2017
Journal articles
- titre
- caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families
- auteur
- Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel
- article
- Bioinformatics, 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩
- identifiant
- hal-01426880
- Accès au bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- Geometric analysis of pathways dynamics: application to versatility of TGF-β receptors
- auteur
- Satya Swarup Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Théret, Ovidiu Radulescu
- article
- BioSystems, 2016, 149, pp.3-14. ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.004⟩
- identifiant
- hal-01379033
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- TGF-β signaling intersects with CD103 integrin signaling to promote T lymphocyte accumulation and antitumor activity in the lung tumor microenvironment
- auteur
- Marie Boutet, Ludiane Gauthier, Marine Leclerc, Gwendoline Gros, Vincent de Montpreville, Nathalie Théret, Emmanuel Donnadieu, Fathia Mami-Chouaib
- article
- Cancer Research, 2016, 76 (7), pp.1757-69. ⟨10.1158/0008-5472.CAN-15-1545⟩
- identifiant
- hal-01282442
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Relevance of health level 7 clinical document architecture and integrating the healthcare enterprise cross-enterprise document sharing profile for managing chronic wounds in a telemedicine context
- auteur
- Philippe Finet, Olivier Dameron, B Gibaud, R. Lebouquin Jeannes
- article
- Healthcare Technology Letters, 2016, 3 (1), pp.22-26. ⟨10.1049/htl.2015.0053⟩
- identifiant
- hal-01301007
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Personalized and automated remote monitoring of atrial fibrillation
- auteur
- Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
- article
- EP-Europace, 2016, 18 (3), pp.347-352. ⟨10.1093/europace/euv234⟩
- identifiant
- hal-01331019
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes
- auteur
- Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, Alejandro Maass
- article
- BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.129-42. ⟨10.1186/s12859-016-0885-0⟩
- identifiant
- hal-01260866
- Accès au bibtex
-
- titre
- Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization
- auteur
- Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, Anne Siegel, Robert Bellé
- article
- Molecular Reproduction and Development, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩
- identifiant
- hal-01390047
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach
- auteur
- Philippe Bordron, Mauricio Latorre, Maria-Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, Anne Siegel, Alejandro Maass, Damien Eveillard
- article
- MicrobiologyOpen, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩
- identifiant
- hal-01246173
- Accès au bibtex
-
- titre
- Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- BioSystems, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩
- identifiant
- hal-01354075
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A combinatorial approach to products of Pisot substitutions
- auteur
- Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩
- identifiant
- hal-01196326
- Accès au bibtex
-
- titre
- Remote Monitoring of Cardiac Implantable Devices: Ontology Driven Classification of the Alerts
- auteur
- Arnaud Rosier, Philippe Mabo, Lynda Temal, Pascal van Hille, Olivier Dameron, Louise Deléger, Cyril Grouin, Pierre Zweigenbaum, Julie Jacques, Emmanuel Chazard, Laure Laporte, Christine Henry, Anita Burgun
- article
- Studies in Health Technology and Informatics, 2016, 221, pp.59--63. ⟨10.3233/978-1-61499-633-0-59⟩
- identifiant
- hal-01319949
- Accès au bibtex
-
- titre
- VIRALpro: a tool to identify viral capsid and tail sequences
- auteur
- Clovis Galiez, Magnan Christophe, François Coste, Pierre Baldi
- article
- Bioinformatics, 2016, ⟨10.1093/bioinformatics/btv727⟩
- identifiant
- hal-01242251
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- PEPS: a platform for supporting studies in pharmaco-epidemiology using medico-administrative databases
- auteur
- Frédéric Balusson, Marie-Anne Botrel, Olivier Dameron, Yann Dauxais, Erwan Drezen, Alain Dupuy, Thomas Guyet, David Gross-Amblard, André Happe, Nolwenn Le Meur, Béranger Le Nautout, Emmanuelle Leray, Emmanuel Nowak, Caroline Rault, Emmanuel Oger, Elisabeth Polard
- article
- International Congress on e-Health Research, Oct 2016, Paris, France
- identifiant
- hal-01380939
- Accès au bibtex
-
- titre
- How to measure the topological quality of protein grammars?
- auteur
- Witold Dyrka, François Coste, Olgierd Unold, Lukasz Culer, Agnieszka Kaczmarek
- article
- ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
- identifiant
- hal-01406331
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A refined parsing graph approach to learn smaller contextually substitutable grammars with less data
- auteur
- François Coste, Mikail Demirdelen
- article
- ICGI 2016 - 13th International Conference on Grammatical Inference, Oct 2016, Delft, Netherlands
- identifiant
- hal-01406337
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BIPAA/Askomics, a new and easy approach for querying genomics and epigenomics elements in interaction
- auteur
- Fabrice Legeai, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Yvanne Chaussin, Olivier Dameron, Denis Tagu
- article
- XXVth International Congress of Entomology 2016, Sep 2016, Orlando, Florida, United States
- identifiant
- hal-01391080
- Accès au bibtex
-
- titre
- Complications post-opératoires et mode de prise en charge en angioplastie : apport du Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information (PMSI)
- auteur
- Yann Rivault, Nolwenn Le Meur, Olivier Dameron
- article
- Congrès Adelf-Epiter 2016, Sep 2016, Rennes, France
- identifiant
- hal-01389688
- Accès au bibtex
-
- titre
- An application suite based on the IFB Container as a Service platform
- auteur
- François Moreews, Olivier Sallou, Olivier Collin
- article
- ECCB 2016 (Elixir Talks) , ISCB, Sep 2016, Den Haag, Netherlands
- identifiant
- hal-01394295
- Accès au bibtex
-
- titre
- Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox
- auteur
- Marie Chevallier, Méziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, Maria-Paz Cortés, Clémence Frioux, Julie Laniau, Camille Trottier, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France
- identifiant
- hal-01377844
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Impact de la recherche d'amorces mutées sur les résultats d'analyses métagénomiques
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Frédéric Mahé, Micah Dunthorn, Catherine Belleannée
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Société Française de Bioinformatique (SFBI), Jun 2016, Rennes, France
- identifiant
- hal-01343121
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The probiotic [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
- auteur
- Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel, Gwénaël Jan
- article
- International Scientific Conference on Probiotics and Prebiotics - IPC2016, Jun 2016, Budapest, Hungary
- identifiant
- hal-01286497
- Accès au bibtex
-
- titre
- La gestion de données médico-administratives grâce aux outils du Web sémantique
- auteur
- Yann Rivault, Olivier Dameron, Nolwenn Le Meur
- article
- Journées ADELF-EMOIS « Système d’information hospitalier et Epidémiologie », Mar 2016, Dijon, France. pp.S15, ⟨10.1016/j.respe.2016.01.051⟩
- identifiant
- hal-01297389
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks.
- auteur
- Anne Siegel
- article
- European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France
- identifiant
- hal-01399456
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Learning the Language of Biological Sequences
- auteur
- François Coste
- article
- Jeffrey Heinz; José M. Sempere. Topics in Grammatical Inference, Springer-Verlag, 2016, 978-3-662-48393-0. ⟨10.1007/978-3-662-48395-4_8⟩
- identifiant
- hal-01244770
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Ontology-based methods for analyzing life science data
- auteur
- Olivier Dameron
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Univ. Rennes 1, 2016
- identifiant
- tel-01403371
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- Apprentissage profond et acquisition de représentations latentes de séquences peptidiques
- auteur
- Sun Rémy
- article
- Apprentissage [cs.LG]. 2016
- identifiant
- hal-01406368
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fast parser for biological sequences and a new algorithm for the inference of substitutable languages
- auteur
- Mikaïl Demirdelen
- article
- Machine Learning [cs.LG]. 2016
- identifiant
- hal-01406352
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Comparative genomic analysis of Clubroot resistance in the Brassicaceae family
- auteur
- Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice F. Legeai, Régine Delourme, Maria M. Manzanares-Dauleux, Mélanie Jubault
- article
- Brassica2016, Oct 2016, Melbourne, Australia.
- identifiant
- hal-01391707
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The probiotic [i]Propionibacteriumfreudenreichii[/i] as a new adjuvant for TRAIL-based therapy in colorectal cancer
- auteur
- Fabien Cousin, Sandrine Jouan-Lanhouet, Nathalie Théret, Catherine Brenner, Elodie Jouan, Gwenaëlle Le Moigne-Muller, Marie-Thérèse Dimanche-Boitrel
- article
- 4 International Symposium on Propionibacteria and Bibfidobacteria, Sep 2016, Cork, Ireland. , 2016
- identifiant
- hal-01372131
- Accès au bibtex
-
- titre
- Integration and query of biological datasets with Semantic Web technologies: AskOmics
- auteur
- Aurélie Evrard, Charles Bettembourg, Mélanie Jubault, Olivier Dameron, Olivier Filangi, Anthony Bretaudeau, Fabrice F. Legeai
- article
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
- identifiant
- hal-01391087
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- De l'intérêt des modèles grammaticaux pour la reconnaissance de motifs dans les séquences génomiques
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2016. Français. ⟨NNT : 2016REN1S086⟩
- identifiant
- tel-01416734
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP
- auteur
- Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, Jacques Nicolas, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 599, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩
- identifiant
- hal-01058610
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Designing experiments to discriminate families of logic models
- auteur
- Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩
- identifiant
- hal-01196178
- Accès au bibtex
-
- titre
- Amplitude spectrum distance: measuring the global shape divergence of protein fragments
- auteur
- Clovis Galiez, François Coste
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16 (1), pp.16. ⟨10.1186/s12859-015-0693-y⟩
- identifiant
- hal-01214482
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Extended notions of sign consistency to relate experimental data to signaling and regulatory network topologies
- auteur
- Sven Thiele, Julio Saez-Rodriguez, Luca Cerone, A Siegel, Carito Guziolowski, Steffen Klamt
- article
- BMC Bioinformatics, 2015, 16, pp.345. ⟨10.1186/s12859-015-0733-7⟩
- identifiant
- hal-01225228
- Accès au bibtex
-
- titre
- Optimal Threshold Determination for Interpreting Semantic Similarity and Particularity: Application to the Comparison of Gene Sets and Metabolic Pathways Using GO and ChEBI
- auteur
- Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (7), pp.30. ⟨10.1371/journal.pone.0133579⟩
- identifiant
- hal-01184934
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩
- identifiant
- hal-01196533
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- From formal concepts to analogical complexes
- auteur
- Laurent Miclet, Jacques Nicolas
- article
- CLA 2015, LIMOS, CNRS et Université Blaise Pascal, Oct 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.12
- identifiant
- hal-01198943
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- article
- CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩
- identifiant
- hal-01164751
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Structural conservation of remote homologues: better and further in contact fragments
- auteur
- Clovis Galiez, François Coste
- article
- 3DSIG: Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Jul 2015, Dublin, France
- identifiant
- hal-01214506
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparaison des cibles d’une matrice de score et d’une expression régulière. Application à la recherche de sites de fixation du facteur de transcription LXR
- auteur
- Aymeric Antoine-Lorquin, Sandrine Lagarrigue, Frédéric Lecerf, Jacques Nicolas, Catherine Belleannée
- article
- JOBIM 2015- 16e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
- identifiant
- hal-01197050
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AskOmics : Intégration et interrogation de réseaux de régulation génomique et post-génomique
- auteur
- Charles Bettembourg, Olivier Dameron, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai
- article
- IN OVIVE (INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA). Rennes, FRA., Jun 2015, Rennes, France. pp.7
- identifiant
- hal-01184903
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Data integration
- auteur
- Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel
- article
- Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives
- identifiant
- hal-01210940
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina
- identifiant
- hal-01196598
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution
- auteur
- Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩
- identifiant
- hal-01196152
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Finding and Characterizing Repeats in Plant Genomes
- auteur
- Jacques Nicolas, Pierre Peterlongo, Sébastien Tempel
- article
- David Edwards. Plant Bioinformatics: Methods and Protocols, 1374, Humana Press - Springer Science+Business Media, pp.365, 2015, Methods in Molecular Biology, 978-1-4939-3166-8. ⟨10.1007/978-1-4939-3167-5_17⟩
- identifiant
- hal-01228488
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding Optimal Discretization Orders for Molecular Distance Geometry by Answer Set Programming
- auteur
- Douglas S. Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino, Carlile Lavor
- article
- S. Fidanova. Studies in Computational Intelligence, 610, Springer, pp.1-15, 2015, Recent Advances in Computational Optimization
- identifiant
- hal-01196714
- Accès au bibtex
-
- titre
- On the Pisot Substitution Conjecture
- auteur
- S Akiyama, M Barge, V Berthé, J.-y Lee, A Siegel
- article
- Mathematics of Aperiodic Order, 309, Springer, pp.33-72, 2015, Progress in mathematics, 978-3-0348-0903-0. ⟨10.1007/978-3-0348-0903-0_2⟩
- identifiant
- hal-01196318
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Master thesis
- titre
- Caractérisation en séquence et en structure des protéines virales
- auteur
- Maud Jusot
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2015
- identifiant
- hal-01246372
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Topological and semantic Web based method for analyzing TGF-β signaling pathways
- auteur
- Jean Coquet, Geoffroy Andrieux, Jacques Nicolas, Olivier Dameron, Nathalie Théret
- article
- JOBIM 2015, Dec 2015, Clermont-Ferrand, France. JOBIM : Journées Ouvertes en Biologie, Informatique & Mathématiques, 2015
- identifiant
- hal-01242893
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics
- auteur
- Mélanie Pétéra, Gildas Le Corguille, Marion Landi, Misharl Monsoor, Marie Tremblay-Franco, Jean-Francois Martin, Christophe Duperier, Daniel Jacob, Yann Guitton, Marie Lefebvre, Estelle Pujos-Guillot, Franck Giacomoni, Etienne Thévenot, Christophe Caron
- article
- JOBIM 2015 (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015, JOBIM (16e édition des Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques ). ⟨10.1093/bioinformatics/btu813⟩
- identifiant
- hal-01214152
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Yet another Galaxy Genome viewer
- auteur
- Thomas Alain Darde, François Moreews, Yvan Le Bras, Cyril Monjeaud, Frédéric Chalmel
- article
- GCC, Jul 2015, Norwich, United Kingdom
- identifiant
- hal-02445072
- Accès au bibtex
-
- titre
- Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility
- auteur
- Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, David Causeur, Isabelle Louveau
- article
- ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. Journal of Animal Science, 93 (Suppl. 2), 2015, Abstract book of the ASAS/ADSA midwest meeting
- identifiant
- hal-01210925
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Réseaux de réactions : de l’analyse probabiliste à la réfutation
- auteur
- Vincent Picard
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S093⟩
- identifiant
- tel-01246180
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fragments structuraux : comparaison, prédictibilité à partir de la séquence et application à l'identification de protéines de virus
- auteur
- Clovis Galiez
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2015. Français. ⟨NNT : 2015REN1S124⟩
- identifiant
- tel-01328182
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network
- auteur
- Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard
- article
- 2015
- identifiant
- hal-01244179
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- The genome-scale metabolic network of Ectocarpus siliculosus (EctoGEM): a resource to study brown algal physiology and beyond.
- auteur
- Sylvain Prigent, Guillaume Collet, Simon M Dittami, Ludovic Delage, Floriane Ethis de Corny, Olivier Dameron, Damien Eveillard, Sven Thiele, Jeanne Cambefort, Catherine Boyen, Anne Siegel, Thierry Tonon
- article
- Plant Journal, 2014, 80 (2), pp.367-381. ⟨10.1111/tpj.12627⟩
- identifiant
- hal-01057153
- Accès au bibtex
-
- titre
- La bioinformatique avec Biopython
- auteur
- Olivier Dameron, Gregory Farrant
- article
- GNU/Linux Magazine, 2014, pp.13
- identifiant
- hal-01095475
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome and metabolic network of "Candidatus Phaeomarinobacter ectocarpi" Ec32, a new candidate genus of Alphaproteobacteria frequently associated with brown algae
- auteur
- Simon M Dittami, Tristan Barbeyron, Catherine Boyen, Jeanne Cambefort, Guillaume Collet, Ludovic Delage, A. Gobet, Agnès Groisillier, Catherine Leblanc, Gurvan Michel, Delphine Scornet, Anne Siegel, Javier E. Tapia, Thierry Tonon
- article
- Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.241. ⟨10.3389/fgene.2014.00241⟩
- identifiant
- hal-01079739
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Semantic particularity measure for functional characterization of gene sets using gene ontology
- auteur
- Charles Bettembourg, Christian Diot, Olivier Dameron
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e86525. ⟨10.1371/journal.pone.0086525⟩
- identifiant
- hal-00941850
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.32. ⟨10.1186/1752-0509-8-32⟩
- identifiant
- hal-00980499
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive
- auteur
- Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, Virginie Glippa, Jérémie Bourdon, Pauline Gosselin, Anne Siegel, Patrick Cormier, Robert Bellé
- article
- Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117⟩
- identifiant
- hal-01079758
- Accès au bibtex
-
- titre
- The longissimus and semimembranosus muscles display marked differences in their gene expression profiles in pig.
- auteur
- Frederic Herault, Annie Vincent, Olivier Dameron, Pascale Le Roy, Pierre Cherel, Marie Damon
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (5), pp.e96491. ⟨10.1371/journal.pone.0096491⟩
- identifiant
- hal-00989635
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs
- auteur
- Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩
- identifiant
- hal-00947219
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An integrative modeling framework reveals plasticity of TGF-β signaling.
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
- article
- BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.30. ⟨10.1186/1752-0509-8-30⟩
- identifiant
- inserm-00978313
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Le langage des molécules du vivant
- auteur
- Jacques Nicolas, Catherine Belleannée, François Coste
- article
- Bibliothèque Tangente, 2014, 52, pp.8
- identifiant
- hal-01100051
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Connectedness of fractals associated with Arnoux–Rauzy substitutions
- auteur
- Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- RAIRO - Theoretical Informatics and Applications (RAIRO: ITA), 2014, 48 (3), pp.249-266. ⟨10.1051/ita/2014008⟩
- identifiant
- hal-01079727
- Accès au bibtex
-
- titre
- Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL
- auteur
- Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Wiktoria Golik, Jean-François J.-F. Hocquette, Catherine Hurtaud, Isabelle Hue, Catherine Jondreville, Léa Joret, Marie-Christine Meunier-Salaün, Jean Vernet, Claire Nédellec, Matthieu Matthieu.Reichstadt@inrae.Fr Reichstadt, Philippe Chemineau
- article
- INRA Productions Animales, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.3.3067⟩
- identifiant
- hal-01129862
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
- auteur
- Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
- article
- IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
- identifiant
- hal-01080050
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A bottom-up efficient algorithm learning substitutable languages from positive examples
- auteur
- François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
- article
- ICGI (International Conference on Grammatical Inference), Sep 2014, Kyoto, Japan. pp.49--63
- identifiant
- hal-01080249
- Accès au bibtex
-
- titre
- Computational Protein Design: trying an Answer Set Programming approach to solve the problem
- auteur
- Hugo Bazille, Jacques Nicolas
- article
- 10th Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics (WCB'14), Nicos Angelopoulos (Imperial College, UK) Simon de Givry (MIAT-INRA, France), Sep 2014, Lyon, France
- identifiant
- hal-01063030
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identifying distant homologous viral sequences in metagenomes using protein structure information
- auteur
- Martine Boccara, Mathilde Carpentier, Jacques Chomilier, François Coste, Clovis Galiez, Joël Pothier, Alaguraj Veluchamy
- article
- ECCB'14 Workshop on Recent Computational Advances in Metagenomics, Sep 2014, Strasbourg, France
- identifiant
- hal-01090987
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Improving robustness in the study of logical model of signalling networks with answer set programming
- auteur
- Anne Siegel, Carito Guziolowski, Santiago Videla, Torsten Schaub
- article
- ECCB 2014 - Workshop on Logical Modelling and Analysis of Cellular Networks, Sep 2014, Strasbourg, France
- identifiant
- hal-01095607
- Accès au bibtex
-
- titre
- From analogical proportions in lattices to proportional analogies in formal concepts
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Henri Prade
- article
- ECAI - 21th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2014, Prague, Czech Republic
- identifiant
- hal-01000314
- Accès au bibtex
-
- titre
- Logol: Expressive Pattern Matching in sequences. Application to Ribosomal Frameshift Modeling
- auteur
- Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas
- article
- PRIB2014 - Pattern Recognition in Bioinformatics, 9th IAPR International Conference, Lukas KALL, Aug 2014, Stockholm, Sweden. pp.34-47, ⟨10.1007/978-3-319-09192-1_4⟩
- identifiant
- hal-01059506
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integrating GALAXY workflows in a metadata management environment
- auteur
- François Moreews, Yvan Le Bras, Olivier Dameron, Cyril Monjeaud, Olivier Collin
- article
- Galaxy Community Conference, Jul 2014, Baltimore, United States
- identifiant
- hal-01093058
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using ASP to integrate large-scale heterogeneous information about the response of a biological system
- auteur
- Anne Siegel
- article
- 5th Workshop on Logic and Systems Biology (associated with CSL/LICS 2014), Jul 2014, VIenna, Austria
- identifiant
- hal-01095609
- Accès au bibtex
-
- titre
- Long non-‐coding RNA in the pea aphid; identification and comparative expression in sexual and asexual embryos
- auteur
- Fabrice Legeai, Thomas Derrien, Valentin Wucher, David Audrey, Gaël Le Trionnaire, Denis Tagu
- article
- Arthropod Genomics Symposium, Jun 2014, Urbana, United States
- identifiant
- hal-01091304
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Automated Enzyme classification by Formal Concept Analysis
- auteur
- François Coste, Gaëlle Garet, Agnès Groisillier, Jacques Nicolas, Thierry Tonon
- article
- ICFCA - 12th International Conference on Formal Concept Analysis, Jun 2014, Cluj-Napoca, Romania
- identifiant
- hal-01063727
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach
- auteur
- Vicente Acuña, Andrés Aravena, Alejandro Maass, Anne Siegel
- article
- 15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, 2014, San Diego, United States. pp.322-336, ⟨10.1007/978-3-642-54013-4_18⟩
- identifiant
- hal-00926477
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Integration of miRNAs data into a gene network of the pea aphid.
- auteur
- Valentin Wucher, Jacques Nicolas, Fabrice F. Legeai, Hervé Seitz, Denis Tagu
- article
- 7th International Symposium on Molecular Insect Science., 2014, Amsterdam, Netherlands
- identifiant
- hal-01566284
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications
- auteur
- Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon
- article
- SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany
- identifiant
- hal-01079768
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Bioinformatique
- auteur
- François Coste, Claire Nédellec, Thomas Schiex, Jean-Philippe Vert
- article
- Pierre Marquis and Odile Papini and Henri Prade. Panorama de l'intelligence artificielle Ses bases méthodologiques, ses développements, 3, Cépaduès, 374 p., 2014, 9782364930438
- identifiant
- hal-00857379
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analogical Proportions in a Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subwords in a Finite Language
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
- article
- Prade, Henri and Richard, Gilles. Computational Approaches to Analogical Reasoning: Current Trends, Studies in Computational Intelligence, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, pp.245-260, 2014, 978-3-642-54515-3. ⟨10.1007/978-3-642-54516-0_10⟩
- identifiant
- hal-00974656
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reasoning on the response of logical signaling networks with Answer Set Programming
- auteur
- Torsten Schaub, Anne Siegel, Santiago Videla
- article
- Logical Modeling of Biological Systems, Wiley Online Librairy, pp.49-92, 2014, ⟨10.1002/9781119005223.ch2⟩
- identifiant
- hal-01079762
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis – Application to a Genomic Network
- auteur
- Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas
- article
- Lausen, Berthold; Krolak-Schwerdt, Sabine; Böhmer, Matthias. Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, Springer, pp.550, 2014, Data Science, Learning by Latent Structures, and Knowledge Discovery, 978-3-662-44982-0. ⟨10.1007/978-3-662-44983-7_31⟩
- identifiant
- hal-01093337
- Accès au bibtex
-
Master thesis
- titre
- Identification in silico du site de fixation à l’ARN de la protéine PTBP1 : découverte de motifs par utilisation de l’outil RSAT via des données CLIP-Seq publiques
- auteur
- Léa Fléchon, Stéphanie Mottier, Aymeric Antoine-Lorquin, Catherine Belleannée
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. 2014
- identifiant
- hal-01150890
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Protein design: a NP-hard problem in bioinformatics
- auteur
- Hugo Bazille
- article
- Computer Science [cs]. 2014
- identifiant
- dumas-01088787
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Searching for Optimal Orders for Discretized Distance Geometry
- auteur
- Douglas Gonçalves, Jacques Nicolas, Antonio Mucherino
- article
- Proceedings of Many Faces of Distances (MDF14), Oct 2014, Campinas, São Paulo, Brazil. 2014
- identifiant
- hal-01093072
- Accès au bibtex
-
- titre
- e-Science in France, a Life science Western story
- auteur
- Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin
- article
- Galaxy Community Conference (GCC2014), Jun 2014, Baltimore, United States
- identifiant
- hal-01102432
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles
- auteur
- Gaëlle Garet
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S082⟩
- identifiant
- tel-01096916
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Complétion combinatoire pour la reconstruction de réseaux métaboliques, et application au modèle des algues brunes Ectocarpus siliculosus
- auteur
- Sylvain Prigent
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S077⟩
- identifiant
- tel-01093287
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois
- auteur
- Valentin Wucher
- article
- Interactions entre organismes. Université de Rennes, 2014. Français. ⟨NNT : 2014REN1S076⟩
- identifiant
- tel-01135870
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reasoning on the response of logical signaling networks with answer set programming
- auteur
- Santiago Videla
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université de Rennes; Universität Postdam (Allemagne), 2014. English. ⟨NNT : 2014REN1S035⟩
- identifiant
- tel-01070436
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
- auteur
- Elsa Quillery, Olivier Quenez, Pierre Peterlongo, Olivier Plantard
- article
- Molecular Ecology Resources, 2013, 14 (2), pp.393-400. ⟨10.1111/1755-0998.12179⟩
- identifiant
- hal-00880072
- Accès au bibtex
-
- titre
- Minimal Intervention Strategies in Logical Signaling Networks with ASP
- auteur
- Roland Kaminski, Anne Siegel, Torsten Schaub, Santiago Videla
- article
- Theory and Practice of Logic Programming, 2013, 29th International Conference on Logic Programming, 13 (Special issue 4-5.), pp.675-690. ⟨10.1017/S1471068413000422⟩
- identifiant
- hal-00853747
- Accès au bibtex
-
- titre
- Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming
- auteur
- Carito Guziolowski, Santiago Videla, Federica Eduati, Sven Thiele, Thomas Cokelaer, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez
- article
- Bioinformatics, 2013, 29 (18), pp.2320-2326. ⟨10.1093/bioinformatics/btt393⟩
- identifiant
- hal-00853704
- Accès au bibtex
-
- titre
- Measuring the evolution of ontology complexity: the gene ontology case study
- auteur
- Olivier Dameron, Charles Bettembourg, Nolwenn Le Meur
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (10), pp.e75993. ⟨10.1371/journal.pone.0075993⟩
- identifiant
- hal-00877378
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Transcriptome de novo assembly from next-generation sequencing and comparative analyses in the hexaploid salt marsh species Spartina maritima and Spartina alterniflora (Poaceae)
- auteur
- Julie Ferreira de Carvalho, Julie Poulain, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Sophie Michon-Coudouel, Alexandra Dheilly, Delphine Naquin, Julien Boutte, Armel Salmon, Malika L. Aïnouche
- article
- Heredity, 2013, 110 (2), pp.181-193. ⟨10.1038/hdy.2012.76⟩
- identifiant
- hal-00797941
- Accès au bibtex
-
- titre
- Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species
- auteur
- Keith Bradnam, Joseph Fass, Anton Alexandrov, Paul Baranay, Michael Bechner, Inanç Birol, Sébastien Boisvert, Jarrod Chapman, Guillaume Chapuis, Rayan Chikhi, Hamidreza Chitsaz, Wen-Chi Chou, Jacques Corbeil, Cristian del Fabbro, T Roderick Docking, Richard Durbin, Dent Earl, Scott Emrich, Pavel Fedotov, Nuno Fonseca, Ganeshkumar Ganapathy, Richard Gibbs, Sante Gnerre, Élénie Godzaridis, Steve Goldstein, Matthias Haimel, Giles Hall, David Haussler, Joseph Hiatt, Isaac Ho, Jason Howard, Martin Hunt, Shaun Jackman, David Jaffe, Erich Jarvis, Huaiyang Jiang, Sergey Kazakov, Paul Kersey, Jacob Kitzman, James Knight, Sergey Koren, Tak-Wah Lam, Dominique Lavenier, François Laviolette, Yingrui Li, Zhenyu Li, Binghang Liu, Yue Liu, Ruibang Luo, Iain Maccallum, Matthew Macmanes, Nicolas Maillet, Sergey Melnikov, Delphine Naquin, Zemin Ning, Thomas Otto, Benedict Paten, Octávio Paulo, Adam Phillippy, Francisco Pina-Martins, Michael Place, Dariusz Przybylski, Xiang Qin, Carson Qu, Filipe Ribeiro, Stephen Richards, Daniel Rokhsar, J Graham Ruby, Simone Scalabrin, Michael Schatz, David Schwartz, Alexey Sergushichev, Ted Sharpe, Timothy Shaw, Jay Shendure, Yujian Shi, Jared Simpson, Henry Song, Fedor Tsarev, Francesco Vezzi, Riccardo Vicedomini, Bruno Vieira, Jun Wang, Kim Worley, Shuangye Yin, Siu-Ming Yiu, Jianying Yuan, Guojie Zhang, Hao Zhang, Shiguo Zhou, Ian Korf
- article
- GigaScience, 2013, 2 (1), pp.10. ⟨10.1186/2047-217X-2-10⟩
- identifiant
- hal-00868822
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An Extended Network of Genomic Maintenance in the Archaeon Pyrococcus abyssi Highlights Unexpected Associations between Eucaryotic Homologs
- auteur
- Pierre-François Pluchon, Thomas Fouqueau, Christophe Crezé, Sébastien Laurent, Julien Briffotaux, Gaëlle Hogrel, Adeline Palud, Ghislaine Henneke, Anne Godfroy, Winfried Hausner, Michael Thomm, Jacques Nicolas, Didier Flament
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0079707⟩
- identifiant
- hal-00911795
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Analogical proportions and the factorization of information in distributive lattices
- auteur
- Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade
- article
- 10th International Conference on Concept Lattices and Their Applications (CLA), Oct 2013, La Rochelle, France
- identifiant
- hal-00908005
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AphidAtlas : avancées récentes
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Olivier Dameron, Fabrice Legeai, Yvan Rahbé
- article
- BAPOA 2013 MOP, Oct 2013, Montpellier, France
- identifiant
- hal-00913155
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- An ASP application in integrative biology: identification of functional gene units
- auteur
- Philippe Bordron, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Anne Siegel, Sven Thiele
- article
- LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain
- identifiant
- hal-00853762
- Accès au bibtex
-
- titre
- Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus using Answer Set Programming
- auteur
- Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, Anne Siegel, Sven Thiele
- article
- LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain
- identifiant
- hal-00853752
- Accès au bibtex
-
- titre
- Generating discrete planes with substitutions
- auteur
- Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- WORDS - 9th International Conference on Words - 2013, Sep 2013, Turku, Finland
- identifiant
- hal-00853758
- Accès au bibtex
-
- titre
- Under-approximating Cut Sets for Reachability in Large Scale Automata Networks
- auteur
- Loïc Paulevé, Geoffroy Andrieux, Heinz Koeppl
- article
- 25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings, Jul 2013, Saint Petersburg, Russia. pp.69-84, ⟨10.1007/978-3-642-39799-8_4⟩
- identifiant
- hal-00769447
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Edge Selection in a Noisy Graph by Concept Analysis: Application to a Genomic Network
- auteur
- Valentin Wucher, Denis Tagu, Jacques Nicolas
- article
- ECDA - European Conference on Data Analysis - 2013, Jul 2013, Luxembourg, Luxembourg
- identifiant
- hal-00924413
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards a Life Sciences Virtual Research Environment
- auteur
- Yvan Le Bras, Aurélien Roult, Cyril Monjoeaud, Bahin Mathieu, Olivier Quenez, Heriveau Claudia, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
- article
- JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France
- identifiant
- hal-01102438
- Accès au bibtex
-
- titre
- Proportions analogiques et factorisation de l'information dans les treillis distributifs
- auteur
- Nelly Barbot, Laurent Miclet, Henri Prade
- article
- Journées d'Intelligence Artificielle Fondamentale (JIAF), Jun 2013, Aix en Provence, France
- identifiant
- hal-00908020
- Accès au bibtex
-
- titre
- Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework
- auteur
- Anne Siegel
- article
- PRIB - Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics - 2013, Jun 2013, Nice, France
- identifiant
- hal-00853839
- Accès au bibtex
-
- titre
- Développement et évaluation d'un algorithme de représentation des parcours de soins de patientes atteintes d'un cancer du sein à partir des données d'un système d'information régional
- auteur
- Alexandre Rollet, Gautier Defossez, Olivier Dameron, Poitou-Charentes Corim, Poitou-Charentes Crisap, Pierre Ingrand
- article
- Proceedings of the conference Évaluation Management Organisation Information Santé (EMOIS2013, Nancy, France), 2013, Nancy, France
- identifiant
- hal-00913172
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Exploring the metabolic flexibility of the mammary gland of dairy cows through flux-balance analysis
- auteur
- Sophie Lemosquet, O. Abdou Arbi, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, J. Bourdon
- article
- Meeting of the Animal Science Modelling Group, Jul 2013, Indianapolis, United States. , Canadian Journal of Animal Science, 93 (4), 2013, Canadian Journal of Animal Science
- identifiant
- hal-01210552
- Accès au bibtex
-
Documents associated with scientific events
- titre
- MINIA on a Raspberry Pi, Assembling a 100 Mbp Genome on a Credit Card Sized Computer
- auteur
- Guillaume Collet, Guillaume Rizk, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
- article
- JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. 2013
- identifiant
- hal-00842027
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Méthodes sémantiques pour la comparaison inter-espèces de voies métaboliques : application au métabolisme des lipides chez l'humain, la souris et la poule
- auteur
- Charles Bettembourg
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00926498
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Probabilistic and constraint based modelling to determine regulation events from heterogeneous biological data
- auteur
- Andrés Octavio Aravena Duarte
- article
- Other [cs.OH]. Université de Rennes; Universidad de Chile, 2013. English. ⟨NNT : 2013REN1S151⟩
- identifiant
- tel-00988255
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Étude de la variabilité des contributions de nutriments à un réseau métabolique : modélisation, optimisation et application en nutrition
- auteur
- Oumarou Abdou Arbi
- article
- Autre [cs.OH]. Université de Rennes, 2013. Français. ⟨NNT : 2013REN1S119⟩
- identifiant
- tel-01128059
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modélisation dynamique de la signalisation cellulaire : aspects différentiels et discrets; application à la signalisation du facteur de croissance TGF-beta dans le cancer
- auteur
- Geoffroy Andrieux
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Rennes 1, 2013. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00926487
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions
- auteur
- Anthony Bretaudeau, François Coste, Florian Humily, Laurence Garczarek, Gildas Le Corguillé, Christophe Six, Morgane Ratin, Olivier Collin, Wendy M Schluchter, Frédéric Partensky
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, pp.6. ⟨10.1093/nar/gks1091⟩
- identifiant
- hal-01094087
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform.
- auteur
- Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Aurelien Roult
- article
- BMC Bioinformatics, 2012, 13 (1), pp.175. ⟨10.1186/1471-2105-13-175⟩
- identifiant
- hal-00728279
- Accès au bibtex
-
- titre
- Environmental factors determining ammonia-oxidizing organism distribution and diversity in marine environments.
- auteur
- Nicholas J Bouskill, Damien Eveillard, Diana Chien, Amal Jayakumar, Bess B Ward
- article
- Environmental Microbiology, 2012, 14 (3), pp.714-729. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02623.x⟩
- identifiant
- hal-00661746
- Accès au bibtex
-
- titre
- Searching for Smallest Grammars on Large Sequences and Application to DNA
- auteur
- Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2012, Special issue on Stringology, Bioinformatics and Algorithms, 11, pp.62-72. ⟨10.1016/j.jda.2011.04.006⟩
- identifiant
- inria-00536633
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- MRI image artifact ontology: A Proposed Method for Improved Recognition.
- auteur
- Jeremy Lasbleiz, John Morelli, Nicolas Schnel, Anita Burgun, Régis Duvauferrier, Hervé Saint-Jalmes
- article
- Studies in Health Technology and Informatics, 2012, 180, pp.103-7. ⟨10.3233/978-1-61499-101-4-103⟩
- identifiant
- inserm-00748002
- Accès au bibtex
-
- titre
- PHYMYCO-DB: A Curated Database for Analyses of Fungal Diversity and Evolution
- auteur
- Stéphane Mahé, Marie Duhamel, Thomas Le Calvez, Laëtitia Guillot, Ludmila Sarbu, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin, Alexis Dufresne, E. Toby Kiers, Philippe Vandenkoornhuyse
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (9), pp.e43117. ⟨10.1371/journal.pone.0043117⟩
- identifiant
- hal-00756250
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Accelerated evolution of sex chromosomes in aphids, an X0 system.
- auteur
- Julie Jaquiéry, Solenn Stoeckel, Claude Rispe, Lucie Mieuzet, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2012, 29 (2), epub ahead of print. ⟨10.1093/molbev/msr252⟩
- identifiant
- hal-00639983
- Accès au bibtex
-
- titre
- Substitutive Arnoux-rauzy sequences have pure discrete spectrum
- auteur
- Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel
- article
- Uniform Distribution Theory, 2012, 7 (1), pp.173-197
- identifiant
- hal-00750209
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dynamic regulation of Tgf-B signaling by Tif1γ: a computational approach.
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Laurent Fattet, Michel Le Borgne, Ruth Rimokh, Nathalie Théret
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (3), pp.e33761. ⟨10.1371/journal.pone.0033761⟩
- identifiant
- hal-00851483
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Revisiting the Training of Logic Models of Protein Signaling Networks with a Formal Approach based on Answer Set Programming
- auteur
- Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Niels Grabe, Julio Saez-Rodriguez, Anne Siegel
- article
- CMSB - 10th Computational Methods in Systems Biology 2012, D. Gilbert and M. Heiner, Oct 2012, London, United Kingdom. pp.342-361, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_20⟩
- identifiant
- hal-00737112
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hadoopizer : a cloud environment for bio-informatics data analysis
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Olivier Collin
- article
- journées scientifiques mésocentres et France Grilles 2012, Oct 2012, Paris, France
- identifiant
- hal-00766066
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Local Substitutability for Sequence Generalization
- auteur
- François Coste, Gaelle Garet, Jacques Nicolas
- article
- ICGI 2012, University of Maryland, Sep 2012, Washington, United States. pp.97-111
- identifiant
- hal-00730553
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Lattice of Sets of Alignments Built on the Common Subword in a Finite Language
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
- article
- International Conference on Grammatical Inference, Sep 2012, United States. pp.164-176
- identifiant
- hal-00726166
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analogical proportions in a lattice of sets of alignments built on the common subwords in a finite language
- auteur
- Laurent Miclet, Nelly Barbot, Baptiste Jeudy
- article
- 1st International Workshop on Similarity and Analogy-based methods in AI (SAMAI), Aug 2012, Montpellier, France. pp.25-31
- identifiant
- hal-00760722
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to the Transforming Growth Factor β (TGFβ) dependent Epithelial-Mesenchymal Transition
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
- article
- ISMB 2012, Jul 2012, Long Beach, United States
- identifiant
- hal-00760189
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network
- auteur
- Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass
- article
- Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171
- identifiant
- hal-00740722
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Recherche d'instances de motifs expressifs avec Logol. Application à la modélisation d'événements de frameshift -1
- auteur
- Catherine Belleannée, Olivier Sallou, Jacques Nicolas
- article
- JOBIM 2012- 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.5-14
- identifiant
- hal-00726791
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling cell signaling pathways with discrete dynamical systems : Application to Transforming Growth Factor β (TGFβ) signaling
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Michel Le Borgne, Nathalie Theret
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2012, Rennes, France
- identifiant
- hal-00760183
- Accès au bibtex
-
- titre
- Exploitation à large échelle de bases de données de connaissance sur les réactions et régulations pour trouver des régulateurs clés de groupe de gènes
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel
- article
- Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170
- identifiant
- hal-01210385
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology
- auteur
- Thierry Tonon, Patricia Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, Sylvie Rousvoal, Sophie Goulitquer, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Catherine Boyen, Anne Siegel
- article
- Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France
- identifiant
- hal-00760640
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using large scale knowledge database about reactions and regulations to find key regulators of sets of genes
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel
- article
- JOBIM 2012, Inria, 2012, Rennes, France. pp.123-132
- identifiant
- hal-00750512
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- To detect and analyze sequence repeats whatever be their origin
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Yves Bigot. Mobile genetic elements : protocols and genomic applications, 859, Springer, pp.69-90, 2012, Springer Protocols, 978-1-61779-602-9. ⟨10.1007/978-1-61779-603-6⟩
- identifiant
- hal-00730207
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Jobim 2012, 13e Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, 3-6 Juillet 2012, Rennes
- auteur
- François Coste, Denis Tagu
- article
- François Coste and Denis Tagu. Inria Rennes - Bretagne Atlantique, pp.558, 2012, 13 978-2-7261-1301-1
- identifiant
- hal-00740287
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Dr Motifs: a web resource for pattern matching and discovery
- auteur
- Anthony Bretaudeau, Olivier Collin
- article
- JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France
- identifiant
- hal-01102439
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Recherche d'éléments structurés dans les génomes par modèles logiques
- auteur
- Antoine Rocheteau, Catherine Belleannée
- article
- [Rapport de recherche] PI-1994, 2012, pp.30
- identifiant
- hal-00684388
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2011
Journal articles
- titre
- Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.
- auteur
- Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, Catherine Boyen, Anne Siegel
- article
- OMICS, 2011, 15 (12), pp.883-892. ⟨10.1089/omi.2011.0089⟩
- identifiant
- hal-00661751
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Smallest Grammar Problem as Constituents Choice and Minimal Grammar Parsing
- auteur
- Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, Gabriel Infante-Lopez
- article
- Algorithms, 2011, 4, pp.262-284. ⟨10.3390/a4040262⟩
- identifiant
- inria-00638445
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BioMart Central Portal: an open database network for the biological community
- auteur
- Jonathan M. Guberman, J. Ai, O. Arnaiz, Baran Joachim, Andrew Blake, Richard Baldock, Claude Chelala, David Croft, Anthony Cros, Rosalind J. Cutts, A. Di Génova, Simon Forbes, T. Fujisawa, E. Gadaleta, M. Goodstein D., Gunes Gundem, Bernard Haggarty, Syed Haider, Matthew D. Hall, Todd Harris, Robin Haw, S. Hu, Simon Hubbard, Jack Hsu, Vivek Iyer, Philip Jones, Toshiaki Katayama, R. Kinsella, Lei Kong, Daniel Lawson, Yong Liang, Núria López-Bigas, J. Luo, Michael Lush, Jeremy Mason, François Moreews, Nelson Ndegwa, Darren Oakley, Christian Perez-Llamas, Michael Primig, Elena Rivkin, S. Rosanoff, Rebecca Shepherd, Reinhard Simon, B. Skarnes, Damian Smedley, Linda Sperling, William Spooner, Peter Stevenson, Kevin Stone, J. Teague, Jun Wang, Jianxin Wang, Brett Whitty, T. Wong D., Marie Wong-Erasmus, L. Yao, Ken Youens-Clark, Christina Yung, Junjun Zhang, Arek Kasprzyk
- article
- Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, pp.bar041. ⟨10.1093/database/bar041⟩
- identifiant
- inria-00638749
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Assemblathon 1: A competitive assessment of de novo short read assembly methods
- auteur
- Dent A. Earl, Keith Bradnam, John St. John, Aaron Darling, Dawei Lin, Joseph Faas, Hung On Ken Yu, Buffalo Vince, Daniel R. Zerbino, Mark Diekhans, Ngan Nguyen, Pramila Nuwantha, Ariyaratne Wing-Kin Sung, Zemin Ning, Matthias Haimel, Jared T. Simpson, Nuno A. Fronseca, Inanç Birol, T. Roderick Docking, Isaac Y. Ho, Daniel S Rokhsar, Rayan Chikhi, Dominique Lavenier, Guillaume Chapuis, Delphine Naquin, Nicolas Maillet, Michael C. Schatz, David R. Kelly, Adam M. Phillippy, Sergey Koren, Shiaw-Pyng Yang, Wei Wu, Wen-Chi Chou, Anuj Srivastava, Timothy I. Shaw, J. Graham Ruby, Peter Skewes-Cox, Miguel Betegon, Michelle T. Dimon, Victor Solovyev, Petr Kosarev, Denis Vorobyev, Ricardo Ramirez-Gonzalez, Richard Leggett, Dan Maclean, Fangfang Xia, Ruibang Luo, Zhenyu Li, Yinlong Xie, Binghang Liu, Sante Gnerre, Iain Maccallum, Dariusz Przybylski, Filipe J. Ribeiro, Shuangye Yin, Ted Sharpe, Giles Hall, Paul J. Kersey, Richard Durbin, Shaun D. Jackman, Jarrod A. Chapman, Xiaoqiu Huang, Joseph L. Derisi, Mario Caccamo, Yingrui Li, David B. Jaffe, Richard M. Green, David Haussler, Ian Korf, Benedict Paten
- article
- Genome Research, 2011, ⟨10.1101/gr.126599.111⟩
- identifiant
- inria-00637571
- Accès au bibtex
-
- titre
- Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.
- auteur
- Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel
- article
- PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002157. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002157⟩
- identifiant
- hal-00626708
- Accès au bibtex
-
- titre
- Un déluge de données
- auteur
- Christophe Blanchet, Olivier Collin
- article
- Biofutur, 2011
- identifiant
- hal-00639962
- Accès au bibtex
-
- titre
- Etude quantitative dálgorithmes de stéréovision pour les systèmes embarqués d'aide à la conduite
- auteur
- Mehdi Darouich, Stéphane Guyetant, Dominique Lavenier
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2011, 30 (5), pp.539-569
- identifiant
- hal-00637835
- Accès au bibtex
-
- titre
- AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
- auteur
- Frédéric Lecerc, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier Demeure
- article
- Nucleic Acids Research, 2011, 39 (Suppl 2), open access. ⟨10.1093/nar/gkr361⟩
- identifiant
- hal-00597398
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Algorithm engineering for optimal alignment of protein structure distance matrices
- auteur
- Inken Wohlers, Rumen Andonov, Gunnar W. Klau
- article
- Optimization Letters, 2011, ⟨10.1007/s11590-011-0313-3⟩
- identifiant
- inria-00586067
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fractal tiles associated with shift radix systems
- auteur
- Valerie Berthe, Anne Siegel, Wolfgang Steiner, Paul Surer, Jörg Thuswaldner
- article
- Advances in Mathematics, 2011, 226 (1), pp.139-175. ⟨10.1016/j.aim.2010.06.010⟩
- identifiant
- hal-00407999
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Maximum Contact Map Overlap Revisited
- auteur
- Rumen Andonov, Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev
- article
- Journal of Computational Biology, 2011, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1089/cmb.2009.0196⟩
- identifiant
- inria-00536624
- Accès au bibtex
-
- titre
- A novel substitution matrix fitted to the compositional bias in Mollicutes improves the prediction of homologous relationships
- auteur
- Claire Lemaitre, Aurélien Barré, Christine Citti, Florence Tardy, François Thiaucourt, Pascal Sirand-Pugnet, Patricia Thébault
- article
- BMC Bioinformatics, 2011, 12 (1), pp.457. ⟨10.1186/1471-2105-12-457⟩
- identifiant
- hal-00784414
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- SigReannot-mart: a query environment for expression microarray probe re-annotations.
- auteur
- François Moreews, Gaelle Rauffet, Patrice Dehais, Christophe C. Klopp
- article
- Database - The journal of Biological Databases and Curation, 2011, 2011, pp.bar025. ⟨10.1093/database/bar025⟩
- identifiant
- inria-00638684
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Designing Logical Rules to Model the Response of Biomolecular Networks with Complex Interactions: An Application to Cancer Modeling.
- auteur
- Carito Guziolowski, Sylvain Blachon, Tatiana Baumuratova, Gautier Stoll, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011, 8 (5), pp.1223-1234. ⟨10.1109/TCBB.2010.71⟩
- identifiant
- inria-00538134
- Accès au bibtex
-
- titre
- Directed Binary Hierarchies and Directed Ultrametrics
- auteur
- Israël-César C. Lerman, Pascale Kuntz
- article
- Journal of Classification, 2011, 28 (3), pp.272-296. ⟨10.1007/s00357-011-9091-y⟩
- identifiant
- hal-00643982
- Accès au bibtex
-
- titre
- Close 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
- auteur
- Amélie Véron, Claire Lemaitre, Christian Gautier, Vincent Lacroix, Marie-France Sagot
- article
- BMC Genomics, 2011, 12 (1), pp.303. ⟨10.1186/1471-2164-12-303⟩
- identifiant
- hal-00784423
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Local protein threading by Mixed Integer Programming
- auteur
- Guillaume Collet, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat, Nicola Yanev
- article
- Discrete Applied Mathematics, 2011, 159 (16), pp.1707-1716. ⟨10.1016/j.dam.2010.05.024⟩
- identifiant
- inria-00536537
- Accès au bibtex
-
- titre
- Simple Shared Motifs (SSM) in conserved region of promoters: a new approach to identify co-regulation patterns.
- auteur
- Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Le Meur, Nathalie Théret
- article
- BMC Bioinformatics, 2011, 12, pp.365. ⟨10.1186/1471-2105-12-365⟩
- identifiant
- hal-00682075
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genetically regulated metabolic networks: Gale-Nikaido modules and differential inequalities
- auteur
- Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Elisabeth Pecou, Clément Chatelain, Sandrine Lagarrigue
- article
- Transactions on Computational Systems Biology, 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII, 6575 (Lecture Notes in Computer Science 6575), pp.110-130. ⟨10.1007/978-3-642-19748-2_6⟩
- identifiant
- inria-00538136
- Accès au bibtex
-
- titre
- An Expressed Sequence Tag collection from the male antennae of the Noctuid moth Spodoptera littoralis: a resource for olfactory and pheromone detection research.
- auteur
- Fabrice Legeai, Sébastien Malpel, Nicolas Montagné, Christelle Monsempes, François Cousserans, Christine Merlin, Marie-Christine François, Martine Maïbèche-Coisné, Frédérick F. Gavory, Julie Poulain, Emmanuelle Jacquin-Joly
- article
- BMC Genomics, 2011, 12 (86), pp.86. ⟨10.1186/1471-2164-12-86⟩
- identifiant
- hal-00723049
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- A symmetry-driven BP algorithm for the Discretizable Molecular Distance Geometry Problem
- auteur
- Antonio Mucherino, Carlile Lavor, Leo Liberti
- article
- IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, Nov 2011, Atlanta, United States
- identifiant
- inria-00637771
- Accès au bibtex
-
- titre
- A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Sven Thiele, Carito Guziolowski, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, François Moreews, Anne Siegel
- article
- 4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland
- identifiant
- hal-02748096
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS (New Generation Sequencing)
- auteur
- Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurélien Roult, Clément Gauthey, Christophe Blanchet, Tiphaine Martin
- article
- Rencontres Scientifiques France Grilles 2011, Sep 2011, Lyon, France
- identifiant
- hal-00653023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parallel and memory-efficient reads indexing for genome assembly
- auteur
- Rayan Chikhi, Guillaume Chapuis, Dominique Lavenier
- article
- Parallel Bio-Computing 2011, Sep 2011, torun, Poland
- identifiant
- inria-00637536
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Localized genome assembly from reads to scaffolds: practical traversal of the paired string graph
- auteur
- Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
- article
- WABI 2011, Sep 2011, Sarrebruck, Germany. ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_4⟩
- identifiant
- inria-00637535
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using Dominances for Solving the Protein Family Identification Problem
- auteur
- Noël Malod-Dognin, Mathilde Le Boudic-Jamin, Pritish Kamath, Rumen Andonov
- article
- 11th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2011), Max-Planck-Institute für Informatics, Sep 2011, Saarbrücken, Germany. pp.201-212, ⟨10.1007/978-3-642-23038-7_18⟩
- identifiant
- inria-00609432
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
- auteur
- Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
- article
- The Prague Stringology Conference 2011, Aug 2011, Prague, Czech Republic
- identifiant
- inria-00608208
- Accès au bibtex
-
- titre
- biomanycores.org: a repository of interoperable open-source code for many-core bioinformatics
- auteur
- Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
- article
- JOBIM 2011, Jul 2011, Paris, France
- identifiant
- hal-00637847
- Accès au bibtex
-
- titre
- OBIWEE : an open source bioinformatics cloud environment
- auteur
- François Moreews, Jonathan Piat, Olivier Sallou
- article
- BOSC 2011 - 12th Annual Bioinformatics Open Source Conference, Jul 2011, Vienne, Austria
- identifiant
- inria-00638715
- Accès au bibtex
-
- titre
- SLICEE: A Service oriented middleware for intensive scientific computation
- auteur
- Jonathan Piat, François Moreews, Olivier Collin, Dominique Lavenier, Alexandre Cornu
- article
- SERVICES 2011, Jul 2011, WASHINGTON DC, United States
- identifiant
- inria-00638694
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- RENABI GRISBI Infrastructure Distribuée pour la Bioinformatique
- auteur
- Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Christophe C. Caron, Olivier Collin, Stephane Delmotte, Tiphaine Martin, Aurelien Roult, Franck Samson, Bruno Spataro
- article
- JOBIM 2011 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique, Jun 2011, Paris, France
- identifiant
- hal-00640007
- Accès au bibtex
-
- titre
- Utilisation d'une Grille de Calcul (GRISBI) pour le Traitement de Données NGS
- auteur
- Florence Maurier, Alexis Groppi, Aurélien Barré, Delphine Naquin, Aurelien Roult, Clement Gauthier, Christophe Blanchet, Tiphaine Martin
- article
- JOBIM 2011, Jun 2011, Paris, France
- identifiant
- inria-00614489
- Accès au bibtex
-
- titre
- Sparsifying Distance Matrices for Protein-Protein Structure Alignments
- auteur
- Antonio Mucherino, Inken Wohlers, Gunnar W. Klau, Rumen Andonov
- article
- CTW2011, Jun 2011, Rome, Italy
- identifiant
- hal-00642794
- Accès au bibtex
-
- titre
- Présentation des Centres Bioinformatiques Régionaux : RENABI-GO
- auteur
- Tiphaine Martin, Christophe C. Caron, Olivier Collin
- article
- Journées GRISBI 2011 : scientifiques et technologique, Christophe Blanchet and Christophe Caron and Olivier Collin and Stéphane Delmotte and Clément Gauthey and Tiphaine Martin and Franck Samson and Bruno Spataro, May 2011, Lyon, France
- identifiant
- inria-00614475
- Accès au bibtex
-
- titre
- AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
- auteur
- Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Anne Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier O. Demeure
- article
- 15th QTLMAS, Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Génétique Animale (0598)., May 2011, Rennes, France
- identifiant
- hal-02746678
- Accès au bibtex
-
- titre
- GPU Accelerted QTLMap
- auteur
- Guillaume Chapuis, Olivier Filangi, Pascale Le Roy, Jean-Michel Elsen, Dominique Lavenier
- article
- The 15th QTL-MAS workshop, May 2011, -, France
- identifiant
- hal-00637840
- Accès au bibtex
-
- titre
- Two types of transcriptional repression in living cells of [i]Bacillus subtilis[/i] characterized by number and brightness analysis
- auteur
- Matthew L. Ferguson, Dominique Le Coq, Matthieu Jules, Bryan Chun, Stephane Aymerich, Ovidiu Radulescu, Nathalie Declerck, Catherine A. Royer
- article
- 55. Annual Meeting of the Biophysical-Society, Mar 2011, Baltimore, Maryland, United States. ⟨10.1016/j.bpj.2010.12.1179⟩
- identifiant
- hal-01190611
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification rapide de familles protéiques par dominance
- auteur
- Mathilde Le Boudic-Jamin, Noël Malod-Dognin, Alexandre Cornu, Jacques Nicolas, Rumen Andonov
- article
- 12th Annual Congress of the French National Society of Operations Research and Decision Science (ROADEF), École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Étienne, Mar 2011, Saint-Étienne, France. pp.791-792
- identifiant
- inria-00611457
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- HLS Tools for FPGA : faster development with better performances
- auteur
- Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier
- article
- Proceeding of the 7th International Symposium on Applied Reconfigurable Computing, Feb 2011, Belfast, United Kingdom. pp.67-78
- identifiant
- hal-00637830
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Biomanycores, open-source parallel code for many-core bioinformatics
- auteur
- Mathieu Giraud, Stéphane Janot, Jean-Frédéric Berthelot, Charles Deltel, Laetitia Jourdan, Dominique Lavenier, Helene Touzet, Jean-Stéphane Varré
- article
- Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2011), 2011, Vienne, Austria
- identifiant
- inria-00623390
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- GPU accelerated RNA folding algorithm
- auteur
- Dominique Lavenier, Guillaume Rizk, Sanjay Rajopadhye
- article
- Wen-mei W. Hwu. GPU Computing Gems, ELSEVIER, pp.560, 2011, ⟨10.1016/B978-0-12-384988-5.00014-0⟩
- identifiant
- hal-00637827
- Accès au bibtex
-
- titre
- Probabilistic Approaches for Investigating Biological Networks
- auteur
- Jérémie Bourdon, Damien Eveillard
- article
- Mourad Elloumi, Albert Y. Zomaya. Algorithms in Computational Molecular Biology: Techniques, Approaches and Applications, Wiley, pp.1066, 2011
- identifiant
- hal-00531568
- Accès au bibtex
-
Master thesis
- titre
- Apprentissage de grammaires algébriques par alignement multiple de séquences protéiques
- auteur
- Gaelle Garet
- article
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. 2011
- identifiant
- hal-00639334
- Accès au bibtex
-
Other publications
- titre
- How to accelerate genomic sequence alignment 4X using half an FPGA
- auteur
- Alexandre Cornu, Steven Derrien, Dominique Lavenier
- article
- 2011
- identifiant
- hal-00637833
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- AnnotQTL: a new tool to gather functional and comparative information on a genomic region
- auteur
- Frédéric Lecerf, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Colette Désert, Yuna Blum, Sandrine Lagarrigue, Olivier O. Demeure
- article
- 12. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2011, Paris, France. 2011, JOBIM 2011
- identifiant
- hal-02746728
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- kisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
- auteur
- Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, J. Kielbassa, Pavlos Antoniou, Rayan Chikhi, Raluca Uricaru, Marie-France Sagot, Pierre Peterlongo, Vincent Lacroix
- article
- [Research Report] RR-7852, INRIA. 2011, pp.12
- identifiant
- hal-00654249
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Recherche et annotation des structures de CRISPR dans l'ensemble des génomes procaryotes
- auteur
- Christophe Vroland, Catherine Belleannée, Jacques Nicolas
- article
- [Rapport de recherche] PI-1986, 2011, pp.24
- identifiant
- hal-00643408
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Mapsembler, targeted assembly of larges genomes on a desktop computer
- auteur
- Pierre Peterlongo, Rayan Chikhi
- article
- [Research Report] RR-7565, INRIA. 2011, pp.17
- identifiant
- inria-00577218
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Searching for Compact Hierarchical Structures in DNA by means of the Smallest Grammar Problem
- auteur
- Matthias Gallé
- article
- Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00595494
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parallelization on graphic hardware : contributions to RNA folding and sequence alignment
- auteur
- Guillaume Rizk
- article
- Computer Science [cs]. Université Rennes 1, 2011. English. ⟨NNT : 2011REN1S021⟩
- identifiant
- tel-00634901
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- GermOnline 4.0 is a genomics gateway for germline development, meiosis and the mitotic cell cycle
- auteur
- Aurélie Lardenois, Alexandre Gattiker, Olivier Collin, Frédéric Chalmel, Michael Primig
- article
- Database -Weston-, 2010, pp.baq030. ⟨10.1093/database/baq030⟩
- identifiant
- hal-00639961
- Accès au bibtex
-
- titre
- Statistical Properties of Factor Oracles
- auteur
- Jérémie Bourdon, Irena Rusu
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2010, LNCS, 9 (2011), pp.59-66. ⟨10.1007/978-3-642-02441-2⟩
- identifiant
- hal-00415952
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- GASSST: Global Alignment Short Sequence Search Tool
- auteur
- Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (20), pp 2534-2540
- identifiant
- hal-00531499
- Accès au bibtex
-
- titre
- Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
- auteur
- Christian Baudet, Claire Lemaitre, Zanoni Dias, Christian Gautier, Eric Tannier, Marie-France Sagot
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (15), pp.1897-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btq301⟩
- identifiant
- hal-00681095
- Accès au bibtex
-
- titre
- Bioinformatic prediction, deep sequencing of microRNAs and expression analysis during phenotypic plasticity in the pea aphid, Acyrthosiphon pisum.
- auteur
- Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, Thomas Walsh, Owain Edwards, Karl Gordon, Dominique Lavenier, Nathalie Leterme, Agnès Méreau, Jacques Nicolas, Denis Tagu, Stéphanie Jaubert-Possamai
- article
- BMC Genomics, 2010, 11 (1), pp.281. ⟨10.1186/1471-2164-11-281⟩
- identifiant
- inserm-00482283
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analysis of virion structural components reveals vestiges of the ancestral ichnovirus genome.
- auteur
- Anne-Nathalie Volkoff, Véronique Jouan, Serge Urbach, Sylvie Samain, Max Bergoin, Patrick Wincker, Edith Demettre, François Cousserans, Bertille Provost, Fasseli Coulibaly, Fabrice Legeai, Catherine Béliveau, Michel Cusson, Gabor Gyapay, Jean-Michel Drezen
- article
- PLoS Pathogens, 2010, 6 (5), pp.e1000923. ⟨10.1371/journal.ppat.1000923⟩
- identifiant
- inria-00537901
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Extensive synteny conservation of holocentric chromosomes in Lepidoptera despite high rates of local genome rearrangements.
- auteur
- E. d'Alençon, H. Sezutsu, Fabrice Legeai, E. Permal, S. Bernard-Samain, S. Gimenez, C. Gagneur, F. Cousserans, M. Shimomura, A. Brun-Barale, T. Flutre, A. Couloux, P. East, K. Gordon, K. Mita, H. Quesneville, P. Fournier, R. Feyereisen
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2010, 107 (17), pp.7680-5. ⟨10.1073/pnas.0910413107⟩
- identifiant
- inria-00537908
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A parallel scheme for comparing transcription factor binding sites matrices
- auteur
- Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
- article
- Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 2010, 8 (3), pp.18
- identifiant
- hal-00461973
- Accès au bibtex
-
- titre
- Décoder le vivant
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Interstices, 2010
- identifiant
- hal-01350190
- Accès au bibtex
-
- titre
- Model of cap-dependent translation initiation in sea urchin: a step towards the eukaryotic translation regulation network.
- auteur
- Robert Bellé, Sylvain Prigent, Anne Siegel, Patrick Cormier
- article
- Molecular Reproduction and Development, 2010, 77 (3), pp.257-64. ⟨10.1002/mrd.21142⟩
- identifiant
- hal-00486418
- Accès au bibtex
-
- titre
- Comparative analysis of the Acyrthosiphon pisum genome and expressed sequence tag-based gene sets from other aphid species.
- auteur
- Morgane Ollivier, Fabrice Legeai, Claude Rispe
- article
- Insect Molecular Biology, 2010, 19 Suppl 2 (s2), pp.33-45. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00976.x⟩
- identifiant
- inria-00537902
- Accès au bibtex
-
- titre
- AphidBase: a centralized bioinformatic resource for annotation of the pea aphid genome.
- auteur
- Fabrice Legeai, Shuji Shigenobu, Jean-Pierre Gauthier, John Colbourne, Claude Rispe, Olivier Collin, Stephen Richards, A.C.C. Wilson, Terence Murphy, Denis Tagu
- article
- Insect Molecular Biology, 2010, 19 (s2), pp.5-12. ⟨10.1111/j.1365-2583.2009.00930.x⟩
- identifiant
- hal-02658827
- Accès au bibtex
-
- titre
- Localizing potentially active post-transcriptional regulations in the Ewing's sarcoma gene regulatory network.
- auteur
- Tatiana Baumuratova, Didier Surdez, Bernard Delyon, Gautier Stoll, Olivier Delattre, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
- article
- BMC Systems Biology, 2010, 4 (1), pp.146. ⟨10.1186/1752-0509-4-146⟩
- identifiant
- inserm-00984711
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity
- auteur
- Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
- article
- Serdica Journal of Computing, 2010, 4 (1), pp.93--100
- identifiant
- hal-00849979
- Accès au bibtex
-
- titre
- Asymptotology of Chemical Reaction Networks
- auteur
- Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev
- article
- Chemical Engineering Science, 2010, 65 (7), pp.2310-2324. ⟨10.1016/j.ces.2009.09.005⟩
- identifiant
- inria-00431225
- Accès au bibtex
-
- titre
- ModuleOrganizer: detecting modules in families of transposable elements.
- auteur
- Sebastien Tempel, Christine Rousseau, Fariza Tahi, Jacques Nicolas
- article
- BMC Bioinformatics, 2010, 11, pp.474. ⟨10.1186/1471-2105-11-474⟩
- identifiant
- inria-00536742
- Accès au bibtex
-
- titre
- Rational numbers with purely periodic $\beta$-expansion
- auteur
- Boris Adamczewski, Christiane Frougny, Anne Siegel, Wolfgang Steiner
- article
- Bulletin of the London Mathematical Society, 2010, 42 (3), pp.538-552. ⟨10.1112/blms/bdq019⟩
- identifiant
- hal-00400799
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Oscile
- auteur
- Cathy Charlier, Jérôme Montfort, Olivier Chabrol, François Moreews, M. Salhab, Laurent Richard-Parpaillon, Rozenn Dalbies-Tran, Christelle Hennequet-Antier, Franck Chesnel, Svetlana Uzbekova, Pierre Pontarotti, Julien Bobe
- article
- VIIIe Colloque Agenae / Genanimal, Nov 2010, Bordeaux, France
- identifiant
- inria-00540830
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using Semantic Web Technologies for Clinical Trial Recruitment
- auteur
- Paolo Besana, Marc Cuggia, Oussama Zekri, Annabel Bourdé, Anita Burgun
- article
- 9th International Semantic Web Conference, ISWC 2010, Nov 2010, Shangai, China. pp.34-49, ⟨10.1007/978-3-642-17749-1_3⟩
- identifiant
- hal-00748985
- Accès au bibtex
-
- titre
- Identifying SNPs without a reference genome by comparing raw reads
- auteur
- Pierre Peterlongo, Nicolas Schnel, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot, Vincent Lacroix
- article
- String Processing and Information Retrieval, Oct 2010, Los Cabos, Mexico. pp.147-158, ⟨10.1007/978-3-642-16321-0_14⟩
- identifiant
- inria-00514887
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelling Biological Sequences by Grammatical Inference
- auteur
- François Coste
- article
- ICGI 2010 Tutorial Day, José M. Sempere and Pedro Garcias, Sep 2010, Valencia, Spain
- identifiant
- inria-00531552
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BioDesc : gestion d'un entrepôt multiformat de descriptions de ressources bioinformatiques
- auteur
- Philippe Picouet, Z. Doughi, Loraine Brillet, Erwan Corre, Christophe Caron, Olivier Collin, François Moreews, Xavier Bailly
- article
- JOBIM, Sep 2010, Montpellier, France
- identifiant
- inria-00540815
- Accès au bibtex
-
- titre
- ReNaBi-GRISBI: grande infrastructure pour la bioinformatique
- auteur
- Christophe Blanchet, Clément Gauthey, Olivier Collin, Tiphaine Martin, Nouredine Melab, Frederic Plewniak, Franck Samson, Bruno Spataro, Christophe Caron
- article
- JOBIM 2010 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Sep 2010, Montpellier, France
- identifiant
- inria-00540940
- Accès au bibtex
-
- titre
- Complex update strategies for Probabilistic Boolean Networks
- auteur
- Théo Merle, Jérémie Bourdon
- article
- 7th Workshop on Computational Systems Biology, Jun 2010, Luxembourg, France. pp.4
- identifiant
- hal-00480366
- Accès au bibtex
-
- titre
- Prediction and analyzes of non coding RNA sequences in the pea aphid genome
- auteur
- Fabrice Legeai, Guillaume Rizk, T. Walsh, Owain Edwards, Jacques Nicolas, Denis Tagu, Stéphanie Jaubert-Possamai
- article
- Arthropods Genomics, Jun 2010, Kansas City, United States
- identifiant
- inria-00537927
- Accès au bibtex
-
- titre
- A New Tree Distance Metric for Structural Comparison of Sequences
- auteur
- Matthias Gallé
- article
- Dagstuhl Seminar: Structure Discovery in Biology: Motifs, Networks & Phylogenies, Jun 2010, Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik, Germany
- identifiant
- inria-00559265
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Choosing Word Occurrences for the Smallest Grammar Problem
- auteur
- Rafael Carrascosa, François Coste, Matthias Gallé, G. Infante-Lopez
- article
- LATA, May 2010, Trier, Germany
- identifiant
- inria-00476840
- Accès au bibtex
-
- titre
- An optimized filter for finding multiple repeats in DNA sequences
- auteur
- Maria Federico, Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti
- article
- 2010 ACS/IEEE International Conference on Computer Systems and Applications, May 2010, HAMMAMET, Tunisia
- identifiant
- inria-00480001
- Accès au bibtex
-
- titre
- SHREC'10 Track: Protein Models
- auteur
- Lazaros Mavridis, Vishwesh Venkatraman, David Ritchie, Naoto Morikawa, Rumen Andonov, Alexandre Cornu, Noël Malod-Dognin, Jacques Nicolas, Maja Temerinac-Ott, Marco Reisert, Hans Burkhardt, Apostolos Axenopoulos, Petros Daras
- article
- Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval - 3DOR 2010, May 2010, Norrköping, Sweden
- identifiant
- inria-00536680
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Maximum Cliques in Protein Structure Comparison
- auteur
- Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
- article
- SEA 2010 9th International Symposium on Experimental Algorithms, May 2010, Naples, Italy. pp.106-117, ⟨10.1007/978-3-642-13193-6_10⟩
- identifiant
- inria-00536700
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming
- auteur
- Martin Gebser, Carito Guziolowski, Mihail Ivanchev, Torsten Schaub, Anne Siegel, Philippe Veber, Sven Thiele
- article
- Principles of Knowledge Representation and Reasoning, 2010, Toronto, Canada
- identifiant
- inria-00538137
- Accès au bibtex
-
- titre
- MolliGen 3.0, evolution of a database dedicated to the comparative genomics of mollicutes
- auteur
- Aurélien Barré, Claire Lemaitre, Patricia Thebault, Antoine de Daruvar, Alain Blanchard, Pascal Sirand-Pugnet
- article
- Congress of the International Organization for Mycoplasmology ; 2010/07/11-16 ; Chianciano Terme (ITA). IOM congress 2010., 2010, Italy
- identifiant
- hal-00649151
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Seed-Based Parallel Protein SequenceComparison Combining Multithreading, GPU, and FPGA technologies
- auteur
- Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen
- article
- Bioinformatics: High Performance Parallel Computer Architectures, Taylor & Francis Group / CRC Press, pp.181-202, 2010
- identifiant
- hal-00531507
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parallel Genomic Sequence Comparison
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- Parallel and Distributed Computing, INTECH, pp.273-290, 2010
- identifiant
- hal-00531505
- Accès au bibtex
-
- titre
- Filters and seeds approaches for fast homology searches in large datasets
- auteur
- Nadia Pisanti, Mathieu Giraud, Pierre Peterlongo
- article
- Algorithms in computational molecular biology, 2010, ⟨10.1002/9780470892107.ch15⟩
- identifiant
- inria-00425370
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Substitutions, Rauzy fractals and tilings
- auteur
- Valerie Berthe, Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
- article
- Cambridge University Press. Combinatorics, Automata and Number Theory, 135, Cambridge University Press, 2010, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 9780521515979
- identifiant
- inria-00538135
- Accès au bibtex
-
- titre
- A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows
- auteur
- Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Guinard-Flament, Jaap J. van Milgen, Jérémie Bourdon
- article
- D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9
- identifiant
- inria-00538138
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- A tale of genome, annotations, metabolism and phylogenomics: the pea aphid genome resources
- auteur
- Fabrice Legeai, Stefano Colella, Jaime Huerta-Cepas, Jean-Pierre Gauthier, Augusto Vellozo, Patrice Baa-Puyoulet, Marie-France Sagot, Toni Gabaldon, Olivier Collin, Hubert Charles, Denis Tagu
- article
- 10. Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust conference on Genome Informatics, Sep 2010, Hinxton, United Kingdom. 1 p., 2010
- identifiant
- hal-01231276
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Reports
- titre
- Comparing Protein 3D Structures Using A_purva
- auteur
- Noël Malod-Dognin, Nicola Yanev, Rumen Andonov
- article
- [Research Report] RR-7464, INRIA. 2010, pp.9
- identifiant
- inria-00539939
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Compression de séquences d'A.D.N. à base de grammaires minimales
- auteur
- Perrin Matthieu
- article
- [Stage] 2010, pp.14
- identifiant
- inria-00536655
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modélisation du Signal TGF-b : De lObtention des données à la Simulation
- auteur
- Geoffroy Andrieux, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
- article
- [Stage] 2010
- identifiant
- inria-00544414
- Accès au bibtex
-
- titre
- Prédiction des Motifs de Phycobilines-lyases chez les cyanobactéries
- auteur
- Sevellec Maelle
- article
- [Stage] 2010, pp.71
- identifiant
- inria-00536643
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fond´es sur une échelle de probabilité
- auteur
- Israël-César C. Lerman, Sylvie Guillaume
- article
- [Rapport de recherche] RR-7187, INRIA. 2010, pp.88
- identifiant
- inria-00451952
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers
- auteur
- Guillaume Collet
- article
- Modélisation et simulation. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00512725
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification des éléments clefs du métabolisme des lipides et de leurs régulateurs
- auteur
- Pierre Blavy
- article
- Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2010. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00541207
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Protein Structure Comparison: From Contact Map Overlap Maximisation to Distance-based Alignment Search Tool
- auteur
- Noël Malod-Dognin
- article
- Modeling and Simulation. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00509142
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analysis of Large-Scale Biological Networks with Constraint-Based Approaches over Static Models
- auteur
- Carito Guziolowski
- article
- Other [cs.OH]. Université Rennes 1, 2010. English. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00541903
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2009
Journal articles
- titre
- Décoder le vivant
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- DocSciences, 2009, Le numérique et les sciences du vivant, 8, pp.26-33
- identifiant
- inria-00438517
- Accès au bibtex
-
- titre
- Paired-end read length lower bounds for genome re-sequencing
- auteur
- Rayan Chikhi, Dominique Lavenier
- article
- BMC Bioinformatics, 2009, ⟨10.1186/1471-2105-10-S13-O2⟩
- identifiant
- inria-00426856
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- PLAST: parallel local alignment search tool for database comparison
- auteur
- van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
- article
- BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.24
- identifiant
- inria-00425301
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A minimal model for hepatic fatty acid balance during fasting: Application to PPAR alpha-deficient mice
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, P.G.P. Martin, Jaap J. van Milgen, Ovidiu Radulescu, A. Siegel
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2009, 261 (2), pp.266. ⟨10.1016/j.jtbi.2009.07.025⟩
- identifiant
- hal-00559147
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase
- auteur
- Elodie Fleury, Arnaud Huvet, Christophe Lelong, Julien de Lorgeril, Viviane Boulo, Yannick Gueguen, Evelyne Bachère, Arnaud Tanguy, Dario Moraga, Caroline Fabioux, Penelope Lindeque, Jenny Shaw, Richard Reinhardt, Patrick Prunet, Grace Davey, Sylvie Lapegue, Christopher Sauvage, Charlotte Corporeau, Jeanne Moal, Frédérick F. Gavory, Patrick Wincker, François Moreews, Christophe C. Klopp, Michel Mathieu, Pierre Boudry, Pascal Favrel
- article
- BMC Genomics, 2009, 10 (341), pp.341. ⟨10.1186/1471-2164-10-341⟩
- identifiant
- inria-00435769
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- sigReannot: an oligo-set re-annotation pipeline based on similarities with the Ensembl transcripts and Unigene clusters.
- auteur
- Casel Pierrot, François Moreews, Christophe C. Klopp
- article
- BMC Proceedings, 2009, 3 (4), pp.1-5. ⟨10.1186/1753-6561-3-S4-S3⟩
- identifiant
- inria-00435746
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- GPU-based Parallel SVM Algorithm
- auteur
- Thanh Nghi Do, Van-Hoa Nguyen, François Poulet
- article
- Journal of Frontiers of Computer Science and Technology, 2009, 3 (4), pp.368-377
- identifiant
- hal-00652463
- Accès au bibtex
-
- titre
- Temporal constraints of a gene regulatory network: refining a qualitative simulation
- auteur
- Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
- article
- BioSystems, 2009, pp.10.1016/j.biosystems.2009.05.002. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.05.002⟩
- identifiant
- hal-00423353
- Accès au bibtex
-
- titre
- In-place update of suffix array while recoding words
- auteur
- Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste
- article
- International Journal of Foundations of Computer Science, 2009, 20 (6), pp.1025-1045. ⟨10.1142/S0129054109007029⟩
- identifiant
- inria-00471599
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Hybrid Algorithm for the Unbounded Knapsack Problem
- auteur
- Vincent Poirriez, Nicola Yanev, Rumen Andonov
- article
- Discrete Optimization, 2009, 6, pp.110-124. ⟨10.1016/j.disopt.2008.09.004⟩
- identifiant
- inria-00335065
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Size Regulation in the Segmentation of Drosophila: Interacting Interfaces between Localized Domains of Gene Expression Ensure Robust Spatial Patterning
- auteur
- S.A. Vakulenko, Manu Manu, John Reinitz, Ovidiu Radulescu
- article
- Physical Review Letters, 2009, 103, pp.168102
- identifiant
- inria-00431224
- Accès au bibtex
-
- titre
- flowCore: a Bioconductor package for high throughput flow cytometry.
- auteur
- Florian Hahne, Nolwenn Le Meur, Ryan R Brinkman, Byron Ellis, Perry Haaland, Deepayan Sarkar, Josef Spidlen, Errol Strain, Robert Gentleman
- article
- BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.106. ⟨10.1186/1471-2105-10-106⟩
- identifiant
- inria-00426746
- Accès au bibtex
-
- titre
- Knowledge based identification of essential signaling from genome-scale siRNA experiments.
- auteur
- Armand Bankhead, Iliana Sach, Chester Ni, Nolwenn Lemeur, Mark Kruger, Marc Ferrer, Robert Gentleman, Carol Rohl
- article
- BMC Systems Biology, 2009, 3 (1), pp.80. ⟨10.1186/1752-0509-3-80⟩
- identifiant
- inserm-00663618
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- CRISPI: a CRISPR Interactive database
- auteur
- Christine Rousseau, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Jacques Nicolas
- article
- Bioinformatics, 2009, 25 (24), pp.3317-3318. ⟨10.1093/bioinformatics/btp586⟩
- identifiant
- inria-00438512
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks
- auteur
- Carito Guziolowski, Annabel Bourdé, François Moreews, Anne Siegel
- article
- BMC Genomics, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩
- identifiant
- inria-00429804
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie implicative ; niveaux et noeuds significatifs
- auteur
- Israël-César Lerman
- article
- Mathématiques et Sciences Humaines, 2009
- identifiant
- inria-00323840
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lossless filter for multiple repeats with bounded edit distance
- auteur
- Pierre Peterlongo, Gustavo Akio Tominaga Sacomoto, Alair Pereira Do Lago, Nadia Pisanti, Marie-France Sagot
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2009, 4 (1), pp.3. ⟨10.1186/1748-7188-4-3⟩
- identifiant
- hal-00784457
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The plant pathogenic fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici improves bacterial growth and triggers early gene regulations in the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens Pf29Arp
- auteur
- Matthieu Barret, P. Frey-Klett, M. Boutin, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Frédérique Martin, Laëtitia Guillot, Alain Sarniguet
- article
- New Phytologist, 2009, 181 (2), pp.435-447. ⟨10.1111/j.1469-8137.2008.02675.x⟩
- identifiant
- inria-00359115
- Accès au bibtex
-
- titre
- In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking.
- auteur
- Jérémy Gruel, Michel Leborgne, Nolwenn Lemeur, Nathalie Théret
- article
- BMC Research Notes, 2009, 2 (1), pp.193. ⟨10.1186/1756-0500-2-193⟩
- identifiant
- inserm-00663589
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Présentation de "Numeration: Mathematics and Computer Science" (CIRM, 2009)
- auteur
- Anne Siegel, Boris Adamczewski, Wolfgang Steiner
- article
- Actes des rencontres du CIRM, 2009, 1 (1), pp.1-2
- identifiant
- inria-00429811
- Accès au bibtex
-
- titre
- Symbiotic Virus at the Evolutionary Intersection of Three Types of Large DNA Viruses; Iridoviruses, Ascoviruses, and Ichnoviruses
- auteur
- Yves Bigot, Sylvaine Renault, Jacques Nicolas, Corinne Moundras, Marie-Véronique Demattei, Sylvie Samain, Dennis K. Bideshi, Brian A. Federici
- article
- PLoS ONE, 2009, 4 (7), pp.e6397. ⟨10.1371/journal.pone.0006397⟩
- identifiant
- inria-00448730
- Accès au bibtex
-
- titre
- Hybrid stochastic simplifications for multiscale gene networks
- auteur
- Alina Crudu, Arnaud Debussche, Ovidiu Radulescu
- article
- BMC Systems Biology, 2009, 3 (1), pp.89. ⟨10.1186/1752-0509-3-89⟩
- identifiant
- hal-00784449
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Transcriptomic and proteomic analyses of seasonal photoperiodism in the pea aphid.
- auteur
- Gaël Le Trionnaire, F. Francis, S. Jaubert-Possamai, J. Bonhomme, E. de Pauw, J.-P. Gauthier, E. Haubruge, Fabrice Legeai, N. Prunier-Leterme, Jean-Christophe Simon, T. Sandré, Denis Tagu
- article
- BMC Genomics, 2009, 10, pp.456. ⟨10.1186/1471-2164-10-456⟩
- identifiant
- inria-00435791
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Canalization of gene expression and domain shifts in the Drosophila blastoderm by dynamical attractors
- auteur
- Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, Ah-Ram Kim, Ovidiu Radulescu, Carlos E. Vanario-Alonso, D.H. Sharp, Maria Samsonova, John Reinitz
- article
- PLoS Computational Biology, 2009, 5, pp.3
- identifiant
- inria-00431228
- Accès au bibtex
-
- titre
- MIMAS 3.0 is a Multiomics Information Management and Annotation System.
- auteur
- Alexandre Gattiker, Leandro Hermida, Robin Liechti, Ioannis Xenarios, Olivier Collin, Jacques Rougemont, Michael Primig
- article
- BMC Bioinformatics, 2009, 10, pp.151. ⟨10.1186/1471-2105-10-151⟩
- identifiant
- inserm-00516451
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Canalization of gene expression in the Drosophila blastoderm by gap genes cross regulation
- auteur
- Manu Manu, Svetlana Surkova, Alexander V. Spirov, Vitaly Gursky, Hilde Janssens, Ah-Ram Kim, Carlos E. Vanario-Alonso, Ovidiu Radulescu, David H. Sharp, Maria Samsonova, John Reinitz
- article
- PLoS Biology, 2009, 7, pp.3
- identifiant
- inria-00431229
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- From AphidBase and Lepido-DB to an Information System for Insect Plant pest genomics studies.
- auteur
- Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, François Cousserans, Emmanuelle d'Alençon, Olivier Collin, Jacques Nicolas, Philippe Fournier, Denis Tagu
- article
- 1st Workshop on Information System for Insect Pest, Nov 2009, Rennes, France
- identifiant
- inria-00435823
- Accès au bibtex
-
- titre
- Asymptotology of Chemical Reaction Networks
- auteur
- Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu, Andrei Zinovyev
- article
- International Symposium on Mathematics in Chemical Kinetics and Engineering (MACKIE-2009), Nov 2009, Ghent, Belgium
- identifiant
- inria-00599258
- Accès au bibtex
-
- titre
- High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, Ryan R Brinkman, Robert Gentleman
- article
- Advanced Flow Cytometry Analysis 2009, Nov 2009, Marseille, France
- identifiant
- inria-00435735
- Accès au bibtex
-
- titre
- La calculette métabolique": une approche de modélisation biochimique pour explorer les contraintes au sein du métabolisme des mammifères
- auteur
- Oumarou Abdou-Arbi, Jérémie Bourdon, Anne Siegel, Jaap J. van Milgen, Sophie Lemosquet
- article
- 3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France
- identifiant
- hal-02758027
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multiclock discrete models of biological systems
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Théret
- article
- European Conference on Complex Systems 2009 (ECCS), Sep 2009, Warwick, United Kingdom
- identifiant
- hal-00436059
- Accès au bibtex
-
- titre
- c-GAMMA: Comparative Genome Analysis of Molecular Markers
- auteur
- Pierre Peterlongo, Jacques Nicolas, Dominique Lavenier, Raoul Vorc'H, Joël Querellou
- article
- Pattern Recognition in Bioinformatics, Sep 2009, Sheffield, United Kingdom. pp.255-269, ⟨10.1007/978-3-642-04031-3_23⟩
- identifiant
- inria-00425373
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- From pure discrete spectrum conditions to topological properties of self-affine tiles
- auteur
- Anne Siegel
- article
- Aperiodic Order, Sep 2009, Leceister, United Kingdom
- identifiant
- inria-00429814
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lepido-DB, a new bioinformatic resource for the annotation and cross-comparisons of lepidopteran genomes.
- auteur
- Fabrice Legeai, Emmanuelle d'Alençon, François Cousserans, Hideki Sezutsu, Emmanuelle Permal, Karl Gordon, Hadi Quesneville, René Feyereisen, Philippe Fournier
- article
- The Eighth International Workshop on MOLECULAR BIOLOGY AND GENETICS OF THE LEPIDOPTERA, Aug 2009, Kolimpari, Greece
- identifiant
- inria-00435820
- Accès au bibtex
-
- titre
- A statistical method for PWM clustering
- auteur
- Solenne Carat, Rémi Houlgatte, Jérémie Bourdon
- article
- Moscow Conference on Computational Molecular Biology, Jul 2009, Moscou, Russia. pp.59-60
- identifiant
- hal-00415980
- Accès au bibtex
-
- titre
- High throughput flow cytometry analysis with Bioconductor.
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Florian Hahne, Deepayan Sarkar, Byron Ellis, Josef Spidlen, Ryan R Brinkman, Robert Gentleman
- article
- useR! 2009, Jul 2009, Rennes, France
- identifiant
- hal-00435777
- Accès au bibtex
-
- titre
- A framework for building reliable distributed bioinformatics service repositories
- auteur
- François Moreews
- article
- ICWS 2009 International Conference on Web Services, Jul 2009, Los Angeles, United States. ⟨10.1109/ICWS.2009.143⟩
- identifiant
- inria-00435752
- Accès au bibtex
-
- titre
- Identification and characterization of novel anti-infectious peptides from the male genital tract.
- auteur
- Frédéric Bourgeon, Jacques Nicolas, Nathalie Melaine, Charles Pineau
- article
- 34th Federation of European Biochemical Societies (FEBS) Congress, Jul 2009, Prague, Czech Republic
- identifiant
- hal-00667141
- Accès au bibtex
-
- titre
- Rational numbers with purely periodic beta-expansions
- auteur
- Anne Siegel
- article
- Fractals and Tilings, Jul 2009, Strobl, Austria
- identifiant
- inria-00429815
- Accès au bibtex
-
- titre
- QBIOS: driving toward a trusted distributed bioinformatics service infrastructure
- auteur
- François Moreews
- article
- ISMB 2009 - International Conference On Intelligent Systems for Molecular Biology, Jun 2009, Stockholm, Sweden
- identifiant
- inria-00435755
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multiclock discrete approach to model the influence of EGF and TGFß pathways on cell proliferation
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Jérémy Gruel, Nathalie Theret
- article
- JOBIM 2009 satellite meeting : Dynamical modelling and simulation of biological networks, Jun 2009, Nantes, France
- identifiant
- hal-00676747
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multiclock discrete models of the eukaryotic cell cycle.
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques., Jun 2009, Nantes, France
- identifiant
- hal-00435771
- Accès au bibtex
-
- titre
- Protein Threading
- auteur
- Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
- article
- 8th Cologne-Twente Workshop on Graphs and Combinatorial Optimization, Jun 2009, Paris, France
- identifiant
- inria-00412642
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Implementing Protein Seed-Based Comparison Algorithm on the SGI RASC-100 Platform
- auteur
- van Hoa Nguyen, Alexandre Cornu, Dominique Lavenier
- article
- Reconfigurable Architectures Workshop - IPDPS, May 2009, Rome, Italy
- identifiant
- inria-00425237
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- GPU accelerated Rna folding algorithm
- auteur
- Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
- article
- 9th International Conference on Computational Science, May 2009, Baton Rouge, United States. pp.1031
- identifiant
- hal-00425543
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Method for Relating Inter-patient Gene Copy Numbers Variations with Gene Expression via Gene Influence Networks
- auteur
- Sylvain Blachon, Gautier Stoll, Carito Guziolowski, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, Anne Siegel, Ovidiu Radulescu
- article
- AIAI 2009 Workshop -- Workshop on Biomedical Informatics and Intelligent Approaches in the Support of Genomic Medicine (BMIINT), Apr 2009, Thessalonik, Greece. pp.72-87
- identifiant
- inria-00429801
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling the influence of EGF and TGF-b pathways in tumor progression of hepatocellular carcinoma.
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Jérémy Gruel, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
- article
- Asian Pacific Association for Study of the Liver, Feb 2009, Hong-Kong, Hong Kong SAR China. pp.64, FP107
- identifiant
- hal-00435766
- Accès au bibtex
-
- titre
- SVM incrémental et parallèle sur GPU
- auteur
- François Poulet, Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen
- article
- 9èmes Journées Francophones "Extraction et Gestion des Connaissances", Jan 2009, Strasbourg, France. pp.103-114
- identifiant
- hal-00652786
- Accès au bibtex
-
- titre
- Graph and hierarchical-based approaches for structuring association rule sets
- auteur
- Pascale Kuntz, Israël-César C. Lerman
- article
- Graph theoretical methods for clustering at International Federation of Classification Societies (IFCS), 2009, Dresde, Germany
- identifiant
- hal-00481876
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Topological properties of Rauzy fractals
- auteur
- Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
- article
- Société Mathématiques de France, 118, pp.144, 2009, Mémoires de la SMF
- identifiant
- inria-00539742
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Création d'une bibliothèque de coeurs structuraux pour le protein threading. Utilisation des familles structurales.
- auteur
- Tristan Bitard Feildel
- article
- [Stage] 2009
- identifiant
- inria-00435113
- Accès au bibtex
-
- titre
- Pondération d'automates modélisant des familles de protéines et significativité des scores
- auteur
- Vincent Picard
- article
- [Stage] 2009
- identifiant
- inria-00431111
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analyse comparative d'indices d'implication discriminants fondés sur une échelle de probabilité.
- auteur
- Israël-César C. Lerman, Sylvie Guillaume
- article
- [Rapport de recherche] PI 1942, 2009, pp.72
- identifiant
- inria-00450129
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Solving loosely coupled constraints
- auteur
- Michel Le Borgne
- article
- [Research Report] RR-6958, INRIA. 2009, pp.19
- identifiant
- inria-00397098
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Local Protein Threading by Mixed Integer Programming
- auteur
- Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
- article
- [Research Report] RR-7122, INRIA. 2009, pp.17
- identifiant
- inria-00436335
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Flexible Alignments for Protein Threading
- auteur
- Guillaume Collet, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
- article
- [Research Report] RR-6808, INRIA. 2009
- identifiant
- inria-00355546
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
- auteur
- Israël-César Lerman, Pascale Kuntz
- article
- [Research Report] PI 1922, 2009, pp.21
- identifiant
- inria-00357532
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
- auteur
- Israël-César Lerman, Pascale Kuntz
- article
- [Research Report] RR-6815, INRIA. 2009, pp.27
- identifiant
- inria-00361727
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identification in silico d'un nouveau gène de la famille des TNF (tumor necrosis factor)
- auteur
- Fanny Colombel
- article
- [Stage] 2009
- identifiant
- inria-00431114
- Accès au bibtex
-
- titre
- Solving Maximum Clique Problem for Protein Structure Similarity
- auteur
- Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
- article
- [Research Report] RR-6818, INRIA. 2009, pp.12
- identifiant
- inria-00356816
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Maximum Cliques in Protein Structure Comparison
- auteur
- Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev
- article
- [Research Report] RR-7053, INRIA. 2009, pp.19
- identifiant
- inria-00422198
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Traitement parallèle des comparaisons intensives de séquences génomiques
- auteur
- van Hoa Nguyen
- article
- Informatique [cs]. Université Rennes 1, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00435792
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Qualitative modelling and analysis of gene regulatory networks: application to the adaptation of Escherichia coli bacterium to carbon availability
- auteur
- Jamil Ahmad, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Jonathan Fromentin, Olivier Roux, Christine Sinoquet
- article
- 2009
- identifiant
- hal-00359530
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2008
Journal articles
- titre
- Combining flash memory and FPGAs to efficiently implement a massively parallel algorithm for content-based image retrieval
- auteur
- Chikhi Rayan, Steven Derrien, Noumsi Auguste, Patrice Quinton
- article
- International Journal of Electronics, 2008, 95 (7), pp.621-635(15)
- identifiant
- inria-00453946
- Accès au bibtex
-
- titre
- Optimal neighborhood indexing for protein similarity search
- auteur
- Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, van Hoa Nguyen, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9 (534), ⟨10.1186/1471-2105-9-534⟩
- identifiant
- inria-00340510
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BioMAJ: a flexible framework for databanks synchronization and processing
- auteur
- Olivier Filangi, Yoann Beausse, Anthony Assi, Ludovic Legrand, Jean-Marc Larré, Véronique Martin, Olivier Collin, Christophe Caron, Hugues Leroy, David Allouche
- article
- Bioinformatics, 2008, 24 (16), pp.1823-1825. ⟨10.1093/bioinformatics/btn325⟩
- identifiant
- inria-00327502
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- From Molecules to Organisms: Towards Multiscale Integrated Models of Biological Systems
- auteur
- Christophe Lavelle, Hugues Berry, Guillaume Beslon, Francisco Ginelli, Jean-Louis Giavitto, Zoï Kapoula, André Le Bivic, Nadine Peyriéras, Ovidiu Radulescu, Adrien Six, Véronique Thomas-Vaslin, Paul Bourgine
- article
- Theoretical Biology Insights, 2008, 1, pp.13-22
- identifiant
- inria-00331281
- Accès au bibtex
-
- titre
- Comparaison de deux critères en classification ascendante hiérarchique sous contrainte de contiguïté, Application en imagerie numérique
- auteur
- Israël-César Lerman, Kaddour Bachar
- article
- Journal de la Société Française de Statistique, 2008, 149 (2), pp.45-74
- identifiant
- inria-00322083
- Accès au bibtex
-
- titre
- A dynamic programming based reduction procedure for the multidimensional 0-1 knapsack problem
- auteur
- Stefan Balev, Nicola Yanev, Arnaud Fréville, Rumen Andonov
- article
- European Journal of Operational Research, 2008, 186 (1), pp.63-76. ⟨10.1016/j.ejor.2006.02.058⟩
- identifiant
- inria-00184771
- Accès au bibtex
-
- titre
- RDISK : une architecture reconfigurable pour l'exploration des banques génomiques
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- Techniques de l'Ingénieur, 2008, November (IN89)
- identifiant
- inria-00347596
- Accès au bibtex
-
- titre
- A physical map of the heterozygous grapevine 'Cabernet Sauvignon' allows mapping candidate genes for disease resistance
- auteur
- Marco Moroldo, Sophie Paillard, Raffaella Marconi, Fabrice Legeai, Aurélie Canaguier, Corinne Cruaud, Véronique de Berardinis, Cécile Guichard, Véronique Brunaud, Isabelle Le Clainche, Simone Scalabrin, Raffaele Testolini, Gabriele Di Gaspero, Michele Morgante, Anne-Françoise Adam-Blondon
- article
- BMC Plant Biology, 2008, 8 (66), pp.1-14. ⟨10.1186/1471-2229-8-66⟩
- identifiant
- inria-00329169
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Robust simplifications of multiscale biochemical networks
- auteur
- Ovidiu Radulescu, Alexander N. Gorban, Andrei Zinovyev, Alain Lilienbaum
- article
- BMC Systems Biology, 2008, 2:86
- identifiant
- inria-00331212
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling synthetic lethality
- auteur
- Nolwenn Le Meur, Robert Gentleman
- article
- Genome Biology, 2008, 9 (9), pp.R135. ⟨10.1186/gb-2008-9-9-r135⟩
- identifiant
- inria-00337291
- Accès au bibtex
-
- titre
- Coding Region Prediction Based on a Universal DNA Sequence Representation Method
- auteur
- Dominique Lavenier, Xianyang Jiang, Stephen Yau
- article
- Journal of Computational Biology, 2008, 15 (10), pp.1237-1256. ⟨10.1089/cmb.2008.0041⟩
- identifiant
- inria-00347594
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lagrangian approaches for a class of matching problems in computational biology
- auteur
- Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
- article
- Computers & Mathematics with Applications, 2008, 55 (Issue 5 (March 2008)), pp.1054-1067. ⟨10.1016/j.camwa.2006.12.103⟩
- identifiant
- inria-00335126
- Accès au bibtex
-
- titre
- Homology modelling of protein-protein complexes: a simple method and its possibilities and limitations
- auteur
- Guillaume Launay, Thomas Simonson
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.427
- identifiant
- inria-00338202
- Accès au bibtex
-
- titre
- Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions
- auteur
- Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel
- article
- Monatshefte für Mathematik, 2008, 155 (3-4), pp.377-419. ⟨10.1007/s00605-008-0009-7⟩
- identifiant
- inria-00330567
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dynamic and static limitation in multiscale reaction networks, revisited
- auteur
- Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu
- article
- Chemical Engineering Science, 2008, Advances in Chemical Engineering, 34, pp.103-173
- identifiant
- inria-00184976
- Accès au bibtex
-
- titre
- Inferring the role of transcription factors in regulatory networks
- auteur
- Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2105-9-228⟩
- identifiant
- inria-00330578
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lossless filter for multiple repetitions with Hamming distance
- auteur
- Pierre Peterlongo, Nadia Pisanti, Frédéric Boyer, Alair Pereira Do Lago, Marie-France Sagot
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2008, 6 (3), pp.497-509. ⟨10.1016/j.jda.2007.03.003⟩
- identifiant
- inria-00179731
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Indexing gapped-factors using a tree
- auteur
- Pierre Peterlongo, Julien Allali, Marie-France Sagot
- article
- International Journal of Foundations of Computer Science, 2008, 19 (1), pp.71-87. ⟨10.1142/S0129054108005541⟩
- identifiant
- inria-00179719
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Efficient Parallelization of a Protein Sequence Comparison Algorithm on Manycore Architecture
- auteur
- Xioachun Ye, van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier, Dongrui Fan
- article
- Ninth International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies, Dec 2008, France. online proceedings: http://www.cs.otago.ac.nz/pdcat08/
- identifiant
- hal-00322732
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In silico investigation of ADAM12 effect on TGF-beta receptors trafficking
- auteur
- Jérémy Gruel, Nolwenn Le Meur, Michel Le Borgne, Nathalie Théret
- article
- IPG 2008, Nov 2008, Lyon, France
- identifiant
- inria-00337265
- Accès au bibtex
-
- titre
- Speed up SVM Algorithms for Massive Classification Tasks
- auteur
- Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen, François Poulet
- article
- Advanced Data Mining and Applications - 4th International Conference, ADMA'08, Oct 2008, Chengdu, China. pp.147-157
- identifiant
- hal-00652739
- Accès au bibtex
-
- titre
- CURATING A LARGE-SCALE REGULATORY NETWORK BY EVALUATING ITS CONSISTENCY WITH EXPRESSION DATASETS
- auteur
- Carito Guziolowski, Jérémy Gruel, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
- article
- CIBB 2008: COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, Oct 2008, Salerno, Italy. pp.144-155
- identifiant
- inria-00331385
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parallelizing the ACGT OncoSimulator
- auteur
- Dominique Lavenier, Julien Jacques
- article
- 3rd International Advanced Research Workshop on In Silico Oncology, Sep 2008, Istanbul, Turkey. online proceedings: http://www.3rd-iarwiso.iccs.ntua.gr/
- identifiant
- hal-00322703
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- GPU Accelerated RNA-RNA Interaction Algorithm
- auteur
- Guillaume Rizk, Dominique Lavenier
- article
- EMBnet, Sep 2008, Martina Franca, Italy
- identifiant
- inria-00323566
- Accès au bibtex
-
- titre
- An Efficient Lagrangian Relaxation for the Contact Map Overlap Problem
- auteur
- Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
- article
- WABI 2008 (8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics), Universität Karlsruhe, Sep 2008, Karlsruhe, Germany. pp.162-173, ⟨10.1007/978-3-540-87361-7_14⟩
- identifiant
- inria-00327135
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Fast Parallel SVM Algorithm for Massive Classification Tasks
- auteur
- Thanh Nghi Do, van Hoa Nguyen, François Poulet
- article
- Modelling, Computation and Optimization, 2nd International Conference, MCO 2008, Sep 2008, Metz, France. pp.419-428
- identifiant
- hal-00652758
- Accès au bibtex
-
- titre
- In-place Update of Suffix Array while Recoding Words
- auteur
- Matthias Gallé, Pierre Peterlongo, François Coste
- article
- Prague Stringology Conference 2008, Sep 2008, Prague, Czech Republic. pp.54--67
- identifiant
- inria-00327582
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Timescales and instabilities of shear thinning solutions of wormlike micelles
- auteur
- Ovidiu Radulescu, Sandra Lerouge, Benoit Lasne
- article
- 15th International Congress on Rheology 2008, Aug 2008, Monterey, United States. pp.CF36
- identifiant
- inria-00331217
- Accès au bibtex
-
- titre
- GEO EXPORTER : a tools to automate publishing of microarray data to Gene Expression Omnibus
- auteur
- François Moreews
- article
- ISMB 2008, The International Society for Computational Biology, Jul 2008, Toronto, Canada
- identifiant
- inria-00329898
- Accès au bibtex
-
- titre
- Speeding up Subset Seed Algorithm for Intensive Protein Sequence Comparison
- auteur
- van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
- article
- 6th IEEE International Conference on research, innovation & vision for the future, Jul 2008, Ho Chi Minh Ville, Vietnam
- identifiant
- inria-00321457
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Apollo: a tool for the manual annotation of the pea aphid genome
- auteur
- Fabrice Legeai, Jean-Pierre Gauthier, Denis Tagu
- article
- Pea Aphid Genome Annotation Workshop, Jul 2008, Princeton, United States
- identifiant
- inria-00329196
- Accès au bibtex
-
- titre
- Comparaison intensive des séquences protéiques : indexation des banques et usage des instructions SIMD des microprocesseurs
- auteur
- van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques - JOBIM, Jun 2008, Lille, France
- identifiant
- inria-00325020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- BioWorkFlow: Web Services toolkit and workflow applications evaluation to deploy a confidence network
- auteur
- Marc Wessner, Martin Senger, Franck Samson, Philippe Picouet, François Moreews, Hervé Ménager, Véronique Martin, Sébastien Letort, Catherine Letondal, Mark Hoebeke, Jerome Gouzy, Jean-François Gibrat, Erwan Corre, Olivier Collin, Sébastien Carrere, Christophe Caron, Pierre Tufféry, Bertrand Néron
- article
- Jobim (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jun 2008, Lille, France
- identifiant
- inria-00327528
- Accès au bibtex
-
- titre
- A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver
- auteur
- Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal G.P. Martin, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Jaap J. van Milgen
- article
- Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille (FR), France
- identifiant
- hal-00729742
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Directed binary hierarchies and directed ultrametrics
- auteur
- Pascale Kuntz, Israël-César Lerman
- article
- First joint meeting of the French and Italian Classification Societies, Jun 2008, Caserte, Italy. pp.337-340
- identifiant
- inria-00322110
- Accès au bibtex
-
- titre
- Ordered Index Seed Algorithm for Intensive DNA Sequence Comparison
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- HiCOMB 2008 : Seventh IEEE International Workshop on High Performance Computational Biology, Apr 2008, Miami, United States. online proceeding : http://www.hicomb.org/HiCOMB2008/
- identifiant
- hal-00322696
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analyse de la Vraisemblance des Liens Relationnels
- auteur
- Israël-César Lerman
- article
- 3èmes Journées Thématiques Apprentissage Artificiel et Fouille des Données, Younès Benani, Apr 2008, Paris, France
- identifiant
- inria-00325174
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modèle de PLNE pour la recherche de cliques de poids maximal
- auteur
- Noël Malod-Dognin, Rumen Andonov, Nicola Yanev, Jean-François Gibrat
- article
- ROADEF 2008, Institut Supérieur d'Informatique, de Modélisation et de leurs Applications, Feb 2008, Clermont-Ferrand, France
- identifiant
- inria-00327118
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parallélisation de la recherche de similarités entre séquences protéiques sur GPU
- auteur
- van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
- article
- RenPar'18 : Rencontres francophones du Parallélisme, Feb 2008, Fribourg, Suisse
- identifiant
- inria-00321456
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Contribution to the annotation of the chicken 20K oligo microarray of ARK-genomics
- auteur
- C. Klopp, François Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue
- article
- Plant & Animal Genomes, XVI Conference, Jan 2008, San Diego (US), United States
- identifiant
- hal-00729110
- Accès au bibtex
-
- titre
- Transcriptome Profiling Of Feeding-To-Fasting Transition In Chicken Liver Using A Chicken 20K Oligo Microarray
- auteur
- Colette Désert, Pierre Blavy, François Moreews, Michel Jacques M.J. Duclos, Pascale Le Roy, Madeleine Douaire, Christian Diot
- article
- International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States
- identifiant
- inria-00329926
- Accès au bibtex
-
- titre
- Contribution To The Annotations Of The Chicken 20K Oligo Microarray Of ARK-Genomics
- auteur
- Christophe C. Klopp, François Moreews, Marc Aubry, Sandrine Lagarrigue
- article
- International Plant & Animal Genomes XVI Conference, Jan 2008, San Diego, United States
- identifiant
- inria-00329915
- Accès au bibtex
-
- titre
- Topological properties of central tiles and boundary graphs
- auteur
- Anne Siegel
- article
- Number Theory and Ergodic Theory, 2008, Kanazawa, Japan
- identifiant
- inria-00330588
- Accès au bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Analyse de systèmes dynamiques par discrétisation. Exemples d'applications en théorie des nombres et en biologie moléculaire
- auteur
- Anne Siegel
- article
- Mathématiques [math]. Université Rennes 1, 2008
- identifiant
- tel-00358996
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Syntaxe, raisonnement et génomes
- auteur
- Jacques Nicolas
- article
- Sciences du Vivant [q-bio]. Université Rennes 1, 2008
- identifiant
- tel-00355156
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- titre
- Architecture flexible pour la stéréovision embarquée
- auteur
- Mehdi Darouich, Stephane Guyetant, Dominique Lavenier
- article
- 2008
- identifiant
- inria-00329460
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Grammatical Inference: Algorithms and Applications 9th International Colloquium, ICGI 2008 Saint-Malo, France, September 22-24, 2008 Proceedings
- auteur
- François Coste, Laurent Miclet, Alexander Clark
- article
- Alexander Clark and François Coste and Laurent Miclet. Springer, 5278, pp.305, 2008, Lecture Notes in Artificial Intelligence, R. Goebel and J. Siekmann and W. Wahlster, 978-3-540-88008-0. ⟨10.1007/978-3-540-88009-7⟩
- identifiant
- inria-00338208
- Accès au bibtex
-
- titre
- Special Issue: Journées Montoises d'informatique théorique (Rennes, 2006)
- auteur
- Didier Caucal, Anne Siegel
- article
- Caucal, Didier and Siegel, Anne. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, RAIRO - Theoretical Informatics and Applications 42(3), pp.240, 2008
- identifiant
- inria-00330569
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Fine-grained parallelization of similarity search between protein sequences
- auteur
- van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] RR-6513, INRIA. 2008, pp.40
- identifiant
- inria-00275250
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling local repeats on genomic sequences
- auteur
- Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, Patrick Durand, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin, Frédéric Mahé
- article
- [Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43
- identifiant
- inria-00353690
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parallel Reconfigurable Operator for Genomic Sequence Comparison: Architecture and Performance Analyses
- auteur
- Alexandre Cornu, Francois Dussaugey, Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] RR-6776, INRIA. 2008
- identifiant
- inria-00348482
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Alignements multiples locaux et partiels de séquences protéiques à partir de paires de fragments alignables
- auteur
- Olivier Baldellon
- article
- [Stage] 2008, pp.17
- identifiant
- inria-00327591
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- bioperl : Bibliothèque perl pour la modélisation et le traitement de données issues de la biologie
- auteur
- Fabrice Legeai
- article
- [Technical Report] 2008
- identifiant
- inria-00331279
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Apprentissage d'automates modélisant des familles de séquences protéiques
- auteur
- Goulven Kerbellec
- article
- Interface homme-machine [cs.HC]. Université Rennes 1, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00327938
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2007
Journal articles
- titre
- Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case
- auteur
- Valerie Berthe, Anne Siegel
- article
- Journal of Number Theory, 2007, 127 (2), pp.153-172. ⟨10.1016/j.jnt.2007.07.005⟩
- identifiant
- inria-00181997
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Large Gene Family Expansion and Variable Selective Pressures for Cathepsin B in Aphids
- auteur
- Claude Rispe, Mayako Kutsukabe, Vincent Doublet, Sylvie Hudaverdian, Fabrice Legeai, Jean-Christophe Simon, Denis Tagu, Takema Fukatsu
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2007, 25 (Oct 13), pp.5-17. ⟨10.1093/molbev/msm222⟩
- identifiant
- inria-00180087
- Accès au bibtex
-
- titre
- Théorèmes limites pour des processus de Markov à sauts. Synthèse des résultats et applications en biologie moleculaire
- auteur
- Ovidiu Radulescu, Aurélie Muller, Alina Crudu
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2007, 26 (3-4), pp.443-469. ⟨10.3166/tsi.26.443-469⟩
- identifiant
- inria-00181451
- Accès au bibtex
-
- titre
- Path-equivalent developments in acyclic weighted automata
- auteur
- Mathieu Giraud, Philippe Veber, Dominique Lavenier
- article
- International Journal of Foundations of Computer Science, 2007, 18 (4), pp.799-812. ⟨10.1142/S012905410700498X⟩
- identifiant
- inria-00271646
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Doc'UMVF: Two search tools to provide quality-controlled teaching resources in French to students and teachers
- auteur
- Marc Cuggia, Stéfan Darmoni, Nicolas Garcelon, Lina Soualmia, Annabel Bourdé
- article
- International Journal of Medical Informatics, 2007, 6 (5), pp.357-362. ⟨10.1016/j.ijmedinf.2007.01.001⟩
- identifiant
- hal-00499257
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mapping sequences by parts
- auteur
- Gilles Didier, Carito Guziolowski
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2007, 2, pp.11. ⟨10.1186/1748-7188-2-11⟩
- identifiant
- inria-00180004
- Accès au bibtex
-
- titre
- An Internet supported workflow for the publication process in UMVF (French Virtual Medical University)
- auteur
- Jean-Marie Renard, Annabel Bourdé, Marc Cuggia, Nicolas Garcelon, Nathalie Souf, Stéfan Darmoni, Régis Beuscart, Jean-Marc Brunetaud
- article
- International Journal of Medical Informatics, 2007, 76 (5), pp.363-368
- identifiant
- hal-00499517
- Accès au bibtex
-
- titre
- Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
- auteur
- Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2007, 7, pp.37-43
- identifiant
- inria-00178914
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?
- auteur
- Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne
- article
- Biofutur, 2007, 275, pp.27-31
- identifiant
- inria-00178791
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamical robustness of biological networks with hierarchical distribution of time scales
- auteur
- Alexander N. Gorban, Ovidiu Radulescu
- article
- IET Systems Biology, 2007
- identifiant
- inria-00181450
- Accès au bibtex
-
- titre
- Model-based Identification of Helitrons Results in a New Classification of Their Families in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Sébastien Tempel, Jacques Nicolas, Abdelhak El Amrani, Ivan Couée
- article
- Gene, 2007, 403 (1-2), ⟨10.1016/j.gene.2007.06.030⟩
- identifiant
- inria-00180376
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Reconfigurable Index FLASH Memory tailored to Seed-Based Genomic Sequence Comparison Algorithms
- auteur
- Dominique Lavenier, Gilles Georges, Xinchun Liu
- article
- The Journal of VLSI Signal, 2007, 48 (3), pp.255-269. ⟨10.1007/s11265-007-0073-6⟩
- identifiant
- inria-00178314
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- GridR: An R-based grid-enabled tool for data analysis in ACGT clinico-genomics trials
- auteur
- Dennis Wegener, Thierry Sengstag, Stelios Sfakianakis, Stefan Rüping, Anthony Assi
- article
- 3rd IEEE International Conference on e-Science and Grid Computing, Dec 2007, Bangalore, India
- identifiant
- inria-00179078
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Représentation par jeux du chaos de séquences d'ADN
- auteur
- Thibaut Henin
- article
- Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France
- identifiant
- hal-00181675
- Accès au bibtex
-
- titre
- Protein similarity search with subset seeds on a dedicated reconfigurable hardware
- auteur
- Pierre Peterlongo, Laurent Noé, Dominique Lavenier, Gilles Georges, Julien Jacques, Gregory Kucherov, Mathieu Giraud
- article
- Parallel Bio-Computing, Sep 2007, Gdansk,, Poland
- identifiant
- inria-00178325
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sur les différentes expressions formelles d'une hiérarchie binaire symétrique ou implicative
- auteur
- Israël-César Lerman
- article
- XIV Rencontres de la Société Francophone de Classification, École Nationale des Télécommunications de Paris, Sep 2007, Paris, France. pp.139-142
- identifiant
- inria-00180133
- Accès au bibtex
-
- titre
- Mise à jour incrémentale de tableau des suffxes en cours de recodage
- auteur
- François Coste, Pierre Peterlongo, Matthias Gallé
- article
- Algorithmique, combinatoire du texte et applications en bio-informatique, Sep 2007, Chessy, France
- identifiant
- inria-00186352
- Accès au bibtex
-
- titre
- Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models
- auteur
- Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne
- article
- 6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland
- identifiant
- inria-00178854
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparaison de deux critères de la CAH sous contrainte de contiguïté spatiale
- auteur
- Kaddour Bachar, Israël-César Lerman
- article
- 39-èmes Journées de Statistique de la SFdS, Jun 2007, Angers, France
- identifiant
- inria-00180155
- Accès au bibtex
-
- titre
- Topological properties of central tiles for substitutions
- auteur
- Anne Siegel, Jorg Thuswaldner
- article
- Journées de Numération, Apr 2007, Graz, Austria
- identifiant
- inria-00180246
- Accès au bibtex
-
- titre
- Détection de domaines dans des séquences génomiques : un problème de couverture optimale
- auteur
- Philippe Veber, Sébastien Tempel, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Jacques Nicolas
- article
- FRANCORO V/ROADEF 2007, Feb 2007, Grenoble, France
- identifiant
- hal-00186471
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Problème d'optimisation de recherche de cliques pour caractériser des familles de protéines
- auteur
- François Coste, Goulven Kerbellec
- article
- ROADEF 2007, Universités de Grenoble, Feb 2007, Grenoble, France. pp.157--158
- identifiant
- inria-00180494
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Recent advances in solving the protein threading problem
- auteur
- Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
- article
- Talbi, El-Ghazali and Zomaya, Albert Y. Grid Computing for Bioinformatics and Computational Biology, Wiley, pp.325-356, 2007, 978-0-471-78409-8
- identifiant
- inria-00180695
- Accès au bibtex
-
- titre
- A New Probabilistic Measure of Interestingness for Association Rules, Based on the Likelihood of the Link
- auteur
- Israël-César Lerman, Jérôme Azé
- article
- Guillet, F. and Hamilton, H. Quality Measures in Data Mining. Studies in Computational Intelligence, Springer, pp.207-236, 2007
- identifiant
- inria-00180117
- Accès au bibtex
-
- titre
- Representation of Concept Description by Multivalued Taxonomic Preordonance Variables
- auteur
- Israël-César Lerman, Philippe Peter
- article
- Brito, P. and Bertrand, P. and Cucumel, G. and de Carvalho, F. Selected Contributions in Data Analysis and Classification, Springer, pp.271-284, 2007, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge organization
- identifiant
- inria-00180101
- Accès au bibtex
-
Other publications
- titre
- BioMAJ : A workflow engine dedicated to biological bank management
- auteur
- David Allouche, Anthony Assi, Yoann Beausse, Christophe Caron, Olivier Filangi, Jean-Marc Larré, Hugues Leroy, Véronique Martin
- article
- 2007
- identifiant
- inria-00176506
- Accès au bibtex
-
- titre
- POGG: Integrating qualitative and quantitative data of macromolecular networks. A probabilistic toolbox
- auteur
- Etienne Giraudet, Eric Docet, Jérémie Bourdon
- article
- 2007
- identifiant
- hal-00445610
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Decision Diagrams for Qualitative Biological Models
- auteur
- Michel Le Borgne, Philippe Veber
- article
- [Research Report] RR-6182, INRIA. 2007, pp.17
- identifiant
- inria-00144597
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study
- auteur
- Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
- article
- [Research Report] RR-6190, INRIA. 2007, pp.14
- identifiant
- inria-00145537
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem
- auteur
- Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
- article
- [Research Report] RR-6253, INRIA. 2007, pp.41
- identifiant
- inria-00165274
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap
- auteur
- Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
- article
- [Research Report] PI 1872, 2007, pp.22
- identifiant
- inria-00192316
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Novel Algorithm for Finding Maximum Common Ordered Subgraph
- auteur
- Nicola Yanev, Rumen Andonov
- article
- [Research Report] RR-6287, INRIA. 2007, pp.18
- identifiant
- inria-00171780
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions
- auteur
- Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel
- article
- [Research Report] 2007
- identifiant
- inria-00180239
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- In-place updating suffix arrays for grammatical inference
- auteur
- Matthias Gallé
- article
- [Internship report] 2007
- identifiant
- inria-00186356
- Accès au bibtex
-
- titre
- Recherche de modules dans le réseau MAPK
- auteur
- Laurent Chamoin
- article
- [Internship report] 2007
- identifiant
- inria-00185032
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Recent Advances in Solving the Protein Threading Problem
- auteur
- Rumen Andonov, Guillaume Collet, Jean-François Gibrat, Antoine Marin, Vincent Poirriez, Nicola Yanev
- article
- [Research Report] PI 1856, 2007, pp.38
- identifiant
- inria-00170619
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Inferring the role of transcription factors in regulatory networks
- auteur
- Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel
- article
- [Research Report] 2007
- identifiant
- inria-00185038
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Logol : Modelling evolving sequence families through a dedicated constrained string language
- auteur
- Catherine Belleannée, Jacques Nicolas
- article
- [Research Report] RR-6350, INRIA. 2007, pp.19
- identifiant
- inria-00186568
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parsing avec erreurs par un protomate
- auteur
- Jessie Mahé
- article
- [Stage] 2007, pp.45
- identifiant
- inria-00185428
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards Structural Classification of Proteins based on Contact Map Overlap
- auteur
- Rumen Andonov, Nicola Yanev, Noël Malod-Dognin
- article
- [Research Report] RR-6370, INRIA. 2007, pp.20
- identifiant
- inria-00192206
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Modélisation grande échelle de réseaux biologiques : vérification par contraintes booléennes de la cohérence des données
- auteur
- Philippe Veber
- article
- Génie logiciel [cs.SE]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00185895
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamique des hélitrons dans le genome d'Arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables
- auteur
- Sébastien Tempel
- article
- Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00185256
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2006
Journal articles
- titre
- Browsing repeats in genomes : Pygram and an application to non-coding region analysis.
- auteur
- Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas
- article
- BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.477. ⟨10.1186/1471-2105-7-477⟩
- identifiant
- hal-00129773
- Accès au bibtex
-
- titre
- Symbiologik : jouez avec les gènes
- auteur
- Nicolas Deroche, Mathieu Giraud
- article
- Interstices, 2006
- identifiant
- hal-01352610
- Accès au bibtex
-
- titre
- Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks
- auteur
- Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, Sandrine Lagarrigue
- article
- BioSystems, 2006, 84, pp.153-174
- identifiant
- inria-00178809
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Topology and static response of interaction networks in molecular biology
- auteur
- Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne
- article
- Journal of the Royal Society Interface, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. ⟨10.1098/rsif.2005.0092⟩
- identifiant
- inria-00178842
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Coefficient numérique général de discrimination de classes d'objets par des variables de types quelconques. Application à des données génotypiques
- auteur
- Israël-César Lerman
- article
- Revue de Statistique Appliquée, 2006, Revue de Statistique Appliquée, 54 (2), pp.33-63
- identifiant
- inria-00180080
- Accès au bibtex
-
- titre
- GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins
- auteur
- Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, Jérôme Wojcik
- article
- BMC Bioinformatics, 2006, 7 (1), pp.21. ⟨10.1186/1471-2105-7-21⟩
- identifiant
- hal-00784481
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Domain organization within repeated DNA sequences: application to the study of a family of transposable elements.
- auteur
- Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Dominique Lavenier, Israël-César C. Lerman, Anne-Sophie Valin, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
- article
- Bioinformatics, 2006, 22(16), pp.1948-1954
- identifiant
- hal-00090517
- Accès au bibtex
-
- titre
- Découverte et analyse de signatures à grande échelle dans les protéines amyloïdes.
- auteur
- Sandrine Pawlicki, Anne-Sophie Valin, Mathieu Giraud, Gilles Georges, Christian Delamarche, Grégory Ranchy
- article
- Regard sur la biochimie, 2006, pp.1-12
- identifiant
- hal-00456604
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- JUICE: a data management system that facilitates the analysis of large volumes of information in an EST project workflow
- auteur
- Mariano Latorre, Herman Silva, Juan Saba, Carito Guziolowski, Paula Vizoso, Veronica Martinez, Jonathan Maldonado, Andrea Morales, Rodrigo Caroca, Veronica Cambiazo, Reinaldo Campos-Vargas, Mauricio Gonzalez, Ariel Orellana, Julio Retamales, Lee a Meisel
- article
- BMC Bioinformatics, 2006, 7, pp.513. ⟨10.1186/1471-2105-7-513⟩
- identifiant
- inria-00180207
- Accès au bibtex
-
- titre
- Accurate prediction of BRCA1 and BRCA2 heterozygous genotype using expression profiling after induced DNA damage.
- auteur
- Zsofia Kote-Jarai, Lucy Matthews, Ana Osorio, Susan Shanley, Ian Giddings, François Moreews, Imogen Locke, Gareth Evans, Diana Eccles
- article
- Clinical Cancer Research, 2006, Clin Cancer Res. 2006 Jul 1;12(13):3896-901
- identifiant
- inria-00180301
- Accès au bibtex
-
- titre
- Fractal representation of the attractive lamination of an automorphism of the free group
- auteur
- Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Arnaud Hilion, Anne Siegel
- article
- Annales de l'Institut Fourier, 2006, 56 (7), pp.2161-2212. ⟨10.5802/aif.2237⟩
- identifiant
- inria-00178799
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Seed-based Genomic Sequence Comparison using a FPGA/FLASH Accelerator
- auteur
- Dominique Lavenier, Liu Xinchun, Gilles Georges
- article
- International IEEE Conference on Field Programmable Technology, Dec 2006, Thailand. http://fpt.selfip.org/fpt06/program.php
- identifiant
- hal-00179994
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Remix : une architecture pour la recherche dans les masses de données indexées
- auteur
- Gilles Georges, Steven Derrien, Stéphane Rubini, Frédéric Raimbault, Laurent Amsaleg, Dominique Lavenier
- article
- Symposium en archichecture de machines (Sympa) 2006, Oct 2006, Perpignan, France. pp.142-153
- identifiant
- hal-00505589
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Finiteness properties for Pisot $S$-adic tilings
- auteur
- Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Anne Siegel
- article
- Journées Montoises d'Informatique Théorique, Aug 2006, RENNES, France
- identifiant
- inria-00180242
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A flexible model for protein fold recognition
- auteur
- Guillaume Collet, Nicola Yanev, Antoine Marin, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat
- article
- Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2006, Bordeaux, France
- identifiant
- inria-00185460
- Accès au bibtex
-
- titre
- Learning Automata on Protein Sequences
- auteur
- François Coste, Goulven Kerbellec
- article
- JOBIM, Jul 2006, Bordeaux, France. pp.199--210
- identifiant
- inria-00180429
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Recherche dans les banques d'ADN par indexation parallèle
- auteur
- van Hoa Nguyen, Dominique Lavenier
- article
- RVIF, Feb 2006, HCM, Vietnam
- identifiant
- inria-00180372
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Implémentation d'un algorithme d'alignement semi-global utilisant des paramètres non locaux pour la reconnaissance de repliement
- auteur
- Guillaume Collet, Antoine Marin, Nicola Yanev, Rumen Andonov, Jean-François Gibrat
- article
- ROADEF, Feb 2006, Lilles, France
- identifiant
- inria-00177926
- Accès au bibtex
-
- titre
- Fine-Grained Parallelism for Genomic Computation
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- Conference on Parallel Processing for Scientific Computing, Feb 2006, United States
- identifiant
- hal-00179996
- Accès au bibtex
-
- titre
- Path-Equivalent Removal of Epsilon-Transitions
- auteur
- Dominique Lavenier, Philippe Veber, Mathieu Giraud
- article
- 2006, pp.23--33, ⟨10.1007/11812128_4⟩
- identifiant
- hal-00107094
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- High-performance alignment methods for protein threading
- auteur
- Rumen Andonov, Stefan Balev, Nicola Yanev
- article
- Albert Zomaya. Parallel computing for bioinformatics and computational biology, Wiley, pp.427-457, 2006
- identifiant
- hal-00445827
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology
- auteur
- Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
- article
- [Research Report] RR-5973, INRIA. 2006
- identifiant
- inria-00090635
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analyse logique, combinatoire et statistique de la construction d'une hiérarchie binaire implicative ; niveaux et noeuds significatifs
- auteur
- Israël-César Lerman
- article
- [Research Report] PI 1827, 2006, pp.45
- identifiant
- inria-00115826
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Représentation par Jeux du Chaos de séquences d'ADN
- auteur
- Thibaut Henin
- article
- [Stage] 2006
- identifiant
- inria-00177858
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lagrangian Approaches for a class of Matching Problems in Computational Biology
- auteur
- Nicola Yanev, Rumen Andonov, Philippe Veber, Stefan Balev
- article
- [Research Report] PI 1814, 2006, pp.18
- identifiant
- inria-00091944
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2005
Journal articles
- titre
- Progressing the state-of-the-art in grammatical inference by competition
- auteur
- Starkie Bradford, François Coste, Menno van Zaanen
- article
- AI Communications, 2005, 18 (2), pp.93-115
- identifiant
- inria-00412610
- Accès au bibtex
-
- titre
- Complex Qualitative Models in Biology: a new approach
- auteur
- Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu
- article
- Complexus, 2005, 2, pp.140-151
- identifiant
- inria-00178819
- Accès au bibtex
-
- titre
- Tilings Associated with Beta-numeration and Substitutions
- auteur
- Valerie Berthe, Anne Siegel
- article
- Integers : Electronic Journal of Combinatorial Number Theory, 2005, Proceedings of the 2004 Number Theoretic Algorithms and Related Topics Workshop, 5 (3), pp.A2
- identifiant
- lirmm-00105299
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The dog and rat olfactory receptor repertoires
- auteur
- Pascale Quignon, Mathieu Giraud, Maud Rimbault, Patricia Lavigne, Sandrine Tacher, Emmanuelle Morin, Elodie Retout, Anne-Sophie Valin, Kerstin Lindblad-Toh, Jacques Nicolas, Francis Galibert
- article
- Genome Biology, 2005, 6 (10), pp.R83. ⟨10.1186/gb-2005-6-10-r83⟩
- identifiant
- hal-00107100
- Accès au bibtex
-
- titre
- Suffix-Tree Analyser (STAN): looking for nucleotidic and peptidic patterns in genomes
- auteur
- Jacques Nicolas, Patrick Durand, Grégory Ranchy, Sébastien Tempel, Anne-Sophie Valin
- article
- Bioinformatics, 2005, 21(24), pp.4408-4410
- identifiant
- hal-00015234
- Accès au bibtex
-
- titre
- Accélérer l'exploration et l'analyse des textes des génomes
- auteur
- Dominique Lavenier
- article
- Interstices, 2005
- identifiant
- inria-00000526
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Recherches de motifs et de similarités en bioinformatique : modélisations, solutions logicielles et matérielles
- auteur
- Mathieu Giraud, Laurent Noé, Gregory Kucherov, Dominique Lavenier
- article
- MajecSTIC 2005 : Manifestation des Jeunes Chercheurs francophones dans les domaines des STIC, IRISA – IETR – LTSI, Nov 2005, Rennes/France, pp.18--37
- identifiant
- inria-00001036
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Organisation modulaire des séquences d'ADN répétées: application à l'étude des hélitrons non-autonomes dans le génome d'Arabidopsis thaliana
- auteur
- Sébastien Tempel, Mathieu Giraud, Israël-César C. Lerman, Ivan Couée, Abdelhak El Amrani, Jacques Nicolas
- article
- XIIIe colloque Eléments Transposables, 2005, Orsay, France
- identifiant
- hal-00015261
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
- auteur
- François Coste, Goulven Kerbellec
- article
- Machine Learning: ECML 2005, 16th European Conference on Machine Learning, 2005, Porto, Portugal. pp.522-529, ⟨10.1007/11564096_50⟩
- identifiant
- hal-03405434
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Bioinformatics Applications
- auteur
- Dominique Lavenier, Mathieu Giraud
- article
- Gokhale, Maya B., Graham, Paul S. Reconfigurable Computing. Accelerating Computation with Field-Programmable Gate Arrays, Springer, 2005, Foundation of computing, 0-387-26105-2
- identifiant
- inria-00000501
- Accès au bibtex
-
Other publications
- titre
- Pyramid diagram: visualizing the organization of repetitive sequences in genomes.
- auteur
- Patrick Durand, Frédéric Mahé, Anne-Sophie Valin, Jacques Nicolas
- article
- 2005
- identifiant
- hal-00129758
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Motif Discovery on Promotor Sequences
- auteur
- Maximilian Häussler, Jacques Nicolas
- article
- [Research Report] RR-5714, INRIA. 2005, pp.136
- identifiant
- inria-00070303
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
- auteur
- François Coste, Goulven Kerbellec
- article
- [Research Report] RR-5672, INRIA. 2005, pp.17
- identifiant
- inria-00070340
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Similar Fragments Merging Approach to Learn Automata on Proteins
- auteur
- François Coste, Goulven Kerbellec
- article
- [Research Report] PI 1735, 2005
- identifiant
- inria-00000179
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Découverte de motifs relationnels en bioinformatique: application à la prédiction de ponts disulfures
- auteur
- Ingrid Jacquemin
- article
- Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00185499
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Inférence grammaticale sur des alphabets ordonnés : application à la découverte de motifs dans des familles de protéines
- auteur
- Aurélien Leroux
- article
- Biochimie [q-bio.BM]. Université Rennes 1, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩
- identifiant
- tel-00185489
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2004
Journal articles
- titre
- GenoFrag: software to design primers optimized for whole genome scanning by long-range PCR amplification.
- auteur
- Nouri Ben Zakour, Michel Gautier, Rumen Andonov, Dominique Lavenier, Marie-Françoise Cochet, Philippe Veber, Alexei Sorokine, Yves Le Loir
- article
- Nucleic Acids Research, 2004, 32 (1), pp.17-24. ⟨10.1093/nar/gkg928⟩
- identifiant
- hal-01454461
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Mutually Compatible and Incompatible Merges for the Search of the Smallest Consistent DFA
- auteur
- François Coste, John Abela, Sandro Spina
- article
- ICGI 2004: Grammatical Inference: Algorithms and Applications, 2004, Athens, Greece. pp.28-39, ⟨10.1007/978-3-540-30195-0_4⟩
- identifiant
- hal-03405523
- Accès au bibtex
-
- titre
- Introducing Domain and Typing Bias in Automata Inference
- auteur
- François Coste, Daniel Fredouille, Christopher Kermorvant, Colin de La Higuera
- article
- ICGI 2004: Grammatical Inference: Algorithms and Applications, 2004, Athens, Greece. pp.115-126, ⟨10.1007/978-3-540-30195-0_11⟩
- identifiant
- hal-03405504
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Apprentissage d'automates par fusions de paires de fragments significativement similaires et premières expérimentations sur les protéines MIP
- auteur
- François Coste, Goulven Kerbellec, Boris Idmont, Daniel Fredouille, Christian Delamarche
- article
- [Rapport de recherche] RR-5176, INRIA. 2004
- identifiant
- inria-00071412
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Purely periodic beta-expansions in the Pisot non-unit case
- auteur
- Valerie Berthe, Anne Siegel
- article
- 2004
- identifiant
- hal-00002208
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2003
Journal articles
- titre
- Integration of data and methods for genome analysis.
- auteur
- Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, François Rechenmann
- article
- Current Opinion in Drug Discovery and Development, 2003, 6 (3), pp.346-52
- identifiant
- hal-02072584
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Unambiguous Automata Inference by Means of State-Merging Methods
- auteur
- François Coste, Daniel Fredouille
- article
- Machine Learning: ECML 2003, 14th European Conference on Machine Learning, 2003, Cavtat-Dubrovnik, Croatia. pp.60-71, ⟨10.1007/978-3-540-39857-8_8⟩
- identifiant
- hal-03405541
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Combinatorial approaches for segmentingbacterium genomes
- auteur
- Rumen Andonov, Nicola Yanev, Dominique Lavenier, Philippe Veber
- article
- [Research Report] RR-4853, INRIA. 2003
- identifiant
- inria-00071730
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- What is the Search Space for the Inference of Non Deterministic, Unambiguous and Deterministic Automata ?
- auteur
- François Coste, Daniel Fredouille
- article
- [Research Report] RR-4907, INRIA. 2003
- identifiant
- inria-00071673
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2002
Conference papers
- titre
- Couplage par composants logiciels de codes d'hydrogéologie
- auteur
- Jocelyne Erhel, Philippe Ackerer, Jean-Raynald de Dreuzy, Michel Kern, Hugues Leroy, Christian Pérez
- article
- École GRID 2002, 2002, Aussois, France
- identifiant
- hal-01316192
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Le projet GénoGRID : une grille expérimentale pour la génomique
- auteur
- Dominique Lavenier, Hugues Leroy, Michel Hurfin, Rumen Andonov, L. Mouchard, F. Guinand
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique et Mathématiques, 2002, Saint Malo, France. pp.27-32
- identifiant
- hal-00465092
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- The Protein Threading Problem is in P?
- auteur
- Nicola Yanev, Rumen Andonov
- article
- [Research Report] RR-4577, INRIA. 2002
- identifiant
- inria-00072011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ROOM : reconfigurable object-oriented machines for specific applications
- auteur
- Frédéric Raimbault, Dominique Lavenier
- article
- [Research Report] RR-4588, INRIA. 2002
- identifiant
- inria-00071997
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case
- auteur
- Valerie Berthe, Anne Siegel
- article
- [Research Report] RR-4619, INRIA. 2002
- identifiant
- inria-00071966
- Accès au texte intégral et bibtex
-
1999
Journal articles
- titre
- A pragmatic reconstruction of Lambda-Prolog
- auteur
- Catherine Belleannee, Pascal Brisset, Olivier Ridoux
- article
- Journal of Logic Programming, 1999, 41 (1), pp 67-102. ⟨10.1016/S0743-1066(98)10038-9⟩
- identifiant
- hal-00934033
- Accès au bibtex
-