Publications HAL de Pierre Bonnet

2024

Journal articles

titre
Can we harmonize the monitoring of plants and pollinators?
auteur
Emmanuelle Porcher, Pierre Bonnet, Christian Damgaard, Pieter de Frenne, Nicolas Deguines, Bodil Ehlers, Jérôme Frei, María García, Clément Gros, Ute Jandt, Alexis Joly, Gabrielle Martin, Denis Michez, Oliver Pescott, Tobias Roth, Donald Waller
article
New Phytologist, 2024, 244 (1), pp.39-42. ⟨10.1111/nph.20038⟩
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https://hal.science/hal-04680061/file/PlantPollMonitorig_MeetingReport_Final.pdf BibTex
titre
A deep-learning framework for enhancing habitat identification based on species composition
auteur
César Leblanc, Pierre Bonnet, Maximilien Servajean, Milan Chytrý, Svetlana Aćić, Olivier Argagnon, Ariel Bergamini, Idoia Biurrun, Gianmaria Bonari, Juan Antonio Campos, Renata Ćušterevska, Andraž Čarni, Michele de Sanctis, Juergen Dengler, Emmanuel Garbolino, Valentin Golub, Ute Jandt, Florian Jansen, Maria Lebedeva, Jonathan Roger Michel Henri Lenoir, Jesper Erenskjold Moeslund, Aaron Pérez-Haase, Remigiusz Pielech, Jozef Šibík, Zvjezdana Stančić, Angela Stanisci, Grzegorz Swacha, Domas Uogintas, Kiril Vassilev, Thomas Wohlgemuth, Alexis Joly
article
Applied Vegetation Science, 2024, 27 (3), pp.e12802. ⟨10.1111/avsc.12802⟩
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titre
Revolutionizing Plant Pathogen Conservation: The Past, Present, and Future of AI in Preserving Natural Ecosystems
auteur
Sue Han Lee, Zhe Rui Liaw, Yu Hao Chai, Shien Lin Ng, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Alexis Joly
article
Biodiversity Information Science and Standards, 2024, 8, pp.e133055. ⟨10.3897/biss.8.133055⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04701227/file/BISS_article_133055.pdf BibTex
titre
Mapping global orchid assemblages with deep learning provides novel conservation insights
auteur
Joaquim Estopinan, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly, François Munoz
article
Ecological Informatics, 2024, 81, pp.102627. ⟨10.1016/j.ecoinf.2024.102627⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04581266/file/Estopinan_etal_Ecological_Informatics_2024_81.pdf BibTex
titre
Detecting flowers on imagery with computer vision to improve continental scale grassland biodiversity surveying
auteur
Neija Elvekjaer, Laura Martínez-Sanchez, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Maria Luisa Paracchini, Marijn van Der Velde
article
Ecological Solutions and Evidence, 2024, 5, ⟨10.1002/2688-8319.12324⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04593804/file/Elvekjaer_etal_Ecol_Sol_Evidence_2024_5_2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Overview of GeoLifeCLEF 2024: Species Composition Prediction with High Spatial Resolution at Continental Scale using Remote Sensing
auteur
Lukáš Picek, Christophe Botella, Maximilien Servajean, César Leblanc, Remi Palard, Théo Larcher, Benjamin Deneu, Diego Marcos, Joaquim Estopinan, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2024 - Working Notes of the 25th Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2024, Grenoble, France. pp.1966-1977
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https://hal.inrae.fr/hal-04720817/file/Picek_etal_CEUR-Workshop-Proceedings-3740.pdf BibTex
titre
Cooperative learning of Pl@ntNet’s Artificial Intelligence algorithm using label aggregation
auteur
Tanguy Lefort, Antoine Affouard, Pierre Bonnet, Benjamin Charlier, Alexis Joly, Joseph Salmon
article
JDS 2024 - 55es Journées de Statistique, Société Française de Statistique, May 2024, Bordeaux, France
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https://hal.science/hal-04574223/file/jds24.pdf BibTex
titre
LifeCLEF 2024 Teaser: Challenges on Species Distribution Prediction and Identification
auteur
Alexis Joly, Lukáš Picek, Stefan Kahl, Hervé Goëau, Vincent Espitalier, Christophe Botella, Benjamin Deneu, Diego Marcos, Joaquim Estopinan, César Leblanc, Théo Larcher, Milan Šulc, Marek Hrúz, Maximilien Servajean, Jiří Matas, Hervé Glotin, Robert Planqué, Willem-Pier Vellinga, Holger Klinck, Tom Denton, Andrew Durso, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller
article
ECIR 2024 - 46th European Conference on Information Retrieval, Mar 2024, Glasgow, United Kingdom. pp.19-27, ⟨10.1007/978-3-031-56072-9_3⟩
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Cooperative learning of Pl@ntNet's Artificial Intelligence algorithm: how does it work and how can we improve it?
auteur
Tanguy Lefort, Antoine Affouard, Benjamin Charlier, Jean-Christophe Lombardo, Mathias Chouet, Hervé Goëau, Joseph Salmon, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
2024
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https://hal.science/hal-04603038/file/MEE_paper_plantnet.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Modern Approaches to the Monitoring of Biоdiversity (MAMBO)
auteur
Toke Thomas Høye, Tom August, Mario V Balzan, Koos Biesmeijer, Pierre Bonnet, Tom D. Breeze, Christophe Dominik, France Gerard, Alexis Joly, Vincent Kalkman, W Daniel Kissling, Teodor Metodiev, Jesper Moeslund, Simon Potts, David B Roy, Oliver Schweiger, Deepa Senapathi, Josef Settele, Pavel Stoev, Dan Stowell
article
Research Ideas and Outcomes, 2023, 9, pp.e116951. ⟨10.3897/rio.9.e116951⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04405026/file/Hoye_etal_RIO_2023_9.pdf BibTex
titre
Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections
auteur
Quentin Groom, Mathias Dillen, Wouter Addink, Arturo Ariño, Christian Bölling, Pierre Bonnet, Lorenzo Cecchi, Elizabeth Ellwood, Rui Figueira, Pierre-Yves Gagnier, Olwen Grace, Anton Güntsch, Helen Hardy, Pieter Huybrechts, Roger Hyam, Alexis Joly, Vamsi Krishna Kommineni, Isabel Larridon, Laurence Livermore, Ricardo Jorge Lopes, Sofie Meeus, Jeremy Miller, Kenzo Milleville, Renato Panda, Marc Pignal, Jorrit Poelen, Blagoj Ristevski, Tim Robertson, Cristina Rufino, Joaquim Santos, Maarten Schermer, Ben Scott, Katja Seltmann, Heliana Teixeira, Maarten Trekels, Jitendra Gaikwad
article
BDJ Open, 2023, 11, ⟨10.3897/BDJ.11.e109439⟩
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https://inria.hal.science/hal-03871553/file/BDJ_article_109439.pdf BibTex
titre
Estimating Compositions and Nutritional Values of Seed Mixes Based on Vision Transformers
auteur
Shamprikta Mehreen, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Sophie Chau, Julien Champ, Alexis Joly
article
Plant Phenomics, 2023, 5 (#0112), ⟨10.34133/plantphenomics.0112⟩
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https://inria.hal.science/hal-04322179/file/Mehreen_etal_PlantPhenomics_2023_5.pdf BibTex
titre
Synergizing Digital, Biological, and Participatory Sciences for Global Plant Species Identification: Enabling access to a worldwide identification service
auteur
Pierre Bonnet, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Mathias Chouet, Hugo Gresse, Vanessa Hequet, Remi Palard, Maxime Fromholtz, Vincent Espitalier, Hervé H G Goëau, Benjamin Deneu, Christophe Botella, Joaquim Estopinan, César Leblanc, Maximilien Servajean, François Munoz, Alexis Joly
article
Biodiversity Information Science and Standards, 2023, 7, pp.e112545. ⟨10.3897/biss.7.112545⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04430929/file/Bonnet_etal_BISS_article_2023_112545.pdf BibTex
titre
Pl@ntNet Crops: merging citizen science observations and structured survey data to improve crop recognition for agri-food-environment applications
auteur
Marijn van Der Velde, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Raphaël d'Andrimont, Martin Yordanov, Antoine Affouard, Martin Claverie, Bálint Czúcz, Neija Elvekjær, Laura Martinez-Sanchez, Xavier Rotllan-Puig, A. Sima, Astrid Verhegghen, Alexis Joly
article
Environmental Research Letters, 2023, 18 (2), pp.025005. ⟨10.1088/1748-9326/acadf3⟩
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https://hal.science/hal-03965684/file/van_der_Velde_2023_Environ._Res._Lett._18_025005.pdf BibTex

Conference papers

titre
Pairwise Feature Learning for Unseen Plant Disease Recognition
auteur
Abel Yu Hao Chai, Sue Han Lee, Fei Siang Tay, Yi Lung Then, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
ICIP 2023 - 30th IEEE International Conference on Image Processing, Thie Institute of Electrical and Electronics Engineers; Signal Processing Society, Oct 2023, Kuala Lumpur, Malaysia. pp.306-310, ⟨10.1109/ICIP49359.2023.10222401⟩
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BibTex
titre
Overview of PlantCLEF 2023: Image-based Plant Identification at Global Scale
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2023 - Working Notes of the 24th Conference and Labs of the Evaluation Forum, Mohammad Aliannejadi; Guglielmo Faggioli; Nicola Ferro; Michalis Vlachos, Sep 2023, Thessalonique, Greece. pp.1972-1981
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https://hal.science/hal-04345310/file/Goeau_etal_PlantClef_CEUR_Workshop_2023.pdf BibTex
titre
Overview of GeoLifeCLEF 2023: Species Composition Prediction with High Spatial Resolution at Continental Scale Using Remote Sensing
auteur
Christophe Botella, Benjamin Deneu, Diego Marcos, Maximilien Servajean, Théo Larcher, César Leblanc, Joaquim Estopinan, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2023 - Working Notes of the 24th Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2023, Thessalokini, Greece. pp.1954-1971
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https://hal.science/hal-04322255/file/paper-166%20%281%29.pdf BibTex
titre
LifeCLEF 2023 teaser: Species Identification and Prediction Challenges
auteur
Alexis Joly, Stefan Kahl, Lukáš Picek, Christophe Botella, Diego Marcos, Milan Šulc, Marek Hrúz, Sara Si Moussi, Maximilien Servajean, Elijah Cole, Andrew Durso, Hervé Glotin, Robert Planqué, Willem-Pier Vellinga, Holger Klinck, Tom Denton, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller
article
ECIR 2023 - 45th European Conference on Information Retrieval, Jaap Kamps; Lorraine Goeuriot; Fabio Crestani; Maria Maistro; Hideo Joho; Brian Davis; Cathal Gurrin; Udo Kruschwitz; Annalina Caputo, Apr 2023, Dublin, Ireland. pp.568-576, ⟨10.1007/978-3-031-28241-6_65⟩
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https://inria.hal.science/hal-04204378/file/LifeCLEF_ECIR2023.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
The GeoLifeCLEF 2023 Dataset to evaluate plant species distribution models at high spatial resolution across Europe
auteur
Christophe Botella, Benjamin Deneu, Diego Marcos, Maximilien Servajean, Joaquim Estopinan, Théo Larcher, César Leblanc, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
2023
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https://hal.science/hal-04152362/file/23_08_04_Data_Paper_HAL.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Very High Resolution Species Distribution Modeling Based on Remote Sensing Imagery: How to Capture Fine-Grained and Large-Scale Vegetation Ecology With Convolutional Neural Networks?
auteur
Benjamin Deneu, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Maximilien Servajean, François Munoz
article
Frontiers in Plant Science, 2022, 13, ⟨10.3389/fpls.2022.839279⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03695760/file/fpls-13-839279.pdf BibTex
titre
Deep Species Distribution Modeling From Sentinel-2 Image Time-Series: A Global Scale Analysis on the Orchid Family
auteur
Joaquim Estopinan, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, François Munoz, Alexis Joly
article
Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.839327. ⟨10.3389/fpls.2022.839327⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03693593/file/Estopinan_etal_Frontiers_Plant_Sci_2022.pdf BibTex
titre
How Networks of Citizen Observatories Can Increase the Quality and Quantity of Citizen-Science-Generated Data Used to Monitor SDG Indicators
auteur
Sasha Woods, Maria Daskolia, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Karen Soacha, Sonia Liñan, Tim Woods, Jaume Piera, Luigi Ceccaroni
article
Sustainability, 2022, 14 (7), ⟨10.3390/su14074078⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03658842/file/sustainability-14-04078.pdf BibTex
titre
Can Artificial Intelligence Help in the Study of Vegetative Growth Patterns from Herbarium Collections? An Evaluation of the Tropical Flora of the French Guiana Forest
auteur
Hervé Goëau, Titouan Lorieul, Patrick Heuret, Alexis Joly, Pierre Bonnet
article
Plants, 2022, 11 (4), pp.530-552. ⟨10.3390/plants11040530⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03601464/file/Goeau_etal_plants_2022_11_4.pdf BibTex
titre
Dynamic Species Distribution Modeling Reveals the Pivotal Role of Human-Mediated Long-Distance Dispersal in Plant Invasion
auteur
Christophe Botella, Pierre Bonnet, Cang Hui, Alexis Joly, David M. Richardson
article
Biology, 2022, 11 (9), pp.1293. ⟨10.3390/biology11091293⟩
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https://hal.science/hal-03771760/file/biology-11-01293-v2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Integrating Citizen Observatories into School Environmental Education for Sustainability: Design and Evaluation of a Case Study Engaging Students with Pl@Ntnet and Odourcollect
auteur
Maria Daskolia, Matrona Pappa, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Rosa Arias, Jaume Piera, Karen Soacha
article
ICERI 2022 - 15th International Conference of Education, Research and Innovation, Nov 2022, Seville, Spain. pp.5479-5489, ⟨10.21125/iceri.2022.1345⟩
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https://inria.hal.science/hal-04613924/file/DaskoliaPappaJolyBonnetAriasPieraSoacha2022.pdf BibTex
titre
Overview of GeoLifeCLEF 2022: Predicting species presence from multi-modal remote sensing, bioclimatic and pedologic data
auteur
Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2022 - Working Notes of the 23rd Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2022, Bologne, Italy. pp.1940-1956
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-03793595/file/paper-155.pdf BibTex
titre
Species Distribution Modeling based on aerial images and environmental features with Convolutional Neural Networks
auteur
César Leblanc, Alexis Joly, Titouan Lorieul, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet
article
CLEF 2022 - Working Notes of the 23rd Conference and Labs of the Evaluation Forum, Guglielmo Faggioli; Nicola Ferro; Allan Hanbury; Martin Potthast, Sep 2022, Bologne, Italy. pp.2123-2150
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https://hal.inrae.fr/hal-03817452/file/Leblanc_etal_CLEF_2022.pdf BibTex
titre
Overview of PlantCLEF 2022: Image-based plant identification at global scale
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2022 - Working Notes of the 23rd Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2022, Bologne, Italy. pp.1916-1928
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-03793591/file/paper-153.pdf BibTex
titre
Overview of LifeCLEF 2022: An Evaluation of Machine-Learning Based Species Identification and Species Distribution Prediction
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Lukáš Picek, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Andrew Durso, Hervé Glotin, Robert Planqué, Willem-Pier Vellinga, Amanda Navine, Holger Klinck, Tom Denton, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Milan Šulc, Marek Hrúz
article
CLEF 2022 - 13th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2022, Bologna, Italy. pp.257-285, ⟨10.1007/978-3-031-13643-6_19⟩
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BibTex
titre
LifeCLEF 2022 Teaser: An Evaluation of Machine-Learning Based Species Identification and Species Distribution Prediction
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Lukáš Picek, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Andrew Durso, Isabelle Bolon, Hervé Glotin, Robert Planqué, Willem-Pier Vellinga, Holger Klinck, Tom Denton, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller, Milan Šulc
article
ECIR 2022 - 44th European Conference on Information Retrieval Research, Apr 2022, Stavanger, Norway. pp.390-399, ⟨10.1007/978-3-030-99739-7_49⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03641389/file/Joly2022_Chapter_LifeCLEF2022TeaserAnEvaluation.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Machine Learning Undercounts Reproductive Organs on Herbarium Specimens but Accurately Derives Their Quantitative Phenological Status: A Case Study of Streptanthus tortuosus
auteur
Natalie Love, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Alexis Joly, Susan Mazer
article
Plants, 2021, 10 (11), pp.2471. ⟨10.3390/plants10112471⟩
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https://inria.hal.science/hal-03454183/file/Love_etal_Plants_2021_10_11.pdf BibTex
titre
Customized e-floras: How to develop your own project on the Pl@ntNet platform
auteur
Antoine Affouard, Mathias Chouet, Jean-Christophe Lombardo, Hugo Gresse, Hervé Goëau, Titouan Lorieul, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
Biodiversity Information Science and Standards, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73857⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03338811/file/Affouard_etal_BISS_2021_article_73857.pdf BibTex
titre
AI-based Identification of Plant Photographs from Herbarium Specimens
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
Biodiversity Information Science and Standards, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73751⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03338823/file/Goeau_etal_BISS_2021_5_73751.pdf BibTex
titre
Convolutional neural networks improve species distribution modelling by capturing the spatial structure of the environment
auteur
Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Christophe Botella, François Munoz, Alexis Joly
article
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (4), pp.e1008856. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008856⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03220977/file/Deneu_etal_Plos_Computational_Biol_2021_17_4.pdf BibTex
titre
Jointly estimating spatial sampling effort and habitat suitability for multiple species from opportunistic presence‐only data
auteur
Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal Monestiez
article
Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (5), pp.933-945. ⟨10.1111/2041-210X.13565⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-03150701/file/2041-210X.13565.pdf BibTex
titre
Identifying gaps in the photographic record of the vascular plant flora of the Americas
auteur
Nigel C. A. Pitman, Tomomi Suwa, Carmen Ulloa Ulloa, James Miller, James Solomon, Juliana Philipp, Corine Vriesendorp, Abigail Derby Lewis, Sinem Perk, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Mathias Tobler, Jason H. Best, John P. Janovec, Kevin C. Nixon, Barbara M. Thiers, Melissa Tulig, Edward E. Gilbert, Rafaela Campostrini Forzza, Geraldo Zimbrão, Fabiana Luiza Ranzato Filardi, Robert Turner, Fernando Zuloaga, Manuel Belgrano, Christian Zanotti, Jurriaan M. de Vos, Eduardo Hettwer Giehl, Timothy C. E. Paine, Rubens Texeira de Queiroz, Katya Romoleroux, Everton Hilo de Souza
article
Nature Plants, 2021, 7, pp.1010-1014. ⟨10.1038/s41477-021-00974-2⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Pl@ntNet-300K: a plant image dataset with high label ambiguity and a long-tailed distribution
auteur
Camille Garcin, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Jean-Christophe Lombardo, Antoine Affouard, Mathias Chouet, Maximilien Servajean, Titouan Lorieul, Joseph Salmon
article
NeurIPS 2021 - 35th Conference on Neural Information Processing Systems, Dec 2021, Virtual Conference, France. ⟨10.5281/zenodo.5645731⟩
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https://inria.hal.science/hal-03474556/file/supplementary.pdf BibTex
titre
Overview of GeoLifeCLEF 2021: Predicting species distribution from 2 million remote sensing images
auteur
Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2021 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Guglielmo Faggioli; Nicola Ferro; Alexis Joly; Maria Maistro; Florina Piroi, Sep 2021, Bucarest, Romania. pp.1451-1462
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https://hal.inrae.fr/hal-03353487/file/Lorieul_etal_CLEF_2021_roumanie.pdf BibTex
titre
Overview of PlantCLEF 2021: cross-domain plant identification
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2021 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2021, Bucarest, Romania. pp.1422-1436
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https://hal.inrae.fr/hal-03353469/file/Goeau_etal_CLEF_2021.pdf BibTex
titre
Overview of LifeCLEF 2021: an evaluation of Machine-Learning based Species Identification and Species Distribution Prediction
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Lukáš Picek, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Andrew Durso, Isabelle Bolon, Hervé Glotin, Robert Planqué, Rafael Ruiz de Castañeda, Willem-Pier Vellinga, Holger Klinck, Tom Denton, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller
article
CLEF 2021 - 12th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2021, Virtual Event, France. pp.371-393, ⟨10.1007/978-3-030-85251-1_24⟩
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https://inria.hal.science/hal-03415990/file/Lifeclef2021.pdf BibTex
titre
WeedElec: a robotic research platform for individual weed detection and selective electrical weeding
auteur
Florent Abdelghafour, Florian Rançon, Shiyu Liu, Julien Champ, Vincent de Rudnicki, Christophe Guizard, Hervé Goëau, Claude Doussan, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Gilles Rabatel
article
EPCA 2021 - 13th European Conference on Precision Agriculture, Jul 2021, Budapest, Hungary. pp.695-702, ⟨10.3920/978-90-8686-916-9_83⟩
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BibTex
titre
Conditional Multi-Task learning for Plant Disease Identification
auteur
Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
ICPR 2020 - 25th International Conference on Pattern Recognition, The International Association for Pattern Recognition (IAPR); ICPR2020 Organizing committee, Jan 2021, Milan, Italy. pp.3320-3327, ⟨10.1109/ICPR48806.2021.9412643⟩
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https://inria.hal.science/hal-03415972/file/Final_Multi_task_learning_for_Plant_Disease_Identification.pdf BibTex
titre
How Do Deep Convolutional SDM Trained on Satellite Images Unravel Vegetation Ecology ?
auteur
Benjamin Deneu, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Maximilien Servajean, François Munoz
article
ICPR 2020 - 25th International Conference on Pattern Recognition, Alberto Del Bimbo; Rita Cucchiara; Stan Sclaroff; Giovanni Maria Farinella; Tao Mei; Marco Bertini; Hugo Jair Escalante; Roberto Vezzani, Jan 2021, Milan / Virtual, Italy. pp.148-158, ⟨10.1007/978-3-030-68780-9_15⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03167637/file/ICPR_2020_MAES___ML_Advances_Environmental_Science-2.pdf BibTex

Poster communications

titre
Pl@ntNet, ten years of automatic plant identification and monitoring
auteur
Alexis Joly, Antoine Affouard, Mathias Chouet, Benjamin Deneu, Joaquim Estopinan, Hervé Goëau, Hugo Gresse, Jean-Christophe Lombardo, Titouan Lorieul, François Munoz, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet
article
IUCN - Congrès mondial de la nature, Sep 2021, Marseille, France.
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https://hal.inrae.fr/hal-03343235/file/Poster.UICN_Pl%40ntNet_10years.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Attention-Based Recurrent Neural Network for Plant Disease Classification
auteur
Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.601250⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-03064464/file/Lee_etal_Fontiers_in_Plantes_2020_11.pdf BibTex
titre
AI Naturalists Might Hold the Key to Unlocking Biodiversity Data in Social Media Imagery
auteur
Tom August, Oliver Pescott, Alexis Joly, Pierre Bonnet
article
Patterns, 2020, 1 (7), pp.100116. ⟨10.1016/j.patter.2020.100116⟩
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https://inria.hal.science/hal-02989043/file/PIIS2666389920301574.pdf BibTex
titre
A New Method for Counting Reproductive Structures in Digitized Herbarium Specimens Using Mask R-CNN
auteur
Charles C. Davis, Julien Champ, Daniel Park, Ian Breckheimer, Goia Lyra, Junxi Xie, Alexis Joly, Dharmesh Tarapore, Aaron M Ellison, Pierre Bonnet
article
Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.01129⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02909794/file/fpls-11-01129-1-1.pdf BibTex
titre
Instance segmentation for the fine detection of crop and weed plants by precision agricultural robots
auteur
Julien Champ, Adán Mora‐fallas, Hervé Goëau, Erick Mata‐montero, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
Applications in Plant Sciences, 2020, 8 (7), pp.e11373. ⟨10.1002/aps3.11373⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02910844/file/Bonnet%20etal_Appl_Plant_Sci_2020_8_7.pdf BibTex
titre
A new fine‐grained method for automated visual analysis of herbarium specimens: A case study for phenological data extraction
auteur
Hervé Goëau, Adán Mora‐fallas, Julien Champ, Natalie Lauren Rossington Love, Susan Mazer, Erick Mata‐montero, Alexis Joly, Pierre Bonnet
article
Applications in Plant Sciences, 2020, 8 (6), pp.#e11368. ⟨10.1002/aps3.11368⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02894994/file/aps3.11368.pdf BibTex
titre
Bias in presence-only niche models related to sampling effort and species niches: Lessons for background point selection
auteur
Christophe Botella, Alexis Joly, Pascal Monestiez, Pierre Bonnet, François Munoz
article
PLoS ONE, 2020, 15 (5), pp.e0232078. ⟨10.1371/journal.pone.0232078⟩
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https://hal.science/hal-02639237/file/Botella_etal_PlosOne_2020_15_5.pdf BibTex
titre
Segmentación de instancias para detección automática de malezas y cultivos en campos de cultivo
auteur
Adán Mora-Fallas, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Erick Mata-Montero, Hervé Goëau
article
Revista Tecnología en Marcha, 2020, ⟨10.18845/tm.v33i5.5069⟩
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BibTex
titre
New perspectives on plant disease characterization based on deep learning
auteur
Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
Computers and Electronics in Agriculture, 2020, 170, pp.105220. ⟨10.1016/j.compag.2020.105220⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02470280/file/1-s2.0-S0168169919300560-main.pdf BibTex
titre
Pl@ntNet Services, a Contribution to the Monitoring and Sharing of Information on the World Flora
auteur
Pierre Bonnet, Julien Champ, Hervé Goëau, Fabian-Robert Stöter, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Oleksandra Levchenko, Hugo Gresse, Alexis Joly
article
Biodiversity Information Science and Standards, 2020, 4, pp.e58933. ⟨10.3897/biss.4.58933⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02973673/file/Bonnet_etal_BISS_article_58933-1.pdf BibTex
titre
Machine Learning Using Digitized Herbarium Specimens to Advance Phenological Research
auteur
Katelin D. Pearson, Gil Nelson, Myla Aronson, Pierre Bonnet, Laura Brenskelle, Charles C. Davis, Ellen Denny, Elizabeth R. Ellwood, Hervé Goëau, J Mason Heberling, Alexis Joly, Titouan Lorieul, Susan Mazer, Emily Meineke, Brian Stucky, Patrick W. Sweeney, Alexander White, Pamela S. Soltis
article
Bioscience, 2020, 70 (7), pp.610-620. ⟨10.1093/biosci/biaa044⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02573627/file/biaa044.pdf BibTex
titre
How citizen scientists contribute to monitor protected areas thanks to automatic plant identification tools
auteur
Pierre Bonnet, Alexis Joly, Jean-Michel Faton, Susan Brown, David Kimiti, Laura Mary, Maximilien Servajean, François Munoz, Antoine Affouard, Christel Vignau, Jean-Christophe Lombardo, Benjamin Deneu
article
Ecological Solutions and Evidence, 2020, 1 (2), ⟨10.1002/2688-8319.12023⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02937618/file/Bonnet_etal_Ecological_Solutions_Evidence_2020_1_2.pdf BibTex
titre
IUCN redlisting of some Irano-Anatolian plant species View project Flora Gallica View project
auteur
Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Frantz Hopkins, Errol Véla, Amandine Sahl, Antoine Affouard, Julien Champ, Hugo Gresse, Alexis Joly
article
Carnets Botaniques, 2020, pp.1-9. ⟨10.34971/zaz0-n247⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02981760/file/BONNET_et_al_2020_CBot.pdf BibTex

Conference papers

titre
Overview of LifeCLEF location-based species prediction task 2020 (GeoLifeCLEF)
auteur
Benjamin Deneu, Titouan Lorieul, Elijah Cole, Maximilien Servajean, Christophe Botella, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2020 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2020, Thessaloniki, Greece
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https://inria.hal.science/hal-02989077/file/paper_272.pdf BibTex
titre
Overview of LifeCLEF 2020: A System-Oriented Evaluation of Automated Species Identification and Species Distribution Prediction
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Stefan Kahl, Benjamin Deneu, Willem-Pier Vellinga, Maximilien Servajean, Elijah Cole, Lukáš Picek, Rafael Ruiz de Castañeda, Isabelle Bolon, Andrew Durso, Titouan Lorieul, Christophe Botella, Hervé Glotin, Julien Champ, Ivan Eggel, Pierre Bonnet, Henning Müller
article
CLEF 2020 - 11th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2020, Thessaloniki, Greece. pp.342-363, ⟨10.1007/978-3-030-58219-7_23⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02945382/file/Lifeclef2020.pdf BibTex
titre
Overview of LifeCLEF Plant Identification task 2020
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2020 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, The CLEF Initiative, Sep 2020, Thessalonique, Greece
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https://hal.inrae.fr/hal-02980085/file/Goeau_etal_CLEF_task_2020_grece.pdf BibTex
titre
LifeCLEF 2020 Teaser: Biodiversity Identification and Prediction Challenges
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Rafael Ruiz de Castaneda, Hervé Glotin, Elijah Cole, Julien Champ, Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Titouan Lorieul, Willem-Pier Vellinga, Fabian-Robert Stöter, Andrew Durso, Pierre Bonnet, Henning Müller
article
ECIR 2020 - 42nd European Conference on IR Research on Advances in Information Retrieval, Apr 2020, Lisbon, Portugal. pp.542-549, ⟨10.1007/978-3-030-45442-5_70⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02873670/file/Joly2020_Chapter_LifeCLEF2020TeaserBiodiversity.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Participation of LIRMM / Inria to the GeoLifeCLEF 2020 challenge
auteur
Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, François Munoz, Alexis Joly
article
2020
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https://inria.hal.science/hal-02989084/file/paper_192.pdf BibTex
titre
The GeoLifeCLEF 2020 Dataset
auteur
Elijah Cole, Benjamin Deneu, Titouan Lorieul, Maximilien Servajean, Christophe Botella, Dan Morris, Nebojsa Jojic, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
2020
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https://arxiv.org/pdf/2004.04192 BibTex

2019

Journal articles

titre
Toward a large-scale and deep phenological stage annotation of herbarium specimens: Case studies from temperate, tropical, and equatorial floras
auteur
Titouan Lorieul, Katelin D. Pearson, Elizabeth R. Ellwood, Hervé Goëau, Jean‐francois Molino, Patrick W. Sweeney, Jennifer M. Yost, Joel Sachs, Gil Nelson, Pamela S. Soltis, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Erick Mata-Montero
article
Applications in Plant Sciences, 2019, 7 (3), pp.e01233. ⟨10.1002/aps3.1233⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02137748/file/Lorieul_et_al-2019-Applications_in_Plant_Sciences.pdf BibTex

Conference papers

titre
Overview of LifeCLEF Plant Identification Task 2019: diving into Data Deficient Tropical Countries
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2019 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Linda Cappellato; Nicola Ferro; David E. Losada; Henning Müller, Sep 2019, Lugano, Switzerland
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02283184/file/Goeau_etal_CLEF_Lugano_2019_paper_247.pdf BibTex
titre
Overview of LifeCLEF 2019: Identification of Amazonian Plants, South & North American Birds, and Niche Prediction
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Stefan Kahl, Maximilien Servajean, Hervé Glotin, Pierre Bonnet, Robert Planqué, Fabian-Robert Stöter, Willem-Pier Vellinga, Henning Müller
article
CLEF 2019 - 10th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2019, Lugano, Switzerland. pp.387-401, ⟨10.1007/978-3-030-28577-7_29⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02281455/file/Joly_Goeau_etal_Lifeclef2019_amazonian_plants.pdf BibTex
titre
Overview of GeoLifeCLEF 2019: plant species prediction using environment and animal occurrences
auteur
Christophe Botella, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2019 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2019, Lugano, Switzerland
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https://hal.science/hal-02190170/file/paper_257.pdf BibTex
titre
A new multi-species method to correct for sampling bias in presence only niche models, and its application to Pl@ntNet citizen science data in France
auteur
Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal Monestiez
article
ESA 2019 - Annual Meeting of the Ecological Society of America, Aug 2019, Louisville, United States
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https://hal.inrae.fr/hal-03261122/file/2019%20ESA%20Annual%20Meeting.pdf BibTex
titre
LifeCLEF 2019: Biodiversity Identification and Prediction Challenges
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Stefan Kahl, Marion Poupard, Maximilien Servajean, Hervé Glotin, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planqué, Jan Schlüter, Fabian-Robert Stöter, Henning Müller
article
ECIR 2019 - 41st European Conference on IR Research, Apr 2019, Cologne, Germany. pp.275-282, ⟨10.1007/978-3-030-15719-7_37⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02273257/file/Goeau_Botella_bonnet_etal_LifeCLEF_ECIR2019.pdf BibTex

Book sections

titre
Biodiversity Information Retrieval Through Large Scale Content-Based Identification: A Long-Term Evaluation
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Jean-Christophe Lombardo, Robert Planqué, Simone Palazzo, Henning Müller
article
Nicola Ferro; Carol Peters. Information Retrieval Evaluation in a Changing World: Lessons Learned from 20 Years of CLEF, 41, Springer, pp.389-413, 2019, The Information Retrieval Series, 978-3-030-22948-1. ⟨10.1007/978-3-030-22948-1_16⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-02273280/file/clef_book_chapter_20_years.pdf BibTex

Software

titre
Pl@ntNet
auteur
Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
2019
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BibTex

2018

Journal articles

titre
Au-delà de la collecte des données dans les projets de sciences citoyennes : ouvrir le champ de l’analyse et de l’interprétation des données aux citoyens.
auteur
Sylvie Blangy, Valentin Lhoste, Céline Arnal, Jennifer Carré, Anaïs Chapot, Isabelle Chuine, Gaëlle Darmon, Alexis Joly, Pascal Monestiez, Pierre Bonnet
article
Technologie et innovation, 2018, 18- 3 (Innovations citoyennes), ⟨10.21494/ISTE.OP.2018.0289⟩
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https://hal.science/hal-01824900/file/5_blangy_ok.pdf BibTex
titre
Species distribution modeling based on the automated identification of citizen observations
auteur
Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Pascal P. Monestiez, François Munoz
article
Applications in Plant Sciences, 2018, Green Digitization: Online Botanical Collections Data Answering Real‐World Questions, 6 (2), pp.1-11. ⟨10.1002/aps3.1029⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-01739481/file/Botella_etal_Appl_Plant_Sciences_2018_6_2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Overview of GeoLifeCLEF 2018: location-based species recommendation
auteur
Christophe Botella, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal P. Monestiez, Alexis Joly
article
CLEF 2018 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2018, Avignon, France
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https://hal.science/hal-01913238/file/GeolifeClef2018___Overview%20%282%29.pdf BibTex
titre
Overview of LifeCLEF 2018: A Large-Scale Evaluation of Species Identification and Recommendation Algorithms in the Era of AI
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Christophe Botella, Hervé Glotin, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planqué, Henning Müller
article
CLEF 2018 - 9th International Conference of the Cross-Language Evaluation Forum for European Languages, Sep 2018, Avignon, France. pp.247-266, ⟨10.1007/978-3-319-98932-7_24⟩
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https://hal.science/hal-01913231/file/lifeclef.pdf BibTex
titre
Overview of ExpertLifeCLEF 2018: how far automated identification systems are from the best experts?
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF 2018 - Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2018, Avignon, France
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https://hal.science/hal-01913244/file/expert.pdf BibTex

Book sections

titre
Plant Identification: Experts vs. Machines in the Era of Deep Learning
auteur
Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Siang Thye Hang, Mario Lasseck, Milaň Sulc, Valéry Malécot, Philippe Jauzein, Jean-Claude Melet, Christian You, Alexis Joly
article
Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Chapter 8, Editions Springer, pp.131-149, 2018, Multimedia Systems and Applications Series, 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_8⟩
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https://hal.science/hal-01913277/file/manmachine.pdf BibTex
titre
Automated identification of herbarium specimens at different taxonomic levels
auteur
Jose Carranza-Rojas, Alexis Joly, Hervé Goëau, Erick Mata-Montero, Pierre Bonnet
article
Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Multimedia Systems and Applications, Editions Springer, pp.151-167, 2018, Multimedia Systems and Applications Series, 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_9⟩
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https://hal.science/hal-01913272/file/hierarchic.pdf BibTex
titre
A deep learning approach to Species Distribution Modelling
auteur
Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Pascal Monestiez, François Munoz
article
Alexis Joly; Stefanos Vrochidis; Kostas Karatzas; Ari Karppinen; Pierre Bonnet. Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Springer, pp.169-199, 2018, Multimedia Systems and Applications Series, 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_10⟩
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https://hal.science/hal-01834227/file/final_preprint_overleafextract.pdf BibTex
titre
Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics - Preface
auteur
Alexis Joly, Pierre Bonnet, Stefanos Vrochidis, Kostas Karatzas, Ari Karppinen
article
Joly A.; Vrochidis S.; Karatzas K.; Karppinen A.; Bonnet P. Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics, Springer, pp.1-7, 2018, Multimedia Systems and Applications (MMSA), 978-3-319-76445-0; 978-3-319-76444-3. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0_1⟩
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BibTex

Books

titre
Multimedia Tools and Applications for Environmental & Biodiversity Informatics
auteur
Alexis Joly, Stefanos Vrochidis, Kostas Karatzas, Ari Karppinen, Pierre Bonnet
article
Springer International Publishing, 2018, 978-3-319-76445-0. ⟨10.1007/978-3-319-76445-0⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01959343/file/MTAP_Book_V2.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Going deeper in the automated identification of Herbarium specimens
auteur
Jose Carranza-Rojas, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Erick Mata-Montero, Alexis Joly
article
BMC Evolutionary Biology, 2017, 17 (1), pp.181. ⟨10.1186/s12862-017-1014-z⟩
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https://inria.hal.science/hal-01580070/file/12862_2017_Article_1014.pdf BibTex

Conference papers

titre
Pl@ntNet -My Business
auteur
Alexis Joly, Pierre Bonnet, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Hervé Goëau
article
MM: Multimedia, Oct 2017, Mountain View, United States. pp.1-11
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https://inria.hal.science/hal-01638263/file/BusinessVentureBlank%20%282%29.pdf BibTex
titre
Automated Herbarium Specimen Identification using Deep Learning
auteur
Jose Carranza-Rojas, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Erick Mata-Montero
article
TDWG: Biodiversity Information Standards, Oct 2017, Ottawa, Canada. pp.e20302, ⟨10.3897/tdwgproceedings.1.20302⟩
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https://hal.science/hal-01629142/file/BISS_article_20302.pdf BibTex
titre
Plant identification based on noisy web data: the amazing performance of deep learning (LifeCLEF 2017)
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2017, Dublin, Ireland
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https://hal.science/hal-01629183/file/invited_paper_9.pdf BibTex
titre
LifeCLEF 2017 Lab Overview: Multimedia Species Identification Challenges
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Jean-Christophe Lombardo, Robert Planque, Simone Palazzo, Henning Müller
article
CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Sep 2017, Dublin, Ireland. pp.255-274, ⟨10.1007/978-3-319-65813-1_24⟩
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https://hal.science/hal-01629191/file/Lifeclef2017_BlankVersion.pdf BibTex
titre
Going deeper in the automated identification of Herbarium specimens
auteur
Pierre Bonnet, Alexis Joly, Hervé Goëau, Jean-Christophe Lombardo, Antoine Affouard, Sen Wang, Rémi Knaff, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy
article
Botany - Botanical Crossroads, Jun 2017, Forth Worth, TX, United States
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BibTex
titre
Pl@ntNet app in the era of deep learning
auteur
Antoine Affouard, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Jean-Christophe Lombardo, Alexis Joly
article
ICLR: International Conference on Learning Representations, Apr 2017, Toulon, France
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https://hal.science/hal-01629195/file/ca81444048088995ce463ec6810e57eddb086e4c.pdf BibTex

Poster communications

titre
Potential and limits of automated plant identification based on visual data, feedbacks from the development of Pl@ntNet initiative
auteur
Pierre Bonnet, Alexis Joly, Hervé Goëau, Jean-Christophe Lombardo, Antoine Affouard, Sen Wang, Rémi Knaff, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy
article
Botany 2017, Jun 2017, Forth Worth, TX, United States. , 2017
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BibTex

2016

Journal articles

titre
Categorizing plant images at the variety level: Did you say fine-grained?
auteur
Julien Champ, Titouan Lorieul, Pierre Bonnet, Najate Maghnaoui, Christophe Sereno, Thierry Dessup, Jean-Michel Boursiquot, Laurent Audeguin, Thierry Lacombe, Alexis Joly
article
Pattern Recognition Letters, 2016, 81, pp.71-79. ⟨10.1016/j.patrec.2016.05.022⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01348914/file/Champ-PLR-2016-manuscript-LIRMM-AMAP.pdf BibTex
titre
A look inside the Pl@ntNet experience
auteur
Alexis Joly, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Julien Barbe, Souheil Selmi, Julien Champ, Samuel Dufour-Kowalski, Antoine Affouard, Jennifer Carré, Jean-François Molino, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
article
Multimedia Systems, 2016, 22 (6), pp.751-766. ⟨10.1007/s00530-015-0462-9⟩
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https://inria.hal.science/hal-01182775/file/A-look-inside-white.pdf BibTex
titre
Plant identification: Man vs. Machine
auteur
Pierre Bonnet, Alexis Joly, Hervé Goëau, Julien Champ, Christel Vignau, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
article
Multimedia Tools and Applications, 2016, LifeCLEF 2014 plant identification challenge, 75 (3), pp.1647-1665. ⟨10.1007/s11042-015-2607-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-01182778/file/MTAP_Man_vs_Machine.pdf BibTex

Conference papers

titre
Crowdsourcing Biodiversity Monitoring: How Sharing your Photo Stream can Sustain our Planet
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Julien Champ, Samuel Dufour-Kowalski, Henning Müller, Pierre Bonnet
article
MM: Conference on Multimedia, Oct 2016, Amsterdam, Netherlands. pp.958-967, ⟨10.1145/2964284.2976762⟩
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https://inria.hal.science/hal-01373762/file/ACMM_2016_The_Societal_Impact_of_Multimedia_R_%20%284%29.pdf BibTex
titre
Plant Identification in an Open-world (LifeCLEF 2016)
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2016, Évora, Portugal. pp.428-439
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https://hal.science/hal-01373780/file/16090428.pdf BibTex
titre
LifeCLEF 2016: Multimedia Life Species Identification Challenges
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Julien Champ, Robert Planqué, Simone Palazzo, Henning Müller
article
CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Sep 2016, Évora, Portugal. pp.286-310, ⟨10.1007/978-3-319-44564-9_26⟩
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https://hal.science/hal-01373781/file/Lifeclef2016%20%281%29.pdf BibTex
titre
An image-based Plant identification platform for thousands of species
auteur
Pierre Bonnet, Alexis Joly, Julien Champ, Hervé Goëau, Samuel Dufour-Kowalski, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Sen Wang, Jennifer Carré, Jean-François Molino, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
article
ATBC: Association for Tropical Biology and Conservation, Jun 2016, Montpellier, France
Accès au bibtex
BibTex

2015

Conference papers

titre
LifeCLEF 2015: Multimedia Life Species Identification Challenges
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planqué, Andreas Rauber, Simone Palazzo, Bob Fisher, Henning Müller
article
CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Université de Toulouse. FRA., Sep 2015, Toulouse, France. pp.462-483, ⟨10.1007/978-3-319-24027-5_46⟩
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https://inria.hal.science/hal-01182782/file/Lifeclef2015.pdf BibTex
titre
LifeCLEF Plant Identification Task 2015
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly
article
CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2015, Toulouse, France
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https://inria.hal.science/hal-01182795/file/Plantclef2015.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Pl@ntNet, un réseau et des outils pour une recherche participative
auteur
Alexis Joly, Pierre Bonnet, Hervé Goëau
article
Interstices, 2014
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titre
Interactive plant identification based on social image data
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Vera Bakić, Julien Barbe, Souheil Selmi, Itheri Yahiaoui, Jennifer Carré, Elise Mouysset, Jean-François Molino, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
article
Ecological Informatics, 2014, 23, pp.22-34. ⟨10.1016/j.ecoinf.2013.07.006⟩
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Conference papers

titre
Fine-grained Visual Faceted Search
auteur
Julien Champ, Alexis Joly, Pierre Bonnet
article
MM: Conference on Multimedia, Nov 2014, Orlando, FL, United States. pp.721-722, ⟨10.1145/2647868.2654875⟩
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https://inria.hal.science/hal-01088822/file/fine.pdf BibTex
titre
Pl@ntNet, une plate-forme innovante d'agrégation et partage d'observations botaniques
auteur
Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino, Alexis Joly, Hervé Goëau, Vera Bakić, Souheil Selmi, Julien Champ, Jennifer Carre, Mathias Chouet, Aurélien Perronnet, Christelle Vignau, Samuel Dufour-Kowalski, Antoine Affouard, Julien Barbe, Pierre Bonnet
article
International Conference ‘Botanists of the Twenty-first Century’, UNESCO, Sep 2014, Paris, France. pp.191-197
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https://hal.science/hal-01837361/file/DB_etal_plantnet_plateforme_2016_1.pdf BibTex
titre
LifeCLEF Plant Identification Task 2014
auteur
Hervé Goëau, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Souheil Selmi, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
article
CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, University of Scheffield. GBR., Sep 2014, Sheffield, United Kingdom. pp.598-615
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https://hal.science/halsde-01064599/file/Bonnet_Molino_Barthelemy_LifeCLEF_task_2014.pdf BibTex
titre
LifeCLEF 2014: Multimedia Life Species Identification Challenges
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Robert Planque, Andreas Rauber, Bob Fisher, Henning Müller
article
CLEF: Cross-Language Evaluation Forum, Sep 2014, Sheffield, United Kingdom. pp.229-249, ⟨10.1007/978-3-319-11382-1_20⟩
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titre
PlantNet Participation at LifeCLEF2014 Plant Identification Task
auteur
Hervé Goëau, Alexis Joly, Itheri Yahiaoui, Vera Bakić, Anne Verroust-Blondet, Pierre Bonnet, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino
article
CLEF: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2014, Sheffield, United Kingdom. pp.724-737
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https://hal.science/halsde-01064569/file/Bonnet_Barthelemy_Molino_Pl_ntnet_LifeCLEF_2014.pdf BibTex
titre
LifeCLEF: Multimedia Life Species Identification
auteur
Alexis Joly, Henning Müller, Hervé Goëau, Hervé Glotin, Concetto Spampinato, Andreas Rauber, Pierre Bonnet, Willem-Pier Vellinga, Bob Fisher
article
EMR: Environmental Multimedia Retrieval, Apr 2014, Glasgow, United Kingdom. pp.7-13
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https://inria.hal.science/hal-01088812/file/paper2.pdf BibTex
titre
Pl@ntNet Mobile 2014: Android port and new features
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Antoine Affouard, Vera Bakić, Julien Barbe, Samuel Dufour-Kowalski, Souheil Selmi, Yahiaoui Itheri, Christel Vignau, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
article
ICMR: International Conference on Multimedia Retrieval, Apr 2014, Glasgow, United Kingdom. pp.527-530, ⟨10.1145/2578726.2582618⟩
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https://inria.hal.science/hal-01088819/file/demo-PN-icmr-2014.pdf BibTex

Poster communications

titre
DataManager, un système novateur de gestion et d’échange de données botaniques distribuées
auteur
Samuel Dufour-Kowalski, Mathias Chouet, Antoine Affouard, Jean-Pascal Milcent, Grégoire Duché, Benjamin Liens, Pierre Bonnet, Thomas Le Bourgeois, Alexis Joly, Hervé Goëau, Daniel Barthélémy, Jean-François Molino
article
Quels botanistes pour le 21e siècle ? Métiers, enjeux, opportunités, Sep 2014, Paris, France. , 2014
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https://sde.hal.science/hal-01074648/file/Poster_DM%282%29.pdf BibTex

2013

Conference papers

titre
The Imageclef Plant Identification Task 2013
auteur
Alexis Joly, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Vera Bakić, Jean-François Molino, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
article
MAED: Multimedia Analysis for Ecological Data, Oct 2013, Barcelone, Spain. pp.23-28, ⟨10.1145/2509896.2509902⟩
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titre
Collaborative validation of visual data through the Pl@ntNet identification system
auteur
Samuel Dufour-Kowalski, Jeremy Salinier, Aurelien Peronnet, Jennifer Carré, Jean-Pascal Milcent, Hervé Goëau, Alexis Joly, Jean-François Molino, Nozha Boujemaa, Pierre Bonnet, Julien Barbe, Daniel Barthélémy
article
TDWG 2013 - Annual Conference, Oct 2013, Florence, Italy
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https://hal.inrae.fr/hal-03885113/file/plantnet-collabarative-reviewpps.pdf BibTex
titre
Pl@ntNet Mobile App
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Vera Bakić, Julien Barbe, Itheri Yahiaoui, Souheil Selmi, Jennifer Carré, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino, Grégoire Duché, Aurélien Perronet
article
MM 2013 - 21st ACM International Conference on Multimedia, Oct 2013, Barcelone, Spain. pp.423-424, ⟨10.1145/2502081.2502251⟩
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https://inria.hal.science/hal-00908910/file/2502081.2502251.pdf BibTex
titre
The ImageCLEF 2013 Plant Identification Task
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Vera Bakić, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino
article
CLEF, Sep 2013, Valencia, Spain
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https://inria.hal.science/hal-00960929/file/TheImageCLEF2013PlantTaskOverview.pdf BibTex
titre
Imageclef 2013: the vision, the data and the open challenges
auteur
Caputo Barbara, Muller Henning, Thomee Bart, Villegas Mauricio, Roberto Paredes, David Zellhofer, Hervé Goëau, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Jesus Martinez Gomez, Ismael Garcia Varea, Miguel Cazorla
article
CLEF 2013 - 4th Conference and Labs of the Evaluation Forum : Information Access Evaluation meets Multilinguality, Multimodality, and Visualization, Sep 2013, Valencia, Spain. pp.250-268, ⟨10.1007/978-3-642-40802-1_26⟩
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2012

Conference papers

titre
Multi-Organ Plant Identification
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Julien Barbe, Vera Bakić, Alexis Joly, Jean-François Molino
article
ACM International Workshop on Multimedia Analysis for Ecological Data, Oct 2012, Nara, Japan. pp.41--44
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titre
The ImageCLEF 2012 Plant Identification Task
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Itheri Yahiaoui, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Jean-François Molino
article
CLEF'2012: Conference and Labs of the Evaluation Forum, Sep 2012, Rome, Italy
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https://inria.hal.science/hal-00960918/file/TheImageCLEF2012PlantTaskOverview.pdf BibTex

2011

Conference papers

titre
Visual-based plant species identification from crowdsourced data
auteur
Hervé Goëau, Alexis Joly, Souheil Selmi, Pierre Bonnet, Elise Mouysset, Laurent Joyeux, Jean-François Molino, Philippe Birnbaum, Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa
article
MM'11 - ACM Multimedia 2011, Nov 2011, Scottsdale, United States. pp.0-0, ⟨10.1145/2072298.2072472⟩
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https://inria.hal.science/hal-00642236/file/PlantCrowdsourcedACM.pdf BibTex
titre
The CLEF 2011 Plant Images Classification Task
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy, Jean-François Molino, Philippe Birnbaum, Elise Mouysset, Marie Picard
article
Working Notes for CLEF 2011 Conference, Vivien Petras; Pamela Forner; Paul Clough; Nicola Ferro, Sep 2011, Amsterdam, Netherlands
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https://hal.inrae.fr/hal-03778869/file/CLEF2011wn-ImageCLEF-GoeauEt2011a.pdf BibTex
titre
The ImageCLEF 2011 plant images classification task
auteur
Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy, Jean-François Molino, Philippe Birnbaum, Elise Mouysset, Marie Picard
article
ImageCLEF 2011, Sep 2011, Amsterdam, Netherlands
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https://inria.hal.science/hal-00642197/file/plant-retrieval-overview-.pdf BibTex
titre
Participation of INRIA & Pl@ntNet to ImageCLEF 2011 plant images classification task
auteur
Hervé Goëau, Alexis Joly, Itheri Yahiaoui, Pierre Bonnet, Elise Mouysset
article
ImageCLEF 2011, Sep 2011, Amsterdam, Netherlands. pp.0-0
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https://inria.hal.science/hal-00642239/file/plant-retrieval-imedia-vf.pdf BibTex
titre
The Pl@ntnet project: plant computational identification and collaborative information system
auteur
Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Daniel Mathieu, Jean-François Molino, Alexis Joly, Elise Mouysset, Philippe Birnbaum, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Violette Roche
article
IBC 2011 - XVIII International Botanical congress, Jul 2011, Melbourne, Australia
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titre
The Pl@ntNet project: Plant Computational Identification and Collaborative Information System
auteur
Daniel Barthélémy, Nozha Boujemaa, Daniel Mathieu, Jean-François Molino, Alexis Joly, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Elise Mouysset, Philippe Birnbaum, Violette Roche, Wajih Ouertani, Pierre Grard
article
Biosystematics 2011 - Digital identification methods in the digital age - morphological and molecular, computer-aided and fully automated, research and citizen science, Feb 2011, Berlin, Germany
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2009

Poster communications

titre
Advances in taxonomic identification by image recognition, with the generic content-based image retrieval IKONA
auteur
Mathieu Coutaud, Pierre Bonnet, Alexis Joly, Raffi Enficiaud, Nozha Boujemaa, Daniel Barthélémy
article
e-Biosphere 09 International Conference on Biodiversity Informatics, Jun 2009, London, United Kingdom. 2009
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