2024
Journal articles
- titre
- Fungi Tryptophan Synthases: What Is the Role of the Linker Connecting the α and β Structural Domains in Hemileia vastatrix TRPS? A Molecular Dynamics Investigation
- auteur
- Natália Martins, Marcos Viana, Bernard Maigret
- article
- Molecules, 2024, 29 (4), pp.756. ⟨10.3390/molecules29040756⟩
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-
Book sections
- titre
- THESEUS WRECK
- auteur
- Athénaïs Vaginay, Aya Yaacoub, Philippe Flores, Aman Sinha
- article
- THINK BEFORE LOADING, , 2024, 978-2-9591975-0-5
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-
2023
Journal articles
- titre
- A new age in protein design empowered by deep learning
- auteur
- Hamed Khakzad, Ilia Igashov, Arne Schneuing, Casper Goverde, Michael Bronstein, Bruno Correia
- article
- Cell Systems, 2023, 14 (11), pp.925-939. ⟨10.1016/j.cels.2023.10.006⟩
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-
- titre
- FAIR-Checker: supporting digital resource findability and reuse with Knowledge Graphs and Semantic Web standards
- auteur
- Alban Gaignard, Thomas Rosnet, Frédéric de Lamotte, Vincent Lefort, Marie-Dominique Devignes
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2023, 14 (1), pp.7. ⟨10.1186/s13326-023-00289-5⟩
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-
- titre
- HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring protein-ssRNA fragment-based docking poses
- auteur
- Anna Kravchenko, Sjoerd Jacob de Vries, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchene
- article
- Research Square - Preprint, 2023, ⟨10.21203/rs.3.rs-2981840/v1⟩
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-
- titre
- Accuracy and diversity-aware multi-objective approach for random forest construction
- auteur
- Nour El Islem Karabadji, Abdelaziz Amara Korba, Ali Assi, Hassina Seridi, Sabeur Aridhi, Wajdi Dhifli
- article
- Expert Systems with Applications, 2023, 225 (1), pp.120138. ⟨10.1016/j.eswa.2023.120138⟩
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-
- titre
- Molecular-evaluated and explainable drug repurposing for COVID-19 using ensemble knowledge graph embedding
- auteur
- Md Kamrul Islam, Diego Amaya-Ramirez, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.3643. ⟨10.1038/s41598-023-30095-z⟩
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-
- titre
- A new class of peptides from wasp venom: a pathway to antiepileptic/neuroprotective drugs
- auteur
- Márcia Renata Mortari, Alexandra Cunha, Lilian dos Anjos, Henrique Amaral, Maria Varela Torres Quintanilha, Erica Gelfuso, Mauricio Homem-De-Mello, Hugo de Almeida, Solange Rego, Bernard Maigret, Norberto Lopes, Wagner dos Santos
- article
- Brain Communications, 2023, 5 (1), ⟨10.1093/braincomms/fcad016⟩
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-
- titre
- Multienzyme deep learning models improve peptide de novo sequencing by mass spectrometry proteomics
- auteur
- Carlos Gueto-Tettay, Di Tang, Lotta Happonen, Moritz Heusel, Hamed Khakzad, Johan Malmström, Lars Malmström
- article
- PLoS Computational Biology, 2023, 19 (1), pp.e1010457. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010457⟩
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-
- titre
- CroMaSt: a workflow for assessing protein domain classification by cross-mapping of structural instances between domain databases and structural alignment
- auteur
- Hrishikesh Dhondge, Isaure Chauvot de Beauchêne, Marie-Dominique Devignes
- article
- Bioinformatics Advances, 2023, 3 (1), ⟨10.1093/bioadv/vbad081⟩
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-
- titre
- Experiences with a training DSW knowledge model for early-stage researchers
- auteur
- Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Hrishikesh Dhondge, Roswitha Dolcemascolo, Jose Gavaldá-García, R. Anahí Higuera-Rodriguez, Anna Kravchenko, Joel Roca Martínez, Niki Messini, Anna Pérez-Ràfols, Guillermo Pérez Ropero, Luca Sperotto, Isaure Chauvot de Beauchêne, Wim Vranken
- article
- Open Research Europe, 2023, 3, pp.97. ⟨10.12688/openreseurope.15609.1⟩
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-
Poster communications
- titre
- HIPPO: HIstogram-based Pseudo-POtential for scoring ssRNA-protein fragment-based docking poses
- auteur
- Anna Kravchenko, Sjoerd Jacob de Vries, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchene
- article
- The 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology (ISMB) and the 22nd Annual European Conference on Computational Biology (ECCB), Jul 2023, Lyon, France
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-
- titre
- HLA-EpiCheck : A B-cell epitope prediction tool on HLA antigens using molecular dynamics simulation data
- auteur
- Diego Amaya-Ramirez, Romain Lhotte, Cedric Usureau, Magali Devriese, Malika Smaïl-Tabbone, Jean-Luc Taupin, Devignes Marie-Dominique
- article
- ISMB-ECCB 2023 - Intelligent System in Molecular Biology and European Conference on Computational Biology merged event, Jul 2023, Lyon, France. 2023
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-
Theses
- titre
- Fragment-based modelling of protein-RNA complexes for protein design
- auteur
- Anna Kravchenko
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lorraine, 2023. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Structural characterization of RNA binding to RNA recognition motif (RRM) domains using data integration, 3D modeling and molecular dynamic simulation
- auteur
- Hrishikesh Dhondge
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lorraine, 2023. English. ⟨NNT : 2023LORR0103⟩
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-
- titre
- Synthesis of Boolean networks from the structure and dynamics of reaction networks
- auteur
- Athénaïs Vaginay
- article
- Computer Science [cs]. Université de Lorraine, 2023. English. ⟨NNT : 2023LORR0135⟩
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-
2022
Journal articles
- titre
- Improving automatic GO annotation with semantic similarity
- auteur
- Bishnu Sarker, Navya Khare, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi
- article
- BMC Bioinformatics, 2022, 23 (S2), pp.433. ⟨10.1186/s12859-022-04958-7⟩
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-
- titre
- From quantitative SBML models to Boolean networks
- auteur
- Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- Applied Network Science, 2022, 7 (1), pp.73. ⟨10.1007/s41109-022-00505-8⟩
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-
- titre
- NT-proBNP and stem cell factor plasma concentrations are independently associated with cardiovascular outcomes in end-stage renal disease hemodialysis patients
- auteur
- P Rossignol, K Duarte, E Bresso, Åsberg A, M D Devignes, N Eriksson, N Girerd, R Glerup, A Jardine, H Holdaas, Z Lamiral, C Leroy, Z Massy, W März, B Krämer, P Wu, R Schmieder, I Soveri, J Christensen, M Svensson, F Zannad, B Fellström
- article
- European Heart Journal Open, 2022, 2 (6), pp.oeac069. ⟨10.1093/ehjopen/oeac069⟩
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-
- titre
- Inductive database to support iterative data mining: Application to biomarker analysis on patient data in the Fight-HF project
- auteur
- Emmanuel Bresso, Joao-Pedro Ferreira, Nicolas Girerd, Masatake Kobayashi, Grégoire Preud’homme, Patrick Rossignol, Fayez Zannad, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- Journal of Biomedical Informatics, 2022, 135, pp.104212. ⟨10.1016/j.jbi.2022.104212⟩
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-
- titre
- A distributed and incremental algorithm for large-scale graph clustering
- auteur
- Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- Future Generation Computer Systems, 2022, 134, pp.334-347. ⟨10.1016/j.future.2022.04.013⟩
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-
- titre
- Negative Sampling and Rule Mining for Explainable Link Prediction in Knowledge Graphs
- auteur
- Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- Knowledge-Based Systems, 2022, 250, pp.109083. ⟨10.1016/j.knosys.2022.109083⟩
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-
- titre
- Exploration of DNA processing features unravels novel properties of ICE conjugation in Gram-positive bacteria
- auteur
- Haifa Laroussi, Yanis Aoudache, Emilie Robert, Virginie Libante, Louise Thiriet, Dominique Mias-Lucquin, Badreddine Douzi, Yvonne Roussel, Isaure Chauvot de Beauchene, Nicolas Soler, Nathalie Leblond-Bourget
- article
- Nucleic Acids Research, 2022, 50 (14), pp.8127-8142. ⟨10.1093/nar/gkac607⟩
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-
- titre
- Singular Interface Dynamics of the SARS-CoV-2 Delta Variant Explained with Contact Perturbation Analysis
- auteur
- Aria Gheeraert, Laurent Vuillon, Laurent Chaloin, Olivier Moncorgé, Thibaut Very, Serge Perez, Vincent Leroux, Isaure Chauvot de Beauchêne, Dominique Mias-Lucquin, Marie-Dominique Devignes, Ivan Rivalta, Bernard Maigret
- article
- Journal of Chemical Information and Modeling, 2022, 62 (12), pp.3107-3122. ⟨10.1021/acs.jcim.2c00350⟩
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-
- titre
- Computational Strategy for Minimizing Mycotoxins in Cereal Crops: Assessment of the Biological Activity of Compounds Resulting from Virtual Screening
- auteur
- Vessela Atanasova, Emmanuel Bresso, Bernard Maigret, Natalia Florencio Martins, Florence Richard-Forget
- article
- Molecules, 2022, 27 (8), pp.2582. ⟨10.3390/molecules27082582⟩
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-
- titre
- Conformational variability in proteins bound to single-stranded DNA: a new benchmark for new docking perspectives
- auteur
- Dominique Mias-Lucquin, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2022, 90 (3), pp.625-631. ⟨10.1002/prot.26258⟩
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-
- titre
- Identification of new putative inhibitors of Mycobacterium tuberculosis 3-dehydroshikimate dehydratase from a combination of ligand- and structure-based and deep learning in silico approaches
- auteur
- João Vítor Perez De Souza, Erika Seki Kioshima, Letícia Sayuri Murase, Diego de Souza Lima, Flavio Augusto Vicente Seixas, Bernard Maigret, Rosilene Fressatti Cardoso
- article
- Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2022, pp.1-10. ⟨10.1080/07391102.2022.2042389⟩
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-
- titre
- On the design of a similarity function for sparse binary data with application on protein function annotation
- auteur
- Marcelo Veras, Bishnu Sarker, Sabeur Aridhi, João Gomes, José Macêdo, Engelbert Mephu Nguifo, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- Knowledge-Based Systems, 2022, 238, pp.107863. ⟨10.1016/j.knosys.2021.107863⟩
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-
- titre
- ProtNAff: Protein-bound Nucleic Acid filters and fragment libraries
- auteur
- Antoine Moniot, Yann Guermeur, Sjoerd Jacob de Vries, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (162022-07-01), pp.3911-3917. ⟨10.1093/bioinformatics/btac430⟩
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-
Conference papers
- titre
- Optimizing scoring for ssRNA-protein docking models
- auteur
- Anna Kravchenko, Malika Smail-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchene, Sjoerd Jacob de Vries
- article
- 35th RHINE-KNEE-REGIONAL MEETING ON STRUCTURAL BIOLOGY, Oct 2022, Gérardmer, France
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-
- titre
- Abstract Simulation of Reaction Networks via Boolean Networks
- auteur
- Joachim Niehren, Athénaïs Vaginay, Cristian Versari
- article
- CMSB 2022 - 20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2022, Bucarest, Romania
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-
- titre
- Inferring Epsilon-nets of Finite Sets in a RKHS
- auteur
- Antoine Moniot, Isaure Chauvot de Beauchêne, Yann Guermeur
- article
- Advances in Self-Organizing Maps, Learning Vector Quantization, Clustering and Data Visualization. WSOM - 2022, Jul 2022, Prague, Czech Republic. pp.53-62, ⟨10.1007/978-3-031-15444-7_6⟩
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-
- titre
- A Semi-supervised Graph Deep Neural Network for Automatic Protein Function Annotation
- auteur
- Akrem Sellami, Bishnu Sarker, Salvatore Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi
- article
- 9th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO), Jun 2022, Gran Canaria, Spain. pp.153-166, ⟨10.1007/978-3-031-07802-6_14⟩
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-
Poster communications
- titre
- New strategy for optimizing knowledge-based docking parameters: application to ssRNA-RRM docking
- auteur
- Anna Kravchenko, Malika Smaïl-Tabbone, Sjoerd Jacob de Vries, Isaure Chauvot-De-Beauchêne
- article
- RNAct Final Conference Tailoring RNA binding proteins and RNA targeting, Sep 2022, Valencia, Spain
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-
- titre
- Reduced structural flexibility of eplet amino acids in HLA proteins
- auteur
- Diego Amaya-Ramirez, Romain Lhotte, Magali Devriese, Constantin Hays, Jean-Luc Taupin, Marie-Dominique Devignes
- article
- ECCB 2022 21st European Conference on Computational Biology Planetary Health and Biodiversity, Sep 2022, Barcelona, Spain
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-
- titre
- CroMaSt: A workflow for domain family curation through cross-mapping of structural instances between protein domain databases
- auteur
- Hrishikesh Dhondge, Isaure Chauvot de Beauchêne, Marie-Dominique Devignes
- article
- ECCB2022- 21st European Conference on Computational Biology, Sep 2022, Sitges, Spain. ⟨10.48546/WORKFLOWHUB.WORKFLOW.390.1⟩
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-
Documents associated with scientific events
- titre
- Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining
- auteur
- Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Élie Calvier, Ndeye Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
- article
- JOBIM 2022 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2022, Rennes, France. , JOBIM 2022 Proceedings - Keynotes, Contributed talks, Mini-Symposia
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-
Theses
- titre
- Explainable link prediction in large complex graphs - application to drug repurposing
- auteur
- Kamrul Islam
- article
- Computer Science [cs]. Université de Lorraine, 2022. English. ⟨NNT : 2022LORR0203⟩
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-
- titre
- Modélisation 3D de complexes ARN-protéine par assemblage combinatoire de fragments structuraux
- auteur
- Antoine Moniot
- article
- Informatique [cs]. Université de Lorraine, 2022. Français. ⟨NNT : 2022LORR0339⟩
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-
2021
Journal articles
- titre
- GPER agonist G-1 disrupts tubulin dynamics and potentiates temozolomide to impair glioblastoma cell proliferation
- auteur
- Alex Hirtz, Nolwenn Lebourdais, Fabien Rech, Yann Bailly, Athénaïs Vaginay, Malika Smaïl-Tabbone, Hélène Dubois-Pot-Schneider, Hélène Dumond
- article
- Cells, 2021, 10, pp.3438. ⟨10.3390/cells10123438⟩
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-
- titre
- Role of the Sortase A in the Release of Cell-Wall Proteinase PrtS in the Growth Medium of Streptococcus thermophilus 4F44
- auteur
- Ahoefa Ablavi Awussi, Emeline Roux, Catherine Humeau, Zeeshan Hafeez, Bernard Maigret, Oun Ki Chang, Xavier Lecomte, Gérard Humbert, Laurent Miclo, Magali Genay, Clarisse Perrin, Annie Dary-Mourot
- article
- Microorganisms, 2021, 9 (11), pp.2380. ⟨10.3390/microorganisms9112380⟩
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-
- titre
- Towards big services: a synergy between service computing and parallel programming
- auteur
- Haithem Mezni, Mokhtar Sellami, Sabeur Aridhi, Faouzi Ben Charrada
- article
- Computing, 2021, 103 (11), pp.2479-2519. ⟨10.1007/s00607-021-00999-7⟩
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-
- titre
- An Experimental Evaluation of Similarity-Based and Embedding-Based Link Prediction Methods on Graphs
- auteur
- Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- International Journal of Data Mining & Knowledge Management Process, 2021, 11, pp.1 - 18. ⟨10.5121/ijdkp.2021.11501⟩
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-
- titre
- Machine Learning-Derived Echocardiographic Phenotypes Predict Heart Failure Incidence in Asymptomatic Individuals
- auteur
- Masatake Kobayashi, Olivier Huttin, Martin Magnusson, João Pedro Ferreira, Erwan Bozec, Anne-Cecile Huby, Gregoire Preud'Homme, Kevin Duarte, Zohra Lamiral, Kevin Dalleau, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Peter M Nilsson, Margret Leosdottir, Jean-Marc Boivin, Faiez Zannad, Patrick Rossignol, Nicolas Girerd
- article
- JACC: Cardiovascular Imaging, 2021, S1936-878X (21), pp.00556-8. ⟨10.1016/j.jcmg.2021.07.004⟩
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-
- titre
- Investigating ADR mechanisms with Explainable AI: a feasibility study with knowledge graph mining
- auteur
- Emmanuel Bresso, Pierre Monnin, Cédric Bousquet, François-Elie Calvier, Ndeye-Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
- article
- BMC Medical Informatics and Decision Making, 2021, 21 (1), pp.171. ⟨10.1186/s12911-021-01518-6⟩
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-
- titre
- Head-to-head comparison of clustering methods for heterogeneous data: a simulation-driven benchmark
- auteur
- Gregoire Preud'Homme, Kévin Duarte, Kevin Dalleau, Claire Lacomblez, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Masatake Kobayashi, Olivier Huttin, João Pedro Ferreira, Faiez Zannad, Patrick Rossignol, Nicolas Girerd
- article
- Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.4202. ⟨10.1038/s41598-021-83340-8⟩
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-
- titre
- PPIDomainMiner: Inferring domain-domain interactions from multiple sources of proteinprotein interactions
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, Amina Ahmed Nacer, Hiba Najjar, David Ritchie, Marie-Dominique Devignes
- article
- PLoS Computational Biology, 2021, 17 (8), pp.e1008844. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008844⟩
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-
Conference papers
- titre
- From competition to collaboration: Ensembling similarity-based heuristics for supervised link prediction in biological graphs
- auteur
- Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smail-Tabbone
- article
- International Conference on Bangabandhu and Digital Bangladesh 2021, Dec 2021, Dhaka, Bangladesh. pp.121-135, ⟨10.1007/978-3-031-17181-9_10⟩
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-
- titre
- Simple negative sampling for link prediction in knowledge graphs
- auteur
- Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- The 10th International Conference on Complex Networks and their Applications, Nov 2021, Madrid, Spain. pp.549-562, ⟨10.1007/978-3-030-93413-2_46⟩
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-
- titre
- From quantitative SBML models to boolean networks
- auteur
- Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- 10th International Conference on Complex Networks and their Applications, CNA 2021, Nov 2021, Madrid, Spain
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- From quantitative SBML to boolean networks
- auteur
- Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- 19th conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2021, Sep 2021, Bordeaux, France
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-
- titre
- A Hybrid Approach to Identifying the Most Predictive and Discriminant Features in Supervised Classification Problems
- auteur
- Alexandre Bazin, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli
- article
- ICCS 2021 - 26th International Conference on Conceptual Structures, Sep 2021, Virtual, France. ⟨10.1007/978-3-030-86982-3_4⟩
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-
- titre
- Prot-A-GAN: Automatic Protein Function Annotation using GAN-inspired Knowledge Graph Embedding
- auteur
- Bishnu Sarker, Marie-Dominique Devignes, Guy Wolf, Sabeur Aridhi
- article
- ICML 2021 - Workshop on Computational Biology, Jul 2021, Virtual, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Appraisal Study of Similarity-Based and Embedding-Based Link Prediction Methods on Graphs
- auteur
- Md Kamrul Islam, Sabeur Aridhi, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- CDKP 2021 - 10th International Conference on Data Mining & Knowledge Management Process, Jul 2021, London, United Kingdom. pp.81-92, ⟨10.5121/csit.2021.111106⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Automatic synthesis of boolean networks from biological knowledge and data
- auteur
- Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2021, Jul 2021, Paris, France
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-
- titre
- Feature extraction for the clustering of small 3D structures: application to RNA fragments
- auteur
- Alix Delannoy, Antoine Moniot, Yann Guermeur, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris/Virtual, France. pp.1-6
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-
- titre
- Automatic synthesis of boolean networks from biological knowledge and data
- auteur
- Athénaïs Vaginay, Taha Boukhobza, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- International Conference of Optimization and Learning, OLA 2021, Jun 2021, Catane, Italy
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-
Poster communications
- titre
- Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
- auteur
- Sandrine Gulberti, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Isaure Chauvot de Beauchêne, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
- article
- Rencontres RARE 2021, Oct 2021, Paris/virtuel, France
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-
- titre
- New clustering method to infer prototypes covering the 3D structures of nucleic acid fragments
- auteur
- Antoine Moniot, Isaure Chauvot de Beauchêne, Yann Guermeur
- article
- RECOMB 2021 - 25th International conference on research in computational molecular biology, Aug 2021, Padova/Virtual, Italy
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-
- titre
- Agglomerative clustering of fragment 3D structures based on pairwise RMSD
- auteur
- Antoine Moniot, Isaure Chauvot de Beauchêne, Yann Guermeur
- article
- ISMB ECCB 2021, Jul 2021, Virtual, France
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-
- titre
- Data-driven identification of structural patterns associated with RNA binding in RNA Recognition Motif domains
- auteur
- Hrishikesh Dhondge, Martínez Joel Roca, Vranken Wim, Marie-Dominique Devignes, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- Student Council Symposium (SCS) 2021, Jul 2021, Virtual, France
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-
- titre
- New strategy for optimizing knowledge-based docking parameters: application to ssRNA-protein docking
- auteur
- Anna Kravchenko, Malika Smaïl-Tabbone, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries
- article
- JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France
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-
Theses
- titre
- On Graph-Based Approaches for Protein Function Annotation and Knowledge Discovery
- auteur
- Bishnu Sarker
- article
- Artificial Intelligence [cs.AI]. Université de Lorraine, 2021. English. ⟨NNT : 2021LORR0094⟩
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-
- titre
- Analysis and Mining of Large Dynamic Graphs: case of graph clustering
- auteur
- Wissem Inoubli
- article
- Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]. Université de Tunis El Manar (Tunisie), 2021. English. ⟨NNT : ⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- A Distributed and Incremental Algorithm for Large-Scale Graph Clustering
- auteur
- Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem · Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- 2021
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-
2020
Journal articles
- titre
- Sex differences in circulating proteins in heart failure with preserved ejection fraction
- auteur
- Susan Stienen, Joao Pedro Ferreira, Masatake Kobayashi, Gregoire Preud’homme, Daniela Dobre, Jean-Loup Machu, Kévin Duarte, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Natalia López Andrés, Nicolas Girerd, Svend Aakhus, Giuseppe Ambrosio, Hans-Peter Brunner-La Rocca, Ricardo Fontes-Carvalho, Alan Fraser, Loek van Heerebeek, Gilles de Keulenaer, Paolo Marino, Kenneth Mcdonald, Alexandre Mebazaa, Zoltàn Papp, Riccardo Raddino, Carsten Tschöpe, Walter Paulus, Faiez Zannad, Patrick Rossignol
- article
- Biology of Sex Differences, 2020, 11 (1), pp.47. ⟨10.1186/s13293-020-00322-7⟩
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- titre
- Structural insight into the catalytic mechanism and inhibitor binding of aminopeptidase A
- auteur
- Pierre Couvineau, Hugo de Almeida, Vincent Leroux, Bernard Roques, Bernard Maigret, Catherine Llorens-Cortes, Xavier Iturrioz
- article
- Biochemical Journal, 2020, 477 (21), pp.4133-4148. ⟨10.1042/BCJ20200307⟩
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- titre
- Circulating plasma proteins and new-onset diabetes in a population-based study: proteomic and genomic insights from the STANISLAS cohort
- auteur
- Joao Pedro Ferreira, Zohra Lamiral, Constance Xhaard, Kévin Duarte, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Edith Le Floch, Claire Dandine Roulland, Jean-François Deleuze, Sandra Wagner, Bruno Guerci, Nicolas Girerd, Faiez Zannad, Jean-Marc Boivin, Patrick Rossignol
- article
- European Journal of Endocrinology, 2020, 183 (3), pp.285-295. ⟨10.1530/EJE-20-0246⟩
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- titre
- Special issue on “Advances on Large Evolving Graphs”
- auteur
- Sabeur Aridhi, José Macedo, Engelbert Mephu Nguifo, Karine Zeitouni
- article
- Future Generation Computer Systems, 2020, 110, pp.310. ⟨10.1016/j.future.2020.04.023⟩
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- titre
- Contributions from the 2019 Literature on Bioinformatics and Translational Informatics
- auteur
- Malika Smaïl-Tabbone, Bastien Rance
- article
- IMIA Yearbook of Medical Informatics, 2020, 29 (01), pp.188-192. ⟨10.1055/s-0040-1702002⟩
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-
- titre
- Using Restraints in EROS-Dock Improves Model Quality in Pairwise and Multicomponent Protein Docking
- auteur
- Maria Elisa Ruiz Echartea, David Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2020, 88 (8), pp.1121-1128. ⟨10.1002/prot.25959⟩
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- titre
- GrAPFI: predicting enzymatic function of proteins from domain similarity graphs
- auteur
- Bishnu Sarker, David Ritchie, Sabeur Aridhi
- article
- BMC Bioinformatics, 2020, ⟨10.1186/s12859-020-3460-7⟩
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- titre
- Unsupervised Extra Trees: a stochastic approach to compute similarities in heterogeneous data.
- auteur
- Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- International Journal of Data Science and Analytics, 2020, Advances in Intelligent Data Analysis {XVIII} - 18th International Symposium on Intelligent Data Analysis, IDA 2020, Lecture Notes in Computer Science (12080), pp.132-144. ⟨10.1007/s41060-020-00214-4⟩
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-
- titre
- The First 3D Model of the Full-Length KIT Cytoplasmic Domain Reveals a New Look for an Old Receptor
- auteur
- François Inizan, Myriam Hanna, Maxim Stolyarchuk, Isaure Chauvot de Beauchêne, Luba Tchertanov
- article
- Scientific Reports, 2020, ⟨10.1038/s41598-020-62460-7⟩
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-
- titre
- Enhanced clinical phenotyping by mechanistic bioprofiling in heart failure with preserved ejection fraction: insights from the MEDIA-DHF study (The Metabolic Road to Diastolic Heart Failure)
- auteur
- Susan Stienen, Joao Pedro Ferreira, Masatake Kobayashi, Gregoire Preud'Homme, Daniela Dobre, Jean-Loup Machu, Kévin Duarte, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Natalia López Andrés, Nicolas Girerd, Svend Aakhus, Giuseppe Ambrosio, Hans-Peter Brunner-La Rocca, Ricardo Fontes-Carvalho, Alan G Fraser, Loek van Heerebeek, Stephane Heymans, Gilles de Keulenaer, Paolo Marino, Kenneth Mcdonald, Alexandre Mebazaa, Zoltàn Papp, Riccardo Raddino, Carsten Tschöpe, Walter Paulus, Faiez Zannad, Patrick Rossignol
- article
- Biomarkers, 2020, 25 (2), pp.201-211. ⟨10.1080/1354750X.2020.1727015⟩
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- titre
- Large-Scale Virtual Screening Against the MET Kinase Domain Identifies a New Putative Inhibitor Type
- auteur
- Emmanuel Bresso, Alessandro Furlan, Philippe Noel, Vincent Leroux, Flavio Maina, Rosanna Dono, Bernard Maigret
- article
- Molecules, 2020, 25 (4), pp.938. ⟨10.3390/molecules25040938⟩
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-
- titre
- Insulin-like growth factor binding protein 2: A prognostic biomarker for heart failure hardly redundant with natriuretic peptides
- auteur
- Nicolas Girerd, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Patrick Rossignol
- article
- International Journal of Cardiology, 2020, 300, pp.252-254. ⟨10.1016/j.ijcard.2019.11.100⟩
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-
- titre
- PGxCorpus, a manually annotated corpus for pharmacogenomics
- auteur
- Joël Legrand, Romain Gogdemir, Cedric Bousquet, Kevin Dalleau, Marie-Dominique Devignes, William Digan, Chia-Ju Lee, Ndeye-Coumba Ndiaye, Nadine Petitpain, Patrice Ringot, Malika Smaïl-Tabbone, Yannick Toussaint, Adrien Coulet
- article
- Scientific Data , 2020, 7, pp.3. ⟨10.1038/s41597-019-0342-9⟩
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-
- titre
- Application of Artificial Intelligence to Gastroenterology and Hepatology
- auteur
- Catherine Le Berre, William J. Sandborn, Sabeur Aridhi, Marie-Dominique Devignes, Laure Fournier, Malika Smail-Tabbone, Silvio Danese, Laurent Peyrin-Biroulet
- article
- Gastroenterology, 2020, 158 (1), pp.76-94.e2. ⟨10.1053/j.gastro.2019.08.058⟩
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-
- titre
- Multiple instance learning for sequence data with across bag dependencies
- auteur
- Manel Zoghlami, Sabeur Aridhi, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- International journal of machine learning and cybernetics, 2020, 11, pp.629-642. ⟨10.1007/s13042-019-01021-5⟩
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-
- titre
- Plasma protein biomarkers and their association with mutually exclusive cardiovascular phenotypes: the FIBRO‑TARGETS case–control analyses
- auteur
- Joao Pedro Ferreira, Anne Pizard, Jean-Loup Machu, Emmanuel Bresso, Hans-Peter Brunner-Larocca, Nicolas Girerd, Céline Leroy, Arantxa González, Javier Díez, Stephane Heymans, Marie-Dominique Devignes, Patrick Rossignol, Faiez Zannad
- article
- Clinical Research in Cardiology, 2020, 109 (1), pp.22-33. ⟨10.1007/s00392-019-01480-4⟩
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-
Conference papers
- titre
- Optimisation Collective d'Arbres de Décision dans une Forêt Aléatoire
- auteur
- Nour El Islem Karabadji, Hassina Seridi-Bouchelaghem, Abdelaziz Amara Korba, Sabeur Aridhi, Wajdi Dhifli
- article
- 36ème Conférence sur la Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications (BDA), Oct 2020, Paris, France. pp.42-43
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-
- titre
- Tackling scalability issues in mining path patterns from knowledge graphs: a preliminary study
- auteur
- Pierre Monnin, Emmanuel Bresso, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone, Amedeo Napoli, Adrien Coulet
- article
- ALGOS 2020 - 1st International Conference on Algebras, Graphs and Ordered Sets, Aug 2020, Nancy, France
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-
- titre
- Docking of RNA Hairpin on Protein Using a Fragment-Based Method
- auteur
- Antoine Moniot, Rohit Roy, Yann Guermeur, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- JOBIM 2020 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2020, Montpellier, France
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- titre
- Explaining Multicriteria Decision Making with Formal Concept Analysis
- auteur
- Alexandre Bazin, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Amedeo Napoli
- article
- Concept Lattices and Applications 2020, Jun 2020, Tallinn, Estonia
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- titre
- Computing Vertex-Vertex Dissimilarities Using Random Trees: Application to Clustering in Graphs
- auteur
- Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- IDA 2020 -18th International Symposium on Intelligent Data Analysis, Jun 2020, Konstanz / Virtual, Germany. pp.132-144, ⟨10.1007/978-3-030-44584-3_11⟩
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-
- titre
- Graph Based Automatic Protein Function Annotation Improved by Semantic Similarity
- auteur
- Bishnu Sarker, Navya Khare, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi
- article
- IWBBIO 2020 - 8th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, May 2020, GRANADA, Spain. pp.261-272, ⟨10.1007/978-3-030-45385-5_24⟩
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-
- titre
- Un algorithme distribué pour le clustering de grands graphes
- auteur
- Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- 20ème édition de la conférence francophone "Extraction et gestion des connaissances", Jan 2020, Bruxelles, Belgique
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-
Book sections
- titre
- Searching in Silico Novel Targets for Specific Coffee Rust Disease Control
- auteur
- Jonathan Lima, Bernard Maigret, Diana Fernandez, Jennifer Decloquement, Danilo Pinho, Erika V.S. Albuquerque, Marcelo Rodrigues, Natalia Martins
- article
- Lecture Notes in Computer Science, vol 11347. Springer, pp.109-115, 2020, ⟨10.1007/978-3-030-46417-2_10⟩
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-
Special issue
- titre
- Special issue on “Advances on Large Evolving Graphs”
- auteur
- Sabeur Aridhi, José Macedo, Engelbert Mephu Nguifo, Karine Zeitouni
- article
- Future Generation Computer Systems, 110, pp.310, 2020
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Poster communications
- titre
- Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
- auteur
- Sandrine Gulberti, Isabelle Bertin-Jung, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
- article
- Colloque Régional de la Fondation Maladies Rares, Feb 2020, Strasbourg, France
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-
Reports
- titre
- Chemoinformatics approaches to help antibacterial discovery
- auteur
- Clément Bellanger, Jane Hung, Nyoman Juniarta, Vincent Leroux, Bernard Maigret, Amedeo Napoli
- article
- [Technical Report] Inria Nancy - Grand Est. 2020
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- A Novel Scalable Clustering Method for Distributed Networks
- auteur
- Wissm Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- 2020
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2019
Journal articles
- titre
- Characterization of a relaxase belonging to the MOBT family, a widespread family in Firmicutes mediating the transfer of ICEs
- auteur
- Nicolas Soler, Emilie Robert, Isaure Chauvot de Beauchêne, Philippe Monteiro, Virginie Libante, Bernard Maigret, Johan Staub, David W. Ritchie, Gérard Guédon, Sophie Payot, Marie-Dominique Devignes, Nathalie N. Leblond-Bourget
- article
- Mobile DNA, 2019, 10 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s13100-019-0160-9⟩
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-
- titre
- The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens
- auteur
- Naihui Zhou, Yuxiang Jiang, Timothy Bergquist, Alexandra Lee, Balint Kacsoh, Alex Crocker, Kimberley Lewis, George Georghiou, Huy Nguyen, Md Nafiz Hamid, Larry Davis, Tunca Dogan, Volkan Atalay, Ahmet Rifaioglu, Alperen Dalkiran, Rengul Cetin Atalay, Chengxin Zhang, Rebecca Hurto, Peter Freddolino, Yang Zhang, Prajwal Bhat, Fran Supek, Jose Fernandez, Branislava Gemovic, Vladimir Perovic, Radoslav Davidović, Neven Sumonja, Nevena Veljkovic, Ehsaneddin Asgari, Mohammad R.K. Mofrad, Giuseppe Profiti, Castrense Savojardo, Pier Luigi Martelli, Rita Casadio, Florian Boecker, Heiko Schoof, Indika Kahanda, Natalie Thurlby, Alice C Mchardy, Alexandre Renaux, Rabie Saidi, Julian Gough, Alex Freitas, Magdalena Antczak, Fabio Fabris, Mark Wass, Jie Hou, Jianlin Cheng, Zheng Wang, Alfonso Romero, Alberto Paccanaro, Haixuan Yang, Tatyana Goldberg, Chenguang Zhao, Liisa Holm, Petri Törönen, Alan J. Medlar, Elaine Zosa, Itamar Borukhov, Ilya Novikov, Angela Wilkins, Olivier Lichtarge, Po-Han Chi, Wei-Cheng Tseng, Michal Linial, Peter Rose, Christophe Dessimoz, Vedrana Vidulin, Saso Dzeroski, Ian Sillitoe, Sayoni Das, Jonathan Gill Lees, David Jones, Cen Wan, Domenico Cozzetto, Rui Fa, Mateo Torres, Alex Warwick Vesztrocy, Jose Manuel Rodriguez, Michael Tress, Marco Frasca, Marco Notaro, Giuliano Grossi, Alessandro Petrini, Matteo Re, Giorgio Valentini, Marco Mesiti, Daniel S. Roche, Jonas Reeb, David Ritchie, Sabeur Aridhi, Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, da Chen Emily Koo, Richard Bonneau, Vladimir Gligorijević, Meet Barot, Hai Fang, Stefano Toppo, Enrico Lavezzo, Marco Falda, Michele Berselli, Silvio C.E. Tosatto, Marco Carraro, Damiano Piovesan, Hafeez Ur Rehman, Qizhong Mao, Shanshan Zhang, Slobodan Vucetic, Gage Black, Dane Jo, Erica Suh, Jonathan Dayton, Dallas Larsen, Ashton Omdahl, Liam Mcguffin, Danielle Brackenridge, Patricia Babbitt, Jeffrey Yunes, Paolo Fontana, Feng Zhang, Shanfeng Zhu, Ronghui You, Zihan Zhang, Suyang Dai, Shuwei Yao, Weidong Tian, Renzhi Cao, Caleb Chandler, Miguel Amezola, Devon Johnson, Jia-Ming Chang, Wen-Hung Liao, Yi-Wei Liu, Stefano Pascarelli, Yotam Frank, Robert Hoehndorf, Maxat Kulmanov, Imane Boudellioua, Gianfranco Politano, Stefano Di Carlo, Alfredo Benso, Kai Hakala, Filip Ginter, Farrokh Mehryary, Suwisa Kaewphan, Jari Björne, Hans Moen, Martti E.E. Tolvanen, Tapio Salakoski, Daisuke Kihara, Aashish Jain, Tomislav Šmuc, Adrian M Altenhoff, Asa Ben-Hur, Burkhard Rost, Steven Brenner, Christine Orengo, Constance Jeffery, Giovanni Bosco, Deborah Hogan, Maria Martin, Claire O’donovan, Sean Mooney, Casey Greene, Predrag Radivojac, Iddo Friedberg
- article
- Genome Biology, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s13059-019-1835-8⟩
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- titre
- Selection of potential anti-adhesion drugs by in silico approaches targeted to ALS3 from Candida albicans
- auteur
- Erika Seki Kioshima, Cristiane Suemi Shinobu-Mesquita, Ana Karina Rodrigues Abadio, Maria Sueli Soares Felipe, Terezinha Inez Estivalet Svidzinski, Bernard Maigret
- article
- Biotechnology Letters, 2019, 41 (12), pp.1391-1401. ⟨10.1007/s10529-019-02747-6⟩
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-
- titre
- Bioprofiles and mechanistic pathways associated with Cheyne-Stokes respiration: insights from the SERVE-HF trial
- auteur
- Joao Pedro Ferreira, Kévin Duarte, Holger Woehrle, Martin Cowie, Christiane Angermann, Marie-Pia D’ortho, Erland Erdmann, Patrick Levy, Anita Simonds, Virend Somers, Helmut Teschler, Karl Wegscheider, Emmanuel Bresso, Marie Dominique-Devignes, Patrick Rossignol, Wolfgang Koenig, Faiez Zannad
- article
- Clinical Research in Cardiology, 2019, 109 (7), pp.881-891. ⟨10.1007/s00392-019-01578-9⟩
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-
- titre
- Blind prediction of homo‐ and hetero‐ protein complexes: The CASP13‐CAPRI experiment
- auteur
- Marc Lensink, Guillaume Brysbaert, Nurul Nadzirin, Sameer Velankar, Raphaël A.G. Chaleil, Tereza Gerguri, Paul Bates, Elodie Laine, Alessandra Carbone, Sergei Grudinin, Ren Kong, Ran‐ran Liu, Xi‐ming Xu, Hang Shi, Shan Chang, Miriam Eisenstein, Agnieszka Karczynska, Cezary Czaplewski, Emilia Lubecka, Agnieszka Lipska, Paweł Krupa, Magdalena Mozolewska, Łukasz Golon, Sergey Samsonov, Adam Liwo, Silvia Crivelli, Guillaume Pagès, Mikhail Karasikov, Maria Kadukova, Yumeng Yan, Sheng‐you Huang, Mireia Rosell, Luis Angel Rodríguez‐lumbreras, Miguel Romero‐durana, Lucía Díaz‐bueno, Juan Fernandez‐recio, Charles Christoffer, Genki Terashi, Woong‐hee Shin, Tunde Aderinwale, Sai Raghavendra Maddhuri Venkata Subram, Daisuke Kihara, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Kathyn Porter, Dzmitry Padhorny, Israel Desta, Dmitri Beglov, Mikhail Ignatov, Sergey Kotelnikov, Iain Moal, David Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Maria Elisa Ruiz Echartea, Didier Barradas‐bautista, Zhen Cao, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Yue Cao, Yang Shen, Minkyung Baek, Taeyong Park, Hyeonuk Woo, Chaok Seok, Merav Braitbard, Lirane Bitton, Dina Scheidman‐duhovny, Justas Dapkūnas, Kliment Olechnovič, Česlovas Venclovas, Petras J. Kundrotas, Saveliy Belkin, Devlina Chakravarty, Varsha Badal, Ilya A. Vakser, Thom Vreven, Sweta Vangaveti, Tyler M. Borrman, Zhiping Weng, Johnathan D Guest, Ragul Gowthaman, Brian G Pierce, Xianjin Xu, Rui Duan, Liming Qiu, Jie Hou, Benjamin Ryan Merideth, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Panos Koukos, Jorge Roel‐touris, Francesco Ambrosetti, Cunliang Geng, Jörg Schaarschmidt, Mikael Trellet, Adrien S.J. Melquiond, Li Xue, Brian Jiménez‐garcía, Charlotte Noort, Rodrigo Honorato, Alexandre M.J.J. Bonvin, Shoshana J. Wodak
- article
- Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2019, 87 (12), pp.1200-1221. ⟨10.1002/prot.25838⟩
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-
- titre
- Two New 1,3,4-Oxadiazoles With Effective Antifungal Activity Against Candida albicans
- auteur
- Isis Regina Grenier Capoci, Karina Mayumi Sakita, Daniella Renata Faria, Franciele Abigail Vilugron Rodrigues-Vendramini, Glaucia Sayuri Arita, Admilton Gonçalves de Oliveira, Maria Sueli Felipe, Bernard Maigret, Patricia de Souza Bonfim-Mendonça, Erika Seki Kioshima, Terezinha Inez Estivalet Svidzinski
- article
- Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.02130⟩
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-
- titre
- Extended persistence of antiphospholipid antibodies beyond the twelve‐week time interval: Association with baseline antiphospholipid antibodies titres
- auteur
- Jean Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Alex Hervé, Geoffroy Cagninacci, Marie-Dominique Devignes, Thomas Lecompte, Stéphane Zuily, Denis Wahl
- article
- International Journal of Laboratory Hematology, 2019, 41 (6), pp.726-730. ⟨10.1111/ijlh.13094⟩
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-
- titre
- A data sampling and attribute selection strategy for improving decision tree construction
- auteur
- Nour El Islem Karabadji, Ilyes Khelf, Hassina Seridi, Sabeur Aridhi, Didier Rémond, Wajdi Dhifli
- article
- Expert Systems with Applications, 2019, 129, pp.84-96. ⟨10.1016/j.eswa.2019.03.052⟩
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-
- titre
- Contributions from the 2018 Literature on Bioinformatics and Translational Informatics
- auteur
- Malika Smail-Tabbone, Bastien Rance
- article
- IMIA Yearbook of Medical Informatics, 2019, 28 (01), pp.190-193. ⟨10.1055/s-0039-1677945⟩
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-
- titre
- Special issue on “Uncertainty in Cloud Computing: Concepts, Challenges and Current Solutions”
- auteur
- Allel Hadjali, Haithem Mezni, Sabeur Aridhi, Andrei Tchernykh
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2019, 111, pp.53-55. ⟨10.1016/j.ijar.2019.05.008⟩
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-
- titre
- Antifungal activity of two oxadiazole compounds for the paracoccidioidomycosis treatment
- auteur
- Franciele Abigail Vilugron Rodrigues-Vendramini, Daniella Renata Faria, Glaucia Sayuri Arita, Isis Regina Grenier Capoci, Karina Mayumi Sakita, Silvana Martins Caparroz-Assef, Tania Cristina Alexandrino Becker, Patrícia de Souza Bonfim-Mendonça, Maria Sueli Felipe, Terezinha Inez Estivalet Svidzinski, Bernard Maigret, Erika Seki Kioshima, Pamela Small
- article
- PLoS Neglected Tropical Diseases, 2019, 13 (6), pp.e0007441. ⟨10.1371/journal.pntd.0007441⟩
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-
- titre
- Modeling large protein–glycosaminoglycan complexes using a fragment‐based approach
- auteur
- Sergey Samsonov, Martin Zacharias, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- Journal of Computational Chemistry, 2019, 40 (14), pp.1429-1439. ⟨10.1002/jcc.25797⟩
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-
- titre
- Docking software performance in protein-glycosaminoglycan systems
- auteur
- Urszula Uciechowska-Kaczmarzyk, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sergey Samsonov
- article
- Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2019, Journal of Molecular Graphics and Modelling, 90, pp.42-50. ⟨10.1016/j.jmgm.2019.04.001⟩
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-
- titre
- Repurposing approach identifies new treatment options for invasive fungal disease
- auteur
- Isis Regina Grenier Capoci, Daniella Renata Faria, Karina Mayumi Sakita, Franciele Abigail Vilugron Rodrigues-Vendramini, Patricia de Souza Bonfim-Mendonça, Tania Cristina Alexandrino Becker, Erika Seki Kioshima, Terezinha Inez Estivalet Svidzinski, Bernard Maigret
- article
- Bioorganic Chemistry, 2019, 84, pp.87-97. ⟨10.1016/j.bioorg.2018.11.019⟩
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-
- titre
- A Chemosensory GPCR as a Potential Target to Control the Root-Knot Nematode Meloidogyne incognita Parasitism in Plants
- auteur
- Emmanuel Bresso, Diana Fernandez, Deisy X Amora, Philippe Noel, Anne-Sophie Petitot, Maria-Eugênia Lisei de Sa, Erika V S Albuquerque, Etienne Danchin, Bernard Maigret, Natália F Martins
- article
- Molecules, 2019, 24 (20), pp.3798. ⟨10.3390/molecules24203798⟩
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-
- titre
- EROS-DOCK: Protein-Protein Docking Using Exhaustive Branch-and-Bound Rotational Search
- auteur
- Maria Elisa Ruiz Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
- article
- Bioinformatics, 2019, 35 (23), pp.5003-5010. ⟨10.1093/bioinformatics/btz434⟩
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-
- titre
- Flexible molecular docking: application of hybrid tabu-simplex optimisation
- auteur
- Khensous Ghania, Belhadri Messabih, Abdellah Chouarfia, Bernard Maigret
- article
- International journal of computational biology and drug design, 2019, 12 (1), pp.34. ⟨10.1504/IJCBDD.2019.098178⟩
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-
Conference papers
- titre
- EROS-DOCK for Pairwise and Multi-body Protein-Protein Docking
- auteur
- Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
- article
- Journée MASIM2019 (Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires), Nov 2019, Paris, France
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-
- titre
- Functional Annotation of Proteins using Domain Embedding based Sequence Classification
- auteur
- Bishnu Sarker, David W. Ritchie, Sabeur Aridhi
- article
- KDIR 2019 - 11th International Conference on Knowledge Discovery and Information Retrieval, Sep 2019, Vienna, Austria. pp.163-170, ⟨10.5220/0008353401630170⟩
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-
- titre
- A Structure Based Multiple Instance Learning Approach for Bacterial Ionizing Radiation Resistance Prediction
- auteur
- Manel Zoghlami, Sabeur Aridhi, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- KES 2019 - 23rd International Conference on Knowledge-Based and Intelligent Information & Engineering Systems, Sep 2019, Budapest, Hungary
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-
- titre
- Towards an automatic conversion from SBML core to SBML qual
- auteur
- Athénaïs Vaginay, Malika Smail-Tabbone, Taha Boukhobza
- article
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2019, Jul 2019, Nantes, France
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-
- titre
- The ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus.
- auteur
- Charles Coluzzi, Julie Lao, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Chloé Ambroset, Thomas Lacroix, Helene Chiapello, Sophie Payot, Nathalie N. Leblond-Bourget
- article
- 8th symposium on Antimicrobial Resistance in Animal and Environment, Jul 2019, Tours, France
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-
- titre
- EROS-DOCK and EROS-DOCK MULTI-BODY Approach
- auteur
- Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
- article
- CAPRI evaluation meeting, Apr 2019, Hinxton, United Kingdom
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-
- titre
- NAfragDB: A Multi-Purpose Structural Database of Nucleic-Acid/Protein Complexes for Advances Users
- auteur
- Antoine Moniot, Sjoerd de Vries, Dave Ritchie, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- 21e congrès du Groupe de graphisme et modélisation moléculaire (GGMM), Apr 2019, Nice, France
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-
- titre
- Les forêts d'arbres extrêmement aléatoires : utilisation dans un cadre non supervisé
- auteur
- Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- EGC 2019 - 19ème Conférence Francophone sur l'Extraction et Gestion des connaissances, Jan 2019, Metz, France. pp.395-400
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-
Poster communications
- titre
- The ICE/IME Finder approach and its application to ICE/IME annotation in Streptococcus
- auteur
- Charles Coluzzi, Julie Lao, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Chloé Ambroset, Thomas Lacroix, Helene Chiapello, Sophie Payot, Nathalie N. Leblond-Bourget
- article
- 4th International Workshop on Streptococcus suis, Jun 2019, Montréal, Canada.
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-
- titre
- Vers un nouveau traitement des mucopolysaccharidoses ? Recherche d’inhibiteurs de la β1,4-galactosyltransférase 7 (β4GalT7) par des approches combinées de criblage expérimental et virtuel
- auteur
- Sandrine Gulberti, Isabelle Bertin-Jung, Isaure Chauvot de Beauchêne, Christel Valencia-Schmitt, Pascal Villa, Bernard Maigret, Sylvie Fournel-Gigleux
- article
- Colloque de la Fondation Maladies Rares, May 2019, Paris, France
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-
- titre
- EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion pi- Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space
- auteur
- Maria-Elisa Ruiz-Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
- article
- GGMM (groupe de graphisme et modélisation moléculaire ), Apr 2019, Nice, France
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-
Theses
- titre
- Pairwise and Multi-Component Protein-Protein Docking Using Exhaustive Branch-and-Bound Tri-Dimensional Rotational Searches
- auteur
- Maria-Elisa Ruiz-Echartea
- article
- Computer Science [cs]. Université de Lorraine, 2019. English. ⟨NNT : 2019LORR0306⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Computing Vertex-Vertex Dissimilarities Using Random Trees: Application to Clustering in Graphs
- auteur
- Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smail-Tabbone
- article
- 2019
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-
- titre
- Clustering graphs using random trees
- auteur
- Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- 2019
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-
- titre
- Providing Molecular Characterization for Unexplained Adverse Drug Reactions
- auteur
- François-Élie Calvier, Pierre Monnin, Miguel Boland, Patryk Jarnot, Emmanuel Bresso, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet, Cedric Bousquet
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- The uncertain cloud: State of the art and research challenges
- auteur
- Haithem Mezni, Sabeur Aridhi, Allel Hadjali
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2018, 103, pp.139 - 151. ⟨10.1016/j.ijar.2018.09.009⟩
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-
- titre
- Computational Discovery of Direct Associations between GO terms and Protein Domains
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, David Ritchie, Marie-Dominique Devignes
- article
- BMC Bioinformatics, 2018, 19 (Suppl 14), pp.413. ⟨10.1186/s12859-018-2380-2⟩
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-
- titre
- An experimental survey on big data frameworks
- auteur
- Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- Future Generation Computer Systems, 2018, 86, pp.546 - 564. ⟨10.1016/j.future.2018.04.032⟩
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-
- titre
- PDB-wide identification of biological assemblies from conserved quaternary structure geometry
- auteur
- Sucharita Dey, David Ritchie, Emmanuel D Levy
- article
- Nature Methods, 2018, 15, pp.67-72. ⟨10.1038/nmeth.4510⟩
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-
- titre
- The CYP71AZ P450 Subfamily: A Driving Factor for the Diversification of Coumarin Biosynthesis in Apiaceous Plants
- auteur
- Celia Krieger, Sandro Roselli, Sandra Kellner-Thielmann, Gianni Galati, Bernd Schneider, Jeremy Grosjean, Alexandre Olry, David Ritchie, Ulrich Matern, Frederic Bourgaud, Alain Hehn
- article
- Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.820. ⟨10.3389/fpls.2018.00820⟩
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-
Conference papers
- titre
- Exploiting Complex Protein Domain Networks for Protein Function Annotation
- auteur
- Bishnu Sarker, David W Ritchie, Sabeur Aridhi
- article
- Complex Networks 2018 - 7th International Conference on Complex Networks and Their Applications, Dec 2018, Cambridge, United Kingdom
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-
- titre
- Cooperation of bio-ontologies for the classification of genetic intellectual disabilities : a diseasome approach
- auteur
- Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Philippe Jonveaux, Céline Bonnet, Adrien Coulet
- article
- Proceedings of the 11th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Healthcare and Life Sciences (SWAT4HCLS 2018), Dec 2018, Antwerp, Belgium
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-
- titre
- An experimental survey on big data frameworks (Highlight paper)
- auteur
- Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- BDA 2018 - 34ème Conférence sur la Gestion de Données – Principes, Technologies et Applications, Oct 2018, Bucarest, Romania
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-
- titre
- A Comparative Study on Streaming Frameworks for Big Data
- auteur
- Wissem Inoubli, Sabeur Aridhi, Haithem Mezni, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- VLDB 2018 - 44th International Conference on Very Large Data Bases : Workshop LADaS - Latin American Data Science, Aug 2018, Rio de Janeiro, Brazil. pp.1-8
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-
- titre
- First steps toward finding relevant pathology-gene pairs using analogy
- auteur
- Marie-Dominique Devignes, Yohann Fransot, Yves Lepage, Jean Lieber, Emmanuel Nauer, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- EvoCBR 2018 : Workshop on Evolutionary Computation and CBR at the International Conference on Case-Based Reasoning (ICCBR 2018), Jul 2018, Stockholm, Sweden
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-
- titre
- A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNAs in a protein pockect at the thermodynamic equilibrium
- auteur
- Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques), Jul 2018, Marseille, France
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-
- titre
- ABClass : Une approche d'apprentissage multi-instances pour les séquences
- auteur
- Manel Zoghlami, Sabeur Aridhi, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- RJCIA 2018 - 16èmes Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle, Jul 2018, Nancy, France. pp.1-9
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-
- titre
- Unsupervised extremely randomized trees
- auteur
- Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- PAKDD 2018 - The 22nd Pacific-Asia Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, May 2018, Melbourne, Australia
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-
Book sections
- titre
- An Overview of in Silico Methods for the Prediction of Ionizing Radiation Resistance in Bacteria
- auteur
- Manel Zoghlami, Sabeur Aridhi, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- Tamar Reeve. Ionizing Radiation: Advances in Research and Applications, Nova science publishers, pp.241-256, 2018, Physics Research and Technology Series, 978-1-53613-539-8
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-
Poster communications
- titre
- EROS: A Protein Docking Algorithm Using a Quaternion Pi-Ball Representation for Exhaustive and Accelerated Exploration of 3D Rotational Space
- auteur
- Maria Elisa Ruiz Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
- article
- APIL 2018 - Journée d'automne de l'Ecole Doctorale IAEM-Lorraine, Nov 2018, Nancy, France
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-
- titre
- Reactive pipelines for integrated structural bioinformatics resources
- auteur
- Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries
- article
- 3D-BioInfo: Launch Meeting for a proposed ELIXIR Community in Structural Bioinformatics, Oct 2018, Basel, Switzerland
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-
- titre
- PPI DomainMiner: predicting domain-domain interactions from protein-protein interactions using tripartite graph modeling and vector similarity
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, Sabeur Aridhi, Dave Ritchie, Marie-Dominique Devignes
- article
- ECCB 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece
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-
- titre
- GrAPFI: Graph Based Inference for Automatic Protein Function Annotation
- auteur
- Bishnu Sarker, David Ritchie, Sabeur Aridhi
- article
- ECCB 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athens, Greece
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-
- titre
- A data science approach for exploring differential expression profiles of genes in transcriptomic studies-Application to the understanding of ageing in obese and lean rats in the FIGHT-HF project
- auteur
- Emmanuel Bresso, Claire Lacomblez, Anne Pizard, Patrick Rossignol, Faiez Zannad, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes
- article
- JOBIM 2018 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France
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-
- titre
- A hybrid combinatorial method for docking single stranded RNA on proteins at the thermodynamic equilibrium
- auteur
- Chinmay Singhal, Yann Ponty, Isaure Chauvot de Beauchêne
- article
- RECOMB 2018 - 22nd Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology, Apr 2018, Paris, France
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-
Theses
- titre
- Apport des ontologies de domaine pour l'extraction de connaissances à partir de données biomédicales
- auteur
- Gabin Personeni
- article
- Apprentissage [cs.LG]. Université de Lorraine, 2018. Français. ⟨NNT : 2018LORR0235⟩
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-
- titre
- Automatic Discovery of Hidden Associations Using Vector Similarity : Application to Biological Annotation Prediction
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Lorraine, 2018. English. ⟨NNT : 2018LORR0035⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Whole Number Recursion Formulae for High Order Clebsch-Gordan Coupling Coefficients
- auteur
- David Ritchie
- article
- 2018
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-
2017
Journal articles
- titre
- ECDomainMiner: discovering hidden associations between enzyme commission numbers and Pfam domains
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David W. Ritchie
- article
- BMC Bioinformatics, 2017, 18 (1), pp.107. ⟨10.1186/s12859-017-1519-x⟩
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-
- titre
- Low-dose alkylphenol exposure promotes mammary epithelium alterations and transgenerational developmental defects, but does not enhance tumorigenic behaviour of breast cancer cells
- auteur
- Clémence Chamard-Jovenin, Charlène Thiébaut, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
- article
- Frontiers in Endocrinology, 2017, 8, pp.272. ⟨10.3389/fendo.2017.00272⟩
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-
- titre
- Involvement of arginine 878 together with Ca2+ in aminopeptidase A substrate specificity for N-terminal acidic amino-acid residues
- auteur
- Pierre Couvineau, Hugo de Almeida, Bernard Maigret, Catherine Llorens-Cortes, Xavier Iturrioz
- article
- PLoS ONE, 2017, 12 (9), pp.e0184237. ⟨10.1371/journal.pone.0184237⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Germline CDKN2A/P16INK4A mutations contribute to genetic determinism of sarcoma
- auteur
- Fanélie Jouenne, Isaure Chauvot de Beauchêne, Emeline Bollaert, Marie-Francoise Avril, Olivier Caron, Olivier Ingster, Axel Lecesne, Patrick Benuisiglio, Philippe Terrier, Vincent Caumette, Daniel Pissaloux, Arnaud de La Fouchardiere, Odile Cabaret, Birama N'Diaye, Amélie Velghe, Gaëlle Bougeard, Graham J. Mann, Serge Koscielny, Jennifer H. Barrett, Mark Harland, Julia Newton-Bishop, Nelleke Gruis, Remco van Doorn, Marion Gauthier-Villars, Gaelle Pierron, Dominique Stoppa-Lyonnet, Isabelle Coupier, Rosine Guimbaud, Capucine Delnatte, Jean Yves Scoazec, Alexander Eggermont, Jean Feunteun, Luba Tchertanov, Jean-Baptiste Demoulin, Thierry Frebourg, Brigitte Bressac de Paillerets
- article
- Journal of Medical Genetics, 2017, 54 (9), pp.607-612. ⟨10.1136/jmedgenet-2016-104402⟩
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-
- titre
- A Glimpse into the World of Integrative and Mobilizable Elements in Streptococci Reveals an Unexpected Diversity and Novel Families of Mobilization Proteins
- auteur
- Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Chloé C. Ambroset, Valentin Loux, Thomas Lacroix, Sophie Payot, Nathalie N. Leblond-Bourget
- article
- Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.16. ⟨10.3389/fmicb.2017.00443⟩
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-
- titre
- An evolutionary scheme for decision tree construction
- auteur
- Nour El Islem Karabadji, Hassina Seridi, Fouad Bousetouane, Wajdi Dhifli, Sabeur Aridhi
- article
- Knowledge-Based Systems, 2017, 119, pp.166 - 177. ⟨10.1016/j.knosys.2016.12.011⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Protein-protein and peptide-protein docking and refinement using ATTRACT in CAPRI
- auteur
- Christina Eva Maria Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Sjoerd Jacob de Vries, Martin Zacharias
- article
- Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2017, ⟨10.1002/prot.25196⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling and minimizing CAPRI round 30 symmetrical protein complexes from CASP-11 structural models
- auteur
- Marwa El Houasli, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah W Ghoorah, Sergei Grudinin, David Ritchie
- article
- Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2017, Special Issue: Sixth Meeting on the Critical Assessment of Predicted Interactions 85 (3), pp.463-469. ⟨10.1002/prot.25182⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A bacterial artificial chromosome (BAC) genomic approach reveals partial clustering of the furanocoumarin pathway genes in parsnip
- auteur
- Sandro Roselli, Alexandre Olry, Sonia Vautrin, Olivier O. Coriton, David Ritchie, Gianni Galati, Nicolas Navrot, Celia Krieger, Guilhem Vialart, Helene H. Berges, Frédéric Bourgaud, Alain Hehn
- article
- Plant Journal, 2017, 89 (6), pp.1119-1132. ⟨10.1111/tpj.13450⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Rapid Design of Knowledge-Based Scoring Potentials for Enrichment of Near-Native Geometries in Protein-Protein Docking
- auteur
- Alexander Sasse, Sjoerd Jacob de Vries, Christina Eva Maria Schindler, Isaure Chauvot de Beauchêne, Martin Zacharias
- article
- PLoS ONE, 2017, ⟨10.1371/journal.pone.0170625⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MR-SimLab: Scalable subgraph selection with label similarity for big data
- auteur
- Wajdi Dhifli, Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- Information Systems, 2017, 69, pp.155 - 163. ⟨10.1016/j.is.2017.05.006⟩
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-
- titre
- Discovering associations between adverse drug events using pattern structures and ontologies
- auteur
- Gabin Personeni, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
- article
- Journal of Biomedical Semantics, 2017, 93, pp.539 - 546. ⟨10.1186/s13326-017-0137-x⟩
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-
- titre
- BLADYG: A Graph Processing Framework for Large Dynamic Graphs
- auteur
- Sabeur Aridhi, Alberto Montresor, Yannis Velegrakis
- article
- Big Data Research, 2017, ⟨10.1016/j.bdr.2017.05.003⟩
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-
Conference papers
- titre
- Validation de ER$\alpha$36 comme marqueur prédictif de susceptibilité aux nonylphénols in vivo et in vitro
- auteur
- Clémence Chamard-Jovenin, Charlène Thiébaut, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
- article
- Journée PNR-EST de l’ANSES, Oct 2017, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Distributed Framework for Large-Scale Time-Dependent Graph Analysis
- auteur
- Wissem Inoubli, Livia Almada, Ticiana L. Coelho da Silva, Gustavo Coutinho, Lucas Peres, Regis Pires Magalhaes, Jose Antonio F. de Macedo, Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- ECML PKDD 2017 - TD-LSG 2017 : workshop Advances in Mining Large-Scale Time Dependent Graphs, Sep 2017, Skopje, Macedonia. pp.6
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automatic Generation of Functional Annotation Rules Using Inferred GO-Domain Associations
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, Sabeur Aridhi, Marie-Dominique Devignes, Rabie Saidi, Alexandre Renaux, Maria-Jesus Martin, David W. Ritchie
- article
- Function-SIG ISMB/ECCB 2017, biofunctionprediction.org, Jul 2017, Prague, Czech Republic
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Associating Gene Ontology Terms with Pfam Protein Domains
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
- article
- 5th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering - IWBBIO 2017, Apr 2017, Granada, Spain. pp.127-138, ⟨10.1007/978-3-319-56154-7_13⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Prédiction de défauts dans les arbres du parc végétal Grenoblois et préconisations pour les futures plantations
- auteur
- Yelen Per, Kevin Dalleau, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- EGC 2017 - Extraction et Gestion des Connaissances, Jan 2017, Grenoble, France. pp.237-248
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Neighborhood-Based Label Propagation in Large Protein Graphs
- auteur
- Sabeur Aridhi, Seyed Ziaeddin Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
- article
- Function SIG @ ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. pp.2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automatic Generation of Functional Annotation Rules Using Inferred GO-Domain Associations
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, Sabeur Aridhi, Rabie Saidi, Alexandre Renaux, Maria J. Martin, David W. Ritchie
- article
- Function-SIG ISMB/ECCB 2017, Jul 2017, Prague, Czech Republic. 2017
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fragment based modeling of protein-GAG complexes
- auteur
- Isaure Chauvot de Beauchêne, Sergey A Samsonov, Martin Zacharias
- article
- GGMM 2017 - 20e congrès du Groupe de Graphisme et Modelisation Moleculaire, May 2017, Reims, France. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Accelerating Protein Docking Calculations using the ATTRACT Coarse-Grained Force Field and 3D Rotation Maps
- auteur
- Maria Elisa Ruiz Echartea, Isaure Chauvot de Beauchêne, David Ritchie
- article
- GGMM 2017 - Groupe de Graphisme et Modélisation Moléculaire, May 2017, Reims, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- Comparison of Cuckoo Search, Tabu Search and TS-Simplex algorithms for unconstrained global optimization
- auteur
- Ghania Khensous, Belhadri Messabih, Abdellah Chouarfia, Bernard Maigret
- article
- Computer Modelling and New Technologies, 2016, 20 (4), pp.23-29
- Accès au bibtex
-
- titre
- GPCRs from fusarium graminearum detection, modeling and virtual screening - the search for new routes to control head blight disease
- auteur
- Emmanuel Bresso, Roberto Togawa, Kim Hammond-Kosack, Martin Urban, Bernard Maigret, Natalia Florencio Martins
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (S18), pp.14. ⟨10.1186/s12859-016-1342-9⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Big Graph Mining: Frameworks and Techniques
- auteur
- Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu
- article
- Big Data Research, 2016, 6, pp.1-10. ⟨10.1016/j.bdr.2016.07.002⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Carbohydrate-based peptidomimetics targeting neuropilin-1: synthesis, molecular docking study and in vitro biological activities
- auteur
- Mylène Richard, Alicia Chateau, Christian Jelsch, Claude Didierjean, Xavier Manival, Christophe Charron, Bernard Maigret, Muriel Barberi-Heyob, Yves Chapleur, Cédric Boura, Nadia Pellegrini-Moise
- article
- Bioorganic and Medicinal Chemistry, 2016, 24 (21), pp.5315-5325. ⟨10.1016/j.bmc.2016.08.052⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification of novel Trypanosoma cruzi prolyl oligopeptidase inhibitors by structure-based virtual screening
- auteur
- Hugo de Almeida, Vincent Leroux, Flávia Nader Motta, Philippe Grellier, Bernard Maigret, Jaime Martins Santana, Izabela Marques Dourado Bastos
- article
- Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2016, ⟨10.1007/s10822-016-9985-1⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Prediction of homo- and hetero-protein complexes by protein docking and template-based modeling: a CASP-CAPRI experiment
- auteur
- Marc F. Lensink, Sameer Velankar, Andriy Kryshtafovych, Shen-You Huang, Dina Schneidman-Duhovy, Andrej Sali, Joan Segura, Narcis Fernandez-Fuentes, Shruthi Viswanath, Ron Elber, Sergei Grudinin, Petr Popov, Emilie Neveu, Hasup Lee, Minkyung Baek, Sangwoo Park, Lim Heo, Gyu Rie Lee, Chaok Seok, Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, David W. Ritchie, Bernard Maigret, Marie-Dominique Devignes, Anisah Ghoorah, Mieczyslaw Torchala, Raphaël A.G. Chaleil, Paul A Bates, Efrat Ben-Zeev, Miriam Eisenstein, Surendra Negi S., Thom Vreven, Brian G Pierce, Tyler M. Borrman, Jinchao Yu, Françoise Ochsenbein, Zhiping Weng, Raphaël Guérois, Anna Vangone, João P.G.L.M. Rodrigues, Gydo van Zundert, Mehdi Nellen, Li Xue, Ezgi Karaca, Adrien S. J. Melquiond, Koen Visscher, Panagiotis L Kastritis, Alexandre M. J. J. Bonvin, Xianjin Xu, Liming Qiu, Chengfei Yan, Jilong Li, Zhiwei Ma, Jianlin Cheng, Xiaoqin Zou, Yang Sheng, Lenna X. Peterson, Hyung-Rae Kim, Amit Roy, Xusi Han, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, Xiaofeng Yu, Neil J. Bruce, Jonathan C. Fuller, Rebbecca C. Wade, Ivan Anishchenko, Petras J. Kundrotas, Ilya A. Vakser, Kenichiro Imai, Kazunori Yamada, Toshiyuki Oda, Tsukasa Nakamura, Kentaro Tomii, Chiara Pallara, Miguel Romero-Durana, Brian Jiménez-García, Iain H Moal, Juan Fernández-Recio, Jong Young Joung, Jong Yun Kim, Keehyoung Joo, Jooyoung Lee, Dima Kozakov, Sandor Vajda, Scott Mottarella, David R. Hall, Dmitri Beglov, Artem Mamonov, Bing Xia, Tanggis Bohnuud, Carlos A. del Carpio, Eichiro Ichiishi, Nicholas Marze, Daisuke Kuroda, Shourya S. Roy Burman, Jeffrey J Gray, Edrisse Chermak, Luigi Cavallo, Romina Oliva, Andrey Tovchigrechko, Shoshana J Wodak
- article
- Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2016, Special Issue: Eleventh Meeting on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction, 84 (S1), pp.323-348. ⟨10.1002/prot.25007⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Searching for Novel Targets to Control Wheat Head Blight Disease—I-Protein Identification, 3D Modeling and Virtual Screening
- auteur
- Natália Florêncio Martins, Emmanuel Bresso, Roberto C. Togawa, Martin Urban, John Antoniw, Bernard Maigret, Kim Hammond-Kosack
- article
- Advances in Microbiology, 2016, 06 (11), pp.811 - 830. ⟨10.4236/aim.2016.611079⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- PEPSI-Dock: a detailed data-driven protein–protein interaction potential accelerated by polar Fourier correlation
- auteur
- Emilie Neveu, David Ritchie, Petr Popov, Sergei Grudinin
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (7), pp.i693-i701. ⟨10.1093/bioinformatics/btw443⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Structure-based virtual screening of hypothetical inhibitors of the enzyme longiborneol synthase—a potential target to reduce Fusarium head blight disease
- auteur
- Emmanuel Bresso, Vincent Leroux, Martin Urban, Kim Hammond-Kosack, Bernard Maigret, Natália Florêncio Martins
- article
- Journal of Molecular Modeling, 2016, 22 (7), ⟨10.1007/s00894-016-3021-1⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Insight on mutation-induced resistance from molecular dynamics simulations of the native and mutated CSF-1R and KIT
- auteur
- Priscilla da Silva Figueiredo Celestino Gomes, Isaure Chauvot de Beauchêne, Nicolas Panel, Sophie Lopes, Paulo de Sepulveda, Pedro G Pascutti, E Solary, Luba Tchertanov
- article
- PLoS ONE, 2016, 11 (7), ⟨10.1371/journal.pone.0160165⟩
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- titre
- Calculating and scoring high quality multiple flexible protein structure alignments
- auteur
- David Ritchie
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (17), pp.2650-2658. ⟨10.1093/bioinformatics/btw300⟩
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- titre
- Protein–protein docking by fast generalized Fourier transforms on 5D rotational manifolds
- auteur
- Dzmitry Padhorny, Andrey Kazennov, Brandon S Zerbe, Kathryn A Porter, Bing Xia, Scott Mottarella, Yaroslav Kholodov, David Ritchie, Sandor Vajda, Dima Kozakov
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (30), pp.E4286-E4293. ⟨10.1073/pnas.1603929113⟩
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- titre
- Spherical polar Fourier assembly of protein complexes with arbitrary point group symmetry
- auteur
- David W. Ritchie, Sergei Grudinin
- article
- Journal of Applied Crystallography, 2016, 49 (1), pp.158-167. ⟨10.1107/S1600576715022931⟩
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- titre
- Kbdock - Searching and organising the structural space of protein-protein interactions
- auteur
- Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
- article
- ERCIM News, 2016, 104, pp.24-25
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- titre
- New Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration
- auteur
- Chloé C. Ambroset, Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Marie-Dominique Devignes, Valentin Loux, Thomas Lacroix, Sophie Payot, Nathalie N. Leblond-Bourget
- article
- Frontiers in Microbiology, 2016, 6 (6), pp.1483. ⟨10.3389/fmicb.2015.01483⟩
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- titre
- Prediction of Ionizing Radiation Resistance in Bacteria Using a Multiple Instance Learning Model
- auteur
- Sabeur Aridhi, Haïtham Sghaier, Manel Zoghlami, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- Journal of Computational Biology, 2016, 23 (1), pp.10 - 20. ⟨10.1089/cmb.2015.0134⟩
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Conference papers
- titre
- Characterization of the ICESt3 relaxase active site indicates evolutionary relationship between MOBT relaxases and rolling circle replication proteins of the Rep-trans family.
- auteur
- Nicolas Soler, Philippe Monteiro, Emilie Robert, Marie-Dominique Devignes, Bernard Maigret, Dave Ritchie, Gérard Guédon, Sophie Payot, Nathalie N. Leblond-Bourget
- article
- Type IV Secretion in Gram-Negative and Gram-Positive Bacteria conference, Dec 2016, Beilngries, Germany
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- titre
- Transgenerational effects of ERalpha36 over-expression on mammary gland development and molecular phenotype: clinical perspective for breast cancer risk and therapy.
- auteur
- Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Emmanuel Bresso, Chloé Morel, Charlène Thiébaut, Malika Smail-Tabbone, El-Hadi Djermoune, Marie-Dominique Devignes, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
- article
- 21st World Congress on Advances in Oncology and 19th International Symposium on Molecular Medicine, Oct 2016, Athens, Greece
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- titre
- Discovering ADE associations from EHRs using pattern structures and ontologies
- auteur
- Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
- article
- Phenotype Day, Bio-Ontologies SIG, ISMB, Jul 2016, Orlando, United States
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- titre
- Elucidation of the furanocoumarin biosynthetic pathway in Pastinaca sativa
- auteur
- Sandro Roselli, Alexandre Olry, Sonia Vautrin, Olivier Coriton, Dave Ritchie, Gianni Galati, Nicolas Navrot, Célia Krieger, Guilhem Vialart, Helene H. Berges, Frédéric Bourgaud, Alain Hehn
- article
- 11th national meeting of the SFBV - Société Française de Biologie Végétale, Jul 2016, Angers, France
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- titre
- Using aggregation functions on structured data: a use case in the FIGHT-HF project
- auteur
- Kevin Dalleau, Miguel Couceiro, Marie-Dominique Devignes, Chedy Raïssi, Malika Smaïl-Tabbone
- article
- International Symposium on Aggregation and Structures (ISAS 2016) , Jul 2016, Luxembourg, Luxembourg
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- titre
- Distributed k-core decomposition and maintenance in large dynamic graphs
- auteur
- Sabeur Aridhi, Martin Brugnara, Alberto Montresor, Yannis Velegrakis
- article
- the 10th ACM International Conference, Jun 2016, Irvine, France. pp.161-168, ⟨10.1145/2933267.2933299⟩
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- titre
- Extraction d'association d'EIM à partir de dossiers patients : expérimentation avec les structures de patrons et les ontologies
- auteur
- Gabin Personeni, Marie-Dominique Devignes, Michel Dumontier, Malika Smaïl-Tabbone, Adrien Coulet
- article
- Deuxième Atelier sur l'Intelligence Artificielle et la Santé, Jun 2016, Montpellier, France
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- titre
- Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ERα36-mediated mechanism
- auteur
- Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukhobza, Hélène Dumond
- article
- 2nd French Workshop on Endocrine disruption in wildlife and human health, Jan 2016, Paris, France
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Book sections
- titre
- Classification and Exploration of 3D Protein Domain Interactions Using Kbdock
- auteur
- Anisah W Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
- article
- O. Carugo; F. Eisenhaber. Data Mining Techniques for the Life Sciences, 1415, Springer Science+Business Media New York, pp.91-105, 2016, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3570-3. ⟨10.1007/978-1-4939-3572-7_5⟩
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Poster communications
- titre
- Using Content-Based Filtering to Infer Direct Associations between the CATH, Pfam, and SCOP Domain Databases
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, David W. Ritchie, Marie-Dominique Devignes
- article
- ECCB 2016, Sep 2016, The Hague, Netherlands
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- titre
- A glimpse into an unexplored world: very high diversity of integrative and mobilizable elements in Streptococci
- auteur
- Charles Coluzzi, Gérard Guédon, Chloé Ambroset, Marie-Dominique Devignes, Sophie Payot, Nathalie N. Leblond-Bourget
- article
- 8th ASM conference on Streptococcal Genetics, Jul 2016, Washington, United States
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2015
Journal articles
- titre
- Identification of New Antifungal Compounds Targeting Thioredoxin Reductase of Paracoccidioides Genus
- auteur
- Ana Karina Rodrigues Adabio, Erika S. Kioshima, Vincent Leroux, Nathalia Florencio Martins, Bernard Maigret, Maria Sueli Soares Felipe
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (11), pp.e0142926. ⟨10.1371/journal.pone.0142926⟩
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- titre
- GESSE: Predicting Drug Side Effects from Drug–Target Relationships
- auteur
- Violeta Pérez-Nueno, Arnaud Sinan Karaboga, Michel Souchet, David Ritchie
- article
- Journal of Chemical Information and Modeling, 2015, 55 (9), pp.1804-1823. ⟨10.1021/acs.jcim.5b00120⟩
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- titre
- Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/β-arrestin/Erk module complex
- auteur
- Thomas Bourquard, Flavie Landomiel, Eric Reiter, Pascale Crépieux, David W. Ritchie, Jérôme Azé, Anne Poupon
- article
- Scientific Reports, 2015, 5, pp.5:10760. ⟨10.1038/srep10760⟩
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- titre
- A Structure-Based Classification and Analysis of Protein Domain Family Binding Sites and Their Interactions
- auteur
- Anisah Ghoorah, Marie-Dominique Devignes, Seyed Ziaeddin Alborzi, Malika Smaïl-Tabbone, David Ritchie
- article
- Biology, 2015, 4 (2), pp.327-343. ⟨10.3390/biology4020327⟩
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- titre
- New structural insights into the apelin receptor: identification of key residues for apelin binding
- auteur
- Romain Gerbier, Vincent Leroux, Pierre Couvineau, Rodrigo Alvear-Perez, Bernard Maigret, Catherine Llorens-Cortes, Xavier Iturrioz
- article
- FASEB Journal, 2015, 29 (1), pp.314-322. ⟨10.1096/fj.14-256339⟩
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Conference papers
- titre
- Long chain alkyphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER$\alpha$36-mediated mechanism
- auteur
- Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
- article
- 2nd International Symposium of the Cancer Research Center of Lyon, Sep 2015, Lyon, France
- Accès au bibtex
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- titre
- EC-PSI: Associating Enzyme Commission Numbers with Pfam Domains
- auteur
- Seyed Ziaeddin Alborzi, Marie-Dominique Devignes, David Ritchie
- article
- JOBIM 2015, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. ⟨10.1101/022343⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Long chain alkylphenol mixture promotes breast cancer initiation and progression through an ER36-mediated mechanism
- auteur
- Clémence Chamard-Jovenin, Amand Chesnel, Chloé Morel, Emmanuel Bresso, Marie-Dominique Devignes, Malika Smaïl-Tabbone, Taha Boukobza, Hélène Dumond
- article
- 4ème Colloque Inter-Régional Grand-Est de Recherche Translationnelle en Oncologie, Oncotrans 2015, Jun 2015, Dijon, France
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2013
Journal articles
- titre
- Extended spectrum of MBD5 mutations in neurodevelopmental disorders
- auteur
- Céline Bonnet, Asma Ali Khan, Emmanuel Bresso, Charlène Vigouroux, Mylène Béri, Sarah Lejczak, Bénédicte Deemer, Joris Andrieux, Christophe Philippe, Anne Moncla, Irina Giurgea, Marie-Dominique Devignes, Bruno Leheup, Philippe Jonveaux
- article
- European Journal of Human Genetics, 2013, 21 (12), pp.1457 - 1461. ⟨10.1038/ejhg.2013.22⟩
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Conference papers
- titre
- Computational phenotype prediction of ionizing-radiation-resistant bacteria with a multiple-instance learning model
- auteur
- Sabeur Aridhi, Haithem Sghaier, Mondher Maddouri, Engelbert Mephu Nguifo
- article
- BioKDD '13 - Proceedings of the 12th International Workshop on Data Mining in Bioinformatics, Aug 2013, Chicago, United States. ⟨10.1145/2500863.2500866⟩
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2012
Conference papers
- titre
- Feature extraction in protein sequences classification: a new stability measure
- auteur
- Saidi Rabie, Sabeur Aridhi, Engelbert Mephu Nguifo, Mondher Maddouri
- article
- ACM BCB 2012 - Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, Oct 2012, Orlando, United States. ⟨10.1145/2382936.2383060⟩
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2006
Journal articles
- titre
- Naphthyl and Coumarinyl Biarylpiperazine Derivatives as Highly Potent Human β-Secretase Inhibitors. Design, Synthesis, and Enzymatic BACE-1 and Cell Assays
- auteur
- Cédrik Garino, Taisuke Tomita, Nicolas Pietrancosta, Younes Laras, Roselyne Rosas, Gaëtan Herbette, Bernard Maigret, Gilles Quéléver, Takeshi Iwatsubo, Jean-Louis Kraus
- article
- Journal of Medicinal Chemistry, 2006, 49 (14), pp.4275-4285. ⟨10.1021/jm0602864⟩
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