2024
Journal articles
- auteur
- Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
- article
- Metabolic Engineering, 2024, 83, pp.24 - 38. ⟨10.1016/j.ymben.2024.02.014⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ymben.2024.02.014
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-
- auteur
- Amandine Paulay, Ghjuvan M Grimaud, Raphaël Caballero, Béatrice Laroche, Marion Leclerc, Simon Labarthe, Emmanuelle Maguin
- titre
- Design of a proteolytic module for improved metabolic modeling of Bacteroides caccae
- article
- mSystems, 2024, 9 (4), ⟨10.1128/msystems.00153-24⟩
- DOI
- DOI : 10.1128/msystems.00153-24
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-
- auteur
- Klara Cerk, Pablo Ugalde-Salas, Chabname Ghassemi Nedjad, Maxime Lecomte, Coralie Muller, David James Sherman, Falk Hildebrand, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- titre
- Community-scale models of microbiomes: articulating metabolic modelling and metagenome sequencing
- article
- Microbial Biotechnology, 2024, ⟨10.1111/1751-7915.14396⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/1751-7915.14396
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-
Conference papers
- auteur
- Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Katarzyna Adamczyk, Nicolas Parisey
- titre
- Pest detection from a biology-informed inverse problem and pheromone sensors
- article
- DSABNS 2024 - 15th Conference on Dynamical Systems Applied to Biology and Natural Sciences, Feb 2024, Lisbonne, Portugal
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-
2023
Journal articles
- auteur
- Simon Labarthe, Sandra Plancade, Sébastien Raguideau, Florian Plaza Oñate, Emmanuelle Le Chatelier, Marion Leclerc, Béatrice Laroche
- titre
- Four functional profiles for fibre and mucin metabolism in the human gut microbiome
- article
- Microbiome, 2023, 11 (1), pp.231. ⟨10.1186/s40168-023-01667-y⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s40168-023-01667-y
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-
Scientific blog post
- auteur
- Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Modéliser les communautés bactériennes pour mieux comprendre leur fonctionnement.
- article
- 2023
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-
Conference papers
- auteur
- Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- article
- SBMI 2023 - 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany
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-
Poster communications
- auteur
- Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- article
- SBMI 2023 - 7th International Symposium on Systems Biology of Microbial Infection, Sep 2023, Jena, Germany.
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-
- auteur
- Coralie Muller, Pablo Ugalde Salas, Rafael Kaempfer, Arie Wortsman, Simon Labarthe, Clémence Frioux
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- article
- ISMB/ECCB 2023 - 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology, Jul 2023, Lyon, France.
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-
Proceedings
- auteur
- Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde-Salas
- titre
- Accelerating metabolic models evaluation with statistical metamodels: application to Salmonella infection models
- article
- ESAIM: Proceedings and Surveys, 73, pp.187-217, 2023, CEMRACS 2021 - Data Assimilation and Reduced Modeling for High Dimensional Problems, ⟨10.1051/proc/202373187⟩
- DOI
- DOI : 10.1051/proc/202373187
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-
Preprints, Working Papers, ...
- auteur
- Léo Darrigade, Simon Labarthe, Béatrice Laroche
- titre
- Deterministic limit of a PDMP model of epithelial tissue interacting with diffusing chemicals and application to the intestinal crypt
- article
- 2023
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-
- auteur
- Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie J. Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- auteur
- Guillaume Ravel, Michel Bergmann, Alain Trubuil, Julien Deschamps, Romain Briandet, Simon Labarthe
- titre
- Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy
- article
- eLife, 2022, 11, ⟨10.7554/eLife.76513⟩
- DOI
- DOI : 10.7554/eLife.76513
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-
- auteur
- Léo Darrigade, Marie Haghebaert, Claire Cherbuy, Simon Labarthe, Béatrice Laroche
- titre
- A PDMP model of the epithelial cell turn-over in the intestinal crypt including microbiota-derived regulations
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2022, 84 (7), pp.1-67. ⟨10.1007/s00285-022-01766-8⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s00285-022-01766-8
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-
- auteur
- Paola Fournier, Lucile Pellan, Didac Barroso-Bergadà, David Bohan, Thierry Candresse, François Delmotte, Marie-Cécile Dufour, Virginie Lauvergeat, Claire Le Marrec, Armelle Marais, Guilherme Martins, Isabelle Masneuf-Pomarède, Patrice Rey, David James Sherman, Patrice This, Clémence Frioux, Simon Labarthe, Corinne Vacher
- titre
- The functional microbiome of grapevine throughout plant evolutionary history and lifetime
- article
- Advances in Ecological Research, 2022, Advances in Ecological Research, 67, pp.27-99. ⟨10.1016/bs.aecr.2022.09.001⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/bs.aecr.2022.09.001
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-
Conference papers
- auteur
- Guillaume Ravel, Michel Bergmann, Alain Trubuil, Julien Deschamps, Romain Briandet, Simon Labarthe
- titre
- Inferring characteristics of bacterial swimming in biofilm matrix from time-lapse confocal laser scanning microscopy
- article
- IbSB 2022 - 6th International Symposium "Image-based Systems Biology", Sep 2022, Jena, Germany. ⟨10.7554/eLife.76513⟩
- DOI
- DOI : 10.7554/eLife.76513
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-
- auteur
- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Anne Thierry, Hélène Falentin
- titre
- Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese.
- article
- FOODMICRO 2022, Aug 2022, Athènes, Greece
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-
- auteur
- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Anne Thierry, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Hélène Falentin
- titre
- Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.
- article
- 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, UMR INRAE - Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf), Jun 2022, Rennes, France
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-
- auteur
- Maxime Lecomte, Simon Labarthe, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux
- titre
- Characterizing microbial interactions in controlled and natural microbial communities
- article
- Workshop SymBioDiversity, May 2022, Santiago, Chile
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-
Poster communications
- auteur
- Coralie Muller, Arie Wortsman, Pablo Ugalde-Salas, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and the host level
- article
- Microbial communities: current approaches and open challenges, Oct 2022, Cambridge, United Kingdom
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-
- auteur
- Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David James Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde-Salas
- titre
- Dynamic Flux Balance Analysis with Metamodels
- article
- Microbial communities: current approaches and open challenges, Oct 2022, Cambridge, United Kingdom.
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-
- auteur
- Thibault Malou, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Elisabeta Vergu, François Deslandes
- titre
- Pest detection by inversion of a pheromone dispersion model
- article
- ECMTB 2022 - 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany
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-
- auteur
- Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot
- titre
- A multi-scale epidemic model of enteric infection with heterogeneous shedding resulting from host-microbiota-pathogen interactions
- article
- ECMTB 2022 - 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany.
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-
- auteur
- Coralie Muller, Arie Wortsman, Pablo Ugalde-Salas, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Modelling the dynamics of Salmonella infection in the gut at the bacterial and host levels
- article
- JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France
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-
- auteur
- Clémence Frioux, Sylvie Huet, Simon Labarthe, Julien Martinelli, Thibault Malou, David James Sherman, Marie-Luce Taupin, Pablo Ugalde Salas
- titre
- Dynamic Flux Balance Analysis with Metamodels
- article
- JOBIM 2022 - Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France.
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-
2021
Conference papers
- auteur
- Simon Labarthe
- titre
- Modeling and inference of bacterial swimmers in biofilms
- article
- CEMRACS 2021, Jul 2021, Marseille, France
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-
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Metabolic modelling deciphers interactions in a cheese bacterial community
- article
- Metaboday 2021, Mar 2021, Bordeaux, France
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-
Poster communications
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- article
- CMSB, The 19th conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France
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-
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- article
- MPA, Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, United States
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- article
- JOBIM,Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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-
Documents associated with scientific events
- auteur
- Maxime Lecomte, David Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- titre
- Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community
- article
- CMSB, 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Jul 2021, Bordeaux, France
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-
2020
Journal articles
- auteur
- Mélanie Bourgin, Simon Labarthe, Aicha Kriaa, Marie Lhomme, Philippe Gérard, Philippe Lesnik, Béatrice Laroche, Emmanuelle Maguin, Moez M. Rhimi
- titre
- Exploring the Bacterial Impact on Cholesterol Cycle: A Numerical Study
- article
- Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.1121. ⟨10.3389/fmicb.2020.01121⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2020.01121
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Thi Nhu Tao Nguyen, Bastien Polizzi, Florian Patout, Magali Ribot, Tabea Stegmaier
- titre
- A Multi-Scale Epidemic Model of Salmonella Infection With Heterogeneous Shedding
- article
- ESAIM: Proceedings and Surveys, 2020, 67, pp.261-284. ⟨10.1051/proc/202067015⟩
- DOI
- DOI : 10.1051/proc/202067015
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-
Conference papers
- auteur
- Simon Labarthe
- titre
- Omic-based model of the gut microbiota
- article
- Workshop 'Transport in the digestive tract : experiments, modeling, applications to microbiology', Oct 2020, Paris, France
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-
- auteur
- Lionel Rigottier-Gois, Perrine Bayle, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Pascale Serror
- titre
- Identification de la fraction active des bactéries du microbiote améliorant la résistance à la colonisation intestinale contre les entérocoques résistants à la vancomycine
- article
- Webinaire MICA-INRAE : Comprendre et valoriser les communautés microbiennes, Sep 2020, Distanciel, France
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-
2019
Journal articles
- auteur
- Simon Labarthe, Bastien Polizzi, Thuy Phan, Thierry Goudon, Magali Ribot, Béatrice Laroche
- titre
- A mathematical model to investigate the key drivers of the biogeography of the colon microbiota.
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2019, 462 (7), pp.552-581. ⟨10.1016/j.jtbi.2018.12.009⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jtbi.2018.12.009
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Simon Labarthe, Simon Labarthe Maiage
- titre
- MISTIFY PROJECT. ECOLOGY OF SALMONELLA TYPHIMURIUM INFECTION: A MATHEMATICAL MODELING INSIGHT
- article
- Annual meeting of Agreenskills program, Apr 2019, Bruxelles, Belgium
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-
Other publications
- auteur
- Simon Labarthe
- titre
- Mathematical models in microbial ecology
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2017
Journal articles
- auteur
- Claire Cherbuy, Pierre Vaugelade, Simon Labarthe, Edith Honvo Houeto, Beatrice Darcy Vrillon, Malcom Watford, Pierre-Henri Duée
- titre
- The contribution of intestinal gluconeogenesis to glucose homeostasis Is low in 2-day-old pigs1–3
- article
- Journal of Nutrition, 2017, 147 (3), pp.361-366. ⟨10.3945/jn.116.242131⟩
- DOI
- DOI : 10.3945/jn.116.242131
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Arnaud Bridier, Jean-Christophe Piard, Caroline Pandin, Simon Labarthe, Florence Dubois-Brissonnet, Romain Briandet
- titre
- Spatial organization plasticity as an adaptive driver of surface microbial communities
- article
- Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.1364. ⟨10.3389/fmicb.2017.01364⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2017.01364
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Yves Coudière, Jacques Henry, Simon Labarthe
- titre
- An asymptotic two-layer monodomain model of cardiac electrophysiology in the atria: derivation and convergence *
- article
- SIAM Journal on Applied Mathematics, 2017, 77 (2), pp.409 - 429. ⟨10.1137/15M1016886⟩
- DOI
- DOI : 10.1137/15M1016886
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Journal articles
- auteur
- Tamara El Bouti, Thierry Goudon, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Bastien Polizzi, Amira Rachah, Magali Ribot, Rémi Tesson
- titre
- A mixture model for the dynamic of the gut mucus layer
- article
- ESAIM: Proceedings, 2016, 55 (décembre), pp.111-130. ⟨10.1051/proc/201655111⟩
- DOI
- DOI : 10.1051/proc/201655111
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Stefanie Widder, Rosalind J Allen, Thomas Pfeiffer, Thomas P Curtis, Carsten Wiuf, William T Sloan, Otto X Cordero, Sam P Brown, Babak Momeni, Wenying Shou, Helen Kettle, Harry J Flint, Andreas F Haas, Béatrice Laroche, Jan-Ulrich Kreft, Paul B Rainey, Shiri Freilich, Stefan Schuster, Kim Milferstedt, Jan R van Der Meer, Tobias Groszkopf, Jef Huisman, Andrew Free, Cristian Picioreanu, Christopher Quince, Isaac Klapper, Simon Labarthe, Barth F Smets, Harris Wang, Jérôme Hamelin, Jérôme Harmand, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably, Isaac Newton Institute Fellows, Orkun S Soyer
- titre
- Challenges in microbial ecology: building predictive understanding of community function and dynamics.
- article
- The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2016, 10, pp.1-12. ⟨10.1038/ismej.2016.45⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/ismej.2016.45
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2015
Journal articles
- auteur
- Yves Coudière, Jacques Henry, Simon Labarthe
- titre
- A two layers monodomain model of cardiac electrophysiology of the atria
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2015, 71 (6-7), pp.35. ⟨10.1007/s00285-015-0861-8⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s00285-015-0861-8
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-
Book sections
- auteur
- Simon Labarthe
- titre
- Mathématiques et cardiologie : modéliser pour mieux comprendre les arythmies auriculaires
- article
- 5 jeunes chercheurs d'avenir 2015, 1, Editions le Pommier, pp.192, 2015, Promesses de la Science, 978-2-7465-0937-5
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- auteur
- Thierry Goudon, Tamara El Bouti, Simon Labarthe, Béatrice Laroche, Tison Remi, Amira Rachah, Magali Ribot, Bastien Polizzi
- titre
- A mixture model for the dynamic of the gut mucus layer
- article
- 2015
- Accès au bibtex
-
2014
Journal articles
- auteur
- Simon Labarthe, Jason Bayer, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jais, Edward Vigmond
- titre
- A bilayer model of human atria: mathematical background, construction, and assessment
- article
- EP-Europace, 2014, 16 (suppl 4), pp.29. ⟨10.1093/europace/euu256⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/europace/euu256
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-
2013
Conference papers
- auteur
- Simon Labarthe, Edward Vigmond, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jais
- titre
- Influence of Transmural Slow-Conduction Zones on the Long- Time Behaviour Of Atrial Arrhythmia. A Numerical Study with a Human Bilayer Atrial Model
- article
- CINC - Computing in Cardiology 2013, Sep 2013, Zaragoza, Spain. pp.1187-1190
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-
- auteur
- Edward Vigmond, Simon Labarthe, Hubert Cochet, Yves Coudière, Jacques Henry, Pierre Jais
- titre
- A Bilayer Representation of the Human Atria
- article
- EMBC - 35th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), 2013, EMBS, Jul 2013, Osaka, Japan. pp.1530-1533, ⟨10.1109/EMBC.2013.6609804⟩
- DOI
- DOI : 10.1109/EMBC.2013.6609804
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-
- auteur
- Simon Labarthe, Edward Vigmond, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jais
- titre
- A Computational Bilayer Surface Model of Human Atria
- article
- FIMH 2013 - 7th International Conference on Fonctional Imaging and Modeling of the Heart, S.Ourselin, D.Ruecker, N.Smith, Jun 2013, London, United Kingdom
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Simon Labarthe, Edward Vigmond, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet, Pierre Jaïs
- titre
- A computational bilayer surface model of human atria
- article
- FIMH 2013 - 7th International Conference on Functional Imaging and Modeling of the Heart, Jun 2013, London, United Kingdom. pp.27-34, ⟨10.1007/978-3-642-38899-6_4⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-642-38899-6_4
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-
Poster communications
- auteur
- Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
- titre
- Numerical modeling of the electrical activity of the atria and the pulmonary veins
- article
- Workshop IHU Liryc, Oct 2013, Pessac, France
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-
- auteur
- Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
- titre
- Superposition de couches de fibres et propagations anormales : une étude numérique
- article
- Printemps de la Cardiologie, Apr 2013, Marseille, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- auteur
- Simon Labarthe
- titre
- Modélisation de l'activité électrique des oreillettes et des veines pulmonaires
- article
- Modélisation et simulation. Université Victor Segalen - Bordeaux II, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
2012
Conference papers
- auteur
- Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry, Hubert Cochet
- titre
- A Semi-Automatic Method To Construct Atrial Fibre Structures : a Tool for Atrial Simulations
- article
- CinC 2012 - Computing in Cardiology, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.881-884
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Rémi Dubois, Simon Labarthe, Yves Coudière, Mélèze Hocini, Michel Haïssaguerre
- titre
- Global and Directional Activation Maps for Cardiac Mapping in Electrophysiology
- article
- CINC 2012 - Computing In Cardiology - 2012, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.349-352
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Nejib Zemzemi, Simon Labarthe, Rémi Dubois, Yves Coudière
- titre
- From Body Surface Potential to Activation Maps on the Atria: a Machine Learning Technique
- article
- CINC - Computing in Cardiology 2012, Sep 2012, Krakow, Poland. pp.125-128
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- auteur
- Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
- titre
- Modélisation bidimensionnelle d'un problème de réaction-diffusion anisotrope hétérogène en couche mince appliquée à la cardiologie
- article
- CANUM - 2012, May 2012, Super-Besse, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Simon Labarthe, Yves Coudière, Jacques Henry
- titre
- Simulation numérique de l'activité électrique dans l'oreillette gauche et les veines pulmonaires
- article
- Printemps de la Cardiologie, Apr 2012, Bordeaux, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-