciences, 2018, Green Digitization: Online Botanical Collections Data Answering Real‐World Questions, 6 (2), pp.1-11. ⟨10.1002/aps3.1029⟩
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-
Conference papers
- titre
- Overview of GeoLifeCLEF 2018: location-based species recommendation
- auteur
- Christophe Botella, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal P. Monestiez, Alexis Joly
- article
- CLEF 2018 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2018, Avignon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Overview of LifeCLEF 2018: A Large-Scale Evaluation of Species Identification and Recommendation Algorithms in the Era of AI
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Hervé Glotin, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planqué, Henning Müller
- article
- CLEF 2018 - 9th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2018, Avignon, France. pp.247-266, ⟨10.1007/978-3-319-98932-7_24⟩
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-
- titre
- Overview of ExpertLifeCLEF 2018: how far automated identification systems are from the best experts?
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF 2018 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2018, Avignon, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Plant Identification: Experts vs. Machines in the Era of Deep Learning
- auteur
- Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Siang Thye Hang, Mario Lasseck, Milaň Sulc, Valéry Malécot, Philippe Jauzein, Jean-Claude Melet, Christian You, Alexis Joly
- article
- Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Chapter 8, Editions Springer, pp.131-149, 2018, Multimedia Systems and Applications Series, 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automated identification of herbarium specimens at different taxonomic levels
- auteur
- Jose Carranza-Rojas, Alexis Joly, Hervé Goëau, Erick Mata-Montero, Pierre Bonnet
- article
- Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Multimedia Systems and Applications, Editions Springer, pp.151-167, 2018, Multimedia Systems and Applications Series, 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_9⟩
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-
- titre
- A deep learning approach to Species Distribution Modelling
- auteur
- Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Pascal Monestiez, François Munoz
- article
- Alexis Joly; Stefanos Vrochidis; Kostas Karatzas; Ari Karppinen; Pierre Bonnet. Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Springer, pp.169-199, 2018, Multimedia Systems and Applications Series, 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_10⟩
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-
- titre
- Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics - Preface
- auteur
- Alexis Joly, Pierre Bonnet, Stefanos Vrochidis, Kostas Karatzas, Ari Karppinen
- article
- Joly A.; Vrochidis S.; Karatzas K.; Karppinen A.; Bonnet P. Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Springer, pp.1-7, 2018, Multimedia Systems and Applications (MMSA), 978-3-319-76445-0; 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_1⟩
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-
Books
- titre
- Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics
- auteur
- Alexis Joly, Stefanos Vrochidis, Kostas Karatzas, Ari Karppinen, Pierre Bonnet
- article
- Springer International Publishing, 2018, 978-3-319-76445-0. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0⟩
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-
2017
Journal articles
- titre
- Going deeper in the automated identification of Herbarium specimens
- auteur
- Jose Carranza-Rojas, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Erick Mata-Montero, Alexis Joly
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2017, 17 (1), pp.181. ⟨10.1186/s12862-017-1014-z⟩
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-
Conference papers
- titre
- Pl@ntNet -My Business
- auteur
- Alexis Joly, Pierre Bonnet, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Hervé Goëau
- article
- MM: Multimedia, Oct 2017, Mountain View, United States. pp.1-11
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-
- titre
- Automated Herbarium Specimen Identification using Deep Learning
- auteur
- Jose Carranza-Rojas, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Erick Mata-Montero
- article
- TDWG: Biodiversity Information Standards, Oct 2017, Ottawa, Canada. pp.e20302, ⟨10.3897/tdwgproceedings.1.20302⟩
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-
- titre
- Plant identification based on noisy web data: the amazing performance of deep learning (LifeCLEF 2017)
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2017, Dublin, Ireland
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-
- titre
- LifeCLEF 2017 Lab Overview: Multimedia Species Identification Challenges
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Jean-Christophe Lombardo, Robert Planque, Simone Palazzo, Henning Müller
- article
- CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Sep 2017, Dublin, Ireland. pp.255-274, ⟨10.1007/978-3-319-65813-1_24⟩
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-
- titre
- Going deeper in the automated identification of Herbarium specimens
- auteur
- Pierre Bonnet, Alexis Joly, Hervé Goëau, Jean-Christophe Lombardo, Antoine Affouard, Sen Wang, Rémi Knaff, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy
- article
- Botany - Botanical Crossroads, Jun 2017, Forth Worth, TX, United States
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-
- titre
- Pl@ntNet app in the era of deep learning
- auteur
- Antoine Affouard, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Jean-Christophe Lombardo, Alexis Joly
- article
- ICLR: International Conference on Learning Representations, Apr 2017, Toulon, France
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-
Poster communications
- titre
- Potential and limits of automated plant identification based on visual data, feedbacks from the development of Pl@ntNet initiative
- auteur
- Pierre Bonnet, Alexis Joly, Hervé Goëau, Jean-Christophe Lombardo, Antoine Affouard, Sen Wang, Rémi Knaff, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy
- article
- Botany 2017, Jun 2017, Forth Worth, TX, United States. , 2017
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-
2016
Journal articles
- titre
- Categorizing plant images at the variety level: Did you say fine-grained?
- auteur
- Julien Champ, Titouan Lorieul, Pierre Bonnet, Najate Maghnaoui, Christophe Sereno, Thierry Dessup, Jean-Michel Boursiquot, Laurent Audeguin, Thierry Lacombe, Alexis Joly
- article
- Pattern Recognition Letters, 2016, 81, pp.71-79. ⟨10.1016/j.patrec.2016.05.022⟩
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-
- titre
- A look inside the Pl@ntNet experience
- auteur
- Alexis Joly, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Julien Barbe, Souheil Selmi, Julien Champ, Samuel Dufour-Kowalski, Antoine Affouard, Jennifer Carré, Jean-François Molino, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
- article
- Multimedia Systems, 2016, 22 (6), pp.751-766. ⟨10.1007/s00530-015-0462-9⟩
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-
- titre
- Plant identification: Man vs. Machine
- auteur
- Pierre Bonnet, Alexis Joly, Hervé Goëau, Julien Champ, Christel Vignau, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
- article
- Multimedia Tools and Applications, 2016, LifeCLEF 2014 plant identification challenge, 75 (3), pp.1647-1665. ⟨10.1007/s11042-015-2607-4⟩
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-
Conference papers
- titre
- Crowdsourcing Biodiversity Monitoring: How Sharing your Photo Stream can Sustain our Planet
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Julien Champ, Samuel Dufour-Kowalski, Henning Müller, Pierre Bonnet
- article
- MM: Conference on Multimedia, Oct 2016, Amsterdam, Netherlands. pp.958-967, ⟨10.1145/2964284.2976762⟩
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-
- titre
- Plant Identification in an Open-world (LifeCLEF 2016)
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2016, Évora, Portugal. pp.428-439
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-
- titre
- LifeCLEF 2016: Multimedia Life Species Identification Challenges
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Julien Champ, Robert Planqué, Simone Palazzo, Henning Müller
- article
- CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Sep 2016, Évora, Portugal. pp.286-310, ⟨10.1007/978-3-319-44564-9_26⟩
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-
- titre
- An image-based Plant identification platform for thousands of species
- auteur
- Pierre Bonnet, Alexis Joly, Julien Champ, Hervé Goëau, Samuel Dufour-Kowalski, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Sen Wang, Jennifer Carré, Jean-François Molino, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
- article
- ATBC: Association for Tropical Biology and Conservation, Jun 2016, Montpellier, France
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-
2015
Conference papers
- titre
- LifeCLEF Plant Identification Task 2015
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
- article
- CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2015, Toulouse, France
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-
- titre
- LifeCLEF 2015: Multimedia Life Species Identification Challenges
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planqué, Andreas Rauber, Simone Palazzo, Bob Fisher, Henning Müller
- article
- CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Université de Toulouse. FRA., Sep 2015, Toulouse, France. pp.462-483, ⟨10.1007/978-3-319-24027-5_46⟩
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-
2014
Journal articles
- titre
- Pl@ntNet, un réseau et des outils pour une recherche participative
- auteur
- Alexis Joly, Pierre Bonnet, Hervé Goëau
- article
- Interstices, 2014
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-
- titre
- Interactive plant identification based on social image data
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Vera Bakić, Julien Barbe, Souheil Selmi, Itheri Yahiaoui, Jennifer Carré, Elise Mouysset, Jean-François Molino, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
- article
- Ecological Informatics, 2014, 23, pp.22-34. ⟨10.1016/j.ecoinf.2013.07.006⟩
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-
Conference papers
- titre
- Fine-grained Visual Faceted Search
- auteur
- Julien Champ, Alexis Joly, Pierre Bonnet
- article
- MM: Conference on Multimedia, Nov 2014, Orlando, FL, United States. pp.721-722, ⟨10.1145/2647868.2654875⟩
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-
- titre
- Pl@ntNet, une plate-forme innovante d'agrégation et partage d'observations botaniques
- auteur
- Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino, Alexis Joly, Hervé Goëau, Vera Bakić, Souheil Selmi, Julien Champ, Jennifer Carre, Mathias Chouet, Aurélien Perronnet, Christelle Vignau, Samuel Dufour-Kowalski, Antoine Affouard, Julien Barbe, Pierre Bonnet
- article
- International Conference ‘Botanists of the Twenty-first Century’, UNESCO, Sep 2014, Paris, France. pp.191-197
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-
- titre
- LifeCLEF 2014: Multimedia Life Species Identification Challenges
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planque, Andreas Rauber, Bob Fisher, Henning Müller
- article
- CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Sep 2014, Sheffield, United Kingdom. pp.229-249, ⟨10.1007/978-3-319-11382-1_20⟩
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-
- titre
- PlantNet Participation at LifeCLEF2014 Plant Identification Task
- auteur
- Hervé Goëau, Alexis Joly, Itheri Yahiaoui, Vera Bakić, Anne Verroust-Blondet, Pierre Bonnet, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino
- article
- CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2014, Sheffield, United Kingdom. pp.724-737
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-
- titre
- LifeCLEF Plant Identification Task 2014
- auteur
- Hervé Goëau, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Souheil Selmi, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
- article
- CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, University of Scheffield. GBR., Sep 2014, Sheffield, United Kingdom. pp.598-615
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-
- titre
- Pl@ntNet Mobile 2014: Android port and new features
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Antoine Affouard, Vera Bakić, Julien Barbe, Samuel Dufour-Kowalski, Souheil Selmi, Yahiaoui Itheri, Christel Vignau, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
- article
- ICMR: International Conference on Multimedia Retrieval, Apr 2014, Glasgow, United Kingdom. pp.527-530, ⟨10.1145/2578726.2582618⟩
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-
- titre
- LifeCLEF: Multimedia Life Species Identification
- auteur
- Alexis Joly, Henning Müller, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Andreas Rauber, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Bob Fisher
- article
- EMR: Environmental Multimedia Retrieval, Apr 2014, Glasgow, United Kingdom. pp.7-13
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-
Poster communications
- titre
- DataManager, un système novateur de gestion et d’échange de données botaniques distribuées
- auteur
- Samuel Dufour-Kowalski, Mathias Chouet, Antoine Affouard, Jean-Pascal Milcent, Grégoire Duché, Benjamin Liens, Pierre Bonnet, Thomas Le Bourgeois, Alexis Joly, Hervé Goëau, Daniel Barthélémy, Jean-François Molino
- article
- Quels botanistes pour le 21e siècle ? Métiers, enjeux, opportunités, Sep 2014, Paris, France. , 2014
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-
2013
Conference papers
- titre
- The Imageclef Plant Identification Task 2013
- auteur
- Alexis Joly, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Vera Bakić, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
- article
- MAED: Multimedia Analysis for Ecological Data, Oct 2013, Barcelone, Spain. pp.23-28, ⟨10.1145/2509896.2509902⟩
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-
- titre
- Pl@ntNet Mobile App
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Vera Bakić, Julien Barbe, Itheri Yahiaoui, Souheil Selmi, Jennifer Carré, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino, Grégoire Duché, Aurélien Perronet
- article
- MM 2013 - 21st ACM International Conference on Multimedia, Oct 2013, Barcelone, Spain. pp.423-424, ⟨10.1145/2502081.2502251⟩
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-
- titre
- The ImageCLEF 2013 Plant Identification Task
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Vera Bakić, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino
- article
- CLEF, Sep 2013, Valencia, Spain
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-
- titre
- Imageclef 2013: the vision, the data and the open challenges
- auteur
- Caputo Barbara, Muller Henning, Thomee Bart, Villegas Mauricio, Roberto Paredes, David Zellhofer, Hervé Goëau, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Jesus Martinez Gomez, Ismael Garcia Varea, Miguel Cazorla
- article
- CLEF 2013 - 4th Conference and Labs of the Evaluation Forum : Information Access Evaluation meets Multilinguality, Multimodality, and Visualization, Sep 2013, Valencia, Spain. pp.250-268, ⟨10.1007/978-3-642-40802-1_26⟩
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2012
Conference papers
- titre
- Multi-Organ Plant Identification
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Julien Barbe, Vera Bakić, Alexis Joly, Jean-François Molino
- article
- ACM International Workshop on Multimedia Analysis for Ecological Data, Oct 2012, Nara, Japan. pp.41--44
- Accès au bibtex
-
- titre
- The ImageCLEF 2012 Plant Identification Task
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Itheri Yahiaoui, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino
- article
- CLEF'2012: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2012, Rome, Italy
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2011
Conference papers
- titre
- Visual-based plant species identification from crowdsourced data
- auteur
- Hervé Goëau, Alexis Joly, Souheil Selmi, Pierre Bonnet, Elise Mouysset, Laurent Joyeux, Jean-François Molino, Philippe Birnbaum, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
- article
- MM'11 - ACM Multimedia 2011, Nov 2011, Scottsdale, United States. pp.0-0, ⟨10.1145/2072298.2072472⟩
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-
- titre
- The CLEF 2011 Plant Images Classification Task
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy, Jean-François Molino, Philippe Birnbaum, Elise Mouysset, Marie Picard
- article
- Working Notes for CLEF 2011 Conference, Vivien Petras; Pamela Forner; Paul Clough; Nicola Ferro, Sep 2011, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- The ImageCLEF 2011 plant images classification task
- auteur
- Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy, Jean-François Molino, Philippe Birnbaum, Elise Mouysset, Marie Picard
- article
- ImageCLEF 2011, Sep 2011, Amsterdam, Netherlands
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Participation of INRIA & Pl@ntNet to ImageCLEF 2011 plant images classification task
- auteur
- Hervé Goëau, Alexis Joly, Itheri Yahiaoui, Pierre Bonnet, Elise Mouysset
- article
- ImageCLEF 2011, Sep 2011, Amsterdam, Netherlands. pp.0-0
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Pl@ntnet project: plant computational identification and collaborative information system
- auteur
- Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Daniel Mathieu, Jean-François Molino, Alexis Joly, Elise Mouysset, Philippe Birnbaum, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Violette Roche
- article
- IBC 2011 - XVIII International Botanical congress, Jul 2011, Melbourne, Australia
- Accès au bibtex
-
- titre
- The Pl@ntNet project: Plant Computational Identification and Collaborative Information System
- auteur
- Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Daniel Mathieu, Jean-François Molino, Alexis Joly, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Elise Mouysset, Philippe Birnbaum, Violette Roche, Wajih Ouertani, Pierre Grard
- article
- Biosystematics 2011 - Digital identification methods in the digital age - morphological and molecular, computer-aided and fully automated, research and citizen science, Feb 2011, Berlin, Germany
- Accès au bibtex
-
2009
Poster communications
- titre
- Advances in taxonomic identification by image recognition, with the generic content-based image retrieval IKONA
- auteur
- Mathieu Coutaud, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Raffi Enficiaud, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
- article
- e-Biosphere 09 International Conference on Biodiversity Informatics, Jun 2009, London, United Kingdom. 2009
- Accès au bibtex
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